Hindawi Publishing Corporation Diario de Biomedicina y Biotecnologa Volumen 2010, ID del artculo 726045, 24 pginas doi: 10.

1155/2010/726045

Artculo de revisin Regulacin de la Expresin Gnica en protozoarios parsitos

Consuelo Gomez,1 M. Esther Ramirez,1 Mercedes Calixto-Galvez,2 Olivia Medel,1 and Mario A. Rodriguez2
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Programa Institutional de Biomedicina Molecular, ENMyH-IPN, Guillermo, Massieu Helguera, No. 239, Fracc. La Escalera, Ticoman, CP 07320 Mexico, Mexico 2 Departamento de Infectomica y Patogenesis Molecular, Centro de Investigation y de Estudios Avanzados del IPN, A.P. 14-740 Mexico, DF 07000, Mexico La correspondencia debe ser dirigida a Mario A. Rodrguez, marodri@cinvestav.mx Recibido el 31 de Julio del 2009; Revisado 10 November 2009; Aceptado el 8 de Enero del 2010 Editor acadmico: Luis I. Terrazas Copyright 2010 Consuelo Gmez et al. Este es un artculo de acceso abierto distribuido bajo la licencia Creative Commons At tribution, que permite el uso irrestricto, la distribucin y reproduccin en cualquier medio, siempre que la obra original es debidamente ci tado. Las infecciones por parsitos protozoarios se asocian con alta carga de morbilidad y mortalidad en todo el mundo en desarrollo. A pesar de grandes esfuerzos para controlar la transmisin de estos parsitos, la propagacin de las poblaciones resistentes a los medicamentos y la falta de vacunas eficaces contra ellos contribuir a su persistencia como los principales problemas de salud pblica. Los parsitos deben realizar un control estricto sobre la expresin de genes implicados en su patogenicidad, la diferenciacin, la evasin inmune, o resistencia a los medicam entos, y la comprensin de los mecanismos implicados en el control que podran ayudar a desarrollar nuevas estrategias teraputicas. Sin embargo, hasta ahora estos mecanismos son poco conocidos en los protozoos. Recientes investigaciones en la expresin de genes en los parsitos protozoos sugieren que poseen muchas de las maquinarias cannicas empleados por eucariotas superiores para el control de la expresin gnica a nivel transcri pcional, postranscripcional, y epigentico, pero tambin contienen mecanismos exclusivos. Aqu, se revisa el conocimiento actual so bre la regulacin de la expresin gnica en Plasmodium sp., Trypanosomatids, Entamoeba histolytica y Trichomonas vaginalis.

1. Introduccin
Para todas las clulas, la regulacin de la expresin gnica es un mecanismo fundamental para el desarrollo, la homeostasis, y la adaptacin al medio ambiente. En eucariotas, cada paso en el proceso de la expresin gnica est sujeta a regulacin dinmica, incluidos los cambios estructurales de la cromatina, la transcripcin de ADN en ARN, el procesamiento de la transcripcin, su transporte al citoplasma, y la traduccin del ARN mensajero (ARNm) en la protena. La activacin de la expresin gnica requiere que las clulas aliviar la represin nucleosoma mediada por medio de protenas activadoras que modifican la estructura de la cromatina. Los desplaza proceso de activacin o remodela la cromatina y abre las regiones del ADN para la unin de protenas reguladoras. La cromatina asociada con la transcripcin (cromatina activa) se asocia generalmente con una serie de modificaciones de las histonas H3 incluyendo acetilacin de la lisina 9 (H3K9) y H3 metilacin de lisinas 4, 36, y 79 (H3K4me, H3K36me, y H3K79me), mientras que la heterocromatina (inactivo cromatina) parece ser

marcado por la metilacin de H3 lisinas 9 y 27 (H3K9me y H3K27me), as como H4 lisina 20 (H4K20me) [1]. La transcripcin es el proceso por el cual una molcula de ARN se sintetiza a partir de un molde de ADN. Este proceso se puede dividir en tres etapas discretas: iniciacin, elongacin de la cadena de ARN, y la terminacin. Aunque cualquiera de los pasos de este proceso puede ser controlado, iniciacin de la transcripcin es la etapa que por lo general es el ms altamente regulada. Iniciacin de la transcripcin requiere que un complejo de protenas llamadas factores de transcripcin generales se unen al ADN a travs de elementos denominados promotores. Los promotores de genes codificantes de protenas constan de ncleo y los elementos del promotor proximal ubicados 20-3000 pares de bases aguas arriba del sitio de inicio de la transcripcin, dependiendo del organismo. En metazoos, el promotor de ncleo contiene tpicamente uno o ms motivos de secuencia, incluyendo la caja TATA, INR, elemento de reconocimiento TFIIB (BRE), y el elemento de ncleo promotor aguas abajo (DPE) [2]. Juntos, estos elementos de ADN reclutan los componentes del complejo de preiniciacin de transcripcin (PIC) que facilitan el posicionamiento

2 y montaje de la ARN polimerasa II (ARN pol II) en el promotor. Por lo tanto, iniciacin de la transcripcin est mediada por la accin concertada de factores de transcripcin junto con la pol II maquinaria transcripcional del ARN, una diversidad de coregulators puente que los factores de unin al ADN a la maquinaria transcripcional, diferentes factores de remodelacin de la cromatina que cambian la estructura del nucleosoma, y un grupo de enzimas que catalizan la modificacin covalente de las histonas y otras protenas [3]. La sntesis de los ARNm se lleva a cabo por la ARN polimerasa, que se asocia transitoriamente no slo con la plantilla, pero tambin con muchas protenas diferentes, incluyendo factores de transcripcin generales. Por ltimo, la cadena de ARNm que resulta de la transcripcin directa, llamado el transcrito primario, se somete a modificacin, a veces muy ampliamente, antes de que pueda ser traducido en protena por los ribosomas. Las infecciones por parsitos protozoos provocan una alta mortalidad y morbilidad en los pases en desarrollo y causan una creciente amenaza para la salud humana. La falta de vacunas contra la mayora de las principales enfermedades parasitarias ha hecho la quimioterapia la nica opcin para el tratamiento. Sin embargo, la resistencia a un gran nmero de frmacos antiparasitarios actualmente en uso es causa de importantes problemas de salud. Una mejor comprensin de los mecanismos moleculares que controlan la expresin de genes de parsitos implicados en el xito de transmisin, de patogenicidad, la evasin inmune, y resistencia a los frmacos puede ayudar a desarrollar nuevas estrategias teraputicas. El avance de las tcnicas de transfeccin de ADN y las herramientas asociadas ya han impulsado los anlisis funcionales en estos microbianos eucariotas. Adems, la secuenciacin de sus genomas y los ensayos de microarrays ofrecen la oportunidad de realizar la genmica comparativa de los genes implicados en la regulacin de la expresin gnica. A continuacin, se revisan los conceptos generales que han surgido con respecto a la regulacin de la expresin gnica en Plasmodium sp. Trypanosomatids, Entamoeba histolytica, y Trichomonas vaginalis.

Diario de Biomedicina y Biotecnologa 2.1. Genomas. Los genomas de Plasmodium son estima que contiene 23 hasta 27 millones bases, 14 cromosomas, y aproximadamente 5.500 genes, incluyendo muchos miembros de las familias multignicas que puedan estar asociados con la evasin inmune y la variacin antignica [5-8]. Genoma de Plasmodium tienen un alto contenido de A / T (P. falciparum 79.6%, P. vivax 67.7%), y, posiblemente, los genes que son excepcionalmente ricos en A / T contenido pueden ser ms recombinognico y ms probabilidades de estar involucrados en la evasin inmune [9]. Alrededor del 77% de los genes se conserva a travs de las diferentes especies de Plasmodium. Sin embargo, hay algunas diferencias entre las especies, por ejemplo, en P. falciparum muchas de las familias multignicas que intervienen en la evasin inmune se encuentran cerca de los extremos de los cromosomas y son a menudo transcripcionalmente silenciosa, mientras que los miembros de las familias multignicas en P. knowlesi, principalmente una mono parsito se transmite a travs de los cromosomas y que no son estrictamente subtelomrica [8]. 2.2. Transcriptomas. Perfiles de expression de RNa durante el ciclo de vida de los P. falciparum y P. berghei, un parsito de los ratones, se han analizado [10-12]. Estos estudios mostraron que la mayora de los ORF predichos se transcriben durante la etapa de intraeritrocitaria [10, 11]. Adems, esta estrategia ha demostrado que aproximadamente 200 genes se transcriben especficamente en gametocitos, 41 transcripciones son especficos de esporozoitos, mientras que el 20% de los ORF predichos se caracteriza como especfica para la etapa intraeritrocitaria [11]. El anlisis de la transcripcin durante la etapa de intraeritrocitaria a intervalos de tiempo de una hora mostraba una agrupacin de los genes sobre la base de la acumulacin de transcripcin temporal [10]; cada grupo contiene genes relacionados ya sea por funcin o proceso celular. Un anlisis equivalente incluyendo muestras de esporozoitos y gametocitos describe igualmente el coaccumulation de mRNA de genes funcionalmente relacionados [11]. Por lo tanto, el momento de la expresin de la mayora de los grupos se correlaciona con una demanda fisiolgica conocida para ese proceso en ese momento, lo que sugiere un modo de "justo a tiempo" de control, mediante el cual los genes slo se activan como su funcin biolgica hace necesario el parsito, despus de lo cual los genes son regulados a la baja. Estudios posteriores realizados para encontrar una correlacin entre el mRNA y acumulacin de protenas en todo el ciclo de vida mostraron un retraso significativo entre la deteccin mxima de transcripcin y la abundancia de protenas [12, 13]. Estos datos, en concierto con los primeros anlisis del genoma del parsito que mostr una ausencia relativa de factores de transcripcin [14, 15], sugieren un papel ms predominante para eventos postranscripcionales en el control de la expresin gnica. Sin embargo, datos recientes muestran un mecanismo ms complejo de control de la expresin gnica en este parsito. 2.3. Transcripcin General. En Plasmodium, la transcripcin de los genes de codificacin de protenas es generalmente monocistrnico, aunque en P. falciparu m no se encontr un ARNm bicistrnico para los gene maebl, que codifica un ligando de unin a eritrocitos, junto con un putativo ATP sintasa mitocondrial (PF11_0485) gen [16]. La transcripcin de ARNm se lleva a cabo por una ARN pol II sensible a bajas concentraciones de un-amanitina,

2. Regulacin de la Expresion de Genes en Plasmodium sp.

La malaria humana est causada por la infeccin de cuatro especies de Plasmodium, P. ovale, P.vivax, P. malariae, and P. falciparum, que se transmiten por la picadura de mosquitos anofeles hembra. La malaria afecta al alza en todo el mundo 400 millones de personas y produce ms de 2,5 millones de muertes al ao [4]. El ciclo de vida de Plasmodium consta de mltiples rondas de replicacin asexual en el ser humano y reproducciones tanto asexuales y sexuales en los mosquitos. Durante las diferentes etapas, el parsito sufre una serie de cambios morfolgicos necesarios para infectar a y replicarse en diferentes rganos y clulas de ambos mosquitos y los seres humanos. Las transformaciones morfolgicas llevadas a cabo por este parsito durante su ciclo de vida implican un alto grado de regulacin de la expresin gnica. Adems, los mecanismos de evasin y resistencia a las drogas inmunes tambin dependen de control de afinado y preciso de la transcripcin del mRNA.

Diario de Biomedicina y Biotecnologa y la bsqueda del genoma encontraron homlogos de los 12 subunidades de ARN pol II y muchos, pero no todos, de los factores de transcripcin (GTFs) [15, 17]. Curiosamente, muchos de los GTFs que an permaneci sin identificar, como TAF3, TAF4, TAF6, TAF8, TAF9, TAF11, TAF13 y contienen dominios de pliegue histonas (HFD). En otros eucariotas, las subunidades contienen HFD forman heterodmeros con TFIID y reconocimiento promotor mediato. La ausencia de las subunidades que contienen HFD sugiere una arquitectura inusual del complejo TFIID en este parsito. La proteina de unin TATA (TBP) of P. falciparum (PfTBP) tiene una baja identidad (42%) en el nivel de la secuencia primaria para el homlogo de levadura arquetpica, pero contiene la mayora de los residuos que se sabe estn implicados en la unin al ADN [18]. Los elementos de la caja TATA son reconocidos por PfTBP que se encuentran en una fase previa de los sitios de inicio de transcripcin que los de otros eucariotas [19], lo que sugiere un mecanismo de exploracin para el reconocimiento preciso del sitio de iniciacin de la transcripcin. Sin embargo, la gran mayora de genes de P. falciparum contener mltiples sitios de transcripcin, y la iniciacin se produce principalmente en los nucletidos de adenina [20]. Esta flexibilidad en la iniciacin de la transcripcin se puede explicar por el aumento proporcional en la caja TATA igual que las secuencias encontradas en AT ricos secuencias cadena arriba. Otra diferencia en la transcripcin de genes en Plasmodium con respecto al modelo clsico de eucariotas superiores es que durante la fase de intraeritrocitaria del parsito, que contiene el complejo de preiniciacin PfTBP y PfTFIIE est premontado en promotores de todos los genes expresados intraeritrocitaria, independientes de su actividad transcripcional [21].

3 situado aguas arriba de los genes co-transcritos que codifican protenas implicadas en una amplia variedad de funciones celulares incluyendo el desarrollo, la invasin celular y la variacin antignica [32]. Por ejemplo, un clster OPI de 246 genes de gametocitos-asociados revel una secuencia de 10 nucletidos palindrmica enriquecido en promotores etapa sexuales asociadas a [31]. Adems, una secuencia que se encuentra cadena arriba del gen que codifica la protena asociada rhoptry-3 (RAP3) que contiene dos motivos PfM18.1 (ATGCA [N6] GTGCA) mostraron unin especfica a extractos nucleares en la movilidad electrofortica cambio ensayos (EMSA) [32]. Recientemente, por el uso de tres programas de descubrimiento de motivos diferentes, cuatro motivos (rico en G, C-rico, CACA y TGTG) fueron identificados [33]. Estos motivos estn sobre-representados en las regiones aguas arriba de los genes de 13 grupos expresada en el ciclo intraeritrocitaria de P. falciparum [33]. Estos motivos mostraron posiciones similares en relacin con el sitio de inicio de la traduccin, lo que sugiere que tienen un papel importante en la regulacin de la expresin [33]. Sin embargo, los factores de transcripcin que se unen a estos motivos siguen siendo uncharacterized. Inicialmente, el uso de modelos ocultos de Markov (HMM) utilizando 51 motivos comnmente distribuidos en factores de transcripcin eucariotas para buscar protenas similares en el genoma de P. falciparum revel que estas protenas representan slo el 1,3% del genoma, mientras que en otros eucariotas que corresponden a 5,7% [15]. Sin embargo, la identificacin de una familia ms amplia de factores de transcripcin especficos apicomplejo-(ApiAP2) que contienen al menos un dominio de unin a ADN llama AP2 indican que la regulacin a nivel de iniciacin de la transcripcin puede ser tambin una funcin crtica en el control de la expresin gnica en Plasmodium [34] . Cada miembro de las protenas 26 de la familia ApiAP2 contiene al menos una copia de un pequeo dominio (60 aminocidos) relacionado con dominios de unin a ADN que se encuentran en las plantas Apetala2/ethylene respuesta de factores de transcripcin de plantas [34]. La deteccin de una matriz de unin a protenas que contienen todas las variaciones de 10-mer secuencias de ADN identificadas putativo cis-secuencias palindrmicas que actan para dos factores de transcripcin AP2 que contienen dominios de unin al ADN (PF14_0633 y PFF0200c) [35]. El anlisis del perfil de la transcripcin durante el desarrollo intraeritrocitaria mostr que despus de la expresin de PFF0200c, se produce una activacin de la transcripcin de la mayora de los genes que contienen la secuencia de accin en cis reconocido por PFF020c en sus regiones aguas arriba [35], lo que indica un papel importante de esta factor de transcripcin en el desarrollo del parsito. Recientemente, otro factor de transcripcin de P. berghei que contiene un dominio de unin al ADN AP2 (AP2-O) se caracteriz [27]. El ARNm AP2-O es sintetizada por gametocitos femeninos intraeritrocticos y traducido en el desarrollo ookinete en el mosquito. El factor de transcripcin se une especficamente a una secuencia de seis bases (TAGCTA) situado dentro de un corto regin de 100-400 pb desde el sitio de inicio de la transcripcin de un conjunto de genes implicados en la invasin del intestino medio [27]. La secuencia de aminocidos del dominio AP2 de AP2-O es altamente conservadas entre varias especies de Plasmodium, y se observ el mismo elemento que acta en cis en los promotores de genes ortlogos de P. falciparum y P.vivax implicados en la invasin del intestino medio [27].

2.4. Elements Reguladores Cis y Factores Transcription. Varios estudios que utilizan regiones de aguas arriba en sistemas de transfeccin para dirigir la expresin de genes reporteros han demostrado que los promotores de Plasmodium contienen elementos cis varios cientos de bases cadena arriba del sitio de inicio de la transcripcin que puede activar o reprimir la transcripcin [22-27]. Estos estudios tambin han identificado regiones de ADN que pueden estar implicados en el control temporal de la actividad de transcripcin. Todos los cis-elementos identificados comparten ninguna similitud con los sitios de unin de factores de transcripcin en otros eucariotas, y la mayora de ellos contiene homopolymeric (dA: dT) extensiones que aparecieron en una tendencia estadsticamente significativa con respecto a lo esperado por azar. 2.5. Un enfoque alternativo utilizado para identificar supuestos elementos reguladores cis en Plasmodium ha sido a travs de anlisis in silico. La alineacin de las regiones aguas arriba de 18 genes de choque trmico de P. falciparum y los HSP86 secuencias de otras seis especies de Plasmodium revel la presencia de una secuencia rica en GC ([A / G] NGGGG [C / A]) llamado el G-box, que est presente en mltiples copias aguas arriba de varios genes de choque trmico de diferentes especies de Plasmodium [28]. Otros estudios basados en la correlacin de la expresin de ARNm y en la conservacin de las secuencias que actan en cis entre especies divergentes se han realizado y los elementos reguladores putativos han encontrado [29, 30]. Un algoritmo de minera de datos novela llamada OPI (ontologa basada en la identificacin de patrones) se utiliz para generar grupos altamente asociados potencialmente de genes co-regulados [31]. Con esta estrategia, se encontr que 34 supuestos motivos de reglamentacin. Estos motivos son

4 Otros factores de transcripcin identificados en Plasmodium son: un homlogo de Myb1 (PfMyb1) [36], y dos activadores transcripcionales no especficos de secuencia que contienen el motivo de caja de alta movilidad de grupo (HMGB) [37, 38]. La cada de expresin Pfmybl inhibe el desarrollo intraeritrocitaria y produce la expresin diferencial de varios genes que contienen secuencias homlogas a los elementos regulatorios-Myb en su 5 'secuencias de acompaamiento [36]. Los dos factores de transcripcin que contienen el motivo de HMG se expresan durante asexual (Pfhmgbl) y fases sexuales (Pfhmgb2) del desarrollo del parsito. Knockout del homlogo HMGB2 en P.yoelii inducida niveles alterados de una serie de transcripciones de gametocitos-especficos y una reduccin significativa en el desarrollo de ooquistes, pero la gametognesis y exflagellation hicieron producirse [38].

Diario de Biomedicina y Biotecnologa Los ensayos mostraron que PfHP1 est vinculada a heterocromatina de repetir las regiones no codificantes subtelomricas [49]. Curiosamente, la presencia de PfHP1 est directamente unida a una baja expresin de los genes diana. En particular, la mayora de los genes regulados en PfHP1 sobreexpresin son miembros de variadas familias de genes [49]. Todos estos resultados muestran la importancia de la PfHP1 en la regulacin epigentica de los factores de virulencia exportados y la variacin fenotpica, y sugieren que en P. falciparum se conservan los componentes elementales del cdigo de histonas para la regulacin de la expresin gnica. Con el fin de evitar la liquidacin esplnica de eritrocitos infectados, el P. falciparum expresa una protena (PfEMP-1) en la superficie de los eritrocitos infectados que permite su adhesin a acoger endotelio. El genoma del parsito contiene aproximadamente 60 genes var polimrficas, cada uno que codifica una forma diferente de PfEMP-1. La evasin inmune a travs de la variacin antignica depende de la capacidad del parsito para expresar exclusivamente slo un nico gen var a la vez, y para cambiar peridicamente la expresin de variantes de genes var alternativas, alterando as las propiedades antignicas de la clula infectada y evitando el reconocimiento de anticuerpos dirigidos contra las formas expresadas anteriormente de PfEMP-1 [50] . La expresin mutuamente excluyente de los genes var y variacin antignica resultado de una combinacin de activacin in situ y reversible silenciamiento de los genes. La hibridacin fluorescente in situ (FISH) experimentos mostraron que los genes var presentes en el genoma se agrupan en grupos de 6-8 perinuclear [51-53]. Las regiones de heterocromatina telomrica de P. falciparum con genes var silenciosos estn asociados con altos niveles de H3K9me3 [46]. En contraste, el gen var activo, independientemente de su localizacin en el cromosoma, se localiza en un subdominio eucromtica en la periferia nuclear normalmente heterocromatina [51, 52, 54], y que se enriquece con la marca de activacin H3K9ac [47, 55] . Adems, la modificacin H3K4me3 es una marca predominante en el gen var activo, pero durante las etapas posteriores del ciclo de vida, donde no se expresan los genes var (estado a punto), el promotor de la var ms activo recientemente se enriquece con dimetilado H3K4 [55]. La presencia de altos niveles de un promotor no regulados episomales var resulta en una regulacin a la baja del gen var activo, episomas y cuando se eliminan los parsitos muestran la activacin de genes var aleatorio [56]. Estos resultados sugieren que en P. falciparum es necesario para el mantenimiento de la memoria celular a travs de numerosos ciclos celulares una transcripcin activa del gen var variante expresada en una poblacin. Al igual que los genes var, gen subtelomricas familias de P. falciparum como rif, stevor o cdigo PFMC-2TM para protenas que mostraron variacin clonal en su expresin, y un programa de epigentica comparable del control se ha propuesto para su expresin [57].

2.6. Structura de la Cromatina. El control epigentico de la expresin de genes juega un papel importante en P. falciparum. Gran parte del trabajo en este parsito se ha centrado en los mecanismos que controlan la expresin mutuamente excluyente de la familia de genes var. Cromosomas de Plasmodium, como las de casi todos los eucariotas, estn muy juntos en nucleosomas [39]. P. falciparum contiene cada una de las cuatro histonas necesarias para el montaje nucleosoma: H2A, H2B, H3 y H4 as como las variantes de histonas H2AZ, H2Bv, H3.3 y cenH3 [40]. Sin gen que codifica la histona H1 enlazador ha sido identificado en Plasmodium. Los genes para las enzimas de modificacin de las histonas, incluyendo histona desacetilasas y un GCN5 como histona acetil transferasa, han sido identificados en P. falciparum [41, 42]. De conformidad, se observaron mltiples modificaciones en las histonas de este parsito [40], lo que indica que en Plasmodium, como en eucariotas superiores, diferentes modificaciones en colas de las histonas trabajan en concierto para generar un estado transcripcional. Los estudios que combinan la cromatina immunoprecipitation (CHIP) con microarrays (Chip-a-chip) de P. falciparum mostr una correlacin positiva entre una mayor acetilacin de H3K9 en genes individuales y los niveles de expresin de genes [43]. De acuerdo, la inhibicin de la actividad de PfGCN5, la histona acetil transferasa que dirige la acetilacin de H3K9, se traduce en disminucin H3K9 acetilacin, una disminucin en la actividad transcripcional de un subconjunto de los genes y una retrasar el progreso a travs del desarrollo intraeritrocitaria [44, 45]. En contraste, las agrupaciones de genes silenciados implicados en la virulencia de P. falciparum se encuentran en la heterocromatina, y H3K9m3 se asocia especficamente con var familias de genes agrupados en subtelomrico y algunas regiones cromosmicas internos localizados en la periferia nuclear [46]. Adems, la perturbacin de la histona desacetilasa homlogo a Sir2 (PfSir2) provoca cambios en H3K9me3 que estn asociados con la transcripcin interrumpido monoallelic [46-48], lo que sugiere que PfSir2 se requiere para el silenciamiento adecuado. Un ortlogo de la protena HP1, que participa en la formacin de cromatina muy condensada mediante el reconocimiento de H3K9m2 y H3K9m3, se ha caracterizado recientemente en P.falciparum. (49). El chromodomain recombinante de PfHP1 se une a H3K9me2 y H3K9me3, pero no a H3K4m o sin modificar H3 e in vitro forma homodmeros estables. ChIP

2.7. Regulacipn Post-Transcripcional. Represin traslacional es otro mecanismo utilizado por Plasmodium para regular su expresin gnica. Una comparacin de los gametocitos transcriptome con los proteomas de gametocitos y ookinetes identificados nueve genes para los que las transcripciones se acumulan en gametocitos pero no se traducen hasta la etapa ookinete [12]. Un estudio posterior revel que estas transcripciones fueron

Diario de Biomedicina y Biotecnologa muy abundante en el citoplasma de gametocitos femeninos y distribuido como compartimentos puntuadas discretas, similares a los rganos eucariotas P. Anlisis del 3' UTR a partir de estas transcripciones revel la presencia de un motivo UUGUU, una secuencia de accin en cis conocida por las protenas de unin Puf implicadas en la represin de traduccin [58, 59]. Adems, dos protenas Puf de P. falciparum se expresan en gametocitos y ookinetes y exhiben unin a secuencias UUGUU [59]. El anlisis del proteoma de P. berghei gametocitos femeninos identificados miembro expresado abundantemente del DEAD-box RNA helicases denomina Dozi(desarrollo de cigoto inhibida), tambin implicado en la represin de traduccin a travs de su actividad de unin del RNA [60]. Dozi interacta con un poco de ARNm Plasmodium y la interrupcin de sus resultados de genes de codificacin en una regulacin a la baja de aproximadamente 370 genes, incluyendo algunos predicho a ser importante en la motilidad ookinete temprana, y en el de abortar el desarrollo de gametocitos femeninos fertilizados [61]. Algunas otras transcripciones contienen un elemento de respuesta al hierro una estructura de tallo-bucle formado en sus extremos 5 'y 3' UTRs que se une una protena reguladora de hierro (PfIRPa) para inhibir la traduccin o para modular la estabilidad del mRNA [62]. Una variante de PfEMP-1(VAR2CSA) slo se expresa en presencia de una placenta, lo que sugiere que su expresin est reprimida en los hombres, los nios o las mujeres no embarazadas. Recientemente fue demostrado que el gen que codifica VAR2CSA contiene un pequeo marco de lectura abierto aguas arriba que acta para reprimir la traduccin del ARNm resultante. El mecanismo que subyace a esta represin de traduccin es reversible, lo que permite altos niveles de traduccin de la protena en la presencia de la placenta [63].

5 parsito que alterna formas de vida entre una fase amastigote intracelular que reside en los macrfagos de vertebrados y una etapa de promastigotes extracelular que viven en el tracto digestivo de los flebtomos. Infecciones de Leishmania tienen diversas manifestaciones clnicas, incluyendo cutaneous (CL), mucocutaneous (MCL), diffuse cutaneous (DCL), visceral (VL or kala-azar), postkala-azar dermal leishmaniasis (PKDL) and recidivans (LR) [67]. Leishmaniasis es un problema de salud pblica en al menos 88 pases, entre ellos algunos de los ms pobres en el mundo [68]. La prevalencia global estimada de todas las formas de la enfermedad es de 12 millones, con 1,5 a 2.000.000 casos agregado anual de CL y 500,000 of VL [69]. 3.1. Genomas. El genoma de T. brucei es de 26-megabases y contiene 9068 genes predecidos, incluyendo aproximadamente 900 pseudogenes y aproximadamente 1,700 genes especficos de T. brucei [70]. Grandes arrays subtelomricas contienen un archivo de 806 variante glicoprotena de superficie (VSG) genes utilizados por el parsito para evadir el sistema inmune de los mamferos [70]. El genoma de T.cruzi mide 60,3 Mb organizados en 41 cromosomas [71]. El genoma diploide contiene 22.570 genes codificadores de protenas, de las cuales 12.570 representan pares de alelos. Los genes que codifican protenas son generalmente dispuestas en largos racimos de diez-a-cientos de genes en la misma cadena de ADN. Supuesta funcin puede ser asignada a un 50,8% del predicho genes codificadores de protenas [72]. Al menos el 50% del genoma de T. cruzi es una secuencia repetitiva, que consiste principalmente de grandes familias de genes de protenas de la superficie, retrotransposones y repite subtelomricas [72]. Los ms grandes familias de genes codifican protenas de la superficie como las protenas de mucina asociados superficiales (MASP), miembros de la superfamilia de transsialidasa (TS), la glicoprotena de superficie gp63 proteasa y algunas protenas hipotticas [72]. El genoma de Leishmania mide ~34Mb y el rango de cromosomas en tamao de 0,3 a 2,5 Mb [73, 74]. El cariotipo se conserva entre especies de Leishmania aunque con considerable polimorfismo de tamao) y los genes son syntenic (con la conservacin del orden de los genes) [73-76], excepto que las especies del Viejo Mundo tienen 36 cromosomas [73] y las especies del Nuevo Mundo tienen 35 (L. braziliensis) o 34 (L. mexicana) [75]. Una comparacin de las rutas metablicas codificadas por los genomas de T. brucei, T. cruzi, Leishmania major y revela la capacidad metablica global menos en T. brucei y el mayor en L. major [70]. 3.2. Transcriptomas. Un anlisis de microarrays que comprende 21.024 productos de PCR diferentes de T. brucei se utiliz para la identificacin de genes expresados especficamente en el torrente sanguneo humano y en etapas procclicas de insecto [77]. Aproximadamente el 2% de los fragmentos genmicos exhibi diferencias significativas entre los niveles de transcripcin en el torrente sanguneo y procclico formas. De los 33 clones que mostraron sobreexpresin de formas sanguneas, 15 secuencias de contenidos similares a los sitios de expresin ofVSG y al menos otras seis aparecieron no la codificacin de protenas. De los 29 clones procclico especficos, por lo menos ocho, no parecen ser la codificacin de protenas [77]. Otros estudios de los cambios transcriptomas

3. Regulacin de la Expresin de Gene en Trypanosomatidos

Los miembros de la familia Tripanosomatidae constituyen un grupo fascinante de protozoos flagelados. Colectivamente, estos patgenos causan millones de muertes en las regiones cos tropicales y subtropicales del mundo. Tripanosomas africanos, transmitida por la mosca tsets, son responsables de la enfermedad del sueo en los seres humanos y la enfermedad nagana en el ganado. La enfermedad humana tiene dos formas, dependiendo del parsito involucrado. Trypanosoma brucei gambiense se encuentra en el oeste y centro de frica y representa ms del 90% de los casos reportados de la enfermedad del sueo, causando una infeccin crnica, mientras que Trypanosoma brucei rhodesiense se encuentran en el este y sur de frica, representa menos del 10% de los casos reportados, y causa una infeccin aguda [64]. Se estima que 300.000 personas se infectaron en 2000 [65]. Sin embargo, el acceso al diagnstico y el tratamiento en muchos pases donde la tripanosomiasis africana es endmica result en una reduccin del 68% en el nmero total de nuevos casos notificados entre 1995 y 2006 [64]. Trypanosoma cruzi, transmitido por insectos triatominos es el organismo causante de la enfermedad de Chagas, que es endmica en varias regiones de Amrica Latina. Se estima que alrededor de 75 millones de personas viven en zonas de riesgo y 13 millones de personas estn infectadas en Amrica Central y del Sur. La incidencia global de la enfermedad se considera que es 300.000 nuevos casos por ao [66]. Leishmania es un protozoo

6 en T. brucei utilizado un microarray de ADN de objetivo, que representa el sistema de trfico de membrana fuertemente el desarrollo regulado y aproximadamente el 10% del genoma de T. brucei [78]. Los resultados mostraron que el 6% de la cohorte gen est regulado por el desarrollo, incluyendo varias GTPasas pequeas, trampas, factores de capa de vesculas y protenas quinasas. Por lo tanto, importante remodelacin diferenciacin dependiente del transcriptoma tripanosoma se asocia con el transporte de membrana. Recientemente Jensen et al. [79] utilizando microarrays que contienen mltiples copias de mltiples sondas para cada gen mostraron que aproximadamente una cuarta parte de los genes de mostrar las diferencias en los niveles de ARNm, lo que sugiere que a pesar de la falta de regulacin de genes en el nivel de iniciacin de la transcripcin, este parsito realizar una extensa regulacin de la abundancia de ARNm asociado con diferentes etapas de crecimiento. Sin embargo, mientras que los tripanosomas regulan la abundancia de ARNm para efectuar los cambios ms importantes que acompaan a la diferenciacin, un estado diferenciado dado aparece transcripcionalmente inflexible porque la sobreexpresin de genes especficos, cada, las condiciones de cultivo alterados o estrs qumico no provocan cambios detectables a niveles de mRNA en el estado [78]. El T. cruzi Microarrays de ADN se utiliz para comparar los perfiles de transcripcin de seis aislamientos humanos: tres desde asintomtica y tres de los pacientes cardacos [80]. Siete seales se expresaron diferencialmente entre las dos clases de los aislados, pero la mayor seal de aproximadamente 30 veces en las cepas cardiacos para ND7 fue la ms pronunciada del grupo. El gen ND7 a partir de aislados asintomticos mostr una delecin de 455 pb desde el nt 222 a nt 677 en relacin con ND7 de la cepa de referencia CL Brener. La supresin ND7 produce un producto truncado que podran poner en peligro la funcin del complejo I mitocondrial [80]. Estos resultados sugirieron que ND7 constituye un objetivo valioso para el diagnstico diferencial de la cepa infecciosa T. cruzi [80]. Recientemente, Minning et al. [81] observ que la abundancia de transcripcin es tambin un importante nivel de regulacin de la expresin gnica en T. cruzi. El anlisis de microarray de la expresin gnica durante el ciclo de vida de T. cruzi mostr que los transcripcin abundancias relativas de ms del 50% de los genes estn regulados de manera significativa durante el T. cruzi del ciclo de vida. Entre los genes regulados diferencialmente eran miembros de grupos paralog, casi el 10% de los cuales mostraron patrones de expresin divergentes entre los miembros de la agrupacin[81]. Los resultados de varios estudios de microarrays en Leishmania mostraron que hay un nivel sorprendentemente bajo de los genes expresados diferencialmente, que van desde 0,2% a 9% del total de genes, entre las etapas de la vida amastigotes y promastigotes [82-87]. Por lo tanto, el genoma de Leishmania puede ser considerado para ser constitutivamente expresado con un nmero limitado de genes que muestran expresin especfica de etapa. Anlisis protemico cuantitativa de expresin de la protena de Leishmania relativa mostr que existe una correlacin dbil para la expresin de genes [84]. Por lo tanto, la expresin de protenas de Leishmania est regulada principalmente a nivel de los mecanismos de post-transcripcional. 3.3. Transcripcin General. Las tres polimerasas de ARN clsicos, identificados sobre la base de su resistencia a unamanitina, se han detectado en T. brucei [88]. La mayor

Diario de Biomedicina y Biotecnologa subunidad de cada una de estas enzimas ha sido clonado [89]. En la mayora de las especies de tripanosomas sometidos variante antignica, con la excepcin T. vivax, Se encontraron dos genes ligeramente diferentes de RNA pol II subunidad [90, 91]. En eucariotas, la ARN pol II es un complejo de protena de ms de 500 kDa que contiene 12 subunidades, 5 de los cuales (RPB5, Rpb6, Rpb8, RPB10 y Rpb12) se comparten con ARN pol I y III. El RPB1 es la subunidad mayor de la enzima de T. brucei y RPB1, RPB2, RPB3, y RPB11 son los homlogos funcionales y estructurales de las subunidades bsicas eubacterial de ARN polimerasa [92]. RPB4 a RPB10 y Rpb12 contribuyen a la capacidad de la enzima para responder a los activadores para unirse fuertemente con regiones promotoras, iniciar adecuadamente las transcripciones de ARN, y asegurar la sntesis de ARN eficiente y precisa [92]. Curiosamente, la RPB5 homlogo (TbRPB5) asociada con el ARN Pol II es diferente de la que previamente encontrado asociado con ARN Pol I. Tambin se identificaron dos genes que codifican diferentes isoformas de TbRPB6 [92], lo que sugiere la existencia de isoformas de la polimerasa especficos para los tanto TbRPB5 y TbRPB6. Un PDD funcional fue identificado en T. brucei. Esta protena, llamada TRF4, era esencial para la viabilidad celular y fue reclutado para el promotor del gen de ARN SL [93-95]. Sin embargo, el TBP carece de dos de los cuatro fenilalaninas importantes que son responsables para el doblado del ADN a cada lado de la caja TATA. La divergencia significativa en la TBP tripanosoma puede indicar la variacin funcional en su papel en la transcripcin [93, 94]. Ensayos de purificacin por afinidad en tndem (TAP) se utilizaron para caracterizar las subunidades que forman la ARN pol II y III en L. major [96]. Anlisis de espectrometra de masas de los complejos copurified con TAP-etiquetados LmRPB2 identific siete subunidades de ARN pol II: RPB1, RPB2, Rpb5, RPB7, RPB10 y RPB11. Con la excepcin de RPB10 y RPB11, y la adicin de Rpb8, estos tambin se identificaron utilizando un constructo de TAP-etiquetados de una de las dos LmRPB6 ortlogos [96]. Los ltimos experimentos tambin identificaron las ARN pol III subunidades RPC1, RPC2, RPC3, RPC4, RPC5, RPC6, RPC9, RPAC1 y RPAC2 [96]. Significativamente, el complejo precipitado por TAP-etiquetados LmRPB6 no contena ninguna RNApol I-especfica subunidades, lo que sugiere que, a diferencia de otros eucariotas, LmRPB6 no es compartida por las tres polimerasas, pero se limita a RNA pol II y III. Adems de estas subunidades de ARN pol, se identificaron varias otras protenas que copurified con los complejos III ARN pol II y, stas incluyen un factor de transcripcin potencial, varias histonas, el factor de empalme PTSR-1, protenas de unin de ARN, y otros, lo que sugiere que se puede estar asociada fsicamente con el complejo de ARN pol II[96]. La familia Tripanosomatidae posee mecanismos inusuales de la expresin de genes tales como polycistronic transcripcin [97, 98], el procesamiento de trans-empalme del pre-ARNm [99], la edicin de ARN de los transcritos mitocondriales y la transcripcin de los genes codificantes de protenas por la ARN pol I [100]. En estos organismos, los mRNAs nucleares maduras se generan a partir de transcritos primarios por trans-empalme, un proceso que aade un miniexon 39-nucletidos capsulado o lder empalmado (SL) a la 5 'terminales de los ARNm [101]. Los niveles de estado estacionario de la mayor parte del ARNm maduro parecen ser

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7 repetir la longitud de los cuales 105 se transcriben, lo que resulta en un 96 nt RNA maduro. La matriz tiene minb ~ 40 copias, con una periodicidad de 296 nt. Las regiones transcritas en ambas matrices son idnticas. Las regiones no transcritas contienen un promotor bipartito a -67 a -58 pb (el elemento -60) y -40 a -31 pb (elemento -30) desde el sitio de inicio de la transcripcin en la matriz MINA [118, 122]. En Leptomonas seymouri un factor promotor denomina protena 1 de unin (PBP-1) que se une especficamente a SL promotor del gen de ARN en la regin de -60 a -70 pb fue identificado [125]. PBP-1, la primera de doble cadena protena especfica de secuencia, de unin a ADN aislado en tripanosomas se compone de 57, 46 y 36 kDa subunidades [125]. El 46kDa es una protena no caracterizada previamente y puede ser nico en tripanosomas. Su estructura terciaria predicho sugiere que se une al ADN como parte de un complejo. La subunidad de 57kDa es ortlogos a la Activacin Pequeo humana protena nuclear 50 (SNAP50), que es una subunidad esencial del complejo SNAP [125]. En las clulas humanas, el complejo de SNAP se une al elemento de la secuencia proximal en tanto ARN polimerasa II-y pequeos promotores de genes de ARN nucleares IIIdependientes. Un complejo de la protena que se une especficamente al elemento -60 del promotor del gen de ARN SL de L. tarentolae fue identificado por la EMSA [126]. El complejo cuenta con un total estimado de 159 kDa y contiene un homlogo de TBP (LtTBP). Tanto LtTBP y LtSNAP50 se encuentran cerca del lder promotor empalmados RNA genes y los promotores importantes para tRNA Ala y / o de la transcripcin de genes U2 snRNA [126]. El uso del anlisis de chip-on-chip para todo el genoma de ocupacin factor de transcripcin sonda sugieren que slo hay 184 sitios de iniciacin de la transcripcin para genes codificadores de protenas en L. major [127]. Este anlisis tambin extender la comprensin de las funciones de TBP y SNAP50 en la transcripcin major L., debido a que estas protenas parecen unirse a todos los promotores de ARN polimerasa III y II y parece que tienen patrones de unin idnticos en todo el genoma, por la que se abre la interesante posibilidad de que el complejo SNAP puede servir como un factor de transcripcin general para la transcripcin codificacin de la protena en estos organismos [126]. El anlisis transcripcional del cromosoma 1 de L. major Friedlin, la cepa de referencia del Proyecto Genoma Leishmania, revel la presencia de 79 genes putativos, el primero de los cuales 29 se encuentran en un clster en el "fondo" cadena de ADN, mientras que los restantes 50 se encuentran en un grupo en el captulo "top" [128]. El segmento de ADN entre los dos grupos se llama la "regin de cambio hebra". Es importante destacar que, nuclear funcionar-en el anlisis del cromosoma 1 mostr que la transcripcin especfica, lo que lleva a la produccin de transcripciones estables, iniciada dentro de la regin de cambio hebra y procede bidireccionalmente hacia los telmeros [98]. Los estudios de la transfeccin estable apoyan la presencia de un promotor bidireccional en esta regin del cromosoma 1. Tambin parece que la transcripcin no especfica se lleva a cabo sobre todo el cromosoma 1, pero a un nivel de ~ 10 veces menor que la de iniciar la transcripcin especfica en el rea de hebrainterruptor. 5 'rpida amplificacin de cDNA extremos (RACE) estudios localizados los sitios de iniciacin de un <100 bp regin [98]. Por lo tanto, mientras que en la mayora de los eucariotas cada gen posee su propio promotor, una sola regin parece conducir la expresin de la totalidad

posttranscriptionally regulada por mecanismos que implican secuencias de la regin sin traducir su 3 '[102]. En T. brucei, los genes que codifican la glicoprotena variable de superficie (VSG) y protena procclico repetitivo cida (PARP) se transcriben por una ARN polimerasa que es resistente a un-amanitina, lo que indica que los tripanosomas pueden transcribir genes codificantes de protenas por la ARN pol I [103]. Los promotores de la ARN pol I se han caracterizado ampliamente en tripanosomtidos [104-106], como lo han sido algunos promotores pol III [107]. Sin embargo, poco se sabe acerca de las secuencias que dirigen la expresin de genes que codifican protenas de RNA pol II. La aparente falta de regulacin de la transcripcin de pol II y la observacin de que las molculas de episomales se transcriben en ambas cadenas han llevado a la hiptesis de que en los tripanosomtidos, ARN pol II tiene muy baja especificidad, y que la transcripcin se puede iniciar de forma indiscriminada en varios sitios a lo largo de las unidades polycistronic [108, 109]. Ahora se acepta generalmente que los genomas trypanosomatid se organizan en unidades de transcripcin polycistronic largos. Los genes estn generalmente separados por slo unos pocos cientos de pares de bases y, con algunas excepciones, que no contienen intrones..

3.4. Elementos reguladores Cis y Factores de Transcription. Slo unos pocos promotores han sido caracterizados en tripanosomas: los de los procclica, la protena cida repetitivo (PARP) y la variante de glicoprotena de superficie (VSG) genes ribosmicos (ARNr) de T. brucei [110, 111] y los de algunos genes de ARN pequeos . Adems, un elemento regulador que acta en cis capaz de determinar la CADENA de la transcripcin se ha encontrado aguas arriba de un gen de resistencia a mltiples frmacos en L. enriettii [112]. No hay homologa de secuencia significativa entre estos promotores o con cualquier promotor eucaritico conocido. 3.5. En el caso del promotor de la VSG, la regin de 70 pb que precede al sitio de inicio de la transcripcin es suficiente para asegurar la mxima actividad en la transcripcin [113]. En el caso de los promotores ribosmicos y procyclin, la regin -70 a 1 pb constituye un elemento central cuya actividad basal es estimulada por un elemento de control aguas arriba situado alrededor de la posicin -200 pb [114]. Estos promotores contienen dos tramos, centradas aproximadamente en -60 y -35 pb, que son esenciales para la actividad promotora y cuya separacin parece ser crtica. Curiosamente, las protenas de unin ofspecific requiere que el ADN diana ser de cadena sencilla [115]. Estos resultados sugieren que estos promotores deberan ser parcialmente desnaturalizado para ser funcionales [116]. Muchos grupos han comparado y contrastado los elementos del promotor del gen de ARN SL en diversas tripanosomiasis matids [117-122]. En la mayora de los casos, SL promotor del gen de ARN se compone de tres elementos cortos estrechamente espaciados que se encuentran aguas arriba de y proximal al sitio de inicio de la transcripcin. El anlisis mutacional mostr que los nucletidos cercanos al sitio de inicio (1), en la posicin -10 a +10 pb en L. amazonensis sirven para dirigir correcta iniciacin de la transcripcin del gen de la ARN SL y un elemento aguas arriba en el promotor (-80 a -60 pb) es esencial para la eficiente expresin de ARN SL in vivo [123]. Los genes de ARN SL en L. tarentolae se organizan en dos, arrays tndem de cabeza a cola separadas, Mina y minb [124]. La matriz contiene MINA ~ 60 copias del gen con 363 pb

8 en el cromosoma 1 L. major Friedlin. Aunque estos resultados mostraron que la pol II dirige la transcripcin del cromosoma 1, no hay tpicos pol II promotor elementos estn presentes en la regin de 73 pb que separa cada unidad de transcripcin. Por otra parte, ninguna conservacin de la secuencia es discernible entre la zona de hebra-interruptor en el cromosoma 1 y la regin de cambio hebra en otros cromosomas de L. major Friedlin [98]. El anlisis transcripcional nuclear corridas de cro Mosome 3 tambin fue descrito [129]. Este cromosoma contiene 97 genes putativos que codifican protenas organizados en dos grupos convergentes largos, que estn separados por un gen tRNA Lys [129]. Adems, un solo gen divergente est situado en el extremo "izquierda" del cromosoma. Los datos mostraron que la transcripcin pol II en el cromosoma 3 inicia bidireccional entre el gen subtelomrica nico y la adyacente 67 - grupo de genes y cerca del telmero "derecho" aguas arriba de la agrupacin de 30 genes. El gen se transcribe tRNSLys por pol III. Transcripcin en ambas hebras termina en la regin de ARNt-gen [129]. Los promotores para la ARN pol I se han caracterizado en diferentes especies of Leishmania . El anlisis de la ARN promotor del gen ribosmico (ARNr) de L. donovani mostraron que estos genes estn organizados en el cromosoma 27 como repeticiones en tndem de aproximadamente 12,5 kb. Cada repeticin contiene los rRNAs subunidades y aproximadamente 39 copias de una secuencia especfica de la especie de 64 pb [106]. El sitio de iniciacin de la transcripcin se asigna a 1020 pb aguas arriba del gen ARNr 18S. Una secuencia de 349-pb situada entre las repeticiones de 64 pb y el gen 18SrRNA parece contener un promotor [106]. Se encontraron tres dominios (-76 a -57, -46 a 27 y -6 a 4 pb, en relacin con el sitio de iniciacin de la transcripcin) para mediar la actividad del promotor, lo que sugiere que el rRNA no es muy diferente a la de otros eucariotas [106] . Se informaron hallazgos similares en los promotores de ARNr de L. major Friedlin y L. amazonensis, donde el sitio de iniciacin de la transcripcin de las unidades de rRNA fueron localizados a 1043 y 1048 pb aguas arriba de los genes rRNA, respectivamente [130, 131]. El elemento repetitivo (60 pb para L. major y 63 pb para L. amazonensis) tambin fue identificado en los espaciadores intergnicas, y construcciones que contienen los promotores de genes rRNA fueron capaces de conducir la expresin de genes informadores [130, 131].

Diario de Biomedicina y Biotecnologa del gen de la ARN SL. Por otra parte, los ensayos de Chip-a-chip de L. major sugirieron que las histonas H3 en los orgenes de la transcripcin polycistronic de genes codificadores de protenas son acetilado [127]. Por lo tanto, la regulacin global de iniciacin de la transcripcin se puede lograr mediante la modificacin del estado de acetilacin de la histona H3 en estos orgenes [127]. Acetilacin de histonas, la metilacin y la fosforilacin se han descrito en T. brucei y T. cruzi [137-139]. Adems, un anlisis detallado de las modificaciones de histonas en T. brucei mostr la ausencia del residuo de metionina inicial de H2A, H2B y H4 y que la alanina N-terminal de estas protenas podra ser monometilado [140]. Estos estudios tambin encontraron que la histona H4 N-terminal est muy modificada, mientras que, en contraste con otros organismos, la histona H2A y H2B Nterminales tienen relativamente pocas modificaciones [140]. T. brucei expresa tres miembros de la familia MYST-distintos, todos los cuales tienen homlogos en T. cruzi y Leishmania y fue descrito papeles no redundantes para cada uno de estos acetiltransferasas de histonas en el torrente sanguneo-formas de T. brucei [141]. HAT1 modula silenciamiento telomrico y es necesario para el crecimiento, y, posiblemente, para la replicacin del ADN; HAT2 se requiere para la acetilacin de H4K10 y el crecimiento, y HAT3 se requiere para H4K4 acetilacin y es prescindible para el crecimiento. Los ortlogos en Leishmania probablemente tienen funciones similares. Las funciones no redundantes para T. brucei HAT1-3 parecen reflejar sustratos nicos para cada soporte acetiltransferasa y an ms la idea de un cdigo de histonas no redundante simplificado en estos parsitos divergentes [141].

3.6. Estructura de la Cromatina. Aunque la expresin de genes en Try-panosomatids se regula predominantemente aliado posttranscription, varias lneas de evidencia apuntan a un papel importante para la estructura de la cromatina y la modificacin en la expresin gnica, el control del ciclo celular y la diferenciacin [132-134]. En Try-panosomes, todas las clases de histonas estn presentes y el ADN es nucleosomas packedinto [135]. Anlisis de la organizacin genmica de los genes de ARN de L. tarentolae SL mostr que un solo nucleosoma se coloca en su regin intergnica, dejando el promotor y la regin del gen transcrito libre de nucleosomas [136]. La periodicidad matriz de un nucleosoma por 363 pb difera de la disposicin heterocromatina estndar en esta especie de un nucleosoma por 230 pb. La matriz se dobla an ms por la interaccin con factores de transcripcin. Por lo tanto, la disposicin nucleosoma tal vez vital para la iniciacin de la transcripcin eficiente

3.7. Regulacin Post-Transcripcional. La organizacin general de los genes tripanosomtidos en unidades polycistronic significa que la mayora de los genes se transcriben a una tasa equivalente en grandes racimos polycistronic y, en consecuencia, debe estar presente un mecanismo post-transcripcional en estos organismos para el control de la expresin gnica. Sntesis constitutiva del transcriptoma y seleccin de los mensajes adecuados slo en la etapa de maduracin probablemente permite al parsito para cambiar la expresin de genes rpidamente para sobrevivir y adaptarse a un nuevo entorno. Aunque este sistema requiere la degradacin permanente de una fraccin importante de la transcriptoma, tripanosomtidos han evitado la carga de la codificacin de redes de factores de transcripcin especficos y secuencias diana. Regulacin post-transcripcional podra ser ejercida a travs de elementos de la secuencia de las regiones intergnicas. Evidencia de la funcin primaria de las regiones no traducidas (UTRs) para determinar la abundancia relativa de ARNm etapa especfica se ha acumulado [142, 143]. La regin 3'-terminal de la VSG y procyclin transcripciones regula la expresin de un gen reportero en una manera inversa, dependiendo de la forma del desarrollo del parsito [143]. En el caso de ARNm VSG, la secuencia de nt aguas arriba del sitio de poliadenilacin 97 es responsable de estos efectos. La regulacin se produce a travs de una variacin de la abundancia de ARNm que no se debe a un cambio en la transcripcin primaria. En la forma torrente sanguneo este efecto se manifiesta por un aumento en la estabilidad del ARN, mientras que en la forma procclica parece estar relacionada con una reduccin en la eficiencia de ARNm de la maduracin [143]. El extremo 3 '

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9 4.2. con un tamao aproximado de 26 kb [157]. Los genomas de E. histolytica y otras especies de Entamoeba tienen un alto contenido de A / T (77,6%), con la excepcin de E. moshkovskii, que tiene aproximately10% menos de contenido A / T [154].

De VSG de ARNm puede obviar la 5 - a 10 veces la estimulacin de la transcripcin dirigido por el promotor procyclin durante la diferenciacin de la circulacin sangunea a la forma procclica [143]. Un anlisis de sesgo codn sinnimo de tripanosomiasis matids mostr el enriquecimiento de los codones "preferidos" en ms genes altamente expresado [144]. De acuerdo con la traduccin de seleccin, afines tRNA genes de codones favorecidos estn sobrerrepresentadas [144]. Adems, el codn sesgo relativo se conservan entre los genes ortlogos de divergentes Try-panosomatids (T cruzi, T. brucei, L. major), incluso en los genes pensamiento que se expresa en el nivel bajo [144]. Tomados en conjunto, los resultados sugieren que el control del nivel de la traduccin es un importante mecanismo subyacente diferencial de expresin de la protena en tripanosomtidos.

4. Regulacin de la Expresin de Genes in Entamoeba histolytica

Entamoeba histolytica, un parsito protozoario entrico, es el agente etiolgico de la amebiasis humana. Se ha estimado que cada ao se producen 50 millones de casos de amibiasis invasora y aproximadamente 110.000 muertes, pero, curiosamente, slo el 10% de las personas infectadas presentan sntomas de la enfermedad expresadas como la amibiasis intestinal o extraintestinal [145]. Los mecanismos moleculares que participan en la invasin del parsito no se conocen. Diversas poblaciones de E. histolytica, incluyendo los clones derivados de una cepa particular, mostrar diferentes fenotipos de virulencia [146-148]. Adems, trofozotos cultivados desde hace mucho tiempo, que muestran pobre capacidad de producir abscesos hepticos en animales de experimentacin, recuperan su virulencia despus de la incubacin con el colesterol o con ciertos tipos de bacterias, o despus de su paso por el hgado de hmster [149-152]. Este comportamiento puede ser debido a cambios en la expresin de ciertos genes. Adems, se espera que el ciclo de vida de este parsito que implica la conversin reversible de las formas infectivas (quistes) a las clulas invasoras (trofozotos) que es debido a la expresin diferencial de los genes de E. histolytica. 4.1. Genoma. El genoma de este parsito se compone de 23.751.783 pares de bases distribuidas en 888 andamios y contiene aproximadamente 9938 genes [153]. Ha sido difcil para determinar el nmero de cromosomas E. histolytica , debido a que no se condensan [154]. Sin embargo, se ha reportado la presencia de 14 grupos de ligamiento independientes [155]. Adems, el genoma de este parsito contiene un nmero de molculas de plsmido circulares-como [154]. Las regiones intergnicas son de 400 pb a 2,3 kb, lo que sugiere un acondicionamiento hermtico de los genes [154]. Aproximadamente el 25% de los genes de E. histolytica contiene intrones, con 6% de los genes que contienen mltiples intrones [153]. Secuencias de intrones son relativamente corto (46 a 115 pb), y que contienen la dinucletidos GU y AG en el donante y aceptor de empalme sitios, respectivamente. Alrededor de 10% del genoma consiste de genes tRNAs organizados en series en tndem que varan en longitud de unidad de 490 a 1775 pb y que contienen del 1 a 5 genes tRNA [156]. Los genes rRNA se encuentran exclusivamente en molculas de ADN circular extracromosmico

4.3. Transcriptoma. E. histolytica se somete el interruptor reversible entre los quistes infecciosos y los trofozotos invasoras. Identificacin de genes implicados en la va de desarrollo se examin por todo el genoma de perfiles de transcripcin [158]. Aproximadamente, el 15% de los genes anotados son potencialmente desarrollo regulado. Los genes enriquecido en quistes (672 en total) incluyen cistena proteinasas y protenas transmembrana quinasas. Los genes enriquecidas en trofozotos (767 en total) incluyen genes implicados en la invasin de tejidos, reguladores putativos de diferenciacin, incluyendo posibles receptores acoplados a protenas G, protenas de transduccin de seales y factores de transcripcin [158]. Un nmero de E. histolytica genes especficos de fase tambin se regulado por el desarrollo en el reptil parsito E. invadens [158], lo que indica que es probable que tengan funciones conservadas en el desarrollo Entamoeba. La mayora de las infecciones humanas con E. histolytica permanecen asintomticos. En algunas infecciones trofozotos invaden la mucosa intestinal disentera producir, y en una pequea fraccin de las infecciones, trofozotos difundir al hgado, donde inducen la formacin de abscesos. Se supone que la capacidad de trofozoitos de E. histolytica para sobrevivir en el husped y para destruir los tejidos del husped se lleva a cabo por la regulacin especfica de un nmero de protenas ameba. Un genoma en todo el anlisis transcripcional de E. histolytica realiza en trofozoitos aislados a partir de los dos puntos de seis ratones infectados y del cultivo in vitro revel 523 transcripciones (5,2% de todos los genes de E. histolytica), cuya expresin fue cambiado de manera significativa en trofozoitos aislados de la intestino [159]. Los genes que modifican su expresin en trofozotos obtenidos a partir de los ratones codifican protenas implicadas en el metabolismo, la defensa de oxgeno, la sealizacin celular, la virulencia, y la actividad antibacteriana [159]. El control de los cambios observados en el transcriptoma potencialmente podra recaer en cuatro protenas relacionadas con dominios de unin a ADN que se redujeron reguladas en el ambiente intestinal [159]. Comparacin de la abundancia de ARN entre trofozotos de E. histolytica aislado de abscesos en el hgado de los animales experimentales y los obtenidos a partir de cultivo in vitro encontr que al menos siete genes de E. histolytica fueron especficamente regulados y cinco fueron regulados hacia abajo en trofozoitos aislados a partir de los hgados [160] . Los genes regulados especficamente codifican protenas asociadas con choque trmico, algunas protenas ribosomales, ciclofilina, ferredoxina 2, y la pequea GTPasa RAB7D, mientras que dos de los genes regulados hacia abajo codifican miembros de una familia de protenas que contienen tramos de secuencias repetitivas que son ricos en residuos de lisina y del cido glutmico [160]. Todos estos resultados apoyan la idea de que la invasin de acogida exige la regulacin y la accin concertada de una variedad de protenas de amebas. La variada resultado de la infeccin por E. histolytica podra deberse tambin a diferencias en la virulencia de los aislamientos de E. histolytica. La comparacin de los transcriptomes de cepas HM1: IMSS (altamente virulenta) y Rahman (bajo

10 virulenta) mostr 353 transcripciones que mostraron al menos una doble diferencia entre las cepas, 152 transcripciones se expresan en niveles ms altos en HM1: IMSS y 201 transcripciones fueron ms expresados en Rahman cepa [161]. Los genes expresados diferencialmente incluyen cistena proteinasas (CPs), miembros de la familia de AIG, y cadenas ligeras lectina [161]. Los genes de las proteasas de cistena, EhCP4 EhCP6, y EhCP7 se expresaron aproximadamente tres veces en HM1: IMSS que en la cepa Rahman [161]. En contraste, la expresin de los genes de las proteasas de cistena, EhCP8 EhCP112 y EhCP3 fue mayor en la cepa Rahman que en HM1: IMSS [161]. La diferencia ms notable se observ en la expresin de EhCP3, que era aproximadamente 100 veces mayor en Rahman de HM1: IMSS [161]. Curiosamente, en la ameba no patognica E. dispar, EhCP3 se expresa en niveles ms altos en comparacin con E. histolytica [162]. Todos estos resultados validan la hiptesis de que las PC tengan un papel importante en la virulencia de E. histolytica. Adems, trofozotos de E. histolytica requieren diferentes protenas para sobrevivir cuando son expuestos a diferentes condiciones ambientales. El patrn de expresin de genes de E. histolytica trofozotos expuesto a una tensin de choque trmico mostr un gen masiva en la regulacin [163]. De los 1131 genes nicos sondeadas por el microarray, 471 (42%) fueron reprimidos significativamente durante el tratamiento de choque trmico. Un pequeo nmero de genes fueron regulados por choque trmico; incluyendo los que codifican las protenas de choque trmico hsp90 y hsp70, algunas protenas hipotticas y factores reguladores tales como BRF, y un putativo transcriptasa inversa [163]. Tratamiento de choque trmico tambin induce la transcripcin de algunos genes CP [163]. El gen EhCP6 fue especialmente hasta regulada por choque trmico, lo que indica la actividad particular de esta proteasa durante el estrs debido a su papel potencial en la degradacin de las protenas daadas. Este estudio tambin encontr que algunos alelos de los genes que codifican para la pesada (Hgl) y ligeras (LGL) subunidades de la Galactose/N-acetyl-D-galactosamine- lectina inhibirse (Gal / GalNac lectina) estaban involucrados en la respuesta de choque trmico [163].

Diario de Biomedicina y Biotecnologa probablemente es debido a la presencia de modificaciones en algunos residuos de aminocidos implicados en la unin a ADN.

4.4. Transcripcin General. En E. histolytica muy pocas secuencias y, por lo tanto, se han identificado los factores de transcripcin, aislado, y que se caracteriza no slo a nivel estructural, pero en el plano funcional, tambin. La transcripcin de los genes codificantes de protenas es mono-cistrnico y ARNm es sintetizado por una ARN polimerasa inusual resistente a un-amanitina [164]. El ncleo promotor de varios genes codificantes de protenas contiene tres motivos conservados [165, 166], y de acuerdo con el estudio de diferentes promotores de genes de E. histolytica, el tamao de la regin promotora funcional es entre 200 a 900 pb [167-173]. TBP es el nico miembro de la maquinaria de transcripcin basal de este parsito caracterizado hasta ahora. EhTBP tiene 234 residuos de aminocidos y su dominio funcional mostr 55% de identidad de secuencia a TBP del Homo sapiens [174]. El EhTBP recombinante formado complejos especficos con la secuencia de consenso de la caja TATA de E. histolytica y con otros motivos TATA-como [175], lo que indica que esta protena es ms promiscuos que los PDD de humano y de levadura. Este comportamiento de EhTBP

4.5. Elementos reguladores Cis y Factores de Transcription. A nivel estructural, los principales promotores de E. histolytica contienen tres elementos conservados: la TATA-box (-35 a -25 pb) enriquecido en T y A (bases TAT / GT / G / A / G / AA / GAAC / G)-la secuencia AAAAATTCA Iniciador (Inr) que se sita el emplazamiento de inicio de la transcripcin, y el elemento de GAAC (AA / TGAACT) [165, 176]. El elemento GAAC controla la velocidad y el sitio de iniciacin de la transcripcin, media la activacin transcripcional de algunas regiones reguladoras aguas arriba, y funciones de una manera dependiente del contexto [176]. El desarrollo de la transfeccin de ADN mediada por E. histolytica [177, 178] permitido la caracterizacin de elementos promotores que actan en cis necesarias para la expresin gnica. Sin embargo, hasta ahora pocos promotores aguas arriba de los genes codificantes de protenas han sido analizados a nivel estructural y funcional, entre ellos se encuentran los promotores de genes que codifican la subunidad pesada de la lectina Gal / GalNac (hgl2 y hgl5), las protenas de resistencia a mltiples frmacos EhPgp1 y EhPgp5 , el complejo EhADHCP, y la pequea GTPasa EhRabB [167-173]. El promotor del gen hgl2 incluye dos elementos reguladores; una secuencia situado 100 pb aguas arriba del sitio de inicio de la transcripcin similar al motivo CCAAT cuadro que se encuentra en algunos promotores de genes de eucariotas superiores, y una secuencia de 15 pb situado en-520bp [167] . Este estudio tambin mostr que las mutaciones en la caja TATA putativa o en el elemento de ATTCA reducen la actividad del promotor de 20 a 56% con respecto a la que est representada por el promotor de tipo salvaje [167]. La plena actividad transcripcional del promotor del gen hgl5 se obtuvo a travs de 272 pb aguas arriba del sitio de iniciacin de la transcripcin [168]. Cinco elementos de regulacin aguas arriba (Ures) se identificaron en esta regin, cuatro de ellos actan como elementos reguladores positivos: URE1 (-49 a 40 pb), URE2 (-69 a 60 pb), URE4 (-189 a -160) y URE5 (-219 a 200), mientras que el motivo URE3 (-89 a -80) realiza una actividad de regulacin negativa [168]. Sin embargo, URE3 funciona como un elemento regulador positivo en la regin promotora ferredoxina (fdxl) [179]. URE4 est formado por dos repeticiones directas de nueve pares de bases y que funciona como un potenciador en el gen hgl5 [180]. Dos polipptidos de 28 - y 18-kDa, denominadas EhEBP1 y EhEBP2, reconocen la secuencia URE4 [181]. Estas protenas contienen dos (EhEBP1) y uno (EhEBP2) secuencias homlogas a la ARN reconocimiento motivo RRM. Este dominio se ha encontrado en un gran nmero de protenas de unin a ARN y en varias protenas de unin al ADN especfica de secuencia [182]. La sobre expresin de EhEBP1 en trofozotos disminuy la expresin de un gen reportero bajo el control del promotor hgl5 [181], lo que demuestra el papel de la protena EhEBP1 en el control de la transcripcin de E. histolytica. Uso de una levadura pantalla de un hbrido, una protena de 22,6 kDa que se une especficamente a URE3 (URE3-BP) fue identificado [183]. Esta protena contiene dos motivos EF-mano, que es el motivo de unin a calcio ms comn encontrado en las protenas,

Diario de Biomedicina y Biotecnologa lo que sugiere que la actividad de URE3-PA puede estar regulada por el calcio. De hecho, se ha demostrado que concentraciones relativamente altas de calcio (100-500 mM) inhibi la actividad de unin al ADN de URE3-BP [183]. Chip ensayos corroboraron la interaccin dependiente de calcio de URE3-BP con tanto hgl5 y fdx1 promotores. Recientemente, se ha demostrado que varios genes de E. histolytica son regulados por URE3-BP [184]. El motivo URE3 se encontr en las 59 regiones promotoras de los genes modulados por URE3-BP. Estos genes codifican protenas implicadas en el metabolismo de cidos grasos y protenas en potenciales de membrana, lo que sugiere que URE3-BP podra ser contratado para remodelar la superficie de los trofozotos en respuesta a una seal de calcio [184]. El anlisis del promotor del gen EhPgp1 revelado que no contiene un motivo de caja TATA, pero tiene una secuencia putativa de Inr y varios sitios de iniciacin de la transcripcin [169]. Por otra parte, este promotor contiene secuencias similares a algunos de los elementos reguladores cis-de eucariotas superiores, tales como C / EBP, GATA-1, PTU, y motivos HOX. Varios de estos elementos fueron capaces de competir con la actividad de unin al ADN de extractos nucleares de EMSA [169]. Anlisis mutacional de algunos de estos elementos demostraron la relevancia funcional de tres regiones del ncleo promotor EhPgp1; dos de ellos corresponden a los sitios reguladores C / EBP (-54 a -43 pb y -198 a -186 pb) [185]. Protenas nucleares de trofozoitos se unen especficamente a estas secuencias de C / EBP y dos polipptidos de 25 y 65 kDa fueron reconocidos por anti-C / EBP ^ anticuerpos [185]. Estos resultados sugieren la presencia de C / EBP como las protenas en E. histolytica. La otra secuencia funcional identificado en el promotor del gen EhPgp1 contiene secuencias repetidas y GATA1, Gal4, Nit-2, y C / EBP secuencias de consenso [186]. En la emetina resistente clon C2, el gen EhPgp5 muestra un patrn de expresin inducible cuando trofozotos estn expuestos a la droga. El anlisis estructural de su promotor mostr la presencia de una caja TATA en -31 pb y una secuencia de consenso Inr situado a slo tres nucletidos corriente arriba del codn de inicio [170]. Por ensayos de extensin de cebadores, se detect una correlacin de un solo producto en la secuencia de Inr en el ARNm del clon C2 crecido en presencia de 225 ^ M de emetina (C2225). Sin embargo, este producto no fue detectado en el ARNm de trofozotos cultivados en ausencia de la droga, en su lugar, encontramos un producto de extensin del cebador menor a 16 bases aguas abajo del ATG, que no tiene ORF [170]. Estos resultados sugieren que la expresin de genes EhPgp5 podra estar asociada con la seleccin exacta del sitio de iniciacin de la transcripcin. Las secuencias consenso para la unin de AP-1, HOX, C / EBP, OCT-1, PIT-1, OCT-6, CF-1 y MYC se detectaron en el promotor EhPgp5 [170]. Ensayos de competicin Gel cambio mostraron evidencia de que algunas protenas nucleares similares a los factores de transcripcin podran ser que reconoce especficamente sitios de unin de ADN. Ensayos de promotor funcional mostraron que el promotor del gen EhPgp5 era activo en trofozotos transfectadas de clon C2 en la ausencia de emetina, pero su actividad se incrementaron cuando trofozotos se cultivaron en 40 ^ M emetina, mientras que la actividad transcripcional se apag en el clon sensible a los frmacos Un [170]. Estos resultados sugieren que la emetina es un inductor de la EhPgp5 ms de expresin en trofozotos de clon C2. Supresin. Deletion

11 anlisis de la EhPgp5 promotor regin delimitada un fragmento de 59bp (-170 a-110bp) cuando el elemento de respuesta a la emetina podra estar situado [187]. La protena EhRabB es una GTPasa Rab encuentra en pequeas vesculas que en trofozotos de tipo salvaje son trasladadas a la membrana plasmtica y bocas fagocticas durante la fagocitosis [188], mientras que en trofozotos deficientes en la fagocitosis la mayora de estas vesculas permanecen en el citoplasma [189] . El gen EhrabB est situado cerca de los genes Ehcp112 y Ehadh112, cuyos productos formar el complejo EhCPADH, que participa en el mecanismo patognico de E. histolytica [190]. Estos tres genes que abarcan una regin pb llamado locus de virulencia 4500 (VI) [172], que proporciona un buen modelo para estudiar la regulacin de la transcripcin gnica de los genes relacionados con la virulencia. El gen EhrabB est situado 332 pb corriente arriba del gen Ehcp112, pero en la cadena complementaria [188]. En los anlisis in silico de la secuencia flanqueante 5 'del gen EhrabB mostr que no contiene elementos de Inr o caja TATA secuencias de consenso, pero tiene una secuencia similar al elemento de GAAC [173]. Estos anlisis tambin mostraron la presencia de secuencias similares a C / EBP, GATA-1, y los elementos de choque trmico (HSE) de eucariotas superiores, y una secuencia relacionada con el motivo URE1 del promotor del gen hgl5 [173]. Los ensayos funcionales del promotor EhrabB mostraron que: (i) las secuencias de C / EBP y GATA-1 pueden no ser relevantes para la transcripcin de genes EhrabB, debido a que su eliminacin no mostr efecto significativo en la actividad de CAT, (ii) una regin de ADN situada entre los controla posiciones -428 a -683 pb negativamente la transcripcin EhrabB, y (iii) un fragmento de ADN situado en -257 a -428 pb, donde se detectaron HSE y URE1 motivos, activa la transcripcin EhrabB [173]. Supresin de la secuencia URE1 mostr una disminucin en la expresin del gen reportero CAT, lo que indica que URE1 es un elemento cisactivador de la transcripcin EhrabB [173]. Por ltimo, ensayos de CAT funcionales con una construccin que incluye siete HSE para transfectar E. histolytica mostraron un aumento en la actividad enzimtica de CAT aproximadamente el doble en trofozotos calor conmocionado con respecto a la actividad mostrada por las clulas se mantuvieron a 37 C [173]. Estos resultados indican que los motivos HSE presentes en el promotor del gen EhrabB podran ser funcionales bajo estrs de choque trmico. Todos estos resultados muestran que la transcripcin de EhrabB est coordinado por diferentes elementos cis que son reconocidos especficamente por las protenas bajo ciertas condiciones ambientales. Los factores de transcripcin de choque trmico (HSTF), son protenas que bajo condiciones de estrs rpidamente activan y se unen al elemento de choque trmico (HSE) presentes en los promotores hsp. Entonces, este factor induce la expresin de los genes hsp, cuyos productos asegurar la supervivencia de la clula durante condiciones de estrs al proporcionar defensa contra el dao de protenas en general [191]. Recientemente, GmezGarca et al. [192] se describe la identificacin in silico de tres genes HSTF (Ehhstf1, Ehhstf2, Ehhstf3) en E. histolytica. Las protenas codificadas por estos genes poseen un dominio de unin a ADN conservado con un 24% de identidad y 37% de similitud con el dominio de unin al ADN de diferentes HSTFs del Homo sapiens, la especie Gallus gallus, Mus musculus y Arabidopsis thailiana [192]. El rbol filogentico construido utilizando la alineacin de los EhHSTFs y HSTFs de otros organismos mostr

12 una relacin ms estrecha entre EhHSTF2 y EhHSTF3, mientras EhHSTF1 muestra una elevada similitud con el HSTF1 de A. thailiana y parece ser que se derivan de la misma raz que HSTF1 de humano, ratn, pollo, rana y la mosca de la fruta [192]. Otro factor de transcripcin que ha sido identificado en E. histolytica es una protena similar a la protena supresora tumoral p53 [193]. La protena Ehp53 muestra 30% -54% y 50% -57% de homologa con los dominios importantes de p53 de humano y Drosophila melanogaster, respectivamente. Esta homologa incluye el dominio de tetramerizacin, la seal de exportacin nuclear y una seal de localizacin nuclear. Ehp53 tambin contiene siete de los ocho residuos de unin a ADN y dos de los cuatro sitios de Zn2 + de unin descritos para p53 [193]. Anticuerpos monoclonales heterloga contra p53 (Ab-1 y Ab-2) reconocen un solo punto de 53kDa en geles de dos dimensiones y que inhiben la formacin de complejos ADN-protena producida por la interaccin de los extractos nucleares de E. histolytica con un oligonucletido que contiene la secuencia de consenso para la unin de p53 humana. Un Ehp53 polipptido recombinante fue reconocido por Ab-2 anticuerpos y esta protena tambin se detect en E. moshkovskii y E. invadens [193]. Un miembro del grupo de alta movilidad (HMGB) fue identificado en E. histolytica (HMGB1) [194]. Su secuencia de aminocidos que tiene una homologa significativa con protenas HMGB de una amplia gama de especies, como P. falciparum (53% y 58% con PfHMGB1y PfHMGB2, resp.), Schistosoma mansoni (40%), y H. sapiens (50%). Dos residuos se han previsto para ser crucial para determinar la especificidad de ADN estructural [37], una serina en la posicin 10 y un residuo hidrofbico en la posicin 32 segn la numeracin de D. melanogaster de la HMG-D residuo. Los correspondientes residuos conservados en EhHMGB1 son treonina en la posicin 34 y la fenilalanina en la posicin 56 [194]. EhHMGB1 tambin tiene el cido C-terminal cola visto en otros eucariotas. Por lo tanto, todos estos anlisis computacionales apoyan la idea de que EhHMGB1 es una protena HMGB de buena fe. Por otra parte, recombinante EHH-MGB1 comparte la capacidad de la HMGB1 humana para aumentar la unin de ciertos factores de transcripcin al ADN, y se localiza en el ncleo [194]. La sobreexpresin de EhHMGB1 en trofozotos llev a la modulacin de 33 transcripciones que participan en una variedad de funciones celulares. De estos, 20 fueron tambin modulada en el modelo de ratn de la amebiasis intestinal [159, 194]. Cuatro genes que se sabe estn involucrados en la virulencia eran modulada por la sobreexpresin de EhMGB1, incluyendo los que codifican para dos de los cinco Gal / GalNAc lectina subunidades ligeras, la cistena proteinasa EhCP-A7, y un potencial de pptido enterotxica [194]. Estos resultados sugieren un papel en la adaptacin de EhHMGB1 parsito, y la destruccin del intestino del husped. Los transductores de seal y activadores de factores de transcripcin (STAT) son protenas citoplasmticas que forma despus de la fosforilacin de la tirosina-homo-o heterodmeros que se translocan al ncleo, donde se unen a ADN dentro de una secuencia de consenso bien definido denominado SIE [195]. E. histolytica contiene factores de transcripcin de la familia STAT, donde podra funcionar potencialmente aguas abajo de quinasas de receptores en procesos relacionados con la patognesis [196]. La interaccin de los trofozotos con colgeno tipo I y

Diario de Biomedicina y Biotecnologa calcio induce la expresin y la activacin de las protenas homlogas a STAT1 y STAT3 [197]. El colgeno induce un aumento dependiente del tiempo en la fosforilacin de tirosina tanto STAT1K y STAT1L. Estas protenas se convierten en tirosina fosforilada como a los 15 minutos de la estimulacin con colgeno, alcanzando una estimulacin mxima despus de 120 minutos de tratamiento con colgeno [197]. Cuando se explor el estado de fosforilacin de STAT3, una vez ms, ambas isoformas (K y L) aumentan su contenido de fosforilacin despus de la exposicin al colgeno y calcio [197]. Entonces, existe una asociacin entre la fosfo-STAT1 y fosfo-STAT3, estos heterodmeros estn dirigidos a los ncleos y se unen a la SIE El dominio Myb es una secuencia especfica de dominio de unin a ADN que se identific originalmente en los vertebrados. Myb es uno de la familia ms grande factor de transcripcin en plantas [198]. Myb protenas contienen dominios de unin a ADN componen de uno, dos o tres motivos repetidos de aproximadamente 50 amino cidos rodeado por tres residuos de triptfano conservados Un (Ehmyb) gen que codifica para una protena de 145 aminocidos que contiene un dominio Myb fue identificado en E. histolytica EhMyb protena pertenece a la familia SHAQKY por la presencia de un nico dominio de unin a ADN Myb (aa 80 a 130), as como el motivo THAKQF [200]. La sobreexpresin de la protena EhMyb result en un transcriptoma que se superponen significativamente con el perfil de expresin de los quistes amebianos [158, 200]. El anlisis de varios promotores de genes regulados por EhMyb identific un motivo CCCCCC a la que las protenas nucleares se unen de una manera especfica de secuencia [200]. Todos los resultados juntos sugieren fuertemente que EhMyb est involucrado en el desarrollo de E. histolytica. 4.6. Estructure de la Cromatina. La cromatina de E. histolytica se envasa en estructuras nucleosoma-como no a diferencia de metazoos cromatina, sin embargo, regiones enlazadoras entre adyacente nucle-osomes parecen ser irregular en longitud en comparacin con el promedio de 40 pb observados en metazoos [201]. E. histolytica genoma codifica todas las cuatro protenas que comprenden el ncleo de histonas [202-204]. Los dominios amino-terminales de las histonas, aunque divergente de las secuencias de metazoos, son altamente bsico con varios residuos de lisina que son objetivos potenciales para la acetilacin de histona acetiltransferasas (HAT) [205]. Adems, E. histolytica tiene algunos miembros de la familia HAT como GNAT y MYST con una importante similitud con GCN5, MYST, TAFII250, Hat1 y Elp3 [205]. La protena tiene un dominio de EhGCN5 acetiltransferasa (motivo GNAT) y residuos conservados que participan en la interaccin con el cofactor CoA, as como con la histona H3 [205]. La protena EhMYST contiene dos dominios, en el extremo amino-terminal que tiene un dominio de AgeNet de funcin desconocida y en el extremo carboxi-proximal MOZSAS un dominio que es un dominio comn de las HAT [205]. Una histona deacetilasa (HDAC) llama EhHDAC fue identificado en este parsito [205]. Esta protena es miembro de la clase I de la familia de las HDAC, que son subunidades o co-represores que funcionan en asociacin con represores conocidos en respuesta a diferentes eventos Aunque este parsito contiene genes para la acetilacin y desacetilacin de las histonas, hasta ahora nosotros no conocemos los mecanismos de acetilacin y desacetilacin en E. histolytica.

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13 correspondiente al consenso UA (A / U) UU seal de poliadenilacin-cin que podran estar involucrados en la premRNA polyadeny-cin [213]. Curiosamente, la organizacin molecular de la 3'-UTR cis-elementos reguladores de la preARNm parece ser conservadas a travs de ms o menos escala evolutiva, mientras que la seal de poliadenilacin parece ser especfico de la especie en los parsitos protozoarios y un elemento A-rica novela es nico para la primitiva eucariota E. histolytica [213]. Medida de la vida media del mRNA de EhPgp5 en trofozotos de clon C2 cultivadas a diferentes concentraciones de emetina mostr que la estabilidad de este ARNm se incrementa a altas concentraciones de la droga [214]. En trofozotos cultivados en ausencia de la droga, la vida media experimental de la EhPgp5 transcripcin se estim en 2,1 horas, mientras que en trofozotos crecido en 90 (C290) y 225 ^ M (C2225) de emetina la vida media de la transcripcin fue de 3,1 horas, y 7,8 horas, respectivamente, lo que confirma las variaciones significativas en las tasas de descomposicin de la EhPgp5 mRNA en las tres condiciones Adems, la EhPgp5 ARNm contiene una (A) de cola ms larga en el clon poli C2225 [214], y es bien sabido que las grandes poli (A) las colas dan mayor estabilidad al ARNm y promover una traduccin ms eficiente. Estos resultados indican que los niveles ms altos de protena en EhPGP5 trofozotos resistentes a mltiples frmacos (clon C2) puede estar influenciado, adems de la activacin transcripcional, por un aumento de la estabilidad del mRNA.

Sin embargo, esperamos que estas protenas desempean una actividad relevante implicado en el control de la transcripcin. E. histolytica expresa una citosina-5 ADN metil-transferasa (Ehmeth), y 5-metilcitosina (5c) se encontr predominantemente en elementos repetitivos. La regin 5 'del gen que codifica para la protena de choque trmico de E. histolytica 100 (EHsplOO) se aisl mediante cromatografa de afinidad con anticuerpos 5metilcitosina como ligando [206]. La expresin de EHsp100 fue inducida por choque trmico, 5-azacitidina (5-AzaC), un inhibidor de la ADN metiltransferasa y tricostatina A (TSA), un inhibidor de la histona deacetilasa [205] . Estos datos sugieren que EHsp100 expresin puede ser regulada, adems del nivel de iniciacin de la transcripcin, por un mecanismo epigentico. Lavi et al. [207] Identificado una protena nuclear de 32 kDa (EhMLBP) que se une a la forma metilada de un segmento de ADN que codifica una transcriptasa inversa de un autnomo no repeticin terminal larga retrotransposn (RT LINE). Anlisis de mapeo de borrado localiza la regin de unin a ADN en la parte C-terminal de la protena. Esta regin es suficiente para asegurar la unin a metilado LNEA RT con alta afinidad [207]. Por una tcnica basada en la afinidad usando el C-terminal de EhMLBP como ligando se aislaron secuencias de ADN que contienen un motivo de consenso de 29 nucletidos que incluye un tramo de diez adeninas [208]. Anlisis de retardo en gel mostr que EhMLBP se une al motivo de consenso con una preferencia por su forma metilada [208]. Estos resultados sugieren que EhMLBP puede servir como un sensor de ADN metilado. Silenciamiento transcripcional del gen que codifica para la amoebapore un (Ehap-a) se produjo despus de la transfeccin de los trofozotos con un plsmido que contiene la regin promotora 5 'de Ehap de un, as como un segmento truncado de una, SINE1 elemento aguas arriba vecino que se transcribe de la vertiente opuesta [209]. Se detectaron pequeas cantidades de corta duracin (aproximadamente 140 nt) molculas de ssRNA con homologa con SINE1 en la ameba silenciada pero no siRNA. Ensayos de chip utilizando un anticuerpo contra K4 metilada de la histona H3 mostraron una desmetilacin de K4 en el dominio de la Ehap de un gen, lo que indica la inactivacin transcripcional . Las transfecciones trofozotos de E. histolytica que ya haba un silenciados Ehap de una, con un plsmido que contiene un segundo gen se lig a la regin 5 'aguas arriba de Ehap de una, permitieron al silenciamiento, en trans, de otros genes de eleccin. El fenotipo no virulenta de la ameba-gen silenciado se demostr en varios ensayos y los resultados sugieren que pueden tener un uso potencial para la vacunacinvaccination. .

5. Regulacin en la Expression de Trichomonas vaginalis

Trichomonosis es una infeccin de transmisin sexual humana comn, pero pasado por alto causada por Trichomonas vaginalis, un protista flagelado que reside en el tracto urogenital de ambos sexos y puede causar vaginitis en mujeres y uretritis y prostatitis en los hombres. El impacto de este parsito en las mujeres no slo se limita a la vaginitis, pero es tambin un factor importante en la promocin de la transmisin del VIH, en la causa de bajo peso y de parto prematuro y en la predisposicin de las mujeres a la enfermedad atpica pelvis inflamatoria, cncer de cuello uterino y la infertilidad. T. vaginalis causa un estimado de 174 millones de infecciones de transmisin sexual cada ao en todo el mundo Entre las mujeres, se estima que la prevalencia oftrichomonosis tener un rango de 3% y el 48%. Sin embargo, la infeccin por T. vaginalis rara vez se diagnostica en los hombres, principalmente debido a la prueba de diagnstico insensible [217]. 5.1. Genoma. El genoma estimado de T. vaginalis es de 160 Mb y alrededor de dos tercios del genoma contiene varias repeticiones y elementos transponibles [218]. Se predijo un conjunto bsico de aproximadamente 60.000 genes codificadores de protenas, que se estructura en seis cromosomas [218, 219]. El anlisis de las distribuciones de edad de familias de genes con cinco o menos miembros indican que el genoma se someti a un perodo de aumento de la duplicacin, y posiblemente uno o ms eventos de duplicacin del genoma a gran escala [218]. Aunque T. vaginalis tiene una inusual gran repertorio de genes, slo ~ 65 de ellos parecen tener un intrn [218, 220]. Las posiciones de estos intrones se conservan a menudo en los genes ortlogos, lo que indica que estaban presentes en unaa

4.7. Regulacin Post-Transcriptional. En E. histolytica, la regin 5 'no traducida (5' UTR) de los mRNAs son tpicamente cortos en longitud (de 5 a 20 nucletidos) [165]. Slo unos pocos mRNAs con prolongado 5 'UTR se han reportado: Ehmcm3 (126bp), Ehpak (265 pb), EhTBP (420 pb) y Ehcp112 (280pb) [174, 190, 212]. Anlisis computacional de la 3 'UTR de una gran coleccin de secuencias EST y genmico de E. histolytica revel la presencia de elementos conservados como un dominio rico en AUdomain

14 ancestro comn de tricomonas, levaduras y metazoos. Los intrones que se han identificado en T. vaginalis son uniformemente corto y caracterizado por una secuencia conservada 12-nt (5'-ACTAACACACAG-3 ') en el extremo 3' el sitio de empalme que incluye el punto de ramificacin (subrayado) [220]. Recientemente se han identificado los cinco T. vaginalis spliceosomal ARNsn U1, U2, U4, U5 y U6 ARNsn [221]. Aproximadamente 250 unidades de rDNA se identificaron a uno de los seis cromosomas de T. vaginalis chromosomes [218]. 5.2. Transcriptoma. Con el fin de identificar los genes que estn regulados durante la interaccin con las clulas diana, una biblioteca de sustraccin de ADNc enriquecido para los genes expresados diferencialmente a partir de los parsitos que estaban en contacto con las clulas epiteliales vaginales se obtuvo [222]. Esta estrategia demostr que los genes que codifican para las adhesinas AP65 y AP33, un-actinina, enolasa, un supuesto gen de la PDI, un fosfoglucomutasa, y una protena de unin a GTP conservada (GTP-BP) fueron reguladas en los parsitos que estaban en contacto con los las clulas diana [222]. Los genes implicados en la transcripcin y la traduccin de protenas, adems de seis genes con funciones desconocidas tambin se upregulated [222]. Los anlisis filogenticos basados en el rRNA y de clase II fumerase secuencias de genes han demostrado que las especies de Trichomonas forman un clado estrechamente relacionados, incluyendo aislados de T. gallinae, T. tenax, y T. vaginalis [223]. Para identificar los genes expresados de manera exclusiva y de T. vaginalis que pueden representar los determinantes que contribuyen a la virulencia y patognesis urogenital, los genes expresados diferencialmente en T. vaginalis con respecto a T. tenax, generalmente considerado como un comensal inocuo de la cavidad oral humana, se identificaron por: (i) la proyeccin de tres resta bibliotecas de ADNc independientes enriquecido para los genes de T. vaginalis, y (ii) el cribado de una biblioteca de expresin de ADNc vaginalis T. con sueros de pacientes que fueron primero pre-adsorbido con un extracto de T. tenax antgenos [224]. Digno de mencin, se encontraron clones identificados por ambos procedimientos a ser de hasta reguladas en la expresin en T. vaginalis al entrar en contacto con las clulas epiteliales vaginales [222], lo que sugiere un papel para estos productos gnicos en la colonizacin de acogida. Semicuantitativa anlisis de RT-PCR de los clones seleccionados mostr que los genes no eran nicas a T. vaginalis y que estos genes tambin estaban presentes en T. tenax, aunque a niveles muy bajos de expresin [224]. De las transcripciones cuya abundancia relativa se encontr a variar de manera significativa, la protena AP65, GAPDH, e hipottico 2 son secretadas o liberada durante el crecimiento de T. vaginalis [225]. Estos resultados sugieren que T. vaginalis y T. tenax tener notable identidad gentica y que T. vaginalis tiene niveles ms altos de expresin gnica en comparacin con la de T. tenax. Los datos sugieren que pueden T. tenax podra ser una variante de T. vaginalis [224]. 5.3. Transcripcin General. La mayora de los estudios sobre la expresin gnica en T. vaginalis se han centrado en la regin promotora de genes codificadores de protenas. Los genes codificantes de protenas en T. vaginalis se transcriben por una polimerasa II de ARN resistente a un-amanitina [226]. Un elemento TATA metazoos-como parece estar ausente en promotores tricomonas [227]. Sin embargo, una secuencia de iniciador (Inr) ha sido identificado como el elemento promotor de ncleo nico conocidoment

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en este organismo. Este elemento es arquitectnicamente y funcionalmente equivalente a su homlogo metazoos [227, 228]. Adems, se encontr el elemento promotor de Inr en -75% de las secuencias 5 'regin no traducida (UTR) de los genes codificantes de protenas, apoyando su papel central en la expresin gnica [218]. El hallazgo de la secuencia de Inr en esta temprana eucariota ramificado indican firmemente que este elemento promotor evolucion temprano en la evolucin eucariota, y es probable que la maquinaria de transcripcin tricomonas es altamente optimizado para la funcin de Inr.

5.4. Elementos reguladores Cis y Factores de Transcription. El elemento Inr se encuentra dentro de los 20 nucletidos aguas arriba del codn de inicio y puede estar tan cerca como 6 nucletidos. Este motivo, con la secuencia de consenso TCA 1 Py (T / A), rodea el sitio de inicio de la transcripcin de todos los genes estudiados [228]. Una protena de unin a Inr, un nuevo polipptido 39kDa (IBP39), a partir de T. vaginalis se aisl mediante cromatografa de afinidad de ADN [229]. IBP39 no muestra similitud de secuencia con ninguna protena conocida y se compone de dos dominios que estn conectados por un enlazador sensible proteolticamente; el dominio N-terminal que es responsable de Inr unin (EII) y el dominio C-terminal, que se une la ARN pol II subunidad grande dominio C-terminal (CTD) [230, 231]. La bsqueda de secuencias similares a la EII revel una familia de al menos 100 protenas en T. vaginalis que contienen un motivo de EII con la arquitectura comparable a IBP39, lo que sugiere que la EII define un dominio de unin al ADN especfico del linaje que es utilizado por los factores de transcripcin especficos en este organismo [196]. Secuencia de divergencia en la hlice de reconocimiento, as como el Nterminal de bucle de carga positiva a travs de la familia de IBD sugieren que diferentes versiones del dominio tienen potencialmente especializado para ponerse en contacto con una serie de sitios objetivo, que no sea Inr [196]. En T. vaginalis , hierro es un nutriente esencial para el crecimiento, metabolismo y como factor determinante en modular la expresin de mltiples fenotipos de virulencia, como la citoadherencia, la variacin fenotpica y la resistencia a la lisis [232-235]. Sin embargo, la concentracin de hierro en la vagina humana est cambiando constantemente a lo largo del ciclo menstrual. Por lo tanto, T. vaginalis puede responder a diferentes suministro de hierro por medio de mecanismos de expresin diferencial de genes con el fin de sobrevivir, crecer y colonizar el medio ambiente hostil vaginal. Los estudios sobre el papel del hierro en la expresin del gen AP65-1, que codifica una enzima mlica 65 kDa que est implicada en la citoadherencia, demostraron que este elemento juega un papel crucial en la transcripcin. La transcripcin de AP65-1 est regulada crticamente por la coordinacin de las dos regiones similares pero opuestos orientados de ADN reguladoras, MRE-1/MRE-2r y ERM-2f, ambos de los cuales son sitios de unin para mltiples protenas Myb-como [236]. Protena Myb1 exhibi variaciones en la concentracin nuclear con los cambios en el suministro de hierro [237]. La sobreexpresin de Myb1 en T. vaginalis dio lugar a la represin o activacin de AP65-1 transcripcin en clulas de hierro agotado en una etapa temprana y una etapa tarda de crecimiento de las clulas, respectivamente, mientras que el hierro inducible AP65-1 de transcripcin fue reprimida constitutivamente. Se encontr protena Myb1 para ocupar constantemente el cromosmica AP65-1 promotor en una

Diario de Biomedicina y Biotecnologa sitio proximal, sino que tambin selecciona dos sitios ms distales slo en la fase de crecimiento tardo [237]. Lou et al. [238] defini recientemente el dominio de unin al ADN mnima de Myb1, que consiste en la secuencia de Lys35 a Ser141 (tvMyb 35141). Otra protena Myb (Myb2) se une preferentemente a MRE2f que a MRE-2r [239]. La presencia de hierro caus la represin del gen myb2, y la activacin temporal / desactivacin de Myb2 entrada promotor, que tambin fue activado por el agotamiento de hierro prolongada [239]. La sobre expresin de Myb2 en T. vaginalis durante las condiciones de hierro agotado facilit la transcripcin basal y el crecimiento relacionado con AP65-1 a nivel similar a la observada en las clulas repletas de hierro, mientras que el hierro inducible AP65-1 de transcripcin fue abolida con desmontables de Myb2 [239]. Adems, otra protena nuclear de hierro-inducible (Myb3) que se une slo a la ERM-1 elemento se identific recientemente [240]. Los cambios en el suministro de hierro como resultado entradas temporales y suplentes Myb2 y Myb3 en el AP65-1 promotor [240]. La sobre expresin de Myb3 activa el basal y hierro-inducible AP65-1 de transcripcin, y de acuerdo, la inhibicin de la Myb3 resultados de la expresin en una disminucin de AP65-1 de transcripcin [240]. En trofozotos sobreexpresan Myb3, se ha detectado un aumento de la entrada promotor de esta protena con la consecuente disminucin en Myb2 entrada promotor de las aguas, mientras que Myb3 entrada promotor se inhibi en todas las condiciones de prueba en las clulas que sobreexpresan Myb2. Por el contrario, las entradas del promotor concomitantes por Myb2 y Myb3 disminuidos en clulas que sobreexpresan Myb1, excepto que Myb3 entrada promotor se vio ligeramente afectada a la deplecin de hierro prolongada [240]. Todos estos resultados sugieren que Myb2 y Myb3 puede coactivate basal y hierroinducible AP65-1 transcripcin contra Myb1 a travs de las entradas de promotor condicional y competitivo. La existencia de un gran nmero de genes de histonas de ncleo en el genoma de T. vaginalis se utiliz para la identificacin de elementos de nucletidos comunes que pueden estar implicados en su transcripcin. La bsqueda de ms representados elementos de la secuencia de nucletidos en la secuencia 5 'aguas arriba de T. vaginalis ncleo genes de histonas puesto de manifiesto que estas regiones tienen ms de tres motivos representados caracterizados con una cadena de nucletidos conservados: motivo I (TCAYWAKTT), Motivo II (TTTTGGCGSS), and Motivo III (TGHCAWWWWRRRYY) [241]. Cuatro T. vaginalis histonas bsico familias de genes (H2A, H2B, H3 y H4) tienen una arquitectura motivo comparables independientemente de si estn o no estn organizados como pares de genes [241]. La longitud de 9 pb con motivos I es 3-7 pb aguas arriba del codn de iniciacin ATG y un pb de longitud 5 sub-motivo (TCAYW) es muy similar a la INR (TC 1 PAA) [241]. Motivo II predominantemente localiza en las regiones de -20 a -40 pb y 15 pb aguas arriba est a punto de motivos I. Motivo III est situado en -40 a -80 aguas arriba. En particular, la direccin del motivo III en relacin con la transcripcin de genes en H2A/H2B es opuesta a aquella en H3/H4, lo que indica que el motivo III puede funcionar de una manera independiente de la direccin [241]. Estos motivos son aparentemente enriquecidos en la regin del promotor de varios genes de T. vaginalis y las posiciones de los motivos II y III con motivos relacionados con la traduccin codn de inicio son similares con que en las regiones promotoras de los genes de histonas de ncleo, lo que sugiere que los motivos identificados son biolgicamente elementos reguladores de la transcripcin significativas [241].

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5.5. Chromatin Structure. T. vaginalis genoma contiene un gran nmero de genes de histonas, y la mayora de ellos organizar como pares de genes en una cabeza-a-cabeza manera [241, 242]. Cuenta con un total de 74 histonas funcionales, incluyendo 11 H2A/H2B pares de genes, 6 solitaria H2A, H2B 3 solitaria, H3/H4 19 pares de genes, 2 solitaria H3 y H4 solitario 3 [241]. La comparacin de las secuencias de aminocidos de la T. vaginalis las histonas H3 y H4 con secuencias procedentes de otros organismos revel una divergencia significativa no slo de las secuencias en los organismos multicelulares, sino tambin de las secuencias en otros protistas [242]. Genoma de T. vaginalis tiene tambin una expansin de genes codifican tanto, sombreros y histonas HDAC [196], pero su papel en la expresin de genes en el parsito permanece desconocido. 5.6. Regulacin Post-Transcriptional. Los elementos promotores que responden al hierro que controlan la iniciacin de la transcripcin de AP-65-1 no se han encontrado hasta ahora en otros genes que codifican protenas reguladas por hierro, lo que sugiere que los mecanismos de regulacin mediada por hierro a nivel post-transcripcional puede existir en T. vaginalis. En eucariotas superiores, el sistema IRE / IRP es un mecanismo post-transcripcional de la regulacin del hierro sobre la base de la unin de protenas reguladoras de hierro (IRP citoplsmicos) a los elementos de respuesta al hierro (IRE) situadas en las regiones no traducidas de los ARNm de algunos regulada por hierro protenas. En condiciones de poca hierro IRP se unen a IREs bloquean la traduccin de ARNm que contienen IREs en sus extremos 5 'o el aumento de la estabilidad de los ARNm que tiene IREs en sus extremos 3' [243]. TvCP4 es una cistena proteasa de T. vaginalis, que se encontr cantidad aumento de 3 veces en rica en hierro que en hierro agotado parsitos. Sin embargo, la transcripcin Tvcp4 se expresa a nivel similar en ambas condiciones, lo que sugiere que la expresin regulada por hierro de TvCP4 se lleva a cabo en una etapa postranscripcional [244]. La bsqueda de estructuras IRE en el ARNm de Tvcp4 revel que la primera corriente abajo Ofthe forma codn de inicio 23-nt un tallo-bucle estructura estable IRElike. El IRP-1 recombinante humana de une especficamente a la estructura IRE-como del ARNm Tvcp4, y extractos citoplasmticos de T. vaginalis formar complejos de ARNprotena con la secuencia IRE del ARNm de la ferritina humana [244], lo que sugiere que este parsito poseen un IRE / IRP sistema que controlan la expresin de algunas protenas reguladas por hierro.

6. Concluciones finales
El desarrollo de un organismo depende del control finamente afinado y preciso de la expresin gnica. Estudios recientes han identificado diversos procesos biolgicos implicados en la regulacin de la expresin gnica en los parsitos protozoos. Estos procesos requieren varios componentes, tales como elementos reguladores cis, factores de transcripcin, cofactores de transcripcin, protenas de modificacin de la cromatina, y las protenas implicadas en la regulacin post-transcripcional. La lista de estos componentes va a seguir creciendo, ya que los estudios futuros identifiquen ejemplos de comunicaciones directas entre protenas reguladoras, y revelar cmo se regulan las redes de genes

16 coordinadamente a travs de estas interacciones. Otros anlisis de estos mecanismos de regulacin de los parsitos protozoos deben seguir proporcionando informacin de aplicacin general de sus funciones conservadas en vivo y nuevos conocimientos sobre los procesos biolgicos especficos en los que estn involucrados. Adems, las secuencias genmicas ensamblados ya estn disponibles para los diferentes parsitos, inclusive por algn husped y los vectores que forman parte de su ciclo de vida. Estas asambleas son una herramienta poderosa para el anlisis comparativo de las redes de regulacin gnica. Como siempre, los nuevos conocimientos plantea nuevas preguntas. Pero estas preguntas esperan su resolucin ordenada.

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[15] R. M. R. Coulson, N. Hall, and C. A. Ouzounis, Com parative genomics of transcriptional control in the human malaria parasite Plasmodium falciparum, Genome Research , vol. 14, no. 8, pp. 1548-1554, 2004. [16] B. Balu, P. L. Blair, and J. H. Adams, Identification of the transcription initiation site reveals a novel transcript structure for Plasmodium falciparum maebl, Experimental Parasitology, vol. 121, no. 1, pp. 110-114, 2009. [17] I. Callebaut, K. Prat, E. Meurice, J.-P. Mornon, and S. Tomavo, Prediction of the general transcription factors associated with RNA polymerase II in Plasmodium falciparum: conserved features and differences relative to other eukaryotes, BMC Genomics , vol. 6, article 100, 2005. [18] M. B. McAndrew, M. Read, P. F. G. Sims, and J. E. Hyde, Characterization of the gene encoding an unusually divergent TATA-binding protein (TBP) from the extremely A+T-rich human malaria parasite Plasmodium falciparum, Gene, vol. 124, no. 2, pp. 165-171, 1993. [19] O. K. Ruvalcaba-Salazar, M. del Carmen Ramirez-Estudillo, D. Montiel-Condado, F. Recillas-Targa, M. Vargas, and R. Hernandez-Rivas, Recombinant and native Plasmodium falciparum TATA-binding-protein binds to a specific TATA box element in promoter regions, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 140, no. 2, pp. 183-196, 2005. [20] J. Watanabe, M. Sasaki, Y. Suzuki, and S. Sugano, Analysis of transcriptomes of human malaria parasite Plasmodium falciparum using full-length enriched library: identification of novel genes and diverse transcription start sites of messe nger RNAs, Gene, vol. 291, no. 1-2, pp. 105-113, 2002. [21] A. M. Gopalakrishnan, L. A. Nyindodo, M. Ross Fergus, and C. Lopez-Estrano, Plasmodium falciparum: preinitiation complex occupancy of active and inactive promoters during erythrocytic stage, Experimental Parasitology, vol. 121, no. 1, pp. 46-54, 2009. [22] K. J. Dechering, A. M. Kaan, W. Mbacham, et al., Isolation and functional characterization of two distinct sexual-stage- specific promoters of the human malaria parasite Plasmodium falciparum Molecular and Cellular Biology, vol. 19, no. 2, pp. 967-978, 1999. [23] A. Myrick, A. Munasinghe, S. Patankar, and D. F. Wirth, Mapping of the Plasmodium falciparum multidrug resistance gene 5'-upstream region, and evidence of induction of transcript levels by antimalarial drugs in chloroquine sensitive parasites, Molecular Microbiology, vol. 49, no. 3, pp. 671-683, 2003. [24] M. E. Wickham, J. K. Thompson, and A. F. Cowman, Characterisation of the merozoite surface protein -2 promoter using stable and transient transfection in Plasmodium falciparum, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 129, no. 2, pp. 147156, 2003. [25] K. Komaki-Yasuda, M. Okuwaki, S. Kano, K. Nagata, and S.-I. Kawazu, 5' sequence - and chromatin modification- dependent gene expression in Plasmodium falciparum erythrocytic stage, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 162, no. 1, pp. 40-51, 2008. [26] S. Sunil, V. S. Chauhan, and P. Malhotra, Distinct and stage specific nuclear factors regulate the expression of falcipains, Plasmodium falciparum cysteine proteases, BMC Molecular Biology, vol. 9, article 47, 2008. [27] M. Yuda, S. Iwanaga, S. Shigenobu, et al., Identification of a transcription factor in the mosquito-invasive stage ofmalaria parasites, Molecular Microbiology , vol. 71, no. 6, pp. 14021414, 2009.

Agradecimientos
Este trabajo fue apoyado por el CONACYT (Mxico), ICyTDF (Mxico) y SIP-IPN 20090315 (Mxico).

Referencias
[1] T. Kouzarides, Chromatin modifications and their function, Cell, vol. 128, no. 4, pp. 693-705, 2007. [2] S. T. Smale and J. T. Kadonaga, The RNA polymerase II core promoter, Annual Review of Biochemistry, vol. 72, pp. 449479, 2003. [3] Y. Hirose and J. L. Manley, RNA polymerase II and the integration of nuclear events, Genes and Development, vol. 14, no. 12, pp. 1415-1429, 2000. [4] J. Sachs and P. Malaney, The economic and social burden of malaria, Nature, vol. 415, no. 6872, pp. 680-685, 2002. [5] J. M. Carlton, S. V. Angiuoli, B. B. Suh, et al., Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii , Nature, vol. 419, no. 6906, pp. 512-519, 2002. [6] M. J. Gardner, N. Hall, E. Fung, et al., Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum Nature, vol. 419, no. 6906, pp. 498-511, 2002. [7] J. M. Carlton, J. H. Adams, J. C. Si lva, et al., Comparative genomics of the neglected human malaria parasite Plasmodium vivax, Nature, vol. 455, no. 7214, pp. 757-763, 2008. [8] A. Pain, U. Bohme, A. E. Berry, et al., The genome of the simian and human malaria parasite Plasmodium knowlesi, Nature, vol. 455, no. 7214, pp. 799-803, 2008. [9] E. A. Winzeler, Malaria research in the post -genomic era, Nature, vol. 455, no. 7214, pp. 751-756, 2008. [10] Z. Bozdech, M. Llinas, B. L. Pulliam, E. D. Wong, J. Zhu, and J. L. DeRisi, The transcriptome of the intraerythrocytic developmental cycle of Plasmodium falciparum, PLoS Biology, vol. 1, no. 1, article e5, 2003. [11] K. G. Le Roch, Y. Zhou, P. L. Blair, et al., Discovery of gene function by expression profiling of the malaria parasite life cycle, Science, vol. 301, no. 5639, pp. 1503-1508, 2003. [12] N. Hall, M. Karras, J. D. Raine, et al., A comprehensive sur vey of the Plasmodium life cycle by genomic, transcriptomic, and proteomic analyses, Science, vol. 307, no. 5706, pp. 8286, 2005. [13] K. G. Le Roch, J. R. Johnson, L. Florens, et al., Global anal ysis of transcript and protein levels across the Plasmodium falciparum life cycle, Genome Research, vol. 14, no. 11, pp. 2308-2318, 2004. [14] L. Aravind, L. M. Iyer, T. E. Wellems, and L. H. Miller, Plasmodium biology: genomic gleanings, Cell, vol. 115, no. 7, pp. 771-785, 2003.

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

17
gene expression in Plasmodium falciparum, Eukaryotic Cell, vol. 6, no. 7, pp. 1219-1227, 2007. L. Cui, J. Miao, and L. Cui, Cytotoxic effec t of curcumin on malaria parasite Plasmodium falciparum: inhibition of his- tone acetylation and generation of reactive oxygen species, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, vol. 51, no. 2, pp. 488-494, 2007. L. Cui, J. Miao, T. Furuya, et al., Histone acetyltransferase inhibitor anacardic acid causes changes in global gene expression during in vitro Plasmodium falciparum development, Eukaryotic Cell, vol. 7, no. 7, pp. 1200-1210, 2008. J.-J. Lopez-Rubio, L. Mancio-Silva, and A. Scherf, Genome - wide analysis of heterochromatin associates clonally variant gene regulation with perinuclear repressive centers in malaria parasites, Cell Host and Microbe, vol. 5, no. 2, pp. 179-190, 2009. L. H. Freitas Jr., R. Hernandez-Rivas, S. A. Ralph, et al., Telomeric heterochromatin propagation and histone acetylation control mutually exclusive expression of antigenic variation genes in malaria parasites, Cell, vol. 121, no. 1, pp. 25-36, 2005. T. S. Voss, C. J. Tonkin, A. J. Marty, et al., Alterations in local chromatin environment are involved in silencing and activation of subtelomeric var genes in Plasmodium falciparum, Molecular Microbiology, vol. 66, no. 1, pp. 139 150, 2007. K. Perez-Toledo, A. P. Rojas-Meza, L. Mancio-Silva, et al., Plasmodium falciparum heterochromatin protein 1 binds to trimethylated histone 3 lysine 9 and is linked to mutually exclusive expression of var genes, Nucleic Acids Research, vol. 37, no. 8, pp. 2596-2606, 2009. A. Scherf, R. Hernandez-Rivas, P. Buffet, et al., Antigenic variation in malaria: in situ switching, relaxed and mutually exclusive transcription of var genes during intra-erythrocytic development in Plasmodium falciparum TheEMBO Journal, vol. 17, no. 18, pp. 5418-5426, 1998. M. T. Duraisingh, T. S. Voss, A. J. Marty, et al., Heterochro matin silencing and locus repositioning linked to regulation ofvirulence genes in Plasmodium falciparum Cell, vol. 121, no. 1,pp. 13-24, 2005. S. A. Ralph, C. Scheidig-Benatar, and A. Scherf, Antigenic variation in Plasmodium falciparum is associated with movement of var loci between subnuclear locations, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 102, no. 15, pp. 5414-5419, 2005. T. S. Voss, J. Healer, A. J. Marty, et al., A var gene promoter controls allelic exclusion of virulence genes in Plasmodium falciparum malaria, Nature, vol. 439, no. 7079, pp. 10041008,2006. R. Dzikowski, F. Li, B. Amulic, et al., Mechanisms underlying mutually exclusive expression of virulence genes by malaria parasites, EMBO Reports, vol. 8, no. 10, pp. 959-965, 2007. J. J. Lopez-Rubio, A. M. Gontijo, M. C. Nunes, N. Issar, R. Hernandez Rivas, and A. Scherf, 5' flanking region of var genes nucleate histone modification patterns linked to phenotypic inheritance of virulence traits in malaria parasites, Molecular Microbiology, vol. 66, no. 6, pp. 1296 1305, 2007. R. Dzikowski and K. W. Deitsch, Active transcription is required for maintenance of epigenetic memory in the malaria parasite Plasmodium falciparum Journal of Molec ular Biology, vol. 382, no. 2, pp. 288-297, 2008.

[28] K. T. Militello, M. Dodge, L. Bethke, and D. F. Wirth, Identification of regulatory elements in the Plasmodium falciparum genome, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 134, no. 1, pp. 75-88, 2004. [29] V. van Noort and M. A. Huynen, Combinatorial gene regulation in Plasmodium falciparum, Trends in Genetics , vol. 22, no. 2, pp. 7378, 2006. [30] J. Wu, D. H. Sieglaff, J. Gervin, and X. S. Xie, Discovering regulatory motifs in the Plasmodium genome using comparative genomics, Bioinformatics, vol. 24, no. 17, pp. 1843-1849, 2008. [31] J. A. Young, Q. L. Fivelman, P. L. Blair, et al., The Plasmodium falciparum sexual development transcriptome: a microarray analysis using ontology-based pattern identification, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 143, no. 1,pp. 67-79, 2005. [32] J. A. Young, J. R. Johnson, C. Benner, et al., In silico dis covery of transcription regulatory elements in Plasmodium falciparum, BMC Genomics, vol. 9, article 70, 2008. [33] P. Iengar and N. V. Joshi, Identification of putative reg ulatory motifs in the upstream regions of co-expressed functional groups of genes in Plasmodium falciparum BMC Genomics, vol. 10, article 18, 2009. [34] S. Balaji, M. M. Babu, L. M. Iyer, and L. Aravind, Discovery of the principal specific transcription factors of Apicomplexa and their implication for the evolution of the AP2-integrase DNA binding domains, Nucleic Acids Research , vol. 33, no. 13, pp. 3994-4006, 2005. [35] E. K. De Silva, A. R. Gehrke, K. Olszewski, et al., Specific DNA binding by Apicomplexan AP2 transcription factors, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States ofAmerica , vol. 105, no. 24, pp. 8393-8398, 2008. [36] M. Gissot, S. Briquet, P. Refour, C. Boschet, and C. Vaquero, PfMyb1, a Plasmodium falciparum transcription factor, is required for intra-erythrocytic growth and controls key genes for cell cycle regulation, Journal of Molecular Biology, vol. 346, no. 1,pp. 29-42, 2005. [37] S. Briquet, C. Boschet, M. Gissot, et al., High -mobility- group box nuclear factors of Plasmodium falciparum, Eukaryotic Cell, vol. 5, no. 4, pp. 672-682, 2006. [38] M. Gissot, L.-M. Ting, T. M. Daly, L. W. Bergman, P. Sinnis, and K. Kim, High mobility group protein HMGB2 is a critical regulator of Plasmodium oocyst development, Journal of Biological Chemistry, vol. 283, no. 25, pp. 1703017038, 2008. [39] C. Cary, D. Lamont, J. P. Dalton, and C. Doerig, Plasmodium falciparum chromatin: nucleosomal organisation and histone-like proteins, Parasitology Research, vol. 80, no. 3, pp. 255-258, 1994. [40] J. Miao, Q. Fan, L. Cui, J. Li, J. Li, and L. Cui, The malaria parasite Plasmodium falciparum histones: organization, expression, and acetylation, Gene, vol. 369, no. 1-2, pp. 53-65, 2006. [41] M. B. Joshi, D. T. Lin, P. H. Chiang, et al., Molecular cloning and nuclear localization of a histone deacetylase homologue in Plasmodium falciparum Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 99, no. 1, pp. 11-19, 1999. [42] Q. Fan, L. An, and L. Cui, Plasmodium falciparum histone acetyltransferase, a yeast GCN5 homologue involved in chromatin remodeling, Eukaryotic Cell, vol. 3, no. 2, pp. 264-276, 2004. [43] L. Cui, J. Miao, T. Furuya, X. Li, X.-Z. Su, and L. Cui, PfGCN5 mediated histone H3 acetylation plays a key role in

[44]

[45]

[46]

[47]

[48]

[49]

[50]

[51]

[52]

[53]

[54]

[55]

[56]

18
[57] A. Cortes, C. Carret, O. Kaneko, B. Y. Yim Lim, A. Ivens, and A. A. Holder, Epigenetic silencing of Plasmodium falciparum genes linked to erythrocyte invasion, PLoS Pathogens, vol. 3, no. 8, article e107, 2007. [58] L. Cui, Q. Fan, and J. Li, The malaria p arasite Plasmodium falciparum encodes members of the Puf RNA-binding protein family with conserved RNA binding activity, Nucleic Acids Research, vol. 30, no. 21, pp. 4607-4617, 2002. [59] Q. Fan, J. Li, M. Kariuki, and L. Cui, Characterization of PfPuf2, member of the Puf family RNA-binding proteins from the malaria parasite Plasmodium falciparum DNA and Cell Biology, vol. 23, no. 11, pp. 753-760, 2004. [60] S. M. Khan, B. Franke-Fayard, G. R. Mair, et al., Proteome analysis of separated male and female gametocytes reveals novel sex-specific Plasmodium biology, Cell, vol. 121, no. 5, pp. 675-687, 2005. [61] G. R. Mair, J. A. M. Braks, L. S. Garver, et al., Regulation of sexual development of Plasmodium by translational repression, Science, vol. 313, no. 5787, pp. 667-669, 2006. [62] M. Loyevsky, F. Mompoint, E. Yikilmaz, et al., Expression of a recombinant IRP-like Plasmodium falciparum protein that specifically binds putative plasmodial IREs, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 126, no. 2, pp. 231-238, 2003. [63] B. Amulic, A. Salanti, T. Lavstsen, M. A. Nielsen, and K. W. Deitsch, An upstream open reading frame controls transla tion of var2csa, a gene implicated in placental malaria, PLoS Pathogens, vol. 5, no. 1, Article ID e1000256, 2009. [64] P. P. Simarro, J. Jannin, and P. Cattand, Eliminating human African trypanosomiasis: where do we stand and what comes next? PLoS Medicine, vol. 5, no. 2, article e55, 2008. [65] P. Cattand, J. Jannin, and P. Lucas, Sleeping sickness surveillance: an essential step towards elimination, Tropical Medicine and International Health, vol. 6, no. 5, pp. 348-361, 2001. [66] WHO, World Health Organization Special Programme for Research and Trining in Tropical Diseases , World Health Organization, Geneva, Switzerland, 2005. [67] WHO, Control of the leishmaniases: report of a WHO expert committee, Tech. Rep. 793, World Health Organiza tion, Geneva, Switzerland, 1990. [68] C. R. Davies, P. Kaye, S. L. Croft, and S. Sundar, Leishma niasis: new approaches to disease control, British Medical Journal, vol. 326, no. 7385, pp. 377-382, 2003. [69] WHO, Leishmaniasis, 2006, http://www.who.int/ leishmaniasis/burden/en/. [70] M. Berriman, E. Ghedin, C. Hertz-Fowler, et al., The genome of the African trypanosome Trypanosoma brucei, Science, vol. 309, no. 5733, pp. 416-422, 2005. [71] D. B. Weatherly, C. Boehlke, and R. L. Tarleton, Chro mosome level assembly of the hybrid Trypanosoma cruzi genome, BMC Genomics, vol. 10, article 255, 2009. [72] N. M. El-Sayed, P. J. Myler, D. C. Bartholomeu, et al., The genome sequence of Trypanosoma cruzi , etiologic agent of chagas disease, Science, vol. 309, no. 5733, pp. 409-415, 2005. [73] P. Wincker, C. Ravel, C. Blaineau, et al., The Leishmania genome comprises 36 chromosomes conserved across widely divergent human pathogenic species, Nucleic Acids Research, vol. 24, no. 9, pp. 1688-1694, 1996. [74] P. Bastien, C. Blaineau, C. Britto, et al., The complete chromosomal organization of the reference strain of the Leishmania genome project, L. major Friedlin, Parasitology Today, vol. 14, no. 8, pp. 301-303, 1998.

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

[75] C. Britto, C. Ravel, P. Bastien, et al., Conserved linkage groups associated with large-scale chromosomal rearrangements between Old World and New World Leishmania genomes, Gene, vol. 222, no. 1, pp. 107-117, 1998. [76] C. Ravel, P. Dubessay, C. Britto, C. Blaineau, P. Bastien, and M. Pages, High conservation of the fine -scale organisation of chromosome 5 between two pathogenic Leishmania species, Nucleic Acids Research , vol. 27, no. 12, pp. 24732477, 1999. [77] S. Diehl, F. Diehl, N. M. El-Sayed, C. Clayton, and J. D. Hoheisel, Analysis of stage -specific gene expression in the bloodstream and the procyclic form of Trypanosoma brucei using a genomic DNA-microarray, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 123, no. 2, pp. 115-123, 2002. [78] V. L. Koumando, S. K.A. Natesan, T. Sergeenko, and M. C. Field, The trypanosome transcriptome is remodelled during differentiation but displays limited responsiveness within life stages, BMC Genomics, vol. 9, article 298, 2008. [79] B.C. Jensen, D.Sivam,C.T. Kifer, P. J.Myler,andM. Parsons, Widespread variation in transcript abundance within and across developmental stages of Trypanosoma brucei , BMC Genomics , vol. 10, article 482, 2009. [80] C. S. Baptista, R. Z. N. Vencio, S. Abdala, et al., Differential transcription profiles in Trypanosoma cruzi associated with clinical forms of Chagas disease: maxicircle NADH dehydrogenase subunit 7 gene truncation in asymptomatic patient isolates, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 150, no. 2, pp. 236-248, 2006. [81] T. A. Minning, D. B. Weatherly, J. Atwood III, R. Orlando, and R. L. Tarleton, The steady-state transcriptome of the four major lifecycle stages of Trypanosoma cruzi BMC Genomics , vol. 10, article 370, 2009. [82] T. R. Holzer, W. R. McMaster, and J. D. Forney, Expression profiling by whole-genome interspecies microarray hybridization reveals differential gene expression in pro- cyclic promastigotes, lesion-derived amastigotes, and axenic amastigotes in Leishmania mexicana , Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 146, no. 2, pp. 198-218, 2006. [83] K. Leifso, G. Cohen-Freue, N. Dogra, A. Murray, and W. R. McMaster, Genomic and proteomic expression analysis of Leishmania promastigote and amastigote life stages: the Leishmania genome is constitutively expressed, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 152, no. 1, pp. 35-46, 2007. [84] G. Cohen-Freue, T. R. Holzer, J. D. Forney, and W. R. McMas- ter, Global gene expression in Leishmania , International Journal for Parasitology, vol. 37, no. 10, pp. 1077-1086, 2007. [85] G. Srividya, R. Duncan, P. Sharma, B. V. S. Raju, H. L. Nakhasi, and P. Salotra, Transcriptome analysis during the process of in vitro differentiation of Leishmania donovani using genomic microarrays, Parasitology, vol. 134, no. 11, pp. 1527-1539, 2007. [86] A. Rochette, F. Raymond, J.-M. Ubeda, et al., Genome -wide gene expression profiling analysis of Leishmania major and Leishmania infantum developmental stages reveals substantial differences between the two species, BMC Genomics , vol. 9, article 255, 2008. [87] D. P. Depledge, K. J. Evans, A. C. Ivens, et al., Comparative expression profiling of Leishmania : modulation in gene expression between species and in different host genetic backgrounds, PLoS Neglected Tropical Diseases , vol. 3, no. 7, article e476, 2009. [88] A. W. C. A. Cornelissen, S. Backes, R. Evers, E. J. M. Grondal, W. Jess, and J. Kock, Transcription analysis in Trypanosoma

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

brucei, Biochemical Society Transactions, vol. 18, no. 5, pp. 710714, 1990. R. Evers, A. Hammer, J. Kock, et al., Trypanosoma brucei contains two RNA polymerase II largest subunit genes with an altered Cterminal domain, Cell, vol. 56, no. 4, pp. 585597, 1989. J. L. Smith, J. R. Levin, C. J . Ingles, and N. Agabian, In trypanosomes the homolog of the largest subunit of RNA polymerase II is encoded by two genes and has a highly unusual C-terminal domain structure, Cell, vol. 56, no. 5, pp. 815-827, 1989. J. L. Smith, A. B. Chapman, and N. Agabian, Trypanosoma vivax : evidence for only one RNA polymerase II largest subunit gene in a trypanosome which undergoes antigenic variation, Experimental Parasitology, vol. 76, no. 3, pp. 242246, 1993. S. Devaux, L. Lecordier, P. Uzureau, et al., Cha racterization of RNA polymerase II subunits of Trypanosoma brucei, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 148, no. 1, pp. 60-68, 2006. A. Das, Q. Zhang, J. B. Palenchar, B. Chatterjee, G. A. M. Cross, and V. Bellofatto, Trypanosomal TBP functions with the multisubunit transcription factor tSNAP to direct spliced-leader RNA gene expression, Molecular and Cellular Biology, vol. 25, no. 16, pp. 7314-7322, 2005. B. Schimanski, T. N. Nguyen, and A. Gunzl, Characteriza tion of a multisubunit transcription factor complex essential for spliced-leader RNA gene transcription in Trypanosoma bruceiMolecular and Cellular Biology, vol. 25, no. 16, pp. 7303-7313, 2005. J.-P. Ruan, G. K. Arhin, E. Ullu, and C. Tschudi, Functional characterization of a Trypanosoma brucei TATA-binding proteinrelated factor points to a universal regulator of transcription in trypanosomes, Molecular and Cellular Biology, vol. 24, no. 21, pp. 9610-9618, 2004. S. Martinez-CalviHo, A. Saxena, A. Green, A. Leland, and P. J. Myler, Characterization of the RNA polymerase II and III complexes in Leishmania major International Journal for Parasitology, vol. 37, no. 5, pp. 491-502, 2007. P. J. Johnson, J. M. Kooter, and P. Borst, Inactivation of transcription by UV irradiation of T. brucei provides evidence for a multicistronic transcription unit including a VSG gene, Cell, vol. 51, no. 2, pp. 273-281, 1987. S. Martinez-Calvillo, S. Yan, D. Nguyen, M. Fox, K. Stuart, and P. J. Myler, Transcription of Leishmania major Friedlin chromosome 1 initiates in both directions within a single region, Molecular Cell, vol. 11, no. 5, pp. 1291-1299, 2003. N. Agabian, Trans splicing of nuclear pre -mRNAs, Cell, vol. 61, no. 7, pp. 1157-1160, 1990. K. Stuart, T. E. Allen, S. Heidmann, and S. D. Seiwert, RNA editing in kinetoplastid protozoa, Microbiology and Molecular Biology Reviews, vol. 61, no. 1, pp. 105-120, 1997. M. Parsons, R. G. Nelson, K. P. Watkins, and N. Agabian, Trypanosome mRNAs share a common 5 ' spliced leader sequence, Cell, vol. 38, no. 1, pp. 309-316, 1984. K. S. Myung, J. K. Beetham, M. E. Wilson, and J. E. Donelson, Comparison of the post -transcriptional regulation of the mRNAs for the surface proteins PSA (GP46) and MSP (GP63) of Leishmania chagasi, Journal of Biological Chemistry, vol. 277, no. 19, pp. 16489-16497, 2002. G. Rudenko, H.-M. M. Chung, V. P. Pham, and L. H. T. Van der Ploeg, RNA polymerase I can mediate expression of CAT and neo protein-coding genes in Trypanosoma brucei , The EMBO Journal, vol. 10, no. 11, pp. 3387-3397, 1991.

19
[104] J. C. B. M. Zomerdijk, R. Kieft, and P. Borst, Efficient pro duction of functional mRNA mediated by RNA polymerase I in Trypanosoma brucei, Nature, vol. 353, no. 6346, pp. 772775, 1991. G. Rudenko, P. A. Blundell, A. Dirks-Mulder, R. Kieft, and P. Borst, A ribosomal DNA promoter replacing the promoter of a telomeric VSG gene expression site can be efficiently switched on and off in T. brucei, Cell, vol. 83, no. 4, pp. 547553, 1995. S. Yan, M. J. Lodes, M. Fox, P. J. Myler, and K. Stuart, Characterization of the Leishmania donovani ribosomal RNA promoter, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 103, no. 2, pp. 197-210, 1999. A. Gunzl, C. Tschudi, V. Nakaar, and E. Ullu, Accurate transcription of the Trypanosoma brucei U2 small nuclear RNA gene in a homologous extract, Journal of Biological Chemistry, vol. 270, no. 29, pp. 17287-17291, 1995. J. Swindle and A. Tait, Trypanosomatid Genetics, Oxford University Press, Oxford, UK, 1996. M. McAndrew, S. Graham, C. Hartmann, and C. Clayton, Testing promoter activity in the trypanosome genome: isolation of a metacyclic-type VSG promoter, and unexpected insights into RNA polymerase II transcription, Experimental Parasitology , vol. 90, no. 1, pp. 65-76, 1998. C. E. Clayton, J. P. Fueri, J. E. Itzhaki, et al., Transcription of the procyclic acidic repetitive protein genes of Trypanosoma brucei , Molecular and Cellular Biology, vol. 10, no. 6, pp. 3036-3047, 1990. K. Gottesdiener, H.-M. Chung, S. D. Brown, M. G.-S. Lee, and L. H. T. Van der Ploeg, Characterization of VSG gene expression site promoters and promoter- associated DNA rearrangement events, Molecular and Cellular Biology , vol. 11, no. 5, pp. 2467-2480, 1991. A. K. C. Wong, M. A. Curotto de Lafaille, and D. F. Wirth, Identification of a cis -acting gene regulatory element from the lemdr1 locus of Leishmania enriettii, Journal of Biological Chemistry, vol. 269, no. 42, pp. 26497-26502, 1994. D. Jefferies, P. Tebab i, and E. Pays, Transient activity assays of the Trypanosoma brucei variant surface glycoprotein gene promoter: control of gene expression at the posttranscrip- tional level, Molecular and Cellular Biology, vol. 11, no. 1, pp. 338-343, 1991. L. Janz and C. Clayton, The PARP and rRNA promoters of Trypanosoma brucei are composed of dissimilar sequence elements that are functionally interchangeable, Molecular and Cellular Biology, vol. 14, no. 9, pp. 5804-5811, 1994. S. D. Brown and L. H. T. Van der Ploeg, Single -stranded DNAprotein binding in the procyclic acidic repetitive protein (PARP) promoter of Trypanosoma brucei, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 65, no. 1, pp. 109-122, 1994. L. Vanhamme, A. Pays, P. Tebabi, S. Alexandre, and E. Pays, Specific binding of proteins to the noncoding strand of a crucial element of the variant surface glycoprotein, procyclin, and ribosomal promoters of Trypanosoma brucei , Molecular and Cellular Biology, vol. 15, no. 10, pp. 5598-5606, 1995. R. Agami, R. Aly, S. Halman, and M. Shapira, Functional analysis of cis-acting DNA elements required for expression of the SL RNA gene in the parasitic protozoan Leishmania amazonensis, Nucleic Acids Research, vol. 22, no. 11, pp. 1959-1965, 1994. R. M. Saito, M. G. Elgort, and D. A. Campbell, A conserved upstream element is essential for transcription of the Leish- mania tarentolae mini-exon gene, The EMBO Journal, vol. 13, no. 22, pp. 5460-5469, 1994.

[89]

[105]

[90]

[106]

[91]

[107]

[92]

[108] [109]

[93]

[94]

[110]

[95]

[111]

[96]

[112]

[97]

[113]

[98]

[114]

[99] [100]

[115]

[101]

[116]

[102]

[117]

[103]

[118]

20
[119] A. Glodring, M. Karchi, and S. Michaeli, The spliced leader RNA gene of Leptomonas collosoma, Experimental Parasitology, vol. 80, no. 2, pp. 333-338, 1995. A. Gunzl, E. Ullu, M. Dorner, et al., Transcription of the Trypanosoma brucei spliced leader RNA gene is dependent only on the presence of upstream regulatory elements, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 85, no. 1, pp. 6776, 1997. J. L. Huie, P. He, and V. Bellofatto, In vitro transcription of the Leptomonas seymouri SL RNA and U2 snRNA genes using homologous cell extracts, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 90, no. 1, pp. 183-192, 1997. M. C. Yu, N. R. Sturm, R. M. Saito, T. G. Roberts, and D. A. Campbell, Single nucleotide resolution of promoter activit y and protein binding for the Leishmania tarentolae spliced leader RNA gene, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 94, no. 2, pp. 265-281, 1998. R. Agami and M. Shapira, Nucleotide sequence of the spliced leader RNA gene from Leishmania mexicana amazo- nensis, Nucleic Acids Research, vol. 20, no. 7, p. 1804, 1992. M. C. Yu, T. C. Orlando, N. R. Sturm, et al., Two distinct functional spliced leader RNA gene arrays in Leishmania tarentolae are found in several lizard Leishmania species, International Journal for Parasitology, vol. 32, no. 11, pp. 1411-1422, 2002. A. Das and V. Bellofatto, RNA polymerase II -dependent transcription in trypanosomes is associated with a SNAP complexlike transcription factor, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 100, no. 1, pp. 80-85, 2003. S. Thomas, M. C. Yu, N. R. Sturm, and D. A. Campbell, A non universal transcription factor? The Leishmania tarentolae TATA box-binding protein LtTBP associates with a subset of promoters, International Journal for Parasitology, vol. 36, no. 10-11, pp. 12171226, 2006. S. Thomas, A. Green, N. R. Sturm, D. A. Campbell, and P. J. Myler, Histone acetylations mark origins of polycistronic transcription in Leishmania major BMC Gen omics, vol. 10, article 152, 2009. P. J. Myler, L. Audleman, T. Devos, et al., Leishmania major Friedlin chromosome 1 has an unusual distribution of protein-coding genes, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 96, no. 6, pp. 2902-2906, 1999. E. A. Worthey, S. Martinez-Calvillo, A. Schnaufer, et al., Leishmania major chromosome 3 contains two long convergent polycistronic gene clusters separated by a tRNA gene, Nucleic Acids Research, vol. 31, no. 14, pp. 4201-4210, 2003. S. Martinez-Calvillo, S. M. Sunkin, S.-F. Yan, M. Fox, K. Stuart, and P. J. Myler, Genomic organization and functional characterization ofthe Leishmania major Friedlin ribosomal RNA gene locus, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 116, no. 2, pp. 147-157, 2001. S. R. B. Uliana, W. Fischer, V. A. Stempliuk, and L. M. FloeterWinter, Structural and functional characterization of the Leishmania amazonensis ribosomal RNA promoter, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 76, no. 1-2, pp. 245-255, 1996. K. Ersfeld, S. E. Melville, and K. Gull, Nuclear and genome organization of Trypanosoma brucei , Parasitology Today, vol. 15, no. 2, pp. 58-63, 1999. S. I. Belli, Chromatin remodelling during the life cycle of trypanosomatids, International Journal for Parasitology , vol. 30, no. 6, pp. 679-687, 2000. [134]

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

D. Horn, Nuclear gene transcription and chromatin in Trypanosoma brucei, International Journal for Parasitology, vol. 31, no. 11, pp. 1157-1165, 2001. H. Hecker, B. Betschart, K. Bender, M. Burri, and W. Schlimme, The chromatin of trypanosomes, International Journal for Parasitology, vol. 24, no. 6, pp. 809-819, 1994. R. A. Hitchcock, S. Thomas, D. A. Campbell, and N. R. Sturm, The promoter and transcribed regions of the Leishmania tarentolae spliced leader RNA gene array are devoid ofnucleosomes, BMC Microbiology, vol. 7, article 44, 2007. C. J. Janzen, S. B. Hake, J. E. Lowell, and G. A. M. Cross, Selective di - or trimethylation of histone H3 lysine 76 by two DOT1 homologs is important for cell cycle regulation in Trypanosoma brucei, Molecular Cell, vol. 23, no. 4, pp. 497507, 2006. J. P. C. da Cunha, E. S. Nakayasu, M. C. Elias, et al., Trypanosoma cruzi histone H1 is phosphorylated in a typical cyclin dependent kinase site accordingly to the cell cycle, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 140, no. 1, pp. 75-86, 2005. D. Horn, Introducing histone modification in trypanosomes, Trends in Parasitology, vol. 23, no. 6, pp. 239-242, 2007. V. Mandava, J. P. Fernandez, H. Deng, C. J. Janzen, S. B. Hake, and G. A. M. Cross, Histone modifications in Trypanosoma brucei , Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 156, no. 1, pp. 41-50, 2007. T. Kawahara, T. N. Siegel, A. K. Ingram, S. Alsford, G. A. M. Cross, and D. Horn, Two essential MYST -family proteins display distinct roles in histone H4K10 acetylation and telomeric silencing in trypanosomes, Molecular Microbiology, vol. 69, no. 4, pp. 10541068, 2008. M. Berberof, L. Vanhamme, and E. Pays, Trypanosoma brucei : a preferential splicing at the inverted polyadenylation site of the VSG mRNA provides further evidence for coupling between trans-splicing and polyadenylation, Experimental Parasitology , vol. 80, no. 3, pp. 563-567, 1995. M. Berberof, L. Vanhamme, P. Tebabi, et al., The 3' -terminal region of the mRNAs for VSG and procyclin can confer stage specificity to gene expression in Trypanosoma brucei , The EMBO Journal, vol. 14, no. 12, pp. 2925-2934, 1995. D. Horn, Codon usage suggests that translational selection has a major impact on protein expression in trypanoso- matids, BMC Genomics, vol. 9, article 2, 2008. W.H.O., Amoebiasis, WHO Weekly Epidemiological Record, vol. 72, pp. 97-100, 1997. E. Orozco, F. de la Cruz Hernandez, and M. A. Rodriguez, Isolation and characterization of Entamoeba histolytica mutants resistant to emetine, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 15, no. 1, pp. 49-59, 1985. M. A. Rodriguez, M. A. Vargas, L. F. De Menezes, D. Lazard, and E. Orozco, Phenotypic variation in clones of Entamoeba histolytica , Acta Parasitologica Turcica, vol. 20, pp. 203-210, 1996. M. E. Orozco-Orozco, A. Martinez-Palomo, and G. Guarneros, Virulence and surface properties of various axenic strains of Entamoeba histolytica, Archivos de Investigation Medica, vol. 11, no. 1,pp. 153-157, 1980. R. Bracha and D. Mirelman, Virulence of Entamoeba histolytica trophozoites. Effects of bacteria, microaerobic conditions, and metronidazole, Journal of Experimental Medicine , vol. 160, no. 2, pp. 353-368, 1984.

[120]

[135]

[136]

[121]

[122]

[137]

[123]

[138]

[124]

[139] [140]

[125]

[141]

[126]

[142]

[127]

[128]

[143]

[129]

[144]

[145] [146]

[130]

[131]

[147]

[132]

[148]

[133]

[149]

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

21
concentrations of a-amanitin, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 73, no. 1-2, pp. 259-261, 1995. I. Bruchhaus, M. Leippe, C. Lioutas, and E. Tannich, Unusual gene organization in the protozoan parasite Entamoeba histolytica DNA and Cell Biology, vol. 12, no. 10, pp. 925-933, 1993. U. Singh, J. B. Rogers, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr., Transcri ption initiation is controlled by three core promoter elements in the hgl5 gene of the protozoan parasite Entamoeba histolytica Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 94, no. 16, pp. 8812-8817, 1997. H. Buss, C. Lioutas, S. Dobinsky, R. Nickel, and E. Tannich, Analysis of the 170 -kDa lectin gene promoter of Entamoeba histolytica Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 72, no. 1-2, pp. 1-10, 1995. J. E. Purdy, L. T. Pho, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr. , Upstream regulatory elements controlling expression of the Entamoeba histolytica lectin, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 78, no. 1-2, pp. 91-103, 1996. C. Gomez, D. Guillermo Perez, E. Lopez-Bayghen, and E. Orozco, Transcriptional analysis of the EhPgp1 promoter of Entamoeba histolytica multidrug-resistant mutant, Journal of Biological Chemistry, vol. 273, no. 13, pp. 7277-7284, 1998. D. Guillermo Perez, C. Gomez, E. Lopez-Bayghen, E. Tannich, and E. Orozco, Transcriptional analysis of the EhPgp5 promoter of Entamoeba histolytica multidrug- resistant mutant, Journal of Biological Chemistry, vol. 273, no. 13, pp. 7285-7292, 1998. E. Azuara-Liceaga, E. Flores-Soto, C. Lopez-Camarillo, and E. Orozco, Entamoeba histolytica : structural and functional analysis of the Ehadh112 gene promoter, Experimental Parasitology, vol. 110, no. 3, pp. 280-285, 2005. E. Flores-Soto, E. Azuara-Liceaga, C. Lopez-Camarillo, and E. Orozco, The Entamoeba histolytica Ehcp112 gene has a distal and weak promoter, Experimental Parasitology, vol. 110, no. 3, pp. 286-291, 2005. M. Romero-Diaz, C. Gomez, I. Lopez-Reyes, M. B. Martinez, E. Orozco, and M. A. Rodriguez, Structural and functional analysis of the Entamoeba histolytica EhrabB gene promoter, BMC Molecular Biology, vol. 8, article 82, 2007. J. P. Luna-Arias, R. Hernandez-Rivas, G. de Dios-Bravo, J. Garcia, L. Mendoza, and E. Orozco, The TATA -box binding protein of Entamoeba histolytica : cloning of the gene and location of the protein by immunofluorescence and confocal microscopy, Microbiology, vol. 145, part 1, pp. 33-40, 1999. G. de Dios-Bravo, J. P. Luna-Arias, A. M. Riveron, J. J. OlivaresTrejo, C. Lopez-Camarillo, and E. Orozco, Entamoeba histolytica TATA-box binding protein binds to different TATA variants in vitro, FEBS Journal, vol. 272, no. 6, pp. 1354-1366, 2005. U. Singh, C. A. Gilchrist, J. M. Schaenman, et al., Context dependent roles of the Entamoeba histolytica core promoter element GAAC in transcriptional activation and protei n complex assembly, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 120, no. 1, pp. 107116, 2002. J. E. Purdy, B. J. Mann, L. T. Pho, and W. A. Petri Jr., Transient transfection of the enteric parasite Entamoeba histolytica and expression of firefly luciferase, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 91, no. 15, pp. 7099-7103, 1994. R. Nickel and E. Tannich, Transfection and transient expression of chloramphenicol acetyltransferase gene in the

[150]

[151]

[152]

[153]

[154]

[155]

[156]

[157]

[158]

[159]

[160]

[161]

[162]

[163]

[164]

D. Mirelman, R. Bracha, A. Chayen, A. Aust-Kettis, and L. S. Diamond, Entamoeba histolytica: effect of growth conditions and bacterial associates on isoenzyme patterns and virulence, Experimental Parasitology, vol. 62, no. 1, pp. 142-148, 1986. L. F. De Menezes, M. A. Rodriguez, M. A. Vargas, L. M. Salgado, and E. Orozco, Effect ofbacterial association on the phenotype and genotype of an Entamoeba histolytica clonal population, Invasion and Metastasis, vol. 17, no. 4, pp. 176 188, 1997. E. Meerovitch and E. Ghadirian, Restoration of virulence of axenically cultivated Entamoeba histolytica by cholesterol, Canadian Journal of Microbiology, vol. 24, no. 1, pp. 63-65, 1978. B. Loftus, I. Anderson, R. Davies, et al., The genome of the protist parasite Entamoeba histolytica Nature, vol. 433, no. 7028, pp. 865868, 2005. A. Bhattacharya, S. Satish, A. Bagchi, and S. Bhattacharya, The genome of Entamoeba histolytica International Journal for Parasitology, vol. 30, no. 4, pp. 401-410, 2000. U. Willhoeft and E. Tannich, The electrophoretic karyotype of Entamoeba histolytica Molecular and Biochemical Para sitology, vol. 99, no. 1, pp. 41-53, 1999. C. G. Clark, I. K. M. Ali, M. Zaki, B. J. Loftus, and N. Hall, Unique organisation of tRNA genes in Entamoeba histolytica Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 146, no. 1, pp. 24-29, 2006. S. Bhattacharya, A. Bhattacharya, L. S. Diamond, and A. T. Soldo, Circular DNA of Entamoeba histolytica encodes ribosomal RNA, Journal of Protozoology, vol. 36, no. 5, pp. 455-458, 1989. G. M. Ehrenkaufer, R. Haque, J. A. Hackney, D. J. Eichinger, and U. Singh, Identification of developmentally regulated genes in Entamoeba histolytica : insights into mechanisms of stage conversion in a protozoan parasite, Cellular Microbiology, vol. 9, no. 6, pp. 1426-1444, 2007. C. A. Gilchrist, E. Houpt, N. Trapaidze, et al., Impact of intestinal colonization and invasion on the Entamoeba histolytica transcriptome, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 147, no. 2, pp. 163-176, 2006. I. Bruchhaus, T. Roeder, H. Lotter, M. Schwerdtfeger, and E. Tannich, Differential gene expression in Entamoeba histolytica isolated from amoebic liver abscess, Molecular Microbiology , vol. 44, no. 4, pp. 1063-1072, 2002. P. H. Davis, J. Schulze, and S. L. Stanley Jr., Transcrip - tomic comparison of two Entamoeba histolytica strains with defined virulence phenotypes identifies new virulence factor candidates and key differences in the expression patterns of cysteine proteases, lectin light chains, and calmodulin, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 151, no. 1, pp. 118-128,2007. I. Bruchhaus, B. J. Loftus, N. Hall, and E. Tannich, The intestinal protozoan parasite Entamoeba histolytica contains 20 cysteine protease genes, of which only a small subset is expressed during in vitro cultivation, Eukaryotic Cell , vol. 2, no. 3, pp. 501-509, 2003. C. Weber, G. Guigon, C. Bouchier, et al., Stress by heat shock induces massive down regulation of genes and allows differential allelic expression of the Gal/GalNAc lectin in Entamoeba histolytica Eukaryotic Cell, vol. 5, no. 5, pp. 871875, 2006. C. Lioutas and E. Tannich, Transcription of protein - coding genes in Entamoeba histolytica is insensitive to high

[165]

[166]

[167]

[168]

[169]

[170]

[171]

[172]

[173]

[174]

[175]

[176]

[177]

[178]

22
protozoan parasite Entamoeba histolytica , Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 91, no. 15, pp. 7095-7098, 1994. C. A. Gilchrist, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr., Control of ferredoxin and Gal/GalNAc lectin gene expression in Entamoeba histolytica by a cis-acting DNA sequence, Infection and Immunity, vol. 66, no. 5, pp. 2383-2386, 1998. J. M. Schaenman, P. C. Driscoll, J. W. Hockensmith, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr., An upstream regulatory element containing two nine basepair repeats regulates expression of the Entamoeba histolytica hgl5 lectin gene, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 94, no. 2, pp. 309-313, 1998. J. M. Schaenman, C. A. Gilchrist, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr., Identification of two Entamoeba histolytica sequence- specific URE4 enhancer-binding proteins with homology to the RNA-binding motif RRM, Journal of Biological Chemistry, vol. 276, no. 2, pp. 1602-1609, 2001. K. Nagai, C. Oubridge, N. Ito, J. Avis, and P. Evans, The RNP domain: a sequence-specific RNA-binding domain involved in processing and transport of RNA, Trends in Biochemical Sciences , vol. 20, no. 6, pp. 235-240, 1995. C. A. Gilchrist, C. F. Holm, M. A. Hughes, J. M. Schaen- man, B. J. Mann, and W. A. Petri Jr., Identification and characterization of an Entamoeba histolytica upstream regulatory element 3 sequencespecific DNA-binding protein containing EF-hand motifs, Journal ofBiological Chemistry , vol. 276, no. 15, pp. 11838-11843, 2001. C. A. Gilchrist, D. J. Baba, Y. Zhang, et al., Targets of the Entamoeba histolytica transcription factor URE3-BP, PLoS Neglected Tropical Diseases , vol. 2, no. 8, article e282, 2008. L. A. Marchat, C. Gomez, D. Guillermo Perez, F. Paz, L. Mendoza, andE. Orozco, Two CCAAT/enhancer binding protein sites are cis activator elements of the Entamoeba histolytica EhPgp1 (mdr-like) gene expression, Cellular Microbiology, vol. 4, no. 11, pp. 725-737, 2002. M. E. Ramirez, D. Guillermo Perez, E. Nader, and C. Gomez, Entamoeba histolytica: functional characterization of the -234 to 196 bp promoter region of the multidrug resistance EhPgp1 gene, Experimental Parasitology, vol. 110, no. 3, pp. 238-243, 2005. A. Nieto, D. Guillermo Perez, E. Orozco, F. Paz, and C. Gomez, Entamoeba histolytica EhPgp5 transcriptional activation depends on putative emetine response elements, Experimental Parasitology, vol. 110, no. 3, pp. 233-237, 2005. M. A. Rodriguez, R. M. Garcia-Perez, G. Garcia-Rivera, et al., An Entamoeba histolytica rab-like encoding gene and protein: function and cellular location, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 108, no. 2, pp. 199-206, 2000. R. Guzman-Medrano, B. A. Castillo-Juarez, R. M. Garcia- Perez, A. Salas-Casas, E. Orozco, and M. A. Rodriguez, Entamoeba histolytica : alterations in EhRabB protein in a phagocytosis deficient mutant correlate with the Entamoeba dispar RabB sequence, Experimental Parasitology, vol. 110, no. 3, pp. 259-264, 2005. G. Garcia-Rivera, M. A. Rodriguez, R. Ocadiz, et al., Entamoeba histolytica : a novel cysteine protease and an adhesin form the 112 kDa surface protein, Molecular Microbiology, vol. 33, no. 3, pp. 556-568, 1999. N. D. Trinklein, J. I. Murray, S. J. Hartman, D. Botstein, and R. M. Myers, The role of heat shock transcription factor 1 in the genome wide regulation of the mammalian heat shock response, Molecular Biology of the Cell, vol. 15, no. 3, pp. 1254-1261, 2004. [192]

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

[179]

[193]

[180]

[194]

[195]

[181]

[196]

[182]

[197]

[183]

[198]

[184]

[199] [200]

[185]

[201]

[186]

[202]

[187]

[203]

[188]

[204]

[189]

[205]

[206]

[190]

[207]

[191]

[208]

C. G. Gomez-Garcia, M. Macias-Arguelles, D. G. Perez- Ishiwara, et al., A novel heat shock transcription factor fam ily in Entamoeba histolytica , American Journal of Infectious Diseases, vol. 3, no. 2, pp. 115-122, 2007. L. Mendoza, E. Orozco, M. A. Rodriguez, et al., Ehp53, an Entamoeba histolytica protein, ancestor of the mammalian tumour suppressor p53, Microbiology, vol. 149, no. 4, pp. 885-893, 2003. M. M. Abhyankar, A. E. Hochreiter, J. Hershey, et al., Characterization ofan Entamoeba histolytica high-mobility- group box protein induced during intestinal infection, Eukaryotic Cell , vol. 7, no. 9, pp. 1565-1572, 2008. D. W. Leaman, S. Leung, X. Li, andG. R. Stark, Regulation of STAT-dependent pathways by growth factors and cytokines, FASEB Journal, vol. 10, no. 14, pp. 1578-1588, 1996. L. M. Iyer, V. Anantharaman, M. Y. Wolf, and L. Aravind, Comparative genomics of transcription factors and chro matin proteins in parasitic protists and other eukaryotes, International Journal for Parasitology, vol. 38, no. 1, pp. 1-31, 2008. J. Cruz-Vera, L. Clara, R. Hernandez-Kelly, J. Alfredo Mendez, E. Perez-Salazar, and A. Ortega, Collagen -induced STAT family members activation in Entamoeba histolytica trophozoites, FEMS Microbiology Letters , vol. 229, no. 2, pp. 203-209, 2003. R. Stracke, M. Werber, and B. Weisshaar, The R2R3 -MYB gene family in Arabidopsis thaliana , Current Opinion in Plant Biology, vol. 4, no. 5, pp. 447-456, 2001. J. S. Lipsick, One billion years of Myb, Oncogene, vol. 13, no. 2, pp. 223-235, 1996. G. M. Ehrenkaufer, J. A. Hackney, and U. Singh, A develop mentally regulated Myb domain protein regulates expression of a subset of stage-specific genes in Entamoeba histolytica, Cellular Microbiology, vol. 11, no. 6, pp. 898-910, 2009. H. Torres-Guerrero, D. A. Peattie, and I. Meza, Chromatin organization in Entamoeba histolytica, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 45, no. 1, pp. 121-130, 1991. M. Fodinger, S. Ortner, B. Plaimauer, G. Wiedermann, O. Scheiner, and M. Duchene, Pathogenic Entamoeba histolytica: cDNA cloning of a histone H3 with a divergent primary structure, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 59, no. 2, pp. 315-322, 1993. M. Binder, S. Ortner, B. P laimauer, et al., Sequence and organization of an unusual histone H4 gene in the human parasite Entamoeba histolytica , Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 71, no. 2, pp. 243-247, 1995. T. Tanaka, M. Tanaka, and Y. Mitsui, Analysis of expressed sequence tags (ESTs) of the parasitic protozoa Entamoeba histolytica , Biochemical and Biophysical Research Communications, vol. 236, no. 3, pp. 611-615, 1997. G. Ramakrishnan, C. A. Gilchrist, H. Musa, et al., Histone acetyltransferases and deacetylase in Entamoeba histolytica , Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 138, no. 2, pp. 205216, 2004. S. Bernes, R. Siman-Tov, and S. Ankri, Epigenetic and classical activation of Entamoeba histolytica heat shock protein 100 (EHsp100) expression, FEBS Letters, vol. 579, no. 28, pp. 63956402, 2005. T. Lavi, E. Isakov, H. Harony, O. Fisher, R. Siman-Tov, and S. Ankri, Sensing DNA methylation in the protozoan parasite Entamoeba histolytica, Molecular Microbiology, vol. 62, no. 5, pp. 1373-1386, 2006. T. Lavi, R. Siman-Tov, and S. Ankri, Insights into the mech anism of DNA recognition by the methylated LINE binding

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

protein EhMLBP of Entamoeba histolytica Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 166, no. 2, pp. 117-125, 2009. M. Anbar, R. Bracha, Y. Nuchamowitz, Y. Li, A. Florentin, and D. Mirelman, Involvement of a short interspersed element in epigenetic transcriptional silencing of the amoe- bapore gene in Entamoeba histolytica Eukaryotic Cell, vol. 4, no. 11, pp. 1775-1784, 2005. D. Mirelman, M. Anbar, and R. Bracha, Trophozoites of Entamoeba histolytica epigenetically silenced in several genes are virulence-attenuated, Parasite, vol. 15, no. 3, pp. 266274, 2008. D. Mirelman, M. Anbar, and R. Bracha, Epigenetic tran scriptional gene silencing in Entamoeba histolytica IUBMB Life , vol. 60, no. 9, pp. 598-604, 2008. S. S. Gangopadhyay, S. S. Ray, P. Sinha, and A. Lohia, Unusual genome organisation in Entamoeba histolytica leads to two overlapping transcripts, Molecular and Biochemical Parasitology , vol. 89, no. 1, pp. 73-83, 1997. A. Zamorano, C. Lopez-Camarillo, E. Orozco, C. Weber, N. Guillen, and L. A. Marchat, In silico analysis of EST and genomic sequences allowed the prediction of cis-regulatory elements for Entamoeba histolytica mRNA polyadenylation, Computational Biology and Chemistry, vol. 32, no. 4, pp. 256263, 2008. C. Lopez-Camarillo, J. P. Luna-Arias, L. A. Marchat, and E. Orozco, EhPgp5 mRNA stability is a regulatory event in the Entamoeba histolytica multidrug resistance phenotype, Journal of Biological Chemistry, vol. 278, no. 13, pp. 1127311280, 2003. M. W. Lehker and J. F. Alderete, Biology oftrichomonosis, Current Opinion in Infectious Diseases, vol. 13, no. 1, pp. 3745, 2000. W.H.O., Global prevalence and incidence of selected curable sexually transmitted infections, 2001. A. C. Sena, W. C. Miller, M. M. Hobbs, et al., Trichomonas vaginalis infection in male sexual partners: implications for diagnosis, treatment, and prevention, Clinical Infectious Diseases , vol. 44, no. 1, pp. 13-22, 2007. J. M. Carlton, R. P. Hirt, J. C. Silva, et al., Draft genome sequence of the sexually transmitted pathogen Trichomonas vaginalis Science, vol. 315, no. 5809, pp. 207-212, 2007. Y.-S. Yuh, J.-Y. Liu, and M.-F. Shaio, Chromosome number of Trichomonas vaginalis Journal of Parasitology, vol. 83, no. 3, pp. 551-553, 1997. S. Vanacova, W. Yan, J. M. Carlton, and P. J. Johnson, Spliceosomal introns in the deep -branching eukaryote Trichomonas vaginalis Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 102, no. 12, pp. 4430-4435, 2005. A. Simoes-Barbosa, D. Meloni, J. A. Wohlschlegel, M. M. Konarska, and P. J. Johnson, Spliceosomal snRNAs in the unicellular eukaryote Trichomonas vaginalis are structurally conserved but lack a 5'-cap structure, RNA, vol. 14, no. 8, pp. 16171631,2008. A. S. Kucknoor, V. Mundodi, and J . F. Alderete, Adherence to human vaginal epithelial cells signals for increased expression of Trichomonas vaginalis genes, Infection and Immunity, vol. 73, no. 10, pp. 6472-6478, 2005. D. Gerbod, E. Sanders, S. Moriya, et al., Molecular phylo - genies of Parabasalia inferred from four protein genes and comparison with rRNA trees, Molecular Phylogenetics and Evolution , vol. 31, no. 2, pp. 572-580, 2004.

23
[224] A. S. Kucknoor, V. Mundodi, and J. F. Alderete, Genetic identity and differential gene expression between Trichomonas vaginalis and Trichomonas tenax BMC Microbi ology, vol. 9, article 58, 2009. A. S. Kucknoor, V. Mundodi, and J. F. Alderete, The proteins secreted by Trichomonas vaginalis and vaginal epithelial cell response to secreted and episomal ly expressed AP65, Cellular Microbiology, vol. 9, no. 11, pp. 2586-2597, 2007. D. V. K. Quon, M. G. Delgadillo, and P. J. Johnson, Transcription in the early diverging eukaryote Trichomonas vaginalis: an unusual RNA polymerase II and a-amanitin- resistant transcription of proteincoding genes, Journal of Molecular Evolution , vol. 43, no. 3, pp. 253-262, 1996. D. V. K. Quon, M. G. Delgadillo, A. Khachi, S. T. Smale, and P. J. Johnson, Similarity between a ubiquitous promoter element in an ancient eukaryote and mammalian initiator elements, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States ofAmerica , vol. 91, no. 10, pp. 4579-4583, 1994. D. R. Liston and P. J. Johnson, Analysis of a ubiquitous promoter element in a primitive eukaryote: early evolution of the initiator element, Molecular and Cellular Biology, vol. 19, no. 3, pp. 23802388, 1999. D. R. Liston, A. O. T. Lau, D. Ortiz, S. T. Smale, and P. J. Johnson, Initiator recognition in a primitive eukaryote: IBP39, an initiator binding protein from Trichomonas vaginalis Molecular and Cellular Biology, vol. 21, no. 22, pp. 7872-7882, 2001. M. A. Schumacher, A. O. T. Lau, and P. J. Johnson, Structural basis of core promoter recognition in a primitive eukaryote, Cell, vol. 115, no. 4, pp. 413-424, 2003. A. O. T. Lau, A. J. Smith, M. T. Brown, and P. J. Johnson, Trichomonas vaginalis initiator binding protein (IBP39) and RNA polymerase II large subunit carboxy terminal domain interaction, Molecular and Biochemical Parasitology, vol. 150, no. 1, pp. 56-62, 2006. M. W. Lehker, R. Arroyo, and J. F. Alderete, The regulation by iron of the synthesis of adhesins and cytoadherence levels in the protozoan Trichomonas vaginalis Journal of Experimental Medicine, vol. 174, no. 2, pp. 311-318, 1991. M. W. Lehker and J. F. Alderete, Iron regulates growth of Trichomonas vaginalis and the expression of immunogenic trichomonad proteins, Molecular Microbiology , vol. 6, no. 1, pp. 123-132, 1992. J. F. Alderete, D. Provenzano, and M. W. Lehker, Iron mediates Trichomonas vaginalis resistance to complement lysis, Microbial Pathogenesis , vol. 19, no. 2, pp. 93-103, 1995. M. E. Alvarez-Sanchez, E. Solano-Gonzalez, C. Yanez- Gomez, and R. Arroyo, Negative iron regulation ofthe CP65 cysteine proteinase cytotoxicity in Trichomonas vaginalis Microbes and Infection, vol. 9, no. 14-15, pp. 1597-1605, 2007. C.-D. Tsai, H.-W. Liu, and J.-H. Tai, Characterization of an iron responsive promoter in the protozoan pathogen Trichomonas vaginalis Journal of Biological Chemistry, vol. 277, no. 7, pp. 5153-5162, 2002. S.-J. Ong, H.-M. Hsu, H.-W. Liu, C.-H. Chu, and J.-H. Tai, Multifarious transcriptional regulation of adhesion protein gene ap65-1 by a novel Myb1 protein in the protozoan parasite Trichomonas vaginalis Eukaryotic Cell, vol. 5, no. 2, pp. 391-399, 2006. Y.-C. Lou, S.-Y. Wei, M. Rajasekaran, et al., NMR structural analysis of DNA recognition by a novel Myb1 DNA-binding

[209]

[225]

[210]

[226]

[211]

[212]

[227]

[213]

[228]

[214]

[229]

[215]

[230]

[216] [217]

[231]

[218]

[232]

[219]

[233]

[220]

[234]

[221]

[235]

[222]

[236]

[223]

[237]

[238]

24
domain in the protozoan parasite Trichomonas vaginalis , Nucleic Acids Research, vol. 37, no. 7, pp. 2381-2394, 2009. S.-J. Ong, H.-M. Hsu, H.-W. Liu, C.-H. Chu, and J.-H. Tai, Activation of multifarious transcription of an adhesion protein ap65-1 gene by a novel Myb2 protein in the protozoan parasite Trichomonas vaginalis, Journal of Biological Chemistry, vol. 282, no. 9, pp. 6716-6725, 2007. H.-M. Hsu, S.-J. Ong, M.-C. Lee, and J.-H. Tai, Transcriptional regulation of an iron-inducible gene by differential and alternate promoter entries of multiple Myb proteins in the protozoan parasite Trichomonas vaginalis , Eukaryotic Cell, vol. 8, no. 3, pp. 362-372, 2009. P. Cong, Y. Luo, W. Bao, and S. Hu, Genomic organization and promoter analysis of the Trichomonas vaginalis core histone gene families, Parasitology International , vol. 59, no. 1,pp. 29-34, 2010. A. Marinets, M. Muller, P. J. Johnson, et al., The sequ ence and organization of the core histone H3 and H4 genes in the early branching amitochondriate protist Trichomonas vaginalis, Journal of Molecular Evolution, vol. 43, no. 6, pp. 563-571, 1996. M. U. Muckenthaler, B. Galy, and M. W. Hentze, Systemic ir on homeostasis and the iron-responsive element/iron- regulatory protein (IRE/IRP) regulatory network, Annual Review of Nutrition, vol. 28, pp. 197-213, 2008. E. Solano-Gonzalez, E. Burrola-Barraza, C. Leon-Sicairos, et al., The trichomonad cysteine prot einase TVCP4 transcript contains an iron-responsive element, FEBS Letters , vol. 581, no. 16, pp. 29192928, 2007.

Diario de Biomedicina y Biotecnologa

[239]

[240]

[241]

[242]

[243]

[244]