NLATAACYCHANELMERECERDAELLRDESPIELNAMECLADEMIEYCA FEMERECEDAELSARDESSESSELCLRDELFINALDELANCHEMEPREG NTADNDEFIAPARARDNDEESTASQEESTSLSEVIVENAVEDNDEFISTE APARARDNDEESTAS

NLATAACYCHANELMERECERDAELLRDESPIELNAMECLADEMIEYCAFEMERECERDA CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

ELLSARDESSESSELCLRDELFINALDELANCHEMEPREGNTADNDEFIAPARARDNDEE HHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

STASQEESTSLSEVIVENAYEDNDEFISTEAPARARDNDEESTAS CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

Predictions based on PDB templates (seq. similarity up to 11.5%)

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Multiple queries to multiple servers at: http://distill.ucd.ie/distill/ Access individually Porter, Porter+, PaleAle, BrownAle, X-Stout , XX-Stout, 3Distill at: http://distill.ucd.ie/porter/ http://distill.ucd.ie/porter+/ http://distill.ucd.ie/paleale/ http://distill.ucd.ie/brownale/ http://distill.ucd.ie/xstout/ http://distill.ucd.ie/xxstout/

Prediction of protein disorder by Spritz: http://distill.ucd.ie/spritz/ For an explanation of the output formats, refer to: http://distill.ucd.ie/distill/explanation.html#output_formats

Please cite one or more of the following: G.Pollastri, A.McLysaght. "Porter: a new, accurate server for protein secondary structure prediction". Bioinformatics, 21(8):1719-1720, 2005. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/21 /8/1719 C.Mooney, Y.Wang, G.Pollastri. "SCLpred: Protein Subcellular Localization Prediction by N-to-1 Neural Networks", Bioinformatics, 27 (20), 2812-2819, 2011. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/20/2812 D.Bau, A.J.M.Martin, C.Mooney, A.Vullo, I.Walsh, G.Pollastri. "Distill: A suite of web servers for the prediction of one-, two- and threedimensional structural features of proteins" BMC Bioinformatics, 7:402, 2006. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/402/abstract C. Mooney, G.Pollastri "Beyond the Twilight Zone: Automated prediction of structural properties of proteins by recursive neural networks and remote homology information" Proteins, 77(1), 181-90, 2009. http://www3.interscience.wiley.com/journal/122274852/abstract G.Pollastri, A.J.M.Martin, C.Mooney, A.Vullo. "Accurate prediction of

protein secondary structure and solvent accessibility by consensus combiners of sequence and structure information" BMC Bioinformatics, 8:201, 2007. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/201/abstract I.Walsh, D.Bau, .M.Martin, C. Mooney, A.Vullo, G.Pollastri "Ab initio and template-based prediction of multi-class distance maps by twodimensional recursive neural networks" BMC Structural Biology, 9:5, 2009. http://www.biomedcentral.com/1472-6807/9/5 A.Vullo, I.Walsh, G.Pollastri. "A two-stage approach for improved prediction of residue contact maps" BMC Bioinformatics, 7:180, 2006. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/180/abstract G. Pollastri, A. Vullo, P. Frasconi, P. Baldi. "Modular DAG-RNN Architectures for Assembling Coarse Protein Structures". Journal of Computational Biology, 13:3, 631-650, 2006. A. Vullo, O. Bortolami, G. Pollastri, S. Tosatto. "Spritz: a server for the prediction of intrinsically disordered regions in protein sequences using kernel machines" Nucleic Acids Research, 34:W164-W168, 2006.
http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=52FCE83F00004BA22E17CC74&wait=20 modificaciones
163 Secuencia NLATAACYCHANELMERECERDAELLRDESPIELNAMECLADEMIEYCAFEMERECEDAELSARDESSESSEL CLRDELF 80 INALDELANCHEMEPREGNTADNDEFIAPARARDNDEESTASQEESTSLSEVIVENAVEDNDEFISTEAPARA RDNDEES 160 TAS 240 ............................. S. ............... Y. .. ........... S. ... SS.SS. ........ 80 ................... T. ................. ST.S. .. SS ..... ........... ST ............. 160 ... 240

Sitios de fosforilacin predijeron: Ser: 11 Thr: 3 Tyr: 1 Predicciones Serina Nombre Pos. Contexto Puntuacin Pred _________________________v_________________ Secuencia 30 LRDESPIEL 0.992 * S * Secuencia 62 DAELSARDE 0.994 * S * Secuencia 67 ARDESSESS 0.997 * S * Secuencia 68 RDESSESSE 0.890 * S * Secuencia 70 ESSESSELC 0.838 * S * Secuencia 71 SSESSELCL 0.834 * S * Secuencia 119 NDEESTASQ 0.940 * S * Secuencia 122 ESTASQEES 0.997 * S * Secuencia 126 SQEESTSLS 0.724 * S * Secuencia 128 EESTSLSEV 0.895 * S * Secuencia 130 STSLSEVIV 0.084. Secuencia 146 DEFISTEAP 0.548 * S * Secuencia 160 NDEESTAS- 0.257. Secuencia 163 ESTAS---- 0.077. _________________________ ^ _________________ Predicciones Treonina Nombre Pos. Contexto Puntuacin Pred _________________________v_________________ Secuencia 4-NLATAACY 0.008. Secuencia 100 REGNTADND 0.506 * T * Secuencia 120 DEESTASQE 0.640 * T * Secuencia 127 QEESTSLSE 0.339. Secuencia 147 EFISTEAPA 0.525 * T * Secuencia 161 DEESTAS-- 0.258. _________________________ ^ _________________ Predicciones tirosina Nombre Pos. Contexto Puntuacin Pred _________________________v_________________ Secuencia 8 TAACYCHAN 0.035. Secuencia 47 EMIEYCAFE 0.527 * Y * _________________________ ^ _________________

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Fisicoqumicas
Nmero de aminocidos: 163 Peso molecular: 18317.5 PI terico: 3,87
formato CSV

Composicin de aminocidos: Arg (R) 11 6.7% Asn (N) 11 6.7% Asp (D) 15 9,2% Cys (C) 8 4.9% Gln (Q) 1 0.6% Glu ( E) 35 21,5% Gly (G) 1 0,6% Su (H) 2 1,2% de Ile (I) 6 3,7% Leu (L) 13 8,0% de Lys (K) 0 0,0% de Met (M) 5 3,1% Phe (F ) 4 2,5% Pro (P) 4 2,5% Ser (S) 14 8,6% Thr (T) 6 3,7% de Trp (W) 0 0,0% Tyr (Y) 2 1,2% de Val (V) 3 1,8% Pyl (O) 0 0,0%

Ala (A) 22 13.5%

Seg (U) 0 0,0% (B) 0 0,0% (Z) 0 0,0% (X) 0 0,0% Nmero total de residuos de carga negativa (Asp + Glu): 50 Nmero total de residuos de carga positiva (Arg + Lys): 11 Composicin atmica: Carbono C Hidrgeno Nitrgeno Oxgeno O El azufre 748 H 1170 N 212 298 S 13

Frmula: C 748 H 1170 N 212 O 298 S 13 el nmero total de tomos: 2441 Los coeficientes de extincin: Esta protena no contiene residuos de Trp. La experiencia demuestra que esto podra dar lugar a error de ms de 10% en el coeficiente de extincin calculado. Los coeficientes de extincin estn en unidades de M medido en el agua.
-1

cm

-1

, a 280 nm

Ext. Coeficiente de 3480 ABS 0,1% (= 1 g / l) 0.190, suponiendo que todos los pares de residuos de Cys forman cistinas Ext. Coeficiente de 2980 Abs 0,1% (= 1 g / l) 0.163, suponiendo que todos los residuos de Cys se reducen La vida media estimada: La N-terminal de la secuencia considerada es N (Asn). La vida media estimada es de: 1,4 horas (reticulocitos de mamferos, in vitro). 3 min (levaduras, en vivo). > 10 horas (Escherichia coli, in vivo). ndice de Inestabilidad: El ndice de inestabilidad (II) se calcula para ser 65,10 Esto clasifica a la protena como inestable.

ndice Alifticos: 64.29 Gran media de hidropaticidad (SALSA): -0.788

Origen protena