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Avec l'ouverture d'une unit de biologie molculaire, ASEPT Sarl poursuit le dveloppement de ses activits de laboratoire (voir http://www.asept.fr/labo.htm) et vous prsente une documentation succinte sur :
Caractrisation de souches bactriennes pathognes (Eschercichia coli, Listeria, Salmonella) ou non par mthode RFLP (digestion enzymatique de l'ADN bactrien) PGFE (sparation de longs fragments d'ADN par champ puls) ; mesure du pourcentage d'homologie entre les souches afin de connatre les origines et les voies de contaminations de vos produits.
Pour tout complment dinformation, contactez : Corine JABY : c.jaby@asept.fr Muriel COIGNARD : m.coignard@asept.fr
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Sommaire
La technique PCR (Polymerase Chain Reaction) Dtection de Listeria monocytogenes par amplification gnique La technique Nested-PCR (nPCR) La technique RAPD ou AP-PCR La technique Reverse-Transcriptase (RT-PCR) Le Ribotypage Gnotypage des souches bactriennes par macrorestriction Les puces dADN (ou CHIPS) Gnotypage des bactries pathognes alimentaires Comparaison de techniques : Electrophorse en champs pulss (RFLPPFGE) et Ribotypage automatis (Riboprinter)
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Dcouverte du concept technologique : K. Mullis, 1983 Dveloppement du concept : A. Herlich de la compagnie CETUS, 1985
PRINCIPE
La technique PCR permet damplifier spcifiquement une squence dADN ou un gne (amplification gnique) au moyen damorces et de la Taq polymerase. 1 CYCLE PCR comprend trois tapes :
A chaque cycle : il y a un DOUBLEMENT des copies du fragment dADN En gnral, on ralise 30-35 cycles de PCR (environ 2 h damplification)
AVANTAGES
SPECIFICITE (100 %), SIMPLICITE (kit prt lemploi+ automatisation de la mthode), RAPIDITE (extraction 2h, amplification 2h, dtection 1h30).
LIMITES
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CONTAMINATION (bien cloisonner les diffrentes tapes) DTECTION DE BACTRIES MORTES (recours au pr-enrichissement 16-36h) PRSENCE DINHIBITEURS DE LA TAQ-POLYMERASE (bien traiter ltape
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ST11
ST15
DETECTION DES FRAGMENTS AMPLIFIS : Gel dagarose (marqueur de poids molculaire) : rvlation avec le BET
Hybridation molculaire sur filtre (Dot-blot) en solution (tech. sandwich) sondes froides et sondes chaudes
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PRINCIPE :
Cette technique consiste utiliser dans un essai PCR : PLUSIEURS PAIRES DAMORCES (= multiplex) Cela permet de DETECTER PLUSIEURS MICRO-ORGANISMES la fois
EXEMPLES DAPPLICATIONS :
Recherche des LISTERIA et en particulier L. monocytogenes
Travaux de Border et al., 1990 Utilisation de 3 paires de primers : U1/U2 : primers universels U1/LI1 : primers Listeria spp. LM1/LM2 : primers de L.monocytogenes
U1/U2 : gne codant lARNr 16S U1/LI1 : gne codant lARNr 16S LM1/LM2 : gne hlyA
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ADN cible
PCR-1
Produit PCR-1
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Avantages :
augmenter le rapport de spcificit entre produits spcifique et non spcifiques diluer lchantillon porteur dinhibiteurs ventuels
Problme de la PCR
On ne peut pas augmenter indfiniment le nombre de cycles car il existe un plateau damplification. Parfois le produit PCR reste toujours indtectable do la prsence de faux ngatifs.
Sensibilit : n-PCR + BET = sPCR + Southern-Blot nPCR est 10 2 103 plus sensible que la sPCR
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RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA AP-PCR : Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction Cette technique , simple et rapide, permet de dtecter des diffrences sur des petites squences dADN et ainsi diffrencier des souches entre elles.
Gnome bactrien
Amplification
Sparation des fragments amplifis par lctrophorse en gel dagarose diverses concentrations Analyse des profils lectrophortiques afin dapprcier la similarit des souches dun point gnomique
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ARN m 5
ARN m
ADN c 3
AAAAA
Transcriptase rverse
5
ARN m ADN c Dnaturation
AAAAA TTT
TTT
Nuclase S1
ADN c
La raction damplification seffectue partir de lADN c. Cette technique est intressante dans la mesure o elle permet damplifier un gne qui est exprim dans la cellule bactrienne. Ensuite, il est possible de conduire des analyses fines de squenage sur le gne amplifi.
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LE RIBOTYPAGE
Cette technique consiste digrer lADN gnomique par des enzymes de restriction et hybrider les digests avec une sonde complmentaire de lADNr
EcoRI
AccI
La digestion de lADN gnomique, par des enzymes de restriction qui ont des sites de coupure rares, gnre de grands fragments (50 100 kb)
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La sparation des grands fragments se fait ELECTROPHORESE EN CHAMP PULSE (Schwartz et Cantor, 1984)
Cette mthode, actuellement en phase exprimentale, permettra didentifier et de doser les constituants dun mlange complexe dADN ou dARN grce lhybridation en parallle sur une centaine de microsurfaces greffes avec des sondes. En dautres termes : analyse simultane de plusieurs dizaines de milliers despces dARNm, dont les niveaux dexpression varieront de 1 10 000 transcrits / cellule. Une puce ADN peut tre compare un four dhybridation miniaturis
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APPLICATION :
Dlai : 1 semaine Cot : entre 600 et 700 F H.T.
INTERPRETATION :
M A B C R A : souche A B : souche B C : souche C
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