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Tema:
Protenas
Prof. Dr. Jlio Csar Borges
Depto. de Qumica e Fsica Molecular DQFM Instituto de Qumica de So Carlos IQSC Universidade de So Paulo USP E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
Decodificada RNA
Cdigo Gentico
Executada Protenas
Traduo
Protenas.
Importncia e Funo
Catlise enzimtica; Transporte e estoque; Movimento; Suporte mecnico; Proteo imune; Sinalizao intra e extracelular; etc.
Protenas: Composio
Repertrio de 20 unidades bsicas: Aminocidos
Aminocidos: Propriedades 20 Aminocidos naturais diferem no seu grupo R considerando: 1) Tamanho 4) Carga 2) Formato 3) Reatividade 5) Formao de ligaes de Hidrognio
Interao espacial especfica Em protenas: somente ismero L Nomenclatura dos aminocidos naturais
Cdigo de 3 Letras: 1 letra maiscula e duas minsculas Cdigo de 1 Letra ex: Alanina: Ala ex: Alanina: A
Ala
A Valina Val V Iminocido Metionina Met Prolina Pro P
Phe
F
Tyr
Y
Trp
W
Carga Positiva
Bsicos
Lys K
Carga Negativa
cidos
Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos
Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos
Ponto Isoeltrico: pI pH no qual o somatrio das cargas de uma molcula inica dipolar igual a ZERO
Aminocidos
A acidez de um aminocido maior do que o cido correspondente
Aminocidos
As Cargas eltricas das cadeias laterais dos aminocidos nas protenas geram protenas carregadas e portanto com pI
Observao
As funes das protenas derivam da diversidade e versatilidade dos 20 aminocidos naturais e suas variaes
Ligao Peptdica
Equilbrio: hidrlise Resduo Unidade Repetitiva
Aminocido 1 Aminocido 2
Nomenclatura:
NH2------------------COOH
Seqncia de aminocidos XYZ # XZY
Ligao peptdica
Rgida e Planar
- Ressonncia -Caracterstica de ligao dupla
Hlice Alfa
AA prximos
CC=O----HNC n + 4 paralelas direo da cadeia
n+1
n+2
n+3
n+4
n+5
Distncia entre resduos adjacentes = 1,5 Rotao de 100o entre AA adjacentes = 3,6 resduos por volta = passo 1 Passo = 5,4
Volta de hlice
Hlice Alfa
Interaes entre os grupos R adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a Hlice Alfa Gly e Pro Plot de Ramachandram de Hlice Alfa - Angulao Phi e Psi restrita
3,5
Voltas
Conectam os segmentos de Hlices Alfa e Folhas beta Mudam a direo da cadeia
Alas
So segmentos maiores de 8 a 16 resduos de AA
Estrutura Secundria
Plot de Ramachandram da Piruvato Kinase - Cada ponto representa 1 resduo (Exceto Gly)
Estrutura Secundria
Preferncia relativa de estrutura Secundria pelos diferentes AA Depende da seqncia de AA estrutura primria
Preferncia relativa dos diferentes aminocidos em assumir estrutura secundria tipo: Hlice Folha Voltas
Estrutura Supersecundria
Combinaes entre diferentes arranjos de estrutura secundria Formam domnios caractersticos de famlias de protenas Unidade Meandro
Estrutura terciria
Relacionamento espacial entre todos os aminocidos de um polipeptdio Estrutura tridimensional
Hlice
Folha
Pontes dissulfeto
Mioglobina
Lisozima
BSA: ~600 AA
Tripsina
Enovelamento de protenas
As protenas desnaturadas podem renaturar in vitro Agentes desnaturantes de
protenas freqentemente
utilizados no Lab de Bioqumica:
Enovelamento de protenas
A protena pode ser renaturada pela dilise na presena de um agente redutor - Agente redutor catalisa o enovelamento correto
Reenovelamento
Incorreto
At= 100%
At= 0%
At= ~1%
Atividade relativa= At
RNase A possui 4 pontes dissulfeto
At= 100%
Enovelamento de protenas
-Cristian Anfinsen As informaes necessrias para uma protena obter sua estrutura nativa esto na seqncia de aminocidos da protena. Dogma de Anfinsen Anfinsen escreveu em 1964:
Me ocorreu recentemente que algum deveria considerar a SEQNCIA de uma molcula PROTICA, enovelada em uma forma GEOMTRICA precisa, como uma linha de uma MELODIA escrita de forma cannica e ento desenhada pela NATUREZA para enovelar SOZINHA, criando acordes HARMNICOS de interao consistente com a FUNO
Cristian Anfisen 1926-1995 Nobel Prize in Chemistry in 1972
BIOLGICA....
= MSICA
= VIDA
Enovelamento de protenas
Paradoxo de Levinthal
1 protena de 100 resduos - Cada resduo experimentando 3 posies 3100 - Tempo de teste para cada posio 10-13 seg Tempo total = 3100 x 1e-13 seg = 5e37seg = 1,6e27 anos o tempo necessrio para uma protena de 100 aminocidos enovelar-se testando todas as possibilidades conformacionais possveis, ou seja randomicamente, seria maior do que o tempo do Universo In vitro O enovelamento ocorre em menos de 1 segundo In vivo Ns estamos aqui!!!!
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
A introduo de um composto hidrofbico perturba a rede de gua; A gua tende em minimizar seu contato com as molculas hidrofbicas;
Gaiola de H20
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Ex: Mioglobina - Polipeptdio de 153 resduos - 8 hlices alfas (70%) - 45 x 35 x 25 muito compacta - Algumas Hlices so anfipticas
- Azul: Aminocidos Hidrofbicos enterrados no interior Excludos da gua - Resduos polares no interior esto interagindo com o Ferro e Oxignio
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Existem excees regra protenas de membrana
G H System TS System 0
Enovelamento de protenas
O enovelamento cooperativo O enovelamento ocorre de maneira hierrquica pores locais enovelam primeiro e sucessivamente
Vias de Enovelamento
Teoria do Funil
Enovelamento de protenas
Segue vias ou rotas sem testar todas as possibilidades!
1) Segmentos locais de estrutura secundria < 5 ms Formao de cernes hidrofbicos locais
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido
Chaperones moleculares
15 a 20 % das protenas bacterianas em
condies no estresse necessitam de auxlio para o enovelamento
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido Pontes dissulfeto errneas Protena inativa
Foldases
Dinmica de protenas
As protenas Pulsam ou respiram Medidas termodinmicas mostram que as protenas so marginalmente estveis - Protenas de termfilos - Mutaes stio-dirigidas - Colgeno de diferentes espcies tm diferentes estabilidades
Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades
Holohemoglobina
Protenas Globulares
Protenas assume uma forma aproximadamente esfrica A cadeia se enovela entorno de si mesma formando uma estrutura compacta
Protenas Fibrosas
Protenas filamentosas com a cadeia distendida ao longo de um eixo Funo estrutural e de sustentao Insolveis em gua Colgeno e Queratina helicoidal
Protenas Fibrosas
Colgeno Principal protena de sustentao 30 genes 19 tipos diferentes de colgeno ~ 1000 residuos 35%= Gly 11%= Ala 21% = Pro ou Hyp Repetio do tripeptdeo Gly-X-Y X= Pro
Y= Hyp
Forma uma tripla-hlice a direita Somente Gly pode ser acomodada entre
as cadeias
Protenas Fibrosas
Hlice esquerda Colgeno
Tripla-hlice com giro sutil direita 3 aminocidos por volta: Gly no interior
Protenas Fibrosas
Colgeno A Conformao do C gama da Pro e HyPro interferem no enovelamento da cadeia G-PHyP
Protenas Fibrosas
Colgeno O entrelaamento do colgeno suporta a presso Pontes covalentes entre Lys-HyLys
Protenas Fibrosas
Queratina : protena do cabelo Forma uma hlice alfa a direita em um Coiled-coil: duas hlices alfa entrelaadas
Classificao de protenas
Protenas simples
Compostas apenas por aminocidos naturais
Protenas Conjugadas
Contm aminocidos modificados ou outros grupos ligados Grupo prosttico (ex: grupo heme) Holoprotenas protena + grupo prosttico (ex: holomioglobina) Apoprotenas protena sem o grupo prosttico (ex: apomioglobina)
Protenas monomricas
Formada por apenas uma cadeia polipeptdica Desprovidas de estrutura quaternria
Classificao de protenas
Protenas oligomricas Formadas por associaes de subunidades polipeptdicas