BAB I ASAM NUKLEAT

Kompetensi dasar Menjelaskan pengertian asam nukleat, enzim dan koenzim, serta kaitannta dengan kehidupan manusia. Pendahuluan Friedrich Miescher (1844-1895 adalah orang !ang menga"ali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. #ada tahun 18$8, dila%oratorium &oppe-'!ler di (u%ingen, %eliau memilih sel !ang terdapat pada nanah %ekas pem%alut luka, kemudian sel-sel terse%ut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel !ang masih terikat pada sejumlah protein. )engan menam%ahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat !ang larut dalam %asa tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan *nuclein+ sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. 'elanjutn!a di%uktikan %ah"a asam nukleat merupakan salah satu sen!a"a pem%entuk sel dan jaringan normal. ,sam nukleat dalam sel ada dua jenis !aitu )-, (deo.!ri%onucleic acid atau asam deoksiri%onukleat dan /-, (ri%onucleic acid atau asam ri%onukleat. 0aik )-, maupun /-, %erupa anion dan pada umumn!a terikat oleh protein dan %ersi1at %asa. Misaln!a )-, dalam inti sel terikat pada histon. 'en!a"a ga%ungan antara protein dan asam nukleat dise%ut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit pen!usunn!a adalah nukleotida. ,(# adalah salah satu contoh nukleotida asam nukleat %e%as !ang %erperan se%agai pem%a"a energi.

Asam Nukleat

Page 1

1. Pengertian dan Struktur Kimia Molekul Asam Nukleat ,sam nukleat merupakan merupakan polimer %esar dengan ukuran !ang %er2ariasi antara 35.444 51.444.444 s5d 1 mil!ar !ang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamn!a tersimpan in1ormasi genetik. 0e%erapa 1ungsi penting asam nukleat adalah men!impan, menstransmisi, dan mentranslasi in1ormasi genetik6 meta%olisme antara(intermediar! meta%olism dan reaksi-reaksi in1ormasi energi6 koenzim pem%a"a energi6 koenzim pemindah asam asetat, zat gula, sen!a"a amino dan %iomolekul lainn!a6 koenzim reaksi oksidasi reduksi. ,sam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida se%agai monomern!a. (iap nukleotida mempun!ai struktur !ang terdiri atas gugus 1os1at, gula pentosa, dan %asa nitrogen atau %asa nukleotida (%asa - .

7am%ar 18 9omponen-komponen asam nukleat )i antara ketiga komponen monomer asam nukleat terse%ut di atas, han!a %asa --lah !ang memungkinkan terjadin!a 2ariasi. #ada ken!ataann!a memang urutan (sekuens %asa - pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu %agi spesi1isitasn!a. )engan perkataan lain, identi1ikasi asam nukleat dilakukan %erdasarkan atas urutan %asa --n!a sehingga secara skema kita %isa

Asam Nukleat

Page 2

menggam%arkan suatu molekul asam nukleat han!a dengan menuliskan urutan %asan!a saja. Monomer nukleotida se%agai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil hidrolisis asam nukleat. #roses hidrolisis le%ih lanjut dari monomer nukleotida akan dihasilkan asam 1os1at dan nukleosida. #roses hidrolisis ini dilakukan dalam suasana %asa. :ika hidrolisis dilanjutkan kem%ali terhadap sen!a"a nukleosida dalam larutan asam %erair akan dihasilkan molekul gula dan %asa nitrogen dengan %entuk heterosiklik. 'ehingga komposisi molekul pen!usun asam nukleat.

7am%ar38 'kema hidrolisis ,sam nukleat . Ikatan !os"odiester #ada asam nukleat terdapat ikatan ko2alen melalui gugus 1os1at !ang menghu%ungkan antara gugus hidroksil (;& pada posisi 5< gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi =< gula pentosa nukleotida %erikutn!a. >katan ini dinamakan ikatan 1os1odiester karena secara kimia gugus 1os1at %erada dalam %entuk diester.

Asam Nukleat

Page 3

7am%ar #$ Ikatan "os"odiester pada asam nukleat ;leh karena ikatan 1os1odiester menghu%ungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida %erikutn!a, maka ikatan ini sekaligus menghu%ungkan kedua nukleotida !ang %erurutan terse%ut. )engan demikian, akan ter%entuk suatu rantai polinukleotida !ang masing-masing nukleotidan!a satu sama lain dihu%ungkan oleh ikatan 1os1odiester. #. Sekuens asam nukleat (elah dikatakan di atas %ah"a urutan %asa - akan menentukan spesi1isitas suatu molekul asam nukleat sehingga %iasan!a kita menggam%arkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan %asa (sekuens -n!a saja. 'elanjutn!a, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada ke%iasaan untuk menempatkan ujung 5< di se%elah kiri atau ujung =< di se%elah kanan. 'e%agai contoh, suatu sekuens )-, dapat dituliskan 5<-,(7,??(7,,,?-=< atau suatu sekuens /-, dituliskan 5<-77@?@7,,@7-=<. :adi, spesi1isitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens %asan!a, juga harus dilihat dari arah pem%acaann!a. )ua asam nukleat !ang memiliki sekuens sama tidak %erarti keduan!a sama jika pem%acaan sekuens terse%ut dilakukan dari arah !ang %erla"anan (!ang satu 5<A =<, sedangkan !ang lain =<A 5< . %. Nukleosida dan Nukleotida )i atas telah disinggung %ah"a asam nukleat tersusun dari monomermonomer %erupa nukleotida, !ang masing-masing terdiri atas se%uah gugus 1os1at,

Asam Nukleat

Page 4

se%uah gula pentosa, dan se%uah %asa -. )engan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat se%agai nukleosida mono1os1at. -amun, pengertian nukleotida secara umum se%enarn!a adalah nukleosida dengan se%uah atau le%ih gugus 1os1at. 'e%agai contoh, molekul ,(# (adenosin tri1os1at adalah nukleotida !ang merupakan nukleosida dengan tiga gugus 1os1at. :ika gula pentosan!a adalah ri%osa seperti haln!a pada /-,, maka nukleosidan!a dapat %erupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. 0egitu pula, nukleotidan!a akan ada empat macam, !aitu adenosin mono1os1at, guanosin mono1os1at, sitidin mono1os1at, dan uridin mono1os1at. 'ementara itu, jika gula pentosan!a adalah deoksiri%osa seperti haln!a pada )-,, maka (3<deoksiri%o nukleosidan!a terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.

7am%ar 48 Molekul -ukleotida

7am%ar 58 Molekul -ukleosida -ukleosida dalam %entuk %e%as ada memiliki 1ungsi penting %agi kesehatan contohn!a, puromisin !ang %er1ungsi se%agai anti%iotik !ang mengham%at sintesis protein ( dihasilkan oleh streptom!ces . ,ra%inosil sitosin dan ara%inosil adenin se%agai anti 2irus dan anti jamur.

Asam Nukleat

Page 5

&. Penggolongan Asam Nukleat ,da dua macam asam nukleat, !aitu asam deoksiri%onukleat atau

deoxyribonucleic acid ()-, dan asam ri%onukleat atau ribonucleic acid (/-, . )-, merupakan polimer !ang terdiri atas molekul-molekul

deoksiri%onukleotida !ang terikat satu sama lain sehingga mem%entuk rantai polinukleotida !ang panjang. 'edangkan /-, adalah suatu polimer !ang terdiri atas molekul-molekul ri%onukleotida. dengan perantaraan gugus 1os1at. )ilihat dari strukturn!a, per%edaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosan!a. #ada /-, gula pentosan!a adalah ri%osa, sedangkan pada )-, gula pentosan!a mengalami kehilangan satu atom ; pada posisi ? nomor 3< sehingga dinamakan gula 3<-deoksiri%osa. #er%edaan struktur lainn!a antara )-, dan /-, adalah pada %asa --n!a. 0asa -, %aik pada )-, maupun pada /-,, mempun!ai struktur %erupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung ? dan - dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, !aitu purin dan pirimidin. 0asa purin mempun!ai dua %uah cincin (%isiklik , sedangkan %asa pirimidin han!a mempun!ai satu cincin (monosiklik . #ada )-,, dan juga /-,, purin terdiri atas adenin (, dan guanin (7 . ,kan tetapi, untuk pirimidin ada per%edaan antara )-, dan /-,. 9alau pada )-, %asa pirimidin terdiri atas sitosin (? dan timin (( , pada /-, tidak ada timin dan se%agai gantin!a terdapat urasil (@ . (imin %er%eda dengan urasil han!a karena adan!a gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan se%agai 5-metilurasil. 'eperti )-, asam ri%onukleat ter%entuk oleh adan!a ikatan antara atom ? nomor = dengan atom ? nomor 5 pada molekul ri%osa

7am%ar $8 7ula )-/i%osa dan 3-deoksi )-ri%osa

Asam Nukleat

Page 6

7am%ar B8 0asa #urin (,denin dan 7uanin

7am%ar 88 0asa #irimidin ('itosin, (imin, dan @rasil &.1 Struktur tangga 'erpilin (double helix) (NA )ua orang ilmu"an, :.).Catson dan F.&.?.?rick, mengajukan model struktur molekul )-, !ang hingga kini sangat di!akini ke%enarann!a dan dijadikan dasar dalam %er%agai teknik !ang %erkaitan dengan manipulasi )-,. Model terse%ut dikenal se%agai tangga %erplilin (double helix). 'ecara alami )-, pada umumn!a mempun!ai struktur molekul tangga %erpilin ini. 'ecara kimia )-, mengandung karakteristik5si1at se%agai %erikut8 1 3 = 4 Memiliki gugus gula deoksiri%osa. 0asa nitrogenn!a guanin (7 , sitosin (? , timin (( dan adenin (, . Memiliki rantai heliks ganda anti parallel %asa , pada satu rantai akan %erpasangan dengan %asa ( pada rantai lainn!a, sedangkan %asa 7 %erpasangan dengan %asa ?. #asangan-pasangan %asa ini dihu%ungkan oleh ikatan hidrogen !ang lemah (nonko2alen . 0asa , dan ( dihu%ungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan %asa 7 dan ? dihu%ungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.

Asam Nukleat

Page 7

7am%ar 98 dou%le heliks )-,

7am%ar 148 struktur )-,

:arak antara dua pasangan %asa !ang %erurutan adalah 4,=4 nm. 'ementara itu, di dalam setiap putaran spiral terdapat 14 pasangan %asa sehingga jarak antara dua %asa !ang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi =,4 nm. -amun, kondisi semacam ini han!a dijumpai apa%ila )-, %erada dalam medium larutan 1isiologis dengan kadar garam rendah seperti haln!a !ang terdapat di dalam protoplasma sel hidup. )-, semacam ini dikatakan %erada dalam %entuk 0 atau %entuk !ang sesuai dengan model asli Catson-?rick. 0entuk !ang lain, misaln!a %entuk ,, akan dijumpai jika )-, %erada dalam medium dengan kadar garam tinggi. #ada %entuk , terdapat 11 pasangan %asa dalam setiap putaran spiral. 'elain itu, ada pula %entuk D, !aitu %entuk molekul )-, !ang mempun!ai arah pilinan spiral ke kiri. 0ermacam-macam %entuk )-, ini si1atn!a 1leksi%el, artin!a dapat %eru%ah dari !ang satu ke !ang lain %ergantung kepada kondisi lingkungann!a. &. Struktur Asam )i'onukleat *)NA+ 'eperti )-, asam ri%onukleat ter%entuk oleh adan!a ikatan antara atom ? nomor = dengan atom ? nomor 5 pada molekul ri%osa dengan perantaraan gugus 1os1at.

Asam Nukleat

Page 8

7am%ar 118 struktur /-, /umus strukturn!a sama struktur )-, tetapi gulan!a adalah ri%osa (atom ? nomor 3 mengikat gugus ;& /-, memiliki si1at spesi1ik !ang %er%eda dengan si1at kimia )-,, !akni dalam hal8 1. 7ula pentosan!a adalah ri%ose 3. /-, memiliki ri%onukleotida guanin(7 , sitosin (? , adenin (, dan @rasil (@ pengganti (imin pada )-,. =. @ntai 1os1odiestern!a adalah untai tunggal !ang %isa melipat mem%entuk jepit ram%ut seperti untai ganda.0eda dengan )-, %entuk molekuln!a heliks ganda. 4. #rosentasi kandungan %as tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan guanin. 5. ,da tiga jenis /-, !aitu 8 m/-, (messenger /-, atau /-, duta5/-,d , %ertugas untuk mengkodekan kode genetik dari )-, untuk sintesis protein. (erdapat di anak inti.sel. (riplet kode genetik pada m/-, dise%ut kodon. t/-, (trans1er /-, atau /-,t , %ertugas untuk mencocokkan triplet !ang ada pada m/-, dengan protein !ang sesuai. (erdapat di sitoplasma. (riplet kode genetik pada t/-, dise%ut antikodon.

Asam Nukleat

Page 9

r/-, (ri%osomal /-, atau /-,r , %ertugas untuk memasangkan kodon m/-, dengan antikodon t/-, dan menggeser rantairantai supa!a ter%entuk polipeptida(protein . (erdapat di ri%osom.

#enulisan sederhana )-, dan /-, dimulai ujung 5< 1os1at %e%as ke ujung =< E;& %e%as se%agai %erikut 8 )-, 8 5<,-7-(-?-,-7 -(-(-?- 7-7-(-?-,-7 =< /-, 8 5<@-?-,-7-@-?-,-,-7-?-?-,-7-@-? =< &.# )eplikasi (NA /eplikasi )-, adalah proses penggandaan rantai ganda )-,. #ada sel, replikasi )-, terjadi se%elum pem%elahan sel. #enggandaan terse%ut meman1aatkan enzim )-, polimerase !ang mem%antu pem%entukan ikatan antara nukleotida-nukleotida pen!usun polimer )-,. #roses replikasi )-, dapat pula dilakukan in vitro dalam proses !ang dise%ut reaksi %erantai polimerase (#?/ .

7am%ar 138 /eplikasi )-, Mula-mula, heliks ganda )-, (merah di%uka menjadi dua untai

tunggal oleh enzim helikase (9 dengan %antuan topoisomerase (11 !ang mengurangi tegangan untai )-,. @ntaian )-, tunggal dilekati oleh proteinprotein pengikat untaian tunggal (14 untuk mencegahn!a mem%entuk heliks ganda kem%ali. #rimase ($ mem%entuk oligonukleotida /-, !ang dise%ut primer (5 dan molekul )-, polimerase (= F 8 melekat pada seuntai tunggal )-, dan %ergerak sepanjang untai terse%ut memperpanjang primer, mem%entuk untaian tunggal )-, %aru !ang dise%ut leading strand (3 dan

Asam Nukleat

Page 10

lagging strand (1 . )-, polimerase !ang mem%entuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (dise%ut 1ragmen ;kazaki (B . Gnzim )-, ligase (4 kemudian men!am%ungkan potonganpotongan lagging strand terse%ut. &.% SINTESIS P),TEIN 'intesis protein adalah proses pem%entukan protein dari monomer peptide !ang diatur susunann!a oleh kode genetik. 'intesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ri%osom. 'intesis protein terdiri dari = tahapan %esar !aitu8 1 Transkripsi. )-, mem%uka menjadi 3 rantai terpisah. 9arena m/-, %erantai tunggal, maka salah satu rantai )-, ditranskripsi(dicop!, istilah lainn!a . /antai !ang ditranskripsi dinamakan )-, sense atau template dan kode genetik !ang dikode dise%ut kodogen. 'edangkan !ang tidak ditranskripsi dise%ut )-, antisense5komplementer. /-, #olimerase mem%uka pilinan rantai )-, dan memasukkan nukleotida-nukleotida untuk %erpasangan dengan )-, sense sehingga ter%entuklah rantai m/-,. ?ontoh transkripsi8 'ense5(emplate m/-, 5<-(,??7,??777,,,(-=< =<-,@77?@77???@@@,-5< 3 Translasi dan Sintesis. m/-, !ang sudah ter%entuk keluar dari anak inti sel menuju r/-,. )isana m/-, masuk ke r/-, diikuti oleh t/-,. 9etika antikodon pada t/-, cocok dengan kodon m/-, kemudian rantai %ergeser ke tengah. 9odon m/-, %erikutn!a dicocokkan dengan t/-, kemudian asam amino !ang pertama %erikatan dengan asam amino kedua. t/-, pertama keluar dari r/-,. #roses ini %erlangsung hingga kodon stop, ri%osom su%unit %esar dan kecil terpisah, m/-, dan t/-, keluar dari ri%osom. m/-, t/-, =<-,@77?@77???@@@,-5< 5<-@,??7,??777,,,@-=<
Page 11

,ntisense59omplementer =<-,(77?(77???(((,-5<

Asam Nukleat

Bahan (iskusi kemajuan pesat dalam %idang tekhnoligi, terutama dalam %idang in1ormatika !ang mem%uat se%uah ino2asi %aru mengenai se%uah ilmu terapan untuk mengelola dan menganalisis in1ormasi %iologis !ang dise%ut dengan ilmu %ioin 1ormatika. 0idang ini mencakup penerapan metode matematika, statistika, dan in1ormatika untuk memecahkan masalah-masalah %iologis, terutama dengan menggunakan sekuens )-, dan asam amino serta in1ormasi !ang %erkaitan dengann!a. )iskusikanlah mengenai sejarah dan ca%ang-ca%ang disiplin ilmu !ang terkait dengan 0ioin1ormatika secara %erkelompok.

-. Si"at.si"at Asam Nukleat -.1 Si"at Kimia )i %a"ah ini akan di%ahas mengenai %e%erapa kimia asam nukleat. 'i1atsi1at terse%ut adalah sta%ilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia. 1. Stabilitas asam nukleat 9etika kita melihat struktur tangga %erpilin molekul )-, atau pun struktur sekunder /-,, sepintas akan nampak %ah"a struktur terse%ut menjadi sta%il aki%at adan!a ikatan hidrogen di antara %asa-%asa !ang %erpasangan. #adahal, se%enarn!a tidaklah demikian. >katan hidrogen di antara pasangan-pasangan %asa han!a akan sama kuatn!a dengan ikatan hidrogen antara %asa dan molekul air apa%ila )-, %erada dalam %entuk rantai tunggal. :adi, ikatan hidrogen jelas tidak %erpengaruh terhadap sta%ilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesi1itas perpasangan %asa. #enentu sta%ilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan %asa. #ermukaan %asa !ang

Asam Nukleat

Page 12

%ersi1at hidro1o%ik men!e%a%kan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan %asa sehingga perpasangan terse%ut menjadi kuat. 2. Pengaruh Asam )i dalam asam pekat dan suhu tinggi, misaln!a &?l; 4 dengan suhu le%ih dari 144H?, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponenkomponenn!a. -amun, di dalam asam mineral !ang le%ih encer, han!a ikatan glikosidik antara gula dan %asa purin saja !ang putus sehingga asam nukleat dikatakan %ersi1at apurinik. 3. Pengaruh alkali #engaruh alkali terhadap asam nukleat mengaki%atkan terjadin!a peru%ahan status tautomerik %asa. 'e%agai contoh, peningkatan p& akan men!e%a%kan peru%ahan struktur guanin dari %entuk keto menjadi %entuk enolat karena molekul terse%ut kehilangan se%uah proton. 'elanjutn!a, peru%ahan ini akan men!e%a%kan terputusn!a sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirn!a rantai ganda )-, mengalami denaturasi. &al !ang sama terjadi pula pada /-,. 0ahkan pada p& netral sekalipun, /-, jauh le%ih rentan terhadap hidrolisis %ila di%adingkan dengan )-, karena adan!a gugus ;& pada atom ? nomor 3 di dalam gula ri%osan!a. . !enaturasi kimia 'ejumlah %ahan kimia diketahui dapat men!e%a%kan denaturasi asam nukleat pada p& netral. ?ontoh !ang paling dikenal adalah urea (?;(-& 3
3

dan 1ormamid

(?;&-&3 . #ada konsentrasi !ang relati1 tinggi, sen!a"a-sen!a"a terse%ut dapat merusak ikatan hidrogen. ,rtin!a, sta%ilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi %erkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. ". p# #ada p& netral adan!a gugus 1os1at akan men!e%a%kan asam nukleat %ermuatan negati1. >nilah alasan pem%erian nama <asam< kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamn!a juga terdapat %an!ak %asa -. 9en!ataann!a,

Asam Nukleat

Page 13

asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer !ang sangat %ermuatan negati1. $. Si%at&si%at Spektroskopik&'ermal Asam (ukleat 'i1at spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan a%sorpsi sinar @I, denaturasi termal dan renaturasi serta interkalator asam nukleat. Masing-masing akan di%icarakan sekilas %erikut ini8 a. Absorpsi )* ,sam nukleat dapat menga%sorpsi sinar @I karena adan!a %asa nitrogen !ang %ersi1at aromatik6 1os1at dan gula tidak mem%erikan kontri%usi dalam a%sorpsi @I. #anjang gelom%ang untuk a%sorpsi maksimum %aik oleh )-, maupun /-, adalah 3$4 nm atau dikatakan J maks K 3$4 nm. -ilai ini jelas sangat %er%eda dengan nilai untuk protein !ang mempun!ai J maks K 384 nm. 'i1at-si1at a%sorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi, kuanti1ikasi, dan perkiraan kemurniann!a. b. !enaturasi termal dan renaturasi )i atas telah disinggung %ah"a %e%erapa sen!a"a kimia tertentu dapat men!e%a%kan terjadin!a denaturasi asam nukleat. (ern!ata, panas juga dapat men!e%a%kan denaturasi asam nukleat. #roses denaturasi ini dapat diikuti melalui pengamatan nilai a%sor%ansi !ang meningkat karena molekul rantai ganda (pada ds)-, dan se%agian daerah pada /-, akan %eru%ah menjadi molekul rantai tunggal. )enaturasi termal pada )-, dan /-, tern!ata sangat %er%eda. #ada /-, denaturasi %erlangsung perlahan dan %ersi1at acak karena %agian rantai ganda !ang pendek akan terdenaturasi le%ih dahulu daripada %agian rantai ganda !ang panjang. (idaklah demikian haln!a pada )-,. )enaturasi terjadi sangat cepat dan %ersi1at koperati1 karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah ka!a ,( akan mendesta%ilisasi daerah-daerah di sekitarn!a.

Asam Nukleat

Page 14

'uhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh atau melting temperature ('m . -ilai 'm merupakan 1ungsi kandungan 7? sampel )-,, dan %erkisar dari 84 H? hingga 144H? untuk molekul-molekul )-, !ang panjang. )-, !ang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi dengan cara didinginkan. Laju pendinginan %erpengaruh terhadap hasil renaturasi !ang diperoleh. #endinginan !ang %erlangsung cepat han!a memungkinkan renaturasi pada %e%erapa %agian5daerah tertentu. 'e%alikn!a, pendinginan !ang dilakukan perlahan-lahan dapat mengem%alikan seluruh molekul )-, ke %entuk rantai ganda seperti semula. /enaturasi !ang terjadi antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat !ang %er%eda dinamakan hi%ridisasi. c. +nterkalator 7eometri suatu molekul !ang mengalami superkoiling dapat %eru%ah aki%at %e%erapa 1aktor !ang mempengaruhi pilinan internaln!a. 'e%agai contoh, peningkatan suhu dapat menurunkan jumlah pilinan, atau se%alikn!a, peningkatan kekuatan ionik dapat menam%ah jumlah pilinan. 'alah satu 1aktor !ang penting adalah ke%eradaan interkalator seperti etidium %romid (Gt0r . Molekul ini merupakan sen!a"a aromatik polisiklik %ermuatan positi1 !ang men!isip di antara pasangan-pasangan %asa. )engan adan!a Gt0r molekul )-, dapat di2isualisasikan menggunakan paparan sinar @I -. Si"at !isika

)i %a"ah ini akan di%ahas mengenai %e%erapa si1at 1isika asam nukleat. 'i1at-si1at terse%ut adalah 2iskositas dan kerapatan apung. 1. *iskositas )-, kromosom dikatakan mempun!ai nis%ah aksial !ang sangat tinggi karena diametern!a han!a sekitar 3 nm, tetapi panjangn!a dapat mencapai %e%erapa sentimeter. )engan demikian, )-, terse%ut %er%entuk tipis memanjang. 'elain itu, )-, merupakan molekul !ang relati1 kaku sehingga larutan )-, akan

Asam Nukleat

Page 15

mempun!ai 2iskositas !ang tinggi. 9arena si1atn!a itulah molekul )-, menjadi sangat rentan terhadap 1ragmentasi 1isik. &al ini menim%ulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi )-, !ang utuh. 3. ,erapatan apung ,nalisis dan pemurnian )-, dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-n!a. )i dalam larutan !ang mengandung garam pekat dengan %erat molekul tinggi, misaln!a sesium klorid (?s?l 8M, )-, mempun!ai kerapatan !ang sama dengan larutan terse%ut, !akni sekitar 1,B g5cm =. :ika larutan ini disentri1ugasi dengan kecepatan !ang sangat tinggi, maka garam ?s?l !ang pekat akan %ermigrasi ke dasar ta%ung dengan mem%entuk gradien kerapatan. 0egitu juga, sampel )-, akan %ermigrasi menuju posisi gradien !ang sesuai dengan kerapatann!a. (eknik ini dikenal se%agai sentri1ugasi seim%ang dalam tingkat kerapatan (e-uilibrium density gradient centri%ugation) atau sentri1ugasi isopiknik. ;leh karena dengan teknik sentri1ugasi terse%ut pelet /-, akan %erada di dasar ta%ung dan protein akan mengapung, maka )-, dapat dimurnikan %aik dari /-, maupun dari protein. 'elain itu, teknik terse%ut juga %erguna untuk keperluan analisis )-, karena kerapatan apung )-, (.) merupakan 1ungsi linier %agi kandungan 7?-n!a. )alam hal ini, . K 1,$$ M 4,498N (7 M ? .

)AN/KUMAN ,sam nukleat merupakan merupakan polimer %esar dengan ukuran !ang %er2ariasi antara 35.444 51.444.444 s5d 1 mil!ar !ang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamn!a tersimpan in1ormasi

Asam Nukleat

Page 16

genetik. ,sam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida se%agai monomern!a. (iap nukleotida mempun!ai struktur !ang terdiri atas gugus 1os1at, gula pentosa, dan %asa nitrogen atau %asa nukleotida (%asa - . ,da dua macam asam nukleat, !aitu merupakan asam deoksiri%onukleat atau

deoxyribonucleic acid ()-, dan asam ri%onukleat atau ribonucleic acid (/-, . )-, polimer !ang terdiri atas molekul-molekul deoksiri%onukleotida !ang polinukleotida !ang panjang. adalah suatu polimer !ang terdiri atas molekul-molekul terikat satu sama lain sehingga mem%entuk rantai 'edangkan /-,

ri%onukleotida. 'eperti )-, asam ri%onukleat ter%entuk oleh adan!a ikatan antara atom ? nomor = dengan atom ? nomor 5 pada molekul ri%osa dengan perantaraan gugus 1os1at. )i dalam sel dapat terjadi replikasi )-, dan sintesis protein. )iman, /eplikasi )-, adalah proses penggandaan rantai ganda )-,. #ada sel, replikasi )-, terjadi se%elum pem%elahan sel. pen!usun polimer )-,. #enggandaan terse%ut meman1aatkan enzim )-, 'edangkan 'intesis protein adalah proses polimerase !ang mem%antu pem%entukan ikatan antara nukleotida-nukleotida pem%entukan protein dari monomer peptide !ang diatur susunann!a oleh kode genet ik. 'intesis protein terdiri dari = tahapan %esar !aitu8 traskripsi, translasi dan sintesis. ,sam nukleat mempun!ai si1at-si1at kimia !aitu8 sta%ilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia, dan di pengaruhi oleh kimia. 'elain si1at-si1at terse%ut, asan nukleat jiga mempun!ai si1at-si1at spektronik !ang meliputi a%sor%si @I, denaturasi termal dan redenaturasi serta interkalator.

Asam Nukleat

Page 17

S,AL.S,AL

Tes !ormati" @ntuk memperdalam pemahaman anda tentang materi diatas, kerjakan soal-soal latihan %erikut8 1. ,pa !ang dimaksud dengan asam nukleat dan kompomen apa saja !ang men!usun asam nukleat terse%ut %eserta gam%ar strukturn!aO 3. 7am%arkanlah struktur molekul nikleotida dan molekul nukleosida =. :elaskan %e%erapa persamaan dan per%edaan antara )-, dan /-, 4. 0agaimana si1at kimia dari asam nukleatO Umpan Balik ,nda dapat menguasai materi ini dengan %aik jika memperhatikan hal-hal %erikut8 1. Mem%uat ringkasan materi pada setiap %a% se%elum materi terse%ut di%ahas dalam diskusi kelas. 3. ,kti1 dalam diskusi %aik kelompok kecil maupun kelompok %esar. =. Mengerjakan latihan. Tindak Lan0ut 1. ,pa%ila mahasis"a dapat men!elesaikan B5N dari test 1ormati1 diatas, maka mahasis"a terse%ut dapat melanjutkan ke %a% selanjutn!a, se%a% pengetahuan tentang asam nukleat adalah dasar pengetahuan untuk mengenal sen!a"a pem%a"a in1ormasi genetik dan keterkaitann!a dengan ilmu lain seperti genetika dan %iomolekuler. 3. :ika ada diantara mahasis"a %elum mencapai penguasaan B5N dianjurkan untuk 8 - mempelajari kem%ali topik di atas dari a"al

Asam Nukleat

Page 18

- %erdiskusi dengan teman terutama pada hal-hal !ang %elum dikuasai - %ertan!a kepada dosen jika ada hal-hal !ang tidak jelas dalam diskusi.

Soal latihan a. Pilihan ganda 1. Pang dimaksud dengan 3 golongan %esar asam nukleat adalah Q. ,. )-, F /-, 0. #urin F #irimidin ?. -ukleotida F gugus 1os1at ). 7ula pentosa F nukleotida G. ,sam amino F protein 3. :umlah nukleotida pada rangkaian di %a"ah ini adalahQ

,. $ 0. 13 ?. 14 ). 18 G. 8 =. ?iri-ciri asam nukleat se%agai %erikut 8 1 . 0asa nitrogen terdiri dari timin, adenin, guanin, dan sitosin

Asam Nukleat

Page 19

3 . 0erupa rantai tunggal !ang pendek = . 0erupa rantai ganda !ang panjang 4 . 7ula pentosan!a deoksiri%osa 5 . 7ula pentosan!a ri%osa $ . #elaksana sintesis protein ?iri E ciri !ang dimiliki oleh /-, adalahQ ,. 1,3,= 0. 1,=,5 ?. 3,4,$ ). 3,5,$ G. 1,3,5,$ 4. Molekul E molekul %asa nitrogen !ang men!usun molekul ,)- selalu %erpasangan. #asangan E pasangan %asa terse%ut selalu tetap, !aitu Q ,. adenin E timin E sitosin E guanin 0. adenin E guanin E sitosin E timin ?. adenin E sitosin E timin E guanin ). adenin E urasil E sitosin E guanin G. adenin E guanin E sitosin E urasil 5. )iketahui %ah"a dalam inti sel terdapat sen!a"a- sen!a"a protein !ang %erkaitan dengan hereditas. 'en!a"a E sen!a"a itu adalahQ ,. nukleoprotein 0. asam nukleat ?. asam deoksiri%onukleat ). ,)- dan asam ri%onukleat G. ,sam ri%onukleat dan ,(# %. 'oal esa! $. apa !ang dimaksud dengan ikatan 1os1odiester dan tunjukan dengan gam%ar B. jelaskan 1ungsi /-, dan se%utkan = jenis /-, !ang saudara ketahui 8. Mengapa struktur )-, %er%entuk heliks ganda sedangkan /-, tidak.

Asam Nukleat

Page 20

9. 'en!a"a-sen!a"a apa !ang diperoleh apa%ila suatu asam nukleat dihidrolisis secara sempurnaO 14. :elaskanlah mengenai proses sintesis proteinR

(a"tar Istilah

,denine

8 salah satu dari dua %asa - purin !ang digunakan dalam mem%entuk nukleotida dari asam nukleat )-, dan /-,

)-,

8 !ang terdiri atas molekul-molekul deoksiri%onukleotida !ang terikat satu sama lain sehingga mem%entuk rantai polinukleotida !ang panjang.

)enaturasi )ou%le heli. 7uanine

8 9erusakan 8 rantai ganda pen!usun )-, 8 'alah satu dari dua %asa - puri !ang digunakan dalam mem%entuk nukleosida dari asam nukleat )-, dan /-,.

&idrolisis

8 pemecahan molekul menjadi le%ih sederhana

Page 21

Asam Nukleat

>katan Fos1odiester

8 ikatan ko2alen !ang menghu%ungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida %erikutn!a,

9odon

8 'uatu urutan )-, atau m/-, !ang terdiri atas tiga nukleotida !ang menspesi1ikasi asam amino tertentu atau sin!al terminal6 unit dasar kode genetik.

Lagging stand

8 untaian )-, !ang terletak pada sisi !ang %erse%erangan dengan leading stand pada garpu replikasi

Leading stand

8 @ntaian )-, !ang disintesis dengan arah 5< secara %erkesinam%ungan

=<

-ukleotida -ukleosida

8 Monomer ,san -ukleat 8 #en!usun -ukleotida dengan se%uah atau le%ih gugus Fos1at

#irimidin #urin

8 komponen heterosiklik aromatic organic mirip %enzene 8 komponen heterosiklik aromatic organic !ang mengandung cincin pirimidin !ang %erga%ung dengan cincin imidazol

/eplikasi )-, /-,

8 #roses penggandaan rantai ganda )-, 8 /-, adalah suatu polimer !ang terdiri atas molekumolekul ri%onukleotida.

'intesis #rotein

8 proses pem%entukan protein dari monomer peptide !ang diatur susunann!a oleh kode genetik

'ekuens ,sam -ukleat

8 penulisan urutan %asa nitrogen

Page 22

Asam Nukleat

'itosin

8 'alah satu dari dua %asa - pirimidin !ang men!usun )-, dan /-,

(ranskripsi (ranslasi (imin

8 pem%entukan kode genetic oleh )-, 8 #roses penterjemahan kode genetic oleh /-, trans1er 8 'alah satu dari dua %asa - pirimidin !ang men!usun )-,.

@rasil

8 'alah satu dari dua %asa - pirimidin !ang men!usun /-,

Asam Nukleat

Page 23

(a"tar Pustaka

,non!m. 3448. Asam (ukleat.

http855""". 'cri%d.com5doc53553=95=5,',M-

-@9LG,( (diakses 1 /anuari 2012) 9im%all, :hon C.198B.0iologi Gdisi 9elima.:akarta8Grlangga Muslim, ?hoirul. 3448. 1iokimia. 1engkulu2 )(+1&Press #oedjiadi,,. 1994. !asar&!asar 1iokimia. :akarta2 )niversitas +ndonesia&Press 3ul%ikar. 2010. Asam (ukleat. http244 """.chem-is-tr!.org5materiSkimia5kimia kesehatan5...5asam-nukleat5 (diakses 1 /anuari 2012)

Asam Nukleat

Page 24

LAMPI)AN

9unci :a"a%an tes Formati1 1. ,sam nukleat merupakan merupakan polimer %esar dengan ukuran !ang %er2ariasi antara 35.444 51.444.444 s5d 1 mil!ar !ang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamn!a tersimpan in1ormasi genetik. ,sam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida se%agai monomern!a. (iap

Asam Nukleat

Page 25

nukleotida mempun!ai struktur !ang terdiri atas gugus 1os1at, gula pentosa, dan %asa nitrogen atau %asa nukleotida (%asa - . 7am%ar struktur asam nukleat

2. struktur molekul nukleotida

'truktur molekul nukleosida

3. persamaan dan per%edaan antara )-, dan /-, adalah8 a. Memiliki gugus gula deoksiri%osa ()-, , ri%osa (/-, %. 0asa nitrogenn!a guanin (7 , sitosin (? , timin (( dan adenin (, )-,6 sedangkan /-, timin diganti @rasil (@ c. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel()-, , /-, rantai tunggal d. 9andungan %asa nitrogen antara kedua rantai sama %an!ak dan %erpasangan spesi1ik satu dengan lain. 7uanin selalu %erpasangan dengan untuk

Asam Nukleat

Page 26

sitosin ( 7 E? , dan adenine %erpasangan dengan timin (, - ( , sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah sitosin. )emikian pula adenine dan timin. @ntuk /-, pasangan urasil dengan ,denin (@-, pengganti timin pada )-,. 4. 'i1at kimia asam nukleat 'ta%ilitas asam nukleat8 #enentu sta%ilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasanganpasangan %asa. #engaruh asam8 )i dalam asam pekat dan suhu tinggi, misaln!a &?l; 4 dengan suhu le%ih dari 144H?, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponenn!a. #engaruh alkali8 #engaruh alkali terhadap asam nukleat mengaki%atkan terjadin!a peru%ahan status tautomerik %asa. )enaturasi kimia8 'ejumlah %ahan kimia diketahui dapat men!e%a%kan denaturasi asam nukleat pada p& netral. ?ontoh !ang paling dikenal adalah urea (?;(-&3
3

dan 1ormamid (?;&-&3 . #ada konsentrasi !ang

relati1 tinggi, sen!a"a-sen!a"a terse%ut dapat merusak ikatan hidrogen. p&8 #ada p& netral adan!a gugus 1os1at akan men!e%a%kan asam nukleat %ermuatan negati1. >nilah alasan pem%erian nama <asam< kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamn!a juga terdapat %an!ak %asa -. 'i1at-si1at 'pektroskopik-(ermal ,sam -ukleat ,%sorpsi @I8 ,sam nukleat dapat menga%sorpsi sinar @I karena adan!a %asa nitrogen !ang %ersi1at aromatik6 1os1at dan gula tidak mem%erikan kontri%usi dalam a%sorpsi @I. #anjang gelom%ang untuk a%sorpsi maksimum %aik oleh )-, maupun /-, adalah 3$4 nm

Asam Nukleat

Page 27

 )enaturasi

termal

dan

renaturasi8

suhu

!ang

tinggi

dapat

men!e%a%kan molekul rantai ganda (pada ds)-, dan se%agian daerah pada /-, akan %eru%ah menjadi molekul rantai tunggal. >nterkalator8 'alah satu 1aktor !ang penting adalah ke%eradaan interkalator seperti etidium %romid (Gt0r . Molekul ini merupakan sen!a"a aromatik polisiklik %ermuatan positi1 !ang men!isip di antara pasangan-pasangan %asa. )engan adan!a Gt0r molekul )-, dapat di2isualisasikan menggunakan paparan sinar @I #etunjuk :a"a%an soal latihan8 ,. #ilihan 7anda 1. , 3. , =. ) 4. 0 5. )

0. G',P $. ikatan 1os1odiester adalah suatu ikatan ko2alen melalui gugus 1os1at !ang menghu%ungkan antara gugus hidroksil (;& pada posisi 5< gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi =< gula pentosa nukleotida %erikutn!a. >katan ini sekaligus menghu%ungkan kedua nukleotida !ang %erurutan terse%ut sehingga akan ter%entuk suatu rantai polinukleotida !ang masing-masing nukleotidan!a satu sama lain dihu%ungkan oleh ikatan 1os1odiester. 7am%ar ikatan 1os1odiester8

Asam Nukleat

Page 28

B. /-, %er1ungsi se%agai pen!impan in1ormasi genetik, -amun demikian, peran penting /-, terletak pada 1ungsin!a se%agai perantara antara )-, dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini %erlaku untuk semua organisme hidup. )alam peran ini, /-, diproduksi se%agai salinan kode urutan %asa nitrogen )-, dalam proses transkripsi. 9ode urutan %asa ini tersusun dalam %entuk TtripletT, tiga urutan %asa -, !ang dikenal dengan nama kodon. 'etiap kodon %erelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk %erhenti , monomer !ang men!usun protein. (iga macam /-,, !aitu t/-, (trans1er /-, , m/-, (mesenger /-, , dan r/-, (ri%osomal /-, . 8. 'truktur heliks ganda oleh )-, dipengaruhi oleh adan!a ikatan hidrogen antara %asa-%asa !ang terikat pada gula !akni ikatan hidrogen dan nitrogen dari %asa purin dan pirimidin. ?ontoh adenin dapat mem%entuk dua ikatan hidrogen dengan timin, guanin = ikatan dengan sitosin. 'edangkan rantai /-, %erupa rantai tunggal !ang terlipat sehingga men!erupai rantai ganda. 9. 'en!a"a-sen!a"a !ang diperoleh apa%ila suatu asam nukleat dihidrolisis secara sempurna adalah 0asa (purin atau pirimidin 6 gula ri%osa atau deoksiri%osa6 dan sen!a"a 1os1at. 14. 'intesis protein terdiri dari = tahapan %esar !aitu8 1 (ranskripsi.

Asam Nukleat

Page 29

)-, mem%uka menjadi 3 rantai terpisah. 9arena m/-, %erantai tunggal, maka salah satu rantai )-, ditranskripsi(dicop!, istilah lainn!a . /antai !ang ditranskripsi dinamakan )-, sense atau template dan kode genetik !ang dikode dise%ut kodogen. 'edangkan !ang tidak ditranskripsi dise%ut )-, antisense5komplementer. /-, #olimerase mem%uka pilinan rantai )-, dan memasukkan nukleotida-nukleotida untuk %erpasangan dengan )-, sense sehingga ter%entuklah rantai m/-,. ?ontoh transkripsi8 'ense5(emplate m/-, 3 5<-(,??7,??777,,,(-=< =<-,@77?@77???@@@,-5< (ranslasi dan 'intesis. m/-, !ang sudah ter%entuk keluar dari anak inti sel menuju r/-,. )isana m/-, masuk ke r/-, diikuti oleh t/-,. 9etika antikodon pada t/-, cocok dengan kodon m/-, kemudian rantai %ergeser ke tengah. 9odon m/-, %erikutn!a dicocokkan dengan t/-, kemudian asam amino !ang pertama %erikatan dengan asam amino kedua. t/-, pertama keluar dari r/-,. #roses ini %erlangsung hingga kodon stop, ri%osom su%unit %esar dan kecil m/-, t/-, terpisah, m/-, dan t/-, keluar dari ri%osom.

,ntisense59omplementer =<-,(77?(77???(((,-5<

=<-,@77?@77???@@@,-5< 5<-@,??7,??777,,,@-=<

Asam Nukleat

Page 30

IN(EKS

,sam nukleat 11 1#1%1&11 ,denine -12131 1 )-, 11&1-1214131151111 1 )enaturasi 1#11%1 1 )ou%le heli. 21 1 7uanine 21 31 1 >katan Fos1odiester #1 1 &idrolisis #1 1 9odon 111 1 Lagging stand 111 1 Leading stand 111 1 -ukleotida 11 1#1%1&1151111 1 -ukleosida 1#1%1&1 1

#irimidin -121 1 #urin -121 1 /eplikasi )-, 151 1 /-, 11&1-141311511111 1 1 'intesis #rotein 111 'ekuens ,sam -ukleat %1 'itosin -12131

Asam Nukleat

Page 31

(ranskripsi 111 (ranslasi 111 (imin -121 @rasil -12131

S6nopsis

0uku ini merupakan %uku ajar %agi sis"a 'M, dan dapat juga digunakan untuk mahasis"a !ang mencari "a"asan le%ih lanjut. )alam %uku ini memiliki kele%ihan materin!a !ang le%ih sederhana, sehingga sis"a le%ih mudah memahami isi materin!a. 0uku ini %erisi tentang asam nukleat !ang menguraikan struktur molekul dan komponen asam nukleat, termasuk macam-macam terse%ut. 'elain ikatan itu, kimia !ang pula menghu%ungkan komponen-komponen dijelaskan

per%edaan struktur antara )-, dan /-,, serta si1at-si1at 1isika-kimia dan spektroskopik-termal asam nukleat, khususn!a )-,. )engan mempelajari pokok %ahasan ini akan diperoleh gam%aran mengenai peru%ahan struktur !ang terjadi pada asam nukleat !ang dimanipulasi, dan juga mekanisme manipulasi asam nukleat !ang pada dasarn!a %erkaitan dengan si1at-si1at 1isika-kimian!a. 'etelah mempelajari pokok %ahasan di dalam %a% ini mahasis"a diharapkan mampu menjelaskan8

Asam Nukleat

Page 32

1. struktur molekul dan komponen-komponen asam nukleat, termasuk macammacam ikatan kimia !ang terdapat di dalamn!a, 3. penggolongan asam nukleat =. si1at-si1at 1isika-kimia asam nukleat.

TENTAN/ PENULIS

7ida6atur )ahmi lahir di %ukittinggi pada $ Mei 1991. ?ita-citan!a ingin menjadi seorang guru mem%uatn!a mengam%il jurusan pendidikan di @ni2ersitas 0engkulu. >a merupakan lulusan ') 44 0ukittinggi, 'M# 5 0ukittinggi, dan 'M, 5 0@kittinggi. ,nak sulung dari enam %ersaudara ini, menggeluti dunia tulis menulis sejak kelas 3 'M,. &o%in!a menekuni dunia ma!a, %erkha!al, dan %ermain dengan kata-kata mengantarkann!a menjadi seorang penulis. )an, %uku !ang and a%aca sekarang ini merupakan %uku pertanan!a.

Asam Nukleat

Page 33