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BM-05
CIDOS
NUCLEICOS
INTRODUCCIN
Los cidos nucleicos son macromolculas formadas por C, H, O, N y P cuyas unidades monomricas son los nucletidos (Figura 1). Hay dos tipos: el DNA y el RNA, ambos polmeros responsables de contener la informacin gentica y de realizar los procesos que culminan con la sntesis de protenas. El DNA es el material gentico que los organismos heredan de sus padres. En l estn los genes, porciones especficas de la macromolcula de DNA, que programan las secuencias de aminocidos y que corresponde a la estructura primaria de las protenas. De este modo, y a travs de las acciones de las protenas, el DNA controla la vida de la clula y del organismo.
1.
NUCLETIDOS
Los componentes de los nucletidos son: Bases Nitrogenadas: son compuestos cclicos formados por cadenas de carbono. Se clasifican en bases pricas (adenina y guanina), constituidas por anillos dobles y pirimdicas (citosina, timina y uracilo), constituidas solo por un anillo. Azcar: es una molcula de cinco carbonos, por lo cual, se llama pentosa. Se puede utilizar desoxirribosa (en ADN) o ribosa (en ARN y nucletidos libres). Grupo fosfato: contiene fsforo unido a cuatro tomos de oxgeno.
Los nucletidos se pueden encontrar dentro de la clula como unidades libres, participando en numerosos procesos metablicos o unidos entre s formando polmeros de desoxirribonucletidos (ADN) o polmeros de ribonucletidos (ARN).
b. Transportadores de energa que participan en el metabolismo celular Algunos nucletidos pueden estar unidos a una, dos o tres molculas de cido fosfrico y dan lugar a un grupo de compuestos ricos en energa (Figura 3). Cuando los enlaces de estos compuestos se rompen, la energa liberada se utiliza en las reacciones endergnicas. Es el caso del ATP (un nuclesido trifosfato) que se forma a partir del AMP, al cual hay que agregarle dos fosfatos ms. Los enlaces fosfatos del ATP son relativamente dbiles y pueden romperse por hidrlisis, liberando 10 kilocaloras de energa por mol de ATP hidrolizado. La reaccin puede ocurrir en sentido contrario si se aportan las 10 kilocaloras por mol. (Figura 4).
ADENINA RIBOSA FOSFATO
AMP
ADENINA
RIBOSA
FOSFATO
FOSFATO
ADENINA
RIBOSA
FOSFATO
FOSFATO
FOSFATO
c.
Algunas enzimas requieren la presencia de sustancias llamadas coenzimas para poder realizar su actividad catalizadora. Su principal funcin consiste en participar en la transferencia de grupos de tomos aceptando o donando electrones, protones o grupos funcionales en las reacciones qumicas. Los dinucletidos ms comunes son los derivados de vitaminas del complejo B como el NAD+ (nicotinamida adenina dinucletido) y el FAD, (flavin adenin dinucletido), los cuales se revisarn en los procesos enzimticos relacionados con la respiracin celular. d. Formacin de polmeros (polinucletidos)
Un enlace fosfodister se forma entre el grupo 3 hidroxilo de un nucletido y el grupo 5 fosfato de otro. Una cadena polinucleotdica tiene un sentido con un extremo terminando en un grupo 5 fosfato (el extremo 5) y el otro en un grupo 3 hidroxilo (el extremo 3) (Figura 5).
2.
Dado que todos los cidos nucleicos pueden considerarse polmeros de nucletidos, se les designa al ADN y ARN como polinucletidos. A continuacin, se presenta en la tabla 1 la comparacin entre ambos cidos nucleicos.
Tabla 1. Paralelo entre el ADN y ARN.
PENTOSA Purinas (dos anillos) Pirimdicas (un anillo) CIDO FOSFRICO BASES NITROGENADAS
a) Estructura primaria Se trata de la secuencia de desoxirribonucletidos a lo largo de la cadena polinucleotdica. Los desoxirribonucletidos que forman el DNA son los de adenina, guanina, citosina y timina. La informacin gentica est contenida en el orden exacto de los nucletidos.
b) Estructura secundaria La estructura secundaria de la doble hlice del DNA, permite explicar, adems del almacenamiento de la informacin gentica, el mecanismo de duplicacin del DNA (replicacin semiconservativa), para as transmitir la informacin a las clulas hijas. Watson y Crick (1953) postularon un modelo para la estructura tridimensional del DNA, (Figura 6) basndose en los datos obtenidos mediante difraccin de rayos X por Franklin y Wilkins, y en las leyes de equivalencia de bases de Chargaff que indica que el nmero de bases de adenina es igual a los de timina, as como el nmero de bases de guanina es igual a la cantidad de bases de citosina (Figura 7).
5
0,34
3,4 nm
1 nm 2 nm
Figura 6. Estructura de la doble hlice del DNA, segn Watson y Crick (1953).
Figura 7. Estructura secundaria del DNA mostrando las hebras antiparalelas y la complementariedad entre las bases nitrogenadas. Segn la regla de Chargaff: (adenina=timina y guanina=citosina).
c) Estructura terciaria Se refiere a la forma de cmo se almacena el DNA en un volumen reducido. Es diferente en los organismos procariontes y en los eucariontes. El material hereditarios en las bacterias contienen una sola molcula de DNA bicatenaria (doble hlice), desnuda (no asociada a protenas histonas), tiene forma circular y es cerrada. En las mitocondrias y cloroplastos de las clulas eucariotas, el DNA presenta la misma estructura, lo que apoya la teora endosimbitica de Margulis. El DNA de los eucariontes, que desplegado medira como un centmetro, debe empaquetarse para caber en un espacio de un micrmetro. Para conseguir el mximo empaquetamiento se une a protenas de dos tipos: histonas y protenas cromosmicas no histonas. Estas ltimas incluyen miles de protenas con funciones muy diversas, como la sntesis de RNA o de DNA, entre otras. Esta asociacin DNA-protenas forma una unidad estructural y funcional llamada cromatina. La forma en que se pliega la molcula de DNA en el ncleo de las clulas eucariontes es importante por dos razones: permite disponer de grandes molculas en poco espacio y determina la actividad de los genes. Las histonas son protenas estructurales que contienen gran cantidad de aminocidos con carga positiva, por lo que se unen estrechamente al DNA. Tambin, se ha demostrado que son reguladoras de la actividad de muchos genes, es decir, son capaces de promover su expresin.
La replicacin del ADN se inicia cuando las enzimas separan la doble hlice de ADN parental, de tal manera que las bases de las dos cadenas de ADN parentales ya no forman pares de bases entre s. Otras enzimas, en cambio, avanzan a lo largo de cada cadena de ADN parental, seleccionando nucletidos libres con bases que son complementarias con respecto a la cadena de ADN parental. Cada hebra antigua origina una hebra nueva, a esta forma de replicacin se le denomina semiconservativa ya que se conserva la secuencia de cada una de las hebras de la macromolcula doble original. De esta forma, la secuencia de nucletidos se duplica con exactitud y la informacin gentica permanece constante. Por ejemplo, si una cadena tiene la secuencia 5 ATTCGG 3, la cadena complementaria ser de 3 TAAGCC 5.Estas nuevas dobles hlices una vez que se condensan constituyen el cromosoma duplicado, el cual posteriormente separar sus cromtidas hermanas durante la divisin celular, originando cromosomas simples (Figura 9).
Para comprobar que la replicacin era semiconservativa, Mathew Meselson y Franklin Stahl (1958) del Instituto Tecnolgico de California, emplearon la tcnica del gradiente de densidad para separar distintas cadenas de DNA con densidades algo diferentes. El experimento consisti en lo siguiente: Cultivaron bacterias E. coli en un medio con amonaco marcado con nitrgeno pesado (15N), dejndolo un par de horas, tiempo suficiente para que el nitrgeno contenido en el compuesto se utilizase durante el ciclo de divisin bacteriana en la sntesis de DNA. Despus las pasaron a un medio con amonaco con nitrgeno liviano (14N) y compararon la densidad de los DNA aparecidos en sucesivas generaciones (Tabla 2 y Figura 10).
I II III IV V
100% 0 0 0 0
Los datos indican que el DNA intermedio es una cadena hbrida constituida por dos cadenas de diferente densidad, una liviana y otra pesada. En cada generacin disminuye a la mitad el DNA hbrido y aumenta el DNA con nitrgeno liviano.
Figura 10. Experimento de Meselson y Stahl que demostr que la replicacin del ADN era semiconservativa. (Nota importante: F1 corresponde a la generacin II de la tabla 1, y F2 corresponde a la generacin III de la misma tabla).
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Composicin
El RNA es un polirribonucletido formado fundamentalmente por lo ribonucletidos de adenina, guanina, citosina y uracilo (en vez de la timina del DNA). La pentosa es la ribosa. Los RNA suelen ser monocatenarios, salvo en algunos virus, aunque pueden presentar regiones de apareamiento intracatenarias. Aun cuando cada molcula de ARN tiene una sola cadena de nucletidos, eso no significa que se encuentra siempre como una estructura lineal simple. En algunas molculas de ARN suelen existir tramos con bases complementarias, lo que da lugar a puentes de hidrgeno entre los pares de nucletidos A-U y C-G en varias regiones de una misma molcula. Se distinguen tres tipos principales de ARN: RNA mensajero (mRNA), RNA de transferencia (tRNA) y RNA ribosmico (rRNA). Se encuentran presentes en las clulas procariontes y en las eucariontes se les ubica en el ncleo, citoplasma y en el interior de mitocondrias y cloroplastos (Figura 11).
Junto a protenas constituyen la estructura de los ribosomas, lugar donde se unen los aminocidos.
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GLOSARIO
Adenosn difosfato (ADP): Nucletido compuesto por adenina, ribosa y dos grupos fosfatos, formado por la eliminacin de un fosfato de una molcula de ATP. AMP cclico: Forma de adenosina monofosfato (AMP) en la cual los tomos del grupo fosfato forman un anillo. Funciona como "segundo mensajero para muchas hormonas y neurotransmisores de los vertebrados. Anticodn: Molcula de tRNA, que contiene una secuencia especfica de tres nucletidos que es complementaria al triplete del codn en el mRNA. Codn: Secuencia de tres nucletidos en el mRNA que especfica un aminocido en particular o una seal de terminacin de un polipptido. Histona: Molcula proteica bsica y pequea que est asociada con el DNA y es importante en el empaquetamiento del DNA en el cromosoma eucaritico. NAD+: Dinucletido de nicotinamida-adenina; una coenzima que forma parte de la enzimas que transportan electrones durante las reacciones redox del metabolismo celular. El signo de adicin indica que la molcula est oxidada y lista para tomar hidrgenos, la forma reducida que transporta al hidrgeno es NADH + H+. Nuclesido: Monmero orgnico que est formado por un azcar de cinco carbonos que est unido covalentemente a una base nitrogenada. Los nuclesidos son los elementos de formacin de los nucletidos, basta con agregar un grupo fosfato para forma uno. Plsmido: Anillo pequeo de DNA bicatenario, que se encuentra separado del cromosoma bacteriano. Los plsmidos se encuentran en organismos procariontes y levaduras. Transcripcin: Proceso por el cual se sintetiza RNA usando una plantilla de DNA. Ocurre dentro del ncleo en clulas eucariontes. Transcriptasa inversa: Enzima que cataliza la sntesis de DNA sobre una plantilla de RNA.
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1.
El modelo de Watson y Crick para la estructura del ADN afirma que este polmero es A) B) C) D) E) una hebra lineal. una cadena lineal asociada a histonas. una hebra que forma una estructura helicoidal. dos hebras que forman una estructura helicoidal. una doble hebra asociada a histonas.
FICHA DE REFERENCIA CURRICULAR rea / Eje Temtico: Organizacin, estructura y actividad celular. Nivel: IV Medio. Contenido: Experimentos que identificaron al ADN como el material gentico. El modelo de la doble hebra del ADN de Watson y Crick y su relevancia en la replicacin y transcripcin del material gentico. Habilidad cognitiva: Reconocimiento. Clave: D. Dificultad: Media.
2.
Cul(es) de la siguientes relaciones es (son) verdadera(s) para el ADN nuclear de cualquier organismo? I) II) III) A) B) C) D) E) El nmero de bases pricas es siempre igual al de las pirimdicas. El nmero de guaninas es siempre igual al de las citosinas. La suma de adeninas y timinas es siempre igual a la suma de guaninas y citosinas.
FICHA DE REFERENCIA CURRICULAR rea / Eje Temtico: Organizacin, estructura y actividad celular. Nivel: IV Medio. Contenido: Experimentos que indentificaron al ADN como el material gentico. El modelo de la doble hebra del ADN de Watson y Crick y su relevancia en la replicacin y transcripcin del material gentico. Habilidad: Comprensin. Clave: D. Dificultad: Alta.
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3.
A qu estructuras corresponden los nmeros 1, 2 y 3? 1 Nucletido ARNm Nucletido ARNt Nucletido 2 Desoxirribosa Guanina Ribosa Adenina Citocina 3 Citocina Adenina Uracilo Guanina Desoxirribosa
A) B) C) D) E)
FICHA DE REFERENCIA CURRICULAR rea / Eje Temtico: Organizacin, estructura y actividad celular. Nivel: IV Medio. Contenido: Experimentos que identificaron al ADN como el material gentico. El modelo de la doble hebra de Watson y Crick, y su relevancia en la replicacin y transcripcin. Habilidad: Aplicacin. Clave: A. Dificultad: Alta.
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