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Biologie Molculaire TD 8

(Ex. 28 + CC2-CC3 2007)

Exercice 28 : bactriophage T7

Exercice 28 : Rifampicine
Transcription in vitro, ADN Pol de T7 ARN Pol de E. Coli 4 NTP (avec ATP marqu au 14C) Aprs 2 min., addition de rifampicine => Incorporation de 14C pdt 40 min. puis arrt.

=> Action sur la phase dinitiation

CC2 : question 1 (4 pts)


(4 pts) Le gnome du virus SV40 a t trait sparment par 3 enzymes de restrictions diffrentes, dans des conditions appropries ; les rsultats obtenus aprs lectrophorse sont prsents ci-dessous.

Sur quels principes reposent la sparation et la rvlation des bandes observes ? En supposant que le gnome du SV40 est circulaire, prciser le nombre de site(s) EcoRI prsents. Sagit-il dADN ou dARN ? Expliquer.

CC2 : question 1 (4 pts)


Sur quels principes reposent la sparation et la rvlation des bandes observes ? ELECTROPHORESE Migration de particules charges sous l'effet d'un champ lectrique APPLIQUEE lADN :9 Support : gel dagarose 9 Sparation base sur la taille

Rvlation des bandes d'ADN (coloration) par le bromure d'thidium

CC2 : question 1 (4 pts)


En supposant que le gnome du SV40 est circulaire, prciser le nombre de site(s) EcoRI prsents.
Enzymes de restriction : - endonuclases (hydrolysent les liaisons phosphodiesters de lADN) - reconnaissent des squences spcifiques (palindromiques)

Les trois sortes de coupures gnres par des enzymes de restriction de type II.
HaeIII -> extrmits sans simple brin dpassant : des bouts francs; PstI et BamHI -> extrmits simples brins dites cohsives ( bouts collants ). PstI a une extrmit 3' qui dborde alors que BamHI en a une 5.

CC2 : question 1 (4 pts)


En supposant que le gnome du SV40 est circulaire, prciser le nombre de site(s) EcoRI prsents.

1 2 3

dans le texte : circulaire


aprs traitement Eco RI, 5 bandes donc 5 sites
I

1 4 5 6, 7, 8 5
IV V

2
II

3
III

Aprs traitement BamHI, 8 bandes (8 fragments) donc 8 sites Aprs traitement EcoRI, 5 bandes donc 5 sites Aprs traitement HindIII, 5 bandes donc 5 sites

CC2 : question 1 (4 pts)


Sagit-il dADN ou dARN ? Expliquer. Enzymes de restriction : - endonuclases (hydrolysent les liaisons phosphodiesters de lADN) - reconnaissent des squences spcifiques (palindromiques)

Action des enzymes de restriction => ADN double brin

CC2 : question 2 (5 pts)


Le bactriophage PBS2, qui infecte la bactrie B. subtilis, incorpore naturellement luracile la place de la thymine dans son ADN. Ds que lADN phagique entre dans la bactrie, une enzyme de rparation de la bactrie intervient pour liminer les uraciles. Le virus contourne aussitt cet obstacle en synthtisant un inhibiteur de cette enzyme, inactivant celle-ci ce qui permet lADN phagique dtre rpliqu. Quelle est lenzyme bactrienne de rparation qui intervient ? Dans quel processus est-elle normalement implique ?

Uracile glycosylase

Mode daction des ADN glycosylases

Ces enzymes hydrolysent la liaison glycosidique de la base altre correspondante (en rouge) pour produire un site AP

CC2 : question 2 (5 pts)

CC2 : question 3 (2 pts)


Quappelle-t-on rgion codante dun ARNm ? Comment appelle-t-on les rgions situes en amont et en aval de la rgion codante ?

CC2 : question 3 (2 pts)


Quest ce quune unit de transcription ?

CC2 : question 3 (2 pts)

CC2 : question 4 (5 pts)


Pourquoi y a t il plusieurs ARN polymrases chez les eucaryotes ? les cellules eucaryotes renferment 3 types dARN pol ces ARN Pol, toutes nuclaires, diffrent selon les ARN quelles synthtisent.

Type dARN pol Pol I

Localisation Nuclole

ARN synthtiss Prcurseurs de la plupart des ARNr Prcurseurs des ARNm Prcurseurs de lARNr 5s ARNt Diffrents petits ARN nuclaires et cytosoliques

Pol II Pol III

Nucloplasme Nucloplasme

Il existe galement des ARN Pol mitochondriales et (chez les plantes) chloroplastiques

CC2 : Bilan ARN Pol, Proc./Euc.

CC2 : question 5 (4 pts)


On dit que lADN de type B tourne droite ; quest ce que cela signifie ? Faire un schma.

CC2 : question 5 (4 pts)

Figure 2.16

CC2 : question 5 (4 pts)

Comparaison de la conformation de la dsoxyguanosine dans lADN -B & -Z


Dans lADN B, la liaison glycosidique C1-N9 est toujours en position anti (gauche). Par contre, dans lADN Z (de pas gauche), cette liaison subit une rotation (comme montr) et adopte en consquence la conformation syn ( droite).

CC3 :

question 1 : TD suivant (9) question 2 : plus tard (TD11 ou 12)

CC3 : question 3 (4 pts)


Le gnome du phage fX174 est constitu dADN un seul brin appel brin (+). Une fois dans la cellule dE. coli, le brin (+) dirige la synthse du brin (-), complmentaire avec lequel il sassocie pour former un ADN double brin circulaire appel forme rplicative. Des expriences dhybridation montrent que lARN produit par E. coli infect par fX174 ne shybride pas avec lADN gnomique du phage mais shybride avec la forme rplicative. Expliquer.

Le phage fX174 : modalits de sa rplication

Le phage X174 : modalits de sa rplication Brin (+) rplication Brin (-)


association

Forme rplicative transcription ARN


Hybridation ADN - ARN

LARN form ne shybride pas avec lADN gnomique mais avec la forme rplicative. Cest donc le brin (-) qui est complmentaire de lARN form; le brin (-) sert de matrice pour la transcription.

Hlices droites

Hlices gauches