Chapter 1.

DNA structure
第一題
(1)Nucleoside：於 RNA 或 DNA 中的鹽基跟五碳糖連起來為一單位
(2)N-glycosidic(N-glycosyl) bond of nucleotide：alex

(3)Hydrogen bond：一個氫原子為其他 2 個原子共享的 weak bond

(4)Point mutation：基因突變點:僅涉及 DNA 中單一鹼基改變所引起的突變
(5)Tm(melting temperature)：when DNA solution is heated enough, the non-covalent force that
hold the two strains together weaken and finally break.when this happen ,the 2 strains come
apart in the process know as DNA denaturation or DNA melting .the temperature at which the
DNA strains are half denaturation is called the melt temperature，使 dna 有一半解離成為單
鏈的溫度
(6)DNA renaturation：當雙股 dna 分開, 之後又於適當環境下再鍵合
(7)Linking number：連環數: 一股封閉式環繞的 DNA 對著其他 DNA 圍繞的輪數
L=T(雙股螺旋繞度)+ W(超盤繞的範圍)
(8)closed circular ds DNA：alex

(9)positive supercoiled DNA：the supercoiling resulting from overwinding of the duplex(raising

the linking number)
(10). point mutation：當 DNA 雙股在進行複製時，因為發生 tautomerism 而導致某ㄧ鹼基配
對錯誤。
(11). major and minor grooves：請觀看講義 Figure1.7 圖。
(12).DNA denaturation ：DNA 雙股受到溫度增加或是化學物質等因素之影響，導致了
DNA 雙股分離。
(13).Tm (melting temperature)：當ㄧ半的雙股 DNA 解離開來時，此逢的溫度正稱之為 Tm。
(14).hyperchromism：DNA 的雙螺旋可因加熱而分開，稱之變性，變性後的 DNA 溶液對
260 nm 波長的吸收急劇增加，稱為 hyperchromism。肇因於分子內的鹼基外露，而加強
了吸光。
(15).hypochromism：小麥

(16).DNA renaturation：此指 DNA 恢復成雙股。若溶液的溫度再慢慢下降，則 DNA 會再回

復雙螺旋的原態構造 (anneal)； 回復原態的步驟，先形成一核心 nucleation (兩條單股
DNA 間的單點接觸配對)，再自發地進行 zippering (由前述已結成配對的核心開始，朝
兩端如拉鍊般快速拉上)。
(17).Cot curve：Co 是指 ssDNA 的起始莫爾濃度，t 是指時間秒。當 ssDNA renature 時，除
了 Co 和 t 之外的條件相同(Co 和 t 成反比)，Co 和 t 的乘積代表橫軸，ssDNA 和 dsDNA
的濃度比例當作縱軸所繪出之曲線，則可以代表 ssDNA renature 的程度，比較不同生
物 gemoes 的大小或複雜度、或比較同生物的 DNA 重複程度。
(18).Cot1/2：即為在 Cot curve 中，當ㄧ半的 ssDNA renature 成 dsDNA 時的點。
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(19)linking number：軸在平面時，DNA 實際纏繞次數之數目。
(20)linear form of DNA：DNA 無螺旋呈現直條狀的狀態。
(21)open circular dsDNA：阿賢

(22)closed circular dsDNA：具有很多 supercoiled 的 DNA 的雙股 DNA 而且緊密。

(23)relaxed form of DNA：無 supercoiled 的 DNA，呈現一圓圈狀。
(24)negative supercoiled DNA：當理想的次數(Tw)大於實際殘繞次數(Lk)而引入
supercoiled(Wr)時，W<0。
(25)positive supercoiled DNA：當理想的次數(Tw)小於實際殘繞次數(Lk)而引入
supercoiled(Wr)時，W>0。
(26)toptisomerase：當長距離 DNA 複製後，前端 dsDNA 愈快愈緊形成正超螺旋, helicase 已
無法進行解旋時，topoisomerase 將超螺旋 DNA 的磷酸雙酯鍵打斷放鬆和
重新接合。

第二題
(1)在 1928 年時，Frederick Griffith 對肺炎雙球菌的轉型實驗當中證明了 gene 確實為遺傳物
質。肺炎雙球菌可根據其細菌外上面的多醣類成分，分為幾種類型，由羅馬數字表示之。
包圍細菌外層的多醣類稱為「莢」(capsule)，此菌對宿主是否有致死能力，決定於莢的存
在與否。我們將有莢的菌視為有毒性的(pathogenic；virulent)，以 S 表示之，通常這類的
菌在培養基上的菌落有平滑、有黏性的外觀；相反的沒有莢的菌則為無毒性(non-
pathogenic；avirulent)，以 R 表示之，無毒性菌落為乾燥、粗糙的外觀。實驗如下：
Injection of the cell Result for the host cell(mice)
Living S Dies
Heat-killed S Lives
Living R Lives
Heat-killed S + Living R Dies
由實驗中得知，事先加熱殺死的 S 型菌+活的 R 型菌混合注射到老鼠體內，會使得老鼠死
亡，這就代表著活著的 R 型菌已經轉型變成 S 型菌了。
故，Transformation was not transient. The avirulent cells somehow gained the gene for virulence
during transformation, thus it was probably the gene for virulence itself.
(from textbook and 交通大學，http://life.nctu.edu.tw/~mb/c10201.htm)

(2)
移除蛋白質

S 型菌 - 肺 純化
加入不同酵素破壞蛋白質，如
炎雙球菌 Protein + DNA Trypsin and Chymotrypsin

Ribonuclease (RNase)

Deoxyribonuclease (DNase)
2
 由此便得知為 DNA。

(3)因為在此之前，科學家皆認為 DNA 是一個 monotonous repeat 的四個核苷酸序列，例如

ACTG-ACTG-ACTG，等等，如此便說服的大多數的科學家認為，DNA 不可能為遺傳物
質。

(4)從 1952 年，Hershey and Chase 利用放射性同位素 P 和 S 標定蛋白質和 DNA 的實驗，以

及 1953 年由 Watson and Crick 所建立發表的 double-helical model of DNA structure 中，使
得大部分的科學家認為基因是由 DNA 所組成。

第三題
(1) genetic materials:是用來儲存有機生命形式的基因訊息就目前所知,生物的基因物質絕大
多數都是 DNA,有些病毒則是 RNA。
(2)一開始大家相信基因物質應該是 RNA 這個假設是建設在 RNA 具有基因物質和催化的功
能,如大家所知的 ribozyme(80 年代初期發現的俱有催化功能的 RNA 分子,具有高度專一內
切核酸的活性)。但是當蛋白質能形成酵素被證實後,更穩定 DNA 變成主要的基因物質。細胞
主要用 DNA 來指示 RNA(messenger RNA, ribosomal RNA and transfer RNA)來建造蛋白質

第四題
(1)draw diagram to explain →請參考講義第一章的第一面 (fig.6-2)
Base 和 deoxyribose 以 N-glycosidic bond 相接；phosphric acid 以 ester bond 和 deoxyribose
連接
(2)磷酸雙酯鍵上的磷並非直接接在五碳糖的碳原子上，其中有氧原子介於磷及碳之間形成
酯類(即 3’-OH + 5’磷酸)。因為形成二個酯類，分別與二個相鄰核苷酸連接，因此稱之為
磷酸雙酯鍵。雙股 DNA 是指二條由磷酸雙酯鍵聚合而成的聚合鏈(或稱為股)。而這二股間
是以氫鍵來穩定分子結構(A=T、G≣C)，使得這二股能彼此靠近。雙股 DNA 能穩定存在還
需要其他因素：二核苷酸分子間以「磷酸雙酯鍵」連結；還有之前提到二股以「氫鍵」的力
量來拉近二股的距離；另外，鹼基分子是疏水性分子，所以鹼基會在內以 A=T 及 G≣C
配對，而磷酸骨架露在外側，所以兩股 DNA 分子會相互扭曲形成雙螺旋，這種疏水性
堆疊(hydrophobic stacking，意即非極性的核苷酸會自行排列，以避免與水分子的接觸)也
會使得分子結構穩定；還有核苷酸分子間的凡得瓦爾力也會幫助其結構的穩定性。但是
氫鏈會受到環境中溫度及離子強度的影響，間接影響 DNA 結構之穩定度。
(3)講義第一章第 13 面(fig.11.12)
因為 A=T、G≣C 是比較穩定的配對，所以自然界中的生物都依循著這個規則，但由於
adenine 的鹼基上-NH2 基團有可能經由自發性轉變為=NH 時，會使得 A=T 配對轉變為
A=C 配對，這個現象稱為互變現象(amino-imino tautomerism)；而 guanine 的鹼基上-CO
基團經自發性轉變為-C-OH 時，使得 G≣C 配對轉變為 G≣T 配對，這個現象亦稱為互變
現象。
3
 補充：
互變現象：某些有機化合物的結構以兩種異構物(只差在兩個官能基)互相迅速變換
而處於動態平衡的現象，要注意看清楚，這並不是共振現象。舉個例子來說：酮類
與烯醇的互變現象

一般而言，這個動態的平衡會趨向於keto form這邊(即往左)，因為C=O的鍵能較大，
但也是有例外的情況。

第五題 (阿毛)
(1)a. Chargaff’s rules: DNA 結構中, Adenine(A)和 Thymine(T)的數量相
Guanine(G)和 Cytosine(C)的數量相同。
b. 因為由 Franklin 的 DNA x-ray 繞射圖發現 DNA helix 為一均勻結構。另外, T,
C 屬於 pyrimidine；A, G 屬於 purine, 由 Chargaff’s rules 可知 pyrimidine 會和
purine 鍵結, 如此才會形成ㄧ均勻結構。因為 pyrimidine 結構上較 purine 小，
如果 pyrimidine 和 pyrimidine 鍵結、或是 purine 和 purine 鍵結, 則分別會使 DNA
helix 形成ㄧ凹洞或一凸塊，DNA 結構就不均勻了。
(2)
antiparallel: 兩 DNA strands 方向相反(一股為 5’3’；另一股為
3’5’)

complementation: 兩 dsDNA 的鹼基互相配對, A 配 T, C 配 G。

(3)以確保細胞分裂後, daughter cell 的基因跟 parental cell 的基因一模一樣。

利用 semiconservative replication, 即新生成的 dsDNA 其中一股來自 parental cell, 另一股則是
新生成
4
 的。
(4)B-form: sodium salt of DNA in a fiber produced at very high relative humidity。
要從 AB form: 降低相對溼度(relative humidity)到 75%。
(5)都是 A-form
(6)poly[dG-dC].poly[dG-dC] 重複的 purine、pyrimidine.
eg. –GCGCGCGC-
-GCGCGCGC-
(7)
Strand (mostly) Pyrimidine Form
DNA Double strand T A or B Right-handed
RNA Single strand U Z Left-handed

第五題 (柚子)
(1) 他發現不同的高等生物之間雙股 DNA 之含氮鹼基比例不同，
發現一:其 purine 及 pyrimidine 之比例為 1:1
發現二: [A]=[T], [C]=[G]。
註:A:adenine ; T:thymine ; G:guanine; C:cytosine

imformation?
前提 —Franklin’s x-ray work suggested DNA is a helix
DNA was a helix with a regular , repeating structure , but irregular sequence of bases
Chargaff’s rule provide:
1. DNA must be a double helix with its sugar phosphate backbone on the outside and bases on
the inside.
2. Bases must be paired , with a purine in one strand and across from a pyrimidine in the other.
3. not have bulge because large purines were paired with small pyrimidines.
4. adenine-thymine base pair held together , guanine-cytosine base pair held together and have
the same shape .
(2) Description(Fig 2.14 P21/ Fig2.15 P22)
1. Antiparallel :如果一股從 5’ 3’(上往下 ),則另一股必為 3’ 5’(下往上 )
2. Complementation:及互補，組成雙股 DNA 之核甘酸序列為互補的， A 對應 T,C
對應 G 因此可以互相成為對方之模板。
(3)原因一:To ensures that the two daughter DNA duplexes will be exactly the same as the parent
原因二 preserving the integrity of the genes as cell divided

The suggestion?
Semiconservative(半保留) –因為在每一次的複製過程中,只有一股是保留的所以稱之半保
留。
5
(4)B-form become A-form condition?
1 .when it is dsDNa
2 At high salt concentration –調高鹽濃度。
3 Dehydrated –將 DNA fiber 週遭的相對濕度減到 75 percent
(5)皆為 A form
(6) 1.12base pairs per turn
2 dsDNA with alternating GC or GT pairs
Eg: 5’…..GCGCGC…3’ OR 5’…..GTGTGTGT…3’
3’… CGCGCG…5’ 3’…..TGTGTGTG…5’
(7)1.兩者 base 之比較
DNA:[A，T，C，G] RNA[A，U，C，G]
2 兩者在 RIBOSE 之比較
DNA C’2 接的為 H (Deoxyribose)
RNAC’2 接的為 OH(Ribose)

第六題
DNA 為雙股螺旋
由五碳糖, 核酸, 磷酸根所組成
核酸有五個含鹼鹽基-----A G C T
含鹼鹽基分為嘌呤和嘌呤密定兩類
嘌呤有 A and G
嘌呤密定有 Cand T
G and C 會形成 3 個 hydrogen bond
A andT 會形成 2 個 hydrogen bond
核酸會鏈結於五碳糖的第一個位置
五碳糖的第五個位置跟下一個五碳糖的第三個位置形成 phosphdiester bond--五碳糖不停的
接下去形成一條單股的 DNA
2 條 DNA 中間的核酸會鍵結 hydrogen bond 形成雙股 DNA
而雙股 DNA 為 antiparallel ,即一股為 5’  3’ ,另一股為 3’  5’
DNA 有三種形態 A form B form Z form
A form B form 的螺旋方向為順時針方向
Z form 的螺旋方向為逆時針方向
Form Pitch A Each 圈的長度 含鹼鹽基對的傾
斜度
A 24.6 10.7 +19
B 33.2 ~10 -1.2
Z 45.6 12 -9

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第七題
(1)當ㄧ dsDNA 受到足夠的熱能，使鍵結雙股的 DNA 其彼此非共價鍵結變弱，最後斷裂的
過程稱之。
(2)因於分子內的鹼基外露，而加強了吸光。
(3)見第一題的解釋名詞。DNA 的雙螺旋可因加熱而分開，稱之變性，變性後的 DNA 溶液
對 260 nm 波長的吸收急劇增加，稱為 hyperchromism。肇因於分子內的鹼基外露，而加強
了吸光。
(4)小麥
(5) Tm 的公式為 Tm=69.3+0.41(G+C)%
或 Tm=81.5℃+16.6logM+0.41(%G+C)-500/n-0.61(%formamide)
M=鹽離子濃度、n=雙股間會產生氫鍵的序列長度、%formamide 是溶液中 formamide 的
百分濃度。
所以 GC 的含量、鹽離子濃度、氫鍵的序列長度和 formamide 的百分濃度為控制的要素。
(6)高溫、鹼性、尿素和甲醯胺溶液。
(7)尿素和甲醯具有高的電負度可以具有和 DNA 鹼基的 ATCG 搶氫鍵的能力，所以當雙股
DNA 在此種溶液中兩股的結合能力會喪失。而鹼性溶液則具有很多-OH- group 可以破壞
氫鍵，也使得結合能力喪失。
(8)鹽類會中和 DNA 的負電，在低鹽度的情況下，DNA 兩股會因復電相互的排斥而
denature。
(9)在 DNA 的鹼基中含有 ATGC4 種，然後 A 和 T 配對形成兩個氫鍵，而 G 和 C 配對形成
三個氫鍵，而氫鍵數目越多會提升鍵結的強度，所以在含 GC 鹼基比較多的雙股 DNA
的密度和 Tm 會比較高。

第八題(祐銜)
(1)將兩條單股已 denature DNA 再一次組成雙股 DNA 的過程變稱為 DNA renaturation 或
DNA annealing。
(2) (a) Temperature 溫度：最佳 DNA renaturation 的溫度為 25℃且低於其 Tm。
(b) DNA concentration DNA 濃度：濃度越高，renaturation 速度愈快。
(c) Renaturation time 時間：時間越長，renature 發生機率越高。
(3)快速的冷卻(放置冰上)已被 heat-denatured DNA，使其保持 denature，此過程稱為 ”
quenching”。

第八題(呆)
(1)基本的 PCR 須具備１.要被複製的 DNA 模板 (Template) ２.界定複製範圍兩端的引信
( Primers).３.DNA 合成酵素 (Taq. Polymearse) 4.合成的原料及水。PCR 的反應包括三個
主要步驟，分別是 Denaturation、Annealing of primers、Extension of primers
所謂 Denaturing 乃是將 DNA 加熱變性， 將雙股的 DNA 加熱後轉為單股 DNA 以做為
複製的模板. 而 Annealing 則是令 Primers 於一定的溫度下附著於模板 DNA 兩端。 最後
7
 在 DNA 合成酵素 (e.g. Taq-polymerase) 的作用下進行引信的延長及另一股的合成
(Extension of primers)。
denatuaration
DNA 的雙螺旋可因加熱而分開，稱之變性，變性後的 DNA 溶液對 260 nm 波
長的吸收急劇增加，稱為 hyperchromism； 肇因於分子內的鹼基外露，而加強
了吸光。
renaturation
若溶液的溫度再慢慢下降，則 DNA 會再回復雙螺旋的原態構造 (anneal)； 回
復原態的步驟，先形成一核心 nucleation (兩條單股 DNA 間的單點接觸配對)，
再自發地進行 zippering (由前述已結成配對的核心開始，朝兩端如拉鍊般快速
拉上)。
(2)溫度:最適合是 20 次,太低也不適合
DNA 的濃度:DNA 的濃度越高,annealing 的速度越快,但其濃度仍不
可超過 reasonable limits,若太高降低 annealing efficiency。
Renaturantion time:時間越久,annealing 好的 DNA 越多
(3)經高溫作用而 denaturation 之 DNA,迅速置入冰中可防止其
renaturation(annealing),此過程稱為 quenching。

第九題
Lk=Tw+Wr (Wr>0,righted handed superhelix ; Wr<0,left-handed superhelix)
Tw=150/10=15
(1)L=10=15-5，negative supercoiled DNA/ left-handed superhelix
(2)L=15=15+0，relaxed formed
(3)L=20=15+5，positive supercoiled DNA/ righted handed superhelix

第十題
(1)Ans: 因為 DNA 非拉鏈狀之平行結構而是一個螺旋的結構(helix)，因此當兩股分開時，
兩股會互相旋在一起，使的兩邊之螺旋更加緊密，從公式推 Lk=Tw+Wr
Lk 值因為解旋而增加 Tw 值不變(一般為 10) 則 Wr 值 也會增加，即增加 supercoil 之值
(2)Type I topoisomerase and TypeII topoisomerase 之區別在於是否能控制單股或雙股之 DNA
break

Type I Type II
種類 topoisomeraseI/ topoisomeraseII/

topoisomerseII topoisomerseIV
功能 (1) 製造暫時的單股 (1) 製造暫時的雙股 斷裂
斷裂
(2) 減少 2 個 Lk

8
 (2) 引入 1 個 Lk

topoisomeraseII(DNA 略 增長 DNA 之複製

gyrase)
topoisomerseIV 略 終止 DNA 之複製--
DECATENATION

(3) SWIVEL function?(旋轉能力)

Ans: topoisomerase II 因為 topoI 只能鬆開 negative supercoils –而在 DNA replicating fork
之頭為 positive supercoil 所以此酵素再任一方向均無法使之產生 free rotation，而 topoII
產生 negative supercoils 成 closed circular DNA 因此可以將 Positive supercoil 解旋並引入 2
個 negative supercoils and form swivels
(4)ans 合併 p659 之 Fig 20.24 一起看
由電永圖分析，
Lane1 :對照
Lane2:無 gyrase、ATPrelaxed circular for plasmid 之活動力較差
Lane3-lane10:當有 gyrase 濃度越高則電永結果之 integral number of superhelical turns 越多
Lane11:無 ATP無 mobility open circular plasmid
由以上結果得知，若是 DNA gyrase 之濃度越高，則 plasmid open circular 之 mobility 越
好 則從電泳分析之 band 越多，因此要知道 protein 是否有 DNA gyrase 則將 protein
incubate relaxed circular Col1 DNA 去跑電泳，若是 BAND 越多則 gyrase 濃度越高。(此題
須再確定 我會去問老師)

(5)此提配合 p661 之 fig 20.26

(ab)G segment (dsDNA)會靠近 enzyme 並使 B’ domain 變形能 attack DNA
(bc)upper jaw bind ATP ,和 dsDNA T-segment
(cc)active site break DNA G-segment 所以 T-segment 可通過 lower jaws
(cd)lower jaw open 讓 T segment 通過而 G segment rejoined
(finally)enzyme 水解 ATP 使之恢復原型並接受下一次的 T segment

第十一題
(1)測 OD260,　可分出 dsDNA(較低)和 ssDNA(較高)，再檢測其鹼基成分有 U 則為 RNA, 有 T
則為
DNA。
(2)a. G+C content: 可藉由測定 Tm(melting temperature)&密度 density。Tm、密度愈高，G+C
content 愈高。(密度: 因為 GC 鍵結較緊, 體積較小, 所以密度較大；而 AT 鍵結較鬆, 體積
較大, 密度較小)
b. Genome size: 可藉由跑電泳跟 DNA marker 做比較來得知。
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(3)利用電子顯微鏡,先用放射性元素照射(eg. 鉑 platinum) DNA, 背景相對於 DNA 來說較黑，
之後再沖洗照片時，print reverses, DNA 對於背景來說較黑, 就可以看到 DNA 是 circular 或
是 linear(兩末端沒有接在一起)；也可利用跑電泳來判斷，rate: linear > circular。

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