CICLO 2013-3 Mdulo: 2

Unidad: 01 Semana: 01

BIOQUMICA AMBIENTAL

FERNANDO MERINO RAFAEL

INTRODUCCIN A LA BIOQUMICA AMBIENTAL CICLOS BIOGEOQUMICOS

ORIENTACIONES
El conocimiento de los principios bsicos de la bioqumica ambiental nos da la capacidad de comprender todos los procesos mediados por seres vivos y que ocurren en el entorno. Este tema permite reconocer a los elementos que participan en el flujo de la materia y la energa en la bisfera.

CONTENIDOS TEMTICOS
Definicin de la Bioqumica Ambiental y su relacin con otras ciencias. Flujo de materia y energa en la biosfera: Principales organismos implicados en los ciclos biogeoqumicos y en la biorremediacin: organismos auttrofos y hetertrofos. Ciclo del oxgeno. Produccin y consumo de oxgeno por los seres vivos: fotosntesis y respiracin. Metabolismo energtico aerobio. Fosforilacin oxidativa y sntesis de ATP. Ciclo del carbono I. Relacin con el ciclo del oxgeno. Fijacin biolgica de CO2. Fase lumnica de la fotosntesis. Ciclo de Calvin. Fotorrespiracin. Adaptaciones fotosintticas: va C4.

CONTENIDOS TEMTICOS
Ciclo del carbono II. Ciclo del metano. Metangenos: ruta bioenergtica y ruta biosintticas. Metilotrofos y metanotrofos. Ciclo del nitrgeno. Fijacin biolgica del nitrgeno: complejo enzimtico nitrogenasa. Nitrificacin. Reduccin de nitratos. Asimilacin del amonio y sntesis de aminocidos. Amonificacin y desnitrificacin. Ciclo del azufre y del fsforo. Bacterias del azufre. Reduccin desasimilatoria de sulfatos. Reduccin asimilatoria. Ciclo del fsforo. Ciclo del hierro. Reduccin bacteriana del hierro frrico. Bacterias oxidantes del hierro. Oxidacin bacteriana de la pirita.

INTRODUCCIN A LA BIOQUMICA AMBIENTAL

INTRODUCCIN A LA BIOQUIMICA AMBIENTAL

Definicin de bioqumica
Estudia la composicin qumica de los seres vivos Los fenmenos bioqumicos en los seres vivos son variados Una cianobacteria usa sustancias inorgnicas muy simples para a partir de ellas construir sus molculas vitales

Relacin con otras disciplinas

La bioqumica es el punto de interaccin de 5 esferas:
o o o o o Atmsfera Hidrsfera Gesfera Antropsfera Bisfera

FLUJO DE MATERIA Y ENERGA EN LA BIOSFERA. ORGANISMOS AUTTROFOS Y HETERTROFOS

Niveles trficos
PRODUCTORES Auttrofos

CONSUMIDORES

Herbvoros Carnvoros Carroeros

DESCOMPONEDORES

Transformadores

FLUJO DE MATERIA Y ENERGA EN LA BIOSFERA. ORGANISMOS AUTTROFOS Y HETERTROFOS

Cadenas trficas

FLUJO DE MATERIA Y ENERGA EN LA BIOSFERA. ORGANISMOS AUTTROFOS Y HETERTROFOS

Redes trficas

 Flujo de materia y energa en la bisfera

Las plantas usan la materia generada en la fotosntesis para crecer Respiracin, funciones vitales Herbvoros: crecimiento y respiracin Los dems niveles trficos hacen lo mismo Hay ciclos El flujo de energa es unidireccional:
o La energa solar se transforma en energa qumica o Se devuelve al medio en forma de energa calrica

LOS CICLOS BIOGEOQUMICOS

EL CICLO DEL OXGENO

El oxgeno se halla en la atmfera como O2 y como CO2 CO2 se usa en la respiracin aerbica de plantas y animales Formacin de agua metablica Los tomos de oxgeno se incorporan a la materia orgnica CO2 tambin se usa en la fotosntesis Fuentes no biolgicas de tomos de oxgeno:
Oxgeno gaseoso (O2) Dixido de carbono (CO2) Agua (H2O )

Oxgeno en la atmsfera
CO2, NO2, SO2

EL CICLO DEL OXGENO

Las transformaciones del oxgeno pasan por reservorios:
Atmsfera Ocano Corteza terrestre

Principal forma de produccin: fotosntesis Consumo: respiracin La cantidad producida excede a la consumida en 30 veces Fotlisis: 2H2O + energa > 4H+ + O2 Respiracin: {CH2O} + O2 > CO2 + H2O

EL CICLO DEL OXGENO

EL CICLO DEL OXGENO

Aspecto generales de la fotosntesis
Es un proceso mediante el que los seres vivos con clorofila captan energa lumnica del sol y la transforman en energa qumica y compuestos reductores 6 CO2 + 6 H2O + E (luz) C6H12O6 (glucosa) + 6 O2 La energa y el poder reductor generado en la fotosntesis hacen posible la reduccin y la asimilacin de los bioelementos para formar materia Organismos auttrofos

EL CICLO DEL OXIGENO

Luz y pigmentos
La radiacin llega en forma de cuantos o fotones. Los auttrofos captan luz mediante pigmentos fotosensibles (clorofilas y carotenos) Un pigmento es cualquier sustancia que absorbe luz. La clorofila absorbe todas las longitudes de onda de la luz visible excepto el verde. El pigmento blanco o colores claros reflejan todo o casi todas las longitudes de onda.

El cloroplasto

EL CICLO DEL OXGENO

Etapas de la fotosntesis:
Fase luminosa: en la membrana del tilacoide. Fase oscura: en el estroma del tilacoide

EL CICLO DEL OXGENO

Fotosistemas
Sistemas que permiten la liberacin del oxgeno en forma fotosinttica Procariontes: 1 fotosistema Eucariontes: 2 fotosistemas

P680

P700

EL CICLO DEL OXGENO

Una vez que la clorofila absorbe luz:
1. 2. 3. la energa es atrapada y convertida en energa qumica La energa se disipa como calor La energa se emite inmediatamente como una longitud de onda mayor

CICLO DEL OXGENO

Fase lumnica
Fotolisis del agua. Sntesis de ATP o fotofosforilacin que puede ser acclica o abierta, y cclica o cerrada. Sntesis de poder reductor (NADPH).

CICLO DEL OXIGENO

Fase oscura (Ciclo de Calvin y Benson)
Se forman los azcares requeridos por la planta Se usa lo sintetizado en la fase lumnica No depende directamente de la luz Se produce en tres fases:
o 1. Carboxilativa: el CO2 se fija a una molcula de 5C formando un compuesto inestable de 6C, que se divide en dos molculas de cido 3-fosfoglicrico. o 2. Reductiva: el cido 3-fosfoglicrico se reduce a gliceraldehido-3-fosfato utilizndose ATP y NADPH. o 3. Regenerativa / Sinttica: de cada seis molculas de gliceraldehido-3fosfato, cinco se usan para regenerar la ribulosa-1,5-difosfato y una ser empleada para sintetizar glucosa.

Ciclo de Calvin y Benson (Fase oscura de la fotosntesis)

CICLO DEL OXIGENO

Regulacin de la fotosntesis
La tasa a la que ocurre la fotosntesis depende de:
o o o o Concentracin de dixido de carbono Intensidad de luz Abundancia de clorofila Temperatura del ambiente

CICLO DEL OXGEO

Fotosntesis C4
En las plantas C4 y CAM existe la fosfenolpiruvato carboxilasa. Esta enzima no sustituye a la RUBISCO La fijacin de CO2 sigue siendo por el ciclo de Calvin. La enzima fosfoenolpiruvato carboxilasa (PEPC). cataliza la incorporacin de bicarbonato al fosfoenolpiruvato (PEP) formando oxalacetato (OAA). El bicarbonato se obtiene del CO2 en disolucin. Al ser el oxalacetato muy inestable se forma malato o aspartato en funcin de si ocurre una reduccin o una transaminacin. El 3% de las plantas tienen fotosntesis C4,
Planta CAM: no hace fotosntesis, toma CO2 y cierra estomas, luego lo convierte en cido mlico. Durante el da convierte cido mlico en azcares (Crasulaceas) Planta C4: via de Hatch-Slack. Fijan CO2, este reacciona con el fosfoenolpiruvato y producen oxalacetato; este se convierte en malato (maz, caa de azcar, amaranto)

Fotosntesis C4

Respiracin Celular
Proceso en el que las clulas degradan molculas combustibles para obtener energa. Es una reaccin exergnica: parte de la energa es utilizada por la clula para sintetizar ATP. Otra parte se disipa en forma de calor. Es una combustin biolgica. La respiracin y la combustin son reacciones exergnicas. Es una serie de reacciones de xido-reduccin por las que las molculas combustibles son oxidadas y degradadas liberando energa. La primera etapa, la gluclisis, ocurre en el citoplasma y no requiere la participacin del oxgeno. La segunda etapa depender de la presencia o ausencia de O2 ; en el primer caso es la respiracin aerbica (en mitocondrias), y en el segundo caso la respiracin anaerbica o la fermentacin (en el citoplasma).

La clula

Gluclisis
Reacciones de degradacin de glucosa hasta dos molculas de cido pirvico. Esto ocurre en el citoplasma. Es un proceso anaerobio: no necesita oxgeno
Reactivos

Glucosa + 2ATP + 4ADP + 2Pi + NAD+

Productos

2 cido pirvico + 2 ADP + 4 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O

Gluclisis (I)

Gluclisis (II)

Significado biolgico de la gluclisis

Significado biolgico de la gluclisis:
Ocurre en procariotas como en eucariotas. Eucarionte: en el citoplasma Es un proceso anaerobio: no participa el O2. La cantidad de energa obtenida es escasa.

Vas del catabolismo del pirvico

Para evitar que la glucolisis se detenga por un exceso de cido pirvico (PYR) y NADH+H+ o por falta de NAD+, se necesitan otras vas que eliminen los productos obtenidos y recuperen los substratos imprescindibles. Esto va a poder realizarse de dos maneras:

Respiracin aerobia
Cuando hay oxgeno, el pirvico es degradado completamente obtenindose dixido de carbono (CO2). El NADH+H+ y otras coenzimas reductoras obtenidas son oxidadas y los electrones transportados hacia el oxgeno (O2), recuperndose el NAD+ y obtenindose H2O. Este proceso se realiza en los eucariotas en las mitocondrias.

 Fermentacin
En ausencia de oxgeno el cido pirvico se transforma a CO2 y H2O. Objetivo rcuperara NAD+. En los eucariotas se realiza en el citoplasma. Dos procesos:
o Descarboxilacin. o Oxidacin.

Se forman 2 nuevas molculas de NADH+H+ y se originan las primeras 2 molculas de CO2.

La mitocondria

La mitocondria

Ciclo de Krebs
Balance del ciclo: Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD 2 CO2 + 3NADH + FADH2 + ATP Balance de una molcula de glucosa: 1 glucosa + 38 ADP + 38 Pi 6 CO2 + 38 ATP 2 de los NADH son formados en el citoplasma durante la gliclisis

Cadena de transporte de electrones

Transporte de electrones desde las coenzimas reducidas, NADH+H+ o FADH2, hasta el oxgeno Membrana de las crestas mitocondriales. Del NADH se obtendrn 3 ATP por cada molcula. Del FADH2 se generan 2 ATP. Los electrones sern cedidos al oxgeno que junto con dos protones del medio darn una molcula de H2O:

2H+ + 1/2O2 + 2e- H2O

Fosforilacin oxidativa
Es la sntesis de ATP por transferencia de electrones hacia el O2. Se caracteriza por:
1. Los protones pasan por la membrana, desde la matriz de la mitocondria al espacio intermembranal. La continua produccin de protones crea un gradiente. 2. La ATP sintetasa es un complejo proteico que permite la re-entrada de protones. 3. La sntesis de ATP se produce por el flujo de protones a travs de la membrana:

ADP + Pi ATP

Cadena transportadora de electrones

EL CICLO DEL CARBONO

Generalidades
Su ciclo puede subdividirse en: ciclo geolgico y ciclo biolgico. Geolgico: constituido por reservorios de carbono: atmsfera, biosfera terrestre, ocanos y sedimentos. Los movimientos entre reservorios ocurren debido a varios procesos qumicos, fsicos, geolgicos y biolgicos. Carbono en atmsfera:
En forma de dixido de carbono (CO2). En la atmsfera hay 750 gigatoneladas de carbono. La atmsfera es el almacn de carbono ms pequeo. Tiene el mayor porcentaje de circulacin de carbono a causa de procesos bioqumicos.

Generalidades
Carbono en ocanos:
36000 gigatoneladas de carbono: ion bicarbonato. 0.05% del carbono total de la Tierra. El carbono se intercambia entre atmsfera y ocano. CO2 en el ocano: CO2 + H2O H2CO3 (cido carbnico)

Para el control de cambios de pH en los ocanos: H2CO3 H+ + HCO3 El Bicarbonato puede combinarse con el calcio

Generalidades
Carbono en bisfera
1900 gigatoneladas de carbono Los auttrofos usan dixido de carbono del aire o del agua El carbono se transfiere cuando los hetertrofos se alimentan de otros organismos o de sus partes. La mayor parte del carbono deja la biosfera por respiracin. Cuando el oxgeno est presente, se produce la respiracin aerbica: C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O En ausencia de oxgeno, la respiracin anaerobia libera metano que sigue hacia la atmsfera o la hidrsfera La combustin de biomasa tambin puede transferir carbono a la atmsfera. El almacenamiento de carbono en la biosfera est bajo la influencia de varios procesos en escalas de tiempo diferentes
o El carbono puede ser almacenado hasta varios cientos de aos en los rboles y hasta miles de aos en los suelos.

Ciclo geolgico del carbono

Desde hace 4,55 miles de millones de aos Origen: planetesimales y meteoritos portadores de carbono. 99% de carbono terrestre: litsfera Carbono inorgnico en rocas sedimentarias. Carbono orgnico depsitos de combustibles fsiles. A escala geolgica el dixido de carbono de la atmsfera forma el cido carbnico, que reacciona con calcio y magnesio de la corteza terrestre, formando carbonatos. Por erosin son arrastrados a los ocanos, donde se acumulan o son asimilados por organismos que luego de morir se depositan en el fondo del mar. Estos sedimentos forman rocas calizas.

Ciclo geolgico del carbono

Las rocas sedimentarias del lecho marino son arrastradas hacia el manto por subduccin Las rocas sedimentarias se derriten y reaccionan con otros minerales, liberando CO2. El CO2 es devuelto a la atmsfera por erupciones volcnicas. Durante la ltima era glacial las concentraciones de CO2 eran aproximadamente la mitad que en la actualidad. El carbono orgnico que dio origen a la hulla, el petrleo y el gas natural, tambin se libera a partir de hace 200 aos, con el inicio de la Revolucin Industrial y la explotacin de combustibles fsiles, que empez a liberar el carbono en forma de CO2.

http://www.bigelow.org/foodweb/carbon_cycle.jpg

CICLO DEL NITROGENO

Generalidades
El nitrgeno es base para la sntesis de protenas y cidos nucleicos. Es de la atmsfera terrestre Usado por bacterias fijadoras del nitrgeno

N2 + 8e + 8H+ + 16ATP 2NH4+ + 16ADP + 16Pi

Complejo Nitrogenasa
Es responsable de la reaccin de fijacin de N Aparece en la atmsfera libre de oxgeno. Azotobacter usa oxgeno, inactivando a la nitrogenasa Las cianofitas (azul-verdes) fijan nitrgeno en heteroquistes Rhizobium infecta races de plantas leguminosas Forman ndulos Las cianobacterias son los principales microorganismos fijadores de nitrgeno en el agua. Ejemplos: Anabaena, Nostoc, Calothrix.

Complejo Nitrogenasa
El amonaco es asimilado como aminocidos, forma protenas y participa en sntesis de nucletidos (2 en la figura siguiente). El nitrgeno orgnico de plantas y animales muertos mas excrementos regresa al entorno y se mineraliza (3, figura) por microorganismos (Clostridium, Acetobacter), con desaminacin de los aminocidos La mineralizacin ocurre aerbica o anaerbicamente En el proceso de nitrificacin: el amonaco se oxida hasta nitrito (Nitrosomonas) y luego hasta nitrato (Nitrobacter) (4 y 5, figura). El nitrato puede usarse como receptor de electrones en la respiracin anaerobia, reducindose hasta nitrgeno (6, figura). Esto ocurre en condiciones anaerbicas (Bacillus, Pseudomonas) Se puede reducir una vez ms hasta amonaco y de all se puede convertir en nitrgeno orgnico (7, figura).

Ciclo (continuacin)
La va final: anammox (oxidacin de amonaco anaerbico) Ocurre por bacterias Gram-negativas (Planctomycetes). Reaccin:

NH4+ + NO2 = N2 + 2H2O (8, figura)

Ciclo del Nitrgeno

CICLO DEL AZUFRE

Ciclo del azufre

Se encuentra en aminocidos, coenzimas y vitaminas. El azufre elemental no es utilizable ara la mayora de seres vivos Acidithiobacillus puede oxidarlo hasta sulfato (1, figura) Forma en que es ms utilizable por los organismos:

2S + 3O2 + 2H2O H2SO4

Las bacterias reductoras de sulfato convierten el sulfato a sulfuro de hidrgeno gaseoso (2, figura) usando a un compuesto orgnico o al hidrgeno gaseoso como donador de electrones:

8H+ + SO42- H2S + 2H2O + 2OH

Son bacterias anaerobias estrictas que realizan la reduccin desasimiladora de sulfatos.

Ciclo del azufre

Las plantas utilizan sulfato, incorporndolo a los aminocidos metionina y cistena (3, figura) en la reduccin asimiladora de sulfato. Al morir, las plantas liberan estos compuestos por descomposicin, liberando sulfuro de hidrgeno (4, figura).

CISTEINA

PIRUVATO

Ciclo del azufre

Las bacterias fotosintticas verdes y prpura y las bacterias quimioauttrofas usan al sulfuro de hidrgeno como donador de electrones para reducir al dixido de carbono, para la produccin de azufre elemental:

H2S + CO2 (CH2O)n + S0

Ciclo del azufre

CICLO DEL FOSFORO

Ciclo del fsforo

Determina si las plantas y otros organismos pueden crecer en un rea. Existe como iones fosfato (PO43 -) Pocos cambios en su estado de oxidacin. Implica cambios de formas solubles a formas insolubles Cambios de fosfato orgnico a fosfato inorgnico Fosfato de rocas es solubilizado por bacterias como Acidithiobacillus. No hay producto voltil fosforado que devuelva fsforo a la atmsfera Se acumula en los mares. Se recupera por erosin de sedimentos de mares antiguos Las aves marinas retiran fsforo del mar al alimentarse

Ciclo del fsforo

Ciclo del fsforo

CICLO DEL HIERRO

Ciclo del Hierro

El Hierro es el cuarto elemento en abundancia En ligandos orgnicos y citocromos Cofactor de enzimas metablicas y protenas reguladoras. Dos estados de oxidacin, (Fe2+) ferroso y frrico (Fe3+). El Fe2+ es soluble en condiciones reducidas El Fe2+ es insoluble en condiciones aerbicas Ciclos entre los estados de oxidacin bitica y abitica. Los microorganismos han desarrollado siderforos para solubilizar y absorber hierro.

Ciclo del Hierro

Oxidacin de hierro ferroso

2Fe2+ + O2 + 2H+ 2Fe3+ + H2O

Ocurre en aerobiosis y acidez Participan bacterias acidfilas:
Acidithiobacillus ferrooxidans Leptospirillum ferrooxidans, Bacterias quimiolitotrficas

Tambin puede ocurrir en forma abitica en condiciones neutras hasta alcalinas (la mayor parte de Hierro en la bisfera en forma oxidada).

Ciclo del Hierro

Reduccin de hierro frrico (Fe3+ Fe2+)
Anaerobiosis: suelos anegados, sedimentos marinos o de agua dulce, hipolimnion (agua fra al fondo de lagos) Bacterias hetertrofas:
o o o o Bacillus Pseudomonas Proteus Alcaligenes

Si se compara con otros elementos en la torre de oxidorreduccin: debajo del O2 y el NO3 La reduccin del hierro genera ms energa que la del sulfato o el CO2.

INTERACCIN CON EL CICLO DEL AZUFRE

Corrosin de metales
Mediada por microorganismos En cascos de naves, En tuberas de tratamiento de aguas En tuberas acuticas de gas/petrleo Las bacterias reductoras de sulfato producen H2S, Este reacciona con el Fe2+ y forma precipitados de FeS e Fe(OH)2

INTERACCIN CON EL CICLO DEL AZUFRE

Drenaje cido de minas
La pirita (FeS2) se expone al oxgeno y la humedad:

4FeS2 + 15O2 + 14 H2O 4Fe(OH)3 - + 8H2SO4

Bacterias participantes: Acidithiobacillus ferrooxidans (quimioauttrofa) Arqueas termoflicas Sulfolobus y Acidianus El proceso de oxidacin de pirita empieza en forma abitica, produce hierro ferroso (Fe2+), el cual luego se oxida espontneamente hacia hierro frrico (Fe3+); a medida que el pH disminuye la oxidacin del hierro es llevada a cabo por A. ferrooxidans termoflica.

INTERACCIN CON EL CICLO DEL AZUFRE

Drenaje cido de minas (cont.):
Al acumularse Fe3+ favorece la oxidacin adicional de la pirita:

FeS2 + 14Fe3+ + 8H2O 15Fe2+ +2SO42- +16H+

Se generan hierro cido y ferroso, oxidados de nuevo por A. ferrooxidans. El lixiviado que se produce es muy cido y precipita en color marrn oscuro (hidrxido ferroso). Lo que sobre del hierro frrico puede reaccionar con el sulfato y el potasio El producto (amarillo marrn) se vierte en corrientes o arroyos.

INTERACCIN CON EL CICLO DEL AZUFRE

Recuperacin de metales y desulfuracin de carbn
A. ferrooxidans en la produccin de cobre y uranio Ocurre lixiviacin directa e indirecta: Directa:

2Cu2S (chalcocita) + O2 +4H+ 2CuS + 2Cu2++ 2H2O

Indirecta:

Cu2S + 2Fe2(SO4)3 2CuSO4 + 4FeSO4 + S

(cobre oxidado por presencia de Fe3+)

INTERACCIN CON EL CICLO DEL AZUFRE

Recuperacin de metales y desulfuracin de carbn (cont.)

2FeSO4 + O2 + H2SO4 Fe2(SO4)3 + H2O

(Fe2+ reoxidado por A. ferrooxidans hasta Fe3+)

Cu2+ + Fe Fe2+ + Cu
(iones decobre removidos de la solucin por precipitacin en presencia de hierro)

Desulfurizacin del carbn

Lixivia azufre inorgnico desde pirita por medio de A. ferrooxidans

Torre Redox

Ciclo del Hierro

CONCLUSIONES Y/O ACTIVIDADES DE INVESTIGACIN SUGERIDAS

Revisar los ciclos biogeoquimicos en: http://platea.pntic.mec.es/~cmarti3/CTMA/BIOSFERA/ciclos.htm http://www.quimicaweb.net/grupo_trabajo_ccnn_2/tema12/index.htm

GRACIAS