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Mthodes de la Biologie structurale

Analyse de la structure des protines (et autres biomacromolecules) par resonance magntique nuclaire (RMN) Burkhard Bechinger

Livres recommands
La RMN des protines * Jeremy N. S. Evans, Biomolecular NMR spectroscopy, Oxford Univ. Press 1995 John Cavanagh, W.J. Fainbrother, A.G. Palmer III, N.J. Skelton: Protein NMR Spectroscopy, Principles and Practice, Academic Press (1996) Kurt Wthrich, NMR of proteins and nucleic acids, John Wiley & Son Fondations de la RMN recomande par un tudiant: La RMN - Concepts, mthodes et applications (dunod) 2me dition. * Jeremy K.M. Sanders and Brian K. Hunter Oxford University Press 1987 (Oxford, New York, Tokyo) * Harald Gnther: NMR-Spektroskopie, Thieme Verlag, Stuttgart, New York (traduit en Francais, English translation) Robin K. Harris: Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy A Physicochemical View, Longman Scientic & Technical, Essex Daniel Canet : RMN - Concepts et mthodes, Inter Editions, Paris P.J. Hore, J.A. Jones, S. Wimperis: NMR The Toolkit, Oxford Chemistry Primers 92 Des chapitres sur RMN on retrouve aussi dans les livres chimie physique ou chimie organique comme: www.protein-nmr.org.uk recomande par des tudiants: http://mutuslab.cs.uwindsor.ca/schurko/ssnmr/ssnmr_schurko.pdf http://www.rmn.uhp-nancy.fr/Mutzenhardt/CPM-701-RMN.pdf http://www-keeler.ch.cam.ac.uk/ http://www.kb.u-psud.fr/niveau2/enseignements/niveau3/etudmed/cours-irm/texte13.htm (aimantation nuclaire) http://pharmacie.univ-lille2.fr/recherche/labos/physique/ http://www.chimie-sup.fr/rmn.html La structure des biomolcules livres de biochimie voir aussi chier avec images sur ENT

Le dplacement chimique et lanalyse structurale de biomolcules (protines)

Le dplacement chimique (protines)

Le dplacement chimique (protines)

129 aa, 14.3 kDa

comparaison du spectre 1H dune ,petite protine et de lthanol

Les dplacements chimiques des acides amins Tableaux de rfrence: Wthrich (livre) ou http://www.bmrb.wisc.edu/

Lindexe de dplacement chimique -> structure secondaire


!

Le champ magntique Bo

Spectroscopies Interactions ondes electromagntiques - matire

Un avantage des champs magntiques elevs

Sanders et al., JACS 1957

La frquence v est proportionel au rapport-gyromagnetique (=isotope) et Bo

Transform de Fourier et Relaxation

Induction libre et

transform de Fourrier

Superposition de plusieurs ondes

Effet taille molculaire du complexe

MW 25 kDa

2,5 kDa

Residual Dipolar Coupling

Bicelles = mixtures of long and short chain phospholipids (or detergents, petides etc.)

Bo2 > kT

J+RDC

106-92=14 Hz 99-92= 7 Hz 87-92= -5 Hz

RMN en 2 dimensions et plus

1D

Lysozyme (protine de 129 rsidues,14 kDa gain en rsolution -----> 2D -----> 3D ---->

RMN en 2 D: COSY, TOCSY, NOESY

Systmes des spins des acides amins RMN des protines

COSY dune petite protine


(BUSI - bull seminal inhibitor)

absolute value COSY incl. attribution des residues

DQF-COSY

Total Correlation Spectroscopy (TOCSY)

COSY g b a

N N a b g

COSY

TOCSY g b a

N N a b g

COSY dune petite protine

region methyl/methylene non-rsolu frequences du systme de spin par TOCSY

foculariser sur des regions

NOESY dun polypeptide

NOESY dun polypeptide

NOEs et structures scondaires

Couplage J et expriences de correlation bas J

Rappel: Couplage J

Triangle de Pascal et Multiplicit des pics

Diffrentes allures cause des couplages J

Limitations du modle vectoriel de Dirac (2)

Couplage J et protines

Structure de la liaison peptidique


R2

R3

R1

Relation de Karplus et protines

Couplages J importants entre C-C, C-H, C-N, ...

HN(CO)CA

HNCA

C C CaH(i-1)

NH(i)

Figure 4.10 : Strips des spectres HN(CO)CA (bleu) et HNCA (noir) pour les rsidus 5 11 mettant en vidence lattribution des Ca ( encadr noir) et du Cai-1) (encadr bleu) pour chaque rsidu i et permettant ainsi lattribution squentielle ( pointills rouges).

Calcul des structures 3D des restraints gometriques

RMN du solide (y inclus membranes, gels etc.)

Rotation mcanique autour de langle ,magique