Programa Qumica Biolgica Cod.

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE RIO CUARTO FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS, FISICO-QUIMICAS Y NATURALES DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA MOLECULAR

CARRERAS: MICROBIOLOGA y TCNICOS DE LABORATORIO ASIGNATURA: QUIMICA BIOLGICA I. CODIGO: 2110 AO ACADEMICO: 2010. PROFESOR RESPONSABLE: Dra. Angela T. Lisa - Dra. Mnica Garrido EQUIPO DOCENTE: Angela T. Lisa, Mnica N. Garrido. Personal solicitado para el ao 2010: Daniela Medeot, Ana Luz Serra, Fernando Sorroche, Noelia Monesterolo, Alexis Campetelli, Lisandro Otero. Rgimen de la asignatura: Cuatrimestral Rgimen de regularidad: 80% asistencia a las actividades terico-prcticas. Aprobacin del 100% de los exmenes parciales. Rgimen de promocin: No tiene Asignacin de horas semanales: Clases interactivas o actividades terico-prcticas. Ejercicios y problemas: 5 horas, Trabajos prcticos de laboratorio o de bioinformtica: 4 horas. Exmenes parciales: Incluyen: Ejercicios y problemas, con temas tericos y de trabajos prcticos de laboratorio y de bioinformtica. Modalidad: Escrito. Examen final: Similar a los exmenes parciales. Modalidad: Escrito. OBJETIVOS GENERALES DE LA MATERIA Lograr que el alumno obtenga conceptos bsicos de Bioqumica necesarios para explicar la lgica del ser vivo. Inculcar al alumno un criterio bsico para que aprenda a resolver problemas, de sta y otras disciplinas, con la bsqueda de informacin que provee la red de Internet. Estimular la integracin de los conocimientos y habilidades adquiridos en esta materia con otras disciplinas de las ciencias exactas, fsicas, qumicas, naturales y sociales. Estimular el uso prctico de metodologa bioqumica y biologa molecular para resolver problemas de stas y otras disciplinas. METODOLOGA DE TRABAJO No existirn tericos formales. Las actividades se dividen en Terico-prcticos y Trabajos

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Prcticos. Se suministrarn guas de estudio sobre cada uno de los temas con preguntas orientadoras, que el alumno resolver fuera de los horarios de clase, mediante la utilizacin de bibliografa sugerida, a partir de la existente en la Biblioteca Central. Como complemento del estudio se sugiere la utilizacin de recursos que se encuentren en Internet, en especial aquellas pginas que muestran modelos moleculares interactivos de los compuestos ms importantes de los seres vivos. Para visualizar correctamente estas pginas suele requerirse algn conector (plugin) o navegador en especial, y en general estos recursos estn explicitados en las instrucciones; como ejemplo se sugiere consultar la pgina de Biomodel: http://biomodel.uah.es/comun/compatib/inicio.htm . Se trabajar adems utilizando el entorno del Campus Virtual SIAT, con la asignacin de un aula virtual, mediante la cual se facilita e intensifica la interaccin y relacin Docente-Alumno. Las dudas que surjan de la resolucin de estas guas, as como los aspectos de mayor importancia sobre cada tema se discutirn en las clases terico-prcticas. Esta actividad es obligatoria. Se sugiere traer textos de qumica biolgica para ejercicios de consulta o comprensin de texto. Trabajos prcticos: Sern trabajos a realizar en el laboratorio, para los cuales se deben cumplir los siguientes requisitos: Uso obligatorio de guardapolvo, estudio previo de la gua de estudio correspondiente a la actividad, y seguir estrictamente las indicaciones de sus jefes de trabajos prcticos, fundamentalmente en lo que respecta a seguridad y limpieza. El material de estudio estar disponible en el Centro de Estudiantes de Ciencias Econmicas (salvo indicacin expresa) y en el Aula Virtual. Por esta ltima va sern receptados los informes o protocolos que los alumnos deben cumplimentar como tarea de los Trabajos Prcticos.

PROGRAMA DE LA ASIGNATURA TEMA 1. Glcidos: estructura, propiedades y funcin. Monosacridos. Series D y L. Aldosas y cetosas. Formacin de hemiacetales internos y ciclizacin de los monosacridos. Derivados de monosacridos: aminoazcares, desoxiazcares, polialcoholes, cido-azcares. Oligosacridos. Unin glucosdica. Estructura de los disacridos ms comunes. Polisacridos: Homo- y heteropolisacridos. Polisacridos de reserva y estructurales. Estructura de almidn, glucgeno y celulosa. Glicosaminoglucanos. Peptidoglucano. Pginas Web que tratan sobre la estructura de glcidos, familias D y L, carbono asimtrico, modelos moleculares de mono, di y polisacridos, etc., ej: http://biomodel.uah.es/ , http://www.umass.edu/microbio/chime/ TEMA 2. Aminocidos: estructura, propiedades y funcin. Clasificacin de acuerdo a su
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estructura qumica. Carbono asimtrico. Isomera ptica: Series D y L. Modelos moleculares tomados de pginas web. Propiedades inicas. Concepto de pK. Importancia del pK para el clculo del punto isoelctrico (pI) de los aminocidos. Unin peptdica: caracterstica. Pptidos, nomenclatura. Modelos moleculares tomados de pginas web: Series D y L, rotacin espacial, etc. TEMA 3. Protenas: estructura, propiedades y funcin. Uniones que estabilizan los distintos niveles estructurales de las protenas. Importancia de la cadena lateral de los aminocidos en estas estructuras. Estructura primaria. Estructura secundaria. Estructura terciaria. Estructura cuaternaria. Modelos moleculares tomados de pginas web de cada una de estas estructuras. Protenas simples y conjugadas. Grupos prostticos. Concepto sobre el ciclo biolgico de las protenas: Biosntesis, trfico, maduracin, plegamiento, funcin, degradacin. Modificaciones postraduccionales. Precipitacin de protenas. Desnaturalizacin. Electroforesis y cromatografa de protenas. TEMA 4. Enzimas: propiedades y funcin. Clasificacin: Uso de la pagina Web del Comit Internacional de Nomenclatura de Enzimas. Especificidad. Sitio activo y sitio alostrico. Unidad de actividad enzimtica. Cofactores y coenzimas. Factores que influyen sobre la actividad enzimtica. Vmax y Km. Inhibicin: reversible e irreversible, competitiva y no competitiva. TEMA 5. Lpidos: estructura, propiedades y funcin. cidos Grasos: Derivados importantes. Triacilgliceroles. Gliceroglucolpidos. Mono- y digalactosil diglicridos; Glicerolpidos: Fosfoglicridos y Plasmalgenos. Esfingolpidos (Cerebrsidos, Ganglisidos). Esfingomielina. Fitoesfingsidos. Ceras. Lipopolisacridos. Terpenos, Esteroides, Poli-hidroxibutirato (PHB). Pginas Web que tratan sobre la estructura de lpidos, modelos moleculares de cada uno de ellos. Membranas biolgicas. TEMA 6. cidos nucleicos, estructura y funcin. Estructura qumica de los cidos ribonucleicos y desoxirribonucleicos. Bases pricas y pirimidnicas. Nuclesidos y nucletidos. Estructura del DNA. Unin fosfodister. Complementariedad y apareamiento de bases. Estructura secundaria: modelo de Watson-Crick. Estructura terciaria: superenrrollamiento. DNA geonmico de eucariontes, mitocondrial y de cloroplastos. DNA de procariontes. Plsmidos. Estabilidad de las estructuras secundaria y terciaria: desnaturalizacin, temperatura de fusin. Acido ribonucleico. Estructura. Electroforesis de cidos nucleicos. Pginas WEB que tratan sobre modelos moleculares de DNA, RNA. TEMA 7. Gluclisis y fermentacin. Digestin de glcidos en el hombre. Transporte de monosacridos en diferentes organismos. Etapas del proceso glucoltico. Fosforilacin a nivel de
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sustrato. Rendimiento energtico. Regeneracin del NAD oxidado en anaerobiosis y aerobiosis. Fermentaciones. Utilizacin de distintos monosacridos, disacridos, glucgeno y almidn. Decarboxilacin oxidativa del piruvato. Pginas WEB que tratan sobre el metabolismo de carbohidratos en diferentes organismos. TEMA 8. Gluconeognesis. Biosntesis de glucosa a partir de sustancias no glucdicas. Reversin de los pasos irreversibles de la gluclisis. Regulacin de la gluconeognesis/gluclisis. Biosntesis de glucgeno. Pginas WEB que tratan sobre gluconeogneis en diferentes organismos. VIA DE LAS PENTOSAS-FOSFATO. Conexin con la va glucoltica. Generacin de NADP reducido y ribosa 5 fosfato. Interconversin de azcares. Destino de los monosacridos de esta ruta. Relacin con la fase oscura de la fotosntesis. Pginas WEB que tratan sobre esta va en el metabolismo de carbohidratos en diferentes organismos. TEMA 9. Ciclo de los cidos tricarboxlicos (TCA). Anlisis de sus etapas. Produccin de cofactores reducidos. Control del ciclo. Pginas WEB que tratan sobre el TCA y otros ciclos que contienen slo algunos intermediarios del TCA (glioxilato, urea, etc). TEMA 10. Cadena respiratoria y fotosntesis. Energtica de las reacciones redox. Potenciales. Transporte de electrones. Complejos transportadores. Componentes de la cadena respiratoria. Inhibidores del transporte de electrones. Fosforilacin oxidativa. Desacoplamiento. Lanzaderas. Rendimiento energtico de la oxidacin biolgica de glucosa a CO2 y H2O. Fases de fotosntesis. Fase lumnica. Fotosistemas. Fotofosforilacin. Reduccin del NADP. Fase oscura: Ciclo de Calvin. Utilizacin del NADP reducido y del ATP. Pginas WEB que tratan sobre generacin de energa en diferentes organismos.
TEMA 11. Metabolismo de los lpidos. Degradacin. Enzimas que catalizan la degradacin de grasas, aceites y fosfolpidos. Destino del glicerol y oxidacin de los cidos grasos: -oxidacin mitocondrial, en glioxisomas y en peroxisomas. Destino del acetil-CoA en cada caso. Ciclo del glioxilato. Gluconeognesis a partir de cidos grasos. Destino del propionil-CoA. Rendimiento energtico. Cuerpos cetnicos.

TEMA 12. Metabolismo de los lpidos. Biosntesis. Biosntesis de cidos grasos. Biosntesis de triacilglicridos, gliceroglucolpidos y glicerofosfolpidos. Biosntesis de cerebrsidos,

ganglisidos y esfingomielina. Biosntesis de terpenos y esteroides. Pginas WEB que tratan sobre metabolismo de lpidos y su integracin con otros metabolismos. TEMA 13. Metabolismo de los aminocidos. Enzimas responsables de la degradacin de

pptidos y protenas. Aminocidos esenciales. Catabolismo de los aminocidos. Destinos posibles de los esqueletos carbonados. Aminocidos glucognicos y cetognicos. Destino del grupo amino: Formacin de urea.
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TEMA 14. Vitaminas como precursores de coenzimas. Vitaminas hidrosolubles y liposolubles. Formas activas y sus funciones bioqumicas. TEMA 15. cidos nucleicos y biosntesis de protenas. Replicacin del DNA. Transcripcin del RNA. Transcripcin inversa. Tipos de RNA. Biosntesis de protenas: Cdigo gentico. Caractersticas. Traduccin: activacin de aminocidos. Iniciacin, elongacin y terminacin. Enzimas de restriccin. Electroforesis de cidos nucleicos. Pginas WEB que tratan sobre modelos moleculares de DNA, RNA y modelos animados sobre biosntesis de protenas. TEMA 16. Integracin y regulacin del metabolismo. Tipos de regulacin de las enzimas: regulacin de molculas de enzima preexistente y regulacin de cantidad de enzima. Enzimas reguladoras en distintas vas metablicas. Encrucijadas metablicas: orgenes y destinos posibles de glucosa 6 fosfato, piruvato, acetil-CoA y otros. Hormonas, tipos qumicos. Sitio de accin en las clulas. Regulacin por hormonas. Segundos mensajeros.

TRABAJOS PRCTICOS Trabajo Prctico N 1: Cuantificacin de carbohidratos totales de Pseudomonas fluorescens C en diferentes condiciones nutricionales. Objetivo: Familiarizar al alumno con tcnicas de determinacin de glcidos, comprender el uso de la espectrofotometra en tcnicas bioqumicas y determinar el contenido de carbohidratos totales de P. fluorescens C por el mtodo de antrona. Trabajo Prctico N 2: Extraccin de fosfolpidos de Pseudomonas fluorescens C. Objetivo: Aprender tcnicas de extraccin de lpidos, en particular fosfolpidos. Trabajo Prctico N 3: Separacin e identificacin de fosfolpidos de Pseudomonas fluorescens C. Objetivo: Aprender tcnicas de separacin y visualizacin de fosfolpidos. Trabajo Prctico N 4: Extraccin de cidos Nucleicos de Pseudomonas fluorescens C. Objetivo: Aprender una tcnica de extraccin de cidos nucleicos. Trabajo Prctico N 5: Separacin y visualizacin de los cidos nucleicos de Pseudomonas fluorescens C. Objetivo: Separar los cidos nucleicos mediante electroforesis en geles de agarosa y visualizarlos por tincin con bromuro de etidio. Trabajo Prctico Nro. 6: PROTEINAS. Objetivos: Demostrar el efecto de metales pesados, sales, cidos fuertes, y calor sobre la estabilidad de las protenas en solucin acuosa y demostrar a travs del uso de test estndares la deteccin de protenas presentes en distintos materiales. Determinar la concentracin proteica de 4 muestras complejas utilizando el mtodo de Bradford Trabajo Prctico N 7: Estudio de la actividad enzimtica y especfica de fosfatasa cida de
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Pseudomonas fluorescens C. Objetivo: Determinar la actividad especfica de fosfatasa cida (AcPasa) en distintas fracciones obtenidas por fraccionamiento salino de extracto periplsmico y evidenciar en cual de ellas la enzima se encuentra ms enriquecida. Trabajo Prctico N 8: Electroforesis desnaturalizante en geles de poliacrilamida (SDSPAGE) de protenas periplsmicas de P. fluorescens C. Objetivos: Resolver, por medio de electroforesis en gel de poliacrilamida, una muestra de protenas y determinar el peso molecular de cada una de ellas. Trabajo Prctico N 9: Estudios cinticos de fosfatasa cida de P. fluorescens C: Determinacin de los parmetros Km y Vmax. Objetivos: Adquirir destreza en la determinacin prctica de parmetros cinticos. Adquirir destreza en el manejo de diferentes ecuaciones para determinar dichos parmetros. Trabajo Prctico N 10: Estudios cinticos de fosfatasa cida de P. fluorescens C: Determinacin del tipo de inhibicin ejercida por el tetrametilamonio (TMA) Objetivos: Adquirir destreza en la determinacin prctica de parmetros cinticos. Adquirir destreza en el manejo de diferentes ecuaciones para determinar dichos parmetros. Trabajo Prctico N 11: Bioinformtica. Objetivos: familiarizar al alumno con bases de datos y unas herramientas de uso comn en biologa molecular, mediante la realizacin de una Gua Tutorial on-line, realizada por los docentes de la orientacin.

Validez del programa: 2010

................................ Dra. Angela T. Lisa

.................................... Dra. Mnica Garrido

Profesores Responsables