Universit catholique de Louvain Facult des Sciences Institut des Sciences de la Vie

PROJET FEP MIGRASURE 32-1009-002

RESTAURATION CIBLEE DE LA LIBRE CIRCULATION PISCICOLE

DANS LE BASSIN HYDROGRAPHIQUE DE LA HAUTE-SURE SUR BASE DU GENOTYPAGE DES POPULATIONS DE TRUITE FARIO

Rapport Fvrier 2013

Convention de partenariat

entre Le Parc naturel Haute-Sre Fort dAnlier (bnficiaire de la subvention) Chemin du Moulin, 2 B-6630 Martelange Tl : 063/45.74.77 Fax : 063/67.64.84 et LUniversit catholique de Louvain, Facult des Sciences Institut des Sciences de la Vie Croix du Sud, 4, bte L7.07.14 B-1348 Louvain-la-Neuve Tl: 010/47.84.85 Fax: 010/47.38.72

Responsables du projet
Nicolas Mayon : charg de mission PNHSFA Donatien Liesse : directeur Tl: 063/60.80.85 E-mail : nicolas@parcnaturel.be

Responsables des recherches

Franois Chaumont : Professeur UCL Marie-Christine Flamand: Dr Ir., Chercheuse qualifie Marie-Christine Eloy: assistante technique en chef Tl: 010/47.36.17 E-mail : marie-christine.flamand@uclouvain.be

Table des matires

1. 2.
2. A.

OBJECTIFS MATERIEL GENETIQUE ET REFERENTIELS

Matriel utile la construction des rfrentiels Rfrentiel pisciculture Rfrentiel rivire

3 3
3 3 3 4 6

2.A.1. 2.A.2. 2. B. 2. C.

Matriel analys Construction des rfrentiels

3.
3. A. 3. B. 3. C.

RESULTATS
Coefficient dintrogression AFC Diversit et distance gntique Diversit gntique Distance gntique

7
7 8 10 10 12

3.C.1. 3.C.2.

1. Objectifs
Le projet vise la restauration dirige de la continuit cologique des cours deau du bassin de la Haute-Sre par la leve dobstacles la libre circulation de la faune aquatique. Toutefois, cette restauration se fera au cas par cas, sur base dune analyse des caractris tiques gnotypiques des populations de truites isoles par les ouvrages incrimins. En effet, grce la technique des marqueurs microsatellites, ltablissement de rfrentiels Rivire et Pisciculture et aux programmes dassignation, il est possible de calculer pour chaque truite ou chaque population de truite un coefficient dassignation dterminant son type dappartenance ( rivire , pisciculture ou hybride ). Le but final consiste identifier puis prserver les ventuelles populations locales peu ou pas introgresses gntiquement. Comme expliqu dans le rapport prcdent, il tait ncessaire de constituer, en premire tape des tudes gntiques, des rfrentiels Rivire et Pisciculture propres au district hydrographique du Rhin et non de la Meuse habituellement utiliss au laboratoire et donc peu pertinents.

2. Matriel gntique et rfrentiels

2. A. Matriel utile la construction des rfrentiels
2.A.1. Rfrentiel pisciculture Daprs les informations recueillies par Nicolas Mayon auprs des diverses socits de pche et du service de la pche, les poissons de repeuplement de la Haute-Sre proviendraient essentiellement des piscicultures wallonnes suivantes : Freux, Anselme, Javaux (Rossart), J-M Clment, Th. Xhaflaire, E. Jeansene, Achouffe, Mirwart, SainteCcile. Au Luxembourg, sont dverses des truites provenant de la pisciculture domaniale situe Lintgen. Ces poissons ont t gnotyps fin 2012 et sont venus complter le rfrentiel pisciculture qui avait t utilis lan dernier. Quant la pisciculture de Th. Xhaflaire, puisque son exploitation a t stoppe juste avant le dbut de cette tude, ses poissons resteront malheureusement manquants du rfrentiel pisciculture . Par ailleurs, comme la pisciculture de Ste Ccile parat finalement avoir peu contribu au rempoissonnement de la Haute-Sre et comme ses poissons sont les plus vieux, ils ont t retirs de lensemble du rfrentiel pisciculture (Tableau 1). 2.A.2. Rfrentiel rivire Lanne dernire dbutaient les gnotypages des truites de la Sre. Nous disposions dun nombre limit de truites provenant de populations peu rempoissonnes. Nous avions 3

nanmoins constitu un rfrentiel Sre provisoire afin de vrifier lutilit de la leve de lobstacle sur la Strange, travail fort consquent et qui devait tre entrepris au plus vite. Depuis, dix nouvelles populations susceptibles davoir gard leur caractre natif ont t chantillonnes puis gnotypes (Tableau 1 et Figure 1) afin dtablir un rfrentiel rivire-Sre dfinitif.

2. B. Matriel analys
La liste des populations de truites tudies pour cette tude ainsi que leur historique dchantillonnage et de gnotypage sont repris aux tableaux 1 et 2. Tableau 1 : Populations de truite tudies, dates dchantillonnage et de gnotypage
Populations Rivires Chiehet Maisoncelle Gde Molscht aval Bovire Traquebois Wisbisch Lutrebois Strange, Hompr Strange, Hollange Strange, aval Lutremange Basseilles Sure-01 Sure-02 Moyemont Beulet Gorjipont Livarchamps Froide Fontaine Guemonce Piscicultures Freux Achouffe Mirwart Javaux Jeansene Clement Anselme Lintgen P-Strange 2002 2008 2008 2008 2011 18-11-2011 08-02-2002 25-01-2012 2002 2002 (+ 5M) 2011 2009 2009 2009 2012 2012 (+ 5M) 2012 2012 61 48 48 48 48 48 49 48 CHIE MAIS GMOL-02 BOVI TRAQ WISB LTRB STRA-01 STRA-02 STRA-03 LTMG BASS-01 SURE-01 SURE-02 MOYE BEUL GORJ LIVA FRFO GUEM 05-10-2011 05-10-2011 31-08-2011 2011 04-12-2002 04-12-2002 03-12-2009 7-11-2011 10-11-2011 10-11-2011 08-06-2012 06-06-2012 06-06-2012 09-10-2012 13-06-2012 26-07-2012 18-07-2012 09-08-2012 29-06-2012 27-01-2012 2003 2003 2011 2011 2011 2011 (+ 5M) 2011 (+ 5M) 2011 2010 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2013 2012 2013 2013 2013 2013 2012 48 48 48 48 58 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 27 48 Dnomination Date chant. Genot. 7M Genot. 12M Nbre

Les truites gnotypes depuis le dernier rapport sont indiques en bleu. 4

La localisation des populations de rivire tudies est indique sur la carte du bassin de la Haute-Sre (Figure 1).

Figure 1 : carte du bassin de la Sre en Wallonie

Gnotyp avant le projet et dans le premier run de 2012 Gnotyp fin 2012 et dbut 2013

2. C. Construction des rfrentiels

Un fichier de donnes a t construit avec lensemble des truites du tableau 1 exceptes celles de la Bovire. En effet, nous avons montr antrieurement que celles-ci taient fortement introgresses et avaient subi une importante drive gntique, elles ne montraient donc aucun intrt pour le futur rfrentiel. Aprs assignation des truites en deux groupes avec le programme Structure 2.2., les populations de rivire montrant un nombre de poissons dorigine hybride ou de pisciculture trop lev (> 55 %) ont t totalement enleves du fichier. Il sagit des 9 populations suivantes : MAIS, GMOL-02, STRA-01 03, SURE-02, BEUL-01, GORJ et LIVA. Par ailleurs, le nombre de poissons de la pisciculture de Freux gnotyps slevait 61, il a t ramen 49, nombre identique celui des autres piscicultures. Ensuite, Structure a de nouveau t utilis pour fractionner en deux groupes (rivirepisciculture) le fichier ainsi cr. Les pourcentages dassignation de chaque poisson ont t vrifis. En ce qui concerne les piscicultures, les poissons montrant une assignation infrieure 85%, donc une origine hybride, ont t enlevs du fichier. Pour les populations de rivire, les poissons apparaissant non natifs (de piscicultures ou hybrides) ont galement t supprims. Au final, un fichier de rfrence constitu de 749 poissons dont 374 dorigine piscicole et 375 de rivire a t tabli (Tableau 2). Tableau 2 : Truites slectionnes pour constituer les rfrentiels Pisciculture et Rivire du bassin de la Haute-Sre
Pisciculture Mirwart Achouffe Javaux Freux Clment Jeansene Anselme Lintgen Total Nbre 48 45 45 49 43 48 49 47 374 Anne 2008 2008 2008 2002 2008 2011 2002 2008 Rivire Chiehet Traquebois Wisbish Lutrebois Lutremange Basseille-01 Sure-01 Moymont Gumonce Total Nbre 38 55 52 34 48 48 32 35 33 375 Anne 2011 2003 2003 2009 2012 2012 2012 2012 2012

3. Rsultats

3. A. Coefficient dintrogression
Sur base du rfrentiel bassin de la Haute-Sre cr en 2 .C., un coefficient dintrogression (CI) a t calcul avec le programme Structure 2.2. sur 10 runs indpendants pour chaque poisson de chacune des populations de la Sre tudies jusqu maintenant. La valeur moyenne obtenue pour chaque population est reprise au tableau 3. Les truites assignes plus de 85 % au groupe Pisciculture seront considres comme des truites dlevage. De mme, les truites assignes plus de 83 % au groupe Rivire seront de type natif et les truites de pourcentages intermdiaires seront dfinies comme des truites hybrides. Tableau 3 : Coefficient dintrogression (CI) des populations de la Sre tudies calcul partir des rfrentiels Sre
Populations Denom. CI R Chiehet Maisoncelle Grande Molsht Bovire Traquebois Wisbish Lutrebois Strange-01 Strange-02 Strange-03 Lutremange Basseille-01 Sure-01 Sure-02 Moyemont Beulet Gorjipont Livarchamps Froide Fontaine Guemonce CHIE MAIS GMOL-02 BOVI TRAQ WISB LTRB STRA-01 STRA-02 STRA-03 LTMG BASS-01 SURE-01 SURE-02 MOYE BEUL GORJ LIVA FRFO GUEM 0,1018 0,3162 0,4596 0,9950 0,0281 0,0052 0,0646 0,9714 0,6013 0,4911 0,0067 0,0064 0,2084 0,3430 0,1153 0,7415 0,8633 0,2253 0,3927 0,1218 42 25 20 0 56 52 41 0 4 15 48 48 33 19 41 5 0 26 11 41 H 5 14 15 0 2 0 7 2 32 18 0 0 8 22 5 19 12 19 14 5 Nbre P 1 9 13 48 0 0 0 46 12 15 0 0 7 7 2 24 46 3 2 2 Tot 48 48 48 48 58 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 27 48

O R = rivire, H = hybride et P = pisciculture

Il apparat clairement que les poissons des populations de Traquebois, Wisbisch, Lutrebois, Lutremange et Basseille-01 ont conserv pour la plupart leur caractre natif (CI < 0,1). Les truites du Chiehet, de Moymont et de la Gumonce sont lgrement plus introgresses CI < 0,15). Ces populations reprsentaient de bons candidats pour constituer le rfrentiel Rivire-Sre . Les populations comme Gorjipont, la Bovire et Strange-01 sont totalement introgresses. Les autres populations tudies montrent des CI intermdiaires et un gradient de taux dintrogression.

Figure 2 : Illustration spatiale de lintrogression dans les stations tudies

3. B. AFC
Avec le programme Genetix 2.2., une analyse factorielle de correspondance a t ralise sur lensemble des poissons des diffrentes populations tudies (Tableau1), la Bovire excepte. Par soucis de clart, nous montrons, en figures 3 et 4, la mme AFC mais avec un nombre restreint de populations sur chacune de ces figures.

En figure 3, la position des poissons de la pisciculture de Lintgen est clairement visualisable (ronds rouges). Il apparat clairement que ces poissons occupent quasi lensemble du nuage de point forms par les poissons des diffrentes piscicultures (carrs noirs sur pointe). Les poissons de SURE-01 situs an haut et gauche de la figure (barrettes vertes), ct rivires , ressortent cependant fortement et tonnamment du lot des poissons. Figure 3 : Analyse factorielle des correspondances sur lensemble des poissons du tableau 1, truites de la Bovire exceptes
2,5

Piscicultures 2 BASS-01 TRAQ WISB 1,5 LTMG LTRB 1 GUEM LIVA CHIE 0,5 Sure-01 Sure-02 MOYE 0 FRFO GORJ Lintgen -0,5

-1 -0,8

-0,3

0,2

0,7

1,2

En figure 4, les points qui reprsentent les poissons ont t plus fortement clats que dans la figure prcdente. La majeure partie des truites de rivire et de pisciculture se localisent respectivement gauche et droite des lignes verticales en pointills. Les truites hybrides se situent dans la zone intermdiaire. On peut remarquer que les truites du Traquebois, de Wisbisch et de la Basseille (en bleu fonc), se regroupent en haut gauche du nuage des points forms par les poissons de rivire. Les truites de Lutrebois, Livarchamps, Lutremange et la Gumonce, colores en brun, se situent quant elles en bas de ce mme nuage. LAFC laisse entrevoir un rapprochement de certaines populations (couleur identique) en relation avec la distance gographique les sparant. Les poissons de Maisoncelle (ronds mauves) se superposent chacune des zones rivire , pisciculture et hybride . Les poissons de Gorjipont (trianges bleus clairs) ainsi que ceux de Beulet (tirets rouges) se situent pour la plupart en zone intermdiaire et de piscicultures.

Figure 4 : Analyse factorielle des correspondances sur lensemble des poissons du tableau 1, truites de la Bovire exceptes
1

0,8

Rivires
0,6

Piscicultures
Piscicultures BASS-01 TRAQ WISB LTMG LTRB GUEM LIVA CHIE

0,4

0,2

MOYE FRFO MAIS GMOL-02 BEUL GORJ Sure-02

-0,2

-0,4

-0,6

-0,8 -1 -0,5 0 0,5 1 1,5

3. C. Diversit et distance gntique

3.C.1. Diversit gntique La diversit gntique des diffrentes populations analyses a t mesure par le pourcentage dhtrozygotie attendu et observ (Tableau 4). Lhtrozygotie attendue non biaise (Hnb) est corrige pour viter les biais dus la taille des chantillons. La diversit gntique des populations de pisciculture est plus leve que celle des populations de rivire. Cette observation est habituelle et est le reflet des nombreux croisements raliss en pisciculture pour viter toute consanguinit. Les populations Wisbish et Lutremange montrent le taux dhtrozygotie le plus faible, signe dun probable isolement de ces populations. Comme ces populations, la Bovire prsente un nombre trs faible dallles diffrents. Le Fis, dfini comme tant gal (Hnb Ho/ Hnb) (Weir and Cockerham, 1984) mesure le dficit en htrozygote d un cart par rapport lhypothse de panmixie (rencontre alatoire des poissons pour laccouplement) et donne donc une certaine mesure de la consanguinit. 10

Un Fis ngatif signifie un excs dhtrozygotes par rapport celui attendu sous quilibre dHardy-Weinberg (c--d un mlange rcent ou forc des populations). Un Fis positif peut reflter un dficit en htrozygotes (consanguinit), un mlange de population (effet Walhund) ou la prsence dallles nuls. Lutremange prsente un Fis significativement ngatif et nettement loign de 0, cette population est loin de lquilibre bien quelle monte un nombre dallles par marqueurs (NA) plus lev que Wisbish. Tableau 4 : Variabilit gntique des populations estime sur base de lhtrozygotie observe
(HO), calcule avec biais (HE) et sans biais (Hnb) et FIS pour chaque population. N = nombre dchantillons, NA = nombre moyen dallles par marqueur.
N 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 Populations Mirwart Achouffe Javaux Freux Clement Strange Anselme Lintgen Chiehet Maisoncelle GMolsht Bovire Traquebois Wisbish Lutrebois Strange01 Strange02 Strange03 Lutremange Basseille01 Sure01 Sure02 Moyemont Beulet Gorjipont Livarchamps FroideFontaine Guemonce CHIE MAIS GMOL-02 BOVI TRAQ WISH-01 LTRB STRA01 STRA02 STRA03 LTMG BASS-01 SURE-01 SURE-02 MOYE BEUL-02 GORJ LIVA FRFO GUEM Dnom. N 48 48 48 61 48 48 49 48 48 48 48 48 58 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 27 48 Hexp 0,757 0,724 0,746 0,736 0,738 0,697 0,666 0,724 0,594 0,660 0,672 0,533 0,524 0,435 0,587 0,703 0,675 0,673 0,433 0,491 0,655 0,678 0,641 0,689 0,723 0,612 0,646 0,622 Hn.b. 0,765 0,732 0,754 0,742 0,746 0,704 0,673 0,732 0,600 0,667 0,679 0,539 0,529 0,439 0,593 0,711 0,682 0,680 0,437 0,497 0,662 0,685 0,648 0,696 0,730 0,618 0,659 0,628 Hobs 0,734 0,719 0,684 0,689 0,670 0,689 0,647 0,677 0,611 0,651 0,675 0,528 0,542 0,420 0,580 0,705 0,662 0,606 0,488 0,483 0,670 0,637 0,599 0,658 0,684 0,580 0,605 0,625 NA 10 8 9 10,25 8 7,5 6,5 9 6,08 8,08 6,42 3,33 5,4 3,33 5,5 8,17 8,25 8,92 4,42 4,25 7,17 7,5 7,17 8,75 7,75 7,33 5,67 6,75 Fis 0,040** 0,018NS 0,094*** 0,072*** 0,103*** 0,021NS 0,039** 0,076*** -0,019NS 0,024NS 0,005NS 0,020NS -0,025NS 0,044NS 0,022NS 0,008NS 0,031NS 0,110*** -0,117*** 0,028NS -0,012NS 0,071*** 0,076*** 0,055** 0,064*** 0,063*** 0,083** 0,005NS

O : NS = non significatif, * =significatif P = 0.9, ** = significatif P = 0.95 et *** P = 0.99

11

3.C.2. Distance gntique Les distances gntiques entre les paires de populations de truites ont t estimes sous forme de lindicateur FST de Weir et Cockerham, avec le programme FSTAT (Tableau non-montr). Un dendrogramme a t construit, sur base de la matrice obtenue, avec la mthode du neighbour-joinging (Figure 5). Les populations de la Sre sont indiques en bleu et celles gnotypes rcemment sont soulignes. Figure 5 : Dendogramme bas sur la matrice FST des populations de truites et construit laide de la mthode du neighbour-joining
Bovire

SteC cile

Lintgen Achouffe Gorjipont Clement Javaux Freux Mirwart

Jean sen e Strange01

Anselme GMolsht Strange03 Strange02 Sure02 Lutremange FroideFontaine Moyemont Maisoncelle Chiehet Lutrebois Livarchamp s Guemonce Beulet02 Sure01

Traquebois

Basseille01

0.1

W isbish

12

Les populations de pisciculture sont regroupe ensemble dans le haut de larbre. Les poissons de la Bovire sont fort loigns de toutes les autres populations (la longueur de la branche est fonction de la distance gntique). Ils sont cependant plus proches des poissons de pisciculture et plus particulirement de ceux de Freux. Il doit probablement sagir dune population forme partir de rempoisonnements qui aura subit, avec le temps, une forte drive gntique de par son isolement et/ou son faible nombre de gniteurs. Gorjipont est une population trs fortement introgresse, elle sassocie aux poissons de la pisciculture de Clment. Il est utile de remarquer que ce cours deau est galement celui o les densits de poissons pches taient de loin les plus faibles (prs de 2,5 km de pche ncessaires pour capturer 48 truites). A part quelques vairons, aucune autre espce na t capture lors de lchantillonnage. En cela, la situation sur cette station rappelle celle observe prcdemment sur STRA-01, soit un cours deau qui a subi un pisode de pollution important ayant pour consquence la disparition des populations en place, suivi dune recolonisation de lespce truite soprant princi palement au bnfice des dversements raliss par les pcheurs. Nous navons pas connaissance dun ventuel pisode de pollution sur ce cours deau. Parmi les pistes potentielles : accident routier sur la E25 ( noter la prsence dun barrage flottant h ydrocarbures en 2012 la confluence Sre-Gorjipont) ou dversement dune cuve de stockage deffluents agricoles (grosse exploitation en amont). Sur le Gorjipont, les dversements sont raliss avec des truites issues de la pisciculture Clment, sous formes de truitelles dun t dune part et de truites adultes dautre part. Ceci explique la proximit gntique de cette station avec la pisciculture en question.Dans lensemble, plus une population est loigne de larbre et moins elle est introgresse, l exception de Livarchamps. Les poissons de Lutremange montrent une forte drive. Aprs vrification sur le terrain, il apparat quils sont totalement isols de laval par un obstacle peu banal : un cble de protection cathodique plong dans le cours deau. La prsence dun courant lectrique dans le ruisseau cet endroit empche toute vie proximit du cble, et par l toute montaison ou dvalaison de poisson vers et depuis la station tudie. Ces poissons sont nanmoins associs aux poissons de Lutrebois, de Livarchamps et de la Guemonce. Ces quatre populations sont proches gographiquement. Il semblerait donc quil y ait une correspondance entre la distance gntique et gographique, vrifier ventuellement par des tests de Mantell. Traquebois, Wisbish et Basseille-01 montrent galement un rapprochement gntique et gographique.

La figure 5 illustre la correspondance entre distances gntiques et gographiques nonce plus haut.

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Figure 5 : Correspondance entre les regroupements gntiques et les zones gographiques du bassin de la Sre

Bovire

Piscicultures
SteC cile

Lintgen Achouffe Gorjipont Clement Javaux Freux Mirwart

Jean sen e Strange01

Anselme GMolsht Strange03 Strange02 Sure02 Lutremange FroideFontaine Moyemont Maisoncelle Chiehet Lutrebois Livarchamp s Beulet02 Sure01

Groupe Volaiville

Groupe Surbich

Guemonce

Traquebois

Groupe Fort dAnlier

Basseille01

0.1

W isbish

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