ORIGEN Y EVOLUCION

DE LOS
MICROORGANISMOS


Dr. Victor Campos A,
Microbiologia Ambiental y Ecologa
Microbiana
http://www.astro.psu.edu./users/tabel/GB/gb.html
EL ORIGEN DE LA VIDA EN LA TIERRA
CARACTERSTICAS DEL JOVEN PLANETA
- Intensa actividad volcnica
http://www.fresno.k12.ca.us/schools/s090/_atkinsgatebio/timelineproject/fivetimlngraphics.htm
Cmo comenz la vida?
Teora de la Abiognesis o Generacin
espontnea .
La vida puede surgir en cualquier lugar y en
cualquier momento .
Fue descartada por Redi y Pasteur
Teora de la Biognesis. (La vida surge a partir de la Vida)
Redi (1626-1697) puso carne de serpiente en
un recipiente abierto y al cabo de unos das
aparecieron gusanos blancos en la carne.
Tom los gusanos y pasado un tiempo estos
se transformaron en moscas.

Luego repiti el experimento ,pero los frascos
fueron cubiertos con gasa y pasado unos
d as no apar eci er on gusanos, per o
aparecieron huevos de insectos sobre la
gasa. Qui t l a cubi erta protectora y
aparecieron larvas
Pasteur (1822-1895)
! Dos siglos ms tarde demostr
cl aramente que no haba
ni nguna pos i bi l i dad de
Generacin espontnea.
! Utiliz un matraz de cuello de
cisne y en el interior coloc un
caldo de cultivo previamente
esteri l i zado y permaneci
durante un tiempo estril.
! Sin embargo si se eliminaba el
cuello de cisne, en los caldos
pr ol i f er aban mul t i t ud de
microbios al cabo de 48 horas.
! El concluy que el cuello de
cisne impeda que cayeran los
mi crobi os ambi ent al es al
interior de los matraces.
Teora de la Panspermia u origen extraterrestre .
La vida surge en la Tierra por la accin de
otro planeta y desde all llegaron bacterias o
esporas resistentes ,capaces de viajar por el
espacio o por otros medios .
Arrhenius (1859-1927)
A. Hoyle
! Propone que los compuestos qumicos
tenan un origen extraterrestre por que la
Tierra haba estado sometida desde su
formacin al bombardeo continuo de materia
csmica.
! Esta Teora se fundament al analizar un
meteorito que cay en Australia, Murchinson,
en 1969, por contena grandes cantidades de
materia biolgica equivalentes a las que
encontr Miller posteriormente.
Evolucin Qumica o Evolucin Prebitica
En 1920 Oparn (bioqumico ruso ) y Haldane (genetista
ingls) sugieren que a pesar de que la atmsfera
primitiva de la Tierra era reductora y pobre en O2 y
rica en H , los compuestos orgnicos formados en esa
atmsfera eran similares a los que utilizan los seres vivos
modernos.
Ellos concluyen que la vida pudo haber surgido de la
materia no viviente, mediante reacciones qumicas
simples lo que se llam Evolucin Qumica o Evolucin
Prebitica ( antes de la vida )
! En base a la composicin qumica de las rocas de esa
poca, se cree que la atmsfera primitiva contena:
! Bixido de carbono
! Metano
! Amoniaco
! Hidrgeno
! Nitrgeno
! cido clorhdrico
! Sulfuro de hidrgeno
! Vapor de agua
La atmsfera y el clima primitivos
gobernaron la evolucin prebitica
PRACTICAMENTE
NO HABA
OXGENO LIBRE
Sntesis espontnea de molculas orgnicas en
condiciones prebiticas
! En 1953, Stanl ey Mi l l er,
ent onc es es t udi ant e de
posgrado y su asesor, Harold
Urey, de la Universidad de
Chicago, se propusieron simular
la evolucin prebitica en el
laboratorio, con xito.
! En experi mentos si mi l ares
realizados por Miller y otros
investigadores se han producido
aminocidos, protenas cortas,
nucl et i dos, t r i f osf at o de
adenosina, y otras molculas
caractersticas de los seres
vivos
Aparecieron
molculas orgnicas
al cabo de unos das
! La composicin exacta de la atmsfera que se
utiliza en estos experimentos carece de
importancia, siempre y cuando contenga: C, H y
N y se excluya al O libre.
! Diversas fuentes de energa, como la luz
ultravioleta, descargas elctricas y el calor, son
igual de eficaces en general.
! Por ello, es indudable que se sintetizaron
molculas orgnicas en la tierra primitiva.
! Adems, otras molculas orgnicas llegaron
probablemente del espacio, en meteoritos y
cometas.
! Sin embargo, para que se formen las molculas orgnicas
complejas como ARN y protenas era necesaria una mayor
concentracin de sustancias, de modo que puedan estar muy
cerca unas de otras y reaccionar entre ellas.
! Una posibilidad es la formacin de un caldo primigenio a partir
de la creacin de estanques costeros producto de varios ciclos
de llenado y secado con agua de mar, en dnde se habran
generado las molculas componentes bsicos de los primeros
seres vivos.
Fue el ARN la primera molcula
autorreproductora?
! En la dcada de 1980, Thomas Cech de la Universidad de Colorado y
Sidney Altman de la Universidad de Yale descubrieron que ciertas
molculas pequeas de ARN, llamadas ribozimas, actan como
enzimas que catalizan reacciones celulares, entre ellas, la sntesis de
ms molculas de ARN.
! Parece inevitable que, en cientos de millones de aos los nucletidos
de ARN hayan formado cadenas cortas de ARN, algunas de las
cuales se convertiran en ribozimas, que evolucionaron en rapidez y
exactitud de replicacin.
! Sin embargo, la transicin al moderno mecanismo de ADN---ARN---
Protena debi haber requerido una serie compleja de etapas
intermedias.
Enzimas de ARN o ribozimas
! La capacidad de la autoduplicacin o de duplicar otras
molculas de ARN. Se han producido en el laboratorio
molculas relativamente cortas de ARN
! La capacidad de catalizar reacciones qumicas sencillas que
aumentan la creacin de los monmeros del ARN.
! La capacidad de formar enlaces peptdicos para producir
pptidos cortos y ocasionalmente protenas enteras. Esto se
efecta en las clulas modernas por los ribosomas, un
complejo de dos molculas grandes de ARN conocidas como
ARN ribosmico junto con otras protenas.
! No es fcil almacenar grandes cantidades de informacin en el
ARN
Las pr ot ocl ul as pudi er on haber
consistido en ribozimas encerradas en
microesferas
! Los qumicos han demostrado que
si se agita agua que contenga
protenas y lpidos a modo de
simular las olas que golpeaban
contra las antiguas costas, se
f or man est r uct ur as huecas
llamadas microesferas.
! Las microesferas se asemejan a
las clulas vivas:
" Tienen una membrana similar a
la membrana celular.
" Absor ben mat er i al de l a
solucin.
" Crecen.
" Se dividen.
Protoclula
! Si una microesfera hubiera
encerrado ribozimas, se habra
formado algo parecido a una
clula viva, a la que se llamara
protoclula.
! Dentro se habran producido
protenas, y por difusin habran
entrado nucletidos y
aminocidos necesarios para
sintetizar nuevos ARN y
protenas.
! Cuando la microesfera creci lo
suficiente, pudo haberse
dividido, dando casi fin al
camino hacia la evolucin de las
primeras clulas.
La desarrollo de la hipotesis actual
! Patrick Forterre ha estado trabajando en una hiptesis
controvertida que establece que los virus fueron el
instrumento que produjo la transicin del ARN al ADN y
la evolucin de las Bacterias, Archaeas y Eucariotas.
Este autor cree que el ltimo antepasado comn fue un
ser basado en el ARN que desarroll virus de ARN.
Alguno de estos virus evolucionaron en virus de ADN
para proteger sus genes de ataques. A travs del
proceso de infeccin viral evolucionaron los tres
dominios de la vida
Hipotesis alternativas
! Como alternativa se ha propuesto al cido nucleico peptdico. El
ANP es ms estable que el ARN y parece que sera ms sencillo de
sintetizar en condiciones prebiticas, especialmente porque la
sntesis de ribosa y la adicin de grupos fosfatos son problemticas,
porque no existan ninguna de las dos. Se ha propuesto el cido
nucleico de Treosa como punto de partida, as como el cido
nucleico de glicerol.
! Otra alternativa diferente o complementaria al ensamblaje de ARN
en la Hiptesis del mundo de HAP (Hidrocarburos aromticos
policclicos).
Cmo evolucionaron los
primeros organismos?
La vida comenz durante
la era precmbrica
Los organismos fsiles
m s a n t i g u o s
encontrados hasta ahora
e s t n e n r o c a s
precmbricas de 3500
mi l l ones de aos de
antigedad. Los rastros
qumicos de rocas ms
antiguas han inducido a
algunos paleontlogos a
pensar que la vida es an
ms antigua: quiz hasta
3900 millones de aos.
Los primeros organismos eran
procariotas anaerobios
! Las primeras clulas eran
procariotas:
" Su material gentico NO
estaba separado del resto de
la clula y encerrado en un
ncleo envuelto en una
membrana.
" Obtenan nutrientes y energa
probablemente absorbiendo
molculas orgnicas de su
entorno.
" Su metabolismo era
anaerobio
CO2
H2O
O2
Clulas aerobias una importante ventaja selectiva.
Acumulacin de
oxgeno en la atmsfera
Exterminio
organismos
Los eucariotas formaron organelos y un ncleo
encerrados en membranas
! Los paleobilogos consideran que, una vez
que apareci una poblacin idnea susceptible
de ser devorada, la conducta predatoria debi
haber evolucionado rpidamente.
! La presa ms apetecida habran sido bacterias
sin pared celular y, en consecuencia los
depredadores habran sido capaces de
englobar bacterias enteras.
! Pero estos depredadores eran incapaces de
l l evar a cabo ni l a fotosntesi s ni el
metabol i smo aerbi co y metabol i zaban
ineficientemente sus presas.
! En ese contexto, hace alrededor de 1700
millones de aos, se engendr la primera
clula eucaritica.
En qu se diferencia una clula procaritica
de una eucaritica?
Las mitocondrias y los cloroplastos pudieron
haber surgido a partir de bacterias englobadas
! La hiptesis de los endosimbiotas,
defendida principalmente por Lynn
Margul i s, de l a Uni versi dad de
Massachusetts, propone que las
clulas primitivas se hicieron de los
precursores de las mitocondrias y los
cloroplastos englobando ciertos tipos
de bacterias (bacteria aerobia y
cianobacteria).
! La amiba Pelomyxa palustris carece
de mitocondrias, pero alberga una
poblacin permanente de bacterias
aerobias que desempean un papel
muy similar. Al igual que algunos
corales, almejas, caracoles y un
Paramecium albergan una coleccin
permanente de algas.
GENEROS MAS IMPORTANTES DE PROTEOBACTERIA
TAXONOMA

Clasificacin
Estructura los organismos en grupos (taxones)
en base a su similitud.

Nomenclatura
Asigna nombres a los taxones

Identificacin
Determina a que taxones pertenece un
organismo que se aisla
Taxonoma
Caracterizacin exhaustiva
Aplicacin de teora y mtodo de clasificacin
Formacin de grupos taxonmicos (taxones)
Nomenclatura


Identificacin
Caracterizacin por nmero limitado de tests
adecuados al problema
Comparacin con spp conocidas
Asignacin a una sp
No identificado: estudio taxonmico
ESPECIE

Unidad taxonmica bsica
Grupo de cepas que tiene un alto grado de
similitud en sus propiedades y que difieren en
forma significativa de otros grupos de cepas

Cepa: poblacin de organismos que desciende
de un nico organismo o de una sola clula
ESPECIE BACTERIANA

Concepto en revisin continua

Definicin metodolgica estndar:

- % de hibridacin ADN1-ADN2 > 70%
- !Tm < 5C (estabilidad trmica del hbrido
ADN1-ADN2)

Concepto genmico de especie

Actualmente el criterio es POLIFSICO
(combinacin de caractersticas fenotpicas,
genmicas y filogenticas)
RANGOS TAXONOMICOS EN
CLASIFICACION BACTERIANA
Taxones: Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Gnero
Especie
Sub-especie


importancia en estudios
clnicos y ecolgicos
Sistema binomial de nomenclatura

(Linneo)


Escherichia coli


Escherichia coli o E. coli
Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Genero
Especie


Bacteria
Proteobacteria
Gamma Proteobacteria
Zymobacteria
Enterobacteriales
Enterobacteriaceae
Escherichia
Escherichia coli
Categoras de clasificacin a nivel de
subespecie
(tipificacin)
Variedades o tipos
serovariedad o serotipo (antgenos distintos)

fagovariedad (tipificacin por fagos)

biovariedad (diferencias bioqumicas y fisiolgicas)

patovariedad (patogenicidad)

morfovariedad (diferencias morfolgicas)

genomovariedad (grupos con ADN similares)
Artificial v/s sistema de clasificacin natural.
La clasificacin puede ser:
1.- Artificial (basado sobre caractersticas expresadas)
El agrupar junto basado en semejanza total procariotes: Una especies
es una coleccin de cepas similares con diferencias suficientes de
otros grupos de cepas.
Taxonomica fenotipica.
!Taxonoma convencional"
Una variedad de caractersticas de las cepas que determina la
agrupacin los organismos por morfologa, la qumica de la pared
de clula (Gram-reaccin), la clasificacin y los requisitos
alimenticios, habitat...?
Taxonoma numrica.
Porcentaje CG.
2.- Natural o phylogenetic (basado sobre la evolucin pretendida)
Basado en relaciones evolutivas (Marcadores)
Taxonoma bacteriana
CLSICA

Caracteres fenotpicos (morfologa, nutricin, etc.)

% G+C

Ponderacin de caracteres (llaves dicotmicas)
Morfologa: forma, tamao y tincin
Nutricin y fisiologa: fottrofo, quimitrofo, aerobio o
anaerobio,
temperatura y pH ptimos, fuentes alternativas de C, N y S
Movilidad: tipo y disposicin de flagelos
Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a
antibiticos, patogenicidad
Caractersticas fenotpicas clsicas de
valor taxonmico
Contenido G+C
% G+C = G + C x 100
G + C + A + T
Determinacin por gradiente de CsCl, desnaturalizacin
trmica o cromatografa (HPLC)

Permite distinguir dos organismos, si tienen diferente % G
+C entonces son de diferente especie (difieren mas del
10%)
Si presentan similar G+C no se puede afirmar nada
Caractersticas genotpicas clsicas
Taxonoma MOLECULAR

Basada en el estudio de molculas

Caracteres Genotpicos

Hibridacin ADN-ADN

Molecular fingerprinting (huella molecular)


Caracteres Fenotpicos

Quimiotaxonoma. Biomarcadores: lipdicos
(FAME), otros
Hibridacin ADN-ADN

- depende de la secuencia completa del genoma

- til en organismos estrechamente
relacionados
- determinacin por:
% hibridacin de ADN1 - ADN2
! Tm del hbrido

- es el criterio actual de definicin de especie
CARACTERES FENOTIPICOS
Marcadores quimiotaxonmicos

Caractersticas

- Anlisis qumico con equipamiento
especializado

- No son universales, muy tiles dentro de
algunos grupos
- Alto grado de discriminacin

- Presentes en distintas estructuras celulares
Pared: peptidoglicanos en Gram +
Membrana externa Gram negativos: lipopolisacridos

Membrana citoplasmtica: cidos grasos (Fatty Acid Methyl Ester), cidos
miclicos en un grupo de bacterias Gram positivas (Actinomicetes), pigmentos
carotenoides en bacterias fottrofas anoxignicas.

Cadena de transporte electrnico: citocromos, quinonas.

Sistema fotosinttico: bacterioclorofilas.

Citoplasma: poliaminas en metanognicas y Gram negativas
Marcadores quimiotaxonmicos
El uso de secuencias moleculares para estudios
filogenticos se basa en la premisa que los
cambios en las secuencias ocurren al azar y de un
modo temporal -dependi ente y que ci erta
proporcin de stos permanece fijo en las
molculas.
Filogentica
CARACTERES FILOGENETICOS
Plantean hiptesis de evolucin (determina
relaciones de parentesco entre las especies)
Compara la secuencia de molculas
(cronmetros evolutivos) y establece la relacin
entre ellas

Las secuencias de las molculas son el registro
histrico de la evolucin
PROPIEDADES DE UN BUEN CRONMETRO
EVOLUTIVO


Distribucin universal (presente en todos los
organismos)

- Funcin homloga en todos los organismos
- Secuencias con zonas altamente conservada para
distancias evolutivas grandes (alineamiento) y algunas
zonas variables
- Ausencia de transferencia horizontal
- Cantidad de informacin suficiente
Molculas usadas para la determinacin
de relaciones filogenticas de
organismos
ARNr: 5S, 16S y 23S (Carl Woese)
Subunidad beta de ATPasa

RecA

Factor de Elongacin Tu

Genes funcionales
ARNr en Procariotas
Nombre Tamao Ubicacin
(nucletidos)

5S 120 Subunidad mayor del
ribosoma


16S 1500 Subunidad menor


23S 2900 Subunidad mayor
Desventajas de una clasificacin artificial
No permite inferir propiedades
No permite comprender microorganismos que no se han cultivado en el
laboratorio
No permite estudiar el origen y evolucin de funciones celulares
(resistencia a antibiticos, aerobiosis, fotosntesis)
Clasificacin natural
Estructura los organismos en taxones cuyos miembros reflejan
tanto como sea posible su naturaleza biolgica.

Es ventajosa si adems establece relaciones evolutivas
POLIFSICA
Es la tendencia moderna. Consenso en la integracin de distintos tipos
de caracteres:
Fenotpicos: - clsicos (morfologa, nutricin, etc)
- moleculares (marcadores quimiotaxonmicos)
- perfil de protenas totales y enzimas
Genotpicos: -clsicos: % G+C
- moleculares: hibridacin DNA-DNA, fingerprinting (ej.
Perfiles moleculares por restriccin o amplificacin de
ADN)
Filogenticos: basados en el gen del ARNr 16S