Se pueden entender la estructura y las propiedades de las cosas antes de hacer experimentos?

Puede una simulacin matemtica predecir comportamientos de la realidad material? La qumica

computacional es la herramienta que permite responder afrmativamente a ambas preguntas.
de QU se trAtA?
C
uando el peroxinitrito, una molcula muy reac-
tiva, acta en los tejidos de un ser vivo, se
convierte en agente patognico, es decir,
causante de enfermedades, entre ellas infar-
tos del miocardio, diabetes, shocks circula-
torios, inamaciones crnicas, cncer y desrdenes neu-
rodegenerativos. De ah que resulte necesario conocer en
detalle cmo interacta con las estructuras celulares, para
disear acciones teraputicas contra esas patologas.
Los fertilizantes basados en amonaco sinttico han
elevado los rindes de las cosechas, pero pueden gene-
rar iones nitrato en los suelos, que contaminan las aguas
subterrneas y alimentan determinadas algas cuya accin
puede ser daina. Adems, la produccin industrial de
amonaco contribuye sustancialmente a la generacin de
gases que incrementan el efecto invernadero de la at-
msfera. De ah que resulte necesario encontrar mtodos
alternativos de produccin de fertilizantes.
Tienen estas dos situaciones algo en comn? La res-
puesta es que en los ltimos aos la qumica computa-
cional ayud a realizar notables progresos en el estudio
Simulaciones matemticas del comportamiento
de tomos y molculas
ezequiel leiva
Insttuto de Investgaciones en Fisicoqumica de Crdoba, UNC-Conicet
daro A estrn
Insttuto de Qumica de los Materiales, Medio Ambiente y Energia, UBA-Conicet
Qumica computacional
de ambas, y a entender el origen de los trastornos y los
mecanismos de solucin. Y estas no son las nicas reas
en las que se ha sentido su inuencia.
Por qu qumica computacional?
La qumica computacional es un captulo de la qumica
que hace uso de modelos matemticos para simular las in-
teracciones entre los tomos de las sustancias y as resolver
problemas de ndole qumica. En principio, todas las solu-
ciones a tales problemas podran encontrarse resolviendo
ecuaciones. Sin embargo, no sucede estrictamente as, pues
el comportamiento de muchos modelos no es consecuen-
cia exclusiva de las leyes que gobiernan el mundo fsico,
sino que tambin intervienen otras leyes emanadas de la
compleja composicin de los mismos modelos utilizados.
Para abordar un problema, los cientcos suelen for-
mular modelos aproximados relativamente fciles de re-
solver. Luego contrastan sus resultados con los que arrojan
modelos ms exactos pero ms complejos y de mayor di-
46
ordenamiento espacial de sus tomos y molculas. Esto abre
las puertas al diseo de nuevos materiales, lo mismo que a
aplicaciones novedosas en catlisis, medicina y electrnica.
Para estudiar estos sistemas la qumica computacional
recurre a una de sus herramientas favoritas de simulacin,
que es la dinmica molecular (vase el recuadro Los mo-
delos matemticos de la qumica computacional), como se
puede ilustrar con el caso de colisiones de conglomerados
que dan lugar a nanopartculas bimetlicas. Para simular el
proceso de colisin, dos conglomerados se ubican separados
a cierta distancia y se los dota de velocidades en sentidos
opuestos (gura 3). Los resultados pueden agruparse en tres
categoras, segn los materiales y las velocidades de colisin.
cultad de procesamiento. Mediante la resolucin numrica
del modelo complejo, la qumica computacional permite
evaluar la validez del aproximado. Es decir, la disciplina sir-
ve, entre otras cosas, para vericar la validez de modelos.
Por otro lado, la qumica computacional introduce la
mayor complejidad posible en sus clculos e intenta pre-
decir los valores de propiedades observadas experimen-
talmente. Es decir, procura obtener resultados con valor
predictivo. En algunas situaciones ese camino es mejor
que realizar un experimento, dado que este puede resul-
tar imposible o muy arduo de realizar, o las propiedades
de inters pueden ser muy difciles de medir.
Qumica computacional y salud
El radical peroxinitrito, mencionado en el primer prra-
fo, reacciona con el dixido de carbono, que es muy abun-
dante en el organismo, lo que da origen a peroxinitrito-dixido de
carbono, un aducto (producto que resulta de la adicin de dos
compuestos o especies qumicas) que ilustra la gura 1. Esa
reaccin fue analizada mediante clculos de mecnica cun-
tica considerando, en primer lugar, solo ambas sustancias.
Dicho anlisis revel su factibilidad y los cambios estructura-
les y electrnicos que ocurren al producirse la reaccin. Lue-
go se rehicieron los clculos para tener en cuenta los efectos
del agua, el solvente en el que se encuentra el aducto, lo que
se realiz con un esquema hbrido de clculo que tom ele-
mentos de la mecnica cuntica y otros de la fsica clsica, los
segundos para reejar la accin de las molculas del agua.
Este camino llev a descubrir la funcin del solvente en
esa reaccin, y cmo afecta la distribucin electrnica del
producto formado; especcamente, cmo el mencionado
solvente es determinante en la localizacin de carga elctrica
en los tomos de oxgeno del dixido de carbono. El descu-
brimiento ayud a comprender cmo interacta el aducto
con, por ejemplo, diferentes blancos biolgicos, por ejemplo,
cidos nucleicos o protenas. La simulacin, que se ilustra en
la gura 2, representa de una manera mucho ms realista lo
que sucede en el organismo que la reaccin de las especies
aisladas, dado que el componente fundamental es el agua.
Qumica computacional y
nanotecnologa
Unos de los sistemas de gran inters en el mbito de la
nanociencia son los constituidos por nanopartculas y por
conglomerados (en ingls, clusters) pequeos. El tamao de
estos sistemas se encuentra comprendido entre las dcimas
y los cientos de nanmetros (la millonsima parte de un
milmetro). Su inters radica en que es posible manipular
casi a discrecin sus propiedades fsicas, qumicas, electr-
nicas y mecnicas variando la composicin, el tamao o el
O O
O
*
O
O
C
N
Figura 1. Estructura qumica del aducto
formado por reaccin de peroxinitrito con
dixido de carbono.
Figura 2. Representacin es-
quemtica de una simulacin
de dinmica molecular del
aducto peroxinitrito-dixido
de carbono solvatado en agua.
Los tomos se han esquema-
tizados con esferas (carbono:
celeste, oxgeno: rojo, nitrge-
no: azul, hidrgeno: blanco),
mientras que los enlaces in-
tramoleculares se representan
con cilindros, y los intermole-
culares, que son ms dbiles,
con lneas punteadas.
Figura 3. Izquierda, de arriba a abajo. Tres etapas de la colisin de un conglomerado de cobalto
(arriba, izquierda) con otro de plata (arriba, derecha). La estructura resultante se llama carozo-
capa (core-shell) y en ella la plata (capa) recubre al cobalto (carozo). Derecha. Tres etapas de la
colisin de un conglomerado de cobre (arriba, izquierda) con otro de paladio (arriba, derecha).
La estructura resultante es una aleacin, o sea, una mezcla ms o menos homognea.
ARTCULO
47 Volumen 21 nmero 124 agosto - septiembre 2011
Por un lado, se forman estructuras como
las que muestra la gura 3 (izquierda), en
que uno de los metales recubre a otro y
constituye una estructura carozo-capa (core-
shell). Por otro lado, se forman mezclas
ms o menos homogneas, llamadas na-
noaleaciones, como lo muestra la gura 3
(derecha). Y el tercer tipo de estructuras
que aparecen se llaman cebollas (onions), con
capas alternadas de los metales.
En todos los casos estas estructuras com-
plejas muestran propiedades que dependen
de su tamao, composicin y estructura
qumica, pero que pueden manipularse
para conseguir aplicaciones especcas,
especialmente industriales, como las de al-
macenamiento de datos, sistemas pticos
y catlisis. Para las estructuras cebolla, la si-
mulacin se adelant al experimento, que
no fue realizado an, si bien otras tcnicas
han proporcionado evidencias importantes
que llevan a suponer que se encontraran
estructuras del tipo que se predice.
En lugar de por colisiones, se pueden
generar nanopartculas sobre supercies
metlicas acercando a ellas una punta
metlica cargada con material, que se
apoya suavemente y luego se retrae. La
dinmica molecular de esos procesos
tambin fue simulada: sus diferentes eta-
pas se ilustran en la gura 4. Mediante
tales simulaciones se concluy que la
aleacin supercial de los componentes
es fundamental para la estabilidad de los
conglomerados, algo muy difcil de ad-
vertir por el camino experimental.
Qumica computacional
y electrnica molecular
Otras de las reas en las que la qu-
mica computacional podra contribuir a
que acontezca una revolucin tecnol-
gica es la electrnica molecular. La idea
central de esta es generar circuitos de una
molcula, como se ilustra en la gura 5,
para los que se pueda variar el ujo de
corriente que los atraviesa cambiando los
potenciales elctricos que les son aplica-
dos. Se realiz un avance trascendental en
este campo mediante la creacin de jun-
turas moleculares (uniones de dos elementos
que ceden o toman carga) realizadas apo-
los modelos mAtemticos de lA QUmicA compUtAcionAl
l
as interacciones entre los tomos se describen usando el concepto de superfcie de energa
potencial, una funcin que indica cmo vara la energa con las posiciones atmicas. Es
posible describir esa superfcie mediante diferentes modelos. los ms precisos estn basados en
las leyes de la mecnica cuntica, vlidas en la escala de los tomos y sus ncleos. Son modelos
que se pueden operar en programas computacionales, de los que existen varios al alcance de
los mbitos acadmicos y industriales, como el Gaussian (comercial y orientado al estudio de
molculas) y el Quantum Espresso (de uso libre y orientado al estudio de sistemas extendidos
del tipo de slidos y superfcies). Estos modelos son necesarios para describir fenmenos que
incluyan los electrones del sistema donde la mecnica cuntica es la herramienta terica. Su
principal desventaja es la complejidad de sus ecuaciones, por la que los clculos requieren
mucho en tiempo y en recursos de computacin.
Existen modelos ms sencillos, basados en las leyes de la fsica clsica, que consideran las
interacciones entre tomos y los describen valindose, por ejemplo, de las leyes de coulomb. Son
menos demandantes de recursos de computacin, pero permiten estudiar sistemas de miles de
tomos, como las protenas, justifcando a su vez el uso de aproximaciones clsicas. Son mtodos
especialmente adecuados para fenmenos que no incluyan ruptura o formacin de enlaces qumicos.
tambin es posible disear modelos de superfcies de energa potencial cuya unidad mnima de
interaccin no sea un tomo, sino un grupo de ellos. Esos modelos se denominan de grano grueso,
y permiten estudiar sistemas aun ms complejos, o en escalas de tiempo ms largas.
otra alternativa son los llamados mtodos de multiescala, empleados para simular materiales
en una escala de tamao varios rdenes de magnitud mayor que la atmica. En esa aproximacin
se mantiene una descripcin por tomos en las regiones altamente deformadas del material,
mientras que lejos de ellas el material se representa como un medio elstico continuo.
una vez elegido el modelo de superfcie de energa potencial, es posible responder
a interrogantes qumicos de diferentes maneras. la ms sencilla es obtener informacin
estructural minimizando la energa potencial, por ejemplo, distancias entre tomos, o ngulos.
Este procedimiento se conoce por optimizacin de geometra. otro esquema posible, y muy
empleado, es realizar simulaciones de dinmica molecular. Esto es, obtener la evolucin
temporal de las posiciones de los tomos que componen el sistema mediante el empleo de las
ecuaciones de Newton. De esa manera es posible incorporar a la simulacin los movimientos
atmicos que suceden a determinada temperatura, relacionados con la energa cintica
del sistema. otra forma de incluir efectos de las fuctuaciones trmicas en una simulacin
computacional es generando confguraciones a partir de nmeros al azar (de ah su nombre de
mtodo Monte Carlo, por el clebre casino).
1 100 1000
Dimensin [nm]
E
s
c
a
l
a

d
e

t
i
e
m
p
o
s
ns
ps
mecnica
cuntica
mecnica
clsica
grano grueso
mesoescala
Diferentes modelos de simulacin de la qumica computacional.
48
yando y retrayendo una punta nanomtrica de oro en una
supercie del mismo material, todo dentro de una solucin
que contiene molculas de diferente naturaleza.
El dispositivo permiti medir la capacidad de conducir
corrientes elctricas de sistemas monomoleculares. El expe-
rimento fue extendido a otros tipos de contactos y a medir
la fuerza de ruptura de los enlaces entre las molculas y los
contactos. Medir esas fuerzas tiene mucho valor, pues ellas
determinan el tiempo de vida de los circuitos moleculares,
y ese tiempo dene su utilidad prctica. En la determinacin
de la estabilidad de los enlaces moleculares fueron decisivos
los clculos cunticos, ya que la nica forma de predecir en
forma cuantitativa las propiedades de esos enlaces es consi-
derar el papel que desempean en ellos los electrones.
Para estudiar dicha estabilidad, se simul por computa-
dora una unin molecular, como lo muestra la gura 6, y se
procedi a su elongacin y ruptura. Tanto la energa como
la fuerza son dos conceptos intuitivos que nos dan idea de
estabilidad. Mientras ms energa o trabajo tengamos que
invertir para romper un enlace, mayor ser su estabilidad.
Como se aprecia en la gura, la molcula que contiene ni-
trgeno forma enlaces considerablemente ms dbiles que
la que contiene azufre. En honor a la verdad, el proceso de
ruptura molecular es considerablemente ms complejo de lo
que se muestra en la gura, ya que la molcula puede llegar
a extraer algunos tomos del metal al que se pega, lo que
abre un conjunto de posibilidades de ruptura. Un anlisis
de esas posibilidades lleg a la conclusin de que las mo-
lculas enlazadas ms fuertemente pueden formar hilos de
hasta cuatro tomos de oro extrados de la supercie.
Qumica computacional
y biologa molecular
La qumica computacional tambin ha realizado apor-
tes signicativos en los ltimos aos en el rea de bio-
molculas, en especial en el estudio de sus aspectos es-
tructurales, dinmicos y de reactividad qumica. A modo
de ejemplo se puede tomar una protena presente en el
bacilo de Koch, causante de la tuberculosis, denomina-
da hemoglobina truncada N. Tiene la funcin de proteger al
bacilo del ataque del sistema inmune del organismo que
infecta, el cual deende a este mediante la liberacin de
xido ntrico (NO). La protena hace reaccionar oxgeno
con el NO y lo convierte en una especie inocua.
Por medio de simulaciones computacionales de la di-
nmica molecular se ha encontrado que, para cumplir esa
funcin, dicha hemogoblina tiene un sistema de dos cana-
les uno corto y otro largo, que permite sincronizar de
manera adecuada la entrada del xido ntrico y del oxgeno
(gura 7). Especcamente, la entrada de oxgeno ocurre
por el canal corto y ello produce un cambio que facilita la
entrada del segundo reactivo, el xido ntrico.
A B
C
D
Figura 4. Etapas de una simulacin de dinmica molecular para la for-
macin de un conglomerado de paladio (Pd) sobre una superficie de oro.
(a) Estado inicial. (b) Contacto. (c) Distancia de mxima aproximacin.
(d) Configuracin final. (e) Estudios similares empleando un mtodo
multiescala (vase el recuadro Los modelos matemticos de la qumica
computacional).
200
100
0
-100
-200
-300
-300 -200 -100 0 100 200 300
Y
/
A
X / A
V
T
V
S

punta
metlica
nanopartcula de oro
puerta redox
electrodo contrario
o contraelectrodo
sustrato
e
Figura 5. Esquema de un circuito molecular. La molcula est unida a un
pequeo conglomerado atmico o nanopartcula. Los potenciales de la punta
(V
T
) y del sustrato (V
S
) se pueden variar de manera independiente respecto de
una referencia. Los electrones (e) pueden inyectarse en la puerta y cambiar
el potencial V
S
.
ARTCULO
49 Volumen 21 nmero 124 agosto - septiembre 2011
Conclusiones y perspectivas
Existen aplicaciones de la qumica computacional en
casi todas las reas de la qumica, en las que cumplen dos
funciones fundamentales. Por un lado, sus herramientas
permiten explicar comportamientos observados experi-
mentalmente. Esto es de gran inters para disear siste-
mas nuevos y modular su comportamiento.
Por otro lado, la simulacin computacional propor-
ciona instrumentos predictivos, lo que permite generar
nuevo conocimiento en situaciones en que no se podra
hacerlo por el camino de realizar experimentos. En la
Argentina se ha acumulado una experiencia signicativa
en el rea, tanto en la creacin y validacin de mtodos,
como en su aplicacin. En la actualidad estn activos gru-
pos de investigacin en varias ciudades, entre ellas Co-
rrientes, Tucumn, San Luis, Crdoba, Rosario, Comodo-
ro Rivadavia, La Plata, Buenos Aires y Baha Blanca.
Figura 6. Uniones moleculares estudiadas por simulaciones que se valen de clculos cunticos. La molcula de arriba se une con el metal por enlaces que
contienen tomos de nitrgeno; la de abajo, tomos de azufre. A la izquierda se muestra la energa del sistema a medida que se estira hasta su ruptura; a la
derecha, la fuerza ejercida sobre la molcula. La echa indica el lugar donde se rompe el puente molecular.
A
B
C
E
G
H
Figura 7. Representacin de la protena hemoglobina truncada N del bacilo
de la tuberculosis. En azul, los canales corto (hacia abajo) y largo (hacia la iz-
quierda). Por simplicidad, no se representan todos los tomos, sino que se ha
usado una representacin en forma de cinta para esquematizar el esqueleto
de la protena.
lectUrAs sUgeridAs
RATNER M & RATNER D, 2002, Nanotechnology. A Gentle
Introduction to the Next Big Idea, Prentice Hall, Harlow.
LEIVA EPM, 2006, Nanoelectrochemistry, en BAGOTSKY VS,
Fundamentals of Electrochemistry, John Wiley & Sons, Nueva York.
& SCHMICKLER W, 2009, Theories and Simulations for
Electrochemical Nanostructures, en SCHMUKI P & VIRTANEN S,
Electrochemistry at the Nanoscale, Springer, Nueva York.
daro estrn
ezequiel leiva
Doctor en ciencias qumicas, Universidad Nacional de La Plata.
Profesor titular, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA.
Investigador principal del Conicet.
dario@qi.fcen.uba.ar
Doctor en ciencias fsicas y qumicas, Universidad Nacional de Crdoba.
Investigador principal del Conicet.
Profesor titular, UNC.
Director alterno, Departamento de Matemtica y Fsica, Facultad de
Ciencias Qumicas, UNC.
eze_leiva@yahoo.com.ar
Los autores dejan constancia con agradecimiento de que sus investigaciones
se llevaron a cabo con el apoyo del Conicet (PIP 11420090100066 y
200801-01207), del FONCYT (BID PICT 946-06, PICT Races 157, PME
2006-1581 y PAE 22711), la Unin Europea (Framework Program 7,
proyecto NOStress), y la SECYT de la UNC.
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