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La alineacin de las secuencias de genes fliC y fljB muestra que los extremos 5 y 3 de los genes de diferentes tipos antignicos estn altamente conservados. Las secuencias de la regin central de estos genes puede ser altamente variable entre los tipos de antgenos inmunolgicamente diferentes y se supone que son la base de las diferencias antignicas de los antgenos flagelares. . Las diferencias que se corresponden con estas secuencias de antgenos de protenas pueden
diferir en tan slo un residuo de aminocido. Sin embargo, estos cambios no han sido identificados como el eptopo inmunolgico. Serotipificacin tradicional del antgeno H es tecnolgicamente simple; sin embargo, la produccin y control de calidad de los cientos de antisueros necesarios para generar los ms de 2500 serotipos son difciles y requieren mucho tiempo. Muchas cepas requieren de 3 a 5 das o ms para la determinacin completa de los serotipos, lo que retrasa la informacin presentada en los sistemas de informacin sobre salud pblica.