Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM

GUA BREVE PARA USAR HYPERCHEM

PARTES DE LA VENTANA DE HYPERCHEM
La ventana de Hyperchem puede dividirse en diferentes secciones, que se explican a continuacin.

BARRA DE MEN: Contiene los nombres de los diferentes men de Hyperchem: File, Edit, Build, Select, Display, Databases, Setup, Compute, Cancel, Script y Help. ICONOS DE HERRAMIENTAS: Esta parte de la barra contiene los ocho iconos que se usan para dibujar, seleccionar y mover los tomos y molculas. icono de creacin de tomos icono que permite seleccionar icono que permite rotar la molcula fuera del plano de la pantalla icono que permite la rotacin en el plano de la pantalla icono que permite la traslacin en el plano de la pantalla

Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM icono que permite la traslacin en un plano perpendicular a la pantalla icono que permite aumentar o disminuir el tamao de la molcula en la pantalla (zoom)

CONSTRUCCIN DE UNA MOLCULA

La construccin de las molculas se hace seleccionando los tomos correspondientes en la tabla peridica. Para desplegarla se puede: Hacer doble click en el icono de creacin de tomos Seleccionar Default Element en el men Build. Seleccionar el tomo de inters (carbono para el ejemplo que veremos) Para construir un dibujo bidimensional de la molcula de inters (esqueleto de la molcula), se debe posicionar el cursor en el punto en el que se quiere ubicar el primer tomo, oprimir el botn izquierdo del ratn (L-click) y, sin soltarlo, deslizar el cursor hasta la posicin del segundo tomo. Soltar el botn y, sin mover el cursor, volver a oprimir y sin soltar seguir con el cursor hasta la posicin del siguiente tomo. As sucesivamente hasta completar una estructura (en el ejemplo el ciclo de seis tomos de carbono). Cuando se ha completado una estructura y se quiere empezar una ramificacin basta ubicarse sobre el tomo a ramificar, apretar el botn izquierdo del ratn y deslizar el cursor hasta la posicin del nuevo tomo. Seguir de la misma forma hasta terminar la molcula.

Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM Haciendo L-click en el botn Properties de la tabla peridica se despliegan distintas propiedades del elemento seleccionado. Si la opcin Allow Ions est activada, se permite exceder la valencia de un elemento determinado. Si la opcin Explicit Hydrogens est activada implica que los hidrgenos debern tambin dibujarse explcitamente, si no es as, entonces sern construidos por defecto para satisfacer las valencias libres de los otros tomos. Para eliminar un tomo o un enlace se debe seleccionar el icono de creacin de tomos y, luego, hacer click con el botn derecho del ratn (R-click) en el tomo que se desea borrar, o en el centro del enlace que se quiere eliminar. CAMBIAR TOMOS Y MODIFICAR EL ORDEN DE ENLACE

Para cambiar un tomo por otro (por ejemplo, C por N), se debe desplegar la tabla peridica nuevamente. Se selecciona el ncleo que se quiere en dicha tabla y se hace L-click sobre el tomo que se quiere modificar. El resultado debera ser como el que se muestra en la pantalla (cambio de C por N). Para cambiar el orden de enlace, se debe colocar el cursor en el centro del enlace que se quiere modificar. Clickeando una vez el orden de enlace se modifica de simple a doble. Si se repite la operacin, el enlace doble se transforma en triple. Si lo que se desea es construir anillos aromticos, debe situarse el cursor en uno de los enlaces del anillo y hacer doble click rpidamente. Esta operacin convierte los enlaces en deslocalizados (indicados por una lnea llena y otra punteada).

Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM GENERACIN DEL MODELO FINAL DE LA MOLCULA Una vez que tenemos generado el esqueleto de la molcula (modelo 2D), debemos transformarlo en un modelo 3D aproximado. Para ello se deben agregar los hidrgenos y el programa asigna en forma automtica una estructura que utiliza distancias, ngulos y ngulos diedros estandar. Para ello se debe seleccionar Add H & Model Build en el men Build o hacer doble click rpidamente sobre el icono que permite seleccionar tomos
.

Se ver que el programa trabaja en la estructuracin de un modelo de acuerdo a ciertas reglas estandar preprogramadas. Hyperchem prodice una representacin tridimensional de la molcula y automticamente agrega los hidrgenos hasta completar las valencias de los tomos.

Como puede notarse, la "calidad artstica" del modelo bidimensional no importa, ya que el constructor (model builder) del programa, genera un modelo tridimensional independientemente de la "esttica" del dibujo inicial. SELECCIN Y VISUALIZACIN DE OBJETOS

Etiquetar tomos Mediante la opcin Labels del men Display, se pueden colocar etiquetas a los tomos que se encuentran en la pantalla de trabajo.

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Se puede indicar de esta manera el smbolo del tomo o alguna caracterstica como la quiralidad o la carga del mismo. Uso de opciones de visualizacin Hyperchem usa automticamente las opciones de visualizacin utilizadas la ltima vez que haya sido empleado. Para modificarlas debe emplearse el men Display. Para visualizar los tomos y enlaces en diferentes formas, se usa la opcin Rendering que abre el submen que se muestra a continuacin.

Eligiendo en orden las opciones de la figura anterior, se obtienen las representaciones que se muestran en las siguientes figuras.

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MEDIDA DE PROPIEDADES ESTRUTURALES Caractersticas de los tomos Para desplegar las caractersticas de los tomos, se debe seleccionar el tomo deseado. Al hacerlo se despliega en la lnea de estado informacin similar a la que se muestra a continuacin.

All se da informacin acerca del nmero del tomo (1), tipo de tomo (carbono), carga del tomo y coordenadas cartesianas del mismo. Medida de la distancia entre tomos Para desplegar la distancia entre dos tomos, se la selecciona con el icono de seleccin, ya sea seleccionando los dos tomos cuya distancia quiere determinarse o seleccionando el enlace que los une (si ste existe). Automticamente se despliega la distancia en la lnea de estado.

Cuando se selecciona un enlace, se activa un comando especfico en el men Build (Constrain Bond Length) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molcula. Medida de los ngulos de enlace Para medir un ngulo entre tres tomos (enlazados o no) se los selecciona con el icono de seleccin, tomo a tomo (Multiple Selection debe estar seleccionado en el men Select). La informacin se despliega en la lnea de estado.

Cuando se selecciona un ngulo, se activa un comando especfico en el men Build (Constrain Bond Angle) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molcula.

Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM Medida de ngulos de torsin Se realiza de la misma forma que para los ngulos de enlace, slo que se seleccionan cuatro tomos en lugar de tres.

Cuando se selecciona un ngulo de torsin, se activa un comando especfico en el men Build (Constrain Bond Torsion) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molcula. Esto es especialmente til para construir confrmeros menos estables. ELECCIN DEL MTODO DE CLCULO En lel men Setup, se pueden encontrar los diferentes mtodos de clculo disponibles.

Entre ellos: Mtodos de Mecnica Molecular, Mtodos Semiempricos y Mtodos ab initio. Durante el curso terico se estudiarn en detalle estos y otros mtodos de clculo. A su vez, dentro de cada uno de estos diferentes mtodos, encontramos diferentes opciones:

Cada una de ellas ser discutida en detalle durante el curso.

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Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM Cuando se trabaja con mtodos semiempricos o de mtodos ab initio, al presionar el botn de opciones, se abre un nuevo cuadro de dilogo

Algo que debe verificarse en todos los casos, es si la carga de la molcula y la multiplicidad de espin de la misma son correctas. En el caso del presente ejemplo, se trata de una molcula neutra (por lo tanto la carga es cero) que no tiene electrones desapareados (por lo que la multiplicidad de espin es 1). TIPOS DE CLCULOS Hay diferentes tipos de clculo que se pueden llevar a cabo con los diferentes mtodos elegidos. Se pueden elegr en el men Compute.

Ellos son: Single Point (clculo simple de energa), Geometry Optimization (optimizacin de la geometra o minimizacin de la energa), Molecular Dynamics (simulacin de Dinmica Molecular), Langevin Dynamics (simulacin de Dinmica Molecular que incuye implcitamente la presencia de un disolvente), Monte Carlo (simulacin), Vibrations (permite

Modelado Molecular I Ctedra de Qumica Cuntica - DEQUIFIM calcular las frecuencias vibracionales y simular los espectros infrarrojos de las molculas), Transition State (optimizacin de una estructura de transicin).

OPTIMIZACIN DE LA GEOMETRA MOLECULAR Habiendo elegido un mtodo para realizar la optimizacin (en el men Setup), se debe seleccionar Geometry Optimization (en el men Compute). Al realizar esta accin se despliega el siguiente cuadro de dilogo

Se debe elegir el algoritmo deseado para llevar a cabo el clculo de minimizacin de la energa (estos sern discutidos uno por uno en el curso terico). Tambin se debe indicar el criterio de finalizacin del clculo, modificando el gradiente al cual se pretenda aproximarse. Una vez que la optimizacin de geometra comienza, pueden apreciarse movimientos en la molcula y variaciones en los valores indicados en la lnea de estado. Cuando el clculo converge (finaliza adecuadamente), la barra de estado indica la energa de la estructura optimizada y el gradiente obtenido en el clculo.

INFORMACIN DEL PROCESO DEL CLCULO Si bien la lnea de estado indica los valores mencionados, se puede conservar estos y otros resultados (muy importantes que pueden ser necesarios) en un archivo de texto independiente: Log File. Para iniciar un archivo log se debe: Elegir Start Log en el men File. Se debe nombrar el archivo con un nombre relacionado con la estructura que en estudio. Click OK Una vez iniciado el archivo log, cualquier clculo que se realice genera informacin que ser guardada en dicho archivo. Finalmente se debe cerrar el archivo log (men File). VISUALIZACIN DE PROPIEDADES MOLECULARES Existen una serie de propiedades moleculares que pueden ser visualizadas. En el men Compute, se puede seleccionar Plot Molecular Properties, lo cual abre el siguiente cuadro de dilogo que permite elegir la propiedad deseada.

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Tambin en el men Compute se encuentra la opcin Orbitals, la cual permite visualizar orbitales moleculares, dentro de los cuales los orbitales frontera (HOMO y LUMO) son los de mayor inters.

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