Esnault L. Réactivité Géomicrobiologique Des Matériaux Et Minéraux Ferrifères

THESE
Prsente pour lobtention du titre de

Docteur de lUniversit de Nancy-Henri Poincar
en Goscience

par Loc Esnault

Ecole doctorale : Ressources Procds Produits Environnement

Ractivit gomicrobiologique des matriaux et minraux
ferrifres : consquences sur lvolution long terme des
matriaux dun stockage de dchets radioactifs en milieu
argileux

Soutenue publiquement le 09 Dcembre 2010

Composition du jury :

Oleg POKROVSKY Rapporteur
Franois GUYOT Rapporteur
Jean-Claude BLOCK Prsident
Frdric VILLIERAS Examinateur
Guillaume MORIN Examinateur
Delphine PELLEGRINI Examinateur
Michel JULLIEN Encadrant CEA
Marie LIBERT Directrice de thse
Christian MUSTIN Co-directeur de thse

THESE

Prsente pour lobtention du titre de

Docteur de lUniversit de Nancy-Henri Poincar
en Goscience

par Loc Esnault

Ecole doctorale : Ressources Procds Produits Environnement

Ractivit gomicrobiologique des matriaux et minraux
ferrifres : consquences sur lvolution long terme des
matriaux dun stockage de dchets radioactifs en milieu
argileux

Soutenue publiquement le 09 Dcembre 2010

Composition du jury :

Oleg POKROVSKY Rapporteur
Franois GUYOT Rapporteur
Jean-Claude BLOCK Prsident
Frdric VILLIERAS Examinateur
Guillaume MORIN Examinateur
Delphine PELLEGRINI Examinateur
Michel JULLIEN Encadrant CEA
Marie LIBERT Directrice de thse
Christian MUSTIN Co-directeur de thse
Remerciements

Je tiens dabord remercier comme il se doit mes deux directeurs de thse Marie Libert
(CEA) et Christian Mustin (UHP Nancy), pour avoir accept de diriger ce travail. Je vous
remercie aussi de mavoir ouvert les portes de la gomicrobiologie et fait partager vos
expriences. Merci Marie, pour ta confiance lors de ma participation des programmes de
recherche tels que GDR FORPRO ou GNR PARIS , ainsi que ton soutien dans la
ralisation de cette thse. Merci toi Christian, pour tes ides, ta motivation, ainsi que ta
grande curiosit et culture scientifique qui mont t trs bnfiques. Je noublierai pas non
plus nos discussions philosophiques sur les mcanismes lorigine de la vie sur Terre, qui je
lespre, seront un jour dmontres.
Je tiens aussi remercier Michel Jullien, qui a t pour moi bien plus quun encadrant
de thse CEA, mais un ami de confiance. Merci davoir t linstigateur de ce projet et de
mavoir fait dcouvrir ta passion pour la gologie et plus particulirement sur le monde
vivant des argiles. Jai apprci les discussions trs riches sur ces sujets border line
ainsi que ta patience afin de rpondre toutes mes sollicitations, mme dans les moments les
plus Caipirinharis .
Je remercie aussi lIRSN (Institut de Radioprotection et de Sret Nuclaire) pour avoir
financ mes travaux de recherche. Je tiens remercier tout particulirement Delphine
Pelligrini et Franois Marsal de mavoir accueilli dans ce programme de recherche
exploratoire ainsi que de leurs visions sur la sret des stockages.
Je remercie galement toutes les personnalits qui ont bien voulu participer mon jury.
Jexprime ma reconnaissance envers Messieurs Oleg Pokrovsky et Franois Guyot,
respectivement professeurs lUniversit Paul Sabatier de Toulouse et lUniversit de Paris
VII. Ils mont fait lhonneur dtre les rapporteurs de ma thse. Je remercie galement
Messieurs Jean-Claude Block, professeur et directeur du LCPME Nancy, Frderic Villieras
directeur de recherche au LEM Nancy et Guillaume Morin, directeur de recherche
lIMPMC Paris, pour avoir t mes examinateurs.
Je rends hommage aussi toutes les personnes que jai pu encadrer dans leurs stages et
qui mont aides, dans la mise en uvre de mes expriences : Laurence, Olivier, Aurlien,
Jiajia et Floriane, ce travail est aussi le vtre.
De plus, je remercie Daniel Borschneck (CEREGE), Mustapha Abdelmoula (LCPME),
Herv Marmier et Graldine Kitzinger (LIMOS) et Laurent Cournac (IBEB) pour leur aide
dans la caractrisation des chantillons.

Je voudrais maintenant remercier mon laboratoire, le LMTE qui ma accueilli pendant
mes trois annes de thse au CEA Cadarache. Avec, tout dabord, un merci chaleureux ma
collgue et amie de bureau: Laureline qui ma supporte (le contraire aussi) pendant ces
trois annes. Pleins danecdotes qui resteront, je lespre, dans ce mythique bureau !!!
Un grand merci tous mes collgues de travail rencontrs dans ce laboratoire ou
Cadarache, devenus au cours de ces annes des prcieux amis: Anthony (polyglotte ses
heures perdues mais surtout accro au CO2), Sabine (hydrogologue mais aussi alpiniste le
dimanche), Amandine (la prsidente de lASTHEC) et Mathieu (le meilleur buteur en activit
des mercenaires).
Un grand merci aussi Olivier et Jean-Eric pour nos discussions et vos conseils aviss,
(on garde le contact). Merci aussi toute lquipe du labo, Rgine, Michel, Guy, Claudine et
Jol avec une spciale ddicace Pinpin (JCP pour les Mercenaires.). Enfin un merci tous
les collgues du LMTE, entre autres Odile (la 2
me
maman du labo), Franck (accro au vlo),
Ingmar et Vro, Pascal, Christophe, Pierre, Yves, Valrie, Jocelyne et une dernire
ddicace davenir avec le brsil : Vivi, Marta et Rebeca !!!
1

La science restera toujours la satisfaction du plus haut dsir de notre nature, la curiosit ;
elle fournira l'homme le seul moyen qu'il ait pour amliorer son sort.

[ Ernest Renan ] - Extrait de L'Avenir de la science

2
TABLE DES MATIERES

3
TABLE DES MATI ERES

TABLE DES MATI ERES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
TABLE DES FI GURES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
TABLEAUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
I NTRODUCTI ON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
CHAPI TRE I : OBJECTI FS ET CONTEXTE DE L ETUDE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1. CONTEXTE DU STOCKAGE GEOLOGI QUE ARGI LEUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.1. OBJECTIFS ET FINALITE DU STOCKAGE : LES ENJEUX ........................................................ 13
1.2. GEOMETRIE ET SPECIFICITES DES SYSTEMES PROFONDS : LES CONCEPTS, LES MATERIAUX
ET LE MILIEU GEOLOGIQUE .............................................................................................. 14
1.3. CONCEPT ET ORGANISATION DES ALVEOLES .................................................................... 16
1.4. POSITIONNEMENT DE LA PROBLEMATIQUE ACTIVITE MICROBIENNE EN STOCKAGE
PROFOND. ...................................................................................................................... 16
2. REACTI VI TE DES MATERI AUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.1. LES BARRIERES ARGILEUSES : PROCESSUS DE FORMATION, PHASES ET ELEMENTS CIBLES
REACTIFS ....................................................................................................................... 18
2.1.1. Structure et classification des phyllosilicates ...................................................... 18
2.1.2. Formation sdimentaire des argilites : un environnement stable ? .................... 20
2.1.3. Phases ractives des argilites : Les smectites ................................................... 21
2.1.4. Le fer : lment cible de la ractivit des argilites .............................................. 22
2.2. FER METALLIQUE : PROCESSUS DE CORROSION ET CONDITIONS PHYSICO-CHIMIQUES
ASSOCIEES .................................................................................................................... 26
2.2.1. Corrosion mtallique ........................................................................................... 26
2.2.2. Formation dH
2
de corrosion : tat et transport en milieu argileux ..................... 27
2.3. REACTIVITE FER/ARGILE : PRINCIPES ET PROCESSUS ....................................................... 29
2.3.1. Corrosion argileuse : ractivit des smectites .................................................... 29
2.3.2. Vision intgre de la ractivit : Retour sur les modlisations Fer/Argile .......... 30
3. ACTI VI TE BACTERI ENNE DANS LE STOCKAGE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3.1. PRESENCE MICROBIENNE DANS LES SITES DE STOCKAGE PROFOND .................................. 34
3.2. EXIGENCE DE LA VIE MICROBIENNE ET LIMITES DANS LES ENVIRONNEMENTS EXTREMES ..... 35
3.2.1. Mtabolisme bactrien : substrats nutritifs et nergtiques ............................... 35
3.2.2. Activit microbienne en milieu argileux profond ................................................. 37
3.3. REVUE DES IMPACTS MICROBIENS SUR LA REACTIVITE IMPLIQUANT LES MATERIAUX ........... 42
3.3.1. Fonctions daltration microbienne ..................................................................... 42
3.3.2. Interaction microbienne sur le Fe(III) structural .................................................. 43
3.3.3. Biocorrosion des matriaux mtalliques ............................................................. 46
4. ORGANI SATI ON DE L ETUDE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
4.1. SYSTEMES DE STOCKAGE : ENVIRONNEMENT PROPICE A UNE ACTIVITE BACTERIENNE ? .... 48
4.2. CHOIX DUN MODELE BACTERIEN ..................................................................................... 49
4.3. QUESTIONS POSEES DANS CETTE ETUDE ......................................................................... 49
4.4. LA DEMARCHE DE LETUDE .............................................................................................. 50

TABLE DES MATIERES
4
CHAPI TRE I I : MATERI ELS ET METHODES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
1. MATERI AUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
1.1. LES PHASES ARGILEUSES ............................................................................................... 53
1.1.1. Argilite de Tournemire ........................................................................................ 53
1.1.2. Argiles purifies .................................................................................................. 55
1.2. LE METAL ET LES OXYDES ............................................................................................... 58
1.2.1. Le fer mtal ......................................................................................................... 58
1.2.2. Lhmatite ........................................................................................................... 58
1.2.3. La magntite ....................................................................................................... 58
1.3. LE MILIEU REACTIONNEL : DE LEAU INTERSTITIELLE DU SITE A UN MILIEU REPRESENTATIF EN
LABORATOIRE ................................................................................................................. 58
1.4. LES BACTERIES .............................................................................................................. 60
1.4.1. Les bactries ferrirductrices .............................................................................. 60
1.4.2. Les biosenseurs .................................................................................................. 62
2. MATERI ELS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
2.1. MATERIELS EXPERIMENTAUX .......................................................................................... 64
2.2. MATERIELS ANALYTIQUES ............................................................................................... 67
2.2.1. Mesures des activits microbiologiques ............................................................. 67
2.2.2. Altration des phases minrales : mesures chimiques ...................................... 69
2.2.3. Caractrisation et altration des phases minrales : analyse des solides ......... 71
PARTI E I : DEVELOPPEMENT BACTERI EN FERRI -REDUCTEUR
EN MI LI EU GEOLOGI QUE PROFOND . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
CHAPI TRE I I I : CARACTERI SATI ON DES NUTRI MENTS ET DU FE( I I I )
STRUCTURAL DI SPONI BLES EN CONDI TI ON DE STOCKAGE . . . . . . . . . . . . . . . 77
1. ELEMENTS NUTRI TI FS ET ENERGETI QUES DANS LES
ENVI RONNEMENTS ARGI LEUX PROFONDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
1.1. COMPOSITIONS MINERALOGIQUE ET CHIMIQUE DANS LES ARGILITES ................................. 77
1.1.1. Composition minralogique de largilite .............................................................. 80
1.1.2. Composition chimique des eaux interstitielles .................................................... 81
1.2. LOCALISATION DES RESERVOIRS FER ET SPECIATION DU FER DANS LES MINERAUX ............ 81
1.3. DEVELOPPEMENT BACTERIEN FERRIREDUCTEUR : APPROCHE THERMODYNAMIQUE ET
NUTRITIVE ...................................................................................................................... 83
2. APPORT DES COLI S DE DECHETS METALLI QUES POUR LE
DEVELOPPEMENT MI CROBI EN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
2.1. COMPOSITION DES COLIS ............................................................................................... 88
2.2. FLUX DE NUTRIMENTS .................................................................................................... 89
PARTI E I I : (BI O)-DI SPONI BI LI TE ET REACTI VI TE DU FER
DANS LES MATERI AUX : I MPACT DES ACTI VI TES
BACTERI ENNES FERRI -REDUCTRI CES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
CHAPI TRE I V: BI OREDUCTI ON DU FE( I I I ) DANS LES MI LI EUX ARGI LEUX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
1. PREAMBULE : ALTERATI ON BACTERI ENNE D UNE ARGI LE
FERRI FERE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
2. BI OREDUCTI ON DANS LES SYSTEMES ARGI LEUX HETEROGENES . 98
2.1. IMPACT DES ACTIVITES BACTERIENNES FERRI-REDUCTRICES EN MILIEU ARGILEUX COMPLEXE :
LE CAS DES ARGILITES .................................................................................................... 98
TABLE DES MATIERES

5
ARTI CLE I : I MPACT OF I RON- REDUCI NG BACTERI A ON THE PROPERTI ES OF
ARGI LI TES I N THE CONTEXT OF GEOLOGI CAL RADI OACTI VE WASTE DI SPOSAL . . . . 98
2.2. IMPACT DES ACTIVITES BACTERIENNES FERRI-REDUCTRICES SUR DES ARGILES PURIFIEES . 114
ARTI CLE I I : CLAY- I RON REDUCI NG BACTERI A I NTERACTI ON I N DEEP
GEOLOGI CAL ENVI RONMENT: EXPERI MENTAL AND MODELI NG APPROACH . . . . . . . . . . 115
3. REACTI VI TE SPECI FI QUE DES SMECTI TES EN PRESENCE DE
BACTERI ES FERRI - REDUCTRI CES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
ARTI CLE I I I : REACTI ON PARAMETERS FOR SMECTI TES ALTERATI ON I NDUCED
BY I RB AT LOW TEMPERATURE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
4. COMPLEMENTS ET SYNTHESE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
4.1. MECANISMES DE REDUCTION ET DALTERATION .............................................................. 139
4.2. BILAN INTERMEDIAIRE .................................................................................................. 143
CHAPI TRE V : BI OCORROSI ON DES MATERI AUX METALLI QUES . . . . . . . . 145
1. FER ET CORROSI ON EN MI LI EU PROFOND . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
2. DI SSOLUTI ON BACTERI ENNE DES OXYDES DE FER . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
3. FER METAL : REACTI ONS ABI OTI QUES / BI OTI QUES, ROLE SUR LES
VI TESSES DE CORROSI ON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
ARTI CLE I V: METALLI C CORROSI ON PROCESSES REACTI VATI ON SUPPORTED
BY I RON REDUCI NG BACTERI A: I MPLI CATI ON ON LONG TERM STABI LI TY OF
PROTECTI VE LAYERS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
CHAPI TRE VI : MECANI SMES DE ( BI O) - REDUCTI ON DU FE( I I I ) EN MI LI EU
POREUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
1. DI FFUSI ON DE COMPOSES REDUCTEURS DANS LES SYSTEMES
POREUX ( REDUCTI ON I NDI RECTE A DI STANCE) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
1.1. EXPERIENCES ABIOTIQUES ........................................................................................... 164
1.2. EXPERIENCES BIOTIQUES ............................................................................................. 165
2. LES TRANSPORTEURS D ELECTRONS BACTERI ENS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165
3. LE COUPLAGE REDUCTI ON/ ACI DI FI CATI ON : I MPACT SUR LES
PROPRI ETES CRI STALLOCHI MI QUES DES MI NERAUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
3.1. LES MECANISMES DE REDUCTION ET DACIDOLYSE ......................................................... 169
3.2. REDUCTION REVERSIBLE DES NONTRONITES ................................................................. 171
3.3. ALTERATION IRREVERSIBLE DES NONTRONITES PAR ACIDOLYSE ..................................... 174
4. LES MECANI SMES BACTERI ENS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
4.1. REDUCTION REVERSIBLE DU FER (III) PAR LES BACTERIES. ....................................... 176
4.2. LALTERATION BACTERIENNE PAR ACIDOLYSE ................................................................ 178
5. PROPOSI TI ON D UN MODELE REACTI ONNEL POUR LA REDUCTI ON
BACTERI ENNE DU FER DANS LES SYSTEMES ARGI LEUX . . . . . . . . . . . . 179
ARTI CLE V: ELECTRON SHUTTLE TRANSPORT: EFFI CI ENT MECHANI SM
OCCURRI NG AT A DI STANCE FOR I RB RESPI RATI ON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
6. CONCLUSI ON I NTERMEDI AI RE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
TABLE DES MATIERES
6
PARTI E I I I : CAPACI TE DE DEVELOPPEMENT DES BACTERI ES
FERRI -REDUCTRI CES EN CONDI TI ONS DE STOCKAGE
GEOLOGI QUE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
CHAPI TRE VI I : CONTROLE DE L ACTI VI TE FERRI - REDUCTRI CE PAR
LES PARAMETRES ENVI RONNEMENTAUX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
1. I NFLUENCE DE L ACTI VI TE BACTERI ENNE SUR LE SYSTEME
COUPLE FER METAL - ARGI LE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
1.1. ROLE DE LHYDROGENE SUR LE METABOLISME BACTERIEN ............................................. 197
1.1.1. Hydrogne dans le stockage : Source nergtique pour la vie microbienne ... 197
1.1.2. Mtabolisme bactrien : Hydrognase ............................................................. 197
1.1.3. Rduction des matriaux du stockage profond : Couplage H
2
/ Fe(III) ............ 199
1.2. DETERMINATION DES PARAMETRES DINFLUENCE ........................................................... 200
1.2.1. Respiration du Fe
3+
en solution en prsence de fer mtallique........................ 201
1.2.2. Impact du fer mtal dans la bio-rduction du Fe(III) structural des smectites .. 202
1.2.3. Validation de limpact de lactivit ferri-rductrice sur la raction couple fer
mtal - argile .................................................................................................... 204
2. I NFLUENCE DES PARAMETRES ENVI RONNEMENTAUX SUR LA
BI OREDUCTI ON DU FE( I I I ) STRUCTURAL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206
2.1. INFLUENCE DE LA TEMPERATURE .................................................................................. 206
2.2. INFLUENCE DE LA PRESSION ......................................................................................... 207
2.3. INFLUENCE DE P
H2
....................................................................................................... 209
3. I MPACT DU FE
2 +
SUR L ACTI VI TE MI CROBI OLOGI QUE . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
3.1. ACTIVITE BACTERIENNE SELON LA CONCENTRATION EN FE
2+
.......................................... 211
3.1.1. Notion de carence et de toxicit ....................................................................... 211
3.1.2. Impact du Fe
2+
sur lactivit hydrognase des bactries ferri-rductrices ........ 214
3.2. MECANISMES DINHIBITION DES ACTIVITES BACTERIENNES FERRI-REDUCTRICES DANS LE
STOCKAGE ................................................................................................................... 218
DI SCUSSI ON . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
1. ACTIVITE BACTERIENNE EN CONDITION DE STOCKAGE : APPLICATION AUX BACTERIES FERRI-
REDUCTRICES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
2. ACCESSIBILITE AU FE(III) STRUCTURAL ET REACTIVITE MICROBIOLOGIQUE EN MILIEU ARGILEUX 225
3. PROCESSUS GEOMICROBIOLOGIQUES EN CONDITION DE STOCKAGE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
4. INFLUENCE A LECHELLE DU STOCKAGE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228
CONCLUSI ON ET PERSPECTI VES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231
REFERENCES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
ANNEXE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
TABLE DES FIGURES ET DES TABLEAUX
7
TABLE DES FI GURES
Figure 1 : Illustration dun systme multibarrires (Perronnet et al, 2005). 14
Figure 2 : Coupe gologique sur le site du laboratoire de recherche souterrain (Andra, 2005). 15
Figure 3 : Schma reprsentatif des zones de stockage de colis de dchets B et C en profondeur (Andra 2005). 15
Figure 4 : Schma dune alvole de colis HAVL (Andra 2005). 16
Figure 5: Reprsentation 3 D dune smectite daprs Kohler (2005) et prcision sur la composition dun feuillet TOT. 19
Figure 6 : Reprsentation de la structure en feuillet des phyllosilicates. 21
Figure 7 : Relations de stabilit entre les oxydes, les sulfures, les carbonates et les silicates de fer a 25c et une pression
totale de 1 atmosphre, en prsence deau. 23
Figure 8 : Schma synthtique des mcanismes doxydation la surface des blocs (zone edz ) daprs Charpentier et al.
2001. 25
Figure 9 : Diagrammes de phases Eh/pH du fer (Taylor and Curtis, 1995). 27
Figure 10 : Reprsentation schmatique de la migration du transfert des gaz dans une alvole de dchets C (Talandier, 2005).
28
Figure 11 : Ractivite fer/argile (lantenois, 2003) : formation de phase ferrifre 7 riches en fer. 29
Figure 12 : Rsultats de simulation de lvolution du fer et des produits de raction au cours de lexprience fer/argilite (quantit
de minral en g). Observation au MEB de la corrosion de poudre de fer en prsence dargilite aprs 6 mois de ractivit :
agrgat de silicate riche en fer de type greenalite et de cristaux de magntite (de Combarieu et al., 2007). 31
Figure 13 : Schma du modle1d des intractions fer/argile (Bildstein et al., 2006). 31
Figure 14 : Le mtabolisme bactrien. 35
Figure 15 : Nutriments bactriens selon les sources et leurs fonctions (Todar, 2006). 36
Figure 16 : Bio-minralisation de la matire organique dans les systemes redox, avec les quantits dnergies Grsultantes.
38
Figure 17 : Modlisation lors du pic thermique des tempratures attendues dans le champ proche dune alvole des colis C
(Andra, 2005). 41
Figure 18 : Vitesse de dissolution dune phase minerale de type biotite selon les fonctions daltration microbienne. Domaine i
(acidolyse) ; domaine ii (complexolyse) et domaine iii (immobilisation). 42
Figure 19 : Slection des fonctions daltrations des espces bactriennes selon la nature des sols (Balland, 2010). 43
Figure 20: Illustration schmatique des diffrentes stratgies de transfert dlectrons au fer ferrique (Kappler, 2005) 44
Figure 21 : Observation au DRX (a) et au MET (b) sur lillitisation dune smectite ferrifre par shewanella oneidensis (kim,
2004). 45
Figure 22: Schma de bactries en milieu argileux compact. 46
Figure 23 : Mcanisme de biocorrosion mtallique (Lee, 1995). 47
Figure 24 : Schma dune alvole de stockage et des phnomnes pouvant augmenter lactivit bactrienne. 48
Figure 25 : Photo du site de tournemire et localisation de lancien tunnel ferroviaire traversant largilite du toarcien. 53
Figure 26 : Coupe gologique du tunnel de Tournemire avec en renfort une carte montrant l'emplacement de Tournemire
(daprs Boisson, 1996) et la localisation des chantillons tudis. 54
Figure 27 : Optimum de bio-rduction/dissolution du fer de la smectite en fonction du pH et de la tmperature aprs exposition
aux bactries shewanella oneidensis (Kotska et al., 1996). 61
Figure 28 : Evolution du taux de croissance moyen de Thermotoga en fonction de la temprature et du pH (Jeanthon et al.,
1995). 62
Figure 29 : Photos des deux racteurs en tflon et en verre. 65
Figure 30 : La photo A reprsente la synthse dun gel inorganique hybride (GIH) sans incorporation de nontronite, la photo B
reprsente le GIH synthtis en prsence de nontronite Nau2 et la photo C reprsente une coupe transversale du GIH -
nontronite encapsul dans un second GIH afin denlever laccessibilit du Fe(III) nontronite pour les bacteries par simple
contact de surface du materiau. 66
Figure 31 : Schma exprimental gnral des expriences dinteraction entre des phases argileuses et des bactries et/ou du
Fe(0). 67
Figure 32 : Systme permettant de suivre la diffusion des sondes ioniques dans le GIH par microscopie confocal. 73
Figure 33 : Cartographie du forage MB2 et de la carotte dargile chantillonne. 78
Figure 34 : Spectre de diffraction des diffrents chantillons de largilite de Tournemire (sain, fracture et edz). 79
Figure 35 : Spectres Mossbaer de largilite de Tournemire. 82
Figure 36 : Section transversale de lenveloppe des colis de dchets HAVL (Andra 2005). 88
Figure 37 : Evolution de la concentration en fer en fonction du temps pour diffrents agents daltration dune smectite 96
Figure 38 : Evolution temporelle de traceurs de lactivit microbienne (pH,biomasse) lors de la rduction du Fe(III) de la
smectite en prsence du lactate comme source de carbone et dlectrons. 96
Figure 39: Evolution de la concentration en lactate lors des expriences biotiques (rduction du Fe(III) de la smectite par
Shewanella oneidensis) et abiotiques. 97
Figure 40 : Photos de la smectite bio-altere (gauche) avec ses gels associs par Clostridium aurantibutyricum et de la
smectite tmoin (droite). 139
Figure 41: Reprsentation schmatique dune squence ractionnelle de formation de phase 7 induite par la rduction
bactrienne du Fe(III) dans un systme bacteries ferri-rductrices smectite ferrifre. 141
Figure 42: Reprsentation schmatique dune squence ractionnelle dillitisation induite par rduction dans un systeme
bactries ferri-reductrices smectite ferrifere. 142
Figure 43 : Dissolution de la magntite aprs reduction du Fe(III) par Shewanella oneidensis. 147
Figure 44 : Dissolution de lhmatite aprs rduction du Fe(III) par Shewanella oneidensis. 147
Figure 45 : Evolution des substrats (lactate) et des produits ractionnels lors de la rduction du Fe(III) de la magntite par
Shewanella oneidensis MR1. 148
Figure 46 : Evolution des substrats (lactate) et des produits ractionnels lors de la rduction du Fe(III) de lhmatite par
Shewanella oneidensis MR1. 148
8
Figure 47 : Visualisation des processus de rduction/oxydation du Fe(III) dans des GIH enrichis en nontronite en prsence de
dagents chimiques rducteurs ou oxydants (dithionite ou de proxyde dhydrogne). Rayon = 4,07mm. 164
Figure 48 : Visualisation des processus de rduction/oxydation du Fe(III) dans des GIH enrichis en nontronite en prsence de
la bacterie Shewanella sp. 165
Figure 49 : Solubilisation du Fe(III) dans les GIH-nontronite en prsence des bactries Shewanella sp (d.e : H2). Clostridium sp.
(d.e : glucose). et Thermotoga sp. (d.e : peptone). d.e: donneur dlectrons. 166
Figure 50 : Altration par acidolyse du GIH-nontronite par la bactrie fermentaire Clostridium aurantibutyricum. 168
Figure 51 : Dispositif danalyse simultane in vitro en cuve quartz (scelle) du statut du fer structural des GIH en prsence
dune solution rductrice compose dagents chimiques ou de cellules bactriennes. 169
Figure 52 : Identification des bandes spectrales du fer dans les nontronites, comparaison entre GIH-nau1 et nau2 (oxyde et
reduit) et un gel de silice pur ou dop en montmorillonite(GIH). 171
Figure 53 : Identification des bandes spectrales du fer dans les nontronites aprs rduction avec du dithionite de sodium
(Na2S2O4). 172
Figure 54 : Evolution de lintensit normalise (rf 460 nm) des bandes spectrales caractristiques du statut du fer dans la
nontronite au cours de sa rduction par du dithionite de sodium (2mM pH7). 173
Figure 55 : Estimation selon un modle dordre 1 des constantes de temps de rduction des diffrents sites Fer(III) dans la
nontronite. 174
Figure 56 : Evolution du fer structural des nontronites au cours de processus de rduction/altration (initial =couleur orange ;
rduit =couleur verte ; alter =couleur blanchie). 175
Figure 57 : Spectres UV-VIS des GIH-nontronite aprs rduction biotique (S. oneidensis MR1) et abiotique (dithionite 2mm). Le
spectre dabsorbance des quinones est aussi indiqu en comparaison. 176
Figure 58 :Oxydation du pyrocatchol par les ions Fe
3+
. 177
Figure 59 : Formation schmatique du complexe quinhydrone et son spectre d'absorbance (Regeimbal et al., 2003). 177
Figure 60 : Schma propos du transfert dlectrons catechol quinone via un complexe stable quimolaire : la quinhydrone.
178
Figure 61 : Evolution des bandes spectrales des sites de fer structural de la nontronite nau2 aprs altration (rduction,
acidolyse) bacterienne (Clostridium aurantibutyricum). GIH-nontro_ox= initial ; GIH-reduit=aprs rduction du Fe(III) ;
GIH-altr (1, 2 et 3)= volution du blanchiment du gel. Les bandes 1 correspondent au Fe(III) octadrique et la bande 5
correspond au Fe(II) octadrique. 179
Figure 62 : Mcanisme de rduction / altration des Fe(III)-nontronite distance via des transporteurs dlectrons
extracellulaires bio-induits. la formation ltat quimolaire de quinhydrone (Q/QH2) au sein des milieux poreux favorise
le transfert des lectrons entre les transporteurs et la rduction du Fe(III) structural. 180
Figure 63: Schmatisation du contrle des phases minerales argileuses par les activits bactriennes hydrognotrophes en
milieu confin poreux. 194
Figure 64: Structure dune hydrognase indiquant les clusters Fe-S, le site actif de lH2 et la chaine hydrophobe facilitant laccs
lH2 (Volbeda et al. 1995). 198
Figure 65: Raction dans un contexte organo - mineral - mtallique: activation/inhibition. 200
Figure 66: Rduction du Fe(III)-citrate en prsence de Fe
(0)
par Shewanella sp. Les valeurs de temps de rduction dcrites sont
des moyennes des 3 rpliquats realiss. 201
Figure 67 : Batch representant lactivit microbienne de rduction du Fe(III) en contexte fer-argile. 202
Figure 68 : Consommation de glucose au cours de la rduction du Fe(III) de la smectite. 203
Figure 69 : Suivi de la concentration chimique en solution des lments structuraux de la smectite au cours des altrations
bactriennes en condition de ractivite fer/argile. 203
Figure 70: Influence des oxydants (biologique, chimique et argileux) sur les procssus de corrosion mtallique. 205
Figure 71: Bio-reduction du Fe(III) de la smectite 60C pa r Thermotoga subterranea. 207
Figure 72 : Augmentation de la dissolution du Fe structural de largilite en prsence de bacteries ferri-reductrices thermophiles.
207
Figure 73: Racteur haute prssion : dispositif pour la mesure de la croissance bactrienne sous pression croissante (1 a 45
bars). 208
Figure 74: Bio-consommation dH2 lors de la rduction du Fe(III) des smectites en fonction du temps. 209
Figure 75: Principe de fonctionnement dun biosenseur. 211
Figure 76 : Mesures par luminomtrie (ftpa_lux) et par fluorimtrie (bfrb gfp 2) de lexpression des genes rapporteurs rsultant
de la concentration en fer disponible pour les bacteries : limite biologique des milieux carencs en fer. 212
Figure 77: Fentre dactivit microbiologique et de croissance bacterinne ferri-rductrice hydrogenotrophe en fonction de la
concentration en fer en solution. 214
Figure 78: Reprsentation en pourcentage des changes H2, HD et D2 en fonction du temps lors de la consommation de D2
dans les expriences de rduction du Fe(III) citrate. a) racteur tmoin ; b) en presence de la bacterie Shewanella. 215
Figure 79 : Reprsentation en pourcentage des changes H2, HD et D2 en fonction du temps lors de la consommation de D2
dans les expriences de rduction du Fe(III) citrate en prsence dune concentration en Fe
2+
croissante. Un temoin
abiotique en prsence de 1mM de Fe
2+
est galement reprsent. 216
Figure 80 : Ratio isotopique () de D2 en fonction du temps pour les diffrentes expriences biotiques de rduction du Fe(III).
217
Figure 81: Consommation de l'hydrogne en fonction de sa concentration dans le milieu. 219
Figure 82: Images microscope lectronique dune cellule en milieu citrate 20mM (photo A gauche) et dune cellule en milieu
citrate ; pralablement mises en prsence dun excs de Fe
2+
2mM (photo droite), (Liu and Zachara, 2001). 220
Figure 83: Diagramme potentiel-pH du fer pour [10
-2
mol/l] et [10
-6
mol/l]. 221
Figure 84: Mcanismes dinhibition lchelle du pore de lactivit bactrienne ferri-rductrice. 222
Figure 85 : Module exprimental de mesure de gonflement du GIH-nontronite par un palper en condition anoxique en jarre (N2
90% CO2 10%). 247
Figure 86 : Cintique de dgonflement du GIH-nontronite. 248
Figure 87 : Mesure des diamtres des GIH-nontronite au cours de laltration bactrienne. 249
Figure 88: Images de diffusion des sondes ioniques dans le GIH (a), le GIH-nontronite (b), le GIH-nontronite rduit (c), le GIH-
nontronite blanchie (d) aprs altration bactrienne. 251

9
TABLEAUX
Tableau 1 : Classification des phyllosilicates. X reprsente la charge du feuillet par unit structurale, daprs (Bruno, G. 1993).
19
Tableau 2 : Surface spcifique des matriaux argileux mesure par BET lazote (CEREGE, Centre de Recherche et
dEnseignement en Gosciences de lEnvironnement). 58
Tableau 3 : Composition chimique du milieu synthtique MClay utilis lors des expriences bactries minraux ferrifres.
comparaison avec les milieux naturels. 60
Tableau 4 : Produits du mtabolisme de la souche Clostridium aurantibutyricum (Vglia, 1996). 61
Tableau 5 : Construction des biosenseurs. 63
Tableau 6 : Composition chimique en pourcentage doxydes de largilite de Tournemire. 80
Tableau 7 : Composition minralogique (%massique) des matriaux composites (Perronnet, 2004). 80
Tableau 8 : Concentration des espces chimiques des eaux interstitielles de largilite de Tournemire. 81
Tableau 9 : Spciation du fer (mmol/l) dans les phases minrales de largilite de Tournemire. Le Fe
2+
en mmol/l a t mesur
par une mthode colorimtrique 510nm, le fer total est mesur par ICP-AES. Le pourcentage de Fe
3+
= (Fe total -
Fe
2+
)/Fe total). 82
Tableau 10 : Phases minrales ferrifres prsentes dans largilite de Tournemire et dtermination semi-quantitative des phases
Fe(III). 83
Tableau 11: Composition en lments substrats, essentiels pour le dveloppement bactrien. 84
Tableau 12: Comparaison de la quantit de biomasse synthtise selon une approche nergtique du systme et des
nutriments prsents en solution. 86
Tableau 13 : Composition chimique du colis de dchets . 89
Tableau 14 : Composition du colis de dchets utilis pour ltude. 89
Tableau 15 : Estimation dun flux de nutriments lors de la corrosion du colis (verre+acier). 90
Tableau 16: Tableau danalyses chimiques (% atomique) de la smectite tmoin non altre et la smectite altre par analyses
EDS. 139
Tableau 17 : Mesure de la capacit dchange cationique (CEC) avant et aprs altration microbienne. 140
Tableau 18 : Quantits de mtabolites produits lors de la rduction bactrienne des GIH-nontronite.(t=600h).nd : non
dtectable. 166
Tableau 19 : Formule structurale des nontronites nau1 et nau2 maille complte. 170
Tableau 20 : Dtermination de la croissance bactrienne (croissance) au cours dune augmentation des conditions de
pression (15 bars 45 bars). 208
Tableau 21 : Bilan de lactivit bactrienne ferri-rductrice : consommation dH2 disponible et rduction du Fe
3+
de la smectite.
La concentration dH2 correspond la fraction dH2 prsente dans les racteurs la pression de lexprience (~1,6bar).
210
Tableau 22: Effet de la concentration en Fe
2+
sur lactivite et le developpement des bacteries frri-reductrices aprs 24h
dexprience. La consommation dH2 indique correspond la moyenne de trois rplicats. 213
Tableau 23: Vitesse dchange de lenzyme hydrognase (quantit disotope de lhydrogne /heure) en fonction de la quantit
de Fe
2+
prsent : calcule via la pente des ratios isotopiques. 217
Tableau 24 : Synthse des diffusions dans les GIH-nontronite avant et aprs altration bactrienne. Modle utilis t90 = k. l2/de
avec k = 1.03 (symtrie cylindrique) ; apparent diffusion constant (ADC) or effective lateral diffusion (de) exprim en 10
-
8
cm
2
/s ; tortuosit (1/) determine pour srb 1/ = de/daq avec daq = 3,65. 10
-6
cm
2
/s a 25c pour SRB (diffusion dans
leau).* calcul partir du front de diffusion (t50). 250

10
INTRODUCTION
11
I NTRODUCTI ON
Cette tude sattache dcrire la Ractivit Gomicrobiologique des matriaux et
minraux ferrifres dans le cadre du stockage gologique de dchets radioactifs de haute
activit et vie longue (HAVL) en milieu argileux profond. Lintroduction de matriaux
exognes au sein dun milieu argileux est susceptible de perturber ou de modifier
durablement les conditions physico-chimiques et gochimiques prvalant en profondeur.
Que ce soit lors des phases de creusement et dexploitation du stockage ou bien au cours de
son volution long terme, linteraction des diffrents matriaux prsents va librer des
espces chimiques (fer, soufre, silicium, magnsium) et gazeuses (CO
2
, H
2
). Ces
interactions, fluide/roche notamment, peuvent durablement modifier les conditions
gochimiques du milieu et engendrer progressivement une altration des composants
impliqus dans les diffrentes configurations de stockage. Ce processus daltration pourrait
remettre en cause les capacits de confinement des diffrentes enveloppes ouvrags et
donc dinfluer sur le relchement et la migration des radionuclides. Par consquent, la
connaissance des proprits chimiques et mcaniques des matriaux est ncessaire pour
valuer la capacit de confinement du stockage sur le court et le long terme et sa prennit.
Lexistence de micro-organismes vivant profondment sous la surface de la terre est
maintenant bien tablie. (Gold 1992 ; Parkes et al., 1994, 2000 ;
Pedersen,1996, 1997 ; Whitman et al. 1998). Cette biosphre souterraine (selon
les auteurs entre 5 % et 50 % de la biomasse terrestre totale) se retrouve principalement
dans les milieux sdimentaires, les gisements de ptrole, les aquifres, les roches
volcaniques et basaltiques. Dans ces cosystmes profonds, mme si certains
mtabolismes microbiens essentiellement htrotrophes tirent leur nergie de la matire
organique sdimentaire, dautres autotrophes utilisent plutt des sources dnergie dorigine
gochimique, comme lhydrogne ou le mthane. Ces modes de fonctionnement alternatifs
sont caractristiques des systmes profonds. Nanmoins, comme tous les micro-organismes
pour survivre et vivre dans ces environnements profonds, ils doivent disposer de tous les
lments nutritifs et oligo-lments ncessaires pour leur dveloppement tels que carbone,
azote, phosphore, soufre, magnsium, fer).
Dans les environnements argileux profonds tudis pour le stockage et malgr les
conditions hostiles (faible hydratation, faible porosit), la prsence de microorganismes
endognes a t dmontre par de multiples tudes rcentes (Stroes Gascoyne et
al., 2007 ; Mauclaire et al., 2007 ; Pedersen et al., 2000 ;
Poulain, 2006). Les apports nutritifs indispensables peuvent tre fournis par les produits
daltrations mentionns prcdemment, qui sont susceptibles de favoriser, dinitier ou de
modifier lactivit bactrienne et qui peut en retour entretenir laltration. Dans ce travail, il a
sembl pertinent dtudier cette boucle altration/nutrition originale et de dcrire les
paramtres qui la contrlent, afin dvaluer son impact sur les proprits de confinement des
composants du stockage.
Mme si la nature endmique des microorganismes identifis peut tre longuement
discute (absence de contamination par des apports allochtones), limpact des activits
microbiennes en milieu profond ne peut tre sous-estim. Plusieurs tudes montrent
aujourdhui, le rle important des microorganismes dans les cycles biogochimiques ainsi
que leurs capacits impressionnantes survivre dans les environnements les plus extrmes.
Si le milieu argileux constitue une limite physique la vie des microorganismes autochtones,
lintroduction de souches allochtones, dans un milieu argileux prsentant une surface
dexploitation de plusieurs kilomtres carrs est certainement impossible prvenir.
Ce paramtre microbiologique essentiel est prendre en compte, quelle que soit son
origine (autochtone ou allochtone). Il est actuellement valu par les diffrents acteurs des
projets de stockage notamment franco-franais, tels que lAndra et lIRSN ainsi que de
INTRODUCTION
12
nombreux laboratoires acadmiques en France et ltranger, travers des tudes
conduites sur les volutions des matriaux de confinement (argileux et mtalliques).
Dans la prsente tude, un modle bactrien bas sur la ferri-rduction a t choisi pour
ses critres de viabilit dans le systme, et sa capacit altrer les matriaux dans les
conditions du stockage (anoxie, quantit de fer importante, prsence dhydrogne, milieu
argileux pouvant contenir du Fe(III) structural). La description de la ractiv globale des
matriaux ferrifres du stockage au travers de lactivit des bactries ferrirductrices
constitue le principal objectif du prsent travail. En effet, cette activit bactrienne est un des
plus importants processus ractionnels dans les sdiments profonds o la prsence de
phases ferrifres de type smectite et doxydes est identifie.
Cette thse constitue une tude exploratoire soutenue par un volet exprimental
important. Elle sattachera dcrire le concept dynamique dune activit microbiologique
viable et durable en conditions de stockage gologique profond. Il sagira notamment de
dterminer si la capacit de rduction du Fe(III) structural par les micro-organismes peut
avoir des consquences importantes sur la prennit des proprits de confinement des
barrires argileuses ou bien lors de limplication de lactivit microbiologique dans les
processus de biocorrosion comme dans le contrle de lvolution gochimique de
lenvironnement du stockage.

.

CHAPITRE I : OBJECTIF ET CONTEXTE DE LETUDE
13
CHAPI TRE I : OBJECTI FS ET CONTEXTE DE
L ETUDE
1. CONTEXTE DU STOCKAGE GEOLOGI QUE ARGI LEUX
1. 1. OBJECTI FS ET FI NALI TE DU STOCKAGE : LES ENJEUX
Les dchets radioactifs sont issus dun certain nombre dactivits industrielles comme la
production lectronuclaire, mdicale, la radiothrapie ou dactivits de recherche. En
France, prs de 85% de dchets radioactifs proviennent du fonctionnement des centrales
nuclaires civiles qui utilisent et gnrent des matires radioactives dans les diffrentes
tapes du cycle du combustible nuclaire.
Les dchets HAVL dsignent une catgorie de dchets nuclaires la fois Haute
Activit (de l'ordre du Tera Becquerel par gramme, 10
12
Bq/g) et Vie Longue
(suprieure au millier d'annes). Ce sont les dchets ultimes de l'nergie nuclaire. Ils sont
constitus des produits de fission du combustible, des actinides mineurs forms par capture
neutronique et le combustible nuclaire initial appauvri en isotope fissible, mais encore
intact. Aprs leur rcupration, ces dchets subissent une premire action de traitement
consistant rduire au maximum leur volume et leur toxicit. Pour cela une sparation peut
tre ralise entre les produits de fission et les actinides (3 - 5%), qui sont les dchets
nuclaires proprement dits, du combustible qui n'a pas encore ragi (95 - 97%), et qui peut
tre recycl. Une deuxime phase dite de conditionnement est ensuite entame dans le but
de transformer les dchets en colis solides et stables. En France, ces dchets sont vitrifis,
c'est--dire fixs dans une matrice de verre pour limiter le relachement des noyaux
radioactifs lchelle de temps gologique.
Compte tenu du besoin disoler les dchets HAVL (Haute Activit et Vie Longue)
pendant de longues priodes de temps, les recherches ont t rapidement orientes vers le
stockage en formation profonde. En France, lANDRA (Agence Nationale pour la gestion des
Dchets RAdioactifs) a t charge de la conception et de la dmonstration de la faisabilit
de ce stockage, ceci sous le contrle notamment de lASN (Autorit de Sret Nuclaire) et
de son appui technique lIRSN (Institut de Radioprotection et de la Sret Nuclaire). Un
effort particulier a t entrepris suite des dcisions politiques ces vingt dernires annes :
tout dabord, laxe 2 de la loi Bataille du 30 dcembre 1991 stipule que des tudes sur les
possibilits de stockage rversible ou irrversible en formation gologique doivent tre
menes. Aprs examen du dossier 2005 de lANDRA, le parlement a demand l'Andra
dtudier et de dimensionner la faisabilit industrielle d'un stockage rversible en couche
gologique, en vue dune mise en service en 2025.

Diffrents types de formations rocheuses sont actuellement tudis dans le monde pour
servir d'encaissant, par exemple du granite en Sude et Finlande, des dmes de sel en
Allemagne et des roches argileuses en Suisse, Belgique et France (OECD, 1999; ANDRA,
2005; OECD, 2006). Les travaux mens par lAndra depuis une quinzaine dannes
visent concevoir un stockage en profondeur dans une formation gologique capable
dassurer le confinement des dchets sur de trs longues dures (plusieurs centaines de
milliers dannes). Ce concept de stockage mobilise les proprits, notamment de
confinement, de la formation gologique retenue, choisie comme barrire pour sopposer la
dissmination des radionuclides contenus dans les dchets (Lebon, 2007).


14
1. 2. GEOMETRI E ET SPECI FI CI TES DES SYSTEMES PROFONDS : LES
CONCEPTS, LES MATERI AUX ET LE MI LI EU GEOLOGI QUE
Le concept multi-barrires :- Le confinement des dchets nuclaires en formation
gologique argileuse profonde repose sur un concept "multi-barrires" (Figure 1). Ce dernier
consiste interposer entre les lments radioactifs et la biosphre des barrires
successives, en vue de minimiser le risque de relchement des radionuclides :

- Une matrice dans laquelle sont incorpors les radiolments : le verre pour les
dchets HAVL.
- Le conteneur mtallique dans lequel sont conditionns le colis et son surconteneur. Ils
ont pour rle majeur dviter la pntration de leau dans les colis et larrive de leau
au contact du verredurant la phase thermique.
- Dans certaines options, une barrire ouvrage probablement de nature argileuse et
compacte (bentonite).
- La formation argileuseen elle mme est considre comme la dernire barrire
naturelle dans un stockage profond.

Figure 1 : Illustration dun systme multibarrires (Perronnet et al, 2005)
Le milieu argileux.- Le site de Meuse/Haute-Marne appartient la bordure orientale du
Bassin de Paris. Gologiquement, il est constitu dune alternance de couches
sdimentaires dominante argileuse et de couches calcaires. Au sein de la srie
sdimentaire, la formation argileuse cible est celle des argilites du Callovo-Oxfordien. Elle
est encadr par deux grandes formations calcaires, le Dogger sous-jacent et loxfordien
carbonat sus-jacent (Figure 2). Cette couche a pour origine la sdimentation de matriaux
dtritiques (minraux argileux jusqu 60% en masse, quartz fins) et de carbonates dans une
mer relativement calme. Les argilites se sont mises en place entre -158 et -152 millions
dannes. Les sdiments dposs ont t progressivement compacts, pendant une
quinzaine de millions dannes, sous le poids des dpts ultrieurs ; ce processus
diagntique sest accompagn dune expulsion deau. Les argilites ont ds lors acquis des
proprits proches de celles quelles ont aujourdhui, les mouvements de fluides et dions y
deviennent trs lents. Les proprits texturales du Callovo-Oxfordien lui confrent une faible
permabilit sur toute son paisseur. La permabilit est comprise entre 5.10
-14
m/s et
5.10
-13
m/s. Elle est due une taille de pores de la roche trs petite (20-100 nm) ce qui
entraine un transport par diffusion dans leau porale. Largilite peut tre dcrite comme une
barrire argileuse naturelle.
15

Figure 2 : Coupe gologique sur le site du laboratoire de recherche souterrain (ANDRA, 2005).
Larchitecture actuellement retenue pour le stockage des colis de dchets est une rpartition
par zones des diffrents types de colis, classe selon leurs degrs de radioactivit et leurs
dures vie, dans les alvoles de stockage environ 500m de profondeur. Les colis de
moyenne activit (MAVL) et les colis de haute activit vie longue (HAVL) sont dcrits par
les zones B et zone C respectivement sur la Figure 3.

Figure 3 : Schma reprsentatif des zones de stockage de colis de dchets B et C en profondeur,
(ANDRA 2005).

16
1. 3. CONCEPT ET ORGANI SATI ON DES ALVEOLES
Au sein des alvoles de stockage des colis de dchets HAVL, diffrents matriaux sont
pressentis afin de prserver le confinement des dchets radioactifs en profondeur (Figure 4):
- Les colis de stockage qui sont dposs dans des alvoles et sont spars par des
intercalaires afin de limiter la charge thermique (temprature infrieure 90C dans la
roche hte).
- Un bouchon mtallique qui a une fonctionde protection biologique pendant la phase
dexploitation.
- Un bouchon dargile qui a une fonction de confinement lchelle delalvole.
- Un bouchon en bton qui a une fonction de maintien mcanique du bouchon dargile.

Figure 4 : Schma dune alvole de colis HAVL (ANDRA 2005).

1. 4. POSI TI ONNEMENT DE LA PROBLEMATI QUE ACTI VI TE MI CROBI ENNE EN
STOCKAGE PROFOND.
Ltude de faisabilit sattache valuer les conditions dans lesquelles un stockage
pourrait tre construit et exploit le stockage tout en prservant la scurit des travailleurs,
du public et de la protection de lenvironnement que ce soit court terme ou long terme
( dossier Argile, Andra 2005 ).
Afin de comprendre et de maitriser au mieux lvolution du stockage, une identification et
une hirarchisation des paramtres influants sont tudis par les diffrents acteurs du
stockage. Parmi ces paramtres, on peut citer :
Le site gologique et les proprits de confinement de la barrire argileuse, en
considrant plus particulirement les aspects gomcaniques, les proprits
physiques et de permabilit de la roche argileuse afin de limiter le transport de leau
et terme des radionuclides dans lenvironnement.
La rsistance physique (thermique, radioactive) ou la durabilit, des matriaux utiliss
dans le systme multi-barrires de confinement des radionuclides.
17
Lvolution gochimique des matriaux ainsi que les modifications chimiques de
lenvironnement du stockage et les diffrents processus ractionnels (corrosion,
dissolution) qui vont prendre place entre les matriaux ainsi que linfluence des
produits de ces ractions sur le milieu (production de gaz, volution physico-chimique
du milieu).
Cest sur ce dernier point que va porter lessentiel de notre tude.
Lvaluation de la faisabilit du stockage gologique dans les sries argileuses du bassin
de Paris (argilite du Callovo-Oxfordien en Meuse Haute-Marne) a permis lAndra de
confirmer lintrt des argilites comme barrire efficace pour le stockage gologique des
dchets haute activit et vie longue (HAVL). Cependant, afin dvaluer lvolution du
stockage et de ce fait de sassurer de la prennit de lintgrit de la barrire argileuse, il est
ncessaire de dterminer les phases ractives dans le stockage susceptibles dvoluer dans
le temps et daltrer les performances des barrires argileuses dans son rle de confinement
des radionuclides. Dautre part, ces phases ractives sont aussi celles qui vont tre le
moteur (autant nergtique que nutritif) des processus biogochimiques prvalant dans ce
milieu de stockage profond. Ainsi lvaluation de la ractivit des matriaux du stockage est
primordiale pour garantir la durabilit du confinement et donc la suret du stockage.


18
2. REACTI VI TE DES MATERI AUX
Cette partie prsente les deux systmes tudis dun point de vue de leur ractivit : le
systme argileux et le systme mtallique, ainsi quune revue synthtique des recherches
entreprises sur la ractivit fer/argile. Elle propose aussi une vision intgre de la ractivit
du systme fer-argile pour valuer les performances long terme des matriaux dans les
conditions dun stockage gologique des dchets radioactifs. La connaissance des conditions
physico-chimiques prvalant en profondeur ainsi que la ractivit globale du systme sont cruciales
dans notre tude car ces phases et lments ractifs gouverneront les ractions microbiennes. Ainsi
plusieurs questionnements doivent tre poss et identifis :
Dans quelle mesure les argilites peuvent-elles tre un systme ractif ?
Quelles phases supportent la ractivit ?
Et quels sont les lments qui permettent cette ractivit ?

2. 1. LES BARRI ERES ARGI LEUSES : PROCESSUS DE FORMATI ON, PHASES ET
ELEMENTS CI BLES REACTI FS
2.1.1. Structure et classification des phyllosilicates
Les minraux argileux sont des alumino-silicates en feuillets (phyllosilicates) plus ou
moins hydrats sous forme de particules finement divises dont la taille est de lordre du
micromtre. Dans les interfaces et surfaces continentales, ils se forment partir de
laltration physico-chimique dune roche et sont, par exemple, un des constituants majeurs
des sols volus. Le type dargile produit dpend directement de la nature de la roche mre,
du climat et de la topographie du milieu. Ces phyllosilicates sont composs dune succession
de feuillets composs eux-mmes dun empilement de couches ttradriques (T)
principalement siliceuses, de couches octadriques (O) principalement alumineuses et dun
espace interfoliaire, interface entre deux feuillets (Figure 5).
Le ttradre est le module de base des minraux silicats (silicates). Il est form par un
atome de silicium (Si
4+
) ttravalent entour de quatre atomes doxygne (O
2
-
)
Lquilibre lectrique est atteint par la compensation des charges positives de latome de
silicium avec les charges ngatives des atomes doxygne. Ces atomes doxygne sont
galement lis aux autres ttradres voisins et aux couches octadriques voisines. Une
substitution du silicium par un atome daluminium (Al
3+
) et plus rarement de fer (Fe
3+
) cr un
dficit de charge et un dsquilibre lectrique au niveau de la couche ttradrique (T).
Loctadre est un module constitu dun atome central, Al
3+
ou Mg
2+
ou Fe
3+
ou Fe
2+
,
entour de 6 groupements hydroxyles (OH
-
). Un dficit de charge est aussi prsent suite aux
substitutions des atomes centraux trivalents (Al
3+
et Fe
3+
) par des atomes centraux divalents
(Mg
2+
et Fe
2+
) lintrieur de la couche octadrique (O). Ce dficit de charge permet de
distinguer les minraux dioctadriques (majorit de deux cations trivalents par maille
lmentaire) des minraux trioctadriques (majorit de trois cations divalents par maille
lmentaire). Plus rarement, des atomes de Ti, Ni, Cr, Mn, Zn peuvent aussi jouer le rle
datome central. La couche ttradrique et la couche octadrique sont lies par la mise en
commun datomes doxygne.
Lespace interfoliaire contient les cations monovalents (K, Na) ou divalents (Ca, Mg)
permettant dquilibrer le dficit gnral de la structure ttradre/octadre (TO ou 1:1),
ttradre/octadre/ttradre (TOT ou 2:1) ou ttradre/octadre/ttradre/octadre (TOTO
ou 2:1:1). Sa taille varie suivant le type de cations intgrs ainsi que la quantit de molcule
deau prsente.
La taille des feuillets est variable suivant le type de structure (TO, TOT, TOTO). Cependant,
les distances caractristiques sont respectivement de 7, 10 et 14 en prenant en compte
19
lespace interfoliaire. Une variation de lpaisseur du feuillet est principalement due la
variation de la taille de lespace interfoliaire.

Figure 5: Reprsentation 3 D dune smectite daprs Kohler (2005) et prcision sur la composition dun
feuillet TOT.
Les minraux argileux qui ont une composition chimique d'une extrme varit peuvent
tre classs (Tableau 1) partir de 3 critres :
la valeur de la charge interfoliaire x par demi maille [O10(OH)2]. Elle est gale au bilan
des substitutions isomorphiques dans le feuillet (remplacement de cations de charge
diffrente crant un dfaut ou un excs de charge dans le feuillet) ;
la subdivision di et trioctadrique ;
l'origine de la charge ngative en excs (couche T et / ou O).

Tableau 1 : Classification des phyllosilicates. X reprsente la charge du feuillet par unit structurale,
daprs Bruno, G (1993).

20
Afin de dterminer la ractivit de la barrire argileuse naturelle dans le stockage il
est ncessaire dans un premier temps de connatre les processus chimiques et
gologiques qui ont amen la formation des argilites, et qui de fait pourraient en
contrler laltrabilit.
2.1.2. Formation sdimentaire des argilites : un environnement stable ?
Lrosion des continents conduit au dpt dargiles dtritiques dans les bassins
sdimentaires. Cette altration de surface, dite aussi supergne rsulte de lensemble des
interactions fluide-roche basse temprature. Les minraux argileux se forment soit dans
les milieux superficiels par altration de minraux prexistants qui ont cristallis dans les
conditions de temprature-pression-composition des fluides, soit dans des milieux
magmatiques et mtamorphiques ou sdimentaires. Les sdiments sont composs de
minraux trs diffrents qui ne constituent pas ncessairement des assemblages stables. Ils
peuvent tre composs de dbris cristalliss dans des conditions de surface dans les
altrites et les sols (smectites, kaolinite, oxydes et hydroxydes de Fe, Mn,) et forment des
assemblages hors dquilibres dans les conditions nouvelles imposes (Meunier, 2003).
La diagense des sdiments transforme leurs proprits physiques et leur composition
minralogique lors de lenfouissement dans les bassins sdimentaires. Les conditions de
pression, temprature, permabilit des ensembles rocheux sont modifies au cours des
pisodes denfoncement progressif du socle des bassins sdimentaires. Ainsi au cours de
lenfouissement, se succdent, dans un mme volume de roche, des processus de
dissolution, de prcipitation de phases minrales avec des apports dlments chimiques ou
dappauvrissement par vacuation de certains de ces lments (Force et al., 1991).
La diagense commence juste aprs linterface sdiment-eau de mer ; elle est dite
prcoce lorsque cet enfouissement ne conduit pas une augmentation de la temprature
notable (Chamley, 1999). La porosit trs leve (suprieur 50%) des sdiments
favorise leur capacit dchange par diffusion chimique avec les ions K
+
, Na
+
, Mg
2+
de leau
de mer (Sayles et Mangelsdorf, 1977). Ces changes avec leau de mer par
diffusion favorisent la croissance cristalline de smectite de types beidellite Al-Fe ou de type
montmorillonite (Steinberg et al, 1987).
La transformation minralogique des argiles est dpendante de la temprature dans les
bassins sdimentaires et nest pas caractrisable pour des tempratures infrieures 80 C
c'est--dire entre 1 et 2 km (Velde, 1995 ; Jeannings et Thompson, 1987). La
smectite pralablement fabrique par la raction des fractions argileuses des sdiments peut
se transformer lorsque lenfouissement progresse et que les changes avec leau de mer
diminuent. Elle produit de lillite qui, dans les premiers stades de la transformation, forme des
inter-stratifis dsordonns avec la smectite (Hower, 1981 ; Srodon et Ebert,
1987). La raction progressant, lempilement devient ordonn et le taux dillite augmente
(Lanson, 1990).
Les chlorites magnsiennes et interstratifies chlorite/smectite se forment soit en
contexte volcanique soit dans des sries sdimentaires dtritiques ou carbonates. Leur
formation dans les diagnses sdimentaires se ralise pour des conditions particulires de
pH, dactivit en Mg et de quantit de Fe en solution (Hillier, 1993). Les serpentines
ferro-magnsiennes de type berthierine se forment ds le dbut de la diagense (Walker
et Thompson, 1990) et subsistent des profondeurs (tempratures) variables suivant les
conditions imposes par le milieu (carbonate, sulfure, hydrocarbure etc).
La kaolinite, bien quelle puisse se former en dbut de diagnse, est considre comme
une phase minrale stable (Lawrence et Taylor, 1972), qui est gnralement le
produit final dune altration supergne souvent continentale (lorsque les interactions eau-
roche sont fortes et que laltration est importante).
Ainsi, les principaux types de roches composant les sries sdimentaires observes
dans les bassins sont les grs, les shales et les roches carbonates (calcaires et dolomies).
21
Les argiles sdimentaires sont retrouves prfrentiellement dans les shales et les grs.
Elles sont gnralement composes de mlanges de plusieurs phases en proportions
variables : smectites, vermiculites, interstratifis illite/smectite, kaolinites etc (Jeannings
et Thompson, 1987).
Ainsi, la formation des argilites est un processus lent, qui dpend de la temprature et
tend former avec le temps des phases argileuses peu ractives (faible capacit
dchange). Cependant la prsence dargile de type smectite, aux proprits dchange
importantes, permet au systme de garder un potentiel ractif mme si les conditions
hydrauliques changent (cas de fissuration tectonique, de zone daccrtion, et ou dexcavation
dorigine humaine comme lors dun stockage gologique).
2.1.3. Phases ractives des argilites : Les smectites
Une proprit fondamentale des argiles de type smectite est le dfaut de charges que
prsentent certaines units cristallines lmentaires. Des substitutions en cations plus ou
moins chargs provoquent une perte de llectro-neutralit du feuillet. La stabilit de l'difice
cristallin est alors assure par la prsence de cations compensateurs dans l'espace
interfoliaire. Ces ions compensateurs qui font partie intgrante de la structure cristalline sont
aussi appels "ions en position changeable". La surface spcifique et la capacit dchange
cationique importantes conditionnent les proprits dadsorption des minraux argileux
substitus (figure 6).

Figure 6 : Reprsentation de la structure en feuillets des phyllosilicates.
Les smectites sont donc des phyllosilicates hydrats et gonflants et qui selon leur tat
dhydratation, ne peuvent pas tre considres comme un solide part entire mais plutt
comme un tat smectique msomorphe ordonn (Habert et al, 2006). Leur
extrme ractivit provient de leau interfoliaire ainsi que des protons libres ou
structuraux qui la composent. En effet, les smectites sont dfinies par un pH
caractristique, de lordre de 4, de leur espace interfoliaire, contrairement aux autres
minraux qui sont dfinis par un pKa global dtermin en surface des solides (Hech et
al, 1966 ; Fripiat et al, 1965). Ceci proviendrait dune source de protons libres
dans le systme (Jullien et al., 2005). Dautre part, la densit de leau interfoliaire
devient suprieure 1 pour de faibles humidits relatives infrieures 40% (Raynal et
Jullien, 2006). Ainsi, les smectites sont entre autres une source de protons lorigine
de leurs ractivits vis- vis de leau et des processus de corrosion (Jullien, 2006),
phnomne essentiel qui sera dvelopp plus tard.

En rsum, cette structure en feuillets et leur composition confrent des proprits
physico-chimiques dintrt environnemental aux argiles : surface spcifique, capacit
dchange cationique, capacit de sorption, potentiel de gonflement, qui sont exploites dans
la bentonite industrielle (Murray, 1977; Elzea et Murray, 1990). Pour ces raisons,
elle est pressentie comme un des matriaux des barrires ouvrages dans les sites de
stockage des dchets radioactifs.


22

Les smectites sont sans doute les phases minrales les plus ractives dans les
argilites. Cependant, lors de lexcavation/fermeture des galeries, des transitoires
doxydation-rduction du systme argileux vont stablir et des gradients vont
modifier les quilibres chimiques des phases et entraner une nouvelle ractivit des
argilites. Ainsi ltude des phases porteuses de fer (lment sensible au redox) dans
ces environnements profonds est dterminante pour comprendre le potentiel ractif
des argilites en condition de stockage. Cela constitue le cur et le support de la
ractivit physico-chimique tudie dans ce travail.
2.1.4. Le fer : lment cible de la ractivit des argilites
Aprs loxygne, le silicium et laluminium, le fer est le 4
me
lment sur terre en termes
dabondance (4,7% en masse). Il est, dautre part, un lment majeur dans les argilites et
ses proprits chimiques en font un lment particulirement versatile dans les
environnements continentaux. Son comportement gochimique dpend de nombreux
processus physico-chimiques associs ou non avec des matrices argileuses :
prcipitation/dissolution, adsorption, complexation avec les anions des fluides interstitiels,
change ionique et oxydorduction.
Le fer dans les environnements diagntiques
Les environnements diagntiques prsentent un grand intrt pour ltude des
associations fer-argile dautant quun vaste domaine de conditions gochimiques peut tre
document. En particulier, celles attendues lors de l'volution d'une zone de stockage : le pH
est compris entre 6,5 et 9, la temprature entre 20 et 100C et la pression varie entre la
valeur de la pression atmosphrique et plusieurs dizaines de bars.
Dans ces roches sdimentaires, les quantits et les taux de transformations du fer sont
importants. Laptitude des espces porteuses de fer tre oxydes ou rduites est
conditionne par le cycle de loxygne, du carbone organique et du soufre ainsi que par
lactivit microbienne. Dans les premiers centimtres de sdiments ou dans toute autre zone
oxydante, les phases porteuses de fer sont de deux types :
les oxydes et hydroxydes sous forme de ferrihydrite, de goethite et dhmatite
(Fernandez et al., 1998) ;
les silicates tels la nontronite (smectite dioctadrique Fe
3+
), la glauconite, lodinite
(serpentine Fe
2+
/Fe
3+
) et les minraux de type argiles vertes green clays dans les
facis sdimentaires de type verdine (Odin, 1988 ; Bailey, 1988 ; Odin,
1990). On trouve aussi ces phyllosilicates dans les ironstones diagntiques de
type oolithiques (Bhattacharyya, 1983 , 1986) et dans les grs
(Hornibrook et Longstaffe, 1996 ; Aagaard et al., 2000 ;
Hillieret et Velde, 1992 ; Hillier, 1994).
Les phyllosilicates de fer ferrique se forment en prsence dune quantit importante de
silice des tempratures proche de 20C (Porrenga, 1967).
Meunier (2003) indique que la glauconite se forme en milieu marin ouvert faible taux
de sdimentation terrigne (Porrenga, 1967), en prsence de matire organique au sein
de micro-milieux dune dimension infrieure au millimtre. A lchelle des microsystmes, la
glauconite se forme par change chimique entre des dbris solides et leau de mer. Plus
prcisment, ce minral rsulte de la dissolution-recristallisation de smectites riches en fer
(Buatier et al., 1989).
Le mcanisme invoqu pour la formation de lodinite est diffrent. Ce minral apparat
sur des plate-formes marines peu profondes ou bien dans des rcifs de lagon, sous des
latitudes tropicales, au sein de microsystmes anoxiques rducteurs (Odin, 1988). Dans
de tels systmes des fronts redox se forment et les oxy-hydroxides de fer sont rduits. Le fer
23
ferreux, ainsi produit, ragit avec les collodes et les gels issus de la dstabilisation des
smectites pour former de lodinite. Cette transformation minralogique sobtient dans des
conditions physico-chimiques assez proches de celles que nous sommes en droit dattendre
en milieu profond et de stockage HAVL.

Les transformations diagntiques (eau/roche ; salinit) vont dbuter ds lenfouissement
des sdiments (Fairbridge, 1967 ; Dapples, 1979) par loxydation bactrienne de
la matire organique en conditions arobies et neutres (pH entre 7 et 8). Ces processus vont
librer du dioxyde de carbone qui va se dissoudre dans leau et donner lieu la formation
dions HCO
3
-
et de protons. Sous leffet de la diminution du pH et de la fugacit en oxygne,
le milieu va devenir de plus en plus rducteur. La rduction concomitante des oxydes et
hydroxides de fer par les bactries ferri-rductrices, libre du Fe
2+
et des protons. Il se forme
alors de la magntite ou des carbonates (sidrite FeCO
3
). En conditions rductrices plus
svres, le fer(II) se combine aux sulfures (HS
-
et H
2
S) produits par laction des bactries
sulfato-rductrices (formation de pyrrhotite FeS et pyrite FeS
2
). Nanmoins on peut noter
quune concentration en Fe
2+
faible permet la formation de FeS alors quil faut une plus forte
concentration en Fe
2+
pour former FeCO
3
invoquant une affinit du fer plus importante pour
les sulfures (Garrels et Christ, 1965). Laffinit du soufre pour le fer est indniable.
Dautres phases minrales, peuvent se former en labsence de soufre dans le systme. Ainsi
en prsence de forte concentration en silicium et aluminium, les phylosilicates de type
berthierine pourront se former. La berthirine volue ensuite en chlorite avec laugmentation
de la temprature du milieu.

Figure 7 : Relations de stabilit entre les oxydes, les sulfures, les carbonates et les silicates de fer 25C
et une pression totale de 1 atmosphre, en prsence deau. La quantit totale de soufre dissous gale
10
-6
M et celle du carbonate gale 10
2
M (Garrels et Christ, 1965).

Phases porteuses de fer dans les argilites
Les phases minrales ferrifres prsentes dans les argilites sont constitues de pyrite,
sidrite, dolomite ferrifre, argile ferrifre, et oxyde de fer principalement.

24

Dans les phases argileuses, le fer est un des lments principaux intervenant dans les
substitutions cationiques des argiles. Il est prsent dans ces structures sous deux tats de
valence : sous forme ferrique (Fe
3+
) et sous forme ferreuse (Fe
2+
). Gnralement Fe
2+

remplace Mg
2+
dans les trioctadriques tandis que Fe
3+
remplace Al
3+
dans les
dioctadriques, mais les deux tats de valence peuvent exister dans les argiles. Le rapport
(Fe
2+
/Fe
3+
) est caractristique des conditions redox du milieu au moment de la formation de
largile. Le fer(III) occupe essentiellement des sites octadriques, mme sil remplace parfois
Al
3+
en substitution ttradrique.

Dans les phyllosillicates de type 1:1, le Fe
2+
est trs abondant, ce qui donne une diversit
plus grande des ples ferrifres dans cette famille. Quatre familles ferrifres ont t dfinies :
la greenalite, la berthierine, lodinite et la cronstedtite.

Dans les smectites, le fer est essentiellement dans ltat Fe
3+
et se substitue Al
3+
. La
substitution dans les smectites trioctadriques est majoritairement ttradrique alors que
dans les dioctadriques, la substitution est essentiellement octadrique.

Ainsi, selon ltat dvolution du processus diagntique des argilites, le fer sera
majoritairement retrouv, sous ltat de valence Fe
2+
. La prsence de Fe
3+
structural
des smectites ainsi que la prsence doxyde / hydroxyde de fer dtermineront la forme
ractive du systme en volution. Cependant, cette stabilit des argilites caractrise
par ltat rdox du systme et la prsence de fer sous ltat de valence (Fe
2+
) va tre
perturbe par une phase transitoire oxydante lors du creusement des galeries
souterraines. Quelles sont les consquences de cette phase doxydation sur la
stabilit des argilites ?
Oxydation dans les argilites, une source de Fe
3+

Lors du creusement dun ouvrage souterrain tel que le stockage de dchets radioactifs, la
mise laffleurement de sdiments naturels place les argiles dans des conditions diffrentes
de celles de leur gisement et entranent des modifications de leurs proprits. Il se produit en
particulier plusieurs changements importants dans les conditions physico-chimiques des
barrires argileuses telles que : une variation de la teneur en eau, une variation de la
composition chimique de leau interstitielle au contact de largile, un changement de
lenvironnement biologique et enfin, un changement des conditions doxydorduction
(Cabrera et al, 2001).
Au sein des dispositifs de stockage de dchets, la perturbation oxydante majeure
correspond dans un premier temps lintrusion et la diffusion de lO
2
atmosphrique dans
lexcavation. Dans les scnarios de rfrence ( dossier Andra 2005 ), cet pisode est trs
bref et prcde, de quelques centaines dannes tout au plus, le retour des conditions
rductrices qui vont prvaloir dans la suite de la vie du stockage.
Cependant cette perturbation oxydante peut modifier la nature des minraux ferreux
rducteurs par loxydation du Fe
2+
structural en Fe
3+
tels que la pyrite, la sidrite et les
silicates de fer (chlorites, serpentine, berthirine) prsents dans largilite (Burt, 1989).
Ainsi, des chantillonnages ont t ralises par lIRSN sur le site de Tournemire (Aveyron,
France), afin dtablir linventaire minralogique dans la zone perturbe par
lexcavation (EDZ), qui est la zone la plus soumise des modifications des conditions
doxydo-rduction (Charpentier et al, 2001). Dans cet environnement pouvant contenir
jusqu 50% de minraux argileux, les pyrites ont t observes dans lensemble des
chantillons, en quantit significative (2 2,5%). Les cristaux de pyrite prsentent deux
habitus, plus ou moins ractifs : automorphes cubiques (forme relativement stable) ou
frambodes (trs ractive). Au contact de lair, plusieurs mcanismes doxydation ont t
25
dcrits, soit par loxygne de lair (Sveque, 1986), soit par le fer ferrique (Garrels et
Thompson, 1960, Hofmann, 1999) soit par oxydation bactrienne (Mustin et al.,
1992). Ainsi la pyrite est trs sensible aux conditions doxydorduction, mais demeure
stable. Quel que soit le mcanisme doxydation des pyrites qui entre en jeu, lquation
chimique peut tre reprsente par (Panin et al. 1985) :

2 FeS
2
+ 7,5 O
2
+ H
2
O -- 2Fe
3+
+ 4SO
4
2-
+ 2H
+

Loxydation du fer et du soufre des pyrites provoque la gnration deaux sulfates
acides au voisinage des microsites daltration. Ces eaux sont cependant rapidement
neutralises par les carbonates et sont lorigine dune paragnse secondaire typique :
sulfates (Fe, Ca), hydroxydes de fer entre autres. Ainsi, loxydation en prsence deau
adsorbe se traduit par des transformations minralogiques la surface des parois du tunnel
et des galeries : corrosion des pyrites et noformation de phases secondaires, telles que
gypse (CaSO
4
, 2H
2
O), clestine (SrSO
4
), jarosite (KFe
3
(SO
4
)
2
, (OH)
6
) et oxydes / hydroxydes
de fer (Charpentier et al, 2001). Bien que la teneur en eau des argilites de
Tournemire, particulirement dans la zone du tunnel, soit trs faible (Boisson, 1997),
loxydation des sulfures sest produite car elle est particulirement efficace en prsence de
films deau (condensation) et de loxygne de lair. Ces minraux induisent une modification
significative des quilibres eauroche de la zone endommage par le creusement de
louvrage souterrain (Figure 8).

Figure 8 : Schma synthtique des mcanismes doxydation la surface des blocs (zone EDZ )
daprs Charpentier et al. (2001).

Bien que les argilites soient des environnements stables, gouverns par des
conditions rductrices, certaines phases telles que les smectites peuvent tre des
phases support de la ractivit via leur capacit importante dinteraction (changes
ioniques et gonflement) avec leau interstitielle du site. Dautre part, durant lvolution
des conditions physico-chimiques du stockage, le fer, et plus prcisment son tat de
valence, pourra tre un des lments majeurs de la ractivit du systme argileux.
Lidentification des lments cibles porteurs de la ractivit minrale est cruciale pour
la dtermination de limpact bactrien sur le stockage. En effet, selon les conditions
redox et nergtiques du systme, les activits microbiennes seront slectionnes
par lenvironnement du stockage. Ainsi le Fe(III) des phases minrales prsentes peut
tre le moteur des activits bactriennes ferrirductrices dans ces environnements
profonds.
Dautre part, lintroduction de matriaux exognes tels que les conteneurs
mtalliques de dchets radioactifs dans les argilites peut aussi tre une nouvelle

26
source de ractivit dans le stockage. En quoi et comment les colis mtalliques
interviennent dans cette ractivit ?

2. 2. FER METALLI QUE : PROCESSUS DE CORROSI ON ET CONDI TI ONS
PHYSI CO-CHI MI QUES ASSOCI EES
2.2.1. Corrosion mtallique
Quand un mtal est soumis un milieu oxydant (aqueux ou gazeux), il a tendance
voluer vers sa forme la plus stable thermodynamiquement : la forme oxyde. La corrosion
des mtaux est un processus lectrochimique. La raction implique est une raction
doxydation o le mtal (rducteur) perd des lectrons et passe de son tat de valence zro
une forme ionique M
n+
. Ainsi, en milieu aqueux, loxydation se traduit par la raction
anodique suivante : M -- M
n+
+ n e
-
(Fron et al., 2008).

Par exemple, loxydation du fer en ion ferreux a un potentiel de 0,44 V.
Fe -- Fe
2+
+2e
-

Ainsi que la raction cathodique associe qui, en milieu acide, est :
H
+
+ e
-
-- H
2

Pour avoir une raction de corrosion, il faut que le mtal soit en prsence dun oxydant
ayant un potentiel plus lev.
Il existe plusieurs types doxydants dans les environnements aqueux: le dioxygne
(O2) aqueux ou gazeux; les protons (H
+
) de leau, lion ferrique (Fe
3+
), les nitrates (NO3
-
), les sulfates
(SO4
2-
) et la matire organique/ CO2.
En prsence de dioxygne dissous dans de leau, loxydation conduit la formation
doxyde ferrique :
4 Fe+3O
2
-- 2Fe
2
O
3

Loxydation du mtal peut galement se produire avec dautres espces ioniques
agissant comme accepteur dlectrons.
En milieu aqueux, en prsence de protons (H
3
O
+
dans leau), quelque soit le pH, la
corrosion du fer mtallique peut scrire :
Fe+ 2H
3
O
+
-- Fe
2+
+ 2H
2
O + H
2

Cette raction consomme 2H
+
, donc la concentration en OH
-
augmente et le pH
devient plus basique. Cette corrosion aqueuse produit aussi du dihydrogne (H
2
) qui tend
rendre le systme plus rducteur en consommant les oxydants prsents dans le systme.
En prsence de plusieurs oxydants, les processus doxydo-rduction sont concomitants
mais leur cintique diffre. Elle est dpendante du potentiel redox des couples (loxydant le
plus fort O
2
>NO
3
-
>Fe
3+
>SO
4
2-
>H
+
) ainsi que de la concentration de loxydant au contact du
mtal.
La raction doxydation se produit soit par dissolution du matriau dans le milieu, soit par
la formation doxydes, dhydroxydes, doxy-hydroxydes ou dautres composs oxyds dont la
stchiomtrie est plus ou moins complexe. Ils sont adhrents ou non aux surfaces
corrodes. Dans la majorit des cas, les mtaux et alliages ne doivent leur longvit qu la
formation en surface dune couche doxyde (appele couche de passivation) qui joue un rle
de barrire entre le milieu oxydant et la surface du matriau (McDonald, 1992), rduisant
ainsi la vitesse doxydation une valeur ngligeable et permettant de stabiliser lpaisseur
de la couche doxyde et donc la dure de vie du matriau.

27
Cas de la corrosion dun colis de stockage

Dans les conditions de pH et de potentiel redox attendues (pH 8-9 et Eh -400 -600mV)
dans un stockage aprs sa fermeture, la formation doxydes de fer de type magntite est
pressentie. Cest la phase la plus stable thermodynamiquement (Figure 9).

Figure 9 : Diagrammes de phases Eh/pH du fer. (Taylor, K. G. et Curtis, C. D. 1995).
Cette corrosion mtallique concerne toute la dure de vie de louvrage puisquelle nest
limite que par la quantit deau disponible dans largile et l'environnement des colis. En
contact avec le milieu argileux humide, le conteneur mtallique du stockage se corrode sous
des conditions anoxiques et produit en labsence de tous autres lments chimiques de
lhydrogne ainsi que des oxydes de fer. En plus de la chimie du milieu, la cintique de cette
dgradation dpendra des vitesses de circulation des espces oxydantes dans la porosit de
largile.
2.2.2. Formation d H
2
de corrosion : tat et transport en milieu argileux
Que le concept de stockage prvoit lemploi ou non dune barrire ouvrage, le
conteneur mtallique contenant le colis primaire se retrouvera toujours en contact dun milieu
argileux totalement ou partiellement satur. Sa corrosion au contact de leau interstitielle est
donc invitable. Ainsi, la perturbation anthropique due au stockage des dchets radioactifs
au sein de la couche argileuse entranera notamment, en phase rductrice sature, une
production significative dhydrogne (par corrosion du fer ou radiolyse de leau) diffusant
dans le milieu poral. Dautre part, il est probable que le systme argileux se fissure ce qui va
induire des circulations prfrentielles de fluides accentuant la ractivit.

De nombreuses tudes ont essay de quantifier la production possible dH
2
au cours du
stockage gologique, ainsi que les paramtres gomcaniques (surpression du gaz au
contact de largile, migration dans la porosit, fracturation des macroporosits) et de
sret qui pourraient intervenir (Talandier, 2005). Les quantits dH
2
produites par
alvole lors du stockage, par exemple pour les colis C, sont trs importantes, suprieures 10
6

moles dH2 / alvole.
Lun des principaux problmes li ce gaz est son devenir dans lalvole : lhydrogne
va progressivement migrer dans le milieu, soit au travers de lalvole jusqu la galerie, soit
directement au travers de largilite (Figure 10).

28

Figure 10 : Reprsentation schmatique de la migration du transfert des gaz dans une alvole de dchets
C (Talandier, 2005).
Ainsi deux modes de migration sont considrer :
Une migration dhydrogne sous forme dissoute.
une migration dhydrogne ltat gazeux.

Daprs Tallandier (2005), la part dhydrogne pouvant migrer sous forme dissoute
par diffusion dans le milieu gologique sur la priode de corrosion est comprise entre 7% et
20% pour des vitesses de corrosion variant entre 2 et 4m/an.
Ensuite, la poche de gaz forme en surpression peut vaincre les barrires capillaires de
la formation gologique. Laugmentation de pression pourrait la fissurer et crer des chemins
prfrentiels facilitant la migration des radionuclides. Des premires tudes couplant
exprimentation et modlisation sur le transfert de lH
2
dans les argilites (Boulin, 2008)
ont permis de mettre en vidence que les argilites proches de la saturation ont une porosit
accessible au gaz, certes infrieure 1% voire 0,1% de la porosit totale, mais suffisante
pour laisser passer le gaz. Cette porosit est compose de pores de lordre de 50 200 nm
de diamtre, mis en vidence lors de la caractrisation des rseaux. A partir des mesures de
permabilit au gaz (de 10
-22
m
2
10
-20
m
2
), la pression maximale atteinte au sein dune
alvole de stockage serait de 83 bars (8,3 MPa), infrieur la limite de pression de
fracturation de la porosit dans largilite du Callovo-Oxfordien estim 12MPa. Dautre part,
elle serait aussi infrieure la pression effective de gaz conduisant une microfissuration
estime 9 MPa (Andra, 2005).

Ainsi, lH
2
sera un produit ractionnel majeur de la ractivit des matriaux au
cours du stockage profond. En conditions anoxiques, la corrosion du fer mtal
produira 1 mole de dH
2
par mole de fer corrod :
Fe(s) + 2H
2
O -- Fe
2+
+ 2OH
+ H
2
(g)

29

2. 3. REACTI VI TE FER/ ARGI LE : PRI NCI PES ET PROCESSUS
2.3.1. Corrosion argileuse : ractivit des smectites
En plus dune corrosion aqueuse faisant intervenir les protons de leau, loxydation du fer mtal peut
faire intervenir des agents oxydants provenant des argiles et plus prcisment des smectites.

Toutes les tudes conduites au laboratoire, (Mosser-Ruck et al., 2010 ;
Perronnet et al., 2007 ; 2008, Lantenois et al. 2005, Papillon et
al. 2003, Habert et al. 2001 ; 2005 ; Guillaume 2003 ; 2004 et
Latrille et al. 2001) ont systmatiquement mis en vidence une forte ractivit au
cours des interactions fer / argiles avec la formation de phyllosilicates 7 riches en fer
dans les conditions reprsentatives des scnarios de rfrence denfouissement de dchets
radioactifs HAVL (Figure 11).

Figure 11 : Ractivit fer/argile (Lantenois, 2003) : formation de phase ferrifre 7 riches en fer.
De mme, les expriences en milieux argileux compactes ont mis en vidence la
formation dun front de ractivit, marqu par la diffusion du fer, depuis les conteneurs
jusqu la barrire ouvrage (Papillon et al., 1999). Cette ractivit est dpendante
de la proximit entre le mtal et les matriaux argileux, elle est accentue par leffet du
gradient thermique sur les migrations lmentaires observes dans lexprimentation in-situ
de Stripa (Latrille et al., 2001). Ainsi, le fer produit (rduit ou oxyd) va migrer
dans la barrire argileuse.
En effet, la smectite peut librer des agents oxydants puissants comme le cation Fe
3+

structural et les protons (structuraux ou dans linterfoliaire) qui peuvent entrer en contact
avec la surface du mtal.

Le premier processus qui peut tre dcrit est la corrosion du Fer mtal (Fe
0
) au contact
du Fe
3+
qui produit du Fe
2+
. Les demi-quations rdox couples donnent :
Fe
(0)
(s)
+ 2 Fe
3+
(aq)
-- 3 Fe
2+

(aq)
puis formation dhydroxyde de fer (Fe(OH)
2(s)

Ainsi cette raction est seulement possible sil y a contact entre les deux matriaux.

Cette raction dbute ds que la temprature est suprieure 40C et devient
significative si T> 80C (Papillon et al. 2003). Ainsi ds que la consommation des

30
oxydants prsents dans le systme, autres que ceux apports par la smectite, est effective
(oxygne occlus, protons de la solution), les processus de corrosion se poursuivent au
dpens des smectites cette fois-ci (Lantenois et al. 2005).
Mme si le processus de transformation est commun toutes les smectites tudies,
celles-ci ont un degr de sensibilit diffrent au fer mtal : laltration des phyllosilicates
dbute pour des seuils en rapport massique Fe(0)/argile diffrents (Perronnet, 2008).
De mme, les proprits cristallochimiques des smectites ont une forte influence sur la
ractivit. Ainsi, les tudes de Lantenois (2003), ont montr que seules les smectites
dioctadriques sont ractives. Elles le sont dautant plus que louverture de lespace
interfoliaire est grande, que le contenu en Fe
3+
octadrique est lev, quil est clustris et
que leur dficit de charge est ttradrique (beidellite).
Dautres paramtres doivent tre pris aussi en compte afin de comprendre ce potentiel
oxydant des smectites. En effet, il existe une corrlation entre lhtrognit nergtique
des sites dinteraction des surfaces latrales et le degr davancement de la ractivit Fe
(0)
-
smectite. Perronnet et al, (2007) ont montr aussi que le contact Fe
(0)
-smectite na pas
lieu dans lespace interfoliaire. Cest donc du fait dinteractions distance que louverture de
lespace interfoliaire influence la sensibilit de la smectite au Fe
(0)
. Ainsi les auteurs mettent
en avant le mcanisme capital du contact du fer mtal sur les faces latrales, qui
dclencherait le processus de corrosion et le caractre ractif des smectites dioctadriques.

Le second processus dcrit est la corrosion par le proton de la smectite. En effet la
smectite possde des protons dans sa structure ainsi que dans linterfoliaire. 3 types de
ractions possibles sont dcrites : Fe/H
+
de bords de feuillets, Fe/H
+
structuraux des
feuillets et Fe/H
+
de lespace interfoliaire (Lantenois, 2003). Cette hypothse met en
avant le rle du H
+
comme un agent de la corrosion. En effet, Habert (2001) dcrivit en
premier une raction directe entre le fer et largile en absence deau libre, le mtal est oxyd
au contact de la smectite par son eau constitutive . Cette raction impliquerait le
prlvement de protons de la smectite par le fer mtal. Lantenois (2003) a mis en
vidence, la corrosion pH basique (faible quantit de H
+
) en prsence de smectites
dioctadriques. Ainsi lhypothse dcrite dans cette corrosion argileuse est que les protons
de la smectite peuvent tre dlocaliss, mobilisables et accessibles (H
+
bordure et
structuraux) au contact de fer mtallique ; ce qui favoriserait linteraction du Fe
(0)
rducteur
sur les oxydants de la smectite, dont le Fe
3+
octadrique. Ce mcanisme implique que le
milieu ractionnel se localise dans la smectite (Habert, 2001) et met en avant ltat
particulier des smectites qui peuvent tre reprsentes sous la forme dun lectrolyte.

En rsum, la ractivit entre le Fe
(0)
et la smectite est gre par une raction redox
impliquant les agents oxydants de largile : H
+
, Fe
3+
, qui sont transforms en H
2
et Fe
2+
.
Elle conduit la dstabilisation des smectites en gels rticuls lintrieur desquels
peuvent nucler des serpentines riches en fer. Par une raction dchange dions, le
Fe
2+
, libr par la raction de corrosion du Fe
(0)
, peut rester soluble en solution
uniquement dans lespace interfoliaire o les H
+
dlocaliss gnrent un pH de 4.
2.3.2. Vision intgre de la ractivit : Retour sur les modlisations Fer/Argile
La mise en uvre de ces schmas ractionnels dans des simulations quantitatives est
une approche dterminante dans la comprhension de la phnomnologie dordre global.

Des tudes couplant exprimentation et modlisation dexprience de ractivit Fer/Argile en
batch ont permis de mettre en vidence la bonne reprsentation des phnomnes observs
(Figure 12). La magntite, la greenalite et la chlorite-Fe sont les principales phases
noformes de la ractivit Fe/Argile (De Combarieu et al., 2007).
31

Figure 12 : 1. Rsultats de simulation de lvolution du fer et des produits de raction au cours de
lexprience Fer/argilite (quantit de minral en g). 2. Observation au MEB de la corrosion de poudre de
fer en prsence dargilite aprs 6 mois de ractivit : Agrgat de silicate riche en fer de type greenalite et
de cristaux de magntite (De Combarieu et al., 2007).

A une plus grande chelle, des modles coupls chimie-transport, ont t utiliss afin de
simuler en plus de linterface fer-argile, la dynamique du systme comprenant leau du site le
fer mtal la bentonite et largilite, ceci sur des chelles allant de 10000 ans (Bildstein et
al., 2006) jusqu 100000 ans (Marty et al., 2010) ; (Figure 13).

Figure 13 : Schma du modle 1D des interactions Fer/Argile (Bildstein et al., 2006).

Quel que soit le code de calcul utilis, CRUNCH (Bildstein et al., 2006) ou
KARMAT (Marty et al., 2010), les calculs prdisent une volution du systme assez
similaire :
A la surface du fer mtal, des oxydes de fer de type magntite (80% en labsence de
bentonite et 35% en prsence de bentonite) se forment prfrentiellement par
corrosion. La sidrite est forme en trs faible quantit. Les oxydes ont tendance
diminuer la porosit du systme.
Dans la zone proche de linterface ct argile, la ractivit fer/argile entrane la
formation de saponite et chlorite ferrifres (Marty et al., 2010) et de
cronstedtite (Bildstein et al., 2006). Lintensit de ce processus dpend de
la quantit en smectite (bentonite ou provenant de largilite).

32
La dissolution des smectites prsentes dans les matriaux (bentonite et argilites) se
produit toujours aux interfaces fer/argile et saccompagne dune augmentation de la
porosit.

Ainsi, la formation dune couche doxyde de type magntite, stable dans le temps,
en surface des conteneurs est pressentie quelles que soient les modlisations et
expriences de ractivit Fer/Argiles.

En rsum, la ractivit des matriaux est un processus dont lestimation est essentielle
pour valuer les performances des composants du stockage gologique des dchets
radioactifs. Cette partie permis didentifier diffrents paramtres pouvant engendrer une
ractivit des matriaux.
Laspect ractif des argilites peut tre activ par diffrents processus tels que : loxydation
des minraux, la temprature, la pression dH
2
, les contraintes mcaniques avec louverture
de la porosit. Dautre part, diffrentes phases ont pu tre identifies comme support de la
ractivit telle que : les smectites, le fer mtallique et leau interstitielle. Enfin, le Fe(III) et les
protons sont identifis comme les lments qui permettent cette ractivit.
Ainsi, lapport anthropique de colis de dchets radioactifs en formation de stockage
profond tend rendre le systme argilite de plus en plus ractif. En effet, des processus de
corrosion mtallique aqueuse ou argileuse vont tre le moteur de la ractivit dans le
stockage et initier la formation de produits, notamment les oxydes de fer et H
2
, dont les
ractions sont fort potentiel nergtique.
Un autre paramtre pourrait cependant intervenir dans la ractivit de ce systme de
stockage. En effet, les activits bactriennes sont dpendantes des conditions physico-
chimiques et des quilibres gochimiques du systme. Ainsi, afin de dterminer limpact des
microorganismes il est ncessaire de dfinir :

Quels sont les paramtres indispensables pour le dveloppement
bactrien dans ces environnements profonds et parfois hostiles ?
Quelles espces bactriennes peuvent se dvelopper et tre
slectionnes par le milieu de stockage?
Quelles sont enfin les ractions bactriennes mise en jeu ?
33

3. ACTI VI TE BACTERI ENNE DANS LE STOCKAGE

Tous les tres vivants utilisent les diffrentes formes d'nergie disponibles dans leur
environnement immdiat afin de crotre, de maintenir un tat d'quilibre mtabolique, ou tout
simplement de prserver leur viabilit. La disponibilit des sources d'nergie est un facteur
cl pour dterminer la taille, la distribution et l'activit des populations biologiques, et,
terme, les limites pour la vie elle-mme. Afin de comprendre l'interaction entre les
microorganismes et leur habitat, la demande biologique en nergie doit tre comprise et
quantifie. Un ensemble de contraintes - thoriques, biochimiques, fondes sur la
composition des milieux de cultures, sur les paramtres physico-chimiques doit tre pris en
compte pour essayer de rpondre ces questions.
Les recherches aux frontires de la microbiologie environnementale - en particulier, la
dcouverte de microorganismes dans des sdiments de plusieurs millions d'annes, ou
mme dans les environnements profonds du sous-sol, a profondment modifi notre point de
vue sur les limites de la vie des organismes et notre comprhension face leurs besoins en
nergie. Les cellules procaryotiques dans les environnements de subsurface terrestre ou
sous-marins peuvent reprsenter jusqu 10% des tres vivants de la biomasse (micro-
organismes sur terre).
La diversit des espces bactriennes et des minraux prsents sur terre offre un
norme potentiel aux interactions dans les environnements hydriques. Les premiers travaux
liant les domaines de la gologie et de la microbiologie ont t publis au dbut du sicle
dernier, traitant notamment de l'implication de microorganismes dans la formation de sulfure
d'hydrogne et de carbonates de calcium (Nadson, 1903). Depuis, l'tude des
interactions microbe-minral est devenu un sujet de premire importance dans la thmatique
des sciences de l'environnement et de la vie. Il a t montr que les bactries ont des effets
prononcs sur la croissance cristalline (Gorshkov, 1992; Kohler, 1994; Ehrlich
1999; Kawano et Tomita, 2001) et la dissolution des minraux (Bennett, 1996
; Liermann et al., 2000b; Rosenberg et Maurice, 2003; Aouad et al.,
2006; O'Reilly et al., 2006). L'association de minraux avec des bactries et/ou
des exsudats bactriens provoque souvent une augmentation des taux d'altration
l'interface minral/bactries et plusieurs mcanismes ont t suggrs afin dexpliquer cet
effet (Marshall et al., 1971; Van Loosdrecht et al., 1990; Maurice et
Warren, 2006). Il a t, par ailleurs, observ que les interactions minral/bactries
peuvent modifier la composition chimique de l'eau environnante, notamment son pH et son
tat d'oxydorduction. De plus, il est maintenant admis que la connaissance dtaille de ces
interactions est essentielle afin de mieux comprendre la chimie de l'hydrosphre et de la
lithosphre (Ehrlich, 1996; Liermann et al., 2000a; Haas, 2004).
L'interaction entre lactivit bactrienne et les argiles, en particulier la smectite, a t
aborde dans des tudes pionnires publies par Stotzky (1966a; 1966b) et Stotzky et
Rem (1966; 1967). L'impact des proprits caractristiques de la montmorillonite (i.e.
capacit d'change cationique et surface spcifique) sur l'activit et l'cologie des
microorganismes du sol a surtout t regard au sein des micro-habitats microbiens.
Rcemment, les modifications induites par lactivit bactrienne sur la charge des feuillets de
smectite riche en fer (nontronite) ont t principalement tudies. Il est aujourd'hui admis
qu'une rduction (anarobique), chimique ou biologique, du fer(III) structural provoque une
dstabilisation de la smectite en augmentant la charge de surface et une diminution de la
capacit d'hydratation (Kim et al, 2005; 2006; Stucki et Kostka, 2006)
Malgr les nombreuses tudes sur ce sujet, l'amlioration des connaissances sur les
interactions microbe/minral reste au premier plan, spcialement en ce qui concerne la
complexit des ractions chimiques dans le systme bactrie/smectite.

34

3. 1. PRESENCE MI CROBI ENNE DANS LES SI TES DE STOCKAGE PROFOND
Depuis la dcouverte dans les annes 80, des cosystmes hydrothermaux ocaniques,
lexistence dune biosphre profonde active marine ou continentale suscite un grand intrt
tant chez les biologistes que chez les gologues. Les approches microbiologiques
conventionnelles ont rapidement permis de dcrire un nombre significatif de nouveaux
genres et de nouvelles espces microbiennes appartenant des types mtaboliques varis :
hydrognotrophes, thermophiles et hyperthermophiles arobies et anarobies,
mthanognes, mthanotrophes, sulfato et sulfo-rducteurs, etc Plus rcemment, les
approches molculaires (pyrosquenage) ont confirm l'existence d'une diversit
phylogntique trs importante et bien suprieure celle envisage auparavant. Elles
montrent la capacit dadaptation des microorganismes des environnements trs varis et
singuliers, dont les caractristiques physico-chimiques diffrent assez fortement de celles
rencontres dans leur niche cologique habituelle. Ces rsultats posent aussi ouvertement la
question de lexistence dactivits microbiennes en milieux profonds et confins et de leur
durabilit.
La question dune activit bactrienne au sein dun site de stockage reste encore
largement ouverte. Dune part, lactivit des bactries indignes peut tre indirectement
stimule par les perturbations physiques et hydriques engendres par la mise en place des
ouvrages (galeries, puits) ou lapport de nutriments par les matriaux employs. En effet,
lintroduction de matriaux exognes au sein dun milieu argileux profond est susceptible de
modifier significativement les conditions gochimiques de ce milieu rducteur et dinduire
progressivement la libration de composs chimiques (comme lhydrogne, le fer et des
nutriments) pouvant initier ou modifier certaines activits microbiennes. Dautre part, les
circulations non contrles dengins de ventilation et dhommes peuvent contribuer lapport
de bactries allochtones.

Ainsi, au sein de formations gologiques profondes, notamment en milieu granitique et
malgr des conditions hostiles (pression lithostatique et hydrostatique, hydratation rduite,
prsence de composs toxiques), la prsence de microorganismes endognes a t
dmontre (Pedersen, 1996 ; 2000a ; Pedersen at al., 2000a ; West et
al, 2002 ; Stroes-Gascoyne et West, 1997). Plus rcemment, dans un contexte
argileux, des recherches ont mis en vidence la prsence de bactries sulfato-rductrices
dans des argiles commerciales (bentonite MX 80) identifies comme matriau potentiel pour
le stockage gologique. Ces bactries prsentes dans la bentonite commerciale ont la
capacit de survivre la dessiccation de la bentonite, de hautes tempratures et une
haute teneur en salinit (Masurat et al., 2008 ; Stroes Gascoyne et al.,
2010). Dautre part, le rle de lactivit de leau (<0,96) sur la croissance bactrienne fait
toujours dbat (Motamedi et al, 1996 ; Pedersen et al., 2000b).
Dans les milieux argileux naturels, des analyses par gnotypage ont permis didentifier
diffrentes espces de microorganismes dans le site du Callovo-Oxfordien de Meuse/Haute-
Marne ainsi que dans largile Opalinus du Mont Terri et largilite de Tournemire (Poulain,
2006 ; Stroes-Gascoyne et al., 2007 ; Mauclaire et al., 2006 ; Urios
et al., 2010). Dans ces tudes, les auteurs expliquent que la prsence de bactries
Gram-ngatives et despces sulfato-rductrices rvle la quantit suffisante dlments
nutritifs pour soutenir la croissance des communauts autochtones et non autochtones dans
cet environnement. Mais, peu de communauts microbiennes viables ont t retrouves.
Ceci est probablement d un mtabolisme en sommeil , en raison des restrictions
despace et d'eau.
Cependant, des perturbations comme lors de lexcavation des galeries
souterraines avec la formation dune zone faille (de 0, 5 1m de profondeur) nomme
EDZ (Excavation Damaged Zone) autour des galeries et des alvoles et lors de
35
lexploitation du stockage pourraient fournir de l'espace, de l'eau et des nutriments
pour relancer lactivit des microorganismes.

3. 2. EXI GENCE DE LA VI E MI CROBI ENNE ET LI MI TES DANS LES
ENVI RONNEMENTS EXTREMES
3.2.1. Mtabolisme bactrien : substrats nutritifs et nergtiques
Les bactries sont relativement petites avec une taille moyenne de 0,5 5 m de
longueur. Les plus petites tailles retrouves vont de 0,1 0,2m (Mycoplasme sp) mais
peuvent atteindre 750m pour les plus grandes (Thiomargarita namibiensis). En
consquence, elles ont une grande surface spcifique compare leur volume (par
exemple, 55m
2
/g pour Shewanella putrefaciens, Haas 2004). Comme la surface contrle le
taux de transport d'lments nutritifs dans une cellule ainsi que le taux de dchets limins ;
la taille bactrienne affecte la fois les cellules du mtabolisme et de la croissance. Pour
russir une croissance que ce soit dans la nature ou en laboratoire, les bactries ont besoin
d'eau, dune source d'nergie, de carbone et d'une gamme d'autres nutriments (Figure 14).

Figure 14 : Le mtabolisme bactrien
Les bactries puisent dans leur milieu nutritif les substrats partir desquels elles
synthtisent leurs propres constituants (Figure 15). Cette synthse seffectue partir de
monomres prcurseurs : les mtabolites essentiels, auxquels sajoutent des vitamines et
des molcules rsultant de lactivit externe des exoenzymes bactriennes. Selon les
groupes bactriens, diffrentes sources dnergie et de substrats carbons sont utilises,
dfinissant le type trophique de la bactrie. D'un point de vue chimique, la biomasse
microbienne est principalement constitue de Carbone 50%, Hydrogne 8%, Oxygne 20%,
Azote 12%, Phosphore 3%. Le reste des lments (Na, Ca, S, K, Mg) reprsente environ
4%. La formule brute suivante, C
4.2
H
8
O
1.25
N
1.16
P
0.1
, S
0.03
est une manire de reprsenter la
composition moyenne dune bactrie. Elle est ncessairement variable dune espce
lautre en fonction de ltat physiologique (Pelmont, 1993).
Le carbone est le principal constituant de tous les matriaux cellulaires et donc le
principal lment nutritif des bactries (Madigan et al., 2003; Konhauser, 2007).
Aprs le carbone, le deuxime lment le plus abondant dans une cellule est l'azote. Cet

prcurseurs de synthse
substrats nergtiques
substrats nutritifs
sources de C,H,O,N,P,S
lments
assimilables
lments
assimilables
matriau cellulaire
multiplication
cellulaire
cellule cellule
oxydation
nergie
donneurs d'lectrons
accepteurs d'lectrons
rduction
lectrons
G ATP
prcurseurs de synthse
substrats nergtiques substrats nergtiques
substrats nutritifs
sources de C,H,O,N,P,S
lments
assimilables
lments
assimilables
matriau cellulaire
multiplication
cellulaire
multiplication
cellulaire
cellule cellule
oxydation
nergie
donneurs d'lectrons donneurs d'lectrons
accepteurs d'lectrons
rduction rduction
lectrons
G ATP

36
lment est un constituant majeur des acides amins, des nuclotides, des acides
nucliques et des coenzymes. Le phosphore est surtout ncessaire comme un constituant
des acides nucliques et des phospholipides, alors que le soufre est un lment constitutif
d'amino - acides (cystine, mthionine) et plusieurs co-enzymes. Le potassium est le
principal cation inorganique et agit comme un cofacteur de certaines enzymes. Les autres
cations inorganiques cellulaires sont le magnsium et le calcium qui sont des cofacteurs de
ractions enzymatiques. Le fer est l'lment cl des cytochromes et joue donc un rle
majeur dans le transfert dlectrons et donc la respiration cellulaire.

Figure 15 : Nutriments bactriens selon les sources et leurs fonctions (Todar, 2006).
Pour fonctionner correctement, le mtabolisme bactrien doit disposer dune source
dnergie. Pour les bactries, cette source dnergie est dorigine soit photonique, soit
chimique. Dans le premier cas, le processus de rcupration dnergie correspond une
conversion de l'nergie lumineuse (photons incidents) en nergie lectrique puis en liaisons
chimiques (photosynthse, phototrophe). Dans le second, il sagit dun transfert dnergie
lectrique (par oxydation dun donneur dlectrons) en liaisons chimiques (chimiosynthse,
chimiotrophe) l'oxydation-rduction des ractions faisant intervenir des molcules
inorganiques ou organiques.
Les bactries phototrophes ou chimiotrophes, peuvent utiliser, pour se dvelopper et
croitre des sources de carbone organiques ou inorganiques, elles sont dites alors
organotrophes et lithotrophes respectivement.
Les bactries chimio-lithotrophes puisant leur nergie dans loxydation de substances
minrales (hydrogne, composs azots ou soufrs, fer ou oxyde de carbone) sont
qualifies dautotrophes et peuvent vivre dans un environnement purement minral. A
linverse, lactivit des bactries chimio-organotrophes dpend de la prsence et de la qualit
de composs organiques labors dans leur environnement, elles sont qualifies
dhtrotrophes. Ce dernier type trophique est le plus commun dans le monde bactrien
comme dans la majorit des cellules eucaryotes.
Leur mtabolisme dpend aussi et de manire trs spcifique (fonction de lespce), des
conditions physico-chimiques environnantes : temprature, pression, pH, salinit, pO
2
. Cette
diversit mtabolique est lorigine de lubiquit des microorganismes dans un large ventail
dhabitats. Les bactries thermophiles et hyperthermophiles, par exemple, sont adaptes aux
tempratures trs leves (de 40C 80C en moyenn e) et ont t identifies dans des
chantillons provenant des grands fonds marins et des vents hydrothermaux (Huber et
al., 1989) alors que d'autres ont t retrouves dans le permafrost sibrien des
37
tempratures de -20C (Rivkina et al., 2000). Les bactries acidophiles peuvent
vivre dans des environnements particulirement acides (en-dessous de pH 2) et chargs en
mtaux comme dans les eaux issues de drainage minier. Les alkalinophiles peuvent crotre
des valeurs de pH de 11 et sont souvent associes des sols riches en carbonates
(Konhauser, 2007). Elles sont aussi prsentes dans les constructions en bton
(Diercks et al., 1991 ; Jestin et al., 2004), o elles perturbent la stabilit
mcanique des ouvrages.

3.2.2. Activit microbienne en milieu argileux profond
Mtabolismes slectifs et adaptables

Dans les environnements argileux profonds, les ressources nergtiques et
nutritionnelles sont limites. En effet, malgr les teneurs non ngligeables en matire
organique prsente dans le systme, leur biodisponibilit et leur biodgradabilit sont souvent
rduites en raison de la chimie plus ou moins complexe et du degr de maturit des
composants organiques prsents (matire rfractaire). En effet, plus cette matire organique
est mature (degr doxydabilit faible) plus la rcupration dnergie sera difficile. Si on
compare diffrentes argilites tudies pour un ventuel stockage gologique des dchets
nuclaires, on saperoit que la nature de la matire organique et sa proportion dans les
argilites sont trs varies (Deniau et al., 2007). Ainsi la matire organique retrouve
dans largilite de Tournemire est mature, de lordre de 1% et est compose principalement
dun hydrocarbure aromatique : lacide benzoque. Largilite du Callovo-Oxfordien est plus
riche en composs organiques (environ 1,5%) et est moins mature que celle de Tournemire.
Enfin, largilite de Boom (Belgique) contient une plus grande quantit de matire organique,
1 5% et est immature (dbut de la diagnse). Par ailleurs, lors de lexcavation et de la
mise en place des colis, des composs organiques -actuellement non quantifiable- vont tre
introduits dans le systme partir des colis de dchets HAVL et des poussires
dexploitation adhrentes aux parois des galeries.
Cependant, lors du stockage gologique des dchets radioactifs, une seconde et
nouvelle source nergtique apparait dans le systme et peut permettre le dveloppement
bactrien travers des ractions doxydo-rduction : lhydrogne (H
2
). Ce gaz, produit par
corrosion aqueuse des colis mtalliques ainsi que par radiolyse de leau, va pouvoir pntrer
dans la barrire argileuse, soit par diffusion soit par convection au travers des fractures des
argilites produites de faon anthropique. Les quantits dH
2
produites sont dpendantes de la
composition en dchets radioactifs contenus dans les alvoles, mais seront de lordre de 10
6

moles par alvole dans le cas des colis HAVL (Andra, 2005). Le di-hydrogne circule dans
la porosit et sa fraction dissoute dans leau porale, est, de fait, biodisponible. Enfin, cette
source dnergie est facilement utilisable par les bactries, car sa diffusion travers la
membrane et le cytoplasme des cellules est purement passive (cot nergtique faible pour
les cellules).
En conditions rductrices, les bactries chimio-organotrophes ou chimio-lithotrophes
peuvent utiliser diffrents lments, ions ou substances minrales (NO
3
-
, Fe
3+
, SO
4
2-
, CO
2
)
comme accepteurs dlectrons. Le transfert dlectrons ne seffectue que si la variation
denthalpie libre pression constante (G) de la raction doxydo-rduction est ngative
(raction exergonique). Lnergie libre est proportionnelle la diffrence des deux
potentiels de deux couples doxydo-rduction.
Ainsi, en fonction des potentiels redox des couples impliqus, les quantits dnergie
rcupres sont plus ou moins importantes. Ces processus doxydo-rduction ont lieu dans
les processus de diagnse prcoce des sdiments partir de la dgradation progressive
de la matire organique en fonction de la profondeur et des substances minrales
disponibles (Figure 16).

38

Figure 16 : Bio-minralisation de la matire organique dans les systmes redox, avec les quantits
dnergies G rsultantes.
Lnergie libre de ces ractions doxydorductions est rcupre sous forme biochimique
par les bactries, lATP, par synthse couple. Lnergie ncessaire la synthse et
lactivit de 1g de cellules demandent 64 kJ (Thauer et al., 1977 ; 1984). Cette
valeur, dtermine la fois de manire thorique et exprimentale est utilise comme
rfrence dans les calculs destimation de la biomasse bactrienne. Ces ractions se font de
lla faon la plus rentable nergtiquement pour les bactries, selon lutilisation des
substances minrales prsentes. Ainsi, les accepteurs dlectrons les plus nergtiques pour
les bactries sont dans lordre: lO
2
> NO
3
-
> MnO
2
> Fe
3+
> SO
4
2-
.
Dans un systme naturel de couche argileuse, les oxydants disponibles dans le milieu
pour la rduction bactrienne ne sont pas nombreux du fait de la nature du matriau.
Cependant, une proportion significative de fer de valence III sera prsent au cours du
stockage : dans la structure des argiles, notamment des smectites, dans les oxydes et
hydroxydes de fer et dans les produits de corrosion (magntite et hmatite). Ainsi, le milieu
argileux pourrait tre le sige dune rduction bactrienne du Fe(III) structural des phases
minrales prsentes. Ces ractions de rductions bio-induites peuvent avoir des
consquences plus ou moins nfastes sur largile et ses minraux accessoires, dissolution,
transformation, et notamment sur les vitesses de corrosion des conteneurs mtalliques. Plus
prcisement, la durabilit des matriaux argileux est primordiale pour la sret du stockage,
notamment sur les proprits de confinement comme le scellement (bentonite) ou la barrire
argileuse (argilite).

- 0.15
- 0.05
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
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n
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S
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Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
Rduction des oxyde de Fer
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
Rduction oxyde de Manganse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
Minralisation oxyque
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
- 0.15
- 0.05
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
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l
o
n
n
e

d
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a
u
S
d
i
m
e
n
t
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
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a
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S
d
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t
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
+ 53 CH
4
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3
+ H
3
PO
4
- 0.8
C
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Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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4
2-
53S
2-
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2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
O
3
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+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
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3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
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106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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3
106 CO
2
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2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
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2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
(Schulz and Zabel,
2000)
- 0.15
- 0.05
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
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n
n
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S
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Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
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4
2-
53S
2-
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2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
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106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
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O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
- 0.15
- 0.05
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
o
l
o
n
n
e

d
e
a
u
S
d
i
m
e
n
t
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
G (KJ/mol)
-479
-453
-349
-114
-77
-28
C
o
l
o
n
n
e

d
e
a
u
S
d
i
m
e
n
t
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
C
o
l
o
n
n
e

d
e
a
u
S
d
i
m
e
n
t
C
o
l
o
n
n
e

d
e
a
u
S
d
i
m
e
n
t
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
Sulfatorduction
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 53SO
4
2-
53S
2-
+ 106 CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 106H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 212 Fe
2
O
3
+ 848 H
+
424 Fe
2+
+ 106CO
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 530H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 236MnO
2
+ 472 H
+
236 Mn
2+
+ 106 CO
2
+ 8N
2
+ H
3
PO
4
+ 366H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
Dnitrification
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 84.4 HNO
3
106 CO
2
+ 42.2N
2
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
+ 148.4H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) + 138O
2
106 CO
2
+ 16HNO
3
+ H
3
PO
4
+ 122H
2
O
- 0.2
0.0
0.05
0.1
0.2
0.4
0.6
- 0.4
Eh (V)
Matire organique
particulaire
Dioxyde de Carbone
Composs
organiques dissous
Methanognse
(CH
2
O)
106
(NH
3
)
16
(H
3
PO
4
) 53 CO
2
+ 53 CH
4
+ 16NH
3
+ H
3
PO
4
- 0.8
(Schulz and Zabel,
2000)
39
Dautre part, le milieu poral peut contenir une quantit de sulfate qui peut aussi tre
utilise par les microorganismes comme accepteur dlectrons. La rduction des sulfates
beaucoup t tudie au travers des bactries sulfato-rductrices car elles sont susceptibles
dengendrer un impact significatif dans les processus de biocorrosion des matriaux
mtalliques. On estime que 20% des problmes de corrosion sont dus lactivit
microbienne. Cette seconde raction a cependant une consquence moindre sur le matriau
argileux. En effet, la rduction des sulfates entraine la formation dHS
-
qui, en prsence de
fer, prcipite sous forme de sulfure de fer (pyrite, pyrrhotite).
En conclusion, la slection despces microbiennes adaptes aux conditions de stockage
de dchets radioactifs peut ainsi entraner et causer de nombreuses modifications de
lenvironnement proche du stockage.
Survie ou vie en milieu extrme

Interaction radiolments-microorganismes.
Durant le stockage, les microorganismes, qui seront situs proches des colis mtalliques,
subiront une radioactivit intense du fait de la prsence des dchets. Cela peut exercer une
pression slective sur les espces bactriennes.
Dans cette partie interaction radiolments-microorganismes , deux points sont
discuts :
La rsistance des bactries aux radiations
Une revue sur les impacts des activits microbiennes sur la mobilit des
radionuclides.
La prsence de microorganismes dans des sites radioactifs na t que rcemment
tudie. Les premires tudes se sont focalises sur les anciens sites miniers ou
darmement nuclaire o des bactries viables ont t retrouves (Landa, 2004 ;
Fredrickson et al., 2004). Cette activit bactrienne a t retrouve en prsence
dune forte concentration en lments radioactifs, 10 20 Ci
137
Cs.g
-1
. Diffrentes espces
ont pu tre isoles dont Arthrobacter species, Rhodococcus et Nocardia. Ces espces ont
des caractristiques proches de Deinococcus radiodurans et sont capables de survivre de
fortes doses de radiation ~20 KGy et la dessiccation. Dautre part des microorganismes
anarobies ont t retrouvs dans des eaux collectes plus de 160 m de profondeur dun
site de stockage de dchets radioactifs de faible activit en Sibrie, Russie (Nazina et
al., 2004). De mme, des bactries ont t retrouves dans des piscines dentreposage
de dchets nuclaires de la Hague, France (Gals et al. 2004) ainsi quen Espagne
(Chicote et al., 2004). Dans le premier site, les bactries retrouves (Ralstonia sp,
Burkholderia sp) pouvaient survivre sous de trs hautes activits et directement en prsence
dhydrogne (produit par la radiolyse de leau) et de CO
2
comme seuls substrats
nergtiques. Les caractristiques slectives du milieu ont entrain une adaptation et une
slection despces hydrognotrophes capables de se dvelopper et de persister dans le
milieu. Certaines proprits mtaboliques des microorganismes peuvent leur permettre de
modifier les milieux environnants, partir de nouvelles sources nergtiques, telles que lH
2

(produit de radiolyse ou de corrosion). Ces rsultats montrent que la radioactivit de sites des
dchets nuclaires nest pas inhibitrice de la vie microbienne. Les produits de radiolyse peuvent tre
aussi une source nergtique de certaines espces microbiennes (cas de bactries hydrognotrophes).
Le destin des radionuclides dans lenvironnement est dpendant des conditions
physico-chimiques du milieu ainsi que de la prsence des microorganismes. En effet, ceux-ci
peuvent affecter les radionuclides en changeant directement leur tat doxydation ou en
produisant indirectement des composs rduits (H
2
S, Fe
II
, ligands).
Cette activit microbienne va entrainer un changement de solubilit des radionuclides
par diffrents mcanismes tels que la biosorption (Lloyd et Macaskie, 2000), la

40
bioaccumulation (Suzuki et Banfield 1999), la biotransformation (Lovley et al.,
1996 ; Lloyd, 2003) et la bio-minralisation par ligands (Posgate, 1979).
Dans des conditions extrmes : tempratures leves et fortes radiations, plusieurs
microorganismes extrmophiles ont la capacit de rduire des produits de fission tels que :
techntium
VII
(Deinococcus radiodurans, Thermoterrabacterium ferrireducens). De mme
le slenium
VI
(Rhodobacter sphaeroides), le cesium, le strontium peuvent aussi tre rduits
ou bio-minraliss par les microorganismes. Les actinides tels que luranium peuvent tre
rduits par les bactries, soit lorsque ce mcanisme est coupl la rduction du Fe(III) telles
Shewanella putrefaciens (Frederickson, 2000), soit quand il est utilis comme substrat
nergtique pour les bactries (Sulfatorductrice SRB, D.radiodurans) (Abdelouas,
2000 ; Frederickson, 2000). LU
VI
, forme oxyde de luranium, est soluble et mobile
dans les milieux aqueux. La rduction bactrienne de lU
VI
en U
IV
provoque sa prcipitation et
donc son immobilisation dans les sols. S. putrefaciens peut se dvelopper en tirant son
nergie de loxydation de lH
2
par le chlorure duranyle. Dautre part, laction biologique
apparat comme responsable en grande partie des dpts duranium dans les sdiments
marins, et certains gisements duranium pourraient avoir t btis par accumulation dorigine
biologique (Lovley et Coll, 1991)
En dautres termes, la migration des radionuclides dans les environnements proches
dun stockage de dchets nuclaires peut tre fortement dpendante des microorganismes.
Leur solubilit et mobilit sont diriges par des mcanismes de biotransformation des
radionuclides, rduction des mtallodes (uranium, techntium). Ainsi, dans ces conditions
extrmes, les microorganismes peuvent aider au confinement pour finalement limiter la
dispersion des radionuclides dans lenvironnement. Cependant, les radionuclides sont
souvent retrouvs sorbs la surface des oxydes et hydroxydes de fer et manganse dans
les sols et dans les environnements de subsurfaces (Nealson et Little, 1997 ;
Lovley, 1995). Laltration des oxydes de fer par les microorganismes peut aussi
favoriser la migration des radionuclides.

La porosit du milieu argileux : limite au dveloppement bactrien ?

Les diffrentes tudes de diversits microbiennes (partie 3) dmontrent de multiples
potentialits de dveloppement de la vie microbiologique dans les environnements argileux
naturels (Poulain, 2006 ; Stroes-Gascoyne et al., 2007). Cependant, ces
tudes ont mis en vidence une faible activit bactrienne dans le milieu argileux et la
prsence de nombreuses bactries sous forme sporule. Ces spores sont des formes de
rsistance aux conditions hostiles ou dfavorables du milieu comme la dessiccation ou la
rarfaction des sources de carbone et dnergie.
Un autre facteur limitant pour lactivit bactrienne dans ces roches de couvertures
argileuses est la porosit du milieu. Elle volue selon les argilites et la pression de
compaction mais en milieu homogne, la taille des pores est de lordre 10 nm (Andra,
2005). Il existe cependant des htrognits dans ces couvertures argileuses, avec la
prsence de macropores (suprieur 100 nm) et de microfissurations souvent dorigine
tectonique.
Malgr tout cette porosit reste inaccessible, mme aux bactries de petites tailles (entre
0,1 et 2 m). Les bactries retrouves sont probablement dans des macroporosits afin de
persister sous forme de spores. Dans ces conditions, leur activit est trs ralentie mais
suffisante pour prserver leur ADN ce que confirme les analyses de biologie molculaire.
Ainsi, dans un milieu argileux homogne, le dveloppement bactrien est fortement limit
par un espace poral faible et par les conditions du milieu qui peuvent tre limitantes pour leur
mtabolisme.
Cependant, une augmentation de cette porosit, par exemple lors de lexcavation
(formation de lEDZ) et la mise en place du stockage, peut favoriser, au moins localement, le
41
dveloppement microbien. Les microorganismes sous forme de spores vont pouvoir, un
moment donn, dans des conditions favorables, se dvelopper de nouveau et coloniser le
milieu.

Gradient de temprature : rle sur les cintiques bactriennes.

Lors du stockage gologique des dchets radioactifs, une importante source de
rayonnements ionisants avec dgagement de chaleur, appel la charge thermique, va se
produire dans le champ proche du stockage. La propagation de la chaleur dans le systme
se fait par conduction (transmission de chaleur par vibration des atomes de proche en
proche). La temprature moyenne de largilite du site 500m de profondeur est de lordre de
20C. Le maximum de temprature (pic thermique) l interface chemisage/argilite sera
(selon les prdictions actuelles) infrieur 90C environ 10-15 ans aprs lintroduction des
colis de dchets radioactifs (ASN, 2010). Une temprature uniforme du site de lordre de
45-50C est obtenue aprs 1000 ans au sein du modul e de dchets HAVL. Une modlisation
de ces phnomnes a t ralise (figure 17) concernant le pic thermique des colis C
(Andra, 2005).

Figure 17 : Modlisation lors du pic thermique des tempratures attendues dans le champ proche dune
alvole des colis C (Andra, 2005).
En considrant, les prdictions de tempratures et les proprits de diffusivit
thermique (10
-6
m
2
.s
-1
) dans largilite, ici du Callovo Oxfordien, on peut observer que ce
gradient thermique influencera une zone maximum de 40m de diamtre autour des alvoles
et que dans une zone de 20m de diamtre autour de lalvole des tempratures suprieures
35C seront prsentes.
Dans ces zones impactes la temprature peut avoir un rle non ngligeable sur la croissance
bactrienne et donc sur les cintiques daltration des minraux argileux. En effet, la temprature est
un lment cl sur le dveloppement microbien et une trs grande majorit des bactries
connues et cultivables ont une activit maximale entre 30 et 40C. Dautre part, la diversit
microbienne implique une rsistance aux conditions extrmes et notamment des
tempratures leves. Cest le cas des bactries thermophiles, qui nont une activit qu
haute temprature, allant de 50-60C jusqu 100C.
Ainsi laugmentation de la temprature du site de stockage nest pas un paramtre
inhibant lactivit bactrienne, bien au contraire : il peut favoriser trs rapidement le
dveloppement des microorganismes si la disponibilit des sources dnergie et de
nutriments au sein du milieu est garantie.

42

Ces diffrentes tudes montrent que la disponibilit des ressources dans les
environnements profonds du stockage, ainsi que la prsence dune forte radioactivit
ne sont pas des facteurs limitants pour le dveloppement et la croissance
bactrienne. Dans des conditions despace et deau plus favorables, le dveloppement
bactrien est fortement pressenti. Mais la question qui demeure est le rle de lactivit
microbienne sur cet habitat et son impact (positif ou ngatif) sur la rsistance des
matriaux de confinement et les proprits des barrires argileuses. Beaucoup de
travaux se bornent la description de figures de corrosion ou la caractrisation de
biofilms, sans rels appuis exprimentaux permettant de mesurer les consquences
du mtabolisme bactrien sur les matriaux. Cependant, lutilisation du Fe(III)
structural des matriaux argileux et des produits de corrosion, comme accepteur
dlectrons dans des ractions nergtiques de croissance bactrienne, peut avoir un
effet fondamental sur le comportement long terme de la barrire argileuse et sur les
proprits de confinement des radionuclides dans lenvironnement.

3. 3. REVUE DES I MPACTS MI CROBI ENS SUR LA REACTI VI TE I MPLI QUANT LES
MATERI AUX
3.3.1. Fonctions daltration microbienne

Lactivit microbiologique peut favoriser ou engendrer des processus daltration des
matriaux ou des phases minrales. La nature de ces altrations dpend des espces
bactriennes, des phases minrales prsentes ainsi que des conditions gochimiques du
milieu.
Quatre types de processus daltrations peuvent tres dcrits :
lacidolyse (dissolution par laction des H
+
)
la complexolyse (dissolution par action des ligands, chlatant bio-induits)
limmobilisation (formation de prcipit diminuant la dissolution)
loxydorduction (dissolution par dstabilisation des charges de la structure cristalline)

Un modle daltration microbienne en fonction du pH a t dcrit par Balland et al.,
2010 (Figure 18).

Figure 18 : Vitesse de dissolution dune phase minrale de type biotite selon les fonctions daltration
microbienne. Domaine I (acidolyse) ; domaine II (complexolyse) et domaine III (immobilisation).

Dautre part, la nature des phases minrales et les conditions gochimiques
slectionnent non seulement les espces bactriennes mais aussi leurs fonctions
43
daltration. En effet selon la nature des sols, les diffrentes espces bactriennes prsentes
ont une fonction daltration principale commune (Figure 19).

Figure 19 : Slection des fonctions daltrations des espces bactriennes selon la nature des sols
(Balland, 2010). Chaque point correspond une espce bactrienne extraite des sols.
La fonctionnalit daltration des phases minrales par des mcanismes
doxydorduction peut avoir des impacts plus importants. Le changement de valence des
lments oxydables ou rductibles entrane une dstabilisation de ldifice cristallin par un
changement de la charge structurale et donc une dissolution importante des phases initiales.
Cette fonction microbienne est tudie via la rduction du Fe(III) ou des sulfates.

3.3.2. Interaction microbienne sur le Fe(III) structural

Il a t dmontr que dans les rseaux dadduction deaux potables, la prsence de
phases ferrifres pouvaient favoriser le dveloppement de bactries (Appenzeler et
al., 2005), notamment par la prsence de Fe (III). En effet, le Fe(III) est insoluble dans
l'eau pure pH neutre et, en consquence, les bactries peuvent lutiliser travers le fer
port par les minraux comme la ferrihydrite, lhmatite, la goethite et les minraux argileux
(Stucki et al., 1987; Roden et Zachara, 1996; Bonneville et al.,
2004; Stucki et Kotska, 2006). De mme, les bactries sont impliques dans de
nombreuses intractions avec les diffrentes formes du fer (aqueux ou sous forme minrale).
Elles sont dcrites dans la littrature comme des agents essentiels et efficaces dans la
formation de minraux ferrifres tels que lors des processus de bio-minralisation (Miot et
al., 2009).

Rduction des oxydes de Fe(III)
De nombreuses tudes antrieures ont port sur la rduction des oxydes de fer dans les
sols par les bactries (Thamdrup et al., 2000 ; Cornell et al., 2003). La
rduction de ces minraux dpend du nombre de sites ractifs disponibles la surface du
minral, c'est--dire des surface-OH ractives dans le cas des hydroxydes de fer (Roben,
2003). Le Fer (III) est utilis par les bactries comme accepteur dlectrons afin dobtenir de
lnergie. Ceci influence la gochimie de nombreux environnements (Lovley, 1997,
Thamdrup, 2000). Selon les conditions physico-chimiques du milieu, le mode daction de

44
rduction des oxydes de fer peut tre diffrent. En milieu acide, la dissolution du fer ferrique
peut se raliser sans contact des bactries. (Bridge et al., 2000).
Dans des conditions de neutralit, le fer ferrique est souvent laccepteur dlectrons
dominant bien quil soit peu soluble. Diffrentes stratgies microbiennes (Figure 20) sont
proposes pour expliquer la rduction du Fe(III) (Hernandez et al., 2001 ; Lovley
et al., 2004):

Le contact physique entre la surface des bactries et la surface du minral permet de
librer directement les lectrons.
Des chlateurs du fer augmentent la solubilit du Fe(III) et favorisent la rduction du
Fe(III).
Des composs transporteurs dlectrons transfrent les lectrons de la cellule au
Fe(III), sans ncessit de contact physique.

Figure 20: Illustration schmatique des diffrentes stratgies de transfert dlectrons au fer ferrique
(Kappler, 2005)
Plusieurs espces microbiennes ferri-rductrices ont la capacit doxyder des composs
aromatiques tels que le benzne, le tolune, le phnol, que lon retrouve dans la matire
organique des argilites et dans les zones contamines (Lovley et al., 1991 ; Jahn
et al., 2005). Ces espces peuvent aussi oxyder des composs plus simples et dont le
suivi et le rendement sont plus exploitables en laboratoire (acides organiques).

Cas des smectites.
Des tudes rcentes sur les Fe-smectites ont galement montr que les bactries
peuvent induire des modifications, comme par exemple la dissolution partielle des particules
d'argile (Kostka et al., 1999; Dong et al., 2003a). On peut penser que la
rduction du Fe (III) entrane un dsquilibre de charges des smectites qui peut dclencher
une dissolution des minraux (Lantenois, 2005). Des substances mtaboliques, tels
que les acides organiques ou des chlateurs, peuvent dissoudre les minraux avant la
rduction du Fe (O'Reilly et al., 2006). Dans ce dernier cas, le Fe (III) serait libr
en solution avant la rduction microbienne. Ici, la production de certains chlateurs du fer
(sidrophores) est un processus commun afin de rendre plus biodisponible le fer
(Neilands et al., 1989; Gram et al., 1994; Hersman et al, 2000).
45

Il a t montr que la rduction du Fe (III) des smectites, en particulier dans la nontronite,
a modifi radicalement les proprits de l'argile. Kim et al., (2004) ont observ, par
exemple que Shewanella sp dclenche la transformation de la smectite en illite. La rduction
du Fe (III) dans les sites octadriques des smectites conduit une plus grande divergence
des charges et une nette augmentation des couches ngatives libres. Cette charge
favorise ensuite la rduction de lpaisseur de l'espace interfoliaire hydrat et la fixation du
cation (K
+
).

Modification physique des argiles par rduction microbienne du Fe(III)
Il est aujourd'hui admis qu'une rduction (anarobique), chimique ou biologique, du
Fe(III) dans la structure de la smectite provoque une augmentation de la charge de surface.
Il a galement t montr que de telles modifications diminuent la capacit d'hydratation de
la smectite riche en fer (Kostka et al., 1996, 1999; Lee et al., 2006;). Dans
une exprience ralise en conditions anarobies par Kim et al., (2004), il a mme t
dcrit que l'activit de Shewanella oneidensis induisait la transformation de la smectite en
illite par la fixation de potassium dans l'espace interfoliaire (Figure 21). Dans cette
exprience, la raction a lieu 25C en seulement 2 semaines. Les auteurs suggrent donc que
l'interaction "smectite riche en fer bactries" peut jouer un rle cl en tant quinitiateur des ractions
argilo-minrales dans les environnements anarobies.

Figure 21 : Observation au DRX (A) et au MET (B) sur lillitisation dune smectite ferrifre par Shewanella
oneidensis (Kim, 2004).

Des tudes sur le comportement dhydratation des argiles en prsence de bactries
montrent de nombreux changements texturaux.
En conditions de volume confin (figure 22), une smectite sodique en prsence de
bactries montre que l'augmentation de l'paisseur totale des couches d'eau observe est
due laugmentation de la porosit de l'chantillon induite par les bactries.
Dautre part, la prsence de bactries ferri-rductrices au cours de l'hydratation en
condition rductrice dune nontronite ferrifre conduit une rduction du Fe(III) structural du
minral argileux, ainsi que la diminution de l'ordre des couches d'eau au sein des feuillets
avec une augmentation des htrognits (Berger, 2008).

B

46

Figure 22: Schma de bactries en milieu argileux compact.
Les bactries prsentes dans la porosit librent des substances organiques qui
agrgent la proximit. Puis aprs la lyse cellulaire, il y a augmentation de lhtrognit
avec espace disponible pour le gonflement (Berger, 2008).
Donc, dans ces milieux confins, les bactries peuvent interagir avec les surfaces des
argiles et entrainer une modification de larrangement des feuillets et donc une modification
des proprits dchange des argiles.

3.3.3. Bio-corrosion des matriaux mtalliques

La corrosion induite par les microorganismes ou bio-corrosion est un problme majeur
qui peut reprsenter jusqu 10 % des cots totaux de la corrosion (Iverson, 1986).
Les microorganismes n'interviennent, dans la plupart des cas, que de faon indirecte sur
la bio-dtrioration des matriaux. En effet, l'activit microbienne peut provoquer une
modification des conditions au niveau de l'interface matriau/solution en produisant des
substances corrosives ou des catalyseurs ainsi quen consommant des ions mtalliques ou
loxygne du milieu. Cette activit engendre un changement des conditions physico-
chimiques la surface du matriau et peut favoriser les ractions de corrosion (Kivisakk
et al., 2010).
Quand un mtal est immerg dans un milieu non-strile, des microorganismes peuvent
adhrer la surface du mtal et former un biofilm. Les biofilms sont, en gnral des
structures complexes avec une paisseur non uniforme. Ils sont constitues par les cellules
des microorganismes morts ou vivants, par les substances polymriques extracellulaires
(SPE), et par les produits organiques et inorganiques issus de leur activit biologique. Parmi
ces substances, il peut y avoir des acides amins, des acides organiques, des enzymes, des
sucres, des alcools, etc. Certaines de ces substances peuvent tre l'origine des problmes
de corrosion (Heitz, 1996 ; Flemming et al. 1996). Le biofilm offre des avantages aux
microbes qui le forment. Il offre une protection contre les substances toxiques dans le milieu
et contre la dshydratation, il peut stocker les nutriments et facilite linteraction symbiotique
entre diffrentes espces de microorganismes. Lactivit des microorganismes dans le
biofilm peut favoriser la corrosion du mtal.

47
Cas des bactries sulfato et thiosulfato-rductrices : Modle de bio-corrosion

Figure 23 : Mcanisme de bio-corrosion mtallique (Lee, 1995)
La production de sulfures dans le milieu, par lactivit des bactries sulfato-rductrices,
peut tre trs importante dans le processus de corrosion. Les sulfures produits par rduction
des sulfates peuvent tout dabord catalyser les ractions anodiques par sulfuration de
lanode. Puis, le produit de corrosion (Fe
2+
) prsent en solution est prcipit sous forme de
sulfure de fer (FeS) (Figure 23). Ceci provoque un transfert dlectrons du fer mtal vers le
sulfure de fer formant une pile galvanique tout en acclrant la corrosion quelle soit
gnralise ou perforante. Mais ceci nexplique pas les vitesses enregistres. Les activits
des bactries sulfato et thiosulfato-rductrices, peuvent rguler localement le pH et conduire
une production ou une consommation dacidit. Sur les zones anodiques, la prcipitation
du sulfure de fer produit de lacidit, alors que le pH reste stable et neutre sur les zones
cathodiques. Ces modifications du pH sont retrouves localement linterface biofilm-mtal.
Le mtabolisme bactrien induit donc un couplage galvanique anode/cathode par
acidification diffrentielle (Campaignolle, 1996). De plus, le thiosulfate apparat tre
laccepteur dlectrons le plus performant pour les phnomnes de bio-corrosion (Crolet,
1998). Les vitesses de corrosion peuvent atteindre jusqu 1cm/an, alors quelles atteignent
seulement 1mm/an pour les sulfates.
Cas des bactries ferri-rductrices (IRB : Iron Reducing Bacteria)
Les processus de biocorrosion par des espces IRB ont t moins tudis que les
bactries sulfato-rductrices (Castaneda et Benetton, 2008; Rainha et
Fonseca, 1997; Fron et al. 1997). Toutefois, la rduction bactrienne des
composs d'ions ferriques insolubles en ion ferreux solubles a dj t propose pour
faciliter la dissolution de la couche protectrice des produits de corrosion forms sur des
surfaces des alliages de fer (Videla, 1996). Il a galement t signal que les espces
IRB sont impliques dans la formation de biofilms qui favorisent la corrosion (Geesey,
1991). Nanmoins, le rle des IRB en biocorrosion est encore sujet dbat : en effet des
tudes suggrent qu'elles peuvent, en formant un biofilm, constituer une protection pour
l'acier au carbone (Dubiel et al. 2002; Lee et Newman, 2003; Herrera et
Videla, 2009).

Dans tous les cas, les processus de bio-corrosion sont retrouvs dans diffrents milieux
aquatiques (eaux salines, eaux douces). Dernirement, certains auteurs ont mis en vidence
la prsence de bactries (les espces IRB en forte concentration et des espces SRB dans
une moindre mesure) qui ont engendrs des processus de corrosion dans les pipelines
(Elshawesh et al., 2008). Dautre part des auteurs (Rajasekar et al., 2007)

48
montrent que les espces prsentes dans les pipelines ont la capacit de dgrader les
composs aliphatiques et aromatiques du ptrole, tout en ayant une capacit oxydante, donc
corrosive, des oxydes de fer et de manganse

4. ORGANI SATI ON DE L ETUDE
4. 1. SYSTEMES DE STOCKAGE : ENVI RONNEMENT PROPI CE A UNE ACTI VI TE
BACTERI ENNE ?
Lenvironnement du stockage va tre modifi au contact des colis de dchets radioactifs.
Ces modifications vont entrainer des changements physiques et chimiques du milieu qui
influenceront positivement ou ngativement les communauts bactriennes endognes ou
exognes (Figure 24).

Figure 24 : Schma dune alvole de stockage et des phnomnes pouvant augmenter lactivit
bactrienne.
On peut voquer diffrents phnomnes pouvant se produire dans lalvole et dans le
champ proche du stockage :

1. Dsaturation du milieu par excavation
2. Gradient thermique
3. Corrosion mtallique en milieu satur
4. Ractivit linterface fer/argile

Malgr les conditions difficiles dun environnement de stockage profond, nous venons de
voir quune activit bactrienne pouvait tre pressentie au cours de lvolution du stockage.
En effet, ni la radioactivit, ni la temprature et ni les faibles porosits ne peuvent tre des
paramtres capables dinhiber totalement le dveloppement bactrien. Un autre paramtre
trs important pour le dveloppement de lactivit microbienne dans le stockage est la
disponibilit des ressources nutritives et nergtiques. En effet, les argilites sont appauvries
(environ 1%) en substrat carbon tel que la matire organique pouvant constituer une source
nergtique et nutritive efficace pour la croissance bactrienne. Cependant il a t dcrit
prcdemment que la gense du stockage entrainerait la formation de nouveaux produits de
corrosion tel que de lH
2
et des oxydes de fer qui constituent des composs nergtiques.
Cest le cas aussi dautres lments provenant de laltration des colis et de la barrire
argileuse et qui peuvent donc tre potentiellement des substrats pour les activits

Flux de chaleur Flux deau
1
4
3
2
1
Flux de chaleur Flux deau Flux de chaleur Flux deau
1
4
3
2
1
49
bactriennes. Dautre part, laugmentation de la temprature peut favoriser la disponibilit en
substrat bactrien et augmenter les cintiques daltration ou microbiologiques.
Ainsi lenvironnement et les produits de dgradation de composants du stockage peuvent
tre considrs comme une source nergtique proprement dite pour favoriser les ractions
microbiennes.
Un des objectifs de cette tude est de dterminer et de quantifier dans quelle
mesure cette nouvelle source nergtique issue du stockage pourrait favoriser le
dveloppement microbien et quel impact les activits bactriennes pourraient
engendrer sur lvolution des matriaux.

4. 2. CHOI X D UN MODELE BACTERI EN

Lestimation de la diversit microbiologique (autochtone ou allochtone) pouvant se
retrouver dans ces environnements modifis est trs difficile obtenir. Il est en effet
impossible de prvenir les perturbations dordre anthropiques, dont lintroduction de souches
exognes, dans un milieu argileux prsentant un volume dexploitation de plusieurs
kilomtres cubes. Il est donc plus facile dadmettre, la prsence dune diversit bactrienne
importante au sein du stockage, quelle que soit son origine.
Ainsi, partant de lide quil est bien trop rducteur de prdire les espces bactriennes
prsentes lors du stockage partir des seules espces indignes, le choix dun modle
microbien global est indispensable. Cette population microbienne sera dcrite par sa
capacit se dvelopper dans cet environnement argileux profond et pour sa facult
altrer des matriaux. Ce choix est dpendant des conditions gochimiques prvalant dans
ces environnements anarobies, notamment en termes daccepteur et de donneur
dlectrons, Dans ces conditions, le choix dun modle bactrien ferri-rducteur simpose
comme tant le plus adapt pour dcrire la dynamique des conditions du stockage (anoxie,
quantit importante en fer, prsence de H
2
, milieu argileux pouvant contenir du Fe(III)
structural). En effet, ces microorganismes ferri-rducteurs sont toujours retrouvs dans les
environnements riches en fer (Vargas et al., 1998 ; Gold, 1992). Le Fe(III) est
identifi comme tant un des tous premiers accepteurs dlectrons pour la respiration
microbienne anarobie. De plus, lactivit ferri-rductrice est un des plus importants
processus ractionnels dans les sdiments profonds o la prsence de phases ferrifres de
type smectite et doxydes est identifie (Dong et al., 2000).
Il sagira de dterminer dans cette tude si les capacits de rduction du Fe(III)
structural par les micro-organismes peuvent avoir des consquences importantes
dans la prennit des proprits de la barrire argileuse en termes de confinement, de
rtention des radionuclides, ou dans leurs implications dans les processus de bio-
corrosion comme dans le contrle de lvolution gochimique de lenvironnement du
stockage.

4. 3. QUESTI ONS POSEES DANS CETTE ETUDE

Dun point de vue plus fondamental, cette tude sefforcera de rpondre diffrentes
questions actuellement en suspens et pourtant essentielles pour caractriser et dfinir les
mcanismes ractionnels qui surviennent lors des interactions bactries/minraux ferrifres
dans le cas dun stockage en milieu gologique profond:


50
a) Sur les matriaux argileux
Quelle est lactivit bactrienne ferri-rductrice en milieu argileux profond, notamment
en termes de disponibilit des ressources en nutriments et en nergie ?
Quelle est la ractivit associe linteraction bactrie/argilite et ses consquences ?
Quelles sont les phases ractives dans les argilites qui sont affectes par cette
ractivit microbienne ?
Quelles sont les paramtres qui contrlent la rduction du Fe(III) structural des
smectites et les transformations minralogiques associes ?
Quelles sont les consquences de cette activit ferri-rductrice sur les proprits
dune barrire argileuse et ses limites en terme daccessibilit au Fe(III) en milieu
poreux ?

b) Sur les matriaux mtalliques
Quelles sont les consquences de cette activit sur les processus de corrosion des
matriaux mtalliques ?
Quelle peut tre linfluence de cette activit microbienne sur la durabilit des lments
mtalliques dans le stockage ?

c) Sur la ractivit microbienne globale
Quelle est lactivit bactrienne ferri-rductrice en condition de stockage (ractivit
fer/argile) et les limites fonctionnelles associes ?

4. 4. LA DEMARCHE DE L ETUDE

Pour rpondre ces questions et dcrire globalement la dynamique de lactivit
gomocrobiologique au sein dun stockage gologique, une approche trs exploratoire a t
entreprise, avec une composante exprimentale forte. Aprs une introduction gnrale,
suivie dune tude bibliographique du systme ractionnel dans son ensemble, les travaux
sont prsents selon trois parties principales :

Partie I : Dveloppement bactrien ferrirducteur en milieu gologique
profond :

Le but de cette premire partie est de caractriser les conditions gochimiques des
environnements argileux profonds du point de vue de leur capacit permettre le
dveloppement des espces microbiennes. Pour cela, un bilan des espces chimiques
nutritives et nergtiques prsentes dans le systme pour ce dveloppement bactrien a t
dress. Il sest agit notamment de dterminer les phases ferrifres ractives et de dcrire la
dynamique initiale des changes au sein du stockage. (Chapitre 3)

Partie II : (Bio)-disponibilit et impact sur les matriaux ferrifres du
stockage :
Cette seconde partie a pour objectif de caractriser la disponibilit du Fe(III) structural au
sein des phases ferrifres (argiles et oxydes) pour les activits bactriennes ferrirductrices.
Les rsultats sont dcrits sous la forme de cinq articles accepts ou en cours de
soumission.

51
Dans le Chapitre 4, la (bio)-disponibilit du fer a t tudie dans les matriaux argileux.
Ce chapitre est structur en trois sous parties. Tout dabord, la disponibilit du fer est dcrite
au sein de structures argileuses complexes, cas de largilite de Tournemire, afin dtre
reprsentative des milieux argileux profonds. Ensuite, la ractivit propre des minraux
argileux constitutifs des argilites (smectite, illite et kaolinite) a t dcrite afin de dterminer
et de hirarchiser les phases argileuses les plus ractives dans le cas dune rduction
bactrienne. Enfin, la dernire tape a t didentifier les paramtres contrlant laltration
de ces minraux, notamment en termes de dissolution et de transformation des smectites.
Linfluence des activits bactriennes ferrirductrices sur les processus de biocorrosion
du fer mtallique est prsente au Chapitre 5. La disponibilit du Fe(III) des produits de
corrosion (magntite et hmatite) a t investigue dans un contexte de corrosion active.
Dans les deux chapitres prcdents, la ractivit des matriaux ferrifres a t dcrite
partir de milieu dispers et sur des phases purifies. Or dans la ralit, cette ractivit
intervient dans un milieu poreux. Ainsi, dans le Chapitre 6, nous avons dtermin quels
pourraient tre les paramtres qui vont influer sur la biodisponibilit du fer dans un milieu
poreux. Pour cela un milieu poreux simplifi incorporant des smectites ferrifres a t
synthtis et limpact de lactivit bactrienne ferri-rductrice a t quantifi.
Dans tous les cas, les processus ractionnels majeurs seront dcrits pour chaque
matriau (mtallique et argileux) impliqu dans la prennit du confinement du stockage.

Partie III : Capacit de dveloppement des bactries ferri-rductrices en
condition de stockage gologique :
Lobjectif de cette dernire partie est de dterminer les paramtres qui pourront contrler
le dveloppement dune activit bactrienne ferrirductrice au sein dun stockage. Ceux-ci
sont tudis au travers de couplages ractionnels au sein dune ractivit globale fer/argiles.
Le but tant de dfinir les limites de lactivit microbienne et ses consquences dans un
systme coupl. (Chapitre 7).

Finalement, lensemble de ces travaux sera analys et intgr dans une discussion
gnrale avant que cette tude exploratoire ne puisse tre conclue dans une dernire partie
qui ouvrira les perspectives en termes de prdiction du comportement de linterface
bactrie/minral et dingnierie gomicrobiologique.

52
CHAPITRE II : MATERIELS ET METHODES
53

CHAPI TRE I I : MATERI ELS ET METHODES

1. MATERI AUX
1. 1. LES PHASES ARGI LEUSES
1.1.1. Argilite de Tournemire

Site de Tournemire

Figure 25 : Photo du site de Tournemire et localisation de lancien tunnel ferroviaire traversant largilite
du Toarcien. (Source IRSN).

Contexte gologique
Le site de Tournemire (Figure 25) est situ dans un bassin marin msozoque la
frontire sud du Massif central franais et correspond une structure sub-horizontale
monoclinale faille traverse par la faille de Cernon (80 km de longueur). Cest une faille
inverse dorientation E-W (Boisson, 1996). Une formation argileuse massive est
intercale entre deux aquifres calcaires : laquifre de lAalnien dans la partie suprieure
(Jurassique moyen) et laquifre rgional du Carixien dans la partie infrieure. La couche
argileuse est constitue dargilite du Toarcien (200m dpaisseur) et de marnes
subhorizontales indures du Domrien (50m dpaisseur) de formations jurassiques
(Cabrera et al., 2001; Patriarche et al., 2004). L'argilite de Tournemire
affiche une texture typique anisotrope induite par la diagnse et lalternance stratigraphique
de niveaux carbonats massifs et de couches dtritiques riches en argile (Charpentier et
al., 2001).

Tunnel
54
Le site de Tournemire a t choisi comme laboratoire dexprimentation dans le milieu
argileux par lIRSN, pour la facilit daccs que procure un ancien tunnel ferroviaire de prs
dun sicle, de 1885 m de long traversant une paisse couche argileuse de plus de 200 m
dpaisseur (Figure 26). Ce tunnel donne accs directement la formation du Toarcien,
permettant ainsi la ralisation dexprimentations in situ ou de forages par le prlvement
dchantillons au sein de la couche argileuse.

Figure 26 : Coupe gologique du tunnel de Tournemire avec en renfort une carte montrant l'emplacement
de Tournemire (daprs Boisson, 1996) et la localisation des chantillons tudis. Les chantillons
dargiles ont t prlevs dans des conditions sches avec du gaz argon comprim. Le forage MB2 est
reprsent par des lignes noires dans le croquis .Les zones gologiques sont dcrites ci contre : 1:
Hettangian, calcaire et dolomite; 2: Sinemurian, calcaire et dolomite, 3: Carixian, calcaire; 4: Domerian,
marls; 5: Toarcian, schistes et marnes; 6: Aalenian, Calcaire; 7: Bajocian, calcaire et dolomite; 8:
Bathonian, calcaire et dolomite

Echantillonnage de largilite de Tournemire
Le prlvement de la roche argileuse t ralis lors dun forage (nomm MB2 de 6,6
m de long ralis 1 m de hauteur du sol du tunnel) horizontal avec de l'argon comprim,
perpendiculaire la galerie Est en Octobre 2007. La carotte dargilite rcupre traverse une
alternance de zones ayant des caractristiques bien prcises : une zone argileuse fracture
(de 0 jusqu' 1m) classiquement nomme EDZ (Excavation Damaged Zone) qui est une
consquence de la perturbation cause par lexcavation de la galerie. Puis une zone saine
de 4,7m 5, 5m et enfin une zone traversant une fracture tectonique humide. Trois
Tunnel
W
E
East Gallery
MB2
Simple fractures
MB2 : horizontal drilling (6.6 m)
Tunnel
W
E
East Gallery
MB2
Simple fractures
MB2 : horizontal drilling (6.6 m)
55
chantillons de base (une carotte de 30 cm de longueur et 10,1 cm de diamtre) de largilite
de Tournemire des zones distinctes ont t prlevs. Les chantillons ont t introduits dans
des sacs aluminiss et conservs 4C de manire minimiser autant que possible
l'oxydation des minraux argileux et de la matire organique. Des conditions d'anarobiose
et de strilit stricte ont t appliques au cours du forage ainsi que lors de toutes les tapes
des tudes en laboratoire. Un sous-carottage dans une chambre anarobie (90% N
2
, 5% H
2

et 5% CO
2
) a permis dobtenir des chantillons dtude qui ont t broys dans un mortier en
agate. Une poudre homogne dargilite est tamise 2m et conserve labri de la lumire
et de lhumidit dans des bacs de sillica-gel.
Cette fraction argileuse utilise pour les expriences dans cette thse, a t caractrise
de manire connatre la surface spcifique des grains dargilite par une analyse BET
l'azote.
1.1.2. Argiles purifies

Cinq types dargiles ferrifres ont t utiliss dans cette tude afin dtudier la ractivit
de ces phases vis--vis des activits bactriennes ferrirductrices.

Beidellite ferrifre de Wards : Cette smectite riche en Fe
3+
structural est dnomme ainsi
car commercialise par Wards. Le lot utilis dans la prsente tude est rfrenc 49 F 5108.
Illite du Puy PyOr2: Ce lot correspond un chantillonnage du BRGM des horizons
infrieurs du gisement du bassin Oligocne du Velay situ proximit du Puy. Elle est
particulirement riche en Fe
3+
structural.
Kaolinite BT : Elle est extraite dans la carrire de Fumel 50 km louest de Cahors (Lot et
Garonne, France). Elle est exploite par la socit CTE Libos en vue de son utilisation dans
la fabrication de matriaux rfractaires. Elle est contient du Fe
3+
structural.
Montmorillonite MX80 : Cest un matriau argileux commercialis dont les smectites sont
sodi-calciques et de type Wyoming. Cette bentonite est prssentie comme matriaux argileux
de la barrire ouvrage dans les alvoles du stockage gologique des dchets radioactifs.
Nontronite Nau2 : Elle provient de la collection de minerais d'argiles (universit de Purdue,
U.S). Elle est trs riche en Fe
3+
structural.

Lobjectif est de dcrire lvolution des phases argileuses seules et isoles des minraux
accessoires pouvant perturber la lecture de la ractivit physico-chimique. Pour cela une
purification est indispensable. Une phase dchange ionique a t ralise pour les phases
gonflantes de types smectites (Beidellite, Montmorillonite et Nontronite) afin dhomogniser
la rponse chimique des argiles vis--vis de laltration.

1.1.2.1. Protocole de purification des phases argileuses changes au sodium ou au
magnsium
Lobjectif de cette phase est triple : La dcarbonatation de matriaux argileux (roche
argileuse, bentonite), lextraction de la fraction < 2m et lchange au sodium ou au
magnsium pour les phases argileuses de types smectites.

Cas des phases argileuses : Beidellite Illite Kaolinite Montmorillonite
Dcarbonatation :
56
Le but de cette opration est dliminer les minraux carbonats prsents dans la
roche.
On introduit dans un bcher de 1 L :
100 g de matriau rduit en poudre
600 mL deau dionise
On rajoute ensuite progressivement du HCl, 1 mol.L
-1
. On veille ne pas descendre en
dessous de pH 4 afin dviter daltrer les minraux argileux
On maintient en agitation en contrlant le pH pendant 10 heures
On complte ensuite 1L avec de leau dionise
On centrifuge ensuite 2000 tr/min pendant 5 min.
On limine le surnageant aprs avoir vrifi sa limpidit, sinon on ritre autant de fois que
ncessaire.
Dispersion et sparation granulomtrique
Le but de cette tape est dextraire la fraction argileuse < 2m des fractions
granulomtriques plus importantes ainsi que dchanger la fraction argileuse au sodium ou
au magnsium (beidellite ferrifre de wards) daprs Crdoz (2009).
On rcupre le culot de centrifugation et on le remet en suspension avec de leau
dionise dans le mme bcher de 1L que prcdemment. On peut utiliser les ultrasons
pour disperser les agrgats par une squence de 30 secondes au maximum afin de ne pas
dstabiliser la structure des phases argileuses
On ajoute NaOH, 0,1M ou (MgOH
2
) 0,1M pour amener le pH 8-9 et saturer la
solution en cations sodiques ou magnsiens et ainsi favoriser lchange dions.

On agite 10 heures pour avoir une suspension homogne.
On verse la solution dans des flacons de centrifugation de 1L jusquau trait de graduation =
600 mL.
On centrifuge 1 min 55s 750 tr/min.
On rcupre ensuite le surnageant entre les repres 600 et 400 mL.
Caractristiques :
Axe-surface de la suspension (repre 600 mL) = 9,3 cm
Axe-coupure (repre empirique 400 mL) = 12,1 cm
Dure = 1 min 55 sec 750 trs/min
Coupure granulomtrique : 2 m.

Ces oprations de remise en suspension et de centrifugation sont ritres afin de rcuprer
le maximum de suspension argileuse.
La suspension argileuse (< 2 m) est ensuite rince leau dionise deux fois.
Les suspensions argileuses rcupres sont ensuite dposes dans des coupelles afin
dtre sches 25C par simple vaporation dans u ne tuve ventile, puis broyes et
conserves dans des flacons NALGENE en polythylne haute densit.

57
Cas de la phase argileuse : Nontronite Nau2

La prparation des nontronites Nau2 a t ralise par le LEM (Laboratoire
Environnement et Minralurgie, Nancy Universit) comme dcrit par Michot et al (2006).

Les chantillons de nontronites (NAu2) utiliss dans cette tude, proviennent de la collection
de minerais d'argiles (l'universit de Purdue, U.S). La fraction argileuse est change trois
fois dans une solution 1M de NaCl et lave par dialyse en utilisant une eau ultra-pure (Milli-
Q), jusqu obtenir une conductivit de la solution < 5S. une telle procdure permet
denlever efficacement les rsidus de minraux solubles, (c.--d. la calcite) qui ont pu tre
dissous dans les chantillons lavs. Les suspensions ont ensuite t places dans des
cnes Imhoff pendant 24h pour enlever par prcipitation les impurets minralogiques
majeures (principalement des oxydes de fer, quartz et des feldspaths). La puret
minralogique (>99.9%) des particules traites a t vrifie par Diffraction des Rayons X
(XRD) et spectromtrie infrarouge. La slection de la taille des particules collodales a t
ralise par centrifugations successives de 7000 17.000g. La taille slectionne dans cette
tude est celle qui a subi une centrifugation 7000g. Cette procdure a permis de
slectionner des tailles de particules collodales de nontronite. Sur la base de plus de 150
analyses dimages au microscope lectronique Transmission (MET, Philips), Les
caractristiques de la taille des particules de nontronite ont pu tre dtermines avec
prcision : longueur : 705 nm ; largeur : 138nm ; paisseur : 1.05nm, (Grybos et al.,
2010).

1.1.2.2. Formule structurale des argiles purifies
La beidellite de Wards : Elle a t purifie et change au magnsium et a pour formule
structurale :
(Si
3.7
Al
0.3
) (Al
0.7
Mg
0.1
Fe
1.2
) Mg
0.2
O
10
(OH)
2

Lillite du Puy PyOr2 : Lanalyse en MET-EDS des illites de lillite PyOr2 rvle quelles
ont pour formule structurale :

(Si
3.52
Al
0.48
) (Al
1.17
Fe
0.49
Mg
0.33
) (Ca
0.04
Na
0.12
K
0.64
) O
10
(OH)
2

La kaolinite BT : Dans cette tude, on lutilise purifie de ses minraux accessoires avec
pour formule structurale :
Si
2.0
Al
1,87
Fe
0,13
(OH)
4

La bentonite MX-80 : Dans cette tude, elle a t purifie et change au sodium et a
pour formule structurale :

(Si
3.98
Al
0.02
)(Al
1.55
Mg
0.28
Fe3+
0.09
Fe2+
0.08
) Na
0.18
Ca
0.10
O
10
(OH)
2

La Nontronite Nau2 : Dans cette tude, elle a t purifie et change au sodium et a
pour formule structurale (Michot et al., 2006) :
(Si
3.77
Al
0.08
Fe
0.15
) (Al
0.17
Fe
1.77
Mg
0.05
) Na
0.36
O
10
(OH)
2

58
1.1.2.3. Analyse texturale des matriaux argileux aprs purification

Echantillons
Surface spcifique
(BET) m
2
/g
Beidellite 55
Illite 122
Kaolinite 32
MX 80 23
Nau2 80
Tournemire 63

Tableau 2 : Surface spcifique des matriaux argileux mesure par BET lazote (Cerege, centre de
recherche et denseignement en gosciences de lenvironnement).

1. 2. LE METAL ET LES OXYDES

1.2.1. Le fer mtal
Cest un ractif chimique de la marque Merck. Sa faible granulomtrie, < 10 m, est
utilise afin dactiver les ractions. Il est pur 99.9778 % en pourcentage massique. Les
lments N, Cl, S, Pb, Cu, Mn, Zn et As sont prsents en traces.

1.2.2. Lhmatite

Loxyde provient de la marque Rectapur Prolabo : Fe
2
O
3
99%, Ref : 24193.188.

1.2.3. La magntite

Loxyde provient de la marque Aldrich : Fe
3
O
4
98% <5m, Cat N: 31,006-9.

1. 3. LE MI LI EU REACTI ONNEL : DE L EAU I NTERSTI TI ELLE DU SI TE A UN
MI LI EU REPRESENTATI F EN LABORATOI RE

Le choix dun milieu ractionnel la fois reprsentatif du site et non limitant en besoin
nutritif pour le dveloppement bactrien est crucial pour le systme dtude interaction
bactries minraux ferrifres .

Pour cela, un milieu synthtique appel MClay, a t prpar en se basant :

59
- Sur la composition des milieux de culture bactriens minimum dans la littrature (milieu
M1 ; Kostka et Nealson, 1998) en tenant compte de la composition en lments
nutritifs essentiels: carbone, azote, phosphore, soufre ; des lments ltat de traces ainsi
que des acides amins et des vitamines comme agents de croissance ou co-facteur du
mtabolisme.
- Sur la composition chimique de leau interstitielle de sites argileux (Tournemire ou du
Callovo-Oxfordien) afin de respecter les ordres de grandeur (en mmol) qui y sont retrouvs.

Un tableau rcapitulatif des expriences est dcrit ci-dessous (Tableau 3).

Remarque :
Labsence de fer aqueux ainsi que de Silicium et Aluminium dans le milieu MClay, est
justifie afin de caractriser au mieux laltration des minraux argileux ferrifres.
Le pH initial du milieu 7 est contrl par lajout dun tampon organique : lHEPES.
Lajout dun donneur dlectrons organique : le lactate de sodium entraine une
augmentation de la concentration en Na
+
ce qui permet de se rapprocher de la valeur initiale
en Na dans les eaux interstitielles de site. Cependant la concentration en Cl- reste faible
compare sa concentration dans le milieu naturel profond. Cela na toutefois aucune
consquence sur les activits bactriennes et les mcanismes induits sauf sur la corrosion
(Abd El Wanees et al., 2008 ; Zhou et al., 2007) ou les chlorures sont connus comme des
agents de corrosion. Cependant, le but de notre tude tant de caractriser linfluence
bactrienne sur les processus daltration des phases argileuses ou des produits de
corrosion, labsence volontaire dune concentration en chlorure comparable celle en milieu
profond est ngligeable dans notre tude et est aussi plus pratique pour la fabrication du
milieu MClay.
La prsence dacides amins en faible concentration ou dlments ltat de traces est
tout fait justifie dans les milieux naturels bien quils ne soient pas mesurs dans les eaux
de sites rfrences.

60
Composition chimique
eaux (mmol.L
-1
)
Callovo-Oxfordien
Vinsot et al, 2008
Tournemire
Beaucaire et
al, 2009
Exprience
abiotique
minerale
Exprience
abiotique
organique
Exprience
biotique H2
Exprience
biotique
organique
pH 7.20 8.20 7.00 7.00 7.00 7.00
Eh -200.00
Na+ 45 - 55 9.50 2.00 12.00 2.00 12.00
Cl- 28 - 47 6.15 0.97 0.97 0.97 0.97
SO42- 11.1 - 19 0.01 - 20 10.10 10.10 10.10 10.10
Ca2+ 6.5 - 8.1 0.09 0.49 0.49 0.49 0.49
Mg2+ 5 - 6.9 0.38 1.01 1.01 1.01 1.01
HCO3- 4.50 2.00 2.00 2.00 2.00
K+ 0.65 - 1.1 0.22 0.99 0.99 0.99 0.99
TIC 4.2-4.5 - - - - -
TOC mg.L-1 ou lactate ~10 ~5 - 10.00 - 10.00
Si 0.12 - 0,16 0.10 - - - -
Fe2+ 0.093 2.00E-07 - - - -
Fe3+ 6.00E-09 - - - - -
PO42- 6.50E-03 0.0033 0.6 0.6 0.6 0.6
NH4+ 2.11E-04 0.2 9 9 9 9
Zn2+ 1.00E-06 1.00E-06 1.00E-06 1.00E-06
Cu2+ 2.00E-07 2.00E-07 2.00E-07 2.00E-07
Mn2+ 1.26E-06 1.26E-06 1.26E-06 1.26E-06
Se4+ 1.50E-06 1.50E-06 1.50E-06 1.50E-06
Mo4+ 3.80E-06 3.80E-06 3.80E-06 3.80E-06
Co 5.00E-06 5.00E-06 5.00E-06 5.00E-06
Bo 5.60E-05 5.60E-05 5.60E-05 5.60E-05
L-arginine 1.15E-04 1.15E-04 1.15E-04 1.15E-04
DL-serine 1.90E-04 1.90E-04 1.90E-04 1.90E-04
L-glutamine 1.18E-04 1.18E-04 1.18E-04 1.18E-04
Acide nicotinique 1.00E-04 1.00E-04 1.00E-04 1.00E-04
Thiamine-HCl 5.00E-06 5.00E-06 5.00E-06 5.00E-06
Biotine 1.00E-06 1.00E-06 1.00E-06 1.00E-06
Tampon HEPES - 1,68E+01 1,68E+01 1,68E+01
Culot bactrien - -

Tableau 3 : Composition chimique du milieu synthtique MClay utilis lors des expriences bactries
minraux ferrifres. Comparaison avec les milieux naturels.

1. 4. LES BACTERI ES

Afin dtudier lactivit des bactries vis--vis du fer quil soit dans la structure des
matriaux ou soluble, deux modles bactriens ont t choisis :
- Le modle ferri-rducteur pour caractriser la raction de rduction du Fe(III)
structural des matriaux. Pour cela trois types de bactries ferrirductrices (IRB) ont
t slectionns comme modle pour les expriences bactries minral dans ce
mmoire.
- Le modle biosenseur, qui utilise des bactries transformes gntiquement, est
utilis afin de pouvoir mesurer spcifiquement le besoin en fer comme nutriment pour
le dveloppement des bactries, savoir les effets de carence et les effets de toxicit
de leur mtabolisme.

1.4.1. Les bactries ferrirductrices
Deux bactries dites msophiles : Activit entre 25 50C

La bactrie Shewanella oneidensis strain MR1 (CIP* 106686), provient dun isolement
bactrien des sdiments anoxiques du lac Oneida, NY (Myers et Nealson, 1988), et a
fait lobjet de plusieurs tudes gntiques et phylogniques (Saffarini et al., 1994).
61
Shewanella oneidensis est une bactrie Gram ngatif respiration obligatoire pour son
mtabolisme, elle ne peut pas raliser la fermentation (Scott et Nealson, 1994). Les
espces du genre Shewanella sont des bactries anarobies facultatives, capables de
rduire une importante varit de composs comme accepteur dlectrons terminal, incluant
lO
2
, les nitrates (NO
3
-
), les nitrites (NO
2
-
), les oxydes de Fe(III) et de manganse. Les
conditions optimales de croissance de temprature et de pH de S. oneidensis sont dcrites
ci-dessous (Figure 27).

Figure 27 : Optimum de bio-rduction/dissolution du Fe de la smectite en fonction du pH et de la
temprature pour la bactrie Shewanella oneidensis (Kotska et al., 1996).
Shewanella oneidensis MR1 a la capacit dutiliser des substrats organiques comme
donneur dlectrons ainsi que dutiliser lH
2
molculaire. Elle possde en effet des
hydrognases au niveau de sa membrane externe, permettant de fixer et doxyder lH
2
afin
de rcuprer les lectrons de la raction. Ce mtabolisme hydrognotrophe sera notamment
utilis dans les processus de biocorrosion dans cette tude.

La bactrie Clostridium aurantibutyricum provient dun isolement de boues rsiduaires
pollues (Vglia, 1996) et fut utilise dans un procd de dpollution de sols et de
dchets contenant des hydroxydes de fer et de mtaux lourds (Vglia et al., 1996).
Cest une bactrie strictement fermentaire possdant un mtabolisme trs efficace (Tableau
4) qui peut produire, lors de loxydation de molcules organiques riches nergtiquement
(glucose), des acides organiques (acide butyrique et actique) et du gaz (H
2
et CO
2
). Elle est
aussi connue pour avoir une action importante comme agent de rduction du Fe(III) dans les
sols (Stemmler et al., 2004), et notamment sur la rduction des goethites (Dominik
et al., 2002).

Glucose 0.222 0.200 >5,090 2,718
Substrat
Acides organiques produits
(mol/mol de substrat)
Actique Butyrique
Fe solubilis
(g/mol de
substrat)
CO
2
produit
(mol/mol de
substrat)

Tableau 4 : Produits du mtabolisme de la souche Clostridium aurantibutyricum (Vglia, 1996)

62
Une bactrie dite thermophile : Activit entre 50 80C

La bactrie Thermotoga subterranea strain SL1T provient dun isolement dun rservoir
continental de ptrole dans le bassin Est de Paris, France (Jeanthon et al., 1995) et
fait partie de la collection de la station biologique de Roscoff. Cest une bactrie thermophile
capable dutiliser le Fe(III) pour sa respiration (Slobodkin et al., 1999). Lordre des
thermotogales est strictement anarobie, thermophile et chimiohtrotrophique. Leur
dnomination provient de leur caractristique morphologique : la prsence dune gaine
externe appele toga . Sa temprature optimale de croissance est de 70C et son pH
optimum est compris entre 6,5 et 7,5 (Figure 28).

Figure 28 : Evolution du taux de croissance moyen de T.subterranea en fonction de la temprature et du
pH (Jeanthon et al., 1995).

Prparation des inoculums bactriens pour les expriences de rduction du Fe(III)
structural des argiles ou des oxydes.
Avant dintroduire un inoculum bactrien dans les racteurs, il est ncessaire de
conditionner et de quantifier les bactries. . Pour cela, on pr-cultive les bactries dans des
racteurs en prsence de Fe(III)-citrate. Ensuite, on dtermine la quantit de bactries
prsentes aprs rduction bactrienne du Fe(III)-citrate, par lassociation de deux
techniques : un comptage bactrien sur boite de ptri et une mesure dabsorbance de la
densit bactrienne par spectrophotomtrie UV-VIS dans le milieu de culture incolore. Le
protocole dtaill est explicit ci-dessous :

Shewanella oneidensis MR-1 est initialement prpare dans un milieu de culture MClay
contenant 20 mM Fe(III)-citrate et 10 mM de lactate comme accepteur et donneur
dlectrons.
Clostridium aurantibutyricum est initialement prpare dans un milieu de culture riche
LB (Luria Broth) contenant du NaCl 5g/l avec du glucose comme donneur
dlectrons (10mM) en condition anarobiose.
Thermotoga subterranea est initialement prpare dans un milieu de culture MClay
contenant 20 mM Fe(III)-citrate et 2mM de peptone comme source de carbone.

Les cultures bactriennes sont centrifuges 4500 tours/min et laves 3 fois avec du
milieu Mclay en respectant les conditions danarobiose stricte sous hotte anarobie. Une
mesure de la densit bactrienne est ralise. Ensuite les culots bactriens sont re-
suspendus dans le milieu Mclay avant dtre introduits (4% V/V) dans les racteurs
exprimentaux. La re-suspension dans le milieu Mclay ncessite de respecter une
63
population bactrienne de ~10
7
bactries / ml dans les racteurs afin dtre homogne pour
chaque exprience.

1.4.2. Biosenseurs bactriens

Une description dtaille du principe de fonctionnement dun biosenseur est dcrite au
chapitre VII, partie 3.
Souches et plasmides
Lensemble, des souches bactriennes et vecteurs utiliss et/ou construits au cours de
cette tude, est list dans le tableau ci-dessous.

Souche /
plasmide
Caractristiques
Rfrence /
origine

P. aeruginosa

PAO1 P. aeruginosa sauvage (WT)
Banin et al.,
2005
PAO1 (2)
driv de PAO1, pyoverdine et pyochline dficient (pvdD
pchEF)
Ghysels et
al., 2004
LIM05 fusion bfrB ::gfp (CTX) intgre au chromosome de PAO1 cette tude
LIM07
fusion bfrB ::gfp (CTX) intgre au chromosome de PAO1
2
cette tude
LIM08 fusion pvdA::gfp (CTX) intgre au chromosome de PAO1 cette tude
Souche FTPA
PAO1-lux-39-H3
fusion ftpA ::lux (Tn5) intgre au chromosome de PAO1,
Rcepteur de la ferripyocheline (complexe fer pyochline)
Lewenza
2005*
cette tude
LIM10
fusion pvdA::gfp (CTX) intgre au chromosome de PAO1
2
cette tude
Plasmides
pUC18T-mini-
Tn7T-Gm
Ap
R
; oriT; Gm
R
sur mini-Tn7

Choi et al.,
2005
mini-CTX-pvdA-
GFP
Ap
R
; Tc
R
; fusion pvdA ::gfp dans mini-CTX-lacZ
Banin et al.,
2005
pUC18T-mini-
Tn7T-Gm-lux
mini-Tn7 pour la construction de fusions luxCDABE
Choi et al.,
2005
pPROBE-GT Gm
R
; gfp; pour la construction de fusions gfp
Miller et al.,
2000
pTNS1 Plasmide helper pour la transposition de Tn7
Choi et al.,
2005
mini-CTX-bfrB-
GFP
Ap
R
; Tc
R
; fusion bfrB ::gfp dans mini-CTX-lacZ Cette tude

Tableau 5 : Construction des biosenseurs
1

1
Rsistance : Gentamycine (Gm
R
), Ampicilline (Ap
R
), Tetracycline (Tc
R
)
64
Prparation des milieux et conditions de culture
Les cultures bactriennes ont t ralises en milieu Luriani Broth (10 g/l NaCl, 10 g/l
bacto-tryptone, 5 g/l extrait de levure, pH=7) 37C. Si ncessaire, le milieu est additionn
d'ampicilline (100 mg/l) et/ou de gentamycine (30 mg/l) et/ou de ttracycline (100 mg/ml)
pour les cultures de P. aeruginosa.
Pour les mesures de fluorescence, P. aeruginosa a t cultive dans du milieu DCAA (5
g/l casamino-acid trait par Chelex 100 pendant 24h, filtr, strilis, puis additionn de
MgCl
2
(0,4 mM) et le cas chant daliquotes fabriques partir dune solution mre FeCl
3

(0,1 M). Alternativement, les mesures ont t ralises en milieu minimum (KCl 50 mM,
MgSO
4
0,8 mM, CaCl
2
0,8 mM, KH
2
PO
4
0,3 mM, (NH
4
)
2
SO
4
8 mM, citrate de sodium 2 mM,
MOPS 50 mM pH6,5, FeSO
4
30 M, glucose 2 g/l).

Manipulation dADN et techniques gntiques
Toutes les techniques de biologie molculaire utilises au cours de cette tude
(techniques de PCR, purification de fragments dADN, extraction et purification dADN
plasmidique et gnomique, digestion par des enzymes de restriction, de phosphorylation,
ligation, transformation et lectroporation dE. coli) ont t ralises selon des protocoles
standards (Sambrook et al., 1974). P. aeruginosa a t transforme par
lectroporation selon la mthode de Choi et al., (2006). Linsertion de drivs de mini-
Tn7 dans le chromosome de P. putida a t ralise par conjugaison ttraparentale selon la
mthode dcrite par Choi et Schweizer (2006).

2. MATERI ELS
2. 1. MATERI ELS EXPERI MENTAUX

Lapproche exprimentale est base sur lutilisation de Batch agits. Le systme
permet de favoriser les interactions entre les matriaux ainsi que de quantifier les faibles
altrations en solution (effet de concentration dans un volume ferm). Dautre part, ce choix
exprimental a t fait pour mieux caractriser les effets en milieu gologique profond o les
processus de transport sont faibles (diffusion trs lente ~10
-13
m.s
-1
) do la non utilisation
lourde de systmes en cintique en prsence de bactries.

Deux types de racteurs sont utiliss selon les expriences recherches (Figure 29).
Racteurs en tflon: expriences altration argileuse
Racteurs en verre: expriences daltration des oxydes ou seulement
observation de la rduction du Fe(III).
La presence de silice dans le verre empche lutilisation de ces racteurs pour les
expriences daltration avec les matriaux phyllosilicats tels que les argiles. Les racteurs
en verre sont utiliss seulement pour les expriences de corrosion (les oxydes de fer ou le
fer mtal).
65

Figure 29 : Photos des deux racteurs en tflon et en verre. 2 sorties avec septum permettent de crer
des conditions rductrices (balayage gazeux) et de raliser des prlvements de gaz et de solution au
cours du temps, de faon strile.
Le matriel argileux soit en poudre disperse (chapitre 3, partie A) soit en volume
compartiment GIH-Nontronite , (chapitre 3, partie B) est utilis dans les expriences
daltrations argileuses.

Largile sous forme de poudre :

Argilite de Tournemire
Smectite : Beidellite frrifre ; Montmorillonite MX80.
Illite du Puy PyOR2
Kaolinite BT

Largile sous forme volumique compartimente.

Nontronite Nau2

Synthse GIH - nontronite (protocole + caractristique) :

La suspension de nontronite Nau2 a t immobilise dans une matrice inorganique
rticule de silice utilisant une technique sol-gel. Pour cela, un prcurseur liquide
(gnralement alkoxysilane) est tout dabord hydrolys. L'hydrolyse est alors suivie d'une
polycondensation, ce qui mne une transition sol-gel. Cet tat souple, permet le mlange
de composants divers lintrieur avec des concentrations varies de particules minrales
dans ce gel. Cependant les particules minrales doivent tre ltat soluble afin de favoriser
lhomognisation lors de la polymrisation du gel. Dans cette tude, le
tetraethylorthosilicate (TEOS, 99,99%, Fluka) a t employ comme prcurseur liquide
en raison de son taux de raction relativement lent et contrlable. La solution silicate a t
prpare par sonication (55 kilohertz) d'un mlange de TEOS, d H
2
0 et d HCl (0,1 N) avec
un rapport de volume de 1 : 0.2 : 0,12 40C jusqu ' ce quune solution claire soit obtenue.
La suspension de nontronite a t ensuite mlange une solution de silice de rapport
volumique (4.35:10) afin d'avoir une concentration de particules 4.35g/l de nontronite dans
chaque Gel Inorganique Hybride (GIH) de 1ml volumique. Ceci correspond une quantit de
Fe dans chaque GIH-nontronite gale 45mol. Avant l'incorporation de nontronite, le pH
de la solution de silice a t ajust pH 4 utilisant une solution de NaOH (0,1 N) pour viter
66
la dissolution minrale des nontronites, et a t ensuite augment pH 5 pour acclrer
l'auto-condensation et la transition sol-gel. La solution de silice hybride de nontronite (300ml)
a t distribue dans les plaques striles de 96 puits de 1.5ml chacun (Deepwell) et laisse
pendant 10 minutes la temprature ambiante pour la condensation des gels. Les silica-gels
hybrides ont t alors striliss par autoclave dans la solution synthtique pendant 30
minutes 110C, et stocks dans l'eau pour viter le rtrcissement jusqu' leur utilisation.
La coloration homogne des GIH-nontronite (Figure 30, photo B) montre que les particules
de nontronites sont bien disperses dans le gel de silice. Les observations microscopiques
des gels (non montres) n'ont indiqu aucun agrgat des particules de nontronite. Ltat des
nontronites peut tre considr comme une suspension collodale lchelle du pore. La
caractristique de gel de silice du GIH-Nontronite lui donne dexcellentes proprits optiques
et une porosit homogne (40 100nm) empchant toute possibilit de migration aux
bactries dans le GIH. La synthse dinternalisation dun GIH-nontronite dans un second GIH
se fait de la mme manire sauf que le pH nest pas augment 5 mais 4, 2 afin de
permettre une condensation plus lente favorisant le maintien dune structure unique par la
formation de liaisons entre la phase liquide et le solide (Figure 30, photo C).

Figure 30 : La photo A reprsente la synthse dun Gel Inorganique Hybride (GIH) sans incorporation de
nontronite, la photo B reprsente le GIH synthtis en prsence de nontronite Nau2 et la photo C
reprsente une coupe transversale du GIH - nontronite encapsul dans un second GIH afin denlever
laccessibilit du Fe(III) nontronite pour les bactries par simple contact de surface du matriau.

67
Schmatisation des expriences Batchs : Bactries Argile Fe(0), (Figure 31)

Figure 31 : Schma exprimental gnral des expriences dinteraction entre des phases argileuses et
des bactries et/ou du Fe(0). Le donneur dlectrons, lacide organique, peut tre remplac par lH2 selon
les expriences. Dans les expriences de biocorrosion, largile est enleve ou substitue par des oxydes
de fer de type magntite ou hmatite.

2. 2. MATERI ELS ANALYTI QUES

Les moyens mis en uvre ont pour finalit lidentification et le suivi de limpact de
lactivit microbiologique et de ses consquences sur la rponse gochimique du milieu.

2.2.1. Mesures des activits microbiologiques
Lvolution de lactivit microbiologique est dcrite dans cette tude comme un catalyseur
ractionnel de la ractivit globale du systme. Lactivit de ce catalyseur est suivie par :

Comptages bactriens
Lvolution de la densit cellulaire a t dtermine par des comptages de
dnombrement de colonies sur boite (milieu LB agar) ainsi que par des mesures de densit
optique de la turbidit bactrienne des milieux exprimentaux. Une calibration de la quantit
de bactries dtermine par comptage sur boite et la densit optique correspondante pour
1- Argile + solution minrale
2- Argile + solution organique
3- Argile + solution organique +
bactries vivantes
4- Bactries vivantes + solution
organique + fer mtal
bactries irradies + fer mtal
bactries vivantes + fer mtal
Analyses
Bouchon septum pour
garder les conditions
anoxiques du milieu
Lactate
H2
Fer (II) sorb
HPLC
Chromatographie gaz
HCl /Ferrozine
Comptages bactriens
(pifluorescence)
pH, Eh, COT
Spciation Fe(II)/Fe(III);
analyses cations (ICP AES)
IR
DRX
MEB, MET, Mssbauer
CEC
tude cintique
tude altration
Expriences
Dure
0 - 15 jours
1 et 3 mois
Racteur Nalgne
Utilis 37C et 70C
Ciel gazeux
Milieu Mclay
+ bactries
Fer mtal
Argiles (poudres
ou GIH)
Prlvement gaz
Prlvement
liquide
Activits
bactriennes
1- Argile + solution minrale
2- Argile + solution organique
bactries vivantes
4- Bactries vivantes + solution
organique + fer mtal
bactries irradies + fer mtal
bactries vivantes + fer mtal
Analyses
Bouchon septum pour
garder les conditions
anoxiques du milieu
Lactate
H2
Fer (II) sorb
HPLC
Chromatographie gaz
HCl /Ferrozine
Comptages bactriens
(pifluorescence)
pH, Eh, COT
Spciation Fe(II)/Fe(III);
analyses cations (ICP AES)
IR
DRX
MEB, MET, Mssbauer
CEC
tude cintique
tude altration
Expriences
Dure
0 - 15 jours
1 et 3 mois
Racteur Nalgne
Utilis 37C et 70C
Ciel gazeux
Milieu Mclay
+ bactries
Fer mtal
Argiles (poudres
ou GIH)
Prlvement gaz
Prlvement
liquide
Activits
bactriennes
68
chaque espce bactrienne est ralise. Ceci dans le but dintroduire une quantit de
bactries homogne ~10
7
bactries/ml dans les racteurs exprimentaux.
La viabilit et le comptage des cellules bactriennes ont t vrifis en utilisant un
dnombrement direct par pifluorescence. Ce mode dobservation en lumire incidente au
microscope requiert lutilisation dun mlange de deux fluorochromes spcifiques qui se
fixent sur le matriel gntique de la bactrie. Le fluorochrome Syto 9 (sondes molculaire,
Eugene, OR, Etats-Unis) qui se fixe aux acides nucliques des bactries (vivantes et mortes)
fluoresce en vert et l'iodure de propidium (Sigma-Aldrich, Steinheim, Allemagne) qui pntre
seulement dans les bactries ayant des membranes endommages (cellules mortes)
fluoresce en orange. Liodure de propidium rduit laction du Syto 9 permettant ainsi de
discriminer les bactries vivantes de celles qui sont mortes. Cette mthode a t plus
particulirement utilise afin de suivre la viabilit des bactries dans nos expriences
(en prsence dargile ou de fer mtallique-oxyde, ou en fonction de la concentration
en Fe
2+
en solution).
Le protocole est bas sur les kits bactriens de viabilit de LIVE/DEAD BacLight
TM

Il sagit de mlanger 20 L du mlange de fluorochromes et 20 L de lchantillon. Le
mlange est ensuite incub lobscurit pendant 15 minutes. 20 L du mlange sont placs
entre lame et lamelle (mthode tat frais), et sont observs directement au microscope
pifluorescence (filtres spciaux) lobjectif 40. Le comptage des bactries seffectue sur
plusieurs champs afin de faire une moyenne statistique de la population bactrienne (environ
10 champs). Le nombre de bactries par mL dchantillon est dtermin partir du volume
(20 L) ncessaire pour recouvrir toute la surface de la lamelle ainsi quen prenant en
compte la surface dun champ au microscope optique et le nombre moyen de bactries par
champ.

Mesure du donneur dlectrons : substrat organique
Glucose
Si le glucose est utilis comme donneur dlectrons, sa consommation peut tre suivie
grce un glucose-mtre (EBIO Compact Eppendorf), la technique de dosage utilise
repose sur une mthode enzymatique par dosage de leau oxygne aprs action dune
enzyme, la glucose-oxydase. Celle-ci est fixe sur une membrane (Biosen), leau oxygne
est dose par conductimtrie, le courant est proportionnel la concentration en glucose.
20L dchantillon liquide sont ncessaires pour le dosage.
Lactate
Si le lactate est utilis comme donneur dlectrons, sa consommation par les bactries
est suivie par chromatographie liquide haute performance, HPLC, (Varian 9050). La
solution de lchantillon est lue via une solution H
2
SO
4
0.01N travers une colonne
MetaCarb 67H qui permet de sparer les acides organiques selon leur taille et leur charge
puis la dtection des acides prsents est ralise par absorbance UV visible.

Mesure des gaz par chromatographie phase gazeuse (CPG)
La composition en gaz de H
2
, N
2
, CO
2
est suivie au cours du temps par chromatographie
en phase gazeuse. Le suivi de lhydrogne, consomm ou produit par la bactrie est un des
paramtres cls de notre tude. Un contrle de labsence doxygne est galement effectu.
Lappareil utilis est un chromatographe phase gazeuse compos de trois colonnes (voie
1 : tamis molculaire, dtection de lazote et loxygne, voie 2 : porapak, dtection du
dioxyde de carbone, voie 3 : tamis molculaire, dtection de lhydrogne). Le gaz porteur est
compos dazote (voie 3) ou dhlium (voie 1 et 2). La dtection est effectue par une
mthode catharomtrique (comparaison des conductivits).
69
Mesure de lactivit hydrognase : change H2/D2, activit du biocatalyseur
Lactivit hydrognase est dtermine grce la technique de lchange hydrogne-
deutrium. (Vignais et al, 2002). Le deutrium est utilis ici comme substrat des
activits enzymatiques bactriennes. Le but est de suivre la consommation du D
2
et
production de H
2
et HD au cours du temps. Cette technique utilise un spectrophotomtre de
masse, les pics suivants sont observs pour les diffrents gaz prsents: [HD] : m/e=3, [H
2
] :
m/e=2, [D
2
] : m/e=4, [O
2
] : m/e=32, [CO
2
] : m/e=44. Lamplitude du signal mesure en
ampres est directement proportionnelle la concentration des gaz prsents. La
consommation de H
2
peut tre superpose lchange Hydrogne-Deutrium.

Au cur de lenzyme, on assiste aux ractions suivantes (E reprsente lenzyme) :
D
2
+ E E: D
-
+ D
+

E-D
-
+ H
+
E + HD
HD + H
+
H
2
+ D
+

E + H
2
E: H
-
+ H
+

Chaque change isotopique avec D
2
comme substrat conduit la formation dune
molcule de HD, et chaque change isotopique avec une molcule de HD conduit la
formation dune molcule de HD ou H
2
avec une probabilit 0,5.

Soit = [HD] + [H
2
] + [D
2
] la concentration totale en hydrogne molculaire.
reprsente la consommation en Hydrogne des bactries ( <0).

Soit , le ratio isotopique de D dans le gaz en pourcentage est calcul comme suit:
=
[H2]) [HD] ([D2]
0,5[HD] [D2]
+ +
+

La drive du ratio isotopique est proportionnelle la vitesse dchange et donc
lactivit hydrognase. Cette valeur est utilise afin de caractriser lactivit hydrognase
dans les expriences.

Protocole :

Les racteurs sont, dans un premier temps, balays au gaz avec 100% de deutrium
[D
2
]. Une surpression de 120 mbar est applique sur chaque racteur ds que lquilibre de
solubilit de D
2
est atteint. Lanalyse des gaz de chaque racteur est ralise par un
spectromtre de masse qui est initialement balay largon avant linjection des gaz
chantillonns. Ensuite, 0,5 mL de gaz sont prlevs dans chaque racteur et injects
travers le septum du spectromtre de masse pour ionisation des lments et dtection de la
masse des lments prsents.

2.2.2. Altration des phases minrales : mesures chimiques

Mesure des cations en solution
Les solutions ont t analyses en utilisant la Spectroscopie d'Emission Atomique
Plasma couple inductible (ICP-AES Jobin Yvon ultra-trace 2000) avec une incertitude de
5%, afin de dterminer les concentrations en cations existant initialement dans les matriaux
argileux et en solution ainsi quaprs raction microbiologique tels que : Si, Al, Fe, Ca, Mg,
Na, K. La solution exprimentale est prleve (2 ml) et filtre 0.2M afin dliminer les
70
particules solides et biologiques de la suspension puis acidifie (3% V/V dHNO
3
-
) avant
dtre analyse.

Bilan sur le fer

La rduction bactrienne du Fe(III) structural des matriaux argileux ou des oxydes va
entrainer une repartition du fer dans diffrents rservoirs, tels que le fer en solution, le fer
prcipit en de nouvelles phases minrales, le fer adsorb sur des surfaces minrales
principalement sur les argiles ou encore absorb comme nutriment par les bactries. Le fer
ingr par les bactries na pas t quantifi mais il est non significatif compar aux autres
rservoirs de fer. Diffrentes techniques sont dcrites ci-dessous afin de dterminer la
proportion de Fe
2+
/Fe
3+
dans les phases minrales argileuses ansi que la part du fer rduit
(Fe
2+
) aprs rduction par les activits bactriennes ferrirductrices :
Minralisation HF et spciation du fer dans les phases minrales argileuses

Le but est de mesurer dans les argiles et argilites le ratio Fe
2+
/Fe
3+
et le Fetot
La solution de minralisation est compose: 1ml de 48% de HF, 6ml de 3.6N H
2
SO
4
et 1 ml
de 10% 1,10 phenanthroline dans 95% dthanol.
Gamme talon utilise : Sel de Mohr Fe(NH
4
)
2
(SO
4
)
2
6H
2
O calibration de 0 8g/ml
Nombres dchantillons : 5 rplicas
Protocole: Daprs Stucki and Anderson (1981) et Komadel and Stucki (1988)

Les chantillons sont dissous et chauffs pendant 30 min bullition dans une solution
contenant 1ml de 48% de HF, 6ml de 3.6N H
2
SO
4
et 1 ml de 10% 1,10 phenanthroline dans
95% dthanol. Quand la dissolution est termine, 10 ml dune solution dacide borique 5%
sont ajouts afin dliminer lexcs dHF. La solution rsultante est ensuite dilue dans une
fiole de 100ml deau, porte bullition et ensuite agite. Le Fe
2+
est dtermin en
transfrant 10ml daliquote dans une seconde fiole de 100ml en ajoutant 4ml dune solution
10% de citrate de sodium. La fiole est mise ensuite lobscurit afin dviter la photo
rduction de phen-Fe
3+
. Labsorbance est dtermine aprs 30 60 min de raction
510nm et rfre une gamme standard prpare dans les mmes conditions.
Le Fe(tot) est dtermin en transfrant 5ml daliquote de la 1ere fiole dans une troisime
fiole de 100ml contenant 2ml de citrate de sodium 10%. 2ml NH
2
OH-HCl sont ajouts et le
reste est dilu dans de leau porte bullition. Labsorbance est mesure par ICP-AES
quip dune chambre de nbulisation en tflon.
Mesure de la spciation du fer total en solution (Fe
3+
/Fe
2+
)
La mthode dcrite par Stookey (1970) permet de mesurer la quantit de Fe
3+
rduit. Il
sagit dune mthode colorimtrique (coloration la ferrozine), qui permet de diffrencier la
part de Fe
2+
(rduction bactrienne) de la part de Fe
3+
(dissolution du minral) en solution.
Elle est quantifie par une mesure au spectrophotomtre UV 562 nm. Le protocole utilis
provient dune modification par Viollier et al (2000).
Mesure du fer rduit adsorb ou prcipit : mthode colorimtrique, (spciation et
extraction HCl)
Cette mthode est dcrite par Kostka et al (1999). Elle permet dextraire le Fe
2+
qui a t
rduit biologiquement et qui est prcipit ou sorb sur les surfaces minrales argileuses. En
effet, la prcipitation des ions en solution est favorise par les changes dions au sein de la
structure de largile. Les Fe
2+
prcipits sur le matriau argileux sont remis en solution par
un traitement avec 0.5N HCl et peuvent ensuite tre doss avec la mthode prcdemment
71
dcrite. Les oprations de traitement et de mesure du Fe sont ralises sous hotte
anarobie afin dviter la roxydation des Fe
2+
en conditions arobies.
La quantit totale de fer rduit est donne par la relation :
Fe rduit total = Fe rduit en solution + Fe rduit aprs prcipitation

Mesure des anions en solution
Les espces en solutions anioniques (PO
4
2-
, SO
4
2-
, NO
3
-
et HCO
3
-
) essentielles au
dveloppement bactrien sont doses par colorimtrie par spectromtrie UV-Vis.

- Le dosage colorimtrique de lalcalinit est effectu = 590 nm. Le principe dtaill de
la mthode utilise est dcrit par Podda F. et Michard G., Acad. Sc., Paris, 319, srie II,
651-657 (1994). Trois rplicas sont raliss par mesure.
- Le dosage colorimtrique des nitrates est effectu =520nm. Le principe dtaill est
dcrit par le KIT dosage (VWR Spectroquant 1.14773.0001). Dans lacide sulfurique
concentr, les ions nitrates forment avec un driv de lacide benzoque un compos
nitr rouge qui est dos par photomtrie =520nm. Les ions nitrites sont limins par
lajout dacide amidosulfurique. Trois rplicas sont raliss par mesure.
- Le dosage colorimtrique des orthophosphates est effectu =712nm. Le principe
dtaill est dcrit par le KIT (VWR .1.11138.0001). Dans une solution sulfurique, les
ions orthophosphates (PO4
3-
) forment avec les ions heptamolybdates de lacide
phosphomolybdique, qui est ensuite rduit par lacide ascorbique en bleu de
phosphomolybdne. Ce compos est dos par photomtrie =712nm aprs talonnage.
Trois rplicas sont raliss par mesure.
- Le dosage colorimtrique des sulfates est effectu =590nm. Le principe dtaill est
dcrit dans le KIT (VWR 1.14411.0001). Liodate de baryum ragit avec les ions
sulfates en milieu aqueux organique pour former des ions iodates et un prcipit blanc de
sulfate de baryum. En prsence de tanin, les ions iodates forment un compos color
rouge-brun. Lintensit de la coloration est proportionnelle la quantit dions iodates et
donc la quantit dions sulfates. Trois rplicas sont raliss par mesure.

2.2.3. Caractrisation et altration des phases minrales : analyse des solides

En fin dexprience, les racteurs sont introduits sous une hotte anarobie (90% N
2
, 5%
H
2
et 5% CO
2
) afin dviter toute roxydation des matriaux rduits. Les matriaux sont
extraits des racteurs par centrifugation et limination du surnageant puis ils sont
pralablement schs sur papier filtre dans la hotte anarobie avant dtre lyophylis. La
poudre rcupre est ensuite broye et est caractrise par diffrentes techniques
analytiques :
DRX (Diffraction des rayons X)
Des chantillons de roche (argileuse ou doxydes de fer) ont t caractriss avant et
aprs altration microbiologique, par Diffraction des Rayons X (DRX). la fin de chaque
exprience, les solides ont t lavs soigneusement deux fois avec 50 ml d'eau ultra-pure.
La boue de la suspension finale a t soit :
dpose sur des lames en verre ddies lanalyse DRX et sche l'air dans la
hotte anoxique ou au glycol (pour homogniser les diffractions par un gonflement
maximal des smectites) pour permettre une orientation favorable des particules et
une diffraction efficace.
sche par lyophilisation puis broye pour en faire une poudre fine pour une
analyse par DRX standard.
72
Des balayages de DRX ont t enregistrs entre 2 et 402 (temps de comptage de 2s
par angle de 0.022 ) avec un diffractomtre de type Bruker D8 (source de rayonnement
de Cu 40 kilovolts et 40 mA) quip d'un miroir de Gbel et d'un dtecteur Sol-X.

MEB (Microscopie lectronique balayage)
La microscopie lectronique balayage (SEM) a t utilise afin dobserver les
matriaux initiaux ainsi que les produits daltration des ractions bactries / minraux
lchelle micromtrique. Lexamen au MEB Philips XL 30 et des analyses EDX ont t
raliss avec un dtecteur Si-Li large fentre (Oxford Instrument). Des analyses semi-
quantitatives ont t ralises en utilisant le logiciel INCA-Oxford Instrument fournissant le
pourcentage atomique total pour chaque analyse.

MET (Microscopie lectronique transmission)
La Microscopie lectronique transmission (TEM) t utilise afin didentifier l'volution
des compositions initiales des matriaux argileux aprs interaction avec les microorganismes
frri-rducteurs lchelle nanomtrique. L'volution structurale et chimique des roches et de
quelques phases minrales primaires et secondaires a t observe et analyse par TEM.
Les chantillons sont dilus dans une solution deau ultra-pure puis, lchantillon solide de la
suspension finale a t dpos sur les 200 mailles de carbone que composent les grilles de
Cu consacres au TEM puis sch l'air pendant 24 H. Les observations ont t effectues
par un microscope lectronique transmission, JEOL FX 2000, 200 kilovolts avec une
rsolution point par point de 2,7. Des analyses EDX ont t excutes avec un dtecteur
Si-Li large fentre (Oxford Instrument) et laide dune fentre atmosphrique fine
(SATW) de fente de 30 mm. Des spectres ont t acquis en mode convergent, en une
minute avec un temps de mort < 20% et un nombre global de coups entre 500 et 2000. Des
analyses semi-quantitatives ont t ralises avec le logiciel NCA-Oxford Instrument
fournissant le pourcentage atomique total pour chaque analyse. Des formules structurales
moyennes ont t tablies sur l'ensemble d'analyses de cristallite choisies sans
contamination de minraux accessoires.

Capacit dchange cationique (CEC)
La capacit d'change cationique a t mesure sur les matriaux argileux avant et aprs
intraction bactrienne en utilisant un complexe d'thylne-diamine de Cuivre selon
Bergaya et al (1997) afin de dterminer l'influence microbienne sur les proprits des
argiles telles que la rtention des cations sur les smectites (Perronnet et al., 2008).
Les rsultats sont bass sur une moyenne de 3 rplicats pour chaque chantillon.

Mesure de la diffusion par microscopie confocale dans les GIH-nontronite
La microscopie confocale est utilise pour mesurer la diffusion de deux sondes ioniques
utilises comme des traceurs chromophores (hydrophile SR6G et hydrophobe SRB,
SulfoRhodamine B) par fluorescence dans les GIH-nontronite. Les deux chromophores sont
dilus au 1/100
me
en millieu aqueux. Le GIH-nontronite est fix dans une coupelle en verre
contenant de leau milliQ (2mL) par un dispositif artisanal contenant un cne plastique et un
bouchon septum (Figure 32). Le but tant dimmobiliser le GIH-nontronite contre la paroi en
verre et de suivre la diffusion des chromophores au sein des gels. Pour cela, 0,5mL de la
solution de chromophores est ajout de faon homogne dans la solution deau milliQ. La
diffusion des sondes ioniques dans les gels est calcule travers un modle T90 = k. L2/De
avec k = 1.03 (symtrie cylindrique) ; diffusion effective (De) exprim en 10
-8
cm
2
/s.

73

Figure 32 : Systme permettant de suivre la diffusion des sondes ioniques dans le GIH par microscopie
confocale.
Mesure ptro-physique de largilite
Les carottes dargilites de diamtre 10 cm pour environ 35 cm de long ont t scies sur
site aprs le forage. Les paramtres suivants ont t mesurs sur site : la porosit totale, la
teneur en eau volumtrique, la teneur en eau gravimtrique et le degr de saturation en
fonction de la distance du forage (Matray et al., 2007). La masse totale des
chantillons humides (Mtot) a t mesure juste aprs le sciage. Puis, le volume apparent
des chantillons humides (Vtot) a t dtermin par le principe dArchimde, en pesant le
dplacement du ptrole (kerdane) avec un kit de mesure de densit (Sartorius YDK 01),
daprs la mthode dtaille dans Monnier et al.,1973. Cette dtermination exige (i) de
saturer l'chantillon en ptrole juste aprs la mesure de Mtot, (ii) de dterminer le rapport
entre la densit de kerdane et de connaitre la temprature (iii) des mesures supplmentaires
parmi lesquelles la masse de l'chantillon humide lair aprs saturation en huile (Wa) et la
masse tmoin aprs immersion en ptrole (wp). Les prises ont t alors sches au four
105C et 150C jusqu' la stabilisation (c.--d. aprs 2 4 jours pour chaque temprature)
pour mesurer leur masse respective M105, M150. To utes les masses ont t dtermines
sur place avec la mme chelle prcise (OHAUS, type Aventurier AR3130 ayant une
rptabilit de 0,001 g pour les masses s'tendant entre 0 et 310 g).

Spectroscopie Mossbaer (
57
Fe)
Leffet Mssbauer consiste en labsorption rsonnante de rayonnement gamma par le
noyau de llment chimique tudi. Le noyau interagit avec les champs lectrique et
magntique crs par son environnement. Les niveaux nuclaires sont donc perturbs
(leve de dgnrescence partielle ou totale) et des transitions entre les sous-niveaux des
tats fondamental et excit sont induites. Cette technique permet ainsi de distinguer
prcisment et de quantifier les diffrents types de fer selon la nature de leur environnement
et de leur tat de valence. Les spectres Mssbauer
57
Fe enregistrs pour lchantillon
dargilite de Tournemire ont t raliss au LCPME (Villiers-ls-Nancy, France) la
temprature de 150K. Le traitement des spectres est numrique. Une dcomposition est
ralise en utilisant des bandes lorentziennes positions, largeurs et intensits variables
(Benali et al., 2001). Cet ajustement permet de quantifier la proportion de diffrents
"types de fer" caractriss par leur valence et leur environnement chimique. Il est possible de
distinguer un Fe
2+
d'un Fe
3+
, du fer en position octadrique ou en position ttradrique, du fer
prsent dans une argile ou dans un oxyde.

74

75

PARTIE I :
DEVELOPPEMENT BACTERI EN
FERRI -REDUCTEUR EN MI LI EU
GEOLOGIQUE PROFOND

76

CHAPITRE III : CARACTERISATION DES NUTRIMENTS ET DU FE(III) STRUCTURAL DISPONIBLES EN CONDITION DE
STOCKAGE

77
CHAPI TRE I I I : CARACTERI SATI ON DES
NUTRI MENTS ET DU FE( I I I ) STRUCTURAL
DI SPONI BLES EN CONDI TI ON DE STOCKAGE
Lobjectif de ce chapitre est de dterminer la concentration en lments substrats
(nutritifs ou nergtiques) disponibles pour le dveloppement bactrien ltat gochimique
initial, que ce soit en milieu argileux profond non-perturb et en conditions de stockage.
Il sagit ici de dcrire ltat passif , les espces chimiques prsentes dans le
systme ainsi que de dterminer les phases ferrifres prsentes ou susceptibles de se
former en cours de vie du stockage et potentiellement accessibles par les microorganismes
ferrirducteurs.

1. ELEMENTS NUTRI TI FS ET ENERGETI QUES DANS LES
ENVI RONNEMENTS ARGI LEUX PROFONDS
1. 1. COMPOSI TI ONS MI NERALOGI QUE ET CHI MI QUE DANS LES ARGI LI TES

Les nutriments peuvent exister sous deux tats dans le milieu : soit sous forme soluble
dans lespace poral, soit sous forme solide. Les nutriments solubles sont directement
assimilables par les bactries, en revanche pour les formes solides, les bactries doivent
mettre en place des mcanismes coteux en nergie pour utiliser des lments qui sont
limits en solution afin de se dvelopper. Afin de dterminer la disponibilit gochimique des
lments substrats pour le dveloppement bactrien en milieu gologique profond, des
prlvements sur site ont t raliss dans lAveyron au niveau dune couche argileuse,
largilite de Tournemire (Voir chapitre 1).

Le forage de largilite de Tournemire (MB2) a t entrepris en novembre 2007. Des
mesures ptrophysiques (degr de saturation et porosit) ont t ralises sur 10
chantillons prlevs diffrentes longueurs de la carotte dargilite (voir protocole, chapitre
1). Ces rsultats ont mis en vidence des htrognits de largilite (Figure 33).

STOCKAGE

78

0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
Distance from the borehole head (m)
D
e
g
r
e
e

o
f

s
a
t
u
r
a
t
i
o
n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
o
t
a
l

p
o
r
o
s
i
t
y
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone

0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
D
e
g
r
e
e

o
f

s
a
t
u
r
a
t
i
o
n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
o
t
a
l

p
o
r
o
s
i
t
y

0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
D
e
g
r
e
e

o
f

s
a
t
u
r
a
t
i
o
n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
o
t
a
l

p
o
r
o
s
i
t
y
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone

0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
D
e
g
r
e
e

o
f

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t
u
r
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t
i
o
n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
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t
a
l

p
o
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t
y
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone

0.4
0.5
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1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
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u
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n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
o
t
a
l

p
o
r
o
s
i
t
y

0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.00 7.00
D
e
g
r
e
e

o
f

s
a
t
u
r
a
t
i
o
n
0,08
0,09
0,1
0,11
0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00
T
o
t
a
l

p
o
r
o
s
i
t
y
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone
EDZ
Wet
fracture
Unaltered zone
EDZ
SAIN
Fractur

Figure 33 : Cartographie du forage MB2 et de la carotte dargile chantillonne. La porosit totale et le
degr de saturation de largilite sont reprsents en fonction de la distance du forage MB2 (2007). Les
carrs noirs et les triangles noirs reprsentent la porosit totale 150C et 105C, respectivement.

Trois zones peuvent tre distingues :
une zone fracture dsature proche de la paroi (cercle vert sur la figure), lEDZ
(Excavation Damaged Zone)
une zone saine (cercle bleu sur la figure), sature (entre 0.9 et 1) avec une
porosit moyenne stable et stablissant entre 9 et 10% pour la porosit totale.
une zone fracture humide (cercle rouge sur la figure), prsentant une forte d-
saturation (0.79 et 0.67 pour les cotes 5.20 m et 5.62 m respectivement) et une
porosit lgrement plus importante (10-11%).
Ces rsultats sont cohrents avec les valeurs de porosit obtenues sur dautres forages,
raliss dans le Toarcien suprieur la Station Exprimentale de Tournemire (Matray et
al., 2007).

STOCKAGE

79
Des chantillons de chaque zone (EDZ, SAIN, FRACTURE) ont t rcuprs et
conservs dans des sacs aluminiss sous vide afin dtre caractriss (voir protocole,
chapitre 1). La caractrisation par diffraction des rayons X des chantillons dargilites est
dcrite dans la figure 34.

Figure 34 : Spectre de diffraction des diffrents chantillons de largilite de Tournemire (Sain, Fracture et
EDZ).

Les pics caractristiques des phases minrales de largilite sont les suivants :
Chlorite : 14,2 .
Illite : 10,02 et 4,99 .
kaolinite : 7,15 et 3,57 .
Quartz (4,25 , 3,34 , 2,12 , 2,23 , 1,81 , et 1,54 ).
Calcite (3,03 , 2,49 , 2,28 , 2,09 , 1,91 , 1,87 et 1,52 ).
Feldspaths (le microcline : 3,25 , 1,99 ; lalbite : 3,20 et 3,18 ).
Pyrite : 3,12 , 2,70 , 2,42 , 2,21 , 1,91 et 1,63 .
Dolomite : 2,88 et 1,99 .
Sidrite : 2,79 .

Les rsultats des diffractogrammes des diffrents chantillons montrent peu de
diffrences concernant les phases minrales prsentes. La seule diffrence majeure est la
prsence en plus grande quantit de calcite dans lchantillon fractur humide, par rapport
aux deux autres chantillons (EDZ et Sain). Ceci peut sexpliquer par la formation de gode
de calcite dans les fractures par prcipitation, lors des alternances de saturation/d-
saturation des fractures.
EDZ
FRACTURE
SAIN
EDZ
FRACTURE
SAIN
STOCKAGE

80
Linterprtation gnrale des rsultats a amen au choix de la caractrisation dun seul
chantillon pour notre tude : la zone saine (fraction la plus homogne).

1.1.1. Composition minralogique de largilite
Largilite de Tournemire

SiO
2
S
% (%)
Cette tude 13.62 16.73 8.99 5.56 3.14 1.92 0.05 0.28 0.27 48.55 0.85 99.9
Perronnet 2004 12.25 17.6 7.3 5.7 3.1 2 0.005 0.4 0 50.5 1 99.9
Kohler 2005 15.77 16.67 9.63 4.55 2.98 1.97 0.05 0.32 0.24 47.37 0.82 100.37
MnO
%
Na
2
O
%
P
2
O
5
%
TiO
2
%
Echantillon
Tournemire
Al
2
O
3
%
% Perte
au Feu
MgO
%
K
2
O
%
Fe
2
O
3
%
CaO
%

Tableau 6 : Composition chimique en pourcentage doxydes de largilite de Tournemire
Les diffrentes tudes sur largilite de Tournemire montrent que la composition chimique
est homogne dun emplacement de ce laboratoire exprimental un autre (Tableau 6).

La proportion des phases minrales de largilite est dcrite dans le tableau 7.

Argilite
deTournemire
Minraux argileux
Illite/Smectite 25.8
Illite 21.5
Kaolinite 13
Chlorite/smectite 4.3
Minraux accessoires
Quartz 17.2
Calcite 12.8
Hmatite traces
Dolomite 0.7
Gypse
Pyrite 2.3
Sidrite 2.3
Total 99.9
Matire organique 1%
C organique /
CO2 total /
S 1.5 %
CEC (meq.100 g-1) 10

Tableau 7 : Composition minralogique (%massique) des matriaux composites (Perronnet,
2004).
La matire organique retrouve Tournemire est une matire organique considre
comme mature (niveau doxydation faible) et compose principalement de krogne dont un
hydrocarbure, lacide benzoque (Deniau et al., 2007).

STOCKAGE

81
1.1.2. Composition chimique des eaux interstitielles

Des prlvements deaux interstitielles du site argileux de Tournemire ont t raliss via
un piquage sous pression dun ancien forage TF5 (Beaucaire et al., 2008) et des
analyses de la composition chimique de cette eau ont t ralises, notamment pour les
espces anioniques, PO
4
2-
, SO
4
2-
, HCO
3
-
, considres comme indispensables en terme de
substrats nutritifs pour le dveloppement bactrien (Tableau 8).

pH Ca2+ Mg2+ Na+ K+ Cl- Si
mM mM mM mM mM mM
Cette tude 8 0.28 0.24 10.85 0.12 6.3 0.24
Beaucaire 2009 7.8 - 8.2 0.09 0.38 9.5 0.22 6.15 0.1
Fe Mn Al SO42- HCO3- PO42- COT
M M M mM mM M mg
Cette tude 0.18 0.16 0.08 0.07 8 8.4 5
Beaucaire 2009 0.1 - - 0.01 - 20 4.5 - 5

Tableau 8 : Concentration des espces chimiques des eaux interstitielles de largilite de Tournemire.

Les analyses chimiques montrent que les principaux lments nutritifs (carbone,
phosphore et soufre) sont prsents en solution des teneurs significatives.
Les rsultats chimiques et minralogiques de largilite de Tournemire montrent que la
composition du milieu permet de supporter un dveloppement bactrien : une grande partie
des nutriments et des sources nergtiques est en effet prsente que ce soit dans la solution
ou dans les phases argileuses. Toutefois, le manque de donnes pour certains lments
comme lazote soluble et la biodisponibilit de certains nutriments ou oligolments
essentiels (fer et matire organique) peuvent tre des paramtres limitants.
Dautre part, mme si les minraux peuvent tre considrs comme des sources
doligolments difficilement assimilables, la plupart des bactries sont capables de
dvelopper des stratgies pour extraire ces lments essentiels des matrices minrales en
cas de carence svre (Neilands, 1974, 1989, Barker, 1997, 1998). Ainsi, dans
le systme gologique profond, la caractrisation et la localisation des rservoirs nutritifs et
nergtiques des phases solides sont ncessaires afin dvaluer les ressources bio-
disponibles pour supporter une activit microbiologique en environnement profond et en
conditions de stockage gologique.
Donc, la caractrisation du rservoir fer et notamment la proportion de phase minrale
Fe(III) est primordiale pour dterminer le potentiel dactivit bactrien ferrirducteur.

1. 2. LOCALI SATI ON DES RESERVOI RS FER ET SPECI ATI ON DU FER DANS
LES MI NERAUX

Le fer, Fe(II) et Fe(III), est port par diffrentes phases minrales au sein de largilite. La
forme Fe(II) est retrouve dans des structures cristallines, telles que la pyrite (FeS
2
), la
sidrite (FeCO
3
) et la chlorite (Si,Al)
4
(Mg,Al,Fe(II))
6
O
10
(OH)
8
. La forme Fe(III) est retrouve
dans les structures cristallines telles que les oxydes ferriques (goethite, hmatite) et les
smectites (Si,Al)
4
(Mg,Al,Fe(III))
2
O
10
(OH)
2
principalement. La localisation et la quantification
du Fe(III) structural est essentielle pour valuer la part potentiellement accessible pour les
activits bactriennes ferrirductrices.
Une technique de minralisation lacide fluorhydrique (HF) couple un indicateur
color spcifique du Fe
2+
, la phnanthroline, a t mise en oeuvre afin de quantifier la
STOCKAGE

82
proportion de Fe(III) structural au sein des argilites (Komadel et Stucki, 1988 ;
Stucki et Anderson, 1981). Pour cela, 5 chantillons, de 200 mg chacun, dargilite de
Tournemire broye, homognise et tamise < 2m ont t utiliss afin de subir une
minralisation HF dans des pots en tflon. Les rsultats sont dcrits dans le tableau 9.

Sample 1 65,36 76,77 0,1486
Sample 2 69,97 81,48 0,1411
Sample 3 68,20 80,10 0,1486
Sample 4 67,30 78,30 0,1405
Sample 5 67,50 78,60 0,1412
Fe
2+
(mmol/l)
Fe total
(mmol/l)
Ratio Fe
3+
/Fe
total
Argilite de
Tournemire

Tableau 9 : Spciation du fer (mmol/l) dans les phases minrales de largilite de Tournemire. Le Fe
2+
en
mmol/l a t mesur par une mthode colorimtrique 510nm, le fer total par ICP-AES. Le pourcentage
de Fe
3+
= (Fe total-Fe
2+
)/Fe total.
Les rsultats des analyses chimiques montrent que largilite de Tournemire contient
entre 14 et 15% de fer sous forme de Fe(III) structural.

La localisation des phases ferrifres dans largilite a t dtermine laide de la
spectromtrie Mossbaer (Figure 35).

196000
197000
198000
199000
200000
201000
202000
203000
204000
205000
-3 -1 1 3 5
I
c
a
l
c

(
m
V
)
V (mm/s)
D1
D2
D3
D4
D5
D6
Doublet site:

Figure 35 : Spectres Mossbaer de largilite de Tournemire.

STOCKAGE

83
Les rsultats des spectres indiquent la prsence de diffrentes phases minrales ferrifres
(Tableau 10).

Tournemire brut
Doublet site
CS (mm/s) /Fe QS (mm/s) AR (%)
Phases
correspondantes
D1 1.21 1.7 14 Sidrite
D2 0.93 2.58 9 Chlorite FeII
D3 1.28 2.73 4 Illite. FeII
D4 0.33 0.59 47
Pyrite + FeIII
montmorillonite
D5 0.30 0.5 3 FeIII argile
D6 1.13 2.65 23 Chlorite FeII

Tableau 10 : Phases minrales ferrifres prsentes dans largilite de Tournemire et dtermination semi-
quantitative des phases Fe(III).
Ces rsultats montrent que le Fe(III) est localis dans les phases minrales argileuses,
principalement de type montmorillonite. La prsence de Fe(III) est retrouve dans au moins
deux de phases minrales argileuses distinctes, alors que les quantits prsentes dans les
phases de type chlorite ou dans les oxydes de fer de types goethite ne semble pas tre
significatives.

Ainsi, le Fe(III) est prsent hauteur denviron 14% du fer total dans les argilites de
Tournemire (matriau utilis dans cette tude) et est principalement localis dans des
phases argileuses de type smectite.

A partir des rsultats danalyses des nutriments et des phases ferriques retrouves dans
largilite, une estimation du dveloppement potentiel de bactries ferrirductrices a t
ralise via une approche thorique.

1. 3. DEVELOPPEMENT BACTERI EN FERRI REDUCTEUR : APPROCHE
THERMODYNAMI QUE ET NUTRI TI VE

Lapproche utilise ici pour dterminer le dveloppement bactrien ferrirducteur
potentiel dans les environnements argileux profonds est fonde sur les aspects nutritifs et
nergtiques :

un inventaire gochimique, dans le but de fournir des informations sur les
lments nutritifs dans les eaux interstitielles mesures au sein de largilite.
les ractions thermodynamiques favorables pour les processus doxydorduction
du mtabolisme bactrien, notamment la prsence en Fe(III) structural.

Le calcul ralis est un calcul statique qui ne prend pas en compte les flux de
nutriments : il minimise donc le dveloppement bactrien potentiel. Il est cependant calcul
pour des conditions thermodynamiques 80C afin de rester dans une approche
reprsentative du stockage gologique.
Le concept tudi correspond une fraction volumique de largilite de Tournemire au niveau
de lEDZ (~10% de porosit dans notre tude et jusqu 20% de porosit dans la littrature
(Beaucaire et al., 2009)). Le systme est donc dimensionn pour 1 dm
3
de roche et
STOCKAGE

84
comprend une fraction solide sature 20% de porosit afin de maximiser lapport de
nutriments. Le bilan global de nutriments est ralis dans leau interstitielle du site
lexception du Fe(III) qui se trouve essentiellement dans la phase solide.

Nutriments disponibles et hypothses de calculs

Les donnes dentres pour le calcul de biomasse proviennent des mesures effectues
sur les eaux interstitielles et sur la roche argileuse du site de Tournemire.
Cependant, lazote na pas pu tre mesur dans les analyses chimiques. Les donnes de
la littrature (Vinsot et al. 2008) ont t utilises, soit une teneur en ammonium de
2,11.10
-4
mol.L
-1
(Eau du Callovo-Oxfordien).
De plus, la matire organique a t caractrise uniquement sous forme de carbone
organique total : cest le seul donneur dlectrons disponible dans le systme milieu argileux
profond. Afin de simplifier les donnes dentre sur ce paramtre, la matire organique est
assimile un acide organique : lactate.
Le Fe (III) structural a t identifi dans largilite de Tournemire, principalement dans les
matriaux argileux hauteur de 14% du fer total. La masse de Fe(III) quivalente dans
largilite est dtermine partir de la masse solide, contenue dans le volume de 1 dm
3
de
roche. Avec une valeur de densit de largilite de 2,75 g/m
3
, le Fe(III) est quantifi hauteur
de 17 g pour 2,2 kg dargilite. Les donnes sont rcapitules dans le Tableau 11.

Solide
SO
4
2-
HCO
3
-
PO
4
2-
NH
4
+
Actate Fe
3+
Argilite 1,00E-04 8,00E-03 8,40E-06 2,11E-04 2,10E-04 3,14E-01
Aqueux
Concentration en
lement (mol/l)

Tableau 11: Composition en lments substrats essentiels pour le dveloppement bactrien.
Le mtabolisme nutritif permet de fournir la matire aux microorganismes. Les substrats
consomms sont essentiellement transforms en biomasse microbienne. D'un point de vue
chimique, la biomasse microbienne est principalement constitue des lments suivants :
Carbone, Hydrogne, Oxygne, Azote, Phosphore et Soufre. On peut retenir pour la
biomasse aquatique la formule chimique moyenne suivante : C
5
H
7
O
2
N
0,75
P
0,05
S
0,025
(Grogan et Mac Kinley, 1989).

Approche thermodynamique des ractions microbiennes et biomasse

Ractions mises en jeu : Oxydation de lacide actique / rduction du Fe(III)
CH3COO
-
+ 4 H2O 2 HCO
3
-
+9H
+
+ 8e
-

Fe
3+
+ e
-
Fe
2+

Par convention, nous reprsenterons ici toutes les demi-ractions sous la forme de
ractions de rduction, normalises pour un lectron chang. Ainsi si lon considre les
deux demi-ractions cites ci-dessus, avec les enthalpies libres qui leur sont associes :
1/n1 Ox1 + e- 1/n1 Red1 G1 (en kJ.mol
-1
de
-
)
1/n2 Ox2 + e- 1/n2 Red2 G2 (en kJ/mol
-1
de
-
)

STOCKAGE

85

Lenthalpie libre associe la raction complte est :
1/n1 Red1 + 1/n2 Ox2 1/n1 Ox1 + 1/n2 Red2 G= G2 - G1 (en kJ.mol
-1
de
-
)

Les nergies des demi-ractions doxydation sont galement frquemment donnes
dans la littrature en chelles dintensit doxydorduction (note pe) ou de potentiel
doxydorduction (not E
H
), relies par les relations suivantes :

G = ln(10).(pe
1
- pe
2
) = F.(E
H1
E
H2
)

avec les dfinitions suivantes :
R : constante des gaz parfaits (= 8,314 J.K
-1
.mol
-1
)
T : temprature (en K)
F : constante de Faraday (= 96490 C.mol
-1
)
pe : intensit doxydorduction (adimensionnelle)
E
H
: potentiel doxydorduction (en V)

Pour une temprature de 25C, la relation ci-dessus devient :
G = 5,71.RT.(pe
1
- pe
2
) = 96,5.(E
H1
E
H2
) en kJ.mol
-1
de
-
chang

Ainsi la raction biotique considre et sa variation denthalpie libre 80C associe est

CH
3
COO
-
+ 8Fe
3+
+ 4 H
2
O 8Fe
2+
+ 2 HCO
3
-
+ 9H
+
(1)

Avec, G= -70.7 kJ/mol dlectron transfr (Hanselmann, 1986; Amend et
Shock 2001).

Par convention, les ractions doxydorduction dont lenthalpie libre est infrieure 15
kJ.mol
-1
dlectron chang seront considres comme non exploitables par les
bactries (rendement nergtique insuffisant). Dautre part, lnergie ncessaire la
raction de synthse dun gramme de biomasse dans cette tude est :
0
w
G = - 64 kJ.mol
-1

de
-
, valeur standard (Thauer et al., 1977; Thauer et Morris 1984).

Ainsi, la raction doxydation de lacide actique couple la rduction du Fe
3+
(1)
des minraux est une raction favorable nergtiquement pour les activits
bactriennes.
Dautre part, les conditions redox (Eh) du systme argileux profond sont aussi
favorables aux ractions de rduction du Fe(III) par les microorganismes ferri-
rducteurs. Les simulations de la chimie des eaux interstitielles dans les argilites
estiment un Eh entre -140 mV et - 170 mV (Gaucher et al., 2006).

STOCKAGE

86
Estimation de la production de biomasse bactrienne, sur la base de la disponibilit des
substrats nergtiques
A partir de cette donne thermodynamique, on peut estimer la synthse de biomasse
pouvant tre produite par lnergie de la raction doxydorduction (1). Cette synthse est
dpendante de la concentration initiale des lments et de llment dont la concentration
limite la raction. Dans notre systme dtude, lacide actique est llment limitant (en
comparaison avec la quantit en Fe(III) prsent). Ainsi, la quantit dnergie produite par la
raction (1) est :
[Acide actique] nombre dlectron changs G
0
= -1, 19.10
-1
kJ

Potentiellement, la biomasse produite = -1, 19.10
-1
/ - 64 = 1,86.10
-3
g de biomasse
pour 1dm
3
dargilite.

Cette valeur doit toutefois tre corrle avec la concentration en nutriments ncessaires
la formation de biomasse dans le systme.
Il faut donc estimer la production de biomasse en prenant en compte les nutriments
disponibles en utilisant la formule moyenne reprsentant la composition lmentaire de la
biomasse (C
5
H
7
O
2
N
0,75
P
0,05
S
0,025
).
Ainsi, pour produire 1 g de biomasse microbienne, l'environnement devra fournir aux
microorganismes, sous une forme assimilable, au moins :

536 mg de C
68 mg de H
286 mg de O
94 mg de N
14 mg de P
7 mg de S

A partir des lments nutritifs disponibles dans la phase aqueuse (0,2 dm
3
), on peut
dterminer la quantit de biomasse qui pourra tre synthtise (Tableau 12).
Elments
Composition
biomasse (mg/g)
Biomasse
nergtique
(g)
Nutriments
disponibles
(mg)
Biomasse
nutriment
(g)
Consommation
nutriment relle
(g)

C 536 9,95E-04 1,92E-05 3,58E-05 3,37E-06
H 68 1,26E-04 - - 4,27E-07
O 286 5,31E-04 - - 1,80E-06
N 94 1,74E-04 5,91E-07 6,29E-06 5,91E-07
P 14 2,44E-06 5,21E-08 3,72E-06 8,80E-08
S 7 6,96E-06 6,40E-07 9,14E-05 6,16E-10
CHONPS 1000 1,86E-03 - - 6,29E-06
Tableau 12: Comparaison de la quantit de biomasse synthtise selon une approche nergtique du
systme et des nutriments prsents en solution. Lintitul biomasse nergtique dcrit les lments
ncessaires la synthse de biomasse possible, selon lnergie apporte par la raction (1). Lintitul
biomasse nutriment dcrit la quantit de biomasse synthtisable par rapport la quantit de
nutriments prsents. Lintitul consommation nutriment relle dcrit la quantit de nutriments
consomms dpendant du nutriment limitant, ici lazote.
STOCKAGE

87
Daprs les rsultats obtenus, les nutriments considrs en solution sont les paramtres
limitants du dveloppement de biomasse. Lnergie apporte par la raction
doxydorduction (1) peut supporter le dveloppement de 1,86 mg de bactrie dans 1 dm
3

dargilite, alors que les nutriments peuvent supporter la synthse de 6,29 g de bactries
par dm
3
. Lazote apparat ici, comme llment limitant la synthse de biomasse dans le
systme.

Ainsi, les conditions nergtiques et nutritives du systme argileux peuvent
supporter le dveloppement de bactries ferrirductrices.

En considrant la masse dune bactrie de lordre 7.10
-16
g, la quantit de bactries
pouvant tre synthtise est estime 4,5.10
7
bactries/ml dans la phase aqueuse du
volume 1dm
3
dargilite considr.
Ce calcul thorique porte sur le bilan nergtique et nutritif conduisant, la synthse de
biomasse dans les environnements argileux profonds. Cependant, ces calculs ne prennent
pas en compte les flux deau pouvant apporter des nutriments dans les argilites, ce qui
explique la faible biomasse susceptible dtre produite.
Par ailleurs, ces conditions dcrivent ltat initial du systme de stockage. En prsence
de fer mtallique, de nouvelles sources nergtiques et de nutriments peuvent apparatre,
notamment la formation dhydrogne et de magntite. Un bilan de lapport des colis de
stockage est ralis afin de visualiser les possibles flux de nutriments apports lors de la
corrosion des colis de dchets mtalliques, et susceptibles daugmenter les rendements de
biomasse possible au sein du stockage.

STOCKAGE

88
2. APPORT DES COLI S DE DECHETS METALLI QUES POUR LE
DEVELOPPEMENT MI CROBI EN

Il sagit ici, de se replacer dans le contexte du stockage et dvaluer lapport potentiel des
colis (altration du verre, corrosion des composants mtalliques) en termes de flux de
nutriments et de composs oxydables (notamment H
2
), permettant de favoriser le
dveloppement bactrien dans les environnements du stockage.

Pour cela, une valuation des flux de matires provenant des colis est ralise en
sappuyant sur la gomtrie du systme dans le concept de stockage actuel dfini par le
dossier Argile (Andra, 2005), et tenant compte de lensemble des constituants.

2. 1. COMPOSI TI ON DES COLI S

La mise en place de colis de dchets radioactifs en milieu argileux profond entranera
une forte ractivit dans le systme ainsi quune source dlments nutritifs extrieurs,
pouvant favoriser le dveloppement microbien. Comme il a t dcrit dans le paragraphe
mtabolisme bactrien du chapitre 1, les lments essentiels pour la croissance
bactrienne sont notamment le carbone, lazote, le phosphore et le soufre. Ainsi, afin de
caractriser lapport de laltration des colis sur le dveloppement de biomasse microbienne,
les colis de dchets ont t dcrits non seulement par leur teneur en fer (lment majeur du
conteneur) mais aussi par les teneurs en lments traces.

Afin dtudier cette ractivit sur le long terme, lapproche utilise dans cette tude est de
dfinir un colis de dchets reprsentatif du stockage des colis HAVL et qui est
caractris par plusieurs composants tels que : le chemisage, le surconteneur (selon les
scnarios) et le colis lui-mme contenant une enveloppe primaire et la matrice vitreuse
(Figure 36).

Figure 36 : Section transversale de lenveloppe des colis de dchets HAVL (Andra 2005)

STOCKAGE

89
Dans notre tude, le colis de dchets est dfini par :
- un colis COG-150. CO.2 (enveloppe + matrice vitreuse) ; (Andra, 2005).
- un surconteneur : P235 ; (Andra, 2005).

Le volume total dacier (0,179 m
3
) est dtermin en sommant le volume du conteneur
primaire, du surconteneur, et du chemisage. Le volume de verre est de 0,139 m
3
.

La composition chimique des lments du colis de dchets , utilise dans cette tude
est prsente dans le Tableau 13.

Tableau 13 : Composition chimique du colis de dchets
La composition en lments du colis de dchets est dtermine par la somme des
lments du colis COG-150 et des lments du surconteneur P235 (tableau 14).

Elments mol/colis %mol/ colis
C 324,4796 0,00912111
N 14,6895075 0,00041292
P 215,660316 0,0060622
S 37,2622389 0,00104744
Fe 34982,4946 0,98335633
Total 35574,5863 1
"Colis de dchets"

Tableau 14 : Composition du colis de dchets utilis pour ltude

2. 2. FLUX DE NUTRI MENTS

Pour le calcul du flux dlments, la vitesse daltration du colis est considre comme
constante et base sur la vitesse de corrosion du conteneur en acier : V
alt
= 1 m/an
(Bildstein et al., 2006, De Combarieu et al., 2007). Le volume total du colis
(0,328 m
3
) peut tre ramen un cylindre de 30 cm de rayon. Cette vitesse daltration
sappuie alors sur une surface de 1,90 m
2
, ce qui conduit une vitesse volumique de 1,9.10
-6

m
3
/an. Les flux de nutriments, provenant de laltration peuvent ainsi tre estims partir de
leur teneur dans le colis, lexception de lhydrogne, produit lors de la corrosion de lacier
stochiomtriquement (Tableau 15).

Famille
Elmnts g/colis mol/colis %mol/colis
C 222 18.4845962 0.20651025
N 0 0 0
P 5650 182.434614 2.03816286
S 166 5.17617711 0.05782835
Fe 487962 8744.83871 97.6974985
Total 494000 8950.9341 100
Colis COG-150 Verres Umo
Colis-type CO.2
C 3675 305.995004 1.14933519
N 205.8 14.6895075 0.05517465
P 1029 33.2257023 0.12479769
S 1029 32.0860617 0.12051713
Fe 1464061.2 26237.6559 98.5501753
Total 1470000 26623.6522 100
Surconteneur P 235
Famille
C 222 18.4845962 0.20651025
N 0 0 0
P 5650 182.434614 2.03816286
S 166 5.17617711 0.05782835
Fe 487962 8744.83871 97.6974985
Total 494000 8950.9341 100
Colis COG-150 Verres Umo
Colis-type CO.2
C 3675 305.995004 1.14933519
N 205.8 14.6895075 0.05517465
P 1029 33.2257023 0.12479769
S 1029 32.0860617 0.12051713
Fe 1464061.2 26237.6559 98.5501753
Total 1470000 26623.6522 100
Surconteneur P 235
STOCKAGE

90
Colis Volume (m3) surface (m2) rayon (m)
0.318 1.91 0.30
vitesse 1 m/an
corrosion 1.91E-06 m3/an
teneur teneur flux
mol/colis mol/m3 mol/an
Elements
Fe 34982 110008 0.2097
H
2
34982 110008 0.2097
C 324 1020 0.0019
S 37 117 0.0002
P 216 678 0.0013
N 15 46 0.0001

Tableau 15 : Estimation dun flux de nutriments lors de la corrosion du colis (verre + acier)
Les rsultats du calcul (Tableau 15) montrent que, malgr leur faible teneur, les lments
nutritifs tels que le carbone, lazote, le phosphore et le soufre sont relchs par le colis avec
un flux de lordre de la millimole par an, dans la solution interstitielle de largilite. En solution,
les lments du colis se retrouveront sous forme ionique, potentiellement assimilable pour
les bactries. La corrosion du colis entrane galement un flux important de fer et
dhydrogne (0,2 mol/an). Ces flux sont responsables de modifications significatives de la
chimie des eaux et de la minralogie dans la zone colis et dans les zones proches de
linterface colis de dchets / argilite.
Ce flux, sil reste constant, sera maintenu pendant une priode de lordre de 150 000
ans, jusqu altration complte du colis. Dautre part, dans lenvironnement spcifique des
argilites, les proprits physiques de la barrire argileuse imposent une migration lente des
espces aqueuses par diffusion. Ce phnomne favorise laccumulation et la perburbation
du milieu proche de linterface colis / argilite selon llment considr.
Lhydrogne, produit lors de la corrosion du colis va contrler de manire durable les
conditions redox dans le systme proche de linterface fer/argile. De plus, sa formation est
galement couple avec la consommation de protons de la solution, engendrant une
augmentation du pH. Des simulations portant sur la ractivit fer/argilite en conditions de
stockage ont t ralises dans des travaux prcdents (Bildstein et Trotignon,
2007) et mettent en vidence :
Un pH maximal linterface compris entre 9,5 et 10,5.
Une dcroissance rapide du pH sur les 1
er
mtres des argilites pour atteindre une
valeur de pH entre 7,5 et 8.
Dautre part, lhydrogne produit en quantit importante, est susceptible de migrer dans
la porosit de largilite afin de compenser laugmentation forte de la P
H2
linterface. Cette
migration est mise en vidence dans les simulations numriques (Talandier, 2005 ;
Bildstein et al., 2006; Boulin, 2008), et peut porter sur de longues distances au
sein de largilite. La diffusion de lhydrogne est dpendante de la porosit de la barrire
argileuse ainsi que de sa ractivit avec les lments oxydants du systme, notamment les
sulfates dissous. Lactivit microbienne est aussi reconnue comme pouvant contrler la
concentration en hydrogne du milieu dans les environnements rducteurs (Hoehler et
al., 1998 ; 2001 ; Libert et al., 2010).
La simulation numrique des flux en Fe
2+
, produits par la corrosion dans le systme
montre quils sont trs importants. Nanmoins, une grande partie participe la prcipitation
de produits de corrosion du colis, principalement de la magntite et de la sidrite,
linterface avec largilite (sulfures de fer de type pyrite et pyrrhotite ; aluminosilicates de fer).
STOCKAGE

91
Les flux de fer du colis vers largilite pourraient donc tre fortement limits (Bildstein et
Trotignon, 2007).
Selon leur nature, les nutriments peuvent soit migrer dans la porosit, soit prcipiter
linterface entre le colis et largilite. Les carbonates, les phosphates et les sulfures librs lors
de la corrosion sont trs ractifs en solution, notamment avec le Fe
2+
et sont susceptibles de
prcipiter sous forme de sidrite, de vivianite/apatite et de pyrrhotite/pyrite. Les flux de ces
lments vers largilite seront donc certainement limits, voire mme inverss (flux de
largilite vers la zone colis).
A linverse, lammonium, produit dans la raction de corrosion du colis, est quant lui,
peu ractif en solution, et donc susceptible de migrer par diffusion dans le milieu.
Par ailleurs, la ractivit linterface entre lacier et largilite peut galement entraner
une dstabilisation des phases minrales primaires de largilite. Cest notamment le cas pour
les minraux carbonats (sidrite, dolomite et calcite) et pour les sulfates (clestite), et dans
une moindre mesure des minraux argileux. La dissolution de ces phases est donc
susceptible de librer des carbonates et des sulfates en solution.
Ainsi, lintroduction de colis mtalliques en environnement argileux entrane des flux
dlments significatifs proches de linterface ent

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Esnault L. Réactivité Géomicrobiologique Des Matériaux Et Minéraux Ferrifères

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