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El ARN mensajero presenta diferencias importantes en procariotas y en eucariotas. ARNm eucaritico 1) Tiene zonas con slo estructura primaria (una sola hebra), y zonas con estructura secundaria de doble hlice (que dan lugar a los llamados lazos en herradura). Se encuentra asociado a protenas formando las partculas ribonucleoproteicas mensajeras. 2) El ARNm se forma a partir de un pre-ARNm, tambin llamado ARN heterogneo nuclear (ARNhn), nombre que hace referencia a la variabilidad de su tamao. ste posee una serie de segmentos con informacin, denominados EXONES, alternados con otros sin informacin denominados INTRONES, que luego son suprimidos y no aparecen en el ARNm. Este proceso de corte y empalme se denomina maduracin y se produce en el ncleo. 3) Este ARNm es monocistrnico, es decir, contiene informacin para codificar la sntesis de una sola protena. (Cistrn= Gen estructural, fragmento de ADN que codifica la sntesis de una protena).
El ARNm posee en su extremo 5' una guanosina trifosfato metilada invertida. Esta estructura, que recibe el nombre de caperuza, bloquea la accin de enzimas exonucleasas y cons ti tuy e la seal de inicio en la sntesis de protenas. (A continuacin hay un segmento sin informacin, seguido de otro segmento con informacin que suele empezar con la secuencia A-U-G). En el extremo 3', o extremo final, posee de 150 a 200 nucletidos de adenina, lo que se denomina cola de poli-A. Se considera que sirve de estabilizador frente a las enzimas exonucleasas. Entre la sntesis y la degradacin del ARNm no transcurren ms que unos cuantos minutos.
ARNr ARNn
ARNm procaritico 1) No adopta la estructura del ARN eucaritico. 2) Es policistrnico, es decir, contiene informaciones separadas para varias protenas distintas (el ARNm eucaritico, en cambio, es monocistrnico). 3) No sufre el proceso de maduracin.