Cours Latex

A Introduction au L TEX
M. Bailly-Bechet, daprs un document de A.S Sertier inspir du cours de S. Charles

Universit Claude Bernard Lyon 1 Laboratoire de Biomtrie et Biologie Evolutive Bt. Mendel 1er tage, ct rouge
M1 Sant-Populations Communication Scientique
marc.baillybechet@gmail.com (LBBE)
AT Introduction au L EX
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Introduction
TEX est un logiciel ddition dvelopp par Donald KNUTH, puis modi A par Leslie LAMPORT (L TEX) permettant de produire des documents de qualit digne de la publication professionnelle.
Donald Knuth http://www-cs-faculty.stanford. edu/~knuth/

Leslie Lamport http://research.microsoft.com/ en-us/um/people/lamport/

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A L TEX vs WYSIWYG
La revanche du retour de lultime sacrice
A L TEX est un logiciel libre ce nest pas le cas de son principal concurrent
Le formatage est semi-automatis, ce qui permet de se concentrer sur le contenu

A Les documents dits en L TEX sont dune qualit typographique professionnelle
Il y a quelques dfauts. Le principal, pour traduire lintroduction de T. Oetiker1 , est que votre hamster, malgr des premiers pas encourageants, ne sera peut tre jamais capable de comprendre pleinement le concept de Balise Logique.
A The not so short introduction to L TEX

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A L TEX, pour faire quoi?
Easy Des rapports de stage, mmoire, thses. . . Professional Des prsentations orales avec transparents Hardcore Des posters pour prsentation orale Out of control Du grec, de la chimie, des partitions musicales. . .
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A Ecrire du L TEX
Sous linux, on peut utiliser le logiciel gratuit texmaker: http://www.xm1math.net/texmaker/index_fr.html ou bien le logiciel Kile: http://kile.sourceforge.net/
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Sous Windows
Installer MikTeX http://miktex.org/ http://fr.wikipedia.org/wiki/MiKTeX Installer Texmaker http://www.xm1math.net/texmaker/index_fr.html

A Il vous faut les deux, car MikTeX est une version du programme L TEX, tandis que Texmaker est simplement un diteur contenant plein de A fonctions utiles (mais qui sous Linux est livr avec le programme L TEX. . . )!
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A Les chiers L TEX

A L TEX est un langage de programmation, qui gnre plusieurs types de chiers. On trouve des chiers:
.tex Ce sont les chiers contenant toutes les commandes que vous allez taper, i.e les chiers sources .dvi Cest le rsultat de la compilation standard de vos commandes. On peut visualiser ces chiers laide du logiciel xdvi .ps ou .pdf Il sagit des chiers destins la publication, aprs conversion depuis le .dvi .bib et .bbl Ces chiers servent la gestion de la bibliographie
A .aux, .toc, .idx Ces chiers sont utiliss par L TEX pour grer les rfrences dans votre document
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Congurer texmaker
Menu "Options", puis "Congurer Texmaker".
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Document latex minimal
\documentclass{article} \begin{document} Tout ce que je veux afficher dans mon document \end{document}
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Un premier essai: compilation
Avant toute chose, enregistrer votre chier source au format xxx.tex Menu "Outils", puis "Compilation rapide" : cre le .dvi Menu "Outils", puis DVI->PDF" : cre le .pdf Visualiser votre chier xxx.pdf en double cliquant dessus.
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Dirents types de documents
report : petits documents (1 ou 2 pages) article : rapports courts, articles de revues, ... book : documents trs longs (livres, thses, ...) letter : rdiger des lettres beamer : pour faire des prsentations avec des slides Le choix dun style dtermine certaines caractristiques du document comme par exemple la taille des titres, les commandes de sectionnement autorises ou encore les indentations. Chaque style admet un certain nombre doptions qui permettent de prciser par exemple la taille par dfaut des caractres.
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Le franais, cette langue pas comme les autres. . .

crire en franais demande de faire appel des packages particuliers : \usepackage[T1]{fontenc} \usepackage[utf8]{inputenc} \usepackage[francais]{babel} Les dirences dencodage sestompent avec le temps, mais posent toujours des problmes. Il vous faudra parfois revenir en latin1 au lieu de utf8, mme sous Linux (si par exemple vous changez des chiers avec quelquun qui travaille sous Windows). Une rgle gnrale pour les accents, et cdilles : vous viterez les problmes en tapant vos accents sous la forme suivante: \ + accent + lettre : \e ou \a ou encore \c{c}
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Un premier essai : code source
\documentclass[12pt,a4paper,twoside]{article} \usepackage[T1]{fontenc} \usepackage[utf8]{inputenc} \begin{document} \section{Premier essai} Bonjour tout le monde. Je parle et \ecris fran\c{c}ais. Je messaie au \LaTeX.\\ Pour linstant, tout va bien ! \subsection{La suite} Passons \a la suite. \end{document}
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Premier essai : aperu
1 Premier essai
Bonjour tout le monde. Je parle et cris franais. A Je m'essaie au L TEX. Pour l'instant, tout va bien !
1.1 La suite
Passons la suite.
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Sectionnement et Style
On distingue par ordre dcroissant : part chapter section subsection subsubsection paragraph subparagraph La numrotation est automatique. Il est possible de lenlever en rajoutant *: \section{Section avec numrotation} \section*{Section sans numrotation} Que se passe-t-il si on alterne les sections numrotes et non-numrotes?
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Taille des caractres
tiny scriptsize footnotesize small normalsize large Large LARGE huge Huge
minuscule
trs petit
assez petit
petit
normal
grand
plus grand
trs grand
norme
gant
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Style de caractres
"Bold" ou Gras "Italic" ou Italique "Underlined" ou Soulign "Text" ou Texte
textbf textit ou emph underline texttt
Gras Italique Soulign Texte
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Mettre de la couleur
Appeler le package color en dbut de document : \usepackage{color} Deux fonctions existent :
1
\color{blue} Tout le texte qui sera plac aprs cette balise sera de couleur bleue. Ne pas oublier \color{black} pour revenir la couleur par dfaut.
\textcolor{magenta}{le texte en magenta} Seul le texte plac en deuxime argument (ici "le texte en magenta") sera de couleur magenta.
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Faire un titre
Instructions title, author, date et abstract. Puis instruction maketitle.

\documentclass[11pt,twocolumn]{article} \usepackage[francais]{babel} \begin{document} \title{Un titre quelconque} \author{Peu Importe} \date{\today} \maketitle \abstract{Ceci est un r\esum\e de ce superbe document} \section{Le canard \etait toujours vivant} Il \etait une fois \ldots \end{document}
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Faire un titre : Aperu
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Haut et bas de page

A Ils sont grs automatiquement par L TEX. Mais si vous voulez les modifer, vous pouvez utiliser le package fancyhdr, disponible depuis la page de style fancyhdr.sty. \documentclass[11pt]{article} \usepackage{fancyhdr} \pagestyle{fancy} \begin{document} \lhead{haut de page gauche} \chead{haut de page centre} \rhead{haut de page droit} \lfoot{Pied de page gauche} \cfoot{Pied de page centre} \rfoot{Pied de page droit} \newpage Bla Bla Bla ... \end{document}
Linstruction thepage incluse dans les pieds de page permet de mettre permet dindiquer les numros de page.
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Haut et bas de page
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Notes de bas de page
Vous pouvez insrer une note de base de page dans votre document avec la commande \footnote{}. Essayez par exemple: Ici on parle du cas du c\el\ebre Claude Bernard\footnote{m\edecin et fondateur de la m\edecine exp\erimentale} qui a par la suite donn\e son nom \a lUCBL.
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Les environnements les plus utiliss
Dirents environnements permettent de structurer un document, nous allons dtailler les principaux Les listes Les tableaux Les gures La bibliographie Un environnement se commence toujours par begin{environnement} et se ni par end{environnement}
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Prsenter des cas : les listes

Les listes se dclarent dans un environnement avec un begin et un end dont lintitul dpend du type de liste que vous voulez gnrer : enumerate, itemize, description.
\begin{enumerate} \item blabla \item blabla \item blabla \end{enumerate} \begin{itemize} \item blabla \item blabla \item blabla \end{itemize} \begin{description} \item[cas 1] blabla \item[cas 2] blabla \item[cas 3] blabla \end{description}
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Prsenter des cas : Aperu

Exemple de liste avec enumerate : 1. blabla 2. blabla 3. blabla Exemple de liste avec itemize : blabla blabla blabla Exemple de liste avec description : cas 1 blabla cas 2 blabla cas 3 blabla
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Les tableaux
Environnements table et tabular.
\begin{table} \begin{tabular}{|l|cc|} OS & Plateforme & Part des serveurs http \\ \hline Unix & Toutes & 32\% \\ Linux & Toutes & 26\% \\ Windows NT & Intel & 23\% \\ \end{tabular} \caption{Ceci est un tableau pr\esentant la part des serveurs occup\es par chaque syst\eme dexploitation.}\label{tab_serveur} \end{table} Ici, je fais r\ef\erence \a mon tableau \ref{tab_serveur}
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Un exemple de tableau
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Les gures
On va le plus souvent utiliser lenvironnement figure. On peut y insrer dirents types dimages: Le format postscript encapsul (.eps) est trs utilis pour des raisons historiques
\usepackage{epsfig} \begin{document} \begin{figure}[h] \epsfig{file=CHAMEAU.eps,width=8cm} \caption{Ceci est un chameau.} \end{figure} \end{document}
Les autres formats, dont PDF, sont employs avec la commande includegraphics
\begin{figure}[h] \begin{center} \includegraphics[height=7cm]{CHAMEAU.pdf}\\ \caption{{\emph{Le joli chameau !!!}}} \label{fig1} \end{center} \end{figure}
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Aperu
Figure: Le joli chameau !!!
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Placement des gures
(here)
Placer la gure dans le texte lendroit
o lenvironnement a t appel (si lespace disponible sur la page le permet).
t b p !
(top) (bottom) (page) (insist)
Placer la gure en haut dune page de texte. Placer la gure en bas dune page de texte. Placer la gure sur une page spare du reste du texte. Placer la gure l o on veut, vraiment!
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La bibliographie - dans le .tex
Environnement thebibliography Commande bibitem pour "labelliser" les rfrences Commande cite pour appeler les rfrences dans le texte
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Exemple
\documentclass[12pt,a4paper]{article} \usepackage[T1]{fontenc} \usepackage[latin1]{inputenc} \begin{document} \begin{thebibliography}{CHARLES} \bibitem{PER024} Charles, S., Ferreol, M., Chaumot, A., et Pery, A.R.R. (2004) Food availability effect on population dynamics of the midge {\it Chironomus riparius}: a Leslie modeling approach. {\it Ecological Modelling}, {\bf 175}, 217-229.\\ \bibitem{PER025} Lopes, C., Pry, A.R.R., Chaumot, A., et Charles, S. (2005) Ecotoxicology and Population Dynamics: on the use of DEBtox models in a Leslie modelling approach. {\it Ecological Modelling}, {\bf 188/1}, 30-40.\\ \bibitem{PER026} Deceliere, G., Charles, S., et Biemont, C. (2005) The Dynamics of Transposable Elements in Structured Populations. {\it Genetics}, {\bf 169}, 467-474.\\ \end{thebibliography} Les citations \cite{PER024,PER025} peuvent tre cites sous la forme simple prsente ou sous une forme diffrente \cite[paragraphe 2]{PER026} plus sophistique. \end{document}
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Aperu
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La bibliographie - avec un .bib
Gnrer un chier toto.bib avec les rfrences lister, au format bibtex. A la n du chier .tex, inclure linstruction \bibliography{toto} Compiler le .tex, puis le .bib puis deux fois le .tex (porquoi 2 fois?)
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Le format Bibtex
@BOOK{HofbSigm98, title = {Evolutionary Games and Population Dynamics}, publisher = {Cambridge University Press}, year = {1998}, author = {Joseph Hofbauer, Karl Sigmund}, abstract = {Some of the simplest models for the dynamics of a single population exhibit very complicated behaviour, including bifurcations and chaos...} } @ARTICLE{Achtman2008, author = {Mark Achtman and Michael Wagner}, title = {Microbial diversity and the genetic nature of microbial species.}, journal = {Nat Rev Microbiol}, year = {2008}, volume = {6}, pages = {431--440}, number = {6}, month = {Jun}, abstract = {The earth contains a huge number of largely uncharacterized Bacteria and Archaea...}, doi = {10.1038/nrmicro1872}, url = {http://dx.doi.org/10.1038/nrmicro1872} }
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Exemple
\documentclass{article} \usepackage[francais]{babel}\usepackage[latin1]{inputenc}\usep
\title{Inclusion fichier .bib}\author{S. Charles}\date{\today} \begin{document} \maketitle{} \bibliographystyle{plain} % autres styles possible Cest Joseph Hofbauer et Karl Sigmund \cite{HofbSigm98} que lon doit le concept dquations du rplicateur. \bibliography{toto} %\nocite* % essayer avec et sans \end{document}
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Exemple
Inclusion chier .bib

S. Charles 29 septembre 2008
Cest Joseph Hofbauer et Karl Sigmund [1] que lon doit le concept dquations du rplicateur.
Rfrences
[1] Karl Sigmund Joseph Hofbauer. Evolutionary Games and Population Dynamics. Cambridge University Press, 1998.
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Les mathmatiques : modes

\begin{math}...\end{math} simpli par $...$ ou par $...$ pour insrer une formule mathmatique dans une ligne de texte. \begin{displaymath}...\end{displaymath} simpli par \[...\] ou par $$...$$ pour des formules isoles et centres sur une ligne.
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Les mathmatiques : modes
\begin{equation}...\end{equation} produit le mme rsultat mais numrote automatiquement les formules. \begin{eqnarray}...\end{eqnarray} permet dcrire des systmes dquations.
A L TEX gre lui-mme les espaces.
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Les mathmatiques : formules
\documentclass[12pt,a4paper]{article} \usepackage[T1]{fontenc} \usepackage[latin1]{inputenc} \begin{document} Voici quelques exemples de formules mathmatiques. Soit $x$ (et non pas x, attention variable relle solution de lquation: \begin{equation} ax^2+bx+c=0 \end{equation} Le discriminant vaut $\Delta=b^2-4ac$. Sil est strictement positif, il y a deux racines relles distinctes: \begin{eqnarray}{ll} x_1&=\frac{-b-\sqrt\Delta}{2a}\\ x_2&=\frac{-b+\sqrt\Delta}{2a} \end{eqnarray} \end{document}
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Aperu
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Aller plus loin

Pour en savoir plus : les maths avec latex.pdf Les indispensables : latexsheet.pdf tex-refcard-a4.pdf
A Et tout ce dont vous ne reverez jamais est sur la FAQ L TEX: http://www. jalix.org/ressources/miscellaneous/tex/_faq-latex2/html/
Ces documents ainsi que le cours sont disponibles ladresse http: //pbil.univ-lyon1.fr/members/mbailly/Comm_Scientifique/
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Quelques exemples un peu plus durs

laide des documents de rfrence, essayez de reproduire les critures mathmatiques suivantes: quation de Navier-Stokes v 1 + v v = p + 2 v + f t quations de Lotka-Volterra dx (t ) dt dy (t ) dt Intgrale gaussienne
+
(1)
= x (t )( y (t )) = y (t )( x (t ))
(2) (3)
0
e (x
2 +y 2 )
dxdy =
4
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Trucs et astuces
Pour crire des indices et des exposants, on passe en mode mathmatique: Le XIX$^{\textrm{\eme}}$ si\ecle donne Le XIXme sicle Le degr des tempratures se fait de la mme manire : 37$^\circ$C donne 37 C Pour crire des lettres grecques, on passe aussi en mode mathmatique: $\alpha$ donne . Pour faire une che, idem: a$\rightarrow$b donne ab Pour de petits problmes despacement, les commandes \vspace{} et \hspace{} peuvent tre utiles.
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Pour la prochaine fois : devoir not

Pour le 19/10 minuit au plus tard, prparer un document personnel (thme entirement libre) de 2 3 pages avec :
une page de garde complte au moins une gure au moins une formule mathmatique au moins une rfrence bibliographique au moins deux sections et sous-sections un en-tte et un pied-de-page une note de bas de page
Vous enverrez vos chiers prenom.nom.M1.CommSci.tex et prenom.nom.M1.CommSci.pdf ladresse mail suivante: marc.baillybechet@gmail.com Lobjet de votre message devra comporter Devoir CS M1.
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A L TEX, pour faire quoi?

Installer MikTeX http://miktex.org/ http://fr.wikipedia.org/wiki/MiKTeX Installer Texmaker http://www.xm1math.net/texmaker/index_fr.html

A Les chiers L TEX

Document latex minimal

Un premier essai: compilation

Dirents types de documents

Le franais, cette langue pas comme les autres. . .

Un premier essai : code source

Premier essai : aperu

Taille des caractres

"Bold" ou Gras "Italic" ou Italique "Underlined" ou Soulign "Text" ou Texte

textbf textit ou emph underline texttt

Gras Italique Soulign Texte

Instructions title, author, date et abstract. Puis instruction maketitle.

Faire un titre : Aperu

Haut et bas de page

Haut et bas de page

Notes de bas de page

Les environnements les plus utiliss

Prsenter des cas : les listes

Prsenter des cas : Aperu

Figure: Le joli chameau !!!

Placement des gures

Placer la gure dans le texte lendroit

o lenvironnement a t appel (si lespace disponible sur la page le permet).

(top) (bottom) (page) (insist)

La bibliographie - dans le .tex

La bibliographie - avec un .bib

Inclusion chier .bib

Les mathmatiques : modes

Les mathmatiques : modes

Les mathmatiques : formules

Aller plus loin

Quelques exemples un peu plus durs

Pour la prochaine fois : devoir not

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