*Corresponding author: Marilena Palmisano, Zurich University of Applied Sciences, Dept. N, P.O. Box, CH‐8820 Wädenswil / marilena.palmisano@zhaw.

ch 
Simultaneous detection & identification
of pathogenic fungi in wheat using
a DNA macroarray
M. PALMISANO*

, C. WOHLER

, J. BOOS

, R. KUHN

,  
H. SIEROTZKI

, M. BOLSINGER

 

Zurich University of Applied Sciences, 

Syngenta AG 
A project sponsored by the Commission for Technology and Innovaon KTI/CTI Nr. 9649.1 PFLS‐LS 
ArrtìcntìoNs Ι srNrrìts
 All‐in‐one soluon for the enre plant producon cycle 
 Precise pathogen idenficaon guarantees efficient treatment 
 Risk management tailored to individual customer needs 
 Improved financial security 
 Improvement of product quality 
Methods
 
Key Facts
The detecon of economically important pathogens is a key element in sustainable wheat 
producon and a prerequisite for crop protecon. The objecve of the project was to de‐
velop a DNA macroarray for fast and cost‐effecve detecon of nine pathogenic fungi in 
wheat: Fusarium graminearum, F. culmorum, F. poae, Microdochium nivale var. majus, M. 
nivale var. nivale, Puccinia recondita, Septoria trici, S. nodorum and Pyrenophora trici‐
repens. 
The macroarray is sensive enough to detect single nucleode polymorphisms (SNPs). 
Sample analysis is simple, fast, cost‐effecve and suitable for high throughput screening. 
Results
The figure shows the specifity of the DNA macroarray. 
Three species‐specific oligonucleodes (Fgra, Fcul, Fpoa) 
were spoed on the array and hybridized with DIG‐
labeled PCR products of genomic DNA from Fusarium 
graminearum, F. culmorum and F. poae. 
The oligonucleodes could not hybridize with a non tar‐
get DIG‐labeled PCR product when there were more 
than two mismatches on the binding side. 
 
*
 
 
F
.
 
c
u
l
m
o
r
u
m
 
(
1
0
0
 
%
 
m
a
t
c
h
)
 
 
*
 
 
F
.
 
g
r
a
m
i
n
e
a
r
u
m
 
(
1
0
0
 
%
 
m
a
t
c
h
)
 
 
*
 
 *p = 0.05 
2
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
3
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
3
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
4
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
3
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
4
 
m
i
s
m
a
t
c
h
e
s
 
 
F
.
 
p
o
a
e
 
 (
1
0
0
 
%
 
m
a
t
c
h
)
 
 
©
 
R
o
c
h
e
 
 
©
 
s
y
n
g
e
n
t
a
 
Tnr rowrn or tnr DNA mncnonnnnv
 
 
©
 
d
p
a
 
 
©
 
s
o

w
a
r
e
t
h
i
n
k
t
a
n
k
 
 
©
 
v
i
c
t
o
r
i
n
o
x
 
 
©
 
a
l
l
t
h
i
n
g
s
d
 
Results within 6 hours

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful