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Mtabolisme
Les animaux, comme vous et moi, ne peuvent rester en vie sans nergie. Cette nergie, les animaux l'obtiennent en consommant une myriade de molcules organiques de toutes sortes, en les convertissant en un nombre plus restreint de molcules relativement simples, puis en extrayant graduellement l'nergie chimique entrepose dans ces carburants pour la monnayer sous une forme directement utilisable (l'ATP), ou pour l'entreposer court (glycogne) ou moyen (graisses) terme. Les voies mtaboliques comprennent des milliers de ractions chimiques complexes qui doivent tre coordonnes efficacement pour fournir l'nergie venant de la nourriture (catabolisme) ou pour crer d'autres molcules organiques partir de molcules plus simples (anabolisme).

ATP: la monnaie unique de l'conomie nergtique cellulaire


Les cellules animales ne peuvent survivre de hautes tempratures ou de fortes pressions. L'extraction de l'nergie contenue dans les molcules composant leur nourriture doit donc se faire graduellement. Pas question de simplement brler des hydrates de carbones (comme dans un moteur explosion). Les voies cataboliques permettent de convertir les grandes quantit d'nergie contenues dans les sucres, les acides gras ou les acides amins, en de plus petites dnominations: les molcules d'ATP. Cette conversion d'nergie contenue dans la nourriture se fait en une srie d'tapes et fait intervenir un nombre hallucinant de composs et enzymes. En couplant les raction exergoniques des ractions endergoniques, les cellules animales peuvent donc librer l'nergie quand est elle requise et l o elle est requise.
Figure 2. Conversions ADP - ATP sont le mcanisme principal de transfert dnergie. Laddition dun troisime groupement phosphate requiert de lnergie.Cette nergie est libre lorsque ce phosphate est enlev.

NH 2 OO P O OO P O O- CH 2 N O OH NH 2 O O P O OO P O OO P O O- CH 2 N O OH N N N N N N

ADP

OH

ATP
OH

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Pourquoi l'oxygne est-il ncessaire ?


Si la grande majorit des animaux ont besoin d'oxygne pour survivre, c'est parce qu'en son absence ils ne peuvent extraire assez d'nergie des carburants assimils. Lorsque l'oxygne est disponible aux cellules animales, elles peuvent compltement oxyder les molcules d'aliments en dioxyde de carbone et en eau. En son absence, l'oxydation est moins complte, et l'nergie produite ne correspond qu' une fraction de ce qui est libr en conditions arobies. Les cellules qui ont un mtabolisme lev et qui ont peu de rserves d'ATP (neurones du cerveau des mammifres, par exemple) ne peuvent survivre plus d'une minute ou deux sans oxygne.

Production d'ATP en conditions arobies


En conditions arobies, la production d'ATP partir d'un sucre simple comme le glucose se fait en 4 grandes tapes.

lectrons transports par 2 NADH

lectrons transports par 2 NADH

lectrons transports par 6 NADH et 2FADH2

Cytosol
Glycolyse Glucose 2 Pyruvate 2 Actyl CoA Cycle de Krebs Chane de transport des lectrons

ATP
+2

ATP
+0 (-2)

ATP
+2

ATP
+34

Tout d'abord, le glucose (un hexose, donc un sucre six carbones) est scind en deux molcules de pyruvate (ou d'acide pyruvique, 3 carbones). Cette tape a lieu dans le cytosol et est communment appele la glycolyse. Les molcules de pyruvate produites doivent ensuite traverser la membrane mitochondriale o elles sont transformes au passage. C'est la raction de transition Dans la matrice mitochondriale, les drivs du pyruvate sont compltement oxyds en dioxyde de carbone et en eau. L'nergie chimique contenue dans les molcules dgrades est transfre (en partie) des molcules spcialises (NADH, FADH2). C'est le cycle de l'acide citrique, aussi appel cycle de Krebs.

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la surface de la membrane mitochondriale interne, la chane de transport des lectrons convertit l'nergie entrepose temporairement dans les molcules spcialises (NADH, FADH2) en ATP. Cette tape cruciale, la phosphorylation oxydative, produit la majorit des ATP.

Glycolyse

Le glucose est une molcule qui contient 686 kcal par mole d'nergie qui peut tre libre par oxydation. La glycolyse est la premire tape du processus cellulaire de respiration. Elle a lieu dans le cytosol de nombreux type de cellules animales. Au cours de la glycolyse, la transformation du glucose suit une squence de 9 ractions catalyses par des enzymes qui produisent deux molcules de pyruvate (la forme ionise de l'acide pyruvique). La glycolyse ne se produit pas spontanment : deux molcules d'ATP sont ncessaires la phosphorylation du glucose pour produire l'intermdiaire ractif. La glycolyse produit 4ATP (pour une production nette de 2), 2 NADH et 2 pyruvate. Les deux molcules de pyruvate produites contiennent encore la majorit de l'nergie chimique du glucose. En fait, la glycolyse ne convertit qu'environ 2% de l'nergie du glucose en ATP. Les animaux qui peuvent exploiter l'nergie contenue dans le pyruvate auront donc un avantage important.
Oxydation du pyruvate (Raction de transition)

En prsence d'oxygne, la plupart des cellules animales vont dgrader le pyruvate en dioxyde de carbone et en eau au cours de trois tapes : l'oxydation du pyruvate, le cycle de l'acide citrique, et la phosphorylation oxydative (chane de transport des lectrons). Cependant, l'oxygne n'entre rellement en action qu' la toute dernire tape de la chane de transport des lectrons. Une mole de pyruvate peut tre oxyde en librant 271.5 kcal d'nergie libre. l'tape d'oxydation du pyruvate (raction de conversion), les deux molcules de pyruvate sont converties en deux molcules d'actate. Cette raction a lieu dans la mitochondrie et libre du dioxyde de carbone, un dchet qui doit diffuser hors de la cellule. Le produit de cette tape est donc deux molcules d'actate qui vont se joindre 2 molcules de coenzyme A pour former 2 actyl CoA. Cette oxydation des deux molcules de pyruvate va galement produire 2 NADH. L'actate, une molcule 2 carbones, peut tre produit partir de pyruvate, mais aussi partir de nombreux acides amins, des parties d'acides nucliques, et de la plupart des sucres. Lorsque combin une molcule de coenzyme A, le produit (Actyl CoA) peut ensuite tre dgrad par la troisime grande tape : le cycle de l'acide citrique.
Le cycle de l'acide citrique (cycle de Krebs)

Dcrit en 1937 par Sir Hans Krebs, ce qui lui a ventuellement valu le prix Nobel, le cycle de l'acide citrique fait intervenir des enzymes attaches la membrane interne de la mitochondrie, et d'autres dans la matrice mitochondriale. la fin des huit tapes du cycle, pour chaque molcule d'actyl

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CoA, 3 molcules de NADH, une de FADH2, et une molcule d'ATP sont produites, et il y a production de deux molcules de dioxyde de carbone. L'nergie contenue dans les transporteurs d'lectron NADH et FADH2 ne sera libre qu' l'tape suivante par la chane de transport des lectrons.
Figure 3. Transferts dnergie dans le cycle de lacide citrique (de Krebs). Dans cette tape, lactyl CoA est dgrad en dioxide de carbone et les atomes dhydrogne et les lectrons sont transports vers la chane de transport des lectrons par le NADH et le FADH2

actyl CoA oxaloactate


NADH

citrate

H2O

cis-aconitate

H2O

malate
H 2O

isocitrate
CO2 +

fumarate
FADH2 ATP

NADH

-ketoglutarate succincyl CoA


AdP Coenzyme A CO2 + NADH

succinate
+ Coenzyme A

La chane de transport des lectrons (phosphorylation oxydative)

Avant d'entrer dans la chane de transport des lectrons, une mole de glucose aura donc t convertie en : 4 moles d'ATP (quivalent 29Kcal) 10 moles de NADH (environ 520Kcal) 2 moles de FADH2 (environ 70 Kcal) Ce qui correspond environ 90% des 686 kcal initialement contenues dans le glucose. Le 10% "perdu" est dissip en chaleur. Mais seulement 29 kcal sont directement disponible sous forme d'ATP. L'essentiel de l'nergie est contenu dans les transporteurs d'lectrons NADH et FADH2. La chane de transport des lectrons sert convertir toute cette nergie en ATP le plus efficacement possible.

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Figure 4. Chane de transport des lectrons. Ce diagramme, illustre les principales ractions impliquant les accepteurs dlectrons de part et dautre de la membrane interne de la mitochodrie. Parralllement au transport des lectrons, des protons sont pomps dans lespace intermembranaire de la mitochondrie. Cest partir de ce gradient chimique que lATP est produit par phosphorylation oxidative. Image provenant du projet KEGG, qui est l'acronyme de Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes, qui a pour but l'informatisation de la connaissance actuelle des voies mtaboliques et rgulatrices (http://www.genome.ad.jp/ kegg/pathway/map/map00190.html)

La chane de transport des lectrons consiste en une srie de transporteurs d'lectrons associs des protines qui sont imbriques de part et d'autre de la membrane interne des mitochondries. Ces transporteurs sont positionns en srie dans la membrane en ordre croissant d'affinit pour les lectrons. Les lectrons, passant d'un transporteur l'autre, relchent de l'nergie qui est harnache pour produire de l'ATP. Ce processus de production de l'ATP partir du transport des lectrons est appel la phosphorylation oxydative. Le NADH et le FADH2 produits lors de la glycolyse et du cycle de l'acide citrique transfrent leur lectrons (avec les ions hydrognes associs) la chane de transport des lectrons, ce qui permet de regnrer le NAD+, qui autrement viendrait manquer. Le cyanure et le monoxyde de carbone sont des poisons mtaboliques qui inhibent la chane de transport des lectrons. Seule une partie de l'nergie contenue dans les transporteurs d'lectrons NADH et FADH2 est emmagasine dans l'ATP. Le reste est dissip sous forme de chaleur. Au total, l'ensemble des 4 tapes de la respiration arobie permet de convertir 40% de l'nergie du glucose (les 60% restants s'chappent sous forme de chaleur). Synthse de l'ATP. Simultanment au passage des lectrons dans la chane de transport des lectrons, des ions H+ sont transports dans l'espace intermembranaire de la mitochondrie. L'accumulation de ces ions cre un gradient d'nergie chimique rsultant de diffrences de concentration d'ions hydrogne (pH) de chaque cot de la membrane interne. La chane de transport d'lectrons fonctionne donc simultanment comme une pompe protons.

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Figure 5. Diagramme de lATP-synthase. Retour de protons accumuls dans lespace intermembranaire de la mitochondrie par des pores permet ATP synthase de rcolter cette nergie potentielle et de former de lATP (chimiosmose). Illustration provenant du site de la fondation Nobel sur Boyer et Walker, les deux rcipiendaires du prix Nobel de chimie 1997. (http://www.nobel.se/chemistry/ laureates/1997/illpres/boyer-walker.html)

L'ATP est form partir d'ADP et de phosphore inorganique lors du retour des protons vers l'espace intrieur de la mitochondrie. L'ATP-synthase (ATPase protons) est une enzyme situe dans des pores la surface de la membrane interne de la mitochondrie qui capture l'nergie chimique relche par le retour des protons vers la matrice de la mitochondrie.

Respiration anarobie
Lors de la respiration cellulaire arobie, le NAD est regnr partir du NADH par la chane de transport des lectrons et l'oxygne est l'accepteur final d'lectrons. Certains animaux vivent cependant dans des conditions o il n'y a pas suffisamment d'oxygne pour la respirations arobie (parasites intestinaux). D'autres doivent survivre des priodes o l'oxygne n'est pas en quantit suffisante (moules mare basse, prof en ski de fond tentant dsesprment de monter la cte Penguin). Dans ces conditions, il y aura respiration anarobie, une oxydation du glucose sans oxygne.
Figure 6. Fermentation lactique

2 ADP + 2 Pi

2 ATP

Glucose

Glycolyse

2 NAD+

2 NADH +2 H+

2 Acide pyruvique

2 Acide lactique

Lorsque l'organisme ne peut se procurer suffisamment d'oxygne pour permettre la chane de transport des lectrons de fonctionner, le pyruvate produit par la glycolyse ne peut continuer tre oxyd et l'nergie contenue transporte par le NADH produit par la glycolyse ne peut tre extraite par la chane de transport des lectrons. Dans ces conditions, une enzyme prsente

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dans le cytosol la lacticodshydrognase catalyse la conversion du pyruvate en lactate et de NADH en NAD. Cette regnration de NAD permet la cellule de continuer la glycolyse et donc d'obtenir de l'nergie (beaucoup moins efficacement cependant). Le lactate n'est pas mtabolis plus fond en conditions anarobies et s'accumule dans la cellule. Lorsque l'oxygne redevient disponible, ce lactate est reconvertit en pyruvate est passe par les autres tapes de la respiration arobie. L'oxygne utilis pour mtaboliser ce lactate correspond une dette d'oxygne. Certains organismes (les parasites intestinaux par exemple), utilisent une forme de glycolyse diffrente au cours de laquelle le glucose est scind pour produire du malate, au lieu du lactate. Ce mcanisme fonctionne comme la fermentation lactique en regnrant le NAD partir du NADH pour pouvoir continuer la glycolyse.

Autres sources d'nergie


Si un animal ne peut obtenir suffisamment de nourriture, il va utiliser ses rserves d'nergie. Lorsque la cellule produit un surplus d'ATP, la forte concentration d'ATP inhibe la chane de transport des lectrons et l'actyl CoA sert la biosynthse d'acides gras. Acides gras entreposs sous forme de triglycrides, surtout sous forme de gouttelettes dans cellules adipeuses. Lorsque le besoin s'en fait sentir, les triglycrides sont hydrolyss dans le cytosol pour librer des acides gras et le glycrol. Les graisses sont une excellente substance de rserve : elles permettent d'emmagasiner beaucoup d'nergie tout en tant lgres. En effet, les lipides contiennent deux fois plus d'nergie par mole que les hydrates de carbone complexe comme le glycogne. Le glycogne requiert cependant 3-5 g d'eau par gramme pour l'entreposage, et la masse isocalorique des graisses est donc environ 10x plus faible que celle du glycogne.
Figure 7. Anabolisme et catabolisme arobie des protines, polysaccharides et des lipides
Protines
ADP + Pi ATP

Polysaccharides
ADP + Pi ATP

Lipides
ADP + Pi ATP

Acides amins

ADP + Pi ADP + Pi ATP ATP

Hexoses Pentoses

Acides gras
ADP + Pi ATP ADP + Pi ATP

ADP + Pi ATP

Pyruvate Ure Cycle de Lure

Actyl-CoA

O2

CO2

Cycle de lacide citrique

e-

Chane de transport des lectrons Phosphorylation oxydative

ATP

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Les triglycrides des lipides sont cataboliss en acides gras et glycrol. Le glycrol peut tre converti en pyruvae et entrer dans le cycle de Krebs. Les acides gras sont clivs, deux carbones la fois, pour produire de l'actyl CoA qui entre dans le cycle de Krebs galement. Notez que le mtabolisme des lipides rutilise une bonne partie des voies mtaboliques du glucose. Le catabolisme des protines suit un scnario similaire. Les protines sont hydrolyses en acides amins. Le groupe amin est cliv et sort de la cellule sous forme d'ammoniaque. Le reste de la molcule entre dans le cycle de Krebs.

Contrle du mtabolisme
La production d'ATP doit tre finement couple aux besoins des cellules animales. Sa formation, et celle des produits intermdiaires du mtabolisme, peut tre accrue ou diminue selon le besoin. Les cellules conservent donc l'nergie et les matriaux leur disposition en les utilisant efficacement. Le contrle des ractions mtabolique peut se faire de nombreuses faons : en contrlant le transport d'un des ractif, en modulant l'activit d'une enzyme servant de catalyseur (soit en la modifiant chimiquement, soit en la rgulant allostriquement) en modifiant la structure tertiaire de la protine, ou en contrlant la disponibilit des cofacteurs (NAD, ADP, ATP, vitamines, etc.).

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