4.

Biomolculas: lpidos, glcidos, prtidos y cidos nucleicos

Gabriel Dorado Prez
Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular, Campus Universitario de Rabanales, Edificio Severo Ochoa, 14071-Crdoba

RESUMEN

La Bioqumica estudia la estructura y funcin de diferentes biomolculas. Entre ellas se encuentran los denominados principios inmediatos; a saber, glcidos (tambin conocidos como hidratos de carbono), lpidos (grasas y aceites), prtidos (pptidos y protenas) y cidos nucleicos (DNA y RNA). Las molculas constan de tomos. stos pueden representarse mediante orbitales moleculares, que pueden unirse mediante enlaces (covalentes o no covalentes), diversas interacciones y fuerzas. En este capitulo se emplearn varios tipos de orbitales (esfricos y planos), enlaces covalentes (simples y dobles) y enlaces o puentes de hidrgeno. El objetivo es construir modelos a escala (maquetas) de biomolculas. Las maquetas se generarn a partir de un kit de orbitales moleculares. Con todo ello se pretende familiarizarse y comprender mejor la estructura tridimensional de las diferentes biomolculas. Palabras clave: cidos grasos, aminocidos, monoscridos, disacridos, nuclesidos, nucletidos. Abreviaturas ribonucleico. empleadas. DNA: cido desoxirribonucleico; RNA: cido

1. INTRODUCCIN Y OBJETIVOS 1.1. Instrucciones preliminares La prctica se realizar en grupos de 24 alumnos, repartidos en ocho subgrupos de tres. En caso de necesidad, se formarn subgrupos de cuatro o cinco alumnos. La prctica tendr una duracin aproximada de tres horas. Una vez construidas las biomolculas bsicas, los subgrupos se unirn para construir molculas de mayor complejidad, de acuerdo con el protocolo correspondiente. Para familiarizarse con el material a emplear, comprobar la integridad del kit de orbitales moleculares, que deber estar compuesto por: 20 orbitales de carbono (C; color negro): 10 tetravalentes esfricos (110 ); y 10 trivalentes planos perforados (120 ). 15 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 10 divalentes esfricos (110 ); y 5 trivalentes planos perforados (120 ).
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5 orbitales de nitrgeno (N; color azul): trivalentes planos perforados (120 ). 1 orbital de fsforo (P; color violeta): tetravalente esfrico (110 ). 31 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): 30 monovalentes esfricos (0 ); y 1 divalente esfrico (180 ) para puente de hidrgeno. 60 enlaces covalentes (varios colores): 30 cortos verdes; 25 largos verdes; y 6 largos blancos 5 con remaches incoloros en ambos extremos y 1 con remache incoloro en un extremo (ver a continuacin) para doble enlace. 11 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). 1 enlace de hidrgeno: largo blanco de doble enlace. ATENCIN: PARA AGILIZAR LA PRCTICA, NO DESMONTAR LOS ORBITALES DE HIDRGENO DE SUS ENLACES, INDICADOS ARRIBA EN NEGRITA (30 COVALENTES CORTOS VERDES) O SUBRAYADO (1 DE HIDRGENO LARGO BLANCO). Nota: para cualquier aclaracin, preguntar al jefe de prcticas o al profesor. 1.2. Introduccin: biomolculas La Bioqumica estudia la estructura y funcin de diferentes biomolculas. Entre ellas se encuentran los denominados principios inmediatos; a saber, glcidos (tambin conocidos como hidratos de carbono, aunque dicho nombre no responde siempre a la realidad de su frmula qumica), lpidos (grasas y aceites), prtidos (pptidos y protenas) y cidos nucleicos (DNA y RNA). Cada una de las anteriores biomolculas tiene diferente funcin en los seres vivos, destacando el papel de los glcidos como integrantes de las estructuras y metabolismo energtico; de los lpidos como formadores de membranas y almacenes de energa; de los prtidos como unidades estructurales y enzimticas; y de los cidos nucleicos como portadores de la informacin gentica, entre otras funciones. 1.3. Maquetas moleculares: principios y objetivos Los seres vivos estn formados de molculas, que a su vez constan de tomos. stos pueden representarse mediante orbitales moleculares, que pueden unirse mediante enlaces (covalentes o no covalentes), diversas interacciones y fuerzas. En esta prctica se emplearn varios tipos de orbitales (esfricos y planos), enlaces covalentes (simples y dobles) y enlaces o puentes de hidrgeno. El objetivo de esta prctica es construir modelos a escala (maquetas) de biomolculas. Las maquetas se generarn a partir de un kit de orbitales moleculares. A fin de facilitar la comprensin de las estructuras moleculares, se seguir un orden creciente de complejidad molecular (estructural): lpidos (cidos grasos saturados e insaturados), pptidos (aminocidos y dipptidos), glcidos (mono y disacridos) y cidos nucleicos (fosfatos, azcares y bases nitrogenadas componentes de los nuclesidos y nucletidos). Con todo ello se pretende familiarizarse y comprender mejor la estructura tridimensional de las diferentes biomolculas.
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2. LPIDOS: CIDOS GRASOS (SATURADOS TRIGLICRIDOS (GRASAS O ACEITES)

INSATURADOS)

Los lpidos se suelen clasificar en grasas (slidas a temperatura ambiente) y aceites (lquidos a temperatura ambiente). Aparte de su funcin estructural (membranas) y reguladora (hormonas y vitaminas), tienen una gran importancia como reserva energtica. Estas biomolculas tienen una composicin variable, que generalmente incorpora a cidos grasos (Fig. 1). La Fig. 2 muestra un triglicrido (aceite o grasa). a) Construccin de la maqueta molecular de un cido graso saturado: Construir el cido graso saturado cuyo nombre sistemtico es ndecanoico, que responde a la frmula emprica CH3(CH2)8COOH. Su nombre comn es cprico y su frmula abreviada es 10:0 (Fig. 1). Por mayor simplicidad, se construir la molcula sin ionizar. Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 10 orbitales de carbono (C; color negro): 9 tetravalentes esfricos; y 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 20 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 32 enlaces covalentes (varios colores): 20 cortos verdes; 10 largos verdes; y 2 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 4 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del cido graso saturado: a.1) Comprobar que los cidos grasos son molculas alargadas, con un extremo metilo apolar (CH3), otro extremo polar cido (COOH) y un cuerpo generalmente esbelto (a partir de un determinado nmero de carbonos) con estructura de hidrocarburo (CH2)n, cuya longitud y tipo de enlace (sencillo o doble) da nombre a la molcula (Fig. 1). Estas sustancias con carcter apolar y polar en la misma molcula se llaman anfipticas y pueden tener propiedades emulsivas o detergentes (ver ms adelante). a.2) Comprobar que el C es tetravalente, lo cual provoca la estructura en zigzag de la cadena carbonada y la disposicin de los H hacia fuera (Fig. 1). Por el contrario, el O es divalente. a.3) Comprobar que dos tomos inmediatamente adyacentes y unidos por un enlace simple, pueden girar uno respecto a otro. Adems, pueden girar con muchas ms conformaciones uno respecto a otro si hay un tercer tomo intermedio que sirve de bisagra. Gracias a esta rotacin, los carbonos (y tomos acompaantes) pueden bailar unos respecto a los otros. De hecho, el
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cido graso podra tomar virtualmente infinitas conformaciones tericas, aunque realmente tendr slo aqulla que presente menos impedimentos estricos y menor energa libre.

cidos Grasos
(saturados e insaturados)

cido n-decanoico o cido cprico (saturado)

O

10:0

CH3-(CH2)8-COOH

10
H3C

H2 C C H2

H2 C C H2

H2 C C H2

H2 C C H2

1
C OH

10:0

CH3-(CH2)8-COO

H2 C H3C C H2

H2 C C H2

H2 C C H2

H2 C C H2

C O

cido 6-cis-decanoico o cido -4-cis-decanoico (monoinsaturado)

1
O H2 C C H C H2 H2 C C H2 C OH

H3 C

10:14

CH3-(CH2)2-CH=CH-(CH2)4-COOH

H2C

CH2

36

HC

H3C H2C O H2 C C H C H2 H2 C C H2 C O

10:14

CH3-(CH2)2-CH=CH-(CH2)4-COO

CH2 HC

Figura 1. cidos grasos saturados e insaturados. Se muestra el cido graso saturado n decanoico (cprico) y el cido graso monoinsaturado -4-cis-decenoico (6-cis-decenoico).

a.4) Comprobar que, por el contrario, el doble enlace C=O es rgido y limita por tanto la rotacin del oxgeno respecto al carbono. a.5) Apreciar que el grupo cido (COOH) suele estar ionizado (COO), estando deslocalizado el electrn desapareado entre los dos oxgenos (se dice entonces que el doble enlace resuena entre ellos), lo cual confiere a ambos enlaces CO un carcter parcial de doble enlace ( y ), como se indica en la Fig. 1. a.6) Yuxtaponer dos o ms molculas de cidos grasos saturados (con los subgrupos vecinos) y apreciar que pueden empaquetarse apretadamente al disponer las cadenas alqulicas una al lado de la otra (carbonos hacia dentro e hidrgenos hacia fuera), mantenindose unidas por interacciones hidrofbicas y sobre todo fuerzas de Van der Waals. Aunque muy dbiles, millones de estas interacciones y fuerzas hacen que las grasas saturadas sean slidas a temperatura ambiente. Al calentar una grasa, se impide la accin de dichas interacciones y fuerzas (debido a la vibracin molecular, que incrementa con la temperatura) y la grasa se funde al perder las molculas de los cidos grasos su contacto ntimo. Nota: las grasas y aceites son steres de uno, dos o tres cidos grasos con la glicerina (propanotriol). Son los mono, di o triglicridos. b) Construccin monoinsaturado: de la maqueta molecular de un cido graso

Aprovechando la maqueta previamente formada (cprico), construir el cido graso monoinsaturado cuyo nombre sistemtico es 6-cisdecenoico, que responde a la frmula emprica CH3(CH2)2CH=CH(CH2)4COOH. Tambin se denomina cido -4-cis-decenoico y su frmula abreviada es 10:1 o con mayor exactitud 10:16 o mejor 10:14 (Fig. 1). Tiene por tanto un doble enlace cis entre sus carbonos 6 y 7 (nomenclatura clsica) o entre los carbonos 4 y 5 (nomenclatura omega, que es la que suele usarse actualmente). Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 2 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 2 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 3 enlaces covalentes (color verde): 2 cortos; y 1 largo. Y se utilizarn: 2 orbitales de carbono (C; color negro): divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 enlaces covalentes: largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 4 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Por mayor simplicidad, se construir la molcula sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes:

10 orbitales de carbono (C; color negro): 7 tetravalentes esfricos; y 3 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 18 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 31 enlaces covalentes (varios colores): 18 cortos verdes; 9 largos verdes; y 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 8 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del cido graso monoinsaturado: b.1) Comprobar que el doble enlace de la cadena carbonada rompe la estructura en zig-zag tpica del cido graso saturado, provocando un ngulo de 36 respecto al eje longitudinal de la molcula (Fig. 1). Sin embargo, se mantiene el carcter polar y apolar de la molcula (anfiptica). b.2) Comprobar que el doble enlace de la cadena carbonada limita la libertad de giro de la misma, respecto al cido graso saturado. b.3) Intentar yuxtaponer dos o ms molculas de cidos grasos monoinsaturados (con los subgrupos vecinos) y apreciar que ahora no pueden empaquetarse apretadamente a lo largo de toda la cadena alqulica. Ello limita drsticamente el nmero de interacciones hidrofbicas y fuerzas de Van der Waals. Imaginar lo que sucedera si la cadena alqulica presentara dos, tres o ms dobles enlaces (en vez de uno solo). Ello hace que los lpidos poliinsaturados a diferencia de las grasas saturadas sean lquidos a temperatura ambiente (recibiendo por ello el nombre de aceites). Nota: los seres vivos necesitan tanto cidos grasos saturados como insaturados. Algunos cidos grasos insaturados son esenciales para el hombre, porque nuestro organismo no los puede sintetizar. En este sentido equivalen a vitaminas que es necesario tomar con los alimentos (al igual que sucede con las vitaminas propiamente dichas o los aminocidos esenciales). c) Construccin de la maqueta molecular de un triglicrido (grasa o aceite): Aprovechando las maquetas previamente formadas, asociarse con otros subgrupos (1 + 2 + 3; 4 + 5 + 6; 7 + 8) para construir un triglicrido (es decir, una grasa o aceite) compuesto por dos restos de cido graso saturado (cprico) y un resto de cido graso insaturado (-4-cis-decenoico), como se muestra en la Fig. 2. Previamente ser necesario construir la maqueta molecular de la glicerina (propanotriol), tambin representada en dicha figura. Nota: los subgrupos 7 + 8 se asociarn a alguno de los otros dos tros de subgrupos, en caso de necesitar material extra.

Para ello (construccin de la glicerina) se utilizarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 3 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 3 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 8 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 13 enlaces covalentes (color verde): 8 cortos; y 5 largos. Y se descartarn: 3 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 6 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 6 enlaces covalentes (color verde): cortos. Por mayor simplicidad, se construir la molcula sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 33 orbitales de carbono (C; color negro): 28 tetravalentes esfricos; y 5 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 6 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 3 divalentes esfricos; y 3 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 60 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 102 enlaces covalentes (varios colores): 60 cortos verdes; 34 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del triglicrido: c.1) Comprobar que la formacin de cada uno de los tres enlaces ster (reaccin de esterificacin) elimina una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . En la naturaleza pueden encontrarse mono, di y triglicridos, segn se esterifique la glicerina con uno, dos o tres cidos grasos. Las grasas y aceites suelen ser triglicridos (triacilgliceroles) (Fig. 2). c.2) Comprobar que una vez formado el enlace ster, tanto la glicerina como los tres (en el caso de los tri-glicridos) cidos grasos participantes pierden su carcter de polialcohol (triol) y cido propiamente dichos, respectivamente, para convertirse en restos o residuos de glicerina y acilo, respectivamente, que han perdido sus grupos hidroxilo o carboxilo, respectivamente (Fig. 2). Por ello, la grasa o aceite pierde el carcter ambivalente polar/apolar (anfiptico) de los cidos grasos libres, para convertirse en una sustancia apolar.

H3C CH2 H2C CH2 H2C CH2 H2C CH2 H2C C

Aceites o Grasas
(triglicridos)
Resto acilo del cido 6-cis-decanoico o cido -4-cis-decanoico (monoinsaturado)
CH2OH-CHOH-CH2OH

Resto de Glicerina

HO
H

H H

OH
H2C CH

2C 3C

OH
H H

O
H2C CH

Enlaces ster O C H2 C C H2 C H2 H2 C C H H2C CH

CH3 CH2

HO

HO

CH2

OH

Restos acilo del cido n-decanoico o cido cprico (saturado)

H2C CH2 H2C CH2 H2C CH2 H2C CH2 H3C

36

O
C

CH2

Tres representaciones de la frmula de la Glicerina (propanotriol)

Esterificacin (sntesis de grasas y aceites)

O Na+
Enlaces ster

CH2OH + HOCOR1 CH

3 H 2O
Restos alquilo de los cidos grasos

CH2 CH

OCOR1 OCOR3

Saponificacin (fabricacin de jabones)

CH2

OH

+ R1C

ONa
O

OH + HOCOR2 OH + HOCOR3
cidos grasos

OCOR2

3 NaOH
CH

OH + R2C OH + R3C

ONa
O

CH2

CH2

CH2

Glicerina (propanotriol)

Grasa o Aceite (triglicrido)

ONa Glicerina (propanotriol) Jabones (sales de cidos grasos)

Figura 2. Aceites o grasas. Se muestra la estructura de un aceite o grasa (en este caso, sera slido a temperatura ambiente, y por tanto una grasa), la reaccin de su sntesis (esterificacin) y la reaccin de formacin de jabones (saponificacin).

c.3) Comprobar que la glicerina, al igual que los cidos grasos (o sus residuos) tienen una conformacin en zig-zag, debido a la orientacin de los enlaces del C tetravalente. Apreciar que, para evitar impedimentos estricos, generalmente se esterifican los cidos grasos insaturados con el grupo hidroxilo del carbono intermedio (C2) de la glicerina, mientras que el C1 y el C3 (que son indistinguibles) suelen esterificarse con cidos grasos saturados (o insaturados, en el caso de grasas poli-insaturadas). Comprobar que, adems, el C tetravalente favorece el alejamiento de las tres cadenas de restos acilo en tres direcciones equidistantes (Fig. 2). Ello evita an ms que haya impedimentos estricos entre los restos acilo. c.4) Comprobar que tanto el resto de glicerina como los tres restos acilo (cadenas alqulicas) tienen una gran libertad de giro dentro de dichos restos, as como respecto a los otros restos. Esta libertad de giro (permitida por el C tetravalente), da a estas molculas una gran movilidad. No obstante, aunque existen virtualmente infinitas conformaciones tericas posibles, la conformacin real ser la ms estable (aqulla que presente menos impedimentos estricos y menor energa libre). c.5) Recordar que, en realidad, las grasas se empaquetan gracias a las interacciones hidrofbicas y sobre todo fuerzas de Van der Waals de sus restos acilo. Como se ha comentado anteriormente, ello se favorece con la saturacin de los restos acilo (y se dificulta con la insaturacin de los mismos). Ello hace que los lpidos poli-insaturados a diferencia de las grasas saturadas sean lquidos a temperatura ambiente (recibiendo el nombre de aceites).

c.6) Recordar que los jabones pueden formarse a partir de grasas y aceites, mediante la reaccin de saponificacin, que suele emplear hidrxido sdico (NaOH; sosa) o hidrxido potsico (KOH; potasa) (Fig. 2). Por tanto, los jabones son sales de cidos grasos (y por ello suelen estar ionizados en un medio acuoso: COO Na+; o bien, COO K+). Su accin detergente se debe a que son anfipticos: su cola hidrocarbonada es hidrofbica (y por tanto se disuelve en las grasas y aceites), mientras que su cabeza polar es hidroflica (y por tanto se disuelve en el agua). De esta forma, los jabones incrustan su cola en la suciedad (grasa o aceite) e introducen su cabeza en el agua, consiguiendo as arrastrar la suciedad tras un lavado acuoso. ATENCIN: un exceso de cidos grasos saturados (grasas slidas animales o vegetales) en la dieta puede tener efectos negativos (colesterol, arterioesclerosis, etc). Por todas estas razones, son malas para la salud algunas grasas de animales (como el sebo de vacuno) o vegetales (como la grasa de coco, palma, etc). Algunos cidos grasos poli-insaturados especialmente los muy insaturados como algunos aceites de hgado de peces pueden auto-oxidarse con facilidad (fenmeno de enranciamiento), generando especies activas de oxgeno (radicales libres) que pueden producir daos celulares, envejecimiento y cncer. Por el contrario, el aceite de oliva destaca por sus excelentes cualidades, al tener una composicin equilibrada y ser por ello especialmente saludable (siempre y cuando no se abuse del mismo).

3. PRTIDOS: AMINOCIDOS Y PPTIDOS Las protenas forman parte de la estructura de los seres vivos, jugando tambin un importantsimo papel como elementos reguladores (hormonas) y catalizadores del metabolismo (enzimas). En general, la informacin gentica almacenada en los cidos nucleicos (ver ms adelante) es leda y ejecutada por protenas, que sirven a su vez para sintetizar otras protenas. Estas biomolculas estn compuestas por aminocidos. La Fig. 3 incluye los 20 aminocidos naturales, clasificados por su carcter apolar o polar (hidroflico, bsico o cido). La Fig. 4 muestra varias molculas de aminocidos y dipptidos. a) Construccin de la maqueta molecular de un aminocido: Construir los aminocidos siguientes (Fig. 4): L-Alanina (subgrupos 1 y 3) L-Lisina (subgrupos 2 y 4) L-Fenilalanina (subgrupos 5 y 7) L-Glutmico (subgrupos 6 y 8) Por mayor simplicidad, se construirn las molculas sin ionizar. Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes:

Aminocidos Naturales
(apolares/polares: hidrofbicos/neutros, bsicos y cidos)
H2 N C-H COOH H2N C-H COOH H2N C-H COOH H2 N C-H COOH H2N C-H COOH

H
Glicina o glicocola (Gly; G)
H2N C-H COOH

Alanina (Ala; A)

CH3

HC H3C CH3
Valina (Val; V)

CH2 CH H3C CH3

Leucina (Leu; L)
COOH C-H

HC CH3 CH2
Isoleucina (Ile; I)
H2N C-H COOH

Apolares (hidrofbicos)
H2N COOH C HN H

CH3

COOH C-H

H2 N

CH2 CH2 S
Metionina (Met; M)
H2N C-H COOH H2N

CH2 CH2

CH2

CH2

H2C

CH2 HN
Fenilalanina (Phe; F)
COOH

CH3

Prolina (Pro; P)

Triptfano (Trp; W)
H2N C-H COOH

OH
Tirosina (Tyr; Y)
H2N C-H COOH

C-H H2N COOH C-H

Serina (Ser; S)

CH2OH

CHOH CH3
Treonina (Thr; T)
H2N

CH2 CH2 C H 2N O

Polares CH 2 (neutros)

C H 2N O
Asparragina (Asn; N)
H2N C-H COOH

CH2 SH
Cistena (Cys; C)

COOH C-H

H2N C-H

COOH

Glutamina (Gln; Q)

CH2 CH2 CH2 NH C

CH2 CH2 CH2 CH2 NH 2 H 2 N

Lisina (Lys; K)

Polares (cidos)
H2N C-H COOH

H2 N C-H

COOH

CH2 Polares N
(bsicos o alcalinos)

CH2 CH2 COOH

Glutmico (Glu; E)

CH2 COOH
Asprtico (Asp; D)

NH

NH
Histidina (His; H)

Arginina (Arg; R)

Figura 3. Aminocidos naturales. Se muestra la estructura de los 20 aminocidos naturales, clasificados como apolares (hidrofbicos) y polares. Estos ltimos se clasifican en bsicos o alcalinos y cidos.

L-Alanina (subgrupos 1 y 3):

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3 orbitales de carbono (C; color negro): 2 tetravalentes esfricos; y 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): trivalente plano perforado. 7 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 13 enlaces covalentes (varios colores): 7 cortos verdes; 4 largos verdes; y 2 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 4 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. L-Lisina (subgrupos 2 y 4): 6 orbitales de carbono (C; color negro): 5 tetravalentes esfricos; y 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 2 orbitales de nitrgeno (N; color azul): trivalentes planos perforados. 14 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 24 enlaces covalentes (varios colores): 14 cortos verdes; 8 largos verdes; y 2 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 4 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. L-Fenilalanina (subgrupos 5 y 7): ATENCIN: si no se dispusiera de suficientes dobles enlaces, construir en su lugar la L-alanina (indicada anteriormente) o la L-valina (similar a la Lalanina, pero aadiendo los grupos CHCH3, como se observa en la Fig. 3). 9 orbitales de carbono (C; color negro): 2 tetravalentes esfricos; y 7 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): trivalente plano perforado. 11 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 27 enlaces covalentes (varios colores): 11 cortos verdes; 8 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno.

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Nota: los subgrupos 5 y 7 tomarn prestado de los subgrupos 1, 2, 3, 4, 6 u 8 el material extra que necesitarn: 2 enlaces covalentes largos blancos con 4 remaches incoloros. Apuntar este prstamo para devolverlo en cuanto la molcula sea desguazada. L-Glutmico (subgrupos 6 y 8): 5 orbitales de carbono (C; color negro): 3 tetravalentes esfricos; y 2 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 4 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 2 divalentes esfricos; y 2 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): trivalente plano perforado. 9 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 20 enlaces covalentes (varios colores): 9 cortos verdes; 7 largos verdes; y 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 8 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del aminocido: a.1) Comprobar que, a diferencia de los lpidos anteriormente estudiados, los aminocidos (componentes de las protenas) presentan siempre un tomo adicional: el nitrgeno (Figs. 3 y 4). De hecho, las protenas son la reserva de nitrgeno de los seres vivos. Adems, dos aminocidos naturales (Met y Cys) contienen un tomo de azufre (S) (Fig. 3). a.2) Comprobar que los aminocidos constan de un carbono alfa (C), que se une covalentemente por sus cuatro enlaces con un grupo amino (NH2), un grupo cido (COOH), un hidrgeno (H) y una cadena lateral variable, que identifica cada aminocido (Fig. 4). Por tanto, todos los aminocidos como su nombre indica tienen al menos un grupo amino bsico (alcalino) y un grupo carboxilo cido, que se neutralizan. El carcter apolar o polar (hidroflico simple, cido o bsico) del aminocido viene determinado por la cadena lateral. As, la Ala y Phe son apolares porque su cadena lateral es alqulica (como los hidrocarburos; aliftica lineal o aromtica circular); en realidad seran anfipticos (carcter polar y apolar en la misma molcula). Por el contrario, la Lys es bsica porque su cadena lateral aliftica porta un grupo amino en el extremo. Por su parte, el Glu es cido porque su cadena lateral aliftica lleva un grupo carboxilo al final. Es importante tener en cuenta que todos los grupos amino y cido unidos al carbono alfa (excepto el amino del primer residuo y el cido del ltimo) se perdern cuando los aminocidos se unan para formar pptidos, por lo que el carcter apolar o polar (hidroflico simple, cido o bsico) de las protenas vendr determinado por las cadenas laterales de sus residuos aminoacdicos (ver ms adelante). a.3) Comprobar que el C es tetravalente, lo cual provoca la disposicin espacial caracterstica del C y sus ligandos (Fig. 4). Por ejemplo, los grupos
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amino (NH2) y carboxilo (COOH) hacia atrs (izquierda y derecha, respectivamente) en sentido horizontal; y los grupos hidrgeno (H) y cadena lateral (R) hacia delante (arriba y abajo, respectivamente) en sentido vertical. Por su parte, el N es trivalente, mientras que el O es divalente. a.4) Comprobar que existen ismeros pticos (estereoismeros) de los aminocidos. Son molculas con la misma frmula qumica, pero que no pueden superponerse una sobre la otra. Dichas configuraciones moleculares son imgenes especulares una respecto a otra (como se veran en el espejo). Para obtener el ismero ptico de un aminocido, basta permutar los grupos amino y carboxilo unidos al C, (que es el centro quiral o asimtrico de la molcula). As se puede pasar del ismero L al D, y viceversa. La mayora de los aminocidos naturales son de tipo L (Figs. 3 y 4), porque por azar (deriva) aparecieron y se fijaron primero en el proceso evolutivo de la vida sobre la tierra. Por ello, las enzimas de los seres vivos reconocen generalmente al ismero L, pero no al D. a.5) Comprobar que dos tomos inmediatamente adyacentes y unidos por un enlace simple, pueden girar uno respecto a otro. Adems, pueden girar con muchas ms conformaciones uno respecto a otro si hay un tercer tomo intermedio que sirve de bisagra. Gracias a esta rotacin, los carbonos (y tomos acompaantes) pueden bailar unos respecto a los otro. De hecho, el aminocido podra tomar virtualmente infinitas conformaciones tericas, aunque realmente tendr slo aqulla que presente menos impedimentos estricos y menor energa libre. a.6) Comprobar que, por el contrario, el doble enlace C=O es rgido y limita por tanto la rotacin del oxgeno respecto al carbono. a.7) Comprobar que las cadenas laterales pueden presentar diversos grados de movilidad. As, el grupo metilo (CH3) aliftico de la Ala, la cadena lateral CH3CHCH3 de la Val o el grupo fenilo (anillo) aromtico de la Phe tienen poca libertad de giro. Sin embargo, las cadenas hidrocarbonadas alqulicas de Lys y Glu tienen una gran libertad de movimientos (como suceda con los cidos grasos estudiados anteriormente). a.8) Apreciar que el grupo amino (NH2) suele estar ionizado (NH3+), por lo que tiene apetencia por compartir un electrn desapareado de otro tomo adyacente (Fig. 4). a.9) Apreciar que el grupo cido (COOH) suele estar ionizado (COO), estando deslocalizado el electrn desapareado entre los dos oxgenos (se dice entonces que el doble enlace resuena entre ellos), lo cual confiere a ambos enlaces CO un carcter parcial de doble enlace ( y ), como se indica en la Fig. 4. No obstante, el grupo cido de las cadenas laterales suele reaccionar con un lcali para dar la sal del cido y agua (cido + base = sal + agua). As, el cido glutmico suele encontrarse en forma de glutamato sdico o potsico, tras reaccionar con hidrxido sdico (NaOH) o potsico (KOH), respectivamente. Las cargas netas negativas o positivas de los grupos cido y carboxilo (respectivamente) de las cadenas laterales juegan un papel muy importante en la conformacin de las protenas, el mantenimiento de su estructura y las interacciones con otras molculas, incluyendo las importantes
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interacciones enzimasustrato. Por ejemplo, los residuos de aminocidos con cadenas laterales alifticas (p.ej., Ala) o aromticas (p.ej., Phe) son apolares y se alejan del agua porque son hidrofbicos. Ello hace que se escondan hacia el interior de las protenas y en los sitios activos de stas (que suelen presentar un ambiente hidrofbico). Por su parte, los residuos de aminocidos con cadenas laterales cargadas positivamente (p.ej., Lys) o negativamente (p.ej., Glu) son polares y se acercan al agua porque son hidroflicos. A pH 7 (que suele ser el fisiolgico normal), estos grupos estn ionizados; esto es, cargados en forma de NH3+ y COO, respectivamente (Figs. 3 y 4). Ello hace que se expongan hacia el exterior de las protenas, en contacto con el agua. b) Construccin de la maqueta molecular de un enlace peptdico: Como prembulo a la siguiente actividad, cada grupo construir un enlace peptdico [C( = = )C], segn se muestra en la Fig. 4. Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 3 orbitales de carbono (C; color negro): 2 tetravalentes esfricos; y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de hidrgeno (H; color blanco): monovalente esfrico. 7 enlaces covalentes (varios colores): 1 corto verde; 2 largos verdes; y 4 especiales de doble enlace parcial o, en su defecto, 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 6 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: por simplicidad pedaggica, slo se incluye el H unido al N; no se incluyen el resto de seis ligandos unidos a los dos C (ver el enlace peptdico de la Fig. 4). Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, en cada doble enlace, uno de los enlaces no lleva remache en un extremo, por impedimentos estricos. Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, los dos dobles enlaces construidos deben entenderse como parciales, para no violar las leyes atmicas del C (cuatro valencias) y N (tres valencias). Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del enlace peptdico: b.1) Comprobar que el enlace peptdico puede adoptar dos conformaciones principales: cis y trans (Fig. 4). En la conformacin cis, los C se disponen en el mismo lado del enlace peptdico, y por tanto se acercan entre s (causando posibles impedimentos estricos). Por el contrario, en la conformacin trans, los C se disponen en lados opuestos del enlace
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peptdico, y por tanto se alejan entre s (siendo por ello ms estable; ver ms adelante).

Aminocidos y Pptidos
(enlace peptdico y dipptidos)

L-Aminocidos
H H2N H
+H N 3

C
R

COOH

C
R

COO

Carbono

H2N

COOH

H2N

COOH

H2 N

COOH

H2 N

COOH

C-H
CH3

C-H
CH2 C HC HC C H CH CH

C-H
CH2 CH2 CH2 CH2

C-H
CH2 CH2

Alanina (Ala; A)

COOH
Glutmico (Glu; E)

Fenilalanina (Phe; F)

NH2
Lisina (Lys; K)

Enlace peptdico

Dipptidos
HC

H C CH CH C

O
Carbonos

Conformacin "trans"

NH2
CH2 CH2 CH2 H2N H

HC

C N H C

O C C N
H CH2

CH2

Plano peptdico (Carcter parcial de doble enlace, sin libertad de giro)

CH
COOH

O
H2N H

CH2

O
Carbonos

Conformacin "cis"

C
CH3

N
H

H COOH CH2

C N

COOH
Glutamil-fenilalanina

Alanil-lisina

Figura 4. Aminocidos y pptidos. Se muestra la estructura de varios aminocidos, as como la del enlace peptdico, que da lugar a los pptidos.

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b.2) Comprobar que el enlace peptdico es plano (plano peptdico) y especialmente rgido, con muy poca libertad de giro. De hecho, slo presentan libertad de giro los enlaces Phi o Fi () y Psi o Si (), que unen los planos peptdicos a cada uno de los dos C (Fig. 4), aparte del H (cuyo giro sera irrelevante). b.3) Comprobar que el enlace peptdico podra crecer al adicionar ms residuos por cualquiera de los dos extremos (carbonos alfa). No obstante, los pptidos se sintetizan en la naturaleza aadiendo residuos slo por el extremo cido (Fig. 4). c) Construccin de la maqueta molecular de un dipptido: Aprovechando las maquetas de aminocidos (Ala, Phe, Lys o Glu) y uno de los enlaces peptdicos previamente formados, construir los siguientes dipptidos (Fig. 4), asocindose con el subgrupo correspondiente: L-AlanilL-lisina (subgrupos 1 + 2; 3 + 4) L-GlutamilL-fenilalanina (subgrupos 5 + 6; 7 + 8) Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes (incluyendo uno de los enlaces peptdicos): 3 orbitales de carbono (C; color negro): 2 tetravalentes esfricos; y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 2 orbital de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 3 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 9 enlaces covalentes (varios colores): 3 cortos verdes; 2 largos verdes; y 4 especiales de doble enlace parcial o, en su defecto, 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 6 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Y no ser necesario utilizar material extra. Por mayor simplicidad, se construirn las molculas sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: L-AlanilL-lisina (subgrupos 1 + 2; 3 + 4): 9 orbitales de carbono (C; color negro): 7 tetravalentes esfricos; 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto); y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 3 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 1 divalente esfrico; y 2 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto).
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3 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 2 trivalentes planos perforados; y 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto) 19 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 13 enlaces covalentes (varios colores): 19 cortos verdes; 11 largos verdes; 4 especiales de doble enlace parcial O=C=N o, en su defecto, 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace; y 2 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 10 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, en cada doble enlace O=C=N, uno de los enlaces no lleva remache en un extremo, por impedimentos estricos. Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, los dos dobles enlaces O=C=N construidos deben entenderse como parciales, para no violar las leyes atmicas del C (cuatro valencias) y N (tres valencias). Nota: por razones de simplicidad pedaggica, los grupos amino y carboxilo se representan sin ionizar (NH2 y COOH), aunque, como se ha indicado, a pH fisiolgico de 7 lo estaran (NH3+ y COO), con el consiguiente doble enlace parcial en el grupo carboxilo (como se coment en el caso de los cidos grasos; Fig. 1). L-GlutamilL-fenilalanina (subgrupos 5 + 6; 7 + 8): ATENCIN: si no se dispusiera de suficientes dobles enlaces, construir en su lugar la L-GlutamilL-alanina (indicada anteriormente) o la L-GlutamilLvalina (similar a la L-alanina, pero aadiendo los grupos CHCH3, como se observa en la Fig. 3). 14 orbitales de carbono (C; color negro): 5 tetravalentes esfricos; 8 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto); y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 5 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 2 divalentes esfricos; y 3 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 1 trivalente plano perforado; y 1 divalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 18 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 46 enlaces covalentes (varios colores): 18 cortos verdes; 14 largos verdes; 4 especiales de doble enlace parcial O=C=N o, en su defecto, 4 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace; y 10 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 26 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno.
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Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, en cada doble enlace O=C=N, uno de los enlaces no lleva remache en un extremo, por impedimentos estricos. Nota: a menos de que se disponga de dobles enlaces especiales de tipo parcial, los dos dobles enlaces O=C=N construidos deben entenderse como parciales, para no violar las leyes atmicas del C (cuatro valencias) y N (tres valencias). Nota: por razones de simplicidad pedaggica, los grupos amino y carboxilo se representan sin ionizar (NH2 y COOH), aunque, como se ha indicado, a pH fisiolgico de 7 lo estaran (NH3+ y COO), con el consiguiente doble enlace parcial en el grupo carboxilo (como se coment en el caso de los cidos grasos; Fig. 1). Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del dipptido: c.1) Comprobar que la formacin de cada enlace peptdico elimina una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . c.2) Comprobar que una vez formado el enlace peptdico, los aminocidos participantes pierden su carcter de aminocido propiamente dicho, para convertirse en restos o residuos de aminocidos que han perdido alguno de sus grupos unidos al C: el carboxilo (primer aminocido), el amino (ltimo aminocido), o ambos (aminocidos internos, a partir de tripptidos). c.3) Comprobar que el enlace peptdico tiene una conformacin en zig-zag, quedando un grupo amino (NH2) a la izquierda y un grupo carboxilo (COOH) a la derecha. Se trata de la conformacin trans, en la que los C adyacentes se disponen en lados opuestos del enlace peptdico, y por tanto alejndose entre s). Estos grupos corresponden a los aminocidos que participaron en la formacin del dipptido. Por el contrario, en la conformacin cis, los C adyacentes se disponen en el mismo lado del enlace peptdico, y por tanto se acercan entre s (todo ello podra causar impedimentos estricos, siendo por ello menos estable esta conformacin) (Fig. 4). c.4) Comprobar que el enlace peptdico es plano y rgido (como se ha comprobado anteriormente), pero que los residuos de aminocidos pueden girar libremente a travs de la bisagra molecular que representan los enlaces Phi o Fi () y Psi o Si (), que unen los planos peptdicos a cada uno de los dos C (Fig. 4). No obstante, aunque existen virtualmente infinitas conformaciones tericas posibles, las cadenas laterales de los residuos de aminocidos que forman los pptidos realmente tendrn slo aqulla que presente menos impedimentos estricos y menor energa libre, como se comenta a continuacin. c.5) Comprobar que las cadenas laterales de los aminocidos pueden ser ms o menos voluminosas y precisamente por ello se disponen verticalmente al eje en zig-zag del pptido y adems lo cual es importante en sentidos opuestos (hacia abajo y hacia arriba) en la
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conformacin trans (en la cis se colocaran todos hacia el mismo lado; Fig. 4). Por ello, la conformacin trans es generalmente la favorecida, ya que, en primer lugar, evita los posibles impedimentos estricos (las cadenas laterales pueden ser bastante voluminosas); y en segundo lugar, aleja el mximo posible los grupos carboxilo (COOH), que se repeleran por sus cargas negativas a pH fisiolgico de 7 (COO). Dichos grupos carboxilo corresponden a los unidos al C, pero tambin a las cadenas laterales de los aminocidos cidos (p.ej., Glu). De esta forma tambin se alejan el mximo posible los grupos amino (NH2) de las cadenas laterales de los aminocidos bsicos o alcalinos (p.ej., Lys), que tambin se repeleran por sus cargas positivas a pH fisiolgico de 7 (NH3+). c.6) Comprobar que el carcter cido o bsico (alcalino) de una protena no depender por tanto de los grupos amino y carboxilo unidos al C que poseen todos los aminocidos (ya que se pierden para formar el enlace peptdico), sino que viene determinado por la presencia de dichos grupos en las cadenas laterales de los aminocidos (esto es, de los residuos o restos de aminocidos, una vez que forman parte del pptido). Nota: las protenas pueden ser anfipticas, ya que pueden tener una parte de la molcula polar (cadenas laterales polares) y otra apolar (cadenas laterales apolares). Un ejemplo tpico de protenas anfipticas son las casenas de la leche; particularmente la casena kappa (), que mantiene la emulsin de la leche gracias a su carcter polar y apolar al mismo tiempo. Sin embargo, al digerir dicha casena mediante el cuajo (renina o quimosina) de un rumiante, se rompe (hidroliza) por la mitad la casena , liberando la zona hidroflica de la hidrofbica. De este modo, la casena ya no puede funcionar como agente anfiptico emulsivo. Ello hace que las micelas de casena precipiten, formando la cuajada (inicio de la fabricacin del queso). Nota: los nicos grupos amino y carboxilo unidos al C que no se pierden al formarse el pptido o protena son los correspondientes al primer (NH2) y ltimo (COOH) residuos de la cadena. Pero son slo dos y adems se anularan elctricamente desde el punto de vista de sus cargas (carga neta = 0) por su carcter antagnico. c.7) Recordar que la estructura primaria (lineal) de un pptido no suele corresponder con la que ste adopta en la naturaleza (a menos que est desnaturalizado). As, las cadenas polipeptdicas suelen adoptar diferentes conformaciones (p.ej., hlice u hoja plegada) en la llamada estructura secundaria de las protenas. Adems, stas suelen plegarse an ms para formar pelotitas (con los residuos hidroflicos hacia fuera y los hidrofbicos escondidos hacia dentro) que forman la llamada estructura terciaria. Finalmente, varias protenas (pelotitas) pueden asociarse (interaccionando fundamentalmente mediante sus cargas elctricas superficiales) para formar agrupaciones polipeptdicas que constituyen la llamada estructura cuaternaria (dmeros, tetrmeros, etc).

4. GLCIDOS: MONOSACRIDOS Y DISACRIDOS

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Los glcidos son unas molculas muy verstiles. Aparte de su funcin estructural (membranas y paredes celulares) y reguladora (hormonas), tienen una gran importancia en el metabolismo intermediario y como reserva energtica. Estas biomolculas pueden constar de una o varias unidades de monosacrido. La Fig. 5 muestra varias conformaciones moleculares del monosacrido por excelencia: la glucosa. La Fig. 6 representa las conformaciones de los disacridos maltosa y celobiosa.

D-Glucosa
(frmulas, proyecciones y conformaciones)
O
O

CHO
H
HO
H
H

1' C
H

C
H

OH
H
OH
OH
CH2OH

OH
H
OH

HO
H
HO

C
C
C
C

H
OH
H
H

2'
HO

3'
H

4'
H

C 6H12O 6 Frmula emprica

5' 6' CH2OH

OH

HO

CH2OH

Proyeccin de Fisher

Frmula completa (ismero D)

Frmula completa (ismero L)

Conformaciones (proyecciones de Haworth)

H2 C
HO

6'

5' 4'
H
H
HO

H
O H
HO

H2 C
HO

H O

OH

HO

1'

HO

3'

2' D
OH

OH

H
H

D
OH

-D-Glucofuranosa
H
OH
H
OH

-D-Glucofuranosa

4' H2C
HO
HO

6' 5' 3'

H

O
HO

H 2C

2' D OH

1'

HO
H

OH

OH

OH

-D-Glucopiranosa

-D-Glucopiranosa

1'
O
O
O

2' 1'

2'

2' 2' 1'

Conformacin en "silla"

Conformacin en "bote, barco o baera"

1' Conformacin en "sobre abierto"

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Figura 5. Glucosa. Se muestran diferentes frmulas, proyecciones y conformaciones.

a) Construccin de la maqueta molecular de un monosacrido: Construir el azcar monosacrido -D-glucopiranosa en su conformacin de silla (proyeccin de Haworth). Este azcar responde a la frmula emprica C6O6H12. Su nombre comn es glucosa (Fig. 5). Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 6 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 6 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 12 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 24 enlaces covalentes (varios colores): 12 cortos verdes; y 12 largos verdes. Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular de la glucosa: a.1) Comprobar que el nombre de hidratos de carbono deriva de que en su frmula emprica, el H y el O se encuentran en la misma proporcin que el agua (H2O). As, la glucosa es C6H12O6. No obstante, como se ha indicado, esto no es siempre cierto para todos los glcidos. Por su parte, el nombre de glcido significa dulce, lo cual tampoco es siempre cierto. a.2) Apreciar que los azcares presentan un grupo carbonilo (aldehdo COH; o cetona C=0; no representado) y una cadena lateral carbonada de longitud variable, con grupos hidroxilo o alcohol (OH). As pues, los azcares son polialcoholes con un grupo carbonilo (Figs. 5 y 6). Todos estos grupos confieren a los glcidos un marcado carcter polar (hidroflico). a.3) Comprobar que la glucosa lineal es un polialcohol (6 hidroxilos) con un grupo aldehdo y seis tomos de C (Fig. 5). a.4) Comprobar que los azcares lineales presentan isomera ptica D y L, segn la disposicin a la derecha (D) o izquierda (L) del grupo hidroxilo unido al carbono quiral (C2) en una proyeccin de Fisher (Fig. 5). Los azcares naturales suelen ser de la serie D. a.5) Apreciar que los azcares generalmente se ciclan al reaccionar su grupo carbonilo con un OH de la cadena lateral (Fig. 5). Ello destruye el grupo carbonilo y uno de los hidroxilos. As, la glucosa puede adquirir conformaciones de furanosa (anillo pentamrico) o piranosa (anillo hexamrico, que es ms estable). La primera suele tomar la conformacin de sobre abierto, mientras que la segunda puede presentar la conformacin de bote, barco o baera o bien de silla (que es la ms estable) (Fig. 5). a.6) Comprobar que al formarse el hemiacetal cclico (esto es, al ciclarse) se produce un nuevo centro quiral en C1, generndose otros dos tipos de ismeros pticos (denominados y ), segn la orientacin (abajo o arriba,
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respectivamente) del grupo OH hemiacetlico del carbono anomrico (C1) (Fig. 5). a.7) Comprobar que el C es tetravalente, lo cual provoca la estructura en zigzag del anillo de la piranosa y la disposicin de los H y OH en el eje vertical axial (hacia arriba o hacia abajo; perpendiculares al plano del anillo) o en el eje ecuatorial (hacia fuera; paralelos al plano del anillo) (Fig. 5). Apreciar cmo la mayora de los grupos voluminosos (CH2OH y OH) se disponen hacia fuera (disposicin ecuatorial) para tener menos problemas estricos. Por su parte, el O es divalente, lo cual le confiere muchas menos posibilidades conformacionales. a.8) Comprobar que la estructura del anillo piransico es rgida y que slo pueden girar los grupos OH o CH2-OH unidos al mismo. a.9) Comprobar que, a pesar de lo anterior, el anillo piransico puede bailar a modo de break dance, adoptando conformaciones de silla (la ms estable, como se ha comentado) o barco (tambin llamada bote o baera), que son menos estables. Apreciar cmo al pasar de las conformaciones silla a barco y viceversa (alterando la posicin del C1), se mueven los ligandos OH y H asociados a los carbonos del anillo. Asimismo, comprobar cmo la conformacin de barco es menos estable porque es estricamente menos favorable, al estar los tomos ms juntos. b) Construccin de la maqueta molecular de un disacrido: Aprovechando las maquetas del monosacrido glucosa previamente formadas (Fig. 5), construir los siguientes disacridos (Fig. 6), asocindose con el subgrupo correspondiente: Maltosa, que es la O--D-Glucopiranosil-(1 > 4)--D-glucopiranosa (subgrupos 1 + 2; 3 + 4) Celobiosa, que es la O--D-Glucopiranosil-(1 > 4)--D-glucopiranosa (subgrupos 5 + 6; 7 + 8) Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): divalente esfrico. 2 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 2 enlaces covalentes: 2 cortos verdes. Y no ser necesario utilizar material extra. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 12 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 11 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 22 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 46 enlaces covalentes: 22 cortos verdes; y 24 largos verdes. Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno.
22

Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular de los disacridos maltosa y celobiosa (segn corresponda):

Maltosa y Celobiosa
(enlaces covalentes y puentes de hidrgeno)

Componente del glucgeno y del almidn (estructura helicoidal: reserva energtica)

H OH H2C HO HO H H H O

2'

1'
HO

H H OH

Puente de H

O
HO

4'
H2C H

3'
H

O H OH

Extremo reductor

1'
H

HO
O--D-Glucopiranosil-(1'>4')--D-glucopiranosa

Componente de la celulosa (estructura lineal: armazn protector de paredes celulares)

H OH H Puente de H HO H O H H OH

H2C HO HO H H

3' 4'
H C H

1'

OH
H O Extremo reductor

2'

1'
HO H

Puente de H H

6'

OH

O--D-Glucopiranosil-(1'>4')--D-glucopiranosa
Figura 6. Maltosa y celobiosa. Se muestran la estructura de estos dos disacridos.

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b.1) Comprobar que la formacin de cada enlace glucosdico ( o ) elimina una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . b.2) Comprobar que una vez formado el enlace glucosdico ( o ), la primera glucosa pierde su grupo OH hemiacetlico (en C1), aunque la segunda glucosa lo conserva (Fig. 6) tanto en el caso de la maltosa como de la celobiosa. Nota: los azcares que poseen tomos de carbono anomricos que no han formado enlaces glicosdicos se denominan azcares reductores. Ello se debe a la facilidad con la que el grupo aldehdo reduce agentes oxidantes suaves (como el reactivo de Tollens). Esta propiedad es empleada para fabricar espejos, al depositarse plata metlica (Ag) en el recipiente de reaccin que contiene una solucin de Ag+ en amonio y un azcar reductor. Tanto la maltosa como la celobiosa son azcares reductores, ya que conservan un grupo OH hemiacetlico (en C1; el correspondiente al ltimo residuo de la cadena). Por el contrario, el azcar de mesa o sacarosa [O--D-Glucopiranosil-(1 > 2)--Dfructofuransido], gasta (usa) ambos carbonos anomricos en su enlace glicosdico, perdiendo su carcter reductor (como indica el prefijo ido). b.3) Comprobar que el enlace -glucosdico de la maltosa provoca un giro en la direccin de una glucosa respecto a la siguiente (Fig. 6). Gracias a ello, las glucosas (-D-Glucopiranosas) unidas por este tipo de enlaces glucosdicos (1-4) forman estructuras helicoidales (tpicas de los polisacridos de reserva). Ello permite empaquetar gran nmero de residuos de glucosa en poco espacio. As sucede en el caso del glucgeno y el almidn, que son por ello las reservas tpicas de glucosa en animales y vegetales, respectivamente. Comprobar que si se girase la segunda glucosa 180 respecto a la primera, las dos glucosas estaran en el mismo plano (esto es, no habra giro de una respecto a otra). Adems, podra mantenerse tambin un puente de hidrgeno (ver ms adelante). Pero esta conformacin generara fibras (como en el caso de la celulosa, que se comenta a continuacin) en vez de hlices, lo cual no interesa para empaquetar en poco espacio un polisacrido de reserva. b.4) Comprobar que, por el contrario, el enlace -glucosdico de la celobiosa no provoca un giro en la direccin de una glucosa respecto a la siguiente (Fig. 6). Gracias a ello, las glucosas (-D-Glucopiranosas) unidas por este tipo de enlaces glucosdicos (1-4) forman estructuras lineales. Ello permite construir fibras con gran nmero de residuos de glucosa. As sucede en el caso de la celulosa, que es por ello un elemento estructural fundamental en la pared celular vegetal (y en el manto externo rgido de los animales marinos llamados tunicados, que son urocordados). Comprobar que si se girase la segunda glucosa 180 respecto a la primera, las dos glucosas no estaran en el mismo plano, sino que formaran un ngulo de 90 . Adems, podran mantenerse tambin los dos puentes de hidrgeno (ver ms adelante). Pero esta conformacin generara hlices muy apretadas (todava ms que en el caso del glucgeno y almidn, que se coment anteriormente) en vez de fibras, lo cual no interesa para construir un polisacrido estructural que vista a la clula con una ropa, tejido, tela o coraza hecha de fibras. Adems, hay un problema an mayor: la tremenda barrera estrica que ello representara (los orbitales atmicos chocaran literalmente unos con otros), impidiendo la formacin de tal polmero de glucosas.
24

b.5) Comprobar que el enlace glucosdico tiene bastante libertad de giro al bascular hacia delante y hacia atrs (plano de la proyeccin de Haworth en la Fig. 6). Ello confiere una gran elasticidad a los polmeros basados en estas unidades. Tambin permite que un residuo de glucosa gire respecto al siguiente. No obstante, aunque existen virtualmente infinitas conformaciones tericas posibles, los residuos de glucosa que forman los disacridos o polisacridos realmente tendrn slo aqulla que presente menos impedimentos estricos y menor energa libre. b.6) Comprobar que, en el caso de la maltosa, puede establecerse un puente o enlace de hidrgeno (Fig. 6): Entre el OH (C2) de la primera glucosa (cuyo H podra actuar como dipolo positivo) y el OH (C3) de la segunda glucosa (cuyo O podra actuar como dipolo negativo). Sin embargo, no se formara un puente de hidrgeno entre el oxgeno del anillo hemiacetlico (O) de la primera glucosa y el hidrgeno del grupo CH2OH (C6) de la segunda glucosa, porque estaran demasiado alejados para este tipo de interaccin dbil. Aunque los puentes de hidrgeno son muy dbiles, millones de ellos consiguen contribuir significativamente al mantenimiento de las conformaciones y estructuras moleculares, gracias a su efecto cooperativo. As, los puentes de hidrgeno de la maltosa, as como los que pueden establecerse entre las vueltas de hlice de polmeros de glucgeno o almidn, otorgan a estas estructuras una gran capacidad de empaquetamiento. Adems, los enlaces glucosdicos -(1-4) son muy susceptibles a la digestin enzimtica. De hecho, virtualmente todos los seres vivos poseen amilasas capaces de hidrolizarlos. En definitiva, el glucgeno y el almidn son almacenes de glucosa (energa y esqueletos carbonados) fcilmente accesibles por la clula. b.7) Comprobar que, en el caso de la celobiosa, puede establecerse dos puentes o enlaces de hidrgeno (Fig. 6): Entre el OH del C3 de la segunda glucosa (cuyo H podra actuar como dipolo positivo) y el O hemiacetlico del anillo de la primera glucosa (que podra actuar como dipolo negativo). Entre el CH2 (C6) de la segunda glucosa (uno de cuyos H podra actuar como dipolo positivo) y el OH (C2) de la primera glucosa (cuyo O podra actuar como dipolo negativo). Como se ha comentado, aunque los puentes de hidrgeno son muy dbiles, millones de ellos consiguen contribuir significativamente al mantenimiento de las conformaciones y estructuras moleculares, gracias a su efecto cooperativo. De hecho, los dobles puentes de hidrgeno de la celobiosa, as como los que puedan establecerse al asociarse paralelamente cadenas lineales de polmeros de celulosa, otorgan a estas estructuras una gran resistencia y elasticidad. Adems, los enlaces glucosdicos -(1-4) son muy resistentes a la digestin enzimtica. De hecho, slo algunas bacterias y hongos poseen celulasas
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capaces de hidrolizarlos. Algunos de estos organismos viven como simbiontes en el tubo digestivo de animales herbvoros (como las termitas y rumiantes), permitiendo que stos puedan alimentarse de celulosa. El hombre carece de tales enzimas y microorganismos, por lo que evacuamos la celulosa sin digerir, aunque sta tiene efectos positivos sobre la funcin intestinal (activacin del movimiento peristltico del intestino, proteccin contra cncer de colon, etc). Por ello la fibra debe formar parte de una alimentacin equilibrada y saludable.

5. CIDOS NUCLEICOS: NUCLESIDOS, NUCLETIDOS Y POLINUCLETIDOS (FOSFATOS, AZCARES Y BASES NITROGENADAS) La informacin necesaria para la construccin de los seres vivos se encuentra almacenada en los cidos nucleicos. Su nombre deriva de su carcter cido y del hecho de que fueron descubiertos en el ncleo de las clulas eucariontes. Existen dos variedades qumicas de cidos nucleicos: el DNA (cido desoxirribonucleico) y el RNA (cido ribonucleico). Generalmente, la informacin gentica se almacena en forma de cromosomas de DNA y se expresa en forma de mRNA (RNA mensajero). La Fig. 7 muestra conformaciones moleculares de nuclesidos, nucletidos y sus constituyentes (fosfatos, azcares y bases nitrogenadas), as como los apareamientos de bases nitrogenadas (AT y GC) de los cidos nucleicos. La Fig. 8 muestra un DNA modelo con dos pares de bases. a) Construccin de la maqueta molecular del fosfato (cido fosfrico) de un cido nucleico: Construir el cido fosfrico (Fig. 7). Esta molcula responde a la frmula emprica PO4H3. Forma parte del DNA y RNA en forma de grupo fosfato. Por mayor simplicidad, se construir la molcula sin ionizar. Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 4 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 3 divalentes esfricos; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de fsforo (P; color violeta): trivalente esfrico para doble enlace (o tetravalente esfrico, en su defecto). 3 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 8 enlaces covalentes (varios colores): 3 cortos verdes; 3 largos verdes; y 2 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 3 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O).

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Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del cido fosfrico:

Nuclesidos y Nucletidos
(fosfatos, azcares y bases nitrogenadas)
HO OH P O OH OH

5'
CH2 O H

HO

5'
CH2 O

4'
H

3'

OH

1' H 2' D OH

2' D
H

OH
1'
H

4'
H

3'

OH

OH

OH

-D-Ribofuranosa
HO O P O O O HO O H

-D-Ribofuranosa

CH2

5'

5'
CH2 O

D 2'
H

OH
1'
H

4'
H

3'

cido fosfrico (grupo fosfato)

NH2 N C C5 C4

OH

1' H D 2' OH

4'
H

3'

-D-2-Desoxi-Ribofuranosa
O C C NH2 C HC 5 4 NH C N HC 6 1 NH2 H3C N

H "desoxi" OH -D-2-Desoxi-Ribofuranosa
O O C C C HC O NH HC HC NH

7
HC

6 3
N

N H

1 2 HC
CH

Adenina (A; 6-aminopurina) Mono, di o trifosfato (cido fosfrico)

Guanina (G; 2-amino-6-oxopurina)

N H

2C

Base nitrogenada (Guanina; conformacin "anti")

NH2 N C HC

Uracilo (U; Timina (T; 2-oxopirimidina) 5-metilo-2,4-diCitosina (C; oxopirimidina) CH3 2-oxo-4-aminopirimidina)
NH2 N C HC C O C Puentes de H C

N H

N H

C O

N H

C O

4 1
C O

CH

N CH N

HO
HO O O P O

N CH

HN 3

NH

N
1'
H

Azcar (-D-2-DesoxiRibofuranosa)

CH2 H H

5'

Enlace glicosdico O

N H

C N

Par A=T
O C C H2N Puentes de H C H C

Enlace fosfo-ster

OH

3'

D 2'

4 1

CH

N HC

-D-2-Desoxi-Ribonuclesido -D-2-Desoxi-Ribonucletido

N H

C N

N3 1NH 2 C 2 Puentes de H C NH2 O

NH

Par GC

Figura 7. Nuclesidos y nucletidos. Se muestran los componentes y la estructura de los mismos, adems del apareamiento especficos entre bases nitrogenadas.

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a.1) Comprobar que, a diferencia de las biomolculas anteriormente estudiadas (lpidos, prtidos y glcidos), los cidos nucleicos presentan siempre un tomo adicional: el fsforo (P) del grupo fosfato (procedente del cido fosfrico) (Figs. 7 y 8). a.2) Comprobar la disposicin tetradrica de los ligandos del fsforo en el cido fosfrico (Fig. 7). a.3) Apreciar que, como se ha indicado, el cido fosfrico (PO4H3) suele encontrarse ionizado a pH fisiolgico de 7 (H2PO4 y HPO42). El residuo fosfato de los cidos nucleicos (PO4) hace que estas biomolculas estn erizadas de cargas negativas a pH fisiolgico (Fig. 8). Por ello, los cidos nucleicos migran hacia el nodo (polo positivo) en un campo elctrico. Ello permite la separacin electrofortica de cidos nucleicos por tamaos. b) Construccin de la maqueta molecular del azcar de un cido nucleico: Construir el azcar monosacrido -D-ribofuranosa en su conformacin de pentgono (proyeccin de Haworth). Este azcar responde a la frmula emprica C5O5H10. Su nombre comn es ribosa (Fig. 7) y forma parte del RNA. Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 5 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 5 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 10 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 20 enlaces covalentes: 10 cortos verdes; y 10 largos verdes. Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Convertirlo en el azcar monosacrido -D-2-desoxi-ribofuranosa en su conformacin de pentgono (proyeccin de Haworth). Este azcar responde a la frmula emprica C5O4H10. Su nombre comn es desoxi-ribosa (Fig. 7) y forma parte del DNA. Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): divalente esfrico. 1 enlace covalente: largo verde. Y no ser necesario utilizar material extra. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 5 orbitales de carbono (C; color negro): tetravalentes esfricos. 4 orbitales de oxgeno (O; color rojo): divalentes esfricos. 10 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 19 enlaces covalentes: 10 cortos verdes; y 9 largos verdes. Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno.
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Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular de la ribosa y desoxirribosa:

DNA
(cadenas polinucleotdicas y apareamiento de bases nitrogenadas) P P A 5'
5'
A

OH
C A

AC 5'AC3' Representaciones abreviadas de ssDNA o dsDNA Surco mayor

pAC

pApC

3'

P C

3'

3' P

HO
ssDNA
CH3 NH2 C O

HO
dsDNA

5'

5'P
HO

HO

N HC

P
O O CH2 H O H H O HO O P

N
5'
O H

4
HN 3 C O NH2 O

Representacin esquemtica de ssDNA y dsDNA

C N

1N
CH

CH

N
1'
H

H
H

3'OH OH
H

3'

2'

1'
H

2'
O

3'

5'
H2C O O OH O H H O

H
HC Enlace fosfodister O HC O H H

N CH C

9
C

Enlace P fosfodister

5'
CH2 H

N
2' 1'
H

C
2

3N
C O

HN 1 C H2N

G
2
N

N
1'
H

H
H

2'
O

3'

H H2C

3'

5'
O O

HO 3'OH

H
O

P
OH

OH

5'P
Surco menor

Figura 8. DNA. Se muestran la estructura del DNA de cadena sencilla (ssDNA) y doble (dsDNA), con un detalle de las cadenas antiparalelas, el surco mayor y menor.

b.1) Comprobar que el anillo furansico es casi plano y bastante rgido, aunque permite un cierto grado de alabeo (torcedura o inclinacin). La conformacin en sobre abierto con el C2 hacia arriba del plano (Figs. 5 y 7) es la ms frecuente en el DNA y RNA, por ser la ms estable, ya que aleja los grupos OH (C1 y C3) entre s y del voluminoso grupo CH2OH (C6). b.2) Comprobar que el ismero ptico llamado -D-ribofuranosa se generara a partir de la -D-ribofuranosa, simplemente permutando los ligandos OH hemiacetlico y H del C1 (Fig. 7). Igualmente, el ismero ptico llamado -D-2-desoxi-ribofuranosa se generara a partir de la -D-2-desoxi-ribofuranosa (Fig. 7). b.3) Comprobar asimismo que los ismeros pticos llamados -Lribofuranosa y -L-ribofuranosa se generaran a partir de las correspondientes formas D, simplemente permutando los ligandos OH y H del C2 (Fig. 7). Igualmente, los ismeros pticos llamados -L-2-desoxi-ribofuranosa y -L-2desoxi-ribofuranosa se generaran a partir de las correspondientes formas D (Fig. 7). Como se ha indicado anteriormente, la mayora de los azcares naturales son de la serie D. b.4) Comprobar que mientras la ribosa (azcar presente en el RNA) tiene un OH en el C2, la 2-desoxi-ribosa (azcar presente en el DNA) carece de dicho grupo hidroxilo (Fig. 7). Ello hace que mientras en el RNA la ribosa pueda
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formar enlaces con los OH de los C1, C2, C3 y C5, en el caso del DNA, esto slo es posible con los OH de los C1, C3 y C5. b.5) Identificar el C1, por donde la ribosa o la desoxirribosa se unirn a la base nitrogenada (Fig. 7), para formar el nuclesido y nucletido correspondientes (como se ver ms adelante). c) Construccin de la maqueta molecular de la base nitrogenada de un cido nucleico: Construir las bases nitrogenadas siguientes (Fig. 7): Adenina (A; subgrupos 1 + 2) Citosina (C; subgrupos 3 + 4) Guanina (G; subgrupos 5 + 6) Timina (T; subgrupos 7 + 8) Para ello se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes (entre dos subgrupos): Adenina (A; subgrupos 1 + 2): 5 orbitales de carbono (C; color negro): divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 5 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 2 trivalentes planos perforados; y 3 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 5 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 20 enlaces covalentes (varios colores): 5 cortos verdes; 7 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Citosina (C; subgrupos 3 + 4): 4 orbitales de carbono (C; color negro): divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 3 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 2 trivalentes planos perforados; y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 5 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 16 enlaces covalentes (varios colores): 5 cortos verdes; 5 largos verdes; y 6 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 12 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno.
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 Guanina (G; subgrupos 5 + 6): 5 orbitales de carbono (C; color negro): divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 5 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 3 trivalentes planos perforados; y 2 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 5 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 21 enlaces covalentes (varios colores): 5 cortos verdes; 8 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Timina (T; subgrupos 7 + 8): 5 orbitales de carbono (C; color negro): 1 tetravalente esfrico; y 4 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de oxgeno (O; color rojo): avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de nitrgeno (N; color azul): trivalentes planos perforados. 6 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 18 enlaces covalentes (varios colores): 6 cortos verdes; 6 largos verdes; y 6 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 12 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular de la base nitrogenada: c.1) Comprobar que las bases nitrogenadas son planas y bastante rgidas, con poca libertad de giro. Su estructura plana es muy importante para colocarse en el centro de la doble hlice del DNA. c.2) Comprobar que todas las bases nitrogenadas constan de tomos de C, N e H. Todas excepto la adenina tienen tambin uno o dos tomos de O (Fig. 7). c.3) Comprobar que todas las bases nitrogenadas llevan dobles enlaces resonantes en sus anillos aromticos (Fig. 7). En realidad, los dobles enlaces (y por tanto los electrones que se comparten en los mismos) estaran deslocalizados entre las diferentes posiciones de los anillos.

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c.4) Comprobar que las bases pricas (adenina y guanina) son mayores que las pirimidnicas (citosina, timina y uracilo). Las primeras constan de dos anillos aromticos; las segundas de slo uno (Fig. 7). Esto es muy importante para que al emparejarse en el DNA de doble cadena (A con T; y C con G) o el RNA de doble cadena (A con U; y C con G) ocupen el mismo espacio (como se ver ms adelante). Nota: la timina (T) del DNA es sustituida por uracilo (U) en el RNA. c.5) Identificar el N9 de las purinas (adenina y guanina) y el N1 de las pirimidinas (citosina, timina y uracilo), por donde se unirn al azcar para formar el nuclesido y nucletido correspondientes (Fig. 7), como se ver a continuacin. d) Construccin de la maqueta molecular del nuclesido y del nucletido de un cido nucleico: Aprovechando las maquetas previamente formadas del cido fosfrico, azcar (desoxirribosa en forma de -D-2-desoxi-ribofuranosa) y base nitrogenada (A, C, G o T), construir primero el nuclesido y luego el nucletido correspondiente (Fig. 7): Desoxi-Adenosina (dA) y Desoxi-Adenosina monofosfato (dAMP) (subgrupos 1 + 2) Desoxi-Citidina (dC) y Desoxi-Citidina monofosfato (dCMP) (subgrupos 3 + 4) Desoxi-Guanosina (dG) y Desoxi-Guanosina monofosfato (dGMP) (subgrupos 5 + 6) Desoxi-Timidina (dT) y Desoxi-Timidina monofosfato (dTMP) (subgrupos 7 + 8) Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes (adems de un fosfato y una desoxirribosa) 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): divalente esfrico. 2 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 2 enlaces covalentes (color verde): cortos. para formar el nuclesido correspondiente (dA, dC, dG o dT); y exactamente los mismos (adems de un fosfato y una desoxirribosa) 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): divalente esfrico. 2 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 2 enlaces covalentes (color verde): cortos. para formar el nucletido correspondiente (dAMP, dCMP, dGMP o dTMP). Y no ser necesario utilizar material extra. Por mayor simplicidad, se construirn las molculas sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes.

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 Desoxi-Adenosina (dA) y Desoxi-Adenosina monofosfato (dAMP) (subgrupos 1 + 2): 10 orbitales de carbono (C; color negro): 5 tetravalentes esfricos; y 5 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 6 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 5 divalentes esfricos; y 1 avalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 5 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 2 trivalentes planos perforados; y 3 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 1 orbital de fsforo (P; color violeta): trivalente esfrico para doble enlace (o tetravalente esfrico, en su defecto). 14 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 43 enlaces covalentes (varios colores): 14 cortos verdes; 19 largos verdes; y 10 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 20 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O). Desoxi-Citidina (subgrupos 3 + 4): (dC) y Desoxi-Citidina monofosfato (dCMP)

9 orbitales de carbono (C; color negro): 5 tetravalentes esfricos; y 4 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 7 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 5 divalentes esfricos; y 2 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 3 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 2 trivalentes planos perforados; y 1 monovalente plano perforado para doble enlace (o trivalente plano perforado, en su defecto). 1 orbital de fsforo (P; color violeta): trivalente esfrico para doble enlace (o tetravalente esfrico, en su defecto). 14 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 39 enlaces covalentes (varios colores): 14 cortos verdes; 17 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O).

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 Desoxi-Guanosina (dG) y Desoxi-Guanosina monofosfato (dGMP) (subgrupos 5 + 6): 10 orbitales de carbono (C; color negro): 5 tetravalentes esfricos; y 5 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 7 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 5 divalentes esfricos; y 2 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 5 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 3 trivalentes planos perforados; y 2 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 1 orbital de fsforo (P; color violeta): trivalente esfrico para doble enlace (o tetravalente esfrico, en su defecto). 14 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 44 enlaces covalentes (varios colores): 14 cortos verdes; 20 largos verdes; y 10 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 20 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O). Desoxi-Timidina (subgrupos 7 + 8): (dT) y Desoxi-Timidina monofosfato (dTMP)

10 orbitales de carbono (C; color negro): 6 tetravalentes esfricos; y 4 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 8 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 5 divalentes esfricos; y 3 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de nitrgeno (N; color azul): trivalentes planos perforados. 1 orbital de fsforo (P; color violeta): trivalente esfrico para doble enlace (o tetravalente esfrico, en su defecto). 15 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 41 enlaces covalentes (varios colores): 15 cortos verdes; 18 largos verdes; y 8 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 16 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O).

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Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del nucletido correspondiente (dAMP, dTMP, dGMP o dCMP): d.1) Comprobar que el desoxi-nuclesido se forma uniendo el grupo hidroxilo (OH) del C1 del azcar desoxi-ribosa con el N9 (purinas A o G) o con el N1 (pirimidinas C o T) (Fig. 7). Al formarse este enlace -N-glicosdico (tambin llamado glucosdico), se libera una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . Las glicosilasas (o glucosilasas) son enzimas que protegen a los seres vivos de procesos mutagnicos y cancergenos, al eliminar las bases nitrogenadas daadas o mutadas (el sitio absico creado es luego reconocido y reparado por otras enzimas). d.2) Comprobar que el plano de la base nitrogenada se dispone perpendicularmente al del anillo del azcar desoxi-ribosa, y que puede girar respecto a l. De hecho, puede adoptar dos conformaciones principales: syn (del griego, con) y anti (del griego, contra). La primera dispone los grupos voluminosos de la base nitrogenada hacia el azcar; la segunda, los aleja (Figs. 7 y 8). Salvo en casos excepcionales (DNA Z), los nucletidos del DNA se encuentran en conformacin anti, que es la ms favorecida estricamente (es la que presenta menor energa libre, siendo por ello ms estable). d.3) Comprobar que el desoxi-nucletido se forma uniendo el grupo hidroxilo (OH) del C5 del azcar desoxi-ribosa de un nuclesido con uno de los grupos hidroxilo (OH) del cido fosfrico. Al formarse este enlace fosfo-ster, se libera una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . e) Construccin de la maqueta molecular de un dinucletido de un cido nucleico: Los cidos nucleicos son polinucletidos, formados por la polimerizacin de unidades de mononucletidos. Aprovechando las maquetas del mononucletido previamente formadas (Fig. 7), construir los siguientes dinucletidos, asocindose dos subgrupos apropiados (Fig. 8): Desoxi-Adenosina monofosfatoDesoxi-Citidina monofosfato (dAMP dCMP; subgrupos 1 + 2 + 3 + 4). Desoxi-Guanosina monofosfatoDesoxi-Timidina monofosfato (dGMP dTMP; subgrupos 5 + 6 + 7 + 8). Nota: la frmula abreviada del primer dinucletido se muestra en la Fig. 8. Sera cualquiera de las siguientes (Fig. 8), respectivamente, para ambos dmeros: AC; 5AC3; pAC; o pApC GT; 5GT3; pGT; o pGpT Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 1 orbital de oxgeno (O; color rojo): divalente esfrico. 2 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos.
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2 enlaces covalentes (color verde): cortos. Y no ser necesario utilizar material extra. Por mayor simplicidad, se construirn las molculas sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: Desoxi-Adenosina monofosfatoDesoxi-Citidina monofosfato (dAMP dCMP; subgrupos 1 + 2 + 3 + 4): 19 orbitales de carbono (C; color negro): 10 tetravalentes esfricos; y 9 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 12 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 9 divalentes esfricos; y 3 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 8 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 4 trivalentes planos perforados; y 4 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de fsforo (P; color violeta): trivalentes esfricos para doble enlace (o tetravalentes esfricos, en su defecto). 26 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 80 enlaces covalentes (varios colores): 26 cortos verdes; 36 largos verdes; y 18 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 36 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O). Desoxi-Guanosina monofosfatoDesoxi-Timidina (dGMPdTMP; subgrupos 5 + 6 + 7 + 8): monofosfato

20 orbitales de carbono (C; color negro): 11 tetravalentes esfricos; y 9 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 14 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 9 divalentes esfricos; y 5 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 7 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 5 trivalentes planos perforados; y 2 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 2 orbitales de fsforo (P; color violeta): trivalentes esfricos para doble enlace (o tetravalentes esfricos, en su defecto). 27 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. 83 enlaces covalentes (varios colores): 27 cortos verdes; 38 largos verdes; y 18 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 36 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente).
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Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O). Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del di nucletido correspondiente (dAMPdCMP o dGMPdTMP): e.1) Comprobar que el di-desoxi-nucletido (Fig. 8) se forma uniendo el grupo hidroxilo (OH) del C3 del azcar desoxi-ribosa de un nucletido (extremo 3 de la cadena en crecimiento) con uno de los hidroxilos (OH) del grupo fosfato (residuo de cido fosfrico) de otro nucletido (extremo 5). Por tanto, la cadena polinucleotdica crece en sentido 5 > 3. Al formarse este enlace fosfo-di-ster, se libera una molcula de agua (H2O), con su ngulo caracterstico de 1045 . Las enzimas de reparacin por excisin protegen a los seres vivos de procesos mutagnicos y cancergenos, al hidrolizar (romper) enlaces fosfo-dister y as eliminar las bases nitrogenadas daadas o mutadas (la mella creada es luego reconocida y reparada por otras enzimas). e.2) Comprobar que en la cadena de polinucletidos, las bases nitrogenadas planas estn apiladas una encima de otra y los grupos fosfatos presentan un grupo POOH, que a pH fisiolgico de 7 se encuentra ionizado (Fig. 8). e.3) Comprobar que el grupo fosfato proporciona una gran libertad de giro a un nucletido respecto al precedente y al siguiente. Sin embargo, el apilamiento de los nucletidos en el DNA o RNA de cadena sencilla y sobre todo en estructuras de doble cadena, reduce significativamente esta movilidad, como se ver ms adelante. f) Construccin de la maqueta molecular del dsDNA: Las cadenas polinucleotdicas de DNA o RNA pueden asociarse para formar estructuras de doble cadena (como la tpica doble hlice de Watson y Crick). El DNA cromosmico o plasmdico se encuentra generalmente en forma de dsDNA (doble cadena) y no de ssDNA (cadena simple). La estructura de doble hlice se mantiene gracias a gran nmero de puentes de hidrgeno que se establecen entre las bases nitrogenadas (Fig. 8). Estos puentes de hidrgeno son especficos: dos entre AT; y tres entre GC. Aprovechando las maquetas de los dinucletidos previamente formadas, los ocho subgrupos se asociarn para construir una molcula de DNA modelo formada por cuatro nucletidos, unidos por cinco (3 + 2) puentes de hidrgeno (Fig. 8): Desoxi-Adenosina monofosfatoDesoxi-Citidina monofosfato unida por puentes de hidrgeno a Desoxi-Guanosina monofosfatoDesoxi-Timidina monofosfato: dAMPdCMP dGMPdTMP. La frmula abreviada sera cualquiera de las siguientes (Fig. 8): AC; 5AC3; pAC; o pApC.

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Para ello se descartarn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes: 3 orbitales de oxgeno (O; color rojo): avalentes planos perforados para doble enlace (no se descartarn si son trivalentes planos perforados). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): monovalente plano perforado para doble enlace (no se descartar si es trivalente plano perforado). 5 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): monovalentes esfricos. Y se utilizar el siguiente material extra: 3 orbitales de oxgeno (O; color rojo): monovalentes planos perforados para doble enlace y puente de hidrgeno (no se usarn si previamente se emplearon trivalentes planos perforados). 1 orbital de nitrgeno (N; color azul): divalente plano perforado para doble enlace y puente de hidrgeno (no se usar si previamente se emple trivalente plano perforado). 5 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): divalentes esfricos. 5 enlaces de hidrgeno: largos blancos especiales de puente de hidrgeno (o largos blancos de doble enlace sin remaches, en su defecto). Por mayor simplicidad, se construirn las molculas sin ionizar. En definitiva, se emplearn los siguientes orbitales moleculares y enlaces covalentes (y de hidrgeno): 39 orbitales de carbono (C; color negro): 21 tetravalentes esfricos; y 18 divalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 26 orbitales de oxgeno (O; color rojo): 18 divalentes esfricos; y 8 avalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 15 orbitales de nitrgeno (N; color azul): 9 trivalentes planos perforados; y 6 monovalentes planos perforados para doble enlace (o trivalentes planos perforados, en su defecto). 4 orbitales de fsforo (P; color violeta): trivalentes esfricos para doble enlace (o tetravalentes esfricos, en su defecto). 53 orbitales de hidrgeno (H; color blanco): 48 monovalentes esfricos; y 5 divalentes esfricos. 163 enlaces covalentes (varios colores): 53 cortos verdes; 74 largos verdes; y 36 largos blancos con remaches incoloros (ver a continuacin) para doble enlace. 72 remaches incoloros para doble enlace (indicados anteriormente). 5 enlaces de hidrgeno: largos blancos especiales de puente de hidrgeno (o largos blancos de doble enlace sin remaches, en su defecto). Nota: los enlaces verdes cortos se emplean en las uniones del hidrgeno. Nota: como se ha indicado, por razones de simplicidad pedaggica, los grupos hidroxilo del fosfato se representan sin ionizar (OH), aunque a pH fisiolgico de 7, uno o dos de ellos lo estaran (O).

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Realizar las siguientes observaciones sobre la maqueta molecular del DNA modelo de doble cadena (dAMPdCMP dGMPdTMP o dGMPdTMP dAMPdCMP): f.1) Comprobar que las bases nitrogenadas se apilan en el interior de la doble hlice tipo Watson y Crick (interaccionando por fuerzas hidrofbicas y de Van der Waals) huyendo del medio acuoso circundante. Por su parte, el esqueleto de azcar-fosfato, interacciona con el dicho medio acuoso, ya que los cidos nucleicos estn literalmente erizados de cargas negativas. Por tanto, en el DNA o RNA de doble cadena, el interior es hidrofbico (bases nitrogenadas), mientras que el exterior es hidroflico (azcar) y cido (fosfatos). Todo ello contribuye a mantener la estructura del DNA y RNA. f.2) Comprobar que siempre aparean por puentes de hidrgeno una base prica (A o G) con una pirimidnica (T o C) porque dos pricas seran demasiado grandes y dos pirimidnicas seran demasiado pequeas para el dimetro (~20 ) de la doble cadena tipo Watson y Crick (Fig. 8). Superponer los pares AT con los GC y comprobar que tienen dimensiones similares en cualquier sentido (orientacin). Adems, los enlaces que unen la base nitrogenada al azcar (enlaces glicosdicos) forman casi el mismo ngulo en cualquiera de los sentidos (orientaciones), por los que los pares de bases AT, TA, GC y CG son totalmente superponibles e intercambiables, y caben bien en el grosor del dsDNA. Esto es esencial para mantener el grosor de la doble hlice Watson y Crick, independientemente del orden o secuencia particular de las bases nitrogenadas (en el que, como es sabido, radica el cdigo gentico). f.3) Comprobar que los puentes de hidrgeno son especficos. As, A slo se puede aparear con T (y no con C; porque se enfrentaran los grupos tipo dipolo positivo o donadores NH2 entre s; as como los grupos tipo dipolo negativo o receptores NH entre s). Por su parte, G slo se puede aparear con C (y no con T; porque se enfrentaran los grupos tipo dipolo positivo o donadores NH entre s; as como los grupos tipo dipolo negativo o receptores =O entre s) (Figs. 7 y 8). f.4) Comprobar que AT se unen por dos puentes de hidrgeno, mientras que GC lo hacen por tres (Fig. 8). Ello hace que los apareamientos GC sean ms fuertes que los AT (por ello el DNA rico en GC es ms difcil de desnaturalizar). f.5) Identificar los grupos formadores de puentes de hidrgeno en las bases nitrogenadas. Comprobar que cada enlace de hidrgeno precisa de un grupo tipo dipolo positivo o donador (NH2 o NH) y un grupo tipo dipolo negativo o receptor (=O o N). Comprobar que, en la conformacin anti del enlace glucosdico (que es la ms estable), el borde de la base nitrogenada por el que se forman los puentes de hidrgeno se aleja del anillo furansico (Fig. 8). Por el contrario, en la conformacin syn (que es menos estable), dicho borde se orientara hacia dicho anillo furansico f.6) Comprobar que el enlace glicosdico permite un cierto grado de alabeo (torcedura o inclinacin). Sin embargo, el apilamiento de las bases nitrogenadas de los nucletidos en el DNA o RNA de cadena sencilla y sobre

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todo en estructuras de doble cadena, reduce significativamente esta movilidad. f.7) Comprobar que los residuos de nucletidos giran respecto al siguiente y precedente 36 (Fig. 8). Ello hace que la doble hlice tipo Watson y Crick tenga 10 pares de bases por giro (34 x 10 = 34 ). f.8) Comprobar que las cadenas que forman la doble hlice tipo Watson y Crick tienen sentidos 5 > 3 opuestos (Fig. 8). Esto tiene importantes implicaciones en la replicacin del dsDNA (DNA de doble cadena; es decir, doble hlice tipo Watson y Crick). As, una de las cadenas del dsDNA se copia de forma continua, mientras que la otra lo tiene que hacer de forma discontinua (otras enzimas se encargan luego de soldar los trozos sintetizados, para generar una cadena contigua). f.9) Imaginar los cromosomas como polmeros de nucletidos extremadamente largos. Para poder empaquetarlos en poco espacio y al mismo tiempo para poder transcribir (leer) los genes rpidamente (as como para replicar el material gentico rpidamente), el DNA se encuentra generalmente superenrollado, como se ver en la Prctica 5 (Aislamiento y visualizacin de cidos nucleicos o Aislamiento y caracterizacin electrofortica de DNA plasmdico).

6. BIBLIOGRAFA COMENTADA Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K (eds) (2005): Current Protocols in Molecular Biology. Vols 1 a 4. New York: Greene & John Wiley (New York). Manual de protocolos. La nueva Biblia del Bilogo Molecular actualizada trimestralmente. Clasificacin: PROTOCOLOS. + Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L (2002): Biochemistry, 5 ed. Freeman (New York). Manual de bioqumica. Clasificacin: LIBRO DE TEXTO. Brown TA (ed) (1998): Molecular Biology LabFax I. Recombinant DNA. Academic Press (New York). Clasificacin: DATOS. + Davidson JN (1980): Bioqumica de los cidos Nucleicos de Davidson. Revert (Barcelona). Edicin original de Chapman & Hall. Manual de bioqumica. Clasificacin: LIBRO DE TEXTO. + Nelson DL, Cox MM (2004): Lehninger Principles of Biochemistry, 4 ed. Freeman (New York). Manual de bioqumica. Clasificacin: LIBRO DE TEXTO. Sambrook J, Russell D (2001): Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3 ed, Vols 13. CSH Laboratory (New York). Manual de protocolos. La Biblia clsica del Bilogo Molecular. Clasificacin: PROTOCOLOS. + Sigma Chemical (1971): Molecular Model Kit. Orbit Set. Large Set. No. M4518. St. Louis, MO, USA. Orbit Molecular Building System. For Lattices, Proteins, Nucleic Acids, Organic and Inorganic Molecules. Designed and manufactured for Sigma by Cochranes of Oxford, Fairspear House, Leafield, Oxford, UK. Archivador con cuatro cajas (kits) de plstico: Assortment box. Rack, black. Ref.: 02941-146-00; 1035372. Made by Curver in UK. Clasificacin: KIT ORBITALES MOLECULARES.

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+ Rawn JD (1989): Bioqumica. McGraw-Hill (Madrid). Edicin original de Neil Patterson. Manual de bioqumica. Clasificacin: LIBRO DE TEXTO. + Voet D, Voet JG (2004): Biochemistry. 3 ed. John Wiley (New York). Manual de bioqumica. Clasificacin: LIBRO DE TEXTO. Watson JD, Gilman M, Witkowski J, Zoller M (1992): Recombinant DNA Freeman (New York). Divulgativo y a la vez con nivel y rigor cientfico. Clsico sobre Ingeniera Gentica y sus aplicaciones. Claro, didctico y con numerosos esquemas e ilustraciones explicativas. Muy recomendable. Clasificacin: TEORA DIVULGATIVO.
Nota: las referencias fundamentales para la preparacin de la prctica se indican con el smbolo +.

AGRADECIMIENTOS Proyecto PAFPU FORMAPROFE ('UCO-N-031') de Formacin del Profesorado Universitario, Junta de Andaluca.

7. ANEXO 1: MATERIAL EMPLEADO Esta prctica se realiza con los orbitales moleculares y enlaces contenidos en el kit Orbit Molecular Building System. For Lattices, Proteins, Nucleic Acids, Organic and Inorganic Molecules. Diseado y fabricado para Sigma Chemical (St. Louis, MO, EUA; <http://www.sial.com>) como Molecular Model Kit. Orbit Set. Large Set. No. M-4518, por Cochranes of Oxford (Oxford, RU).

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