TM Rosa Gantes

MASTERFSICABIOMDICA TCNICASDE RECONSTRUCCINDE IMAGENENRESONANCIA MAGNTICA
(FEDEERRATAS)

ROSAGANTESCABRERA DIRECTORES: CRISTINASANTAMARTAPASTRANA(UNED) J.MANUELUDASMOINELO(UCM)
ndice
I.Introduccinterica.............................................................................. 1
1.Introduccin...............................................................................................................1 2.ResonanciaMagnticaNuclear(NMR) ................................................................1 3.ImagenporResonanciaMagntica(MRI) ...........................................................5
3.1TiemposderelajacinalequilibrioT1yT2 .......................................................5 3.2Sealesemitidasporlamuestra.........................................................................9 3.3Tiposdeexcitacin.Introduccinalassecuenciasdepulsos......................10 3.4Sistemadegradientes ........................................................................................11 3.4.1Seleccinderodaja..................................................................................12 3.4.2Codificacinespacial ..............................................................................13 3.4.2.1Codificacinenfase ....................................................................13 3.4.2.2Codificacinenfrecuencia.........................................................15 3.5Elespaciok..........................................................................................................16 3.5.1Introduccinalespaciok .......................................................................16 3.5.2Conceptosimportantesenelespaciok ................................................17 3.5.3Trayectoriasenelespaciok ...................................................................20 3.6Adquisicindedatoseinstrumentacin ........................................................22 3.6.1Adquisicindedatos..............................................................................22 3.6.2Instrumentacin ......................................................................................23 3.7Reconstruccindelaimagen............................................................................25 3.8Secuenciasespnecoyecodegradiente.........................................................26
4.Tcnicasrpidasdeadquisicindeimgenes ................................................28
4.1Secuenciasrpidas .............................................................................................28 4.2Adquisicinparcial............................................................................................30 4.2.1Tcnicas ....................................................................................................30 4.2.2Postproceso ..............................................................................................32
II.Materialesymtodos........................................................................ 32
5.Objetivos ..................................................................................................................32 6.Fourierparcial .........................................................................................................33
6.1Motivaciones.......................................................................................................33 6.2Efectosdelaadquisicinparcialsobrelasimgenes....................................33 6.3Algoritmosdereconstruccin ..........................................................................36 6.3.1Sincorreccindefase .............................................................................38 6.3.1.1Rellenoconceros.......................................................................38 6.3.1.2Rellenoconcerosconpreprocesado.......................................39
6.3.1.3Simetrahermtica .....................................................................39 6.3.2Concorreccindefase............................................................................39 6.3.2.1Simetrahermtica .....................................................................39 6.3.2.2MtododeMargosian ..............................................................41 6.3.2.3Algoritmohomodino................................................................42 6.3.2.4MtodoPOCS ............................................................................44
7.Caractersticasdelasimgenesycriteriosdeevaluacin...............................46
7.1Simulacindeadquisicinparcial.Estudiocuantitativo .............................46 7.1.1Medidasrealizadas .................................................................................47 7.2Adquisicinparcial.Estudiocualitativo.........................................................48
III.Resultados ......................................................................................... 50
8.Simulacindeadquisicinparcial......................................................................50
8.1Medidassobrelasimgenes .............................................................................50 8.2Resultadossincorreccindefase ....................................................................51 8.3Resultadosconcorreccindefase ...................................................................57
9.Adquisicinparcial ................................................................................................61
9.1Estudiocualitativo.71,5%deespaciokadquirido........................................62 9.2Estudiocualitativo.55,5%deespaciokadquirido........................................64 9.3Comentariosalestudiocualitativo. .................................................................66
IV.Conclusiones..................................................................................... 67 V.Bibliografa......................................................................................... 68
TcnicasdereconstruccindeimagenenResonanciaMagntica
I.Introduccinterica
1.Introduccin
La Imagen por Resonancia Magntica (MRI) es una disciplina relativamente nuevaenla cienciaaplicada.Permiteobtenerimgenesdetejidosblandosenelcuerpo humano, as como de procesos metablicos de forma no invasiva debido a la naturaleza de los campos magnticos que utiliza [1]. Presenta gran flexibilidad y sensibilidadanteunampliorangodepropiedadesdelostejidos.Sebasaenelhechode que los ncleos atmicos del cuerpo humano responden a la aplicacin de campos magnticos externos, es la aplicacin del principio de Resonancia Magntica Nuclear (NMR) a la imagen radiolgica. El adjetivo magntico se refiere a la utilizacin de campos magnticos y resonancia se refiere a la necesidad de hacer coincidir la frecuencia de campos magnticos oscilantes con la frecuencia de precesin del espn nuclear. El descubrimiento del fenmeno de NMR por Purcell y Bloch revolucion en primer lugar la qumica analtica y despus la imagen mdica, abriendo una nueva dimensin en el diagnstico por imagen. Este permite obtener imgenes de alta resolucin y contraste, as como de procesos fisiolgicos como el flujo sanguneo, la difusindemolculasdeaguaolaactividadcortical. La Resonancia Magntica Nuclear (NMR) presenta tambin aplicaciones en bioqumica y qumica orgnica, permitiendo as el estudio de molculas (espectroscopiaNMR)ymacromolculas(NMRbiomolecular). En un principio, la Imagen por Resonancia Magntica (MRI) se llam imagen por Resonancia Magntica Nuclear (NMR imaging), pero pronto cambi de nombre debido a la presencia de la palabra nuclear en su primera acepcin. El pblico perciba los dispositivos y la tcnica en si relacionada con la energa nuclear, cuando en ningn casoloest,puesnoutilizaradiacionesionizantes.Lapalabranucleartansloserefera alespndelosncleosgraciasalcualpodemosobtenerlasimgenes. 2.ResonanciaMagnticaNuclear(NMR) El fenmeno de la Resonancia Magntica Nuclear se basa en la propiedad que presentan la mayor parte de los ncleos de poseer un momento angular intrnseco, el momento de espn nuclear [1]. Podemos considerar el espn nuclear como una corrienteelctricayasasociarleunmomentomagntico,dadoexperimentalmentepor: = I (2.1) donde I es el momento de espn nuclear y la razn giromagntica, que para una q partculapuntualenmovimientocircularasumelaforma = . 2m Paraelncleodehidrgenolarazngiromagnticaasumeelvalor: rad / s = 2.675 10 8 T (2.2) barra = = 42.58MHz / T 2
MasterenFsicaBiomdicaUCM.Curso2008/2009
dondeT(Tesla)eslaunidaddecampomagntico,1T=104G(Gauss). Los valores del momento de espn nuclear I pueden variar entre las distintas partculas, debido a su diferente masa. En el caso de los protones y los electrones la relacin entre sus masas es de mp/me = 1836. La relacin entre las razones giromagnticasesportanto:
e = 658 p
(2.3)
Esto es debido a la diferencia de masa de las dos partculas y es por ello que no se utiliza la imagen electrnica en vez de la imagen protnica para obtener imgenes delcuerpohumano.Lafrecuenciadeprecesindeloscamposmagnticosutilizadosen NMR es proporcional a . Si se utilizaran los electrones, la frecuencia de los campos serademasiadoelevadaylaliberacindeenergaenelcuerpodemasiadoalta. Elmomentodeespnnuclearpuedetomarvaloresenterososemienterosyesel resultado del acoplamiento internuclear entre los protones y los neutrones. Utilizamos 1H y no otros elementos porque la concentracin de estos ltimos es baja en el cuerpo humanoyporquela delhidrgenoesmuyalta. Desde un punto de vista clsico, el efecto de un campo magntico sobre un momento magntico (en su seno) es una rotacin instantnea del momento. En el caso de un campo magntico esttico el efecto es una precesin del momento magntico en tornoaladireccindelcampomagnticoesttico.Estoseexplicagraciasalaexpresin de la energa de un momento magntico inmerso en un campo E = B = B cos ,
de forma que la energaes mnima para = 0 y privilegia por tantoesta direccin para los momentos magnticos en presencia de campo. La frecuencia de precesin de los momentosvienedadaporlarelacindeLarmor: 0 = B0 (2.4) donde 0 recibeelnombredefrecuenciadeLarmor. En el fenmeno NMR estamos interesados en los efectos que la combinacin de un campo magntico esttico y un campo a radiofrecuencia perpendicular al campo esttico poseen sobre un momento magntico. Colocamos un conjunto de momentos magnticos bajo el efecto de un campo magntico esttico y despus aplicamos pulsos aradiofrecuenciaparaguiarestosmomentos. Un campo a radiofrecuencia (rf) es un campo electromagntico rotatorio de velocidad angular en la zona del espectro de la radiofrecuencia. Un pulso a rf es un campo a rf aplicado en resonancia con los momentos magnticos durante un tiempo finito.Laexplicacindeporqulafrecuenciadelospulsosseencuentraenelrangode laradiofrecuenciasevermsadelante. Escribimos a continuacin las expresiones que describen el movimiento de un momento magntico en el interior de un campo magntico esttico. La expresin del torque T que experimenta cualquier distribucin de corriente en presencia de campo estticoes: T = B (2.5)
Una torsin distinta de cero sobre el sistema hace que su momento de espn nuclear I (total)varecomo: dI = T (2.6) dt Tomando ahora la relacin experimental introducida antes entre el momento magntico nuclear y el momento magntico asociado, obtenemos que la ecuacin de movimientodeunmomentomagnticoenelsenodeuncampomagnticoestticoes: d = B (2.7) dt Hasta ahora hemos visto el tratamiento para un solo momento magntico aislado, pero las interacciones de un espn con su entorno aaden modificaciones importantesasucomportamiento. Definimos el vector magnetizacin nuclear como la suma de todos los vectores momento magntico de la muestra por unidad de volumen, de modo que 1 M= i . En el caso de un campo magntico esttico B0 (en direccin z), M es el V i
momento magntico macroscpico por unidad de volumen en la direccin de B0. Su N 2 B0 intensidad resulta M 0 = , donde N es el nmero de momentos magnticos, k la 3kT constantedeBoltzmannyTlatemperaturadelamuestra. Si aplicamos un pulso de radiofrecuencia de duracin finita que aleje a la magnetizacin de su posicin de equilibrio, despus del pulso, la ecuacin que describeelmovimientodelamagnetizacines: dM = M Bext (2.8) dt Analizamos ms en profundidad la magnetizacin en trminos de sus componentes paralela y perpendicular al campo magntico esttico, que se supone en .Lacomponenteparalelaes: direccinz, B ext = B0 z M // = M z (2.9) LacomponentetransversalvieneescritacomoMxyo M delaforma: + My y M = Mxx
(2.10)
Haciendo los clculos obtenemos las ecuaciones para la evolucin de la magnetizacin paraprotonesnointeractuantes: dM z =0 dt (2.11) dM = M B ext dt Estas ecuaciones no son correctas para protones en interaccin, por lo que introducimosnuevostrminos: dM z 1 = (M 0 M z ) dt T1 (2.12) dM 1 = M B ext M dt T2
T1eseltiempoderelajacinespnred,quemidelarapidezconlaquelaenerga magntica ligada a la orientacin de los momentos magnticos en el campo puede
intercambiarse con la red y T2 el tiempo de relajacin espnespn, que mide la rapidez conlaquetiendeacerolacomponentetransversaldelamagnetizacin. Podemos combinar ambas ecuaciones en la ecuacin de Bloch, que describe la evolucindelamagnetizacinenunexperimentodeNMR: dM 1 1 = M B ext + (M 0 M z ) M (2.13) dt T1 T2 Segn esta expresin la evolucin temporal de las componentes longitudinal y transversaldelamagnetizacinnucleares: t M z (t ) = M 0 1 exp T 1 (2.14) t M (t ) = M (0 ) exp T 2
Las figuras 1 y 2 muestran la representacin grfica de las expresiones anteriores, es decir, la relajacin al equilibrio de la magnetizacin longitudinal y transversaldeunsistemadeespines. Desde un punto de vista clsico, el campo de radiofrecuencia (rf) genera un alejamiento entre la componente Mz y el eje z dado por un ngulo = B1t (flip angle) donde t es el tiempo de aplicacin del campo a rf y B1 el campo creado por el pulso. Losngulosmsutilizadosson90y180.
Figura1.EvolucindelamagnetizacinlongitudinalFigura2.Evolucindelamagnetizacintransversal
Existen diferentes secuencias de pulsos a rf caracterizadas en funcin de parmetros como TR (tiempo de repeticin entre pulsos de excitacin), TE (tiempo de eco)o (flipangle),nguloderotacindelamagnetizacinlongitudinal.Elsignificado deestosparmetrosseexplicarmsadelante. Desde un punto de vista cuntico, la aplicacin de un campo magntico sobre un conjunto de momentos magnticos genera la aparicin de distintos niveles energticos Zeeman con distinto nmero cuntico m, que en el caso del tomo de 1 1 1 hidrgeno ( I = ) generan estados con m = + y m = , de forma que la diferencia 2 2 2 energtica entre los dos niveles es 0 , donde 0 es la frecuencia del campo magntico. El valor de la magnetizacin M0 representa la diferencia de poblacin entre losdosniveles. ElefectodeuncampomagnticoaradiofrecuenciaB1sobrenuestroconjuntode ncleos es la generacin de transiciones entre los niveles Zeeman consecuencia de la aplicacin del campo esttico. La diferencia entre los dos niveles energticos
producidos en el tomo de hidrgeno es pequea comparada con otras transiciones energticas,seencuentraenelrangodelaradiofrecuencia. A pesar de que la mayor parte de los espines se encuentran en el estado de menor 1 energa ( m = + ) no existe mucha diferencia entre las poblaciones de los dos niveles 2 energticos (pues es un estado dinmico) [2]. Slo consideraremos la fraccin de ncleos diferencia de poblacin entre los dos estados dada por la ecuacin de Boltzmannatemperaturaambiente:
N+ = e kT N E
(2.15)
quemedianteundesarrolloenseriedeTaylorqueda:
N+ E hB =1+ =1+ N 2kT kT
(2.16)
donde N+ es el nmero de espines en el estado superior de energa; N el nmero de espines en el estado inferior de energa; E la diferencia energtica entre los dos estados;keslaconstantedeBoltzmann(1.380661023JK1);Teslatemperaturaabsoluta; B la intensidad de campo magntico en Tesla; h la constante de Planck (6.0626081034 Js)y larazngiromagntica(2.6751978108s1T1paraelhidrgeno). A partir de diferentes secuencias de pulsos a rf podemos obtener informacin acercadelaestructurademolculas,biomolculasodelacomposicindetejidos. En el siguiente apartado explicaremos aquellos conceptos importantes en MRI, ascomolasdiferentessecuenciasdepulsosutilizadasparalaobtencindeimgenes. 3.ImagenporResonanciaMagntica(MRI)
La aplicacin de la resonancia magntica nuclear a la imagen radiolgica se encuentra en la base de la tcnica de imagen llamada MRI (Magnetic Resonance Imaging),potentemodalidaddeimagengraciasasucapacidaddeobtenerimgenesde tejidos blandos del cuerpo humano, al igual que de sus procesos metablicos [1]. Es flexible y sensible a una gran cantidad de propiedades de los tejidos y no invasiva. Se basa en la interaccin de los ncleos de hidrgeno del cuerpo humano con campos magnticosexternos. Como hemos ya visto, el espn nuclear de un tomo de hidrgeno, precesa en presencia de un campo magntico externo a la frecuencia de Larmor en torno a la direccindelcampo.SiintroducimosungradientedecampolasfrecuenciasdeLarmor serndiferentesencadapuntodelespacio,deacuerdoconelvalordelcampoendicho punto. 3.1TiemposderelajacinalequilibrioT1yT2 Como explicamos antes el tiempo de relajacin T1 es el tiempo de relajacin espnred, que mide la rapidez con la que los momentos magnticos asociados a los espines vuelven a su situacin de equilibrio [2]. Gobierna la evolucin de la magnetizacin longitudinal y es constante para una sustancia y un campo magntico dados. Como podemos observar en la grfica, para un tiempo t = T1, se ha recuperado
el 64% (1
1 ) de la magnetizacin longitudinal inicial y para t = 4T1 se ha recuperado e
yael98%.
Figura3.Evolucindelamagnetizacinlongitudinalconeltiempo
Larelajacindelamagnetizacinlongitudinalsedebealintercambiodeenerga de los espines con el medio a travs de movimientos moleculares y vibracionales en la red. Este intercambio slo puede realizarse para valores discretos de energa, por lo que algunos tipos de estructuras son ms eficientes a la hora de permitir el intercambio, ya que sus energas vibracionales y rotacionales se encuentran ms cercanasalafrecuenciadeLarmor.Esdecir,eltiempoderelajacinespnredtieneque ver con la capacidad de los ncleos de hidrgeno para ceder energa al medio y absorberla del mismo. La transferencia de energa es ms eficiente cuando las frecuencias naturales del medio (traslacin, rotacin y vibracin) se acercan a la frecuenciadeLarmordelosprotones. La molcula de agua, por ejemplo, es de pequeo tamao. Rota y vibra rpidamente, sus frecuencias son demasiado rpidas respecto a la frecuencia de Larmor para permitir un intercambio eficaz de energa entre los espines y el medio. Contrariamente, las molculas de grasa se mueven ms lentamente y con una frecuencia cercana a la frecuencia de Larmor, debido a la frecuencia de rotacin de los carbonosentornoalenlaceCC.Lagrasapresentaunarelajacineficazalequilibrio. Las estructuras slidas, como los huesos o las protenas, presentan protones relativamente inmviles con frecuencias menores que la frecuencia de Larmor, de formaquenofacilitanlarelajacindelosespinesalequilibrio. De la misma forma, la relajacin de tejidos biolgicos es ms o menos eficiente en funcin de la intensidad del campo magntico. En general, la relajacin T1 es ms eficiente para bajas frecuencias dentro del rango de campos magnticos utilizados clnicamente.
Tejido T1(ms)[1.5T] T1(ms)[4.0T]
Sustanciagris Sustanciablanca Lquido cefalorraqudeo Grasa Msculo
8501023 550710 3200 200 800
1724 1043 4550
Tabla1.ValoresdeT1paradiferentestejidos
ElotroprocesoderelajacinqueocurresimultneamentealarelajacinT1esla prdida de coherencia de fase de los espines o relajacin T2. La fase es la medida de la posicinrelativadeunobjetoovectorysuelemedirseconunnguloalolargodeun tiempo dado. El tiempo de relajacin espnespn T2 se encarga de medir dicho procesoderelajacin. La prdida de coherencia de fase no requiere ningn intercambio de energa sinoqueesunprocesoqueinvolucraentropaodesordendeunestadoordenado.Para un tiempo t = T2 se ha perdido el 64% de la coherencia de fase. Esta prdida se debe a pequeas inhomogeneidades en el campo magntico, debidas a inhomogeneidades en el imn que crea el campo o a las interacciones espnespn propiamente dichas. Los espines experimentan campos locales combinacin del campo magntico aplicado y de los campos de los espines vecinos. Esto provoca la aparicin de distribuciones de frecuenciasdeLarmoryportantoeldesfasedelosespines. Aunque los protones se encuentren dentro de un campo magntico altamente homogneo, el campo magntico local que experimenta cada uno de ellos puede ser algo distinto del que experimentan sus vecinos ms prximos. Esto es resultado de variosfactores: 1. Aunque el campo magntico sea homogneo, puede presentar pequeas inhomogeneidadesdelordendeunapartepormilln(1ppm).Estoentrminos defrecuenciaequivaleaunadiferenciade63Hzparaprotonesenelinteriorde uncampomagnticode1.5T,esdecir,unprotnenelsenodeuncampode1.5 T experimenta un campo ligeramente diferente al de su vecino, que experimenta un campo de 1.500001 T. En 8 ms protones en el interior de un mismo vxel (elemento de volumen) que experimentan variaciones de 1 ppm en su campo magntico se encuentran desfasados 180, de forma que su seal secancelaperdiendointensidadenlaimagenfinal. 2. Existen tambin alteraciones del campo magntico a nivel molecular. Los tomos de oxgeno, por ejemplo, son altamente electronegativos y tienden a atraer a su alrededor la mayor parte de la nube electrnica que comparten con el tomo de hidrgeno en una molcula de agua. As, los tomos de hidrgeno experimentan un menor apantallamiento y un mayor campo magntico, de formaqueaumentasufrecuenciadeprecesin. 3. Diferentes sustancias tienen distintas permeabilidades magnticas y por tanto su respuesta ante un campo magntico es diferente. Las sustancias diamagnticas tienden a repeler las lneas de campo, mientras que las ferromagnticas tienden a concentrarlas. Estas variaciones locales en el campo magnticoprovocanvariacionesenlafrecuenciadeprecesindelosncleos. Podemosexpresareltiempoderelajacinespnespncomo: 1 1 1 = + * T2 T2 T2
(3.1)
dondeT2eseltiempoderelajacinintrnsecodebidoalageometradelamolculayT2 el tiempo de relajacin debido a la inhomogeneidad de la muestra, del imn y de los gradientes.
La prdida de magnetizacin transversal debida a T2 es recuperable, pues es debida al desfase de los espines debido a las inhomogeneidades ajenas a los espines. Si enviamos al sistema un pulso que vuelva a situar los espines en fase podemos recuperar la seal perdida. En cambio las prdidas debidas a T2 no son recuperables, puesestnligadasavariacioneslocales,aleatoriasytemporalesdeloscampos. La prdida de coherencia de fase no tiene por qu ocurrir slo entre vxeles adyacentes, sino que puede darse en el interior de un mismo vxel. Por ejemplo, las molculas de grasa y agua precesan a frecuencias ligeramente diferentes, el tomo de hidrgeno en la molcula de agua se encuentra menos apantallado por la nube electrnica de su oxgeno acompaante, mucho ms electronegativo. As, experimenta un mayor campo magntico y precesa a mayor velocidad que un tomo de hidrgeno de la molcula de grasa. Si un vxel contiene la misma cantidad de agua que de grasa en un cierto instante, los espines se encontrarn desfasados y la seal se cancelar. Aunque en otro instante pueden encontrarse en fase y sus seales se sumarn, puesto queeldesfasenoesconstante. Eltiempoderelajacinespnespnvienedeterminadoporlarapidezconlaque se produce el desfase en los espines, y depender tambin del tipo de sustancia con la quetrabajemos. Las molculas de agua presentan un movimiento rpido, por lo que las inhomogeneidades en el campo magntico vienen promediadas rpidamente. Se produce un desfase lento (T2 >>). Adems debido a su estructura molecular, la interaccinentrelosespinesdehidrgenoespequea. Los slidos, en cambio, son un tejido muy compacto con grandes interacciones espnespn(T2<<),esdecir,grandesalteracionesdecampomagnticolocal.Porltimo lagrasapresentauncomportamientointermedioentrelosslidosyelagua. Para la mayora de las sustancias el decaimiento de la magnetizacin transversalesmuchomsrpidoquelarecuperacindelamagnetizacinlongitudinal, esto es T2 << T1. Los valores para estos dos tiempos en el caso de tejidos biolgicos son aproximadamente: 50s<T1<1s 10s<T2<100ms El tiempo de relajacin espnretculo depende de la intensidad del campo aplicado, del tipo de equipo, de la temperatura, del espesor de tejido que se tome... Presenta mucha variabilidad y por ello su estudio no es muy til. En cambio el tiempo derelajacinespnespnesindependientedelcampoaplicado. En un principio, se esperaba que diferentes procesos patolgicos pudiesen diferenciarse en funcin de sus tiempos de relajacin T1 y T2, pero existe un gran solapamiento entre procesos benignos y malignos. Adems la caracterizacin de procesos patolgicos a partir de su relajacin es compleja y cambia a medida que el procesopatolgicosedesarrolla.
3.2Sealesemitidastraslaexcitacindelamuestra
SealdeFID(FreeInductionDecay)
Una vez que hemos apagado el impulso a radiofrecuencia, el sistema relaja al equilibrio segn las ecuaciones de Bloch introducidas en el apartado 2. Las bobinas de recepcin de seales suelen encontrarse siempre en el plano xy. Al encontrarse estas bobinas en un plano perpendicular al eje z, slo las componentes transversales son capaces de generar variaciones de flujo en las bobinas de recepcin, es decir, slo estas permiten observar la relajacin de la magnetizacin al equilibrio. Obtenemos por esto la induccin de una corriente elctrica en la antena segn la Ley de Faraday. La seal detectadaenlaantenasedenominaFID(FreeInductionDecay)comoconsecuenciadela variacindeflujodelamagnetizacintransversal.
Figura4.SealdeFID
Sealdeeco
Despus del pulso a rf, generalmente 90, es decir, Mz se abate 90 (pasa a encontrarse sobre el plano xy) la magnetizacin transversal debera decaer con una constante de tiempo T2. A causa de la inhomogeneidad del campo magntico se observaundecaimientomsrpido,conconstantedetiempoT2*. Como introdujimos anteriormente la prdida de magnetizacin transversal debida a T2 es recuperable. Si aplicamos sobre el sistema un pulso de reenfoque que obligue a refasarse a los espines, un pulso de 180 sobre el plano xy, podemos recuperarlasealperdidayobtenerunasealdeeco. Lasprdidasdebidasa T2 nosonrecuperables,puesestnligadasavariaciones locales,aleatoriasytemporalesdeloscampos. Lafigura5muestralarelajacin T2 frentealarelajacin T2* ,combinacindelas prdidas de fase recuperables y no recuperables debidas a las inhomogeneidades del campo. Esta figura ilustra grficamente la prdida de la intensidad de la seal debido aldesfasedelosespines.
Figura 5. Relajacin T2 frente a relajacin T2*donde se muestran la seal de FID yvariassealesdeeco.
3.3Tiposdeexcitacin.Introduccinalassecuenciasdepulsos
Elecodeespnpuedesergeneradoatravsdedostcnicasdeexcitacindelos espines. La primera utiliza una pareja de impulsos a radiofrecuencia y produce el llamado eco de Hahn, mientras que la segunda recurre a una inversin de los gradientesdecampomagnticoyproduceelecodegradiente. La secuencia de Hahn o secuencia espneco propone la aplicacin de dos pulsos de radiofrecuencia. El primero es un pulso de 90, seguido tras un tiempo por un pulso de 180 (refocusing pulse). Este permite la focalizacin de los espines y por tanto la medida del tiempo de relajacin T2 , evitando as los efectos de las inhomogeneidadesquehacendecaermsrpidamentelamagnetizacintransversal.
Figura6.Diagramaquemuestralaevolucindel vectormagnetizacinenunasecuenciaespneco y las seales correspondientes. La coherencia de fase se consigue gracias al pulso de 90, despus del cual comienza el desfase. Se aplica entonces un pulso de 180 que invierte la direccin de los espines permitiendo que en el mximo del eco todoslosespinesseencuentrenenfase.
La secuencia eco de gradiente genera la seal de eco a travs de una secuencia de gradientes de campo magntico. A diferencia de la anterior esta no produce la compensacin de las inhomogeneidades del campo magntico ya que no tiene un pulso de reenfoque de 180, por lo que el decaimiento de la magnetizacin trasversal permitedeterminareltiempoderelajacin T2* . Lasealdeecocontieneinformacindetodalamuestra. Ilustramosacontinuacinlosconceptosdetiempoderepeticin(TR)ytiempo de eco (TE), fundamentales en MRI. Utilizamos para ello la secuencia de pulsos espn eco. EltiempoderepeticinTReseltiempoentredospulsosdeexcitacin,mientras que el tiempo de eco TE es el tiempo entre la aplicacin del pulso de 90 y el mximo deleco.
Figura7.Secuenciaespneco.Lafiguramuestralospulsosarfjuntoconlassealescorrespondientes.
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Mediante esta y otras secuencias podemos tambin generar distintos contrastes en la imagen modificando los tiempos caractersticos de la secuencia TE y TR. As, podemosobtenerimgenesponderadasen T1 ,en T2 oendensidadprotnica(DP). En este caso concreto, cuanto menor sea el tiempo de eco TE, menor desfase de los espines se producir y menor efecto tendr en la imagen el tiempo de relajacin T2 asociado a dicho desfase. Cuanto mayor sea el tiempo de repeticin TR, mayor ser la magnetizacin recuperada al inicio de la nueva secuencia de pulsos y menor efecto tendrenlaimageneltiempoderelajacin T1 .Siconseguimoseliminarelefectodelos tiempos T1 y T2 de la imagen esta mostrar diferencias en funcin de la densidad de protones del tejido, es decir, la imagen estar ponderada en densidad protnica. De otraforma,laimagenestarponderadaen T1 oen T2 . Una vez definidos los parmetros que determinan la secuencia de pulsos, podemosexpresarlaintensidaddelasealobtenidaIapartirdelaexpresin: TR TE T1 I = S 1 e (3.2) 1 e T2 donde S es la densidad de espines de la muestra, TR el tiempo de repeticin y TE el tiempodeeco. La densidad de espines de la muestra (proton spin density) es un parmetro importante en la intensidad de la seal que recibimos del tejido. Las sustancias que contienen un mayor nmero de tomos de hidrgeno presentan mayor intensidad de sealqueaquellasquecontienenunmenornmero. 3.4Sistemadegradientes
Recapitulando,debidoauncampomagnticoestticolosespinesseencuentran en precesin en torno a la direccin de dicho campo, que consideramos direccin z. En general, un pulso a rf de 90 abate la magnetizacin sobre el plano xy donde comienza el desfase de los espines. En el caso de la secuencia espneco, un tiempo ( = TE/2) ms tarde se aplica un pulso a 180 que permite recuperar de nuevo la coherencia de faseylageneracindeunecoenuntiempoTEdesdelaaplicacindelpulsoa90. UnavezcomprendidalaformacindelasealdeecoenMRInuestropropsito es averiguar cmo podemos separar las seales que nos llegan de cada punto del tejido,esdecir,cmoobtenerinformacinconcretasobrecadapuntodelaimagenyno sobre la imagen al completo. Nos encontramos ante uno de los conceptos ms complicadosdelaMRI. En este momento es necesaria la introduccin de los gradientes de campo magntico, generados mediante el paso de corriente elctrica alterna a travs de bobinas. Su presencia provoca que las seales de los tejidos presenten frecuencias dependientesdesuposicinp(x,y,z),delaforma: (p ) = B(p ) = (B0 + G p ) (3.3) donde es el factor giromagntico, constante para un ncleo dado, B es el campo magntico en funcin de la posicin p, B0 es el campo magntico esttico y G es el gradientedecampomagnticoaplicadoalolargodeunadireccincualquiera.
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Figura8.Gradientedecampomagntico.Lasfrecuenciasdeprecesindelosprotonesseindicanmediantecrculosde tamaocreciente.
En un campo magntico homogneo (G = 0) las seales de todos los puntos del objetopresentanunamismafrecuenciayfase,esdecir,todoslosmomentosmagnticos se encuentran precesando a la misma frecuencia y con una misma fase, por lo que sus seales se suman constructivamente. Necesitamos separar la contribucin de cada uno deestospuntos.
3.4.1Seleccinderodaja
Cuando una sustancia se encuentra en el seno de un campo magntico los protonesquelacomponensealineanconelmismoenunmovimientodeprecesin.La frecuencia de precesin de los protones depende exclusivamente de la intensidad del campomagnticosegnlarelacindeLarmor,porloquesiaplicamosungradientede campo a lo largo de la direccin z, los ncleos precesarn a distintas frecuencias en funcindesuposicin.
Figura 9. Secuencia eco de gradiente. Cuando se aplica el gradiente Gz los espines comienzan a desfasar muy rpidamente, con mayor velocidad de desfase cuanto ms intenso sea el gradiente al que se ven sometidos. El gradiente negativo que ilustralafigurapretenderecuperarlacoherencia de fase perdida con la introduccin del primer gradienteGz.
Para conseguir la excitacin de los ncleos (la rotacin de la magnetizacin desde un punto de vista clsico) debemos irradiar el sistema con una energa de frecuenciaigualalafrecuenciadeLarmordelosncleosquedeseamosexcitar. Porejemplo,supongamosquenuestrosistemaestcompuestoporespinesenel interior de un campo magntico esttico de 1.4565 T, lo que hace que estos presenten frecuencias de precesin de 62 MHz. Si aplicamos un pequeo gradiente de campo en direccin z de 0.0235 mT/m, aquellos espines que se encuentren a menor z precesarn conunafrecuenciade62MHz,mientrasquelos queseencuentrenamayorzloharn conunafrecuenciade62.001MHz. Si irradiamos ahora la muestra con un pulso a rf de 90 de anchura de banda (bandwidth) 62 MHz 1000 Hz todos los protones sern excitados. En cambio si la anchura de banda es ms estrecha, como por ejemplo 62.0050 MHz 10 Hz, slo excitaremosunabandaestrechadencleosysloelloscontribuirnalaseal.
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Figura 10. Gradiente en direccin z a travs de un volumen de tejido. Con un pulso de excitacin estrecho slo la franjacentraldelosncleosdehidrgenointeractuarconlaradiofrecuenciaincidenteyserexcitada.
As hemos conseguido reducir el problema de 3D a 2D en trminos de localizacin espacial. El gradiente de campo en direccin z (Gz) es un gradiente de seleccin de rodaja (slice selection) por convencionalismo, en realidad se puede aplicar encualquierdireccin.
3.4.2Codificacinespacial
Un conjunto de pxeles con una misma frecuencia se asemeja a un coro cantando al unsono. En estas circunstancias, un oyente situado a una cierta distancia del coro no podra diferenciar cul de las personas canta con el tono ms bajo, de la misma forma que no podramos diferenciar qu zona del tejido presenta la seal MR msfuerteenausenciadegradientes. LaestrategiaenMRIesaplicaruncampomagnticodiferenteencadapunto,de forma que cada posicin del objeto experimente un campo distinto y pueda diferenciarsedemaneraunvoca.Retomandolaanalogadelcoro,unacodificacinque nos permitira diferenciar a cada uno de los cantantes del coro sera por ejemplo, conseguir que los cantantes de la primera fila comenzaran a cantar primero, los de la segunda fila un poco ms tarde, luego los de la tercera y as sucesivamente. Ya seramos capaces de diferenciar las voces de cada una de las filas, pero cmo diferenciaracadaunodeloscantantesencadafila?Podramosdeciraloscantantesde la primera columna que comenzasen a cantar en un tono, a los de la segunda que cantasen en un tono una nota mayor, a los de la tercera que cantasen en un tono una nota mayor que los de la segunda, y as sucesivamente. De esta manera conseguiramosidentificaracadaunodeellos ycomoconsecuenciasaberculdeellos eselquecantaconeltonomsbajo.Demaneraanloga,enMRIlostejidossecodifican mediantelosgradientesparacantarconfasesyfrecuenciasnicasparacadapunto. Estos gradientes se aplican en las direcciones x e y y reciben el nombre de Gx, gradiente de lectura o gradiente de codificacin en frecuencia y Gy o gradiente de codificacinenfaserespectivamente. 3.4.2.1Codificacinenfase(Gy) Unavezquehemosreducidoelobjetode3Da2Dmediantelaaplicacindeun gradiente en direccin z, la codificacin en fase es el siguiente paso para la obtencin deimgenesenMRI. Una vez aplicado el pulso de 90 con el gradiente Gz apagado, los espines se encuentran precesando en el plano xy con una misma frecuencia y una misma fase.
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Asumamos por simplicidad que no existe prdida de la coherencia de fase. Si en este momento aplicamos un gradiente en direccin y, aquellos espines que experimenten mayor intensidad de campo comenzarn a precesar ms rpido, de forma que los espines adquieren diferente fase en funcin de su posicin pues el cambio en la fase es uniforme a lo largo del gradiente aplicado. Todos los espines de una misma fila en direccin x presentarn una misma fase, no as los espines de una misma columna. (Hemostomadocomodireccindecodificacindefaseladirecciny,perodelamisma formapodramoshaberescogidoladireccinx). Si ahora apagamos el gradiente Gy los espines vuelven a precesar con una misma frecuencia, pero conservan memoria acerca de su fase relativa, se ha producido un cambio permanente en la fase de cada fila. Esto puede observarse en las siguientes figuras.
Figura11.UnavezaplicadoelgradienteGztendremosunarodajadeespinesexcitadosprecesandoenelplanoxy.
Figura 12. El gradiente de codificacin de fase Gy provoca que aquellos espines que experimenten un mayor campo precesen ms rpido. As, los espines adquieren distintas fases en funcin de la intensidad de campo que experimenten.
Figura13.AlfinaldelgradienteGylasfasesdelosespinesseencuentrancodificadasalolargodeladirecciny
Debemos aplicar un gradiente de codificacin de fase Gy distinto cada vez que apliquemos la secuencia de pulsos, codificamos as distintas frecuencias espaciales en y.Concadaunodeellosobtendremosunasealdeecodiferente. En este punto y debido a la variacin del campo magntico esttico comienza a producirseundesfaserpidodelamuestra.Atravsdeunpulsode180conseguimos que para un tiempo t = TE todos los espines de cada columna se encuentren de nuevo enfase.
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Figura14.Los espinesdelosprotonessoninvertidosmedianteunpulsode180. Anas,recuerdansufaseanterior ycomopodemosobservarexisteunadiferenciadefaseentreespinesdediferentescolumnas.
Con la aplicacin de este gradiente, cada fila del objeto adquirir una fase diferente, de forma que al apagarlo obtendremos una codificacin espacial del objeto encolumnas.Cuantomayorsealaintensidaddelgradiente,msrpidaserlavariacin de la fase de los espines dentro de una misma columna. Cada intensidad de gradiente corresponderaunafrecuenciaespacialdevariacin. Cualquier gradiente que apliquemos antes de la lectura del eco codificar en fase, pues una vez que lo apagamos los espines vuelven a recuperar su frecuencia de precesin original (segn el campo esttico) y el nico cambio apreciable ser la diferenciadefase.Lacodificacinenfaseesporestounacodificacinesttica. 3.4.2.1Codificacinenfrecuencia El ltimo paso para conseguir una caracterizacin nica de cada pxel de la imagen es la aplicacin de un nuevo gradiente a lo largo del eje x. Este se aplica durante la lectura de la seal, por lo que recibe el nombre de gradiente de lectura y permite que los espines experimenten diferentes campos magnticos en funcin de su posicinalolargodeladireccinxcomomuestralafigura.
Figura 15. Aplicacin de un gradiente en direccin x. Aquellos espines que experimenten mayor campo precesarn a mayorvelocidad,esdecir,conunamayorfrecuencia.
Una vez aplicados estos gradientes cada pxel puede ser caracterizado unvocamenteentrminosdesufaseysufrecuencia. El gradiente de codificacin en frecuencia slo puede aplicarse durante la lecturadeleco,noexisteotraformadecodificarfrecuencias.Siloaplicsemosantesde la lectura, al apagarlo todos los espines volveran a precesar a la misma frecuencia y habramos obtenido otra nueva codificacin en fase. Es por esto que al igual que la codificacin en fase es una codificacin esttica, la codificacin en frecuencia es una codificacindinmica.
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3.5Elespaciok 3.5.1Introduccinalespaciok
El espacio k es la representacin del contenido en frecuencias espaciales del objeto, es donde se escriben las seales de voltaje recibidas de la muestra, es decir, las sealesdeeco[3]. Cuando aplicamos los gradientes de codificacin espacial pretendemos individualizarcadapxeldelaimagen,deformaquelosprotonesencadaunodeellos precesenconunafrecuenciayunafasenicas. Una vez aplicado el gradiente de seleccin de rodaja, el gradiente de codificacindefaserealizaunacodificacinencolumnasdelobjeto.Cadaintensidadde gradienteGycorrespondeportantoaunafrecuenciaespacial.TraslaaplicacindeGyy durantelalecturadeleco,codificamosdenuevolasealdelamuestraperoestavezen frecuencias, de forma que el eco obtenido corresponde a una determinada intensidad de Gy, es decir, a una determinada frecuencia espacial en y, y a todas las intensidades de Gx, esto es, a todas las frecuencias espaciales en x. Denominamos kx y ky a los ejes delespaciok. La seal de eco recogida en MRI puede escribirse como un grupo de funciones peridicas sinusoidales caracterizadas por distintas fases y frecuencias. Como hemos ya introducido cada eco corresponde a una nica ky y a todas las kx posibles. Por ello, cada punto del espacio k contiene informacin de toda la imagen y cada punto de la imagenescombinacindetodoslosdatosdelespaciok. El espacio k y el espacio de la imagen son representaciones alternativas de un mismo objeto. El primero representa seales de voltaje en funcin de coordenadas de frecuencia espacial kx y ky (dominio de frecuencias) mientras que el espacio de la imagen recoge intensidad de seal en funcin de coordenadas espaciales x e y. La herramientamatemticaquerelacionaambosespacioseslatransformadadeFourier. En la siguiente figura podemos ver la representacin de un espacio k junto con suimagenasociada.Laescalaparalarepresentacindedichoespacioeslogartmica.
Figura16.Espaciokdeunobjetoeimagencorrespondienteadichoespaciok.
Hemos dicho que el espacio k y el espacio de la imagen son representaciones alternativas de un mismo objeto. Las seales en MRI, como en el caso del sonido, pueden representarse de dos formas distintas pero equivalentes. Estos pares de variables incluyen tiempo y frecuencia para el sonido y posicin y frecuencia espacial paraMRI.
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Laposicinenelespaciok(kx,ky)vienegobernadaporelefectoacumulativode losgradientesalolargodelosejescorrespondientesdesdeelpulsodeexcitacinhasta elmomentoenelquelosdatossonrecogidos.Matemticamentelascoordenadaskxyky vienendadaspor:

k x (t) =
G (t )dt y k (t) = G (t )dt

0 x
(3.4)
donde es la razn giromagntica, G(t) es la intensidad del gradiente en funcin del tiempoyteseltiempoenelquetomamoslosdatos. Cuanto mayor sea el nmero de espines con una determinada frecuencia espacialmsintensaserlaseal.
3.5.2Conceptosimportantesenelespaciok
La intensidad y duracin de los gradientes establecen la posicin de un punto en el espacio k, es decir, cuanto mayor sea el rea del gradiente aplicado, ms lejos del centro del espacio k (correspondiente a kx = 0, ky = 0) se encontrar el puntocorrespondiente. Para el procesamiento de los datos es necesario que las seales se encuentren digitalizadas, esto es, deben ser discretizadas y en los intervalos de tiempo adecuados. La frecuencia mnima de muestreo adecuada para evitar artefactos enlaimagenrecibeelnombredefrecuenciadeNyquist. El nmero de puntos recogidos a lo largo de cada eje del espacio k es tpicamenteunapotenciade2(esdecir,128,256512). Las coordenadas del espacio k son frecuencias espaciales, con unidades de inversa de la distancia (m1). La frecuencia espacial describe la tasa de variacin de las caractersticas de la imagen en funcin de la posicin. Las imgenes RM de un objeto grande y uniforme, como por ejemplo el hgado, no varan esencialmente a travs de un amplio rango de coordenadas espaciales, por lo dicho objeto produce una gran cantidad de seales de baja frecuencia espacial. En cambio, cuando encontramos el borde del hgado, las seales cambian rpidamente en funcin de la posicin. Las interfases entre tejidos, los cambios bruscos en la intensidad de la seal, vienen codificados por altas frecuencias espaciales. Gran parte de la informacin sobre la imagen, incluyendo el contraste y la forma general, est contenida en el centro del espacio k, lo que presenta importantes aplicaciones para algunas secuencias de pulsos. Esto es, una imagen reconstruida a partir de datos de baja frecuencia situados en el centro del espacio k presenta baja resolucin espacial, mientras que una imagen reconstruida a partir de los datos de la periferia del espacio k revela informacin de los detalles de alta frecuencia, es decir, de los bordes de la imagen. En general, la intensidad de seal es mayor en el centro del espacio k, pues los objetos suelen presentar menos protones con kx elevadas, es decir, existe un menornmerodezonasdondelafrecuenciacambiedeformarpida.
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Figura17.Caractersticasgeneralesdelespaciok
La figura 18 representa varios espacios k y sus imgenes asociadas. El primer conjunto de imgenes muestra un espacio k completo y su imagen correspondiente. En el segundo caso vemos cmo al eliminar gran cantidad de informacin en el espacio k (hemos convertido en ceros las lneas correspondientes a las altas frecuencias) la imagen es aceptablemente buena, aunque podemos observar un cierto emborronamiento consecuencia de la eliminacindealtasfrecuencias.Enelterceryltimocasohemosconvertidoen ceros las lneas centrales del espacio, obteniendo una imagen en la que slo se aprecianlosbordesdelamisma.
(a)
(b)
18
(c) Figura18.Lafigura(a)muestraunespaciokcompletoysuimagenasociada.Enlafigura(b)sehanconvertido en ceroslos datos delaperiferia y en (c) los datosdelas lneascentralesdel espaciok.Podemosobservarla gran diferenciaapreciableenlasimgenesenestosdosltimoscasos.
Gradientes de rea pequea codifican eventos que presentan bajas frecuencias espaciales. Estos datos se representan en el centro del espacio k. Gradientes de rea grande codifican eventos de altas frecuencias espaciales, representados en laperiferiadelespaciok[4]. Comenzando con informacin de baja frecuencia espacial en el centro del espacio k y aadiendo progresivamente ms datos de la periferia en la reconstruccin mejoramos la resolucin de la imagen, pero no el contraste, comosepuedeapreciarenlafigura19.
Figura 19. Espacios k y figuras correspondientes. Comenzamos reconstruyendo al imagen con los datos de bajas frecuencias espaciales del centro del espacio k y aadimos progresivamente informacin de altas frecuencias espaciales,situadasenlaperiferiadelaimagen.
Algunasexpresionesquerelacionanelespaciokconelespaciodelaimagen: k y , max = [2 y ]1 k x , max = [2 x]1

k x = 1 Lx
k y =
1 Ly
(3.5)
dondekxykysonlosvaloresmximosdelasfrecuenciasespacialesenelespacio k, x y y las dimensiones del pxel en el dominio de la imagen y Lx y Ly las dimensionesdelobjeto.
19
La resolucin espacial de una imagen se define en funcin del tamao de sus pxeles, es decir, dado un FOV (Field of View) de tamao LxL y una matriz de dimensionesNxxNy,laresolucinespacialdelaimagensedefinecomo: L L x = y = (3.6) Nx Ny El espacio k presenta simetra conjugada o hermtica respecto al origen, lo que hace que los cuadrantes primero y tercero del mismo sean imgenes especulares, al igual que el segundo y cuarto. Esta caracterstica permite gran variedad de aplicaciones, entre otras la reconstruccin parcial, objetivo de nuestrotrabajo.
3.5.3Trayectoriasenelespaciok
Existen diferentes formas de adquirir los datos del espacio k. El orden de llenado del espacio k recibe el nombre de trayectoria. Hay cuatro grandes clases de trayectorias:cartesiana,ecoplanar(EP),radialyespiral[3]. En general la trayectoria cartesiana es la ms utilizada en adquisicin de datos y es en concreto la utilizada en este trabajo. Consiste en la adquisicin lnea a lnea del espaciok.Paraunvalordekyfijoadquirimostodoslosposiblesvaloresdekx.Esdecir, aplicamos una secuencia de pulsos para un determinado valor del gradiente Gy y adquirimos un eco, correspondiente a una lnea del espacio k. Una vez hecho esto, aplicamos de nuevo la misma secuencia de pulsos con un nuevo gradiente de codificacinenfase,adquiriendootralneadiferentealaanterior.Yassucesivamente. El orden de adquisicin de las lneas puede variar en funcin del objetivo que pretendamos. Podemos recoger las lneas del espacio k desde arriba hacia abajo o viceversa. Tambin podemos alternar lneas comenzando por el centro del espacio k. Todo depende del tipo de objeto que queramos estudiar o de los aspectos del mismo quequeramosdominenlaimagen. ky ky(max)
kx kx(max) kx(max)
ky(max)
Figura20.Espaciok
Dentro de este grupo de trayectorias quedan incluidas aquellas en las que se adquiere ms de una lnea del espacio k (correspondiente a varias frecuencias espaciales ky) con una sola aplicacin de la secuencia de pulsos. Las secuencias correspondientes a este modo de adquisicin son secuencias rpidas de las que hablaremosmsadelante.
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Figura21.Trayectoriacartesiana
Las trayectorias del segundo tipo, trayectorias ecoplanares, permiten la adquisicindeunagranpartedelespaciok(multishotacquisition)oinclusodelespacio k al completo (singleshot acquisition) con una sola aplicacin de la secuencia de pulsos. Permiten un tiempo de adquisicin mucho menor que en el caso anterior, puesto que es del orden del TR en el caso de singleshot, quedando multiplicado por el nmero de ejecucionesdelasecuenciadepulsosenelcasodemultishot.Lafigura22muestrauna tpica trayectoria EP, en la que todo el espacio k es adquirido mediante una nica aplicacindelasecuenciadepulsos.
Figura22.Trayectoriaecoplanar
Podemos observar cmo en las trayectorias ecoplanar y cartesiana los puntos adquiridos se encuentran equiespaciados, de forma que tanto las altas frecuencias espacialescomolasbajaspresentanunmismopesoenlaimagenfinal,facilitandoasla reconstruccindelaimagenmediantetransformadadeFourierbidimensional. Las trayectorias radiales recogen datos del espacio k correspondientes a lneas que pasan por su centro. Cada una de estas lneas se adquiere mediante una nica aplicacin de la secuencia de pulsos (singleshot) y proporciona informacin sobre altas ybajasfrecuenciasdelobjeto,puesbarretodaslasfrecuenciaskxyky. Para reconstruir la imagen se interpolan los datos adquiridos para construir un espacio k cartesiano, a partir del cual y mediante Transformada inversa de Fourier se obtienelaimagen. En el caso de trayectorias cartesianas si adquirimos, por ejemplo, un espacio k de dimensiones 256x256 debemos adquirir 256 lneas, correspondientes cada una de ellas a una nica frecuencia espacial ky. En cambio, si utilizamos trayectorias radiales podemos adquirir un nmero mucho menor de lneas y reconstruir un espacio k 256x256 mediante interpolacin. De esta forma, podemos disminuir notablemente el tiempodeadquisicin.Sontrayectoriasrpidas. Las trayectorias en espiral cubren el espacio k de forma parcial o completa con unanicasecuenciade pulsos.Sontambinmuyrpidasypresentanunagranventaja con respecto a otras trayectorias, los datos son simtricos con respecto al origen.
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Normalmente la espiral comienza en el centro del espacio k, lo que implica su adquisicin temprana. Esta caracterstica y la simetra de los datos respecto al origen permiten la disminucin de artefactos debidos al movimiento. La desventaja de este tipo de trayectorias es la presencia de emborronamiento en la imagen debido al nmeroreducidodedatosadquiridosyalainterpolacin. Cada brazo de la espiral se adquiere de un nico disparo (singleshot) y cada espaciokconstadevariasespirales.
Figura23.Trayectoriasradialyespiral.Lalneacontinuamuestraunatrayectoriaespiralmientrasquelospuntos determinanunatrayectoriaradial.
La reconstruccin de la imagen es anloga a la de las trayectorias radiales. Primero se realiza una interpolacin para obtener un espacio k cartesiano y por ltimo seobtienelaimagenmedianteTransformadadeFourierinversa. 3.6Adquisicindedatoseinstrumentacin 3.6.1Adquisicindedatos Inicialmente tanto la emisin como la recepcin de radiacin electromagntica enMRIserealizabanalolargodeunmismoeje,enunamismadireccin[5].Eldiseo de este tipo de bobinas era ms sencillo pero a su vez era ms ineficiente a la hora de transmitir pulsos a radiofrecuencia, as como no era capaz de extraer toda la informacinposibleacercadelasealemitidaporlamuestra. La solucin a estas limitaciones vino en forma de bobinas en cuadratura o circularmente polarizadas para la recepcin de seales, pues la magnetizacin de la muestra queda unvocamente determinada bajo la presencia de dos receptores, denominadosengeneralcanalrealycanalimaginario. Estadesignacinestotalmentearbitraria,pueslasealdeunodeloscanalesno es ms real que la seal medida en el otro canal. Los trminos en fase y en cuadratura (se suelen denotar I y Q) son quiz ms convenientes. Estos se definen como componentes de la seal total cuya fase est desplazada 0 y 90 con respecto al osciladoraradiofrecuenciasituadoenelinteriordelscanner. La magnetizacin puede ser interpretada por tanto como un vector en el espaciocon componentesrealeimaginaria,obtenidasatravsdeloscanalesIyQ,por lo que los datos pueden ser reconstruidos de diferentes formas: como una imagen real, comoimagenimaginaria,comoimagenenmagnitudocomoimagenenfase. La imagen ms utilizada es la imagen en magnitud, obtenida como la raz cuadradadelasumadelaspartesrealeimaginariaalcuadrado.
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Figura 24. Esquema de la deteccin en cuadratura que muestra la combinacin de datos de los canales real e imaginarioparalaconstruccindelespaciokcompleto,apartirdelcualobtendremoslaimagen.
Las bobinas de adquisicin forman parte del sistema a radiofrecuencia explicadoenelsiguienteapartadodeltrabajo.Lasbobinaspuedenserdesuperficie,en generalflexibles,odevolumen,rgidas. 3.6.2Instrumentacin Un equipo de Resonancia Magntica consta de los siguientes elementos fundamentales: Imnprincipal
El imn principal crea el campo magntico esttico que produce la magnetizacinmacroscpicadelamuestra[16].Suformatodeterminaesencialmenteel diseodelequipodeMRI(imncerrado,tipotneloimnabierto). Los imanes ms utilizados son de tipo superconductor, compuestos por una bobina superconductora (enfriada con helio) inmersa en nitrgeno lquido. Producen campos magnticos fuertes y homogneos, pero son caros y requieren un mantenimientoregular.Lafigura25muestraunimnprincipal.
Figura25.ImnprincipalenMRI
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Los imanes superconductores funcionan de forma continua. Para limitar las restricciones de la instalacin del imn, el dispositivo presenta un revestimiento tanto pasivo (metlico) como activo (una bobina superconductora externa cuyo campo se oponealdelabobinainterior)parareducirelcampomagnticoperdido. En general, todos los imanes de MRI utilizados en imagen clnica utilizan campos magnticos cuya intensidad oscila entre 0.2T y 3T. No existen definiciones estrictas para high field MRI y low field MRI, aunque en general intensidades del orden de 1 T o superiores se clasifican como alto campo e intensidades de 0.2 T o inferiores como bajo campo. En el caso de investigacin con animales, las intensidades de campo magnticoutilizadasestncomprendidasentre7Ty11T. Bobinasgeneradorasdegradiente
Los gradientes de campo magntico son necesarios para realizar la codificacin espacial del objeto. Producen una variacin lineal en la intensidad del campo en una direccin concreta del espacio y lo consiguen mediante pares de bobinas situadas en cadadireccin.Estavariacinseaadealcampomagnticoprincipal,mspotente.Los gradientesdecamposemuestranenlafigura26. Elrpidoapagadoyencendidodelosgradientesdecampoinducecorrientesen los materiales conductores cercanos a los gradientes (cables elctricos, antenas, envolturas criognicas...). Estas corrientes inducidas (Eddy currents) se oponen a los gradientesdecampoygeneranundecaimientoensuperfil.Existendiferentesmtodos paracontrarrestarlas. El apagado y encendido de los gradientes genera tambin fuerzas de Lorentz, causantes de vibraciones en las bobinas de gradiente y en sus soportes. Estas vibracionessonlaprincipalfuentedelruidocaractersticoenMRI.
Figura26.SistemadegradientesenMRI
Sistemaaradiofrecuencia
El sistema a radiofrecuencia incluye los componentes encargados de la transmisin y recepcin de seales a radiofrecuencia para la obtencin de imgenes. Estos componentes estn relacionados con la excitacin de los ncleos, la seleccin de rodaja,losgradientesaplicadosylaadquisicindeseales. Las bobinas poseen una importancia fundamental en el sistema a radiofrecuencia. En la transmisin, el objetivo es obtener una excitacin uniforme a travs del volumen del objeto, mientras que en recepcin interesa que las bobinas presentenunasensibilidadelevadaybuenarelacinsealruido. Elsistemaaradiofrecuenciatambinincluyelosconversoresanalgicodigitales yunespectrmetropararecibiryanalizarlaseal.
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En general un escner MR presenta una bobina de cuerpo entero, situada en el cilindro de la mquina, que cubre homogneamente el volumen del cuerpo. Las bobinas de superficie se colocan en contacto directo con la zona de inters, presentan menos profundidad y son ms heterogneas. Ofrecen mejor relacin sealruido. Puedentambinasociarseenunamatrizdebobinasreceptoras(phasedarray).Lafigura 27muestraalgunosejemplosdebobinasdesuperficie. Como la frecuencia de resonancia de los protones es muy cercana a la de las ondas de radio utilizadas en FM, el aparato de MRI se coloca en una caja de Faraday paraconseguirunaislamientototaldesealesaradiofrecuenciaexternas.
Figura27.Ejemplosdebobinasdesuperficie
Sistemainformtico
La coordinacin de las numerosas etapas del proceso de imagen en MRI se realiza mediante un sistema informtico, responsable de las secuencias, el espectrmetro,lareconstruccindelosdatosyelpostprocesado. 3.7Reconstruccindelaimagen La reconstruccin de la imagen es el proceso de transformacin de los ecos adquiridos y muestreados del espacio k en una imagen espacial. En MRI convencional sepretendeobtenerlasmejoresimgenesposiblespararealizarundiagnsticoclnico. Tratamosenestepuntodelareconstruccindelaimagenendosdimensionesy suponemos que la adquisicin de datos se ha realizado mediante trayectorias de tipo cartesiano. Se demuestra que la imagen del objeto es la Transformada de Fourier Inversa (IFT) de dicho espacio. Gracias al sistema de gradientes superpuesto al campo magntico esttico hemos conseguido realizar una codificacin en frecuencias espaciales del objeto. Al hacer la transformada inversa de Fourier bidimensional recuperamosunasealcuyaintensidaddependedelaposicin,esdecir,dexey. Realizamos la Transformada de Fourier Discreta (DFT), cuyas expresiones para unafuncinf(x,y)son:
1 F( k x , k y ) = N f ( x , y) = 1 M
M 1 N 1 x =0 y =0
f (x, y )
x
k x x k y y i 2 M + N ;k e
= 0 ,1,..., M 1; k y = 0 ,1,..., N 1; = 0 ,1,..., M 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.7)
M 1 N 1
kx = 0 ky = 0
F( k
, ky
k x x k y y i 2 + )e M N ; x
dondeMxNsonlasdimensionesdelaimagen. EnelcasodeimgenescuadradasNxN,lasexpresionesquedanfinalmente:
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1 F( k x , k y ) = N f ( x , y) = 1 N
N 1 N 1 x =0 y =0
f (x, y )
x
k x x + k y y i 2 N ;k e
= 0 ,1,..., N 1; k y = 0 ,1,..., N 1; = 0 ,1,..., N 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.8)
N 1 N 1
kx = 0 ky = 0
F( k
, ky
k x x + k y y i 2 )e N ; x
Segn el Principio de Separabilidad de la Transformada de Fourier, el par de transformadas discretas de Fourier bidimensionales se puede escribir de forma separadacomo:
1 F( k x , k y ) = N f ( x , y) = 1 N
N 1 i 2 k x x N 1 N e
x =0
f (x , y )e
y =0 x
i 2
k y y N
; k x = 0 ,1,..., N 1; k y = 0 ,1,..., N 1; ; x = 0 ,1,..., N 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.9)
N 1 i 2 k x x N 1 N e F( k kx = 0
ky = 0
, k y )e
i 2
k y y N
As, podemos obtener la transformada de una seal bidimensional como la sucesin de dos transformadas unidimensionales con el consiguiente ahorro en la complejidaddelaimplementacin.Ennuestrocaso,paracalcularlatransformadadela imagen, el algoritmo hace en primer lugar la transformada unidimensional de las columnasdelespaciokyacontinuacin,conloobtenido,latransformadadelasfilas. 3.8Secuenciasespnecoyecodegradiente La Imagen por Resonancia Magntica es la tcnica de imagen ms beneficiada por las innovaciones tecnolgicas, que la han permitido mejorar tanto en calidad de imagen como en velocidad de adquisicin, objetivos principales de los distintos tipos desecuencias. Cada secuencia en MRI es una combinacin de gradientes y pulsos a radiofrecuencia. Sea cual sea la secuencia elegida sus objetivos principales son la mejora del contraste de la imagen y la reduccin del tiempo de adquisicin, limitando tambin la presencia de artefactos y manteniendo constante la relacin seal ruido de laimagen,quetrataremosmsadelante. LoscomponentesesencialesdeunasecuenciaenMRIsonportanto: unpulsodeexcitacinaradiofrecuencia gradientes de campo magntico que permiten la codificacin espacial del objeto. unasealdelecturacompuestaporunoovariosecos. Debemos adems elegir los parmetros de la adquisicin (TR, TE, ngulo de giro o flip angle...) de acuerdo con nuestros objetivos y manteniendo un compromiso entreelcontraste,laresolucinespacialylavelocidaddeadquisicin. Existen dos familias de secuencias principales en funcin del tipo de eco obtenido: - Secuencias de eco de espn, caracterizadas por la presencia de un pulso refocalizador(odereenfoque)de180. - Secuencias de eco de gradiente, caracterizadas por la ausencia de pulso 180. Generanelecomediantecombinacindegradientesdecampomagntico.
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Sehandesarrolladonumerosasvariacionesdentrodecadaunadelasanteriores familias principalmente para incrementar la velocidad de adquisicin, como por ejemplo las secuencias rpidas y ultrarrpidas de eco de espn FSE (Fast Spin Echo) y HASTE (HalfFourier singleshot turbo spin echo) respectivamente o de eco de gradiente TFE (Turbo Field Echo) o TurboFLASH (Turbo Fast lowangle shot). Estas secuencias se explicarnmsendetalledentrodelpunto4. Explicaremos a continuacin las secuencias espneco (SE) y eco de gradiente (GE)utilizadasenestetrabajo. SecuenciaespnecoSE(oHahnecho)
Descrita tan slo unos aos despus del descubrimiento de la NMR, el primer pulso a rf es un pulso de 90, que abate la magnetizacin de la muestra dicho ngulo hasta situarla en el plano xy, donde comienza a precesar de forma coherente. Pasado un tiempo comienza el desfase de los espines y la intensidad de la seal decae como una FID. Se aplica entonces un pulso de 180 (refocusing pulse) que invierte los espines un ngulo de 180 con respecto al plano xy y consigue establecer de nuevo la coherenciadefase.Estasealcanzaenelpuntomximodeleco. La secuencia de pulsos espneco es la introducida para explicar los conceptos de tiempo de repeticin y tiempo de eco en la figura 7, pero una vez explicado el sistema de gradientes podemos observar cmo el esquema de una secuencia espn eco esalgomscomplicadodeloquevimosanteriormente. En concreto, en la secuencia espneco se aaden ahora el gradiente Gz de seleccin de rodaja aplicado en conjuncin con los pulsos de 90 y 180, un gradiente Gy de codificacin de fase creciente con cada TR y un gradiente Gx de lectura. Asociados a estos gradientes aparecen lbulos positivos o negativos que permiten compensar los desfases que a su vez introducen los gradientes. Permiten que en el mximodelecotodoslosespinesseencuentrenenfase.
Figura28.Secuenciaespneco(SE).
Secuenciaecodegradiente(GE)
Se encuentra comprendida en los llamados Gradientrecalled acquisition schemes (GRASS) similares a la secuencia de pulsos SE, a excepcin de que el pulso de 180 utilizado para generar coherencia de fase en la secuencia SE no se utiliza. En lugar de elloseempleangradientesadicionalesparagenerareleco. Sumayorventajaesquealnoutilizarelsegundopulsode180ladeposicinde potencia en el paciente es menor, as como el tiempo de obtencin de imgenes. A su
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vez, como las prdidas de seal son debidas a T2 y T2, la seal recibida presenta una menorintensidad(sepierdesealdebidoaldesfase)yademsduramenostiempo.
Figura29.Secuenciaecodegradiente(GE)
El eco de gradiente viene generado por la aplicacin de un lbulo negativo (refocusing lobe) en el gradiente Gx. El rea de este lbulo negativo es igual a la mitad del rea de su parte positiva, de forma que en el mximo del eco, el gradiente acumuladoesnulo.Esdecir,laformadelecoesconsecuenciadelgradienteacumulado y por ello podemos modificar su forma como ms nos interese. En general, elegimos unaformasimtricaparaeleco.As,alescribirlosenelespaciokconseguimosqueeste tambin lo sea facilitando su manejo y permitiendo la explotacin de sus propiedades desimetra.
4.Tcnicasrpidasdeadquisicindeimgenes
El tiempo de adquisicin de imgenes en Resonancia Magntica suele ser elevado, convirtiendo la prueba en algo incmoda e incluso claustrofbica para el paciente. El objetivo fundamental de estas tcnicas rpidas es disminuir el tiempo de exploracin, lo que se hace especialmente necesario en el caso de la obtencin de imgenesdeestructurasenmovimiento,comoelcoraznolospulmones. Para disminuir el tiempo de adquisicin en Resonancia Magntica existen distintas posibilidades: la optimizacin de los parmetros de secuencias ordinarias (no rpidas) como TR TE, la utilizacin de trayectorias no cartesianas en la adquisicin del espacio k como la radial o la espiral, la utilizacin de secuencias rpidas especialmentediseadasparaelloolaadquisicinparcialdelespaciok. A continuacin incluimos una breve referencia a los dos ltimos casos, aunque esenlaadquisicinparcialdondenosdetendremospormstiempoporsersuestudio elobjetivodenuestrotrabajo. 4.1Secuencias Como se introdujo en el apartado 3.6, se han desarrollado numerosas variaciones dentro de las dos principales familias de secuencias cuyo objetivo es el incremento de la velocidad de adquisicin, como por ejemplo las secuencias rpidas y ultrarrpidasdeecodeespnFSE(FastSpinEcho)yHASTE(HalfFouriersingleshot
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turbo spin echo) respectivamente o de eco de gradiente TFE (Turbo Field Echo) o TurboFLASH(TurboFastlowangleshot). La secuencia FSE, tambin conocida como TSE (Turbo Spin Echo) es la implementacin comercial de RARE (Rapid Acquisition with Refocused Echoes) propuesta originalmente por Hennig et al. En ella se utilizan numerosos pulsos de 180 que permiten la adquisicin de un tren de ecos para un nico pulso de 90. El gradiente de codificacin de fase en FSE vara para cada uno de los ecos, de forma que varias lneas del espacio k pueden ser adquiridas para un mismo tiempo de repeticin TR. El nmero de ecos adquirido para un cierto TR recibe el nombre de Eco Train Lenght (ETL), cuyos valores oscilan tpicamente entre 4 y 16. El tiempo entre ecos es ajustable, pero suele ser del orden de 20 ms. Debido a la adquisicin de varias lneas del espacio k para un nico TR el tiempo de adquisicin de este tipo de secuencias es mucho menor que aquel ligado a las secuencias SE convencionales. El tiempo de adquisicin deestetipodesecuenciasesdelordende23minutos,aunqueel riesgodeartefactos y la gran cantidad de energa a rf depositada en el paciente por los pulsos de 180 restringenlosparmetrosdelamismaTE,TRyETL.
Figura30.SecuenciaTSE
Latcnicaanteriorpuedeserllevadaasuextremodeformaquetodaslaslneas del espacio k sean adquiridas con un nico pulso de 90 y numerosos pulsos de 180. EstoesloqueocurreenelcasodelasecuenciaultrarrpidaHASTE(HalfFouriersingle shot turbo spin echo), en la que adems el espacio k se adquiere de forma parcial, pues debidoalarelajacinT2losltimosecosapenaspresentanseal.Singleshotserefierea la adquisicin de todas las lneas del espacio k mediante nica secuencia de pulsos. Permitetiemposdeadquisicinmenoresque1s. LasecuenciaTFE(TurboFieldEcho)oTurboFLASH(TurboFastlowangleshot)es una secuencia rpida de eco de gradiente que utiliza ngulos de giro muy pequeos ytiemposderepeticinmuycortos,loquegeneraimgenesconunaponderacinenT1 pobre. Para evitar este hecho se aplica un pulso inicial de 180 que prepara la magnetizacineincrementaelcontrastedelaimagen.
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Figura31.SecuenciaTFE
La adquisicin del espacio k puede realizarse siguiendo diferentes trayectorias (cartesiana, espiral...) en funcin del contraste que queramos en la imagen final. Permite tambin la adquisicin singleshot o multishot, en la que varias lneas del espacio k son adquiridas al mismo tiempo en una nica ejecucin de la secuencia de pulsos sin llegar a la adquisicin completa en una nica ejecucin. Los tiempos de adquisicin de TSE estn comprendidos entre 1 y 5 minutos, mientras que los de TFE vandesdelos15shastalos3minutos. 4.2Adquisicinparcial 4.2.1Tcnicas Al igual que la utilizacin de secuencias rpidas permite reducir el tiempo de adquisicin en MRI existe tambin la posibilidad de no realizar una adquisicin completadelespaciok[7]. El tiempo de adquisicin de datos en MRI depende del nmero de rodajas adquiridas y del nmero de codificaciones de fase y frecuencia realizadas. Depende tambin de parmetros como TR TE, que tambin influyen en el contraste de la imagen. Nos centramos en concreto en aquellas tcnicas que permiten reducir el tiempo de adquisicin una vez determinado TR y TE de la secuencia y FOV (Field of View)delobjeto,esdecir,aquellasquedisminuyeneltiempodeescndisminuyendoel nmerodecodificacionesenfaseyenfrecuencia. Como vimos anteriormente, la resolucin espacial de una imagen se define en funcindeltamaodesuspxeles,deformaquesidisminuimoseltamaodelamatriz de datos, es decir, si realizamos una imagen de baja frecuencia disminuyendo el nmero de codificaciones en fase y en frecuencia, obtenemos una peor resolucin espacial, o sea, un tamao de pxel ms grande. Para conservar la resolucin espacial conunmenornmerodecodificacionesenfaseyfrecuenciadebemosreducirelFOV. Si disminuimos el nmero de codificaciones en fase, es decir, si no adquirimos todas las lneas del EK, pero rellenamos con ceros las filas no adquiridas, la resolucin espacial se mantiene constante aunque pueden aparecer artefactos consecuencia de la falta de frecuencias espaciales. Tambin puede disminuir la relacin sealruido de la imagencomoconsecuenciadedichosartefactos,comoveremosmsadelante.
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Algunastcnicascaractersticasdelaadquisicinparcialson:
Adquisicin de un eco parcial. Consiste en reducir el rea del lbulo negativo del gradiente de lectura, de forma que el mximo del eco llega antes, como podemos observarenlafigura31.
Figura32.Adquisicindeunecoparcial
As se consiguen tiempos de eco ms cortos, necesarios en adquisiciones rpidascomoimgenescardiacasoangiografas. Adquisicin en Fourier parcial. Consiste en no adquirir todas las codificaciones de fase, las lneas del espacio k correspondientes a las altas frecuencias espaciales (positivasonegativas)nosonadquiridas. DebidoaquelaTransformadadeFourierconservadimensiones,laimagenfinal resultado de dicho espacio k ser rectangular y aparecer deformada. Al disminuir el nmero de pxeles de la imagen para un FOV definido el tamao de los mismos aumenta, de forma que empeora la resolucin espacial segn las expresiones introducidasenelapartadoanterior. En cambio, si rellenamos con ceros los datos no adquiridos obtendremos una imagencuadradaconlamismaresolucinespacialquelaoriginal.
Figura33.AdquisicinenFourierparcialyecoparcial
El mtodo de Fourier parcial ser aquel que estudiaremos a fondo en este trabajo. Adquisicin de un escn parcial. Consiste de nuevo en no adquirir todas las codificaciones de fase, las lneas del espacio k correspondientes a las altas frecuencias tanto positivas como negativas no son adquiridas. Se realiza una adquisicin simtrica delosdatosentornoalcentrodelespaciok. Las conclusiones acerca de la resolucin de la imagen final son las mismas que enelcasoanterior.
Figura34.Adquisicindeescnparcial
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Adquisicin con un FOV rectangular. Consiste en adquirir lneas alternas del espacio k, de forma que se reduce el tamao del espacio k adquirido en la direccin de codificacin de fase. En este caso la resolucin de la imagen final se mantiene pero el FOVquedareducido.
Figura35.AdquisicinconunFOVrectangular
4.2.2Postproceso Una vez adquirido el espacio k de forma parcial nuestro objetivo es ahora calcularlosdatosnoadquiridosparaquelacalidaddelaimagennodisminuyadebido a la prdida de frecuencias espaciales. Existen diferentes formas de realizar esta sntesis, desde el simple relleno con ceros de los datos no adquiridos hasta la utilizacindepropiedadesdesimetradelespaciok.Diferentesmtodosycorrecciones para mejorar la calidad de la imagen en adquisicin parcial se introducen en el siguienteapartado.
II.Materialesymtodos
5.Objetivos
El objetivo de nuestro trabajo es el estudio de diferentes algoritmos de postproceso para la sntesis de datos en imgenes adquiridas con Fourier parcial, mtodo convencional en MRI con el que se pretende la disminucin del tiempo de adquisicin.Elestudio delosalgoritmosserealizarapartirdemedidasdecalidadde imagenqueseintroducirnenelapartado7. Se incluye un estudio cuantitativo de la calidad de imgenes obtenidas a partir de una simulacin de adquisicin parcial, en la que estudiaremos el comportamiento de los distintos algoritmos de postproceso en funcin del porcentaje de espacio k adquirido.Lasecuenciautilizadaenestecasoesdetipoespneco. Se realiza tambin un estudio cualitativo de la calidad de imgenes obtenidas a partir de una adquisicin parcial real. En este caso las imgenes han sido adquiridas por duplicado, mediante una secuencia espneco convencional y mediante una secuencia FLASH, de tipo eco de gradiente, de forma que podremos comprobar qu tipo de algoritmos proporciona mejores resultados en cada caso. Las adquisiciones parciales se han realizado para distintos porcentajes de espacio k adquirido para cada unadelassecuencias.
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6.Fourierparcial
6.1Motivaciones
La adquisicin parcial del espacio k es uno de los mtodos utilizados para reducir el tiempo de adquisicin de imgenes en MRI [6]. Esta reduccin permite a su vez la reduccin de artefactos debidos al movimiento, la posibilidad de realizar estudios dinmicos y vasculares, los estudios en tres dimensiones y la obtencin de una mayor calidad para los pacientes que padecen de ansiedad, claustrofobia o para los nios, pues la duracin de la prueba puede llegar a hacerse demasiado larga, como ya comentamos anteriormente. La reduccin del tiempo de adquisicin es imprescindibletambinparalaimagenfuncional(fMRI)[16]yparaotras. En concreto, mediante la tcnica de Fourier parcial el tiempo de adquisicin se reducemediantelareduccindelnmerodecodificacionesdefasedelobjeto,esdecir, seadquiereunmenornmerodelneasdelespaciok. 6.2Efectosdelaadquisicinparcialsobrelasimgenes Como se introdujo anteriormente si disminuimos el nmero de codificaciones en fase del objeto, es decir, si reducimos el nmero de lneas del espacio k adquiridas pero rellenamos con ceros las filas no adquiridas el tamao del pxel de la imagen se mantiene constante, no as la resolucin espacial, que representa el tamao de la estructura ms pequea que podemos distinguir. Si rellenamos con ceros obtendremos una imagen interpolada y pueden aparecer artefactos consecuencia de la prdida de frecuenciasespaciales. En concreto, dentro de los artefactos tpicos de la adquisicin parcial se encuentran el emborronamiento (blurring) y el artefacto de Gibbs (ringing), ambos presentes especialmente en la direccin de codificacin de fase, pues es en ella donde eliminamosfrecuenciasespaciales. ElartefactodeGibbso ringing[9]consisteenlaaparicindelneasbrillantesy oscuras en la imagen, adyacentes a los bordes de un rea donde existe un cambio abrupto en la intensidad de la seal. Su aparicin es consecuencia de un nmero insuficientededatosenladireccindecodificacindefase.

Figura36.Imgenesobtenidasadquiriendoel100%delespaciok,el75%yel60%respectivamenteyrellenandocon ceroslosdatos no adquiridos. Podemosapreciarla aparicinsucesivade ringing. La lneavertical representa elperfil elegidopararepresentargrficamentelaaparicinderinging.
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300 250 Nivelde gris 200 150 100 50 0 0 200
Perfilvertical
Adquisicincomple ta Adquisicinparcial75% Adquisicinparcial60%
400 Distancia (pxeles)
600
800
300
Nivelde gris
250 200 150 100 50 0 0
Detalle1
300
Detalle 2
Nivelde gris
250 200 150 100 50 0
10
20
30
40
50
60
640
660
680
700
720
740
Distancia (pxeles)
Distancia (pxeles)
Figura 37. Perfiles sobre una imagen obtenidos a partir de espacios k adquiridos al 100%, 75% y 60% rellenando conceroslosdatosnoadquiridos.
Al igual que las series de Fourier nos permiten escribir una funcin peridica como suma de funciones trigonomtricas, es decir, nos permiten obtener una representacin de dicha funcin en el dominio de la frecuencia, la transformada de Fourier representa la extensin de las series de Fourier para funciones no peridicas. ParacomprenderelorigendelartefactodeGibbsdebemosremontarnosalasseriesde Fourier, pues est asociado a la presencia de discontinuidades en las funciones que deseamos escribir como series de Fourier. Es consecuencia de la convergencia no uniforme de las series en presencia de discontinuidades bruscas. Para poder representar por ejemplo una funcin escaln como una serie de Fourier necesitamos infinitos trminos de la serie, pues es difcil modelar una transicin tan brusca con un nmeroreducidodetrminos. En el caso de la imagen por resonancia magntica, el espacio k adquirido se define como la transformada de Fourier inversa de la imagen. Este espacio k se encuentra muestreado (siguiendo el criterio de Nyquist) para poder realizar un tratamiento digital. Por lo tanto se tiene un nmero finito de frecuencias espaciales para reconstruir el objeto y el modelado de las discontinuidades bruscas del objeto (correspondientes a las interfases entre tejidos) no puede realizarse con toda la exactitudquedesearamos. El hecho de adquirir parcialmente el espacio k hace que exista una prdida an mayor de frecuencias espaciales, lo que dificulta an ms la reconstruccin de la
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imagen y hace que aumente el ringing en las interfases de los tejidos, fuentes potenciales del mismo (es en ellas donde se produce una discontinuidad fuerte en la intensidad de la seal). La adquisicin parcial deja fuera en general altas frecuencias espaciales, es decir, frecuencias que corresponden a zonas del objeto donde existe mucha variacin de las caractersticas del objeto con la distancia, bsicamente las interfases, de forma que perdemos trminos necesarios para reconstruirlas. Cuantas ms frecuencias tengamos ms estrecha ser la zona de ringing en la imagen, ms estrechossernlosanillosque veremosasimple vistaenlaimagen,yviceversa,cuanto menor sea el nmero de frecuencias que tengamos ms se extender el artefacto a travsdenuestraimagen. Amododeresumen,losconceptosimportantessobreringingsonlossiguientes: Debido a la adquisicin de un nmero finito de ecos perdemos frecuencias espaciales necesarias para reconstruir el objeto de manera exacta. En teora, necesitaramos infinitas frecuencias espaciales para hacerlo, por lo que podemos encontrar ringing incluso en el caso de que la adquisicin del espacio k hayasido completa. En general laimagen nodebe presentar mucho ringing si adquirimos todo el espacio k, pero puede ocurrir debido a la dificultad de modelargrandesdiscontinuidades. La adquisicin parcial del espacio k implica que tenemos menos frecuencias espaciales para reconstruir nuestro objeto inicial. El ringing aparece en aquellas zonas donde ms necesitamos toda la informacin frecuencial, es decir, en las zonas de discontinuidades bruscas o interfases de los tejidos y es ms visible queenunaadquisicincompleta. En Fourier parcial para mayor inconveniente, las frecuencias no adquiridas del espacioksonengeneralaltasfrecuenciasespaciales,porloquenoslotenemos menos frecuencias espaciales para reconstruir el objeto, si no que adems perdemos precisamente aquellas que codifican eventos donde hay una gran variabilidad de las caractersticas del objeto con la distancia, es decir, nos faltan las frecuencias especialistas en codificar variaciones bruscas, interfases en el objeto.
El artefacto de Gibbs o ringing est asociado, por tanto, a la presencia de discontinuidades en el objeto y a la prdida de frecuencias espaciales necesarias para modelarestasdiscontinuidadesqueimplicaFourierparcial. El emborronamiento de la imagen como consecuencia de la adquisicin parcial delespaciokesdebidoaquepodemosconsiderarelespaciokparcial(enelquehemos rellenado con ceros los datos no adquiridos) como el producto del espacio k completo por una funcin escaln trasladada con respecto al origen una cierta distancia en funcin del nmero de lneas adquiridas. La transformada de Fourier inversa de esta funcin escaln, en concreto su parte imaginaria, es la responsable del emborronamientodelaimagen[6].
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Figura 38. Funcin W(ky) que trunca un espacio k completo en un espacio k parcial. Las ltimas tres figuras representanlaTransformadadeFourierinversadeW(ky)enmduloysuspartesrealeimaginaria.
El emborronamiento se presenta especialmente en la direccin en la que menos frecuenciasespacialeshansidoadquiridas,comomuestralasiguientefigura:
Figura 39. Comparacin de una reconstruccin de un espacio k completo 256x256 (izquierda) y una reconstruccin deun espaciokparcial256x144,enlaquelas 122filas noadquiridas se hanrellenado conceros. Puede observarse el emborronamientoenladireccinydelaimagen.
6.3Algoritmosdereconstruccin
Una vez realizada la adquisicin parcial de los datos nuestro objetivo es sintetizar aquellos no adquiridos. Los mtodos de reconstruccin de Fourier parcial se basanensumayoraenlapropiedaddesimetrahermticaquepresentaelespaciok. Tericamente, la transformada de Fourier de una funcin real presenta simetra hermtica, es decir, si f(x) es una funcin real se verifica que f ( k ) = f ( k ) . De esta forma, el espacio k de un objeto real debe presentar tambin simetra conjugada, puesto que el espacio k es la representacin del objeto en frecuencias espaciales. Si representamos el espacio k como M( k x , k y ) esta propiedad se escribe:
M( k x , k y ) = M( k x , k y ) .
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a+bi c+di cdi abi
Figura40.Simetrahermticadelespaciok
Deestaformayaplicandolaspropiedadesdesimetradelespaciok,podramos adquirir tan slo la mitad de los datos y obtener la otra mitad restante como compleja conjugada de la adquirida. La realidad, en cambio, nos dice que en la prctica la simetra hermtica del espacio k es destruida debido al ruido, imprecisiones en los sistemas de adquisicin o particularidades del objeto del cual queremos obtener la imagen. Como consecuencia de estos factores aparece en la imagen un error de fase que no nos permitir utilizar directamente las propiedades de simetra del espacio k para reducir el nmero de codificaciones de fase adquiridas. As, la simetra hermtica no ofrece buenos resultados cuando no va acompaada de la correccin de fase adecuada, es decir, para reconstruir correctamente la imagen a partir de un espacio k adquiridoparcialmente,hemosdecorregirprimerolafase. Este error de fase que aparece en la imagen se refiere a que la imagen final obtenida tras una adquisicin MRI es compleja, cuando en teora debera ser real por las propiedades de la Transformada de Fourier. Como introdujimos antes en el apartado de Adquisicin de datos (3.4.1) podemos observar la imagen final de diferentes maneras, podemos representar su parte real, su parte imaginaria, su magnitud o su fase. En general se considera la imagen en magnitud como la aproximacinmsrealistaalaimagendeseada.
Figura41.Distintasrepresentacionesdelobjeto.Imagenenmagnitud(a),imagenenfase(b),valorabsolutodela parterealdelaimagen(c)yvalorabsolutodelaparteimaginaria(d)
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Hay que considerar tambin que no todas las secuencias de pulsos generan iguales desplazamientos en la fase. Las secuencias de eco de gradiente, en las que no existepulsodereenfoque,sevenmsafectadasyesenellasdondeesmsnecesariala correccindefaseantesdeaplicarpropiedadesdesimetradelespaciok. Debido a la presencia de estos errores de fase, realizamos una clasificacin de los mtodos de reconstruccin en adquisicin parcial atendiendo a si realizan o no correccindefase. Una hiptesis realizada en la mayora de los algoritmos es que la fase de la imagen vara lentamente, de forma que podemos describir la fase de una imagen utilizandonicamentelasbajasfrecuenciasespaciales[13]. De ahora en adelante, denominaremos M pk ( k x , k y ) al espacio k parcial adquirido y M S ( k x , k y ) a las lneas centrales adquiridas de forma simtrica. Las imgenes obtenidas a partir de dichas matrices de datos sern m pk ( k x , k y ) y
mS ( k x , k y ) . En general, nunca se adquiere exactamente la mitad de las lneas del
espaciok,sinoqueseadquierealgomsdelamitad.
mpk(x,y) Mpk(kx,ky)
mS(x,y) MS(kx,ky)
Figura42.Espaciokadquiridoylneascentralesadquiridasdeformasimtricajuntoconsusimgenes asociadas.
6.3.1Sincorreccindefase A pesar de que la correccin de fase es importante para obtener una buena calidad de imagen, existe la posibilidad de sintetizar los datos no adquiridos de una forma sencilla y sin realizar una correccin de fase previa. Los mtodos utilizados son lossiguientes: 6.3.1.1 Rellenoconceros Este mtodo es el ms sencillo para completar los datos no adquiridos del espacio k. La consecuencia principal de esta manera de proceder es un emborronamiento de la imagen en direccin y (direccin de codificacin de fase) pues es en ella donde hemos eliminado frecuencias espaciales. Si vamos reduciendo el porcentaje de espacio k adquirido se aprecia un aumento bastante considerable del ringingenlaszonasdeinterfaseentretejidos.
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El relleno con ceros de los datos noadquiridos es equivalente a la interpolacin de una imagen de baja resolucin espacial para obtener una imagen de ms alta resolucin. Se produce por esto un suavizado de las caractersticas de la imagen. En este caso el tamao del pxel de la imagen se mantiene constante, pero la resolucin espacialdelaimagendisminuyedebidoalainterpolacin. 6.3.1.2 Rellenoconcerosconpreprocesado Adems del relleno con ceros realizamos una preponderacin de los espacios k con distintas funciones peso. Preponderamos los datos adquiridos con una funcin de tipo escaln, una funcin de tipo rampa y una funcin de tipo sinusoidal. Luego reconstruimos las imgenes a partir de los espacios k modificados. Ms adelante trataremosenprofundidadlasdiferenciasexistentesentrelasdistintasfuncionespeso.
Figura43.Funcionespesoutilizadas.Laprimeraserefierealrellenoconceros,lasegundaesdetipoescaln,la terceratiporampaylaltimadetiposinusoidal.
6.3.1.3 Simetrahermtica Para evitar el emborronamiento en la imagen necesitamos sintetizar los datos no adquiridos de una forma menos trivial que la anterior. Utilizamos para ello las propiedades de simetra del espacio k anteriormente introducidas, es decir, sintetizamoslosnuevosdatosmediantelaconjugacindelosdatosconocidosentorno alorigen. Losresultadosdeestemtododependenmuchodelcomportamientodelafase, pues si los datos presentan errores de fase importantes la aplicacin de la simetra hermticapuedearrojarpeoresresultadosqueelsimplerellenoconceros. 6.3.2Concorreccindefase Como explicamos antes, el error de fase que aparece en las imgenes debido al ruido, imprecisiones en los sistemas de adquisicin o particularidades del objeto hace que la imagen final adquirida presente valores complejos. El objetivo de la correccin defaseeseliminarestafasenodeseadadelasimgenes. La fase de la imagen se corrige a partir de la fase de las lneas del espacio adquiridasdeformasimtrica,comoveremosacontinuacin.
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6.3.2.1 Simetrahermticaconcorreccindefase Antes de aplicar simetra hermtica para sintetizar los datos no adquiridos realizamos una correccin de fase a partir de las lneas del espacio k adquiridas de forma simtrica. Realizamos la hiptesis de que la fase de la imagen vara lentamente, de esta forma podemos considerar que la fase de toda la imagen es aproximadamente igualalafaseobtenidaapartirdelaslneassimtricas. Partiendo del espacio k parcial nos quedamos con las lneas simtricas y tras realizarlaTransformadadeFourierInversaobtenemosunaimagendebajaresolucin, a partir de la cual obtenemos la funcin de correccin de fase. En concreto consideramos como funcin de correccin de fase la imagen de mdulo unidad cuya faseeslaconjugadadelafasedelaimagenobtenidaapartirdelosecoscentrales. p * (x , y ) = e ims (x , y ) = e i (x , y ) (6.1) Una vez obtenida dicha funcin de correccin realizamos el producto de la funcin de correccin de fase por la imagen obtenida a partir del espacio k parcial. Lo quepretendemosalrealizardichoproductoeseliminarlafasededichaimagenparcial. Enteora,laimagenfinalresultadodeunaadquisicinMRIdebeserreal,deformaque al elegir esta funcin de correccin de fase intentamos reducir al mximo el carcter complejodelaimagenfinal. El hecho de suponer que la fase de la imagen completa es aproximadamente igual a la fase de la imagen obtenida a partir de los ecos centrales es una hiptesis medianamenteacertadasilafasenovararpidamente. Una vez obtenida la imagen con la fase corregida realizamos la Transformada de Fourier y obtenemosel espacio kasociado. En el siguiente paso se aplica la simetra hermtica para sintetizar las filas no adquiridas del espacio. Por ltimo la TransformadadeFourierinversanospermiteobtenerlaimagenfinal[6]. Elalgoritmoutilizadoeselsiguiente:
Figura44.Algoritmodesimetrahermticaconcorreccindefase
40
La ventaja de este algoritmo es su simplicidad, aunque las dos ltimas transformaciones de la imagen suponen un tiempo considerable en algunas adquisiciones. 6.3.2.2 MtododeMargosian Este algoritmo toma el nombre de su creador [10] y resuelve el problema de la correccindefaseenunnicopaso. La idea central de estemtodo es la relacin existente entre la Transformada de Fourier de un espacio k truncado a la mitad M pk ( k ) = M ( k ) W ( k ) y la imagen verdadera m(x). M(k) es el espacio k completo y W(k) una funcin escaln que permite generar un espacio k truncado a la mitad a partir de un espacio k completo. Trabajamos slo en una dimensin por sencillez aunque la aplicacin al caso bidimensionalesinmediata. LaTransformadadeFourierdelafuncinescalnW(k)es: 1 1 F 1 [W ( k )] = ( x) + i 2 2x deformaquelaimagenobtenidaapartirdelespaciokparcialmpk(x)ser: 1 i m pk ( x) = F 1 M pk ( k ) = m( x) e i ( x ) + m( x)e i ( x ) 2 2x Si suponemos que (x ) vara lentamente, podemos extraer el trmino e i ( x ) de
laconvolucin:
i i ( x ) 1 m pk ( x) = m( x) + m( x) e 2x 2 Si utilizamos la funcin de correccin de fase previamente definida p * (x ) = e i ( x ) :

i i ( x )i ( x ) 1 m pk ( x)e i ( x ) = m( x) + m( x) e 2x 2 (x ) tenemos: Asumiendoque (x )
i 1 m pk ( x)e i ( x ) m( x) + m( x) 2x 2 Podemos resolver m( x) simplemente eliminando la parte compleja de la
imagen.Estonosproporcionalaimagenenmagnitud:
m(x ) 2 Re m pk ( x)e i ( x )
Laimagenfinalcomplejapuedeestimarseportantocomo: m(x ) 2 Re m pk ( x)e i ( x ) e i ( x )

Esta teora presentada para el caso particular de un espacio k adquirido a la mitad,puedeextrapolarseparaelcasoparticulardeFourierParcial.
41
Elalgoritmoutilizadoeselsiguiente:
Figura45.MtododeMargosian
6.3.2.3 Algoritmohomodino El mtodo de simetra hermtica con correccin de fase realiza dicha correccin en el dominio de la imagen, despus transforma de nuevo al dominio de la frecuencia para sintetizar los datos no adquiridos y por ltimo vuelve al dominio de la imagen generandoaslaimagenfinal. El algoritmo homodino pretende simplificar estos pasos basndose en las propiedades de la Transformada de Fourier, segn las cuales la parte real de una imagen corresponde a la componente simtrica de la transformada, mientras que la parteimaginariacorrespondealacomponenteantisimtrica. Podemos descomponer la funcin W(ky) introducida en el apartado anterior en componente simtrica y antisimtrica como muestra la figura 44. La parte imaginaria delimpulsoderespuestaquevimosenlafigura36secorrespondeconlatransformada de Fourier de la componente antisimtrica y queda suprimida si nos quedamos con la parterealdelaimagen[6].
Figura46.Componentessimtricayantisimtricadelafuncinpesoutilizadaparatruncarelespaciok.
La idea central del algoritmo homodino es realizar una ponderacin previa del espacio k, de forma que cuando nos quedemos con la parte real de la imagen, esta corresponda a una ponderacin uniforme del espacio k. La forma ms sencilla de conseguirlo es realizar una ponderacin previa como la que se muestra en la figura 46.
42
En ella se han ponderado doblemente las altas frecuencias con respecto a las frecuenciascentrales.
Figura47.Doblandolasaltasfrecuenciasconrespectoalasbajasfrecuenciasespacialesobtenemosuna ponderacincuyacomponentesimtricaesuniforme.
Apesardesusencillezestaponderacinpresentabruscasdiscontinuidadesque pueden ocasionar problemas en forma de artefactos en la imagen final. Por ello, las ponderaciones mostradas en la figura 47 generan en general mejores resultados pues presentandiscontinuidadesmssuaves.
Figura48.Ponderacintiporampa(izquierda)ytiposinusoidal(derecha).Ambaspresentancomponente simtricauniformeydiscontinuidadesmenosbruscasquelamostradaenlafigura45.
El algoritmo de reconstruccin homodina utilizado se muestra en la figura 48. En l la fase se corrige de la misma forma que en el mtodo de simetra hermtica con correccin de fase. Se realiza el producto del espacio k parcial por la funcin de preponderacin previa y mediante Transformada de Fourier Inversa se obtiene una imagen, que multiplicamos por la funcin de correccin de fase. Una vez hecho esto la imagen final se obtiene a partir de la parte real de dicha imagen con la fase corregida [6].
43
En concreto en nuestro trabajo se utilizan las dos ponderaciones previas representadasenlafigura45.
Figura49.Algoritmohomodino
Los resultados de introducir una ponderacin previa en el espacio k son notables,losartefactossevenampliamentereducidos. Hasta ahora, hemos estudiado mtodos que obtienen la imagen final en un nico paso, son mtodos directos cuyo principal problema es la interaccin entre la correccin de fase y la sntesis de datos no adquiridos. En cambio, el siguiente mtodo obtiene la imagen final aplicando de forma recurrente correccin de fase y simetra conjugada. Es un mtodo iterativo, muy indicado cuando las variaciones en la fase de laimagensonrpidas. 6.3.2.4 AlgoritmoiterativoPOCS En 1987, Cuppen y van Est publicaron un algoritmo iterativo de reconstruccin con correccin de fase [11], que fue posteriormente modificado para obtener un mtodo iterativo similar denominado POCS (Projection Onto Convex Sets). No realizamos una descripcin ms detallada del algoritmo de Cuppen pero s incluimos unareferenciadebidoasugranimportanciahistricayasuproximidadconelmtodo POCS. POCS es un algoritmo matemtico iterativo que pretende la recuperacin de seales de una forma consistente con los datos adquiridos y el conocimiento a priori. Su idea bsica es aplicar unas condiciones restrictivas que fuercen a que la imagen resultado de una iteracin pertenezca a un conjunto convexo que contiene a la imagen buscada. Seconstruyendosconjuntosconvexos[12]: ( x) = m( x) m( x) = 2 = {m( x) F[m( x)] = M( k )}
1
El primer conjunto contiene todas las imgenes cuya fase se corresponde con la fase concreta que se desea y el segundo conjunto contiene todas las imgenes consistentes con el conjunto de datos medidos. El problema de la reconstruccin se formulacomolabsquedadeunaimagenenlainterseccindelosconjuntos1y2. m( x) = 1 2
44
Para obtener la imagen buscada realizamos transformaciones sucesivas entre el dominiodelafrecuenciayeldominiodelaimagen. La primera iteracin estima la fase deseada como la fase correspondiente a la imagen obtenida a partir de la parte simtrica del espacio k parcial, es decir, como la fase de mS ( k x , k y ) . El espacio k parcial se rellena con ceros y se calcula la primera imagen m pk ( k x , k y ) . Una vez hecho esto, aplicamos la condicin de fase a la magnitud de la imagen recin calculada y tras ello obtenemos un nuevo espacio k mediante Transformada de Fourier. El algoritmo reemplaza a continuacin las lneas no adquiridas en el espacio k inicial por las nuevas lneas del nuevo espacio k obtenido. Y vuelve a comenzar el proceso, que se repite hasta que la diferencia entre las imgenes resultado de iteracionessucesivasnopresentancambiossignificativos.Elcriteriodeconvergenciase explicamsadelante. Experimentalmentesehademostradoqueelalgoritmoconvergeparapocas iteraciones,delordende4.[12] En el caso de POCS la funcin de correccin de fase utilizada no representa la fase de la imagen simtrica conjugada, si no que en este caso el mtodo parte de premisas diferentes. Ya no se pretende eliminar la fase de la imagen final, si no que la fase de la misma sea lo menos mala posible, es decir, que sea la fase de la imagen obtenidaapartirdelaslneasadquiridassimtricamente. Este mtodo es especialmente adecuado cuando la fase de la imagen vara rpidamente, de forma que el caso ms favorable es aquel en el que la fase de la imagenvaracomoaquelladelaimagensimtrica. El hecho de que la fase de una imagen vare de forma ms o menos rpida depende de varios factores, como son el tipo de secuencia, el tipo de objeto, los materiales que se encuentren dentro del objeto, la homogeneidad de los campos magnticos...
Figura50.AlgoritmodereconstruccinPOCS
45
7.Caractersticasdelasimgenesycriteriosdeevaluacin.
Analizamos a continuacin dos casos diferentes. El primero constituye una simulacin de adquisicin parcial, en la que se realiza un estudio cuantitativo de la calidad de imagen. El segundo caso constituye una adquisicin parcial real, en la que analizamoslacalidaddelaimagendesdeunpuntodevistacualitativo.
7.1Simulacindeadquisicinparcial.Estudiocuantitativo
Laprimeraimagenutilizadacorrespondeaunfantomadeformacilndricay20 cmdedimetroacoplableaunaantenadecrneo. La adquisicin se realiz con una secuencia espneco y las imgenes se adquirieron con un sistema de 1.5 T Gyroscan S15/ACS (Philips Medical Systems, The Nederlands). Se realiz una adquisicin completa del espacio k, que vamos convirtiendo en Fourier parcial mediante la eliminacin progresiva de filas del espacio. Estudiamos distintosporcentajesdeadquisicindelespaciokcompletohastallegaralcasoextremo de adquirir tan solo un 55,5% del espacio k total. Comparamos las imgenes obtenidas amedidaqueeliminamosfilasdealtasfrecuenciasespaciales. Enesencia,estecasonoesunaadquisicinparcialpropiamentedicha,sinoque partimos de una adquisicin completa y vamos eliminando filas del espacio k para asemejarlo a una adquisicin parcial. La figura 50 muestra la imagen del fantoma obtenidaapartirdeunespaciokcompleto.
Figura51.Fantomautilizadoenlasimulacindeadquisicinparcial
Losdiferentescasosaestudiarson:
%EKadquirido Codificaciones enfase Tamaodela matriz 100 128,...,0,...,127 256x256 95,3 128,...,0,...115 244x256 90,2 128,...,0,...102 231x256 85,5 128,...,0,...90 219x256 80,5 128,...,0,...77 206x256
%EKadquirido Codificaciones enfase Tamaodela matriz 75,4 128,...,0,...64 193x256 70,3 128,...,0,...51 180x256 65,2 128,...,0,...38 167x256 60,5 128,...,0,...26 155x256 55,5 128,...,0,...13 142x256
Tabla2.Caracterizacindelasimulacindeadquisicinparcial
46
7.1.1Medidasrealizadas Paraevaluarcuantitativamentelacalidaddelasimgenesunavezaplicadoslos distintos algoritmos hemos evaluado los siguientes parmetros: la relacin sealruido (SNR), los artefactos (en concreto el ringing) y la diferencia promedio entre la imagen obtenida a partir del espacio k completo y la imagen obtenida a partir del espacio k parcial.EsteparmetrorecibeelnombredeAverageDifference(AD). Estudiamosahoracadaunodeestosparmetrosdecalidaddeimagen: Relacinsealruido(SNR)
Larelacinsealruidodelaimagensecalculaapartirdelaexpresin:
SNR = Mean( ROI ) Mean( Fondo) StdDev( Fondo)
donde el trmino Mean(ROI) se refiere al valor medio de intensidad de seal en las regiones de inters escogidas, el trmino Mean(Fondo) se refiere al valor medio de intensidad de seal en el fondo y StdDev(Fondo) se refiere a la desviacin estndar del fondo. Artefactosenlaimagen.Ringing
Una vez obtenida la imagen a partir de los distintos algoritmos, se ha aplicado un filtro gaussiano sobre ella. Este genera emborronamiento en la imagen a partir de unafuncingaussianayseutilizacomnmenteparareducirelruidodelamisma. Matemticamente, la aplicacin de este emborronamiento es equivalente a realizar la convolucin de la imagen con una funcin gaussiana. Debido a que la transformada de Fourier de una gaussiana es otra gaussiana, la aplicacin de este tipo deemborronamientotieneelefectodereducirloscomponentesdealtafrecuenciadela imagen,esporellounfiltropasabajo. Laexpresindeunagaussianaenunadimensines:
x2 1 exp( ) 2 2 2 En dos dimensiones, la expresin anterior es el producto de dos funciones gaussianas,unaporcadadireccin,yadquierelaforma: x2 + y2 1 G( x , y ) = exp( ) 2 2 2 2 donde x es la distancia al origen en el eje horizontal, e y la distancia al origen en el eje vertical.Sigmaesladesviacintpicadeladistribucingaussiana. Aplicada en dos dimensiones, esta frmula produce una superficie cuyos contornos son crculos concntricos que siguen una distribucin gaussiana desde el centro del crculo. Los valores obtenidos a partir de esta distribucin se utilizan para construir una matriz de convolucin que se aplica sobre la imagen original. Cada nuevo valor del pxel es una media ponderada de los valores de los pxeles vecinos. El valor original del pxel asume el mayor peso posible y los pxeles vecinos menores pesos a medida que aumenta su distancia al pxel original. Esto resulta en un emborronamiento que preserva los bordes de la imagen mejor que otros tipos de filtros. G( x) =
47
En teora, la funcin gaussiana es no nula en cada punto de la imagen, lo que implica que la imagen entera debe ser incluida en los clculos de la intensidad de cada pxel. En la prctica, cuando realizamos una aproximacin discreta de la funcin gaussiana, los pxeles que se encuentran a una distancia mayor de 3 pueden considerarse de intensidad nula, de forma que todos los pxeles fuera de ese rango pueden despreciarse. En nuestro caso hemos aplicado un filtro gaussiano de dimensiones 2 y = 1, de forma que cada nuevo pxel se ha construido a partir de los pxelescontenidosenuncrculoderadio2concentroenelantiguopxel. Tras aplicar el filtro gaussiano sobre la imagen se han obtenido los perfiles sobrelamismaparacadaporcentajedeespacio kadquirido,ysehaajustadocadauno deellosaunacurvadesegundogrado. Para el estudio de los artefactos en la imagen se ha utilizado el parmetro estadstico 2 ,quepresentalasiguienteexpresin:
2 =
i
( obs i teori ) 2 teori2
donde los valores observados son los correspondientes al perfil de la imagen y los tericoslosvaloresobtenidosapartirdelajustealacurva. Diferenciapromedio(AD) Paracalcularladiferenciapromedioaplicamoslaexpresin:
AD =
j =1
(j, k) F(j, k ) F (j, k) [ ] ( ) max F j , k max F k =1 M2

M 2
( j , k ) la imagen donde F ( j , k ) es la imagen obtenida a partir del espacio k completo y F obtenida a partir del espacio k parcial. En ambos casos normalizamos las imgenes dividindolas por su valor mximo. M se refiere a las dimensiones de la matriz de datos,queennuestrocasoson256x256. 7.2Adquisicinparcial.Estudiocualitativo Para esta segunda parte del estudio se han adquirido imgenes verdaderas de un fantoma en un tomgrafo Bruker Biospec 70/20 (7T). Se han empleado secuencias espn eco y eco de gradiente con losmismos valores de nmero de lneas del espacio k adquiridas, a fin de comparar el comportamiento de los diferentes algoritmos frente a loserroresdefaseintroducidosporambassecuencias.
48
Los parmetros ms relevantes de las secuencias utilizadas se citan a continuacin: Secuenciaespneco(SE) TE=14ms TR=800ms Cortes=9;gap=3mm
%EK adquirido Codificaciones enfase Tamaodela matriz Tiempode adquisicin 100 128,...,0,...127 256x256 324 83,2 71,5 62,5 128,...,0,...31 160x256 208 55,5 128,...,0,...,13 142x256 153 50 128,...,0 128x256 142
128,...,0,...84 128,...,0,...,54 213x256 250 183x256 226
Tabla3.Caracterizacindelaadquisicinparcial.Secuenciaespneco
Secuenciaecodegradiente(FLASH) TE=6ms TR=113ms =30 Cortes=9;gap=3mm
%EK adquirido Codificaciones enfase Tamaodela matriz Tiempode adquisicin 100 128,...,0,...127 256x256 028 83,2 128,...,0,...84 213x256 024 71,5 128,...,0,...,54 183x256 020 62,5 128,...,0,...31 160x256 018 55,5 128,...,0,...,13 142x256 016 50 128,...,0 128x256 014
Tabla4.Caracterizacindelaadquisicinparcial.Secuenciaecodegradiente
Para evaluar cualitativamente la calidad de las imgenes una vez aplicados los distintos algoritmos realizamos una comparacin visual de las imgenes, en los casos de71,5%y55,5%deespaciokadquirido.
Figura52.TomgrafoBrukerBiospec70/20(7T)
49
III.Resultados
8.Simulacindeadquisicinparcial
8.1Medidassobrelasimgenes
Relacinsealruido(SNR)
Para la evaluacin de este parmetro se han elegido las siguientes regiones de inters(ROIs)sobrelaimagen:
Figura53.ROIselegidas paraevaluarlarelacin sealruidodelaimagen
Larelacinsealruidodelaimagensecalculaapartirdelaexpresin: Mean( ROI ) Mean( Fondo) SNR = StdDev( Fondo) donde el trmino Mean(ROI) se refiere al valor medio de intensidad de seal en las regiones de inters escogidas. Este proviene de hacer la media entre los valores de intensidad de seal de las ROIs 1 a 3 y 4 a 6 por separado. Las ROIs 1 a 3 son consideradas calientes, por presentar mayor intensidad de seal y a partir de ellas obtendremos SNR caliente y las ROIs 4 a 6 son consideradas fras, pues presentan en nuestraimagenmenorintensidaddeseal,apartirdeellasobtendremosSNRfra. El trmino Mean(Fondo) se refiere al valor medio de intensidad de seal en el fondo,obtenidocomopromediodelosvaloresdeintensidaddesealdelasROIs7a9 yStdDev(Fondo)serefierealadesviacinestndardelamediadelasROIsdelfondo. Artefactosenlaimagen.Ringing
El perfil escogido para el estudio del ringing en las imgenes es el mostradoenlafigura

Figura 54. Perfil elegido para evaluar elringingdelaimagen
50
8.2Resultadossincorreccindefase
Denominamos SimConj al mtodo que utiliza la simetra hermtica para sintetizar los datos no adquiridos, ZeroPadding al relleno con ceros, StepW al relleno con ceros con preprocesado de tipo escaln y RampW y SinusW al relleno con ceros con preprocesado de tipo rampa y de tipo sinusoidal respectivamente. Los resultados paralasROIscalienteyfrarespectivamenteson:
ROIcaliente %EKadq 100 95,3 90,2 85,5 80,5 75,4 70,3 65,2 60,5 55,5 SimConj 4525,55 2303,49 2301,25 1540,53 939,71 584,81 426,02 341,59 308,38 126,40 Error ZeroPadding Error StepW Error RampW Error SinusW Error 41,25 4525,55 41,25 4525,55 41,25 4525,55 41,25 4525,55 41,25 21,25 4409,59 41,14 2047,06 19,80 1829,16 17,47 1994,53 18,63 22,21 3118,02 29,75 1897,04 18,43 1878,03 18,10 1928,89 19,06 13,98 3009,12 26,74 1512,53 15,31 2030,61 19,50 1963,38 19,60 6,50 2455,26 19,19 1155,45 11,64 1927,81 18,80 1920,41 18,58 3,78 1618,67 13,35 690,44 7,58 2158,93 21,25 1915,94 17,71 3,40 1133,91 9,16 597,62 6,35 1984,88 18,66 1473,31 14,04 4,17 1021,65 11,23 550,66 5,35 1618,13 13,80 1252,65 11,76 3,92 970,25 11,25 521,77 5,14 1503,91 15,67 849,19 7,77 5,38 241,89 7,50 177,69 2,14 575,69 5,10 197,92 2,02
Tabla5.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosSNRROIcalienteobtenidossincorreccindefase
SNR. ROIcaliente
5000,00 4500,00 4000,00 3500,00 3000,00 SNR 2500,00 2000,00 1500,00 1000,00 500,00 0,00 100 90 80 70 60 50
SimConj Ze roPadding Ste pW RampW Sinus W
%EKadquirido
Figura55.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaSNRROIcaliente.Sincorreccindefase
51
ROIfra
%EKadq 100 95,3 90,2 85,5 80,5 75,4 70,3 65,2 60,5 55,5 SimConj 3323,42 1687,32 1688,18 1129,87 688,05 427,92 311,54 249,62 224,98 91,28 Error ZeroPadding Error StepW Error RampW 118,87 3323,42 118,87 3323,42 118,87 3323,42 57,47 3233,03 116,24 1504,44 55,36 1342,54 59,02 2287,64 82,40 1390,93 48,54 1379,13 39,73 2208,61 79,60 1110,29 38,75 1490,95 23,67 1802,95 65,81 847,56 30,26 1416,26 14,99 1188,32 41,91 506,92 18,44 1585,11 10,32 830,09 27,49 438,71 15,72 1457,34 8,45 748,38 25,91 403,85 14,86 1186,71 7,82 710,96 25,25 382,35 14,29 1104,21 1,72 176,61 4,05 129,62 4,77 421,84 Error 118,87 49,07 50,58 54,71 51,19 58,18 54,38 44,83 40,17 15,01 SinusW 3323,42 1464,04 1415,87 1443,84 1410,51 1407,07 1079,77 918,32 622,61 144,97 Error 118,87 52,93 51,15 52,19 52,74 52,79 40,03 32,81 22,67 5,38
Tabla6.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosSNRROIfraobtenidossincorreccindefase
SNR. ROIfra
4000,00 3500,00 3000,00 2500,00 SNR 2000,00 1500,00 1000,00 500,00 0,00 100 90 80 %EKadquirido 70 60 50 SimConj Ze roPadding Ste pW RampW Sinus W
Figura56.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaSNRROIfra.Sincorreccindefase
Las curvas de SNR para la ROI fra y la ROI caliente presentan la misma tendencia aunque difieren en orden de magnitud. Como es de esperar la ROI fra presentavaloresdeSNRmsbajosdebidoalamenorintensidaddesealenlazona. ElrellenoconcerospresentalamejorSNRhastaqueadquirimosmenosdel80% del espacio k, momento a partir del cual su relacin sealruido cae bruscamente, quedandopordebajodelrellenoconcerosconprocesadopreviotiporampa(RampW) ytiposinusoidal(SinusW). Podemos afirmar que en este caso el mtodo que mejor funciona es el relleno con ceros hasta un porcentaje de espacio k adquirido de un 80%. Despus, interesa realizarunapreponderacinprevia delespacio ktiporampa,aunquelosresultadosde lapreponderacinsinusoidaltambinsonbuenos. El mtodo que utiliza la simetra hermtica y el relleno con ceros con preprocesado de tipo escaln presentan SNR por debajo del resto de los mtodos por debajodel90%deespaciokadquirido.
52
Los mtodos en los que se ha realizado un pesado previo del espacio k presentan menor SNR, pues al ponderar el espacio k hemos incrementado tambin el ruidodefondodelaimagen. Artefactosenlaimagen.Ringing
Incluimos como muestra dentro de este apartado los perfiles sobre la imagen obtenidos tras la aplicacin de la simetra hermtica para sintetizar los datos no adquiridos. En cada grfica podemos ver el perfil y la curva de ajuste de segundo grado,juntoconsuecuacin. Se observa una clara aparicin de ringing a medida que disminuimos el porcentajedeespaciokempleadoenlareconstruccin.
110 100 Niveldegris 90 80 70 60 0
100%EKadquirido
110 100 Niveldegris 90 80 70 60
95,2% EKadquirido
y = 0,0001x2 + 0,1135x+ 75,972
2 + 0,1122x+ 76,217 y = 0,0001x

50 100 150 200 250 300 350 Distanc ia(pxeles) S erie1 Polinmic a(S erie1)
S erie1 Polinmic a(S erie1)
50
100
150
200
250
300
350
Distanc ia(pxeles)
90,2% EKadquirido
110
85,5% EKadquirido
y = 0,0001x2 + 0,1156x+ 75,14 100 Niveldegris 90 80 S erie1 70 60 Polinmic a(S erie1)
110 100 Niveldegris 90 80 70 60 0
y = 0,0001x2 + 0,1144x+ 75,832

50 S erie1 Polinmic a(S erie1) 150 200 250 300 350
100
50
100
150
200
250
300
350
Distanc ia(pxeles)
Distanc ia (pxeles)
80,5% EKadquirido
100 Niveldegris 90 y = 0,0001x2 + 0,1105x+ 74,299
105 100 95 Niveldegris 90 85 80 75 70 65 60
75,4%EKadquirido
y = 0,0001x2 + 0,1059x+ 72,876
80
70
60 0 50 100
150
200
250
300
350
Distanc ia(pxeles)
50
100
150
200
250
300
350
Distanc ia(pxeles)
53

100 Niveldegris 90 80 70 60 0 50
70,3% EKadquirido
65,2% EKadquirido
100 Niveldegris 90 80 70 60 S erie1 Polinmic a(S erie1)
y = 0,0001x2 + 0,1157x+ 75,004
y = 0,0001x2 + 0,1268x+ 75,964

S erie1

100 150 200
Polinmic a(S erie1)
250
300
350
50
100
150
200
250
300
350
Distanc ia(pxeles)
Distanc ia(pxeles)
55,5%EKadquirido
60,5%EKadquirido
110 y = 5E05x2 + 0,0467x+ 80,639 100 Niveldegris 90 80 S erie1 70 60 0 50 100 150 200 250 300 350 Polinmic a(S erie1)
110 100 Niveldegris 90 80 70 60 0 50
y = 9E05x2 + 0,1024x+ 76,993
S erie1

100 150 200
Polinmica(S erie1) 250 300 350
Distanc ia(pxeles)
Distanc ia(pxeles)
Las medidas y la representacin grfica de 2 para cada mtodo se detallan a continuacin:

%EKadq SimConj ZeroPadding StepW RampW SinusW 100 0,055 0,055 0,055 0,055 0,055 95,3 0,077 0,080 0,104 0,097 0,157 90,2 0,087 0,061 0,098 0,146 0,152 85,5 0,065 0,112 0,075 0,145 0,141 80,5 0,076 0,072 0,061 0,136 0,185 75,4 0,095 0,060 0,084 0,144 0,108 70,3 0,290 0,118 0,060 0,176 0,064 65,2 0,586 0,189 0,063 0,070 0,076 60,5 0,625 0,225 0,065 0,069 0,069 55,5 1,165 0,359 0,064 0,080 0,090
Tabla7.Simulacindeadquisicinparcial.Resultados
2
.Sincorreccindefase
54
Chicuadrado. Comparativa
1,4 1,2 1 Chicuadrado 0,8 0,6 0,4 0,2 0 100 90 80 %EKadquirido 70 60 50
SimConj Ze roPadding Ste pW RampW Sinus W
Figura57.Simulacindeadquisicinparcial.Representacingrfica .Sincorreccindefase
2
A pesar de las consideraciones sobre la relacin sealruido realizadas anteriormente, tambin hemos de tener en cuenta la presencia de ringing cuantificada mediantela 2 .Elmtodoqueutilizalasimetrahermticaparalareconstruccindela imagen es el que mayor ringing presenta, lo que unido a su mala SNR nos hace decir queestemtododereconstruccinnointeresaenabsoluto. AunqueSNRparael rellenoconcerosescasilamejorposible,hayqueteneren cuenta que es el segundo mtodo con mayor ringing despus de la simetra hermtica. Si observamos las imgenes vemos que a partir de un 70% de espacio k adquirido la presenciaderingingestropeamucholasimgenes. Los mtodos en los que se ha realizado una ponderacin previa presentan un ringing mucho menor, por lo que aunque SNR para ellos disminuya, esta disminucin no parece tan grave como para que no interese su aplicacin en la reconstruccin de imgenes. La causa de esta desaparicin del ringing en las imgenes es debida a que la ponderacin previa del espacio k provoca que las altas frecuencias adquiridas tomen unamayorrelevanciaalserincrementadasenunfactor2. Elringingcomoseintrodujoenelapartado6.2,esconsecuenciadelaprdidade frecuencias espaciales, especialmente de las altas frecuencias encargadas de modelar correctamentelosbordesdelaimagen.Alrealizarunaponderacinpreviadelespacio kyapesardenohaberadquiridotodaslasaltasfrecuenciasdelaimagenconseguimos incrementar el peso de las altas frecuencias s adquiridas. De esta forma, el ringing se vereducido. An as, no todas las ponderaciones previas son iguales. La presencia de discontinuidadesbruscasenellasocasionapeoresresultadosdecalidaddeimagenque otrasponderacionesmssuaves.
55
Diferenciapromedio(AD)
Ladiferenciapromedioentrelasimgenescompletayparcialvieneindicadaen lasiguientetabla:
%EKadq SimConj ZeroPadding StepW RampW SinusW 95,3 2,18 0,91 0,92 7,03 17,52 90,2 4,31 1,93 1,89 9,47 22,65 85,5 7,82 3,06 3,06 12,77 29,27 80,5 20,16 5,30 5,43 18,37 39,53 75,4 48,26 10,01 9,70 27,70 54,76 70,3 55,51 19,67 17,75 43,82 76,02 65,2 100,00 37,50 32,18 70,67 110,00 60,5 170,00 66,89 59,82 110,00 160,00 55,5 320,00 130,00 130,00 220,00 300,00 Tabla8.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosAD.Sincorreccindefase
AD. Sincorreccinde fase 350,00 300,00 250,00 AD(x105 ) 200,00 150,00 100,00 50,00 0,00 100 90 80 %EKadquirido 70 60 50 SimConj ZeroPadding Step W Ramp W Sinus W
Figura58.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaAD.Sincorreccindefase
El mtodo que aplica simetra hermtica para la reconstruccin de la imagen es de nuevo el que peores resultados arroja junto con la ponderacin sinusoidal. Estos vienen seguidos de la ponderacin tipo rampa y por ltimo de los mtodos de relleno concerosyrellenoconcerosconpreponderacindetipoescaln. El parmetro AD mide la diferencia en promedio entre la imagen final resultadodelalgoritmo ylaimagenobtenidaapartirdelespaciokcompleto,deforma que aquellos mtodos que preponderan el espacio k generan imgenes cuyos valores de intensidad de seal en cada pxel se encuentran ms alejados de la original que otrosenlosquenoserealizapreponderacin,comoeselrellenoconceros.
56
8.3Resultadosconcorreccindefase
De nuevo denominamos SimConj al mtodo que utiliza la simetra hermtica para sintetizar los datos no adquiridos, esta vez con correccin de fase, HRampa al algoritmo homodino con preprocesado del espacio k tipo rampa y HSeno al algoritmo homodino con preprocesado del espacio k tipo sinusoidal. Margosian y POCS representandichosalgoritmos.
ROIcaliente %EKadq SimConj 100 4525,55 95,3 3533,29 90,2 2180,66 85,5 1582,16 80,5 865,32 75,4 501,13 70,3 392,77 65,2 363,16 60,5 380,11 55,5 162,50 HSeno Error Margosian Error 4525,55 41,25 4525,55 41,25 1697,60 16,74 3684,66 40,06 2410,26 23,48 5396,91 53,62 4752,93 45,87 2296,95 25,37 4970,48 47,44 1986,84 20,25 1402,37 14,31 2014,33 18,18 1289,68 13,21 1215,42 10,88 1522,38 16,12 1076,02 11,04 1132,68 10,67 2267,28 27,13 2789,28 30,01 317,51 9,52 Tabla9.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosSNRROIcaliente.Concorreccindefase
SNRROIcaliente 6000,00 5000,00 4000,00 SNR 3000,00 2000,00 1000,00 0,00 100,00 90,00 80,00 70,00 60,00 50,00 %EKadquirido
Figura59.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaSNRROIcaliente.Concorreccindefase
Error HRampa 41,25 4525,55 32,96 3172,72 20,27 2915,28 12,74 3121,27 6,07 2944,34 3,35 1887,15 2,80 1676,53 4,06 1291,09 4,63 1202,08 6,94 2430,10
Error 41,25 33,50 25,30 28,69 29,33 18,43 15,39 12,51 10,96 25,23
POCS 4525,55 4262,40 3814,41 3133,26 2290,93 1851,49 1763,22 1636,40 2007,49 983,54
Error 41,25 40,15 35,83 29,34 23,22 20,23 18,39 17,25 18,22 9,53
SimConj HRAMP HSINUS Margosian POCS
57
ROIfra %EKadq SimConj 100 3323,42 95,3 2586,50 90,2 1600,13 85,5 1159,66 80,5 634,00 75,4 367,14 70,3 287,07 65,2 265,22 60,5 277,41 55,5 117,22
Error HSINUS Error Margosian Error POCS 118,87 3323,42 118,87 3323,42 118,87 3323,42 83,57 1238,98 43,49 2704,12 93,45 3127,04 74,07 1760,94 63,71 3954,27 141,79 2796,75 77,47 3470,60 126,75 1687,82 60,41 2297,82 75,62 3635,94 130,27 1456,37 51,28 1684,36 48,57 1027,80 36,92 1473,12 51,46 1361,42 43,31 946,09 34,72 889,80 32,37 1296,49 34,33 1113,75 37,63 788,10 28,20 1201,87 31,16 830,95 30,22 1665,46 62,25 1474,85 64,74 2051,47 75,28 232,46 5,38 721,01 Tabla10.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosSNRROIfra.Concorreccindefase
SNRROIfra
Error 118,87 64,86 63,94 40,47 28,80 15,56 10,29 9,63 9,57 1,98
HRAMP 3323,42 2320,99 2128,79 2287,96 2151,94 1379,15 1226,97 946,94 880,90 1786,77
Error 118,87 112,35 47,40 79,95 61,23 48,79 46,43 43,95 53,87 26,40
4500,00 4000,00 3500,00 3000,00 SNR 2500,00 2000,00 1500,00 1000,00 500,00 0,00 100,00 90,00 80,00 %EKadquirido 70,00
SimConj HRAMP HSINUS Margosian POCS
60,00
50,00
Figura60.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaSNRROIfra.Concorreccindefase
De nuevo y al igual que ocurra cuando no realizbamos correccin de fase, la forma de las grficas es idntica para el caso de ROI fra y caliente aunque difieren en sus rdenes de magnitud debido a la menor y mayor intensidad de seal respectivamente. En cambio el comportamiento de las grficas SNR presenta en este caso saltos bruscos, especialmente en el caso del mtodo de Margosian y el algoritmo homodino con preponderacin de tipo sinusoidal. Esto puede deberse a la definicin de SNR elegida, que presenta una alta dependencia con la desviacin estndar del fondo de la imagen. Una pequea disminucin en este valor hace que SNR en la imagen sufra un incremento considerable. As, no consideramos estos altos valores de SNR alcanzados conMargosianyelalgoritmohomodinomuyacertados. En el caso que nos ocupa el mtodo que utiliza la simetra hermtica es claramente el que menores valores de SNR ofrece para casi cualquier porcentaje de espacio k adquirido. El algoritmo homodino con preprocesado de tipo rampa y el
58
mtodo POCS presentan resultados suaves y son por tanto los mtodos que encontramosmsinteresantesenestecaso. Hemos comprobado cmo el mtodo que utiliza la simetra hermtica para sintetizar los datos no adquiridos del espacio k presenta siempre la menor SNR de todos los mtodos utilizados. Esto es debido a la distribucin del ruido de la imagen trasaplicarsimetraconjugada. EnMRIelruidodefondodelasimgenesesgaussiano,esdecir,ladistribucin del ruido se asemeja a una distribucin gaussiana con una determinada media y varianza. En concreto en MRI la media de la distribucin es cero. Cuando aplicamos simetra hermtica para recuperar frecuencias no adquiridas rompemos esta distribucin del ruido y obtenemos en su lugar ruido correlado, en el que la variacin del nivel de gris depende de la posicin espacial del pxel en la imagen. As, la media del ruido deja de ser nula y como consecuencia el ruido de fondo aumenta, haciendo disminuirSNRdelaimagen. Si comparamos ahora los rdenes de magnitud de SNR con y sin correccin de fase, podemos observar cmo al corregir la fase de las imgenes obtenemos mayores valoresdeSNR. Artefactosenlaimagen.Ringing
%EKadq SimConj HRampa HSeno Margosian POCS 100 0,055 0,055 0,055 0,055 0,055 95,3 0,087 0,035 0,029 0,075 0,104 90,2 0,077 0,032 0,028 0,040 0,067 85,5 0,104 0,033 0,028 0,070 0,115 80,5 0,078 0,026 0,045 0,039 0,071 75,4 0,121 0,023 0,046 0,050 0,085 70,3 0,243 0,024 0,048 0,069 0,128 65,2 0,566 0,033 0,057 0,099 0,074 60,5 0,610 0,053 0,048 0,121 0,071 55,5 1,148 0,037 0,039 0,217 0,113
Tabla11.Simulacindeadquisicinparcial.Resultados
2
.Concorreccindefase
59
Chicuadrado. Comparativa 1,4 1,2 Chicuadrado 1,0 0,8 0,6 0,4 0,2 0,0 100 90 80 70 %EKadquirido
2
SimConj CON HRAMP HSINUS Margosian POCS
60
50
Figura61.Simulacindeadquisicinparcial.Representacingrfica .Concorreccindefase
Cuando realizamos la correccin de fase en las imgenes el algoritmo homodino es el que mejores resultados presenta, tanto para preprocesado tipo rampa comoparapreprocesadosinusoidal. Diferenciapromedio(AD)
Ladiferenciapromedioentrelasimgenescompletayparcialvieneindicadaen lasiguientetabla:
%EKadq SimConj HRampa HSeno Margosian POCS 95,3 2,49 2,75 3,84 1,04 0,40 90,2 5,93 3,96 5,02 2,31 0,88 85,5 13,83 5,14 6,13 3,63 1,34 80,5 21,59 6,78 7,58 5,89 1,93 75,4 45,00 8,10 8,69 10,04 2,26 70,3 56,23 9,95 10,38 18,63 2,98 65,2 110,00 10,34 10,86 33,72 3,65 60,5 180,00 11,89 12,24 59,84 4,18 55,5 330,00 12,85 13,11 120,00 5,50 Tabla12.Simulacindeadquisicinparcial.ResultadosAD.Concorreccindefase
60
AD. Concorreccinde fase 350,00 300,00 250,00 AD(x105 ) 200,00 150,00 100,00 50,00 0,00 100 90 80 70 %EKadquirido 60 50 SimConj HRAMP HSINUS Margosian POCS
Figura62.Simulacindeadquisicinparcial.RepresentacingrficaAD.Concorreccindefase
El algoritmo homodino y el mtodo POCS son aquellos que presentan mejores resultadosdeADtantosirealizamoscorreccindefasecomosino.
9.Adquisicinparcial
Realizamos en este punto una comparacin visual de las imgenes obtenidas conlosdistintosmtodosparadosporcentajesdeespaciokadquiridos:71,5%y55,5%. Comparamos todas las imgenes obtenidas para la secuencia eco de gradiente y espn ecoparacadaunodelosmtodos.
61
9.1Estudiocualitativo.71,5%deespaciokadquirido GEsincorreccindefase Simetrahermtica
SEsincorreccindefase Simetrahermtica
Rellenoconceros
Rellenoconceros
StepW
StepW
RampW
RampW
SinusW
SinusW
62
GEconcorreccindefase Simetrahermtica
SEconcorreccindefase Simetrahermtica
Algorit.homodino(rampa)
Algorit.homodino(seno)
Margosian
Margosian
POCS
POCS
63
9.2Estudiocualitativo.55,5%deespaciokadquirido GEsincorreccindefase Simetrahermtica
SEsincorreccindefase Simetrahermtica
Rellenoconceros
Rellenoconceros
StepW
StepW
RampW
RampW
SinusW
SinusW
64
GEconcorreccindefase Simetrahermtica
SEconcorreccindefase Simetrahermtica
Margosian
Margosian
POCS
POCS
65
9.3Comentariosalestudiocualitativo
Para el caso de un 71,5% del espacio k adquirido no se aprecia una gran diferencia en las imgenes obtenidas a partir de los mtodos sin correccin de fase dentrodeunamismasecuencia,aunquespodemosobservarcmolasecuenciaespn ecoofreceunamayorcalidaddeimagenquelaecodegradiente. Aplicando correccin de fase destaca el poco contraste que presentan las imgenes obtenidas a partir del algoritmo homodino y Margosian para secuencias eco de gradiente. Esto se debe a cmo elige cada mtodo la imagen final, pues ambos consideran como imagen final una imagen real. As, aparecen valores negativos en algunospxelesdelaimagenyestaaparecemsclara. Apenas se aprecia ningn artefacto en las imgenes, aunque en el caso de la simetra hermtica (sin y con correccin de fase) podemos apreciar la aparicin de ringingenlaszonasdondeexistenvariacionesbruscasenlaintensidaddeseal. Para este porcentaje de espacio k adquirido la correccin de fase no aporta mejorassignificativasenlacalidaddelaimagen. Para el caso de un 55,5% de espacio k adquirido podemos observar cmo aparecen ya artefactos en las imgenes de una forma mucho ms clara que en el caso anterior. Sin corregir la fase y tanto para secuencias espneco como eco de gradiente el mtodo que utiliza la simetra hermtica para sintetizar datos no adquiridos es el que peor calidad de imagen ofrece. La presencia de ringing estropea mucho las imgenes y aparece tambin el emborronamiento en algunas zonas de las mismas. Comprobamos deestaformalosresultadosobtenidosapartirdelasimulacindeadquisicinparcial. Traselmtododesimetraconjugadaelrellenoconceroseselquepeorcalidad de imagen ofrece. Recordamos cmo en la simulacin a medida que disminua el porcentaje de espacio k adquirido este mtodo perda inters, adems de presentar un ringingelevado. Enaquelloscasosenlosqueseharealizadounaponderacinpreviadelespacio kelringingdesapareceaunquelasimgenessehacenmsoscuras. Si corregimos la fase de las imgenes de nuevo la simetra hermtica presenta los peores resultados. Las imgenes que para un 71,5% de espacio k adquirido presentaban un menor contraste en el caso del algoritmo homodino y el mtodo de Margosianconlohacendenuevo,estaveztantoparasecuenciasespnecocomoecode gradiente. De nuevo la calidad de imagen ofrecida por la secuencia espneco es mayor queladeecodegradiente.
66
IV.Conclusiones
Tras observar las grficas de resultados experimentales de la simulacin, podemos afirmar que hasta un 70% de espacio k adquirido el mtodo que mejor funciona es el relleno con ceros, tanto en SNR como en presencia de artefactos, a pesar dequeenunprincipiopodraparecerelmssimpleyelquepeoresresultadosdebera arrojar. Por ello concluimos que no merece la pena emplear algoritmos ms complicados ni corregir la fase de las imgenes cuando trabajemos con porcentajes de espaciokadquiridosuperioresal70%. La simetra conjugada es el mtodo que peores resultados ofrece con o sin correccin de fase. Al copiar literalmente los datos aplicando las propiedades de simetra del espacio k, se copian tambin el ruido y los defectos de fase, con lo cual se tiene ruido correlado en la imagen, lo que provoca una disminucin de SNR en las imgenes. Por debajo del 70% de espacio k adquirido interesa realizar una ponderacin previa del espacio k, se comprueba experimentalmente cmo esta preponderacin elimina casi por completo el ringing de la imagen. Para porcentajes de espacio k adquiridos mayores que el 70% no interesa preponderar pues aumenta el ruido, disminuyendoSNR. Las imgenes obtenidas con secuencias de tipo eco de gradiente son peores que las imgenes obtenidas con espn eco, por lo que no es acertado utilizar mtodos de adquisicin parcial en combinacin con secuencias eco de gradiente. Adems la adquisicin de imgenes en GE es mucho ms rpida que en SE (como puede observarse en las tablas 3 y 4) por lo que la adquisicin parcial tiene mucho ms sentidoencombinacinconespnecoqueencombinacinconecodegradiente.
67
V.Bibliografa
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[16]
68

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MASTERFSICABIOMDICA TCNICASDE RECONSTRUCCINDE IMAGENENRESONANCIA MAGNTICA

1 ) de la magnetizacin longitudinal inicial y para t = 4T1 se ha recuperado e

Sustanciagris Sustanciablanca Lquido cefalorraqudeo Grasa Msculo

8501023 550710 3200 200 800

1724 1043 4550

Figura14.Los espinesdelosprotonessoninvertidosmedianteunpulsode180. Anas,recuerdansufaseanterior ycomopodemosobservarexisteunadiferenciadefaseentreespinesdediferentescolumnas.

Laposicinenelespaciok(kx,ky)vienegobernadaporelefectoacumulativode losgradientesalolargodelosejescorrespondientesdesdeelpulsodeexcitacinhasta elmomentoenelquelosdatossonrecogidos.Matemticamentelascoordenadaskxyky vienendadaspor:

G (t )dt y k (t) = G (t )dt

Algunasexpresionesquerelacionanelespaciokconelespaciodelaimagen: k y , max = [2 y ]1 k x , max = [2 x]1

dondekxykysonlosvaloresmximosdelasfrecuenciasespacialesenelespacio k, x y y las dimensiones del pxel en el dominio de la imagen y Lx y Ly las dimensionesdelobjeto.

= 0 ,1,..., M 1; k y = 0 ,1,..., N 1; = 0 ,1,..., M 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.7)

= 0 ,1,..., N 1; k y = 0 ,1,..., N 1; = 0 ,1,..., N 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.8)

; k x = 0 ,1,..., N 1; k y = 0 ,1,..., N 1; ; x = 0 ,1,..., N 1; y = 0 ,1,..., N 1; (3.9)

300 250 Nivelde gris 200 150 100 50 0 0 200

400 Distancia (pxeles)

El emborronamiento se presenta especialmente en la direccin en la que menos frecuenciasespacialeshansidoadquiridas,comomuestralasiguientefigura:

a+bi c+di cdi abi

i i ( x ) 1 m pk ( x) = m( x) + m( x) e 2x 2 Si utilizamos la funcin de correccin de fase previamente definida p * (x ) = e i ( x ) :

i 1 m pk ( x)e i ( x ) m( x) + m( x) 2x 2 Podemos resolver m( x) simplemente eliminando la parte compleja de la

Laimagenfinalcomplejapuedeestimarseportantocomo: m(x ) 2 Re m pk ( x)e i ( x ) e i ( x )

Esta teora presentada para el caso particular de un espacio k adquirido a la mitad,puedeextrapolarseparaelcasoparticulardeFourierParcial.

En concreto en nuestro trabajo se utilizan las dos ponderaciones previas representadasenlafigura45.

( obs i teori ) 2 teori2

(j, k) F(j, k ) F (j, k) [ ] ( ) max F j , k max F k =1 M2

128,...,0,...84 128,...,0,...,54 213x256 250 183x256 226

Secuenciaecodegradiente(FLASH) TE=6ms TR=113ms =30 Cortes=9;gap=3mm

Figura53.ROIselegidas paraevaluarlarelacin sealruidodelaimagen

El perfil escogido para el estudio del ringing en las imgenes es el mostradoenlafigura

SimConj Ze roPadding Ste pW RampW Sinus W

2 + 0,1122x+ 76,217 y = 0,0001x

S erie1 Polinmic a(S erie1)

110 100 Niveldegris 90 80 70 60 0

y = 0,0001x2 + 0,1144x+ 75,832

y = 0,0001x2 + 0,1059x+ 72,876

S erie1 Polinmic a(S erie1)

S erie1 Polinmic a(S erie1)

y = 0,0001x2 + 0,1157x+ 75,004

y = 0,0001x2 + 0,1268x+ 75,964

Polinmic a(S erie1)

110 100 Niveldegris 90 80 70 60 0 50

y = 9E05x2 + 0,1024x+ 76,993

Polinmica(S erie1) 250 300 350

Las medidas y la representacin grfica de 2 para cada mtodo se detallan a continuacin:

SimConj Ze roPadding Ste pW RampW Sinus W

SimConj HRAMP HSINUS Margosian POCS

SimConj HRAMP HSINUS Margosian POCS

SimConj CON HRAMP HSINUS Margosian POCS

9.1Estudiocualitativo.71,5%deespaciokadquirido GEsincorreccindefase Simetrahermtica

9.2Estudiocualitativo.55,5%deespaciokadquirido GEsincorreccindefase Simetrahermtica

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