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Dpartement Sciences et Technologies des Industries Alimentaires 1re anne

BIOCHIMIE DES PROTEINES


Professeur Jean-Louis CUQ

Septembre 2006

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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I. INTRODUCTION

Les protines, macromolcules complexes qualifiables de biopolymres, sont les plus abondantes des molcules organiques des cellules et constituent souvent plus de 50% du poids sec des tres vivants. Elles jouent un rle fondamental dans la structure et les fonctions cellulaires et cest par elles que linformation gntique sexprime. Elles sont intimement lies tous les phnomnes physiologiques do leur nom substances venant en premier (en grec protos signifie premier). Elles sont constitues par une ou plusieurs chanes polypeptidiques qui sont des copolymres denviron une vingtaine dacides amins appartenant la srie L. Ces acides amins sont lis entre eux par des liaisons amides : les liaisons peptidiques. Il existe de nombreuses classifications des protines qui reposent soit sur leur composition soit sur leurs proprits (fonctionnelles ou physicochimiques) soit sur leur forme tridimensionnelle (conformation).

1. Terminologie fonction de la composition.


Les protines appartiennent une classe de composants organiques du vivant, celle des Protides, composs organiques contenant C H O N (50, 7, 23, 16 %) et souvent S (0 3 %). 1.1. Protides non hydrolysables. ils sont issus des protides hydrolysables dans des conditions bien dfinies (HCl 6N, 24 h ou plus, 110C). Il sagit de monomres : acides amins (19 couramment rencontrs). Il est bon de mentionner que toutes les protines sont composes des mmes acides amins dont seuls la proportion et lordre denchanement varient. 1.2. Protides hydrolysables. 1.2.1. Condensation dacides amins. 1) Peptides. Le terme oligopeptide est rserv aux peptides de 10 rsidus au plus (dipeptides, tripeptides, ttra, penta etc). Certains sont cycliques (tyrocidine, gramicidine etc). Le terme polypeptide est rserv aux peptides de 100 rsidus au plus (poids molculaire voisin de 10000). Protoses : obtenues par hydrolyse partielle des protines, hydrosolubles, non thermocoagulables, prcipitables par une solution de NaCl sature. Peptones : obtenues par hydrolyse partielle pousse des protines, hydrosolubles, non thermocoagulables, non prcipitables par une solution de NaCl sature. 2) Holoprotides ou protines simples ou homoprotines. Protine monomrique avec un nombre de monomres qui dpasse 50 100.

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Protomre sil sagit dune sous-unit dun systme oligomrique (plusieurs chanes polypeptidiques). La diffrenciation peptide - protine est toujours dlicate, les peptides pouvant tre considrs comme des polymres relativement courts qui shydratent de faon rversible tandis que les protines plus longues sont toujours structures tridimensionnellement de faon unique, les molcules deau occupant avec des nergies leves de liaison des sites extrmement variables. Les structures spatiales des protines (conformation) sont sensibles lenvironnement (chaleur, pH, force ionique, solvants etc.) et changent alors de faon irrversible de forme : dnaturation. 1.2.2. Holoprotides + groupement prosthtique : htroprotides, htroprotines ou protines conjugues. 1) Nucloprotines : combinaison avec des acides nucliques : ribosomes 50% dARN, virus 5 % dARN (mosaque tabac), nuclohistones etc. 2) Lipoprotines : liaison avec des lipides neutres, du cholestrol, des phospholipides : lipoprotines plasmatiques avec 80 % de lipides. 3) Glycoprotines (4% glucides) et mucoprotines (>4% glucides): liaison avec un glucide souvent du type polyoside: par hydrolyse libration de sucres amins comme lhexosamine et dacides uroniques. Ex: mucine, orosomucode, globuline (2 % galactose + hexosamine + mannose et + acide sialique). 4) Phosphoprotines: srine et thronine estrifies par un groupement phosphate: les casines des laits avec environ 4% de phosphate. 5) Hmoprotines avec un groupement prosthtique porphyrinique et un mtal souvent Fe (hmoglobine 4%, cytochrome C 4%, catalase 3,1%, myoglobine). 6) Flavoprotines avec FAD-flavine adnine dinuclotide. Ex: succinate deshydrognase 2%, D-aminoacide oxydase 2%. Hmoprotines et flavoprotines sont qualifies de chromoprotines. 7) Mtalloprotines lies un mtal ou un sel. Ex: Cu (cruloplasmine, tyrosine oxydase 0,2 %), Zn (alcool deshydrognase 0,3 %), Fe(OH)3 (ferritine 23%), Fe (sidrophiline).

2. Terminologie fonction de la conformation. La conformation est la forme tridimensionnelle de la protine dans lespace (ensemble des structures primaire, secondaires, tertiaires et quaternaires). La structure primaire correspond lordre squentiel des acides amins (rsidus) dans une protine. La structure secondaire correspond lorganisation de la chane dans lespace selon un axe privilgi. La structure tertiaire correspond lorganisation spatiale de la chane poypeptidique selon les trois dimensions. La structure quaternaire est larrangement dans lespace de diverses chanes lies entre elles par des liaisons non covalentes le plus souvent ou par pont disulfure.

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2.1. Les protines fibreuses. Elle sont souvent oligomriques, composes de chanes polypeptidiques assembles le long dun axe commun, ce qui conduit la formation de fibres : - collagne (tendons, matrice de los)

- kratine (du cuir, des cheveux, de la corne, des ongles, des plumes)

Cheveu (microscope lectronique balayage) - lastine (tissu lastique) - cytosquelette avec microtubules, microfilaments et filaments intermdiaires)

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Les microtubules sont de petits tubes creux forms de protines appeles tubulines. Ces tubes se dfont et se refont constamment dans la cellule. Les microtubules sont responsables des mouvements des cils et des flagelles de certaines cellules. Les microfilaments, plus petits, sont faits d'une protine appele actine. Les microfilaments d'actine sont prsents dans toutes les cellules, mais ils sont particulirement abondants dans les cellules musculaires. Le cytosquelette forme l'armature de la cellule. Il contribue aussi rattacher les cellules les unes aux autres. Certaines protines de la membrane cellulaire sont solidement rattaches au cytosquelette. Les protines de deux cellules accoles l'une l'autre peuvent former des liaisons entre elles reliant ainsi les deux cellules.

- fibrone (ver soie).

2.2. Les protines globulaires. Elles sont des protomres ou des oligomres qui forment dans lespace des structures sphriques ou ovodes. Quelques protines possdent la fois les proprits des protines fibreuses et globulaires (actine, fibrinogne).

Lysozyme

Hmoglobine

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3.Terminologie base sur la fonction. Les protines prsentent une extraordinaire diversit de fonction et peuvent tre ainsi classes en trois principales catgories: 3.1. Les protines de structure. Ces protines comme la kratine, le collagne, llastine, etc sont prsentes dans tous les tissus comme le muscle, los, la peau, les organes internes, les membranes cellulaires et organites intracellulaires. Leur fonction dpend de leur structure. Souvent, il sagit de protines fibreuses. 3.2. Les protines activit biologique. Dans la nature tous les phnomnes biologiques passent un moment ou un autre par des protines. Il est possible de citer les : - Enzymes: plus de 2000 dcrites, activit catalytique spcifique - Hormones: (insuline, somatotrophine, etc) - Protines contractiles et du mouvement: (myosine, actine, tubuline , etc) - Protines de transport dans le sang (transferrine, hmoglobine, myoglobine) ou au travers de membranes cellulaires - Protines protectrices: (Anticorps ou immunoglobulines, fibrinogne, thrombine) - Protines de rserve: (ovalbumine, glycinine, gliadine, zine) - Protines toxiques: pour lhomme (toxines botuliniques, staphylococciques, venins de serpents, de scorpion, ricine) ou pour les microorganismes (bactriocines, antibiotiques) - Protines didentification cellulaire - Protines anti-nutritionnelles: (inhibiteur trypsique du soja, hmagglutinines) - Protines allergnes. 3.3 . Protines alimentaires. Il ne sagit pas dun groupe unique mais dun groupe compos de protines de structure ou biologiquement actives. Il sagit de protines savoureuses, digestibles, non toxiques, conomiquement utilisables. Elles permettent de satisfaire aux besoins en acides amins essentiels qui varient en fonction de lge et de ltat physiologique. Le dficit protique actuel est trs grand au niveau mondial et plus de 25 % de la population souffre de malnutrition. 4. Terminologie fonction de proprits physico-chimiques. Cette classification des protines en fonction des proprits physico-chimiques est trs ancienne (OSBORNE au dbut de ce sicle) est surtout applique aux protines simples. 4.1. Albumines : lactalbumine, la srumalbumine bovine, humaine, etc. 4.2. Globulines : lacto-globuline, srum-globuline, immunoglobulines, etc. 4.3. Glutlines : glutnine du bl. 4.4 . Prolamines : zine du mas, gliadine du bl. 4.5. Albuminodes ou sclroprotines: kratine, collagne; la glatine est une albuminode dnature. 4.6. Histones : nuclo-histones du thymus. 4.7. Protamines: localises dans les cellules (sturine de lesturgeon etc).

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tableau 1 . Classification des protines selon Osborne. S : soluble, I insoluble


SOLUBILITE

PROTEINES ALBUMINES GLOBULINES GLUTELINES PROLAMINES ALBUMINODES HISTONES PROTAMINES V S S I S I I I I S S S S S S S I S I I I I I I I ++ ++

5. Taille des molcules protiques. 5.1. Dfinitions. Un chapitre est consacr la dtermination de la masse molculaire des protines (chapitre V). La masse molculaire est exprim en Dalton. Latome 12C a une masse de 12 daltons. Le dalton a une masse de 1 g / N = 1 g / 6,02.1023 soit de 1,663.10-24 g. Le poids molculaire est dfini comme le rapport masse de la molcule / douzime de la masse dun atome de carbone : nombre sans dimension. La masse molaire M est exprime en g.mole-1 et est numriquement identique une masse molaire exprime en Dalton (pour 6,02.1023 molcules vraies). 5.2. Le poids molculaire de quelques protines. Il varie de 5000 (10000) plus de 1 000 000. Pour les enzymes, les limites sont de 12000 106. La chane polypeptidique de la plupart des protines comprend entre 100 et 300 400 rsidus (poids molculaire compris entre 10000 et 40000). La SAB a 550 rsidus et la myosine 1800. protine poids molculaire insuline 5 700 ribonuclase 12 600 lysozyme (blanc duf) 13 900 myoglobine 16 900 chymotrypsinogne 23 200 -lacto-globuline 35 000 hmoglobine 64 500 Srum-albumine 67 500 hexokinase 102 000 aspartate trans-carbamoylase 310 000 glutamine synthtase 592 000 complexe pyruvate dshydrognase 7 000000 virus de la mosaque tabac 4 0 000 000 micelle de casine 150 000 000
nombre de protomres

2 1 1 1 1 2 4 1 2 12 12 160 2 130 10 000

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II. PROTEINES - LES ACIDES AMINES CONSTITUTIFS


1. Structure.

gr % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 256 6 [1 [0 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 /N ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 64 1940 5320 1260 4640 2 r lt{1 mv -9.6 -2 0 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2320 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m d/B{bs g dv mv 58 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 1100 1120 p 27 n 0 mv py 0 at p bd 660 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 N clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l DSt 12 0 rot o mv p 2320 5700 1940 5320 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp put/N bW -1 bd [2 px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 660]B 680]B 1100]B 1540]B 1120]B 1560]B x I m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie 2320 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot N -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 1 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 1540 CA ac chemdict a 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA d}b/bs -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 DSt p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 e 16 begin/version gs 24.6 type[]type [3 -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs array p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi I 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 4 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD 5700 S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w d l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg 680 np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 DSt o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs [5 cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x I lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 5700 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO 1560 st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if DSt o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{C -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc Db px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/ a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b lp gs 3 ix -1 def}b 1 360 rO 0 pp}if 4 n 24.6 o x o/c x sc -1 12 dv ac s{n gr Ac} gr} p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L L a l g Ilw sagit des monomres des molcules protiques comportant au moins un groupe amin primaire (NH2) ou secondaire (- NH - ) et au moins un groupe carboxylique (- COOH). La fonction amine occupe une position par rapport au groupe carboxyle. Les acides amins ont la structure suivante: currentpoint NH 2 NH 3 + R
2
1

CH COOH

ou mieux

CH COOcurrentpoint 192837465

Proline et hydroxyproline ne rpondent pas cette structure gnrale. 2. Les principaux acides amins. Environ 20 acides amins sont rencontrs dans les hydrolysats de protines. Dautres plus rares jouent parfois des rles biologiques importants. Lusage en biochimie leur a attribu un nom commun, gnralement suffixe ine, rappelant lorigine ou lune des proprits. Les acides amins peuvent tre classs daprs la structure et les proprits de leur chane latrale, R, chane qui contribue par ses proprits physico-chimiques, aux proprits de la protine qui les contient (figure 1 et tableau 2). Parmi les diffrentes classifications possibles, lune des plus utilises repose sur la polarit et les possibilits dionisation de cette chane. 2.1. Acides amins chane latrale apolaire. 2.1.1. Chane latrale aliphatique. 1 - Glycine. Il sagit du plus simple des acides amins (R = H). Son ancienne nomenclature de glycocolle (sucre de colle) rappelle sa saveur sucre et le fait quil a t dabord isol dun hydrolysat de glatine. Trs rpandu, commun la plupart des protines dans lesquelles il peut tre abondant (40 % dans la fibrone de la soie). 2 - Alanine. Cest le plus simple des acides amins 3 atomes de carbone dont on peut faire driver les autres par substitution dun ou de deux atomes dhydrogne du radical R.

3 - Valine, leucine, isoleucine. %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 89 7 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 /N ChemDraw dp p 4 end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 53 2 o 1 ix dv p l5 3020 3460 2884 3240 3595 2 r lt{1 mv -9.6 -2 0 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o 143 exec}{al I s{dp dv m d/B{bs g dv mv dp rO 1 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 2 12 xl wF np CA 5 540 1216 958 p 26 n 0 mv py 0 at p bd p LB 3 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 3595 2 N clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 3020 2884 3595 3240 3980 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 rot o mv p 3595 3240 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR 958 ix dp put/N bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 540]B 958]B 1216]B 1040]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 958]B 1500]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie DSt py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot N -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 [6 ro 1.5 1 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict a 0 e dv I tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 3240 SA d}b/bs -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 1500 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 e 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs array p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 DSt OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w d l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if Db sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{loa sc p e sm}b/CB -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/ 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA} wx a 180 0 rad L/m at mv S}if 1 pp Bd g px st} -1 g/ ix ZL lW D cv sg 1 p m n e g p Acides amins communs essentiels la nutrition de lhomme. 4 - Proline : iminoacide driv de la pyrrolidine.
currentpoint N H COOH currentpoint 192837465

Par sa rigidit, elle joue un rle trs important dans les structures protiques.

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currentpoint Les acides amins neutres leucine CH 3 CH CH 3 cystine mthionine CH 3 S HS CH 2 CH 3 CH 3 valine

alanine
NH 2 CH C H H COOH

CH 3 isoleucine CH 2 CH 3

Les acides amins soufrs acide aspartique COOH

a.glutamique COOH CH 2 Les acides amins acides

OH -CH3

thronine

les alcools aminoacides HO srine

NH 2 C NH lysine NH (CH 2 ) 2 arginine NH 2 histidine H (CH 2 ) 3 N+ NH phnylalanine OH tyrosine N H tryptophane

Les acides amins basiques

Les acides amins aromatiques

currentpoi

figure 1. Structure des acides amins par rapport lalanine.

2.1.2. Chane latrale aromatique. 1 - Phnylalanine (essentielle en nutrition humaine)


a

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 371 33 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 5 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p l93 r 824 1025 4684 4885 1039 1436 1458 1655 1740 2061 2365 7020 2788 4899 5296 5318 5515 5600 5921 6205 6628 2109 5969 -9.6 9 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m 11 dv mv g dp dv 15 rO -.6 dv x py o d/B{bs sc WI sm b2 -1 neg 900 1555 0 12 exec np lp 12 st xl CA 1195 900 1312 2380 1633 1911 1193 1903 1544 2202 1623 1332 1613 1555 2026 wF n p 0 5 mv p 39 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 14 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 400 cp m p pp 2 -1 40 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate 4240 gr 1039 p 0 OB np at sl st}b/HA{lW N l0 o p m 824 4684 1458 1655 1740 2109 2061 1694 2365 2788 2836 5318 5515 5600 5969 5921 5554 6205 6628 6676 mv 1025 4885 4899 12 I wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex 80 gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 940]B 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR 2 sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px 900]B 940]B 1555]B 1911 20 put/N px 1 3 ro rad 8 DA}{dL 7 900]B 1312]B 1633]B 2100]B 1555]B 1903]B 1544]B 2202]B 2026]B 1623]B 2537]B 1332]B 1613]B 2020]B 1195 1911 1544 1623 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 6 dp 0 SA 0 x -1 py 20 DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 10 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 881 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv chemdict rad put N 180 -1 1409 1429 2056 5269 4741 5289 5916 2 bW cm p s 1694 b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 1555 180 0 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 1243 1555 1854 1997 np ne{bW p e -1 cp dx 2537 sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r begin m cm 1066 n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt 1054 1598 2016 4914 4926 5458 5876 4 12 -1 DSt ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array SP mv 0 2 dv/bd 1861 sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 [4 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 1244 1861 1545 1665 e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA I5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 1655 2 6 cW sc CB ]B sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne 1544 wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs DSt cm l27 g e at sm 2 eq{gs lau lp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 [7 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro Ip dp st cp p 27 lSA 8 al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 2061 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB 0 e -1 1623 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g DSt g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac [13 x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/de sc IAc}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 28 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 27 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/n sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{ dv w pp dy 1 3 26 n 0 rad mv dic x cY 12 Ac dp sm 1 bd 0 s gr n st S 0 p 9 1 s b rO c x s 2 Tryptophane : bien que le noyau indole porte un azote pK lev, il est considr

comme apolaire dans la plupart des protines dans des conditions normales de pH. Certains des drivs du tryptophane possdent des activits physiologiques; la srotonine est un neurotransmetteur crbral tandis que les effets de la mlatonine restent mal connus. currentpoint
H O CH3 O mlatonine CH2 CH2 N H NH2 srotonine N H CH2 CH2 NH COCH3 currentpoint 192837465

2.1.3. Chane latrale avec un atome de soufre. - Mthionine. Donneuse de groupement mthyle, elle est essentielle, peu abondante, elle est souvent limitante dans les protines alimentaires et est trs sensible aux ractions doxydation.

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2.2. Acides amins chane latrale polaire. Cette polarit partielle (- ) ou totale (+ ou -) est lie la prsence de fonctions organiques contenant un htroatome dlectrongativit suprieure celle du carbone et de lhydrogne (O, S, N). 2.2.1. Chane latrale polaire non charge. Ces acides amins qualifis dhydrophiles possdent une chane latrale groupement fonctionnel capable de former des liaisons hydrogne avec des molcules comme leau (hydratation) ou avec dautres rsidus polaires ce qui contribue la structure des molcules protiques. 1 - Srine et thronine (essentielle) possdent une fonction alcool primaire ou secondaire qui leur permet dtre estrifies (en particulier par lacide phosphorique) R - OH + H3 PO 4 R - O - PO3 H2 + H2 O Les acides amins phosphoryls ionisables jouent un rle fondamental dans la technologie laitire. 2 - Tyrosine. Elle possde une fonction phnol qui ne sionise significativement qu des pH trs levs; pH non rencontrs en sciences des aliments (pKa ~ 10).

3 - Cystine. La fonction thiol R - SH peut participer la liaison hydrogne, son ionisation nintervenant galement que pour des pH levs. Par oxydation, deux molcules se condensent en cystine (pont disulfure). Ces ponts covalents jouent un rle important dans la stabilisation des structures spatiales %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 375 3820 [2 [1 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 3 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 86 5 3298 3640 3340 2940 1560 1680 4740 4160 3900 4920 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 4300 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 7 s{dp dv m g dv mv 42 dp rO dv o x -.6 WI I py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 3 12 xl wF np CA 5 3700 4060 3540 3720 3160 4360 3260 4320 p 145 n 0 mv py 0 at p bd 4520 p LB 3960 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3679 3640 3960 2940 1680 1420 1500 5380 4640 4440 5480 1 3.375 px 1 4300 0 n/ex r 4360 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 3319 4060]B 3860]B 3700]B 3720]B 3260]B 4120]B 4360]B 3160]B 4320]B x m1 sc 48 n 0 DSt p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc Ar m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r [2 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 3359 2 L/S{sf s p 0 b1 py 3480 g 0 CA ac I chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 3960 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 3722 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL 3380 s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 3860 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 3721 12 r 2.25 neg}if/px ac gs 4300 p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s DSt wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 3361 ac 1 w l ac 3260 1 cw [6 pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 I 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 1420 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r 48 x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o Ar cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac 3260 g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 12 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt /N WI div DSt x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi 0 gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p [8 sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto d/B{bs SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb IrO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 5380 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 N np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{C -1 3160 39 wb eq{dL}if rot SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 put/N 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DSt DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 [11 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x N o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx 1 sc ac lp L/n/neg ILB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF a 5480 w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 d}b/bs dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 4320 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/ s L/np e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi gr} s/w m d/ OA n e d/ 36 fi n d x s A 9 r 0 p 1 b g n des protines. La cystine est prsente dans de nombreux tissus de protection, dans des molcules protiques fibreuses (kratines). Elle joue galement un rle important dans lactivit de certaines enzymes. 4 - Glutamine et asparagine. Ces acides amins possdent une fonction amide apte, par la prsence simultane doxygne et dazote, donner deux liaisons hydrogne. Abondantes dans les protines, elles contribuent ltablissement de liaisons intra et intermolculaires de forte nergie cumule; ces liaisons jouent un rle dterminant dans les proprits rhologiques des ptes et gels alimentaires. La fonction amide est facilement hydrolysable en milieu acide des tempratures voisines de 100C. Ces acides amins jouent un currentpoint rle important dans le transport et la mise en rserve de lazote.
NH 2 CH (CH 2 ) n COOH C N O H H

X
X et Y donneurs de liaisons hydrogne

currentpoint

192837465

2.2.2. Chane latrale polaire charge (ionisable). Il sagit de chanes groupement carboxylique caractre acide ou caractre basique (amine, guanidine, imidazole). 1 - Acides aspartique et glutamique sont chargs ngativement des pH voisins de 7. 2 - Lysine. Elle est charge positivement des pH voisins et infrieurs de 7, elle est essentielle en nutrition humaine et limitante dans de nombreuses protines dorigine vgtale.

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3 - Arginine. Son groupement guanidique peut se combiner lacide phosphorique, le driv form tant impliqu dans les phnomnes de contraction musculaire des invertbrs. Elle intervient dans le cycle de lure. Facilement dcompose en milieu alcalin en ure et ornithine. 4 - Histidine. Son noyau imidazole est dune grande ractivit cause de sa structure lectronique (pKa = 6) et participe de nombreuses ractions biochimiques et plusieurs processus physiologiques (contraction musculaire, transmission neuromusculaire). Les symboles lettres, les poids molculaires et certaines proprits des acides amins sont indiqus dans le tableau 2 ci-dessous.
Tableau 2 . Acides amins frquemment rencontrs dans les protines Go : hydrophobicit de la chane latrale Hlice et feuillet : S : stabilisant ; D : destructeur ; I : indiffrent Nutrition : E : essentiel ; e : essentiel dans certains cas

nom

pKa1 pKa2 symbole masse molaire " COOH "NH3 + 3 ou 1 lettre

pKaR pI

!Go
kJ.mole-1

codon

hlice nutrifeuillet

" -tion

alanine ALA , A 89,1 2,35! 9,69! ! 6,02 3,1 GC(U,C,A,G) S I arginine ARG , R 174,2 2,17! 9,04! 12,48! 10,76 3,1 AG(A,G) I I e asparagine ASN , N 132,1 2,02! 8,80! ! 5,41 -0,04 AA(U,C) D D acide aspartique ASP , D 133,1 2,09! 9,82! 3,86! 2,97 2,25 GA(U,C) I I cystine CYS , C 121,1 1,96! 10,28! 8,18! 5,07 4,2 UG(U,C) I S E glutamine GLN , Q 146,1 2,17! 9,13! ! 5,65 -0,4 CA(A ,G) S S acide glutamique GLU , E 147,1 2,19! 9,67! 4,25! 3,22 2,3 GA(A,G) S D glycine GLY , G 75,1 2,34! 9,78! ! 6,06 0 GG(U,C,A,G) D I histidine HIS , H 155,2 1,82! 9,17! 6,00! 7,58 2,1 CA(U,C) S D e isoleucine ILE , I 131,2 2,36! 9,68! ! 6,02 12,4 AU(U,C,A) I S E leucine LEU , L 131,2 2,36! 9,64! ! 6,00 10,1 CU(U,C,A,G) S S E lysine LYS , K 146,2 2,18! 8,95! 10,53! 9,74 6,25 AA(A,G) I D E mthionine MET , M 149,2 2,28! 9,21! ! 5,75 5,45 AUG S S E m2 W o c dv nd opyRight 1 /transform hemDraw /OrA{py p m r dict/chemdict /cY A x /grestore p}{sqrt 6 70 l A}{cw r 5824 6400 6535 6180 5960 -9.6 5 2 lt{1 0 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m Idv d/B{bs mv g dp dv 1 275 rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np 2 lp st xl CA 3898 4156 3480 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 3 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 156 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 6535 2.25 cp m p pp 2 -1 N L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m 5960 5824 6535 6920 6180 5760 mv 12 rot wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR 3898 sg dp gr OB/bL bd wx dp put/N -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 3480]B 4156]B 3898]B 3980]B 4440]B 3240]B end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py DSt -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px N m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2 bW cm p 1 p s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 [6 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg a 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x d}b/bs I bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 6180 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px 4440 sl e 16 sqrt begin 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p array begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 DSt py SP CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 d ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA [7 x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv np fill bs sg p 1 Ir a x e p OA}{1 0 dp np cv 5760 r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w 3240 cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 DSt cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd Db al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/aloa dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/D l nSq ro sm eq sc px st}b/A d/aR 2 p curren 0 n rad lp 2 ne{wy gs 2 mv rO Ov}{ 90 py mv 12 p 4 5 dp dv 1.5 py m and py x st} 6 CA 4 2 0. l ac 0 ap g In p A c a phnylalanine PHE ,np F 165,2 1,83 !np[{py 9,24 ! ! 5,53 11,1 UU(U,C) S S E proline PRO , P 115,1 1,99! 10,60! ! 6,30 10,85 CC(U,C,A,G) D D srine SER , S 105,1 2,21! 9,15! ! 5,68 0,17 UC(U,C,A,G) I D thronine THR , T 119,1 2,71! 9,62! ! 6,16 1,85 AC(U,C,A,G) I S E tryptophane TRP , W 204,2 2,38! 9,39! ! 5,89 12,55 UGG S S E tyrosine TYR , Y 181,2 2,30! 9,11! 10,07! 5,65 12,0 UA(U,C) D S E valine VAL , V 117,1 2,32! 9,62! ! 5,97 7,05 GU(U,C,A,G) S S E

3 . Acides amins rares ou occasionnels. 3.1. Acides -amins prsents dans quelques protines. 1 - Hydroxyproline. currentpoint
OH COOH currentpoint 192837465

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp SA RA}{6 py np gs e o cp 5 a wy dp 0 x 6 172 8 gr n 8 1 ill 0 t}b/OrA{py w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 /N cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l69 r 6280 6740 5620 7680 7220 -9.6 2 lt{1 0 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m 3 dv d/B{bs mv g dp dv 257 rO -.6 dv x py o 6 sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 3880 3560 IwF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 5 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 151 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 5240 2.25 cp m p pp 2 -1 N L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m 5620 6740 7680 5240 8200 7220 mv 12 rot wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR 4320 sg dp gr OB/bL bd wx dp put/N -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 3880]B 3440]B 4320]B 3560]B 3140]B end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py DSt -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px N m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2 bW cm p 1 s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 [4 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg a 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x d}b/bs I bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 5240 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l-1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px 3440 sl e 16 sqrt begin 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p array begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 DSt py SP CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 d ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA [7 x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 Ir a x e p OA}{1 0 dp np cv 7220 r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w 3140 cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 DSt cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd Db al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/aload dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/DS{np l nSq ro sm eq sc px st}b/Asc{OrA d/aR 2 p currentmatrix 0 n rad lp 2 ne{wy gs 2 mv rO Ov}{Asc 90 py mv 12 p 4 5 dp dv 1.5 py m and{pp py x st}{Asc 6 CA 4 2 0.3 l ac 0 ap g gi In p py AA}]e cp a -1 8 m gi 0.25 n a p 2 cY p L/pp/pop al SA DA}{3 p l cp sl dy rO p 8 l1 al e dv m1 lcm r st}b/Ar1 pp L/at/ata l px pp eq sp gs l}for 4.8 a dp cm sc OA}{1 lx pp LB a s pp p d/aA px dp pp}b/ LB arc g sm lp px 4 wx py and{b sl}b/ cm ex mv 0 m DT} gs RA} sm exe cp} 4.8 py pp 1 cm -1 s sc gs m 0 lW gs s st d a s 0 2 1 p

N H

Abondante dans certaines protines comme le collagne. 2 - 5-hydroxylysine.


currentpoint NH3 + CH COOCH2 CH2 OH CH CH2 NH2

Cet acide amin est prsent des teneurs leves dans des protines comme le collagne (Maillard - vieillissement - rides).

currentpoint 192837465

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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3 - Lacide diaminopimlique est prsent dans des protines microbiennes ou des antibiotiques.
currentpoint NH3 + NH3 + CH2 CH2 CH CH2 CH COOCOO- currentpoint 192837465

4 - 3-mthyl-histidine, -N-mthyl-lysine et -N-trimthyl-lysine sont prsentes dans les protines musculaires (viande).
currentpoint NH3 + CH CH2 2 CH CH2 CH2 NH2 + CH3 COO- !N-mthyl lysine trimthyl lys N+ CH3 CH3 CH3 H CH3 CH2 NH2 CH COOH

N+ N H

3-mthyl histidine currentpoint 192837465

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 457 54 [2 [1 [0 4260 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 0 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p 2 l 298 2760 3160 2400 3560 660 3180 2740 3620 7260 7700 1120 900 3100 2320 1640 4140 4640 5140 5500 5600 3580 3240 3740 2620 8600 9400 6220 8020 9500 8140 8660 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 6200 180 HA}{dL 3100 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 28 sc exec sm 0 b2 neg 3180 2360 lp st 12 xl wF np CA 5 880 560 600 2800 3541 3562 1440 2202 1200 2820 1500 3802 3040 1880 3061 3100 3180 3900 4280 4620 5040 5520 5960 6360 6120 1941 1962 2242 1080 3400 1400 1461 2300 2680 p n 0 mv py 0 at p bd DSt p 1400 LB sc 1.2 px gr 24 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 3160 3560 1920 4220 580 N 3100 1080 40 [37 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 2740 3180 3620 7260 8140 900 660 2320 1640 1120 4140 4640 5140 5500 5600 3580 3560 3240 2620 3740 4260 2060 9580 9660 6840 8660 9160 7700 8100 1 3.375 px 1 0 n/ex DSt r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR 48 ix dp bW -1 3580]B bd px py sc e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 880]B 560]B 600]B 1400]B 1880]B 2360]B 3180]B 0.6 [1 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 3040 3802 3061 1941 1962 1461 3541]B 3562]B 3061]B 2820]B 2380]B 3100]B 2800]B 2300]B 3180]B 1880]B 3700]B 4280]B 4620]B 5040]B 5520]B 5960]B 6120]B 6360]B 6200]B 5800]B 1440]B 1461]B 1962]B 2242]B 2202]B 1200]B 1500]B 2680]B 3020]B x 50 m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py I x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 4 120 py 8 x 51 dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r N 4220 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 3179 2801 3560 7320 7701 7699 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py I g 1 0 CA ac chemdict 0 e dv 44 tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 600 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 38 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 2869 3507 3527 1475 2133 1270 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 46 0 r n/dx 0 l -1 g cm DSt 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 2800 3181 3560 7320 8080 8079 12 40 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r [3 py 0 dv/bd s gi 1 arc array o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 41 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp I 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA 1920 gs e begin m 3075 3732 3095 1907 1927 1495 ac 1 w l ac 1 cw 9160 pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np 560 s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x 2242 p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto DSt cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO DSt 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW [5 py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm [39 sm 27 ne 1 I 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 19 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p I sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto 20 SA dp tr 0 sm 8140 bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv 11 OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 1461 4 lt{pp 0 21 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{c -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl 22 dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l DSt s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 23 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px [42 24 gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x 26 o/cX x sc I-1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb 9580 dx sc ac lp L/n/neg LB ap 5500 aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY 2202 e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 1880 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n DSt d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px DSt 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg [43 e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx [6 p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX I I gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e 49 m sm 7 3 o cv sc px dv/m1 cW gr p Ov}{Asc o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{np ne{wy eq{2 at 8 1.5 iY dp L/pp/pop nSq mv o lW py 90 9.6 rad l 7260 currentm st}{Asc py st}b/Asc{ 2 CA ac 2 9 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 4 n 2 rO 6 m SA 10 AA}]e In p mv px 0 2 12 py 4 DA}{3 L/at/ gi dp 5 p x dv and{ -1 dy 1 la p m LB ac p gi 144 OA d/a 36 g l cm py al py p sc 8 n sl LB m l a cp lr s d c a c g

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 295 8 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 /N cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l46 r 3720 3060 7060 7520 6360 -9.6 I2 lt{1 0 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 3 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv d/B{bs mv g dp dv 2560 124 rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 10260 10580 10280 10600 10680 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex 504 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 10920 2.25 cp m p pp 2 -1 N L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m mv 12 rot wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 3060 4180 2580 2560 6360 7520 8000 5800 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp put/N -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px DSt px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 10580]B 10220]B 10920]B 10680]B 10600]B 10280]B 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW [2 lbd py -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px N m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put I180 -1 2 bW cm p 1 s b1 2580 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg a 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x d}b/bs bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 10220 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl e 16 sqrt begin 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p array begin/version neg r 2.25 gi py DSt s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP CB e 1 0 90 [4 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 d ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc 5 CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 6 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 I0 dp np cv r sg lp dv 7 l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp 5800 ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp 10280 WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO DSt 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB Db px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/alo dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/D l nSq ro sm eq sc px st}b/ d/aR 2 p curre 0 n rad lp 2 ne{w gs 2 mv rO Ov}{ 90 py mv 12 p 4 5 dp dv 1.5 py m an py x st 6 CA 4 2 0 l a 0 g In p A
currentpoint NH CH CH CH
2

5 - La desmosine et lisodesmosine de llastine rsultant de la condensation de 4 rsidus lysyls.


CO

2 2 % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 421 15 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p l55 r 2300 2760 3240 1640 6300 6760 7240 5640 7880 8580 8549 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m 3 dv mv g dp dv 48 rO -.6 dv x py o d/B{bs sc I WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np 5 lp st xl CA 8240 8560 8180 8500 8460 wF n p 0 5 mv p 399 0 1.2 py LB bd at p 1260 sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW N 40 l0 o p m 1640 2760 3240 3880 1060 1260 5640 6760 7240 7880 5040 5260 8580 8880 mv 8819 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 9000 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 8560]B 8520]B 8240]B 9000]B 8500]B 8180]B 8940]B 8460]B 8780]B 8085 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie DSt dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 20 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv [4 rad put N 180 -1 8597 2 bW cm p p s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 dv e ac CA l I g 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 1060 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 8479 np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx 8240 DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt 8861 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 DSt LB arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 8115 e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA [6 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x 7 begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 8 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 9 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 12 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 14 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 I 2 sc px cm m 1 cp mt 11 s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro 5260 p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 8940 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc DSt def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 [10 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX I 360 o dv p x xl wb s{nH 5040 ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 8180 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 DSt s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill 13 w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs 1{bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/alo dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 e sc px p bb st}b/D l nSq ro sm eq sc px st}b/ d/aR 2 p curre 0 n rad lp g 2 ne{w gs 2 mv rO Ov} 90 py mv 12 p 4 5 dp Bd dv 1. py m an py x st 6 C 4 2 0 l a 0 g CH 2 CH

CH2 CO CH NH CH2 N+ CH2 CH2 CH2 CH2 CO CH NH desmosine CH2 CH2 CH2 CH2 CH NH CO

N+ CH2 CH2

(CH 2)3

isodesmosine

currentpoint

192837465

3.2. Acides amins nentrant pas dans la composition de protines. Plus de 150 acides amins ont t identifis dans le monde vivant soit sous forme libre, soit sous forme lie. Le plus souvent, ces acides amins sous forme libre sont soit des intermdiaires mtaboliques importants soit des mdiateurs chimiques. 1 - Ornithine et citrulline (cycle de lure).
currentpoint NH3 + CH2 CH2 NH3 + CH CH2 COOornithine NH3 + CH COOCH2 CH2 citrulline CH2 O NH C NH3 + currentpoint 192837465

2 - Acides et aminobutyriques.
currentpoint NH3 + CH2 CH CH3 COOCOOCH2 CH2 CH2 NH2 currentpoint 192837465

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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3 - -alanine.
NH2 - CH2 - CH2 - COOH

Il sagit du produit de dcarboxylation de lacide aspartique chez les microorganismes. Chez les animaux suprieurs elle rsulte de la dgradation de luracile. Elle participe ldification du pantothnate (pas chez lhomme) et de deux peptides abondants dans le tissu musculaire des animaux et de lhomme.

Il existe des dipeptides contenant de la -aminoalanine importants parmi lesquels : %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 276 1300 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 99 3 4754 4260 2240 3049 3828 2402 2902 3260 3700 4780 3800 5020 5620 2640 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 1002 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 6 s{dp dv m g dv mv 39 dp rO dv o x -.6 WI 7 py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 8 836 760 1480 1408 740 1002 840 1400 1220 1022 1780 p 12 n 0 mv py 0 at p bd 1300 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 11 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 4959 4780 3700 5020 13 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 2640 2902 3536 2180 3260 4260 3049 2402 3800 5620 5920 1 3.375 px 640 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac 14 sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 507 840]B 1002]B 1220]B 0.6 rad 8 46 1 fill dict 15 aL at 7 1780 1002 1659 680]B 740]B 760]B 1480]B 1002]B 1400]B 1540]B 1022]B 1460]B 2140]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr Ar p m bd ne{bW l 0 I 120 py 8 4794 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m 1 rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 2180 1.5 p 2310 2980 3794 2 L/S{sf 2 s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 2902 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 863 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 460 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1459 1457 1374 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 5001 -8 g 1002 begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 2180 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 2640 2858 3504 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 533 arc o DSt 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA 640 CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 1706 1062 1621 [5 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 46 sc DA}{cw 2.2 I begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 2180 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 Ar a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l 18 bs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp 680 cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 /N rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py DSt sl l mv e sc ac l ac 3 0 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 d/B{bs m 270 0 bs cm e 1 [9 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto ISA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr 10 put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv N OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr 4260 S r ac lW cm gr rO 0 g rot m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB -1 39 wb put/N eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap 1540 x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH N exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px DSt gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p 1 lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x a o/cX x sc [17 -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx d}b/bs sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF Iw 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv 2640 gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY e rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s array L/np/newpath e w 2140 dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp d 0 ac cw l 4 sg DSt e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{9 0 st -1 cm g L/al/a s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX 12 gr dx d/a s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc p d c g p O o 0 m p e l la alanyl Lhistidine (carnosine) la - alanyl - L - NH - mthylhistidine (ansrine) currentpoint
CH3 ansrine H N N+ H CH2 O CH C O NH C CH2 OH CH2 NH2 192837465

alanylhistidine (carnosine) currentpoint

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 409 24 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p l82 r 2240 1616 4540 2462 3020 3680 3980 4760 7360 8003 7782 7140 1817 1838 4785 -9.6 9 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m 11 dv mv g dp dv 42 rO -.6 dv x py o d/B{bs sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp 12 st xl CA 8480 8500 8840 9240 8380 9111 8740 9200 9222 wF n p 0 5 mv p 418 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 14 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW N 40 l0 o p m 1817 1838 2261 1240 3020 3680 3980 4760 5120 7360 8003 7803 8420 7960 6720 mv 2240 1616 4785 7140 7782 12 I wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR 2 sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 3 ro rad 8 DA}{dL 7 9200]B 8840]B 8480]B 9240]B 8980]B 9111]B 8380]B 9420]B 8740]B 8480 8840 9200 9600 8740 9111 8380 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 4 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m 5 gr 0 20 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO 2462 n/ey mv rad put N 180 -1 2403 1846 1866 4735 7388 7389 7946 2 bW cm p p s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 dv e ac CA l g 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 8840 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 8841 8530 9149 9240 8431 9060 8740 np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px DSt sl 16 sqrt 2212 1674 2232 4735 7199 7754 7774 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array mv 0 2 dv/bd sc wF [6 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 8531 8839 9149 9600 8740 9060 8430 e 1 0 90 I begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy 1240 S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp 8840 np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w DSt cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px [7 cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py Igi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 10 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 3680 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB} 0 e -1 dv 8840 ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g DSt g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD [15 AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc 20 Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg 19 p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv 18 w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO 17 cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np 16 l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newp a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px 23 o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL I 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr 7140 iY lW L/al/ dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st} l nSq ro sm eq sc px st d/ 2 p cu 0 n ra lp 2 n g 2 m r O 9

Prsents dans lurine, ils constituent de bons marqueurs de lalimentation carne.

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 255 22 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 5 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p l83 r 6100 5476 5677 6322 6720 7380 5040 4320 4540 3898 5698 3697 3918 -9.6 4 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m 3 dv mv g dp dv 154 rO -.6 dv x py o d/B{bs 6 sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 6060 6780 6420 12 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex 278 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 13 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW N l0 o p m 5677 5698 6121 5040 5440 6720 7380 7680 4540 3898 3918 4341 3722 5476 3340 mv 6100 4320 3697 12 wy fill 40 mv r 14 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e 15 ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 5680]B 6820]B 6060]B 6780]B 5720]B 7140]B 6420]B 6060 6420 6780 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 20 dp 0 16 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot 17 r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put N 180 -1 6263 5706 5726 4482 3927 3946 2 bW cm p s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 18 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 I 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 6421 6110 6729 np ne{bW p e -1 cp dx 1 sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py 7 DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l-1 sc 24.6 lp dv type[]type 5440 -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt begin 6072 5534 6092 4292 3755 4312 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 5680 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP CB 6111 6419 6729 e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x DSt begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne [2 wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 I o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p 5476 cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 6420 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind DSt st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO [8 OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac I dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px 9 xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 11 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 7680 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o 6820 gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 DSt cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 [10 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 I e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp 7680 wF cw L/np/newpath a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm 6060 mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/aload dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/DS{np l nSq ro sm eq sc px st}b/Asc{OrA d/aR 2 p currentmatrix 0 n rad lp 2 ne{wy gs 2 mv rO Ov}{Asc 90 py mv 12 p 4 5 dp DSt dv 1.5 py m and{pp py x st}{Asc 6 CA 4 2 0.3 l ac 0 ap g gi In p py AA}]e cp a -1 8 m gi 0.25 n a p 2 cY p L/pp/pop al SA DA}{3 [19 p l cp sl dy rO p 8 l1 al e dv m1 lcm r st}b/Ar1 pp L/at/ata l px pp eq sp gs l}for 4.8 a dp cm sc OA}{1 lx pp LB a s pp p I d/aA px dp pp}b/ LB arc g sm lp px 4 3722 wx py and{ sl}b/ cm ex mv 0 m DT} gs RA} sm exe cp} 4.8 py pp 1 cm -1 s sc gs m 0 lW g s d a s 0 2 % n 8 1 2 0 t}b/OrA{py p w /tr/transform serdict/chemdict /gr/grestore y A}{6 A r s ll 70 2 y 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 5 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p l70 r 6000 5376 5577 6222 6620 7280 5598 -9.6 4 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m 3 dv mv g dp dv 234 rO -.6 dv x py o d/B{bs 6 sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 3340 3700 4060 IwF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 1 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 142 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 7 2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 5340 N l0 o p m 5577 5598 6021 4940 5340 6620 7280 7580 mv 6000 5376 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 2960 ro rad 8 DA}{dL 7 4060]B 2960]B 3700]B 3340]B 4100]B 3340 3700 4060 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO DSt n/ey mv rad put N 180 -1 6163 5606 5626 2 bW cm p p s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 [2 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 3701 3390 4009 np ne{bW p e -1 cp I dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 5376 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt begin 5972 5434 5992 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p 3700 begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP CB 3391 3699 4009 e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if DSt n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 [8 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv lI 1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 9 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 11 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs 7580 cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi 4100 p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st DSt cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o 0 e -1 dv ap sc [10 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 I 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 7580 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o 3340 dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc DSt sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp Db dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o 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L/cp/clo ey st ac sc st}b/DD dv l}ie}rep 2 sg g HA}{1 mv d/nH dv dv/m1 sl -1 0 cp}b/Z 5 st fill g 1 sm dp bW gr}b/ 1 px s 4.0 dp 360 1 fill x}if a r np OB px bb gr} py s p SA gr r s/ L/ rO bS py st g g s 6 0 l3 P 0 4 Acide -aminoadipique.

HOOC (CH2)3 - CH - COOH NH2

5 - Dihydroxyphnylalanine (DOPA). La DOPA est implique dans les ractions de mlanognse: synthse de mlanine. Sa dficience au niveau du noyau gris entrane la maladie de Parkinson. currentpoint
OH OH CH2 COOCH NH3 + currentpoint 192837465

6 Thyroxine, hormone thyrodienne.


currentpoint I OH O I I CH2 COOCH NH3 + currentpoint 192837465

7 - Chloramphnicol et acide para aminosalicylique (PAS).


currentpoint NO2 CH2 OH CHOH CH NH chloramphnicol C O NH2 OH acide p-aminosalicylique currentpoint 192837465 COOH

CHCl2

8 - Taurine.

NH2 - CH2 - CH2 - SO3H

Elle est originale parce quil sagit dun -amino acide dune part et dun acide sulfonique dautre part.Elle est synthtise partir de la cystine par lintermdiaire de lacide cystique par dcarboxylation. Puissant modulateur neuronal et constituant de certains acides biliaires (acide taurocholique), la taurine est partiellement limine dans lurine.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Le cerveau, la rtine, le cur, le foie, les plaquettes et les lymphocytes possdent des systmes de transport actif extra intracellulaire. 9 - Ciliatine.
O P

Cest la premire biomcule avec une laison C P currentpoint % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 187 8 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 /N cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 3 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l51 r 880 1540 3420 2760 2261 -9.6 7 2 lt{1 0 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m 4 dv d/B{bs mv g dp dv 24 rO -.6 dv x py o 6 sc WI sm b2 -1 neg 4460 0 12 exec np lp st xl CA 4460 IwF n p 0 5 mv p 199 0 1.2 py LB bd at 2 p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 3720 2.25 cp m p pp 2 -1 N L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate 580 gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 40 l0 o p m 880 3420 3720 2261 1540 mv 12 rot wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR 4860 4100]B 4860]B sg dp gr OB/bL bd wx dp put/N -1 py e ac sc 0.3 0.6 px 4460]B px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 4100]B 4860]B 4460]B 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py DSt -9.6 m gr 0 20 p 120 mt dp 8 Cambridge px N m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2 bW cm p 1 s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 [1 1.5 21.6 0 dv e ac CA lg a 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x d}b/bs I bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 3720 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px 4100 sl e 16 sqrt 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p array begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 DSt py CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 d ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA [5 x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 Ir a x e p OA}{1 0 dp np cv 580 r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx 4100 gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp DSt mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st Db cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/move 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/C 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL} p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/ xl}{xl px xl m setd -1 lsc def/ 4 2 0 1 mv roun e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0 x s CA lW SA py pp g/ S} 1 0 at sc ix 1 lW g g w
NH2 CH2 CH2 OH

OH currentpoint 192837465 N s /gs/gsave 9.6 -1 gs ex pp v 0 g aL p neg}if/py rcn n 4 25 L/xl/translate cp 86, np ex 980 sl ict gr lip}b/Ct{bs 0 at A}{1 mv OB ser p wy m st}b/HA{lW l 12 0 rot o mv p 6860 7640 8040 8220 8120 40 1 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL DSt aR ix dp put/N bW -1 80 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 5600]B 5200]B 5560]B 5980]B x m1 sc 20 n 0 [2 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x I dp rot N -9.6 put sc 20 m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey 8040 rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 1 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 chemdict CA ac chemdict a 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA d}b/bs -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 5200 OA}{1 ne{bW 0 l dv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 DSt 0 e begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs array p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s [3 wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD I S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w d l ac 8220 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 5560 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l bs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO DSt 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div Db x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px dv/m1 cW gr p Ov}{Asc o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{np ne{wy eq{2 at 1.5 iY dp L/pp/pop nSq mv o lW py 90 9.6 rad lcurrentmatrix st}{Asc py st}b/Asc{OrA 2 CA ac 2 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 4 n 2 rO 6 m SA AA}]e In p mv px 0 2 12 py 4 DA}{3 L/at/atan gi dp 5 p x dv and{pp -1 dy 1 la p m LB ac p gi OA}{1 d/aA g l cm py al py p sc 8 n sl LB m l a cp ap lr s dv cY al cp gs lx lg p gs pp 8 L/r/roll rO m1 a sp 0 wx 2 sm p px e RA}{3 gs st}b/Ar1{g l pp l}for exec 4.8 ex dp eq arc 0 1 cm 45 dv dp mv cm pp 4 -1 a sl}b/cB{1 dx 1 lp px 12 sg st}{gs 1 L/cp/c DT}{pp s -1 py and{bb pp sc px d/nH gs 4.8 sg m sm pp}b/ cp}{p sc g sm p 27 cm s ly HA}{ gr}b s m fill 0 L/ro nSq lW r 0 1 l lW a dv cm fill py ey 1 36 3 st s/ d cv s p s g b Isole de cilis (Tetrahymena pyriformis ) cet aminophosphonate est surtout prsent chez des

mollusques et invertbrs marins. Prsente dans les hutres et moules (une moule en contient plusieurs mg) elle est mal absorbe au niveau intestinal. Le lait et la viande des animaux polygastriques en apportent beaucoup par suite de sa synthse par des cilis au niveau du rumen. Elle se retrouve au niveau de lurine mais aussi stocke sous forme de phosphonolipides au niveau hpatique, rnal et crbral.

% 8 1 0 t}b/OrA{py p w /tr/transform serdict/chemdict /gr/grestore y A}{6 A r s 35 y l 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 /N cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 7 4 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p 3280 l103 r 3280 5940 -9.6 2 lt{1 0 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv d/B{bs mv g dp dv rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 114 -1 neg 0 12 exec np 6060 lp st xl CA 5520 6060 5480 6020 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 268 2.25 cp m p pp 2 -1 N L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW DSt l0 o p m 2700 3840 3280 5360 6500 5940 mv 12 rot wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 40 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr [4 OB/bL bd wx dp put/N -1 py e ac sc 0.3 0.6 px 1 80 ro rad 8 DA}{dL 7 6060]B 6380]B 6360]B 6580]B 6020]B 6340]B 6320]B 6540]B end}b/Db{bs{dp aL cv I fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie dp 0 5940 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW 20 lbd py -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px N m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 20 2 bW cm p 1 s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 6020 1.5 21.6 0 dv e ac CA lg a 1 lt{-1 0 p st 180 0 chemdict -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x d}b/bs bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc DSt 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl e 16 sqrt 1 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs begin 2 p array begin/version neg r 2 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc 3 OB o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py 5 CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs SP wD lSA ac 1 d ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 6 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 7 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX 6{bs dv np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill e arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p g cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv Bd}repeat ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr Db fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{ 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr lp lx gr 3 def}b/d/ sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/c 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/w mv sc rO L/n sm 2.2 0 dp gs e s DS aR fill DA dv w pp d 1 3 n 0 r m d x c 10 -px La lanthionine.

Elle est prsente dans la chair de la langouste (et les protines de laine) et dans des bactriocines. currentpoint
COOCH
+

CH2

CH2

COOCH

NH3

NH3 + currentpoint 192837465

11 - La btane. Elle est abondante dans la betterave (Beta vulgaris). currentpoint


COOH CH2 N+ CH3 CH3

CH3 currentpoint

192837465

4. Strochimie. Du fait de latome de C sp3 asymtrique, tous les acides amins (sauf la glycine) possdent deux stroisomres (figure 2). Dans les protines les acides amins appartiennent la srie L, ce qui ne prjuge pas de leur pouvoir rotatoire d ou l. currentpoint COOH COOH
nantiomres NH2 R H H R NH2

L amino acide (S sinister)

D amino acide (R rectus)

currentpoint 192837465

figure 2 . Les stroisomres dacides amins Il existe quatre acides amins constitutifs des protines qui possdent deux carbones asymtriques. Dans ce cas le nombre de stroisomres est gal 2n soit 4. Les isomres sont alors qualifis de diastroisomres. Cest le cas de la thronine, de lisoleucine, de lhydroxyproline et delhydroxylysine. Ces drivs sont qualifis de drivs allo (figure3).

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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currentpoint COOH H COOH H H COOH NH2 H COOH NH2 NH2 NH2 % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 416 24 [1 gs 4 4320 w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw 8 sc 2 7 6 1 dL gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p Ct l58 r 3880 2120 4440 3160 2466 1620 3120 3040 3720 4640 7200 7140 8160 7680 6180 8840 9740 8240 9160 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs [9 mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 DSt sm s{dp m 2 dv mv g dp dv 73 rO -.6 dv x py o d/B{bs I sc WI 6 sm b2 -1 neg 0 12 exec 2536 np lp st xl CA 3700 3280 4260 3800 4400 3780 4120 3320 4360 3380 4320 3860 [19 wF n Ct p 0 5 mv p 163 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 5 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv Iex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 0 3700 N 40 20 l0 o p m 3880 1480 5420 3720 3360 1620 3120 3420 2536 4240 5220 7140 6180 6000 7880 7500 8240 7960 8760 9740 mv 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 Ct 1 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 21 bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e 11 ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 DSt ro rad 8 DA}{dL 7 4260]B 3280]B 3620]B 3800]B 3780]B 3760]B 4320]B 3320]B 3380]B 3700]B 3860]B 20 7960 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie dp 0 3 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 20 p 120 Ct mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put N 180 -1 gs 3700 2 bW cm p s 13 b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 bW p st 180 0 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 14 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e DSt -1 cp dx sc sl 2.2 5 Ct py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 [1 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 19 24.6 lp [23 begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt dp 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p 23 begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s Ix array 0 mv 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB 9740 arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 Ct BW 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA gr 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp I L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 3860 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 dp 16 rO px 1 DA}{cw end x begin m py -1 0 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p 3 OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW l BW e gr s 16 0 fill cm DSt 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p 5420 cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp Db -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 3320 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind DSt st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO [18 OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{p 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m dp setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 13 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec BW 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx Iap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp ldp x gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm 15 e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc BW rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 7500 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/ad d/WI{w lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np a lg dx 0 d/aF s sg 332 x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov o cX gr p bs sc 18 m 0 lW s p g x fi p m lp o c m D

H L THR

CH3

OH OH

CH3 D THR

OH

CH3

CH3

OH

L ALLO THR

D ALLO THRcurrentpoint 192837465

figure 3 . Les diastroismres dacides amins Les ponts disulfure ne sont ni linaires ni dans un mme plan : ils sont lorigine disomres optiques qui imposent des contraintes striques importantes aux protines (figure 4).
currentpoint CH2 S S CH2 CH2 S S CH2 currentpoint 192837465

figure 4 . Isomres optiques de la cystine 5. Proprits physiques.

5.1. Cristallisation. %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 251 6014 [1 [0 26 15 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 12 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt 14 p I 2 o 1 ix dv p l 76 1808 2400 2712 2606 2300 1862 2038 2085 2871 6492 4100 2192 1764 2800 3079 3800 3920 1700 1784 2030 1869 1818 3216 2937 2854 2943 2900 3086 3126 5733 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 1311 I 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm Ct o exec}{al s{dp dv m 4880 g dv mv 84 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec gr sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 1174 5 980 620 800 862 935 924 788 1109 1143 1063 1123 886 1420 1460 1053 1288 1333 1009 1069 1047 1284 1114 1160 1232 1223 1131 p 22 n 0 mv py 0 at p bd 5742 p LB end sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e 720 Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2712 2606 2400 2109 2085 2102 3079 6631 6645 6559 6428 1700 3216 p wy m st}b/HA{lW l DSt 12 0 o mv p 4880 4760 4640 4520 3920 3840 3720 2109 1842 2871 4440 5968 5993 5846 1784 2030 2192 1808 1818 1855 2800 3146 2891 2920 2900 2931 3126 3140 5624 1 3.375 px 1 80 DSt 0 n/ex 1182 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd [27 px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 980]B 800]B 620]B 907]B 935]B 985]B 886]B 734]B 864]B 931]B 916]B 1053]B 1047]B 0.6 [1 rad 8 1 fill dict aL at 7 500]B 460]B 580]B 720]B 760]B 907]B 975]B 924]B 1284]B 1039]B 1261]B 1374]B 1288]B 1333]B 1143]B 1174]B 1069]B 1147]B 1123]B 1246]B 1020]B 1189]B 1109]B 1043]B 1223]B 1180]B 1349]B x m1 sc n 0 46 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie I py 5 x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 28 0 120 py 8 x dp rot I -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r 4760 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 1855 L/S{sf s p 0 b1 py g 5566 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 580 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1147 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 1161 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g DSt cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 DSt 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm 5752 r arc x mv neg [2 LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB [29 dp 4 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m I ac 1 w l ac 1 cw pp 1192 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 4640 px 2 I 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 30 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x 2102 p wy 35 p dp dv 24 r 500 e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 Ar p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o DSt e -1 m l 0 rO 985 16 cm p 5654 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt [3 WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st DSt cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e I 1 bL s p 1194 ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 4520 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l [31 def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 5746 36 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 460 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px 35 x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{C -1 39 DSt wb eq{dL}if 1165 SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if 34 -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 [6 0 rad L/m/mul at mv 33 S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 35 m/aL nH 11 exec g pp ro}ie}b/AA{n a/px gr}b/wD 32 pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS lp gs 3 Ar ix -1 def}b/d/d 1 360 10 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX I x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/ p gi x p xl 2800 1 o wb dx 5700 sc ac lp 9 L/n/n LB ap aL l gs CA sg lt{e}i arc -1 px cm al r p 3 d/w 8 w 0 2.2 9.6 ne{ px 5 s/w x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fil 7 p sc 2 D g c s d 1 e 1 Les acides amins sont pour la plupart cristallisables (figure 5) et les cristaux se dcomposent avant de fondre. currentpoint

leucine tyrosine figure 5 . Quelques cristaux dacides amins

cystine

currentpoint

192837465

5.2. Solubilit. Elle varie en fonction des acides amins et est fonction de la polarit de la chane latrale. GLY, ALA......................... bien solubles LEU, TYR, CYSTINE............ trs peu solubles et cristallisent spontanment dans les hydrolysats digestifs ou bactriens et dans lurine ds que leur concentration slve. 5.3. Pouvoir rotatoire. En raison de leur carbone asymtrique, tous les acides amins (sauf la glycine) dvient le plan de la lumire polarise. Le pouvoir rotatoire varie avec la temprature, le pH, la nature du solvant, la force ionique, la concentration de lacide amin. Sa mesure est ralise partir de la raie D du sodium. La forme dextrogyre dvie le plan de la lumire polarise vers la droite et la forme lvogyre vers la gauche. Quand les deux formes sont prsentes gales concentrations dans le mlange qualifi de racmique, on nobserve pas dactivit optique. Mesur par polarimtrie , exprim en degr.cm.mole, est gal :

!= !

t "

.l . c

quation 1

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l est la longueur du trajet lumineux travers la solution (en dm), c est la concentration (en g/ml) et []t une constante appele rotation spcifique qui dpend de la longueur donde et de la temprature t. La rotation molaire [M]t est le produit de la rotation spcifique par le poids molculaire. Si la raie D du sodium est utilise (589 et 589,6 nm) la rotation spcifique est note ! D Avec l = 1 dm et C = 1 g/ml [ ] = [ ]tD varie selon lionisation de lacide amin (figure 6).
t

[!]
20

20 D
20

L-LEU 0 -20 2 6 10 pH L-HIS

A 20C, ! = [ ! ] D pour LEU est gal : + 14,6 en milieu HCl N - 10,7 dans l'eau + 7,6 dans NaOH M

figure 6. Variation du pouvoir rotatoire d'acides amins en fonction du pH

5.4. Proprits spectrales. 5.4.1. Absorption UV. Tous les acides amins prsentent une absorption importante aux longueurs donde infrieures 230 nm. Les acides amins aromatiques absorbent 270-280 nm (figure 7,TRP 278-280 nm, TYR 275 nm pH acide et 280 nm pH > 10, PHE). Applications au dosage. Filtres solaires anti UV. La cystine absorbe vers 260 nm. La loi de Beer Lambert permet donc leur dosage en UV.

A = .l.c et A = log ( Io / I )

quation 2

coefficient dabsorption molaire (molaire-1.cm-1). = 5600 (TRP 280 nm) ; = 1400 (TYR 275 nm) ; = 200 (PHE 257 nm) ; = 4000 8000 (liaison peptidique 190 nm ; = 300 (pont S-S 250 nm).
absorbance TRP

Acides amins

TYR > PHE

200

300
figure 7. Spectres UV des acides amins

Longueur donde (nm)

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5.4.2. Fluorescence. Parmi les acides amins seul le tryptophane, grce la structure de son noyau indolique, est fluorescent. Ainsi soumis un rayonnement 278 nm il met une fluorescence 348 nm (figure 8).
spectre mission ! mission max spectre mission ! excitation max

rponse du PM

278

348 longueur d'onde (nm)

figure 8. Fluorescence du tryptophane (spectres dmission et dexcitation)

Cette proprit permet de doser le tryptophane et de juger de linfluence de son environnement : des shiftsse produisent en fonction des groupements fonctionnels au voisinage de cet acide amin. 6. Dosage et Proprits chimiques.

La plupart des mthodes de dosage des acides amins reposent sur des proprits des fonctions amins ou carboxyliques qui seront dcrites plus loin. Les proprits chimiques des acides amins % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 431 5740 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 1700 p l226 r 1560 3060 3480 9900 3540 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 4580 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv mv g dp dv rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 66 -1 neg 0 12 exec 4620 np lp st xl CA 4620 4580 8620 6800 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 4360 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 207 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW DSt l0 o p m 1700 3480 3800 3840 9900 3540 mv 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 4580 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp [1 gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 4620]B 4580]B 4260]B 4860]B 6800]B 8620]B end}b/Db{bs{dp aL I cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 2 20 dp 0 3 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m Ar gr 0 p 3840 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2 bW cm p 5040 s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 4860 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp 5440 dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DSt DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt begin 4 4480 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r [2 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 I 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP 3800 CB e 1 0 90 5440 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 4260 cX dv np np[{py fill bs 2 sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l Ar 1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 5240 0 DSt o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 [4 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 5300 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 7 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py 6 gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 5 lSA al sm g/bb bd 5580 rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e I def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 9900 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px 5400 gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB} 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac 6800 dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px 46 -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 DSt nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL Ar sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 4660 fill Db o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 6060 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 5260 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp 5620 wF cw L/np/newp a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 11 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/ dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st} l nS ro sm eq sc Ar px st d/ 2 p cu 0 n ra lp 2 n g 2 m r O sont nombreuses grce la prsence au sein dune mme molcule de groupements carboxyle, amin et de groupements varis sur la chane latrale (carboxyle, amine, alcool, amide, phnol, thiol etc). Nous ne dcrirons que les plus importantes. 6.1. Dosage des acides amins totaux. 6.1.1. Mthode de Kjeldahl. Aprs minralisation en milieu sulfurique, en prsence de peroxyde dhydrogne, de sulfate de potassium et de catalyseurs (Se, Cu, Hg), lazote ammoniacal est dos par acidimtrie ou par colorimtrie. Cette mthode est automatise et la minralisation des tempratures leves raccourcit le temps danalyse quelques dizaines de minutes . Les ractions impliques sont les suivantes :
currentpoint H2 SO4 + (NH4 )2 SO4 R COOH t , Catalyseur CH NH2 K2SO4 NaOH NH3 CO2 + H2 O + (NH4 )2 SO4 H2 O

+ Na2 SO4 +

dos directement Ractif de Nessler

entran par la vapeur d'eau et dos

- dans l'acide borique par H 2 SO4 NH3 + H3 BO3 NH4 H2 BO3 + H2 SO4 NH4 H2 BO3 (borate d'NH 4 ) 2 H3 BO3 + (NH4 )2 SO4 currentpoint 192837465

- dans l'acide sulfurique par l'hydroxyde de sodium en retour

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6.2.2. Autres mthodes. Elles seront dcrites plus loin avec les proprits des fonctions des acides amins . Elles comprennent par exemple le dosage des groupes NH2 (mthodes la ninhydrine, au TNBS, etc. ), lalcalimtrie aprs et sans addition de formol (Mthode de Srensen), la mthode de Van Slyke (HNO2 N2), la mthode de Folin lacide naphtoquinone sulfonique etc. 6.2. Caractrisation et dosage dacides amins sans sparation. 6.2.1. Ractions spcifiques. Certaines de ces mthodes permettent la fois lidentification et le dosage sans sparation pralable des acides amins ; elles portent souvent le nom du chimiste dcouvreur: 1. Spectre UV : tryptophane, phnylalanine, tyrosine, cystine. 2. Raction de Millon (nitrate mercurique et mercureux en milieu acide nitreux chaud) donnant une coloration rouge cerise avec la tyrosine. 3. Raction dUderfriend et Cooper ( nitroso--naphtol) donnant une coloration rouge avec la tyrosine. 4. Raction de Folin et Ciocalteu (acide phosphomolybdotungstique ) donnant une coloration rouge avec la tyrosine. 5. Raction dAdamkiewicz - Hopkins (acide glyoxylique ou formol du commerce + acide sulfurique concentr) : coloration violette avec le tryptophane. 6. Raction dEhrlich (para-dimthylaminobenzaldhyde en milieu acide chlorhydrique concentr): complexe rouge avec le tryptophane. 7. Raction de Sakaguchi ( naphtol + hypobromite ou hypochlorite de sodium): coloration rouge orange avec larginine. 8. Raction de Pauly (acide diazosulfanilique en milieu alcalin): coloration rouge avec lhistidine. 9. Raction xanthoprotique (acide nitrique concentr au point dbullition): les ractions de nitration des acides amins aromatiques (TYR, PHE, TRP) donnent des drivs jaunes. 10. Le nitroprussiate de sodium dans lammoniaque dilue ragit avec la cystine en donnant des drivs rouges. 12. La raction de Sullivan (1,2 naphtoquinone-4-sulfonate de sodium et lhydrosulfite de sodium) donne une coloration rouge avec la cystine. 12. Dcarboxylation enzymatiques spcifiques (LDC) et dosage du CO2. 13. D-amino acide oxydases.

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6.2.2. Dosage microbiologique. Il repose sur la mesure de croissance (absorbance 540 nm) de souches pour lesquelles le L amino acide doser est un facteur de croissance (par exemple Leuconostoc mesenterodes P6O pour la Llysine). Le dosage des acides amins aprs sparation est le plus pratiqu et permet daccder des rsultats particulirement utiles. Les mthodes seront dcrites plus loin. La sparation est ralise le plus souvent par chromatographie en colonne (soit dchange ionique soit en phase inverse) et un degr moindre par chromatographie sur couche mince, sur papier, par chromatographie en phase vapeur ou par lectrophorse (systmes capillaires). 6.3. Ionisation, proprits acido-basiques. Il sagit dune proprit essentielle qui conditionne le comportement des acides amins en solution puis, par gnralisation, celui des protines surtout en fonction du pH du milieu. 6.3.1. Rappels & Dfinitions. - le point isolectrique est le pH pour lequel la charge de lion dipolaire est nulle. - le point isoionique est le pH pour lequel le nombre de protons librs par les groupements acides est gal au nombre de protons capts par les groupements basiques. Ces deux points sont confondus quand lion dipolaire nchange que des protons. En se plaant dans des systmes trs dilus nous ngligerons les interactions entre les particules en solution. H2O H+ + OHH+ (ou H3+O) pour leau 25C [H+] [OH-] = 10-14 pH = - log [H+] Un acide est un compos capable de cder un proton et une base un compos capable de capter un proton. [A-] [H+] AH ! A- + H+ donc Ka = [AH] AH est un acide et A- la base conjugue : lensemble est un couple acide base dans lequel plus lacide est fort (quilibre dplac vers la droite) plus la base conjugue est faible (tableau 3).
tableau 3. Valeurs des Ka et pKa de quelques acides Acide HCl H2SO4 HSO4 H3 PO4H PO 2 4

base ClHSO42 S0 4

+ H+

Ka >1 <1 3.10 10


-2 -7 -13 -5 -2

pKa 1,6 2 6.8 12.4 4,8 6,7 10,2 10 7 10 18

H2PO42 HPO 4

2.10

HPO CH3 COOH H2CO3 HCO 3

PO4 CH3 COOHCO 3

3,6.10 3.10 6.10 10


-7

1,9-10
-11

CO3 NH3 OCH3CH20-

NH4+ OH CH3 CH2 OH

-10 -7 10

10 -18 10

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Si [A-] = [AH] (A demi salification) [AH] [H+] Ka = = [H+] [AH] Le pKa correspond au pH de demi salification de lacide faible par une base forte.
Ka = [A-] [H+] Alog Ka = log [H+] + log [AH] si on prend AH - log [H+] = - log Ka+ log AAH

et

on obtient
pH = pKa + log [A-] [AH]

quation 3

Cette relation permet le calcul approch du pH dun mlange dacide faible (AH) et de sa base conjugue (A-) et inversement il est possible de prvoir ltat de dissociation dun acide faible %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 56 2620 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 7 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 76 m 2 p s px sc mv cm 180 460 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 20 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 1540 5 p n 0 mv py 0 at p bd 40 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp 80 np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 460 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA 20 py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 2 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 20 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 Ar x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 chemdict ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 gr py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p end 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 begin sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 SP 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{loa sc p e sm}b/CB -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/ 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA} wx a 180 0 rad L/m at mv S}if 1 pp Bd g px st} -1 g/ ix ZL lW D cv sg 1 p m n e g p r connaissant le pH de la solution. Exemples: currentpoint currentpoint -pour pH = pKa 50 % AH -pour pH = pKa - 2
-

% pp SA RA}{6 py gs o 5 wy dp 0 6 288 5360 gr n 8 1 ill 2 0 t}b/OrA{py l p w /tr/transform serdict/chemdict /gr/grestore 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p 2 l52 r 2580 3160 3500 6080 6660 3121 6621 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 6140 3 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv mv g dp dv 128 rO 3920 -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 6300 6620 6200 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 4300 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 285 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l6620 2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m 3160 3500 3920 6660 7000 mv 3478 6978 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 6140 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR DSt sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 6300]B 6620]B 6200]B 6520]B 5900 5800 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 23 20 dp 0 [4 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x I L/ie/ifelse sc m Ar 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 6 180 -1 3181 6681 2 bW cm p p s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 7000 4300 21.6 0 chemdict dv e ac CA l g 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 6320 6220 np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 6520 8 6260 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt begin 3522 7022 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version DSt neg r 2.25 5340 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP 1 CB 5940 5840 e 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 6260 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 2{bs o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg 23 lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv e bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 g ly fill arc g/wb Ar neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 Bd}repeat 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 7 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp /N WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi d/B{bs e 0 2 ro p dp st cp p 27 l Db SA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO N OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB 0 e -1 rot dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 put/N cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n N ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb 1 s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def a sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py d}b/bs -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd e 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s array m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newp a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq d 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{9 st arc o py dv/m -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/a dx gr py 9.6 g 1 eq{ o 18 sc px p bb st l nS ro sm e s p d 2 c 0 n r l2 n

192837465
-

[A ] [A ] 1 % 5 wy 0 6 280 5780 n 8 1 0 t}b/OrA{py l p w /tr/transform serdict/chemdict /gr/grestore y A}{6 A r s ll 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l58 r 2540 3140 7020 7500 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 6140 3480 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv mv g dp dv 126 rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 6300 6180 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 5900 4960 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 283 px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m 3140 3480 3440 7500 7700 8020 7760 mv 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 DSt 1 6140 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px px 1 [2 ro rad 8 DA}{dL 7 6300]B 5900]B 6720]B 5780]B 6180]B 6580]B end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 23 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB I ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 p 3440 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m Ar 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2 bW cm p p s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 4940 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 6720 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 6300 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DSt DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt begin 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r [3 2.25 5720 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 I 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py SP 5 CB e 1 0 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 8020 5 6300 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv 6180 r sg 23 lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb Ar neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY DSt SA dp -1 gr 2 7 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs l lp /N WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m [4 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py 6 gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi d/B{bs e 0 2 ro p dp st cp p 27 IlSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al 7700 cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO N OA}{1 1 p o w px gr 2 5780 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{ 0 e -1 rot dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 put/N cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py DSt pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 Db 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n N ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb 1 s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def a sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py d}b/bs -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd e 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s array m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/ne a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq d 0 2 px o Ov}{0 o cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA} st arc o py dv -1 cm 0 eq bL 3 e o cm m 10 at d ac c -1 p g iY lW L d g p 9 1 e log = 2 soit = soit [A ] = 1 % AH AH 100

Pour une constante de dissociation basique Kb H2O ou NH3 + base conjugue H+ acide NH4+ Ka.Kb = Keau = 10-14 pKa + pKb = 14 + NH3 NH4+ + OH-

6.3.2. Les deux ionisations des acides amins. Les acides amins possdent une fonction carboxylique protonisable currentpoint
O C acide O H C
base conjugue O

+ H+ currentpoint 192837465

et une fonction amine pouvant fixer un proton par liaison coordinative currentpoint
H N: base H + H+ acide conjugu H N+ H H currentpoint 192837465

En solution un acide amin peut se prsenter sous trois formes (la forme neutre est le switterion):

Biochimie des protines Polytech STIA 1

currentpoint NH3 + R CH

page 20

K1

NH3 + R CH + H+ COO-

K2

NH2 R CH COO+ H+

COOH soit A+ K1 A

+ H+

K2

A-

H+

currentpoint 19283746

K1 =
ce qui conduit :

A H+ A+

K2 =
AA+

A- H+ A

K 1 K2 = H + 2

au pHi on a [A-] = [A+] do K1K2 = [H+]2 soit encore:

pHi = 1 pK1 + pK2 2

quation 4

Si on reprsente le pourcentage de dissociation en fonction du pH on a (figure 9):


100 %
COOH COO- + H + NH 3+ NH2 + H +

0%

dissociation COOH

50 %

50 %

0% 1 pK 1 6
zone isollectrique

pK2

pH

100 % 12

figure 9. Pourcentage dionisation des fonctions acides amins en fonction du pH

La courbe de titrage de la glycine est la suivante (figure 10):


pH 12
NH3+ Cl CH2 COOH CH2 + H + Cl COONH3+

pK2 + HCHO pHi


CH2 NH3+ + NaOH COONH2 +H2O CH2 COO- Na+

pK1

ml HCl

dissociation NH 3+
ml NaOH

figure 9. Courbe de titrage de la glycine

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Tous les acides amins qui comme la glycine, ne possdent quun COOH et un NH ont leur pH situ 2 %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 447 2120 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 5780 l 24 5660 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 800 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 38 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 820 lp st 12 xl wF np CA 1260 5 820 p 27 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 DSt clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 5780 p wy m st}b/HA{lW l 12 800 0 o mv p 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py Db 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 23 gr ac px ro DA}{dL 820]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie Ar py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m 1260 rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 880 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 2080 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 880 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 23 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m Ar 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill 7940 dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 820 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm 7080 e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 820 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 23 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x Ar x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd 7080 g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/de 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x 940 o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/C p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/ne LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF 7940 w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA g/ cm sm dp e a 0 1 A m 1 d 2 i entre 5 et 6,5 et ils sont qualifis de neutres. Avec lacide glutamique il y a 3 dissociations mais pas de zone isolectrique car pK1 et pK2 sont trs voisins (figure11) currentpoint K1 KR K2 A + H+ A + H+ A+ A = + H+ currentpoint 19
pH 10 8 6 pK R 4 pHi pK1 ml d'HCl V/2 V'/2 ml d'hydroxyde de sodium

pK 2

figure 11. Courbe de titrage de lacide glutamique

A H+ A= H+ K2 = A A au pHi on a autant de charge + que de charges - soit : [A+] = [A] + [A2-] / 2 (puisque une mole amne 2 charges) ; (A a une charge nulle) K1 = KR =
Pour que A+ existe , il faut que le pH soit bas ce qui conduit pH << pK2 soit H+ >> K2

A H+ A+

A H+ = K1

KR A H+

K2 A 2 H+

quation 5

A partir de A de lquation de KR on tire : K . A A = R + H On remplace dans le 3me terme de (quation 5) et on a


A H+ = K1 KR A H+ + K2 .KR. A 2 H+ 2

soit

H+ K1

KR H+

+ K2 .KR. 2 H+ 2

K2 est gal 10-9,7 et on sait quil faut H+ >> K2 ; le terme en / [H+]2 est ngligeable et on a :
H+ = K1 KR H+ H + 2 = KR K1

pHi = 1 pKR + pK1 2

quation 6

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Importance de lionisation. Les acides amins sont des ampholytes qui en fonction du pH environnant se comporteront soit comme des acides faibles (donneurs de protons) soit comme des bases faibles (accepteurs de protons). Dans une solution leur charge sera donc directement lie au pH. Les acides amins sont solubles dans leau et peu solubles dans les solvants organiques.

Pour doser un acide amin il est donc possible de doser soit le carboxyle soit lamine. Lexamen de la courbe de titrage montre quen milieu aqueux les points quivalents aux pH extrmes et les zones de %virage userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 352 5400 [1 [0 gr w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 75 1760 6720 1200 6160 7180 7100 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1060 cm 180 HA}{dL 2140 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 56 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 1100 1040 1580 1460 p 25 n 0 mv py 0 at p 4560 bd 680 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l DSt 12 0 o mv p 2140 7100 1760 6720 7420 7440 1 3.375 1060 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd [2 px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 680]B 620]B 1520]B 1040]B 1460]B 1860]B 1100]B x I m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie 2140 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 8 -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 1520 /N CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 0 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL d/B{bs s py m 8 DSt p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 [3 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 I N arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 4 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp rot 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD 7100 S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px put/N 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg 620 np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx N 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 DSt o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 1 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO a 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs [5 cY g 2 clippath gs ne{bW py d}b/bs sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x I lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 7 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg 7440 or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp e tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st array cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 1100 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash 1 px x}if d o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{ sc p e sm}b/ -1 39 wb eq{dL SA 25.8 xl dv DSt m 0 p sc r}if -0.4 xl}{x ap x x py 0.5 cp gr}b 0 rou CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW O w a 1 0 r L a m S 1 p B g p sont peu nets. Le formol en excs (mthanal) se fixe sur la fonction amine.

currentpoint COOR CH NH3 + + 2 HCHO R CH

COOCH2 OH NH+ CH2 OHcurrentpoint

Lamine tertiaire obtenue a un pKa gal environ 6,2 ce qui permet le dosage par la soude (formol titration ou mthode de dosage de Srensen). Dans ces conditions le pHi du N-dihydroxymthyl glycine form est alors gal 4,3 et le point quivalent basique 8 ce qui est dtectable facilement en pH-mtrie. Certains auteurs attribuent laction du formol la formation dune imine. En milieu trs acide ou alcalin, les acides amins sont salifis. Les sels alcalins (ex glutamate de sodium) sont en gnral bien solubles et les mlanges acides amins-hydroxyde de sodium sont de bons mlanges tampons. Les sels acides (chlohydrate de lysine) sont moins solubles et facilement cristallisables (puret excellente). Avec les cations bivalents, les acides amins forment pH alcalin des chlates stables, souvent colors et peu solubles dans leau.

2 1 p /gr/grestore /tr/transform A 1 8 serdict/chemdict p s w r y A}{6 4 95 ll y }b/OrA{py 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p end 0 1 2 3 cm fill pA dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p l 89 3079 3100 5060 2660 5420 4480 3680 5040 3640 4200 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 [10 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g dv mv 105 dp rO dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st I12 xl wF np CA 5 858 840 1640 1220 1280 1000 920 1660 1520 1340 p n 0 mv 3940 py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr 17 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2996 3500 N 3880 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 5144 3100 5000 4720 3120 2180 5040 4580 5900 3940 4440 1280 1 3.375 px 1 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 465 840]B 1080]B 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 2035 840]B 1640]B 1220]B 1660]B 1280]B 1520]B DSt x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 3125 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw [11 m rO l}for m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 5015 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 1 0 CA ac chemdict 0 e dv I tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 840 4720 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1660 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3044 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 840 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 5096 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd DSt s gi 1 455 arc array o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin gr m 2045 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw [0 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np 4 s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill I gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s 2 cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 3500 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x 840 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l DSt def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 [3 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 I lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 3120 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{ -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul 1640 at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/ a/px gr}b/w pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec} lp gs 3 ix -1 def}b 1 360 rO 0 pp}i 4 DSt n 24. o x o/c x sc -1 12 dv ac s{n gr Ac p gi x p xl 1 o w d s a lp L currentpoint O C OR CH H2 N: Cu++ O- C O currentpoint :NH2 CH R chlate de cuivre

19283746

Les ractions chimiques caractristiques des acides amins sont celles de leurs groupements fonctionnels ( carboxyle, amin et chane latrale); ces ractions sont utiles dans la biochimie des protines pour : - doser individuellement les acides amins prsents dans des hydrolysats de protines - dterminer la squence - identifier dans des protines natives les acides amins impliqus dans lexpression dune fonction biologique - modifier de faon contrle des aminoacides - synthtiser des peptides .

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6.4. Proprits des groupements carboxyles. 6.4.1. Formation de sels en prsence de bases. 6.4.2. La fonction acide est estrifiable par des alcools. Ainsi les esters mthyliques (obtenus en milieu acide) sont volatils et permettent des dosages par du 1-butanol en milieu acide chlorhydrique.
currentpoint O C R CH H3 N+ OH + CH3 OH R CH H3 N+ O C O CH3 + H2 O currentpoint

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 397 6340 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 75 I7879 3079 3100 7900 2660 7460 8300 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1180 cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 105 dp rO 3500 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 858 918 840 900 1220 1280 p n 0 mv py 0 at p bd 5600 p LB sc 1.2 px gr 17 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 840 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2996 7796 3500 8300 8680 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3100 7900 3120 2180 7920 6980 1 3.375 1180 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py DSt 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 465 525 840]B 900]B 1120]B 0.6 rad 8 20 1 fill [3 dict aL at 7 840]B 900]B 1640]B 1220]B 1700]B 1280]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge I mt Ar 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 3125 7925 x dp 3120 rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 11 -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 840 900 1640 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3044 7844 -8 g d/B{bs DLB 5 180 0 r n/dx l -1 DSt g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv [5 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 455 515 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SP SA CB 9 dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m Iac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 7 sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N px 10 -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p 8680 wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 1120 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm DSt e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l [8 fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array I 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac 7920 lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{C -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x 1700 x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px DSt gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg 6 LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2{bs 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 e 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/ s L/np e w g dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi gr} s/w m d/ OA n d/ 36 fil n Bd dv x s A 9 rO 0 p 1 b g n p 0 chromatographie en phase vapeur. Les drivs trimthylsilils ou trifluoroactyls sont estrifis par

19283

Par ailleurs ces esters sont synthtiss pour protger les carboxyles au cours de la synthse chimique des peptides. 6.4.3. En prsence de pentachlorure de phosphore ou de chlorure de thionyle ( SOCl2) des (Il est dabord ncessaire de protger le groupement amin par actylation).
currentpoint O C R CH H3 N+ OH + P Cl5 R CH H3 N+ O C Cl + HCl + PCl3 currentpoint

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 415 6340 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 75 I7879 3079 3100 7900 2660 7460 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1180 cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 105 dp rO 3500 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 858 918 840 900 1220 1280 p n 0 mv py 0 at p bd 5600 p LB sc 1.2 px gr 17 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 840 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2996 7796 3500 8300 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3100 7900 3120 2180 7920 6980 1 3.375 1180 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA DSt py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 465 525 840]B 900]B 0.6 rad 8 20 1 fill [3 dict aL at 7 840]B 900]B 1640]B 1220]B 1700]B 1280]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge I mt Ar 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 3125 7925 x 3120 dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 10 -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 840 900 1640 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3044 7844 -8 g d/B{bs DLB 5 180 0 r n/dx l -1 DSt g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv [5 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 455 515 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SP SA CB 9 dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m Iac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 7 sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N 8300 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 900 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs DSt cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m [8 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st I p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp 7920 tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 1700 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{C -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc DSt px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp 1 ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p 6 lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x 2{bs o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px e 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 Bd}rep r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/ s L/np e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi gr} s/w m d/ OA n d/ 36 fil n dv x s A 9 rO 0 p 1 b g n p 0 chlorures dacide sont obtenus.

19

% userdict/chemdict xl pp RA}{6 -1 -8 py np gs e o 5 a wy dp 0 x 6 326 6340 gr n 0 2 1 ill p t}b/OrA{py /gr/grestore /tr/transform A w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 75 I3079 3100 2660 7460 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1180 cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 105 dp rO 3500 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 858 840 1220 1280 p n 0 mv py 0 at p 5600 bd p LB sc 1.2 px gr 17 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 840 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2996 3500 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3100 7900 3120 2180 7920 6980 1 3.375 1180 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA DSt py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 465 840]B 0.6 rad 8 20 1 fill [3 dict aL at 7 840]B 900]B 1640]B 1220]B 1700]B 1280]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge I mt Ar 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 3125 x 3120 dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 8 -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 /N CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 840 1640 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 0 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL d/B{bs s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3044 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l DSt -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv [5 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 455 N arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB 7 dp rot 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m Iac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 7900 sg 5 px put/N 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 900 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx N 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 1 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 DSt g o e -1 m l 0 rO a 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py d}b/bs sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs [6 mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm Ie 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 7920 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp e tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st array cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 1700 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if d o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{ -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv DSt m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 1 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp 1{bs ro}ie}b/AA{ a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/C lp gs 3 ix -1 def}b/d/ 1 360 rO 0 pp}ifels 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0. e gr}ie}b p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/ g LB ap aL l gs CA sg lt{e arc -1 px cm al r p 3 d/w w 0 2. 9. Bd ne px 5 s/ x 1 m g d p 1 l c
6.4.4. La fonction COOH peut tre rduite en alcool en prsence de borohydrure de sodium ou de lithium. currentpoint

C OH R CH H3 N+ +Li BH4 R CH

CH2 OH H3 N+ currentpoint

1928374

Cette raction permet lidentification de lacide amin C terminal des protines. 6.4.5. Dcarboxylation. Cette raction est obtenue par chauffage dans un solvant inerte ou par voie enzymatique strospcifique (enzymes tissulaires et bactriennes). La raction enzymatique est utilise pour doser de faon slective un acide amin dans un mlange (mesure gazomtrique du CO2 dgag). In vivo, ces ractions sont importantes, les amines formes tant soit physiologiquement actives soit toxiques (histamine, tryptamine, cadavrine, etc).

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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6.4.6. Amidation Elle peut tre ralise en prsence dammoniac.


currentpoint O C R CH NH2 OH + NH3 R CH NH2 O C NH2 + H2 O currentpoint 192837465

Lasparagine et la glutamine sont des amides des fonctions et carboxyliques de ASP et GLU respectivement qui sont naturellement prsentes dans la plupart des protines. Leur rle dans ltablissement de nombreuses liaisons hydrogne coopratives contribue de faon dterminante la structure de nombreux aliments pteux ou glifis. %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 423 5940 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 3 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 86 I1779 4080 4674 3484 9120 9714 8524 7154 1800 1360 4474 3880 3500 9514 8920 8540 8240 7480 7180 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1220 cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 64 dp rO 2200 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 918 880 1220 1240 780 1120 1140 1162 900 1563 1463 1280 1480 1160 p 20 n 0 mv py 0 at p bd 5020 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 900 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1696 3880 8920 2200 4474 9534 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 4474 3259 9534 8299 7256 9514 1800 1820 4080 4674 3500 3200 9120 9714 8540 8240 7480 7180 6740 1 3.375 1220 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py DSt 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 525 1220 1120 900]B 880]B 780]B 0.6 rad 8 1 fill dict [4 aL at 7 880 894 780 794 774 1563 1463 900]B 1700]B 1563]B 1220]B 1580]B 1463]B 1120]B 1480]B 1160]B 1200]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 9 Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 1825 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m 8 rO l}for chemdict m/w 4108 4616 3530 9148 9657 8570 7199 mv n/ey rad r -1 180 cm bW 26 -1 ro 1.5 p 4108 9148 2 L/S{sf s p 7 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 6 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 900 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 5 930 1220 830 1119 1120 1181 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1513 1413 0 e st}{Asc cp L/ix/index 10 m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 1744 -8 g d/B{bs begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 3938 8978 cm 360 a sc -1 12 2 lp sl dv px -1 4446 3301 9504 8341 7304 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 4446 9486 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc I x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 515 arc o 0 x sc 3880 SP s wF mv 2 0 OB N 1220 1120 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 930 866 830 766 786 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m 1513 1413 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if 1220 CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp DSt 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO [13 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div 18 x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS 17 neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put 16 g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S 15 r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt 14 gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{C -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 19 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 21 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{n a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS 22 lp gs 3 ix -1 def}b/d/ 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b p gi x 23 p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/n LB ap aL l gs CA sg lt{e} arc -1 px cm al r p 3 d/w w 25 0 2.2 9.6 ne px 5 s/ x 18 m gs -1 d p 1 l c fi p s 2 D g Lacide hippurique qui est la forme dlimination de lacide benzoque est un amide substitu.
currentpoint O C CH2 NH2 glycine OH + OH acide benzoque O C OH O C CH2 NH acide hippurique currentpoint O C

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 292 12 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 2 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p l 56 I1359 4005 5440 1380 1800 2940 3300 3980 4500 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g dv mv 38 dp rO 2540 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 1219 1200 p 31 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 1200 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB N p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1038 4005 5740 1800 1020 2540 3300 3980 4500 5440 5880 5780 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 839 1540 740]B 1540]B 1200]B 1600]B x m1 sc n 0 p [4 cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp I rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 1418 mv n/ey rad 5 r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 3955 2 L/S{sf s p 0 b1 py 7 g 1 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 8 bs 0 a p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 1200 10 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1200 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g 5880 begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 1082 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 3955 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc 1200 array o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 801 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 1540 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px DSt 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a [9 ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv 11 s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o I e -1 m l 0 rO 16 cm p 5740 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s 740 p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp DSt py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 1 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 6 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{ -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if 2{bs -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py e -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b a/px gr}b/ pp 3 0 1 g w r 6 AA}{ 8 -2 2 fill exec lp gs 3 ix -1 def 1 36 rO 0 Bd pp 4 n 24 o x o/ x sc 1 d a s g A p g x p 1

Lacide pantothnique, facteur vitaminique du groupe B, est lamide de la alanine et de lacide 1,3dihydroxy-2-dimthylbutyrique. currentpoint CH3 O
C OH CH2 CH2 NH C O CHOH C CH2 OH CH3 currentpoint 192837465

La liaison amide substitue tablie entre deux acides amins, ou liaison peptidique sera dcrite plus % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 420 4600 [3 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 0 1 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l68 r 1520 2280 1940 4900 5660 5320 5620 7620 8380 8040 2255 5635 8355 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 6500 3 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv mv g dp dv 72 rO 2700 -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 6180 6500 6220 6540 6940 6200 6520 6203 6243 6223 wF n p 0 5 mv p 284 0 1.2 py LB bd at 3960 p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 6220 2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 40 l0 o p m 1940 2280 2700 2240 5320 5660 6080 5620 6100 8040 8380 8800 8340 mv 2255 5635 8355 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 6500 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR DSt sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 6500]B 6180]B 6900]B 6540]B 6220]B 6260]B 6940]B 6520]B 6200]B 6240]B 6920]B 5800 5840 5820 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 2 dp 0 [4 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 Ar 20 p 120 mt dp 8 Cambridge px m I l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 2240 180 -1 2305 5685 8405 2 bW cm p 7300 s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA 6900 dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 6182 6222 6202 np ne{bW p e -1 cp dx 6500 sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l-1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px DSt sl 16 sqrt 2305 5685 8405 4 12 6520 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc [5 OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 5800 5840 5820 e 1 0 90 begin SA 6500 Computing, w I lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 6 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o 8 eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX 6080 dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 2 r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx Ar 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 16 o 6260 sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs /N cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm DSt m 0 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 d/B{bs st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro [9 p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind I st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 5620 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr N ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr rot 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs 6940 r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m put/N setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH DSt Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 N -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 1 fill o/cX [11 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 a px o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w d}b/bs -1 9.6 x al lt{e}if px 5 I ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x 12 cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv 14 sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 e 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 8800 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S array 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath 6240 a lg dx 0 d d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 cX gr p bs sc 180 m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at DSt dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/aload dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/DS{np l nSq ro sm eq sc px st}b/Asc{OrA d/aR 2 p currentmatrix 0 n rad lp 2 ne{wy gs 2 mv rO [15 Ov}{Asc 90 py mv 12 p 4 5 dp dv 1.5 py m and{pp py x st}{Asc 6 CA 4 2 0.3 l ac 0 ap g gi In p py AA}]e cp a -1 I8 m gi 0.25 n a p 2 cY p L/pp/pop 8340 al SA DA}{3 p l cp sl dy rO p 8 l1 al e dv m1 lcm r st}b/Ar1{gs pp L/at/atan l px pp eq sp gs l}for 4.8 a dp cm sc OA}{1 lx pp LB a s pp p d/aA px dp pp}b/DT{ LB arc g sm lp px 4 wx py and{bb sl}b/cB{1 cm ex 6920 mv 0 m DT}{pp gs RA}{3 sm exec cp}{p 4.8 py pp 1 cm -1 s sc gs m 0 lW gs s st}{g dx a sm 0 27 1 p L/r/ 45 -1 r ly st}{ lp nSq 12 lW sqr s/b cv 1 sm 1 p cm 2 lsg 3 s DS gr L e s a d l} 2 s g H m loin .

6.5. Proprits de la fonction amine. 6.5.1. La fonction amine donne avec les acides des sels. (Chlorhydrates , picrates etc.) currentpoint
O C R CH NH2 O C + HCl R CH NH3 + Cl- currentpoint 192837465 OH OH

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 312 4840 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 68 2075 6415 2100 6440 1760 6100 1220 5560 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1140 cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 57 dp rO 2520 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 883 860 1180 p 18 n 0 mv py 0 at p bd 4200 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 900 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2075 6415 2520 6860 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 2100 6440 1760 2060 6100 6400 1 3.375 1140 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA DSt py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 480 900]B 0.6 rad 8 1 fill [4 dict aL at 7 860]B 1180]B 1580]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge I mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 2125 6465 x 2060 dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 10 -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 862 1580 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 2125 6465 -8 g d/B{bs begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 DSt g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv [5 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 480 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SA CB I dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD 6 S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 8 sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N 6860 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 900 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs DSt cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m [9 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st I p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp 6400 tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 1580 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc DSt px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp 2 ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p 7 lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x 2{bs o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px e 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 Bd}repeat r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx Db p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px dv/m1 cW gr p Ov}{Asc o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{np ne{wy eq{2 at 1.5 iY dp L/pp/pop nSq mv o lW py 90 9.6 rad lcurrentmatrix st}{Asc py st}b/Asc{OrA 2 CA ac 2 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 4 n 2 rO 6 m SA AA}]e In p mv px 0 2 12 py 4 DA}{3 L/at/atan gi dp 5 p x dv and{pp -1 dy 1 la p m LB ac p gi OA}{1 d/aA g l cm py al py p sc 8 n sl LB m l a cp ap lr s dv cY al cp gs lx lg p gs pp 8 L/r/rol rO m1 a sp 0 wx 2 sm p px e RA}{3 gs st}b/A l pp l}for exec 4.8 ex dp eq arc 0 1 cm 45 dv dp mv cm pp 4 -1 a sl}b dx 1 lp px 12 sg st} 1 L/ D s -1 p a s p d g 4 s m p c

6.5.2. Diazotation par lacide nitreux . La mesure du volume dazote permet le dosage : mthode de Van Slyke. currentpoint
O C R CH NH2 O C R CH + N N O C R CH OH OH + HNO2 OH OH
-

OH + N2 currentpoint 192837465

Biochimie des protines Polytech STIA 1

page 25

6.5.3. Mthylation par liodure de mthyle.


currentpoint O C R CH NH2 OH + I CH3 R CH O C OH + I CH3 + HI R CH O C OH

6.5.4. Dsamination en milieu hypochlorite.


currentpoint O C R CH NH2 OH + Na OCl H 2O

+ HI N CH3 %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 326 4160 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 68 1215 5255 480 900 1240 4520 5280 4940 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1280 cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 20 dp rO 1660 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 1320 lp st 12 xl wF np CA 5 1023 1000 1320 p 25 n 0 mv py 0 at p bd 3520 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn 1040 OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 900 1240 1200 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1215 5255 1660 4940 5280 5700 5240 1 3.375 1280 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 1320]B bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 1000]B 1720]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 620 1320]B 1000]B 1040]B 1720]B x m1 sc 2 n 0 p [4 cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x I dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 1265 5305 mv n/ey 1200 rad r -1 180 cm bW 10 -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 1002 1720 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g d/B{bs begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 DSt 1265 5305 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF [5 mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 620 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD I S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m ac 1 w l ac 6 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc 8 DA}{cw 2.2 begin 16 put/N ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 5700 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc 1040 gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div DSt x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st [9 p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb I e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 5240 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{ 1720 -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB DSt lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 2 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 7 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg 2{bs LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 g 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/ne e w Bd}repe dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nS gr}{dp s/wy m d/WI{w OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlin px CA sm o 0 rad l p Ov rgr dp 0 ac cw l 4 s e iX p 1 n x w l CH3 currentpoint 192837465 NH CH3

O C R CH OH OH + NH3 currentpoint 192837465

Cette raction permet le dosage des acides amins (mthode de Polonowski). 6.5.5. Dsamination par voie enzymatique.

CopyRight ChemDraw gr/grestore erdict/chemdict b/OrA{py dp p 6 00 r/transform cm fill w pA 2 1 sc -1 gr DA}{cw W p/cY 8 m2 0 pp}{sqrt y p {6 2 o 1 ix dv p l 30 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2960 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 72 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 p 136 n 0 mv py 0 at p bd p 4380 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 2960 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 4340 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 3040 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 5080 x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 3040 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p cm p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{p -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/new e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{w OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rline px CA sm o 0 rad l p Ov}{ rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16 np x wF l lp 1 0 w d p D 0 s c g L

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 457 2940 [1 [2 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 1 l 76 1215 7895 4135 480 7601 3841 900 1240 7160 7580 7920 3400 3820 4160 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 1300 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 20 dp rO 1660 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 1320 lp st 12 xl wF np CA 5 1083 1023 1360 1300 1380 1060 1320 1000 p 25 n 0 mv py 0 at p bd 2300 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 1040 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 900 1240 1200 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1215 7895 4135 7904 4144 1660 7580 7920 8340 3820 4160 4580 1 3.375 px 1 1300 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 1320]B bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 1000]B 1720]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 680 620 1762 1702 1380]B 1060]B 1100]B 1320]B 1000]B 1040]B x m1 sc 2 n 0 p [4 cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m Ar bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot I -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 1265 7945 4185 mv n/ey rad r 1200 -1 180 cm bW -1 ro 6600 1.5 p 7543 3783 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 1062 1002 1720 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 1320 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1380 1320 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 DSt 1265 7945 4185 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 5480 2 4 7856 4096 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv [5 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 680 620 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA 1320 I py SA gs e begin m 1798 1738 ac 1 w l ac 1 cw pp 6 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 8 begin 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 8340 0 py sg 2 np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r Ar e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 2740 dp SA arc gr ac g/wb 1100 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI 960 div x DSt lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p [10 sm 0 2 SA 2524 l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 I l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 11 0 0.4 gr S r ac lW cm gr 1035 rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 13 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 4580 0.5 cp gr}b/In{px 0 14 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix Ar ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD 1040 pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 15 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac /N s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg DSt LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF 0 w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 d/B{bs l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 7 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm 9 dy L/a/add s L/np/newpat e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m 12 d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 N fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA rot sm o 0 rad l p Ov}{0.5 r 14 gr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{9 0 st -1 cm g put/ L/al/ s 5{bs mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/ s 0 o sc m b p c e m s 3 o c s p d Les deux types principaux de dsamination sont les suivants :

dsamination oxydative qui conduit un acide ctonique selon la raction suivante : currentpoint
O C R CH NH2 OH H2 R C NH imine O C O OH H 2O C R C O OH + NH3 currentpoint 192837465

Les enzymes sont strospcifiques (aminoacide oxydases). Par exemple la L-glutamate dcarboxylase currentpoint joue un rle biologique trs important ; elle catalyse la raction suivante:
1

+ + ac. ! ctoglutarique + NADH,H + NH L-GLU + H 2O + NAD 3 % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 464 5389 [2 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p 4 l87 r 1140 1760 1420 4240 4580 3960 2980 5920 6200 6540 9400 9060 8780 7800 1735 4555 4257 2963 6515 6217 9375 7783 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 4471 1720 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m dv mv g dp dv 37 rO -.6 dv x py o sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp st xl CA 4080 4400 4140 4460 4480 4560 4240 4260 4580 4600 4103 4163 4444 4498 4263 4544 4283 4618 wF n p 0 5 mv p 179 0 1.2 py LB bd at 4800 4700 p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 40 l0 o p m 1420 1760 2180 1720 4240 4580 5000 2980 2700 6200 6540 6960 9060 9400 9740 9340 7800 7520 mv 1735 4555 4500 2720 6515 6460 9375 7540 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 DSt 1 4471 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px px 1 [1 ro rad 8 DA}{dL 7 4400]B 4080]B 4120]B 4800]B 4460]B 4140]B 4180]B 4480]B 4780]B 4560]B 4240]B 4280]B 4580]B 4260]B 4300]B 4600]B 4900]B 3700 3760 4786 4175 3860 4886 3880 4295 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 23 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey I 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 20 p 3 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m Ar rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad 2180 put 180 -1 1785 4605 4211 3010 6565 6171 9425 7830 2 bW cm p p s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 4684 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA 4120 dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 4082 4142 4460 4480 4242 4560 4262 4600 np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 4550 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px DSt sl 16 sqrt 1785 4605 4460 2760 6565 6420 9425 7580 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 5373 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB [5 arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 3700 3760 4814 4145 3860 4914 3880 4265 e 1 0 90 begin SA 10 Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 4550 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 12 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 I 0 dp np cv r sg 23 lp dv 6 l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac 8 p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb Ar neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n 5000 Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 26 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc /N px cm m 1 cp mt 4180 s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py 0 gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 d/B{bs lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 DSt m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp [13 m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if N 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{ 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 rot py x np gr}b/In{px xl}{xl px Ixl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 14 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX put/N S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g 16 g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix 6960 exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o N dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie}b/Cr{0 1 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 l a 4280 r 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY d}b/bs CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp DSt dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x e s m 0 sg SA 1.5 p [18 xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px array gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpa a lg dx 0 d/aF s sg x ap 23 sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 d m 0 lW s py g x fill px mv m p lp o 25 cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/ dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o I180 sc px p bb st}b l nSq 19 ro sm eq sc px st} d/ 2 p cu 0 n rad lp 2 ne gs 2 m rO O 9 p m 1 p 4 5 2 currentpoint 19283746

Dans le sens 1 lenzyme catalyse la dsamination de lacide glutamique. Dans le sens 2 cest lamination rductrice de l ctoglutarate qui est catalyse. Les aminoacide-oxydases sont des flavoprotines auto-oxydables. La L-aminoacide oxydase est une enzyme FMN, tandis que la D-aminoacide oxydase est une enzyme FAD. Chez certains organismes vivants lenzyme est parfois NADP+. La transamination est un transfert direct de la fonction amine un acide ctonique. Les enzymes impliques sont des transaminases ou amino-transfrases.
currentpoint O CH3 OH O CH + C OH NH2 ALA C (CH2 )2 C O O C OH CH3 C O C OH + O C O C OH (CH2 )2 CH NH2 GLU currentpoint 192837465

acide ! cto glutarique

O OH acide pyruvique

Ces ractions sont impliques dans les synthses et les dgradations des acides amins.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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6.5.6. Ractions de condensation. La fonction amine peut ragir avec de nombreux composs pour former des drivs utiliss dans lanalyse qualitative ou quantitative. 1) liaison avec un chlorure dacide ou un anhydride dacide.
currentpoint O C R CH NH2 OH + O Cl C

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 440 5540 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 4 l 85 1235 6475 640 920 1260 6500 3392 7145 3360 3860 6160 3820 5880 7120 6460 7620 7580 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1120 cm 180 HA}{dL 1220 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 28 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 1200 lp st 12 xl wF np CA 5 903 963 880 940 1200 1660 1040 1260 1500 p 19 n 0 mv py 0 at p bd 4820 p 1600 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1235 6475 920 1260 1680 6920 1220 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3119 7145 3060 3960 6500 3820 4180 6160 6460 7580 7120 7720 7940 1 3.375 1120 px 1 80 DSt 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 1200]B bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 500 560 880]B 920]B 980]B 1600]B 0.6 [1 rad 8 1 fill dict aL at 7 1536 2000 920]B 700]B 940]B 1200]B 1540]B 1260]B 1660]B 1160]B 2000]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie I py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 3 120 py 8 1285 6525 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r 1680 -1 180 cm bW 20 -1 ro 1.5 p 3342 7095 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 882 942 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 920 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1184 1660 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 1285 6525 -8 g d/B{bs begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g DSt cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 3081 7095 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg [5 LB r py 0 dv/bd s gi 1 500 560 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SA CB dp 6 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m 1504 2000 I ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 9 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N px -1 4180 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 1540 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv DSt e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro [8 gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al Icp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e 3960 rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 700 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{c -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s DSt 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px [10 gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc I-1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr p gi x p xl 1 o wb 14 dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 16 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{ g/cY cm sm dp/ e aR 0 15 1 Ac mv 1 dic m 21 r dp cY rO D pp n 1 g 2 S 0 r 1 m s

Ainsi Fischer a ralis les premires synthses peptidiques partir de chlorures dacides.
NH2 CH R R CH NH C O O C OH NH2 CH R currentpoint + HCl

192837

Ce procd est utilis pour protger la fonction amine au cours de la synthse chimique de % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 437 5300 [2 [1 [0 gr Db w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 82 4 420 975 397 2035 7255 5640 6195 220 774 5617 1820 2060 3120 7040 7280 1280 2740 3500 3760 5440 5994 6500 7380 7580 7960 8220 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1020 cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 3 s{dp dv m g dv mv 10 dp rO dv o x -.6 WI 2 py -1 sc exec sm 0 b2 neg 700 1020 1353 lp st 12 xl wF np CA 5 1 769 809 740 1060 1393 1020 780 1380 p 15 n 0 mv py 0 at p bd 4760 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex I 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 220 2 800 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 800 774 2035 7255 5440 397 975 6020 1280 2340 7580 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 6020 5994 2060 3120 7280 1820 3500 3960 5617 6195 6500 7040 7580 7960 8420 1 3.375 1020 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 1020 st}{0 np lp l 1987, 1 1020 700]B counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 700 1353 1353]B 1020]B bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 400 440 1060 740]B 1020]B 1060]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 740 1393 740]B 660]B 780]B 1353]B 1020]B 1393]B 1060]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x DSt -1 1 918 447 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 427 2085 7305 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 5667 6138 mv n/ey rad r -1 180 cm bW 31 -1 ro 1.5 [6 p 5647 2 L/S{sf s p 0 b1 1019 750 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 1303 e dv tr/dy 0 1 l I 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 765 803 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs 7 x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 790 1059 OA}{1 ne{bW 0 l 277 dv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs 8 -1 dx rot p 1343 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 771 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 9 x/dx 3 2085 7305 746 -8 g d/B{bs begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 5497 cm 360 a sc 2340 -1 2 1021 lp sl dv px -1 5991 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 750 p sqrt 2 4 5966 12 r 2.25 neg}if/px ac 1303 gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 400 440 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB N 1061 0 rO 180 0.5 1020 SA CB ]B dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 790 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m 1343 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N ]B px -1 25.8 DSt rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr [11 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n I pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 13 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div 14 x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS 3500 neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill 1353 ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{ -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 xl DSt dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mu at mv S}if/lp 1 pp Bd g [12 px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{18 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b a/px gr}b/ pp 3 0 1 w r 6 AA}{ 8 -2 2 fill exe Ilp gs 3 ix -1 de 1 36 rO 0 pp 31 4 n 24 o x o x s 1 d a s g A p g peptides. Ainsi le benzylchlorocarbonate fournit des drivs benzyloxycarbonyl des acides amins souvent appels drivs carbobenzoxy.
currentpoint
CH2 O O C Cl H H N CH COOH R benzylchloro carbonate acide amin CH2 O H O C N CH COOH R

driv benzyloxycarbonyl currentpoint Quand lacylation est conduite dans des conditions douces, la configuration de latome est conserve. Il existe aujourdhui de nombreuses ractions chimiques de modification/dtection des acides amins. La plupart de ces ractions ont les particularits suivantes: elles sont rapides, stchiomtriques, et donnent des drivs dont certains sont trs stables et de dtection facile. La sensibilit de dtection a t multiplie par un facteur 1000 en comparaison avec la dtection ninhydrine par lutilisation de produits donnant avec les acides amins des drivs fluorescents.

2) Raction avec l O-phtaldialdhyde (OPA).

LOPA ragit froid, en prsence de mercaptothanol et en milieu alcalin avec les acides amins %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 471 6000 [2 [1 [0 DSt gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p [28 l 68 4 1180 1804 6860 7180 1492 6540 3160 3540 4180 3280 3600 7529 8080 8720 8220 7744 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 680 cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 3 s{dp dv m g dv mv 58 dp rO Idv o x -.6 WI 2 py -1 sc exec 8220 sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5240 5 1 500 360 540 1040 907 860 400 920 427 120 180 720 723 1094 1020 p 2 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex I 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 1180 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np 1120 sl gr 0 at mv OB 1180 1492 6540 7529 6860 1804 2100 3540 4180 4820 3600 4080 7180 7640 7980 8720 9360 8700 8220 2060 p wy m 680 st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 1804 7180 7744 1 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 aR ix 860 dp bW -1 bd px py 2 sc DSt e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 860 320 540 427 1020 1094 500]B 320]B 400]B 920]B 907]B 540]B 427]B 160]B 120]B 180]B 720]B 1040]B 1320]B 1120]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 Ar 860 907]B 723]B 20 x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py DSt x -1 1 ey Db L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 31 0 120 py 8 chemdict 1230 1754 6860 7230 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for 1492 7230 m/w 6590 mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 [6 p 2 /N L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 I l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 528 417 576 0 2 SA -.6 2100 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 983 871 879 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie d/B{bs 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 1230 1492 6590 7510 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 1754 7510 6860 cm 360 320 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac N gs p sm r arc SP x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 832 377 569 485 arc o DSt 0 x sc s wF mv rot 2 0 OB 832 962 1037 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac [7 1 w put/N l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 ]B 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin I 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 2060 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv N 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 1 0 o cm 0 wx rlineto cp 1040 cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA a 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p d}b/bs p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt DSt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF [8 sm w st}{px m py st e p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp array p l fill AA}{1 p dv/bd I gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy 9 st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr 10 S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 d end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o 4820 w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd 400 g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp DSt gs 3 ix -1 def}b/d/de 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/C p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp [11 L/n/ne LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill I p sc 2 py DA g/ cm sm dp e 1 a 0 1 A m 1 d 2 pour donner des drivs isoindoliques fluorescents (ex = 340 nm, m = 455 nm). currentpoint S CH2 CH2 OH CHO HS CH2 CH2 OH + N CH COOH + 2 H2O NH CH COOH 2 CHO R R currentpo La proline et lhydroxyproline ne donnant pas directement la raction, il est ncessaire, pour pouvoir les dtecter, de traiter les hydrolysats par de lhypochlorite de sodium. La stabilit de certains drivs isoindoliques forms nest pas trs grande ce qui implique donc une analyse extemporane. 3) Raction avec la fluorescamine (4-phnylspiro ( furan-2(3H),1-phtalal)-3,34 dione). La raction se fait temprature ambiante et est complte entre pH 7 et 9 en environ 1 seconde (ex = 390 nm et m = 475 nm).

Biochimie des protines Polytech STIA 1

currentpoint

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R O O O NH2 CH COOH R

COOH CH N

OH O + H2 O COOH O currentpoint % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 408 6420 [2 [1 [0 6840 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 5 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p l129 r 1600 2120 1760 2280 4160 4640 6900 6700 7455 8020 8280 8620 9100 5680 6228 5860 6409 6920 6680 7295 1780 2620 2940 7277 7256 8306 6903 6950 -9.6 4 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 DSt -1 a}b/PT{8 5300 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m 3 dv mv g dp dv rO -.6 dv x py o 2 sc WI sm b2 79 -1 neg 0 12 exec np lp [39 st xl CA 5489 4900 5200 5220 5580 5260 6520 7156 6629 6840 7026 5175 4940 6538 7146 1 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at 5540 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 244 px st p I gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 1600 2.25 cp I m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr 7540 p 0 OB np at sl st}b/HA{lW l0 o p m 1780 2280 2120 2620 4640 5240 7277 7256 6880 7770 8280 8620 9100 9140 9480 5860 6409 6228 6680 7295 6920 7540 mv 1600 2940 3240 6900 7455 8306 5680 6807 6853 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 5300 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR 5200 sg dp gr OB/bL bd wx dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px 7180 px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 5489]B 4900]B 5200]B 5689]B 5220]B 5580]B 4940]B 5640]B 5260]B 6520]B 6840]B 7156]B 7026]B 6629]B 6514]B 7180]B 5200 5489 4900 5175 5580 5260 4940 5689 6840 7156 6520 6248 7389 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 2 20 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py DSt -9.6 m gr 0 Ar p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot DSt r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 1790 1807 2223 2620 2940 6758 7248 7229 8254 5889 6352 6948 6903 2 bW cm p 7500 s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 [6 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 7 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x I bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py l 8 px 0 12 SA 2620 dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 4950 5439 5200 5225 5259 5530 4990 5260 6570 7106 6840 6522 7134 np ne{bW p e -1 cp dx 6380 sc 2.2 20 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp 37 dv type[]type -1 p 360 g 0 px 5200 sl 16 sqrt begin 1657 2091 2090 2940 3240 6927 7397 6909 8254 5737 6200 6199 6853 6807 4 12 8100 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 38 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 5{bs 0.5 DSt py SP CB 5199 5439 4950 5225 5530 5261 4990 5689 6840 7106 6570 6232 7371 e 1 0 90 begin SA 5780 Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA [9 x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO e px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np g np[{py fill bs sg p 1 2 Ir a x e p OA}{1 0 dp np cv 11 r sg lp Bd}repeat dv l1 setgray lx Ar 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill 5240 arc g/wb neg rlineto 0 40 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs /N cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 5220 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 0 1 cp Db mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 d/B{bs st}{px 0 bL w dup neg py gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA DSt al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 [10 0 g gs gr N ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr rot 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if Ip ac dv gs r}if 39 py x np 4640 gr}b/In{px xl}{xl px xl m put/N setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w 5689 g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 N -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 1 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 a px o gr}ie}b/C lp DSt lx gr 3 def}b/d sc Ac}{0.5 p w d}b/bs -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg [12 p dp/ 0 1 n 21. r m 2 18 cm 1 cX d/ mv sc rO L/ sm 2. 0 dp gs e s D aR fi D d w p
Il sagit dune raction trs sensible (seuil de dtection voisin de la pmole) qui permet des dosages de quantits dacides amins de lordre de 0,1 nmole. La fluorescamine ne ragit pas non plus avec les amines secondaires comme la proline ou ses drivs. Pour raliser le dosage de ces acides amins il faut donc les transformer en amines primaires par traitement lhypochlorite ou la N-chlorosuccinimide. 4) Raction avec le chlorure de dansyle. Ce ractif permet dobtenir des drivs sulfamides trs fluorescents.
currentpoint CH3 N CH3 NH2 CH R CH3 N CH3 + HCl

+ COOH NH CH COOH SO SO Cl 2 8 2 1 0 9 gr p/cY cm pA m2 0 pp}{sqrt w y W DA}{cw rdict/chemdict p 2 r/grestore {6 o ill ix c dv nd opyRight 1 /transform hemDraw 0 /OrA{py p l87 r 2525 2420 2080 1522 1975 2250 2780 3086 8265 8826 8160 7820 7262 7715 7990 8520 8940 9220 2858 2982 1853 1418 3111 8598 8722 7593 7158 -9.6 8 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 DSt -1 a}b/PT{8 6120 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m 7 dv mv g dp dv 69 rO -.6 dv x py o 6 sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np lp 18 st xl CA 6142 6000 5819 6523 6880 5942 5800 5619 6123 6323 6680 6394 5748 6194 5548 5 wF n p 0 5 mv p 276 0 1.2 py LB bd at p 5540 sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p 3 gr mv -9.6 e p 1986, lm 1{bs 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n 15 p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW 40 l0 o p m 2080 2525 2858 2982 1853 1418 1646 2250 2650 3086 3400 7820 8265 8598 8722 7593 7158 7386 7990 8390 8826 9220 9800 mv 1975 1522 3111 7715 7262 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 6120 n/ex gs 16 n st}{0 ro l n lp counttomark{bs e py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR sg dp gr OB/bL bd wx dp g -1 py e ac sc 0.3 0.6 px Ipx 1 ro rad Bd}repeat 8 DA}{dL 10 7 6000]B 6523]B 5819]B 5748]B 6142]B 6394]B 6880]B 5800]B 6323]B 6123]B 5619]B 5548]B 5942]B 6194]B 6680]B 6323 6142 5748 5819 6394 7180 6123 5942 5548 5619 6194 6980 20 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 2 dp 0 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py 11 -9.6 m gr 0 20 Ar p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 2116 2476 2841 2944 1836 1474 3061 7856 8216 8581 8684 7576 7214 8776 2 bW cm p 41 s 12 b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict /N tr/dy -1 sm 13 a}ie}b/BW{wD 0 5 Db dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py l2 px 0 12 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 6050 6012 6340 5861 5802 6130 6880 5850 5812 6140 5661 5602 5930 6730 np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 0 5 py 14 m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r d/B{bs m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l-1 sc 24.6 lp begin dv type[]type 2 -1 p 360 g 0 px sl 16 sqrt 2033 2563 3030 2667 1560 1663 3061 7773 8303 8770 8407 7300 7403 8776 4 12 -1 2250 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy N 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB 6304 6281 6130 5802 5861 6340 7180 6104 6081 5930 5602 5661 6140 6980 e 1 0 90 begin SA Computing, rot w 6523 lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO put/N px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 DSt r a x e p OA}{1 0 dp np cv r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs N 0 [1 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w I cY SA dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs 1975 a cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs d}b/bs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py 6323 gi p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al e cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py array 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e DSt lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS 0 e [4 -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if d p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc I def/L{load 4 2 0 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 2525 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/ a/px n 6323 ac x 1 gr}b/w AA}{1 L/m/m pp}ifels p 4 3 fill o/cX 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px o gr}ie lp lx gr 3 def sc Ac p w -1 9.6 x al lt{ px 5 ne aL 1 lr 0 a D p -1 1 m x c e g 2 R

currentpoint 19

5) Raction au phnyl-isothiocyanate ( PITC ). currentpoint


N C S + NH2 CH R OHNH C NH CH R S S N O NH + H2 O R COOH

COOH

HCl, CH 3 NO2

currentpoint 1928

Le phnyl-isothiocyanate ragit avec les acides amins pour former des drivs facilement dtectables dans lUV. Les phnyl-thiocarbamyls (PTC) sont transformables en drivs phnyl-thiohydantone (PTH) en milieu chlorhydrique en prsence de mthyl-nitrosamine. Cette raction est utilise pour dterminer la squence des protines (raction dEdman). 6) Raction avec le 9,fluornylmthyl-chloroformate (FMOC-HCl).

currentpoint pH 8 , 60C + CH2 O C Cl O NH2 - R 5 min CH2 O C NH R O currentpoint

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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7) Raction avec le chlorure de dabsyl.


currentpoint CH3 N CH3 NH2 -R N N SO2Cl CH3 pH 9 N 70C 10 min CH3

N N SO2 -NH-R

currentpoint 19

8) Raction avec le 1-fluoro-2,4-dinitrobenzne (raction de Sanger).

Ce ractif donne une arylation quantitative avec les amines libres. Les drivs dinitrophnyls sont %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 474 5920 [2 [1 [0 gr Db 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 62 4 1240 1795 7120 7675 1620 7500 1217 7097 1040 3440 8160 1594 3100 3900 7474 6920 8620 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 980 cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 3 s{dp dv m g dv mv 14 dp rO dv o x -.6 WI 2 py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5380 5 1 720 1040 780 1100 1373 1433 p 17 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 8 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp I aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1040 6920 1620 1795 7500 7675 p 1040 wy m 980 st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1620 7500 1594 7474 680 3440 8160 1217 1795 2140 3900 4440 7097 7675 6560 8620 9160 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py 2 sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 1040 1100 720]B 460]B 780]B 520]B 1040]B 0.6 rad 1040 8 1 fill dict aL at 7 Ar 720 780 1373 1433 660]B 720]B 1373]B 1040]B 1433]B 1493]B 1100]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 27 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for chemdict m/w 1267 1738 7147 7618 mv n/ey rad DSt r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 1247 7127 2 /N L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs [6 0 p st 0 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 770 1039 830 1099 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie d/B{bs 5 sc I np gr}{gs -1 dx rot p 1323 1383 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s 2140 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 1097 6977 cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 1591 7471 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 1566 7446 12 r 2.25 neg}if/px ac N gs p 1040 sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv rot 2 0 OB 1041 1101 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 770 830 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 1323 1383 ac 1 w put/N l ac 1 cw DSt pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m [7 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv N 24 r e fill gr I1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix 1795 lbs 0 1 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA a 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p d}b/bs p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py 460 sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro DSt gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st e p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp array p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO [9 st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr I S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py 11 setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 d end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{ -1 39 wb 13 eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 4440 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b a/px gr}b/ pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec lp 104 gs 3 ix -1 def 1 360 rO 0 pp 4 n 24 o x o/ x sc 1 d a s g A p g x p 1 o colors en jaune et sont stables lhydrolyse acide : ils permettent le dosage de lacide amin N terminal mais aussi, dans des conditions adaptes des amines des chanes latrales (LYS). currentpoint NO2 NO2 H H + NO2 F H N CH COOH NO2 N CH COOH
R R

currentpo

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 477 5760 [2 [1 [0 27 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p I2 o 1 ix dv p l 73 1740 4 1240 1795 6840 7395 1620 7220 1217 6817 1040 3440 7880 3100 3900 6640 8340 1594 7194 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1060 cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 3 s{dp dv m g dv mv 14 dp rO dv o x -.6 WI 2 py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 1600 5 1 720 1040 760 1080 1373 1413 p 17 n 0 mv py 0 at p bd 5220 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 8 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp I aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1040 6640 1620 1795 7220 7395 p 1040 wy m st}b/HA{lW DSt l 12 0 o mv p 1620 7220 1594 7194 680 3440 7880 1217 1795 2140 3900 4440 6817 7395 6280 8340 8880 1740 7360 1 3.375 1060 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd [28 px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 1040 1080 720]B 460]B 760]B 500]B 1040]B 0.6 rad 1040 8 1 fill dict aL at 7 720 760 1373 1413 660]B 700]B 1373]B 1433]B 1040]B 1413]B 1473]B 1080]B 1600]B 1660]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie I py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW 7360 l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 1267 1738 6867 7338 mv n/ey rad DSt r -1 180 cm bW 29 -1 ro 1.5 p 1247 6847 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 1660 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs [6 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 770 1039 810 1079 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc I np gr}{gs -1 dx rot p 1323 1363 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s 2140 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g d/B{bs begin DLB 5 DSt 180 0 r n/dx l -1 g 1097 6697 cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 1591 7191 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 1566 7166 12 r 2.25 neg}if/px Db ac gs p 1040 sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB N 1041 1081 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 770 810 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m 1323 1363 ac 1 w l ac 1 cw DSt pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m [7 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr I1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix 1795 lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py 460 sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro DSt gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO [9 st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr I S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py 11 setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB -1 39 wb 13 d eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 4440 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp 1040 gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF DSt w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 [10 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 I x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n 3440 dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{9 0 st -1 cm g L/al/a s 660 mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/a s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px d c g p O o 0 D m p e l g 1

9) Raction avec lacide 2,4,6-trinitrobenzne sulfonique (TNBS).


currentpoint NO2 NO2 H CH COOH R NO2 NO2 NO2 H N CH COOH R + H2SO3 currentpoint 192837465

HSO3 + H N NO2

Cette raction permet le dosage des acides amins par leur fonction amine, en particulier au cours du contrle de ractions dhydrolyse de protines. Il existe donc actuellement beaucoup de mthodes de dtection fluorimtrique des acides amins (FMOC, etc). Il sagit toujours de mthodes trs performantes dont le choix est fonction de paramtres comme la stabilit des drivs forms, la simplicit de mise en oeuvre, le cot etc. Il faut signaler que tous les drivs dcrits (OPA, fluorescamine, dansyl) absorbent dans lUV, ce qui permet leur dtection et leur dosage avec une sensibilit moindre que par la mthode fluorimtrique.

6.6. Ractions lies la prsence simultane des fonctions amins et carboxyliques. En prsence doxydants comme le peroxyde dhydrogne ou lhypochlorite, les acides amins sont dsamins et dcarboxyls avec formation daldhyde. La ninhydrine ou hydrate de trictohydrindne permet cette raction. Il sagit nanmoins dun ensemble de ractions complexes. Les composs colors qui apparaissent pH 5,5 aprs traitement thermique sont variables en fonction de lacide amin ; ainsi la proline et son driv hydroxyl donnent des drivs jaunes absorbant 440 nm, tandis que les autres acides amins donnent des mlanges de chromognes absorbant surtout 570 nm. Cette particularit est mise profit dans la dtection chromatographique des acides amins au cours de leur sparation / analyse par chromatographie et raction la ninhydrine.

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 478 4820 3320 [2 [1 [0 DSt 87 I gr DSt w 1980 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p I 2 o 1 ix dv p [48 l 391 88 9 1240 1804 5180 5744 8180 8744 8954 960 1520 5460 8460 8972 3040 3380 5972 9280 9600 [163 1853 4900 5793 7900 8793 8260 7980 8540 8824 8873 4960 4680 5240 5524 5573 9035 5940 4980 4700 5260 5544 5593 7380 7660 7100 6784 6768 1700 1420 1980 2264 2313 1760 1480 2040 2324 2373 3860 4140 3580 3248 3295 5920 5640 6200 6484 6533 8020 8300 7740 7408 7455 5754 5776 8776 2032 6620 1836 8856 9052 5556 9460 5752 5576 5772 2296 2492 2356 3264 3068 2552 6516 7424 7228 6712 6588 9640 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 3100 HA}{dL 918 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 8 s{dp dv m 4912 g dv mv dp rO 10100 53 dv o x -.6 WI 76 py -1 45 sc exec sm 0 b2 neg 880 1212 lp st I 12 xl wF np CA 4220 5 700 759 600 659 640 699 933 1184 1084 1124 852 752 792 978 918 958 1264 1112 1164 1152 1204 2740 3224 2799 3304 2720 3232 3204 2779 3284 2680 3192 3164 2739 3244 3035 3252 4859 5364 4800 5312 5284 5387 4871 4760 5272 5244 4819 5324 6659 7164 6600 7112 7084 6671 7177 7279 7784 7220 7732 7704 7291 7797 5093 780 1187 820 1227 1018 1364 1287 1304 2920 3404 3327 3058 2892 2900 3384 3307 2872 2860 3344 3267 2832 3038 2998 4980 5464 4952 4940 5424 5347 4912 5078 6780 7264 7187 6752 6918 7400 7884 7807 7372 7538 5118 p n 0 mv py 57 0 6200 at p bd 4480 p LB I sc 1.2 px gr 16 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e DSt Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 960 clip}b/Ct{bs p 56 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 3038 gr 0 at mv 2 OB 960 1918 4900 5858 7900 8858 9280 1520 1836 5460 5776 8460 8776 3380 3660 6140 9600 9860 1240 3640 6200 9840 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 918 o mv p 1520 5460 8460 1963 5180 5903 8180 8903 7980 8260 8540 8938 8983 4680 4960 5240 5638 5683 9359 6280 4700 4980 5260 5658 5703 7660 7380 7100 6588 6658 1420 1700 1980 2378 2423 1480 1760 2040 2438 2483 4140 3860 3580 3138 3183 5640 5920 6200 6598 6643 8300 8020 7740 7298 7343 6080 1836 5972 8972 2180 6880 2032 5776 8776 9052 8856 5752 5556 6620 6820 9640 5940 5772 5576 2820 6784 6660 2492 2296 2700 2640 2552 2356 3264 3068 2880 2760 6712 6516 7424 7228 7040 6920 10100 1 3.375 [132 7372 3 px 1 3100 0 n/ex r 8 ro 90 fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 1212]B 80 counttomark{bs Prep s wx ac 6 sg OB/bL aR ix dp bW -1 880 bd px py sc e 0.3 DSt gr ac 23 91 px ro DA}{dL 529 780 429 820 469 933 7 852]B 749]B 752]B 649]B 792]B 689]B 978]B 660]B 700]B 958]B 589]B 1364 1112]B 1152]B 1347]B 1084]B 1307]B 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 137 7 852 752 792 1531 1264 1431 1304 1471 2920 3404 2892 2569 3571 2900 3384 2872 2549 3551 2860 3344 2832 2509 3511 3013 3252 4629 5631 4980 5464 4952 5118 4651 4940 5424 4912 4589 5591 6429 7431 6780 7264 6752 6451 7450 7049 8051 7400 7884 7372 7071 8070 5093 749]B 918]B 958]B 812]B 760]B 1184]B 1287]B 1018]B 1187]B 1124]B 1227]B 3224]B 2892]B 3327]B 3058]B 2789]B 3232]B 3204]B 3307]B 3192]B 2832]B 3267]B 2998]B 2729]B 1212]B 1084]B 1424]B 3038]B 2872]B 3252]B 3164]B 2769]B 5312]B 5284]B 4952]B 5387]B 4849]B 5700]B 5244]B 5347]B 5078]B 4809]B 4912]B 5272]B 7112]B 7084]B 6752]B 6918]B 6649]B 7187]B 7732]B 7704]B 7372]B 7538]B 7269]B 7807]B 5118]B x m1 sc DSt 2 75 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 3038]B eq{DD}{DS}ie py x I Ar -1 1 1242 ey L/ie/ifelse Cambridge mt [92 1.2 gr p 20 m Ar bd ne{bW l 0 49 120 py 8 1852 5182 5792 8182 8792 8954 x dp rot -9.6 put sc 2180 m px DA}{cw m 141 rO l}for m/w [175 1470 5410 8410 1010 mv 4180 n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 5360 chemdict p 1806 4950 5746 7950 8746 8262 8030 8490 8872 8826 4962 4730 5190 5572 5526 9033 5962 4982 4750 5210 5592 5546 7378 7610 7050 6802 6816 1702 1470 1930 2312 2266 1762 1530 1990 2372 2326 3858 4090 3530 3296 3247 5922 5690 6150 6532 6486 8018 8250 7690 7456 7407 5754 2 L/S{sf 50 97 s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 758 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 140 p st 771 658 671 698 711 983 2 SA 51 -.6 aA 101 a}ie}b/WW{gs x dp 5 812 I 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 1157 1057 1097 1183 978 OA}{1 ne{bW 0 l 7740 dv}{bd}ie 5 7538 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1277 1083 1177 1123 1217 2798 3223 3197 2811 3317 2778 3203 3177 2791 3297 2738 3163 3137 2751 3257 3084 3202 5257 4871 5377 4858 5283 5248 5329 4859 4818 5243 5217 4831 5337 7057 6671 7177 6658 7083 7048 6659 7164 7677 7291 7797 7278 7703 7668 7279 7784 5143 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 1010 DA}{dL s 54 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 156 x/dx 3 1962 4950 5902 7950 8902 9280 -8 g DLB 100 DSt 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 4780 360 begin a sc -1 2 lp sl 55 dv px -1 1470 5410 8410 1238 0 16 begin/version gs 7372 24.6 type[]type -1 p sqrt 4300 2 4 1917 5178 5857 8178 8857 8030 8258 8490 8982 8937 4730 4958 5190 5682 5637 9361 6280 4750 4978 5210 5702 5657 7610 7382 7050 6649 6702 1470 1698 1930 2422 2377 1530 1758 1990 2482 2437 4090 3862 3530 3182 3137 5690 5918 6150 6642 6597 8250 8022 7690 7342 7297 6080 12 r 2.25 neg}if/px 151 [4 907 ac gs p sm 99 r arc x mv neg LB r py 89 0 dv/bd s gi 1 551 807 451 847 491 983 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB I 978 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs 98 al -4.8 st}{0 p 1520 881 781 821 1306 Computing, 0 0.6 5940 eq{DB}{DS}ie lW DSt 150 90 L/l/lineto wD ]B S]}b/dL{dA 7112 py SA gs e begin m 1549 1206 1449 1246 1489 2947 3346 2921 2591 3589 2927 3326 2901 2571 3569 2887 3286 2861 2531 3529 3063 3202 4981 4651 5649 5007 5406 4988 5118 4629 4967 5366 4941 4611 5609 6781 6451 7449 6807 7206 6788 6429 7430 7401 7071 8069 7427 7826 7408 7049 8050 5143 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 95 px 2 23 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 10 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e 147 dv -2 o -1 x fill 1 sg m 852 ]B 2872 0 py sg 94 2 np Ar s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x 11 p wy p dp dv 24 r e Ar fill gr 1 fill dv lp 16 93 lx 0 146 7800 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs DSt 0 0 o cm 0 22 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 2880 dp SA arc gr ac g/wb DSt Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 I g o e -1 m l 0 rO 16 cm 4700 p 145 [12 23 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py 1018 sl [52 l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div 6360 x lp cm sm 34 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px 17 st}{Asc lW 4 m 144 270 0 bs cm e I 1 bL 4980 s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 35 fill}b/SA{aF 5240 sm w st}{px m py st 7180 p 21 sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al 2640 cp p l 149 fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb 46 rO st cp py 20 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 DSt 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 2872 0 0.4 gr S r 1018 ac lW cm 47 gr rO 0 g 153 m 78 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 5600 end px x -1 np setdash}d/cR 1 [96 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p 58 e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{ -1 39 79 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if 152 DSt -0.4 xl}{xl ap x 23 x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA I 2 e 1 59 sc px 0 l s 4 80 4 2 3 lW OA}{1 wx a 5260 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 Ar g/cX ix [60 Ar ZLB lW DA}{180 cv sg 157 1 70 py -0.4 m/aL I nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD 13 pp 3 0 1 w r 7160 6 AA}{1 188 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp 65 71 gs 3 4952 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n I 24.6 o x o/cX 14 x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 133 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb 69 dx 82 sc /N ac lp L/n/neg LB ap aL 1084 l gs CA sg lt{e}if arc -1 15 px cm al r p 3 d/wF w 0 DSt 2.25 9.6 ne{py px 68 5 s/wx 86 x 0 18 134 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py 18 DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e d/B{bs aR 0 1 104 Ac}{1.0 mv 102 1 dict m 21.6 [106 r dp cY 7760 rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 19 135 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpa e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m I d/WI{wx OA}{1 n 103 d/aF 360 fill 77 n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb 111 61 gs np px N 138 0 1084 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr 6140 dp rot 0 ac cw l 4 sg 62 e iX px p 116 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx 115 p DA 0 st -1 cm g L/a s 13 mv bs 18 0 -1 sc eq fil p a x lW pu p 2 6 a g 2 o p m c g d s 0
Biochimie des protines Polytech STIA 1 page 29

currentpoint O OH OH O ninhydrine O

NH2 + R CH COOH

O COOH NH CH R O + H2O O OH

COOH N CH R + H2O

H NH2

O H N CHR N CH2 R O +CO2

H2 O O

+ R-CHO

O H 2O O OH H +NH 3 + ninhydrine OH OH O O O NH 3 + ninhydrine

O N O

O hydrindantine

O-

pourpre de Ruheman compos violet O O OH O NH2 O currentpoint

1928374

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 339 6060 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2 l 77 7087 7539 7551 2340 4160 7758 6880 1960 3780 7100 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1100 cm 180 HA}{dL 1440 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 68 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 742 720 1458 700 1100 1120 1520 1480 p 16 n 0 mv py 0 at p bd 5200 1120 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 6862 7100 7700 1960 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 7776 3740 7539 7100 2380 1440 4160 4680 7758 6600 8060 6880 1 3.375 1100 px 1 80 DSt 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 497 720]B 420]B 1120]B 0.6 [1 rad 8 1 fill dict aL at 7 1683 720]B 1500]B 1120]B 1480]B 1100]B 1780]B x m1 sc 2 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie I py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 2380 0 120 py 8 7133 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW 18 -1 ro 1.5 p 7505 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l -1 lt{-1 1500 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 720 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1480 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 6898 -8 g d/B{bs begin DLB 5 DSt 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 7740 12 r 2.25 neg}if/px ac [3 gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 463 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB N I 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 5 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA rot gs e begin m 1717 ac 1 w l ac ]B 1 cw 4680 pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x 1100 p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO DSt 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x [4 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro Igi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p 3740 sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r 720 ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{C -1 39 wb d eq{dL}if DSt SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv [6 S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{n a/px 11 gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{ lp gs 3 ix -1 def}b/d/d 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 10 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/ p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/n 9 LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 8 ne{p px 5 s/w x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fil p sc 2 py 7 D g c s d e a Enfin il faut signaler que par chauffage, les esters dacides amins donnent des drivs cycliques de
type dictopiprazine: currentpoint
O COOET R CH NH2 + NH2 CH COOET H R R N O N R H

currentpoint

192837465

6.7. Proprits des chanes latrales. De par leur grande diversit fonctionnelle, les groupements des chanes latrales sont mme de donner de nombreuses ractions. 6.7.1. Les fonctions hydroxyles de SER et THR peuvent tre estrifies. Les esters phosphoriques de ces acides amins jouent un rle trs important en technologie laitire, les casines tant des phosphoprotines. Ces acides amins sont oxyds par le priodate de sodium (Na+IO4-) en milieu alcalin en aldhyde, acide glyoxylique, ammoniac et IO3-. 6.7.2. Les chanes latrales noyau aromatique . Elles rendent possible des ractions de substitution. Ainsi les drivs iods de la tyrosine sont des constituants des hormones thyrodiennes et les drivs nitrs aromatiques sont colors en jaune (raction xanthoprotique).

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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6.7.3. Les fonctions thiols. Les groupements thiols de la cystine jouent un rle fondamental dans la structure et donc lactivit biologique des protines. Ce groupement peut soxyder en disulfure en prsence doxygne atmosphrique, de sels de fer ou dautres agents doxydation douce. La cystine ainsi obtenue rsulte donc dune liaison covalente entre deux molcules de cystine. Le rsidu cystine joue un rle de pont disulfure entre chanes polypeptidiques intra ou intermolculaires; ce pont peut tre coup par des rducteurs comme le mercaptothanol avec libration de deux fonctions thiols.
currentpoint COOH CH CH2 SH + SH CH2 CH NH2 cystine COOH
rducteur

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 378 2780 [2 [1 [0 1300 24 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I 1 0 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 6 2 o 1 ix dv p 2 l 195 460 4280 4919 4899 6341 881 960 6321 6960 901 1380 5420 5800 3920 7320 4500 5119 6121 360 681 4391 6891 1451 1520 6611 6680 6041 6061 4380 1300 2 6860 6740 1880 1420 7040 6580 6460 5841 3560 4060 4480 5520 r lt{1 mv -9.6 -2 Ct m 2 p s px sc mv cm 180 12177 11340 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO 35 1940 dv o x -.6 WI py -1 6 sc exec sm 0 b2 neg 9600 12177 9960 11463 11800 11820 lp st 12 xl wF np CA 5 9640 9997 9283 9303 10017 9660 9960 10254 10300 12460 11820 12520 11880 12237 11523 10280 12177 p 11500 11860 463 n 0 mv 27 py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st DSt 2780 p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 9960 2 clip}b/Ct{bs p Ct -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 960 400 1380 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 4500 5119 4480 6740 681 1320 1940 5800 6160 4280 6960 4919 4899 6341 720 901 [38 1 46 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 6121 SA 4620 6660 1220 1300 6380 6460 5841 6480 4500 881 3980 6740 7260 6321 1520 1820 1320 5880 6680 6980 6041 6061 4060 3500 4480 5140 py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 10860 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 9960]B 10400]B bd 38 px py sc e 0.3 53 gr ac px ro DA}{dL 11820 9960]B 0.6 11800]B 11463]B rad 8 20 1 fill dict aL at 7 9997 9640 9283 9303 10017 11463 9960]B 9640]B 9660]B 9997]B 9283]B 9303]B 12177]B x m1 sc n 0 p cv SA Ct [1 dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 9660 10566 10615 12775 12177 12835 12237 11880 11523 9997]B 10280]B 10300]B 10017]B 11820]B 12177]B 12460]B 11463]B 11880]B 12520]B 12237]B 11523]B 12300]B 11860]B eq{DD}{DS}ie 52 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 23 x dp rot I -9.6 gr put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad 51 r 400 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 4338 4890 4872 6368 910 2 L/S{sf s p Ar end 0 b1 py g 0 6350 6987 928 CA ac chemdict 0 e dv 50 tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 4350 6849 1409 1547 6569 6707 6070 6088 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 2680 SA 10400 -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 12127 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie I 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 9639 9947 9333 9353 11513 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL 5880 s py m 8 p 6 9967 9710 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 10280 10274 12434 11870 12494 11930 12187 11573 0 r n/dx l -1 g cm 10800 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 DSt 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 4527 5061 4509 6713 739 12 r 2.25 neg}if/px ac gs 11860 p sm r arc x mv 6179 neg 6796 1291 LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv [4 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 4580 6620 1180 1356 6340 6516 5899 6451 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 2680 Computing, 11821 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA 5 gs e begin m 9947 9641 9333 9353 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 9661 10021 11513 sg 5 6 px DSt 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO I eq{dp e dv -2 o -1 10594 10585 12745 12181 12805 12241 11881 11573 x fill 1 sg m 11320 0 19 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B [39 np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r ]B e fill gr 1 fill dv lp 20 16 lx 0 bW l mv s ]B cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto I cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA ]B 0 43 1 -1.6 21 n pp}{2 23 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl 44 16 l Ar mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 45 54 0 17 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto 46 /N 18 SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 47 l 0 mv 5119 OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr d/B{bs rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 48 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB -1 39 wb 9640 eq{dL}if SA 25.8 xl 6680 dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 N lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 rot cv sg DSt 1 py -0.4 m/aL nH 11880 exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp put/N gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 [7 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx I sc ac lp L/n/neg DSt LB ap 4280 aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px N 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY [40 cm sm 1 dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp 9640 cY rO DS pp n a 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add 42 s L/np/newpath d}b/bs e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb I gs np px DSt 0 np m p rlineto px CA 6460 sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 e w dx p [8 DA}{9 0 st -1 cm g L/al/ s mv bs 180 0 -1 sc eq fill arra p a x lW py 2 ap g arc o py m cX 12 gr dx d/ 10 s 0 o sc m bL p cm e m s 3 o c s p d c g p O o 0

COOH COOH CH CH2 S S CH2 CH NH2 cystine NH2

NH2

oxydant

OH %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 477 7380 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2 l 126 5613 580 1080 640 1140 1500 1560 3860 3480 2820 2160 5280 5640 5880 7780 8280 8700 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 3540 cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO 2060 dv o x -.6 WI py -1 12 sc exec sm 0 b2 neg 2660 4020 lp st 12 xl wF np CA 5 3580 3020 4380 4100 3840 3180 3540 p n 0 mv py 0 at p bd 6640 p LB sc 1.2 px gr 127 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 3020 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1080 1140 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 5798 520 580 1500 2060 1560 2160 3480 4040 2820 2520 5640 5880 6280 8280 7720 8700 9260 40 1 3.375 3540 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 80 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 3020]B 4380]B 3460]B 4820]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 3209 3020]B 4820]B 4380]B 3580]B 3840]B 3980]B 3540]B x m1 sc 2 20 n 0 p [1 cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt Ar 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot I -9.6 put sc 20 m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r 520 -1 180 cm bW 21 -1 ro 1.5 p 5657 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 /N sm 21.6 bs 0 p st 2 3460 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 3599 0 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g d/B{bs DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g DSt cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 5842 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg [4 LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB N 0 rO 180 0.5 SA CB dp I 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA py 6 SA rot gs e begin m 3231 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 7 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 put/N px -1 12 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy 11 p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o N cm 0 wx rlineto cp 10 cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o 1 e -1 m l 0 rO 16 cm p p px 9 w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 a clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac 4040 l ac 3 2 eq{gs d}b/bs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind 4820 e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb e rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 array 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m DSt 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{C -1 39 wb d eq{dL}if SA 25.8 [5 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 I 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp 580 Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp 4820 gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF DSt w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 [8 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/ I s L/np e w dv 0 xl S cm bd 3 348 x dp cvi gr} s/w m d/ OA n d/ 36 fil n d x s A 9 rO 0 p 1 b g n p CH OH CH SH 2 CH2 SH CH2 SH CH CH2 Rducteurs OH mercaptothanol dithiothritol (ractif de Cleland) currentpoint 19283

La cystine ou la cystine sont oxydables en acide cystique stable sous laction dun oxydant fort comme lacide performique.
currentpoint COOH CH CH2 SH NH2 cystine ou + CH3 C O OH

COOH CH CH2 SO3 H NH2 acide cystique currentpoint

COOH COOH CH CH2 S S CH2 CH NH2 cystine NH2

acide performique

192837

La fonction thiol peut tre mesure par raction avec lacide 5,5-dithiobis-2-nitrobenzoque (ractif dEllman). Lacide thio-trinitrobenzoque jaune est dosable pH 8 412 nm.
currentpoint COOH CH CH2 SH NH2 cystine NO2 + OH C S S NO2

C OH O O acide 5,5'-dithiobis-2-nitrobenzoque

SH

NO2 C OH

COOH CH CH2 S NH2

NO2 C OH O currentpoint 192837465

O acide thionitrobenzoque

La fixation de mtaux lourds comme Mg2+, Ag+, Hg+ avec formation de mercaptides est une raction caractristique de la fonction thiol.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

currentpoint COOH CH CH2 SH NH2 cystine

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+

Ag

COOH CH CH2 S Ag NH2 mercaptide d'argent currentpoint 192837465

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 408 4700 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 114 3 503 871 900 7095 7440 1140 918 1460 5640 6100 6740 7120 7900 8142 6620 7860 3100 1060 7200 6420 8160 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 600 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 2 s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI 1 py -1 21 sc exec sm 0 b2 neg 543 429 420 959 1069 lp st 12 xl wF np CA 3940 5 I 640 840 760 483 683 1122 1320 2000 1900 1040 1140 p n 0 mv py 0 at p bd p LB 900 sc 1.2 px gr 4 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 503 957 900 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 7095 7860 900 1004 1460 1980 6100 6620 7120 7440 8020 8160 p wy m st}b/HA{lW l 600 12 0 420 o mv p 8470 3500 1460 7600 6420 5980 7020 8160 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 959 192 1 543]B 1094]B counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 420]B 1094]B bd px py sc 2 20 e 0.3 gr DSt ac px ro DA}{dL 280 840 1353 760]B 483]B 640]B 840]B 500]B 1040]B 1140]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 978 Ar 1320]B 2000]B 1900]B 1280]B 1460]B x m1 sc 553 917 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt [7 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 4740 120 py 8 7145 7454 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for chemdict 871 m/w 8160 mv n/ey rad r I -1 180 579 cm 444 bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s 8 p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 1980 -1 lt{-1 180 sm 21.6 1960 bs 0 p st 655 790 1085 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 553 a}ie}b/BW{wD 1003 py ac px 12 1166 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 7145 7860 -8 g 760 begin DLB 5 180 924 3980 0 r n/dx l -1 g 956 cm 360 a sc -1 208 2 lp sl dv px -1 8490 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p DSt sm r arc x mv ]B neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 280 790 arc 1367 o 0 x sc SP s wF ]B 1960 mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 1022 Computing, 0 0.6 [9 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 I px 2 ]B 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 3500 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m Ar ]B 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 26 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l 1320 bs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly /N neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py 0 sl DSt l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt d/B{bs WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 [10 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd I gr put g/bb rO N st cp py 27 DA}{270 e 1 wy 1460 st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 rot neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px put/N x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p 2000 e sm}b/CB{np[{[{CS -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 DSt N g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA a/px 1 gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/ lp [11 gs a 3 ix -1 def}b/d 1 360 rO 0 pp}ifel 4 n 24.6 o x o/cX x sc d}b/b -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0 gr}ie p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp 12 L/n LB ap aL l gs CA sg lt{ ar -1 px cm al r p 3 d w 0 2 9 n p 5 Le N-thylmalimide ou lacide iodoactique sont des ractifs bloquants de la fonction thiol. currentpoint O R N CH2 CH3 + O N-thyl malimide ICH2 COOH acide iodoactique HS R cystine S N CH2 O C C

CH3

H C O C H

R S CH2 COOH driv S-carboxymthyl currentpoint

192837

6.7.4. Hydrophobicit et hydrophilicit des chanes latrales des acides amins . Une substance hydrophobe est une substance qui ne donne pas d'interaction avec l'eau et inversement une substance hydrophile est un compos qui donne des interactions avec leau (phobie : peur engendrant une fuite). 1) lhydrophobicit et got. Si un compos hydrophobe (sans charge , sans polarit partielle) est mis dans leau, les molcules d'eau en s'attirant (liaisons hydrogne) vont "chasser" ce compos, toutes les molcules chasses constituant alors une phase spare de l'eau. Le phnomne est qualifi d'hydrophobicit (fuite de l'eau). Pour valuer cette proprit "ngative" on utilise gnralement des solvants dont la polarit est infrieure celle de l'eau. La variation d'nergie libre de transfert d'une mole de l'acide amin de la solution aqueuse une solution thanolique est exprime par :
G

RT

ln

S thanol _______ S eau

o S thanol et S eau sont les solubilits de l'acide amin dans l'thanol et dans l'eau exprimes en mole.L-1. R est la constante des gaz parfaits et T la temprature absolue, les coefficients d'activit sont ngligs. Si la molcule possde une structure complexe, G est une fonction additive de ses diffrentes parties. Ainsi, la leucine peut tre subdivise en deux parties en ce qui concerne son nergie libre de transfert de l'eau vers l'thanol : une partie avec un "isopropyl" et une autre partie avec un groupement aminocarboxylique, groupement qui est, un hydrogne prs, analogue la glycine. Le G pour la glycine est dtermin par l'quation, le G pour la leucine galement. La diffrence entre les deux valeurs correspond l'nergie libre de transfert de la chane latrale de leucine.

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 225 7 [1 [0 6 0 2 bW dp/cY g -2 3 cw -1 CopyRight py 1 /N ChemDraw dp p I 1 9 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv Ct p 2 l 51 1360 1720 2720 3060 2860 2 r lt{1 mv -9.6 -2 0 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2280 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al gr s{dp dv m d/B{bs g dv mv 10 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm end 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 340 700 220 p 10 n 0 mv py 0 at p bd 700 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 N clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1720 2280 3060 3420 1320 3380 2860 p wy m st}b/HA{lW l DSt 12 0 rot o mv p 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp put/N bW -1 bd [1 px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 700]B 340]B 1080]B 1040]B 1180]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 x I m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie 1320 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot N -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 1 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 1080 CA ac chemdict a 0 e dv tr/dy 0 1 l -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA d}b/bs -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 DSt p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 e 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 [3 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs array p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 I arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 4 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD 3420 S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w d l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg 340 np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o DSt cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 [5 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt WI div x I lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 3380 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/b neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{a sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/mo SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO 1040 st cp py 27 DA}{2 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/ se o DT 4 lt 0 e p x n s 1
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currentpoint CH3 isopropyl CH CH2 CH3

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NH2 GLY CH COOH currentpoint 192837465

Gchane latrale

= Gacide amin - Gglycine

Compte tenu de la strospcificit des rcepteurs protiques du got, il est observ que la plupart des acides amins gnrent un got amer sous forme L et sucr sous forme D (le pouvoir sucrant des D amino acides est souvent suprieur celui du saccharose). Il semble nanmoins quune bonne corrlation existe entre lhydrophobicit de la chane latrale exprime par Go et la sensation de got amer (tableau 4).
tableau 4. Hydrophobicit et got des acides amins

G J.mole-1 ALA ARG ASN ASP GLN GLU GLY HIS ILE LEU LYS MET PHE PRO SER THR TRP TYR VAL GLU Na * 1/2 cystine 3100 3100 -40 2250 -400 2300 0 2100 12400 10100 6250 5450 11100 10850 170 1850 12550 12000 7050

caractre

got

seuil de dtection (g/l) 0,6 0,5 1 0,03 0,5 0,05 1,3 0,2 0,9 1,9 0,5 0,3 0,9 3 1,5 2,6 0,9 0,4 0,03

hydrophobe basique polaire non ionis polaire ionis polaire non ionis polaire ionis polaire non ionis basique hydrophobe hydrophobe basique hydrophobe hydrophobe hydrophobe polaire non ionis polaire non ionis hydrophobe hydrophobe hydrophobe polaire ionis

sucr amer acide/sucr acide vent/acide/sucr sucr/sal/acide/amer sucr amer amer amer sucr/amer viande rtie/amer amer amer/sucr sucr sucr amer amer amer umami / acide

2) Hydrophilicit des acides amins et des protines. L'hydrophilicit des acides amins libres est d'abord lie l'ionisation des fonctions -amin et carboxylique, puis la prsence sur leur chane latrale de groupements polaires ionisables ( et COOH, NH2, -OH, R-SH) ou de groupements polaires non ionisables (SER, THR, GLN, ASN). Les pKa des groupements et carboxyliques des acides aspartique et glutamique sont respectivement gaux 3,86 et 4,25. A des pH voisins de la neutralit ces groupes sont chargs ngativement. Par contre, dans ces conditions les fonctions -amins et guadinine de LYS et ARG sont encore charges positivement, leur pKa tant de 10,5 et 12,5. L'hydrophilicit lie aux chanes latrales portant des groupements carboxyliques ou amins est donc essentiellement fonction du pH du milieu. 7. Sparation et dosage des acides amins. Il sagit dune analyse de routine lheure actuelle mais qui reste encore complexe ; ses premiers metteurs au point (MOORE et STEIN) ont obtenu le prix Nobel. Les intrts de telles analyses sont trs nombreux (nutrition, technologie protique, biochimie des protines etc.). Lanalyse de la

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vingtaine dacides amins naturellement prsents dans les protines ncessite dabord leur sparation puis leur dosage. Les techniques sparatives les plus utilises sont soit de type chromatographique soit de type lectrophortique. Les techniques chromatographiques utilisables sont nombreuses : Chromatographie en phase vapeur aprs formation de drivs volatils. Chromatographie en phase liquide avec ses variantes : - colonne dchange dions. - colonne en phase inverse. - couche mince. Les techniques chromatographiques en colonne sont celles qui sont actuellement les plus utilises; qualifies de CLHP (chromatographie liquide haute performance). 7.1. Gnralits sur la chromatographie en phase liquide et lHPLC. Les phases stationnaires utilises donnent des interactions variables en intensit avec les diffrents acides amins ou leurs drivs ce qui permet leur sparation. Les principaux paramtres prendre en considration sont, trs rapidement, les suivants : - le coefficient de distribution K = Cs / Cm quation 7 tant les concentrations du solut respectivement dans les phases stationnaires et mobiles.

Cs et Cm

- le volume et le temps de rtention VR = tR . D quation 8 dans laquelle D est le dbit et tR le temps de rtention (figure 12). On a D = s . v avec s section rduite de la colonne et v vitesse linaire de la phase mobile. s = s. tant la porosit (= VM / Vt ) et s la section. VR = VM + K . VS quation 9 dans laquelle VM et VS sont respectivement les volumes de la phase mobile et de la phase stationnaire. - le facteur de capacit k = K . VS / VM
(quation 10)

k est encore gal

(VR - VM) / VM

- le temps de rtention est reli au facteur de capacit par : tR = to (1 + k) - la slectivit = ( tR2 - to ) / ( tR1 - to ) = k2 / k1
quation 12 quation 11

caractrise la distance entre les sommets de 2 pics - lefficacit dune colonne est caractrise par son nombre de plateaux thoriques N N = 16 ( tR / )2 , avec largeur du pic sa base.
quation 13

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- la rsolution Rs = 2 ( tR2 - tR1 ) / ( 2 + 1 )


quation 13

si 1 = 2 on a Rs = 1/4 . ( - 1 / ) . ( k2 / 1+ k2 ) . N2 La sparation est complte quand Rs = 1 ( 2 % de recouvrement des pics). - la hauteur quivalente un plateau thorique. HEPT = L / N o L est la longueur de la colonne
quation 14

La hauteur quivalente un plateau thorique est relie au diamtre des particules de la phase stationnaire et la vitesse de la phase mobile par les relations : HEPT = B . dp et HEPT = A . vn quations 15 et 16 A et B sont des constantes, dp est le diamtre des particules, est voisin de 1,6 et n compris entre 0,2 et 0,6. Hauteur des pics

2 tR2 temps

to

tR1

figure 12. Schma dun chromatogramme type et paramtres.

La loi de DARCY relie la perte de charge des paramtres tels que viscosit de la phase mobile ( ), longueur de la colonne L, v vitesse linaire de la phase mobile et une constante Ko qui est gale : P = L.v. / Ko
quation 17

Ko = ( dp2 / 180 ) . ( 3 / (1 - )2 ) , est la porosit interstitielle

LHPLC repose donc sur lutilisation de phases stationnaires dont le diamtre des particules est infrieur 10 m (jusqu 1 m). La perte de charge est alors considrable et voisine, pour des colonnes de 25 cm de longueur, de 300 bars avec des dp de lordre de 5 m. Cest partir de linstant o la technologie des pompes a permis datteindre ces pressions tout en travaillant des dbits constants (compris entre 0,5 et 2 mL.min-1) que lHPLC a pris un essor considrable.

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La nature chimique des phases stationnaires sera choisie en fonction de la nature des soluts sparer. Gnralement on choisit la nature de la phase stationnaire pour quelle soit capable de donner des interactions avec les soluts (ioniques, polaires non ionises, hydrophobes). Par exemple la sparation de composs de polarits voisines sera possible sur des phases stationnaires polaires de type silice ou silice greffe polaire (possibilit dinteractions hydrogne par exemple). Dans ce cas llution, correspondant la disparition de ces interactions sera obtenue en utilisant une phase mobile polaire qui donnera des interactions plus fortes avec le solut que celui-ci avec la phase stationnaire. Dans la chromatographie dchange dions, ce sont des interactions polaires ionises entre phase stationnaire et solut qui sont lorigine de la sparation. De la mme faon, la sparation de soluts hydrophobes sera possible sur des phases stationnaires hydrophobes. Dans ce cas llution sera dautant plus aise que lluant est apolaire et trs difficile voire impossible avec de leau qui renforce les interactions solut-phase stationnaire. 7.2. Chromatographie dchange ionique et dtection post-colonne. Ce type de chromatographie a t pendant longtemps le seul utilis pour sparer et doser les acides amins (sa mise au point a valu ses concepteurs MOORE et STEIN le prix Nobel). Llment essentiel dans cette approche analytique est la colonne et sa phase stationnaire. 7.2.1. Gnralits sur lchange ionique.

La phase stationnaire est un support insoluble contenant des groupements chargs. Les soluts %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 54 2940 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 11 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 1920 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o 92 exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 93 lp st 12 xl wF np CA 5 p n 0 mv py 0 at p bd p 1860 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 1920 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 20 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 chemdict x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 1860 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 2000 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 2860 SP x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 2000 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{ neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bin e L/mv/m SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{ e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA 1 4 fill ZL st} rad 0 ne 0 0. gr S r ac lW cm g rO 0 m 4 a s o D sparer contenus dans la phase mobile sont de signe oppos. Ces derniers peuvent tre changs rversiblement avec 2940 d'autres ions de mme charge sans aucun changement de la partie insoluble. Les % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 54 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 11 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 1920 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o 92 exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 93 lp st 12 xl wF np CA 5 p n 0 mv py 0 at p bd p 1860 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 1920 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 20 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 chemdict x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 1860 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 2000 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 2860 SP x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 2000 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{ neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bin e L/mv/m SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{ e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA} 1 4 fill ZLB st} rad 0 ne 0 0. gr S r ac lW cm g rO 0 m 4 a s o D groupes ioniques fixes dterminent le type et la force de l'changeur. Leur nombre et leur accessibilit en dterminent la capacit.

Pour des composs monovalents (ion du solut et contre-ion) le processus d'change peut tre simplement dcrit par les quilibres suivants : K XY %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 54 2940 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 11 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 1920 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o 92 exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 93 lp st 12 xl wF np CA 5 p n 0 mv py 0 at p bd p 1860 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 1920 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 20 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 chemdict x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 1860 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 2000 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 2860 SP x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 2000 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/mov SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{27 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/p setg o DT} 4 lt{p 0 en px x -1 np se 1 px x} o w 2 cp g d a 1 s p e s 3 w currentpoint + + currentpoint change d'anions B Y + X B X + 192837465 Y K NM currentpoint + + currentpoint change de cations A M + NH A- NH+ + 192837465 M+ KXY et KNM sont les constantes d'quilibre de la raction d'change. X- et NH+ sont les soluts , Y- et M+ sont les contre-ions. B+ et A- sont les groupements ioniss fixs sur la phase stationnaire. currentpoint currentpoint 192837465 Pour des acides on a XH H+ + Xet des bases NH+ N + H+ Le coefficient de distribution D (rapport des concentrations du solut charg dans la phase stationnaire sur la somme des concentrations du solut charg et non charg dans la phase mobile) sera gal :
change d'anions [B+X-] DX = ________________ [X-] + [HX] = KXY [B+Y-] x [Y-]
_______ ________

1+

quation 18 +] [H ____ Ka

Biochimie des protines Polytech STIA 1

page 36

change de cations

DN =

______________

[A-NH+]

[NH+]+[N]

[A- M+] = KNM __________ x [M+]

__________ ___

quation 19

1+

Ka

[H+]

D est proportionnel la constante d'quilibre de l'change (KXY, KMM) et au nombre de groupes ioniss de la matrice ([B+], [A-]. D est inversement proportionnel la concentration en contre-ion ([Y-], [M+]) dans la phase mobile. D est fonction du pH et du pKa. 7.2.2. Principaux types de groupements fonctionnels.

Les groupements changeurs de cations les plus utiliss dans lanalyse des acides amins sont de type sulfonate (-SO3- ). Les groupements phosphonate (-PO32-) et carboxylate (-COO-) pour les changeurs de cations et de type ammonium quaternaire (- NR3), tertiaire (- NHR2) ou secondaire (-NH2R) pour les % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 397 2560 [2 [1 [0 I 47 5967 68 37 Ct 122 w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw 8 sc 1 0 103 5 111 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 46 DA}{cw 101 8 p 2 o ix dv 1 p l173 r 2909 3185 3179 5856 6133 6129 6587 6828 7125 7108 7104 7521 4889 5162 5543 3196 8566 2680 7400 6144 3821 1841 3908 4196 4184 4179 4602 1904 2180 2193 2202 2598 1422 1700 1712 5829 6110 6121 6125 6504 7811 8087 8100 8102 8465 5172 5177 5589 3882 4160 4172 4178 3598 5157 2915 3473 5862 6422 6840 4892 5444 3914 4474 1910 2468 1718 1428 1990 5836 6394 7815 8374 3888 4450 -9.6 4 2 lt{1 mv px sc Ct -2 m p 180 cm 112 2 gr}{pp}{gs mv 6001 0 -1 a}b/PT{8 6920 s exec}{al dp o HA}{dL 45 sm s{dp m 3 dv mv 95 120 g dp dv Ct rO -.6 dv x 68 py o 2 sc WI sm b2 49 -1 neg 0 12 exec 44 np lp st xl CA 111 5204 5040 4783 6380 6218 5956 6010 5255 5723 5091 4832 4825 5211 5048 4840 3869 3890 5558 6859 5962 4844 6381 6857 6215 5949 4024 3863 4505 4839 4769 6052 5888 6530 3972 3810 4453 4791 4824 4040 3879 4518 4855 4848 5677 5955 6005 3992 3828 4470 4805 4775 4790 5520 5515 6705 6696 5566 5523 5507 6701 6690 4344 4336 6865 6373 6363 4295 4287 4364 4352 4313 4303 1 96 Ct wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py 61 LB bd DSt at p 1910 sc Ct neg a}{ex 7 a}{ex 188 px st I p gr mv -9.6 e p 1986, lI m 1 arcn Laser 104 OA}{1 l 2909 2.25 87 cp m 3908 p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs Ct gs mv 77 ex 112 L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW [113 l0 o p m 2915 3473 3472 3179 3598 5862 6422 6415 6129 6587 6967 6840 7400 7389 7104 7521 7902 4892 5444 5435 5157 5543 5945 3199 7643 6149 4021 2036 3914 4474 4468 4179 4602 4978 1910 2468 2461 2202 2598 2996 1428 1990 1982 1718 5836 6394 6392 6125 6504 6902 7815 8374 8368 8102 8465 8863 5177 5589 5967 3888 4450 4442 4178 3979 4579 mv 2909 3196 5856 6144 6828 7125 4889 5172 3908 4196 1904 2193 2101 1422 1712 5829 6121 7811 8100 3882 4172 12 wy fill 40 mv r 1 Ct px 8 16.8 68 3.375 0 1 6300 n/ex gs n 76 st}{0 ro 94 l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 120 1987, aR 5204 sg dp gr OB/bL bd wx 6381 dp 96 -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px 65 118 75 px Ct 1 ro rad 8 DA}{dL 7 5520]B 5515]B 4783]B 4775]B 6705]B 6696]B 5956]B 6010]B 6002]B 5566]B 5558]B 5244]B 4832]B 4825]B 4838]B 5523]B 5507]B 5194]B 4790]B 4840]B 4771]B 5912]B 5715]B 7076]B 5958]B 4801]B 6701]B 6690]B 6368]B 5949]B 5941]B 4344]B 4336]B 4016]B 4769]B 4765]B 6373]B 6363]B 6043]B 6865]B 4295]B 4287]B 3966]B 4791]B 4824]B 4816]B 4364]B 4352]B 4032]B 4855]B 4848]B 4841]B 5955]B 6005]B 6001]B 4313]B 4303]B 3983]B 4805]B 4789]B 4839]B 5204 6380 6859 6373 5255 5723 5244 5211 5677 5194 6381 6857 6368 4024 4505 4016 6865 6052 6530 6043 3972 4453 3966 4040 4518 4032 3992 4470 3983 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 88 eq{DD}{DS}ie 20 46 dp 0 SA 0 Ct 104 x -1 py DLB ey 110 1.2 1 p ne{bW lbd py DSt -9.6 m gr 0 p 120 117 DSt mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc Ct m 122 69 20 rot Ar r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 180 -1 3186 2964 3423 6133 5911 6372 7108 6888 7349 5163 4941 5394 4185 3963 4424 2180 1959 2418 1767 1700 1477 1940 6110 5885 6344 8087 7864 8324 4160 3937 4400 2 bW cm p s 95 b1 0 -1 L/S{sf 109 py ro b1 0 96 [6 1.5 123 [49 21.6 0 chemdict 8 dv e ac 116 CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 120 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 Ct 5 dp x I bs a}ie}b/WW{gs aA x ac 92 py lpx 0 7 12 SA dv}{bd}ie 108 OA}{1 gr}{gs 5097 5491 5487 6275 6676 6668 5148 5536 5531 5105 5494 5480 6272 6672 6663 3920 4315 4309 6815 5945 6344 6336 3867 4266 4260 3936 4335 4325 3885 4284 4276 np ne{bW I p e -1 cp dx /N sc 119 2.2 114 69 5 py 50 m rot -8 st}{Asc 121 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 Ct py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp 4172 61 dv 51 type[]type -1 p 360 g 97 0 px gr 120 sl 16 75 sqrt begin d/B{bs 2959 3196 3422 5906 6144 6366 6879 7124 7340 4939 5171 5386 3958 4195 4419 1954 2193 2412 2101 1472 1711 1933 5879 6120 6343 7861 8099 8319 3932 4171 4393 4 3979 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 2.25 end Ct 4978 gi py s gs 0 arc 87 s x mv 0 Ct 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB arc OB 3 o I 180 st}{0 dp rO 4470 al dy 1 0.6 0 69 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 114 py SP Ct CB 5232 5223 6802 6402 5282 5666 5274 5239 5620 5224 6408 6800 6398 4052 4447 4046 6815 6080 6473 6072 4000 4396 3995 4068 4461 4061 4020 4413 4012 e 1 114 0 4789 90 begin SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac N 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 5 5941 r 62 cw px 25.8 2.2 lp 97 L/l/lineto 2 6 cW sc CB rot sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 115 rO px DSt 1 DA}{cw x 76 begin m py -1 0 s Ct -2 cX dv ]B np 88 DSt np[{py fill bs sg p 1 r a x put/N e p OA}{1 0 dp np cv r DSt sg lp Ct dv 70 l[34 1 setgray lx 4172 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 Ct fill cm 24 0 cp [8 ac p o -1.6 bs 0 ly 114 fill arc g/wb neg rlineto 0 61 o sc}b/Ov{OrA [55 cm g 97 wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p Icm 65 p L/mt/matrix sm px N def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 35 2 p m py mv 4470 ne{bW 1 p gs Ct cm l27 g 1 77 e 89 at sm 2 eq{gs llp I WI 64 ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 5945 2 56 a sc px cm m 70 1 cp mt s bs sm 1.6 4 Ct 1.5 3 e d}b/bs st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 63 st}{px 0 bL w dup neg py DSt 2461 gi p fill}b/SA{aF lW 62 l sm gi e 0 2 ro 115 98 p dp st cp p 27 lSA al 66 4771 sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e Ct Db def}bind st gr fill 1 0 88 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 67 76 L/mv/movet 4 ac neg S e r 4016 st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr 70 ZLB px 0 4 end DT}]o array lt{pp m Ct x rO OA}{1 DSt 1 p o w px gr I 2 Ct setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB 0 e 63 61 -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if 98 p ac dv gs r}if 39 py x np DSt gr}b/In xl}{xl px 115 xl m setdas -1 [36 lsc def/L 4 2 0 1 mv round d e 3 Ct 62 cp rad 0 89 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/c S}if 1 0 at sc ix 18 lW g [6 70 g wx 77 -1 I 17 1 st n B 1 C p 8 0 3 w g l 3 r m s changeurs danions sont potentiellement utilisables. Les groupements de type sulfonate ou ammonium quaternaire sont des changeurs d'ions forts, les autres des changeurs faibles. La fraction charge d'changeurs de type sulfonate ou ammonium quaternaire n'est pas influence dans une zone large de pH, tandis que les changeurs faibles prsentent des variations importantes de leurs ionisations entre pH 4 et 8. 7.2.3.Principaux types de matrice. Il existe des matrices de type polystyrne ou dautres polymres organiques, des dextranes, des cellulose et des silices. Les rsines de type polystyrne qui sont les plus utilises dans lanalyse des acides amins rsultent de la polymrisation de vinylbenzne avec comme agent de pontage du divinylbenzne (DVB 4 8 %).

currentpoint

SO3-

SO3-

CH CH2 CH

CH2 CH CH2 CH CH2 CH CH2 CH

CH2 CH CH2

DVB
SO3 styrne CH CH2
-

CH

CH2 CH CH2 CH

SO3CH2

SO3-

currentpoint

Ces matrices de type polystyrne sont microsphriques et rsistantes aux pertes de charges leves et ce dautant plus que leur niveau de rticulation est lev.. 7.2.4. Llution en chromatographie dchange ionique.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

page 37

1) Influence du pH de la phase mobile. Avec les acides amins, on utilise une colonne changeuse de cations de type polystyrne sulfon pour lesquelles le pKa est voisin de 1,5. Au niveau de la phase mobile, on se place initialement dans des conditions de pH (voisin de 2) pour lesquelles tous les acides amins sont sous la forme cationique (cidessous) et donc retenus. Aprs avoir dpos ou inject automatiquement (vanne rhodyne boucle externe ou vanne boucle interne), les acides amins sur la colonne, llution est obtenue en utilisant une phase mobile constitue par des tampons de pH croissants (systme gradient).

Quandgr le pH de la phase mobile atteint le pH l'acide amin pralablement fix par liaison ionique iCA % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 287 900 [1 [0 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2120 l 168 1380 1800 3040 3680 1780 3020 3660 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 41 sc exec sm 0 b2 neg 980 lp st 12 xl wF np CA 1280 5 980 3220 p n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr 22 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 DSt clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2120 3680 4160 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 1000 0 o mv p 2100 3660 4140 1 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py [1 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 I gr ac px ro DA}{dL 600]B 980]B 0.6 rad 8 20 35 3 1 fill dict aL at 7 2840]B 3220]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie 4160 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m Ar bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 880 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 980 ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac 3620 px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot DSt p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 [2 lp sl 1260 dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac I gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 3680 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 3240 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 600 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o 35 -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 DSt r x p wy p dp dv 24 r Ar e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 4460 dp SA arc [4 gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p I cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py 2100 sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI 3620 div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px 3220 m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al 2660 cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr DSt S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 2660 end px x -1 np setdash 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{l sc p e [5 sm}b/ -1 39 wb eq{dL SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{x ap x x py 0.5 cp gr}b 0 roun CA I2 e 1 sc px 0 l s 4 40 4 3 lW 7 OA wx a 18 0 ra L/ a m S 1 p B g p s g i + la phase stationnaire (rsine acide amin ) lacide amin se trouvera alors sous forme de switterion non charg; non retenu il sera alors lu. currentpoint COOH

rsine

SO3 -

NH3 +

CH R

interaction ionique solut - phase stationnaire Quand le pH de la phase mobile augmente et atteint le pHi :

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 53 3440 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 10 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 4820 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 118 s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 p 238 n 0 mv py 0 at p bd p 2380 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 4820 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 2360 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 4880 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 3380 x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 4880 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/m at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{1 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie a/px gr}b pp 3 0 1 w r 6 AA 8 -2 2 fill ex lp gs 3 ix d 1 3 rO 0 p 4 n 2 o x COO

rsine

SO3 -

NH3 +

CH R currentpoint 192837465

swittrion lu
2) Influence du type et de la concentration en contre-ion.

La constante d'quilibre de l'change reflte l'affinit du solut ionique ou du contre-ion pour l'changeur . En gnral les changeurs d'ions ont une grande affinit pour : les ions possdant une forte charge. les ions avec un petit volume d'hydratation. Il est donc possible de classer les ions en fonctions de leur affinit pour l'changeur, donc de leur "force d'lution". Avec les rsines changeuses de cations de type sulfonate on a : Ce3+ > Ba2+ > Pb2+ > Sr2+ > Ca2+ > Ni2+ > Ca2+ > Cu2+ > Co2+ > Zn2+ > Mn2+ > U2 O2+ > Ti+ > Ag+ > Cs+ > Rb+ > K+ > NH4+ > Na+ > H+ > Li+. Quand le solut et le contre ion sont compltement chargs, la pente de la droite log D(N ou X) fonction ([contre-ion]) est en gnral gale a/b, avec a valence du solut, b valence du contre ion. Quand la concentration en contre-ion augmente (X-) currentpoint + + + currentpoint 192837465 A NH + C A- C+ + NH on dplace l'quilibre vers la droite. Avec les acides amins et une rsine sulfone les phnomnes principaux mis en jeu sont les suivants : RESINE-SO3- AA+ + OHRESINE-SO3- AA+ + Na+ RESINE-SO3+ AA (effet pH)

RESINE-SO3-Na+ + AA+ (effet sel)

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3) Effet de la temprature et de solvants organiques Si on augmente la temprature de la colonne, la rtention du solut diminue. De plus la viscosit de la phase mobile diminue ce qui permet d'augmenter le dbit. L'addition de solvants organiques la phase aqueuse mobile affecte la rtention. En effet, les effets secondaires de la matrice (adsorption hydrophobe trs importante dans le cas de polystyrne et permation) jouent un rle prpondrant dans la distribution des ions et plus particulirement des ions organiques. Pour un mme pHi les acides amins seront lus un pH donn identique ; leur sparation dpend alors des interactions hydrophobes quil donnent avec la phase stationnaire. La rtention de lacide amin swittrion sera dautant plus grande que son hydrophobicit est leve. Il est ainsi possible de sparer LEU, ILE et norLEU qui ont le mme pHi ; llution trs tardive du tryptophane rsulte de ce phnomne. 4) Prsence dantioxydants. La prsence dantioxydants dans les tampons dlution permet dviter loxydation de la mthionine. Ainsi, lluant doit contenir du thiodiglycol (CH2OH-CH2-S-CH2-CH2OH) jusqu ce que la mthionine mais aussi la cystine soient lues (la cystine est transforme en cystine en prsence de ce compos). 5) Ralisation de llution. Le dbit de lluant est fonction de la longueur de la colonne, du diamtre des particules de la phase stationnaire, de la viscosit et de la temprature (rgule au niveau de la colonne par circulation deau ou au moyen dun four). Llution peut tre obtenue : - au moyen de dispositifs permettant de raliser des gradients de pH, de force ionique, de concentrations en mthanol ou en thiodiglycol (dispositifs chambres communicantes). au moyen de systmes pilots par ordinateur dont les gradients dlutions permettent la sparation des acides amins.

Si le gradient est ralis avant le systme de pompage, le systme est qualifi de systme gradient basse pression . Une seule pompe suffit alors llution, mais il est ncessaire de bien mlanger les diffrents luants primaires dans des systmes dont le volume mort peut constituer un handicap. Si le gradient dlution est ralis par autant de pompes quil y a dluants primaires (au maximum 3 actuellement), le systme est qualifi de gradient haute pression. Les dbits des diffrentes pompes sont rgls lectroniquement de telle sorte que la somme de leurs dbits respectifs soit gale au dbit dlution choisi. Un schma de chromatogramme est donn figure13.

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absorbance
SER THR ASP GLU ALA GLY MET CYS VAL NLEU LEU ILE PHE TYR HIS LYS ARG

570 nm

TRP NH4 +

PRO
INJECTION

440 nm
temps d'lution

figure 13. Chromatogramme dacides amins (change de cations, raction post colonne ninhydrine)

7.2.5. Dtection colorimtrique en dtecteur continu ( ninhydrine ). Les acides amins lus individuellement sont gnralement soumis en continu une raction colore permettant leur dosage. Il sagit le plus souvent dans la chromatographie dchange ionique de la raction la ninhydrine qui est ralise pH 5,5 en prsence de mthylcellosolve, sous azote et chaud (cf chapitre II.6.6). Parmi les nombreux drivs qui se forment certains sont violets, dautres jaunes ou encore rouges, leur formation dpendant entre autre de la nature de lacide amin. La mesure de labsorbance plusieurs longueurs donde ( 570 et 440 nm ) aide l identification des acides amins lus (figure 13). 7.2.6. Autres types de dtection post-colonne.

Il existe aujourdhui de nombreuses ractions chimiques de dtection des acides amins lus dun systme chromatographique donn . La plupart de ces ractions ont les particularits suivantes : elles %sont userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 53 3440 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 10 2 o 1 ix dv p l2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 4820 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 118 s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 p 238 n 0 mv py 0 at p bd p 2380 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 4820 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 2360 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 4880 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 3380 x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp 4880 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 23 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 Ar dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px gr w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div end x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/A a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/ lp gs 3 ix -1 def}b/ 1 360 rO 0 pp}ife 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{ gr}i p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/ LB ap aL l g C s lt a p c r 3 d rapides, stchiomtriques et donnent des drivs dont certains sont trs stables et de dtection facile . La sensibilit de dtection a t multiplie par un facteur 1000 en comparaison avec la dtection ninhydrine par lutilisation de produits donnant avec les acides amins des drivs fluorescents (cF chapitre 6.5.6). 7.3. Chromatographie en phase inverse aprs drivatisation pr-colonne. Il sagit de la mthodologie qui sest le plus dveloppe au cours de ces dernires annes et qui permet le dosage des acides amins rendus hydrophobes par condensation avec des ractifs appropris et par ailleurs trs facilement dtectables (par fluorimtrie le plus souvent ). 7.3.1. Gnralits sur la chromatographie dadsorption. SNYDER (Principles of Adsorption Chromatography, M. Dekker, NY, 1968) a trait ce sujet en dtail). Le volume de rtention d'un solut est directement li la comptition entre les molcules de solvant M et de solut S la surface de l'adsorbant a. On admet gnralement que cette surface est recouverte d'une couche monomolculaire constitue par des molcules de la phase mobile M et de solut S. L'quilibre d'adsorption et de dsorption peut s'crire : currentpoint currentpoint S(M) + nM(a) S(a) + 192837465 nM(M)
solut dans phase phase mobile adsorbe solut adsorb phase mobile "libre"

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mobile

L'adsorption d'une molcule de solut S(M) S(a) se traduit par le dpart de n molcules de solvants de la surface de l'adsorbant nM(a) nM(M). L'nergie d'adsorption est donne par : Ea = ES(a) + n EM(M) - ES(M) - n EM(a)
quation 20

Les termes des nergies en solution sont faibles et on a : Ea = ES(a) - n EM(a)


quation 21

ES(a) est constante et ne dpend pas du solvant. EM(a) dpend du solvant et du support mais pas de l'chantillon . Une quation reliant le facteur de capacit k' du solut aux proprits de l'adsorbant a t propose par SNYDER : Log k = Log Va + (S - As ) + Log VS / VM soit Log k = A + B
quation 22

Va : volume de phase mobile adsorbe par gramme d'adsorbant. : activit de l'adsorbant (en gnral comprise entre 0,5 et 0,9). S - AS est li aux proprits de l'luant et du solut. S : nergie libre d'adsorption du solut par unit de surface d'adsorbant dans des conditions d'activit standard ( = 1). As : surface occupe sur l'adsorbant par une mole de solut. : nergie libre d'adsorption des molcules de la phase mobile par unit de surface d'adsorbant. VS : volume phase stationnaire. VM : volume phase mobile. S = G__ 2,3 RT G: variation d'nergie libre d'adsorption. R: constante des gaz parfaits. T : temprature absolue (Kelvin).

SNYDER a galement dcrit une srie luotropique (force luante d'un solvant ) partir des valeurs de l'nergie libre d'adsorption des molcules de solvant sur la surface d'adsorbants polaires comme la silice ou lalumine (tableau 5).
tableau 5. Srie luotropique de Snyder pour lalumine ou la silice ( x par 0,77)

n-pentane isooctane n-heptane cyclohexane cyclopentane sulfure de carbone CCl4 chlorure d'amyle ther isopropylique tolune chlorobenzne 0 0,01 0,01 0,04 0,05 0,15 0,18 0,26 0,28 0,29 0,30 benzne bromure d'thyle ther thylique chloroforme chlorure de mthylne ttrahydrofurane mthyl thylctone actone dioxane actate d'thyle alcool amylique

0,32 0,37 0,38 0,40 0,42 0,45 0,51 0,56 0,56 0,58 0,69 dimthylsulfoxyde aniline nitromthane actonitrile pyridine alcool isopropylique alcool thylique alcool mthylique thylne glycol acide actique eau

0,62 0,62 0,64 0,65 0,71 0,82 0,88 0,95 1,11 grand grand

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%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 405 900 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2180 l 58 1380 7340 7740 8300 4020 1800 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 42 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 1000 lp st 12 xl wF np CA 1280 5 980 1000 p 20 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 7740 8300 8840 DSt p wy m st}b/HA{lW l 12 1000 0 o mv p 4020 2180 3560 4560 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR [1 ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 520]B 980]B 1380]B 0.6 rad 8 35 3 1 fill dict aL at 7 540]B 1400]B 1000]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie I py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m Ar bd ne{bW 4020 l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 6160 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 540 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 1000 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 DSt p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type [2 -1 p sqrt 5280 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 4 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA I CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD 3560 S]}b/dL{dA 1000 py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg 1000 2 np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r Ar e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 6460 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly DSt neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l [5 mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI 1340 div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m I270 0 bs cm e 1 bL 7 s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA 9 l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al 6840 cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put 8840 g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 960 end px x -1 np setdash 1 980 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{ sc p e sm}b/ -1 39 wb eq{dL SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{x ap x x py 0.5 cp gr}b 0 35 rou CA 2 e 1 DS sc px 0 l s 4 4 3 lW O w a 1 0 r L a m S 1 p B g p s
Les phases greffes apolaires reprsentent les phases stationnaires les plus utilises en HPLC. Ces phases (qualifies de rverses ou d'inverses) sont prpares partir de silice de la faon suivante :

7.3.2. La chromatographie en phase inverse.

currentpoint silice Si OH + Cl

CH3 Si CH3
monochlorosilane

CH3 R silice Si O Si CH3 R

currentp

La longueur du greffon alkyde R sert caractriser la phase. RP 8 implique R = (CH2)7 - CH3 RP18 implique R = (CH2)17 - CH3. Ce sont les phases les plus rpandues et les plus utilises. En ralisant une surface hydrophobe on inverse totalement la nature des interactions fournies par la silice. L'eau n'a pas d'affinit pour le greffon hydrophobe et la force luante des solvants est exactement l'inverse de celle qui est observe sur supports polaires d'o le terme phase inverse (reversed phase = RP) appliqu ce genre de support. Les soluts les plus polaires seront les moins retenus, les soluts apolaires seront retenus dautant plus fortement que leur hydrophobicit est leve. La rtention des composs apolaires croit avec la longueur du greffon et avec le taux de greffage de la surface (surface coverage). La taille des particules n'a pas d'effet sur la rtention exprime par le facteur de capacit k', les effets de la taille ne concernant que la pression et la HEPT. 1) mcanisme de rtention. Malgr tous les travaux qui lui sont consacrs, il existe encore beaucoup de flou dans son interprtation. Dans la thorie solvophobique, ce sont les interactions apolaires dans un solvant polaire qui sont dcrites. Pour un luant donn et une phase stationnaire greffe donne, on constate que le facteur de capacit k' augmente avec l'hydrophobicit du solut. L'interaction de Van der Waals varie avec la surface de contact entre la partie apolaire du solut et la phase stationnaire greffe. Ainsi, les phases greffes possdent une capacit de reconnaissance suivant la forme de la molcule. Il sera ainsi possible de sparer certains isomres de position, par contre la sparation des isomres gomtriques (cis/trans) ou optiques (D/L) est plus difficile avec les phases normalement utilises et ncessite lutilisation de phases greffes chirales. En conclusion on peut dire que plus le solut sera soluble dans la phase mobile, moins il sera retenu. Pour les acides amins, on observe une relation linaire entre ln k' et la surface apolaire de la molcule. Plus l'ionisation augmente et plus le facteur de capacit diminue. 2) Influence de la phase mobile. L'eau constitue le composant de base de toute phase mobile en chromatographie liquide sur phases greffes apolaires. On utilise soit un mlange binaire type eau / mthanol, eau / actonitrile ou eau / ttrahydrofurane, soit un mlange ternaire eau/actonitrile/mthanol. Une variation linaire du log k' est fonction du pourcentage d'eau dans la phase mobile. Llution dun compos sera dautant plus rapide que lapolarit de la phase mobile sera grande ou le o sera petit.

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3) Augmentation de k' par modification du solut. Elle est soit obtenue par fixation sur un solut polaire d'un compos apolaire par liaison covalente soit par fixation sur un solut ionique dun compos apolaire par liaison ionique (appariement dions). Cest la premire mthode qui est de plus en plus largement utilise pour sparer les acides amins par chromatographie en phase greffe apolaire. Dans cette mthode on fait ragir le mlange des acides amins sparer par des composants comme l'o-phtaldialdhyde, ou le PITC ou la fluorescamine (cf chapitre II.6.5.6), les drivs obtenus ont alors des facteurs de capacit beaucoup plus importants que l'acide amin de dpart et il est ainsi possible de raliser leur sparation (figure14). De plus ces drivs sont dtectables par fluorescence ou par absorption UV, ce qui facilite leur dosage. La limite de dtection atteint 10-13 g.
14 8 1 2 3 4 7 6 9 11 10 12 15 13 18 16 17

A
5

10

20

temps de rtention (min)

23 22

6 4 3 8

9 5

12 13 2011 10 19 14 16 15

17

21

temps de rtention (min) 5

10

figure 14 Chromatogramme en phase inverse (C18) des drivs dacides amins. A ractif OPA - drivs isoindoliques ; dtecteur fluorimtrique.

B drivs PTH.

1.ASP, 2.GLU, 3.ASN, 4.SER, 5.GLN, 6.HIS, 7.GLY, 8.THR, 9.ARG, 10.ALA, 11.acide -butyrique, 12.TYR, 13.MET, 14.VAL, 15.PHE, 16.ILE, 17.LEU, 18.LYS, 19.PRO, 20.TRP, 21.NorLEU, 22.acide cystique, 23.CH3 CYS.

Les avantages et inconvnients des principales mthodes de drivation des acides amins sont indiques dans le Tableau 6.
tableau 6. Comparaison des mthodes danalyse des acides amins en phase inverse

dabsyl amines 2aires sensibilit stabilit interfrence du ractif automatisable oui 5 pmoles UV bonne oui moyen

mode de drivation PITC OPA oui non 5 pmoles UV 150 fmoles Fluo moyenne mauvaise oui mauvais non oui

FMOC oui 100 fmoles Fluo bonne oui moyen

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Il existe des possibilits de combinaisons de certaines de ces mthodes. Ainsi la combinaison OPA FMOC permet dobtenir aprs chromatographie en phase inverse et par mesure labsorbance 338 % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 391 11 [1 [0 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 I gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw /N p 2 o ix dv 1 p 1940 l68 r 2180 2260 2840 4800 5500 7440 3020 5800 8220 -9.6 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 -1 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL 0 sm s{dp m dv mv g dp dv 77 rO -.6 dv x py o d/B{bs sc WI sm b2 -1 neg 0 12 exec np 6220 lp st xl CA 6220 wF n p 0 5 mv p 286 0 1.2 py LB bd at p sc neg a}{ex 7 a}{ex px st p gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr p 0 OB np at sl st}b/HA{lW DSt N 40 l0 o p m 1940 2840 3020 3340 5400 5800 6100 7860 3440 6180 8520 mv 12 wy fill mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 n/ex gs rot n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA 80 bW ac ix Prep 1987, aR sg dp [1 gr OB/bL bd wx dp -1 py e ac sc 0.3 0.6 px put/N px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 5900]B 5840]B 6520]B 6560]B 6220]B 20 end}b/Db{bs{dp aL cv I fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie dp 0 2 SA 0 x -1 py DLB ey 1.2 1 p ne{bW lbd py -9.6 m gr 0 20 p 8 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv rad put 3440 N 180 -1 2 bW cm p s b1 chemdict 0 -1 L/S{sf py ro b1 0 1.5 1 21.6 0 dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict a tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x bs a}ie}b/WW{gs aA x ac py lpx 0 12 SA 6520 d}b/bs dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs np ne{bW p e -1 cp dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s g 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l -1 sc 24.6 lp begin dv type[]type -1 p 360 g 0 px DSt sl 16 sqrt 4 12 -1 ac r sm neg}if/px mv gs e 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x array mv 0 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB [3 arc OB 3 o 180 SP st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 py CB e 1 0 90 begin SA Computing, I w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 3340 5 r cw px 25.8 d 2.2 lp L/l/lineto 2 6 cW sc CB sg e CA x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 0 s -2 cX dv np np[{py fill bs sg p 1 r a x e p OA}{1 0 dp np cv 5900 r sg lp dv l1 setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto 0 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 0 1 p cm p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA DSt dp -1 gr 2 p m py mv ne{bW 1 p gs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc px cm m [4 1 cp mt s bs sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 bL w dup neg py gi Ip fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro 5400 p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd rO 0 dv/bd al cp lmv AA}{1 m l tr 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 6220 4 end DT}]o lt{pp m x rO OA}{1 1 p o w px gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px xl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 DSt 1 mv round e 3 cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g g wx -1 1 st}{1.0 nH Bd 1 [5 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 r 2 -0.4 24.6 rO ix exec}b/CS{p a/px n Ide ac x 1 gr}b/wD AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 9 360 o dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 px 6180 o gr}ie}b/Cr{0 lp lx gr 3 def}b/d/def sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc sg p dp/cY 0 1 n 21.6 r m 2 18 6560 cm 1 cX d/wF mv sc rO L/n/neg sm 2.25 0 dp gs e s DS aR fill DA}{120 dv w pp dy 1 3 n 0 rad mv dict x cY 120 Ac}{1.0 dp sm 1 bd 0 s gr gr}{dp n st}{0 S 0 px 9.6 1 s/wy bb rO cvi/nSq x s DSt m 0 sg SA 1.5 p xl dv 0 rlineto 360 p r cm m o px gs L/a/add d/WI{wx lp ac p 4 l AA}{1 e np l np p 16.8 rad iX fill w OA}{1 dp wF cw L/np/newpath [6 a lg dx 0 d/aF s sg x ap sm CA 0 0 np eq 0 2 px o Ov}{0.5 o cX gr p bs sc 180 m I 0 lW s py g x fill px mv m p lp o 6100 cv mv DA}{90 st arc o py dv/m1 -1 cm 0 eq bL 3 e o cm mv 10 at dp ac cW -1 p gr iY lW L/al/aloa dx gr py 9.6 g 1 eq{2 o 180 sc px p bb st}b/D l nSq ro sm eq sc px st}b/A d/aR 2 p curren 0 n rad lp 2 ne{wy gs 2 mv rO 5840 Ov}{ 90 py mv 12 p 4 5 dp dv 1.5 py m and py x st} 6 CA 4 2 0. l ac 0 ap g gi In p A c a 8 m g nm tous les acides amins avec des NH2 primaires jusqu llution de la lysine puis, par lecture 262 nm llution et la dtection de la proline et de lOH-proline. 7.4. Etalons internes. La prsence dun talon interne en cours danalyse permet de corriger les pertes ventuelles qui peuvent se produire. Le choix dun bon talon interne doit rpondre certaines exigences : - il faut que sa structure soit aussi proche que possible des composs analyss. Dans notre cas il doit donc correspondre un acide amin non naturel ou inhabituel. - il doit tre stable au cours de lhydrolyse (applique lanalyse des protines). - il doit tre lu bien isolment et avec un temps dlution voisin de celui des acides amins doser. Parmi les nombreux talons internes qui rpondent ces exigences on peut indiquer :
currentpoint CH3 NH2 (CH2 )3 CH COOH norleucine SO3 H CH2 NH2 CH COOH acide cystique acide ! aminobutyriquecurrentpoint 192837465 NH2 (CH2 )3 COOH

- la norleucine pour lanalyse complte des acides amins protiques. Elle est lue aprs la leucine et lisoleucine. - lacide cystique, utilisable comme talon interne dans le dosage des acides amins acides. - lacide amino butyrique, utilisable dans le dosage des acides amins basiques.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Analyse des acides amins et talon interne - STIA 1

Ralisation du chromatogramme talon (aa et talon interne): application Analyse de 100 mL (solution 2,5 mM) soit 250 nmoles par a.amin

250 nmoles

Saa1 Analyse Sa a2

Saa3

S talon interne

Saa4

Saa5

Phase 1 : association produit + talon application

Phase 2 : ralisation de lhydrolyse et prparation

talon interne 1 mL 2,5 mM soit 2500 nmoles

produit 10 mg

+ 2 ml HCl, 110C, 24 h

Evaporation sous vide partiel

Reprise par 2 mL HCl N/100

Phase 3 : ralisation du chromatogramme dosage Analyse sur 200 mL Thorique : la S d talon interne devrait correspondre 1/10me de laddition initiale soit 250 nmoles soit S talon interne et ce pour 1 mg de produit Sdaa 2 Sda a3 Sd talon interne Sdaa
4

filtration

Sda a1

Sda a5

Calcul pour lacide amin n1 250 . Sdaa1


x

Stalon interne
=

Saa1

Sd talon interne

nmoles daa1 dans les 200 mL analyss Soit dans 1 mg de produit

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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III - LES PEPTIDES

Les peptides sont des composs naturels ou de synthse qui rsultent de lenchanement par une liaison peptidique dun nombre limit dacides amins (2 50). Il existe une nomenclature internationale des peptides, certains dentre eux possdant cependant un nom propre. Le nom du peptide commence par la racine du nom de lacide amin dont le groupement NH2 libre est additionne du suffixe yl. Suivent ensuite dans lordre la racine du nom additionne de yl des autres acides amins qualifis de rsidus. Le dernier rsidu dont la fonction COOH est libre garde son nom. Exemple : Valyl - glycyl - tyrosine. Lcriture dun peptide se fait gnralement dans le sens -CO NH-. La nomenclature des peptides est possible partir de leur code 3 lettres , le groupement NH2 terminal tant symbolis par H et le groupement COOH par OH. Exemple : H-VAL-GLY-TYR-OH. 1. Structure de la liaison peptidique. La structure des peptides rsulte dabord de la nature de la liaison peptidique. Cette liaison possde 4 lectrons ( 2 pour la liaison C=O et 2 du doublet libre de latome dazote). Des orbitales hybrides de rsonance stablissent et la liaison C(O)-N prsente un caractre partiel de double liaison (40%) et la liaison C=O un caractre partiel (40%) de liaison simple () (figure 15). La liaison C-N prsentant un caractre de double liaison partielle a une longueur raccourcie de 1,47 1,325 (figure 15).Cette structure a t dcouverte par cristallographie aux rayons X de peptides simples (GLY-GLY). currentpoint

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp a wy dp 0 In x 6 370 4200 [2 [1 [0 5 0 2 bW dp/cY g -2 3 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I 1 3 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv Ct p 1 l 123 6236 7020 2240 2980 4240 2280 2400 3040 3140 8280 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 3360 HA}{dL 4 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al gr s{dp dv m g dv mv dp rO 5100 dv o x -.6 WI py -1 96 sc exec sm end 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 4836 4140 4740 4000 4120 5160 3640 4400 p n 0 mv py 0 at p bd 4200 p LB sc 1.2 px gr 150 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 4840 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 6976 8280 2980 4240 4820 2160 5100 2920 4120 4160 8860 6200 9140 40 1 3.375 px 1 3960 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp bW -1 80 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 4096 4140 4000]B 3440]B 3180]B 4840]B 3520]B 4500]B 3640]B 4400]B 3580]B 3320]B 4980]B x m1 sc 40 57 n 0 p [2 cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp I rot -9.6 put sc 20 Ar m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad 4820 r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 6324 7082 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py 2980 g 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 3440 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 4924 3989 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s 3380 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 DSt 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 7108 8220 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p 2980 sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF [3 mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA I py SA gs e begin m 4140 3989 ac 1 w l ac 1 cw 2160 4000 pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x 3180 p 56 wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 Ar wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO DSt 2240 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x [10 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 4060 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p 12 sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp I py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv 2240 OA}{1 1 13 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px 9140 x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp -1 39 wb 4740 eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 4980 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 57 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp Ar DSt gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 14 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg [11 LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 /N 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p I sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e 8860 aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 d/B{bs mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n 3580 dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg N e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv DSt rot bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px put/N dv/m1 cW gr p Ov}{Asc 5 o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{ ne{wy eq{2 at 1.5 iY dp L/pp/po nSq mv o lW py 6 90 9.6 rad lcurrent st}{Asc py st}b/As 2 CA ac 2 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 7 4 n 2 rO 6 m SA AA}] In p mv px 0 2 12 8 py N 4 DA L/a gi dp 5 p x dv an -1 dy 1 la p m L a 9 p g O d 1 g l c p

+" % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 470 7120 [2 [1 gs gr DSt w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p end 0 1 2 7 4 cm fill pA dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 217 5 2680 7400 1800 860 3780 4760 1940 4580 4280 8500 6660 6520 9300 9000 9480 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 4120 HA}{dL 0 [11 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp 6 dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI 8 py -1 40 sc exec sm 0 b2 neg 4740 lp st 12 xl wF np CA 5 9 4400 4460 3540 5140 3280 5220 3820 3340 3600 5280 3880 5200 p n 0 mv py 0 at p bd 7316 p LB sc 1.2 px gr 118 neg 1986, m a}{ex 7 20 mv st p 2.25 e 13 Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 3600 p wy 21 m st}b/HA{lW l 12 0 14 o mv p 2000 6720 900 2680 3780 5000 4020 5520 2400 1220 4280 4580 7400 8500 9720 8740 7120 5940 5620 9000 9300 40 10060 1 3.375 px 1 4460 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac 23 sg OB/bL aR ix I dp bW -1 80 bd px py sc e 0.3 gr ac 4280 px ro DA}{dL 3820]B 6620]B 0.6 rad 8 1 fill dict 24 aL at 7 5140 5200 4400]B 5920]B 5840]B 4800]B 2500]B 2800]B 3820]B 5140]B 5220]B 4460]B 5980]B 5900]B 2560]B 2860]B 3880]B 5200]B 5280]B x m1 sc 40 n 8 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 4880]B eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW Ar l 0 120 8{bs py 8 x dp rot -9.6 put sc 20 m px DA}{cw 3820 m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 7980 p 2513 7233 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 g 0 a}ie}b/BW{wD DSt py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np 4500 gr}{gs -1 dx rot Bd}repeat p 4404 4464 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g [26 DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 7383 2 4 2086 6806 12 27 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 28 rO 180 0.5 SA Db CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA py SA 4551 gs e begin m 4869 4929 ac 1 w l ac 1 cw pp 29 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 Ix fill 1 sg m 0 py sg np 9000 8 s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr Ar 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr 7040 ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 3880 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x 4860 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp DSt px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind [30 e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp 7435 p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 I fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW 3600 cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 4366 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x 6620 py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 8 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 Ar cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px DSt gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 8140 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac gr s{nH Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm 4460 al [0 r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill 10 p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 8526 I 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add 1 s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 3 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 4580 np m p 4437 rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aloa s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 5220 ap g arc o py m cX 8 gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px Ar dv/m cW gr p Ov}{A o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b ne{ eq{ at 1.5 iY dp L/p nS mv o lW py 90 9. ra lcu st py 2 5 C a D 2 0 b 0 l r p e 1

C C N O !"

C
orbitales hybrides

currentpoint

192837465

figure 15. Orbitales hybrides et polarit de la liaison peptidique


currentpoint

H C

R
distances en A
1,52 1,02
o

H C
111 120,5

R
angles en degr

H
1,47

H C
116 123,5

C
C 1,24

1,325

N:

O
4

2,8

C O H

N:
122

C R
C

C C R H
currentpoint 192837465

figure 16. Distances et angles de la liaison peptidique.

Il en rsulte de nombreuses particularits trs importantes dans la structure spatiale des peptides et des protines . Lnergie de la liaison peptidique stabilise par rsonance est voisine de 100 kJ.mole-1 . Les distances inter-atomes C=O et C-N correspondent des distances hybrides . La liaison peptidique prsente une polarit partielle qui rend latome dhydrogne mobile (figure 15). La liaison peptidique peut ainsi donner des liaisons hydrogne avec dautres liaisons peptidiques, leau, ou des composs susceptibles de donner ce type de liaison. Par ailleurs, entre pH 0 et pH 14, le groupement NH ne se protonera pas.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Enfin la liaison peptidique a une structure telle que les atomes C, O, N, H et les deux C sont dans le %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 247 4400 [2 [1 [0 {bs 7 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 5 1 ChemDraw dp p 10 0 1 7 4 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 e o 1 ix dv p Ct l 151 3145 4370 5477 1769 5000 6040 3100 3560 2700 4380 4840 5460 5600 5080 4260 4140 1720 2220 2560 1500 2460 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 g p s px sc mv cm 180 2600 HA}{dL 9 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 15 s{dp dv m g dv Bd}repeat mv dp rO 19 dv o x -.6 WI py -1 60 sc exec sm 0 b2 neg lp st 8 12 xl wF np CA 5 2977 2496 1895 2360 1680 1640 3000 2760 2660 2900 2460 2260 2860 1940 1580 1420 1800 3080 3040 2580 2020 2740 p n 0 mv 18 py 0 at p bd 4300 p LB Ct sc 1.2 px gr 39 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 26 -1 gs ex pp 16 aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3015 4060 5632 1486 5480 3100 3560 4140 2900 3700 2940 4380 4840 5140 5000 3900 5440 4680 5460 6040 5540 5600 4640 3860 2220 2460 1720 2700 1240 1 3.375 Db px 1 2700 0 n/ex r 27 8 ro fill 3 mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix Ct dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac 29 px ro DA}{dL 0.6 rad 8 29 1 fill dict aL at 7 16 3410 2290 2204 2665 820]B 2760]B 3040]B 3780]B 2460]B 2260]B 2400]B 1680]B 2040]B 2580]B 1240]B 1940]B 1580]B 1640]B 1200]B 2540]B 3260]B 3400]B 3000]B 2060]B 2360]B 1800]B 2860]B x m1 sc 12 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x 28 -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc Ar m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r I Ct -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 3067 4419 5405 1700 2 L/S{sf 1 s p 0 b1 py 4000 g 0 CA ac chemdict 0 17 e dv tr/dy 0 1 3 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 8 12 OA}{1 ne{bW 0 l 8 dv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 2985 2443 1909 2329 e st}{Asc cp L/ix/index 7 m}b/dA{[3 DA}{dL 3040 s py m 8 Ct p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 2700 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 28 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 2945 4100 5568 1434 12 r 2.25 neg}if/px ac gs 3900 p sm r arc 18 x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 2660 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 Ct st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 3390 2230 2236 2615 ac 1 w l ac 2940 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 28 sg 5 px 2 6 DSt r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 21 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 [2 r 12 x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 Ct fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lI bs 0 0 o Ar cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp 3560 SA arc gr ac g/wb 6 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 32 41 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs Ct mt /N WI div 2360 x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm 37 e 1 bL s p ro gi 0 gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto d/B{bs SA dp tr 0 5 sm bd al DSt cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py Ct 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S [11 r ac lW cm gr 37 rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 N np setdash} 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{lo sc 6 p e I sm}b/C -1 39 wb eq{dL} rot SA 25.8 xl dv m 0 12 p sc r}if -0.4 xl}{xl Ct ap x x py 0.5 cp gr}b 0 roun CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA wx a 18 pu 0 40 ra 14 L/ at m S} 1 p B g p s g i Z l D c mme plan. La rotation autour de la liaison C-N est impossible et la configuration trans pour laquelle les forces de rpulsion des deux atomes de carbone sont minimales est donc stabilise. La chane polypeptidique est donc une succession de plans rigides spars par des C-HR, les substituants de cet atome de carbone (chane latrale) tant dans lespace situs au sommet dun ttradre (figure17). currentpoint

R3 C C C O H N C C O H R1 H N
!

H N C O C

O C R2

C " H

currentpoint
figure 17. Structure spatiale dune chane polypeptidique.

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La libre rotation autour des liaisons C-C(O) et C-N(H) schmatise par les angles et permet un grand nombre de conformations. La seule variable dans cette structure est lie la chane latrale des rsidus dacides amins. Le volume ou encombrement strique de cette chane associ ses proprits chimiques (groupements ionisables ou non, apolaires etc) conditionnent les angles et ce qui conduit une structure spatiale bien dfinie. La proline, dont la fonction amine est comprise dans un cycle pyrrolidine, constitue une exception. Ce cycle prsent dans une liaison introduit une grande rigidit, la rotation C-N(H) tant impossible. Deux liaisons cis et trans sont possibles par rapport au plan du cycle, et le plus souvent cest la configuration currentpoint cis qui est adopte par les liaisons aboutissant ce rsidu.
R R CH CH2 N C O O C CH NH CH2 CH2 CH O C N O C CH2 CH NH CH2 CH2

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 367 28 [2 [1 gs gr Iw 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw 27 dp p end 0 1 6 7 cm fill pA bW sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p l 119 1795 2420 5914 6500 1280 3020 3880 3620 2180 2640 1760 2460 7100 7960 7700 6260 6720 5940 6540 5460 2680 6760 2 r lt{1 mv -9.6 -2 6540 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al sl s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 [3 45 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 2130 2480 1655 2660 2060 1440 1680 1800 2020 2160 2580 1620 1860 2340 1980 2200 1660 2760 1560 2840 3020 p n 0 3400 mv py 0 at p bd dp p LB sc 1.2 px gr 53 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp 2 np sl gr 0 at mv OB N 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1684 2140 6120 6200 920 3020 3880 3620 2640 1760 2420 1280 1200 2680 7100 7960 7700 6720 5940 6500 5460 5380 6760 5100 2500 6540 DSt BW 1 3.375 px 1 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd I px py sc e 0.3 7 gr ac px put/N ro DA}{dL 2320]B 0.6 rad dp 8 20 1 fill dict aL at 7 2487 2460 1366 2560 1440]B 2020]B 2160]B 2480]B 2060]B 1680]B 2840]B 1620]B 1860]B 2340]B 2200]B 1660]B 2660]B 1560]B 1180]B 3020]B 1820]B 3160]B 3400]B x 20 m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 4 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x 2{bs dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m BW rO l}for m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 1736 2390 5957 6475 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 1 0 CA ac chemdict 0 2640 e dv tr/dy 0 1 l 0 e -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px g 12 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 2155 2428 1677 2599 e st}{Asc Bd}repeat cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 2020 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 1636 2144 6160 6216 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 DSt dv/bd s gi 1 arc array o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 Db st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin [16 m 2473 2410 1394 2513 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 15 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 BW dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 I clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac dp l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm 17 e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr BW 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill 6720 ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{C -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl 2200 dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH DSt exec g pp ro}ie}b/AA{n a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{ lp gs 3 ix -1 def}b/d/d 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x gr o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/ p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp [0 L/n/n LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/w 5 x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fil p sc 2 py D g c s d 8 e a 0

cis

trans
currentpoint 192837465

Lanalyse structurale dun peptide comprend donc lanalyse des acides amins quil contient et la dtermination de leur squence ou structure primaire ou ordre denchanement. 2. Dtermination de la composition en acides amins. La composition en acides amins, exprime en mole par mole de peptide, est gnralement dtermine aprs hydrolyse acide (acide chlorhydrique 6 N, 24 heures, 110C sous azote) suivie dune limination de lacide par vaporation sous vide partiel. Les acides amins de lhydrolysat sont alors analyss par chromatographie liquide haute performance. Dans ces conditions le tryptophane est dtruit et des oxydations se produisant au niveau des acides amins soufrs. Pour analyser la mthionine et la cystine/cystine, une oxydation performique stabilisant ces acides amins sous forme de mthionine sulfone et dacide cystique est dabord ralise. Un peptide est qualifi de rgulier quand son hydrolyse ne libre que des L-acides amins. Un peptide est dit irrgulier quand lhydrolyse libre des D aminoacides ou dautres radicaux. Ainsi un GLU N-terminal cyclis en acide pyroglutamique, un GLU impliqu dans une liaison avec sa fonction carboxylique (glutathion), une mthylation de HIS ou CYS, une formylation de GLY ou de la fonction NH2 de la MET N-terminale, une actylation

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de la fonction NH2 terminale etc. sont des exemples de peptides irrguliers, de mme que les peptides cycliques. 3. Dtermination de la squence. La dmarche exprimentale utilise peut se rsumer par diviser pour vaincre. 3.1. Les acides amins terminaux. Leur existence et leur nombre permettent de connatre la structure de la chane peptidique (linaire, semi-cyclique, cyclique). 3.1.1.Mthode chimiques. Elles consistent traiter le peptide avec un ractif adapt pour former un driv stable caractristique des fonctions C ou N terminales. Ce driv est isol du peptide par hydrolyse puis spar et dos. 1) Dtermination de lacide amin N-terminal.

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 436 4440 [2 [1 [0 DSt 8560 gr w 0 dp/cY 2 -1 py 1 0 cw bW g -2 dp p CopyRight ChemDraw end 8 sc 1 0 5 gr fill cm pA m2 0 pp}{sqrt -1 DA}{cw p 2 o ix dv 1 p [43 l282 r 1720 2240 2400 4280 4760 1880 2435 2750 3100 1680 2228 1860 2409 2920 2680 3295 5400 6060 6360 7300 7960 8260 3180 3520 3440 4100 4400 5340 6000 6300 5380 6040 6340 7280 7940 8240 9000 9960 1900 2740 3060 2257 2236 3082 3197 2903 2950 -9.6 4 2 lt{1 mv px sc -2 m p 180 cm 2 gr}{pp}{gs mv 0 7100 -1 4600 a}b/PT{8 s exec}{al dp o HA}{dL sm s{dp m 3 dv mv g dp dv rO -.6 dv x py o I2 sc WI sm b2 64 -1 neg 0 6680 12 exec np lp st xl CA 3349 2760 3060 3080 4980 4660 4260 4340 6620 7256 6729 6940 7126 3549 3520 5100 4820 5469 5440 7129 7100 7280 2640 3035 4281 5125 6638 7246 1 wF n p 0 5 mv p 0 1.2 py LB bd at DSt 4440 p sc neg a}{ex 7 a}{ex 131 px st p I gr mv -9.6 e p 1986, lm 1 arcn Laser OA}{1 l 1720 2.25 cp m p pp 2 -1 L/gs/gsave l n p aL neg}if/py clip}b/Ct{bs gs mv ex L/xl/translate gr 3520 p 0 OB np at sl st}b/HA{lW [64 l0 o p m 1900 2400 2240 2740 4760 5360 2257 2236 2750 3100 3520 3180 1860 2409 2228 2680 3295 2920 3540 6060 6680 7960 8580 3420 3980 4720 4700 6000 6620 6040 6660 6640 7940 8560 9960 4100 mv 1720 3060 3340 1880 2435 2937 2780 1680 2807 2853 12 wy fill 40 mv r 1 px 8 16.8 3.375 0 1 3620 n/ex gs n st}{0 ro l n lp counttomark{bs py 145 90 s 1 np SA bW ac ix Prep 1987, aR 3060 sg dp gr OB/bL bd wx I dp -1 py 80 e ac sc 0.3 0.6 px DSt 65 px 1 ro rad 8 DA}{dL 7 3349]B 2760]B 3060]B 3080]B 4660]B 4260]B 4340]B 4820]B 5100]B 6620]B 6940]B 7256]B 7126]B 6729]B 6614]B 3549]B 3880]B 3520]B 4980]B 5469]B 5800]B 5440]B 7129]B 7460]B 7100]B 7280]B 2640]B 3060 3349 2760 3035 4980 4660 4340 3930 5125 6940 7256 6620 6348 7489 end}b/Db{bs{dp aL cv fill m1 x n sc 0 m1 dict at p 0 eq{DD}{DS}ie 1 20 dp 0 SA 0 x -1 py 66 DLB ey 1.2 1 p ne{bW l [44 bd py DSt -9.6 m Ar gr 0 p 120 mt dp 8 Cambridge px m l}for x L/ie/ifelse sc m 20 rot r m/w DA}{cw rO n/ey mv 4100 rad put 180 -1 1910 1927 2343 2740 3060 1738 2228 2209 3129 3210 1889 2352 2948 2903 2 bW cm p 3620 s b1 0 -1 L/S{sf py ro b1 45 0 [6 1.5 21.6 0 chemdict dv e ac CA lg 1 lt{-1 0 p st 180 0 -.6 2 chemdict tr/dy -1 sm a}ie}b/BW{wD 0 5 dp x I bs a}ie}b/WW{gs 46 aA x ac py lpx 0 12 2740 2640 SA dv}{bd}ie OA}{1 gr}{gs 2810 3299 3060 3085 4659 4930 4390 4265 5075 6670 7206 6940 6622 7234 np ne{bW p e -1 cp 2840 dx sc 2.2 5 py m rot -8 st}{Asc 8 s Ig 1 3 m}b/dA{[3 p 6 py DA}{dL 5 0 Scientific r 6660 m cm n/dx DLB 180 0 x/dx L/ix/index a 2 l-1 sc 24.6 lp dv type[]type -1 p 360 g 0 px 3060 DSt sl 16 sqrt begin 1777 2211 2210 3060 3340 1907 2377 1889 2983 2780 1737 2200 2199 2853 2807 4 12 4100 -1 ac r sm neg}if/px mv gs 2 p begin/version neg r 2.25 gi py s gs 0 arc s x mv 0 3549 2 dv/bd sc wF 0 -4.8 LB 7 arc OB 3 o 180 st}{0 dp rO al dy 1 0.6 0 1 p eq{DB}{DS}ie 0.5 DSt py SP 8 CB 3059 3299 2810 3085 4930 4661 4390 3910 5075 6940 7206 6670 6332 7471 e 1 0 90 begin 2640 SA Computing, w lW pp m gs wD lSA ac 1 ac gs rev{neg}if n/dy S]}b/dL{dA 21 5 r cw px 25.8 2.2 lp L/l/lineto 2 6 DSt cW sc CB sg e CA [9 x}if 2 o eq{dp 0.5 DA}{2.25 -1 16 rO px 1 DA}{cw x begin m py -1 25 0 s -2 cX dv ]B np np[{py fill bs sg p 1 41 r a x e p OA}{1 [47 0 dp np cv r sg lp dv 38 l1 Ar setgray lx 0 ne wy mv bW le gr s 16 0 fill cm 24 42 0 cp ac p o -1.6 bs 0 ly fill arc g/wb neg rlineto I 0 4460 39 o sc}b/Ov{OrA cm g wx gr l 5 n Inc. 0 pp}{2 8580 0 1 p cm I p L/mt/matrix sm px def/b{bind 16 rO e w cY SA dp -1 gr 2 p 11 m py mv ne{bW 1 p gs 6{bs cm l27 g e at sm 2 eq{gs llp WI ac clippath sc mv gs sm ne st ac x div sl 0 OA}{1.5 1 2 sc 6760 px 12 cm m 1 cp mt s bs 3520 sm 1.6 4 1.5 3 e st}{Asc gr}b/OB{/bS 4 p 0 270 cm or{4 st}{px 0 e bL w dup neg py gi 5360 p fill}b/SA{aF lW l sm gi e 0 2 ro g p dp st cp p 27 lSA al sm g/bb bd 4460 rO 0 dv/bd al Bd}repeat cp lmv AA}{1 m l tr DSt 2 1 e def}bind st gr fill 1 0 1 pp fill rad SA py 4.8 pp DA}{270 L/mv/moveto 4 ac neg S r st}]e lW wy st cm 3080 put 0.4 0 g gs gr ZLB px 0 4 end DT}]o lt{pp m x [49 rO OA}{1 1 p o w px 5880 gr 2 setgray 25.8 x}if 1 cpt a/py -1 wb sm}b/CB{np[{[{CS}{CS} 0 e -1 dv ap sc 0 o eq{dL}if p ac dv gs r}if 39 py x np gr}b/In{px xl}{xl px DSt Ixl m setdash}d/cR -1 lsc def/L{load 4 2 0 1 mv round 3980 e 3 Db cp rad 0 a 0.5 4 cv px -0.4 x 1 s CA lW SA py pp g/cX S}if/lp 1 0 at sc ix 180 lW g [10 g wx -1 Ar 1 st}{1.0 nH Bd 1 pp 8 0 3 w g lp ro}ie}b/AA{np m/aL sg pp OA}{1 ZLB DA}{180 exec 6 0 -2 0 4980 r 2 -0.4 24.6 rO ix 67 exec}b/CS{p a/px n ac x 1 gr}b/wD I AA}{1 L/m/mul pp}ifelse p 4 3 fill o/cX 360 o 4760 dv p x xl wb s{nH ac gs dx ap gi -1 /N px o gr}ie}b/C lp lx gr 3 def}b/d/ sc Ac}{0.5 p w -1 9.6 x al DSt lt{e}if px 5 ne{py aL 1 lr 0 arc py -1 0 12 mv x cm e gs 2 LB -1 s/wx dv pp g/cY CA sc 3080 sg p dp/c d/B{ 0 1 n 21. r m 2 18 [50 cm 1 cX d/ mv sc rO L/ sm 2. 0 dp gs e s DS aR fil D d w p d 1

La mthode de Sanger au 1-fluoro-2,4-dinitrobenzne (cf chapitre II.6.5.6.8.) est ralise pH 8 en milieu thanolique. Le driv dinitrophnyl (DNP peptide) gnralement insoluble est isol puis hydrolys en milieu acide chlorhydrique. Le(s) DNP-acide amin est extrait par lther dithylique puis analys par chromatographie. Remarque : les acides amins basiques ragissent avec leur fonction amine des chanes latrales ( DNP-LYS par exemple ). La mthode dEdman au phnyl-isothiocyanate (cf chapitre II.6.5.6.5) permet lanalyse rcurrente par lextrmit N-terminale. Cette mthode est adopte dans de nombreux systmes automatiss appels squenceurs et permet jusqu une quinzaine de cycles.
currentpoint N C S + NH2 CH CO S C NH NH O C NH CH R CH R1 CO OHR NH peptide n rsidus CH R1 CO NH CH R2

driv (N) phnylthiohydantone (PTH) NH CH R2

S N O NH + R

HCl , CH 3 NO2 + H2 O NH2 CH R1 CO NH CH R2

driv phnylthiocarbamyl (PTC) identifiable par chromatographie

reste de n-1 rsidus

currentpoint 192

Cette mthode peut sappliquer des peptides plus petitsissus dune hydrolyse contrle du peptide initial. Le chlorure de dansyle est galement utilis pour identifier lacide amin N-terminal (cf chapitre II.6.5.6.4).

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2) Dtermination de lacide amin C-terminal. Aprs rduction par le borohydrure de lithium et hydrolyse acide, le driv alcool amin est identifiable par chromatographie (cf chapitre II.6.4.4.). Lhydrazinolyse permet la coupure des liaisons peptidiques avec formation dhydrazides sauf au niveau du rsidu C-terminal qui apparat sous forme dacide amin facilement identifiable.

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 412 6860 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2 l 99 1240 1800 2420 3500 4120 5200 2940 4640 5080 4520 3980 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 1540 cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 16 dp rO 9 dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 5 12 xl wF np CA 5 480 1620 1640 p 18 n 0 mv py 0 at p 6860 bd p LB 6 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 10 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1800 2420 2940 4120 4640 5820 3500 5200 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1800 2420 5080 5700 3980 8 1 3.375 820 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac 5820 sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 480]B 1000]B 0.6 rad 1 8 1 fill dict aL at 7 2140]B 1620]B 2160]B 1640]B 2120]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 Ar 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge 480 mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw 19 m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py DSt g 0 /N CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 0 [1 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL d/B{bs s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 I 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 1800 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 N arc o 0 x sc SP s wF mv 1000 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp rot 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px put/N 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw DSt 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy [4 p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx N 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 Io cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 1 Inc. 3500 ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO a 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py d}b/bs sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 1000 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp e tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 DSt p dv/bd gr put g/bb rO st array cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW [7 cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setda 1 px I x}if d o w 2 cpt gs dv ac 1 def/ sc p e sm}b -1 39 wb 520 eq{d SA 25. xl dv m 0 p sc r}if -0 xl} ap x x py 0. cp gr 0 ro C 2 e 1 s p 0 l s 4 currentpoint COOH CH R COOH acide amin C-terminal CH R NH2

NH CO CH R1

NH CO CH R2 NH CO CH NH2

NH2

NH2 NH2 hydrazine

NH2 amino acyl hydrazides

R1 (R2 )

currentpo

3.1.2.Mthode enzymatiques. Elles reposent sur lutilisation dexopeptidases qui hydrolysent, selon leur spcificit, la liaison peptidique dans laquelle est impliqu lacide amin N ou C terminal. Ainsi les amino-peptidases et les carboxypeptidases hydrolysent les peptides respectivement partir de leurs extrmits N et C terminales. 1) Amino-peptidases. La leucine amino-peptidase (3.4.11.1) hydrolyse ainsi les liaisons peptidiques partir du rsidu Nterminal (sauf celles dans lesquelles la proline est implique). Lamino-peptidase (3.4.11.2) est utilisable de mme que la proline-amino-peptidase (3.4.11.5) qui est spcifique de la proline. 2) Carboxypeptidases. Les carboxypeptidases A (3.4.12.2) ou B (3.4.12.3) hydrolysent les liaisons peptidiques partir du rsidu C-terminal. La carboxypeptidases A est une mtallo-enzyme du suc pancratique nhydrolysant pas si lacide amin C-terminal est ARG , LYS ou PRO. La carboxypeptidase B agit sur les ARG et LYS C-terminales. La carboxypeptidase C (3.4.12.1) dtache tous les acides amins C-terminaux. La proline carboxypeptidase (3.4.12.4) dtache spcifiquement la proline C-terminale. Lacide amin N (ou C) terminal est extrait et identifi. Lenzyme pouvant poursuivre son hydrolyse sur le peptide n-1 rsidus, plusieurs cycles peuvent tre ainsi raliss.

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3.2. Les mthodes classiques de squenage. Le nombre total de rsidus ainsi que les acides amins N et C terminaux dtermins (ainsi quune squence partielle partir de lextrmit N-terminale) tant connus, il faut dterminer leur ordre denchanement. Pour cela, le peptide est cliv au moyen dhydrolyses partielles spcifiques en fragments plus petits qui sont soumis leur tour la dtermination de leur composition et des rsidus N et C terminaux comme dcrit dans les chapitres III.3.1 et III.2. Le clivage spcifique peut tre effectu par voies chimiques ou enzymatiques. 3.2.1. Mthode chimiques.

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 475 8100 [3 [2 [1 [0 [28 6420 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 2 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p I 1 l 232 7703 3345 7883 3585 1260 1520 5360 1620 2700 3320 4280 2140 3720 2380 3200 3520 7060 5540 6160 7860 8880 6680 8320 6940 7760 8080 7494 4900 7909 9500 7240 8620 8060 9240 7140 5420 5600 6220 8640 9060 9420 2940 3374 3789 3120 3020 1300 1480 2100 3420 2960 4040 2 r lt{1 mv -9.6 -2 29 m 2 p s px sc mv cm DSt 180 HA}{dL 2500 900 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 8540 WI py -1 44 sc exec sm 0 b2 neg lp st [63 12 xl wF np CA 2180 5 4780 2172 2770 4600 2180 3040 5200 2680 3100 3460 3880 5561 2040 5234 2500 4540 4680 4560 5960 5020 5381 5054 4500 4380 5900 p n 0 mv py 0 at p bd 8210 p LB sc 1.2 px gr 96 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 I2 clip}b/Ct{bs p 3460 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 3420 gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 DSt 0 o mv p 8003 3345 7983 3883 900 1260 5540 2140 2380 3320 3720 4900 2700 4280 2780 3520 3280 3980 7060 7494 6160 6680 6940 7860 8320 9500 7240 8880 7340 8080 8540 7909 5340 9860 7739 9240 8620 9600 6920 5600 6220 6740 9060 9420 9740 2940 3374 3789 3619 2800 1480 2100 2620 4040 3420 4400 1 3.375 px 1 0 n/ex 2410 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 DSt bd [2 px py sc e 0.3 5900 gr ac px ro DA}{dL 2180]B 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 4502 2480 2990 4303 2560]B 2180]B 3040]B 3800]B 5200]B 5561]B 3100]B 3020]B 2680]B 3460]B 3880]B 5234]B 2040]B 2500]B 4780]B 5060]B 4540]B 4560]B 5960]B 5020]B 5381]B 5054]B 4600]B 4380]B 6420]B 5900]B x m1 sc In 0 13 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie [30 py x 18 -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw DSt Ar m rO l}for m/w mv n/ey rad r 19 -1 180 cm bW I -1 ro 1.5 chemdict p 7748 3295 7837 3628 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py 8080 g 3000 0 CA ac chemdict 0 e dv 15 tr/dy 0 25 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 31 5 21 sc np gr}{gs -1 dx rot p 4805 2180 2790 4624 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL 3880 s py m 3740 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 37 0 r 22 n/dx 0 l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 8037 3295 7937 3917 12 46 26 r 2.25 neg}if/px DSt ac gs p sm 3190 r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 47 24 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, [38 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 4538 2480 3010 4337 ac 1 w l ac 1 cw pp 48 35 3650 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc 39 DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 56 9860 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a 41 ]B np[{py np setgray 0 r x p wy 13 p dp dv 24 r e fill 7{bs gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 I 0 o cm 0 2500 wx rlineto cp cm 5 Ar p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 8620 Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO e 16 cm p 3440 cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py g sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs DSt mt WI div Bd}repeat x 5060 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p 3340 ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 [3 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p DSt l fill AA}{1 I p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 9 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 3440 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 5 gr S r Db ac lW [40 cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 6 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p 10 e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS -1 39 I wb eq{dL}if 3210 SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if 8620 -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 8 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd 33 g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 13 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np 4540 a/px gr}b/wD pp 3 0 1 5340 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 Ar ix -1 def}b/d/de 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/C p gi x p xl 1 o wb dx 5920 sc DSt ac lp L/n/ne LB 2040 ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 [42 l cX fill p sc 2 py DA g/ cm sm dp e 3 a 0 1 A m 1 d 2

Parmi les nombreuses mthodes chimiques utilisables, celle mise au point par Witkop et Gross concerne les rsidus de mthionine, la coupure par le bromure de cyanogne de la chane peptidique nintervenant que du ct carboxylique de ce rsidu de MET. Un peptide qui contient 2 mthionyls (sauf C terminale) donnera 3 peptides de clivage.
currentpoint XX CO NH CH CH2 CH2 C O S C Br XX CO NH O CH C O CH2 NH2 amino acyl peptide CH R2 CO XX H2 O CO NH NH CH R2 CH3 N bromure de cyanogne CO XX CO NH CH CH2 CH2 C O NH CH R2 + BrN CO CO

S+ CH3 C +

NH CH R2

peptidyl homosrine lactone CH2

CH C O CH2 +

CH2

N C S CH3 mthylthiocyanate currentpoin

3.2.2. Mthode enzymatiques. Une des mthodes de choix est une hydrolyse enzymatique par une endo-peptidase dun lien peptidique dans lequel un acide amin donn est impliqu, cette hydrolyse pouvant intervenir au niveau de la partie C ou N du rsidu dacide amin. Les peptides obtenus par clivage enzymatique ou chimique sont spars par des mthodes chromatographiques ou lectrophortiques, leur squence tant ensuite dtermine par la mthode dEdman. Les spcificits de quelques protases utilises dans le squenage sont indiques dans le tableau 7.

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tableau 7. Mthodes dhydrolyse spcifiques de la liaison peptidique.

currentpoint CO NH acide amin 1 CH R1 mthode d'hydrolyse Chimique bromure de cyanogne hydroxylamine 2-nitro,5-thiocyanobenzoate Enzymatique trypsine (3.4.21.4) chymotrypsine (3.4.21.1) pepsine (3.4.23.1) thermolysine (3.4.24.4) clostripane protase staphylococcique MET entre ASN-GLY ! LYS , ARG PHE , TRP , TYR PHE , TRP , TYR et autres ARG GLU , ASP!! CYS CO NH CH R2 CO acide amin 2

liaison peptidique scinde

VAL , LEU , ILE

currentpoint
Les peptides rsultant de ces clivages chimiques ou enzymatiques sont ensuite spars et purifis. A leur tour ils sont soumis la dtermination de leurs acides amins C et N-terminaux et la dgradation dEdman ou dautres hydrolyses slectives. Lanalyste dispose alors de la squence de segments et il lui reste en dterminer lordre. Certains de ces segments se recouvrent : peptides de recouvrement. Cest lassemblage des fragments comme un puzzle qui conduit la squence. 3.3. Les mthodes automatises de squenage. Ces mthodes sont bases sur la dgradation squentielle ou rcurrente dEdman. Les squenceurs permettent de dterminer lordre denchanement jusqu une quinzaine de rsidus. Ce sont souvent des peptides issus dhydrolyses partielles qui sont soumis cette opration automatise. 3.4. Les mthodes de squenage issues du gnie gntique. Le squenage de lADN est plus facile que celui des peptides (et protines). Si le fragment dADN codant (unit de transcription) pour le peptide (ou la protine) est isol, sa squence sera facilement dtermine. La structure primaire du peptide sera alors dduite partir du code gntique (cf tableau 2 chapitre II.5.4.2). Des atlas de squence sont disponibles aux chercheurs du monde entier. Leur informatisation permet une comparaison rapide des squences et de remarquables analyses (structure-fonction, volution).

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4. Proprits des peptides. 4.1. Proprits physiques. Elles dpendent de leur masse molaire et de la nature et de la squence des acides amins quils contiennent. Gnralement, il sagit de solides de couleur blanche, cristallisables pour la plupart, et plus ou moins solubles dans leau. Ils prsentent un caractre amphotre et possdent un point isolectrique. Par exemple le peptide H-LYS-ALA-HIS-GLU-MET-OH prsente une charge nette qui volue en fonction du pH de la faon suivante (tableau 8):
tableau 8. Variations de la charge nette du pentapeptide en fonction du pH

fonction ionisable pKa !-COOH "-COOH 2,5 4,3 6,0


8,9 10,5

pH 2,5 ptquiv pH 4,3 ptquiv pH 6,0 ptquiv pH 8,9 ptquiv pH 10,5 ptquiv 0,5 0 + + + 0 + + + 0,5 + + + + + + 0,5+ + + 0 + + 0 0,5+ + 0 0 + 0 0 0,5+ 0 0 0

imidazole ! -NH 2 #-NH 2 charge nette

2,5+

2+

1,5+

1+

0,5+

0,5-

1-

1,5-

2-

Le pHi de ce pentapeptide est gal (6 + 8,9) / 2 = 7,45. 4.2. Proprits chimiques.

Elles sont fonction de la nature des acides amins du peptide. Du fait de la mobilit de lhydrogne de %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 465 5714 [2 [1 gs I 20 27 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 1 0 2 cm fill pA dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 10 2 o 1 ix dv p l 130 42 779 1494 3112 6054 7570 1058 1535 1835 3103 3279 3828 3240 4009 2334 6332 6808 6949 8326 8716 9171 6053 9012 9073 7108 7720 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 2360 HA}{dL 0 [26 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm Ct o exec}{al s{dp dv m g dv mv 43 dp rO dv o x -.6 WI py -1 22 sc exec 43 sm 0 b2 neg 2434 2599 lp st I 12 xl wF np CA 5 2167 2424 2357 2224 2509 2135 2633 2455 1905 2005 1122 2623 2262 2432 2057 1704 2284 1860 2184 2521 1132 2817 2558 1480 p n 0 44 mv py 47 0 at p bd 4757 p LB sc 1.2 px gr 43 neg 1986, m 33 a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 45 8716 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 461 619 1938 1560 40 Ct p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1672 3340 6813 1535 1835 1674 2334 2365 3103 3279 3039 3828 3930 4279 1938 1560 3240 4009 2938 6808 6949 7108 7570 7518 8326 8383 9171 9528 9463 5734 5894 7213 9012 9073 7760 7720 8716 1 3.375 px 1 2360 0 n/ex r 41 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp 26 l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 2135]B 2858]B bd 1860 px py sc e 0.3 40 gr ac px ro DA}{dL 3360]B 1001]B 0.6 rad 41 8 20 1 fill dict aL at 7 1777 2797 884]B 2135]B 2633]B 3030]B 2262]B 2899]B 2455]B 1905]B 1540]B 2005]B 1382]B 2280]B 3360]B 1001]B 1122]B 3439]B 2057]B 1704]B 2558]B 2224]B 2823]B 2284]B 2669]B 2184]B 1660]B 2623]B 2055]B 2781]B 3280]B 1132]B 2817]B 3106]B 1480]B 1860]B x m1 sc 23 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie 39 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge Ct mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 120 py 8 DSt x dp rot -9.6 put sc Ar m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad 38 r 26 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 1550 3069 2 L/S{sf s p 0 b1 0 b1 py 4758 g 0 CA ac [32 chemdict 0 e dv 29 tr/dy 0 1 42 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 31 46 5 sc Ct np gr}{gs -1 dx rot p 2160 2447 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL 2509 s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 32 180 33 I 0 r n/dx 0 l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl 8383 dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 29 4 1716 3298 12 35 r 2.25 neg}if/px ac gs 5694 p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv Ct 2 0 OB 9463 0 rO 180 0.5 SP SA CB 2669 dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin 32 m 1797 2823 ac 1 w l ac 2511 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 42 2623 px -1 25.8 rO eq{dp e dv DSt -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 Ct r 23 x 0 p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv gr lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l bs DSt 0 46 0 o Ar cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly [0 neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 41 48 16 cm p cm [28 p px w at sm 1 I p OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl 2 l mv e sc ac mv l ac 3 2 eq{gs Ct mt /N WI div x lp cm sm 27 ne 1 sm 3 1.5 sc cm st cp px st}{Asc I lW 4 m 270 0 bs cm 7518 47 e 1 1674 bL s p ro gi 0 gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto d/B{bs SA dp tr 0 42 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 2823 l 3030 mv OA}{1 1 Ct 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 gr end px x -1 N np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW -1 DSt 39 wb DSt eq{dL}if end rot SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a [30 180 put/N 0 [4 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH I exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD I pp 3 0 1 19 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp 8383 gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x N o/cX x sc 20 -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx 1 sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 21 3 d/wF a 2669 w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 d}b/bs dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY 22 cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA DSt 0 rad 1 18 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n e d/aF 360 fill n 17 dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p [34 1 bb gs np px 0 array np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 r gr dp 16 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp I10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload 9528 s mv bs 180 0 -1 sc eq 15 fill p a x lW py 2 d ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px dv/m cW 6 gr p Ov}{A o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/ ne{w eq{2 at 1.5 iY 166 dp L/p nSq 8 mv o lW py 90 9.6 rad l cur st} py 2 CA ac 2 0. bb 0. lp ro 9 p e 1 4 n la liaison peptidique et de la prsence dun doublet dlectrons libres, les peptides donnent en milieu alcalin, des complexes bleus avec les ions cuivriques : raction du Biuret. La raction nest positive qu partir de tripeptides. currentpoint
O C CH N H R H N CH C O R1 CH Cu++ OHCH OC Cu++ CH R C Ocurrentpoint 192837465

..

N CH

R1

..

5. Synthse chimique. Cette synthse prsente un grand intrt au plan biologique mais aussi aux plans technologiques. Il est en effet ncessaire dactiver au moins lun des groupements datomes qui participent la condensation. La difficult majeure de cette synthse rside alors dans le fait que les groupements activs ncessaires la formation de la liaison peptidique ragissent avec certains des groupements fonctionnels non impliqus dans cette liaison (fonctions NH2 terminale ou NH2, fonction COOH terminale, etc). Il faut donc protger certaines fonctions des chanes latrales pour procder la synthse. Il existe de nombreuses mthode de synthse comme celle au carbodiimide. La technique de Merrifield en phase solide repose sur la condensation dacides amins dont la fonction amine (et latrale si ncessaire) est protge et la fonction carboxylique active. 5.1. Activation et prparation des acides amins. Les groupements carboxyliques sont activs par formation desters mthyliques et les groupements amins protgs par formation de drivs benzyloxycarbonyl (cf chapitre II.6.5.6.1). Le groupement NH2 est protg par actylation, la fonction thiol est estrifie, la fonction guanidique est nitre etc.

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5.2. Condensation. Elle est schmatise sur le schma ractionnel indiqu figure 18.
O

polystyrne

CH2 Cl

+
CH3 O

CH NH C O CH2 R O

BOC

O C CH2 O CH NH C O CH2 R O

+ CH 3 Cl

lavage

BOC et dmasquage de la fonction amine H2 O + OH C O CH2 lavage


O O

O C CH2 O CH NH2 R

+
CH3 O CH3 OH O C CH2 O CH NH R C O

CH NH C O CH2 R1 O

BOC

CH NH C O CH2 R1 O

lavage

BOC et dmasquage de la fonction amine


H2O

+
O C CH2 O CH NH R C O CH NH2 R1

OH C O CH2 O

O C CH NH C O CH2 R2 O

CH3 O CH3OH O C CH2 O CH NH R C O CH NH R1 O C

CH NH C O CH2 R2 O

lavage
CH2 OH

tripeptide de synthse
O C OH CH NH R C O CH NH R1

et dmasquages des fonctions amine et ester H2 O + OH C O CH2


O O C CH NH2 R2

figure 18. Synthse peptidique en phase solide selon Merrifield

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6. Quelques exemples de peptides. Nous ne citerons que quelques peptides importants en biologie, les peptides usage alimentaire seront dcrits dans le chapitre IV. La carnosine et lansrine (cf chapitre II.3.2.3) sont des dipeptides extraits de la viande (tissu musculaire) qui interviennent dans des ractions de phosphorylation.

Le glutathion (-glutamyl-cystinyl-glycine) est un tripeptide cellulaire qui par sa fonction thiol peut tre oxydant ou rducteur de faon rversible. Il est plus actif que la cystine du fait dune plus grande solubilit et dune plus grande mobilit de lhydrogne de la fonction thiol. Il est oxydable par % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 307 15 [2 [1 [0 gr w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p 2 l 64 3215 4715 980 1440 1960 2560 3240 3680 4160 4740 5100 5640 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 3 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g dv mv 35 dp rO 4 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 360 lp st 6 12 xl wF np CA 5 740 1100 p 13 n 0 mv py 0 at p bd p LB 7 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 10 2 1440 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 3215 4715 980 1960 2560 3240 3680 4160 4740 5100 5640 6320 N p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 4160 12 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 740]B 1160]B bd 13 px py sc 20 e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 400 740]B 1100]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 1460]B x m1 sc n 0 p cv SA 14 dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 3265 4765 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m 6320 rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 1 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 740 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD 740 py ac px 12 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3265 4765 -8 g begin DLB 5 180 DSt 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p [1 sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 400 arc array o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 I rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 980 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 1160 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 DSt 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px [8 w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt I WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc 9 lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro 4160 gi gr}b/OB{/b neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/mo SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{27 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill 1460 ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/p set o DT 4 lt{p 0 en px x -1 np se 1 p x o w 2 c g d a 1 s p e s loxygne, par le ferricyanure, le 2,6-dichlorophnol indophnol. Il est rduit par le sulfure dhydrogne, lhydrogne naissant ou par voie enzymatique.

currentpoint
COOH CH NH2 CH2 CH2

O C NH CH CH2 SH

O C NH CH2 COOH

currentpoint

19283

Hughes isola en 1975 deux pentapeptides appels mthionine enkphaline et leucine enkphaline impliqus dans lintgration des sensations douloureuses : H-TYR-GLY-GLY-PHE-MET-OH et H-TYR-GLY-GLY-PHE-LEU-OH Guillemin isola une -endorphine aussi puissante que la morphine pour calmer la douleur : H-TYR-GLY-GLY-PHE-MET-THR-SER-GLU-LYS-SER-GLN-THR-PRO-LEU-VAL-THR-LEU-PHE-LYS-ASN-ALA-ILE-VAL-LYS-ASN-ALA-HIS-LYS-LYS-GLY-GLN-OH Les peptides hormonaux comme les hormones hypophysaires et pancratiques sont des nonapeptides semi-cycliques comportant un pont disulfure. La vasopressine et locytocyne ont des structures voisines mais les effets physiologiques sont trs diffrents. La vasopressine augmente la pression artrielle et a un effet antidiurtique ; locytocyne provoque des contractions utrines. La corticotrophine, hormone anthypophysaire adrnocorticotrope (ACTH) contient 39 rsidus dacides amins. Elle dtermine lhypertrophie de la glande corticosurrnale. Les structures de locytocyne et de la vasopressine (ADH) sont les suivantes :
currentpoint Cystine N-terminale H-CYS
S S

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 447 1640 2440 [1 [0 I gr 520 w 7980 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 2920 l 147 2500 3460 2260 800 7020 7980 6780 4020 2040 8540 6560 3780 2880 2000 1260 8300 7400 6520 5320 5780 2 r lt{1 mv -9.6 -2 7720 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 560 2820 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m 1640 g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 7 sc exec sm 0 b2 neg 2020 460 lp st 12 xl wF np CA 1180 5 600 460 720 660 520 780 760 880 820 940 1300 1580 1220 1620 1660 2400 1360 1640 1280 1680 1720 2080 2460 p 520 14 n 0 mv py 0 at p bd p LB 2440 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st DSt p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs DSt p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2920 3780 2040 900 7440 8300 6560 4020 8540 48 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 460 o mv p 3460 2600 2300 1840 1040 1420 7980 7120 6820 6360 5560 5420 5940 [16 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 11 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py [1 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 Ar counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 2240]B bd px py sc 20 e 0.3 I gr 11 ac Ar px ro DA}{dL 460]B 600]B 880]B 520]B 660]B 940]B 1080]B 1220]B 1140]B 1280]B 0.6 24 rad 8 7120 1 fill 3780 dict aL at 7 1580]B 1460]B 1620]B 1780]B 2400]B 1640]B 1520]B 1680]B 1840]B 2300]B 2460]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 5000 eq{DD}{DS}ie py x Ar -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge /N mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for chemdict m/w mv 1680 n/ey rad r -1 180 cm 1640 600 bW -1 0 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 2600 d/B{bs CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 DSt a}ie}b/BW{wD py ac px 12 600 OA}{1 ne{bW 0 l DSt dv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 4420 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 [2 -8 g begin DLB 5 180 N 0 r n/dx l -1 g [17 cm 2200 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 I 0 rot 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 4020 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv I 2600 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc put/N SP s 18 wF mv 2 0 OB 600 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin 1080 19 m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 11 sg 5 px 2 48 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 N 6820 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m Ar 0 py sg 1 np Ar s DSt cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r a e fill gr 1 6200 fill dv lp 16 lx 0 520 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 1520 d}b/bs 0 0 o [3 cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO I16 cm p 2400 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm 660 gs cY g 2 3460 clippath gs ne{bW py sl DSt l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt WI div x e lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm array 6720 e 1 bL [20 960 s p ro gi gr}b/OB{/bS 1580 neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put I g/bb rO st cp 2400 py 27 d DA}{270 e 1 wy st 2 l 6360 pp 660 gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill DSt ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 48 px x}if o w 2 cpt [4 gs dv 48 ac 1 def/L{load sc p e 1680 sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{c -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x I x Ar py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA Ar 2 e 1 sc px 0 2600 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px 5040 st}{1.0 -1 g/cX ix DSt ZLB 1260 lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p 1580 lp gs [21 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x 2460 o/cX x sc 1920 -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp I L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p DSt 3 d/wF 5560 w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 5480 dv pp 1 l cX fill 800 p sc 2 py DA}{1 g/cY cm sm dp/c e [5 aR 0 1 Ac} mv 1 dic m 21. r dp cY rO DS pp n 12 gr 1. 18 2 SA 0 ra 1 m s Ix s d L s 1 e w

TYR

ILE GLN

H-CYS
S S

TYR

PHE GLN

PRO LEU GLY NH2

CYS

ASP ARG Gly C terminal amidifi

PRO GLY NH2

CYS

ASN

ocytocyne

vasopressine

currentpoint

19283746

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Quelques hormones hypothalamiques ont des structures peptidiques. Le TRF (thyreostimulin releasing factor) scrt en cas de froid a la structure suivante : pyroGLU-HIS-PRO-NH2 , la proline C terminale est amidifie. Le glucagon scrt par les cellules A des lots de Langerhans du pancras est un peptide de 29 acides amins qui agit sur les hpatocytes, les adipocytes et les cellules B des lots de Langerhans qui scrtent alors linsuline. Le glucagon est hyperglycmiant. Sa squence est la suivante: H-HIS-SER-GLU-THR-PHE-THR-SER-ASP-TYR-SER-LYS-TYR-LEU-ASP-SER-ARG-ALA-GLU-ASP-GLU-ASP-PHE-VAL-GLU-TRP-LEU-MET-ASN-THR-OH Linsuline pancratique est hypoglycmiante et comporte deux chanes peptidiques A et B de 21 et 30 rsidus runies par 2 ponts disulfure. Sa masse molaire est de 6000. Elle est considre comme la premire protine dont la structure a t dtermine.
GLY 1 ILE GLU VAL TYR LEU CYS SER GLU GLN CYS LEU GLN ILE Chane A CYS THR SER
S S S S

ASN TYR CYS


S

GLU S HIS CYS GLY VAL ALA CYS LEU VAL GLN LEU LEU GLY SER LEU VAL PHE TYR ASN HIS GLU 1 PHE ARG Chane B GLY PHE THR LYS TYR PRO 30 THR

21 ASN

Il existe de nombreux polypeptides activit antibiotique, certains dentre eux contiennent des acides amins sous forme D ou inhabituels et se trouvent sous forme cyclique. On peut citer la nisine et la subtiline utilises en technologie alimentaire dans la conservation de certains produits et les polymyxines, la bacitracine, la thyrothricine.

Les bactriocines sont synthtises par des microorganismes pour simposer vis vis de flores concurrentes . Ainsi Pediococcus acidolactici excrte une pdiocine trs active contre Listeria monocytogenes. La nisine est active sur les bactries Gram positif et sur les spores . Soluble pH 2, elle prcipite pH 7; elle est stable la chaleur en milieu acide. Elle provoque la lyse de la membrane cytoplasmique. Produite par Streptococcus lactis, elle est utilise dans la fabrication de certains fromages et en conserverie des doses voisines de 500 5000 UI / g.

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 502 45 [1 [0 gr 37 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p 1 36 l 221 840 1080 1540 2640 3140 2080 2900 3160 4020 3440 3720 4140 4740 5280 5480 6180 6580 6780 5340 6640 7020 7400 7220 7780 8260 8660 8900 7600 8860 9420 9960 10160 9760 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g 38 dv mv dp rO 3 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 25 sc exec sm 0 b2 neg 1560 lp st 4 12 xl wF np CA 5 39 1560 2080 2260 3020 2940 2320 2520 2000 1680 1500 1820 2360 2680 2740 3160 3440 3820 4160 4040 4580 4620 4880 4980 5360 5720 5560 4680 3700 p n 0 mv py 0 at p bd p LB 5 sc 1.2 px 5040 4160 gr 69 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 40 3140 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB N 1080 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1540 2640 3140 2860 2080 2440 3060 3160 3840 4140 3720 4020 4740 5340 5380 5480 6180 6580 6720 6640 5900 6940 7020 7400 7220 7600 8180 8900 8860 8260 9420 9960 10160 10120 41 1 3.375 px 1 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA 9760 py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix 1900 dp bW -1 bd 42 px py sc e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 1560]B 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 1560]B 1900]B 2080]B 2160]B 2620]B 3160]B 2320]B 2560]B 2680]B 2200]B 1680]B 1500]B 1820]B 2260]B 2740]B 3080]B 3020]B 3440]B 3820]B 4160]B 4620]B 4980]B 4580]B 4000]B 4880]B 5360]B 5500]B 5720]B 5560]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp 43 DLB 0 5040]B 4680]B 4160]B 3700]B 3240]B eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 DSt 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m 44 rO l}for m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict p 2 L/S{sf s p 0 b1 0 b1 py [6 g 1 0 CA ac chemdict 10120 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 2 SA -.6 I aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 d}b/bs OA}{1 2860 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r 3240 n/dx 0 l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 2160 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc array o 0 x sc s wF mv DSt 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 DSt 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp [31 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 [7 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m I 0 py sg np I s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 33 0 r x 0 p wy p 8 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l 2440 bs 0 0 32 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 7780 16 cm p cm p px w at sm 1 p OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl 2160 l mv e sc ac mv l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 sm 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 4040 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm DSt 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 DSt l mv [9 OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py I setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 3060 1 [34 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{ -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA I2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW 35 OA}{1 wx a 180 0 2620 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g 8860 pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 DSt rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr p gi x p xl 1 o wb dx 5360 sc ac lp L/n/neg LB ap [10 aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA} g/c I cm sm dp/ e DS aR 0 1 11 Ac m 1 di m 21 r dp cY rO D p n 1 g 2 S 0 r 1 Biochimie des protines Polytech STIA 1 page 55

La subtiline est stable de pH 2,5 7. Elle est active sur les bactries Gram positif et sur quelques bactries Gram ngatif. Son activit sporostatique la fait utiliser dans lindustrie des conserves. Elle est produite par Bacillus subtilis.
currentpoint
NH2 ILE DHB ALA S ILE DHA LEU ALA ABA PRO S ALA GLY GLY LYS ABA S ALA LEU MET GLY ALA ALA MET LYS ABA :acide amino butyrique DHA : dhydroalanine ALA-S-ALA : lanthionine DHB : -mthylDHA ABA-S-ALA : - mthyl lanthionine ABA ALA ABA S S ALA HIS ALA SER VAL HIS ILE COOH 34 LYS DHA

currentpoin

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 160 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 115 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 620 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO dv o x -.6 WI py -1 129 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 4700 5 p n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave 17 l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 0 440 o mv p 40 1 3.375 px 1 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 80 bd px py sc e 0.3 2 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 x m1 sc Ar 20 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 5360 x dp rot -9.6 put sc 20 m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 1100 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 5220 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 860 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o Ar -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p 5420 dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 1680 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL 5420 s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1320 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np -1 39 wb eq{dL}if 2 SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{p 0 round CA Ar 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/m at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix 5000 ZLB lW DA}{1 cv sg 1 py -0.4 m/a nH exec g pp ro}ie a/p gr} pp 3 0 1 w r 6 AA 8 -2 2 fil ex lp g 3 ix d 1 3 r 0 p 4 n La 4980 tyrocidine A produite par Bacillus brevis a une structure cyclique. currentpoint LEU ORN VAL PRO PHE ASP D-PHE currentpoint 192837465

D-PHE %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 298 32 [2 [1 gs DSt 8 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 7 1 ChemDraw dp p 0 1 2 cm fill pA dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p Ct 12 l 129 4010 5428 6420 7098 7356 2456 2660 3320 4200 3524 4840 4980 5400 5820 6560 7496 2480 2990 3640 4720 4760 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 [27 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al 27 s{dp dv m g 18 dv mv dp rO dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 78 sc exec sm 0 b2 neg lp st 3 I12 xl wF np CA 5 2{bs 4962 4557 4420 5109 4178 3744 4860 4760 4280 4132 4160 4320 4580 4960 3300 4240 4540 5820 4718 p n 0 mv py 28 0 at p bd p LB Ct sc 1.2 px gr 164 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 29 -1 gs ex pp 28 aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB e N p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 4183 5365 6560 7496 6818 3320 3524 2456 2160 1880 2120 2760 4200 4000 4280 3700 4840 5820 6420 7098 7356 2990 3640 4760 5400 40 1 3.375 g px 1 0 n/ex r rot 8 ro 3640 fill 1 mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac Bd}repeat sg OB/bL aR ix Ct dp bW -1 80 bd px py sc e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 29 5350 5004 4960 4718 4029 4760]B 4132]B 3620]B 4360]B 4960]B 5280]B 4280]B 5000]B 4320]B 3744]B 3840]B 4580]B 4420]B 5109]B 4178]B 4029]B 4240]B 4540]B 5780]B 4718]B 3980]B x m1 sc 20 n 0 p cv SA 5780 dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 11 8 x dp rot -9.6 put sc 20 m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 3968 5377 6494 7079 7301 2 L/S{sf Ct s p Db 0 b1 DSt py g 1 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p 31 st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 [30 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 4989 4566 4440 5035 4232 e st}{Asc cp L/ix/index 17 m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 I r n/dx l -1 g cm 360 a Ct sc -1 2 lp sl 31 dv px -1 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 4137 5315 6615 7422 6837 12 e r 2.25 neg}if/px gr ac gs p sm r arc x mv neg LB 5400 r py 0 dv/bd s gi 1 arc array o 0 x sc s wF mv 2 0 OB end 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 5370 4996 4906 4698 4103 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 3980 sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r DSt e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA gr 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py [0 sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 7 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 I bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px 11 m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO 10 st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 14 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e 4280 sm}b/CB{np[{[{CS}{CS -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix 3840 ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{ lp gs 3 ix -1 def}b/d/d 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc DSt -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/ p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/ne LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF [1 w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/w x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA g/ I cm sm d e a 0 1 TYR GLU

Les pnicillines comprennent aussi des structures voisines de peptides.


currentpoint
CH3 C CH3 H COOH C N C O S C H

pnicilline G
H H N C O CH2

valine

cystine

currentpoint

192837465

Il existe aussi des toxines comme la phallodine extraite de lamanite phallode qui sont des peptides. Dans ce cas il sagit dun heptapeptide cyclique trs toxique (la Dose Minima Mortelle est de 50g pour la souris). Enfin signalons les peptides inhibiteurs : le trypsinogne pancratique est activ en trypsine par une entrokinase ou par la trypsine aprs libration dun hexapeptide. Il en est de mme pour le pepsinogne activ en pepsine et le chymotrypsinogne activ en chymotrypsine. Dans le lait la plasmine issue du plasminogne joue un rle trs important .

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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IV. PRODUCTION ET UTILISATIONS DACIDES AMINES ET DE PEPTIDES

Il sagit l dun vaste march o saffrontent chimie industrielle et biotechnologie. Ainsi les acides amins sont gnralement obtenus soit par voie chimique (mthionine) soit par voie microbiologique (lysine) tandis que les petits peptides sont plus souvent fabriqus par synthse chimique et les peptides de taille importante par biotechnologie. Les acides amins et les peptides jouent un rle important dans les proprits fonctionnelles de nos aliments et plus particulirement au niveau des proprits organoleptiques (saveur, got). Ces composs apparaissent naturellement dans certains de nos aliments au cours de lhydrolyse des protines lie des phnomnes de maturation ou daffinage. La dcouverte dacides amins, de peptides et de drivs aux gots marqus (sucr, sal, etc.) permet actuellement le dveloppement dun nouveau secteur dactivit de lindustrie alimentaire. Si lintrt industriel de ces drivs sapides est trs important, leur rle nutritionnel ne lest pas moins. En effet, ces composs sont utilisables par des consommateurs au mtabolisme dfaillant (diabte, hypertension, problmes digestifs, etc.). De tels drivs contribuent par exemple assurer par alimentation parentrale les besoins en protides de personnes malades. Il faut signaler enfin que certains peptides produits au cours de la digestion possdent des activits biologiques (activit opiace, immuno-stimulation, hypotenseur, etc.). Nos connaissances et nos capacits de synthse stant considrablement accrues ces dernires annes, il est donc trs vraisemblable que les acides amins et les peptides seront amens jouer, dans les annes qui viennent, un rle de plus en plus important en sciences des aliments. 1. Les acides amins. 1.1. Production. Actuellement la prparation dun acide amin est ralise partir dune protine naturelle lorsquil est abondant dans cette protine et par ailleurs facile isoler. Il peut tre par ailleurs obtenu par synthse chimique ou microbiologique. Le plus souvent, la synthse chimique conduit des racmiques (mlange 50% de D et 50% de L), tandis que la synthse biologique permet lobtention disomres L (ou D). Signalons encore quil est possible de marquer la molcule au cours de sa synthse en incorporant un isotope radioactif (3H, 14C, 18O) ou lourd (13C, 15N) ce qui prsente un grand intrt analytique en biochimie ou en nutrition. Certains tissus animaux ou vgtaux contiennent un acide amin libre donn des teneurs leves, acide amin qui peut alors tre facilement purifi. Par exemple il est possible dextraire 20 mg de LDOPA (3,4-dihydroxyphnylalanine) partir de 1 g de fve. Jusqu ce jour, les acides amins synthtiss par voie chimique sont MET , PHE , SER , THR , TRP , ASN , CYS et GLY. Les mthodes de synthse chimique classique conduisent des racmiques, mais des mthodes strospcifiques existent dj et devraient tre applicables industriellement dans les prochaines annes. Certains acides amins comme la L-cystine et la L-tyrosine sont purifis partir dhydrolysats de protines. Ces acides amins peu hydrosolubles sont facilement spars dun hydrolysat acide de

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protine (kratine des cheveux, des poils et phanres, plumes doiseaux ou volailles). La Lhydroxyproline est prpare partir dun hydrolysat de glatine. Ces mthodes sont de moins en moins performantes par rapport aux mthodes de production microbiologique. La production dacides amins par voie fermentaire est essentiellement lie la slection et la disponibilit de souches performantes. La connaissance des voies mtaboliques est ncessaire pour matriser cette production. Lacide glutamique est ainsi produit par Corynebacterium glutamicum ou Brevibacterium flavum partir de mlasses de betterave ou de canne sucre additionnes de vitamines et dammoniaque. Dans ces conditions, 500 g dacide L-glutamique sont obtenus partir de 1 kg de saccharose. Des acides amins comme la L-lysine, la L-isoleucine, la L-thronine, la L-phnylalanine et la L-tyrosine sont actuellement produits par biotechnologie. Il existe des mthodes de production des acides amins par voie enzymatique. Ainsi lacide Laspartique peut tre obtenu par transformation du fumarate dammonium (matire premire dorigine chimique) en prsence dammoniac et daspartase. Le rendement est voisin de 95%. La L-alanine est obtenue par action de laspartate -dcarboxylase sur lacide L-aspartique ; le tryptophane est synthtis partir dindole, de pyruvate et de tryptophanase. Ces mthodes prsentent lavantage de se prter une production continue et linconvnient de voir lactivit enzymatique dcrotre souvent trs rapidement dans le milieu. 1.2. Utilisations. Les acides amins ont un got qui dpend essentiellement de leur configuration et de lhydrophobicit de leur chane latrale (cf chapitre II.5.7.4). Gnralement seuls les acides amins chane latrale carboxylique (ASP et GLU) sont acides sous forme dissocie, aucun acide amin libre nest sal (sauf peut tre GLU). Certains acides amins ont un got sucr ( GLY , SER , THR ) et dautres un got amer ( PHE , TYR , LEU , VAL , ILE ). Les acides amins umamis sont sucrs avec un got de viande ou de bouillon de poule ( sels de sodium de GLU et ASP). Lacide glutamique et ses sels de sodium, de calcium, de potassium etc., sont dsigns sous le vocable de glutamate. Il sagit dun compos naturellement prsent dans bon nombre daliments comme le lait, les poissons, les viandes, certains lgumes. Sous forme libre il joue un rle dterminant dans la sapidit et donc lacceptabilit de trs nombreux aliments. La tomate, la plupart des champignons et le fromage, dont la teneur est importante, sont utiliss pour leur saveur dans de trs nombreuses prparations culinaires. Le monoglutamate de sodium, par ailleurs un excellent exhausteur ou releveur de got, contribue lharmonisation de la flaveur de laliment. Il est utilis dans de trs nombreux aliments (soupes, sauces, plats cuisins, charcuteries, salaisons, etc.) des teneurs comprises entre 0,1 1 % (P/P). La glycine est utilise en industrie alimentaire mais aussi pour ses proprits tampons (comprims dacide actyl salicylique). Possdant des proprits exhaustrices darmes, elle possde un got sucr caractristique. Elle possde des activits antimicrobiennes qui la font utiliser en industrie fromagre ou charcutire. La L-lysine est produite par fermentation, sa production franaise annuelle pour 1994 tant denviron 40 000 T. Acide amin essentiel en nutrition, elle est utilise trs grande chelle en alimentation animale avec des taux dincorporation voisins de 0,5 5 % (P/P). Pratiquement tous les secteurs de production animale lutilisent (productions porcine, de volailles, de lapins, de veau). Par ailleurs son utilisation dans le secteur alimentation danimaux domestiques connat un grand dveloppement. Souvent limitante, son incorporation (supplmentation) permet

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dquilibrer la composition en acides amins mais aussi de diminuer le taux protique de laliment ou de substituer des protines de soja par des protines de crales (diminution des cots). La supplmentation en lysine permet daugmenter la masse de viandes maigres (satisfaction du consommateur par des viandes moins grasses) et dobtenir des rendements de croissance levs. Une telle opration a des consquences conomiques videntes (excdents craliers mieux valoriss) et cologiques (une diminution de 2% de la teneur en protines du rgime de porcins rduit de 25% leurs rejets azots polluants). 2. Peptides. Leurs utilisations en alimentation sont trs rcentes. Il faut signaler ici quil existe de nombreux peptides biologiquement actifs qui sont directement issus de protines alimentaires. De nombreux dipeptides ont des gots sucrs avec souvent un arrire got amer gnralement masqu dans les produits mis disposition des consommateurs par laddition de glycine. Dautres ont des got sals, acides, umami, ou amers. 2.1. Peptides sucrs. Les cinq drivs de dipeptides dont la structure est indique ci-dessous ont des pouvoirs sucrants respectivement gaux 200, 2000, 125, 100 et 170 fois celui du saccharose (de 1 5 ).

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 473 1460 [2 [1 [0 DSt 10 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 4 7 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 14 2 o 1 ix dv p 5360 [44 l 273 920 420 400 5360 7000 8640 3700 2000 760 240 1140 5240 5340 6880 6980 7500 8520 9140 8620 3580 3680 4140 3280 1880 1980 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 1740 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 15 s{dp dv m g dv mv dp rO Idv o x -.6 WI py -1 11 sc exec 3700 sm 0 b2 neg 2680 2380 2981 760 lp st 16 12 xl wF np CA 5 260 280 240 780 800 760 2680 1260 1840 2240 3240 3720 4140 2700 1280 1860 2260 3260 3740 2720 4160 3800 4740 4120 4400 1240 1820 2220 3220 3700 p n 0 mv py 0 at p bd 1140 p LB sc 1.2 px gr 7 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e 17 Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 DSt -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 760 gr 0 at mv OB 240 760 420 400 5360 7000 8640 3700 2000 5340 6980 8620 3680 1980 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 19 o mv p 920 4820 5800 5860 4860 5340 6460 7440 7500 6500 6980 7680 8100 9080 8140 8620 8200 9320 9140 3160 4200 3200 3280 3680 4140 4340 3000 2960 1460 2440 2500 1500 1980 1 3.375 px 1 80 0 1740 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py [5 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR DSt ix dp 20 bW -1 2380 2680 2981 2380]B 2981]B bd px py sc 20 e 0.3 gr I ac px ro DA}{dL 780]B 800]B 760]B 1260]B 1280]B 1240]B 2680]B 0.6 rad 8 1 fill dict 5340 aL at 7 4600]B 1260]B 2240]B 2700]B 3720]B 4140]B 4620]B 2340]B 3080]B 1280]B 2260]B 2720]B 3740]B 4160]B 2360]B 3100]B 4440]B 4740]B 4400]B 4100]B 4680]B 1240]B 2220]B 2680]B 3700]B 4120]B x m1 sc 21 n 0 46 p cv SA [49 dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 864 448 429 x dp rot -9.6 22 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r I -1 180 cm bW 2220 -1 ro 1.5 p 2 3680 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 2960 29 0 CA ac chemdict 0 2680 2430 2931 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 30 OA}{1 ne{bW 0 lDSt dv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 2220 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s 1820 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 31 3 730 297 731 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 0 l -1 g cm [7 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 32 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 DSt 12 I r 2.25 neg}if/px ac 2430 2681 2931 gs p 3240 sm r arc x mv neg LB 7000 r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc 34 SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp [54 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin 35 m ac 1 w l ac ]B 1 cw pp 1700 DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 780 sg 5 px 2 6 I r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 36 px -1 3680 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a DSt np[{py np setgray 0 r x 37 p wy 46 p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 3700 0 o cm 0 45 wx rlineto [11 cp cm Ar 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p 4540 cm 46 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath I gs ne{bW py sl l mv DSt e sc ac 12 l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm 47 sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm 13 e 1 bL 1720 s p ro [55 gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 48 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd 5340 al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb I 50 rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 59 l mv OA}{1 1 4860 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW 51 cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4600 61 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p 52 e sm}b/CB{np -1 39 wb eq{dL}if 1720 SA 25.8 4340 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 53 sc px 0 l DSt s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/m at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{18 cv sg 1 65 py -0.4 46 4680 m/aL nH exec g pp ro}ie a/px [18 gr}b pp 3 0 1 w r 6 AA 8 -2 2 fill ex lp 66 gs Ar 3 ix -1 de 1 3 rO 0 p 4 n 2 o x o currentpoint
COOH CH2 H C CO NH CH2 C CO O CH3 CH3 C C S CH3 CH3 H H NH2 H COOH CH2 C CO NH C CO NH CH3 CH3 H NH2 H COOH CH2 C CO NH C CO O (CH2)2 CH3 L-Asp-D-Ala-O-npropyl CH3 H NH2 H COOH CH2 C CO NH C CO O (CH2)2 CH3 CH3 CH3 CH CH3 H NH2 H COOH CH2 C CO NH C CO O CH CH3 CH3 CH CH3 NH2

aspartame
L-Asp-L-Phe-O-mthyl

alitame
L-Asp-D-Ala-amide

L-Asp-D-Val-O-isopropyl

L-Asp-D-Val-O-npropyl

currentp

Laspartame nest pas stable en milieu aqueux quand la temprature dpasse 60C en particulier en milieu acide. La stabilit est maximale pH 4 et en dessous dune teneur en eau de 10%. A des pH acides ou de lordre de 7 8, laspartame nest pas stable (hydrolyse de la liaison ester, cyclisation) et les drivs forms nont plus de pouvoir sucrant.

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Il est souvent conseill den surdoser laddition dans certaines prparations culinaires pour tenir compte de sa destruction partielle. Il faut par ailleurs veiller aux effets de sa consommation chez certaines catgories de consommateurs car il peut engendrer une phnylctonurie ou encore un urticaire par sa forme cyclise. Utilis dans des prparations allges ou hypocaloriques en substitut du saccharose, il apporte 17 k.J par g. La dose journalire admissible est de 50 mg/kg. Il semble que sa prsence entrane chez certains sujets, une prise alimentaire plus importante par action indirecte de la phnylalanine sur la scrtion de cholcystokinine.

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Quelques infos dactualit concernant lusage de laspartame


Cest au cours de la synthse dun produit pour la thrapie des ulcres que laspartame a t dcouvert fortuitement en 1965 par le chimiste J.M. Schlatter. La synthse industrielle a fait lobjet du brevet US n 3 492 131. Il sagit de ldulcorant intense le plus employ. La Food and Drug Administration a autoris son emploi dans les aliments en 1983 (48 FR 31376). Il est codifi E 951 en Europe. Il a ensuite t commercialis sous le nom de Nutrasweet , puis Candrel, Pouss-suc, etc.

1 - Structure
Il sagit dun dipeptide : L-aspartyl-L-phnylalanine mthyl ester.
CH3 acide aspartique HO C O O CH2 O NH2 C CH NH O CH2 phnylalanine ester mthylique

CH C

La L-phnylalanine (acide amin essentiel est estrifie par du mthanol). Il existe dans laspartame moins de 2 % de dictopiprazine.

2 - Pouvoir sucrant
Le pouvoir sucrant est denviron 180 200 fois suprieur celui du saccharose.

3 - Proprits physiques et solubilit


Il sagit dune poudre blanche, cristallise, sans odeur. Le poids molculaire est gal 294,3. Le pouvoir rotatoire [a]D22 = 2,3 dans HCl N.

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La solubilit dans leau est pH et temprature dpendante. Le maximum de solubilit est atteint pH 2,2 (20 mg/ml 25C) ; la solubilit minimale est atteinte au pHi soit pH 5,2 (13,5 mg/ml 25C).

4 - Valeur calorique et exemples dutilisations


Dans le tableau ci-aprs sont indiqus comme exemple les kcalories apportes par le saccharose et laspartame dans un certain nombre de produits alimentaires. aliment saccharose limonade dessert glatine gteau chocolat boisson au lait boisson non alcoolise 86 81 150 14 144 kcal aspartame 4 10 75 7 1

Utilis pour les diabtiques, pour diminuer les caries, pour perdre du poids ou viter den gagner. Dans quelques produits alimentaires, les doses de cet additif E 951 autorises sont par exemple les suivantes (cf arrt du 2/10/97, annexe 2 pour plus de dtails) : Produits
Boisson sans alcool base dextraits vgtaux, darmes, de jus de fruits ( 50 kcal/l max) sans autres sucres Laits ferments, fromages frais Laits aromatiss Crmes desserts, desserts lacts, desserts glifis, flans, entremets Glaces, crmes glaces, sorbets Produits de confiserie et de chocolaterie Gommes mcher et chewing gums Produits destins aux rgimes hypocaloriques ( 1000 kcal max)

Dose autorise 600 mg / l 600 mg / kg 600 mg / L 1000 mg / kg 1000 mg / L 3000 mg / kg 6000 mg / kg 100 mg / 100 kcal

5 - Stabilit
Elle est fonction du temps, de la temprature, du pH et de lactivit de leau (Dziezak, 1986 ; Bell et Labuza, 1991 ; Tsoubeli et Labuza, 1991 ; Homler, 1984 ; Graves et Luo, 1987 ; Graves et Luo, 1987 ; Huang et al., 1987 ; Neiderauer, 1998). La stabilit de laspartame ltat sec est excellente ; 105C une perte denviron 5 % traduite par la formation de dictopiprazine est observe aprs 100 heures de traitement. A 120C, une perte de 50% est obtenue au bout de 80 heures de traitement. En milieu hydrat, les tempratures leves induisent des hydrolyses, ce qui rend le produit inutilisable dans les aliments chauffs (cuisson, strilisation, etc). La stabilit est bonne entre pH 3 et 5 ; elle est maximale pH 4,3. En-dessous de pH 3,4 cest lhydrolyse du dipeptide qui est observe. Au-dessus de pH 5,0 cest la cyclisation en dictopiprazine qui intervient. Dans les deux cas cette transformation se traduit par la perte du pouvoir sucrant.

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NH2 HO C O O CH2 CH C NH O C CH CH2 O CH3

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+ CH3OH

aspartame
NH2 HO C O O CH2 CH C NH O C CH CH2 O H

H2O
O HO C O O CH2 CH C NH NH C CH CH2

L-aspartyl-L-phnylalanine

H2O

driv dictopiprazine
O NH2 C O O CH2 CH C OH C

O CH NH2

H CH2

HO

acide aspartique

phnylalanine

Dans les aliments teneur en eau faible ou intermdiaire (activits de leau comprises entre 0,34 et 0,66), la stabilit maximale est observ pH 5,0. Lnergie dactivation de la raction de dgradation est voisine de 30 kcal.mole-1. Dans les produits pH compris entre 6 et 7 et pour des temprature comprises entre 70 et 100C, la destruction suit une cintique dordre apparent gal 1 avec une nergie dactivation denviron 17 kcal.mole-1. Les augmentations de pH et force ionique se traduisant par une augmentation de la vitesse de dgradation. A ces pH, des pertes significatives sont observes au cours de lentreposage 4 et 30C (Tsoubeli et Labuza, 1991). Au cours du chauffage en prsence de glucose, laspartame donne la raction de Maillard et 4 bases de Schiff sont formes (Huang et al., 1987). Dans les boissons non alcoolises carbonates, la stabilit de laspartame est excellente (> 6 mois temprature ambiante). Dans les produits congels la stabilit est bonne mme dans les zones de pH sensibles entre 6 et 7.

6 - Stabilit microbiologique
Laspartame peut tre considr comme stable au plan microbien alimentaire . Il nest pas caryogne (American Dental Association). Dans les yaourts (cultures mixtes de Lactobacillus bulgaricus et de Streptococcus thermophilus), il apparat que la vitesse de dgradation de laspartame est lie la croissance. Il napparat pas de diffrence entre les deux souches. Globalement, moins de 10 % de perte sont observs aprs 6 semaines dentreposage des yaourts ltat rfrigr. On considre que laspartame est stable dans le yaourt sil est ajout aprs fermentation (Keller et al., 1991).

7 - Pouvoir exhausteur darme


Laspartame est un exhausteur darmes dans produits fabriqus base de citrons et oranges. Cette interaction est pH dpendante.

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8 - Mtabolisme
Le mtabolisme de laspartame est celui des protines et peptides : il conduit la libration de phnylalanine, dacide aspartique et de mthanol. La phnylalanine tant intolrable par certaines catgories de consommateurs (phnylctonurie), un tiquetage adapt est ncessaire. Laspartame est mtabolis comme un nutriment mais sa quantit utiliser est faible et il peut tre considr comme virtuellement non calorique. Considr comme un protide, il apporte 4 kcal.g-1.

9 - Evaluation toxicologique de laspartame


De trs nombreux travaux ont t raliss pour valuer les effets biologiques et lventuelle toxicit de laspartame (Potts et al, 1980 ; Bianchi et al, 1980 ; Saunfers et al., 1980 ; Lennon et al, 1980 ; Aspinal et al., 1980 ; Stegink , 1987 ; Renwick, 1985). En introduction il faut savoir que la consommation de 19 mg daspartame (quantit sucrante dune tasse de caf ou de th) produit environ 7,6 mg daspartate, 9,5 mg de phnylalanine et 1,9 mg de mthanol. En comparaison, un bol de lait (250 ml) produit 528 mg dacide aspartique, 542 mg de phnylalanine, tandis quun verre de jus de tomate gnre 47 mg de mthanol soit lquivalent de 25 boissons sucres laspartame (Vetsch, 1985). A ce jour, les travaux scientifiques et mdicaux raliss nont jamais permis de suspecter directement de risques toxicologiques. A la dose de 5 000 mg / kg.jour aucune toxicit na t mise en vidence. En administration chronique, il na jamais t dcrit de pathologie tumorale, de lsion organique et de variation des constantes biologiques. Aucune action nfaste na t mise en vidence chez les rats nouveaux-ns traits ni chez des rats ns de mre traits et traits eux-mmes jusqu 2 ans aux doses de 2 4 g / kg.jour. De mme les tudes des pouvoirs mutagne, carcinogne, tratogne ainsi que ltude de la fertilit se sont rvles ngatives tant pour laspartame que pour le driv dictopiprazine. La dose de 5 000 mg / kg.jour stant rvle dnue de toute toxicit, la DJA a t fixe 40 mg / kg.jour ou encore de 2800 mg daspartame par jour pour un adulte de 70 kg (et de 600 mg pour un enfant de trois ans). A pouvoir sucrant quivalent, cette DJA correspond la consommation de 560 g de saccharose par jour, soit environ 11 fois plus que la consommation moyenne de sucre en France. Rappelons quaujourdhui les ingrs daspartame sont considrablement infrieurs la dose maximale recommande. On est donc trs en-dessous dun risque quelconque de toxicit. Brunner et al. (1979) ont montr quune consommation daspartame (2 6 % du rgime) pendant 90 jours na pas deffet sur la gestation. Les effets dfavorables observs correspondent ceux dune ingestion quivalente de phnylalanine. La recherche des ventuels effets cancrignes de laspartame a fait lobjet de nombreuses recherches ; trs rapidement mtabolis in vivo en mtabolites naturels non cancrignes, laspartame nest pas considr comme carcinogne. Shephard et al (1994) ont mis en vidence un effet mutagne de laspartame aprs nitrosation, effet par ailleurs trs infrieur celui rsultant de la nitrosation dun ttrapeptide stomacal (CCK ou cholcystokynine).

Les plaintes des consommateurs


Elles rsultent souvent dinformations mdiatiques mal matrises. Les nombreux et varis effets secondaires ainsi dcrits sont apparus au fur et mesure de son utilisation : troubles gastro-intestinaux (nauses) et surtout neuro-psychiques (troubles de lhumeur : anxit, irritabilit, dpression ; vertiges, insomnies et cphales), troubles qui pourraient ventuellement tre attribus ses mtabolites : acide aspartique, phnylalanine, mthanol et driv dictopiprazine. Ces plaintes rvlent aussi que laspartame serait impliqu dans des pathologies graves comme la sclrose multiple, le lupus erythmateux, le syndrome de la guerre du golfe, le syndrome de fatigue

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chronique, et certaines formes de diabte. Dans toutes ces implications, lanecdotique est dominant et il nexiste pas de preuves scientifiques mettant en cause laspartame. Il faut nanmoins ragir ces tats de fait. Aux USA, la Food and Drug Administration a examin les plaintes impliquant laspartame depuis 1985 et son analyse montre que laspartame na jamais pu tre mis directement en cause. Dautres articles mettent en cause le mthanol, cet alcool tant toxique aprs ingestion de relativement grandes quantits. Il en sera question dans lanalyse des effets des mtabolites dcrite plus loin. En 1984, le Center for Disease Control a analys les plaintes des consommateurs. Aprs plusieurs mois dtudes, il a conclu que la majorit des symptmes avancs sont communs la population gnrale. Ainsi les tudes de plus de 500 plaintes par le Centre of Disease Control dAtlanta na pas permis de corrler lusage de laspartame avec les symptmes dcrits (Anonymous, 1986). En Grande Bretagne, le Committe on Toxicity (COT) a expertis laspartame en 1982 puis en 1992. Il en a conclu la non toxicit de cet dulcorant peptidique. Le World Health Organisation et la Commission Europenne ont abouti la mme conclusion. Nanmoins un article de 1996 laisse supposer que la consommation daspartame est corrle avec lapparition de cancers crbraux. Cet article, soumis des experts comptents qui lont analys, mettent de grandes rserves sur la qualit et la rigueur des rsultats prsents. Ainsi pour Bradley et al. (1997), il apparat vident, aprs lecture et analyse de larticle concern, que laspartame nest pas cancrigne. Nanmoins, il continue toujours d apparatre des articles qui sment le doute sur la scurit de cet dulcorant. La Food Standard Agency (FSA) prend en considration tous les articles ddis cet additif. Par exemple il sagit dexpertiser les travaux raliss au Kings College London qui montreraient que laspartame et dautres composs alimentaires auraient un rle putatif dans les cancers crbraux. En ralit, les recherches sur ce thme nen sont qu leur dbut et ce nest que bien plus tard que leurs rsultats plus tays devraient tre prsents et analyss.

10- Evaluation de lventuelle toxicit des mtabolites.


Except le driv dictopiprazie, les autres composs sont naturellement prsents dans les aliments ou forms au cours de la cuisson ou de lentreposage. Laspartate est interconverti in vivo en glutamate. Les tudes ralises ce jour nont pas montr deffets toxiques de ces deux drivs. La phnylalanine Dans le cas de malades prsentant une phnylctonurie (maladie gntique qui affecte 1 personne sur 10 000), la phnylalanine acide amin essentiel, nest pas normalement mtabolis . Elle saccumule alors dans le sang et le cerveau en y provoquant des dommages. Pour les personnes saines, cet effet nexiste pas mme aprs ingestion dune dose trs importante daspartame. Prsent au niveau crbral haute concentration, la phnylalanine peut perturber le mtabolisme des autres acides amins impliqus dans la biosynthse de neurotransmetteurs. La phnylalanine inhibe ainsi la biosynthse de monoamines. Des essais cliniques raliss sur des adultes et des enfants (doses de 34 1800 mg / kg) pendant 21 semaines nont pas mis en vidence de diffrence de comportement. Les cphales reprsentent 20% des plaintes spontanes dutilisateurs daspartame aux USA (sur 30 000 plaintes en 10 ans). Cest la phnylalanine rsultant de lhydrolyse in vivo qui, ingre seule, pourrait atteindre plus facilement le cerveau et perturber les transmissions nerveuses voire les rgulations hormonales. Le rle de la phnylalanine dans la phnylctonuries est par contre bien tabli ; cette maladie hrditaire entrane une dficience intellectuelle svre : la mention contient de la phnylalanine est obligatoire sur ltiquetage. Le mthanol Il est libr par hydrolyse de la liaison ester (dans les boissons gazeuses ou dans le tractus digestif) reprsente environ 10 % en poids de laspartame. Le mthanol est naturellement prsent dans les aliments dans les jus de fruits, les pommes de terre cuites, et les boissons alcoolises ; il sagit dun mtabolite normal de la digestion de lhomme. Il est mtabolis en formaldhyde qui est rapidement dgrad en formate.

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La consommation daspartame raison de 34 mg / kg.jour ne se traduit pas par une augmentation du formate sanguin ; le formate est limin par voie urinaire. Dans ces conditions la concentration enmthanol sanguin est infrieure 0,4 mg/ 100 ml, limite de dtection. Une ingestion de 200 mgt / kg se traduit par une mthanolmie de 2,1 mg / 100 ml 8 heures aprs consommation ; aprs 24 heures la mthanolmie est nulle. Le driv de la dictopiprazine. Produit par chauffage, ce driv nest pas naturellement prsent dans nos aliments. Ce compos na pas deffets carcinognes ou mutagnes. Le dernier risque connue : les allergies imputables la dictopiprazine qui apparat au cours de la dcomposition de laspartame en milieu acide (jus de fruits, colas) Les tudes toxicologiques (aspartame et dictopiprazine) montrent que ces produits sont dpourvus de toute toxicit, et ce, des doses de 5 g /kg.jour. 10- Son statut Ltiquetage des produits qui contiennent de laspartame doit clairement indiquer sa prsence (avec dulcorant ).Les produits qui contiennent la fois des sucres et des dulcorants doivent porter la mention avec sucre et dulcorant . Par ailleurs, les produits qui contiennent de laspartame doivent porter lindication contient une source de phnylalanine .

Lalitame, plus stable que laspartame, connat un grand succs. Sa solubilit dans leau est trs bonne et sa stabilit thermique et aux pH acides est plus grande que celle de laspartame. Le notame est en phase finale dautorisation. 2.2. Peptides sals.

Il existe des peptides sals dont le dfaut majeur est dtre amers. Parmi ceux-ci lornithyl-taurine, qui %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 218 3200 [1 [2 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p 1 l 113 3723 3740 1140 1640 2120 2700 3280 4400 4760 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 1820 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv dp rO 3 dv o x -.6 WI py -1 36 sc exec sm 0 b2 neg lp st 9 12 xl wF np CA 5 657 640 1060 680 1100 1140 1740 p n 0 mv py 0 at p bd 3400 p LB 3280 sc 1.2 px gr 9 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 3519 4400 2120 3280 4760 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1640 2700 3740 4760 4280 3280 1 3.375 px 1 1620 80 0 n/ex r 1620 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 292 640]B 1060]B 1100]B 1140]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 680]B 640]B 1740]B 2100]B 1620]B x m1 sc 46 n 0 DSt p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 3767 x dp rot -9.6 put sc Ar m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r [4 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py 4360 g 0 CA ac I chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 5 bs 0 p st 640 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 6 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL 2100 s 7 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 3561 -8 g begin DLB 5 180 0 r 8 n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 4280 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs 4060 p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 268 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 2100 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 2100 ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m DSt 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r 46 x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv 10 ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o Ar cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e 1{bs -1 m l 0 rO 11 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt /N WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm e st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 g bL s p ro gi 0 gr}b/OB{/ neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{ sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA Bd}repe l def}bind e L/mv/m d/B{bs SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{ e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA} 1 4 fill ZLB st}] rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4 a s o D 4 l 0 donne un got sal en absence dions sodium, permettrait de par son utilisation de saler les aliments dans les rgimes sans currentpoint sel.
O CH2 NH3+ CH2 CH2 CH NH3+ SO3C NH CH2 CH2

currentpoint

192837465

2.3. Peptides umamis. Ce sont des peptides dans lesquels le rsidu L-GLU est en position N-terminale et est associ un acide amin acide. Il existe cependant des peptides umamis qui ne rpondent pas cette caractristique (par exemple SER-PHE). Lhydrolyse des protines de soja gnre un tripeptide GLU-GLU-SER au got umami marqu. 2.4. Peptides acides. Ils contiennent un ou plusieurs rsidus ASP et/ou GLU dans leur squence. 2.5. Peptides amers.

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Ces peptides contiennent dans la plupart des cas des acides amins hydrophobes, lamertume tant plus intense quand le rsidu hydrophobe est en position C-terminale et quun acide amin basique est en position N-terminale. Le peptides ARG-PRO est amer et loctapeptide ARG-ARG-PRO-PROPRO-PHE-PHE-PHE trs amer. Les dictopiprazines (cyclo LEU,TRP ; cyclo GLY,PHE ; cyclo PRO,LEU ; cf chapitre II.6.6) formes au cours de certains traitements technologiques sont respectivement lorigine de lamertume dhydrolysat de casine, du chocolat ou du sak. 2.6. Peptidesalimentaires activit biologique. Les protines alimentaires peuvent, en cours de digestion, conduire la libration de peptides actifs. Cest par la corrlation tablie entre le rgime alimentaire et certaines maladies psychiques comme la psychose schizophrnique, que cette recherche de peptides actifs a t initie. De trs nombreuses relations structure-fonction ont t tablies ; on nen indiquera que quelques unes (tableau 8).
tableau 8. Origine et relations structure-fonction de peptides alimentaires

protine casine bovine

hydrolyse multiple

peptide casomorphine-5
60TYR-PRO-PHE-PRO-GLY 64 60TYR-PRO-PHE-PRO-GLY-PRO-ILE66

activit analgsie fixation sur le rcepteur des opiaces inhibition des contractions utrines augmentation de la rsistance l'infection inhibition de l'adnylate cyclase inhibition de contractions musculaires fixation sur rcepteur opiac

casomorphine-7

trypsine trypsine et chymotrypsine casine ! s1 bovine pepsine

177 ALA-VAL-PRO-TYR-PRO-GLN-ARG183 63PRO-GLY-PRO-ILE-PRO-ASN68

exorphines
90ARG-TYR-LEU-GLY-TYR-LEU-GLU96 90ARG-TYR-LEU-GLY-TYR-LEU 95 91TYR-LEU-GLY-TYR-LEU-GLU96

hmoglobine trypsine et chymotrypsine

hmorphine 4
34TYR-PRO-TRP-THR37

Il existe une corrlation entre la consommation de crales et de lait et des dsordres mentaux , la polyarthrite rhumatode et la maladie cliaque. Aprs limination de la gliadine du rgime les symptmes disparaissent en absence de lait. 2.7. Peptides activits diverses. Des peptides riches en P-SER issus des casines sont dexcellents transporteurs de cations, dautres sont de puissants anti-thrombiques ou anti-hypertenseurs.

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V. DETERMINATION DES POIDS MOLCULAIRES


Lvaluation du poids molculaire dune protine inconnue est une des premires tapes de son identification. Ainsi, en biochimie des protines, en enzymologie ou encore en technologie des protines, lanalyste se trouve frquemment en prsence de mlanges protiques, et la dtermination de la masse molaire de chacun des composants du mlange permet un suivi des oprations analytiques ou technologiques, la caractrisation de ces molcules et contribue par ailleurs la dtermination de la qualit ou de la puret des divers produits obtenus. Le poids molculaire depetitscomposs est dterminable par des mesures de proprits physicochimiques de leur solution comme llvation de la temprature dbullition, la diminution du point de conglation, la pression osmotique. Les protines de poids molculaire trs lev ne peuvent tre mises en solution qu des niveaux trs dilus. Or il faudrait prparer une solution irraliste contenant plus de 5 kg/l de protine de masse molculaire 100 000 D pour mesurer une diminution de 0,1C du point de conglation. Ce sont donc des mthodes mieux adaptes aux macromolcules qui doivent tre utilises. Elles peuvent tre classes en deux groupes: les mthodes chimiques reposant soit sur lanalyse de certains lments ou acides amins soit sur la combinaison avec un ractif appropri. les mthodes physicochimiques qui peuvent tre elles-mmes classes en trois catgories: - celles bases sur les proprits colligatives des solutions qui dpendent surtout du nombre de molcules prsentes dans un volume donn (mesure de la pression osmotique, proprits de films monomolculaires), - celles bases sur le poids rel des molcules prsentes (sdimentation lquilibre, mesure de la viscosit et de la diffraction de la lumire), - celles bases sur le volume hydrodynamique de la molcule protique (chromatographie et lectrophorse). La plupart de ces mthodes ne sont applicables qu des prparations protiques pures, seules certaines dentre elles sont applicables des mlanges protiques (sdimentation lquilibre, chromatographie et lectrophorse). 1. Dfinitions. La masse molculaire est exprime en Dalton ( pour une molcule vraie). John DALTON proposa en 1807 un systme de masse atomique dont lunit est la masse de latome dhydrogne soit 1,663.10-24 g. Aujourdhui le Dalton comme unit de masse est dfini par rapport latome 12C qui est attribu une masse de 12 Daltons. Le Dalton a donc une masse de 1 g / N, soit de 1 g / 6,02.1023 soit de 1,663.10-24 g. Le poids molculaire est dfini comme le rapport masse de la molcule dun atome de carbone. Il sagit dun nombre sans dimension. / douzime de la masse

La masse molaire M est la masse de substance contenant autant dunits lmentaires quil y a datome dans 12 g de 12C. Elle est exprime en g.mole-1 et est numriquement identique une masse molculaire exprime en Dalton (pour 6,02.1023 molcules vraies).

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Lintrt de lusage du Dalton est quil peut tre utilis pour dfinir la masse de structures pour lesquelles le terme molculaire est impropre ( par exemple ribosomes, virions). 2. Mthodes chimiques. 2.1. Dosage dun ou plusieurs composants de la molcule. Il est possible de dterminer la masse molaire minimale dune protine pure cest dire la masse quaurait la molcule si elle ne contenait quun atome dun lment analys (P, Cu, Fe etc.) ou encore si elle ne contenait quun rsidu dun acide amin considr, acide amin gnralement choisi en raison de sa trs faible contribution ldifice protique . Mmin = Mconstituant x 100 % du constituant quation 23 Exemple : Lhmoglobine contenant 0,335 g de fer (Fe masse atomique 56 ), sa masse molaire minimale est gale : ( 56 / 0,335 ) . 100 = 16 700. En ralit sa masse molaire est de 16700 . 4 = 66800 car la molcule contient 4 atomes de fer. Exercice : Lanalyse des acides amins du gluten donne les rsultats suivants : TRP 1,68 g/100 g TYR 4,50 g/100 g acide hydroxy glutamique 1,80 g/100 g Quelle est la masse molaire du gluten ? La mthode de DELAAGE (B.B.A., 1968, 168, 573-575) permet le calcul de la masse molaire partir de la composition en acides amins . La fonction

Y = !i ( ni - 1 )2 Ni

quation 24

dans laquelle ni est le nombre de rsidus analyss pour une masse molaire arbitraire choisie et Ni le nombre entier de rsidus le plus proche de ni. Le trac de Y en fonction des diverses masses molaires choisies passe par des mimina dont le plus bas correspond la masse molaire de la protine (figure 19). Y
Poids molculaire minimum le plus probable

Poids molculaire choisi


figure 19. Dtermination graphique du poids moculaire par la mthode de Delaage.

Si lanalyse est exacte, la fonction Y passera par des minima gaux 0 (masse molaire vraie et ses multiples entiers). 2.2. Combinaison avec un ractif. Le poids molculaire minimum est le poids de protine ragissant avec une molcule-gramme dun ractif chimique appropri (un acide, une base, un ractif spcifique). Par exemple 1 g dovalbumine se combine avec 0,9 mEq dacide. Le poids molculaire minimum est de 1 / 0,87.10-4 soit de 1150.

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3. Mthodes physico-chimiques ou physiques . Si le systme est polydisperse (plusieurs protines de masses molaires diffrentes) le poids molculaire dtermin sera un nombre moyen. Par dtermination base sur les proprits colligatives des solutions qui dpendent surtout du nombre de molcules on obtient: Mn=!niMi avec ni= Ni soit Mn=! NiMi quation 25 !Ni i ! Ni i
Ni est le nombre de molcules prsentes de la protine i. Mi est le poids molculaire de la protine i. Pi est le poids de cette protine i. ni est la proportion de molcules de i

Par ailleurs on a : Ni= Pi Mi Par les mthodes bases sur le poids rel des molcules prsentes on obtient : 2 Mp = ! "i.Mi avec "i = Pi soit Mp = ! PiMi soit Mp = ! NiMi quation 26 !Pi i i !Pi i ! NiMi Il est possible de calculer en % et dans ces conditions on a : ! x (%).Mi quation 27 Mn = i 100 Si on considre un mlange de deux protines (systme polydispers) constitu de 25 % de protine de poids molculaire 25000 et de 75 % de protine de poids molculaire 20000 le calcul donne:

Mn = 25.25000 + 75.20000 = 21250 100 et

Mp =

25.(25000)2 + 75.(20000)2 = 21470 25.25000 + 75.20000

On a Mp > Mn mais par viscosimtrie on obtient souvent Mp > Mv >Mn. En gnral les protines en solution constituent un systme monodispers, mais des associations peuvent se produire et la comparaison des masses obtenues par les deux types de mthodes permet de dtecter les phnomnes dassociation / dissociation. Parmi les nombreuses mthodes existantes on peut signaler : 3.1. Mesure de la pression osmotique. Un systme compos dune solution aqueuse de protine spare dun compartiment deau par une membrane semi-permable (permable leau, impermable aux protines) nest pas en quilibre. Lactivit de leau dans la solution protique est infrieure celle du compartiment eau, et leau a donc tendance traverser la membrane vers la solution de protine. Il en rsulte une diffrence de pression qui est la pression osmotique (figure 20).
po ! = p - po p

eau

eau + protine

figure 20. Schma de mesure de la pression osmotique.

Vant Hoff a montr que pour des solutions trs dilues on a : = C.R.T quation 28 tant la pression osmotique, R la constante des gaz parfaits, T la temprature absolue, C la concentration molaire de la solution. Dans le cas dune solution idale infiniment dilue on peut crire: quation 29 (c est la concentration en g.l-1) ! = c R T soit M = c R T M !

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Il est donc possible de calculer le poids molculaire dun solut (ou le poids molculaire moyen dun mlange) en mesurant . Souvent les valeurs dtermines exprimentalement sont suprieures celles issues de lquation 29. En fait /c normalement constant et appel pression osmotique rduite varie en fonction de la concentration. Sa mesure diffrentes concentrations permet de construire un graphe /c en fonction de c dont lextrapolation la valeur de c = 0 permet daccder Mm . Avec les solutions de protines, lquilibre de Donnan li des transferts de charges complique les phnomnes en modifiant la diffusion des ions au travers de la membrane. Pour le minimiser il est possible de se placer au pHi, mais alors la solubilit de la protine est minimale et des agrgats peuvent se former. Par ailleurs lquilibre ntant pas instantan, il est frquent que des agrgats apparaissent au cours de cette phase. 3.2. Sdimentation. Les ultracentrifugeuses modernes permettent datteindre des acclrations suprieures 500 000 g (la force centrifuge est gale F = m.2.r avec m masse de la substance, vitesse angulaire et r rayon de rotation). Dans de tels champs de force les protines qui ont des densits gnralement suprieures celle de leau (1,2 1,4) vont sdimenter contre les forces de diffusion qui les maintiennent normalement en solution, forces dpendant entre autre de lagitation thermique. Les molcules protiques tant volumineuses, les frottements sont importants et leur diffusion sopre lentement, les constantes de diffusion des protines tant une centaine de fois plus faible que celle des ions et des petites molcules organiques. Places dans un champ gravitationnel intense les protines se dplacent alors, la vitesse de sdimentation tant fonction de nombreux paramtres parmi lesquels on peut citer : la force applique, la taille - forme - densit des molcules protiques, la densit - temprature viscosit du solvant (figure 21).
Axe de rotation

Solution protique homogne

0 dC dr

0 dC dr

0 dC dr

0 dC dr Solution protique polydispers e

0 r1 dC dr

0 dC dr r2

0 r1

0 r2

figure 21. Ultracentrifugation dune solution protique pure ou dun mlange.

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Svedberg a soumis des molcules protiques en solution une ultracentrifugation. Les molcules mises en mouvement sdimentent, le phnomne pouvant tre suivi par la mesure des variations dindice de rfraction de la solution en fonction de la distance r laxe de rotation. Dans le cas dune solution monodisperse les molcules sdimentent sensiblement avec la mme vitesse et il y a formation dune seule zone dans laquelle la concentration en protine varie entre 0 et c. Le systme optique de mesure permet de suivre le dplacement du pic correspondant aux variations de la drive dc / dr. La vitesse de sdimentation correspondant la vitesse de dplacement du pic est gale :
r2 -r1 ou dr t2 -t1 dt

quation30

La constante de sdimentation ou coefficient de sdimentation s qui reprsente la vitesse de sdimentation dans un champ unit est gal :

s = dr . 1 dt !2 . r

quation 31

F = m2r

soit 1 / 2 r = m / F

avec : vitesse angulaire en radians par seconde, r distance laxe de rotation en cm, t le temps en seconde. Le coefficient de sdimentation s exprim en unit Svedberg (= 10-13 sec) pour un solvant donn dans des conditions de temprature donnes, est une caractristique dune protine. Ce coefficient augmente avec le poids molculaire mais il ne lui est pas proportionnel car il est influenc par la forme de la particule et les rsistances par friction du solvant. Le calcul du poids molculaire M requiert la dtermination pralable de la constante de diffusion D, de et de s. La dmonstration sera donne en V.3.4 . On peut crire: M = R.T.s D (1 - ! ")
quation 32

avec R constante des gaz parfaits, T temprature absolu, s vitesse de sdimentation en unit Svedberg, volume spcifique partiel de la protine et masse volumique du solvant. Une mthode de dtermination des poids molculaires plus laborieuse seffectuant vitesse moins leve et ne ncessitant pas la mesure de la constante de diffusion D consiste trouver les conditions dans lesquelles il y a quilibre de sdimentation, la sdimentation compensant la diffusion. Cette mthode nest applicable qu une protine pure et on peut crire:

2 R.T.ln C2 C1 M= 2 2 ! (1 - ".# ) (r2 2 - r1 )

quation 33

dans laquelle C1 et C2 sont les concentrations aux distances r1 et r2 et la vitesse de rotation en radian par seconde. Dans ces conditions le transport du solut d la sdimentation par centrifugation est quilibr par la force de diffusion en retour. La dure de cette mthode longue, lquilibre tant difficile atteindre, est amliorable si on effectue des calculs pendant la priode o lquilibre commence se faire. Lutilisation largement rpandue de solutions de densits leves et proches de celles des protines (chlorure de csium, saccharose) distribues en gradient de concentration dans les tubes centrifuger permet des dterminations relativement rapides des masses molaires. Cette centrifugation en gradient de densit est qualifie de zonale quand elle est ralise dans des tubes prpars au pralable (figure 22).

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mlanges de protines dans l'eau

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20 %

20 %

gradient de saccharose prform

60 % avant centrifugation

60 % aprs centrifugation

figure 22. Ultracentrifugation en gradient de densit

La centrifugation est arrte quand lquilibre est atteint. La position des bandes protiques est localise par des moyens optiques ou par recueil minutieux de fractions du contenu du tube aprs perage par sa partie infrieure. Le gradient de densit peut tre ralis en cours de centrifugation : la technique est alors qualifie disopycnique. 3.3. Diffusion et coefficient de diffusion. La diffusion est une consquence du second principe de la thermodynamique pour lequel tous les processus tendent vers une augmentation dentropie, cest dire de distribution au hasard. La vitesse de diffusion est donne par la premire loi de Fick : ds = - D.A. dc dt dx quation 34 la quantit de solut ds diffusant travers la surface A pendant dt est proportionnelle au gradient de concentration dc/dx en ce point. La diffusion seffectuant vers la zone la moins concentre, le signe de cette expression est ngatif. D, constante de diffusion, sexprime en cm2.sec-1 . D est fonction de la taille, de la forme (il est inversement proportionnel au rayon de la protine et donc inversement proportionnel la racine cubique de son poids molculaire), des rsistances de friction dues la viscosit du solvant. Le coefficient de diffusion des protines est dtermin par leur vitesse de migration dans une cellule adapte (figure 23).

solvant pur
distance solution protique

temps 0

aprs x heures

temps infini

1 0,5 concentration relative des protines

figure 23. Mesure de la diffusion dune protine en solution

EINSTEIN a tudi en thorie la diffusion de particules de taille importante et parfaitement sphriques animes de mouvements browniens et a montr que:

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D = RT . 1 = RT N f F

quation 35

Pour une vitesse de dplacement dune sphre gale 1 cm.sec-1 produite par le liquide, f, rsistance au dplacement est la force de friction exerce sur une molcule. F est le coefficient de friction molaire et N le nombre dAvogadro. Par ailleurs la loi de STOCKES donne la rsistance au dplacement : f=6! ! r
quation 36

avec viscosit du liquide et r rayon de la particule sphrique. Le volume dune particule sphrique est gal 4/3 r3 et celui dune protine sphrique : 1 4 ! r3 . N volume d'une protine sphrique : M.! d'o ! = et r = 3 M ! 3 N 3M 4!.N quation 37. En combinant les quations 35, 36, 37 on peut crire :

1 D = RT . 1 = RT . N 6! !r N 6 ! ! 3 3 M." 4 !.N

quation 38

Les valeurs de D et s pour quelques protines sont indiques dans le tableau 9.


Tableau 9. Valeurs de D et S pour quelques protines.

protine

Poids molculaire

coefficient de diffusion D
D2 0 . 107 cm2 s -1

coefficient de sdimentation
S2 0.101 3

cytochrome C myoglobine chymotrysinogne -lactoglobuline de chvre ovalbumine srum albumine bovine hmoglobine humaine catalase de foie de cheval urase de fve fibrinogne humain collagne myosine de morue virus de la mosaque tabac

13370 16900 23240 37100 45000 68500 64500 247500 482700 339700 480000 524800 40590000

11,4 11,3 9,5 7,48 7,76 6,1 6,9 4,1 3,46 1,98 0,69 1,10 0,46

1,17 2,04 2,54 2,85 3,32 4,60 4,46 11,3 18,6 7,63 6,43 198

3.4. Calcul du poids molculaire par sdimentation. Lquation 37 montre que la seule mesure du coefficient D ne permet pas daccder M, et il faut associer D et s (constante de sdimentation) pour y parvenir. Une particule de masse M et de volume partiel spcifique (volume de lunit de masse) soumise une force centrifuge dans un milieu de masse volumique a une masse apparente gale M diminu de la masse de volume de liquide dplac, soit de M - M.. = (1 . ). Cette particule centrifuge est est en fait soumise une force nette correspondante : F = (1 . ) . 2 r quation 39 La sdimentation de cette particule est freine par les frottements avec les molcules de liquide solvant, ces forces tant proportionnelles la force de friction f et la vitesse de la particule dr / dt . Dans ces conditions chaque instant on peut crire :

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M (1 - !." ) . #2 r = f . dr dt quation 40 Apartir de lquation 35 et pour une mole (N = 1) on a: 2 RT RT dr RT dr f= ce qui donne M (1 - !. " ) . # r = . soit M = . . D D dt M (1 - !. " ) dt

1 # r
2
quation 41

Si on pose M = R.T.s s = dr . 1 D (1 - ! ") dt !2 r (quation 31) on retrouve bien lquation 32 : s a la dimension dun temps (vitesse / acclration) ( F = m = m 2r). Le volume spcifique partiel est mesur par picnomtrie ou par calcul approximatif partir de la composition en acides amins. Sa valeur pour la plupart des protines est comprise entre 0,7 et 0,75 cm3.g-1 (tableau 10).
tableau 10. Volume spcifique partiel de quelques protines.

protine hmoglobine ovalbumine srum albumine catalase

! (ml/g) 0,750 0,748 0,734 0,730

protine myosine ribonuclase collagne lysozyme

! (ml/g) 0,728 0,728 0,695 0,688

Si on connat M et s par diffrentes mthodes, on peut calculer Do. La comparaison avec la valeur exprimentale de D permet destimer la sphricit de la molcule, donc daccder sa forme ou son hydratation . Ainsi le rapport Do / D = f / fo est pour quelques protines donn dans le tableau 11.
tableau 11. Rapport de friction pour quelques protines.

protine!

f / fo! 1,14! 1,17! 1,35! 1,25!

protine! myosine! ribonuclase! collagne! fibrinognee!

f / fo ! ! ! ! 3,53! 1,14! 6,8 2,34

hmoglobine! ! ovalbumine! ! srum albumine! -lactoglobuline!

! ! ! !

3.5. La chromatographie dexclusion. La chromatographie d'exclusion, ou gel filtration ou gel permation est fonde sur la rtention des molcules de solut en fonction de leur taille en raison de leur pntration dans les pores, remplis de solvant, d'une phase stationnaire approprie. Si on suppose que les molcules de solut ne prsentent aucune affinit pour les parois de la phase stationnaire particulaire, les grosses molcules ne pourront pas pntrer dans les pores ; elles migreront plus rapidement que les petites molcules qui peuvent, quant elles, pntrer dans un plus grand nombre de pores (figure 24).

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molcules de solut

Figure 24. Chromatographie d'exclusion. Schma de "trajet " d'un solut de masse molaire leve ( S ) et d'un solut de masse molaire faible ( s ).

Les grosses molcules sont lus par un volume Vo de solvant qui correspond au volume entre les "grains" de la phases stationnaire. Les petites molcules pntrent dans le rseau du gel et sont lues par un volume Vt gal au volume total de solvant contenu dans la colonne. La sparation est donc fonde sur la dimension des molcules en solution. Le volume de rtention VR des molcules X est donn par : VR = Vo + K . F. Vi
quation 42

Vo = volume total de la phase mobile ou volume mort, Vi = Vt - Vo - Vmatrice du gel Vi = volume total de la phase stationnaire. F est la fraction du volume poreux de la phase stationnaire accessible aux molcules X . F est compris entre 0 et 1. K coefficient de distribution des molcules X K = Cs / C M , Cs et CM tant les concentrations respectives de X dans la phase stationnaire et dans la phase mobile. Les reprsentations de Vo, Vt et Vt - Vo sont schmatises sur la figure 25.

V o

Vt-Vo

Vt

Figure 25. Diagramme reprsentatif de Vt et Vo

En chromatographie d'exclusion pure K est gal 1 et on a : VR = Vo + F. Vi Il y a 2 cas limites importants :

quation 43

1) F = O Les molcules sont totalement exclues de la phase stationnaire et on a VR = Vo. Toutes ces molcules mergent ensemble de la colonne aprs le passage d'un volume de phase mobile gal au volume interstitiel de la colonne. 2) F = 1 Tous les pores de la phases stationnaire sont accessibles aux molcules considres et on a VR = Vo + Vi.

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Entre les deux limites, VR varie linairement en fonction de la fraction du volume poreux accessible. Ainsi, chaque valeur de VR correspond thoriquement une taille de molcule elle-mme proportionnelle la masse molaire (figure 26).
log (masse molaire) F = 0 (exclusion totale)

permation slective

F = 1 (permeation totale)

V o

Vo+Vi

VR

Figure 26 : Relation entre la taille ou la masse molaire et le volume de rtention

Si VR > Vt cela implique K > 1 : il se superpose alors un autre mcanisme de rtention (adsorption change d'ions). Quand K = 1, les isothermes sont des droites et les pics sont des courbes de Gauss parfaites. Tous les constituants du mlange chromatographi sont lus dans un volume infrieur Vt. VR = Vo + F Vi donc

F = VR - V0 Vi avec Vi = Vt - Vo - Vmatrice du gel En pratique on remplace Vi par Vt - Vo ; on obtient alors: Kav = VR - V0 Vt - V0 quation 44
Kav est la fraction du volume du gel stationnaire accessible (available) o diffuse une molcule donne. Pour des composs de densit et de forme molculaire identiques, il existe une relation sigmodale entre les valeurs de leur Kav et le logarithme de leur masse molaire. Ces courbes prsentent dans une partie importante, une relation linaire entre Kav et log MM (figure 27) ; cette relation est du type : Kav = A log ( .M) + B avec A et B sont des constantes
Kav 1

quation 45

viscosit intrinsque (ml.g-1).

0,5

A B

log (masse molaire)

Figure 27. Variation du Kav en fonction du logarithme de la masse molaire A gel "grande" taille" de pores, faible rticulation B gel "moyenne" taille de pores, rticulation plus leve.

Cette mthode est rapide et ne ncessite pas une purification pousse. Il faut nanmoins viter les oxydations des rsidus de cystine en se plaant en milieu rducteur ou en protgeantles fonctions

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thiol. Certaines protines donnant des interactions avec la matrice ou des protines complexes complexes Diffrents types de gel existent actuellement : on distingue les gels mous, semi-rigides et rigides. Seul ce dernier peut tre utilis avec des vitesses de phase mobile leves (FPLC par ex.). a) Gels mous : ce sont des polymres faible taux de pontage pour lesquels le gonflement est important. Il s'agit le plus souvent de dextrane rendu insoluble dans l'eau par raction l'pichlorhydrine. La rsistance mcanique augmente avec le taux de rticulation tandis que le diamtre des pores diminue. Il existe des gels dont le polymre est du polyacrylamide et des gels mixtes composs d'acrylamide et de dextranes. L'agent de pontage est le N-N'-mthylne bisacrylamide. L'alcoylation des polymres de dextrane conduit des gels stables en prsence de solvants organiques ce qui permet le fractionnement des substances insolubles dans l'eau (LH). Ces gels sont vendus sous forme de grains secs et doivent tre mis gonfler avant utilisation dans une colonne. b) Gels semi-rigides - polystyrne . Ce type de gel possde des proprits remarquables et ne gonfle pratiquement pas. Il peut tre utilis dans la plupart des solvants sauf : l'eau, les alcools, l'actone, l'acide formique. Il est utilisable en haute pression. - gel d'actate de polyvinyle. - gels mixtes (dextrane-acrylamide) taux de rticulation lev. c) Gels rigides : ils sont constitus par des silices poreuses ou des verres poreux. Les colonnes HPLC du type TSK (FPLC : fast protein liquid chromatography) correspondent des phases stationnaires de ce type poreuses, mais rsistantes aux dformations mcaniques et donc utilisables sous des dbits et pression levs. Les analyses demandent alors une dizaine de minutes. 3.6. Llectrophorse. Cest TISELIUS qui le premier, en 1937, ralisa la premire lectrophorse en veine libre. Il est ainsi possible de raliser la sparation de protines globulaires en fonction de leurs vitesses de migration dans un champ lectrique (figure 28). dc dx

dx

x
figure 28. Chromatographie en veine liquide

La cellule ralise en tube de quartz contient la solution de protine en milieu tamponn dans lequel plongent les lectrodes. Les protines charges ngativement par exemple migrent vers la cathode et le front de migration est dtect par mesure des variations de lindice de rfraction. La mobilit lectrique U de la protine est gale au rapport de sa vitesse de migration sur lintensit du champ lectrique appliqu. U en cm2/volt.s quation 46 U= V E

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Pour les protines U est compris entre 10-1 et 10-4 cm2 / volt.s et pour la plupart des ions entre 5 et 10.Un mlange de protines de mobilits lectrophortiques diffrentes engendrera plusieurs fronts. Cette mthode difficile utiliser est largement supplante par les mthodes sur support (papier, actate de cellulose, gels damidon ou de polyacrylamide) dans lesquelles le dplacement de la molcule est frein par les forces de friction proportionnellement sa vitesse, son rayon et la viscosit du milieu. Il est possible de contrler ce coefficient en matrisant sa porosit. Dans le cas des gels de polyacrylamide forms par copolymrisation dacrylamide (monomre) et de N,N-mthylne bisacrylamide (agent de pontage ou de rticulation) on dfinit deux indices T (%) et (C%) qui caractrisent la densit ou la rticulation du gel.

T (%) =

g acrylamide + g bisacrylamide g bisacrylamide . 100 et C (%)= . 100 volume (ml) g acrylamide + g bisacrylamide
quations 47

Les facteurs gouvernant la porosit sont complexes, laugmentation du pourcentage de bisacrylamide (ou agent de rticulation) contribuant sa diminution jusqu 5% puis cette porosit augmente avec le pourcentage de bisacrylamide (figure 29).
diamtre des pores

5 % [ bis acrylamide]
figure 29. Variation de la porosit dun gel de plyacrylamide en fonction de [bisacrylamide]

La structure chimique dun gel de polyacrylamide est schmatise sur la figure 30. %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 457 1940 [2 [1 gs 1740 53 2980 111 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 0 1 2 cm fill pA dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 3880 2 o 1 ix dv p l 56 420 841 6480 6241 1080 6860 1460 400 6560 6799 1300 3200 5942 5040 6940 2282 4104 2240 8780 7862 4140 6882 5980 7880 3222 5039 8802 6220 820 860 6820 6180 6500 5600 6580 7180 1940 2300 5960 4120 2840 4680 6380 1340 1800 6540 8420 7520 8120 2880 3240 6900 4720 5060 3780 5620 7320 9320 8460 8820 4640 4600 4080 4780 5800 4980 1920 1240 3080 9020 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 480 180 6500 1560 HA}{dL 0 [111 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv Ct dp rO dv o x -.6 WI py -1 11 3660 sc exec sm 0 b2 neg 1025 4620 1000 4380 lp st 12 xl wF np CA DSt 5 113 480 805 700 2620 2295 4989 3804 5149 5069 3824 3902 7889 5089 3844 6704 8049 7969 6724 6806 6744 780 2320 1100 2000 5020 4220 5180 5100 4440 4620 4240 3840 3820 4320 4500 4700 4420 7280 4720 5120 4460 4260 3860 4520 7120 8080 8000 7340 7520 7140 6720 7220 6820 7600 7480 7680 7320 7400 7360 7160 6760 5500 6520 6740 7920 6880 4020 4780 3700 3920 4580 p n 0 mv 116 py 0 at p bd DSt 300 p LB sc 1.2 px gr 2 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 [23 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp DSt np sl 100 gr 0 at mv OB 460 6860 5860 1460 880 6220 6280 7140 820 1740 860 6500 1100 1300 [96 115 p wy m st}b/HA{lW l 12 160 0 o mv p 6180 7180 1615 3515 6246 5355 7255 2586 4406 2555 9095 8166 4455 7186 6295 8195 3526 5346 9106 6820 6800 5940 6500 1300 1040 3200 2940 5040 7520 6940 6680 1940 2040 5700 2300 3780 4120 5600 5960 1800 2240 8780 8520 1980 4140 3880 5980 5720 8460 7880 7620 2880 2980 6640 3240 4720 5060 6540 6900 8820 8560 4640 4600 4080 4780 5800 3080 1240 2400 9320 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py I 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs [59 Prep s wx ac sg OB/bL aR Ct 24 I ix dp bW -1 1025 440]B 1000]B 4380]B bd 114 px py sc 20 e 40 0.3 gr ac 98 px ro DA}{dL 480 805 700 780]B 220]B 260]B 740]B 480]B 960]B 1100]B 1320]B 4620]B 0.6 rad 8 1 fill dict 114 aL at 7 2620 2295 5220 3580 5380 5300 3600 3680 8120 5320 3620 6480 8280 8200 6500 6580 6520 2320]B 2000]B 2900]B 2360]B 2880]B 1540]B 5020]B 5260]B 3820]B 5180]B 5500]B 4700]B 4460]B 5100]B 5340]B 4440]B 3840]B 3600]B 3580]B 3660]B 4240]B 4500]B 4320]B 4420]B 4220]B 7280]B 7520]B 4720]B 5120]B 5360]B 8160]B 3860]B 3620]B 4260]B 7680]B 6720]B 8080]B 8320]B 7600]B 7360]B 8000]B 8240]B 7340]B 6500]B 6480]B 6820]B 7140]B 7400]B 7220]B 7320]B 7120]B 7160]B 6760]B 6520]B 6000]B 6100]B 4780]B 6740]B 7920]B 6880]B 5060]B 3920]B 3700]B 2960]B 4380]B x m1 I 45 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 Ar eq{DD}{DS}ie py 60 x 110 -1 1 ey L/ie/ifelse 113 Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 841 6504 6241 1104 x dp rot 44 -9.6 put sc m px DA}{cw m 101 3780 rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r 90 -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 6538 6799 1282 3182 5960 5020 6922 2300 4120 2222 8762 7880 4122 6900 5962 7862 3240 5060 8820 2 4600 L/S{sf s p 0 b1 0 b1 112 py 54 g 0 CA ac chemdict 975 0 e dv 89 tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 Ct bs 0 p st 430 755 650 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py 30 ac 2820 px 12 OA}{1 ne{bW 0 l I dv}{bd}ie 99 5 sc np gr}{gs 116 -1 dx rot p 2570 2345 5037 3850 5196 5117 3870 3950 7937 5137 3890 6750 8097 8017 6770 6850 6790 6100 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 460 4080 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 55 0 1 x/dx 3 6843 5860 1443 -8 g begin DLB 5 180 0 75 r n/dx 0 l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl 3780 57 dv px -1 0 50 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 975 p sqrt 2 4 6201 7180 1585 3485 6274 5325 7225 2614 4434 2525 9065 8194 4425 7214 6265 8165 3554 5374 9134 12 DSt 100 r 2.25 neg}if/px 4780 ac gs p sm r arc x mv neg LB r py Ct 0 dv/bd s gi 1 430 755 650 arc o 56 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB ]B dp 1620 [106 1 dy 3 gs al -4.8 118 st}{0 p Computing, 0 95 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py 29 SA gs e begin m 2570 2345 5260 3620 5420 5340 3640 3720 8160 5360 3660 6520 8320 8240 6540 6620 6560 ac 1 w DSt l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 101 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 57 begin 45 16 px -1 I 25.8 rO eq{dp e dv -2 o 11 -1 x fill 1 sg m [117 108 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B 25 np[{py np setgray 0 Ct r x p 74 wy p dp dv 24 r Ar e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix l bs 0 117 0 8560 58 o 118 cm 0 wx rlineto 102 cp cm 5 p def/b{bind 0 7400 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 6380 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs 54 cY g 2 clippath gs ne{bW py 119 61 sl l mv e sc ac 6520 l ac 3 2 eq{gs mt WI 3020 div x lp cm sm 27 ne 1 sm 1.5 sc cm st Ct cp px st}{Asc lW 4 m 103 270 0 bs cm 4420 e 1 bL 120 s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup gr 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind DSt e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al 5580 cp p l fill AA}{1 7320 p end dv/bd gr put g/bb rO I st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 DSt l mv OA}{1 3080 1 4 fill [121 ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 60 end px 7320 x -1 [26 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB -1 39 wb I 3920 eq{dL}if SA 25.8 xl 40 dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap 9320 x x py 0.5 cp gr}b/In{px I 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 28 lW OA}{1 wx DSt a 180 0 Ar rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 DSt py -0.4 m/aL nH 1040 exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px 122 4380 gr}b/wD pp 3 [62 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse gr 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac /N s{nH gr Ac}{0.5 I gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb 5260 dx sc [0 ac lp 69 DSt L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF 0 w 0 1 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 1980 mv gs -1 dv pp 1 d/B{bs l cX fill 2 p sc 3 2 py DA}{12 g/cY cm sm dp/cY e DSt aR 0 1 Ac}{1 6 mv 1 dict m 21.6 22 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s 17 sg x st sm dy L/ s L/ e w 8 [3 d 0 1 x S c b 3 x d
currentpoint
H H C O C NH acrylamide H C H C H O C CH CH2 CH 2 CH C NH CH 2 NH 2 C CH2 CH C NH 2 O NH2 CH CH2 CH 2 CH C O NH2 CH2 O NH C CH CH 2 CH C O NH2 CH2 O NH2 O C CH CH2 CH2 CH C O NH 2 C CH O O NH2 CH 2 CH2 CH C O NH2 C H N,N'-mthylne bisacrylamide H O C NH C C H H

CH 2 NH C O

m
NH2 C CH CH 2 CH C O

NH2 C CH2 CH C NH 2 O CH CH 2

NH2 C CH CH 2 CH C O CH 2

NH2

NH 2

currentpoint

1928374

figure 30. Structure chimique dun gel dacrylamide.

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La loi empirique de FERGUSON relie U T :

ln U = - KR . T + ln U0

quation 48

Uo correspond la mobilit pout T = 0 soit pour une lectrophorse en veine liquide. KR est un coefficient de retard proportionnel au rayon de Stokes. La mobilit est souvent exprime par le Rf qui est dfini par : distance de migration de la protine longueur du gel aprs coloration Rf = x longueur du gel avant coloration distance de migration du colorant quation 49 La loi de FERGUSON devient alors :
ln Rf = - KR . T + ln Rf 0
quation 50

Il est possible de sparer des protines de mmes masses molculaires et de charges diffrentes comme les iso-enzymes (figure 31,a) ou des protines de masses molculaires diffrentes mais de charge identique pour lesquelles Rfo est le mme (figure 31b). ln R f ln Rf Rfo

0 T (%)

T (%)

figure 31. Variations de la mobilit lectrophortique en fonction des protines

Llectrophorse en milieu dnaturant. Pour dterminer les poids molculaires par lectrophorse cest la mthode SDS-PAGE (Sodium Dodcyl Sulfate - Poly Acrylamide Gel Electrophoresis) qui est la plus largement utilise. Cette mthode saffranchit des variations de mobilit lies la charge et passe dabord par un traitement de lchantillon chaud en prsence de -mercaptothanol et de SDS. Au cours de ce traitement, les ponts disulfure sont rduits et les protines dnatures charges ngativement par le SDS. Le SDS (dtergent de structure CH3 - (CH2)11 - O-SO3-) donne des interactions hydrophobes avec les protines qui en fixent en moyenne 1,4 g / g (cette valeur est fonction de la temprature, de ltat rduit ou non, de la force ionique). La protine devient alors un polyanion tir dont la longueur est proportionnelle sa masse molculaire. Par dichrosme circulaire il a t montr que des zones en hlice existent encore dans la protine traite. Dans ces conditions la mobilit lectrophortique est alors proportionnelle la masse molculaire de la protine quand le rapport charge / masse est le mme et que leur forme sont identiques. Deux principales approches sont ainsi utilisables pour dterminer la masse molculaire: - gel dacrylamide simple: reporter le Rf en fonction du log M (figure 33a). - gel en gradient de polyacrylamide: reporter le log(%T) en fonction du log M. Leur sparation sous leffet dun champ lectrique (tube ou plaque) est suivie dune fixationcoloration (au noir amide ou au bleu de Coomassie par exemple en milieu mthanol/acide

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actique/eau) puis dune dcoloration. La mesure densitomtrique des bandes colores permet de dterminer leur Rf. Dans llectrophorse simple un marqueur de mobilit leve (colorant comme le bleu de bromophnol) est utilis pour matriser la migration qui est stoppe quand ce colorant atteint la limite du gel (figure 33a). Dans llectrophorse en gradient de densit, la migration sarrte quand la protine charge atteint une valeur de T pour laquelle la vitesse de migration est gale 0 (figure 33b). Il nest alors pas utile de contrler le temps de migration et les bandes ont tendance se re-concentrer la valeur de T correspondante U = 0 ce qui rend plus facile et plus prcise la mesure de Rf (figure 32).

5%

25% 5%

25%
figure 32. Schma de prparation de gel en gradient de densit en plaque .

Pour tenir compte des nombreux paramtres mal contrls de la migration, une comparaison avec une courbe dtalonnage obtenue avec des protines de masses molculaires connues est toujours ralise. Il est alors possible de dterminer la masse molculaire des protines analyses (figure 33).

log M

log M

a
5

4 0 0,5 1

Rf

10

15

25

T (%)

figure 33. Dtermination de la masse molculaire en lectrophorse en gel de polyacrylamide a : pour deux valeurs de T

3.7. Autres mthodes de dtermination des masses molculaires. 3.7.1.Diffraction de la lumire. Quand la lumire traverse une solution protique, elle est diffracte dans toutes les directions et lintensit de la lumire transmise I est infrieure lintensit de la lumire incidente Io. Si la lumire incidente est monochromatique, la presque totalit de lumire diffracte a la mme longueur donde (diffraction Rayleigh). Seule une petite partie a des longueurs donde diffrentes par suite de lnergie communique aux molcules (vibration et rotation surtout), on parle alors deffet Raman.

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Quand la lumire passe dans la solution protique, son trajet est bien visible cause de la diffraction (effet Tyndall). La fraction de lumire diffracte augmente avec la taille et le nombre des molcules protiques. On peut dfinir la diffraction par ou turbidit : I = I0 . e- ! l quation 51 I et Io sont les intensits des lumires incidentes et transmises, l la longueur du trajet optique. Il a t dmontr que est relie au poids molculaire par la relation : n - n0 2 32 ! 3 . n2 0 c != .cM 4 3" .N quation 52 soit = K.c.M
quation 53

avec M poids molculaire, la longueur donde, n et no les indices de rfraction de la solution et du solvant, c la concentration de la protine et N nombre dAvogadro. Cette quation est applicable quand la protine a des dimensions infrieures denviron 20 fois ou plus de la longueur donde incidente. Il est possible par un choix judicieux de la longueur donde et de langle de mesure davoir des informations sur les dimensions de la protine (ellipsode, sphre, etc.). 3.7.2. Viscosit. Il sagit dun mthode de dtermination du poids molculaire surtout empirique. La valeur trouve est note M qui se rapproche beaucoup plus de Mp que de Mn (quations 26 et 27). La mesure est ralisable soit par la mthode du flux capillaire qui est base sur la loi de Poiseuille (mesure de la vitesse dcoulement dans un tube capillaire sous une pression donne : viscosimtre dOstwald) soit par la mthode du flux concentrique (viscosimtre deux cylindres coaxiaux). La viscosit spcifique sp est dfinie par :

!s p =

! " !0 ! = - 1 = !r - 1 ! !0

quation 54

avec viscosit de la solution protique et et 0 viscosit de leau. Pour des particules sphriques et des solutions trs dilues, EINSTEIN donne lquation : r = 1 + 2,5 quation 55 dans laquelle est la fraction volumique de la protine, cest dire le rapport du volume occup par les molcules protiques et du volume total. Avec n molcules de volume v dans un volume total V, sera gal n.v / V. Si n est connu on peut calculer le volume occup par chaque molcule, donc son degr dhydratation. STANDINGER propose une loi permettant dvaluer M partir de sp : ! M = sp c . Km quation 56 dans laquelle Km est une constante caractristique de la protine et c la concentration.

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VI - CONFORMATION DES PROTEINES


La structure primaire dune protine correspondant la squence denchanement de ses acides amins, qualifis alors de rsidus dacides amins, est dtermine par des mthodes classiques de biochimie. Ces mthodes, dcrites pour les peptides, ne seront pas reprises ici (cf chapitre III). La structure primaire ne permet pas (ou peu) daccder la forme de la molcule dans lespace, forme souvent ncessaire lactivit de la molcule. La chane polypeptidique adopte une structure spatiale ou conformation qui est unique et constante pour une protine donne. Les structures secondaires, tertiaires et quaternaires permettent de dfinir la conformation. Les structures secondaires sont les formes que prennent des parties de la chane polypeptidique dans lespace selon un axe principal la suite dinteractions entre rsidus dacides amins proches dans la squence. La structure tertiaire, caractristique unique chaque protine, correspond lorganisation spatiale de lensemble de la molcule et rsulte dinteractions entre rsidus dacides amins loigns ou entre des zones dj organises en structures secondaires. La structure quaternaire rsulte dassociations de molcules protiques identiques ou diffrentes (monomres) par des liaisons hydrogne, hydrophobes, ioniques ou par pont disulfure conduisant un difice oligomrique complexe (submicelles de casine par exemple). De par la structure et les proprits de la liaison peptidique dcrites dans le chapitre III, un nombre infini de conformations, en particulier sous leffet de lagitation thermique, pourrait tre attendu par suite de la rotation autour des angles et . En ralit les protines adoptent, dans des conditions environnantes bien dfinies et souvent troites (pH, force ionique, temprature), une seule et unique conformation. Cette conformation gnralement obtenue dans les conditions de la biosynthse est qualifie de conformation native. La chane en se repliant (repliement) adopte une structure unique.

Du fait de sa structure, la liaison peptique est mme de donner des liaisons hydrogne avec d'autres liaisons peptidiques (figure 34). La structure secondaire qui en rsulte na dexistence que si les plans ne scartent pas de plus de 30, la distance entre loxygne du carbonyle et lhydrogne dun groupe amide interdisant alors ltablissement dune liaison hydrogne.

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 479 3460 Ar [2 [1 gs 4220 I 3580 9540 13 Ct 57 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 0 1 4 2 7 9 116 cm fill pA 8860 dL sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 290 56 685 845 3260 4620 660 5380 200 820 360 2147 3500 4865 2280 3378 6360 7740 9080 4925 1040 3180 5080 4440 600 280 1200 760 440 1600 1160 1820 2700 2580 3020 3220 1960 2780 1700 3120 3620 4020 4400 4540 4580 4720 5180 1760 1980 2860 2740 2120 1860 3280 3340 3660 2900 3380 4140 1480 1320 5840 5280 6060 6940 7260 7460 6200 7020 5940 7360 7860 8260 7420 7500 7620 8640 8780 8820 8960 8860 9320 8680 4900 9420 4840 4520 5560 6820 5400 8380 2 r lt{1 mv -9.6 -2 Ct m 2 p s px sc mv cm 940 DSt 180 2060 HA}{dL 1800 0 [21 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g 88 dv mv 1860 dp rO 16 dv o x -.6 WI py 1860 -1 6 sc exec sm 0 b2 neg 1340 4300 1740 1840 4700 4800 1080 2100 4040 5060 lp st [79 I12 xl wF np CA DSt 5 Ct 940 880 300 2029 1500 1198 5000 5489 3220 2680 2400 2520 1880 1740 1000 4840 1660 1700 1420 2040 1580 1120 1840 2000 1460 1180 1940 1220 2620 4620 4660 4380 4540 5500 5400 5120 5940 4960 4800 5580 5360 2840 2880 3060 2760 2300 3180 2640 2120 2360 3120 2060 2180 2920 1400 3020 2260 3280 3800 2600 3580 3040 p 9 n 0 mv 4120 10 py 0 at p bd DSt p LB 3340 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l 117 -9.6 m L/gs/gsave 4800 l arcn OA}{1 I2 clip}b/Ct{bs p [24 Ct -1 gs ex pp 8680 aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 80 gr 0 at mv OB 685 845 200 600 360 760 4220 5380 5300 1500 1320 1660 1480 [104 p wy m st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 2147 3420 4865 2280 3161 6360 7660 9080 4925 660 3260 5080 4440 820 2200 1220 1160 3120 2580 2700 3460 3500 2780 3020 1960 4020 4120 4400 4720 5240 5380 1560 2360 1380 1320 3280 2740 3480 3340 2940 2120 3680 3660 3920 3620 2900 3440 4140 3800 1720 6440 5460 4900 5400 7360 6820 6940 7700 7740 7020 7260 6200 7140 8260 8380 7500 8460 8640 8960 9480 9420 9620 9320 8680 9540 4840 5740 5560 5800 1780 1 3.375 17 px 1 0 n/ex r 1780 8 ro fill mv 89 n gs 145 90 SA py I 6360 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 DSt aR 25 ix dp bW -1 1580 4540 2000]B 1080]B 4960]B 4040]B bd 1660 px 10 py sc e 0.3 gr I ac px Ct ro DA}{dL 940]B 300]B 880]B 1580]B 2620]B 4540]B 5580]B 1740]B 4700]B 0.6 rad 8 1 fill dict 9080 aL at 7 2480 1120 1600 5440 5814 3660 2300 2780 2760 940]B 620]B 520]B 20 2040]B 1840]B 2000]B 1660]B 2200]B 2340]B 1500]B 1460]B 1780]B 1180]B 1220]B 1000]B 1120]B 1940]B 4140]B 5360]B 5000]B 4960]B 4380]B 5500]B 4080]B 5640]B 4620]B 5400]B 5120]B 5940]B 5880]B 4800]B 5760]B 4900]B 5440]B 2920]B 3580]B 3220]B 3020]B 2840]B 3380]B 3520]B 2680]B 2960]B 3860]B 3480]B 2640]B 3040]B 2120]B 2360]B 2400]B 1400]B 2180]B 1800]B 1700]B 3180]B 2060]B 2260]B 2760]B 3800]B 3120]B 2300]B 3660]B 2780]B x DSt 4440 m1 sc n 0 [51 p cv SA 35 dp end}b/Db{bs{dp Ct DLB 0 117 eq{DD}{DS}ie 3660 py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 chemdict 635 795 x dp rot 46 -9.6 put sc 22 m px DA}{cw [95 m Ar rO l}for m/w mv n/ey I rad r -1 180 cm bW -1 2780 ro 1.5 115 p 2093 3447 4815 2227 3336 6307 7687 9030 4875 1180 2 2740 L/S{sf s p 0 b1 py g Ar 12 0 2960 DSt CA ac chemdict 0 1340 4300 e dv I tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 8380 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD 4400 py ac px Ct 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie DSt [81 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p DSt 2010 1489 1202 5020 5461 3240 2669 2425 2520 4620 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 p 6 116 1880 25 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 635 795 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 3040 cm I 360 [107 a sc -1 2640 2 [27 lp sl dv px -1 19 6820 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 96 DSt 4 2093 3371 4815 2227 3119 6307 7623 9030 4875 12 r 2.25 neg}if/px ac 1580 4540 gs p sm r arc SP x mv 2850 neg LB r py 0 dv/bd s gi Ct 1 arc I o 0 x sc s wF mv I 2 Ct 0 DSt OB 28 0 rO 180 0.5 3620 SA CB [54 dp 9320 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 3020 Computing, 0 27 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 118 2480 1130 1600 5383 5786 3603 2366 2746 2760 ac 1 w l ac 5240 ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if 1890 gr sg 5 px 2 I 26 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 55 px -1 25.8 rO eq{dp e 2220 dv -2 o -1 [2 1800 x fill 1 sg m 99 DSt 0 py sg Ct np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x 1220 3280 p wy I p dp dv 24 r 35 e fill gr 1 Ct fill dv lp 1160 38 16 lx 0 bW l mv [82 s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o 11 cm 0 wx rlineto DSt cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb 118 Ar Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 36 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO DSt 4960 I16 Ar cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs 2440 cY g 2 1940 90 clippath gs ne{bW py [112 sl Ct l mv 101 e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt 8500 WI div x [29 lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc 89 lW 4 39 m 270 0 bs cm DSt e 1 bL s p ro gi I gr}b/OB{/bS 1260 neg Ct or{4 dup DSt 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st I p 5940 sm 0 2 1 SA 113 l def}bind e L/mv/moveto SA dp 37 tr 0 sm bd al 3180 cp p l [60 fill AA}{1 gr p dv/bd Ct put g/bb rO st cp py 27 [3 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 5300 4 fill end 5740 ZLB st}]e rad 0 2200 41 neg 0 0.4 gr S r I ac 3020 lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 61 4 7300 36 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 2 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS -1 39 wb eq{dL}if Ct 880 SA 3920 25.8 200 xl 2760 dv m 0 1120 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x DSt x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4220 54 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px DSt st}{1.0 -1 2000 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg [83 1 py -0.4 5120 m/aL 42 nH DSt exec g pp ro}ie}b/A 46 a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/ [33 2 lp gs 3 Ct ix -1 I def}b/ 1 360 rO 0 pp}ife 4 n Ar 24.6 o x [114 DSt o/cX x Ar sc 6820 -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{ gr}ie p gi DSt x p xl 1 o wb 63 dx sc I ac lp 26 L/ LB ap aL 2 l g C 5 sg lt a p c r 3 d [
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currentpoint

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R3 H C N H C O R1 H N O C C N H O

H N C

O C C

v C v"
H

aucune incidence des R


H C N H C O R2 R1 H N C H O C N H

R3 C C O

H N C

R2

O C C

Attraction R1 R2
O C C H C N H C O O R1 H N C C N C R2 H H

liaison H

currentpoint

figure 34. Structure secondaire des protines.

La seule variable dans cette structure est apporte par la chane latrale des rsidus dacides amins. Le volume, ou encombrement strique, de cette chane latrale associ ses proprits chimiques (prsence de groupements polaires ionisables ou non, de groupements apolaires etc) conditionne les angles et , ce qui conduit des structures secondaires puis tertiaires bien dfinies. Sil nexiste quune forme gnrale bien dfinie au niveau dune protine donne, cela rsulte des conditions de sa synthse squentielle. Il ne faut pas cependant perdre de vue que ce sont des modifications lgres de conformation qui sont lorigine de la plupart des proprits des protines (contractiles, enzymatiques, etc.) et que ce sont des modifications plus ou moins importantes de cette structure (dynamique des protines) qui conditionnent beaucoup des proprits de nos protines alimentaires (texturation, tendret, mulsification, formation de mousse etc.). In vivo, cette synthse commence par lacide amin N-terminal, le sens de biosynthse de ces polypeptides tant donc >- CO -> NH - au niveau des ribosomes. Sur un plan conceptuel cette biosynthse peut se schmatiser de la faon suivante (figure 35).
A
NH 2 1 NH 2 1 2 NH2 1

B
2 3

C
NH 2 1 2 3 4 NH 2 1 5

D
2 3 4

figure 35 . Schma de la synthse squentielle structure dune protine

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Dans ce schma le premier acide amin impliqu dans la synthse (N terminal) sassocie lacide amin n 2 et la conformation du dipeptide dpend des proprits des chanes latrales de 1 et 2. Quand le troisime acide amin sassocie au dipeptide, la position de sa chane latrale dpendra beaucoup du n2 mais aussi du dipeptide 1-2 dans son ensemble et ainsi de suite. Quand le nombre dacides amins engags est lev (polypeptide), la rotation permise au niveau des C peut alors laisser des interactions se produire entre chanes latrales loignes. Sur un plan thermodynamique, cest le systme le plus stable en milieu aqueux aux temprature, pH et force ionique du milieu de la synthse qui correspondra alors la forme native. Le repliement des protines est un phnomne trs complexe qui fait aujourdhui lobjet de trs nombreux travaux de recherche.

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Pendant longtemps on a pens que les protines accdaient une structure spatiale prcise du seul fait de lenvironnement et de leur structure propre. Or, toutes conditions tant gales par ailleurs, il savre parfois que plusieurs structures tridimensionnelles sont thermodynamiquement et striquement possibles. Cest la dcouverte de protines chaperons qui permet de comprendre alors lunicit de la structure tridimensionnelle dune protine donne. La dcouverte des protines chaperons est lie celle des protines de choc thermique (heat shock protein, HSP) et plus gnralement celle des protines de stress (modification de la force ionique, du pH, addition de solvants etc). Ainsi les HSP 60 et 70 dEscherichia coli ou lHSC de stress (heat shock cognate) sont capables de se fixer de faon rversible aux protines en empchant leur dpliement sous leffet de modifications du milieu ou encore en empchant que les protines stresses ninterragissent entre elles avec formation dagrgats souvent irrversibles. Une protine chaperon en se fixant rversiblement sur une protine donne nautorise pas cette dernire adopter une conformation inactive ou interagir avec dautres protines. Dautres protines chaperons ne permettent, par leur fixation, quune conformation sur toutes celles qui sont thermodynamiquement et striquement permises. Les protines chaperons de classe I (comme lHSP 70, lHSC 70) reconnaissent de courtes zones hydrophobes constitues denviron 7 10 rsidus dacides amins. Ces protines rendent possible le passage au travers des membranes cellulaires (mitochondriales, rticulum endoplasmique) sous une forme qui est obligatoirement dplie. Aprs franchissement de la membrane, la suppression de leurs interactions avec la protines chaperonne permet alors cette dernire dadopter sa conformation (figure 36).

ARNm

ribosomes

chane polypeptidique

protine chaperon de classe I

chaperon de classe II

membrane

parfois protine native compartiment interne protine native

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figure 36. Conformation des protines et protines chaperons.

HSP 70 et prfoldines

HSP 60

Les protines chaperons de classe II qui assurent le repliement des protines (chaperonines comme Gro E2 , Gro ES chez Escherichia coli , TCP1 chez les mammifres). Ce sont surtout par des contraintes striques que ces protines assistent le repliement. Lhydrolyse dATP apporte lnergie ncessaire la protine chaperon. La Proteinaceous infectious particles (PRION) isole en 1982 par PRUSINER rsulte dune transition intervenant au niveau de la protine intraneuronale crbrale PrPc (253 rsidus dacides amins). La protine 4 devient 2 - 2 . Elle saccumule dans le cytoplasme neuronal en un gel spongieux : encphalite spongiforme bovine (ESB) et maladie de Creutzfeld Jacob chez lhumain.

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1. Principales structures spatiales des protines. Cest par la connaissance de la structure de la liaison peptidique et par diffraction aux rayons X de quelques protines cristallises, que PAULING et COREY ont conclu, en 1951, lexistence dans la structure spatiale de deux principaux types dorganisation au niveau des structures secondaires : lhlice et le feuillet . 1.1. Structures secondaires. Il sagit de structures rencontres avec des frquences trs variables dans la plupart des protines. Schmatiquement il sagit de structures organises selon un axe principal.

1.1.1. Lhlice . L'hlice est une structure stable qui possde 3,6 rsidus dacide amins L par tour, les chanes latrales se plaant l'extrieur de l'hlice dont le pas est de 54 nm (figure 37). Deux liaisons hydrogne successives entre les H de la fonction NH et l'O de la fonction C = O de la liaison peptidique dans la structure dlimitent 13 atomes : lhlice est donc une hlice 3,613. Tous les carbonyles sont orients presque paralllement laxe vers laval de la squence, les H-N sont orients vers lamont ; il en rsulte la formation de liaisons hydrogne pratiquement dans laxe, ce qui gnre une structure compacte etsolide. Les diples de la liaison peptidiques sont orients dans le mme

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sens ce qui contribue galement la stabilisation de cette structure. Cette structure implique gnralement de 10 14 rsidus et est souvent schmatise par un cylindre. De par sa "densit", l'hlice n'engendre pas de liaisons avec d'autres molcules (eau par exemple) et donc sa solubilit ou sa dissociation dans l'eau est faible. Cest cette structure qui est dominante dans de nombreuses protines de structure plus ou moins fibreuse. Par contre, sa dstabilisation par chauffage en milieu aqueux, induisant le "dbobinage" ou dpliement, conduit des polypeptides gnralement solubles. La proline, en raison de sa structure pyrrolinique, ne s'intgre pas dans cette hlice ce qui rend sa formation impossible. Il en est de mme avec des acides amins dont les chanes latrales possdent une charge ou un volume incompatible avec cette structure secondaire. * Ainsi la polylysine et le polyacide glutamique ne donnent une hlice que pour des pH o le groupement ionisable de la chane latrale n'est pas charg (pH > 11 pour la lysine et pH < 4 pour l'acide glutamique). Dans ces cas c'est la rpulsion lectrostatique des chanes latrales qui rend impossible la formation de l'hlice , la chane polypeptidique prenant une structure en pelote statistique pour laquelle les groupes chargs sont loigns au maximum et l'nergie libre lectrostatique rpulsive minimale. * Avec la polyisoleucine, c'est l'encombrement strique de la chane latrale qui inhibe la formation de l'hlice. A ct de ces principales conformations, il existe d'autres structures secondaires telles que les hlices 310, M, , polyproline I ou II. Dans le collagne c'est la structure polyproline II qui est dominante. Cette protine du tissu conjonctif (peau, tendon, os) est la plus abondante chez les animaux. En milieu aqueux, sous l'action de la chaleur elle se transforme en glatine. Les acides amins sont classables en fonction de leur aptitude former ou rompre l'hlice (chapitre II, tableau 2).

O H N C O H R N H C H C C O R C

C H

C C

H N 26

H N H N O

O C O C R 0,54 nm H

C CH R H N

C O vue suprieure

0,6 nm
figure 37. Schma dune hlice avec pas droite

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1.1.2. Les feuillets . Les feuillets (feuillets plisss) correspondent une structure en zig zag tire. Souvent la destruction de liaisons hydrogne d'une hlice par la chaleur en milieu aqueux conduit la formation de feuillets. Les chanes parallles ou antiparallles (2, 3 ou quelquefois 4) sont lies par des liaisons hydrogne (figure 38) qui peuvent tre dtruites par chauffage en milieu aqueux.

H N

R CH H N

O C CH N H R O C

H N C O CH N H R

R CH H N C O

O C CH N H R R CH O C

H N C O CH N H R R O

R CH H N C O

O C CH N H R R CH O C N CH H R R H N O CH R

C O R

CH

C O H N R

O CH R

H N C

CH N C C O H

CH N C H O

CH R

CH N C C H O

figure 38 . Structure en feuillets plisss parallles (1 et 2) et antiparallles (2 et 3)

Cette structure se retrouve par exemple avec des protines fibreuses (fibrone de la soie). Les feuillets prdits galement par Pauling ne sont pas plats mais vrills (figure 39).
H N C O H N C O R CH R CH O C CH N H R O C N CH H R C O C O H N R CH H N R O C CH H CH N H R O C CH N H R C O C O H N R CH N R CH O C

CH N H R O C N CH H R

figure 39. Schma et reprsentation des structures twistes (vrille) des feuillets

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1.1.3.Courbure . Il existe une conformation qui permet aux chanes de se replier sur elles-mmes, une liaison hydrogne assurant la stabilisation (figure 40).

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 176 38 [2 [1 gs 6 360 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 22 ChemDraw dp p 0 6 7 4 1 cm fill pA bW sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p l 131 4536 3527 3520 2860 3480 4200 2760 2160 3000 4360 3440 2698 2480 4560 2960 1740 3080 3880 4080 4980 2720 4700 2280 2380 3780 2 r lt{1 mv -9.6 -2 Ct DSt m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al sl s{dp dv m g dv mv dp rO 22 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 [2 81 sc exec sm [31 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 874 776 360 820 860 660 520 180 1621 1240 880 920 1100 780 1660 1260 1620 1440 2040 1980 2140 1560 p n 0 mv 18 py 0 at p bd I p LB sc 1.2 px gr 3 neg 1986, m a}{ex 7 mv st 4 p 2.25 e Laser I 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 Ct -1 3520 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np 6 sl gr 0 at mv OB 4636 3703 3520 3580 3680 4440 4360 3320 3880 2380 1740 3160 4980 3720 N 2160 3780 4920 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3171 2860 4080 2120 1700 2720 2480 2040 3960 5060 4700 4800 1780 2380 2520 4520 7 1 29 3.375 px 1 80 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs 3520 Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd 1160 1 px py sc 20 e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 514 1191 820]B 780]B 480]B 240]B 180]B 920]B 860]B 360]B 520]B 320]B 1260]B 1980]B 1840]B 1160]B 1560]B 1000]B 0.6 rad 8 1 fill dict Ct aL at 7 1814 820]B 780]B 2640]B 1720]B 1660]B 1240]B 1200]B 1440]B 2060]B 1160]B 2100]B 2140]B 1620]B x m1 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey 820 L/ie/ifelse Cambridge mt 23 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 4584 x DSt dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w 3494 mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 16 p 2697 2 L/S{sf s p 0 b1 DSt 0 b1 py g 1 0 CA ac [32 chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs Ct 0 a p st 886 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 820 [10 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 I sc np gr}{gs -1 dx rot 31 p 1680 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s 33 py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 4684 -8 g begin DLB 5 180 11 0 r n/dx 0 8 l -1 g 3657 cm 360 a sc -1 2 lp sl 34 dv px -1 0 16 begin/version Ct gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 I 3149 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x 3680 mv neg LB r 4520 py 0 dv/bd s gi 1 526 31 arc array o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 1209 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto 25 wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 1866 ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 480 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 1620 5 d px 2 6 r x}if CA lp Ct cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg 34 np s DSt cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r DSt e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW 15 l mv s cv ne e L/mt/matrix l bs 0 0 o [13 cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 [35 1 -1.6 n pp}{2 Ct g o e -1 m l 0 rO 16 cm p cm p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs I cY g 2 clippath gs ne{bW py 35 sl l 15 mv e sc ac I l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 36 ne 1 sm 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 12 270 0 bs cm 4700 e 1 bL s p ro gi gr}b/O neg or{4 dup 1.6 0 4920 fill}b/ sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l Ct def}b e L/m SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA p dv/ gr pu g/ rO st cp py 27 D e 3 1 w s 2 l p g 1 l m O 1 4 f currentpoint
R H H R H C N C O C H N C O H R C N O C H C R

currentpoint
Figure 40. Courbure ou conformation

192837465

Il existe enfin dans la plupart des protines des zones structure non dfinie et sans axe de symtrie : pelote statistique. Ces structures secondaires sont souvent schmatises par des cylindres pour les hlices et par des plans flchs pour les feuillets (figure 41).
pont pelote statistique

feuillets antiparallles hlices !

figure 41. Schma reprsentatif des structures secondaires

1.2. Structures tertiaires La structure tertiaire est la structure spatiale qu'adopte une protine prsentant des zones structures secondaires bien dfinies (hlice , feuille , courbures ) est fonction de son environnement (temprature, , solvant, pH). En milieu aqueux les rsidus d'acides amins hydrophobes sont pour la plupart dentre eux localiss vers l'intrieur de la molcule tandis que les acides amins polaires sont plus reprsents en surface. Des distributions anisotropiques de charges ou de groupements polaires ou hydrophobes peuvent contribuer confrer la protine une fonction donne. Dans tous les cas, la conformation que prend la protine est obtenue pour un niveau nergtique minimum. Actuellement il est possible de dcrire des classes ou des types de structures tertiaires en fonction de la prdominance et de la distribution dans la molcule (ou mme une zone structure dune partie de la molcule) de structures secondaires en hlice ou en feuillets (figure 42). Les protines dans de trs nombreux cas prsentent une structure tertiaire sphrique ou ovode.

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Structures de type

sous-unit de lhmoglobine

cytochrome b 562

myomrythrine

Structure de type

Retinol binding protein Structure /

Chymotrypsine ( anti parallles)

triose-phosphate isomrase

flavodoxine

adnylate kynase

Figure 42. Schma de quelques classes de structures tertiaires

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figure 43. Images stroscopiquesde protines et topologies

Les progrs raliss en informatique au niveau de limagerie molculaire permettent de visualiser dans lespace de nombreuses molcules protiques. 1.3. Structures quaternaires ou supramolculaires. Il sagit dune organisation spatiale dassemblages de molcules protiques dans une structure tertiaire donne par des liaisons ionique, hydrogne, hydrophobe ou par pont disulfure. Cet assemblage symtrique ou non est en gnral constitu par un nombre limit de sous-units (monomres) identiques ou non. Lentit molculaire, dont la masse molaire peut dpasser plusieurs millions, possde des proprits souvent remarquables; chaque association a une structure souvent unique et contribue la fonction biologique: -protines fibreuses en super hlice constitues de monomres en structure hlicodale (tropocollagne de 300 nm de long et 1,5 nm de diamtre form de 3 monomres en hlice avec pas droite ) -protines fibreuse et globulaires (myosine constitue de deux monomres avec zones continues en hlice et zone terminale en pelote statistique )

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-protines fibreuses en double hlice constitues de monomres globulaires ( monomres de G actine associs en F actine dont deux chanes en hlice forment un filament ) -protines globulaires constitues par lassemblage de sous-units de structures non fibreuses (glycinine du soja - micelle de casine - etc). Quand la zone de fixation est la mme pour tous les protomres, lassociation est qualifie disologue et quand le domaine de fixation est diffrent lassociation est qualifie dhtrologue (figure 44).

association isologue

association htrologue

figure 44. Associations entre sous-units protiques

Ces arrangements impliquent des systmes symtriques autour dun axe ou plus complexes avec plusieurs axes de symtrie (figure 45).

!2 1

!1 2

hmoglobine

glycinine du soja
figure 45. Structures quaternaires types et exemples

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2. Moyens dtudes de ces structures . Rappelons que la dtermination de la structure primaire requiert des hydrolyses enzymatiques mnages ou des hydrolyses chimiques spcifiques (BrCN et met par exemple) suivies du dosage des acides amins totaux et des parties N terminales (mthodes de Sanger ou dEdman) ou C terminale (cf chapitre III). Il existe de nombreux moyens dtude des structures protiques classs en mthodes physiques, chimiques ou biologiques . 2.1. Mthodes physiques. Ces mthodes sont applicables soit des protines cristallises soit des protines en solution soit des protines pralablement traites et dshydrates. 2.1.1. Microscopie. La microscopie lectronique permet dobtenir des images des structures quaternaires ou de rseaux protiques (gels , ptes etc). Les observations par transmission sont ralises sur des chantillons fixs au glutaraldhyde (3% , 3 h), rincs, fixs au ttraoxyde dosmium (2% , 2 h), rincs puis dshydrats dans des solutions thanol / eau (50/50, 80/20 puis 90/10, thanol pur). Les chantillons sont inclus dans des milieux (70C, 2 jours). Des coupes ralises lultra-microtome sont colores lactate duranyle et au citrate de plomb avant observation microscopique. Pour les observations par balayage, les chantillons dshydrats au point critique sont pralablement couverts de platine et dor. Les observations effectues aprs ces traitements peuvent ne pas correspondre la conformation native. Il existe des microscopes lectroniques quips de platines conglation qui permettent des observations sans fixation pralable. Lobservation aprs cryofracture de lchantillon congel dans lazote liquide permet lobservation de zones de moindre rsistance. Il existe des techniques de microscopie lectronique qui permettent lobservation sans dshydratation pralable. Il sagit essentiellement de la microscopie platine froide rfrigre par de lazote liquide et la microscopie environnementale. La microscopie effet tunnel permet dobtenir des images de macromolcules protiques comme les immunoglobulines. 2.1.2. Les mthodes spectrales. Les protines absorbent et mettent des radiations dans la zone UV. Labsorbance rsulte des proprits des liaisons peptidiques, des acides amins aromatiques et des ponts disulfure. Dans ce cas lnergie lumineuse induit un passage des lectrons dun tat stable un tat excit. Les phnomnes de fluorescence sont lis la prsence des acides amins aromatiques. Quelques protines possdent des co-facteurs absorbant dans le visible. Enfin si une structure dissymtrique est prsente, la lumire polarise droite ou gauche nest pas absorbe avec la mme intensit (dichrosme circulaire). Les proprits spectrales des protines dpendent donc de leur composition en acides amins mais aussi de lenvironnement de ces acides amins ; des informations sur les structures secondaire et tertiaire et leurs modifications peuvent tre obtenues partir de ces proprits spectrales. Le dichrosme circulaire dans la rgion des amides permet danalyser les structures secondaires, tandis que labsorbance et la fluorescence des rsidus dacides amins aromatiques est directement lie leur environnement. La mesure de labsorbance dune protine native en utilisant comme rfrence la mme protine mais ltat dnatur conduit des spectres diffrentiels (figure 46,a) avec :

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!" = ! A c.l
A tant la diffrence dabsorbance entre les formes natives et dnatures, c la concentration et l la longueur du trajet optique absorbance ! " (M -1cm-1 ) 2000 a b "
N

!"
1000

"D
250 275 300

longueur d'onde (nm) concentration en dnaturant

-500

figure 46. Spectre diffrentiel et variation dabsorbance dune protine native et dnature

Par ailleurs, labsorbance de la forme native et celle de la forme dnature augmentent avec la concentration en dnaturant (figure 46 b). La fluorimtrie permet dvaluer lenvironnement et la mobilit de chanes latrales trs fluorescentes comme celle du tryptophane. Le dichrosme circulaire (figure 47) mesure labsorption ingale de la lumire polarise circulairement droite et gauche; la diffrence dabsorption (A = AL - AR) trs faible exige un appareillage trs sensible (dans lUV aux environs de 200 nm cette diffrence est de lordre de 0,0001 quand labsorbance de la molcule en solution est gale 1).
! (degr . cm 2 . dmole-1)
0

! (degr . cm 2 . dmole-1)
0

-100

acides amins aromatiques

-5000

-200

ponts disulfure

-10000 liaison peptidique

250

275

300

325

200

210

220

230

240

longueur d'onde " (nm)


RNAse 80 M (d=1cm) protine native protine dnature

longueur d'onde " (nm)


RNAse 30 M (d=0,1cm)

figure 47. Spectres CD dune protine native et dnature.

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Une protine donne gnralement 3 bandes en dichrosme circulaire. La premire entre 170 et 250 nm est lie aux liaisons peptidiques et permet lvaluation de l-hlicit, la seconde voisine de 250 est caractristique des ponts disulfure et la troisime voisine de 270-285 nm est lie aux rsidus dacides amins aromatiques. Ces bandes sont influences par lenvironnement et permettent une estimation de la structure native globale de la protine . Les rsultats des mesures sont aussi exprims en ellipticit obs (m.degr). Le coefficient dextinction molaire dichroque est gal : !" = "L - "R quation 56 Lellipticit molaire M est relie au coefficient dextinction molaire dichroque par : M = . 3000 quation 57 Les units sont diffrentes ; est labsorbance diffrentielle dune solution 1 mole.L-1 dans une cuve de 1 cm de trajet et M est la rotation en degrs dune solution 1 d mole / cm3 dans une cuve de 1 cm de trajet . On dmontre que : !" = "L - "R = AL - AR et #M = # . 100 . M c.d c.d quation 58 c est la concentration en mole.L-1, d la longueur du trajet optique en cm, M le poids molculaire de la protine. Quand les chanes polypeptidiques ont plus de 10 rsidus, leur rotation optique nest pas une simple fonction additive des rotations de chaque rsidu. Dans les protines cette rotation est plus dextrogyre que la somme des rotations individuelles. Ce pouvoir de dextrorotation est maximal avec des hlices . La capacit de dvier le plan de lumire polarise rsulte de lasymtrie molculaire (C avec 4 substituants diffrents). Cependant, dans les protines cette proprit rsulte de la prsence de carbones mais aussi de lasymtrie apporte par lenroulement en hlice (pas gauche ou droite). Le pouvoir rotatoire avant et aprs dnaturation (forme native et forme droule) permet destimer le degr approximatif denroulement en hlice . Pour dterminer les diffrentes contributions des structures secondaires dans une protine donne, on suppose que le spectre CD dans la zone des liaisons peptidiques peut tre reprsent par une combinaison linaire des contributions des diffrents lments impliqus dans les structures secondaires:

!M(") = f# . !M#(") + f$ . !M$(") + ft . !Mt(") + fn . !Mn(")

quation 59

fi sont les fractions respectives des lments structuraux de type hlice (), feuillet (), pont (t) et non rgulire (n). La spectroscopie aux rayons X, applicable aux protines cristallisables (pures ou avec des soluts) est la technique qui donne le plus de renseignements sur la structure spatiale. La diffusion et la diffraction des rayons X sont dautant plus grandes que la densit lectronique des atomes est leve. Le trs grand nombre datomes dans la molcule donne des spectres trs complexes. Le diagramme de diffraction des rayons X de la myoglobine cristallise (qui contient environ 2500 atomes, MM de 16700) prsente 25000 rflexions dont lanalyse a conduit la dtermination de la premire structure tertiaire. La cristallisation des protines est obtenue par la mthode de la goutte pendante :

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cristal
10 l de protine 10 mg / ml de sulfate d'ammonium non satur solution sursature en sulfate d'ammonium

rayons X

dtecteur

Lorsquun faisceau de rayons X est focalis sur un cristal protique, il est rflchi par les noyaux de masse suffisante (C, O, N, P, S) et subit une srie de diffractions dpendant de la position de ces atomes. Ltude des intensits de diffraction permet de dterminer la structure. Avec les protines il est souvent ncessaire dintroduire des atomes ou groupements datomes qui diffractent beaucoup (mtaux lourds comme Pt Cl4 sur les rsidus de mthionine) sans pour autant modifier la conformation. Selon la rsolution obtenue, exprime en on obtient : - 5 la silhouette de la molcule - entre 2 et 4 la disposition spatiale de la chane polypeptidique - entre 1,5 et 2 la position individuelle des atomes constitutifs. Les amliorations et progrs raliss aux sources de rayons X, aux quipements de collecte des donnes, aux traitements informatiques des donnes en particulier au niveau du graphisme, ont permis damliorer la rsolution et la rapidit des analyses. Le synchrotron SOLEIL Saclay qui va tre mis en service permettra de dterminer les structures tridimensionnelles des protines avec une trs grande rsolution.

La diffusion de neutrons permet de donner une image du volume de la molcule. La spectroscopie Raman renseigne sur les modes de vibration et de rotation des molcules protiques. Applicable des tudes de structure elle permet galement ltude de la fixation dions ces macromolcules.

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2.1.3. Les mthodes nuclaires et lectroniques. La rsonance magntique nuclaire RMN Les noyaux de certains atomes comme 1H, 13C, 15N, 31P, ont un moment magntique ou spin. Lenvironnement chimique de ces noyaux peut tre examin par RMN et les distances inter-atomiques values. Il est alors possible den dduire un modle tridimensionnel. La RMN permet la localisation des protons dans les protines, den dterminer le nombre et la disposition. Cette technique permet de dterminer des couplages par liaison covalente et des couplages dipolaires si d < 0,5 nm. (effets COSY et NOESY ) et donc de situer des repliements. Leffet NOESY (spectroscopie deffet Overhauser nuclaire) se manifeste entre 0,2 et 0,5 nm et rvle des interactions entre deux atomes dhydrogne proches dans lespace mme sils appartiennent des rsidus diffrents. Leffet COSY (spectroscopie de corrlation) rvle les interactions entre deux atomes dhydrogne relis de faon covalente par lintermdiaire dun ou deux atomes diffrents. Les spectres bidimensionnels sont interprts par la mthode de lattribution squentielle. Chaque acide amin possde un spectre COSY caractristique (couplage scalaire). Les contraintes de distances sont utilises pour dduire la structure possible de la protine. La RMN transforme de Fourrier (2D, 3D, et 4D) permet daccder la structure des protines en solution et de comparer ainsi les rsultats obtenus avec ceux issus des cristaux (RX). Initialement, seules la structure des petites protines (poids molculaire infrieur 12000) tait tudiable par cette mthode. Pour les protines de poids molculaire plus important il tait ncessaire de fabriquer des protines uniformment enrichies en 13C ou 15N par recombinaison. Lutilisation des mthodes 3D et 4D permettent de travailler avec des protines de poids molculaire suprieur 30000. Cette approche danalyse structurale prsente lavantage de pouvoir tudier des phnomnes dynamiques de modifications structurales (fixation dun ligand, dnaturation thermique etc.). La ESR (electron spin resonance) ou RPE (rsonance paramagntique lectronique) permet dvaluer la diffusivit rotationnelle (ou frquence de r-orientation-Drot) qui est un paramtre troitement reli la diffusion translationnelle (Dtrans - sous linfluence dun gradient de concentration) et permet destimer la mobilit de traceurs et de soluts au sein de molcules protiques. La mthode par sondage de spin utilise des sondes paramagntiques appeles marqueurs de spin telles que le 4-hydroxy,2-2-6-6-ttramthylpipridinooxyl qualifi de tempol. 2.1.4. Les mthodes thermodynamiques. La calorimtrie diffrentielle balayage (ATD : analyse thermique diffrentielle) permet dvaluer la temprature de dnaturation des protines (pic endothermique) mais aussi la quantit dnergie quil faut amener la protine pour la dnaturer. En effet les modifications de conformation des protines saccompagnent dune variation de son niveau dnergie. Ces changements se manifestent soit par une absorption de chaleur (raction endothermique) soit par une libration de chaleur (raction exothermique) et saccompagnent par une variation denthalpie. Pour la mesure, la protine en solution est chauffe graduellement (c / temps) et la temprature est contrle. Le flux de chaleur diffrentiel entre lchantillon et une rfrence est enregistr. La surface des thermogrammes permet dvaluer la variation denthalpie associe aux transitions dtat induites par la temprature. La drive de la ligne de base correspond aux capacits calorifiques diffrentes des

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formes natives et dnatures. Lenthalpie de dnaturation est fonction de la vitesse de chauffage impose. Le pic endothermique proportionnel lenthalpie est gal : H = k . A/M avec H variation denthalpie , k coefficient de calibration (J.m-2) et M molarit de la solution protique. Les variations de H/t en fonction de la temprature sont schmatises sur la figure 48. dH dt (J.sec -1) pHi

30

50

80

Temprature (C)

figure 48 . Thermogramme dune protine diffrents pH

Dans lexemple donn il apparat que lnergie amener la protine pour la dnaturer (dplissement maximum, raction endothermique) est plus faible quand la molcule est partiellement dbobine sous leffet du pH (surface sous la courbe); la temprature de transition est abaisse de la mme faon. 2.1.5. Les mthodes bases sur la charge et le volume et /ou la forme. Llectrophorse en milieu dnaturant ( SDS-PAGE) est une technique analytique permettant de dterminer le poids molculaire ainsi que le nombre de sous-units dans une structure quaternaire. Associe un blocage spcifique et modul des fonctions thiols ou amines elle permet de compter ces groupements. Ainsi si on fait ragir la protine avec des quantits croissantes dun agent bloquant des fonctions amines comme lanhydride succinique (figure 49) et si llectrophorse est ralise un pH pour lequel seules ces fonctions amines sont protones, la migration lectrophortique (Re) vers lanode sera dautant plus leve que la charge nette positive de la protine sera grande (figure 50). Le nombre de bandes comptes correspond alors au nombre de fonctions amines ( et ). La dtermination du nombre de fonctions thiol se fait aprs rduction et S-carboxy-mthylation ( SH devient S-CH2-COO-) ; dans ces conditions la charge nette ngative de la protine augmente en fonction du nombre de sites ractifs pH > pKa de lacide greff .

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currentpoint +
NH3

Charge nette +4 pH 3
NH3
+

NH3 +

NH3 +

anhydride succinique

+ O O O

prot / anhydride = 1

NH3 + NH3 + NH3 + NH COOH

Charge nette +3 pH 3

+ O NH3 + NH3 + NH2 O O

prot / anhydride = 2

Charge nette +2 pH 3
COOH NH COOH etc....

figure 49. Masquage squentiel des groupes NH2 dune protine

currentpoint 192

0
3 5 7

10

protine native

protine avec des concentrations croissantes en anhydride succinique

mlange

figure 50. Electrophorse dune protine en fonction du masquage de ses groupes NH2

La conformation des protines peut tre analyse par lectrophorse en gel non dnaturant ou en gels contenant des gradients transverses de dnaturants. Ces mthodes sont relativement simples et ne ncessitent que de faibles quantits de protines (1 g). Selon le type de dtection utilis (bleu de Coomassie, sels dor, marquage radioactif, dtection immuno-chimique ou immuno-enzymatique). Comme cela a dj t signal, la mobilit dune protine dpend dun certain nombre de facteurs parmi lesquels la charge et la taille/forme jouent un rle dterminant. Ainsi llectrophorse en gel non dnaturant dune protine native et de la mme protine dans laquelle les ponts disulfure sont rduits par le -mercaptothanol montre que la forme rduite dplie a un volume hydrodynamique plus grand et donc une mobilit rduite (figure 51). Avec les gels de polyacrylamide, le pH est rgul par des systmes tampons non dnaturants comme : - alanine - acide lactique (pH 3,8) - histidine - acide 3-(N-morpholino)-propane sulfonique (pH 6,1)

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- Tris (hydroxymthyl)aminomthane - acide borique (pH 8,7).

protine native

protine rduite

figure 51. Electrophorse non dnaturante dune protine native et rduite

Llectrophorse gradient transverse permet une interprtation simple des variations de mobilit dune protine (figure 52).

2RT 0 ! Gf

forme dnature dplie

0,5 Fu 0

forme native

-2RT

pH = 4 , 15C

concentration en ure (M)


figure 52 . Electrophorse en gradient transverse dure.

La protine est dpose au sommet du gel gradient transverse puis soumise une lectrophorse vers la cathode pH 4 et 15C. La mobilit de la protine (M) chaque concentration en ure indique la fraction de protine dplie (Fu) comme schmatis droite de la figure. Au voisinage du point de transition pour lequel Fu = 0,5 la stabilit nette de ltat repli (ou natif) Gf est gale 0. On a : D M - MN Fu = soit Fu = et ! Gf = - RT ln N D + N MD- MN D quation 60 Fu est approximativement une fonction linaire de la concentration en ure. La stabilit nette en absence de dnaturant est ainsi estime par extrapolation de Gf partir de la tangente au point dinflexion de la rgion de transition vers la concentration 0 en ure. Les zones en plateau des tats natifs et dnaturs correspondent des valeurs de Gf respectivement gales 2RT et -2RT. Lisotachophorse permet, quant elle de mesurer le pHi de la protine.

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Certaines mthodes chromatographiques utilisant des phases stationnaires polaires, apolaires ou spcifiques (Chromatographie daffinit) contribuent ltude des structures protiques et de leurs volutions. 2 .2. Mthodes chimiques. Certaines de ces mthodes reposent sur la dtermination de proprits hydrophiles ou hydrophobes de surface des molcules protiques en utilisant respectivement des sondes ou des phases stationnaires en chromatographie qui sont respectivement hydrophiles ou hydrophobes. Lvaluation du nombre de sites hydrophobes peut tre corrle avec certaines des proprits fonctionnelles et en particulier avec le comportement des protines aux interfaces (mousses, mulsions). Le principe de ces mthodes est le suivant : lorsqu'une protine en solution est mise au contact d'un compos hydrophobe, celui-ci va se fixer sur les sites, la constante d'association tant d'autant plus leve que le site est hydrophobe. Ltude classique de cette interaction protine-ligand qui ncessite lvaluation du ligand libre et du ligand li peut se faire par dialyse lquilibre, par partage liquideliquide, par chromatographie dexclusion. Parmi les sondes (ligands) les plus utilises on peut signaler l'acide cis-parinarique, l'acide 8-anilino1-naphtalne sulfonique (ANS) ou le rtinol. Ces composs deviennent fluorescents lorsqu'ils se fixent sur les sites hydrophobes des protines. La mesure de fluorescence, proportionnelle au nombre de molcules de ligand fix, permet, par la mthode de Scatchard ou de Klotz, d'estimer le nombre de sites. On peut aussi estimer l'hydrophobicit de surface d'une protine par chromatographie avec des phases stationnaires apolaires (RPC : reversed phase chromatography). Le facteur de capacit sera d'autant plus lev que la molcule possdera des zones hydrophobes importantes et de forte nergie. Il est possible de dterminer le nombre de sites hydrophiles "ionisables" en surface en utilisant des composants qui sont capables de donner des liaisons ioniques avec les groupements chargs des chanes latrales. Le plus souvent il s'agit de composs colors porteurs soit de groupements sulfons (SO3-) soit des groupements amins (R-NH3+). Le traitement des donnes se fait par la mthode de Scatchard ou de Klotz. Il faut remarquer ici que la formation d'un COOH partir d'un COO- (par diminution du pH en dessous du pKa) se traduira par une diminution de l'hydrophilicit ou inversement par une augmentation de l'hydrophobicit.

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2.3. Mthodes biologiques. Ces mthodes sont bases sur la raction antigne anticorps Rappelons quun anticorps est une immunoglobuline (glycoprotine) produite par des une raction complexe schmatise sur la figure 53. Il existe de nombreux clones de lymphocytes B activs par le mme antigne initial (et donc de plasmocytes producteurs danticorps) car les fragments de cet antigne hydrolys par les macrophages et prsents ces lymphocytes B peuvent tre diffrents. Un lymphocyte donn reconnat un seul antigne et le plasmocyte rsultant de sa transformation produit un seul type danticorps. Cest le mlange de clones de lymphocytes B qui conduit in vivo la production dun mlange danticorps (anticorps polyclonaux ) .
lymphocyte T antigne lymphocyte B transformation blastique plasmocyte

macrophage

anticorps

figure 53 . Schma de la biosynthse danticorps

La fusion dun lymphocyte producteur danticorps et dune cellule mylomateuse engendre un hybridome qui se multiplie indfiniment et fournit un seul type danticorps : anticorps monoclonal qui est trs spcifique et possde une constante dassociation leve. Connatre la structure antignique dune protine permet dvaluer sa conformation. Une molcule protique possde deux types dterminants antigniques (pitopes) : des sites continus ou squentiels attribus une succession dacides amins dans la chane polypeptidique des sites discontinus ou conformationnels attribus la proximit dans lespace de rsidus non voisins sur la squence. Le plus souvent les anticorps obtenus (injections rptes lanimal en association avec ladjuvent de Freund et rcupration des srums stabiliss contre la protolyse par le PMSF ou fluorure de phnylmthylsulfonyle) contre les protines natives sont spcifiques de sites conformationnels. On sait que lpitope doit contenir au moins 6 7 rsidus dacides amins dont certains doivent tre basiques. Ltude de la raction antigne anticorps seffectue : par diffusion simple en milieu liquide pour la dtermination du titre (lantigne marqu liode radioactif est incub avec le srum et ses dilutions ; aprs prcipitation du complexe Ag-Ac au sulfate dammonium 1,3 M , on mesure la radioactivit du culot ; le rapport de la radioactivit du culot la radioactivit totale B/T est report en fonction du logarithme de la dilution de limmunsrum. La courbe obtenue a la forme dune sigmode. La concentration en immunsrum pour laquelle on a B/T = 0,5, cest dire pour laquelle limmunsrum fixe 50 % de la protine, correspond au titre de cet immunsrum). par radioimmunologie dont le principe est le suivant : Une quantit fixe dantigne marqu (Ag*) lie une quantit fixe danticorps (Ac) est dplace par une quantit variable dun antigne froid (Ag). Lors de laddition de quantits croissantes de

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protine (Ag) une quantit fixe du complexe protine* - Ac, la protine (Ag) dplace une quantit croissante de protine*. On peut crire : Ago* + Ago + Aco ------> (Ag*-Ac)1 + (Ag-Ac)1 + Ag1* + Ag1 En nombre de moles on a : Ago* = ( Ag*-Ac )1 + Ag1* et Ago = ( Ag - Ac )1 + Ag1 Pour Ago = 0 on a (Ag*-Ac)1 = Bo et (Ag-Ac)1 = 0 et Ag1= 0 Pour Ago > 0 on a (Ag*-Ac)1 = B Une courbe dtalonnage donnant la valeur de B/Bo en fonction des quantits connues de protine ajoute permet le dosage de quantits inconnues de protine. Par ailleurs, il est possible de substituer la protine native par une forme dnature. Si la protine a subi des modifications de conformation affectant un ou plusieurs de ses pitopes, son affinit pour les anticorps sera modifie et la courbe B/Bo ne sera plus superposable la courbe de rfrence. 2.4. Mthodes prdictives. Ces mthodes se dveloppent trs rapidement du fait des progrs de linformatique et des mthodes modernes de la biochimie et de la biologie molculaire. Ces mthodes thoriques reposent sur la connaissance des squences nuclotidiques, permettent dune part la construction de squences dacides amins et dautre part de discerner leur signification, prdisent les structures secondaires et certaines proprits comme les zones rponse antignique, et enfin corrlent structure et fonction. Ces mthodes sont de plus en plus mathmatises. Le problme du repliement : le paradoxe de Levinthal..Pour un peptide dune trentaine dacides amins le nombre de conformations possibles le repliement- est gal ou suprieur de N = 10100 . Le force motrice du repliement est leffet hydrophobe tandis que les interactions lectrostatiques gouvernent la reconnaissance molculaire. Les protines ont tendance enfouir les chanes latrales hydrophobes en leur cur. Les 20 acides amins possdent des caractristiques physico-chimiques et structurales bien connues.

taille

ILE LEU VAL ALA CYS GLY PHE

TRP TYR GLN MET THR SER PRO

LYS+

ARG+ GLU-

HIS ASPASN
polarit

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Les chanes latrales sont flexibles et ont des angles de torsion multiples (orientation prfrentielle de la chane latrale conduit une structure spatiale bien dfinie appele rotamre). On peut calculer une fonction dnergie empirique pour modliser :
U=

liaisons

" k (b # b ) + " k (a # b )
b o a o angles

% + " ' 1+cos & torsions

(nt #$)

% qi q j ( ( A B ij ij ' * +" # 6 + * ) ij ' r12 r ij * r ij ij & )

Van der Waals


!

Coulomb

On peut caractriser une surface dnergie comme ci-contre, en fonction de nombreux paramtres comme les valeurs de et de

2.4.1. Recherche des rgions codantes pour une protine donne dans le gnme. Il existe pour cela des mthodes informatises (STADEN R., 1985, Genetic Engineering, Setlow and Hollaender Edrs, Plenum Press, Vol 7 , p.67, London ; STORMO G.D.,1987, Nucleic acid and protein sequence analysis- A practical approach, Bishop and Rawlings Edrs, IRL Press, Oxford. Logiciel RASMOL, bases de donnes comme http://www.swissprot). Pour un acide amin donn, les codons varient avec lespce mais aussi avec la protine. 2.4.2. Alignement des squences dacides amins. Quand une squence est dtermine, il faut rechercher si elle na pas dj t dcrite dans une protine connue. En cas dhomologie, il est probable que la conformation soit la mme ou trs voisine. On procde par alignement der squences. La conservation de la squence se traduit par une conservation de la structure 3D.

2.4.3. Prdiction des structures secondaires.

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Trois principaux types de rponses sont attendues de ces mthodes : - description des structures secondaires typiques (hlice , feuillet , ponts et pelote). La mthode rseau de neurones permet cette prdiction - description des hlices trans-membranaires - position des sites antigniques. Depuis 1984, les mthodes utilises sont classes en mthodes probabilistiques ou probabilistes, mthodes physico-chimiques et mthodes bases sur des informations thoriques. La mthode des pionniers CHOU et FASMAN (1978) est essentiellement probabiliste ou statistique. Ainsi la frquence de participation dun rsidu dacide amin donn une structure secondaire type est estime partir de banques de donnes. Par exemple si avec 10 protines contenant 4000 rsidus dacides amins, 1500 sont impliqus dans les hlices , et si ces 10 protines contiennent 400 rsidus dalanine dont 220 sont impliqus dans les structures hlices , la probabilit qua lalanine de participer lhlices est gale :
P! (ALA) =
220 400 1500 4000

= 1,46

et comme P est suprieur 1, le rsidu est qualifi de formateur ou stabilisant de la structure secondaire (ici lhlice ). Il est qualifi de destructeur si P est infrieur 1 (cf tableau 2, p.8). La mthode de LIM (1974) est un exemple dapproche physico-chimique. Elle est base sur les proprits polaires et apolaires des rsidus le long de la squence. Dans une hlice la rotation est denviron 100 entre rsidus ; la position spatiale des chanes latrales de ces rsidus quand la protine est en milieu aqueux varie en fonction de leur polarit. Il en est de mme pour les structures tertiaires dans lesquelles les zones hydrophobes seront localises prfrentiellement vers le cur de la molcule (figure 54). Les dveloppements les plus rcents sont lis lamlioration des techniques premires, les structures tertiaires tant ainsi obtenues par des rptitions de motifs de base (structure / par exemple). Les banques de donnes deviennent de plus en plus fournies et performantes : Google propose des accs nombreux BISANCE : Base Informatique pour la Squence des Acides Nucliques des Chercheurs Europens , CITI 2, 45 rue des Saint Pres , 75270 Paris PIR : Protein Identification Resource, National Biomedical Reseach Foundation, Georgetown University, 3900 Reservoir Road NW, Washington DC 20007, USA Protein Data Bank : Chemistry Department, Brookhaven National Laboratory, Upton NY 11973 USA. Les derniers progrs dans la prdiction des structures secondaires et tertiaires reposent sur lutilisation des techniques dintelligence artificielle. Ecrits en langage LISP, ces techniques hirarchisent les structures les plus probables.

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hlice ! rsidu polaire

"coupe d'une structure tertiaire" en milieu aqueux

rsidu apolaire

vue de dessus

zone apolaire hydrophobe

zone polaire hydrophile figure 54. Disposition probable des chanes latrales dans une hlice a et dans une structure tertiaire.

Les prdiction de sites antigniques reposent sur lhydrophilicit de la squence et la probabilit de retrouver ces zones lextrieur de la molcule, ces zones tant donc accessibles aux anticorps 3. Interactions impliques dans la conformation des protines. La connaissance de ces interactions permet de matriser la conformation et ses volutions. Ceci est particulirement important en technologie enzymatique , en technologie des viandes, en technologie laitire ou encore en technologie des protines dorigine vgtale. De par leur structure, ce sont les chanes latrales qui sont lorigine de ltablissement dinteractions contribuant la structure spatiale et donc aux proprits de la protine. 3.1. Prise en compte des contraintes striques. Les contraintes striques sont lies aux degrs de libert de rotation et des liaisons peptidiques qui peuvent prendre toutes les valeurs comprises entre 180 et -180 (figure 55). Cependant la nature de R (ionisation, volume, hydrophobicit, hydrophilicit) va impliquer des rpulsions des R ou des attractions se traduisant par un rapprochement ou un loignement maximum et donc par des angles et bien dfinis pour deux rsidus donns. Pour les rsidus de glycine les zones de conformations permises sont importantes et symtriques tandis que pour les rsidus d'alanine les degrs de liberts de et sont plus faibles (figure 55).
+180 +180

% !

C # $
0 0

0 degr

-180 -180

0 " L-alanine

+180

degr

-180

" Glycine

Figure 55. Diagramme de Ramachandran. Conformations stables (= ) ou limites (III) des conformations permises. p et a : feuillets plisss parallles et antiparallles ; R et L : hlices pas droite et gauche ; C : structure type collagne.

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Cependant le diagramme de Ramachandran ne donne que les conformations possibles sans dterminer celle qui sera adopte en raison de sa plus grande stabilit. Pour obtenir cette structure il est ncessaire de prendre en compte les divers potentiels nergtiques mis en jeu en fonction de et . Les mthodes d'valuation existantes actuellement sont encore empiriques et utilisent des mthodes statistiques et analytiques souvent trs sophistiques. Dans cette approche il est tenu compte des rayons de Van der Waals qui sont respectivement gaux : -C : 1,87 , H : 1 , =C : 1,76 , N : 1,65 , O : 1,4 , S : 1,85 , P : 1,7 . Pour estimer la structure, la prise en compte des contraintes striques doit tre associe des contraintes de polarit qui rendent possibles ou non certaines conformations mais aussi de nombreuses autres considrations. Les liaisons intramolculaires susceptibles de stablir et de contribuer la structure tertiaire sont nombreuses : il sagit de liaisons covalentes dnergie leve (ponts disulfure) ou de liaisons de plus faible nergie mais en nombre beaucoup plus lev (liaisons ioniques, liaisons dipolaires, interactions de Van der Waals, liaisons hydrogne, interactions hydrophobes). Dans ce dernier cas les phnomnes de cooprativit conduisent des zones stabilises par des nergies leves. Ces interactions sont schmatises dans le tableau 12. Les interactions avec le solvant, le plusz souvent leau, sont prendre en considration. 3.2. Les interactions de Van der Waals. Il sagit dinteractions attractives et rpulsives entre groupes d'atomes quels qu'ils soient dont la distance r est fonction de et et drivent du potentiel : Uk,l ( i,i) = ak,l / rmk,l - Ck,l / r6k,l m compris entre 9 et 12 ak,l et ck,l sont des constantes caractristiques des groupes d'atomes k et l. La reprsentation uk,l = f (rk,l) montre qu'il n'y a pas d'interaction quand k et l sont loigns. Les forces qui drivent de ce potentiel deviennent attractives puis trs fortement rpulsives quand r diminue. La distance moyenne pour laquelle ces forces sont attractives est comprise entre 0,2 et 0,5 nm. Ces interactions de Van der Waals contribuent surtout la stabilisation des structures internes des protines et peut-tre leur prcipitation quand la sphre de solvatation diminue par augmentation de la force ionique ou encore quand les effets rpulsifs de type lectrostatique sont minimiss (par exemple au pHi). Ces interactions attractives diminuent quand la temprature augmente ; le relargage des protines sera donc favoris par abaissement de la temprature. L'nergie mise en jeu est de l'ordre de 1 10 kJ.mole1. 3.3. Les interactions dipolaires. Les diples permanents que constituent certains rsidus d'acides amins ( SER, THR, TYR, CYS, MET) et les liaisons peptidiques qui ont une valeur de 3,7 debyes contribuent l'orientation de la chane polypeptidique, les degrs de libert tant conditionns par et . L'nergie d'interaction entre deux diples spars de d est donne par : k . l 3 ( k . x ) l . d Udip = ______ . ___________ 3 .x . x5 o x est la magnitude scalaire de d et la constante dilectrique. Udip peut tre valu en attribuant une charge partielle aux atomes des diples et en calculant l'nergie lectrostatique par la somme des interactions du type Coulomb :

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Udip =

Sq,l qk.ql ________ . dk,l

dans laquelle qk et ql sont les charges partielles de k et l et dk,l leur distance. qk et ql prennent les valeurs de - 0,28,+ 0,28, - 0,39 et + 0,39 e pour N, H, O et C respectivement, a une valeur comprise entre 2 et 5. Les nergies de ces interactions sont comprises entre 1 et 10 kJ.mole-1.

Liaison ou nergie distance interaction (kJ.mole-1 ) (nm) covalente 0,1 pont disulfure 320 - 380 0,2 pont hydrogne 8 - 40 0,2 0,3

reprsentation chimique SH S HS S

diminue par rducteurs sulfites eau ure guanidine dtergents chaleur

renforce par

froid

N H TYR O H SER GLN O C H ASN N H H

O C O C

N GLN H C O ASN NH 3 + eau ,sels pH , chaleur H chaleur froid ions divalents froid

ioniques
attractives ou rpulsives

35 - 90

0,2 0,3 0,2 0,4 0,2 0,5

O C OH

dipolaires apolaire (Van der Waals) hydrophobe

1 10

1 10

chaleur, dtergents solvants H H O H O H H H O H O H froid dtergents solvants

froid

4 12

0,3 0,5

chaleur

tableau 12 . Liaisons impliques dans la structure spatiale des protines.

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3.4. Les interactions ioniques (lectrostatiques). Elles sont essentiellement dues aux groupements ionisables des chanes latrales et se traduisent par des rpulsions ou des attractions selon le signe. Dpendantes du pH elles contribuent la stabilisation des structures spatiales (2 aire ou 3 aire) et aux changes avec l'environnement . Les groupements et carboxyliques des acides aspartique et glutamique et le COOH de l'acide amin C terminal sont susceptibles d'tre porteurs de charges ngatives; les groupements NH2 de la lysine, NH2 de l'acide amin N-terminal, guadinine de l'arginine ou imidazole de l'histidine peuvent tre porteurs de charges positives. L'nergie de la liaison ionique mise en jeu est de la forme: k . Zl . el . . ak,l Ui = - Zk . ee . rk,l rm k,l rkl est la distance entre k et l. La force qui drive du potentiel ak,l / rmk,l est rpulsive (m compris entre 9 et 12) ; cette force rsulte de l'impossibilit de pntration de deux atomes ou ions en-dessous de leur rayon atomique (rayon de Van der Waals). La force attractive ou rpulsive ionique a une nergie de liaison comprise entre 40 et 85 KJ.mole-1. Ces interactions affectent entre autre la solubilit, et les proprits mulsifiantes et moussantes des protines . Cest le pH du milieu et la prsence de sels qui sont le facteur de contrle le plus important de ces liaisons. En raison des interactions qu'ils donnent avec l'eau, les groupes ioniques sont souvent situs en milieu aqueux l'extrieur des protines et ces groupes sont impliqus dans l'quilibre acidobasique. Les courbes de titrage des protines sont trs complexes car les groupements ionisables sont nombreux et peuvent reprsenter jusqu 30 50 % du nombre total de rsidus ; de plus l'ionisation d'un groupement donn dpend de son environnement, le pKa pouvant alors varier de plus ou moins 1. Au cours du titrage d'une protine de sa forme - vers la forme +, il existe un pH pour lequel le nombre total de + est gal au nombre total de -, c'est le pHi (point isolectrique ), pH pour lequel la charge globale est gale 0. La prsence d'ions peut entraner des modifications importantes de ces interactions de mme que la proximit dautres groupements ioniss ou non . Laugmentation de la force ionique au pHi amliore la solubilit en rduisant les attractions lectrostatiques intermolculaires . 3.5. Liaisons par pont hydrogne. Ces liaisons sont mises en vidence par spectroscopie IR, Raman ou par RMN. Ce type de liaison s'tablit entre un atome lectrongatif possdant au moins un doublet lectronique (O, N, S) et un atome d'hydrogne lui-mme li un atome lectrongatif. Dans les protines ces ponts se forment par exemple entre l'O du C = O d'une liaison peptidique et l'hydrogne du NH d'une autre liaison peptidique. La distance - O .... H - est d'environ 0,2 nm. Dans les protines ces liaisons se forment entre amide et carbonyl (ASN-GLN), phnol et carbonyl (TYR - ASN ou GLN), carbonyl et hydroxyl (ASP-GLU-SER). L'nergie de ces liaisons est de l'ordre de 10 40 kJ.mole-1 et varie en fonction de l'lectrongativit et de l'environnement. Ces liaisons jouent un rle dterminant dans la stabilisation de structures secondaires (hlice , feuillets ) et tertiaires. Les protines, par les groupements polaires non ioniss des chanes latrales des rsidus d'acides amins situs en surface, peuvent former avec les molcules d'eau de nombreux ponts hydrogne, ce qui contribue la structure et la solubilit. L'eau peut entrer en comptition avec des liaisons H "peptidiques", ce qui peut dstabiliser la molcule. Il faut nanmoins retenir que la biosynthse de la macromolcules protique a lieu en milieu aqueux : il stablit alors un quilibre entre leau et la protine et cest sous sa forme hydrate quil faut envisager sa fonctionnalit in vivo . Ces liaisons sont dtruites par la chaleur, l'ure, le chlorure de guanidine.

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3.6. Interactions hydrophobes. La structure native d'une protine est fonction du solvant dans lequel elle se trouve. Ainsi l'addition d'1 mole d'ure 10 moles d'eau permet de modifier compltement la conformation d'une protine native avec adoption de structures dsorganises. Par ailleurs, il est possible d'induire la formation de structures plus ordonnes dans des solvants dont la capacit former des liaisons hydrogne est infrieure leau (par ex. le 2-chlorothanol). L'hydrophobicit des chanes latrales des rsidus d'acides amins est lie une structure chimique apolaire telle qu'aucune interaction (sauf les interactions de Van der Waals) ne peut se produire avec des molcules polaires comme l'eau. Ces chanes latrales qui "fuient" l'eau se trouvent donc souvent regroupes dans des zones hydrophobes internes. En prsence d'ure, l'affinit des chanes latrales apolaires pour l'intrieur de la molcule diminue de quelques centaines de joule. L'nergie libre de transfert d'une mole de chane latrale de l'eau vers une solution d'ure 8 M est ngative et gale 0,3, - 1,59, - 2,93 et - 3,05 kJ.mole-1 respectivement pour l'alanine, la leucine, la phnylalanine et le tryptophane. Comme les rsidus apolaires reprsentent environ 50 % de l'ensemble des rsidus d'une protine, l'ure induit donc des modifications importantes de la conformation. L'nergie de ces interactions, voisine de 3 13 kJ.mole-1 augmente avec la temprature en milieu aqueux . 3.7. Ponts disulfure. Ces ponts forms par oxydation de deux rsidus de cystine permettent la stabilisation des conformations protiques et limitent leur nombre. Dans une protine possdant n rsidus de cystine, le nombre de combinaisons aptes former des points est C2n. Si n est pair le premier pont disulfure a n - 1 possibilits de se former, le second n - 3, etc... et le nombre de ponts possibles est N = (n - 1) (n -3) (n - 5) ... (1). Bien qu'il existe de nombreuses possibilits, un seul arrangement est souvent possible. Ainsi quand la ribonuclase est dnature par le -mercaptothanol, les 4 ponts disulfure initiaux se reforment ( pH 8 et l'air) alors qu'il existe 105 possibilits de formation de ponts S-S (N = 7.5.3.1); l'activit biologique de la molcule rapparat. Cependant si la roxydation (limination du mercaptothanol) est ralise en milieu ure 8 M, l'limination ultrieure de l'ure conduit l'obtention d'un ensemble de structures dont l'activit n'est gale qu' 1 % de l'activit initiale. Ceci est en bon accord avec la prdiction des possibilits de formation des ponts car 1 seule structure sur les 105 possibles correspond la protine native active. Dans d'autres systmes protiques, des ractions d'change peuvent se produire. Ces ractions affectent les proprits des molcules. Si elles se produisent entre molcules diffrentes, des modifications des proprits rhologiques importantes apparaissent alors. Ainsi la viscosit et l'aptitude glifier de solutions protiques sont troitement lies ces changes de ponts disulfure. Ces liaisons covalentes, dont l'nergie est leve (320 - 385 kJ.mole-1) ne sont ni linaires ni dans un mme plan (figure 4, chapitre II) et sont l'origine d'isomres optiques. Leur prsence impose des contraintes importantes la structure protique et il est difficile de modifier la conformation de protines contenant de nombreux ponts disulfure en particulier par chauffage. Aprs rduction de ces ponts, certains sites hydrophiles (et hydrophobes) peuvent devenir accessibles l'environnement solvant, ce qui se traduira par une augmentation de la solubilit. Les rducteurs puissants, comme le dithiothritol ou le -mercaptothanol, ne sont pas utilisables dans la prparation de protines alimentaires en raison de leur toxicit. Pour rompre des ponts disulfure dans le but d'augmenter la solubilit d'une protine alimentaire, il est possible d'utiliser les sulfites qui donnent des S-sulfonates (-S-SO3-), ou encore de rajouter des rducteurs comme la cystine .

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VII - EXTRACTION & PURIFICATION DES PROTEINES


1 . Objectifs de lextraction & purification. Jusquaux environs des annes 1980 il tait exceptionnel dextraire et purifier des protines usage alimentaire exception faite des molcules possdant des activits enzymatiques, hormonales ou encore pharmacologiques. Si quelques produits dusage courant sont disponibles ltat quasiment pur (saccharose, chlorure de sodium) ou dans un tat correspondant un mlange de composs aux proprits communes (huiles, margarines, etc), il existe encore de nos jours certaines rticences consommer des prparations protiques purifies. La purification des protines est ralise: - pour tudier les structures, la ou les fonctions et leurs interrelations. Dans ce cas, une petite quantit de protine est suffisante mais sa puret doit tre la meilleure possible - pour des utilisations industrielles et en particulier en technologie alimentaire. Dans ce cas la puret ne joue quun rle secondaire par rapport aux cots de production et aux besoins. Les objectifs de lextraction sont alors dordre fonctionnel, organoleptique, nutritionnel ou encore conomique. Le choix des sources de protines extraire & purifier dpend du but atteindre. Lextraction des protines de sous-produits dindustries agroalimentaires comme les laiteries, les abattoirs, les amidonneries, les fculeries, les brasseries, les huileries, les distilleries, les sucreries etc rpond la fois un souci de protection de lenvironnement par matrise des rejets et un souci de rcupration de protines nobles potentiellement intressantes aux plans de leurs proprits nutritionnelles ou fonctionnelles par exemple. Pour amliorer la valeur nutritionnelle de sources de protines vgtales il faut souvent les sparer de facteurs toxiques ou antinutritionnels (lectines, fibres, polyphnols, etc). Lamlioration des qualits organoleptiques requiert par exemple, pour lacceptabilit, la matrise de la couleur ( vert et chlorophylles, rouge et hmoglobine etc) ou du got et des armes (amertume, odeur dherbe etc). La meilleure utilisation de productions alimentaires en court-circuitant certaines transformations protines-protines inutiles et de trs mauvais rendement, ce qui assurerait une meilleure disponibilit au niveau mondial en particulier. Pour les protines activit enzymatique, la source choisie sera celle dans laquelle la protine est la plus abondante et la plus stable. Cette source sera, si possible, dune grande disponibilit et dun cot le plus bas possible. Quand cela est possible on utilise des cellules pro ou eucaryotes susceptibles dtre cultives (bactries, levures, moisissures, cellules vgtales ou animales). Dorganes animaux sont extraites trypsine, rnine (prsure), pepsine et dorganes vgtaux papane, bromline, ficine, actinidine. Le gnie gntique permet dobtenir des protines recombinantes qui sont souvent exprimes en grandes quantits dans des cellules microbiennes faciles cultiver. Il arrive parfois que ces protines ne soient pas excrtes ou se retrouvent sous une forme insoluble en milieu aqueux (Escherichia coli). Quand elles sont excrtes (Bacillus subtilis) la physiologie de la bactrie est moins connue et la bactrie plus difficile contrler. Saccharomyces cerevisi nexcrte que de petits peptides. Les modifications post-transcriptionnelles comme la glycosylation ne sont pas effectues par les microorganismes. Les cultures de cellules animales (cellules dinsectes et de baculovirus) permettent dexprimer bon nombre de gnes avec modifications post-transcriptionnelles.

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Les enzymes purifier sont par exemple des protases utilises dans lindustrie des dtergents, des amylases hydrolysant lamidon ou des pectinases hydrolysant les composs pectiques. Dans le cas de protines activit enzymatique ou aux proprits fonctionnelles recherches, il est fondamental de les produire ltat natif pour que la prparation prsente une activit technologique ou pour les enzymes une activit spcifique aussi leve que possible. Souvent, la structure native des protines dun produit vgtal ou animal est altre au cours de l extraction par les conditions adoptes (temprature, traitements mcaniques et/ ou chimiques, etc.) mais aussi par le contact avec des protases soit naturellement prsentes (trypsine, actinidine du kiwi, papane de la papaye, bromline de lananas) soit libres et mises en contact des protines extraire par le traitement (cathepsines, etc). Pour minimiser ces modifications dfavorables il est possible de matriser la concentration locale excessive en composs dnaturants divers au cours de leur addition, de contrler la temprature (aux temprature infrieures 10C lactivit des protases est rduite) et le pH (les pH extrmes sont des facteurs de dnaturation), dutiliser des inhibiteurs de protases comme leupeptine : N actyl-LEU-LEU-ARG-al, antipaine : (S)-1-carboxy-2phnylthyl carbanoylARG-VAL-ARG-al, chymostatine : PHE-(Cap)-LEU-PHE-al, ces inhibiteurs tant ensuite limins par les proprits de leur fonction aldhydique).

Pour extraire les protines intracellulaires il faut souvent dtruire par des moyens physiques ou chimiques les membranes et parois cellulaires impermables aux macromolcules. Les protines membranaires ne seront extractibles quen prsence de dtergents ou de solvants organiques. La paroi pecto-cellulosique des cellules vgtales les rend plus proche dans leur comportement des cellules microbiennes que des cellules animales. Par ailleurs les cellules vgtales contiennent des acides organiques et des polyphnols oxydables par des polyphnol-oxydases en quinones susceptibles de ragir avec les protines (tannage du cuir) et de se polymriser en tanins (tanins condenss trs ractifs avec les protines). La perte dactivit ou de valeur nutritionnelle, la diminution du rendement %w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 113 3900 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 4 end 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 79 3 3147 2580 2444 3020 2800 2080 3300 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv 2460 cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al 6 s{dp dv m g dv mv 93 dp rO dv o x -.6 WI 8 py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 10 1411 1438 1020 1696 2100 2300 p 48 n 0 mv py 0 at p bd 1880 p LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 I2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 1 gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 3426 2580 2444 3155 2800 2500 3300 1880 3880 2 1 3.375 1020 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s 2800 wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 1476 1020]B 1696]B 1438]B 2100]B 2300]B x m1 sc 41 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge 1696 mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 Ar put sc m px DA}{cw m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 3129 2 L/S{sf s p 0 b1 11 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv DSt tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD /N py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 1457 [7 e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 0 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 I r n/dx l -1 g cm d/B{bs 360 a sc -1 2 lp sl 2500 dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 3414 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 2300 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p N Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 1524 ac 1 w l ac 1 cw pp rot DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv DSt -2 o -1 x fill 1 put/N sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp [9 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb I Inc. ly neg gr N 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e 1880 -1 m l 0 rO 16 cm p 1 p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac a l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp d}b/bs px st}{Asc lW 4 m 2300 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp DSt py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 e l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S array r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 5 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 1{bs def/L{l sc p e sm}b/ -1 39 wb eq{dL SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{x ap d x x py 0.5 cp gr}b 0 rou CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA wx a 18 0 e ra L a m S 1 p B g p s dextraction requirent soit une limination des phnols par adsorption sur des rsines soit une inhibition des activits polyphnol-oxydasiques ou une limination des quinones par des rducteurs ou par condensation (polyamide, poly-caprolactone, polythylne, polyvinyl-pyrrolidone; cette dernire est la plus utilise sous forme insoluble sous la dnomination de Polyclar AT). currentpoint

N CH2 CH

O CH2 n currentpoint 192837465

Les effets inhibiteurs des acides peuvent tre minimiss par le solvant qui doit imposer un pH par son pouvoir tampon. 2. Mthodes dextraction des protines. De par leur structure native complexe, leur htrognit, leurs associations avec dautres composants cellulaires, les protines sont les bio-polymres les plus difficiles extraire. Lextractibilit de protines dans un environnement donn dpend dabord de leur localisation et de leur solubilit en milieu aqueux, de leur dnaturabilit qui correspond des modifications de leur conformation avec comme consquence frquente une diminution de solubilit et une perte dactivit. Elle est galement fonction de la taille et de la forme de la molcule, de sa polarit etc. Le schma gnral de lextraction purification des protines (figure 56) est fonction de la matire premire et plus particulirement de sa teneur en eau.

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Dans les mthodes dextraction ngatives, la (ou les) protine est maintenue dans la matire premire de laquelle on extrait divers composs, le rsidu senrichissant alors relativement en protines. Cette mthode ne permet pas datteindre des taux de purification levs car la protine reste associe de nombreuses substances; le produit obtenu est un concentr ou concentrat. Dans les mthodes dextraction positives, la (ou les) protine est extraite, par mise en solution le plus souvent, de la matire premire puis spare des composants qui lont accompagne. Ces mthodes permettent datteindre des taux de puret trs grands, le produit obtenu tant un isolat.

Matire premire solide


Teneur en eau infrieure 10%

Matire premire solide


Teneur en eau suprieure 50%

Matire premire liquide

destructuration
Moyens physiques
Broyeurs, ultrasons, hautes pressions, chaleur

Moyens chimiques
Dtergents, acides, bases, solvants

Solubilisation des protines

Addition deau, ou dthanol Extraction des substances solubles

Phase insoluble rsiduelle

Sparation des particules


(en fonction de leur masse volumique : turbosparation) Phase liquide rsiduelle

protines

Rsidu insoluble et

Phase solide rsiduelle

schage

Prcipitation ou rcupration slective des protines schage


Phase soluble rsiduelle

concentrat isolat

figure 56. Schma des grandes voies dextraction des protines

Le rendement dextraction R (R = masse de protine extraites / masse de protines totales) est souvent plus faible pour les produits dorigine vgtale que pour les produits dorigine animale. La slectivit caractrise le degr de puret et dhomognit. Le cot dextraction dpend entre autre du rendement ( pondrer du temps dextraction : masse extraite par unit de temps) et de la concentration de lextrait.

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3. Les procds de dstructuration. Ils permettent la dlocalisation des protines extraire. Appliqus des produits faible teneur en eau ils augmentent le rapport surface / volume ce qui permet de meilleurs rendements dextraction solide / liquide par la suite.

3.1. Traitements de dstructuration physique. Les traitements de dstructuration physique sont nombreux : concassage, agitation, broyage, hachage, pressage, mouture, pulvrisation. Les technologies sont toujours adaptes aux proprits de la matire premire traiter. Au laboratoire cette opration est gnralement ralise en phase liquide. Les broyeurs utiliss (Ultraturrax, Waring blendor) sont des systmes mcaniques plus ou moins sophistiqus, souvent couteaux, qui peuvent tre facilement rfrigrs. Le passage par une poudre actonique (rsidu dshydrat rsultant du broyage du tissu basse temprature et de son traitement -15C par de lactone anhydre) donne des rsidus dlipids enrichis en protines et peptides avec parfois une dnaturation et une perte dactivit. Les cellules bactriennes et levuriennes sont rsistantes au broyage et il faut les dstructurer en prsence de billes de verre ou de sable avec risques de pertes par adsorption. Lagitation de la matire premire additionne dun abrasif avec une frquence leve donne de bons rsultats, la chaleur dgage au cours de lopration tant limine par refroidissement dans du CO2 solide (neige carbonique). Les parois cellulaires peuvent tre fragilises par des cycles conglation / dconglation. Les pertes de charges subies par un liquide soumis une pression leve (500 bars et plus) puis brutalement ramen pression atmosphrique permettent de rompre des cellules. Il en est de mme avec certains procds pour lesquels le liquide est projet sur une paroi mtallique avec une vitesse leve (homognisateur). Lextrusion de la matire premire sous forme de pte congele produit, du fait des cisaillements, les rupture des parois cellulaires. Les ultra-sons (20 kHz et plus) appliqus aux solutions produisent un phnomne de cavitation gazeuse, cest dire des zones de rarfaction gazeuse et de compression qui se dplacent rapidement. Les bulles gazeuses peuvent mme coalescer et gnrer une onde de choc. La production de chaleur, de radicaux libres et dions peut conduire une dnaturation des protines, do la ncessit de refroidissement et doprer par des squence de traitement de courte dure suivies dune priode de repos de quelques minutes. Les traitements thermiques (50 140C pendant des dures variables) permettent de fragiliser certaines structures, de fluidiser une phase (fonte des graisses), de solidifier une phase (coagulation presque toujours dnaturante et irrversible des protines), de dshydrater dans certaines conditions (schage, concentration) et enfin de pasteuriser, blanchir ou striliser la matire traite. 3.2. Traitements de dstructuration chimique. Ces traitements sont nombreux et gnrent souvent des modifications de conformation.

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Les traitements en milieu alcalin ou acide, pH loigns du pHi, chargent positivement les protines, augmentant ainsi leur solubilit dans la phase aqueuse.

ngativement ou

La force ionique modifie aussi la solubilit des protines (effets de salting in ou de salting out). Les dtergents dissociant protines et lipides provoquent souvent une dnaturation. Certains solvants (actone, tolune) favorisent lautolyse cellulaire. 3.2. Traitements enzymatiques. Il sagit dune mthode douce et slective de dstructuration des parois cellulaires. Lactivation des enzymes hydrolytiques endognes est utilisable (autolyse), mais il y a risque de protolyse. Pour les bactries Gram + , on peut utiliser le lysozyme du blanc duf qui catalyse lhydrolyse des liaisons 1-4 glycosidiques des peptidoglycanes de la paroi. Dans le cas des levures on utilise des polysaccharidases dorigine fongique ou descargot (Helix pomatia).

4. Optimisation de la solubilisation. De nombreux facteurs principaux souvent non indpendants sont prendre considration. Dans le cas de solubilisation de protines destines tre consommes dans notre alimentation, ils font lobjet dune approche exprimentale base sur la mise en place de plans dexprience. Parmi les plus importants on peut signaler le rapport solide/solvant, la granulomtrie, le mode dagitation, la temprature, le temps, le pH, la force ionique, la temprature, la constante dilectrique, la prsence de cations bivalents, etc. 5. Purification & concentration & rcupration des protines solubilises. La prcipitation des protines est un bon moyen de concentration qui engendre, selon les mthodes utilises, des dnaturations rversibles ou non. Elle dpend essentiellement de facteurs qui sont : - la nature, la polarit et la temprature du solvant - la charge de la protine directement lie au pH - la conformation et le degr dhydratation - la prsence de composs non protiques (sels, oses, lipides). 5.1. Prcipitation enzymatique. La coagulation des casines du lait par la prsure est une des tapes de purification de casinates, la phase liquide exsudant spontanment aprs tranchage et gouttage. La coagulation du fibrinogne du sang par la thrombine est une sparation des hmaties du srum liquide. 5.2. Prcipitation isolectrique. La solubilit dune protine est minimale son pHi ce qui ne prjuge pas de sa prcipitation. Les courbes de la solubilit en fonction du pH sont en forme de U et dpendent entre autre de la force ionique (figure 57).

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solubilit protine+ protine

solubilit

-lactoglobuline

NaCl 20 mM NaCl 5 mM NaCl 1 mM

protine + pHi pH 5 5,4 5,8 pH


figure 57. Courbes de solubilit des protines en fonction du pH.

Nanmoins, une protine pralablement dnature par la chaleur ou un traitement en milieu trs acide prcipite avec un rendement trs lev son pHi. Ce procd est utilis en laiterie pour rcuprer les protines sriques dans le caill (procd Centriwhey). La dnaturation thermique souvent irrversible gnre des protines aux proprits fonctionnelles limites. 5.3. Prcipitation par augmentation de la force ionique. Rappelons que les albumines sont solubles en phase aqueuse et que les globulines ne sont solubles quen prsence de sels. La force ionique est dfinie par :

=1 2

! ci.z2 i

avec c concentration molaire en ion i et z valence de lion i. (exemple : une solution molaire de Na Cl a une force ionique de 1 , de K2SO4 de 3 ) La solubilit des protines suit la loi de KIRKWOOD :

log S = log So + B - A.
dans laquelle S est la solubilit, So la solubilit force ionique nulle (dans leau), A une constante indpendante de la temprature qui dpend du rayon de la molcule, de la nature du sel, de la constante dilectrique et de la temprature et B une constante fonction de la temprature, de la nature du sel et de la constante dilectrique.

Souvent B>A ce qui conduit une augmentation de log S en fonction de aux faibles forces ioniques (effet de salting in) et une diminution de log S aux fortes forces ioniques (effet de salting out) comme schmatis sur la figure 58. Ces effets, qualifis de rciproques, varient avec les ions ; plus un ion aura une charge et un volume importants et plus il fixera de molcules deau qui ne seront plus solvantes, leffet de salting out tant alors lev. Cette srie est qualifie de srie dHOFMEISTER ou de srie lyotropique ou chaotropique. Classs en fonction de leurs effets croissants en salting out elle est la suivante : trichloractate > citrate > HPO42- > SO42- > tartrate > SCN- > ClO4- > NO3- > actate > I- > Br- > Cl> OH- > FAl+++ > OH3+ > Ba++ > Sr++ > Ca++ > Mg++ > NH4+ > K+ > Na+ > H+ > Li+

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log (S/ So) srum albumine (20C) 0 -1 KCl -2 0 1 Na2 SO4 2 force ionique

log S 10C 1
fib

b
00 0 68 50 e1 67 in ne ob mi gl u yo alb m 0 m 00 ru S 80 e1 lin bu glo 000 450 ne og rin

NaCl

0 -1 -2 0

3 4 force ionique

figure 58. a-Variations de la solubilit de la srum albumine en fonction de la force ionique et de la nature du sel b- Variations de la solubilit en fonction de la force ionique [(NH4)2 SO4 ] pH 6,9 .

Par ailleurs, plus le poids molculaire de la protine est lev et plus sa prcipitabilit pour une mme force ionique est leve (prcipitation fractionne). Dans la pratique cest le sulfate dammonium qui est utilis (solution sature 4 M de densit 1,235) en milieu lgrement tamponn (50 mM). 5.4. Prcipitation par diminition de la constante dilectrique. Lure ou le chlorure de guanidine augmentent D ( D = 80 avec leau et 130 avec une solution 6M dure) diminuent lintensit des liaisons hydrogne intra et intermolculaires et donc favorisent la solubilit des protines charges par augmentation des forces rpulsives des molcules rgies par la loi de COULOMB : q . q' f= 1 . D d2 Les solvants qui diminuent D diminuent la solubilit (dimthylsulfoxyde D = 49, dimthylformamide D = 37, mthanol D = 33, thanol D = 24, actone D = 21, benzne D = 2,3 et hexane D = 2). 5.5. Coprcipitation par adsorbtion. Les polythylne glycols (PEG) de poids molculaire compris entre 6000 et 20000 permettent de fractionner les protines du sang diffrents pH (4,6 6 et 7). Ils donnent de trs nombreuses liaisons hydrogne avec les protines. Lacide polyacrylique permet dobtenir partir du lactosrum des protines aux proprits fonctionnelles comparables celles du blanc duf. La poly-vinylpyrrolidone, les tanins, le poly-uronate, la carboxy-mthyl-cellulose, les alginates sont des polymres qui forment des complexes avec les protines permettant leur rcupration. Les poly-phosphates (hexamtaphosphate) et le chlorure ferrique (et la plupart des sels de mtaux lourds malheureusement non utilisables en technologie alimentaire en raison de leur toxicit) sont dexcellents agents de prcipitation des protines. 5.6. Lultrafiltration. Il sagit dune mthode de concentration / sparation des macromolcules biologiques base sur leurs diffrences de taille et de forme qui utilise des membranes semi-permables (tamisage molculaire). En fonction des dimensions des particules sparer et donc de leur diamtre on peut dcrire : - la filtration jusqu 1000 nm (mulsion de globules gras, bactries) - la micro-filtration entre 1000 et 100 nm (virus, micelles de casine) - la nano-filtration entre 100 et 10 nm (virus, micelles)

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- lultra-filtration entre 10 et 1 nm (protines, hormones, vitamines) - losmose inverse jusqu 0,1 nm (molcules organiques simples et ions). Deux phases sont obtenues : un rtentat compos dun concentr de molcules les plus volumineuses et un filtrat ou permat contenant les molcules les plus petites qui sont la mme concentration que dans le rtentat (figure 59).
macromolcule molcule ultrafiltrable rtentat membrane liquide initial rtentat

pompe

permat

permat

figure 59. Schma de principe dune ultrafiltration

Les membranes sont soit planes et le flux de filtration leur est perpendiculaire soit tubulaires et le flux est tangentiel. Les supports sont soit organiques (cellulose, actate de cellulose, poly-carbonates et autres polymres dont les protines) soit minraux (alumine, cramique, oxyde de zirconium etc). Ces derniers sont plus rsistants aux pertes de charge et aux agents chimiques de nettoyage. La rtention dpend du diamtre moyen des pores mais aussi des dimensions et de la conformation des molcules. Le dbit de filtration dpend de nombreux facteurs et les interactions entre protines concentres la surface de la membrane et avec la membrane gnre la formation dune couche de polarisation qui modifie les proprits et les performances du systme. Cet effet de polarisation limite 250 - 350 g / l la limite de concentration du rtentat. Llimination de soluts dans le permat requiert alors laddition deau (diafiltration : dbit deau = dbit de permat) pour rester en-dessous des concentrations limites. Lultrafiltration destine la purification des protines nest utilise lchelle industrielle que pour le lactosrum, les extraits vgtaux sans autres polymres, le sang. Llimination de leau est possible grce lemploi de membranes porosit trs faible : osmose inverse. Au laboratoire de nombreuses membranes (planes ou fibres creuses) en polymres organiques sont disponibles et proposes avec des seuils de coupure prcis.

XM 300 XM 100 XM 50 PM 30 PM 10 fibrinogne hmoglobine ovalbumine pepsine insuline globuline 7S 300 000 64 000 35 000 45 000 6000 160 000 apoferritine Srum albumine mypglobine peptides 480 000 67 000 17 800

5.7. Mthodes bases sur la structure et les proprits des protines. Ces mthodes sont essentiellement bases sur les proprits de surface des molcules protiques et concernent leur charge, leur polarit, leur apolarit, la prsence de groupements particuliers. En effet,

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seule la surface des protines permet des changes facilement rversibles avec le milieu environnant sans modification par trop dfavorable de conformation, ce qui permet leur purification. 5.7.1. Mthodes bases sur la taille et la forme : chromatographie dexclusion. Le principe de cette mthode est indique dans le chapitre V.3.5. Pour les lments de thorie plus gnraux voir le chapitre II.7.1. Il sagit dune mthode intressante pour purifier des protines car : - elle est peu dnaturante. - elle ninduit pas de modification de milieu en cours dopration ; leau, facilement liminable par schage ou lyophilisation par exemple, peut tre utilise comme phase luante. - la rcupration des activits enzymatiques est excellente. A lchelle industrielle les colonnes utilises en srie ou en parallle ont 15 cm de haut, 37 cm de diamtre et leur volume total est de 16 l. Cinq units de ce type en srie donnent la mme rsolution quune colonne de 75 cm de longueur. Les polymres les plus utiliss dans ce type de sparation sont indiqus dans la tableau 13.

nom commercial Sphadex Sphacryl Spharose Spharose CL

pH :domaine stabilit polymre dextrane dextrane/acrylamide agarose agarose rticul


d'emploi

stabilit
solvants sels chaotropiques I = instable

(temp.C)

2 2 - 11 4-9 3 - 14 4-9 3 - 10 4-9 2 - 10 1 - 14

120 120 40 120 40 40 40 120 120

biodgradable stable instable , ure I stable sels I, ure I, solvants I biodgradable sels I, ure I, solvants I solvants I, oxydants I stable

Ultrogel A agarose Ultrogel ACA agarose/polyacrylamide Biogel A Biogel P agarose polyacrylamide

Fractogel TSK polyther rticul

tableau 13. Matrices utilisables en gel filtration.

Les gels les plus utiliss sont des agaroses, des polyacrylamides ou des gels mixtes. Le choix de la matrice pour purifier une protine repose sur plusieurs facteurs : - la gamme de poids molculaires sparer. Si les protines sont exclues totalement, la mthode permet leur dessalage. - la rsolution. Toutes conditions tant gales par ailleurs les granulomtries les plus fines donneront une meilleure rsolution mais avec un dbit plus faible (granulomtrie souvent exprime en mesh avec 400 mesh = 37 m, 100 mesh = 149 m et 10 mesh = 2 mm). Les gels rigides peu dformables sont utilisables en HPLC et FPLC (fast protein liquid chromatography). - stabilit aux hydrolyses dorigine microbienne, aux solvants, lure et certains sels. 5.7.2. Mthodes bases sur la charge. Echange dions. Ces mthodes sont surtout reprsentes par les changes dions en batch ou en colonne. Autour de leur pHi les protines sont charges soit positivement soit ngativement et sont donc changeables au niveau dune phase stationnaire le plus souvent solide et porteuse de charges de signe oppos (figure 60).

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- Si elles sont charges positivement (pH < pHi), elles seront changeables avec un support charg ngativement et la chromatographie est qualifie de chromatographie dchange de cations. - Si elles sont charges ngativement (pH > pHi), elles seront changeables avec un support charg positivement et la chromatographie est qualifie de chromatographie dchange danions.

chromatographie d'change de cations X - Na+ + Protine +

X - Protine +

Na+

chromatographie d'change d'anions Y+ Cl+ Protine -

Y+ Protine -

Cl-

figure 60. Schma des changes dions dans la purification dune protine

Les protines fixes par liaison ionique la phase stationnaire seront lues slectivement soit par variation de pH soit surtout par variation de la concentration en contre-ion (ion de mme charge que la protine). Par exemple une protine de charge nette +4 sera lue avec une concentration en ion sodium plus faible que celle requise pour luer une protine de charge nette de +10. Toutes conditions tant gales par ailleurs, laffinit des contre-ions varie avec leur charge et leur taille et suit sensiblement la srie dHofmeister (cf chapitre VII.5.3). a) Choix de la matrice. Ce choix porte dabord sur la nature de la matrice de la phase stationnaire souvent constitue par un polymre organique (cellulose, agarose, dextrane, polyacrylate, polystyrne, poly-ther etc) ou minral portant sur un bras organique une fonction ionisable. Polystyrnes hautement rticuls et surtout silices greffes (TSK) peu dformables sont utilisables en chromatographie liquide haute performance. b) Choix du groupement fonctionnel. Le choix porte ensuite sur la nature du groupement fonctionnel (ionogne) impliqu dans lchange dion et selon la valeur de son pKa on dfinit les changeurs forts ou faibles. Les changeurs forts (de cations ou danions) restent ionises dans une trs large gamme de pH, donc en gnral dans lintervalle de pH utilis pour purifier la protine. Les changeurs faibles ne restent par contre ioniss que dans une gamme restreinte de pH (figure 61).

fraction molaire charge 1 0,5 changeur de cations fort faible 7 14 pH 1 0,5

fraction molaire charge changeur d'anions fort faible

0 0

0 0

14

pH

figure 61. Variation de la charge des changeurs dions forts et faibles en fonction du pH

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Les principaux groupes fonctionnels changeurs dions utiliss pour purifier les protines sont indiqus dans le tableau 14.

changeur d'anions

nom

abrviation TAM TEAE QAE

forts trimthylaminomthyl -CH2 -N+ (CH3)3 trithylaminothyl -CH2 -CH2-N+ (C2 H5)3 -CH2 -CH2-N+ (C2 H5)2 - CH2-CH(OH)CH3 dithyl-2-hydoxypropylaminothyl faibles -C2H4N+H3 aminothyl -C H N+H(C H ) dithylaminothyl
2 4 2 52

AE DEAE abrviation S SM SP C CM

changeur de cations forts -SO3-CH2 -SO3 -C3H6 -SO 3faibles -COO-CH2 COO-

nom sulfo sulfomthyl sulfopropyl carboxy carboxymthyl

tableau 14. Groupements changeurs dions utiliss pour la purification des protines.

Pour caractriser au mieux le systme on donne le nom du groupement impliqu associ au nom de la matrice par exemple DEAE-cellulose, CM-cellulose, polystyrne sulfon etc. Le choix du groupement fonctionnel utiliser dpend entre autre de la stabilit de la protine en fonction de la force ionique et du pH. Si la protine est plus stable sous forme cationique on utilisera un changeur de cations et inversement. Par exemple l-amylase est stable au-dessus de pH 6 ce qui conduit utiliser un changeur danions pour la purifier (figure 62). ! -amylase stabilit fixe sur changeur (% de l'initial) de cations 100

pHi = 5,2

50

pH

fixe sur changeur d'anions

figure 62. Charge et stabilit de l-amylase en fonction du pH.

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c) Modalits de la sparation. Il est frquent de purifier une protine donne par une squence chromatographie dchange danions / chromatographie dchange de cations. Le point isolectrique peut tre dtermin par focalisation isolectrique. Les protines migrent sous leffet dun champ lectrique dans un milieu tamponn en gradient par des ampholines; quand elles atteignent la zone correspondante leurs pHi respectifs leurs vitesses de migration sannulent et leurs localisations dans les ampholines correspondent leurs pHi. La sparation par change dions peut tre ralise en batch ou sur colonne, llution tant ralise soit de faon statique discontinue avec un petit volume dluant de forte force ionique, soit de faon dynamique par un flux constant dluant. Dans un systme donn il existe trois possibilits dlution : - isocratique (la composition de la phase luante est constante) - par paliers (la composition de la phase luante est discontinue et croissante (par ex en force
ionique)

- en gradient . Dans ce cas gnralement contrl par des systmes informatiss (couplage pompes-micro-ordinateur), la composition de la phase mobile (pH et force ionique) varie dans le temps linairement ou avec un autre mode (exponentiel, partiellement continue puis linaire etc). d) Applications en sciences des aliments. A lchelle industrielle deux procds sont actuellement utiliss: - le procd Sphrosil ( Rhne Poulenc) dans lequel une silice est porteuse des groupements fonctionnels changeurs dions. Il sagit dune technique rsolutive permettant datteindre de bons niveaux de purification. Il est utilis pour la purification des protines du lactosrum, du soja et reste potentiellement utilisable pour purifier les protines du colza, de luzerne, et de pommes de terre. - le procd Vistec. Il utilise des celluloses changeuses danions faibles. Linconvnient majeur de ces procds rside dans la prsence dans lluat dions participant lchange et aussi de la ncessit dutiliser les deux types dchanges (anions et cations) pour les chantillons de pH voisins de la neutralit. 5.7.3. Mthodes bases sur la charge. Chromato-focalisation. Il sagit dune mthode hybride entre lchange dions et llectro-focalisation. En lectro-focalisation les protines sont spares sous leffet dun champ lectrique dans une matrice glifie prsentant un gradient de pH. En change dions les protines sont un moment donn ( une force ionique et un pH dtermins) lies un changeur insoluble puis lues grce un gradient de pH et/ou de force ionique. En chromatofocalisation (figure 63) le gradient de pH est obtenu en introduisant dans une colonne pralablement quilibre un pH donn (per exemple 9) un tampon de pH diffrent (par exemple 7). pH 7
Protine dans tampon pH 7

pH 8

Colonne changeuse danions quilibre pH 9

pH 9

figure 63 . Schma du principe de la chromatofocalisation .

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Si la protine en milieu tamponn de pH 7 et de pHi = 8 est introduite dans une colonne pralablement quilibre pH 9, la protine migrera et son pH environnant augmentera sous leffet du pH colonne. Quand elle atteindra un pH juste suprieur son pHi, sa charge ngative lui permettra de se lier la matrice charge positivement. Quand le tampon pH 7 continuera de migrer dans la colonne une diminution de pH interviendra et la protine charge positivement pH < son pHi migrera jusqu ce quelle atteigne un pH suprieur son pHi et ainsi de suite. La protine est lue un pH trs proche de son pHi. Au cours de lopration il se produit une focalisation car les protines migrent dans la colonne avec une vitesse infrieure celle de la phase mobile et les protines sont arrtes et concentres au pH gal leur pHi. On utilise en gnral des poly-tampons constitus par des mlanges dune grand nombre dacides aliphatiques, des copolymres de glycine etc. 5.7.4. Mthodes bases sur lhydrophobicit de surface. Il sagit de chromatographie en phase inverse (cf chapitre II.7.3.2). La protine donne des interactions hydrophobes avec une phase stationnaire apolaire par les chanes latrales des rsidus dacides amins apolaires positionnes en surface (figure 64).
silice zones hydrophobes chane en C18 protine

silice

figure 64. Chromatographie hydrophobe dune protine .

Les groupements utilisables sont des C18 (octadcyl), C8 (octyl), phnyl, etc. Llution est ralise par addition dun tensioactif non ionique (Triton X100 par exemple), par addition dthylne glycol qui diminue la polarit, par variation de pH. Ces mthodes sont surtout utilises lchelle du laboratoire. 5.7.5. Mthodes bases sur ltablissement de liaisons covalentes.

% userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 446 5860 [1 [0 16 33 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 3 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 11 2 o 1 ix dv p 7420 l 73 2 980 1260 1640 1960 3180 3580 6040 6320 6680 9180 7120 7520 1620 2060 2460 4040 6080 6360 6740 7060 8280 8680 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 820 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm Ct o exec}{al 1 s{dp dv m g dv mv 48 dp rO dv o x -.6 WI I py -1 sc exec 24 sm 0 b2 neg 540 1340 1900 1600 lp st 1260 12 xl wF np CA 4780 5 820 500 780 540 1100 1060 1620 1340 1880 1320 1600 p 24 n 0 mv py 0 at p bd p LB sc 1.2 px gr neg 1986, 20 m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 1260 980 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 1640 1960 2320 3580 4300 6320 6680 7120 9620 7520 8240 980 6040 1260 DSt Ct 540 p wy m st}b/HA{lW l 12 820 0 o mv p 980 6320 1620 2060 2460 3180 1260 4480 6360 6080 6740 7060 7420 8680 9400 1 3.375 px 1 80 0 n/ex r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 gr st}{0 np lp l 1987, 1 1100]B counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR [34 ix dp bW -1 540]B 1900]B bd DSt px py sc 20 e 0.3 2 gr ac px ro DA}{dL end 820]B 500]B 780]B 1100]B 1060]B 1340]B 1900]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 1060]B 1620]B 1900]B 1320]B 1880]B 1600]B x Ar m1 sc n 0 p cv SA I dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x [4 -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge 35 mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 3000 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m I rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 9400 5 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 CA ac chemdict 6 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 1460 p st 2 SA -.6 aA 2320 a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 1600 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx 3180 l -1 g cm 360 820 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p DSt sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o DSt 0 x sc SP s wF mv 1620 2 0 OB Db 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 [7 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 46 begin I 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 8 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray Ar 4300 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 4120 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 820 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv 660 e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 DSt 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 4300 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA [9 l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO 10 st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 820 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 17 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e 16 sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}]o -1 46 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc I px 0 l s Ar 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 6320 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py 8060 -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 500 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p 620 gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al DSt r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs 8240 -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e [11 aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w 780 dv I0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n 12 d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 r 46 14 gr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv Ar 15 bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px 5920 cm e m sm 8240 3 o cv sc px dv/m1 cW gr p Ov}{Asc o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{np ne{wy eq{2 at 1.5 iY dp L/pp/pop nSq mv o lW py 90 9.6 rad lcurrentmatrix st}{Asc py st}b/Asc{OrA 2 CA ac 2 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 4 n 1620 2 rO 780 6 m SA AA}]e In p mv px 0 2 12 py 4 DA}{3 L/at/atan gi dp 5 p x dv and{pp -1 dy 1 la p m LB ac p gi OA}{1 d/aA g l cm py al py p sc 8 n sl LB DSt m l a cp ap lr s dv cY al 4820 cp gs lx lg p gs pp 8 L/r/ rO m1 a sp 0 wx 2 sm p px e RA} gs st}b l pp l}fo ex 4.8 ex dp eq ar [1 0 1 cm 45 dv d m cm p 4 a s d Il sagit surtout dune chromatographie dans laquelle des changes thiols ponts disulfure permettent %des userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 419 6080 w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 63 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2840 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 57 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 p 135 n 0 mv py 0 at p bd p 5180 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 40 p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1 3.375 px 1 0 n/ex 2840 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 80 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 20 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 2 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p 20 m bd ne{bW l 0 Ar 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw rO l}for m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 chemdict 5680 p 2 L/S{sf s p 0 b1 py g 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot 3580 p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 begin a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4640 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SP SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin 3580 m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s 2 cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 Ar fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly 8360 neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 3740 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 5900 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 3340 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW}{pp}{cB}{CW}{pp}{cB}] -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 41 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px Ar gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n gr 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp end L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/add s L/np/newpath e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/nSq gr}{dp s/wy m d/WI{wx OA}{1 n d/aF 360 fill n dv x s AA}{1 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rlineto px CA sm o 0 rad l p Ov}{0.5 rgr dp 0 ac cw l 4 sg e iX px p 16.8 np x wF l lp 10 0 w dx p DA}{90 0 st -1 cm g L/al/aload s mv bs 180 0 -1 sc eq fill p a x lW py 2 ap g arc o py m cX gr dx d/aR s 0 o sc mv bL px cm e m sm 3 o cv sc px dv/m1 cW gr p Ov}{Asc o 0 mv p eq lp gs 180 g st}b/DS{np ne{wy eq{2 at 1.5 iY dp L/pp/pop nSq mv o lW py 90 9.6 rad lcurrentmatr st}{Asc py st}b/Asc{Or 2 CA ac 2 0.25 bb 0.3 lp ro p eq 1 4 n 2 rO 6 m SA AA}]e In p mv px 0 2 12 py 4 DA}{3 L/at/ata gi dp 5 p x dv and{pp -1 dy 1 la p m LB ac p gi OA}{1 d/aA g l cm py al py p sc 8 n sl LB m l a cp ap lr s dv cY al cp gs lx lg p gs pp 8 L/ rO m a sp 0 w 2 sm p e R g s l p l e 4 purifications de protines aptes donner de tels changes. Llution est ralise par rduction du

pont disulfure au moyens de rducteurs comme le -mercapto-thanol ou le dithiothritol. currentpoint


S S R + HS S S CH2 P CH2 + R' P SH S S CH2 P + R P SH

S S R' + HS

CH2

currentpoint

192837465

5.7.6. Chromatographie sur hydroxyapatite. Lhydroxyapatite est obtenue par les ractions suivantes : currentpoint
Ca Cl2 , 2 H 2 O + Na2 H PO4 , 2 H 2 O + Na OH Ca H PO4 , 2 H2 O bullition Ca H PO4 , 2 H2 O brushite + 2 Na Cl

Ca3 (PO4 )3 , Ca (OH) 2 hydroxyapatite

currentpoint

192837465

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Ladsorption des protines fait intervenir des ions Ca++ et PO43- prsents la surface des cristaux. Ainsi les phosphoprotines ont une grande affinit pour lhydroxyapatite (phosphoprotine du jaune duf, et lipovitellines, phosvitine). 5.7.7. Chromatographie par chlation. Ladsorption entre la protine isoler et la matrice intervient par lintermdiaire de liaisons de coordination entre des ions mtalliques retenus par des rsines. Avec les protines ce sont les rsidus his, trp et cys de surface qui sont mme de donner ce type de liaison. 5.7.8. Chromatographie daffinit. Dcouverte en 1910 lors de ladsorption slective damylase sur un amidon insoluble, elle est base sur la reconnaissance spcifique de deux molcules :
- enzyme & substrat - enzyme & inhibiteur comptitif - antigne & anticorps - hormone & rcepteur - glycoprotine & lectine

Les liaisons impliques sont multiples en nombre et en nature (liaisons ioniques, liaisons hydrogne, liaisons hydrophobes essentiellement) mais restent parfaitement localises dans lespace. Ainsi lnergie change est leve ce qui conduit une constante dassociation leve (affinit leve). Le ligand immobilis sur une phase stationnaire fixe est gnralement situ au sommet dun bras pour faciliter le positionnement spatial et donc les interactions avec la molcule affine (figure 65).

protine ligand liaisons ioniques zones hydrophobes zones liaison H

matrice

protine ligand

figure 65. Schma dune quilibre entre ligant et protine en chromatographie daffinit.

a) Le choix du ligand. Spcificit Idalement un ligand ne devrait reconnatre quune seule protine purifier. Souvent dautres protines que celle vise donnent un certain nombre dinteractions avec le ligand mais avec une nergie change plus faible.

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Par exemple l-chymotrypsine se lie aux deux nantiomres de lester mthylique du tryptophane, lester D non hydrolysable par lenzyme constituant donc un ligand potentiel pour la purification de lenzyme.

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 274 21 [2 [1 [0 gr 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p I end 1 0 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p /N 2 o 1 ix dv p 1 l 58 160 2540 3667 4240 540 520 3120 852 2680 3854 4660 1164 1476 1788 2100 3300 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 2 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm 0 o exec}{al s{dp dv m g dv mv 7 dp rO 3 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg 480 920 1100 1420 15 lp st 4 12 xl wF np CA 5 780 460 755 1100 920 p n 0 mv py 0 at p bd p LB 9 sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 40 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 10 2 520 852 160 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB 2360 3300 4660 1164 160 3120 3667 4240 5140 N 1476 2100 p wy m st}b/HA{lW l 12 80 0 o mv p 3854 1788 2540 3667 2360 1 3.375 px 1 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 480]B 1100]B 1420]B counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL 20 aR ix dp bW -1 1420]B bd px py sc e 0.3 gr ac px put/N ro DA}{dL 400 460 755 1100 920]B 460]B 780]B 1100]B 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 780 920]B 780]B 20 1100]B x m1 400 sc n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 chemdict 2478 3639 4240 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw m rO l}for m/w 3177 3639 mv n/ey rad DSt r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 1 0 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs [5 0 a p st 764 510 805 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 780 1050 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 8 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s begin py m 8 p 6 Scientific 2.2 py m 0 7 1 x/dx 3 2315 3329 4660 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g 3329 cm 360 a 6 sc -1 2 lp sl dv px -1 3797 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt I 2 4 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm 520 r arc SP x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 421 510 805 arc array o 0 x sc s wF mv 2 0 OB 1050 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p 780 Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA 480 gs e begin m ac 1 w l ac ]B 1 cw pp DA}{2.25 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 ]B px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 DSt x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp [11 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 I rO 16 cm p p px w at sm 1 12 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 13 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/O neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/ sm 14 w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}b e L/mv SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA} p dv/ gr pu g/ rO 18 st cp py 27 D e 1 w st 2 l p g 1 l m O 1 4 f La fixation du NAD+ sur une matrice insoluble permet la fixation des dshydrognases qui utilisent lenzyme pour fonctionner. Ce ligand est qualifi de gnral. currentpoint
O C NH N N NAD+

currentpoint 192837465 % userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs e o cp 5 a wy dp 0 x 6 390 53 42 n 42 0 2 1 ill w 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p 5 0 1 cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt 41 p /N 2 o 1 ix dv p 45 l 129 10 4540 4240 4841 5440 5739 6039 6333 6627 7180 7747 7460 7780 8356 8060 5115 5165 5140 6920 8020 8740 8300 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm Ct 0 o exec}{al s{dp dv m 44 g dv mv dp rO 9 dv o x -.6 d/B{bs WI py -1 88 sc exec gr sm 0 b2 neg lp st 8 12 xl wF np CA 43 5 2530 3045 3218 2700 4270 3760 4100 3603 3080 3108 2596 2540 3204 3221 3560 3773 3260 4680 3583 2526 2776 p n 0 mv py 0 at p bd p LB end 7 sc 1.2 px gr 107 neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 I6 2 clip}b/Ct{bs p -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl 8300 gr 0 at mv OB N p wy m 3 st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 4240 4540 4841 5440 5739 6039 6627 6333 7460 7747 7180 8060 8356 7780 5115 5165 5140 6920 8020 8300 8740 6280 8660 40 1 3.375 px 1 0 n/ex r rot 8 ro fill mv n gs 145 2 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 1 80 bd px py sc e 0.3 4680 gr ac px put/N ro DA}{dL 0.6 rad 8 I1 fill dict aL at 7 3221 2700 3045 2526 4100 3590 4270 3773 3260 2776 2748 2260 3520 3045]B 3218]B 2700]B 2526]B 3560]B 3760]B 3603]B 3773]B 3260]B 3080]B 3108]B 2596]B 2748]B 4270]B 4100]B 4680]B 3590]B 2560]B 4560]B 2260]B 2620]B x m1 sc 20 4240 n 0 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc 20 DSt m px DA}{cw m rO l}for m/w mv n/ey rad r N -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 4540 4290 4791 5390 5739 5989 6089 6333 6577 7230 7697 7460 7830 8306 8059 5165 5115 2 L/S{sf s p 2700 0 b1 py g 1 0 chemdict CA ac chemdict 0 e dv [48 tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 a p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 d}b/bs OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p 2587 3017 3161 2728 4213 3788 4072 3661 3053 3078 2653 2540 3204 Ie st}{Asc cp DSt L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 p 6 5739 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 [4 0 begin 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 4290 4540 4791 5390 5989 5739 6089 6577 6333 7460 7697 7230 8062 8306 7830 5165 5115 12 e r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc I x mv 2260 neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc array o 0 x sc s 4841 wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto SP wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m 3164 2729 2728 3017 2583 4072 3647 4212 3801 3203 2803 2777 2260 3520 ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 DSt CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 d px 2 6 r x}if CA lp 2700 cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg [49 np s cX bs OA}{1 a ]B np[{py np setgray 0 r x p wy p dp dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 DSt lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 I0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc gr ac 6280 g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO [11 16 cm p p px w at sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x 2560 I lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 12 270 0 bs cm e 1 bL s p ro gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l 13 def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp DSt p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 14 1 l mv OA}{1 1 4 fill ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r [50 ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 15 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS -1 I 39 wb eq{dL}if 5440 SA 25.8 xl dv m 0 p 6333 sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 2700 m/aL nH exec g pp ro}ie}b/AA{np 4560 a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/de 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac s{nH gr Ac}{0.5 gr}ie}b/C p gi DSt x p xl 1 o wb dx DSt sc ac lp L/n/ne LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{p px 5 s/wx x [16 18 mv gs -1 dv [51 pp 1 l cX fill p sc 2 py DA g/ cm sm dp e a 0 1 A m 1 d 2
Ces enzymes ainsi que les kinases, qui ont lATP comme cofacteur, peuvent tre purifies en fixant de lAMP 5 une matrice insoluble. Il existe des pseudo-ligands qui sont des substances mimtiques. Ainsi les colorants drivs de triazines polysulfons (bleu Cibacron 3GA ou HE3B spcifiques respectifs du NAD+ et de NADP+) se lient spcifiquement aux enzymes NAD+ qui ont une conformation particulire qualifie de pli dinuclotidique. currentpoint bleu Cibacron F3GA O NH2 R1 (spcifique du NAD+) SO3Na
R2 NH O NH N N N O

R1 = H ou SO3 Na R2 = SO3 Na ou H

NH SO3Na

matrice currentpoint

192

Les lectines sont des glycoprotines dorigine vgtale ou prsentes chez certains mollusques capables dagglutiner spcifiquement les rythrocytes humains (agglutinines). Constitues gnralement de 4 protomres identiques reconnaissant le mme glucide soit de 4 protomres identiques 2 2 reconnaissant plusieurs glucides (tableau 15).

lectine concanavaline A (conA) lectine de lentille lectine de soja lectine de germe de bl lectine d'escargot

poids molculaire

nombre de sous-units

spcificit

55000 pH<5,6 110000 entre 5,7 et 7 49000 120000 36000 79000

2 4 2 4 2 6

mannose et glucose mannose, glucose N-actyl glucosamine N-actyl glucosamine galactose N-actyl glucosamine N-actyl glucosamine N-actyl galactosamina D-galactose

tableau 15. Proprits de quelques lectines

Biochimie des protines Polytech STIA 1

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Rversibilit Le ligand doit former avec la protine purifier un complexe rversible avec une constante dassociation suffisamment leve pour viter leffet lavage de lluant.

KA =

Li-P Li . P

La dissociation doit tre ralisable dans des conditions suffisamment douces pour ne pas induire de dnaturation des protines. Llution peut tre slective avec un luant comptitif (NAD+ pour luer les protines lies NAD, lATP ou au bleu Cibacron) ou tre obtenue par des variations de conformation induites par le pH ou la force ionique (figure 66).
matrice ligand + protine protine

, de ent n (pH m o nge ati cha nform co

protine dnature

rajustement du pH et de

protine

dialyse

figure 66. Chromatographie daffinit des protines.

Stabilit Le ligand doit tre stable dans les conditions adoptes. Taille Le ligand doit comporter des groupements susceptibles dinteragir de faon spcifique (localisation dans lespace) avec les groupements correspondants de la protine purifier. Trop volumineux, ils perdent rapidement leur spcificit. b) Choix de la matrice. Rigide, elle doit nanmoins tre de porosit leve pour permettre un accs satisfaisant aux macromolcules protiques. Elle doit tre stable dans les conditions de couplage et de rgnration. Lagarose rticul est une matrice rpondant ces exigences tout comme les gels TSK, les gels base dacrylate, dacrylamide, dhydroxymthyl-mthyl-acrylate etc. Il existe des gels mixtes composs de copolymres.

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c) Choix du bras espaceur. Le bras, gnralement compos dune chane aliphatique 6 ou 10 C, comporte un groupement susceptible dtre activ pour accepter le ligand (NH2 , COOH). d) Couplage. Il existe de nombreuses mthodes de couplage, la plus ancienne tant celle au carbo-diimide.
currentpoint
COOH + R1 N C N R2

matrice et bras

carbodiimide

C O

O C N R1

NH R 2 NH2

ligand

C O

NH

currentpoint

192837465

6. Dtermination de la puret de la protine isole. Il nexiste pas de moyens directs destimation de la puret. La cristallisation dune protine, permettant son analyse aux rayons X par exemple et critre de puret, est parfois possible dans certaines conditions de force ionique de pH et de temprature. En rgle gnrale les composs susceptibles de contaminer la prparation protique sont facilement limins par les techniques de purification utilises. Les mthodes dvaluation de la puret des protines les plus communes sont indiques dans le tableau 16.

mthode nante Electrophorse gel dnaturant + gel natif + lectrofocalisation + Chromatographie gel permation + change d'ions + affinit + Sdimenation vitesse + quilibre Composition Activit -

fractionn-

rcupration quantit

facilit cot

proprit value

+ + + + + + + _ _

ng - g ng - g ng - g
g g g g g g - mg g - mg

+ + + + + +

+ + + + +

longueur chne taille / charge pHi taille charge nette liens spcifiques masse / taille masse - association composants site actif

tableau 16. Mthodes dvaluation de la puret des prparations protiques.

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VIII - DENATURATION
1. Dnaturation et changements de conformation La conformation native de la plupart des protines est fragile et peut tre modifie par des traitements mcaniques, physiques (irradiation, chaleur) ou chimiques (pH, sels, solvants, ractifs etc.). Ces changements qui affectent les structures quaternaires, tertiaires et secondaires sont complexes, parfois fugaces et dpendent dabord des quantits dnergie mises en jeu . Ce sont en gnral les liaisons de plus faible nergie qui cassent les premires . Les ponts qui ne sont stabiliss que par 2 liaisons hydrogne sont par exemple facilement ouverts et les zones en hlice quils rapprochaient se retrouvent alors loignes sans que la structure secondaire bien stabilise par de nombreuses liaisons hydrogne soit modifie. Le droulement qui se produit est ensuite suivi par des dstructurations de zones en feuillets et en hlice , le stade ultime de la dnaturation correspondant souvent une structure droule au sein de laquelle peuvent ou non subsister des zones interactives niveau nergtique lev. Chaque protine prsentera une forme dnature donne pour un agent dnaturant donn (par exemple en milieu aqueux la chaleur augmente les interactions hydrophobes intra et inter-protiques, alors quen milieu thanolique elle les diminue). Minimiser la dnaturation, et plus particulirement les phnomnes irrversibles, est un but recherch en analyse au laboratoire mais aussi dans la production denzymes ou de protines actives en bioracteurs ou encore dans la production de protines usage alimentaire. 2. Dnaturation rversible ou irrversible. Les forces impliques dans la stabilisation de la conformation dune protine donne sont de faible nergie (liaisons hydrogne, interactions hydrophobes, forces de Van der Waals, liaisons ioniques), les ponts disulfure de forte nergie tant parfois impliqus par des ractions doxydo-rduction. Sous laction dagents dnaturants, ces forces sont minimises puis rompues, ce qui induit un changement de forme par dplissement. La raction implique une cooprativit de rupture, beaucoup dtats conformationnels intermdiaires pouvant tre dcrits. La diffrence nette entre les nergies libres des formes natives et dnatures voisine de 20 90 kJ.mole-1, ce qui ne reprsente que la rupture de quelques liaisons hydrogne par exemple. Ltat natif initial est caractrisable de mme que ltat (ou un tat donn avec un dnaturant donn) dnatur 100%. Dans certaines circonstances la raction entre protine native et dnature (dplisse) est rversible (figure 67).
protine partiellement dplisse 1 protine native protine partiellement dplisse 2 protine dplisse protine modifie par liens covalents

protine partiellement dplisse 4

protine partiellement dplisse 3 agrgation des protine ou modifications replissement incorrect non covalentes

figure 67. Les changements de conformation des protines (dplissement-dnaturation)

Il faut donc retenir que la structure modifie par un traitement qualifi de dnaturant variera avec la protine mais surtout lagent dnaturant. Schmatiquement et en ne considrant que ltat initial et un

%w userdict/chemdict L/gr/grestore L/tr/transform xl pp l SA RA}{6 -1 st}b/OrA{py -8 py np gs fill e o cp 5 a wy dp 0 In x 6 265 4860 0 2 bW dp/cY g -2 cw -1 CopyRight py 1 ChemDraw dp p cm fill pA sc -1 gr DA}{cw 8 m2 0 pp}{sqrt p 2 o 1 ix dv p l 61 2 r lt{1 mv -9.6 -2 m 2 p s px sc mv cm 180 HA}{dL 1360 0 gr}{pp}{gs -1 dp a}b/PT{8 sm o exec}{al s{dp dv m g dv mv 95 dp rO dv o x -.6 WI py -1 sc exec sm 0 b2 neg lp st 12 xl wF np CA 5 p 54 n 0 mv py 0 at p bd p 3720 LB sc 1.2 px gr neg 1986, m a}{ex 7 mv st p 2.25 e Laser 1 p l -9.6 m L/gs/gsave l arcn OA}{1 2 clip}b/Ct{bs p 40 -1 gs ex pp aL p neg}if/py n l L/xl/translate cp np sl gr 0 at mv OB p wy m st}b/HA{lW l 12 0 o mv p 1 3.375 px 1 80 0 n/ex 1360 r 8 ro fill mv n gs 145 90 SA py 16.8 st}{0 np lp l 1987, 1 counttomark{bs Prep s wx ac sg OB/bL aR ix dp bW -1 bd px py sc 20 e 0.3 gr ac px ro DA}{dL 0.6 rad 8 1 fill dict aL at 7 x m1 sc n 0 23 p cv SA dp end}b/Db{bs{dp DLB 0 20 eq{DD}{DS}ie py x -1 1 ey L/ie/ifelse Cambridge mt 1.2 gr p m bd ne{bW l 0 120 py 8 x dp rot -9.6 put sc m px DA}{cw Ar m rO l}for chemdict m/w mv n/ey rad r -1 180 cm bW -1 ro 1.5 p 2 L/S{sf s p 0 b1 b1 py g 0 3700 CA ac chemdict 0 e dv tr/dy 0 1 l 0 -1 lt{-1 180 sm 21.6 bs 0 p st 2 SA -.6 aA a}ie}b/WW{gs x dp 5 0 a}ie}b/BW{wD py ac px 12 OA}{1 ne{bW 0 ldv}{bd}ie 5 sc np gr}{gs -1 dx rot p e st}{Asc cp L/ix/index m}b/dA{[3 DA}{dL s py m 8 1460 p 6 Scientific 2.2 py m 0 1 x/dx 3 -8 g begin DLB 5 180 0 r n/dx l -1 g cm 360 a sc -1 2 lp sl dv px -1 0 16 begin/version gs 24.6 type[]type -1 p sqrt 2 4 12 r 2.25 neg}if/px ac gs p sm r arc 4820 x mv neg LB r py 0 dv/bd s gi 1 arc o 0 x sc SP s wF mv 2 0 OB 0 rO 180 0.5 SA CB dp 1 dy 3 gs al -4.8 st}{0 p Computing, 0 0.6 eq{DB}{DS}ie lW 90 L/l/lineto wD S]}b/dL{dA py SA gs e begin m ac 1 w l ac 1 cw pp DA}{2.25 1460 CB 0.5 n/dy rev{neg}if sg 5 px 2 6 r x}if CA lp cW 2 1 sc DA}{cw 2.2 begin 16 px -1 25.8 rO eq{dp e dv -2 o -1 x fill 1 sg m 0 py sg np s cX bs OA}{1 a np[{py np setgray 0 r x p wy p dp 23 dv 24 r e fill gr 1 fill dv lp 16 lx 0 bW l mv s cv ne e L/mt/matrix lbs 0 0 o cm 0 wx rlineto cp cm 5 p def/b{bind 0 dp SA arc Ar gr ac g/wb Inc. ly neg gr 0 sc}b/Ov{OrA 0 1 -1.6 n pp}{2 g o e -1 m l 0 rO 16 cm p p px w at 4960 sm 1 OA}{1.5 0 sm gs cY g 2 clippath gs ne{bW py sl l mv e sc ac l ac 3 2 eq{gs mt WI div x lp cm sm 27 ne 1 1.5 sc cm st cp px st}{Asc lW 4 m 270 0 bs cm e 1 bL s p ro 2180 gi gr}b/OB{/bS neg or{4 dup 1.6 0 fill}b/SA{aF sm w st}{px m py st p sm 0 2 SA l def}bind e L/mv/moveto SA dp tr 0 sm bd al cp p l fill AA}{1 p dv/bd gr put g/bb rO st cp py 27 DA}{270 e 1 wy st 2 l pp gs 1 l mv OA}{1 1 4 fill 3740 ZLB st}]e rad 0 neg 0 0.4 gr S r ac lW cm gr rO 0 g m 4.8 -1 a/py setgray o DT}]o 4 lt{pp 0 end px x -1 np setdash}d/cR 1 px x}if o w 2 cpt gs dv ac 1 def/L{load sc p e sm}b/CB{np[{[{CS}{CS}{cB}{CW} -1 39 wb eq{dL}if SA 25.8 2180 xl dv m 0 p sc r}if -0.4 xl}{xl ap x x py 0.5 cp gr}b/In{px 0 round CA 2 e 1 sc px 0 l s 4 4 3 lW OA}{1 wx a 180 0 rad L/m/mul at mv S}if/lp 1 pp Bd g px st}{1.0 -1 g/cX ix ZLB lW DA}{180 cv sg 1 py -0.4 m/aL nH 2 exec g pp ro}ie}b/AA{np a/px gr}b/wD pp 3 0 1 w r 6 AA}{1 8 -2 2 fill Ar exec}b/CS{p lp gs 3 ix -1 def}b/d/def 1 360 rO 0 pp}ifelse 4 n 24.6 o x o/cX x sc -1 12 dv ac gr s{nH Ac}{0.5 gr}ie}b/Cr{0 p gi x p xl 1 o wb dx sc ac lp L/n/neg LB ap aL l gs CA sg lt{e}if arc -1 px cm al r p end 3 d/wF w 0 2.25 9.6 ne{py px 5 s/wx x 18 mv gs -1 dv pp 1 l cX fill p sc 2 py DA}{120 g/cY cm sm dp/cY e aR 0 1 Ac}{1.0 mv 1 dict m 21.6 r dp cY rO DS pp n 120 gr 1.5 2 SA 0 rad 1 mv s sg x st}{0 sm dy L/a/ad s L/np/n e w dv 0 xl S cm bd 3 x dp cvi/n gr}{dp s/wy m d/WI OA}{ n d/aF 360 fill n dv x s AA} 9.6 rO 0 p 1 bb gs np px 0 np m p rli px CA sm o 0 ra l p O rg d 0 a

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tat final dnatur donn, on peut crire : currentpoint


protine native protine native
k1 k-1 k'1

protine dnature 1 protine dnature 2currentpoint 192837465

Lquation de vitesse est la suivante : d PN = k1 PN - k-1 PD dt et la constante dquilibre est : P K= N PD Les principaux paramtres thermodynamiques de la dnaturation sont complexes :

! G = - RT ln K

!H = - R

" (ln K) " 1

o !C p =

" !H

(" T) p

!H - !G !S = T
o

# p avec T temprature absolue, R constante des gaz parfaits, Go variation dnergie libre standard (diffrence entre lnergie libre du systme natif et lnergie libre du mme systme aprs dnaturation), Ho la variation denthalpie pression constante, So la variation dentropie, Cpo la variation de capacit calorifique pression constante. Laugmentation denthalpie Ho au cours du dplissement peut indiquer que la forme native possde une nergie libre plus faible que la forme dnature. Laugmentation dentropie So est lie au dsordre accompagnant le dplissement et laugmentation de Cpo correspond au transfert des groupes apolaires des chanes latrales des acides amins vers lenvironnement aqueux.
Lagrgation est un mcanisme impliqu dans nombre de dnaturations. Ce phnomne est souvent utilis pour former des gels ou des prcipits (ovalbumine). Quand elle se produit chaud en milieux aqueux elle rsulte des interactions qui stablissent entre les rsidus dacides amins dmasqus dans une premire phase. 3. Facteurs lorigine de la dnaturation irrversible. Parmi les nombreux agents de dnaturation physiques ou chimiques on peut signaler : 3.1. La chaleur. Cest en technologie alimentaire le plus important facteur de dnaturation. Elle conduit par agitation (et en milieu aqueux) dabord des ruptures de liaisons hydrogne, puis de liaisons ioniques puis plus rarement de ponts disulfure. Jusquaux environs de 80-95C et en fonction du temps de traitement, les liaisons hydrophobes sont renforces et ce dautant plus facilement que le dmasquage de rsidus apolaires internes dans la structure native augmente leur potentialit dtablissements intermolculaires. Ces effets sont largement dpendants de la nature et la concentration de la protine, de la force ionique et de la nature des sels et du pH. A partir de 90 - 100C il se produit des ractions modifiant la structure primaire : - dsamidation (GLN et ASN). Le temps pour dsamider 50% des ASN dans le peptide ASNGLY est de 34 h 37C et de 12 min 100C. - hydrolyse des ponts peptidiques impliquant ASP. Le temps pour hydrolyser 50% de la liaison ASP-PRO est de 10 min 100C en milieu HCl 0,015 M et de 24 h pour la liaison 121APS-PRO pH 4 et 90C.

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- oxydation des rsidus de cystine - change de ponts disulfure - raction de Maillard en prsence de glucides rducteurs, etc. Il peut se produire des dsulfurations mais il arrive souvent que des ponts S-S inter ou intramolculaires se forment au cours du chauffage par changes irrversibles et ce partir de 6070C. La polymrisation dsordonne qui en rsulte conduit une diminution de la solubilit (BSA, lactoglobuline). Une glification, prcde par une forte augmentation de la viscosit peut tre observe dans certains cas. La vitesse de dnaturation dpend de la temprature et avec les protines cette vitesse est multiplie par environ 600 quand la temprature augmente de 10C au voisinage de la temprature pour laquelle il se produit une dnaturation . Leau favorise certaines dnaturations, en particulier celles mettant en jeu des liaisons hydrogne ; il se produit une cassure intramolculaire et leau vient ragir avec les deux rsidus dacides amins initialement impliqus dans la liaison, les empchant ainsi de la reformer. En absence deau, les protines sont moins sensibles la dnaturation thermique car une liaison coupe aura tendance se reformer spontanment. Signalons enfin que sous leffet de la chaleur il peut se former des ponts covalents inter ou intramolculaires (lysinoalanyl, -aspartyl-lysyl, -glutamyl-lysyl etc). Pour les protines globulaires, la dnaturation se traduit gnralement par une augmentation de la surface interfaciale et une augmentation des interactions protine-eau et donc de la capacit de rtention deau. Par exemple, pour l'-chymotrypsine la surface passe de 10-16 m2 3,6.10-16 m2 aprs dnaturation tandis que la quantit d'eau lie (eau de structure - eau interfaciale) passe de 0,37 0,42 g/g. Lnergie dactivation peut tre calcule partir de la loi dArrhnius. Les nergies dactivation sont gnralement leves (150 1000 KJ.mole-1) au cours de la dnaturation par la chaleur car le nombre de liaisons rompre est trs lev bien quelles soient de faible nergie cause de leur cooprativit. 3.2.Le froid Il peut provoquer des changements de conformation rversibles ou irrversibles par renforcement de lnergie de stabilisation des liaisons hydrogne et cration de liaisons intermolculaires. Dans ce cas il ny a pas droulement mais agrgation et prcipitation. Ce sont les protines possdant un rapport acides amins apolaires / acides amins polaires lev qui sont gnralement les plus sensibles au froid, les interactions hydrophobes diminuant avec la temprature. Les agents poly-hydroxyls (glycrol, thylne-glycol, oses et diholosides, polyols) sont de bons cryoprotecteurs. Les phnomnes associs aux basses tempratures comme la formation de glace ou laugmentation de concentration en soluts dans les phases liquides non congeles engendrent parfois une baisse de solubilit ; cela revient augmenter fortement la force ionique. Dfavorable pour certaines protines (oeuf), ce phnomne est mis profit pour texturer des protines : cryo-texturation (kori tofu ). Le facteur pH est toujours associ aux diminutions de temprature dans les modifications de conformation. Ainsi le pH dun tampon phosphate passe de 7 3,5 au cours de la conglation ce qui induit une dnaturation acide.

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Par ailleurs des ractions doxydation, surtout des thiols, peuvent intervenir du fait que la teneur en oxygne dans un milieu congel sont plus de 1200 fois plus leves qu 0C. 3.3. Les traitements mcaniques . En prsence deau, ces traitements peuvent casser hlices et feuillets et surtout les ponts . Lagitation induit parfois des changements de conformation. Les contraintes de cisaillement lies par exemple au passage forc au travers de filtres et membranes induit des dmasquages de groupements hydrophobes. Les hautes pressions (P> 2000 bars) sont suffisamment nergtiques pour rompre des liaisons de faible nergie (hydrophobe, hydrogne, Van der Waals). Elles sont donc capables de rompre simultanment par contrainte mcanique des liens sur lesquels les solvants ou la chaleur ont un effet slectif. Des protines oligomriques sont dissocies en protomres dans ces conditions. Les ultra-sons crent des micro-bulles par dgazage qui gonflent et fusionnent violemment (cavitation). Il en rsulte des contraintes de cisaillement et la formation de radicaux libres dnaturants sur les protines. 3.4. Le positionnement dune protine une interface. Le positionnement dune protine une interface eau / fluide hydrophobe (huile, air etc. ) qui permet par exemple de stabiliser des mulsions ou des mousses provoque une distribution anisotrope des rsidus dacides amins dans les deux phases et donc une modification de conformation par rapport la forme native. Cest la distribution des rsidus apolaires et polaires (regroups en zones bien dfinies) qui assurera ou non ces pouvoirs la protine. On qualifie de train les zones hydrophobes ou hydrophiles de la protine qui se positionnent linterface. 3.5. Protolyse et autolyse. Les ractions impliques modifient la structure primaire. 3.6. Agents chimiques. De nombreux agents chimiques peuvent engendrer des dnaturations, certains agents tant mme qualifis de dnaturants. Les acides et les bases modifient lionisation de certaines chanes latrales et donc les interactions ioniques stabilisant les structures. Il en rsulte, selon les protines et les conditions, des dnaturations irrversibles ou non. La plupart des mtaux divalents en se fixant sur les protines au niveau de deux groupements SH intermolculaires entranent des modifications de conformations (il y a cration et non destruction de liaisons). Hg2+, Cd2+, Pb2+ donnent des mercaptides avec les thiols. Les sels diminuent lactivit de leau et possdent des effets chaotropiques qui dnaturent les protines dans des conditions donnes de concentration, temprature, etc (cf chapitre VII.5.3). Les agents chlatants comme lEDTA peuvent complexer des cations impliqus dans la structure protique. Souvent cette dnaturation est rversible.

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La plupart des solvants organiques donne des interactions avec les groupements hydrophobes qui sont ainsidmasqus; une dnaturation sen suit alors. Certaines enzymes fonctionnent aussi bien dans leau que dans certains solvants, la spcificit tant parfois profondment modifie dans ces conditions. Le dimthyl-sulfoxyde ou le dimthyl-formamide faibles concentrations protgent la conformation de nombreuses protines. Le chloro-2-thanol augmente lhlicit. Des composs en solution comme lure (4 8 M), ou le dodcyl sulfate de sodium (1%) donnent avec les protines des interactions respectivement avec les liaisons hydrogne et hydrophobe, ce qui modifie profondment la structure spatiale des protines. Ces composs sont qualifis de dnaturants. 4. Contrle et minimisation de la dnaturation. Il sagit de conserver, au cours doprations de purification ou autres, certaines des proprits catalytiques ou fonctionnelles de la protine . Ainsi laddition de composs poly-hydroxyls (polythylne glycol) ou de sels permet de stabiliser dans des conditions bien dfinies la conformation dune protine donne. Lactivit de leau joue un rle trs important dans la dnaturation : ainsi la gliadine est dnature en 1 heure 60C en milieu dactivit deau gale 0,24 tandis que dans les mmes conditions, elle ne sera dnature qu 70C en milieu dactivit deau gale 0,18. Limmobilisation denzymes sur des supports fixes contribue parfois leur assurer une grande stabilit vis vis dagents ou de conditions dnaturants. Enfin il existe toute une stratgie de stabilisation base sur des modifications chimiques impliques dans la structure tridimensionnelle.

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La maladie de la vache folle et la variante de la maladie de Creutzfeldt-Jacob

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Les Encphalopathies Spongiformes Transmissibles


Les encphalopathies spongiformes transmissibles (EST) affectent de trs nombreuses espces de mammifres. Il sagit daffections dgnratives irrversibles des neurones du systme nerveux central. La forme la plus anciennement connue de la maladie est la tremblante du mouton (scrapie en anglais). Les premires descriptions remontent en 1730. Il a t montr en 1936 que cette maladie tait transmissible dun animal lautre par injection. En 1950, par cette mme dmarche, il a t montr quelle pouvait franchir la barrire despce : du mouton vers la Cependant le passage la forme ovine de la maladie vers lhomme na jamais t chvre, le rat, le hamster et de la souris). constat.

Lencphalite spongiforme bovine (E.S.B.) et la variante de la maladie de Creutzfeldt-Jacob La variante de la MJC (vMCJ) est issue de la maladie de la vache folle En fvrier 2001 : 100 cas en Europe, 3

Evolution de la maladie de la vache folle


Avant 1985 la maladie nexistait pas. Les vaches laitires sont les plus exposes (alimentation)
Nombre de cas 1986 : 60 vaches atteintes, 1987 : 600 , 1988 : 3 000, 1992 : 37 280 1993 : 37 500 1994 : 26 000 1995 : 20 000 1996 : 9 000 1999 : 2270 2000 : 1258

en

France.

En 2001, le total des cas depuis son apparition est denviron 185 000
40 000
Fvrier 1985 : 1 er cas dESB en GB Juillet 1988 : interdiction des farines Dcembre 1990 : interdiction d importation des farines de viandes bovines pour les bovins en FR. Juillet 1990 : interdiction des farines animales pour les bovins en FR. Fvrier 1991 : premier cas dESB en FR. Mars 1991 : premier cas NAIF (n aprs interdiction des farines). Mars 1996 : En GB 10 personnes font la vMCJ : passage de lESB lhomme ; embargo sur le buf britannique dans le reste de lEurope. Juillet 2000 : 4 dcs dans le village de Queniborough en GB. Aot 2000 : 79 cas (70 morts du vMCJ en GB, 2 4 supposs en FR). Pr Anderson de lUniversit dOxford : estimation de 136 000 cas ( venir en GB). Fin de lpidmie 2005 ?

20 000

1986

88

90

92 11993

95

97

Juillet 88 : interdiction des farines animales pour les ruminants en GB (contaminantes contenant des carcasses de mouton malades atteints de tremblante)

Fvrier 1985 : premier cas dESB en GB.

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183 000
500
6
14

164 452

360
2

Mouton
Prion de la tremblante

Chvre, rongeurs

farine s

Evnement spontan : Une vache fait la maladie ESB


(Viande et autres)

Homme

Vache

?
Porc, poule

Chat Autres ruminants

Le systme immunitaire est ncessaire la transmission de la maladie

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Il semble ny avoir aucun transmission horizontale directe de vache vache ; de vache veau elle est peu probable.
Presque tous les animaux auxquels on a tent de transmettre la maladie par injection intracrbrale lont faite. La souris fait sa maladie aprs injection de broyat de cervelles infectes (1 an dincubation puis mort). Le lapin est insensible*, le porc et le

mouton peu sensibles.


(Si on traite au pralable les cervelles par des dnaturants, ou des protases comme la protinase K, ou le SDS avant injection : on inactive).

Mise en vidence du pouvoir infectieux


Cervelle Animal malade

Injection intracrbral e Les organes infects sont le cerveau, la rate, lilon, la moelle pinire et les organes lymphodes comme les ganglions msentriques. Aucune transmission na t possible ce jour partir de tissu musculaire (viande). (lincubation est suprieure la dure de vie de lanimal) Mise en vidence du pouvoir hautement infectieux de PrPsc Exprience de WEISSMANN. Souris malade

Un fil dacier est plac quelques minutes au contact dun cerveau de souris infect

30 min

Souris saine

Le fil dacier plac au contact dune culture de neurones provoque la transformation de la PrPc en PrPsc (ou PrPres : Prsistant aux protases). La contamination stend ensuite toute la culture mme si la fil a t retir.
tr a n s p or t

Souris malade

fibril les

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Lagent responsable : le PRION (PRoteinaceous Infectiosity ONly)

PRUSINER le dcouvre en 1982, Prix Nobel 1997)

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Il existe naturellement dans les neurones une protine de 253 acides amins (PrPc ) dont la structure, dtermine par Kurt Wthrich) est conserve dans lvolution, ce qui traduit son importance. Elle est indispensable la vie fonctionnelle du neurone. Cette protine intervient dans les rythmes circadiens, dans la transmission de linflux nerveux (acide amino butyrique). Haute affinit pour le cuivre et rle antioxydant.

20 acides amins (nature et squence uniques pour une protine donne) Une seule forme dans lespace : conformation fonction Il sagit dune glycoprotine. Le gne humain de la PrPc est port par le chromosome 20 Hlices PRION Pr Pc Indispensable au neurone

De la protine native la protine infectieuse


(Protine PrPsc scrapie)
Comment ? Gntique ? Spontan ? Traitement ? Cette conformation se traduit par une rsistance la digestion par des protases endocellulaires, systme mis en jeu dans le turnover physiologique des protines Les parties glycosyles sont lorigine des barrires despces et des diverses formes de PRIONS Feuillets Comment le prion est synthtis ? Quand sa teneur est insuffisante dans le neurone : Gne actif ARNm ribosome Protine PRION Pr Pc achemine vers la membrane, elle rgule la transmission de signaux avant dtre dtruite

infection
noya

Golgi u

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Que se passe-t-il si une molcule Protine PrPsc (scrapie) est prsente au moment de cette synthse ?
Cette protine joue le rle dun chaperon (peut-tre existe-t-il une protine chaperonne X ?) et impose la nouvelle protine fabrique une conformation au lieu de la conformation fonctionnelle. La protine ntant pas fonctionnelle, le neurone ragit en lanant une nouvelle synthse ; au contact des deux chaperonnes prsentes la protine synthtise est du type Le neurone lance une autre synthse .. raction en chane qui se traduit par laccumulation dans le cytoplasme du neurone de la protine non fonctionnelle, et ce dautant quelle nest pas hydrolysable par les protases endocellulaires. Cette protine adsorbe de leau (comme la plupart des protines) et le neurone gonfle (aspect dponge). Les protines PrPcs sassocient en pseudo-cristaux (plaques amylodes)

fibrilles

transport

La cellule perd sa fonctionnalit, clate et libre des PrPsc qui envahissent les cellules voisines .. : troubles de lquilibre, du comportement et mort : ESB (vache) ou maladie de Creutzfeldt Jacob chez lhomme.

Cellule Microgliale MORT

Corps en toile (plaque floride)

Quelques caractristiques de rsistance exceptionnelle de cette protines


PATTISON et MILLSON, en 1961, ont mis en vidence lexistence de diffrentes souches du scrapie. La rsistance exceptionnelle de lagent du scrapie est dcouverte en 1954. Les prions rsistent toutes les mthodes conventionnelles dinactivation des virus : - rsistance en temprature sche norme ( 160C 24 heures et mme 360C 1 heure). - un traitement par le formaldhyde 10 % est inefficace La dcontamination peut tre obtenue : - par autoclavage 132 C pendant 1h30 - par traitement lhypochlorite de sodium pendant 1h30 20C - par exposition brve dans l hydroxyde de sodium M 100C.

La maladie de Creutzfeldt Jacob et sa variante vMCJ


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La tremblante du mouton est connue depuis 1730, lencphalopathie du cerf depuis 1967, la maladie de Creutzfeldt- Jacob depuis 1920.
. La maladie de Creutzfeldt Jacob affecte les personnes ges (65 ans en moyenne) La maladie de Creutzfeldt Jacob a une origine : 5 % gntique (elle est transmissible : mutation se traduisant par la substitution de lacide glutamique 200 par une lysine et une transition ). 10 % infectieuse ou iatrogne (par lhormone de croissance, 11% de gnotype met/met du codon 129) 85 % sporadique (68 % de porteurs du gnotype du codon 129 met/met) La maladie se traduit par une dmence suivie dune perte de coordination ou linverse. Elle entrane une mort irrvocable. . La maladie existe dans les populations de papouasie (kuru) qui pratiquaient le cannibalisme. Cest Carleton GAJDUSEK (prix Nobel en 1976) qui dans les annes 50-60 a montr que lorigine infectieuse de la maladie tait lie au cannibalisme. Les pratiques funraires impliquaient que le cerveau des morts soit mang. On situe le dbut de lpidmie de kuru vers 1900, peut-tre la suite de lingestion du cerveau dun malade atteint dune forme sporadique de la maladie de Creutzfeldt Jacob (MCJ). Le cannibalisme a t interdit en 1957 et la maladie a presque totalement disparu depuis. . Il existe la maladie de Gertsmann-Strassler-Scheinker qui est lie une mutation du gne PrP : les symptmes sont les mmes mais la maladie se dveloppe plus lentement. . Linsomnie fatale familiale est aussi lie une mutation du gne PrP ; elle sachve dans la dmence. . La variante de la maladie de Creutzfeldt Jacob affecte des personnes plus jeunes (29 ans en moyenne). Il sagit de la forme la plus courante des Encphalites Spongiformes Transmission de la variante de la MCJ Transmissibles (EST). Dans 100 % des cas le gnotype du codon 129 est met/met. Le plus souvent par voie orale ; le temps dincubation stend sur plusieurs annes au cours desquelles lagent infectieux passe de lintestin au cerveau. Accumulation dans la rate : rle dterminant des lymphocytes B Traverse de lpithlium intestinal et accumulation dans les foyers lymphodes : les plaques de Peyer : Multiplication du Prion dans des cellules stromales : les cellules dendritiques folliculaires CDFs (prsentent lantigne aux lymphos B)

Epidmiologie
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En Europe, entre 1996 et 1999, 1550 cas de maladies de Creutzfeldt Jacob sont recenss (nouveau variant et classique). Le taux de mortalit est de 1 2 cas par million dhabitant : il sagit donc dune maladie rare. La quasi totalit des cas (96 %) recenss correspondent la maladie de Creutzfeldt Jacob classique qui existe et qui est connue depuis de trs nombreuses annes : Certains des cas sporadiques pourraient tre des variants de lagent de lESB. Or il savre que les Pays trs exposs (Grande Bretagne), exposs (France) ou non exposs (Canada et Australie) ont une mme frquence de cas sporadiques. Sur les 1550 cas sporadiques, moins dune centaine sont des variants de lESB (vMCJ) ; depuis le dbut des enqutes et jusquen dbut 2001, 86 sujets britaniques ont succomb la vMCJ et la maladie est en cours d volution chez 8 autres personnes. Ce variant y reprsente 17 % de lensemble des maladies de Creutzfeldt Jacob. Pour la France on a enregistr entre 1996 et 1999 380 cas de maladie de Creutzfeldt Jacob dont trois cas li au variant ESB (3 cas / an Montpellier). Le tableau clinique de la vMCJ est diffrent de celui de la MCJ classique : les sujets atteints sont jeunes et le temps dvolution de la maladie est plus long ; elle commence par des dsordres psychiatriques suivis par des troubles sensoriels, puis par lataxie (difficult de coordination des mouvements) et la dmence. Dans le cerveau, les analyses anatomo-pathologiques montrent des plaques amylodes entoures de vacuoles qui nexistent pas dans la MCJ mais qui se retrouvent dans lESB ou la maladie de Kuru. Leur localisation est particulire. Lorigine de la contamination ( ?) remonterait 10 ou 15 ans. Cest donc lpidmie bovine qui expliquerait les cas survenus depuis 1996 et qui sont lis au variant ESB (entre 1988 et 1999 lESB bovine reprsente 160 000 cas en GB, 332 en Suisse, 367 au Portugal, 80 en France).

Relation entre mode dalimentation et la maladie

Il semble nexister aucune diffrence entre les habitudes alimentaires des personnes touches par le variant ESB de la maladie de Creutzfeldt Jacob et celles des personnes saines. La voie dinfection est lingestion de viande provenant danimaux malades ou en priode dincubation. Le muscle ne semble pas contenir de quantits dtectables de lagent infectieux, mais les steaks hachs de basse qualit peuvent provenir de la viande spare mcaniquement (VSM) des carcasses. Dans ce cas, la moelle pinire, les ganglions lymphatiques et les ganglions rachidiens, riches en particules infectieuses, sont arrachs des os et mlangs la viande rouge. Lintestin grle qui concentre lagent infectieux est utilis dans la fabrication de certaines saucisses et pourrait tre un vecteur de linfection. Il nest pas exclu que certains produits pharmaceutiques et cosmtiques puissent tre contaminants (glatine). Les malades nont pas consomm des quantits plus importantes de viande bovine ou de produits base de viande pouvant contenir des produits risque. Nanmoins lincubation tant peut tre de 15 ans (entre 5 et 30 ans.), il est trs difficile de faire une enqute posteriori. Le risque est vraisemblablement li la dose infectante (100 000 molcules = 1 dose infectieuse ??? ) mais aussi des facteurs mal connus de susceptibilit la maladie qui dpendent des individus. On ne connat ni la dure dincubation , ni la dose infectante, ni linfectivit des tissus bovins ingrs, ni lefficacit des mesures dinterdiction de consommation de certains organes bovins, ni la susceptibilit individuelle. Estimation du nombre de cas venir : c est quasiment et raisonnablement impossible. En GB, si lincubation est gale 20 ans : 110 cas venir mais si elle est de 60 ans : 6 000 130 000 cas attendus. Il y a au 12 novembre 2000 en Europe 85 cas probables de variant ESB de la maladie de C.J. En France dans la mme priode 2 cas confirms, 1 probable.

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Les moyens de diagnostic de la MCJ ont progress en 1997

(test de recherche de la protine 14.33 aprs ponction lombaire, cette protine traduisant la mort neuronale ; la nouvelle forme de la MCJ ne rpond pas toujours ce test). Une personne dpiste ne se verra proposer aucun traitement. Nanmoins aujourdhui seule lautopsie et la biopsie permettent de montrer les lsions crbrales caractristiques de la maladie mais aussi de vrifier la nature du PRION (Type ESB ou autre).

Les modles exprimentaux pour ltude des maladies Prions Les souris transgniques constituent un des modles les plus importants. La tremblante du mouton est un autre modle. Lutilisation de singes le lmurien Microcebus murinus a permis de dmontrer dune manire indirecte linfection apr voie orale des primates par du cerveau de buf atteint par lESB (N. BONS, EPHE UM II) Lintrt des essais sur des cultures in vitro est soulign par S. LEHMANN.

En 1990 pidmie dESF (encphalite spongiforme fline) lie la consommation de leurs ptes avec des produits carns dorigine bovine : do lide que les victimes humaines de la variante de la MCJ ont t contamines par voie alimentaire.

Le rle des britanniques


Les Scientifiques britanniques ont recommand en 1988 lexclusion des farines animales de lalimentation du btail : cette recommandation a t considre alors comme une mesure disproportionne dont les consquences conomiques seraient insupportables. C est pourquoi les farines infectes ont continu tre utilises en Angleterre et exportes notamment pour nourrir les porcs et les volailles. Jusquen 1991 on na pas compris que lusage des farines aggraverait lpidmie ; il en a rsult plus de 45 000 cas dESB nouveaux en Grande-Bretagne. En 1995 les franais ont consomm 110 000 tonnes de viande bovine britannique (sur un total de 1,6 millions de tonne) et import 200 000 veaux. En 1989, la Grande Bretagne a interdit la consommation des abats pour lhomme. Entre 1988 et 1996, elle a export 75 000 tonnes dabats de bovins (contre 4 000 tonnes entre 78 et 87) dont 48 000 tonnes pour la France. Entre 80 et 96 lexposition des franais a t 20 fois plus faible que celle de la population anglaise. Des touristes ont consomm en GB, entre 88 et 89 (10 000 cas dESB) des organes risques et aucun cas de MCJ na t dtect (cest rassurant).

Peut-on aujourdhui manger de la viande ?

Les niveaux dinfectiosit dtects sont les suivants : Elev : cervelle, moelle pinire Faible : rate, amygdales, ganglions lymphatiques, ilon, colon proximal Trs faible : nerf sciatique, hypophyse, surrnales, colon distal, muqueuse nasale Minimale : liquide cphalo-rachidien, thymus (ris), moelle osseuse, foie, poumon, pancras Non dtectable : muscles, cur, glande mammaire, lait, caillot sanguin, srum, fces, rein, thyrode, glande salivaire, ovaire, testicules, utrus. Evidence : il faut interdire la consommation des parties infectantes : cervelle, ilon (central) dans la fabrication de charcuteries, thymus, yeux, moelle pinire. Le muscle, principal composant du beefsteak, ne semble pas porteur de linfection. Conseil : ne pas introduire dans la chane alimentaire de bovins de plus de trente mois. Compte-tenu de la dure dincubation, le veau ne prsente pas les signes de la maladie de mme que les bufs destins la boucherie tandis que les vaches laitires (plus ges, nourries aux farines) sont les plus affectes. Des animaux atteints ne prsentant pas les signes visibles de la maladie peuvent passer dans lalimentation humaine. Le test employ permet de dtecter un animal malade 4 mois avant lapparition des premiers symptmes. Avant cette priode (entre le moment de linfection et le 32me mois) le test est alatoire et la vache atteinte passera dans lalimentation. Eviter des produits qui contiennent des Viandes Spares Mcaniquement (VSM) qui proviennent des colonnes vertbrales (lasagnes, raviolis..).

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Les farines de viandes

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Depuis que lhomme est leveur et agriculteur, les restes animaux taient utiliss pour lalimentation des animaux. Cette pratique domestique dans laquelle un animal malade tait souvent utilis comme source de nutriments en levage restait lchelle de la ferme. Lutilisation des farines lchelle industrielle date des annes 1900-1920. Les protines de viandes rsiduelles de lquarrissage (50 % de vache, 30 % de mouton) taient jusquen 1980 dgraisses en discontinu par des solvants organiques (hexane, dichlorothane) qui taient limins des graisses par la chaleur.

Carcasses surtout (250 millions de tonnes)


Graisses animales

Farines de viandes
450 000 T. Teneur leve en protines

1/3 Agroalimentaire

2/3 cosmtique

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La France importe 330 000 tonnes de porcs et 120 000 tonnes de volailles nourris aux farines carnes A partir de 1980, le dgraissage est ralis par pression chaud en continu sans solvant organique (pas deffet dfavorable potentiellement lis aux solvants, augmentation de la productivit). Les cossais qui ont conserv la mthode au solvant (hexane) font consommer ces farines aux vaches : pas dESB.

Que faire aujourdhui ?

Il faut radiquer lagent de lESB pour que la variante de la maladie de Creutzfeldt Jacob devienne trs rare, mais chronique du XXIme sicle. Pour cela il faut absolument liminer le plus rapidement possible les animaux malades et procder des abattages massifs (mme si cela cote cher plus de 1,5 MF pour un troupeau de 100 btes - et prend du temps. Ces cots comprennent lindemnisation de lleveur mais aussi les frais annexes de traitement dlimination des animaux. Pour dtecter lESB cest le test suisse Prionics (distribu en France par AES) qui a t choisi (son cot est lev et voisin de 400 F). Cest lAFSSA qui confirme. Au laboratoire le pouvoir infectieux est dtruit aprs chauffage 133C pendant 20 minutes (utiliser bon escient). La cuisson de la viande natteint pas ces tempratures. Interdire lusage des FVO de mammifres (farines de viande et dos) en alimentation animale (bovins, caprins, animaux domestiques mais aussi volailles, cochons, poissons). En France les crdits de recherche atteignent en 2001 210 MF. Un GIS (groupement dintrt scientifique) sur les maladies PRIONS vient dtre cr en fvrier 2001. Montpellier II accueillera une animalerie ESB en 2002 et les Labos Biorad ont dcid dimplanter dj un module Pourquoi les farines animales dgraisses avec des solvants chlors ou non ESB sur le site.

navaient-elles jamais dclench dESB ? Au laboratoire le chloro-2-thanol permet la transition ; il est probable que les solvants chlors utiliss jusquen 1978 80 aient ralis la transformation de la protine PrPsc en protine Prion ce qui se traduirait alors par linactivation de la particule active. Lutilisation des solvants a t arrte pour leurs risques dexplosion, nutritionnels et toxiques

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TABLE DES MATIERES


I - Introduction
1) Terminologie fonction de la composition 1-1. Protides non hydrolysables 1- 2. Protides hydrolysables 1-2-1- Condensation dacides amins : 1)-peptides oligopeptide, polypeptide, protoses, peptones 2)-holoprotides ou protines simples ou homoprotines, protomre, oligomre 1-2-2- Holoprotides + groupement prosthtique : htroprotides ou htroprotines ou protines conjugues. Nucloprotines, lipoprotines, glycoprotines, phosphoprotines, hmoprotines, flavoprotines, chromoprotines, mtalloprotines 2) Terminologie fonction de la conformation Conformation, structure primaire, structure secondaire, structure tertiaire, structure quaternaire 2-1. Les protines fibreuses 2-2. Les protines globulaires 3) Terminologie base sur la fonction 3-1. Les protines de structure 3-2. Les protines activit biologique : Enzymes, Hormone, Protines contractiles, de transport, protectrices, de rserve, toxiques, anti-nutritionnelles, allergnes 3-3. Protines alimentaires 4) Terminologie fonction de proprits physico-chimiques 4-1. Albumines 4-2. Globulines 4-3. Glutlines 4-4. Prolamines 4-5. Albuminodes ou sclroprotines 4-6. Histones 4-7. Protamines 5) Taille des molcules protiques 5-1. Dfinitions : poids molculaire, masse molaire 5-2. Le poids molculaire de quelques protines

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II -Protines : Les acides amins constitutifs


1. Structure. 2. Les principaux acides amins. 2.1. Acides amins chane latrale apolaire. 2.1.1. Chane latrale aliphatique. 2.1.2. Chane latrale aromatique. 2.1.3. Chane latrale avec un atome de soufre. 2.2. Acides amins chane latrale polaire. 2.2.1. Chane latrale polaire non charge. 2.2.2. Chane latrale polaire charge (ionisable). 3 . Acides amins rares ou occasionnels. 3.1. Acides -amins prsents dans quelques protines. 3.2. Acides amins nentrant pas dans la composition de protines. 4. Strochimie. 5. Proprits physiques. 5.1. Cristallisation. 5.2. Solubilit. 5.3. Pouvoir rotatoire. 5.4. Proprits spectrales.

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5.4.1. Absorption UV. 5.4.2. Fluorescence. 6. Dosage et Proprits chimiques. 6.1. Dosage des acides amins totaux. 6.1.1. Mthode de Kjeldahl. 6.2.2. Autres mthodes. 6.2. Caractrisation et dosage dacides amins sans sparation. 6.2.1. Ractions spcifiques. 6.2.2. Dosage microbiologique. 6.3. Ionisation, proprits acido-basiques. 6.3.1. Rappels & Dfinitions. Importance de lionisation. 6.3.2. Les deux ionisations des acides amins. 6.4. Proprits des groupements carboxyles. 6.4.1. Formation de sels en prsence de bases. 6.4.2. La fonction acide est estrifiable par des alcools. 6.4.3. En prsence de pentachlorure de phosphore ou de chlorure de thionyle ( SOCl2) 6.4.4. La fonction COOH peut tre rduite en alcool en prsence de borohydrure de Na 6.4.5. Dcarboxylation. 6.4.6. Amidation 6.5. Proprits de la fonction amine. 6.5.1. La fonction amine donne avec les acides des sels. 6.5.2. Diazotation par lacide nitreux . 6.5.3. Mthylation par liodure de mthyle. 6.5.4. Dsamination en milieu hypochlorite. 6.5.5. Dsamination par voie enzymatique. 6.5.6. Ractions de condensation. 1) liaison avec un chlorure dacide ou un anhydride dacide. 2) Raction avec l O-phtaldialdhyde (OPA). 3) Raction avec la fluorescamine (4-phnylspiro (furan-2(3H),1-phtalal)-3,34 dione). 4) Raction avec le chlorure de dansyle. 5) Raction au phnylisothiocyanate (PITC). 6) Raction avec le 9,fluornylmthyl-chloroformate (FMOC-HCl). 7) Raction avec le chlorure de dabsyl. 8) Raction avec le 1-fluoro-2,4-dinitrobenzne (raction de Sanger). 9) Raction avec lacide 2,4,6-trinitrobenzne sulfonique (TNBS). 6.6. Ractions lies la prsence simultane des fonctions amins et carboxyliques. 6.7. Proprits des chanes latrales. 6.7.1. Les fonctions hydroxyles de SER et THR peuvent tre estrifies. 6.7.2. Les chanes latrales noyau aromatique. 6.7.3. Les fonctions thiols. 6.7.4. Hydrophobicit et hydrophilicit des chanes latrales des acides amins. 1) lhydrophobicit et got. 2) Hydrophilicit des acides amins et des protines. 7. Sparation et dosage des acides amins. 7.1. Gnralits sur la chromatographie en phase liquide et lHPLC. Coefficient de distribution, volume et le temps de rtention, Facteur de capacit, Temps de rtention Slectivit, Efficacit, Rsolution, Hauteur quivalente un plateau thorique. 7.2. Chromatographie dchange ionique et dtection post-colonne. 7.2.1. Gnralits sur lchange ionique. 7.2.2. Principaux types de groupements fonctionnels. 7.2.3.Principaux types de matrice. 7.2.4. Llution en chromatographie dchange ionique. 1) Influence du pH de la phase mobile. 2) Influence du type et de la concentration en contre-ion. 3) Effet de la temprature et de solvants organiques. 4) Prsence dantioxydants. 5) Ralisation de llution. 7.2.5. Dtection colorimtrique en dtecteur continu (ninhydrine). 7.2.6. Autres types de dtection post-colonne. 7.3. Chromatographie en phase inverse aprs drivatisation pr-colonne. 7.3.1. Gnralits sur la chromatographie dadsorption. 7.3.2. La chromatographie en phase inverse. 1) mcanisme de rtention.

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2) Influence de la phase mobile. 3) Augmentation de k' par modification du solut. 7.4. Etalons internes.

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III - Les peptides


1. Structure de la liaison peptidique. 2. Dtermination de la composition en acides amins. 3. Dtermination de la squence. 3.1. Les acides amins terminaux. 3.1.1.Mthode chimiques. 1) Dtermination de lacide amin N-terminal. 2) Dtermination de lacide amin C-terminal. 3.1.2.Mthode enzymatiques. 1) Aminopeptidases. 2) Carboxypeptidases. 3.2. Les mthodes classiques de squenage. 3.2.1. Mthode chimiques. 3.2.2. Mthode enzymatiques. 3.3. Les mthodes automatises de squenage. 3.4. Les mthodes de squenage issues du gnie gntique. 4. Proprits des peptides. 4.1. Proprits physique 4.2. Proprits chimiques. 5. Synthse chimique. 5.1. Activation et prparation des acides amins. 5.2. Condensation. 6. Quelques exemples de peptides. La carnosine et lansrine. Le glutathion, les pentapeptides (mthionine enkphaline et leucine enkphaline) -endorphine, vasopressine et locytocyne, la corticotrophine, hormones hypothalamiques, TRF Insuline, nisine, subtiline, polymyxines, bacitracine, thyrothricine, tyrocidine A, pnicillines Toxines ( phallodine), peptides inhibiteurs

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IV - Production et utilisations dacides amins et de peptides


1. Les acides amins. 1.1. Production. Hydrolysats de protines Production dacides amins par voie fermentaire par voie enzymatique 1.2. Utilisations. (acides, amers, umamis) - Glutamate, glycine, L-lysine 2. Peptides. 2.1.Peptides sucrs. (aspartame, alitame) 2.2. Peptides sals 2.3. Peptides umamis. 2.4. Peptides acides. 2.5. Peptides amers. 2.6. Peptidesalimentaires activit biologique. 2.7. Peptides activits diverses.

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V. Dtermination des poids molculaires


1. Dfinitions La masse molculaire, le poids molculaire, la masse molaire. 2. Mthodes chimiques. 2.1. Dosage dun ou plusieurs composants de la molcule. 2.2. Combinaison avec un ractif.

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3. Mthodes physico-chimiques ou physiques. 3.1. Mesure de la pression osmotique. gradient de densit 3.3. Diffusion et coefficient de diffusion. 3.4. Calcul du poids molculaire par sdimentation. 3.5. La chromatographie dexclusion ou gel filtration ou gel permation Principe, diffrents types de gel (gels mous, semi-rigides, gels rigides) 3.6. Llectrophorse (Principe, llectrophorse en milieu dnaturant, SDS-PAGE, lectrophorse simple en gradient de densit 3.7. Autres mthodes de dtermination des masses molculaires. 3.7.1.Diffraction de la lumire. 3.7.2. Viscosit.

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3.

VI - Conformation des protines


Les structures secondaires, tertiaires, quaternaires, conformation native. (dynamique des protines), protines chaperons, le PRION 1. Principales structures spatiales des protines. 1.1. Structures secondaires. 1.1.1. Lhlice . (L'hlice hlice 3,613 hlices 310, M, polyproline I ou II.) 1.1.2. Les feuillets . 1.1.3. Courbure . Pelote statistique. 1.2. Structures tertiaires. Structures de type , Structure de type , Structure / 1.3. Structures quaternaires ou supramolculaires. 2. Moyens dtudes de ces structures. 2.1. Mthodes physiques. 2.1.1. Microscopie (lectronique, transmission, balayage, microscopie platine froide, environnementale, effet tunnel) 2.1.2. Les mthodes spectrales. UV, fluorimtrie, dichrosme circulaire, spectroscopie aux rayons X, diffusion de neutrons, spectroscopie Raman 2.1.3. Les mthodes nuclaires et lectroniques. La rsonance magntique nuclaire, la ESR ou RPE 2.1.4. Les mthodes thermodynamiques, la calorimtrie diffrentielle balayage. 2.1.5. Les mthodes bases sur la charge et le volume et /ou la forme. Llectrophorse en milieu dnaturant ( SDS-PAGE) Llectrophorse en gel non dnaturant Lisotachophorse. Chromatographies. 2 .2. Mthodes chimiques. Acide cis-parinarique, acide 8-anilino-1-naphtalne sulfonique (ANS), rtinol. Hydrophobicit de surface 2.3. Mthodes biologiques. 2.4. Mthodes prdictives. 2.4.1. Recherche des rgions codantes pour une protine donne dans le gnme. 2.4.2. Alignement des squences dacides amins. 2.4.3. Prdiction des structures secondaires. 3. Interactions impliques dans la conformation des protines. 3.1. Prise en compte des contraintes striques. 3.2. Les interactions de Van der Waals. 3.3. Les interactions dipolaires. 3.4. Les interactions ioniques (lectrostatiques). 3.5. Liaisons par pont hydrogne. 3.6. Interactions hydrophobes. 3.7. Ponts disulfure.

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VII - Extraction & purification des protines


1. Objectifs de lextraction & purification.

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2. Mthodes dextraction des protines. Mthodes dextraction ngatives, mthodes dextraction positives Le rendement dextraction , la slectivit, le cot dextraction 3. Les procds de destructuration. 3.1.Traitements de destructuration physique. 3.1.Traitements de destructuration chimique. 3.2. Traitements enzymatiques. 4. Optimisation de la solubilisation. 5. Purification & concentration & rcupration des protines solubilises. 5.1. Prcipitation enzymatique. 5.2. Prcipitation isolectrique. 5.3. Prcipitation par augmentation de la force ionique. 5.4. Prcipitation par diminution de la constante dilectrique. 5.5. Coprcipitation par adsorbtion. 5.6. Lultrafiltration. 5.7. Mthodes bases sur la structure et les proprits des protines. 5.7.1. Mthodes bases sur la taille et la forme : chromatographie dexclusion 5.7.2. Mthodes bases sur la charge. Echange dions. a) Choix de la matrice. b) Choix du groupement fonctionnel. c) Modalits de la sparation. d) Applications en sciences des aliments. 5.7.3. Mthodes bases sur la charge. Chromatofocalisation 5.7.4. Mthodes bases sur lhydrophobicit de surface. 5.7.5. Mthodes bases sur ltablissement de liaisons covalentes. 5.7.6. Chromatographie sur hydroxyapatite. 5.7.7. Chromatographie par chlation. 5.7.8. Chromatographie daffinit. a) Le choix du ligand. b) Choix de la matrice. c) Choix du bras espaceur. d) Couplage. 6. Dtermination de la puret de la protine isole.

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VIII - Dnaturation
1. Dnaturation et changements de conformation 2. Dnaturation rversible ou irrversible. 3. Facteurs lorigine de la dnaturation irrversible. 3.1. La chaleur. 3.2. Le froid. 3.3. Les traitements mcaniques (hautes pressions, ultra-sons) 3.4. Le positionnement dune protine une interface. 3.5. Protolyse et autolyse. 3.6. Agents chimiques. Acides, bases, mtaux divalents, agents chlatants, solvants organiques, ure, le dodcyl sulfate de sodium 4. Contrle et minimisation de la dnaturation.

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Annexe : La maladie de la vache folle et la variante de la maladie de Creutzfldt-Jacob