Tarea Modelamiento comparativo 24 junio 2013

1. Que es la bioinformtica estructural? 2. Explique que es el modelamiento comparativo (o modelamiento por homologa) de protenas 3. Para que se utiliza ? 4. Indique 4 programas que se utilicen para hacer este anlisis, indicando el link a su sitio web.

La bioinformtica estructural es una subdisciplina de la bioinformtica que se encarga de representar, almacenar, recuperar, analizar y mostrar la informacin estructural de micropartculas (escala subcelular y atmica). Posee 2 objetivos: Crear aplicaciones u mtodos para manipular la informacin biolgica de macromolculas. Resolver problemas biolgicos a travs de dichos mtodos u aplicaciones.

El modelado comparativo de protenas es una tcnica predictiva la cual permite obtener una simulacin de la estructura de una cadena polipeptdica basndose en otra ya conocida.

Se utiliza para analizar el efecto de las mutaciones hasta la prediccin de ligandos y actividades cataliticasCrtica

a "Defensa apasionada del idioma espaol" de lex

modo general

Grijelmo
A

De entrada, Defensa apasionada del idioma espaol me pareci un libro que pretendera buscar los tipos de errores que solemos cometer los hispanohablantes al hablar. Eso me pareci una contradiccin, porque la sinopsis que aparece en la cubierta trasera del ejemplar (de la edicin de bolsillo del 2001) dice literalmente El lector encontrar aqu una defensa nunca un ataque. No es que yo considere un ataque al idioma el hacernos saber a todos los hablante de espaol los errores que podemos cometer, pero tampoco lo considero una defensa, por eso, cuando empec a leer el primer captulo Una lengua en deterioro pens que esa no era la mejor manera de defender al castellano, pens que eso era slo una reprimenda a las Autoridades y a los hablantes en general y pens otras muchas cosas que llegara a aburrir si las escribiese porque una vez avanc en la lectura del libro me di cuenta de que estaba equivocado. lex Grijelmo supo (a la hora de escribir el libro) y sabe (a la hora de que el lector lo lee) hacernos valorar el idioma con cada captulo que leemos, tanto, que incluso cae en la repeticin. Por ejemplo, la frase en la que dice que el lenguaje ya no es democrtico porque el pueblo ya no es quien lo construye, sino que es construido por los medios de comunicacin y los que estn en su cpula (esta idea se recoge en el segundo captulo La democracia en la lengua y

aparece durante todo el texto). Con todo esto, lo que quiero expresar es que el captulo que abre paso a esa defensa apasionada del castellano (Una lengua en deterioro), a mi juicio, no es el ms adecuado para comenzar la defensa de un idioma porque, como en mi caso, puede generar actitudes negativas, como la expresada ms arriba. An as e insisto, este libro en trminos generales te ensea a valorar y respetar la lengua que hemos adquirido por herencia y con la que podramos expresar todava mejor nuestros sentimientos e inquietudes si la supiramos usar con ms conocimiento y ms soltura. Y eso es precisamente uno de los valores de este libro: te da a conocer muchos de los errores cometidos por los castellanoparlantes para que los podamos enmendar y tener ese conocimiento del que hablo, fomentado tambin por el espacio que se le brinda al espaol hablado en Amrica Latina, a los anglicismos que no han sufrido un proceso de adaptacin y a los sinnimos con los que podemos evitar el uso de stos, y a un sinfn de ejemplos ms que nos permite movernos por el espaol con, como ya he dicho, con mayor soltura. Tambin hay que decir que a veces el autor utiliza crticas demasiado, bajo mi punto de vista, exageradas. Como ejemplo cito la siguiente: Con la prdida de la tertulia, con la extincin del dilogo aqul sentados en sillas de madera en las aceras del pueblo, alrededor de unos vasos de caf, o de pacharn, de fino, de rioja, de albario, o de chinchn, o de mate, o de tequila con el tiempo por delante y por detrs, el intercambio de palabras cada vez ocupa menos espacio en nuestras vidas. Y, como no, la discusin cordial entre vecinos en torno a una mesa o aquellas reuniones de amigos han quedado sustituidas por las tertulias de radio, cuyos integrantes generalmente no dominan ni la lengua que hablan ni los temas que tratan. (GRIJELMO, 1998: 55)

Yo no creo que las tertulias de vecindad se hayan perdido, si es cierto que no se dan de manera tan divulgada como antao, pero en los pueblos ms arraigados de las distintas provincias espaolas esas charlas que en apariencia parecen tan simples y estn tan llenas de sabidura popular, siguen existiendo como parte de la rutina de muchos. Tampoco creo que los integrantes de una mesa radiofnica no dominen el lenguaje que hablan ni los temas que tratan. Es evidente que los hay ms y menos expertos, pero por lo general opino que por lo menos saber se sabe de lo que se habla, con ms o menos conocimiento del idioma. Cambiando de tema y a modo de ancdota, me gustara decir que antes de empezar a leer el libro tena el siguiente prejuicio: cmo un tipo llamado lex y que firma con tal nombre un libro puede darnos lecciones de cmo hay que hablar y de la influencia del ingls en el espaol. Por supuesto, yo tena la conviccin de que Alex era un diminutivo de influencia anglosajona de Alejandro y cual fue mi sorpresa que, concretamente en la pgina 211 del libro del cual hablamos, el autor narra de forma breve y a pie de pgina la historia de porqu le llaman lex y me entero de que lex procede del griego Alex Andros protector de los hombres y de que lex es una abreviatura tan espaola como inglesa, aadindole a la espaola, claro est, su correspondiente tilde de llana terminada en consonante diferente a n o s. Este hecho que he contado a modo de ancdota supone para mi la admiracin hacia lex Grijelmo por haber resuelto el diminutivo de su nombre etimolgicamente y, en conjunto haber resuelto tambin el prejuicio (en mi caso) o la duda que seguro a ms de uno se le pas por la cabeza, incluso quizs a l mismo. Dejando las ancdotas personales que poca cabida he de darles aqu, me gustara comentar el aspecto que ms la atencin me ha llamado de todo el conjunto de temas tratados en Defensa apasionada del idioma espaol. Desde siempre he sido un fascinado por cmo la lengua espaola se ha mantenido en Espaa y en casi toda Amrica Latina. Me enorgullezco de que as sea, de que la lengua a la que tanto adoro se hable en buena parte del mundo y de poder hablar sin necesidad de cambiar de idioma con una persona a ms de 12 horas de avin desde Espaa. He de decir que evidentemente no me enorgullezco y no me satisface el modo con el cual la lengua castellana se impuso el la Amrica de Coln, pero cmo si no el latn se impuso en Hispania y con su evolucin lleg a nuestros das el castellano. Y an as, mientras ms se me da a conocer la lengua, ms disfruto de ella. Pues bien, dejando la historia aparte y encauzando el tema, insisto, me sorprende que a tantos kilmetros de distancia el espaol se haya mantenido tan intacto en Sudamrica despus de cinco siglos, y es ah donde entra el concepto de unidad y he ah el tema al que voy a dedicar el resto de esta crtica (del libro: tema VIII Una lengua unida). La unidad de la lengua espaola

Me gustara empezar a trata este tema desde el principio, y el principio es el ttulo: Una lengua unida. As, sin ms, proclamando en tan slo una lnea lo que ms de un autor ha puesto en duda en ms de una ocasin como ha podido ser el fillogo Rufino Jos Cuervo. Y es que dos son las razones por las cuales Cuervo se radicaliza frente a la unidad

de

la

lengua

espaola

de

forma

negativa:

La conviccin de que el espaol americano sufrira una seria fragmentacin y que esta conducira necesariamente al establecimiento de varias lenguas nacionales. El hecho de que las jvenes repblicas del continente, en los albores del siglo XX, salan apenas de una serie de enfrentamientos y de guerras y, por ende, no poda clasificarse esta de situacin tranquila. Por una parte la primera razn se puede entender pero por otra a la segunda no le veo la relacin con la fragmentacin de la unidad idiomtica. En contraposicin al pensamiento de Cuervo y a favor, por tanto, de lex Grijelmo en cuanto a que el espaol sigue siendo una lengua unida, se encuentra la opinin de Juan Valera, desarrollada en un artculo periodstico en el cual expone dos ideas fundamentales: Para que al espaol le sucediera algo semejante a lo que le pas al latn sera necesario que le sobreviniera algo parecido a la invasin de los brbaros. El poema Natasio (de Soto y Calvo y en el que en su prlogo Cuervo da sus ideas de fragmentacin de la unidad idiomtica) est escrito en un espaol bastante puro. Uno de los aspectos por el que muchos lingistas temen por la ruptura de la unidad del espaol entre Espaa y Amrica es el lxico. Este es un tema que lex Grijelmo trata en el captulo que estoy tratando y pone varios ejemplos como que en Mxico se dice profesionista en vez del profesional usado en Espaa, o que el peruano dice voltearse en lugar del volverse espaol. Defiende que tan espaolas son las palabras y expresiones de Espaa como las de Sudamrica porque estn construidas en base al mismo idioma, y como apunta en el captulo VI del libro, han sido creadas con los mismo cromosomas. Pero a este hecho se le suma otro que s que puede constituir una, no ruptura de unidad, sino diferenciacin entre el espaol de Espaa y el espaol de Amrica, y es el caso de los tecnicismos. Es necesario determinar escribe Jos G. Moreno de Albacules de los vocablos de carcter tcnico o cientfico han penetrado ya en el espaol general y forman hoy parte del vocabulario cotidiano en reas semnticas tales como el telfono, la electricidad, el automovilismo, la televisin, etctera (MORENO, 1992: 19). Para corroborar est a idea, Jos G. Moreno cita a Dmaso alonso y transcribe estas palabras del artculo del citado autor Para evitar la diversificacin de nuestra lengua: es tal el alud de voces necesarias para la vida moderna (la mayor parte internacionales) que cae sobre la lengua, que encauzarlas y aclimatarlas en lo posible se dedica quiz la mayor parte del tiempo de las sesiones en la Real Academia Espaola. Siguiendo con el tema del lxico, lex Grijelmo apunta en el libro tambin que los anglicismos, tales como jersey en espaol o chompa en Per, ocasionan pequeas fracturas en la unidad de los hispanos pero que al no ser el volumen de estos ejemplos alarmante an, se puede considerar que la unidad del espaol es indiscutible. Comentando desde mi punto de vista algo sobres este tema, estoy totalmente de acuerdo con lex Grijelmo porque considero que hoy da el espaol mantiene mucha de su pureza y ello se ejemplifica en el hecho, por ejemplo, de que la comunicacin de un espaol con Amrica del Sur, sea cual sea el pas, es posible, ya sea leyendo el peridico, viendo la televisin o hablando directamente con ellos, y que palabras como jersey o chompa y aparcar o parquear no impide que en la comunicacin haya fracturas. Para demostrar este hecho, a contin uacin voy a exponer una noticia de un diario espaol y la misma noticia en un diario mexicano: Diario Desaparece el lder espiritual del siglo XX ABC. Espaa

ROMA. Un inmenso aplauso reson ayer a las diez de la noche en la plaza de San Pedro como ltimo homenaje a Juan Pablo II cuando el vicesecretario de Estado, monseor Leonardo Sandri, anunci su fallecimiento a unos cuarenta mil jvenes que rezaban el rosario. Diario MUERE JUAN PABLO II Excelsior. Mxico

Ciudad del Vaticano, 3 abril. El papa Juan Pablo II muri el sbado por la noche en sus aposentos del Vaticano a los 84 aos despus de una prolongada lucha contra una serie de dolencias.El llamado Papa viajero condujo la Iglesia

catlica durante 26 aos y contribuy a derribar el comunismo en Europa con su prdica viajera, fue despedido este sbado con el repicar de campanas en todos los rincones catlicos del mundo. Podemos observar en estos dos ejemplos como no hay ni una sola diferencia gramatical ni lxica. Y para seguir corroborando la unidad entre Amrica Latina y Espaa y demostrar que, como ya he dicho, la comunicacin no se ve coartada por el lxico ni por otra traba fnica o gramatical, ngel Rosenblat escribi en su obra El castellano de Espaa y el castellano de Amrica que es verdad que la prosa de Alfonso Reyes tiene algunos mejicanismos, pero que a la de Ortega no le faltan madrileismos y las dos proclaman la unidad de una lengua culta que es medio providencial de comunicacin y vnculo de fraternidad entre varias naciones de origen espaol derramadas sobre los dos continentes. Para dejar el lxico a un lado, es necesario terminar con una conclusin transcrita de Rafael Lapesa: en ninguno de los niveles del habla encontramos completa unidad; pero en todos el fondo comn es hasta ahora mucho ms poderoso que los particularismos Es, en definitiva, lo que yo llamara la esencia del lenguaje. Dentro de la defensa de la unidad idiomtica del espaol, Gastn Carrillo Herrera ocupa un papel muy importante. l mismo razon una hiptesis contraria a una de las formulaciones de Cuervo (antes no expuesta) a favor de la diversificacin del espaol. Cuervo sostuvo que la literatura costumbrista podra ser causa de la fragmentacin hispnica idiomticamente hablando, a lo que Carrillo Herrera contest que las formas populares que aparecen en ese tipo de textos no afectan a la lengua estndar, pues todo lector las identifica como pertenecientes a niveles lingsticos que no le son propios. Otra de las causas del por qu Carrillo es un gran defensor de la unidad en el idioma hispano es el pensamiento contrario a los que piensan que el crecimiento de las ciudades americanas pueden causar fragmentaciones en el espaol. Carrillo defiende esta idea haciendo ver que ms bien, el que las ciudades crezcan, fortalece la unidad lingstica, pues en los grandes asentamientos humanos lo que se pierde es lo dialectal y lo que queda es lo unitario o estndar. Una defensa, a mi juicio, innegable por los hechos empricos que histricamente se pueden comprobar en el crecimiento de muchas de las ciudades espaolas. En contraposicin a la defensa que le dedica Carrillo a la defensa de la unidad del espaol, Dmaso Alonso en el Congreso de Academias de 1956 tuvo una visin muy pesimista la cual fue expresada del siguiente modo: La lengua est en peligro, nuestro idioma comn est en un peligro penosamente prximo La misin acadmica es evitar que dentro de pocas generaciones los hispanohablantes no se puedan entender los unos a los otros, impedir que nuestra lengua se nos haga pedazos () la fontica del mundo hispnico est cuarteada un siglo de profundas agitaciones pueden convertir los quiebros en abismos insalvables.

Yo pienso que es una visin un poco apocalptica del futuro unitario de nuestra tan preciada lengua. Claro que los acadmicos tienen que intentar que los hispanohablantes sigamos intercomunicndonos pero, Es tan verdaderamente grave el peligro fontico para que dentro de pocas generaciones no nos entendamos? A los hechos referidos al lxico expuestos anteriormente me remito. Para algo estn los cromosomas del idioma de los que lex Grijelmo habla, la genealoga de las palabras. Cierto es que si la Real Academia de la Lengua Espaola admitiera en su diccionario ms palabras espaolas formadas en Latinoamrica, habra todava menos palabras diferentes de las que hay. Pero por suerte, y digo por suerte porque creo firmemente despus de la documentacin consultada en la unidad de la lengua castellana, hay otros muchos (dira en mayora) argumentos que la apoyan. Y me gustara mostrar el comentario en el que ngel Rosenblat dice que la unidad de la lengua culta, no es una unidad mecnica, rgida, inmvil, sino una unidad flexible y dinmica, en tenga amplia cabida la libertad creadora del hombre, una unidad regida ms que por una tica racional y severa, por una esttica mvil, siempre inquieta, debe ser obra comn de la cultura. Tal y como yo he entendido el libro Defensa apasionada del idioma espaol pienso que no slo el captulo que estamos tratando (Una lengua unida) se corresponde totalmente con la idea del prrafo de Rosenblat, sino todo el libro en general. Al igual que el ya citado Rosenblat, lex Grijelmo aboga por la libre creacin, por la democracia de la lengua: la lengua creada por el pueblo; por la flexibilidad en esa libre creacin de las palabras con prefijos y sufijos espaoles, y que esa creacin, ya sea en Espaa o Latinoamrica, sea espaola. Esto es lo que realmente diferencia tanto a ngel Rosenblat en cuyo prrafo se resume la idea de Defensa apasionada del idioma espaol, como al autor

del mismo de Dmaso Alonso o Rufino Jos Cuervo, la libertad de creacin y el establecimiento del espaol como lengua culta de Espaa y Latinoamrica. Otros dos factores extrados del libro de Jos G. Moreno del Alba El espaol de Amrica que abogan por una tendencia a la unidad son los siguientes: 1. La recproca influencia que se ejerce entre lengua y nacin, y el espaol ha jugado un papel decisivo en la consolidacin de los Estados americanos. 2. Entre todas las agrupaciones de los seres humanos, quiz la lingstica sea la que se considere siempre como la ms slida. Ciertamente hay en el extenso territorio de Amrica las obvias diferencias nacionales y regionales; sin embargo existe a si mismo y tal vez ms notable que ellas, una fundamental unidad de cultura y de historia. Esta segunda caracterstica es lo que Rafael Lapesa expresa en una frase transcrita de l. Una vez ms se apuesta por la esencia del idioma, que es lo que verdaderamente perdura y lo que, pienso, que lex Grijelmo refleja en su Una lengua unida: esencia y, de nuevo, libertad de creacin. Y para demostrar una vez ms que la unidad del espaol sigue en alza y pujando y dar la razn a lex Grijelmo cuando dice que el espaol forma una unidad indiscutible he de acudir de nuevo a ngel Rosenblat cuando dice que frente a la diversidad inevitable del habla popular y familiar, el habla culta de Hispanoamrica presenta una asombrosa unidad con la de Espaa, una unidad sin duda mayor que la del ingls de los Estados Unidos y el portugus de Brasil con respecto a la antigua metrpoli: unidad de estructura gramatical y unidad de medios expresivos. Nuevamente se puede comprobar como el concepto de esencia se deja entrever y como el lxico no constituye gran importancia en la fragmentacin del idioma ya que predomina la unidad en la estructura gramatical y la de los medios de expresin. Para terminar esta crtica me gustara decir que Defensa apasionada del idioma espaol puja por un castellano unitario en Espaa y en Amrica, un castellano abierto a modificaciones (siempre con sus correspondientes adaptaciones), un castellano de, y cayendo en la repeticin, esencia, y un castellano amado por todos los hispanohablantes, porque debemos respetar lo que han construido para nuestro disfrute. Por ltimo e imitando a Jos G. Moreno del Alba, me gustara concluir con un porvenir optimista para la unidad del espaol, citando a Antonio Quilis en el Congreso sobre el presente y futuro de la lengua espaola en 1963: Se ha comprobado un optimismo prcticamente con respecto a la unidad esencial de la lengua espaola en el mundo hispnico. Tal unidad no se ve amenazada por serios peligros de fragmentacin actualmente. Todo lo contrario: en las ltimas dcadas se ha estado percibiendo una tendencia general a la unificacin del habla culta y existen las premisas para esperar que esa tendencia contine y se afirme cada vez ms.

Entre sus aplicaciones se incluyen desde el anlisis del efecto de mutaciones hasta la prediccin de ligandos y actividades catalticas, en funcin de la calidad de los modelos, que a su vez depende de su semejanza con las estructuras molde utilizadas. En la siguiente figura se resumen las aplicaciones de los modelos comparativos, en base a su calidad promedio. En la parte inferior del diagrama se explica que cuando no hay templates disponibles queda la alternativa del modelado de novo (tambin se usa en la literatura el trmino ab initio ), que hasta la fecha ha demostrado construir modelos aceptables para secuencias de menos de 100 aminocidos.