Le dogme central de la Biologie Molculaire

Unit de Biologie Molculaire

Acide DoxyriboNuclique (ADN) Cours gnral (Transcription et Traduction) C. Jourlin-Castelli Transcription

Biologie Molculaire Procaryote (Cours + TD) C.C. Zhang et C. Jourlin-Castelli

Acide RiboNuclique (ARN) Traduction

Biologie Molculaire Eucaryote (Cours + TD) D. Aragnol et C. Maurel-Zaffran Protine

LARN

LARN

: les bases

ARN : Chane de nuclotides contenant du ribose ADN : Chane de nuclotides contenant du doxyribose

H Doxyribose NTP dNTP

nuclotide (Nucloside TriPhosphate)

doxynuclotide

Diffrence par rapport lADN : luracile remplace la thymine Appariement : A-U et G-C

LARN : orientation 5 3 Les diffrents types dARN ARN synthtis et reprsent dans le sens 5 3 Extrmit 5 : phosphate Extrmit 3 : hydroxyle Codants (traduits en protines) : Les ARN messagers : ARNm Ne reprsentent que ~ 5% des ARNs de la cellule Non codants : - Les ARN ribosomiques : ARNr Classes les plus abondantes dARNs - Les ARN de transfert : ARNt La chane (ou brin) dARN = enchanement de ribonuclotides GMP, AMP, CMP et UMP relis par des liaisons phosphodiester entre le carbone 3 dun nuclotide et le carbone 5 du suivant.

LARN : structure Structure primaire : squence en nuclotide dans lARN Structure secondaire : synthtis sous forme simple brin repliement sur lui-mme (appariement des bases) Rgion double brin : structure tige-boucle (ou pingle cheveux)
U G C boucle C A A U C G G C tige G U C G U A 5 A C U C A U A U C C G G C 3 Groupement amine Chanes dacides amins

Les protines

R H H N C H Groupement carboxyle C O OH Acide amin

R : chane latrale R diffre dun acide amin lautre 20 acides amins

Abrviation Acide amin Alanine Arginine Asparagine Acide Aspartique Cystine Acide Glutamique Glutamine Glycine Histidine Isoleucine Leucine Lysine Mthionine Phnylalanine Proline Serine Thronine Tryptophane Tyrosine Valine 3 lettres Ala Arg Asn Asp Cys Glu Gln Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val 1 lettre A R N D C E Q G H I L K M F P S T W Y V

La structure des protines La liaison peptidique

R1 H H N C H Acide amin 1 H 2O Extrmit amino-terminale (N-terminale) H H N C H C O N C H Dipeptide Petite chane dacides amins : oligopeptide Longue chane dacides amins : polypeptide C O R1 H R2 Extrmit carboxy-terminale (C-terminale) OH C O OH H H N C H Acide amin 2 C O R2 OH

La structure des protines La structure primaire

la squence en acides amins

La structure des protines La structure secondaire

liaison hydrogne entre les acides amins de la chane polypeptidique 2 formes principales : hlice et feuillet N-terminal

C-terminal

Lhlice

Structure secondaire des protines

La structure tertiaire

Le feuillet

repliement de la protine sur elle-mme

La structure quaternaire
protines formes de plusieurs chanes polypeptidiques multimres Homomultimres : un polypeptide en plusieurs exemplaires Htromultimres : diffrents polypeptides (galement appels sous-units)

La transcription La squence informative de l'ADN, pour tre convertie en une squence protique, doit tre rcrite (transcrite) en une squence d'ARN. Transcription = Processus de synthse dARN partir dune matrice ADN Chane dARN synthtise: identique un brin de lADN (brin codant ou brin complmentaire) complmentaire de lautre brin dADN (brin matrice) 5 A T T A C G A C C T A C G C A T 3 ADN 3 T A A T G C T G G A T G C G T A 5 Brin matrice 5 A U U A C G A C C U A C G C A U 3 Brin codant (Brin complmentaire)

ARN

La transcription Ne concerne quune portion de lADN Dmarre un promoteur Sarrte un terminateur (pas chez les eucaryotes)
ARN polymrase

Les ARN polymrases

Synthtisent lARN dans le sens 5 vers 3 Ne ncessitent pas damorces Se dplacent le long du brin matrice dans le sens 3 vers 5
longation terminaison ADN promoteur terminateur

3 grandes tapes : initiation (dbut) longation terminaison

initiation

Structure en pince de crabe

1 seule ARN polymrase chez les procaryotes

Unit de transcription

Enzyme responsable : ARN polymrase

5P ARN 3 OH

3 ARN polymrases chez les eucaryotes : I, II et III

Les ARN polymrases : complexit

Les ARN polymrases : conservation

1 seul polypeptide

12 sous-units ou plus

Woychik and Reinberg (2001) Encyclopedia of Life Sciences

Woychik and Reinberg (2001) Encyclopedia of Life Sciences

LARN polymrase bactrienne

LARN polymrase bactrienne : les sous-units : 1342 rsidus et : 1407 rsidus (Escherichia coli)

Escherichia coli : vitesse de synthse des ARNmessager = 50 nuclotides / seconde Masse molculaire ~ 500 kDa Complexe multi-protique compos de plusieurs sous-units : 1 sous-unit 1 sous-unit 2 sous-units 1 sous-unit Core enzyme : 2 + sous-unit sigma Holoenzyme : 2

Contiennent le site catalytique de lenzyme Interagissent directement avec lADN Portent les sites de fixation des nuclosides triphosphates (NTP) Ncessaires au dmarrage de la transcription et la formation de la chane ARN Cibles de certains antibiotiques

LARN polymrase bactrienne : la sous-unit

LARN polymrase bactrienne : la sous-unit

329 rsidus (Escherichia coli) 91 rsidus (Escherichia coli) Possde 2 domaines capables de se replier indpendamment et lis par un peptide denviron 20 rsidus domaine amino-terminal : NTD (rsidus 1 235) dimrisation des sous-units assemblage avec les sous-units et domaine carboxy-terminal : CTD (rsidus 250 329) module de fixation lADN (squence UP ) Faciliterait le repliement correct de la sous unit Apparemment pas de rle direct dans la transcription Agirait comme protine chaperonne

LARN polymrase bactrienne : la sous-unit Taille variable : 20 70 kDa Sous-unit dissociable de lARN polymrase Sassocie de manire rversible au core enzyme : holoenzyme (2) Permet lARN polymrase dinitier la transcription Plusieurs facteurs dans une mme bactrie : 1 facteur principal responsable de la majorit de la transcription dautres facteurs dits alternatifs ayant des fonctions spcialises Chez Escherichia coli, 7 facteurs diffrents : 70 (RpoD) principal 54 (RpoN) 38 (RpoS) 32 (RpoH) 28 (FliA) 24 (RpoE) 19 (FecI)

Le cycle de transcription Transcription = raction trs conserve entre procaryotes et eucaryotes Fixation de lARN polymrase sur les lments du promoteur Formation dun complexe stable : complexe ferm Enroulement de lADN correspondant au promoteur autour de lARN polymrase Complexe intermdiaire Sparation des brins dADN : formation de la bulle de transcription Complexe ouvert Initiation de la synthse de lARN en prsence de NTP Formation dun hybride ARN-ADN Libration du promoteur et longation (dpart du facteur sigma chez les procaryotes) : progression de lARN polymrase le long de lADN Terminaison et dissociation du complexe ADN-ARN-ARN polymrase

alternatifs

Le cycle de transcription Complexe ferm Complexe intermdiaire Complexe ouvert

Initiation de la transcription : les lments sur lADN

+1 = nuclotide o commence la transcription site de dmarrage de la transcription Promoteur : signal pour initier la transcription localis en amont (avant) du site +1 nest pas transcrit

Drapkin and Reinberg (2002) Encyclopedia of Life Sciences

Les squences consensus du promoteur chez les procaryotes Comparaison de plusieurs promoteurs 2 rgions conserves : rgion -35 et rgion -10
Site de dmarrage

Efficacit des promoteurs

Aucun promoteur naturel contenant tous les lments parfaits Promoteurs avec squences proches des consensus = trs efficaces Promoteurs forts Promoteurs avec squences loignes des consensus = peu efficaces Promoteurs faibles

35 pb en amont du +1

10 pb en amont du +1

Promoteurs procaryotes versus eucaryotes

Promoteur bactrien de type 70

Procaryotes
Rgion -35
TTGACA

Site dinitiation Rgion -10

TATAAT

Site dinitiation Rgion -35 Rgion -10

Consensus : TTGACA

N17 (N15-21)

TATAAT

N5-9 (A/G)

Eucaryotes
Site dinitiation Rgion -75
GGNAATCT
-35 -10 +1

Rgion -25
TATA

5 NNNTTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNTATAATNNNNNNNANNNNNNNNNNN 3

ADN
3 NNNAACTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTANNNNNNNTNNNNNNNNNNN 5

Brin codant (ou complmentaire) Brin matrice

(parfois prsente)

TATA box

Promoteur Rgion non transcrite

5 ANNNNNNNNNNN 3

ARN

Le promoteur : les lments UP Prsents dans certains promoteurs Localiss en amont de la squence -35 Riche en A/T Reconnus par CTD Renforcent linteraction entre lARN polymrase et lADN

La sous-unit sigma 70 Produit principalement pendant la phase exponentielle de croissance Reconnat le plus grand nombre de promoteurs Constitue de 4 domaines Rgions 2.4 et 4.2 reconnaissent respectivement les squences -10 et -35 Rgion 2.3 implique dans louverture du double brin

+1 UP -35 -10

Gruber and Gross (2003) Ann. Rev. Microbiol. vol 57: 441-466

Le facteur sigma 70 dEscherichia coli

LARN polymrase et son interaction avec le promoteur

Paget and Helmann (2003) Genome Biology, 4 :203

Browning and Busby (2004) Nature Reviews Microbiology, vol 2 p 57-65.

Les premires tapes de la transcription

Le complexe ouvert

Complexe ferm Aprs la fixation de lARN polymrase : Sparation (dnaturation) des deux brins dADN Complexe ouvert Rgion dnature (environ de la position -12 +3) inclut la rgion -10 Formation dune bulle de transcription Initiation de la synthse de lARN Mcanisme : isomrisation processus mal compris le brin non-matrice est li au domaine 2 du facteur de lARN polymrase (la rgion 2.3)

Dpart du facteur sigma et longation

Browning and Busby (2004) vol 2 p 57-65.

Synthse de transcrits avorts

Libration du promoteur Dernire tape de linitiation de la transcription

Avant passage ltape dlongation : synthse et relarguage par lARN polymrase dun ensemble de transcrits avorts longueur de ces transcrits : souvent entre 2 et 12 nuclotides, mais parfois jusqu 15 ou 17 nuclotides pas de dissociation de lARN polymrase pendant cette initiation avorte

ARN polymrase se dsengage du promoteur

Relarguage du facteur sigma chez les procaryotes

Dmarrage de la phase dlongation : progression de lARN polymrase le long de lADN

Llongation

Correction des erreurs Incorporation dun mauvais nuclotide (cf mauvais appariement) blocage de llongation (pause) 3 Brin matrice activation dune activit nuclase de lARN polymrase

5 Mouvement de lADN dans le complexe Deux protines facilitant la reconnaissance de lextremit 3 du transcrit mal appari au brin dADN matrice : GreA et GreB fixation sur lARN polymrase et contact avec lARN naissant activation de lactivit nuclase de lARN polymrase ARN naissant : - Extrmit 3 : appariement avec le brin matrice (environ 7-8 nuclotides) - Extrmit 5 : passage dans un canal prsent dans lARN polymrase (canal de sortie de lARN couvre environ 7 nuclotides)
Richardson (2001) Encyclopedia of Life Sciences

clivage de 2-3 nuclotides (pour GreA) jusqu 18 nuclotides (pour GreB)

Le facteur Mfd Le facteur NusA (Transcription Repair coupling factor)

Facteur dlongation conserv chez les procaryotes Prsente des homologies structurales avec le facteur 70 Effet antagoniste en fonction du contexte (structure ARN, protines associes) : - Stimulation de llongation, rle antiterminateur certains sites (e.g. nut) notamment au niveau de terminateurs rho-dpendants - Stimulation de la pause de la RNAP certains sites (e.g. oprons his et trp) et de la terminaison rho-indpendante Permet de ractiver ou de recycler pendant llongation une ARN polymrase en pause Recrutement du systme de rparation de lADN

La terminaison de la transcription (chez les procaryotes) Deux mcanismes : - Terminaison dpendante dun facteur intrinsque : Formation dans le transcrit dune tige boucle riche en G et C, suivie dune srie de U (= terminateur) Pause de lARN polymrase puis dcrochage arrt de la transcription - Terminaison dpendante dun facteur extrinsque : Fixation de la protine Rho sur une squence spcifique du transcrit Progression de Rho le long du transcrit Contact entre Rho et ARN polymrase arrt de la transcription

La terminaison de la transcription dpendante dun facteur intrinsque (Rho-indpendante)

Squences de terminateurs

Formation dune tige boucle Dstabilisation du complexe ADN-ARN-ARNp Arrt de la transcription

E. Vieu, 2004

La terminaison de la transcription dpendante dun facteur intrinsque (Rho-indpendante)

La terminaison de la transcription dpendante dun facteur extrinsque (Rho-dpendante)

Formation de la structure tige boucle structure merge du canal de sortie interaction faible entre extrmit 3 de lARN et le brin ADN matrice

Protine Rho : 6 sous units identiques formant un anneau Fixation de Rho sur un site appel rut (rho utilization site) site rut : rgion de 40 60 nuclotides sur le transcrit, riche en C, simple brin Progression de Rho le long du transcrit (ncessite hydrolyse ATP) Pas de point prcis de terminaison : un site o lARN polymrase pause

Richardson (2001) Encyclopedia of Life Sciences

La terminaison de la transcription dpendante dun facteur extrinsque (Rho-dpendante)

La notion de gne
Gne : rgion dADN portant linformation pour la synthse dun ARN ou dune protine gne 5 3
promoteur 5P ARN terminateur 3 OH

3 5

ADN

ARN ribosomique ARN de transfert

ARN messager

Traduction

Protine
E. Vieu, 2004

Le symbolisme chez les procaryotes

La notion dopron chez les procaryotes

Opron : rgion dADN transcrite en un seul ARNm mais contenant linformation ncessaire la synthse de plusieurs protines

trois lettres (se rapportant en gnral la fonction du gne)

opron

Gne : italique ou soulign Ex : hisA ou hisA Protine : 1re lettre en majuscule Ex : HisA

5 3
promoteur 5P terminateur

3 5

ADN

3 OH

ARN messager polycistronique

Traduction

Protine 1

Protine 2

Protine 3