du changement climatique sur leur volution lchelle de lensemble du territoire franais RMT_modlisation_29/09/09 Doctorante: Julie Caubel Encadrantes: Marie Launay et Nadine Brisson Plan 1. Problmatique de la thse 2. Objectifs de la thse 3. Dmarche de travail de la thse 4. Priorits 1 er comit de pilotage de thse_19/05/09 1. Problmatique de la thse Prise en compte des effets indirects du CC sur les bioagresseurs travers son environnement Rchauffement climatique dans le sicle venir, quels seront les bioagresseurs pnaliss ou, au contraire, favoriss par le changement climatique (CC) lchelle du territoire franais (hexagone)? Influence du climat et de sa variabilit temporelle sur les bioagresseurs via lenvironnement du bioagresseur ? Environnement = plante en tant que support trophique et physique, microclimat sous couvert vgtal et sol PLANTE SOL MICROCLIMAT BIOAGRESSEUR CHANGEMENTS CLIMATIQUES 1 er comit de pilotage de thse_19/05/09 Construction dun modle centr sur le bioagresseur, dynamique et gnrique ( lchelle d1 anne de culture, sur une plante considre comme sensible, pas de comptitions) Couplage du modle avec un modle de fonctionnement de cultures (STICS) forc par des scenarios climatiques futurs. Bioagresseurs dans le cadre de ltude: champignons et insectes 2. Objectifs de la thse Potentiel initial dinfestation Dterminisme sous influence de: - microclimat - supports physiques - prlvements trophiques - ambiance physique du sol Dveloppement du bioagresseur Dgts Dommages Dynamique journali Potentiel initial dinfestation Dterminisme sous influence de: - (couvert vgtal) - supports physiques (plante) - prlvements trophiques (plante) - ambiance physique du sol Dveloppement du bioagresseur gts Dommages Dynamique journalire Modle de culture: plante, microclimat, sol Scenarios climatiques retro action 3. Dmarche de travail de la thse 3. 1/ Construction dune typologie des bioagresseurs Construire un modle gnrique implique: - de construire un squelette de modle capable de rpondre la dynamique de dveloppement de tous les bioagresseurs - de ne le tester que sur quelques bioagresseurs se diffrenciant dans leur comportement face leur environnement sous notre climat actuel pour voir leur devenir dans le cadre des CC Construction de 2 typologies (insectes et champignons), base sur leur sensibilit lenvironnement, partir de 30 champignons et 30 insectes rpertoris parmi les grandes cultures franaises (betterave, bl tendre, mas, tournesol, colza, vigne, luzerne, pois) 3. Dmarche de travail de la thse Exemple de la typologie champignons: Facteurs environnementaux pris en compte (+ exemples): Temprature Humidit relative/eau Phnologie/tat de la plante La construction dune typologie et dun modle gnrique de bioagresseur coupl un modle de culture connu demande de simplifier le systme T Efficacit dinfection Dure dhumectation pour la contamination plus ou moins longue Sclrotiniose du colza ne pouvant germer que sur les ptales: fentre dattaque restreinte 3. Dmarche de travail de la thse Survie du champignon Maturation de linoculum Iaire Sporulation IIaire Monocycles sur la plante bote noire des pidmiologistes Potentiel dinoculum forc Contamination + incubation Dissmination sur la plante Etapes de dveloppement du champignon pris en compte: 3. 2/ Construction du squelette du modle - Identification des variables dentre, de sortie, des fonctions de rponse et des types de paramtrage pour le modle - contraintes imposes par le couplage dynamique ultrieur avec le modle de culture STICS - Construction du modle avec des fonctions de rponse diffrentes selon les groupes de bioagresseurs trouvs ou les mmes fonctions de rponse mais un paramtrage diffrent 3. 3/ Modlisation dans le cadre des CC - Choix dun bioagresseur bien renseign dans la littrature dans chaque groupe des 2 typologies ralises - Hypothses sur son comportement dans le cadre des CC: Exemple: diminution des dures dhumectation de faon gnrale mais avec une variabilit intra et inter-annuelle trs forte. Quel effet sur les champignon ncessitant une longue dure dhumectation pour contaminer? - Test via la modlisation par couplage dynamique avec STICS et forage par des scnarios climatiques futurs 4/ Priorits dans le cadre de la thse Finir le travail sur les champignons en priorit Champignon_nom vernaculaire Champignon_nom latin plante attaque principalement mildiou du tournesol Plasmopara helianthi alternariose du tournesol Alternaria helianthi phomopsis du tournesol Phomopsis helianthi verticilliose du tournesol Verticilium dahliae pourriture charbonneuse du tournesol Macrophomina phaseolina oidium du bl Erysiphe graminis septoriose du bl Septoria Tritici rouille jaune du bl Puccinia striiformis rouille brune du bl Puccinia recondita pitin verse Pseudocercosporella herpotrichoides pitin chaudage Gaeumannomyces graminis var Tritici carie du bl Tilletia caries fusariose Microdochium nivale rhizoctone Rhizoctonia solani cercosporiose de la betterave Cercospora beticola ramuariose de la betterave Ramularia beticola cylindrosporiose du colza pyrenopeziza brassicae phoma du colza Leptosphaeria maculans alternariose du colza Alternaria brassicae sclrotiniose Sclerotinia sclerotiorum pourriture grise botrytis cinerea oidium de la vigne Uncinula necator mildiou de la vigne Plasmopara viticola maladie des tches communes de la luzerne pseudopeziza medicaginis verticilliose de la luzerne verticilium albo-atrum oidium du pois Erysiphe pisi anthracnose du pois Mycosphaerella pinodes ncrose racinaire du pois Aphanomyces euteiches charbon des inflorescences de mas Sphacelotheca reiliana mas tournesol bl tendre betterave colza vigne luzerne pois Liste champignons Ordre Nom latin Nom vernaculaire Meligethes aeneus Mligthe du colza Agriotes sordidus Taupin Ceutorhynchus napi Charanon de la tige de colza Oulema melanopa Criocre des crales Bruchus pisorum Bruche du pois Sitona humeralis Sitone de la luzerne Diabrotica virgifera Chrysomle du mas Oscinella frit Oscinie de l'avoine Dasineura brassicae Ccidomyie des crucifres Pegomyia betae Mouche de la betterave Tipula paludosa Tipule des prairies Delia coarctata Mouche grise des crales Empoasca vitis Cicadelles des grillures de la vigne Daktulosphaira vitifoliae Phylloxra de la vigne Pulvinaria vitis Cochenille floconneuse de la vigne Myzus persicae Puceron vert du pcher Rhopalosiphium padi Puceron du merisier grappe Sitobion avenae Puceron des pis de crales Agrotis segetum Noctuelle des moissons Plutella maculipennis Teigne des crucifres Ostrinia nubilalis Pyrale du mas Autographa gamma Noctuelle terricole Cochylis Tordeuse de la vigne arachnide _ ACARI panonychus ulmi Acarien rouge Thrips tabaci Thrips du tabac Frankliniella robusta Thrips du pois Heterodera schachtii Nmatode kystes de la betterave Ditylenchus dipsaci Nmatode de la tige ou du collet Pratylenchus penetrans Nmatode des lsions racinaires insecte _ THYSANOPTERES insecte _ COLEOPTERES insecte _ DIPTERES insecte _ HOMOPTERES insecte _ LEPIDOPTERES mollusque _ Nmatode Liste insectes (+ acariens, nmatodes) 1 er comit de pilotage de thse_19/05/09 Outils utiliss Plateformes INRA (Web of Knowledge,) Publication des Instituts Techniques (CETIOM, ARVALIS, ) Bibliothque (ouvrages plus anciens) Sites webs Thses Contacts Pathologie vgtale: Cindy Morris, Philippe Nicot (INRA Avignon) Modlisation et pathologie vgtale: Philippe Debeake, Jean-Nol Aubertot, Pierre Casadebaig (INRA Toulouse, Projet Archidemio), Emmanuelle Mestrie (CETIOM), Gaetan Bourgeois (Centre de Recherche et de Dveloppement en Horticulture, Agriculture et Agroalimentaire Canada), Romain Roche (INRA Grignon) Rseau 'Relation arthropodes plantes (Denis Thiery) Jacques Rgnire (Chercheur scientifique, dynamique des populations d'insectes, Service Canadien des Forts) Philippe de Reffye (CIRAD AMAP, Greenlab) Organisation des rsultats: Utilisation dACCESS et dEXCEL PARAMETRES CANDIDATS: - Type de dissmination (libration active/passive) - Nombre de type de spores de dissmination - Morphologie des organes de fructification + Nombre de spores par organe (joue sur vitesse dpuisement) -Taille des spores (distance de dissmination) - Sensibilit aux facteurs environnementaux: - effet splash ou vent + condition Hcult pour libration passive - Rayonnement + Effet splash ou Rayonnement + vent (vitesse) +HR pour libration passive VARIABLE DENTREE: Nombre de spores aptes contaminer VARIABLE DE SORTIE: date de dbut de libration/transport dure de libration/transport, proportion de spores dissmines III. Elments de rflexion 1. sur la modlisation Comment dcrire une phase de dveloppement du champignon dans le cadre de la modlisation? Exemple1: libration/transport des spores Libration/transport des spores Exemple de de fonction de rponse 1 er comit de pilotage de thse_19/05/09 Paramtres du modle Traits fonctionnels FACTEURS: pluie, vent, rayonnement STICS V0 Intgration dun module de calcul de VI Fonction simplificatrice pour utiliser V0 et non VI Choix du modle STICS Gnricit dun modle de dynamique de culture MODULE Modlisation du microclimat Choix de cultures bien paramtres Limites dans les variables dentre du modle bioagresseur VI modle de bioagresseur Structure du couvert ? Dure dhumectation ? Phnomnes rtro action ? 2. sur les hypothse de travail dans le cadre du changement climatique en France Quelles prvisions climatiques? (Terray et Braconnot, 2007) - tempratures - pluviomtrie mais avec contrastes saisonniers: prcipitation hivernales prcipitations estivales - de la variabilit climatique et de la frquence des vnements extrmes Quels effets sur les cultures? (Brisson, 2008) - Phnologie avance -Tempratures chaudantes et manque deau en t (rgulation stomatique avec du CO2 ?) - Si suffisamment de N, de biomasse arienne (et qualit nutritionnelle) Confrontation avec notre typologie Quels effets sur les phytopathognes? (Coakley et al., 1999) - Scheresse et des dures dhumectation? du risque dinfestation - Evnements pluvieux + tempratures douces dveloppements explosifs des maladies - Phnologie: du nombre de cycles du pathogne sur la plante hte - Modification de la rsistance et de la physiologie de la plante sous leffet de l des tempratures - Survie des champignons saprophytes? dcomposition de la litire/ tempratures hivernales Elaboration de protocoles exprimentaux soumettre la modlisation