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Vsquez La molcula de la vida

Captulo 3: Para definir un gen existen tres categoras correctas e incorrectas: 1. Estructura: un segmento del ADN que codifica para una protena 2. Fenotipo: algo que determina una caracterstica particular 3. Herencia: unidad heredable Johansen el primero en definir GEN, como una condicin o algo interno cuya presencia depende de una caracterstica morfolgica o fisiolgica. Exista la creencia de que es ADN y se habla de colinearidad entre estructura gen y protena. En 1961 se comenz a creer que un gen es una porcin discreta del ADN que codifica para una protena pero: No todos los genes son lineales con las protenas El mismo gen puede dar lugar a ms de una protena No todos los genes codifican para protenas.

Finalmente se defini a GEN como: unidad fsica y funcional de la herencia que lleva informacin de una generacin a la siguiente. La unidad debe estar compuesta de toda la secuencia de ADN necesaria para la fabricacin de un producto funcional (uno o ms) sea ARN o protenas. Ms del 70% del ADN del genoma humano no contiene genes. La mayora de nuestro ADN corresponde a con funcin estructural o a ADN repetitivo (secuencias cortas o largas que se repiten miles de veces en el genoma) o a reliquias que han quedado de la evolucin o los genes que han dejado de ser funcionales por alguna razn. Szostak, plantea que hay vida en un sistema que a la vez capaz de duplicarse autnomamente (continuando crecimiento y divisin, los cuales dependen solo de pequeas molculas y energa y no dependen de sistemas vivos pre-existentes) sujeto a la evolucin darwiniana. Como propiedad surge de la unin entre un genoma informativo y la estructura tridimensional en que reside. Un genoma informativo por s solo no constituye vida, sino que est obligado a interaccionar con el medio ambiente y con su entorno tridimensiona. Diversidad de genomas: Tres dominios que agrupan a los cinco reinos: eubacteria, archaebacteria- eucariota. Eucariotas agrupan: animalia- plantae-protista- fungi Eubacteria agrupan: monera- bacterias Achea: agrupan tipos de organismos similares a las bacterias pero con algunas caractersticas eucariotas.

Los tres genomas no se organizan de la misma manera: 1. 2. Las eubacterias y las archeabacterias no tienen ncleo como las eucariotas Contienen menos genes ms pequeos y compactos que las eucariotas

3. Los genes son continuos mientras que dijimos que los genes de las eucariotas estn fragmentados por la presencia de regiones de ADN, que no codifican para protenas pero que luego son eliminadas en el trascripto de ARN. 4. Los genomas de bacterias son circulares y estn constituidos de una nica molcula de ADN, mientras que las eucariotas son lineales y estn divididos en varias molculas de ADN llamadas cromosomas. Origen comn: para fabricar protenas a partir de la informacin de ADN es esencialmente idntico. ETIQUETADO DEL ADN EN CROMOSOMAS: Cromosomas eucariotas: grandes y lineales 1. El ADN se pegotea con un tipo de protenas (histonas) 2. 5 histonas: H2A,H2B,H3,H1,H4: que conforma un octamero constituido por H2A, H2B,H3 Y H4 (cada una por dos) 3. Alrededor del octamero se enrolla el ADN cada uno de los enrollamientos recibe el nombre de nucleosoma 4. Cada nucleosoma es coordinado por una histona H1 que se pega en el ADN que conecta a dos nucleosomas contiguos 5. Los nucleosomas se agregan entre s para formar una fibra de 3mm 6. Esta fibra se enrolla sobre s misma y luego se pega sobre una matriz de protenas que le dan forma final de CROMOSOMA. Cuando la clula no est preparada para dividirse el ADN no tiene ese grado de empaquetamiento y se mantiene en el estado de fibra. El empaquetado condensado (cromosoma) solo se forma cuando la clula se va a dividir. Centrmero: es la regin de constriccin donde se engancha el huso acromtico para separar a los cromosomas hacia las clulas hijas en la mitosis. Construido por protenas del esqueleto del cromosoma al cual se pegan una regin del ADN REPETIVO en secuencia al final de los cromosomas lineales, TELOMEROS: consisten en una secuencia del ADN HEAMERICA que se repite. DUPLICACION DEL ADN ES SEMICONSERVATIVA: La estructura del ADN se duplica por complementariedad de bases, cada cadena sirve como molde para generar las nuevas y perpetuar la informacin. En 1958 Meselson y Sthal, demostraron que la duplicacin era semiconservativa, realizaron un experimento, donde usaron bactarias de la escherichia coli y la hicieron crecer en presencia de isotopos de N15. Este al ser ms pesado se incorpor al ADN del genoma de las bacterias y luego estas se transfirieron a un N14 ms pesado, por lo que servan de molde para generar nuevo ADN ms liviano. Dando lugar a dos posibles resultados. Nuevas cadenas serian todas ms livianas o mixtas de peso intermedio. Una liviana y una pesada.

Usaron el mtodo de centrifugacin de gradientes de densidad, donde va siendo ms liviana a medida que nos acercamos a la superficie. En la primera generacin las bacterias hijas, estaban conformadas por una cadena nueva sintetizada asociada con una cadena vieja. Por lo que el ADN parental se iba diluyendo en las generaciones siguientes. MECANISMO DE DUPLICACION: La duplicacin depende de enzimas que realizan tareas particulares. ADN parental se separan las hlices para que cada uno se pueda transformar en molde. Esto lo hace la HELICSA: desenrolla la doble hlice y rompe los puentes de H que aparean la base, ocurre en varios sitios conocidos como la Horquilla de Replicacin. Cuando se abren las bases quedan expuestas para que una nueva enzima se encargue de agregar y enganchar los nucletidos sobre el molde. Esto lo hace la POLIMERASA. ADN POLIMERASA, es el punto de inicio es un iniciador de ARN depositado en el molde por una enzima polimerasadora de ribonucleotidos la PRIMAZA. Usa este ARN como iniciador (Hoxidrilo 3` libre) la polimerasa empieza a agregar unidades ( c,a,g,t) segn la secuencia. Cuando el molde se termin de copiar, el fragmento de ARN INICIAL es disgregado y reemplazado por ADN por accin de otra ADN Polimerasa. Molde a copiar es ledo de 3`a5`, esta realiza una copia en direccin opuesta porque necesita ese hidroxilo 3`para comenzar. Cuando se abren las hebras la horquilla avanza solo en una direccin 5`a 3`(solo la hebra lder puede ser polimerizada) Para elongar la otra cadena, la polimerasa debe trabajar en direccin opuesta a la horquilla, as realiza fragmentos cortos de ADN cada vez que los elonga en direccin 5`a 3`. Cuando la horquilla avanza de nuevo la polimerasa sube un realiza un nuevo fragmento alejndose de la horquilla (HBRA RETRASADA) Los fragmentos de ADN se conocen como fragmentos de OKAZAKI, son unidos entre si por accin de la ADN LIGASA, pues realiza el enlace fosfodiester que faltaba. La polimerasa puede llegar a equivocarse, se produce mutacin que ocurre por azar, pequeas variaciones en la secuencia.

CAPITULO 4: DOGMA CENTRAL La informacin del ADN va hacia las protenas por una molcula de ARNm, este transmite el mensaje hacia donde se fabrican las protenas. Es otro lenguaje para traducir la informacin (ARNm) en cadenas de aminocidos que conforman las protenas. La secuencia del gen que codifica para una protena, es precedida por una secuencia que le indica cual es la cadena que contiene la informacin, Zona promotora, donde se une una

enzima (ARN POLIMERAZA) encargada de polimerizar ribo nucletidos para generar ARNm, este incorpora un nucletido (u) uracilo que se aparea con la adenina. El ADN y el ARN se diferencian en sus unidades bsicas, dexosiribonucleotidos y ribo nucletidos. La t del ADN es reemplazada por la u en el ARN. Cando las cadenas se abren (transcripcin por la ARN polimerasa) se denomina codificante (lleva informacin) y la otra es el molde para copiar la informacin. El ARN se constituye usando instrucciones de complementariedad del molde para que su propia secuencia resulte igual a la cadena codificante. PROMOTOR: (une ARN polimerasa) es importante porque: Indica cual es la cadena codificante y la direccin en que se debe copiar el mensaje Indica cual es el primer nucletido que del molde que debe ser copiado Indica s la ARN polimerasa puede unir o no y cuando lo que tiene la capacidad de decidir si un gen va a ser expresado en un mensaje o no.

En las eucariotas los genes estn interrumpidos por secuencias no codificantes (INTRONES). Los EXONES son partes de la secuencia que si codifican, a medida que los organismos unicelulares se hacen ms complejos, por el nmero de la estructura exn-intron- se incrementa y el nmero de exones por gen tambin. La regin del ADN que separa dos genes se llama REGION INTERGENICA. En las eubacterias, todos los genes que tienen funciones relacionadas se agrupan en direccin de un mismo promotor que comparten (operon, que es transcripto en forma policistronica, es decir una molcula de ARN, que contiene la informacin para varias protenas. En las eucariotas: cada zona codificante tiene su propio promotor que decide cundo y cunto ARNm ser generado, cada ARNm contiene informacin para un solo producto (MONOCISTRONICO). Cuando el gen se transcribe a ARN todava contiene intrones que deben ser removidos para juntar los exones (ARNm inmaduro) una vez que son removidos el ARNm se llama maduro y esa molcula sale del citoplasma y ser traducida a protena. Este proceso se llama splicing Primero es asistido por una maquinaria celular muy grande para producir ARNm maduros spliceosoma- produce ms de 300 protenas y 5 ARN pequeos. Los ARNm se combinan con protenas para formar ribo nucleoprotenas conocidas como SPURS, son 5: U1, U2, U4, U5, U6. El spliceosoma es un complejo dinmico pues est constantemente esperando a un ARNm inmaduro para producir splicing (se arma en etapas sobre el ARNm inmaduro y procede desde el comienzo hasta el final) los exones e intrones tienen seales que son secuencias de nucletidos muy cortas que se encuentran en los extremos para definir los limites intron-exon y dentro de estas tambin. Es importante porque los exones que pegue entre si deben mantener el mensaje para codificar la protena dictada por el ADN. Si el spliceosoma se equivoca, la protena ser mal formada.

El ARNm tiene comienzo dictado por el promotor +1 y tambin tiene que tener un final, la finalizacin de la trascripcin no coincide con el final del ltimo exn del gen. El ARNm maduro tiene una terminacin exacta que coincide con el final del ultimo exn, porque existe una maquinaria que se acopla con la spliceosoma que agrega una larga cola de ribo nucletidos Adenina al final del ultimo exn agregado, esta cola de poli A no est codificada para un molde es independiente a la informacin en el ADN y es agregada por una enzima: POLI A o Polimerasa. ARN transcripto inmaduro generado por el ARN polimerasa excede los lmites del ultimo exn debe ser cortado para agregar la cola poli A, siguiendo la seal AAUAAA 15 O 20 nucletidos). Las funciones de la cola poli A son: Proteger el extremo 3` de mensajero para que no sea degradado al salir del citoplasma Proteger un extremo 5` en donde se engancha del 1 nucletido modificado (7-mentilguanosina) que se engancha del 1 nucletido transcripto (CAP) CAP: es agregado por la ARN polimerasa tambin independientemente de la informacin del molde Solo aquellos ARNm que han sufrido splicing y que han sido modificados por el agregado del CAP y la cola polia A pueden ser exportados por los poros del ncleo hasta el citoplasma.

Splicing alternativo: se pueden formar varias protenas de un mismo gen, si alterna en la unin de los exones. TRADUCCION DE PROTEINAS: Una vez que el ARNm maduro accede a la maquinaria de traduccin de protenas que interpreta la informacin que trae el mensajero en forma de nucletidos para construir cadenas de aminocidos que forman el esqueleto de la protena. Existen 20 aminocidos que se combina para construirlas. Solo existen cuatro nucletidos diferentes para especificarlos, entonces el cdigo gentico no puede ser igual, cada nucletido especifica un aminocido porque solo podra especificar 4 de los 20. La fabricacin de protenas est inscripta en forma de un cdigo de tripletes pen el ARNm. El cdigo es redundante, un mismo aminocido es especificado por ms de un triplete. Solo hay dos aminocidos codificados por un nico codn (triptfano- metionina) a la metionina, aminocido y codn de inicio de traduccin del mensaje. El primer codn ledo es el AUG, luego el resto del ARNm es ledo por el ribosoma desde ah en direccin 5`a 3` continua dividido en tripletes para seguir agregando el resto de aminocidos. STOP: codn que indica donde terminar la traduccin de los 64 codones, 61 especifican alguno de los 20 aminocidos y los 3 no tienen especificidad, son los codones STOP: UAA-UAG-UGA. Las traduccin es terminada cuando el ARNm alcanza alguno de estos tres codones por no se agrega ningn aminocido ms. Existe un marco de lectura solo el adecuado es correctamente ledo por los ribosomas, es importante que el splicing, si dos exones no son pegados correctamente dejado tripletes

continuos el marco de lectura se podra perder y el ribosoma traducira una protena incorrecta. Captulo 5: MECANISMO DE TRADUCCION DE PROTEINAS Ribosoma una gran ribonicleoprotena que est compuesta por ARN y protenas, dos subunidades: una mayor y una menor que se ensamblan junas al momento de comenzar a traducir el ARNm. La subunidad mayor eucariota est compuesta por 50 y 3`ARNs que no codifican protenas sino que son el producto final, como el ARN de los spurs y se las llama ARN ribosomales: 3 tamaos diferentes: 28s (4700 nucletidos), 55s (120 nucletidos) y 58s (160 nucletidos). La subunidad menor (40s) consta de 33 protenas y un ARNs 18s(1900 nucletidos). El ribosoma es la fbrica de protenas, necesita un intrprete, el ARN de Transferencia, tiene menos de 90 nucletidos y en varias regiones se aparea. Dowson y Crick plantean que tiene dos partes fundamentales: 1) Extremo 3`tiene un sitio donde se engancha el aminocido 2) En el otro extremo tiene un triplete de nucletidos, que se denomina anticodon, se aparea con el codn del ARNm y transporta el aminocido correcto por lo que las ARNt no son todos iguales porque cargan diferentes aminocidos y se aparean con codones diferentes. Y es codificado por distintos genes del genoma. 45 ARNt que tienen algunos anticodones que reconocen ms de un codn es posible porque la regla de apareamiento del 3 nucletido de ARNm es ms relajada. Wobble-el 3 nucletido es u y se puede aparear con A y G- pero el apareamiento de las dos primeras posiciones es estricto. Dos pasos: a- carga de ARNt, debe cargarse el aminocido correcto en el ARNt correcto, no puede ser corregido posteriormente. B- la carga del ARNt es realizado por la aminoacil- ARNt sintetizada 20 enzimas especficas para cada aminocido-. El mecanismo para construir una protena ARNm, ARNt y ribosoma consta de tres pasos: iniciacin elongacin terminacin

INCIACION: El ribosoma tiene tres sitios especficos A,P,E: A: aminocido donde se ubica cada nuevo ARNt que entra en P: (protena) donde se ubica el ARNt que est llevando la cadena de aminocidos creciente y el sitio E: (Exit) es donde se ubica el ARNt que est saliendo del ribosoma. Indicacin de traduccin del ARNt cargado con metionina y anticodon 3`UAC-5` se asocia con la subunidad menor del ribosoma. ARNm y se aparea con el condon 5`UAC`3,el primer ARNt entra directamente a P y despus se asocia con la subunidad mayor.

Elongacin: El ARNt entra al sitio A y se produce el reconocimiento codn-anticodon, el primer aminocido y el segundo, se producen un enlace que los unes y se forma una unin petida enlace covalente- y se produce entre el lado carboxilio del aminocido en el sitio P y el lado amino del aminocido en el sitio A. LA CADENA SALE DEL RIBOMA POR EL AMINO Y CRECE POR EL CARBOXI, ES SINTETIZADA AMINO-CARBOXI. EL ENLACE LO REALIZA UNA ENZIMA QUE SE LLAMA petidil-transferasa, no es una protena, su activada enzimita reside en una zona del ARN ribosomal que est en la subunidad mayor del ribosoma. El nuevo enlace pptido queda en el sitio y el ARNt vaco queda en P se corre a E para salir, como P queda vaca se mueve la cadena proteica creciente y deja vaco A en donde entra el correspondiente nuevo ARNt, esto se repite una y otra vez hasta que alcanza el codn STOP en el ARNt, este no puede entrar nuevamente por que no hay ningn anticodon que aparece con STOP pero tiene que entrar A un factor proteico llamado FACTOR DE LIBERACION, provocando una reaccin con una molcula de H2O y permite la salida del ARNt y de la cadena sintetizada de P, el ribosoma se desarma y la cadena de protena se libera: terminacin de la traduccin. ESTRUCTURA DE LA PROTEINAS: Estructura primaria de las protenas Protena, aminocido que posee un grupo amino NH2 (bsico), un grupo carboxilo COOH (acido) unidos a un tomo de carbono. Las cuatro valencias se complementan con un tomo de H y con un grupo R (radical y variable) diferente a los aminocidos entre s. Helice : las cadenas de los aminocidos pueden formar patrones regulares cuando los componentes se juntan en el espacio, uno es Helice , uniones entre un puente de h ente aminocidos separados por un cuarto de distancia. Puente de hidrogeno: molcula de H (+) + O (-), su repeticin forma una hlice lo que da fuerza para que sea estable. ESTRUCTURA POSIBLE REGULAR: entre aminocidos contiguos que forman en un eje regular del plano para dar forma de hoja plegada: dos hojas pueden asociarse de forma paralela unindose por puentes de H entre carboxilos y amino de una y otra hoja. Estructura secundaria de las proteinas: la combinacin en el espacio de estas estucturas conectados por aminocidos sin organizacin regular dan lugar a una estructura terciaria o tridimensional que se establece entre puente H por fuerzas electoestaticas. Dos tipos de formas en las estructuras: Globulares y fibrosas, la funcin de una proteina depende de su estructura tridimensional y que la misma esta codificada en un propia secuencia primaria. Una proteina nunca se pliega por azar, su estructura se va formando cuando empieza a salir del ribosoma y es ayuydad por las proteinas chaperonas (asisten a las proteinas que salen del ribosoma al plegarse en el espacio). Dos o mas cadenas de proteinas ca una con su estructura pueden asociarse en el espacio por uniones fuertes o dbiles para hacer ESTRUCTURAS CUATERNARIAS.

CLASIFICACION FUNCIONAL: comparar estructuras primarias y secundarias y reconocer partes en comn a pesar de que estn codificadas por genes no relacionados. Podemos reconocer tres regiones principales: 1) Motivos: Secuencia corta, lineal y contigua de aminocidos en estructura primaria, regiones conservadas al comparar las secuencias de muchas proteinas, por ejemplo motivos de unin a ADN o ARN. 2) Dominios: estructura espacial no necesariamente contigua proporcin discreta de la proteina que se pliega independientemente del resto y que asume su propia funcin 3) Modulos: combinaciones de motivos contiguos. La clasificacin de estos espacio premite predecir las funciones de estar a partir de su secuencia primaria: FUNCIONES DE LAS PROTEINAS. Sea cual sea su funcin nunca actan solas, se asocian a otras molculas (ADN, ARN, otra protena, lpidos, azucares, etc.) ligando-vital que sean dinmicas y/o transitorias para que se cumpla su funcion-uniones no covalentes o dbiles, afinidad de la proteina y su ligando, el sitio de unin es una cavidad formada por el arreglo especifico de aminocidos en la superficie de la protena. Si la proteina cataliza alguna reaccin quemica en la celula: ENZIMA no todas las proteinas son enzimas y viceversa- sitio unin a lingando entre una enzima se conoce como sitiocatalitico y el ligando termina transformando en productos, la interaccion protena ligando cuando la proteina no es una enzima, no se produce un producto. Las enzimas aceleran las reacciones qumicas de las clulas pero no pueden hacerlas enrgicamente mas o menos favorables. Muchas proteinas tiene funciones regulatorias, existen proteinas que unen ADN. Las proteinas ayudan a transportar el mensaje. Proteina funcin estructural: proteina del citoesqueleto de la celula independiendo de las funciones que cumplen estn determinadas por su estructura terciaria que a su vez esta determinada por una secuencia de aminocidos. Cuando una potreina o tiene estructura terciaria, se desnaturaliza si su ambiente natural se restaura podra renaturalizar su estructura correcta pero no siempre. Cuando sale del ribosoma la proteina debe plegarse correctamente y sufre modificaciones postraduccionales que complementan su funcionalidad y por ultimo debe etiquetarse para ser enviada a donde cumplir su funcin, algunos aminocidos pueden ser modificados qumicamente una vez que la traduccin a finalizado, pueden ser agregados azucares, lpidos y fosfatos. Las proteinas tienen etiquetas (pueden ser de la estructura primaria o agregados posttraducciones). El direccionamiento de la proteina-traslocacion- puede ser post-traduccion, luego de salir del ribosoma o cotraduccional, mientras esta saliendo del ribosoma.

Proteina co-traducionales: dirigidas al retculo endoplasmatico, aparato de Golgi, lisosomas,membrana celular y fuera de la celula. Proteinas post-traduccionales: libres en el citoplasma, van al nucleo, mitocondria y perixosoma. Las translocaciones co-traducionales: se realiza con proteinas que son sintetizadas en ribosomas adosados a la membrana del retculo endoplasmatico. Primero