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CHRONIQUE

Linformatique au cur des dcouvertes sur le cancer du sein


PAR LISABETH OUDAR

es progrs dans le domaine de linformatique signent lavance fabuleuse de connaissances en biologie, donnant naissance de nouvelles disciplines telles que la gnomique.

De rcentes dcouvertes sur les gnes contenus dans lADN des cellules cancreuses permettront peut-tre certaines patientes atteintes du cancer du sein de bnficier dune mdecine personnalise, but ultime de nombreuses recherches dans le domaine.

Un mot sur la signature gnomique


Pour visualiser une chane dADN, imaginez un texte sans sparateur entre les mots. Difficile lire? Heureusement, lanalyse de lADN et de ses squences seffectue par des outils performants qui identifient la frquence dutilisation de mots dans une squence. Ces squences, les gnomes, caractrisent chaque espce vivante de faon unique. On appelle signature gnomique dune espce, lensemble de ces frquences. Les technologies permettent de lire une signature gnomique partir de l'examen d'une fraction de matriel gntique. L ADN contient toutes les instructions pour faire fonctionner nos cellules. Il arrive que certains gnes, responsables de la croissance et de la division des cellules, subissent des mutations, crant une sorte de sousespce dans lespce : ce dsordre donne naissance un cancer prcis possdant sa signature propre.

cancreuses de plusieurs centaines de patientes. Le rsultat de cette tude, mene par un laboratoire nerlandais, dcrit une signature gnomique de 70 gnes gnre par un algorithme informatique dapprentissage machine. Il est prsent possible de prdire quelles patientes, atteintes dun cancer du sein sans envahissement ganglionnaire, dvelopperont un cancer (mtastases) dans une autre rgion de leur organisme dans un dlai de cinq ans. Certaines patientes opres pourraient bnficier de mdecine personnalise, vitant ainsi la chimiothrapie adjuvante postopratoire. Cette dcouverte rduirait non seulement les cots en sant, mais, surtout, amliorerait la qualit de vie des patientes concernes.

La pointe de liceberg?
Paralllement, grce la puissance des outils informatiques, dautres recherches se poursuivent. Par exemple, puisque chacun des gnes qui composent la signature dAmsterdam fabrique une protine potentiellement implique dans le processus de cancrisation des patientes, si ces protines surexprimes circulaient dans le sang, une simple prise de sang et un dosage protique pourraient les dtecter! Cette protine serait-elle implique dans lmergence du cancer? Des outils informatiques de modlisation de la structure des protines permettraient de produire des drogues ciblant spcifiquement cette protine. Lavnement des biopuces cre un vritable dferlement de donnes touchant plusieurs types de cancer. En ce moment mme, une toute nouvelle vague se prpare : le squenage haut dbit. En moins dune semaine et moindre cot, le gnome dun humain peut tre squenc. Linformatique fait face un nouveau dfi qui tiendra occups durant plusieurs annes les informaticiens qui travailleront dvelopper la mdecine personnalise du futur par de nouveaux outils de diagnostic mdical.

Elisabeth Oudar Administratrice au Conseil dadministration du Rseau ACTION TI, Qubec, et coordonnatrice des stages, dpartement dinformatique et de gnie logiciel, Universit Laval

La biopuce
Afin didentifier une signature gnomique, on utilise des puces ADN ou biopuces : sortes de micropuces pouvant contenir des milliers de brins. partir dune biopsie du tissu tumoral, on extrait lADN de la cellule analyser que lon dpose sur la puce. Lhybridation seffectue, puis lacquisition dimage et lanalyse prcdent lillustration claire de la reprsentation graphique des gnes. Tant pour lanalyse des donnes que pour leur interprtation, les outils informatiques doivent suivre de trs prs lvolution des puces ADN.

La signature dAmsterdam : signer le risque de rechute du cancer du sein


En 2002, la biopuce est utilise pour analyser lADN des 44 000 gnes contenus dans les cellules
CAPITAL.QUBEC avril.mai. 11

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