ADN COMO MATERIAL GENTICO

Maribeb Castro Gonzlez, MSc, PhD

HISTORIA
30s. Los cromosomas tienen ADN y protenas, cada protena es responsable de un carcter biolgico o funcin en el metabolismo. Protenas con secuencias de a.a. y diferentes estructuras y por ende con muchas funciones biolgicas. Relacin gen-protenas, porque cada mutacin se corresponda con una alteracin enzimtica.

La hiptesis era que el cromosoma tena molculas de ADN (considerado el esqueleto) y sobre l estaban las protenas gnicas.

Transformacin 1928

de

neumococos,Grifith

transformacin permanente y hereditaria a muchas generaciones. Pueden transformar no virulentos en virulentos, introduciendo el material gentico patgeno aun estando muertas!.

Cul era el principio transformante?

Delbruck 1930, Fagos Avery, MacLeod & McCarthy 1944 eliminaron enzimas, RNA y quedo ADN Hotchkiss, 1949, transform caracteres no relacionados con cpsula, resistencia Antibioticos. Hersey & Check 1952, virus bacterifagos lticos T2 que atacan a E. coli demostrando que: El material gentico del fago es DNA Que el DNA-fago se reproduce dentro de las bacterias atacadas y las protenas-fago quedan fuera de las clulas

Mirsky & Ris 1950 Midieron cantidad de DNA en clulas somticas y gametos: cantidad-ADN era kte y que hay el doble en somticas vs.gametos. Gierer & Schram 1956 Probaron que algunos virus tienen RNA como material gentico. Fraenkel-Conrad & Singer 1957 construyeron virus hbridos in vitro de RNA-protenas. VMT RNA.

EL ADN-BIOPOLIMERO
Kossell & Neumann 1894 bases nitrogenadas.
Bases pricas A-G(2 anillos) Bases pirimidnicas C,T,U ( 1 anillo) A, G, C, T = ADN A, G, C, U = ARN

Hammersten 1900, Levene 1929: Pentosas: desoxiribosa ribosa, nuclesido nucletido Polmeros de nucletidos monofosfato = ADN cida

Estructura en escalera: Los peldaos y el pasamanos

Estructura en escalera: Los peldaos y el pasamanos

Desoxiribonucletidos del DNA

Ribonucletidos del RNA

Regla de Chargaff, 1950

Las bases se encuentran en proporciones iguales A = T, G = C, A/T = G/C = 1, (A+G) = (T+C ), A+G/T+C =1 El cociente (A+T)/(G+C) es tpico y constante para cada especie.

La variacin es mayor entre las bacterias (26% Welchia perfringens, 74% streptococcus griseus) que en los eucariotas (G+C 50%)

DIFERENCIAS ENTRE DNA Y RNA

DNA
Azcar: Desoxiribosa Bases nitrogenadas: ACGT Cadena doble

RNA
Azcar: Ribosa Bases nitrogenadas: ACGU Cadena sencilla

La hebra est polarizada: 5-P(fosfato) y 3OH(hidroxilo) y al formarse la hebra las bases N que son planas se apilan como monedas.

WilliamAstbury 1950, Rosalin Franklin 1952. Aislamiento y cristalizacinDNA con patrn de difraccin. Idntico: fagos a mamferos. Molcula larga fina de 20 y 2 hebras enrolladas helicoidalmente dando una vuelta a la hlice c/34.

ADN con formas tautomricas de acuerdo a la posicin de los dobles enlaces y tomos de H. Existen 28 posibles pares de bases nitrogenadas en forma tautomrica mayoritaria. Los cambios tautomricos mutaciones puntuales
Par de bases A=T de tipo WatsonCrick reverso. En azul el donador de hidrgenos y en rojo el aceptor. Ntese que la pirimidina ha sufrido un giro de 180 sobre el eje del carbono 6.

Par de bases A=T de tipo WatsonCrick. En azul el donador de hidrgenos y en rojo el aceptor.

Carctersticas doble hlice:

-Antiparalela -Hebras complementarias -Estable: enlaces H y uniones hidrofbicas -Dimetro constante -Helicoidal -Tridimensionales -Molcula cida -Superenrollamiento -Diferentes formas

Forma Alfa: ms compacta que Beta con 11 pb por vuelta y 23. Forma Beta: Dextrgira con 10 pb/giro, forma+natural y estable Forma Z: levgira, 12pb/giro, 18 , se encuentra en algunas regiones pequeas de los cromosomas y sin funcin clara.

ADN cuadruplex por repeticin en telomeros

Estructura secundaria del ADN

Formada por pb dentro de una hebra simple de ADN. Stem and loops en RNA ribosomal stems y loops Hairping: Algunos ADN linear tienen estructuras que se forman desde molculas con repeticiones invertidas.

ADN superenrollado

En E.coli el ADN es 1000 veces > que el tamao de la propia clula . Cmo sucede? En Eucaria la formacin de nucleosoma introduce SE-. En bacterias es la DNA girasa topoisomerasa II que da SE- en varios pasos El cido nalidxico, novobiocina y topoisomerasa I inhiben la girasa en bacterias. Ventaja o no? Algunos genes se transcriben ms activamente con ADN-SE, mientras la de otros se inhibe.

Interacciones de qumicos con el ADN

Algunos qumicos se insertan o intercalan entre pb. sin daar los enlaces H, pero s los enlaces fosfato-azcar alterando la forma de la hlice. Acridinas: acriflavina, acridina naranja, bromuro de etidio, agentes cancergenos o mutagnicos. Antibiticos (actinomicinas), benzopirona, se intercalan y enlazan a la garganta mayor inhibiendo la replicacin y la transcripcin

EFECTO DE TEMPERATURA SOBRE ACIDOS NUCLEICOS

Enlaces H se rompen por calor, los covalentes no >T de fusin > GC. A medida que se funde la molcula cambia la absorbancia a 260 nm. Tm = es el punto medio de la transicin a la fusin y depende de la cantidad GC. T denaturacin = 85-95C T de fusin aumenta 0.4C por c/1% ms de GC-ADN. P.e ADN con un 40% de G+C = Tm 87C, 60% G+C = Tm 95C bajo las mismas condiciones experimentales.

Las curvas COT

Cintica de la reaccin de renaturalizacin del ADN bajo condiciones fsicoqumicas estndar (fuerza inica, [cationes], etc.) que permite comparar organismos. Mide el tiempo entre pasar de una [ ]inicial = 100% de hebras simples a una [ ]final de 0% de hebras simples: moles/L/s. < complejidad > reasociacin p.e virus vs. Bacteria. Pero, el ADN eucariota aunque complejo se reasocia rpido (COT bajos) porque tiene 3 tipos de secuencias:

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Tipos de Secuencias:
Clase homognea:1vez/genoma, alto COT. Ternera 60% genoma. Clase muy hetereognea: repiten 100s o 1000s de veces (moderadamente repetidas), Ternera 20% genoma. ADN inestable

Secuencias altamente repetitivas o de reasociacin muy rpida

COT <10-2 , secuencias de 4-6 pb, que se repiten en tandem hasta 1 milln de veces en una zona concreta del genoma intercalados en las regiones no codificantes: minisatlites y microsatlites. Nmero de repeticiones y longitud difiere entre individuos.

Palndromos:
Secuencias que se leen igual en cualquier direccin COT = 10-2 10-4 o renaturalizan en tiempo 0, MADAM IM ADAM, Renaturalizan por debajo de la T de fusin y existen miles de palndromos en el genoma.

Los genes, unidades de informacin

La secuencia del ADN est estructurada en codones de 3 nucletidos. Se pueden distinguir: Genes o secuencias codificantes, que contienen la infomacin para sintetizar protenas, EXONES. Secuencias no codificantes, que incluyen secuencias reguladoras de la expresin (promotores, INTRONES) Genoma es el conjunto de todos los genes de un organismo.

Tamao del genoma en diferentes especies

Especie Phi-X 174/ virus Bacilus subtilis / bacteria Escherichia coli / bacteria Caenorhabditis elegans / gusano Drosophila melanogaster / insecto Homo sapiens / hombre Arabidopsis thaliana/ brasicacea Oryza sativa / arroz No. nucleotidos 5,386 4,214,814 4,639,221 100,258,171 122,653,977 3.3 x 109 115,409,949 4.3 x 108 No. genes 10 4,779 4,377 ~19,000 13,379 ~25,000 25,498 ~60,000

75
310MY 450MY 600-1200MY? ? 370MY 40

human chimp mouse rat chicken fish

worm bee fruit fly

250MY Human: Nature Feb 2001, 2008 Mosquito: Science Oct 2002 mosquito Chimp: Nature Sep 2005 Mouse: Nature Dec 2002 Chicken: Nature Dec 2004 Honey bee: in preparation Rat: Nature Apr 2004

Variacin entre individuos

La variacin individual solo representa el 0,01%=1,250 letras Single nucleotide polymorphisms (SNPs)

El ADN es la molcula de la vida

Compartimos el 98.4% del DNA con los chimpances. El genoma del

bonobo (Junio 2012) y del chimpance son idnticos en el 99,6% y bonobo y humano somos idnticos en el 98,7% de los nucletidos. El genoma del bonobo muestra que ms del 3% del genoma humano est ms cercanamente relacionado con el de bonobos y con el de los chimpancs que el genoma de estos entre s.