PRINCIPES DE LA CLASSIFICATION DES VIRUS

On a d'abord class les virus 1 - selon l'organisme parasit :

les virus des bactries : (bactriophages ou phages) les virus des vgtaux les virus des animaux 2 - selon leur mode de transmission : virus transmis par les voies respiratoires. virus transmis par le tractus digestif (les virus entriques) virus transmis par les arthropodes : les arbovirus (contraction de arthropod borne virus)

La classification actuelle
Base sur l'ensemble des donnes biochimiques et morphologiques, la classification actuelle, propose en 1962 par Lwoff, a t adopte par tous les virologistes. Dans l'ordre dcroissant des critres, on a successivement :

1 - LE GENOME
1 - la nature du matriel gntique - ADN - ARN 2 - la structure de l'acide nuclique - monocatnaire - bicatnaire 3 - la forme de l'acide nuclique - linaire - circulaire - non segment - segment

2 - L'ENVELOPPE
- virus nus (N)

3 - LA SYMETRIE DE LA CAPSIDE
- symtrie hlicodale (H)

- symtrie icosadrale (I)

- virus envelopps (E)

- symtrie inconnue (?)

LA NOMENCLATURE DES VIRUS

Elle se rfre la classification de Linn : R E C O F G E R V I : Rgne, Embranchement, Classe, ordre, Famille, Genre, espce, Race, Varit, Individu ...mais en plus simple : R E C O RVI: On rpartit les virus en familles elles-mmes subdivises en genres qui regroupent les espces. les familles sont dsignes par un prfixe latin ou grec suivi de viridae : (Herpesviridae, Myxoviridae, etc.) (Picornaviridae vient de pico [petit] et RNA.) les genres sont dsigns de la mme manire. On remplace simplement viridae par virus (les Myxovirus, les Adenovirus). les espces Au genre on ajoute un nom d'espce : Herpesvirus simplex on utilise trs souvent des abrviations : Les virus de l'herps = HSV 1 et 2 pur Herpes simplex virus) mais aussi HHV (pour Human herpes viruses)

F (s/F) G E

CLASSIFICATION DES VIRUS INTRESSANT L'HOMME

GNOME FAMILLE Poxviridae Envelopps Herpesviridae Hepadnaviridae Adenoviridae Nus Papovaviridae I

Symtrie

Particulari

complex I

ADN

bicatnaire

I + RT I

monocatnaire

Nus

Parvoviridae Flaviviridae Togaviridae H H H

Envelopps monocatnaire + Coronaviridae Retroviridae Picornaviridae Nus Caliciviridae Rhabdoviridae I H + T H + T H + T H + T H + T H + T I + T

? + RT I

ARN

monocatnaire Filoviridae et non segment Paramyxoviridae Envelopps monocatnaire et segment (3) Bunyaviridae bicatnaire segment Nus (10) Reoviridae (8) Orthomyxoviridae (2) Arenaviridae

Signification des abrviations utilises dans les tableaux rcapitulatifs suivants les virus ADN (2) L (2) C (1) L bicatnaire, linaire bicatnaire, circulaire monocatnaire, linaire ( ) ( ) ( ) les virus ARN ARN ( ) : ARN viral qui peut tre traduit par les ribosomes ARN ( ) : ARN viral qui doit tre transcrit (par une transcriptase virale) en ARN-m ARN ambisens : 1 portion + soude une portion ou le gnome est un ADN monocatnaire : soit un brin codant ( ), soit un brin non codant ( ) N E RT virus nu virus envelopp prsence d'une rtrotranscriptase associe la nuclocapside. 240 kb taille du gnome exprime en kilobases 1 kb = 1000 paires de bases si (2) ou 1000 bases si (1) 1 Kb = 1 protine moyenne 10 ( / ) 8 ( ) RT 1 ( , ) le gnome est constitu de 2 ARN ( ) identiques : c'est un gnome diplode prsence d'une rtrotranscriptase associe la nuclocapside. le gnome est un ARN monocatnaire ngatif, constitu de 8 segments le gnome est un ARN bicatnaire constitu de 10 segments

LES VIRUS ADN

Poxviridae
pox = pustule (2) L E 240 kb les plus gros virus variole

Herpesviridae
herpes = ramper (2) L E 150 200 kb ( ) HSV-1 bouche

Adenoviridae
tissus adnodiens (2) L N 36 kb genre Mastadenovirus 40 types humains

vaccine virus orf nodule des trayeurs molluscum contagiosum (2) L E 240 kb les plus gros virus variole vaccine virus orf nodule des trayeurs molluscum contagiosum (myxomatose du lapin)

HSV-2 sexe VVZ : varicelle-zona ( ) CMV : cytomgalovirus HHV 6 ( ) VEB (Epstein-Barr) - mononuclose (MNI) - pouvoir oncogne HHV 8 (Kaposi ?)

oeil : kratites gorge : angines intestin : diarrhes (2) L N 36 kb genre Mastadenovirus 40 types humains oeil : kratites gorge : angines intestin : diarrhes pouvoir oncogne exprimental (sur les rongeurs nouveau-ns)

Parvoviridae
parvo = petit

Papovaviridae
pa po va (2) C N 5 8 kb genre Papillomavirus : virus des verrues (>30) ne cultivent pas Polyomavirus : oncognes virus JC virus BK Virus Va cuolant SV 40 (singe)

Hepadnavirus
hpatite - DNA (2 (2 partiel) C + RT E 3 kb virus de l'hpatite B (VEB) (env = Ag Hbs) Ne cultive pas pouvoir oncogne

(1) L + ou N 5 kb genre Erythrovirus Parvovirus B19 rythme infectieux (la 5 maladie) genre Dependovirus AAV (1) L + ou N 5 kb genre Erythrovirus Parvovirus B19 rythme infectieux (la 5 maladie) genre Dependovirus AAV (adeno associated virus) ?

LES VIRUS ARN

Picornaviridae
pico = petit, ARN 1 ( ) N 6 kb une grande famille genre Enterovirus : (> 70) 1 ( ) N 6 kb une grande famille genre Enterovirus : (> 70) Polio A, B, C Coxsackie (29) dont A,et B Echovirus (>30) genre Hepatovirus Hpatite A (HAV) genre Rhinovirus (> 100)

Retroviridae
retro = "qui remonte"

Caliciviridae
calice, coupe 1 ( ) N 8 kb capsomres dprims en forme de coupe virus Norwalk gastro-entrites virus de l'hpatite E famille proche : Astroviridae gastro-entrites

1 (+,+) 1 (+,+) et RT E 10 kb Oncornavirus : - HTLV (leucmies T) Lentivirus : - VIH 1 et 2 (Sida) - SIV (singes) Spumavirus ?

Flaviviridae
flavi = jaune 1 ( ) E 11 kb genre Flavivirus : fivre jaune dengue encphalite japonaise Arboviroses genre Hpatite C 1 ( ) E 11 kb genre Flavivirus : fivre jaune dengue encphalite japonaise Arboviroses genre Hpatite C

Togaviridae
toga = la toge 1 ( ) E 12 kb genre Alphavirus : Arboviroses genre Rubivirus : virus de la rubole 1 ( ) E 12 kb genre Alphavirus : Arboviroses genre Rubivirus : virus de la rubole

Coronaviridae
corona = la couronne 1 ( ) E 30 kb virus des common colds peut tre sont-ils responsables d'entrites ? 1 ( ) E 30 kb virus des common colds peut tre sont-ils responsables d'entrites ?

Rhabdoviridae
rhabdo = bton 1 ( ) E 15 kb genre Lyssavirus : les virus de la rage famille proche : Filoviridae filament virus Ebola virus Marburg

Paramyxoviridae
myxo = mucus 1 ( ) E 15 kb 3 genres : genre Paramyxovirus : Parainfluenzae 1, 2, 3 virus des oreillons genre Rubulavirus : virus de la rougeole (virus de la maladie de Carr)

Orthomyxoviridae
myxo = mucus 8 ( ) E 14 kb les virus de la grippe 3 genres : 8 ( ) E 14 kb les virus de la grippe 3 genres :

Fivres hmorragiques 1 ( ) E 15 kb genre Lyssavirus : les virus de la rage famille proche : Filoviridae filament virus Ebola virus Marburg Fivres hmorragiques

genre Pneumovirus : Le VRS 1 ( ) E 15 kb

A
B
C

animaux hommes homme homme animaux

Reoviridae
REO 10 (+/ ) N 23 kb 10 (+/ ) N 23 kb 2 capsides concentriques R espiratoires E ntriques O rphelins dont genre ROTAVIRUS (diarrhes infantiles)

Arenaviridae
arena = le sable 2 (+ ) E 12 kb virus des rongeurs, pathognes pour l'homme : virus Junin (Argentine) virus Lassa (Afrique) Fivres hmorragiques Arboviroses

Bunyaviridae
un village de l'Ouganda 3 ( et ) E 14 kb 14 kb une trs grande famille (>300) Fivres hmorragiques, encphalites genre Hantavirus 3 ( et ) E 14 kb 14 kb une trs grande famille (>300) Fivres hmorragiques, encphalites genre Hantavirus virus Hantaan Arboviroses

CLASSIFICATION DES VIRUS PATHOGNES POUR L'HOMME

Famille Poxviridae Herpesviridae Ac. nuclique ADN ADN Enveloppe Symtrie ? Cubique Genres Orthopoxvirus Herpesvirus Espces et pouvoir pathogne variole, vaccine Herpesvirus types 1 et 2 (HSV) Varicelle Zona (VVZ) Epstein Barr (EBV) Cytomgalovirus (CMV) Herpesvirus types 6, 7, 8 (HHV) Papovaviridae ADN Cubique Papillomavirus Polyomavirus Adenoviridae ADN Cubique Adenovirus verrues virus BK, virus JC adnites, conjonctivites inf. respiratoires , digestives Parvoviridae ADN Cubique Parvovirus virus de Norwalk B 19 (mgalrythme) Hepadnaviridae Orthomyxoviridae Paramyxoviridae ADN ARN ARN Cubique Hlicodale Hlicodale V. influenza A,B,C Paramyxovirus Morbillivirus Pneumovirus Picornaviridae ARN Cubique Enterovirus virus de l'hpatite B (HBV) grippe virus parainfluenzae virus des oreillons virus de la rougeole virus respiratoire syncytial poliovirus (1-3) Coxsackie virus (A et B) Echovirus (1 - 34) Enterovirus (68 71) virus de l'hpatite A (HAV) rhumes

Rhinovirus

Caliciviridae

ARN

Cubique Orthoreovirus Rotavirus

agent de Norwalk virus de l'hpatite E (HEV)

Reoviridae

ARN

Cubique

inf. respiratoires, digestives gastro-entrites infantiles virus de la rage virus Marburg virus Ebola

Rhabdoviridae Filoviridae Arbovirus Togaviridae Arbovirus

ARN ARN

Hlicodale Hlicodale

Lyssavirus

ARN

Cubique

Flavivirus Alphavirus Rubivirus

virus de la fivre jaune virus de l'hpatite C (HCV) encphalites virus de la rubole inf. respiratoires et digestives fivres d'Amrique du Sud fivre de Lassa

Coronaviridae Arenaviridae Arbovirus Bunyaviridae Arbovirus

ARN ARN

Hlicodale Hlicodale

Coronavirus Arenavirus Bunyavirus Hantavirus Phlebovirus

ARN

Hlicodale

fivres hmorragiques fivre hmorrag. avec synd. rnal fivres VIIH (sida) HTLV (lymphome)

Retroviridae

ARN

Lentivirus Oncornavirus

Rsumons le tout dans un tableau : Virus Nature Brins Structure Polarit Taille (kb) Poxviridae Herpesviridae Adenoviridae Papovaviridae Hepadnaviridae Parvoviridae ADN ADN ADN ADN ADN ADN 2 2 2 2 2 1 L L L C Cp L ou 280 200 38 5-8 3 5 1 1 1 1 1 1 Segments gnome infectieux polymrase virale passage nuclaire

Picornaviridae Caliciviridae Togaviridae Flaviviridae Coronaviridae

ARN ARN ARN ARN ARN

1 1 1 1 1

L L L L L

7 8 12 11 30

1 1 1 1 1

Rhabdoviridae Paramyxoviridae Orthomyxoviridae

ARN ARN ARN

1 1 1

L L L

13 13 16

1 1 8

Bunyaviridae Arenaviridae

ARN ARN

1 1

L L

et / et /

14 14

3 3

Reoviridae

ARN

23

10-11

Retroviridae L = Linaire

ARN

1 C = Circulaire

11

diplode

ns = gnome non segment

Cp = Circulaire partiel

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