Taxonoma Bacteriana

Dr. Vctor Campos A

Laboratorio de Microbiologa ambiental
Departamento de Microbiologa
TAXONOMA

Clasificacin
Estructura los organismos en grupos (taxones)
en base a su similitud.

Nomenclatura
Asigna nombres a los taxones

Identificacin
Determina a que taxones pertenece un
organismo que se aisla
Taxonoma
Caracterizacin exhaustiva
Aplicacin de teora y mtodo de clasificacin
Formacin de grupos taxonmicos (taxones)
Nomenclatura


Identificacin
Caracterizacin por nmero limitado de tests
adecuados al problema
Comparacin con spp conocidas
Asignacin a una sp
No identificado: estudio taxonmico
ESPECIE

Unidad taxonmica bsica
Grupo de cepas que tiene un alto grado de
similitud en sus propiedades y que difieren en
forma significativa de otros grupos de cepas

Cepa: poblacin de organismos que desciende
de un nico organismo o de una sola clula
ESPECIE BACTERIANA

Concepto en revisin continua

Definicin metodolgica estndar:

- % de hibridacin ADN1-ADN2 > 70%
- !Tm < 5C (estabilidad trmica del hbrido
ADN1-ADN2)

Concepto genmico de especie

Actualmente el criterio es POLIFSICO
(combinacin de caractersticas fenotpicas,
genmicas y filogenticas)
RANGOS TAXONOMICOS EN
CLASIFICACION BACTERIANA
Taxones: Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Gnero
Especie
Sub-especie


importancia en estudios
clnicos y ecolgicos
Sistema binomial de nomenclatura

(Linneo)


Escherichia coli


Escherichia coli o E. coli
Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Genero
Especie


Bacteria
Proteobacteria
Gamma Proteobacteria
Zymobacteria
Enterobacteriales
Enterobacteriaceae
Escherichia
Escherichia coli
Categoras de clasificacin a nivel de
subespecie
(tipificacin)
Variedades o tipos
serovariedad o serotipo (antgenos distintos)

fagovariedad (tipificacin por fagos)

biovariedad (diferencias bioqumicas y fisiolgicas)

patovariedad (patogenicidad)

morfovariedad (diferencias morfolgicas)

genomovariedad (grupos con ADN similares)
LOS MICROORGANISMOS
Descubrimiento de los microorganismos en el siglo XVII
En 1866 HAECKEL , reino de los PROTISTAS:
A)Protistas Superiores: presentan clulas EUCARIOTICAS
Algas (menos las cianofceas o verdeazuladas).
Hongos
Protozoos
Mohos del Cieno
B) Protistas Inferiores: Presentan clulas PROCARIOTICAS
Algas Cianofceas o Verdeazuladas
Bacterias
LOS MICROORGANISMOS
Los VIRUS no pueden incluirse en este esquema:
A) Su estructura no es compatible con la de una
clula.
B) Su forma de multiplicarse es fundamentalmente diferente
a la de los organismos celulares por su total dependencias del
sistema sinttico (enzimas y precursores) de la clula husped.
GENEROS MAS IMPORTANTES DE PROTEOBACTERIA
CLASIFICACION
BACTERIAS TIPICAS

Cocos Gram Positivos
Cocos Gram Negativos
Bacilos Gram Positivos
Bacilos Gram Negativos

BACTERIAS NO TIPICAS
Bacterias Acido Alcohol Resistentes
Espiroquetas
Clamidias
Etc".

CLASIFICACION
BACTERIAS TIPICAS
Cocos Gram Positivos:
1.-Estreptococos
2.-Estafilococos
Cocos Gram Negativos:
1.-Neiseria meningitidis
2.-Neiseria gonorroehae
Bacilos Gram Positivos:
1.-Corynebacterium difhtheriae
2.-Bacilos formadores de Esporas
(Clostridium tetani, C.botulinum, C.perfringens,C.difficile)
3.-Lysteria monocytogenes
CLASIFICACION
BACTERIAS TIPICAS

Bacilos Gram Negativos
1.-Bacterias Entricas
Escherichia
Salmonella
Shiguella
Yersinia
Pseudomona
Vibrio
Campylobacter
Helicobacter



CLASIFICACION
2.- Bacterias Gram Negativas Pequeas y Exigentes :
Haemophilus
Bordetella
Brucella
Fransisella
Legionela

3.- Bacterias Gram Negativas Anaerobias
Bacteroides


CLASIFICACION
BACTERIAS NO TIPICAS

1.-Bacterias Acido Alcohol Resistentes
Mycobacterium (tuberculoso, leprae)
Actinomycetos (Nocardia, Actinomices, Streptomices)

2.-Espiroquetas
Treponemas
Leptospiras
Borrelia

CLASIFICACION
3.- Clamidia
Clamidia trachomatis
Clamidia neumoniae

4.- Rickettsias
Rickettsias
Coxiella

5.- Micoplasma
Micoplasma
Ureoplasma
COMO CLASIFICAMOS LOS
MICROORGANISMOS?
Artificial v/s sistema de clasificacin natural.
La clasificacin puede ser:
1.- Artificial (basado sobre caractersticas expresadas)
El agrupar junto basado en semejanza total procariotes: Una especies
es una coleccin de cepas similares con diferencias suficientes de
otros grupos de cepas.
Taxonomica fenotipica.
!Taxonoma convencional"
Una variedad de caractersticas de las cepas que determina la
agrupacin los organismos por morfologa, la qumica de la pared
de clula (Gram-reaccin), la clasificacin y los requisitos
alimenticios, habitat...?
Taxonoma numrica (ponderacin de caracteres claves
dicotomicas).
Porcentaje CG.

2. Natural o Filogenetica (basado sobre la evolucin pretendida)
1. Basado en relaciones evolutivas
Taxonoma convencional

Morfologa: forma, tamao y tincin.

Nutricin y fisiologa: fottrofo, quimitrofo, aerobio o
anaerobio, temperatura y pH ptimos, fuentes
alternativas de C, N y S.

Movilidad: tipo y disposicin de flagelos.

Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a
antibiticos, patogenicidad.
CLASIFICACION BACTERIANA
COLORACIN GRAM: Gram fue un microbilogo Danes que introdujo
la coloracin Gram con la cual se divide a las bacterias en dos grupos:
BACTERIAS GRAM POSITIVAS : son las que retienen el colorante
Cristal Violeta Violeta de Genciana luego de decolorarla con el
alcohol-acetona por lo que se observarn de color AZUL.
BACTERIAS GRAM NEGATIVAS : son las que no retienen el colorante
Cristal Violeta al decolorar con alcohol-acetona, luego toman el color
del colorante de contraste Safranina por lo que se observarn de color
ROJO.
ENVOLTURA DE LAS GRAM
POSITIVAS
MEMBRANA CITOPLASMICA :
Fosfolpidos
Protenas

PARED CELULAR :
Peptidoglucano Murena (hasta 40 capas)
Acidos Teicoicos
Acidos Teicurnicos
Polisacridos

ENVOLTURA DE LAS GRAM NEGATIVAS
MEMBRANA CITOPLASMICA :
Fosfolpidos y Protenas
PARED CELULAR:
Peptidoglucano Murena (1 o 2 capas)
Acido Teicoico, Ac Teicurnico.
MEMBRANA EXTERNA :
Fosfolpidos
Protenas
Lipopolisacrido Bacteriano (LPS):
.Lpido A
.Antgeno O (hidrato carbono)
Porinas de la Matriz

ENVOLTURA DE LAS GRAM NEGATIVAS

ESPACIO PERIPLASMICO :

Espacio entre la membrana citoplsmica y la membrana externa, que
contiene una solucin como gel compuesta por:

Enzimas degradativas : fosfatasas, proteasas.
Enzimas que inactivan antibiticos : beta lactamasas.
Protenas fijadoras : que absorben azcares y aminocidos.


Tanto las bacterias Gram Positivas o Negativas pueden presentar :
LA CAPSULA : de polisacrido (excepto B.anthracis que
es de polipptido).
LOS FLAGELOS : largos filamentos helicoidales, que dan
motilidad o quimiotxis, de natacin o en
lnea recta, o de tumbos o al azar).
FIMBRIAS o PILIS : filamentos cortos distribudos en gran
cantidad,
Pili Ordinario (interviene en la Adherencia)
Pili Sexual (interviene Conjugacin Bacteriana)
BACTERIAS ALCOHOL ACIDO RESISTENTES
Los microorganismos alcohol acido resistentes se tien de color
rojo con el colorante fucsina y son resistentes a la decoloracin
con el alcohol acido, debido al carcter hidrofbico de la pared.
El calor favorece la penetracin del colorante.
Una modificacin en la pared de los Gram Positivos han sido
observadas en los gneros Mycobacterium, Nocardia y
Corynebacterium.

BACTERIAS ALCOHOL ACIDO RESISTENTES
Los lpidos constituyen el 60% del peso seco de la pared
bacteriana.
En sus paredes contienen Ac. MICOLICOS, que son beta
hidroxiacidos grasos grandes, que varan de acuerdo al nmero
de tomos de carbono:
C30 : Corinebacterias
C50 : Nocardia
C90 : Mycobacterium

BACTERIAS ALCOHOL ACIDO RESISTENTES
Contiene una capa de peptidoglicano similar a las gram negativas,
pero esta unido al polisacrido ARABINOGALACTANO y ste al
Ac.MICOLICO formando un complejo.

El Ac.MICOLICO del M.tuberculosis se denomina factor cordn y
esta relacionado a las actividades biolgicas :
Citotoxicidad de la membrana celular
Inhibicin de la migracin de PMN
Induccin de la formacin de granulomas
Actividad anti tumoral
Habilidad para activar va alterna del complemento
Caractersticas genotpicas clsicas
Contenido G+C
% G+C = G + C x 100
G + C + A + T
Determinacin por gradiente de CsCl.
Desnaturalizacin trmica o cromatografa.

Amplio rango en procariotas: 20 al 80%
Poca informacin para la caracterizacin
taxonmica
NUMRICA

Agrupacin de unidades taxonmicas o taxones
por mtodos numricos

Se basa en un gran nmero de caracteres

Cada carcter tiene igual peso

La similitud es funcin de la proporcin de
caracteres comunes
Desventajas de una clasificacin artificial
No permite inferir propiedades
No permite comprender microorganismos que no se han cultivado en el
laboratorio
No permite estudiar el origen y evolucin de funciones celulares
(resistencia a antibiticos, aerobiosis, fotosntesis)
Clasificacin natural
Estructura los organismos en taxones cuyos miembros reflejan
tanto como sea posible su naturaleza biolgica.

Es ventajosa si adems establece relaciones evolutivas
POLIFSICA
Es la tendencia moderna. Consenso en la integracin de distintos tipos
de caracteres:
Fenotpicos: - clsicos (morfologa, nutricin, etc)
- moleculares (marcadores quimiotaxonmicos)
- perfil de protenas totales y enzimas
Genotpicos: -clsicos: % G+C
- moleculares: hibridacin DNA-DNA, fingerprinting (ej.
Perfiles moleculares por restriccin o amplificacin de
ADN)
Filogenticos: basados en el gen del ARNr 16S
Hibridacin ADN-ADN

- depende de la secuencia completa del genoma

- til en organismos estrechamente
relacionados
- determinacin por:
% hibridacin de ADN1 - ADN2
! Tm del hbrido

- es el criterio actual de definicin de especie
El uso de secuencias moleculares para estudios
filogenticos se basa en la premisa que los
cambios en las secuencias ocurren al azar y de un
modo temporal -dependi ente y que ci erta
proporcin de stos permanece fijo en las
molculas.
Filogentica
CARACTERES FILOGENETICOS
Plantean hiptesis de evolucin (determina
relaciones de parentesco entre las especies)
Compara la secuencia de molculas
(cronmetros evolutivos) y establece la relacin
entre ellas

Las secuencias de las molculas son el registro
histrico de la evolucin
PROPIEDADES DE UN BUEN CRONMETRO
EVOLUTIVO


Distribucin universal (presente en todos los
organismos)

- Funcin homloga en todos los organismos
- Secuencias con zonas altamente conservada para
distancias evolutivas grandes (alineamiento) y algunas
zonas variables
- Ausencia de transferencia horizontal
- Cantidad de informacin suficiente
Molculas usadas para la determinacin
de relaciones filogenticas de
organismos
ARNr: 5S, 16S y 23S (Carl Woese)
Subunidad beta de ATPasa

RecA

Factor de Elongacin Tu

Genes funcionales
ARNr en Procariotas
Nombre Tamao Ubicacin
(nucletidos)

5S 120 Subunidad mayor del
ribosoma


16S 1500 Subunidad menor


23S 2900 Subunidad mayor
Por que la utilizacin de la Secuencia del ARNr 16S
Estructura primaria:
! - Dominios de conservacin universal
! - Regiones altamente variables
! - Dominios de nivel intermedio de conservacin, con cambios de
secuencia, pero conservacin de estructura secundaria

Estructura secundaria:
! - Similar en todos los organismos
! - Acotada por su funcin en la sntesis de protenas: funcin ancestral
Estructura secundaria del ARNr 16/18 S de los tres Dominios
! Los puntos rojos sealan posiciones en las que arqueas y bacterias suelen diferir
Bacteria
Archaea
Eucarya
ARBOL FILOGENETICO UNIVERSAL
Caractersticas diferenciales entre Bacteria, Archaea y Eukarya
Esquema de las tcnicas e informacin ms frecuente empleadas en la taxonoma
polifsica (Vandamme et al., 1996).