Molcula

En qumica, se llama molcula a un conjunto de al menos dos tomos enlazados covalentemente que forman un sistema estable y elctricamente neutro.1 2 Casi toda la qumica orgnica y buena parte de la qumica inorgnica se ocupan de

la sntesis y reactividad de molculas y compuestos moleculares. La qumica fsica y, especialmente, laqumica cuntica tambin estudian, cuantitativamente, en su caso, las propiedades

y reactividad de las molculas. La bioqumica est ntimamente relacionada con la biologa molecular, ya que ambas estudian a los seres vivos a nivel molecular. El estudio de las interacciones especficas entre molculas, incluyendo el reconocimiento molecular es el campo de estudio de la qumica supramolecular. Estas fuerzas explican las propiedades fsicas como la solubilidad o el punto de ebullicin de un compuesto molecular. Las molculas rara vez se encuentran sin interaccin entre ellas, salvo en gases enrarecidos y en los gases nobles. As, pueden encontrarse en redes cristalinas, como el caso de las molculas de H2O en el hielo o con interacciones intensas pero que cambian rpidamente de direccionalidad, como en el agua lquida. En orden creciente de intensidad, las fuerzas intermoleculares ms relevantes son: las fuerzas de Van der Waals y los puentes de hidrgeno. La dinmica molecular es un mtodo de simulacin por computadora que utiliza estas fuerzas para tratar de explicar las propiedades de las molculas.

Definicin y sus lmites [editar]

De manera menos general y precisa, se ha definido molcula como la parte ms pequea de una sustancia qumica que conserva sus propiedades qumicas, y a partir de la cual se puede reconstituir la sustancia sin reacciones qumicas. De acuerdo con esta definicin, que resulta razonablemente til para aquellas sustancias puras constituidas por molculas, podran existir las "molculas monoatmicas" de gases nobles, mientras que las redes cristalinas, sales, metales y la mayora de vidrios quedaran en una situacin confusa. Las molculas lbiles pueden perder su consistencia en tiempos relativamente cortos, pero si el tiempo de vida medio es del orden de unas pocas vibraciones moleculares, estamos ante un estado de transicin que no se puede considerar molcula. Actualmente, es posible el uso de lser pulsado para el estudio de la qumica de estos sistemas. Las entidades que comparten la definicin de las molculas pero tienen carga elctrica se denominan iones poliatmicos, iones moleculares o molculas ion. Las sales compuestas por iones poliatmicos se clasifican habitualmente dentro de los materiales de base molecular o materiales moleculares.

Tipos de molculas
Las molculas se pueden clasificar en:

Molculas discretas, constituidas por un nmero bien definido de tomos, sean estos del mismo elemento (molculas homonucleares, como el dinitrgeno o el fullereno) o de elementos distintos (molculas heteronucleares, como el agua).

Molcula de dinitrgeno, elgas que es el componente mayoritario del aire

Molcula de fullereno, tercera forma estable delcarbono tras el diamante y el grafito

Molcula de agua, "disolvente universal", de importancia fundamental en innumerables procesos bioqumicos eindustriales

Representacin polidrica del anin de Keggin, unpolianin molecular

Macromolculas o polmeros, constituidas por la repeticin de una unidad comparativamente simple -o un conjunto limitado de dichas unidades- y que alcanzan pesos molecularesrelativamente altos.

Representacin de un fragmento de ADN, un polmero de importancia fundamental en lagentica

Enlace peptdico que une los pptidos para formarprotenas

Representacin de un fragmento lineal depolietileno, el plstico ms usado

Primera generacin de undendrmero, un tipo especial de polmero que crece de forma fractal

Descripcin [editar]
La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La frmula molecular es til para molculas sencillas, como H2O para el agua o NH3 para el amonaco. Contiene los smbolosde los elementos presentes en la molcula, as como su proporcin indicada por los subndices. Para molculas ms complejas, como las que se encuentran comnmente en qumica orgnica, la frmula qumica no es suficiente, y vale la pena usar una frmula estructural o una frmula esqueletal, las que indican grficamente la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales. Cuando se quieren mostrar variadas propiedades moleculares... (como el potencial elctrico en la superficie de la molcula), o se trata de sistemas muy complejos, como protenas, ADN opolmeros, se utilizan representaciones especiales, como los modelos

tridimensionales (fsicos o representados por ordenador). En protenas, por ejemplo, cabe distinguir entre estructura primaria (orden de los aminocidos), secundaria (primer plegamiento en hlices, hojas, giros...), terciaria (plegamiento de las estructuras tipo hlice/hoja/giro para dar glbulos) y cuaternaria (organizacin espacial entre los diferentes glbulos).

Figura 1. Representaciones de la terpenoide, atisano, 3D (centro izquierda) y 2D (derecha). En el modelo 3D de la izquierda, los tomos decarbono estn representados por esferas grises; las blancas representan a los tomos de hidrgeno y los cilindros representan los enlaces. El modelo es una representacin de la superficies molecular, coloreada por reas de carga elctrica positiva (rojo) o negativa (azul). En el modelo 3D del centro, las esferas azul claro representan tomos de carbono, las blancas de hidrgeno y los cilindros entre los tomos son los enlaces simples

tomos en molculas

Ejemplo de 'cuencas' atmicas de un cristal de peruskita KCaF 3 En amarillo los tomos de Calcio, en verde los Fluor y en rojo los Potasio.

El planteamiento de la teora de tomos en mleculas es un modelo qumico cuntico que caracteriza el enlace qumico de un sistema basndose en latopologa de la densidad de carga electnica negativa. Los datos de densidad electrnica pueden tener un origen emprico (obtenido de la difraccin de rayos X de cristales del compuesto a estudiar), o terico a partir de la funcin de onda del sistema. Adems del enlace, el planteamiento de tomos En Molculas (AEM) permite calcular ciertas propiedades fsicas sobre 'cuencas atmicas', por la divisin del espacio en volmenes atmicos

que contienen un nico ncleo. Las principales conclusiones que permite el planteamiento de AEM son:

Una molcula se puede dividir de forma nica en un conjunto de volmenes atmicos. Estos volmenes estn separados por una serie de superficies a travs de las cuales el flujo del gradiente de la densidad electrnica es cero. Las propiedades atmicas como carga atmica, momento dipolar y energa se pueden calcular por integracin de sus correspondientes operadores sobre este volumen atmico.

Dos tomos estn enlazados si sus volmenes atmicos comparten una superficie interatmica comn, y hay un punto critico (3, 1) en esta superficie. Un punto crtico se define como un punto del espacio donde el gradiente del campo densidad de carga es cero. Un punto crtico (3, 1) se define como aquel que tiene dos autovalores de la Matriz Hessiana negativos mientras que el tercero es positivo. En otras palabras, un punto crtico de enlace es un punto de silla de primer orden del campo escalar de densidad electrnica.

Los enlaces interatmicos se clasifican como de capa cerrada o compartidos, si la Laplaciana de la densidad electrnica en el punto crtico es positiva o negativa, respectivamente.

La torsin geomtrica del enlace se puede medir midiendo la desviacin del punto crtico enlazante del eje interatmico entre los dos tomos. Una desviacin