Modelizacin y simulaciones: clave para entender el proceso de disociacin de horquillas de ADN.

Cristina Mantilla 4 de septiembre de 2013

El ADN es una estructura molecular compleja que se ve implicada en muchos procesos biolgicos. Su descubrimiento constituy un punto de partida para nuevos estudios pero implic comprender el comportamiento de las estructuras moleculares secundarias del ADN. Los recientes avances en computacin, simulacin y en tcnicas de Dinmica Molecular basadas en potenciales empricos, son claves para permitir el estudio de determinadas propiedades presentes en la escala atmica. Las horquillas de ADN despiertan un particular inters pues intervienen en metabolismos como la transcripcin gentica. El desarrollo de modelos y simulaciones tiene un rol importante en la caracterizacin de su dinmica molecular y de sus barreras energticas. Las horquillas de ADN son estructuras que constan de un tallo, una doble cadena y un lazo. Se forman en las regiones reguladoras del gen. Su funcionalidad est asociada a la regulacin de la transcripcin gentica, proceso en el que se transere la informacin contenida en la secuencia de ADN hacia la secuencia de protena. En este proceso estas horquillas se despliegan y se disocian. El estudio de molculas individuales de la horquilla, facilita la obtencin de informacin del comportamiento de la horquilla en su disociacin. Se aplican fuerzas sobre una molcula y utilizando tcnicas de medida de fuerza es posible una manipulacin controlada. Los instrumentos actuales para medir fuerza incluyen el microscopio de fuerza atmica y las pinzas pticas y magnticas. Para poder observar el comportamiento al aplicar las fuerzas se realiza una simulacin de estos procesos. Una molcula estable es jada en un extremo, la horquilla empieza a desplegarse dependiendo de la fuerza aplicada. Es necesario repetir el procedimiento varias veces para poder obtener una mejor estadstica. A medida que la fuerza es ms pequea el tiempo para disociar cada base es mayor, pero la desviacin estndar incrementa. Para interpretar estos resultados es posible tratar de ajustar los datos a la teora de Kramers- Bell. Esta dice que el logaritmo del tiempo necesario para que la molcula pueda disociarse es proporcional a la barrera energtica que los separa. Sin embargo, para la horquilla del tipo AACC4 no es posible caracterizar la barrera energtica con esta teora pues no logra ajustar perfectamente a la curva. La teora de Kramers- Bell no se aplica y esto nos presenta dos escenarios. La curva que relaciona la barrera energtica con el tiempo de disociacin puede provenir de una funcin ms general o debemos considerar no una sino varias barreras. Debido a la sensibilidad del clculo se hacen necesarias ms simulaciones y un mayor nmero de intentos. El estudio del comportamiento de las molculas individuales en su disociacin permite la caracterizacin de las barreras energticas presentes en este proceso. Aunque para la horquilla AACC4 no fue posible aproximar los datos obtenidos al modelo propuesto por Kramers-Bell, se logra obtener una idea bsica acerca de las barreras energticas que intervienen en su disociacin. Los modelos y simulaciones computacionales facilitan la comprensin del comportamiento de las estructuras secundarias que constituyen parte del ADN. Estos estudios permitirn vislumbrar completamente la dinmica molecular de la estructura ms compleja y vital que existe en la biologa.