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La mayora de ellos son comensales, ya que viven con nosotros sin causar dao. Su nmero, as como la variedad de especies, cambia permanentemente. En cada momento cada uno de nosotros posee un espectro particular e individualizado de microorganismos. El trmino "flora" se debe a que la gran mayora de los microorganismos aislados de nuestro cuerpo son bacterias y estas pertenecen al reino vegetal El dilema del microbilogo clnico es decidir cul de los microorganismos aislados de una muestra clnica son causantes de la enfermedad. Para el clnico, por otra parte, el conocimiento de los microorganismos de la flora normal es indispensable en la interpretacin de los hallazgos de los exmenes microbiolgicos.
Localizacin de la flora
Los microorganismos se encuentran en aquellas partes del cuerpo expuestas al medio ambiente o que comunican con l como piel, nariz y boca, intestino y tracto urogenital. Los rganos y tejidos internos son habitualmente estriles. Las reas colonizadas con el mayor nmero de microorganismos se muestran en la Tabla 1.
Tabla 1 AREAS MAS COLONIZADAS DEL ORGANISMO Ubicacin Sitio anatmico especfico reas hmedas: regin inguinal, regin Piel axilar, espacio interdigital de los pies. Tracto respiratorio fosas nasales, faringe Tracto digestivo boca, intestino grueso Tracto genitourinario tercio anterior, uretra, vagina
Las bacterias, y en menor escala los hongos y protozoos, residen y proliferan activamente en estos sitios. Las otras partes del cuerpo humano, como el resto del tracto respiratorio y del tracto digestivo, la vejiga y el tero, tienen microorganismos en menor nmero y slo estn de paso El hallazgo de microorganismos patgenos en estos sitios es altamente sugerente de enfermedad, pero no lo certifica. Por otra parte, existen otros tejidos y rganos en que no existen microorganismos, son territorios estriles. La presencia de microorganismos en estos lugares es generalmente considerada de significado diagnstico. Incluidos entre stos estn la sangre, el lquido cefalorraqudeo, los lquidos articulares (sinovial) y los tejidos profundos en general. La densidad de la poblacin bacteriana oscila de un sitio a otro como se puede
apreciar en la Tabla 2. Tabla 2. NUMERO DE BACTERIAS POR SITIO ANATOMICO Y RELACION ENTRE BACTERIAS AEROBIAS Y ANAEROBIAS Nmero Relacin Sitio anatmico bacterias/ml aerobios/anaerobios 11 12 Cisura gingival 10 - 10 1/1.000 2 5 Estmago 10 - 10 1/1 11 12 Colon 10 - 10 1/1000 4 5 Piel superficie 10 - 10 1/100 Piel 105 - 106 1/100 intrafolicular
Importancia de la Flora
La flora habitual juega un importante papel tanto en la salud como en la enfermedad. La manifestacin ms fcilmente perceptible es la produccin de variados olores en las superficies epiteliales del sujeto. Rol en la nutricin y metabolismo humano. Se sabe que la flora intestinal del hombre juega un papel en la nutricin y metabolismo, pero poco se sabe cunta es la importancia de esta funcin. Dado que el hombre no puede llegar a ser absolutamente libre de microorganismos, los datos obtenidos son extrados de los experimentos hechos en animales. Se sabe que algunas especies de Bacteroides y de Escherichia coli sintetizan vitamina K, lo que puede ser una importante fuente de esta vitamina tanto para el hombre como para los animales. El metabolismo de varios compuestos clave comprende la excrecin desde el hgado hacia el intestino y su vuelta al hgado. Este circuito enteroheptico es importante en el metabolismo de las hormonas esteroidales sexuales y de las sales biliares, sustancias que son excretadas a travs de la bilis en forma conjugada con glucurnidos o sulfatos, pero no pueden ser reabsorbidas de esta manera. Algunos integrantes de la flora intestinal son capaces de desconjugar estos compuestos mediante glucuronidasas y sulfatasas. Rol de la formacin de carcingenos. Los elementos que ingerimos pueden ser modificados por la variada actividad metablica de la flora intestinal. Algunas de las modificaciones conocidas son efectuadas por las enzimas bacterianas. Entre las reacciones conocidas podemos dar como ejemplo la modificacin que introduce una sulfatasa bacteriana sobre el edulcorante ciclamato (sulfato de ciclohexamina), transformndolo en un activo carcingeno para la vejiga, la ciclohexamina. Estimulacin inmune. Nuestro abundante repertorio de inmunoglobulinas refleja, en parte, la estimulacin antignica de la flora intestinal. En general, no existen ttulos muy altos de anticuerpos contra las bacterias, virus y hongos que habitan en nuestro cuerpo. Sin embargo
este bajo contenido de anticuerpos es suficiente para mantener una vigilancia suficiente contra la posible invasin de los integrantes de la flora. Este es un claro beneficio que presenta la flora intestinal. Entre los anticuerpos formados se cuentan las inmunoglobulinas de la clase IgA, que son secretadas a travs de las membranas mucosas. Los anticuerpos formados por el estmulo de los antgenos de la flora intestinal a veces presentan reacciones cruzadas con los antgenos normales de los propios tejidos del individuo. Un buen ejemplo de esto lo presentan los anticuerpos frente a los grupos sanguneos ABO. Las bacterias del tracto digestivo poseen antgenos que reaccionan en forma cruzada con las sustancias propias de los grupos A y B. Los antgenos bacterianos estimulan la formacin de anticuerpos, ya que son ajenos; pero no se producen anticuerpos frente a los sanguneos porque son inmunolgicamente tolerantes a los propios. Este tipo de reactividad cruzada generalmente no produce enfermedades. En otras circunstancias, como es el caso del lupus erimatoso, se forman anticuerpos contra el ADN. Se tiene claro que estos anticuerpos no se han formado contra el propio ADN, sino por estmulo antignico de lipopolisacridos de las bacterias de la flora intestinal. Eliminacin de invasores. En algunos sitios del cuerpo, la flora habitual se encarga de mantener el nicho ecolgico ocupado, impidiendo de esta manera la colonizacin por parte de otras bacterias.Algunas de las bacterias son capaces de producir sustancias que inhiben el desarrollo de otras que tratan de colonizar, a travs de la produccin de antibiticos o protenas letales, llamadas bacteriocinas. Cuando la flora habitual es barrida por el uso masivo de antibiticos, se est dando la oportunidad de una colonizacin con bacterias diferentes a las habituales, o bien la chance de que los microorganismos exgenos o endgenos produzcan enfermedad. Los pacientes tratados con antibiticos de amplio espectro tienen ms oportunidades de desarrollar diarrea asociada a antibiticos, incluyendo una forma ms grave de patologa del intestino grueso, la "colitis pseudomembranosa". El antibitico en este caso barre la flora intestinal y deja que el Clostridium difficile, que estaba en muy baja concentracin, se desarrolle, produciendo la citotoxina responsable del cuadro.
Tracto respiratorio
Areas que generalmente albergan microorganismos. Diferentes micrococos pigmentados, Staphylococcus epidermidis taphylococcus aureusPeptostreptococcus spp. son abundantes en la saliva y en la superficie de los dientes. Los Streptococcus pyogenes estn presentes en un porcentaje del 5 al 10% de los sujetos sanos. Los streptococcus pneumoniae pueden encontrarse hasta en un 25% de los individuos normales. Las Neisseria spp.pigmentadas, Branhamella catarrhalis, Veillonella spp. y Corynebacterium spp. son comunes en la saliva y en las encas La familia de las enterobacterias est bien representada, siendo Escherichia coli, Klebsiella spp. y Enterobacter spp.los ms comunes en la saliva y sobre la superficie de los dientes. La distribucin de los microorganismos en el tracto respiratorio se puede ver en la Tabla 3. Tabla 3 MICROORGANISMOS DEL TRACTO RESPIRATORIO Microorganismo Ubicacin Enfermedad Acinetobacter spp. Nasofrinx Meningitis, neumona bacteriana Actinomyces spp. Boca, amgdalas Actinomicosis, clculos salivales Arachnia propionica Boca Actinomicosis Bacterionema matruchotii Sup. dentaria No determinada gingival Bacteroides spp. Boca, amgdalas Absceso pulmonar grangrena pulmonar Bacteroides pneuosintes Faringe Enfermedad crnica de las meninges (rara). Bifidobacterium spp. Boca Actinomicosis. Campylobacter sputorum Nasofrinx, encas, No determinada superficie dentaria, saliva Candida albicans Boca, faringe Algorra, neumonitis Corynebacterium spp. Boca, nariz Endocarditis bacteriana subaguda, absceso pulmonar Enterobacteriaceae Boca, faringe Neumona, absceso pulmonar Enterococcus Boca, amgdalas, Bacteremia, meningitis, nariz neumona, endocarditis Eubacterium spp. Boca No determinada Fusobacterium spp. Boca, amgdalas Angina de Vincent?, Absceso pulmonar
Haemophilus spp
Boca , nasofrinx
Lactobacillus spp. Leptotrichia buccalis Micrococcus spp. Moraxella spp. Neisseria spp. Peptostreptococcus spp. Propionibacterium acnes Rothia dentocariosa Selenomonas sputigena Staphylococcus aureus
Boca, saliva Boca, sup.dentaria Boca, amgadalas Nasofrinx Boca, nasofrinx Boca, amgdalas
Nariz Boca Nasofrinx Boca, nasofrinx, nariz Staphylococcus epidermis Boca, nasofrinx, nariz Streptococcus pneumoniae Boca, amgdalas, nariz Torulopsis glabrata Boca Treponema denticola Boca Treponema refringens Boca Veillonella spp. Boca, amgdalas Vibrio sputorum Boca Streptococcus grupoviridans Boca, faringe
Laringotraqueobronquitis, meningitis, neumonitis, bacteremia, conjuntivitis. Endocarditis bacteriana (muy rara) No determinada No determinada Conjuntivitis Meningitis Gangrena pulmonar, faringe absceso pulmonar Acn, endocarditis Absceso No determinada Neumona, otitis absceso Endocarditis bacteriana subaguda Neumona, conjuntivitis, meningitis, otitis Infecciones tracto urinario No determinada Angina de Vincent? Endocarditis bacteriana No determinada Endocarditis bacteriana subaguda
Areas generalmente estriles. La laringe, la trquea, los bronquios, los bronquolos, los alvolos y los senos accesorios de la cara son habitualmente estriles. La contaminacin por algn microorganismo es ocasional, pero los mecanismos de defensa se encargan de eliminarlos eficientemente.
Tracto gastrointestinal
Areas que generalmente albergan microorganismos. La parte del tuvo digestivo que invariablemente alberga microorganismos es el intestino grueso, aunque ocasionalmente tambin pueden recuperarse de leon bajo en sujetos normales, como se muestra en la Tabla 4. Tabla 4
MICROORGANISMOS DEL TRACTO GASTROINTESTINAL Microorganismo Ubicacin Enfermedad Achromobacter spp. Intestino grueso, Infecciones postleon bajo operatorias, posttraumticas Acidaminococcus Intestino grueso No determinada frementans Acinetobacter calcoaceticus Intestino grueso, Infecciones postleon operatorias Aeromonas spp. Intestino grueso, Diarrea (rara), septicemia leon bajo (rara), osteomielitis Alcaligenes faecalis Intestino grueso, Gastroenteritis (rara), leon bajo bacteremia Bacillus spp. Intestino grueso Intoxicacin alimentaria, infeccin herida Bacteroides spp. Intestino grueso, Peritonitis, absceso, leon bajo colecistitis, enteritis Bifidobacterium spp. Intestino grueso Diverticulitis, peritonitis Butyriviberio fibrosolvens Intestino grueso No determinada Campylobacter spp. Intestino grueso Diarrea Candida albicans Intestino grueso, Complicaciones postleon bajo operatorias Clostridium spp. Intestino grueso, Intoxicacin alimentaria, leon bajo coledocistis, colecistitis, enterocolitis pseudomembranosa Corynebacterium spp. Intestino grueso, No conocida leon bajo Enterobacteriaceae Intestino grueso, Absceso, peritonitis, leon bajo bacteremia, diarrea, fiebres entricas, fiebretifoidea complicaciones postoperatorias y posttraumticas, meningitis, endocarditis, intoxicacin alimentaria Enterococcus Intestino grueso, Peritonitis, colecistitis, leon bajo complicaciones , postoperatorias Eubacterium spp. Intestino grueso Diverticulitis, peritonitis
Flavobacterium spp. Fusobacterium spp. Lactobacillus spp, Mycobacteria spp. Mycoplasma spp. Peptostreptococcus spp. Propionibacterium spp. Pseudomonas aeruginosa
Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso, leon bajo Intestino grueso Intestino grueso, leon bajo
Meningitis, peritonitis Absceso, bacteremia No conocida No por bacterias habituales No determinada Colecistitis, absceso, peritonitis, mionecrosis Endocarditis Gastroenteritis, meningitis, bacteremia, complicaciones postoperatorias No determinada No determinada Absceso pancretico, enteritis, intoxicacin alimentaria, complicaciones de enterocolitis, pseudomembranosa No determinada No conocida No por bacterias habituales
Veillonella spp. Intestino grueso Streptococcus grupoviridans Intestino grueso, leon bajo Vibrio spp. Intestino grueso, leon bajo
Areas generalmente estriles. Aunque el estmago y el esfago se contaminan con bacterias cada vez que se ingiere alimento, la poblacin bacteriana no sobrevive bien en estas dos reas . De igual manera, el intestino delgado (excepto el leon distal),el hgado y la vescula estn libres de bacterias o slo las albergan transitoriamente. Lo mismo ocurre con el peritoneo. La presencia de microorganismos en estos sitios se debe a enfermedades subyacentes, como carcinoma o bien alcanzan estos sitios despus de una ruptura del intestino grueso. Relacin bacterias aerbicas anaerbicas en el colon. Existe una gran variedad de especies de bacterianas en el colon y la relacin entre las bacterias aerobias y anaerobias est en favor de lasanaerobias . En la Tabla 5 se muestra la frecuencia relativa de las especies bacterianas.
TABLA 5 FRECUENCIA RELATIVA DE ESPECIES BACTERIANAS EN LA FLORA FECAL Rango Porcentaje Microorganismo(s) 1 12.0 Bacteroides vulgatus 2 7.0 Fusobacterium prausnitzi 3 6.5 Bacteroides adolescentia 4 6.0 Ebacterium aerofaciens 6 4.5 Bacteroides thetaiotaomicron 7 3.6 Eubacterium eligens 9 3.2 Eubacteriumbioforme 11 2.3 Bacteroides distasonis 28 0.7 Bacteroides ovatus 29 0.6 Bacteroides fragilis 59 - 75 0.13 Enterococus faecalis Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y 76 - 113 0.06 otras 37 especies bacterianas
Tracto Genitourinario
Areas que generalmente albergan microorganismos. En la superficie de los genitales externos se encuentran Staphylococcus epidermidis, Streptococcus del grupo viridans, Enterococcus, Peptostreptococcus, Corynebacterium spp.,Mycobacterium spp. , varios integrantes de la familia Enterobacteriacea, Bacteroides spp., Mycoplasma spp. y Candida albicans. Estas se detallan en la Tabla 6. TABLA 6 MICROORGANISMOS DEL TRACTO GENITOURINARIO Microorganismo Ubicacin Enfermedad Acinetobacter spp. Uretra anterior, Uretritis, complicaciones vagina de la instrumentacin y de la ciruga Bacteroides sp. Genitales externos Complicaciones de la ciruga (mujeres) Bifidobacterium sp. Vagina No conocida Candida albicans Genitales externos, Candidiasis vagina, uretra anterior Chlamydia spp. Uretra, vagina Uretritis, cervicitis, enfermedad recin nacido, linfogranuloma
Vagina Genitales externos,vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina Uretra anterior, vagina Vagina Vagina
Enterobacteriaceae
Pielonefritis, cistitis, Bacteriuria Pielonefritis, cistitis, bacteriuria No determinada Vaginitis Ninguna Complicaciones postparto,post-operatorias y del recin nacido (raro) No por bacterias habituales Uretritis inespecfica?
Enterococcus
Mycobacterium spp.
Mycoplasma spp.
Neisseria spp.
Peptostreptococcus spp.
Genitales externos, vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina, uretra anterior Genitales externos, vagina Genitales externos, vagina Genitales externos(raro), vagina, uretra anterior Genitales externos (raro) coagulasa negativa
No por bacterias habituales Complicaciones postparto, post-operatorias fiebre puerperal Complicaciones postparto, post-operatorias (raras) Uretritis, furunculosis
Sarcina spp.
Staphylococcus aureus
Staphylococcus S. saprophyticus
Streptococcus agalactiae
Vagina
Trichomonas vaginalis
Uretra anterior, vagina Streptococcus grupoviridans Genitales externos(raro), vagina, uretra anterior
urinaria (mujeres jvenes) Enf. del recin nacido, endocarditis, absceso, meningitis miocarditis, osteomielitis, septicemia Vaginitis Ninguna
Areas generalmente estriles. Como regla general, el resto de las estructuras del tracto genitourinario se encuentran estriles.
Haemophilus influenzae Micrococcus spp Moraxella spp Mycobacterium spp Neisseria spp Peptostreptococcus spp Pityrosporum ovale Propionibacterium spp Sarcina spp Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis
Ojo Piel Ojo Piel Ojo, piel Piel Piel Piel Piel
Enfermedades del ojo No determinada Enfermedad del ojo Micobacteriosis (Piel) No por bacterias habituales No conocida Caspa? Acn, endicarditis bacteriana Complicaciones pacientes inmunodeprimidos Piel, odo, ojo Antrax, furnculos, imptigo, (raro) mastitis Piel, odo, ojo Acn, endocarditis, complicaciones de la ciruga cardaca, tromboflebitis.
Heridas y Quemaduras
La flora de las heridas depende del sitio anatmico, del modo en que se produjo (traumtica o quirrgica), del ambiente donde se produjo y del grado de contaminacin de las reas adyacentes que fueron lesionadas al producirse la herida. Las heridas traumticas generalmente se infectan con microorganismos aerbicos nativos, especialmente Staphylococcus aureus, Streptococcus grupo A, Enterococcus Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Proteus spp. Flavobacterium spp. y Acinetobacter spp. Entre las bacterias anaerbicas que con mayor frecuencia infectan las heridas traumticas se encuentran los Clostridium spp., siendo los ms frecuentes los clostridios de la gangrena gaseosa, tales como Clostridium perfringens tipo A, , Clostridium septicum y Clostridium novyii, aunque pueden ser simples contaminantes de las heridas, por lo que el diagnstico de la gangrena gaseosa es estrictamente clnico, apoyado por los hallazgos de laboratorio. Las infecciones que complican las heridas quirrgicas pueden ser producidas de dos formas. La infeccin quirrgica, generalmente es una complicacin de un procedimiento de ciruga limpia. Estas heridas dan cultivos positivos para Staphylococcus aureus, Enterococcus o bacilos Gram negativos. La segunda clase de infeccin ocurre cuando el cirujano interviene en un rea contaminada. Generalmente las bacterias que complican este tipo de ciruga son Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Proteus spp, Providencia spp., el grupo
Muestras de Autopsia
Las muestras de autopsia pueden dar informacin de inmenso valor, cuando son tomadas tempranamente, en forma asptica, cuando los cultivos son sembrados de inmediato y se acompaan de frotis para tincin. Rutinariamente las muestras de rin, bazo, hgado y pulmn son negativas, a menos que existan lesiones claramente establecidas en estos rganos. Si han transcurrido ms de 6 horas entre el deceso y la toma de muestra, los cultivos tanto de sangre de rganos slo reflejan la contaminacin postmortem o perimortem producida por los microorganismos del intestino grueso. Una inmensa variedad de microorganismos, incluso algunos inesperados, pueden ser recuperados y subsecuentemente demostrarse en los cortes de tejido. Estos varan desde los ms comunes, hasta otros como Brucella, Nocardia, Penicillium, Aspergillus, Streptococcus pneumoniae, Streeptococcus grupo A, Zygomycetes, Clostridium, Salmonella y Shigella, para nombrar algunos.
Referencias escogidas
1. Murray PR, EJ, MA, Tenover FC. Yonken RH (editores). Manual of Clinical Microbiology, 6a edicin. American Society for Microbiology, Washington, DC 1995. 2. Mims CA, Playfair JHL, Roitt IM, Wakelin D, Williams R (editores). Microbiologa Mdica. Mosby/Doyma Libros, Gran Bretaa, 1995 3. Shaechter M, Medoff G, Eisenstein BI (editores). Mechanisms of MicrobiaDisease. 2a edicin. Williams & Wilkins, Baltimore, 1993. 4. Shulman ST, Phair JP, Sommers HM (editores). The Biology & Clinical Basis of Infectious Diseases. 4a edicin W.B. Saunders Company, Philadlphia, 1992.