Biomolculas: Aminocidos Peptdios e Protenas

magnojunqueira@gmail.com Modificado de 1 Prof. Sebastien Charneau - UnB

Quais so os principais elementos qumicos dos organismos vivos?

C, H, O, N- 99% da massa da maioria das clulas

O que so compostos orgnicos?

Molculas que contm um esqueleto de carbono, seja ele formado por uma cadeia linear, ramificada ou cclica.

Por que o carbono e no outro elemento?

Grupos Funcionais

Hierarquia da clula
Nvel 4: as clulas e suas organelas Nvel 3: Complexos supramoleculares Nvel 2: Macromolculas Nvel 1: unidades monomricas
nucleotdeos

Cromossomo

aminocidos

Protena

Membrana Plasmtica

Celulose

Parede celular

acares

Lipdeos

Componentes moleculares de uma clula de Escherichia coli

Quase toda a matria slida substncia orgnica (protenas, cidos nuclicos, polissacardeos e lipdeos)

As estruturas das biomolculas (protenas, DNA, etc) resultam diretamente

de suas interaes com o ambiente aquoso.
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Onde podemos encontrar protenas numa clula bacteriana?

E nas clulas eucariotas animal/planta?

Estrutura fsica e funcionalidade

fontes de protenas e aminocidos

nutrientes alimentares

Complementos

Protenas
- do grego: protos primeira, mais importante
- Macromolculas mais abundantes nas clulas vivas

- Expresso da informao gentica

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 As protenas so polmeros de resduos de -aminocidos. Eles variam de acordo com seu grupo R ou cadeia lateral

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Nomenclatura dos aminocidos

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Com exceo da glicina os aminocidos possuem estereoismeros

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Assimetria dos AA
A partir do carbono em C2 (ou C) = centro quiral, existe: 2 enantimeros (ismeros pticos)

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Presentes sempre na forma Protenas de alguns moluscos marinhos (cone snails) Abundantes em peptidioglicanos presentes em paredes celulares de bactrias

L; excees

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Classificao dos aminocidos normalmente baseada na polaridade do grupo R (cadeia lateral)

Hidrofbicos

Hidroflicos

Alifticos

Aromticos

Carregados Positivamente

Carregados Negativamente

No carregados
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Aminocidos hidrofbicos

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Aminocidos aromticos

Grupo Fenila Grupo Fenol

Grupo Indol

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Aminocidos hidroflicos

Grupo Sulfidrila

Grupo pirrolidina
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Aminocidos Bsicos

Grupo guanidino

Grupo imidazol

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Aminocidos cidos

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Forma zwitterion dos aminocidos

Em soluo, 1 AA um on dipolar ou zwitterion

Forma no-inica

Forma zwitterinica

Pode agir como cido (doador de prtons)

HA H+ + APode agir como base (receptor de prtons)

Reagem tanto em cido quanto em base: Substancias anfteras

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A- + H+ AH

Curva de titulao de 1 aminocido

Baseada na desprotonao

Regio de tamponamento devida ao grupo -NH2

Ka = [H+ ] [A-] [HA ] [H+ ] = Ka [HA ] [A-]

Regio de tamponamento devida ao grupo -COOH

- log [H+ ] = - log Ka + log [A-] [HA ]

pH = pKa + log [A-] [HA ]

Curvas de titulao predizem as cargas eltricas dos aminocidos: pH da soluo a cima do seu pI, sua carga eltrica ser negativa

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Curva de titulao de 1 aminocido com grupo R ionizvel

Com 3 estgios

pI= 7,59

pI= 3,22

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Curvas de titulao predizem as cargas eltricas dos aminocidos

Propriedades dos aminocidos primrios

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A maioria dos Aminocidos so produzidos a partir de compostos presentes no organismo

Glicose c. pirvico Aspartato oxaloacetato

Alanina
c. aspartico c. glutmico

c. actico c. actico

oxaloacetato

c. cetoglutarico

Aminocidos essenciais
- Valina - Isoleucina - Leucina - Metionina - Treonina - Lisina - Triptofano - Fenilalanina

Devem ser obtidos pela alimentao!

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Outros aminocidos
- 4-hidroxiprolina - 5-hidroxilisina - 6-N-Metilisina

- -carboxiglutamato
- desmosina

- Ornitina
- citrulina - ~300 outros

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Ligao peptdica
Ligao amida Ligao covalente Liberao de uma molcula de gua: 1aa + 1aa = 1 dipeptdeo + 1 H2O

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Formao da cadeia de aminocidos

Ligao peptdica

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A estrutura de um pentapeptdeo:

serilgliciltirosilalanileucina:
SerGlyTyrAlaLeu S-G-Y-A-L

Cadeias laterais

Extremidade Aminoterminal (N-terminal)

Ligaes peptdicas

Extremidade Carboxiterminal (C-terminal)

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Peptdeos
Se mais de 50 aa polipeptdeo ou protena 2 aas- dipeptdeo, 3 aas- tripeptdeo... Se menos de 50 aa oligopeptdeo Os peptdeos podem ser biologicamente ativos

Insulina
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Protenas

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Clculo estimado da massa de uma protena:

Mdia 20 aa: 138

Mdia propores: 128

Ligao peptdica: - 1 H2O= 18 Mdia subtrada: 128- 18= 110

Nmero de aa de uma protena x 110= massa molecular da protena em Da (Daltons) Ex. Hemoglobina tem 574 resduos 574 x 110= 63.140 Da ou 63 kDa

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Nveis estruturais das protenas

Primria Secundria Terciria Quartenria

Hemoglobina

Estrutura primria- sequncia linear de resduos de aminocidos N terminal-MVLGGCRT...FRTPLKHGF-C terminal

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 Protenas: compostos orgnicos formados por unidades de aminocidos unidos por ligaes peptdicas, constituindo longas cadeias moleculares (macromolculas), portanto com grande peso molecular e enorme diversidade (nmero incalculvel de tipos variando com as espcies e com os indivduos)
Protenas= Polmeros, resultantes de desidratao de aminocidos e cada resduo de aminocido liga-se a seu vizinho por um tipo especfico de ligao covalente, a ligao amida, chamada ligao peptdica.
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Nveis estruturais das protenas

Primria Secundria Terciria Quartenria

Hemoglobina

Estrutura primria- sequncia linear de resduos de aminocidos N terminal-MVLGGCRT...FRTPLKHGF-C terminal

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Ligaes e foras
Covalentes (fortes) - oferecem rotao dos tomos ligados - Cadeia (esqueleto) pode dobrar em muitas formas

No covalentes (fracas) (1/20 da fora de covalentes):

- Pontes de hidrognio (H no meio de sanduche de tomos que atraem eltrons normalmente O ou N) - Pontes inicas (depende de carga e distancia entre grupos)

- Atraes Van der Waals (depende da distancia entre molculas)

Resultado ao conjunta de muitas ligaes fracas = arranjo forte

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Protenas estabilizadas por pontes dissulfetos

Ligaes S-S: Ocorrem entre cadeias laterais de cistenas adjacentes na protena enovelada Aumentam estabilidade da estrutura (= grampos atmicos) Podem ocorrer:

Dentro de uma cadeia polipeptdica (intra-cadeia)

Entre cadeias polipeptdicas diferentes (nter -cadeia) ex: em dmeros

Onde ocorre: Formao de S-S canalizada no reticulo endoplasmtico

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Hidrofobia e estrutura
Molculas hidrofbicas (incluindo cadeias laterais apolares) (por exemplo em aas fenilalanina, leucina, valina, triptofano) agrupam no meio da molcula (= evita contato com gua)

Molculas polares (por exemplo arginina, histidina, glutamina) ficam lado de fora podem interagir com gua e formar pontes de hidrognio

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Estrutura secundria
-Dobramento da cadeia peptdica de acordo com as interaes entres os aas: - -hlices - conformao - curvatura - alas

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 3,6 aa por volta As cadeias laterais orientadas para o exterior da hlice So estabilizadas por pontes de H entre o grupo amino do aa1 e o grupo carboxila do aa5 mais 4 aa A maioria das -hlices so destras Encontradas em quase todas as protenas principalmente nas de membrana

a-Hlice

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-hlices
Comum em protenas de membrana celulares (ex: protenas de transporte; receptores) A poro de protenas atravessando bicamada lipdica normalmente em forma de -hlices Esqueleto polipeptdico (interior) hidroflica

Cadeias laterais (exterior aas amarelo e verde) hidrofbica (fazem contato com caudas hidrofbicas de fosfolipdeos)

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Conformao b e folha b
- cadeia peptdica em zig-zag - estabilizada por pontes H entre segmentos de protenas. - as duas cadeias podem estar em posio paralela ou antiparalela.

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antiparalela

paralela

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curvatura e alas
- muda a direo da cadeia polipeptdica - A estrutura forma um ngulo de 180 com 4 aminocidos. O primeiro e o quarto interagem por pontes de hidrognio - Glicina e prolina so geralmente encontradas nessa estrutura

curvatura

ala

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Estrutura terciria
- forma final tridimensional da cadeia polipeptdica - dobramento e combinao entre estruturas e em formas compactas (domnios).

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Protenas: Estrutura terciria conformao tridimensional

Maneiras de apresentar: Esqueleto, Fita, Arame, Espao preenchido

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Exemplos

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49

Barril

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O premio Nobel de qumica 2008 atribudo ao Japons Osamu Shimomura e aos Americanos Martin Chalfie e Roger Y. Tsien para a descoberta e o desenvolvimento da protena fluorescente verde, que permite, por exemplo, detectar os primeiros sinais do cncer ou da doena de Alzheimer...
A protena GFP foi descoberta pela 1a vez na medusa Aequorea victoria em 1962.

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Estrutura quartenria

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Forma
Protenas Fibrosas Protenas Globulares

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Nmero de Cadeias Polipeptdicas

Monomricas Oligomricas

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Composio
Protenas Simples Protenas Conjugadas
Grupo prosttico

Representao da mioglobina e seu grupo prosttico HEME 55

Qual a funo das protenas?

Estrutura terciria funo biolgica

Habilidade de ligar com outras molculas

Catalisadores

receptores

motores

defesa

transporte

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Protenas ligam-se a outras molculas

Ligao muito especfica (a protena liga com um / poucas outras molculas (entre milhares que existem)

Ligante = qualquer molcula ligada a protena (on, molcula pequena, macromolcula) Como ocorre a ligao?
Vrios ligaes no-covalentes fracas (pontes de hidrognio, inicas, Van der Waals) Precisa muitas pontes para ter interao efetiva

Somente possvel se o ligante cabe na protena (= mo em luva)

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FUNES DAS PROTENAS:

- Catlise enzimtica- quase todas as reaes qumicas que ocorrem nas clulas so catalisadas por enzimas

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Suporte mecnico - colgeno forma os tendes e cartilagens. Elastina forma os ligamentos. Queratina forma o cabelo, unhas, chifres e penas.
Estrutura quartenria!

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Actina

Filamentos intermedirios

Microtbu los

Colgeno
-Hlice distinta das -Hlices: para esquerda e 3 resduos por passo - contedo rico em Gly e Pro (50%) -Repetio Gly-X-Pro (HyPro)

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Doenas causadas por substituio de aminocidos no colgeno - Substituio de uma glicina por um resduo de cadeia R maior como Ser ou Cys - Osteogenesis Imperfecta- 1:21000 - Sndrome de Ehlers-Danlos-1:5000

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Defesa
- anticorpos - venenos de cobras e outros animais - toxinas de bactrias e plantas.

Imunoglobulina
-Hemolisina de Staphylococcus aureus

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Motilidade e contrao
- Actina e miosina no msculo - Tubulina -> microtubulos + dinena= propulso de clios e flagelos

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Transporte e armazenamento
- Hemoglobina transporta O2 - lipoprotenas levam gorduras do fgado para outros rgos.
partculas lipoproticas
Apolipoprotenas

colesterol

TAGs e steres do colesterol

Fosfolpidios
(camada)

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Anemia falciforme
- Substituio do Glu6 por uma Val na cadeia - Hemoglobina S que se agregam quando desoxigenada formando hemcias em forma de foice Hemcias normais Hemcias falciformes

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Como determinar a estrutura 3D final de protenas?

Cristalografia Raio X difrao de pontos (=posio de tomos)

Pode modelar 3-D baseado nos dados do difrao

Espectroscopia de ressonncia magntica nuclear Protena em campo magntico forte Mede distancia entre ncleos de Hidrognios Junto com seqncia de aas pode modelar estrutura 3-D
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Eletroforese em gel de poliacrilamida- SDS PAGE

O que o SDS?

Para que ele serve?

Focalizao Isoeltrica

Gis bidimensionais

A base para Proteoma