El dentista es culpable?

A inicios de los 90 se desarroll una famosa investigacin sobre un dentista en Florida, quien fue acusado de infectar con el virus del VIH a algunos de sus pacientes durante procedimientos dentales invasivos (endodoncias, exodoncias y cirugas de terceros molares). Se determinar si el dentista fue la causa de estas infecciones mediante el uso de las bases de datos, herramientas de alineacin y rboles filogenticos. Background: Despus de hacer investigacin epidemiolgica para encontrar el origen del VIH para un paciente sin algn factor de riesgo, se encontr una probable causa de infeccin. Este paciente haba pasado por una serie de endodoncias realizada por un dentista con sida. Posteriormente a una investigacin ms precisa, se encontr que otros seis pacientes de este dentista tambin tenan el virus del VIH. Se realiz una investigacin molecular por parte de la Stanford University School of Medicine and Center of Disease Control para determinar si los pacientes contrajeron el virus de su propio dentista. Mediante la comparacin de las secuencias para un gen particular del virus extrado de muestras de sangre del dentista, sus pacientes y otros individuos VIH+ en la comunidad que no tenan ningn contacto con el dentista, los cientficos buscaron si haba alguna relacin entre los virus del dentista y los pacientes. Ms informacin Ou, C.Y.; Ciesislski, C.A.; Myers, G. et al. (1992). Molecular Epidemiology of HIV Transmission in a Dental Practice. Science. 256:1165-1171. Abstracto: Un anlisis molecular fue realizado por la Stanford University School of Medicine and Center of Disease Control para determinar si seis pacientes de un dentista radicado en Florida quienes resultaron ser portadores del VIH contrajeron el virus de l. Se amplificaron y secuenciaron porciones del gen del VIH que codifica para su envoltura mediante la reaccin en cadena de la polimerasa de cada uno de los siete pacientes, el dentista y treinta y cinco personas infectadas dentro del rea geogrfica.

Uso de las bases de datos

Se proporcionan los nmeros de acceso para los virus usados en la investigacin. (GenBank) M90853 M90854 M90855 M90856 M90857 M90858 M90859 M90860 M90861 M90862 M90863 M90864 M90865 M90866 M90867 M90868 M90869 M90870 M90871 M90872 M90873 M90874 M90875 M90876

Referencia: Molecular epidemiology of HIV transmission in a dental practice. Science. 1992 May 22;256(5060):1165- 71. PMID: 1589796; UI: 92271245 234 sequences -Buscar alguno de los genes en GenBank (nucleotide) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ -Explicar la estructura y presentacin de la informacin. -Para esta actividad se han elegido 6 secuencias. Hay 4 secuencias de pacientes, una del dentista, una secuencia de alguien que es VIH+ y que vive en el rea pero no tiene contacto con el dentista (control local) y una secuencia de una persona VIH+ que vive en otra parte del mundo (control externo)
>Dentista NFTDNAKIIIVQLNASVEINCTRPNNNTRKGIHIGPGRAFYATGEIIGDIRQAHCNISREKWNNTLN QVVTELREQFGNKTITFNHSSGGDPEI >Paciente1 NFTDNAKIIIVQLNASVEINCTRPNNNTRKGINIGPGRAFYATGGIIGDIRQAHCNISEEKWNNTLK QVVTKLREQFGNKTIIFNHSSGGDPEI >Paciente2 NFMDNVKTIIVQLNESVQINCTRPNNNTRKSIHIAPGRAFYATGEIIGDIRQAHCNLSSIKWNDTLR QIAKKLKEQFGNKTIIFNQSSGGDPEI >Paciente3 NFTDNAKIIIVQLNASVEINCTRPNNNTRRGIHIGPGRAFYATDRIVGDIRQAYCNISREKWNNTLK QVVAKLREQFVNKTIIFNHSSGGDPEI >ControlLocal NFTDNTKTIIVQLNTSVTINCTRPGNNTRKSITMGPGKVFYAGEIIGDIRQAHCNLSRAAWNDTLK QIVGKLQEQFGNKTIIFNHSSGGDPEI >ControlExterno NFTNNAKTIIVQLKRPVKINCTRPNNNTRKSINIGPGRAWYTTEIIGDIRQAHCKINQTEWNNTLKEI VEKLREQFGNKTIQFKNHSGGDPEI

-Qu patrones existen entre las secuencias? -Qu similitudes o diferencias hay? En qu manera lo son? -Cmo puede ayudarnos esta informacin para determinar si el dentista fue la causa del VIH en los pacientes?

-Usar BLAST para aminocidos. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi para entender la diferencia entre bases de datos para protenas y nucletidos. -Usar Reverse Translate http://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html

Uso de las herramientas de alineacin

Usar CLUSTALW http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ Clave de consenso *-Residuo totalmente conservado :-conservacin de grupos fuertes .-conservacin de grupos dbiles - no hay consenso -La informacin presentada en CLUSTALW cuando viste las secuencias planas? apoya los patrones que viste

-Crees que alguno de los cambios en los aminocidos son ms importantes que otros? -Por qu crees que 2 de las secuencias tienen un espacio (-)? -Cmo se puede utilizar esta informacin para determinar si el dentista fue la causa del VIH en los pacientes?

Uso de las herramientas de filogenia

-Usar phylogeny.fr http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/index.cgi -La informacin presentada en el rbol apoya los patrones que viste cuando viste las secuencias planas y en las alineaciones? -Por qu crees que algunas lneas son ms largas que las otras? -Qu significa que las lneas se crucen? -Se puede determinar si el dentista fue la causa del VIH en todos los pacientes?

Herramientas varias http://expasy.org/tools/

Este ejercicio est adaptado de http://www.bioquest.org/bioinformatics/edgridbeloit/activ ities.html por K.E. Miller.