CENTRO DE INVESTIGACIN Y DE ESTUDIOS AVANZADOS DEL IPN

QUMICA SUPRAMOLECULAR

TRABAJO ESCRITO ASPECTOS SUPRAMOLECULARES DE LAS ENZIMAS

ESA EMMANUEL RODRGUEZ MNDEZ

Mxico, DF 1 de febrero de 2008

NDICE

ABSTRACT.

INTRODUCCIN.

ENZIMAS ARTIFICIALES.

MODELOS DE ENZIMAS ARTIFICIALES.

ASPECTOS TERMODINMICOS Y CINTICOS.

CASO ESPECFICO: SUPERXIDO DISMUTASA.

REFERENCIAS.

ASPECTOS SUPRAMOLECULARES DE LAS ENZIMAS ABSTRACT. Enzymes are proteins, which are linear polymers of amino acids. To understand how enzymes work, we must consider their structure. Chemists have for a long time been envious of the capability of enzymes, not only to accelerate reactions but to do so with near perfect regio and/or stereo selectivity and with catalytic turnover. Over the past years much effort has been invested in trying to mimic such catalytic behaviour. The motivation behind such research might be to mimic a natural process, with the possible intention of improving understanding or to test our ability to understand and manipulate noncovalent interactions. The long-term goal is to be able to obtain a catalyst for any given reaction (especially reactions for which there is no known catalyst) with acceleration and regio and stereo-control rivalling that of natural enzymes. Modified proteins which are derived by mutagenic treatments of natural enzymes are often called artificial enzymes. It must be emphasized here that artificial enzymes described in this article are not directly related to protein structures but capable of carrying out functional simulation of enzymic catalysis in the overall reactions. Chemists are now realising this and attempts are being made to develop combinatorial approaches to synthetic receptors, although as yet no catalytic receptor discovered this way has been reported.

INTRODUCCIN. Una enzima se define de la siguiente manera: Son protenas especficas que actan como catalizadores biolgicos. [2] Estos catalizadores tienen la finalidad de aumentar la velocidad de las reacciones que ocurren en el interior de las clulas. Las enzimas como catalizadores, poseen las siguientes caractersticas: Funcionan en cantidades muy pequeas Permanecen inalteradas despus de actuar en la reaccin qumica No alteran el equilibrio de reaccin Cada tipo de enzima cataliza un tipo especfico de reaccin qumica. Por ello, se necesitan centenares de tipos de enzimas diferentes en el metabolismo de cualquier clase de clulas. La mayor parte de las enzimas catalizan la transferencia de electrones, tomos o grupos funcionales. La clasificacin de las enzimas se realiza de acuerdo con el
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tipo de reaccin de transferencia, el grupo dador y el grupo aceptor, y se reconocen 6 grupos principales: oxidorreductasas (transferencia de electrones), transferasas (transferencia de grupos), hidrolasas (reacciones de hidrlisis o transferencia de grupos funcionales al agua), liasas (adicin de grupos a dobles enlaces), isomerasas (transferencia de grupos en el interior de la molcula para originar formar isomricas) y ligasas (forman diversos enlaces acoplados a la ruptura de ATP). Algunas enzimas necesitan para su actividad un componente qumico adicional llamado cofactor, que puede ser inorgnico (diversos cationes metlicos) o molculas orgnicas complejas llamadas coenzimas. El conjunto de la protena activa junto con su coenzima se denomina holoenzima. [2] Las enzimas son muy tiles en diversos campos por las caractersticas antes mencionadas, por lo cual los qumicos se han dado a la tarea primero de comprender su funcionamiento, controlar las enzimas naturales, aplicarlas de diversas formas y por ltimo encontrar compuestos similares que emulen las funciones de las enzimas usando compuestos ms sencillos que las protenas.

Figura 1. Importancia de las enzimas por su utilidad en diversos campos. [2] ENZIMAS ARTIFICIALES. Son estructuras ms simples que las enzimas, con la ventaja de inspirarse en la funcin de las enzimas naturales. El beneficio de usar estos compuestos es que efectivamente aumentan la velocidad de las reacciones qumicas, y se pueden recuperar al finalizar la reaccin. Son ms sencillos puesto que no son protenas, en realidad son complejos supramoleculares. [7] La manera en la que la Qumica se ha aproximado a estos diseos de enzimas es de dos tipos:

Aproximamiento por Seleccin. Consiste en probar de una serie de librerias de compuestos ya existentes, el que mejor se adecu a una reaccin determinada. Es un ensayo de prueba y error, generalmente usado por Bioqumicos. Aproximamiento por Diseo. El cual es el diseo especfico de compuestos con actividad cataltica, es mediante sntesis qumica completa de estos compuestos. Es una aproximacin ms racional que la aproximacin por seleccin. [5]

MODELOS DE ENZIMAS ARTIFICIALES. Para poder entender cmo son las enzimas artificiales, empezaremos con una reaccin muy comn en Qumica Orgnica, la reaccin de Diels-Alders entre la para-quinona y el ciclohexadieno, en p-xileno [3]. Al hacer esta reaccin en presencia del compuesto 1 se pudo observar que el producto se obtuvo en menos tiempo, que sin l.

Figura 2. Reaccin Diels-Alders catalizada por el compuesto 1. En otro experimento esta vez hecho por Dougherty, el encontr un compuesto que poda catalizar una reaccin S N2, el compuesto lo poda hacer porque estabiliza el estado de transicin en su cavidad.

Figura 3. Ciclofano de Dougherty. Aunque estos fueron los primeros intentos reportados, la intuicin de los qumicos los hizo voltear a cmo funcionaban las enzimas naturales y aprender de ellas. Las primeras inspiraciones vinieron con el estudio de la enzima Piruvato Oxidasa, en la cual Mattei y Diederich prepararon varios compuestos para tratar de emularlas. Ellos contruyeron ciclofanos con cavidades que podan enlazarse a sustratos aromticos, al medir la velocidad de la

reaccin qumica encontraron que haba mejores hosts que otros. [7]

Figura 4. Ciclo cataltico de la Piruvato Oxidasa (I) y de enzimas artificiales (II) La reaccin convierte el Piruvato en acetil fosfato, y las molculas construidas catalizaban el paso clave de la reaccin que es la oxidacin de un carboxaldehdo a un ester metlico. En la siguiente Figura se muestran los host diseados para emular la reaccin.

Figura 5. Hosts, estos compuestos (7, 8 y 9) obtuvieron una rapidez de 20, 170 y 670 veces comparados con el compuesto 6. Con estos experimentos qued demostrado que con compuestos supramoleculares diseados racionalmente, se podan obtener enzimas artificiales.

Siguiendo con los trabajos de Diederich estudiando la condensacin del benzaldehdo, mediante una sal de tiazolio unido a un ciclofano. Oberv que el equilibrio era favorable en DMSO y con el ciclofano presente la reaccin era catalizada correctamente. [7]

Figura 6. Reaccin Catalizada por el ciclofano para el benzaldehido. CICLODEXTRINAS. Estos compuestos han sido usados como enzimas artificiales. Existen 3 tipos: alfa, beta y gamma. Estas solo difieren en el nmero de unidades amilosa.

Figura 7. (n=8)

Ciclodextrina alfa (n=6),

beta (n=7) y gamma

Binder y Menger las han usado como catalizadores para el intercambio del protn alfa de un grupo carbonilo. Breslow por ejemplo las ocup con 2 unidades imidazol para que al protonarlas funcionaran como cidos en una reaccin de hidrlisis. En esta reaccin ocup las 3 ciclodextrinas funcionarizadas, obteniendo que la alfa-ciclodextrina es el mejor catalizador, seguido de la gamma y al ltimo la beta ciclodextrina.

A.

B.

Figura 8. A. Ciclodextrina funcionalizada. A. Reaccin de hidrlisis catalizada por las ciclodextrinas. R=metil, tertbutilo.

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ASPECTOS TERMODINMICOS Y CINTICOS. Comnmente para comprender la naturaleza cintica hacemos uso del modelo ms sencillo en el caso de las enzimas, el mecanismo de Michaelis-Menten.

E+S

K1 K-1

ES*

K2

E+P

1 Km = v vmx

1 1 [S] + v mx

Este es un mecanismo en el cual se unen la enzima y el sustrato por especificidad (llave-cerradura), la unin forma un complejo enzimasustrato y este da lugar al producto y la enzima queda inalterada lista para otro ciclo. En la grfica se observa la ecuacin obtenida a partir del mecanismo donde se obtiene la constante de Michaelis-Menten (Km) Los sistemas supramoleculares que emulan a las enzimas se basan en poder controlar el estado de transicin, el cual es indispensable en la reaccin ya que al observar la Figura 2, vemos que la energa libre del estado de transicin es menor en el caso de la reaccin catalizada al compararla con la reaccin no catalizada. Este hecho es la clave en estos compuestos, puesto que desde el punto de vista de Emil Fischer (1892) no existe complementariedad host-guest absoluta, pero desde el punto de vista de Linus Pauling (1948), existe una buena estabilizacin del estado de transicin. [5]

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Figura 9. Grfica de la Reaccin Catalizada por Enzimas Artificiales

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CASO ESPECFICO: SUPERXIDO DISMUTASA. La superxido dismutasa es una de las enzimas antioxidantes ms importante (SOD). La SOD es verdaderamente el mecanismo maestro de defensa de las clulas para atrapar a los radicales libres y prevenir las enfermedades. La superxido dismutasa ha provocado un gran inters por parte de los investigadores desde su descubrimiento en 1968. En principio esta enzima es una mutasa es decir que inicia la reorganizacin de los tomos en una molcula y la funcin primaria de la SOD es convertir al radical libre superxido (O2-) en perxido de hidrgeno, un radical libre menos daino. Entre los radicales libres, el superxido es el ms poderoso y peligroso. Esto es porque debido a su estructura qumica requiere 3 electrones para reequilibrarse. Cuando arrebata esos 3 electrones de otras molculas, se crea un desequilibrio an mayor que cuando hay un desequilibrio convencional producido por un solo electrn. Tambin tiende a reequilibrarse as mismo ms rpidamente creando ms superxidos con el potencial de causar mucho ms dao. Debido a que el superxido es tan potencialmente daino, la SOD existe en 2 formas en la clula. En las mitocondrias, las cuales son las estructuras productoras de energa de la clula, la SOD est presente como un enzima que contiene manganeso. En el citoplasma de la clula, el cobre y el zinc son los metales principales encontrados en la estructura de la SOD. La presencia de la SOD en ambos lugares, en la mitocondria y el citoplasma asegura que mucho del superxido sea convertido en perxido de hidrgeno. Un caso exitoso ha sido preparar compuestos que puedan realizar la funcin de la dismutacin para el anin superxido. Estos compuestos han sido derivados de ciclodextrinas funcionarizadas para emular la SOD del citoplasma. Los compuestos son: [Cu(L)(H2O)2(-CD)](ClO4)210.5H2O.CH3OH (Mimic 1) [Cu(L)(H2O)2(-GCD)](HClO4)-(ClO4)210H2O (Mimic 2) Donde (L )= 4-(4-tert-butil-bencil)dietilentriamina; -CD = ciclodextrina y -GCD = mono-6-deoxi-6guanidinocicloheptaamilosa

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Figura 10. Enzimas Artificiales que funcionan como la SOD. [6]

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Estos compuestos se usaron para probar su actividad cataltica encontrndose que el compuesto Mimic2, tena una mejor constante de estabilidad (1.15 M-1 para 2 y 0.66 M-1 para 1). La actividad cataltica se midi usando el ensayo de Xanthina/ Xanthina Oxidasa-NBT, en la cual el compuesto Mimic2 efectivamente tuvo una actividad superior en 40% al compuesto Mimic1. [6] La razn por la cual funcion mejor el compuesto 2 es porque ste tambin contiene un residuo parecido estructuralmente al aminocido Arginina141 en la protena original, lo que indica que al emular estas protenas hay que caracterizar los compuestos ( enzimas artificiales) con los residuos necesarios para obtener la misma funcin cataltica. [6]

Figura 11. Ciclo cataltico para el compuesto Mimic2 en la dismutacin de Superxido.

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REFERENCIAS. [1] David E. Fenton Metallobiosites and their synthetic synergism Chem. Soc. Rev., 1999, 28, 159168 analogues a belief in

[2] Horton. Principios de Bioqumica. Cuarta Edicin. Pearson, 2007. [3] Kirby AJ Enzyme mechanisms, models and mimics. Angew Chem Int Ed 1996, 35:707-724 [4] Paul A. Brady and Jeremy K. M. Sanders Selection approaches to catalytic systems Chemical Society Reviews, 1997, volume 26 [5] Stuart J Rowan and Jeremy KM Sanders Enzyme models: design and selection Current Opinion in Chemical Biology 1997, 1:483-490 [6] Ying-Hua Zhou, Heng Fu, Wei-Xi Zhao, Wei-Lin Chen, Cheng-Yong Su, Hongzhe Sun, Liang-Nian Ji, and Zong-Wan Mao Synthesis, Structure, and Activity of Supramolecular Mimics for the Active Site and Arg141 Residue of Copper, Zinc-Superoxide Dismutase Inorganic Chemistry, Vol. 46, No. 3, 2007 [7] Yukito Murakami, Jun-ichi Kikuchi, Yoshio Hisaeda, and Osamu Hayashida Artificial Enzymes Chem. Rev. 1996, 96, 721-758

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