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TRAVAUX PRATIQUES DE MICROBIOLOGIE

Description complete de cette serie des travaux pratiques

RESUME DES EXERCISES JOUR 1


Bacteries de reference utilisees dans ces exercises:

Escherichia coli: bacille, gram-, fermentation facultative Klebsiella pneumoniae: bacille, gram-, anaerobie facultative (fermentation de lactose), fixation de l'azote Staphylococcus aureus: coque, gram+, fermenation facultative Micrococcus luteus: coque, gram+, aerobie obligatoire Streptococcus thermophilus: coque, gram+, fermentation facultative Enterococcus faecium.: coque, gram+, fermentation facultative, catalase-

EXERCICES 1. Introduction a la microbiologie et les buts du TP (1 pt) 2. Identification des protists (eucaryotes) de reference (1 pt): o Chlamydomonas (algues): forme ovale, deux flagelles, un seul chloroplaste, 2 vacuoles base des flagelles, un paroi de glycoproteine o Euglene (algues): plusieurs chloroplastes, heterotrophe facultative (phagocytosis), flagelles, paroi souple, un noyau, un stigma (sorte d'oeil) o Paramecies (protozoaires): motile (cils), 2 types des vacuoles (contractile et digestive) o Euplotes (protozoaires): cilies regroupes, des vacuoles o Tetrahymena (protozoaires): cilies o phormidium (cyanobacterie): procaryote, un long filament compose de plusieurs cellules

3. La boue d'une station d'epuration Decrivez des organismes eucaryotes: morphologie, organites, mobilite, etc. Utilisez le classeur pour identifier les organismes. (1 pt) 4. Melange bacille/coque present dans un lac proche Chaque groupe recoit un melange de 2 souches, une bacille et une coque (E.coli, S.aureus ou K. pneumoniae, M.luteus). Etalez une goutte du melange sur une boite de petri pour isoler les 2 souches et incubez au moins 24h a 37C. Observez les colonies sur la boite de petri et decrivez les colonies: la forme, les bords, la surface, la transparence, la couleur. Est-ce qu'il y a 2 types des colonies differentes? Isolez une colonie de chaque type, l'etalez sur une nouvelle boite de petri, et incubez au moins 24h a 37C (protocole=0.5 pts, description des resultats=0.5 pts). 5. Bleu de methylene Suivez et notez le protocol et faites un description chaque bacterie de reference (6 souches) et les 2 souches du lac (protocole=0.5 pt, description des resultats=0.5 pt). 6. Coloration de gram Decrivez la coloration de gram de chaque souche de reference et de les 2 souches du lac. Les gram+ sont pourpre et les gram- sont rose (protocole=0.5 pt, description des resultats=0.5 pt) o mettre une goutte d'echantillon sur une lame, secher grace a une flamme, plonger dans du cristal violet (coloration de peptidoglycan), rincer, plonger dans de l'iode (fixation de coloration), rincer, mettre dans du safranine (contre-coloration)

JOUR 2
EXERCICES 1. Controle de qualite de yaourt: Un yaourt de bonne qualite a ~10^9 cellules vivantes par gramme de 2 souches, Streptococcus thermophilus et Lactobacillus bulgaricus , mais les cellules meurent avec le passage du temps. Il y a deux echantillons de yaourt et le but de cette

exercise et de determiner quel est depasse. Faites une series de dilutions de yaourt et ensemencez les 3 dernieres dilutions sur les boites MRS et M17 (milieu pour favoriser la croissance des lactobacilli). Incubez au moins 24h a 37C. Identifiez et comptez les colonies des 2 types des bacteries presentes dans le yaourt. Multipliez le nombre des colonies par la dilution pour quantifier si le yaourt etait depasse (0.5 pts pour le protocole d'isolement, 1 pt pour les resultats et identification). 2. Echantillons microbiologique de l'environnement: Determinez un protocole pour isoler les microbes des deux endroits environnementaux (ie la salive, les doigts, la surface d'une table) sur les boites de petri de LB. Incubez les boites de petriz au moins 24h a 37C. Decrivez et comptex les colonies (0.5 pt pour le protole et 1 pt pour la description des resultats).

JOUR 3
EXERCISES 1. Activites bactericides des anti-bacteriens: Suivez les protocoles pour tester l'effets de 2 antibacteries (UV, ethanol, l'eau de javel, ou l'eau bouillante) chez E.coli. Incubez au moins 24h a 37C. Combien des colonies ont pousse dans chaque traitement des anti-bacteriens? (0.5 pts pour le protocole et 1 pt pour les resultats).

JOUR 4
EXERCICES 1. Les milieux selectifs pour identifier les bacteries: Ensemencez une coque et une bacille sur une boite de petri de chaque milieu. Incubez les boites au moins 24h a 37C. Decrivez les resultats (croissance et couleurs) de chaque traitement (protocole=0.5 pts, resultats=1 pt).

Chromagar: un melange de peptones et chromogens qui produisent les couleurs pour identifer les souches: E.coli (rose), Klebsiella (bleu), Staphalococcus (blanche) o EMB: un milieu pour isoler les gram(-). Eosine et bleu de methylene inhibent la plupart des bacteries gram(+). Les bacteries qui ferment la lactose produisent les colonies colorees (l'acide lactique->baisse de pH>absorbtion des colorants). o MacConkey: un milieu pour isoler les gram(-); les sels bilaires et cristal violent inhibent les gram(+). Les bacteries qui ferment la lactose produisent les colonies rouge (l'acide lactique->baisse de pH->rouge neutre devient rouge). o Mannitol-salt: une forte concentration de sel (NaCl) favorise la croissance des gram(+). Les bacteries qui ferment la mannitol (ie Staphalococcus) transforme le milieu en jaune (reduction de pH->phenol red devient jaune). 2. Effets des antibiotiques sur E. coli: Etalez une suspension d'E. coli sur une boite de petri de LB et placez les pastilles imbibees d'antibiotique sur la boite. Incubez la boite au moins 24h a 37C. Decrivez le protocole et les resultats.(protocole=0.5 pts, resultats=1 pt). 3. Mesurement de la concentration minimale inhibitrice (CMI) d'ampicilline sur E. coli: Inoculez les cultures d'E. coli avec une serie de dilution d'ampicilline de 1 mg/ml a 1 ng/ml (chaque tube avec une concentration d'ampicilline 10 fois diluee). Incubez les tubes a au moins 24h a 37C. Quelle est la CMI d'ampicilline sur E. coli? Decrivez le protocole et les resultats. (1 pt).
o

JOUR 5
EXERCICES

1. Milieu API: analyses du metabolisme. Ce dispositif se compose de plusieur puits contanant des substrats deshydrates pour faire ces tests biochimiques du metabolisme. Incubez le dispositif au moins 24h a 37C et decrivez les resultats (protocole=0.5 pts, resultats=1 pt).

JOUR 6
EXERCICES 1. Reaction a la catalase (H2O2 -> H2O + O2): les gram negatifs sont presque tous catalase plus; les gram positifs Streptococcus et Lactobacillus sont catalase negatif (1 pt). 2. Reaction a l'oxydase: test pour la chaine respiratoire qui fonction avec le cytochrome C membranaire. Reactif TMPD s'oxide en donnant un electron au cytochrome C et TMPD devient bleu. Pseudomonas est Ox+ et les enterbacteries sont OX-. 3. Discussion Conclusions et l'identification des 2 bacteries (une bacille et une coque) du echantillon du lac. (4 pts)

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