Tema 11 Catlisis cido"bsica y catlisis electrosttica Se trata de la estabilizacin de las cargas generadas en el estado de transicin, debida a aminocidos polares

(la posesin o no de carga es funcin del C.A.). A travs de estos aminocidos, se justifican las estabilizaciones, y an siendo catlisis electrosttica por cation se llama catlisis electroflica. En este tema se sentarn las bases de las posibles catlisis mediante ejemplos conocidos, de modo, que en el examen, puedas inventar un mtodo conociendo aminocidos del C.A. o bien el sustrato. Puede ser que se trate de uno de los ejemplos que veremos a continuacin, o puede que no. Empezaremos haciendo una clasificacin bioqumica de las reacciones: De transferencia de grupo: Hidrolasas, trasferasas. Redox Eliminacin de ismeros y reorganizaciones: Isomerasas. Ruptura y formacin de enlaces carbono"carbono: Ligasas y liasas. Cada uno de estos tipos requerir un tipo diferente de enzima con una catlisis caracterstica, por ejemplo, el tipo transferencia de grupo, se basa en el paso de un grupo electroflica desde un nuclefilo a otro, lo que se denomina sustitucin nucleoflica. Catlisis general bsica Utilizando la hidrlisis de un ster como reaccin tipo, veremos el trabajo que realiza el grupo bsico, en este caso el nitrgeno de una histidina, que para ser bsico requiere estar desprotonado, con dos electrones no apareados. Como se ve en la primera figura, la misin de este grupo bsico consiste en abstraer un protn del agua para hacer a esta molcula ms polar, o lo que es lo mismo, aumentan " del O lo que favorece el ataque nucleoflico de ste al carbono carboxilo. En el segundo paso, quedar un intermediario tetradrico (tpico en la hidrlisis de dobles enlaces) en el que el carbono est unido a tres oxgenos, uno de ellos con carga negativa, que empezar la excisin del OR atacando al carbono para conseguir el doble enlace. Tambin quedar la histidina protonada. Catlisis general cida Seguiremos con el mismo ejemplo, siendo ahora la histidina el grupo cido al tener tendencia a soltar en protn que abstrajo del agua. Nos quedamos en que el oxgeno con carga negativa ofreca los electrones para formar un doble enlace, haciendo que se debilite el enlace del oxgeno con el radical. Esto se ver favorecido por la cesin del protn de la histidina a este grupo saliente para formar un alcohol. En definitiva, la transferencia del protn de la histidina al grupo saliente (anion alcxido, RO") posibilita la salida del grupo en forma estable, la de alcohol. Tambin puede tener otra funcin esta catlisis cida, la de aumentar la reactividad del centro de reaccin (aumentar + del centro). Se diferencia de la bsica en que esta ltima hace ms reactivo al centro atacante (aumentar "), mientras que la cida, o bien favorece la salida de un grupo cedindole un protn, o bien, hace ms reactivo el blanco, lo el grupo atacante. Por supuesto, al tratarse de un grupo cido, lo que hace es provocar la atraccin de electrones hacia el O. Al final, el oxgeno se queda con el doble enlace y con el 1

protn, con la subsiguiente carga positiva. sta debilitar el doble enlace a l polarizarlo, aumentando el carcter electroflico del carbono, hacindolo, por tanto, un mejor centro de reaccin. Catlisis electrosttica Su misin es la de estabilizar las cargas generadas en el estado de transicin. Esto se consigue de varias formas: Interaccin con cargas de signo opuesto de cadenas laterales del C.A. Interaccin con dipolos orientados, como por ejemplo el NH de los enlaces peptdicos. Interaccin con iones metlicos del C.A. A esto de le denomina catlisis electroflica (a pesar de ser electrosttica). Es evidente que los iones a utilizar son muchos y variados, dependiendo del nmero de cargas o de la fuerza del mismo. Como ejemplo se nos pone la Carboxipeptidasa A. en su C.A. presenta un tomo de Zn cuya misin es la de polarizar en enlace C=O con sus dos cargas positivas, lo que genera una atraccin muy significativa de los electrones del oxgeno, que a su vez arrastrar a los del doble enlace, haciendo ms electroflico al carbono para que acte con ms facilidad en agua como nuclefilo. En esta reaccin, el glutamato 270 interviene como base general (base conjugada) haciendo posible la aparicin del intermediario tetradrico al abstraer un protn del agua, misin tpica de un base general. Todo este proceso se describe con mucho ms detalle en las hojas, demasiado para lo que se exige. Catlisis Covalente Hasta ahora decamos que las interacciones entre la enzima y es sustrato eran no covalentes, sin embargo, en este tipo de catlisis se trata de conseguir que una especie poco reactiva se transforme en otra mucho ms reactiva. Esto se consigue mediante la unin covalente al catalizador. El efecto hace que disminuya la energa de activacin por el paso por diferentes intermedios de reaccin. Hay dos tipos: Nucleoflica: en ella est implicada una cadena lateral con caractersticas nucleoflicas. Se basa en que la unin del catalizador al sustrato facilita el desplazamiento posterior de un grupo saliente relativamente bsico. Electroflica: se basa en que la unin del catalizador al sustrato hace que el centro de reaccin sea ms electroflico por la retirada de electrones. El sumidero de electrones, suele ser un =N+<. Hay que tener en cuenta que aunque el efecto es distinto de la nucleoflica, ambas se producen por cadenas laterales nucleoflicas, por ello esta clasificacin es un poco ambigua. No siempre la unin se produce directamente con la enzima, sino tambin por medio de coenzimas. Hay que decir que no son excluyentes, de hecho suelen darse los dos tipos. Nucleoflica Es funcin de las especies ionizables, de la carga con la que se encuentren, y todo ello producir un exceso de electrones. A la lista de grupos que pueden actuar como nuclefilos habra que aadir Thr"O" y Tyr"O", slo en esta forma, al igual les ocurre a los dems. Hay que tener en cuenta que se trata de las bases conjugadas y que todas ellas cursan con uniones covalentes con el sustrato. Como ejemplo se nos pone la Quimotripsina, una sern proteasa. Se caracteriza por una triada cataltica: Ser195: que una vez en forma de base conjugada une el sustrato, de modo, que es la cadena 2

nucleoflica. His57: En forma de base, abstraer un protn de la serina para hacerla cataltica. Asp102: Se encarga de mantener a la histidina en su sitio para que pueda realizar su funcin, adems de ayudar a mantener su estructura. Gly193: Aunque no forma parte de la triada cataltica, su NH del enlace peptdico forma un puente de hidrgeno con el oxgeno del carbonilo atacado por la serina, lo que hace que sea ms corto y estable a medida que el oxgeno adquiere carga negativa. En definitiva, contribuye a la estabilizacin del estado de transicin. La Quimotripsina corta a la derecha de aminocidos aromticos Phe, Tyr, Trp, (por eso presenta una cavidad hidrofca). Utiliza dos sustituciones nucleoflicas, cada una con su intermediario. Cada una de estas sustituciones presenta las siguientes etapas: Adicin del nuclefilo al C carbonilo Formacin del intermediario tetradrico Salida del grupo bsico Describiremos ahora cada uno de los pasos que sigue la enzima para hidrolizar el enlace: La histidina abstrae un protn de la serina, que ya empieza a atacar al enlace C"N, debido en parte a la debilitacin del mismo al perder electrones por la interaccin del =O con la Gly y con el NH de la serina. Una vez la serina en forma de nuclefilo, se une al sustrato por medio del oxgeno que sigue interactuando con el protn, ahora de la histidina, el cual a su vez interactua con el N del enlace a romper. Como ya se ha formado el oxoanin, debido a las interacciones con la glicina mencionadas en el paso anterior, el enlace peptdico deja de ser planar, formndose el intermediario tetradrico. La histidina acta de cido general cediendo un protn al grupo bsico saliente, completndose as la primera sustitucin. Pero an queda la otra parte de la cadena peptdica unida covalentemente a la enzima por medio de la serina, formando la acil"enzima. Entonces empieza la segunda sustitucin, que provocar la hidrlisis de la acil"enzima. La ruptura del enlace peptdico, provoca la formacin de nuevo del doble enlace, el cual, siguiendo un proceso idntico al descrito en el paso 1 elimina los electrones del doble enlace recin formado, y que confiere una estructura trigonal. Una vez que ha cedido el protn, la histidina acta como base general abstrayendo un protn del agua polarizndola an ms, haciendo factible as que esta ataque al corono, que tambin ser ms electrfilo. Se forma de nuevo un intermediario tetradrico con un oxoanin y con el protn abstrado del agua interactuando todava con el oxgeno ahora unido al carbono y con el oxgeno de la serina que comienza a debilitar su enlace con en sustrato. Se trata, por tanto, de la hidrlisis de un ster. El ltimo paso es la salida del grupo bsico de la segunda sustitucin. Esta se ve favorecida por la ruptura del enlace covalente con la serina que recupera el protn cogindolo de la histidina. Electroflica Se trata de conseguir aumentar el + del centro de reaccin. Ya hemos visto algunas estrategias como la catlisis general cida o la catlisis electoflica, y ahora aadimos la catlisis covalente electroflica. Puede formar intermediarios covalentes entre el sustrato y la enzima o entre sustrato y coenzima, en cualquiera de los casos, se consiguen retirar electrones del centro de reaccin. Esto se consigue normalmente mediante un nitrgeno catinico, al que se le llama un sumidero de electrones. En este tipo de catlisis utilizaremos como ejemplo la Aldolasa. sta es capaz de formar una base de Schiff (imina) mediante la condensacin del N de un Lys del C.A. y el grupo aldehdo o cetona de los azcares (Adicin nuclefila del amino al C carbonilo). Si esta imina estable se pone en medio cido o algn componente del C.A. la cede un protn se convierte en un ion iminio (+). Este ion puede perder un protn (el de un carbono) apareciendo una carga negativa generando entonces un carbanin, el cual se estabiliza por 3

resonancia formando una enamina, una especie ms estable. La enamina presenta un carbono metilnico que se puede activar como nuclefilo. Tambin puede formar un carbanin, que suele ser la base para formar un enlace C"C o para degradarlo, de hacho la aldolasa puede hacer las dos cosas. El ion iminio polariza el enlace con el carbono. Al igual que hicimos en el tipo anterior, comentaremos todos los pasos de la catlisis llevada a cabo por la aldolasa: La Fructosa 1,6 bis"fosfato llega al C.A. interactuando de forma no covalente con una Lys que medio comparte un protn con una Cys y con un grupo con B. Ambas cadenas intentan neutralizar las cargas negativas de los grupos fosfato. Para poder interactuar mejor, el protn de la cisteina pasa a la lisina, quedando con cargas " y + respectivamente. Hay una lisina que queda orientada justo al lado de la cetona, de modo, que debido a la fuerza del NH2 se unen soltando una molcula de agua. Esta adicin nucleoflica crea un ion iminio muy inestable que favorece los desplazamientos de electrones, que haran que la molcula se rompiera por 3"2 si no fuera por la Cys, que una vez perdido el protn acta como nuclefilo abstrayendo el protn del grupo alcohol en C4, lo que provoca la aparicin de un doble enlace C=O que rompe la molcula. La ruptura hace que salga el gliceraldehdo 3"fosfato, dejando un carbanin en la enzima, el cual se solventa mediante la cesin de n protn de una histidina. La histidina en forma de base acta como tal polarizando al agua mediante la abstraccin de un protn. Esta agua polarizada busca un centro nuclefilo, y lo encuentra en el carbonilo, que ha perdido electrones por el nitrgeno catinico, ahora formando de nuevo un ion iminio. Este paso es la hidrlisis de la imina, dejando el C.A. libre para unir una cetona, DHAP o F1,6BP. Si tratamos de unir dos triosas, es evidente que en primer lugar debe entrar la DHAP y despus de la formacin del ion iminio y del posterior carbanin al quitarse una molcula de agua un G3P. Tema 12 Catlisis electroflica con participacin de coenzimas La diferencia con la anterior es que en este caso se requiere un coenzima, que ser quien se una al sustrato. El ejemplo que utilizaremos es el del fosfato de piridoxal (PLP) en una reaccin de transaminacin. Hay muchos, por ejemplo el fosfato de tiamina tambin presenta un nitrgeno catinico que realiza una funcin anloga al PLP. Caractersticas del PLP Deriva de la vitamina B6. Puede actuar en transaminaciones, racemizaciones o cambios en el estado de oxidacin. Presenta en la posicin 4 un grupo aldehdo capaz de formar Bases de Schiff o iminas. Una grupo alcohol en 3 que estabiliza mediante la formacin de un puente de hidrgeno interno la imina. Acta como catalizador cido"base. Un grupo fosfometileno en 5 que sirve como reconocimiento E"CoE, de forma anloga a como se reconocan las grupos fosfato en la aldolasa. Un nitrgeno catinico que promueve la deslocalizacin de los electrones dentro del anillo. Ejemplo, la transaminacin

Lo primero que sucede en la condensacin del PLP con la transaminasa por medio de la formacin de una imina, a la que denominaremos aldimina por provenir de un aldehdo, con una amina de la lisina del C.A. Esta deshidrogenacin deja un nitrgeno cationico cuyo protn forma un puente de hidrgeno con el O" (debido a la prdida del protn en la entrada al centro activo). A partir de esa unin, la aldimina a la que llamaremos interna por producirse entre la CoE y la E, hace susceptible de un ataque nucleoflico de una amina desprotonada de un aminocido, al carbono carbonilo, empezando la primera sustitucin nuclefila. Consiste en la unin del aminocido por su nitrgeno al PLP liberndolo de su unin con la lisina del C.A. Se forma entonces una aldimina externa por formarse entre el CoE y el sustrato. La lisina queda desprotonada, con lo que se convierte en un nuclefilo (base) que ataca al protn del carbono , provocando una reorganizacin de los electrones por todo el complejo CoE"S. Esta reorganizacin de la aldimina externa se estabiliza por resonancia formando in intermediario quinoideo, que se caracteriza por la formacin de un doble enlace entre el carbono y el N y entre el siguiente carbono y el anillo. Este ltimo doble enlace, ataca a la lisina, ahora en forma de cido debido al exceso de electrones que le llega del nitrgeno del anillo, ahora sin carga. La prdida del protn de la lisina vuelve a dejar a esta en forma de base, mientras que la captura del mismo por parte del doble enlace C"Anillo regenera la carga en el nitrgeno del anillo y mantiene el doble enlace entre el carbono y en nitrgeno, fundamental en el siguiente paso. E este paso, por tanto, se forma una cetimina, ya que proviene de una condensacin con una cetona. La entrada de una molcula de agua provoca la hidrlisis de la cetimina, debido a la potencialidad electrfila del carbono y a la polarizacin que realiza la lisina al abstraer un protn del agua, actuando de base general. El resultado de esta hidrlisis es la salida de un "cetocido y de Piridxamina fosfato, que ha capturado el grupo amino del aminocido que entr en el paso 1. La Piridoxamina servir como coenzima al segundo sustrato, otro "cetocido al que se convertir en aminocido mediante los pasos antes descritos pero de manera inversa. En este recorrido inverso, para liberar el aminocido ser la amina de la enzima la que atacar. Se podra pensar que cual es la necesidad de unir el PLP a la enzima, ya que podra saltarse ese paso y formar directamente una aldimina externa. La respuesta es evidente, la formacin de la aldimina interna hace mucho ms susceptible de un ataque nuclefilo al carbono carbonilo. Esto en definitiva es la base de la catlisis covalente. La transaminacin, como se ve, se trata de una reaccin Ping"Pong. Sinceramente no estoy muy seguro de que sea carboxilo, pero ya que deriva de un cido creo que ser as. Recordemos que los centros de reaccin suelen ser + como C o P. ENZIMOLOGA 92 Catlisis cido"bsica y electrosttica G ES" Unin covalente Ea E+S 5

S" P S E+P ES'" ES' Reaccin no catalizada Reaccin catalizada