Universidad Nacional de Ro Cuarto Facultad de Ciencias Exactas, Fsico-Qumicas y Naturales

Universidad Nacional de Ro Cuarto

Facultad de Ciencias Exactas, Fsico-Qumicas y Naturales
Departamento de Ciencias Naturales Carrera: Microbiologa

Bioinformtica Aplicada (2195) Ao acadmico: 2012 Rgimen: Bimestral (Cuarto Bimestre) Carga horaria: 64 horas
Modalidad: Tericos-Prcticos

Responsable: Dr. Edgardo Jofr Nmina docente: Dr. Edgardo Jofr, Dra. Sonia Fischer. Colaboradores: Dra. Mara Rivero, Dra. Daniela Medeot, Lic. Walter Ferrari, Mic. Fernando Rossi, Mic. Agustina Godino, Dra. Anala Prncipe.
PROGRAMA: UNIDAD 1: Revisin de conceptos: Vectores de clonado. Los plsmidos como vectores de clonado. Caractersticas bsicas de los plsmidos. Tamao y nmero de copia. Funciones codificadas por los plsmidos. Plsmidos crpticos. Replicacin. Replicones conteniendo iterones. Replicones ColE1.Replicacin en crculo rodante. Segregacin de los plsmidos. Sistemas de particin activa. Sistemas especficos de recombinacin. Sistemas toxina-antitoxina. Diseminacin de los plsmidos. Incompatibilidad. Criterios para elegir un vector de clonado. Marcadores de seleccin. Sitios de clonado. Genes reporteros -lacZ, gusA- y de seleccin positiva-ccdB, sacBR. Plsmidos de uso frecuente. Fagos de uso frecuente como vectores. Fagos de insercin y reemplazo. Caractersticas. Fago .Vectores M13. Caractersticas esenciales de los csmidos.

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Csmidos como vectores de clonado. Fagmidos. Caractersticas generales. pBluescript. Cromosomas artificiales. YACs. Elementos de un cromosoma tpico de levadura. Ventajas y desventajas. PACs. Elementos caractersticos de vectores PAC. Ventajas y desventajas. Construccin de bibliotecas de DNA genmico en csmidos, fsmidos, PACs y BACs. Amplificacin y almacenamiento de las bibliotecas.

Unidad 1bis: Mtodos de secuenciamiento. Mtodo de secuenciamiento automatizado. Ventajas y Desventajas. Estrategias de secuenciamiento. Primer walking, Shot gun. Anlisis de secuencias crudas de ADN. Interpretacin de cromatogramas. Correccin de errores de secuenciamiento. Empalme de secuencias. Pirosecuenciamiento. Video Roche. Descripcin y aplicaciones.

UNIDAD 2: Bioinformtica: Consideraciones generales. Definiciones. Principales desafos de la Bioinformtica. Principales bases de datos de bioinformtica: NCBI, EMBL, DDBJ, PDB, SWISSPROT. Base de datos GenBank: descripcin y alcances. Bases de datos derivadas de NCBI: RefSeqs. Bsqueda en bases de datos usando Entrez. Alineamientos globales y locales. Algoritmos heursticos FASTA y BLAST. Bsqueda de similitudes en bases de datos con BLAST del NCBI. Comparacin de secuencias en diferentes bases de datos (blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx). Seleccin de algoritmo (megablast, megablast discontinuo, blastN, blastp, PSI-Blast, PHI-Blast). Parmetros del algoritmo: valor E, matrices de puntuacin (BLOSUM, PAM), penalizacin de gaps, filtros y mscaras. Interpretacin de salida de Blast. Herramientas del NCBI: Bsqueda de marcos de lectura abiertos (ORFinder), sistema para encontrar contaminacin con vectores en secuencias de cidos nucleicos (VecScreen).Filogenia: PAULA. Unidad 3: Bsqueda de similitud entre dos o ms secuencias nucleotdicas y aminoacdicas. Mtodos basados en matrices de puntos (Dot plot). Identificacin de: regiones de similitud entre dos secuencias, inserciones-deleciones (Eventos INDEL), regiones repetitivas, repetidos invertidos. Unidad 4: Anlisis de genomas. Bases de datos de genomas y anlisis. Cronologa de genomas secuenciados. Anlisis de genomas procariotas. Transferencia horizontal de genes. Islas genmicas. Caractersticas de genomas eucariotas. Secuencias repetitivas, elementos transponibles, pseudogenes. Ensamblaje de las secuencias e identificacin de genes. Genmica comparativa. Sintena. Identificacin de distintos tipos de rearreglos: inversin, transposicin, transposicin reversa, translocaciones, duplicaciones. Bases de datos COGs, KEGGs, KOGs, Pfam y TIGRfam. Bsqueda de genes en distintos genomas. Bsqueda de funciones en distintos genomas. Bsqueda de ortlogos en distintos genomas. Anlisis de ejemplos en servidores internacionales, IMG (Integrated Microbial Genome) para el anlisis comparativo de genomas microbianos.

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Unidad 5: Bsqueda de dominios y motivos en secuencias nucleotdicas y aminoacdicas. Reglas de sintaxis para la descripcin de motivos. Principales algoritmos. Principales bases de datos para la bsqueda de motivos o patrones: Basados en mtodos probabilsticos (Pfam) y no probabilsticos (Prosite). Anlisis de ejemplos en servidores internacionales. Logo de secuencias. Unidad 6: El anlisis de secuencias y la prediccin de estructuras secundarias en protenas. Parmetros fsico-qumicos de una secuencia de protenas: composicin atmica y de aminocidos, punto isoelctrico, coeficiente de extincin, peso molecular (ProtParam) (Compute pI/Mw) (ScanSite pI/Mw). Prediccin de lipoprotenas y Pptido seal en bacterias Gram Negativas (LipoP). Prediccin de sitios de clivaje de pptido seal (SignalP). Prediccin de Localizacin PSORT - Prediccin de localizacin subcelular de protenas (TargetP). Prediccin de regiones de transmembrana (DAS). Prediccin de regiones de transmembrana y localizacin en protenas procariotas (HMMTOP) (PredictProtein) (SOSUI) (TMHMM) (TMpred). Deteccin de regiones de transmembrana basado en el alineamiento de secuencias mltiples (TMAP). Prediccin de topologas en protenas de membrane (TopPred). Prediccin de sitios de fosforilacin y glicosilacin en protenas. Prediccin de regions coiled-coil en protenas (Coils) (Paircoil) (Paircoil2) (Multicoil). Prediccin de Leucine Zippers (2ZIP). Prediccin de estructuras secundarias en protenas (Jpred2). Principales criterios y algoritmos (hidropata, anfipaticidad). Anlisis de ejemplos en servidores internacionales. Introduccin al modelado de protenas. Zinc Fingers. Unidad 7: Expresin de protenas Heterlogas. Caractersticas de la Intenas: Mecanismo qumico del Protein Splicing. Utilizacin de Intenas para la expresin de protenas. Desarrollo de plsmidos de expresin conteniendo secuencias que codifican para Intenas. Purificacin de protenas recombinantes en E. coli por sistema de Intenas. Deteccin y anlisis de protenas expresadas a partir de genes clonados. Optimizacin de la expresin de protenas recombinantes. Genotipos bacterianos ms utilizados. Otros sistemas comerciales de uso ms frecuente His-Tag, GST, Flag; caractersticas, ventajas y desventajas de los diferentes mtodos de purificacin. Sistemas de expresin comnmente usados. Produccin de protenas recombinantes en E. coli. Expresin en Baculovirus, Saccharomyces cerevisiae y Clulas de Mamferos. Eleccin del mtodo de expresin ms eficiente. Estrategias de clonado. Mtodos de purificacin. Interaccin Protena-Protena: Ensayos de dos hbridos Construccin de vectores y deteccin de interaccin de protenas. CrossLinking. Deteccin de interaccin protena-protena in vitro. UNIDAD 8: Anlisis global de la expresin gnica: Transcriptmica, Tecnologa de expresin in vivo (IVET), Protemica. Tecnologas genmicas. Caracterizacin del transcriptoma y el proteoma celular. Estudios de expresin diferencial. Estudios masivos de expresin gnica. Arreglos gnicos (macro/microarrays, chip-technology). Tecnologa de expresin in vivo (IVET): Fundamentos y componentes del sistema. Estrategias de seleccin IVET: basadas en auxotrofa, en resistencia a

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antibiticos, utilizando un nico gen como reportero dual, y seleccin basada en recombinacin (RIVET). Ventajas y desventajas de las distintas estrategias de seleccin IVET. Ejemplos del uso de IVET para estudios de genes de patogenicidad y en la interaccin planta-bacteria. Anlisis cuali/cuantitativo del proteoma celular. Electoforesis bidimensional (IEF-SDS-PAGE)/ acoplada a espectrometra de masa para el estudio cuali/cuantitativo de proteomas. MALDI-TOF MS: Fundamentos. Anlisis e identificacin de protenas mediante tcnicas de fingerprint peptdico. Evaluacin de modificaciones postraduccionales. Algoritmos utilizados para la identificacin de protenas.

Requisitos y materias correlativas: Para el cursado de Bioinformtica Aplicada se requiere: Tener aprobadas las siguientes asignaturas: 2163 Gentica Microbiana. Evaluacin: Examen parcial integrador. La asignatura contar con un rgimen de promocin. Para la promocin el alumno deber haber aprobado el parcial con nota igual o superior a 7, haber aprobado el trabajo prctico y contar con el 80% de asistencia. Para la regularidad el alumno deber haber aprobado el parcial y el trabajo prctico y contar con el 80% de asistencia. Los alumnos regulares debern rendir un examen final oral para aprobar la materia.

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