PROGRAMA DEL CURSO

TEMA 7: Estructura del gen eucariota. Regulacin de la expresin gnica.

En clases anteriores
Teora cromosmica de la herencia
Los genes se encuentran en los cromosomas

Los cromosomas estn formados por molculas de ADN y protenas

Donde est la informacin gentica de los organismos eucariotas?

NUCLEO Cromatina Nucleolo Envoltura nuclear Centrosomas

Retculo Endoplasmtico Rugoso Retculo Endoplasmtico Liso

Ribosomas

Aparato de Golgi

Vacuola central
Microfilamentos Filamentos intermedios Microtbulos

CITOESQUELETO

Mitocondria Peroxisoma Membrana plasmtica

Pared celular Pared de la clula adyacente

Cloroplastos

Plasmodesmos

Cmo es la estructura de un gen eucariota?

5
3 Regin reguladora

Regin estructural

ADN

3 5

ESQUEMATIZACION DEL GEN

Regin reguladora

Regin estructural

Otra secuencia regulatoria fuera de la secuencia del gen

Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1)

Otra secuencia regulatoria fuera de la secuencia del gen

Detalle de la estructura de un gen eucariota

ESQUEMATIZACION DEL GEN

Regin reguladora

Regin estructural

Promotor

Regin estructural Regin codificante

+1 5UTR 3UTR

caat

tata

exn int exn intrn exn

intrn exon int exn

Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1) Primeras tres bases (ATG) que codificarn para el codn de iniciacin

Ultimas tres bases TGA TAA TAG que codificarn para uno de los 3 posibles codones de terminacin o STOP.

Transcripcin y procesamiento del ARN

Promotor

Regin estructural
Regin codificante
+1 5UTR

3UTR

caat

tata

exn int exn intrn exn

intrn exn int exn

Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1)

Regin codificante
+1 5UTR 3UTR

exn int exn intrn exn exon exon

intrn exn int exn exon

Remocin de intrones (splicing)

TRANSCRIPTO MADURO: Adicin de caperuza en extremo 5 Adicin de cola de adeninas (cola de poli A) Remocin de intrones

C exn exn

exn

exn

exn AAAAAAA

Adicin de caperuza en extremo 5

Adicin de cola de adeninas (cola de poli A), en la secuencia 3UTR, existe una seal de poliadenilacin

Gen de la Ovoalbumina

Transcripto primario

ARN mensajero maduro

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

ARNm maduro
Caperuza cola de poli A

exn

exn AUG

exn

exn TGA TAA TAG

exn

AAAAAAAAA

5UTR

ORF (open reading frame) Marco de lectura abierto primer codn AUG marca el Inicio de la traduccin

3UTR

3 posibles codones stop (final de la traduccin)

Traduccin del ARNm

Caperuza cola de poli A

exn exn AAAAAAAAA TGA AUG TAA TAG 3UTR ORF (open reading frame) 5UTR Marco de lectura abierto primer codn AUG marca el 3 posibles codones stop (final Inicio de la traduccin de la traduccin) C exn Protena
Extremo Amino (N-terminal)
1 AA: Metionina

exn

exn

Extremo Carboxilo (C-terminal)

Pptido Seal

ADN

ARN

PROTEINA
Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Localizacin final de las protenas en la clula

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Se transcriben todos los genes en todo momento y en todas las clulas de un organismo?

Regulacin de la expresin gnica

Mltiples sitios de regulacin

Regulacin de la transcripcin en Eucariotas

Control transcripcional en eucariotas factores que actan en trans reconocen factores en cis elementos (secuencias) del gen (CIS),en general en el extremo 5 cercanos al inicio de la transcripcin ( TATA 30) proximales (CAT, otros) silenciadores y potenciadores ubicados a gran distancia tanto hacia el extremo 5 como al 3 protenas reguladores: FACTORES DE TRANSCRIPCION (TRANS)

Activadores: Protenas que se unen al ADN en los secuencias conocidas como enhancers . Los activadores ayudan a determinar cuales genes sern encendidos y la tasa de trascripcin que estos tendrn.

Represores: Protenas que se unen al ADN en los sitios conocidos como silencers o silenciadores. Los silenciadores interfieren con el funcionamiento de los activadores haciendo mas lenta la trasncripcin.

Regulacin de la transcripcin en clulas eucariticas

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Factores basales de transcripcin son elementos esenciales para la transcripcin pero por s mismos no pueden incrementar o disminuir la tasa de transcripcin.

Efecto de mutaciones puntuales de elementos CIS en el nivel de transcripcin

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Elemento HRE (potenciador de respuesta a hormona estrgeno) del gen de la ovoalbmina

TEMA 8: Organizacin del Genoma Eucariota

El genoma
Definiciones de genoma
1920s set cromosmico de una clula haploide

Suma total de genes Suma total de secuencias codificantes y no codificantes El genoma es toda la informacin gentica contenida en las clulas de un organismo en particular EL GENOMA ES EL ADN CONTENIDO EN UNA CLULA HAPLOIDE

Donde est la informacin gentica de los organismos eucariotas?

NUCLEO

Cromatina Nucleolo Envoltura nuclear

Centrosomas

Retculo Endoplasmtico Rugoso Retculo Endoplasmtico Liso Ribosomas

Aparato de Golgi

Vacuola central
Microfilamentos Filamentos intermedios Microtbulos

CITOESQUELETO

Mitocondria Peroxisoma Membrana plasmtica

Pared celular Pared de la clula adyacente Plasmodesmos

Cloroplastos

El genoma
Por lo general, cuando se habla de genoma en los organismos eucariotas se hace referencia al ADN contenido en el ncleo, organizado en cromosomas. O sea GENOMA NUCLEAR. En vegetales, tambin se encuentran 2 organelos que poseen su propio genoma: Cloroplastos: GENOMA CLOROPLASTICO Mitocondrias (tambin presente en animales): GENOMA MITOCONDRIAL

GENOMAS Y SUS TAMAOS

Especie Tamao del genoma (Mb) Nmero de genes

Saccharomyces cerevisiae Caenorhabditis elegans

Drosophila melanogaster

12 97
180

5770 20598
13525

Arabidopsis thaliana
Fugu rubripes Mus musculus Homo sapiens

125
365 3300 3200

25498
30000 30000 30000

GENOMAS Y SUS TAMAOS

El ser humano tendra solo el doble de genes que la mosca del vinagre y apenas 5.000 genes ms que la planta Arabidopsis. El ADN humano es al menos en un 98% idntico al de los chimpancs y otros primates. VALOR C: contenido total de ADN del genoma haploide de un individuo.
PARADOJA DEL VALOR C: ausencia de correlacin entre la cantidad de ADN y la complejidad de un organismo

ESPECIE
Hongos Saccharomyces cerevisiae Aspergillus nidulans Protozoarios Tetrahymena pyriformis Invertebrados Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster Bombyx mori Locusta migratoria (langosta migratoria) Vertebrados Takifugu rubripes Homo sapiens Mus musculus (ratn) Plantas Arabidopsis thaliana Oryza sativa (arroz) Zea mays (maz) Pisum sativum (arveja) Triticum aestivum (trigo) Fritillaria assyriaca

TAMAO GENOMA (Mb)

12.1 25.4

190 97 180 490 5000

400 3200 3300

125 430 2500 4800 16000 120000

TIPO Y ORGANIZACIN DE LAS SECUENCIAS DE ADN

ADN Eucaritico
Genes de copia nica Secuencias funcionales
ADN presente en ms de una copia
ADN espaciador

Secuencias sin funcin conocida

Familias de genes (y pseudogenes relacionados)

Secuencias funcionales no codificantes

Repeticiones en heterocromatina centromrica

Repeticiones en tndem

Secuencias Transponibles

Familias de genes dispersos

Familias gnicas en tndem

ADN presente en ms de una copia

Secuencias funcionales
ADN MEDIANAMENTE REPETIDO

Familias de genes (y pseudogenes relacionados)

Secuencias funcionales no codificantes

Familias de genes dispersos

Ejemplos:

Familias gnicas en tndem

Ejemplos:

Secuencias telomricas (repeticiones dispuestas en tndem)

Actina 5-30 Queratinas > 20 Tubulinas 3-15 Globinas hasta 5

rDNA (ADN ribosomal) en humanos hasta 400 copias/genoma

ADN presente en ms de una copia

Secuencias sin funcin conocida

Repeticiones en heterocromatina centromrica

Repeticiones en tndem

Secuencias Transponibles

ADN ALTAMENTE REPETIDO

ADN MEDIANAMENTE REPETIDO

ADN presente en ms de una copia

Repeticiones en tndem

Secuencias sin funcin conocida

Secuencias Transponibles

Minisatlites
(Variable Number of Tandem Repeats)
15-100 pb por repeticin

Microsatlites
2-5 pb por repeticin Repetidas ms de 10 veces

Transposones

Retrotransposones

VNTRs

ADN MEDIANAMENTE REPETIDO

Cmo se estudian los genomas?

Genmica Estructural Genmica Funcional Objetivo de la Genmica es conocer el/los genoma/s de una especie en particular/diferentes especies.

Aplicaciones del estudio de los genomas

Predecir genes, secuencias promotoras y reguladoras de la transcripcin.

Comparar genomas de diferentes individuos de la misma especie para detectar variaciones o polimorfismos a nivel poblacional. Estas variaciones pueden ser rearreglos cromosmicos (deleciones/inserciones, translocaciones)
Comparar genomas de diferentes especies. Esto permite hacer inferencias acerca de los procesos evolutivos de remodelacin de genomas.

Anlisis Estructural de los genomas

Mapeo gentico Mapeo fsico Mapeo comparativo Secuenciacin completa del genoma

El mapeo gentico
El mapeo gentico est basado en la utilizacin de tcnicas genticas para construir mapas que muestran la posicin de marcadores genticos o de marcadores moleculares Las tcnicas genticas incluyen experimentos de recombinacin

El mapeo fsico
El mapeo fsico utiliza tcnicas de Biologa Molecular para examinar directamente las molculas de ADN para la construccin de mapas que muestran la posicin de fragmentos de ADN (en general de secuencia desconocida) en el genoma.

Mapeo fsico de familias de ADN repetido en cromosomas de remolacha azucarera

(tomado de Schimidt, T. and Heslop-Harrison, J.S., 1998. Genomes, genes and junk: the large-scale organization of plant chromosomes. Trends Plant Sci)

Modelo de la organizacin de un cromosoma vegetal

(tomado de Schimidt, T. and Heslop-Harrison, J.S., 1998. Genomes, genes and junk: the large-scale organization of plant chromosomes. Trends Plant Sci)

Bibliotecas genmicas
Como no es posible secuenciar un genoma en una sola reaccin de secuenciacin se lo divide en fragmentos, los cuales se almacenan en clones de bibliotecas genmicas. Una biblioteca genmica es un conjunto de clones, cada uno de los cuales contiene un fragmento de un genoma de un organismo dado. Las bibliotecas genmicas se consiguen clonando los fragmentos en vectores.

Clon de ADN genmico

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Biblioteca Genmica

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Secuenciacin de genomas
En febrero de 2001, el Proyecto de Genoma Humano (Human Genome Research Institute ) y Celera Genomics publican, simultneamente, su secuenciacin del genoma humano (en Nature y Science, respectivamente).

Secuenciacin de genomas

Nature, 2000

Secuenciacin del genoma de Arroz, Science, 2002

Regiones de segmentos duplicados en el genoma de Arabidopsis (2n=10)

Cr.1
Cr. 2

Cr.3
Cr.4 Cr.5
Los cromosomas individuales son representados como barras grises (con el cromosoma 1 en la parte superior), los centrmeros estn marcados en color negro. Las bandas coloreadas conectan los segmentos duplicados correspondientes. La similitud entre las repeticiones de ADNr est excluda. Los segmentos duplicados en una orientacin inversa estn conectados con bandas coloreadas torcionadas. La escala es en megabases (tomado de: The Arabidopsis Genome Initiative, 2000).

Anlisis funcional de los genomas

Abordajes: Gentica convencional (un gen por estudio) Anlisis global del genoma (transcriptmica)

No todos los genes se transcriben en todo momento y en todas las clulas de un organismo

Biblioteca de ADNc

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Obtencin de ADNc a partir de ARNm

Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000.

Bibliotecas de ADNc
Las bibliotecas de ADNc se pueden explorar con sondas de ADN y/o anticuerpos (al estimular la expresin de los insertos en las bacterias)

Bibliografa
Griffiths, A.J.; Miller, J.H.; Suzuki, D.T.; Lewontin, R.C.; Gelbart, W.M. Introduccin al anlisis Gentico (7 edicin en espaol)
Captulo 10: Repaso de transcripcin y traduccin en procariotas. Flujo de informacin gentica Captulo 11: Regulacin de la expresin gnica en eucariotas Captulo 12: Tecnologa del ADN recombinante. Bibliotecas Captulo 13: Aplicaciones de la tecnologa del ADN recombinante. Ingeniera gentica Captulo 14: Genmica