AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS

1. Estructura y clasificacin de los aminocidos.

2. Propiedades cido-base de los aminocidos y pptidos
3. El enlace peptdico
4. Pptidos: hidrlisis y secuenciacin
5. Clasificacin y funcin biolgica de las protenas
6. Nieles estructurales de las protenas
1. Estructura c!as"#"cac"$% &' !(s a)"%(*c"&(s.
Como su nombre indica los aminocidos son compuestos !ue poseen un grupo
a)"%( +,N-
2
. y un grupo cido +car/(01!"c( ,COO-. en su estructura. "os
aminocidos son los precursores de los pptidos y las protenas# y en ellos el
grupo amino y el grupo carbo$ilo# se encuentran unidos al mismo tomo de
carbono# conocido como car/(%(, %,a)"%(*c"&(s.. "a estructura general
de los -aminocidos %a e$cepcin de la prolina# !ue es cclica& se muestra en
la 'igura (.
'igura (.
Estructura 2u1)"ca &' u% a)"%(*c"&(. Estructura !umica en
el plano y estructura espacial. Enantimeros del aminocido
alanina.
Como se puede apreciar# el car/(%(, %a e$cepcin de la glicina& es un
carbono !uiral y como tal presenta dos enantimeros %"- y )-&. "os *+ -
aminocidos presentes en las protenas son de la serie "- y en su
representacin de 'ischer poseen el grupo amino hacia la i,!uierda. "a
diferencia entre los aminocidos iene dada por el resto ,R# o cadena lateral#
unida al carbono-. -tendiendo a la naturale,a del grupo -. los aa
s
pueden
clasificarse en:
/ Neutros o apolares
/ Polares sin carga
/ Polares con carga negatia
/ Polares con carga positia
"a 'igura * recoge las estructuras de los *+ "--aminocidos a p0 fisiolgico.
N'utr(s ( A3(!ar's. 1on 2 los aminocidos !ue se clasifican como
poseedores de cadenas laterales no polares. "a a!a%"%a, 4a!"%a, !'uc"%a '
"s(!'uc"%a# poseen cadenas laterales de hidrocarburos alifticos. "a
)'t"(%"%a posee una cadena lateral de ter tilico %C,S,C&. "a prolina es el
3nico aminocido cclico# pues el grupo -. se cierra sobre el N del grupo -
amino %realmente es un amina secundaria&. Por su parte# la #'%"!a!a%"%a y el
tr"3t$#a%( contienen grupos aromticos.
P(!ar's s"% car5a. 1iete son los -aminocidos cuyo resto -. es polar pero sin
carga. "a 5!"c"%a posee la cadena ms simple# un tomo de hidrgeno. "a
s'r"%a y la tr'(%"%a son portadores de un grupo hidro$ilo %-O-&. "a
as3arra5"%a y la 5!uta)"%a# poseen cadenas laterales portadoras de un grupo
amida# y por hidrlisis dan lugar# respectiamente# a aspartato y glutamato# dos
aminocidos con carga negatia. "a t"r(s"%a posee un grupo fenlico y la
c"st'1%a debe su polaridad a la presencia de un grupo tilico %-10&.
P(!ar's c(% car5a %'5at"4a. E$isten dos -aminocidos cuyo resto polar
posee carga negatia a p0 fisiolgico# debida a la presencia de un grupo
carbo$ilo %-C440& # el *c"&( 5!ut*)"c( y el *c"&( as3*rt"c(.
P(!ar's c(% car5a 3(s"t"4a. 5res son los -aminocidos !ue poseen restos -.
cargados positiamente a p0 fisiolgico. "a !"s"%a posee una cadena lateral de
butilamonio# la ar5"%"%a presenta un grupo -. de guanidina y la 6"st"&"%a es
portadora de un grupo -. de imida,olio.
Esta clasificacin se ha reali,ado en base al grupo -.# pero es importante
indicar !ue a p0 fisiolgico %p0 6#7&# el grupo -amino se encuentra cargado
positiamente y el grupo -carbo$ilo lo est negatiamente# por esta ra,n en
la 'igura * estos grupos aparecen siempre cargados.
)entro del con8unto de los aminocidos naturales# e$isten unos !ue pueden ser
sinteti,ados por las clulas humanas a partir de otras sustancias# pero tambin
hay aminocidos !ue debemos tomarlos en la dieta# ya !ue nuestras clulas no
pueden sinteti,arlos o# cuando menos# no en cantidad suficiente para satisfacer
la demanda del organismo9 se conocen con el nombre de a)"%(*c"&(s
's'%c"a!'s y son alina# leucina# isoleucina# treonina# metionina# fenilalanina#
triptfano y lisina.
2. Propiedades cido-base de los aminocidos y los pptidos

El pH del medio en el que se encuentre el aminocido es esencial para determinar
sus propiedades cido-base, aspecto importante pues de ello dependen las
propiedades qumicas y la funcionalidad biolgica de los pptidos y protenas que
forman.
as propiedades cido-base de un aminocido !ienen determinadas por los grupos
protonables que posea. "n aminocido puede actuar bien como cido o como base
#sustancias anfteras$ , pudiendo tener %asta tres grupos con carcter cido-base&
El '-amino, el '-carbo'ilo y, en algunos casos, el resto -(. o importante es que
estos grupos poseen un carcter cido-base dbil, lo que %ace que, dependiendo
del pH, el correspondiente equilibrio pueda despla)arse en un sentido o en otro
#%acia la forma protonada o %acia la desprotonada, *igura +$.

*igura +
,oni)acin de un -aminocido.

'igura *.
Estructura 2u1)"ca &' !(s 7,a)"%(*c"&(s.
a e'presin que regula la proporcin entre las formas protonada y desprotonada
es&
-onde -P es la forma protonada y P es la forma desprotonada. .eamos como afecta el pH a la !alina. a
!al posee slo dos grupos protonables, el '-amino y el ' -carbo'ilo. / pH fisiolgico la !alina presentara
la siguiente estructura&
0omemos los grupos por separado y !eamos como les afecta el pH. El grupo E - amino presentara dos
formas, una protonada #P$ y cargada positi!amente #-1H+2$,y otra desprotonada #-P$ y sin carga #-
1H2$, seg3n el siguiente equilibrio&
si el pH aumenta, el equilibrio se despla)a %acia la derec%a #dominando la forma
con carga 4$ y si disminuye lo %ar %acia la i)quierda #dominando la forma con
carga 25$.
6on el grupo E -carbo'ilo ocurrira algo similar&

En funcin del pH, la proporcin de forma protonada #carga 4$ o forma
desprotonada #carga -5$ !ariar, respetando siempre la constante de ioni)acin del
grupo en cuestin si la temperatura se mantiene constante.
7upongamos que estamos a%ora a pH 58 en estas condiciones de ele!ada
concentracin de protones en el medio ambos equilibrios estaran despla)ados en
un 544 9 %acia las formas protonadas.7i aumentamos el pH los equilibrios
comen)aran a despla)arse %acia la derec%a %asta llegar a un pH muy bsico,
momento en el que las formas dominantes #al 544 9$ seran las desprotonadas.
Pero, :qu ocurre a pHs intermedios;. Para ello debemos tener en cuenta la <a para cada equilibrio, o
me=or dic%o su p<a #que sera el >log<a$. El grupoE-amino de
la !alina tiene un p< de ?, y esto quiere decir que a pH ? el @4 9 de los grupos
amino estarn protonados #si tenemos 544 molculas de !alina, @4 tendrn el grupo
amino protonado y @4 lo tendrn desprotonado, al menos tericamente, seg3n se
desprende de la constante de ioni)acin$. Por su parte el grupo E-carbo'ilo de la
!alina, que tiene un p< de 2, estar protonado al @4 9 cuando el pH del medio sea
2.
En general se asumen las siguientes consideraciones, para determinar el porcenta=e
de protonacin de un grupo ioni)able en un aminocido&
A
7i el pH B p<-5 el grupo esta al 544 9 protonado
A
7i el pH C p<25 el grupo est al 544 9 desprotonado
A
7i el pH D p< el grupo est al @4 9 protonado
0omemos a%ora un aminocido con tres grupos ioni)ables, el cido glutmico&
que posee el grupo E-amino, el E-carbo'ilo y el y-carbo'ilo. os tres grupos ioni)ables darn lugar a tres
equilibrios cido-base distintos, cada uno con su correspondiente p<a#2, E y ? respecti!amente$. Para !er
como afecta el pH a la carga de cada grupo !amos a reali)ar la siguiente tabla, en la que ordenamos #de
menor a mayor p<$ los grupos protonables y sus correspondientes !alores de carga en funcin del pH&

5$ a pHD 5, el pH es inferior en una unidad al p< del grupo E-6FFH, el cul estar protonado al 544 9,
luego su carga ser 48 y lo mismo le ocurrir al grupo y-6FFH, protonado al 544 9 y con carga 4. Por su
parte, el grupo E-amino tambin estar protonado, aunque en este caso la carga del grupo es 25.2$ a pHD
2, se produce coincidencia del pH con el p< del E-6FFH, por lo que estar al @4 9 protonado. uego la
carga ser -4,@ 8 este pH es a3n dos unidades inferior al p< del grupo < -6FFH, que seguir protonado
#4$, como tambin le ocurrira al grupo E -amino #25$. a carga total del glutmico sera 4,@.
+$ a pHD +, se %a superado en una unidad el p<a del E-6FFH, luego estar desprotonado al 544 9 y su
carga ser -5 para !alores superiores de pH. os otros dos grupos siguen estando protonados al 544 9 #4
y 25, respecti!amente$. G la carga total ser cero.
E$ a pHD E, el pH coincide con el p<a del grupo <-6FFH y estar protonado
en un @49 #carga -4,@$. El E-6FFH seguir desprotonado #4$ y el E-amino protonado #25$. a carga total
ser a%ora -4,@.
@$ a pHD@ el grupo <-6FFH estar al 544 9 desprotonado y el resto de grupos seguir igual, %asta llegar
a pHD ?, donde el E-amino estar desprotonado al @4 9 #4,@$ , grupo que se desprotonar al 544 9 a
partir de un pHD H.6omo se puede apreciar en la tabla, la carga total del aminocido depende del pH
de la disolucin en que se encuentre. En la siguiente tabla pueden locali)arse los aminocidos que, al
igual que el cido glutmico, poseen grupos -( protonables.
E'iste un pH al cual la carga neta del aminocido es cero #si lo colocamos en un campo elctrico no se
despla)ar %acia ninguno de los polos$. El pH al cul un aminocido posee carga neta cero recibe el
nombre de punto isoelctrico #p,$, que es la media aritmtica de los !alores de p<5 y p<2 que delimitan
la forma con carga cero.
(E/66,F1E7 -E F7 /I,1FJ6,-F7
En los aminocidos %ay tres reacciones principales que se inician cuando un aminocido se une con el
pirido'al-P formando una base de 7c%iff o aldimina. -e a% en adelante la transformacin depende de las
en)imas, las cuales tienen en com3n el uso de la coen)ima pirido'al-fosfato. as reacciones que se
desencadenan pueden ser&
a transaminacin #transaminasa$& 1ecesita la participacin de un K-cetocido.
a descarbo'ilacin.
a racemi)acin& Es la con!ersin de un compuesto en -, o !ice!ersa. /unque en las protenas de un
ser !i!o los aminocidos estn presentes 3nicamente en la forma estructural le!gira #$, en las bacterias
podemos encontrar --aminocidos