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Typologie des maladies et ravageurs des

principales cultures et modlisation des effets


du changement climatique sur leur volution
lchelle de lensemble du territoire franais
RMT_modlisation_29/09/09
Doctorante: Julie Caubel
Encadrantes: Marie Launay et Nadine Brisson
Plan
1. Problmatique de la thse
2. Objectifs de la thse
3. Dmarche de travail de la thse
4. Priorits
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comit de pilotage de thse_19/05/09
1. Problmatique de la thse
Prise en compte des effets indirects du CC sur les bioagresseurs
travers son environnement
Rchauffement climatique dans le sicle venir, quels seront les bioagresseurs
pnaliss ou, au contraire, favoriss par le changement climatique (CC) lchelle du
territoire franais (hexagone)?
Influence du climat et de sa variabilit temporelle sur les bioagresseurs via
lenvironnement du bioagresseur ?
Environnement = plante en tant que support trophique et physique, microclimat
sous couvert vgtal et sol
PLANTE
SOL MICROCLIMAT
BIOAGRESSEUR
CHANGEMENTS
CLIMATIQUES
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comit de pilotage de thse_19/05/09
Construction dun modle centr sur le bioagresseur, dynamique et
gnrique ( lchelle d1 anne de culture, sur une plante considre
comme sensible, pas de comptitions)
Couplage du modle avec un modle de fonctionnement de cultures
(STICS) forc par des scenarios climatiques futurs.
Bioagresseurs dans le cadre de ltude: champignons et insectes
2. Objectifs de la thse
Potentiel initial
dinfestation
Dterminisme sous
influence de:
- microclimat
- supports physiques
- prlvements trophiques
- ambiance physique du sol
Dveloppement du
bioagresseur
Dgts Dommages
Dynamique journali
Potentiel initial
dinfestation
Dterminisme sous
influence de:
- (couvert vgtal)
- supports physiques (plante)
- prlvements trophiques (plante)
- ambiance physique du sol
Dveloppement du
bioagresseur
gts Dommages
Dynamique journalire
Modle de culture:
plante,
microclimat, sol
Scenarios
climatiques
retro action
3. Dmarche de travail de la thse
3. 1/ Construction dune typologie des bioagresseurs
Construire un modle gnrique implique:
- de construire un squelette de modle capable de rpondre la dynamique
de dveloppement de tous les bioagresseurs
- de ne le tester que sur quelques bioagresseurs se diffrenciant dans leur
comportement face leur environnement sous notre climat actuel pour voir
leur devenir dans le cadre des CC
Construction de 2 typologies (insectes et champignons), base sur leur
sensibilit lenvironnement, partir de 30 champignons et 30 insectes
rpertoris parmi les grandes cultures franaises (betterave, bl tendre,
mas, tournesol, colza, vigne, luzerne, pois)
3. Dmarche de travail de la thse
Exemple de la typologie champignons:
Facteurs environnementaux pris en compte (+ exemples):
Temprature Humidit relative/eau Phnologie/tat de la plante
La construction dune typologie et dun modle gnrique de
bioagresseur coupl un modle de culture connu demande de
simplifier le systme
T
Efficacit dinfection
Dure dhumectation pour la
contamination plus ou moins
longue
Sclrotiniose du colza ne pouvant
germer que sur les ptales: fentre
dattaque restreinte
3. Dmarche de travail de la thse
Survie du
champignon
Maturation de
linoculum
Iaire
Sporulation
IIaire
Monocycles sur la plante
bote noire des
pidmiologistes
Potentiel dinoculum forc
Contamination
+ incubation
Dissmination
sur la plante
Etapes de dveloppement du champignon pris en compte:
3. 2/ Construction du squelette du modle
- Identification des variables dentre, de sortie, des fonctions de rponse
et des types de paramtrage pour le modle
- contraintes imposes par le couplage dynamique ultrieur avec le
modle de culture STICS
- Construction du modle avec des fonctions de rponse diffrentes
selon les groupes de bioagresseurs trouvs ou les mmes fonctions de
rponse mais un paramtrage diffrent
3. 3/ Modlisation dans le cadre des CC
- Choix dun bioagresseur bien renseign dans la littrature dans chaque
groupe des 2 typologies ralises
- Hypothses sur son comportement dans le cadre des CC:
Exemple: diminution des dures dhumectation de faon gnrale mais avec
une variabilit intra et inter-annuelle trs forte. Quel effet sur les
champignon ncessitant une longue dure dhumectation pour contaminer?
- Test via la modlisation par couplage dynamique avec STICS et forage
par des scnarios climatiques futurs
4/ Priorits dans le cadre de la thse
Finir le travail sur les champignons en priorit
Champignon_nom vernaculaire Champignon_nom latin
plante attaque
principalement
mildiou du tournesol Plasmopara helianthi
alternariose du tournesol Alternaria helianthi
phomopsis du tournesol Phomopsis helianthi
verticilliose du tournesol Verticilium dahliae
pourriture charbonneuse du tournesol Macrophomina phaseolina
oidium du bl Erysiphe graminis
septoriose du bl Septoria Tritici
rouille jaune du bl Puccinia striiformis
rouille brune du bl Puccinia recondita
pitin verse Pseudocercosporella herpotrichoides
pitin chaudage Gaeumannomyces graminis var Tritici
carie du bl Tilletia caries
fusariose Microdochium nivale
rhizoctone Rhizoctonia solani
cercosporiose de la betterave Cercospora beticola
ramuariose de la betterave Ramularia beticola
cylindrosporiose du colza pyrenopeziza brassicae
phoma du colza Leptosphaeria maculans
alternariose du colza Alternaria brassicae
sclrotiniose Sclerotinia sclerotiorum
pourriture grise botrytis cinerea
oidium de la vigne Uncinula necator
mildiou de la vigne Plasmopara viticola
maladie des tches communes de la luzerne pseudopeziza medicaginis
verticilliose de la luzerne verticilium albo-atrum
oidium du pois Erysiphe pisi
anthracnose du pois Mycosphaerella pinodes
ncrose racinaire du pois Aphanomyces euteiches
charbon des inflorescences de mas Sphacelotheca reiliana mas
tournesol
bl tendre
betterave
colza
vigne
luzerne
pois
Liste champignons
Ordre Nom latin Nom vernaculaire
Meligethes aeneus Mligthe du colza
Agriotes sordidus Taupin
Ceutorhynchus napi Charanon de la tige de colza
Oulema melanopa Criocre des crales
Bruchus pisorum Bruche du pois
Sitona humeralis Sitone de la luzerne
Diabrotica virgifera Chrysomle du mas
Oscinella frit Oscinie de l'avoine
Dasineura brassicae Ccidomyie des crucifres
Pegomyia betae Mouche de la betterave
Tipula paludosa Tipule des prairies
Delia coarctata Mouche grise des crales
Empoasca vitis Cicadelles des grillures de la vigne
Daktulosphaira vitifoliae Phylloxra de la vigne
Pulvinaria vitis Cochenille floconneuse de la vigne
Myzus persicae Puceron vert du pcher
Rhopalosiphium padi Puceron du merisier grappe
Sitobion avenae Puceron des pis de crales
Agrotis segetum Noctuelle des moissons
Plutella maculipennis Teigne des crucifres
Ostrinia nubilalis Pyrale du mas
Autographa gamma Noctuelle terricole
Cochylis Tordeuse de la vigne
arachnide _ ACARI
panonychus ulmi Acarien rouge
Thrips tabaci Thrips du tabac
Frankliniella robusta Thrips du pois
Heterodera schachtii Nmatode kystes de la betterave
Ditylenchus dipsaci Nmatode de la tige ou du collet
Pratylenchus penetrans Nmatode des lsions racinaires
insecte _ THYSANOPTERES
insecte _ COLEOPTERES
insecte _ DIPTERES
insecte _ HOMOPTERES
insecte _ LEPIDOPTERES
mollusque _ Nmatode
Liste insectes
(+ acariens,
nmatodes)
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Outils utiliss
Plateformes INRA (Web of Knowledge,)
Publication des Instituts Techniques (CETIOM, ARVALIS, )
Bibliothque (ouvrages plus anciens)
Sites webs
Thses
Contacts
Pathologie vgtale: Cindy Morris, Philippe Nicot (INRA Avignon)
Modlisation et pathologie vgtale: Philippe Debeake, Jean-Nol
Aubertot, Pierre Casadebaig (INRA Toulouse, Projet Archidemio),
Emmanuelle Mestrie (CETIOM), Gaetan Bourgeois (Centre de
Recherche et de Dveloppement en Horticulture, Agriculture et
Agroalimentaire Canada), Romain Roche (INRA Grignon)
Rseau 'Relation arthropodes plantes (Denis Thiery)
Jacques Rgnire (Chercheur scientifique, dynamique des populations
d'insectes, Service Canadien des Forts)
Philippe de Reffye (CIRAD AMAP, Greenlab)
Organisation des rsultats: Utilisation dACCESS et dEXCEL
PARAMETRES CANDIDATS:
- Type de dissmination (libration
active/passive)
- Nombre de type de spores de dissmination
- Morphologie des organes de fructification +
Nombre de spores par organe (joue sur vitesse
dpuisement)
-Taille des spores (distance de dissmination)
- Sensibilit aux facteurs environnementaux:
- effet splash ou vent + condition Hcult pour
libration passive
- Rayonnement + Effet splash ou
Rayonnement + vent (vitesse) +HR pour
libration passive
VARIABLE DENTREE:
Nombre de spores aptes
contaminer
VARIABLE DE SORTIE:
date de dbut de libration/transport
dure de libration/transport,
proportion de spores dissmines
III. Elments de rflexion
1. sur la modlisation
Comment dcrire une phase de dveloppement du champignon dans le cadre de la modlisation?
Exemple1: libration/transport des spores
Libration/transport des spores
Exemple de de fonction de rponse
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Paramtres
du modle
Traits
fonctionnels
FACTEURS: pluie, vent,
rayonnement
STICS V0
Intgration dun module de
calcul de VI
Fonction simplificatrice
pour utiliser V0 et non VI
Choix du modle STICS
Gnricit dun modle de dynamique de culture
MODULE
Modlisation du microclimat
Choix de cultures bien paramtres
Limites dans les variables dentre du modle
bioagresseur
VI modle de bioagresseur
Structure du couvert ?
Dure dhumectation ?
Phnomnes rtro action ?
2. sur les hypothse de travail dans le cadre du changement climatique en France
Quelles prvisions climatiques? (Terray et Braconnot, 2007)
- tempratures
- pluviomtrie mais avec contrastes saisonniers:
prcipitation hivernales
prcipitations estivales
- de la variabilit climatique et de la frquence des vnements
extrmes
Quels effets sur les cultures? (Brisson, 2008)
- Phnologie avance
-Tempratures chaudantes et manque deau en t (rgulation
stomatique avec du CO2 ?)
- Si suffisamment de N, de biomasse arienne (et qualit
nutritionnelle)
Confrontation avec notre typologie
Quels effets sur les phytopathognes? (Coakley et al., 1999)
- Scheresse et des dures dhumectation? du risque dinfestation
- Evnements pluvieux + tempratures douces dveloppements explosifs des
maladies
- Phnologie: du nombre de cycles du pathogne sur la plante hte
- Modification de la rsistance et de la physiologie de la plante sous leffet de l des
tempratures
- Survie des champignons saprophytes? dcomposition de la litire/ tempratures
hivernales
Elaboration de protocoles exprimentaux soumettre la modlisation