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UNIVERSITE DE RENNES I
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FACULTE DE MEDECINE
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DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE


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PCEM 1 Biochimie Structurale

ENZYMES CO-ENZYMES
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Pr Marc Denis

Anne Universitaire 2007-2008

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ENZYMOLOGIE

1. GENERALITES 1.1. Dfinitions 1.1.1. Enzyme 1.1.2. Substrat Produit 1.1.3. Site actif 1.2. Mode daction

Diagramme d'une raction catalytique qui montre l'nergie (E) requise diffrentes tapes suivant l'axe du temps (t). 1.3. Caractristiques CH 2 OH O CH 2OH O OH + R OH

+ H2O

Galactosidase

D Galactoside

D Galactose

2. CLASSIFICATION DES ENZYMES 2.1. Oxydo-rductases EC1 2.2. Transfrases EC2 2.3. Hydrolases EC3 2.4. Lyases EC4 2.5. Isomrases EC5 2.6. Ligases (ou synthtases) EC6

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3. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A UN SUBSTRAT MODELE DE MICHAELIS 3.1. Gnralits 3.1.1. Influence de la concentration en enzyme
v v2 v1 E1 E2 [E]

3.1.2. Influence de la concentration en substrat a) Variation de [S], [P] et [ES] au cours du temps

Concentrations

P ES 0 tA tB

Temps

b) Variation de la vitesse en fonction de [S]

v VM
Enzyme satur

[S]
COURBE DE SATURATION

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3.2 . Aspect thorique Equation de Michaelis

v=

[S ] + KM

VM [S ]

3.3. Signification des paramtres cintiques 3.3.1 Constante de Michaelis KM


ENZYME Glucose phosphate isomrase Aldolase Triose phosphate isomrase Glycraldhyde-3-phosphate deshydrognase Phosphoglycrate kinase SUBSTRAT Glucose-6-phosphate Fructose1,6-diphosphate Glycraldhyde-3phosphate Glycraldhyde-3phosphate 3-Phosphoglycrate CONCENTRATION (M) 450 32 3 3 60 KM (M) 700 100 460 70 1200

3.3.2 Vitesse maximale VM


3.4. Dtermination des paramtres cintiques

1 1 KM 1 = + v VM [S ] VM

Reprsentation de Lineweaver et Burk

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3.5. Activit enzymatique 3.5.1. Dfinitions et units 3.5.2. Activit spcifique 4. EFFECTEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 4.1. Influence de la temprature 4.1.1. Effet de la temprature sur la vitesse 4.1.2. Inactivation thermique des enzymes 4.1.3. Rsultante des deux effets
Activit enzymatique
Activation

Dnaturation

opt

Temprature

ACTIVITE ENZYMATIQUE EN FONCTION DE LA TEMPERATURE

4.2. INFLUENCE DU pH

Activit enzymatique

pH opt
ACTIVITE ENZYMATIQUE EN FONCTION DU pH

pH

4.3. INFLUENCE DES IONS METALLIQUES 4.4. INHIBITEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 4.4.1. Inhibition comptitive

I E S

+S E +I EI ES E+P

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v=

V M [S ] [I ] 1+ [S ] + KM KI

[I ] K'M = KM 1 + KI

1 KM 1 [I ] = + 1+ KI v VM VM [S ] 4.4.2. Inhibition non comptitive simple

E S I

E +I EI

+S

ES +I ESI

E+P

+S

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v=

V M [S ] [I ] 1+ (KM + [S ]) KI

VM=

'

VM 1 + [I ] KI

1 1 = v VM

[I ] 1 + KM 1+ KI [S ]

4.4.3. Autres types d'inhibitions

4.5. Modle allostrique

Forme

Forme R

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4.6. Rle biologique des effecteurs enzymatiques


NH 2 NH 2

COOH Acide p-aminobenzoque

SO 2 Sulfamide

NH 2

NH 2 N N N

SH N

N Adnine

NH

NH

6 mercaptopurine

5. LES ISOENZYMES 6. LE SITE ACTIF 6.1. Topologie du site actif


R153 R152 R 40 R 39 R38 Squelette peptidique de l'enzyme R R37 R36 R151

R170 R150 S R35 R 32 R34 R33 Substrat


liaison devant tre coupe

R149 R31

chaines latrales des acides amins

REPRESENTATION SCHEMATIQUE DU SITE ACTIF

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6.2. Nature de l'interaction enzyme-substrat 6.2.1. Interactions hydrogne 6.2.2. Transfert de charge 6.3. Mise en vidence du site actif 6.3.1. Ractifs de groupes 6.3.2. Marquage par le substrat ou ses analogues 7. REGULATION DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 7.1. Contrle gntique de la synthse des enzymes 7.2. Rgulation par modification structurale de l'enzyme 7.2.1. Systmes rversibles a) Phosphorylation - dphosphorylation : Ser, Thr, Tyr
ATP EnzSerOH ADP EnzSerOPO3 H2

b) Adnylylation - dsadnylylation : Tyr

ATP EnzTyrOH

PPi EnzTyrOAMP

c) Mthylation - dmthylation : Glu

RCH3

EnzGluCOOCH3 EnzGluCOOH d) MonoADP-ribosylation : Arg, Asn, Lys, Cys NAD EnzArg


7.2.2. Systmes irrversibles a) Activation des proenzymes en enzymes par protolyse limite. b) Activation des proenzymes par addition de coenzymes

Nicotinamide EnzArgribosylADP

7.3. Rgulation au niveau du site catalytique 7.3.1. En fonction de KM et de la concentration en substrat 7.3.2. Inhibiteurs et activateurs

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7.4. Rgulation allostrique


7.4.1. Inhibition par le produit final E1 E2 E3 E4 E5

7.4.2. Activation par le prcurseur

E1

E2

E3

E4

E5

C
+

7.4.3. Activation ou inhibition par des mtabolites

8. UTILISATION DES ENZYMES EN BIOLOGIE 8.1. Enzyme de Conversion de l'Angiotensine (ECA) 8.2. Amylase 8.3. Cratine phosphokinase (CPK) 8.4. Lactate-dshydrognase (LDH) 8.5. Phosphatases alcalines (PAl)

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LES COENZYMES
1. DEFINITION ET PROPRIETES 2. CLASSIFICATION

COENZYMES DE TRANSFERT DE GROUPES


1. PYRIDOXAL PHOSPHATE (PLP) 1.1. Structure
CHO HO
5

R= CH 2 OR

H O

Pyridoxal

H3 C

+ N 1 H

R=

P OH

OH

Pyridoxal phosphate

1.2. Source 1.3. Ractivit


1.3.1. Transamination entre un aminoacide et un ctoacide
COOH R1 CH NH 2 + R2 C O COOH R2 CH NH 2 COOH + R1 C O COOH

1.3.2. Dcarboxylation 1.3.3. Racmisation

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2. PYROPHOSPHATE DE THIAMINE (TPP) 2.1. Structure


6' 5' 4' 3'

N 1'
2'

CH 2

+ N3
2 1

CH 3
4 5

H3 C R= H O P

NH 2

CH 2

CH 2

OR

Thiamine O O P OH OH Pyrophosphate de thiamine

R=

OH

2.2. Source 2.3. Principaux types de ractions catalyses 2.3.1. Dcarboxylation d'acides ctoniques 2.3.2. Ractions de transctolisation 3. BIOTINE 3.1. Structure O
2'

HN H
2

1'

3'

NH H

4 5 1

S 3.2. Ractivit 3.2.1. Carboxylation 3.2.2. Dcarboxylation 3.2.3. Transcarboxylation

(CH 2 ) 4

COOH
10

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4. FOLATES (vit B9) 4.1. Structure


OH N N H2 N R= R= OH NH CH
4 3 2 1 8 5 6 7 5' 6' 1' 3' 2'

O C R

CH NH 2 10 9

4'

N Acide ptroque (CH 2 ) 2 COOH

COOH

Acide ptroyl glutamique

4.2. Source 4.3. Ractions catalyses

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5. COBALAMINE (vitamine B12) 5.1. Structure

- le cobamide coenzyme B12 R = 5' dsoxyadnosine - les vitamines B12 : R = CN pour la cyanocobalamine (vit B12) R = OH pour l'hydroxycobalamine (vit B12a) R = CH3 pour la mthylcobalamine (mthyl B12)

5.2. Source 5.3. Types de ractions o intervient le coenzyme B12


5.3.1. Isomrisations 5.3.2 Transfert de groupe CH3

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6. COENZYME A 6.1. Structure


NH 2 N N
1 7 9

N O O H2 C H C 3C Acide pantoque CH CO P OH CH 3 OH NH (CH 2 ) 2


Alanine

N
5'

O O P OH
3' 2'

H 2C O
4' 1'

3' 5' diphospho adnosine

H 2 PO 3 O CO NH

OH (CH 2 )2 SH

Cystamine

Acide pantothnique Pantthine

6.2. Ractions catalyses 6.2.1. Ractions d'acylation


Acyl AMP

O + CoASH O AMP R C

O + AMP SCoA

Acyl CoA

6.2.2. Ractions de condensation

7. NUCLEOSIDES 5' MONO ET POLYPHOSPHATES 7.1. Structure de l'ATP


ATP ADP AMP NH 2 N N
1 7 3 9

O HO P OH O

O P O

O P O

N
5'

N O
4' 3' 1' 2'

H2 C

OH
liaisons anhydrides

OH
liaison ester

OH OH

Adnosine

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6.2. Proprits de l'ATP


6.2.1 Hydrolyse de l'ATP

O R O P O OH 6.2.2. Complexation

O OH P O

O P OH

ou

OH H

OH

6.3. Principaux types de ractions ou intervient l'ATP 6.3.1. Transfert de phosphate Adnine-ribose P P P + R OH 6.3.2. Transfert de pyrophosphate Adnine-ribose P P P + R OH R O P P + AMP R OP + ADP

6.3.3. Transfert d'adnosine monophosphate Adnine-ribose P P P + R O ATP + R C OH PP i


CO R NH 2 PP i CH NH 2

R AMP + Ppi O

C O

Acyl AMP

ribose-adnine

COOH ATP + R CH

ribose-adnine

Aminoacyl AMP

6.4. Autres nucleosides phosphates 6.4.1. Nuclosides diphospho oses 6.4.2. Nuclosides monophosphate cycliques

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MODE D'ACTION DE L'AMP CYCLIQUE SECOND MESSAGER HORMONAL

NH 2 N N

H
Rcepteur de l'hormone

Hormone

extrieur

N
AMP cyclique
5'

N O
3'

+
Adnylate cyclase

Membrane plasmique
intrieur

H2 C

ATP
Protine kinase inactive

3'5' AMP +
Protine kinase active

HO

P O

+
Enzyme dphosphoryl inactif Enzyme phosphoryl actif responsable des effets biologiques

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COENZYMES D'OXYDO-REDUCTION
1. COENZYMES NICOTINIQUES 1.1. Structure
O C OH N

1.1.1. Nicotinamide adnine dinuclotide NAD+


Nicotinamide nuclotide
4 3 2

O C NH 2

O
5'

N O

HO

H 2C

O N1
2

NH 2 N
9 3

N
5'

N O
2'

HO

P O

H 2C

AMP R=H R = PO H
3

OR + NAD NADP+

1.1.2. Le nicotinamide adnine dinuclotide phosphate NADP+

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H ion hydrure

O H C NH 2
Attaque nuclophile
4

O H C NH 2 N R

N+ R

H + 2 H+ + 2 e -

H + H+ N

+ N Ox R E' = - 0,32 V Red

1.2. Sources 1.3. Proprites optiques des coenzymes pyridiniques


NAD+

Absorption

NADH

260

340

420

(nm)

1.4. Principaux types de ractions catalyses par les coenzymes pyridiniques 1.4.1. Oxydation d'alcools primaires
R CH 2 OH R CHO NAD + NADH + H +

1.4.2. Oxydation d'alcools secondaires


O R CH R' OH R C R' NAD + NADH + H +

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1.4.3. Oxydation d'aldhydes hydrats H H


RC O + H 2O R C OH OH R C

O OH

NAD + NADH + H +

1.4.4. Transformation d'amines primaires en ctones


imine

CH NH 2

R' NAD + NADH +H+

C NH

R' H2 O NH 3

C O

R'

2. COENZYMES FLAVINIQUES 2.1. Structure


O H 3C Riboflavine H 3C
5 6

N
10

4 3 2

NH O NH 2 N N
9

7 8 9 1

N CH 2 (CHOH)3
5'

CH 2 O OH O P O O

N H2 C O

OH

P O

FMN FAD

2.2. Sources 2.3. Ractions catalyses par les coenzymes flaviniques


H N
10

H N
10

+2H
1

+2e

N Ox H E' = - 0,20 V Red

N H

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2.2.1. Hydrognes provenant d'un substrat rduit XH2

XH 2 FAD
H 2C H 2C COOH COOH FAD FADH 2

X FADH 2
HC HOOC CH COOH

Acide succinique

Acide fumarique (trans)

2.2.2. Hydrognes issus de coenzymes nicotiniques rduits XH NADH + H + FADH Cytochrome red
2 2

NAD +

e-

FAD

Cytochrome ox

3. COENZYMES QUINONIQUES
O H 3 CO H 3 CO O CH 3 CH CH 2 C CH 3 n CH 2 H avec 4 < n < 10

O
+

OH

+2H

+2e

Ox

E' = + 0,10 V

Red

OH

4. ACIDE LIPOIQUE (CH2) 4 COOH S S + 2 H+ + 2 e HS SH (CH2 )4 COOH

Acide lipoque oxyd

E' = - 0,29 V

Acide lipoque rduit

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5. ACIDE ASCORBIQUE O C C C HC HO C H HO O O O +2H


+

O C C +2e

C HC C

OH O OH

CH 2 OH

CH 2 OH

Acide L dhydro ascorbique

E' = + 0,06 V

Acide L ascorbique

6. LE GLUTATHION

Acide glutamique
H2 N HOOC CH (CH 2 )2

Cystine O H N C N C CH H O CH 2
SH

Glycine
CH 2 COOH

GSSG + 2 H+ + 2 e-

2 GSH