CUESTIONARIO

1. Distinga entre los siguientes trminos: purina/pirimidina; origen de replicacin/burbuja de replicacin/horquilla de replicacin; helicasas/topoisomerasas; RNA primasa/DNA polimerasas; cadena adelantada/cadena rezagada; cebadores de RNA/fragmentos de Okazaki/DNA ligasa. R= Hay cinco bases nitrogenadas diferentes en los nucletidos, que son los sillares de construccin de los cidos nucleicos. Dos de ellas, la adenina y la guanina, tienen una estructura de dos anillos y se conocen como purinas. Las otras tres, citosina, timina y uracilo, tienen una estructura de anillo nico y se conocen como pirimidinas. La adenina, la guanina y la citosina se encuentran tanto en el DNA como en el RNA, mientras que la timina se encuentra slo en el DNA y el uracilo slo en el RNA. El proceso general de la replicacin es comn a las clulas procariticas y eucariticas; sin embargo, el mecanismo difiere en algunos aspectos. La iniciacin de la replicacin del DNA, tanto en procariotas como en eucariotas, siempre comienza en una secuencia especfica de nucletidos conocida como el origen de la replicacin. Si se observa el DNA en replicacin con el microscopio electrnico, la zona de sntesis aparece como un "ojo", o burbuja de replicacin. En cualquier extremo de la burbuja, donde las cadenas viejas comienzan a ser separadas por la helicasa y las nuevas cadenas complementarias estn siendo sintetizadas, la molcula parece formar una estructura en Y conocida como horquilla de replicacin. La replicacin es bidireccional y hay dos horquillas de replicacin que se mueven en direcciones opuestas desde el origen. El proceso de replicacin requiere protenas iniciadoras especiales, adems de varias enzimas diferentes. Entre ellas, las helicasas rompen los puentes de hidrgeno que unen las bases complementarias y abren la hlice en el origen de la replicacin. Pero, a medida que las cadenas de la hlice se separan, las porciones contiguas de la doble hlice corren el peligro de enrollarse ms y ms -es decir superenrollarse-. Otras enzimas, las topoisomerasas, rompen y reconectan una o ambas cadenas de la hlice, permitiendo que giren y se aliviane la tensin. Para que ocurra la sntesis de una nueva cadena complementaria de DNA es necesaria la presencia de la cadena vieja que sirve de molde pero, adems debe estar presente una secuencia de inicio para la nueva cadena. Esta secuencia de inicio es provista por un cebador o primer, formado por nucletidos de cido ribonucleico (RNA). En la cadena simple abierta de DNA, la sntesis del cebador de RNA es catalizada por una enzima conocida como RNA primasa. Con los cebadores de RNA colocados en el lugar correcto y apareados a la cadena complementaria, las DNA polimerasas comienzan a sintetizar nuevas cadenas complementarias de DNA a lo largo de las cadenas molde, aadiendo nucletidos, uno por uno, a las cadenas en crecimiento. Aunque la cadena 5' a 3' se sintetiza continuamente como una sola unidad, la cadena 3' a 5' se sintetiza de manera discontinua, como una serie de fragmentos, cada uno de los cuales es sintetizado en la direccin 5' a 3'. La cadena que se sintetiza de manera continua se conoce como cadena adelantada, y la cadena que se sintetiza como una serie de fragmentos se conoce como cadena rezagada.

Para la sntesis de la cadena adelantada es necesaria la presencia de un cebador - una secuencia de inicio para la nueva cadena- en un nico sitio. La cadena rezagada se sintetiza de manera discontinua, como una serie de fragmentos, los fragmentos de Okazaki, cada uno de los cuales es sintetizado en la direccin 5' a 3'. Pero, para la sntesis de los fragmentos que forman la cadena rezagada se necesitan mltiples cebadores, dispuestos a intervalos. Los fragmentos de Okazaki tpicamente constan de 1.000 a 2.000 nucletidos en procariotas y entre 100 a 200 nucletidos en eucariotas. La DNA ligasa, conecta los sucesivos fragmentos, catalizando la reaccin de condensacin que une grupos fosfato y azcar contiguos.

2. Cules son los pasos por medio de los cuales Griffith demostr la existencia del factor transformador? R= Griffith estaba interesado en descubrir si las inyecciones de neumococos virulentos muertos por calor, que no causaban la enfermedad, podran utilizarse para inmunizar contra la neumona. Inocul ratones, simultneamente, con bacterias virulentas muertas por calor y bacterias no virulentas vivas; cada una de ellas por separado era inofensiva pero, al inocularlas juntas, todos los ratones murieron. Cuando Griffith efectu las autopsias, encontr que los cuerpos tenan gran cantidad de bacterias encapsuladas vivas y, por lo tanto, virulentas (vase la fig. 14-2 del libro). "Algo" se haba transferido de las bacterias muertas a las vivas que las dotaba de la capacidad para formar cpsulas de polisacridos y causar neumona. Este "algo" fue aislado; luego se encontr que era DNA.

3. Cuando la estructura del DNA se estaba dilucidando, result aparente que uno de los dos tipos de purina deba aparearse con un tipo de pirimidina y que el otro tipo de purina deba hacerlo con el otro tipo de pirimidina. La evidencia para este requisito provino de dos tipos de datos aportados por Erwin Chargaff y por los fsicos Maurice Wilkins y Rosalind Franklin, cules fueron estas aportaciones? R= Uno de los datos proviene de los experimentos de Erwin Chargaff quien rompi molculas de cidos nucleicos en sus bases constitutivas y las separ mediante cromatografa en papel. De esta manera pudo analizar el contenido de purinas y pirimidinas del DNA de muchos tipos diferentes de seres vivos y encontr que las bases nitrogenadas no siempre aparecan en proporciones iguales. Las proporciones de las cuatro bases nitrogenadas son iguales en todas las clulas de todos los individuos de una especie dada, pero varan de una especie a otra. Por lo tanto, las variaciones en la composicin de bases bien podran proporcionar un "lenguaje" en el cual estaran escritas las instrucciones que controlan la actividad celular. Dentro del error experimental, la cantidad de adenina (A) es igual que la de timina (T) y la de guanina (G) es igual que la de citosina (C): A=T y G=C. El otro dato provino de los fsicos Maurice Wilkins y Rosalind Franklin que aplicaron la tcnica de difraccin de rayos X al estudio del DNA. Las fotografas obtenidas mostraban patrones que casi con certeza reflejaban los giros de una hlice gigante. De acuerdo con las mediciones efectuadas mediante rayos X, la distancia entre los dos lados o parantes de la hlice es de 2 nanmetros. Dos

purinas combinadas tendran ms de 2 nanmetros y dos pirimidinas no alcanzaran para cubrir esta distancia. Pero si una purina se apareara en cada peldao con una pirimidina, habra un ajuste perfecto y la molcula tendra el mismo ancho en toda su longitud. Por consiguiente, las bases apareadas deben ser siempre combinaciones de una purina con una pirimidina. 4. De la siguiente secuencia de DNA, escriba el RNAm que codificara, seale el codn de inicio y el de terminacin (end), y el polipptido resultante. 3 A G G T G C A T G C T T A A G C C T G A T A G C T A A T A T 5 5 T C C A C G T A C G A A T T C G G A C T A T C G A T T A T A 3

5. En la burbuja de replicacin diagramada, marque los extremos 5' y 3' de cada cadena de nucletidos, el origen de replicacin, la horquilla de replicacin, e identifique la cadena adelantada y la cadena rezagada.

Luego, la burbuja de replicacin se expandir en ambas direcciones y la cadena adelantada se alargar. La cadena retrasada se alargar mientras haya suficiente cebadores, dispuestos a intervalos que permitan la sntesis de los fragmentos de Okazaki. Los fragmentos cercanos al origen de replicacin se unirn a la cadena de DNA en crecimiento. 6. Distinga entre los siguientes trminos: mRNA/tRNA/rRNA; cdigo/codn/anticodn; transcripcin/traduccin; sitio P/sitio A; iniciacin/elongacin/terminacin. R= Las molculas de mRNA son largas copias (o transcriptos) de secuencias de DNA -de 500 a 10.000 nucletidos- y de cadena simple pero, a diferencia de las molculas de DNA, las de RNA se encuentran en su mayora como molculas de cadena nica. El rRNA junto con un grupo de protenas asociadas forma los ribosomas. Cada ribosoma es una gran maquinaria de sntesis de protenas. Los ribosomas consisten en dos subunidades. En los ribosomas de E. coli, la subunidad ms pequea (30S) tiene un tipo de rRNA, conocido comnmente como rRNA 16S, y una sola molcula de cada una de 21 protenas diferentes. La subunidad de mayor tamao (50S) tiene dos tipos de rRNA, uno conocido como rRNA 5S y el otro como rRNA 23S, adems de 34 protenas diferentes. Las molculas de tRNA presentan una estructura tridimensional (estructura secundaria) similar a una hoja de trbol con regiones de la molcula formando doble cadena. De este plegamiento depende su funcin. Estas molculas pequeas pueden llevar un aminocido en un extremo y tienen un triplete de bases, el anticodn, en un asa central, en el extremo opuesto de la molcula. La molcula de tRNA es el adaptador que aparea el aminocido correcto con cada

codn de mRNA durante la sntesis de protenas. Hay al menos un tipo de molcula de tRNA para cada tipo de aminocido presente en las clulas.

Cdigo se refiere al cdigo gentico que establece la forma en que las 4 bases nitrogenadas de la molecula de DNA dictan la secuencia de los 20 aminocidos que forman las protenas. La unidad del cdigo gentico son tres nucletides o tripletes, el codn de la molcula de RNA complementaria a la cadena de DNA. De las 64 combinaciones posibles de tripletes del cdigo de nucletidos de cuatro letras, se han identificado 61 combinaciones correspondientes a los 20 aminocidos que constituyen las molculas de protenas. Cada molcula de tRNA tiene dos sitios de unin importantes. Uno de ellos, conocido como el anticodn, es el que se acopla con el codn de la molcula de mRNA. Las molculas de mRNA son largas copias (o transcriptos) de secuencias de DNA. El proceso de sntesis de RNA se conoce como tra-nscripcin. La sntesis de protenas se conoce tambin como traduccin, dado que es la transferencia de informacin del lenguaje de los nucletidos al de los aminocidos. El sitio P (peptdico) y el sitio A (aminoacil) son dos sitios de la subunidad ms grande de los ribosomas a los que se unen las molculas de tRNA. En primer lugar, el complejo tRNA-fMet ocupa el sitio P. El sitio A (aminoacil) est vacante. Luego, un segundo tRNA, con su aminocido unido, se coloca en el sitio A y su anticodn se acopla con el mRNA. Se forma un enlace peptdico entre los dos aminocidos reunidos en el ribosoma. Al mismo tiempo, se rompe el enlace entre el primer aminocido y su tRNA. El ribosoma se mueve a lo largo de la cadena de mRNA en una direccin 5' a 3', y el segundo tRNA, con el dipptido unido, se mueve desde el sitio A al sitio P, a medida que el primer tRNA se desprende del ribosoma. Un tercer aminoacil-tRNA se coloca en el sitio A y se forma otro enlace peptdico. Iniciacin es la primera etapa en la sntesis de protenas. La subunidad ribosmica ms pequea se une al extremo 5' de una molcula de mRNA. La primera molcula de tRNA, que lleva el aminocido modificado fMet, se acopla con el codn iniciador AUG de la molcula de mRNA. La subunidad ribosmica ms grande se ubica en su lugar, el complejo tRNA-fMet ocupa el sitio P. Elongacin es la segunda etapa en la sntesis de protenas. Un segundo tRNA, con su aminocido unido, se coloca en el sitio A y su anticodn se acopla con el mRNA. Se forma un enlace peptdico entre los dos aminocidos reunidos en el ribosoma. Al mismo tiempo, se rompe el enlace entre el primer aminocido y su tRNA. El ribosoma se mueve a lo largo de la cadena de mRNA en una direccin 5' a 3', y el segundo tRNA, con el dipptido unido, se mueve desde el sitio A al sitio P, a medida que el primer tRNA se desprende del ribosoma. Un tercer aminoacil-tRNA se coloca en el sitio A y se forma otro enlace peptdico. La cadena peptdica naciente siempre est unida al tRNA que se est moviendo del sitio A al sitio P y el tRNA entrante que lleva el siguiente aminocido siempre ocupa el sitio A. Este paso se repite una y otra vez hasta que se completa el polipptido. Terminacin es la tercera etapa en la sntesis de protenas. Cuando el ribosoma alcanza un codn de terminacin, el polipptido se escinde del ltimo tRNA y el tRNA se desprende del sitio P. El sitio A es ocupado por un factor de liberacin que produce la disociacin de las dos subunidades del ribosoma. 7. Defina el "dogma central" y describa su importancia en la teora de la evolucin. R= El "dogma central" establece que la informacin fluye del DNA al RNA y de ste a las protenas en una nica direccin. As, el genotipo (DNA) determina el fenotipo, dictando la composicin de

las protenas. Sin embargo, las protenas no alteran el genotipo, es decir, las protenas no envan instrucciones de regreso al DNA.

La importancia del dogma central en la teora evolutiva es la refutacin de la posibilidad de la herencia de los caracteres adquiridos. La seleccin natural acta sobre las caractersticas heredables. 8. Aun antes de que se descifrara el cdigo gentico, se crea que ste era degenerado. Explique por qu. R= De las 64 combinaciones posibles de tripletes, 61 especifican aminocidos particulares y 3 son codones "sin sentido" o de terminacin. Dado que 61 combinaciones codifican 20 aminocidos, puede verse que debe haber ms de un codn para la mayora de los aminocidos; por esta razn, se dice que el cdigo gentico es degenerado. Degeneracin es un vocablo usado por los fsicos para describir los estados mltiples que se refieren a la misma cosa.

9. En un segmento hipottico de una cadena de DNA, la secuencia de bases es: (3')-AAGTTTGGTTACTTG-(5'). Cul sera la secuencia de bases en una cadena de mRNA transcripta a partir de este segmento de DNA? Cul sera la secuencia de aminocidos codificada por el mRNA? R= El mRNA es: 5'- UUCAAACCAAUGAAC-3' La secuencia de aminocidos que codifica es: fenilalanina-lisina-prolina-metionina-asparagina. Tiene importancia donde empieza la transcripcin. Si empieza en la segunda A de la cadena de DNA, la secuencia de mRNA ser 5'UCAACCAAUGAAC-3' y la secuencia de aminocidos ser serina, asparagina, glutamina, terminacin.

10. Qu papel juegan las protenas SSB en la secuencia de pasos implicados en la iniciacin de la replicacin del DNA? R= Se unen al ADN como tetrmeros, y estabilizan la estructura de hebra simple generada por la accin de las helicasas. La replicacin es 100 veces ms rpida en presencia de estas protenas.

Bibliografa:
http://preujct.cl/biologia/curtis/autoeval/flash/eval3.htm

ltima fecha de consulta: 05/08/2013