CAPTULO 1

INTRODUO
Este captulo visa introduzir e discutir os principais aspectos que
levaram ao desenvolvimento e formalizao da engenharia
imunolgica como uma nova abordagem para o tratamento de
problemas complexos de engenharia. O enfoque do trabalho, as
motivaes, objetivos, contribuies e estrutura da tese fazem parte
deste captulo.
A construo do conhecimento constitui uma
conjugao de intelecto e emoo, de razo e
vontade; a episteme fruto de inteligncia e de
amor. Plato
1.1. Introduo e Motivao
Atualmente, existe um grande interesse pelo estudo dos sistemas imunolgicos biolgicos.
Imunologistas e profissionais da rea mdica esto tentando compreender melhor o sistema
imunolgico para que eles possam combater doenas infecciosas como a AIDS, doenas
auto-imunes como esclerose mltipla, e outros problemas de sade. Bilogos e
imunologistas tericos esto interessados em modelar o sistema imunolgico visando
reproduzir fenmenos observados em laboratrio e/ou prever comportamentos ainda no
obtidos experimentalmente. Outros pesquisadores que comeam a se interessar pela
imunologia so os engenheiros e cientistas da computao, que tentam simular mecanismos
imunolgicos particulares com o objetivo de criar sistemas artificiais para a soluo de
problemas de engenharia. Por exemplo, podem ser traados fortes paralelos entre o
reconhecimento de padres do sistema imunolgico e o reconhecimento de padres em
computao. Uma metfora ainda mais abrangente, poderia relacionar as caractersticas de
imunovigilncia e resposta imune com os procedimentos de segurana computacional, que
podem incluir deteco e eliminao de vrus, intrusos de rede, e assim por diante.
Esta tese interpreta o sistema imunolgico (SI) particularmente como um mecanismo
biolgico capaz de reconhecer e eliminar elementos causadores de patologias. Deve-se
mencionar, entretanto, que esta viso armamentista do SI algumas vezes criticada pelos
imunologistas, que preferem abordar o sistema imunolgico como um mecanismo de
identificao do prprio indivduo, responsvel pela manuteno da integridade fsica e
homeostase do organismo. Trata-se, ento, de um ponto de vista particular e intencional
sobre os objetivos do SI. A nfase dada aos problemas de reconhecimento de padres pelo
sistema imune adaptativo, embora sejam apresentadas discusses sucintas sobre a relao
entre o sistema imunolgico, o sistema nervoso central e o sistema endcrino. So
levantados aspectos cognitivos do SI e alguns de seus mecanismos so caracterizados como
Cap. 1: Introduo
Leandro Nunes de Castro
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evolutivos, sob o ponto de vista da teoria originalmente proposta por Charles Darwin
(1859).
Embora restrito a tpicos especficos, um aspecto peculiar desta tese est na abordagem de
alguns conceitos em imunologia que no esto mais em voga ou que so contestados por
alguns pesquisadores, como por exemplo a teoria da rede imunolgica e seus aspectos
cognitivos. No entanto, sob o ponto de vista de engenharia, estes conceitos mostraram-se
adequados e teis por razes que sero apresentadas e discutidas ao longo do texto.
Nas reas de engenharia e computao, tem surgido um forte interesse pelo estudo dos
sistemas imunolgicos devido, principalmente, sua capacidade de processamento de
informao. Sob uma perspectiva de engenharia, existem diversas caractersticas do SI que
podem ser destacadas:
Unicidade: cada animal possui seu prprio sistema imunolgico, com suas
capacidades e vulnerabilidades particulares;
Reconhecimento de padres internos e externos ao sistema: as clulas e molculas
que no pertencem ao organismo so reconhecidas e eliminadas pelo SI;
Deteco de anomalia: o SI pode detectar e reagir a agentes patognicos (causadores
de anomalias) a que o organismo nunca havia sido exposto anteriormente;
Deteco imperfeita (tolerncia a rudos): um reconhecimento perfeito no
necessrio para que o SI reaja contra um elemento causador de patologia
(patgeno);
Diversidade: existe uma quantidade limitada de clulas e molculas no SI que so
utilizadas para se obter o reconhecimento de um nmero praticamente infinito de
elementos, incluindo aqueles sintetizados em laboratrio;
Aprendizagem por reforo: a cada encontro com o mesmo patgeno, o sistema
imunolgico melhora a qualidade de sua resposta; e
Memria: os componentes do SI bem sucedidos no reconhecimento e combate s
patologias so armazenados para uma resposta futura mais intensa e efetiva.
1.2. Objetivos e Contribuies
Os Sistemas Imunolgicos Artificiais (SIA) (Dasgupta, 1998a), que surgiram a partir de
tentativas de modelar e aplicar princpios imunolgicos no desenvolvimento de novas
ferramentas computacionais, j vm sendo utilizados em diversas reas, como
reconhecimento de padres, deteco de faltas e anomalias, segurana computacional,
otimizao, controle, robtica, scheduling, anlise de dados, aprendizagem de mquina,
dentre outras.
Esta tese representa uma iniciativa pioneira no sentido de apresentar uma estrutura formal
para o desenvolvimento de sistemas imunolgicos artificiais. Mais especificamente, ela
prope a Engenharia Imunolgica (EI). Partindo da proposio da engenharia imunolgica
como um novo paradigma de computao e uma nova rea de atuao dentro dos SIA,
ilustrado como diversos princpios e mecanismos do sistema imunolgico natural podem
ser empregados no desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para a soluo
Engenharia imunolgica 3
de problemas em diversas reas do conhecimento e suas relaes com aprendizado de
mquina, processamento de informao e resoluo de problemas.
Enquanto as tcnicas convencionais de engenharia usualmente requerem a especificao
detalhada do comportamento preciso de cada componente do sistema, a engenharia
imunolgica, requer apenas uma especificao geral, ou aproximada, de alguns aspectos
que caracterizam o comportamento global do sistema, como uma medida (ou funo) de
desempenho, afinidade ou adaptabilidade.
Alm disso, tambm feito um esforo no sentido de relacionar os sistemas imunolgicos
artificiais com outros paradigmas de inteligncia computacional como, redes neurais
artificiais (RNA), computao evolutiva (CE), lgica nebulosa (FL fuzzy logic) e
computao de DNA, ou computao molecular (DNA computing).
So propostas quatro ferramentas de computao, implementadas sob a forma de
algoritmos, ou programas, de computador:
1. SAND (Simulated ANnealing for Diversity): algoritmo baseado na tcnica clssica
de Simulated Annealing (Kirkpatrick et al., 1987) cujo objetivo principal aumentar
a diversidade de uma populao de indivduos (repertrio de anticorpos)
representado sob a forma de cadeias binrias ou vetores com elementos pertencentes
ao conjunto dos nmeros reais;
2. CLONALG (CLONal selection ALGorithm): implementao computacional do
algoritmo de seleo clonal e maturao de afinidade;
3. ABNET (AntiBody NETwork): rede neural artificial Booleana com processos de
crescimento (insero de unidades), poda (remoo de unidades) e atualizao de
pesos, tambm baseados nos princpios imunolgicos da seleo clonal e maturao
de afinidade;
4. aiNet (Artificial Immune Network): modelo de rede imunolgica artificial com
aplicaes a problemas de anlise de dados, como compresso de informao e
clusterizao.
Estes algoritmos so provas concretas de como idias extradas de sistemas naturais podem
ser empregadas no desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para a soluo
de problemas de engenharia e para a implementao de mecanismos de aprendizagem de
mquina. Eles foram aplicados a diversas classes de problemas, destacando otimizao,
reconhecimento de padres e anlise de dados. Os desempenhos apresentados foram
comparados com outras abordagens de inteligncia computacional j consolidadas, como as
baseadas em RNAs e nos algoritmos de computao evolutiva.
1.3. Notao
Para facilitar a leitura e interpretao do contedo proposto e apresentado no texto desta
tese, foi adotada a seguinte notao genrica:
Expresses (ou caracteres) em negrito representam matrizes: ex. Ab, Ag;
Expresses (ou caracteres) em negrito e itlico correspondem a vetores: ex. Ab
i
,
Ag
j
, f ;
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Expresses (ou caracteres) em itlico so variveis: ex. n, m, d, x, y;
Subndices entre chaves indicam cardinalidade: ex. Ab
{m}
; e
Expresses (ou caracteres) em itlico com subndice(s) correspondem a elementos
de um vetor ou matriz: ex. Ab
i,j
, m
i,j
, f
j
.
1.4. Formalizao da Tese
Esta tese est formalizada em um texto composto por sete captulos e um apndice,
complementados por dois relatrios tcnicos e uma Home Page (web site), como descrito a
seguir.
1.4.1. Estrutura da Tese
Captulo 1: Introduo
Introduz e discute os principais aspectos que levaram ao desenvolvimento e formalizao
da engenharia imunolgica como uma nova abordagem para o tratamento de problemas
complexos de engenharia. O enfoque do trabalho, as motivaes, os objetivos, e a estrutura
da tese fazem parte desta introduo.
Captulo 2: Sistemas Imunolgicos
Neste captulo feita uma reviso sobre o sistema imunolgico dos animais vertebrados
visando fundamentar os aspectos biolgicos necessrios ao desenvolvimento e formalizao
da engenharia imunolgica como um novo paradigma de computao. Um maior enfoque
dado aos tpicos imprescindveis ao desenvolvimento das ferramentas propostas nesta tese
embora o contedo apresentado oferea margens ao desenvolvimento de novos algoritmos
inspirados no sistema imunolgico.
Captulo 3: Engenharia Imunolgica
Este captulo apresenta uma estrutura formal para o desenvolvimento da engenharia
imunolgica (EI) como uma nova linha de pesquisa a ser empregada na anlise e sntese de
ferramentas computacionais para a soluo de problemas complexos de engenharia.
discutida a relao entre a engenharia imunolgica e os sistemas imunolgicos artificiais
(SIA) e feita uma reviso bibliogrfica de grande parte da literatura atual em SIA.
Captulo 4: Sistemas Inteligentes e o Sistema Imunolgico
Este captulo tem por objetivo revisar alguns tpicos especficos da teoria de sistemas
inteligentes, destacando as redes neurais artificiais e os algoritmos evolutivos. O objetivo
o de salientar similaridades e diferenas entre estas teorias, o sistema imunolgico
(Captulo 2) e a engenharia imunolgica (Captulo 3).
Engenharia imunolgica 5
Captulo 5: Ferramentas de Engenharia Imunolgica
Este captulo concretiza a proposta de engenharia imunolgica atravs da proposio de
quatro ferramentas computacionais desenvolvidas com base nos princpios imunolgicos
introduzidos no Captulo 2 e no paradigma de engenharia imunolgica proposto no
Captulo 3. Dentre os princpios fundamentais do sistema imunolgico biolgico utilizados,
destacam-se o princpio da seleo clonal e a teoria da rede imunolgica. A formalizao
terica e o desenvolvimento dos algoritmos SAND, CLONALG, ABNET e aiNet so
apresentados. Algumas das ferramentas propostas constituem estratgias hbridas que
utilizam alm de conceitos imunolgicos, noes de outras tcnicas computacionais como
as redes neurais artificiais competitivas e os algoritmos evolutivos apresentados no
Captulo 4.
Captulo 6: Aplicaes em Engenharia
Este captulo apresenta os resultados computacionais da aplicao das quatro ferramentas
de engenharia imunolgica propostas no Captulo 5, SAND, CLONALG, ABNET e aiNet,
a diversos problemas de engenharia, enfocando as reas de aprendizado de mquina,
reconhecimento de padres, aproximao de funes, clusterizao e otimizao. O
desempenho das ferramentas propostas comparado com o de diversas outras estratgias de
sistemas inteligentes, como aquelas baseadas em RNAs e algoritmos evolutivos.
Captulo 7: Concluses e Perspectivas Futuras
As diversas implicaes resultantes da proposio da engenharia imunolgica como um
novo paradigma computacional so discutidas neste captulo. Como complemento, uma
discusso sobre a tendncia da rea de sistemas imunolgicos artificiais e a proposta de
possveis extenses deste trabalho e novas direes a serem tomadas fazem parte deste
captulo.
Apndice: Glossrio de Biologia
Este apndice contm uma vasta lista com o significado de grande parte da terminologia
biolgica utilizada nesta tese visando ajudar o leitor no processo de compreenso dos
conceitos empregados.
1.4.2. Trabalhos Complementares
Relatrio Tcnico Parte I
RT DCA 01/99 Departamento de Engenharia de Computao e Automao Industrial.
Artificial Immune Systems and Their Applications Part I: Basic Theory and
Applications, p. 95.
ftp://ftp.dca.fee.unicamp.br/pub/docs/techrep/1999/DCA99-001.pdf
ftp://ftp.dca.fee.unicamp.br/pub/docs/vonzuben/lnunes/rtdca0199.pdf
Neste relatrio, aps uma breve introduo sobre o sistema imunolgico biolgico dos
animais vertebrados, so discutidas as principais estratgias empregadas pelo sistema
Cap. 1: Introduo
Leandro Nunes de Castro
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imunolgico na soluo de problemas, e introduzido o conceito de engenharia
imunolgica. A engenharia imunolgica faz uso dos respectivos conceitos biolgicos
objetivando criar ferramentas computacionais para a determinao de solues para
problemas complexos de engenharia, partindo de informaes contidas nos prprios
problemas. O texto concludo com o desenvolvimento de diversos algoritmos de
engenharia imunolgica. Estes algoritmos so amplamente discutidos e exemplos de suas
aplicaes potenciais diversos tipos de problemas so apresentados.
Relatrio Tcnico Parte II
RT DCA 02/00 Departamento de Engenharia de Computao e Automao Industrial.
Artificial Immune Systems and Their Applications Part II: A Survey of Applications, p.
65.
ftp://ftp.dca.fee.unicamp.br/pub/docs/techrep/2000/DCA00-002.pdf
ftp://ftp.dca.fee.unicamp.br/pub/docs/vonzuben/lnunes/rtdca0100.pdf
Nesta segunda parte do relatrio tcnico, feita uma breve descrio de diversas aplicaes
que utilizam metforas ou mecanismos imunolgicos para resolver problemas que so
usualmente abordados por tcnicas de sistemas inteligentes, como redes neurais artificiais,
inteligncia artificial, lgica nebulosa e computao evolutiva. So reunidos diversos
trabalhos envolvendo aplicaes em engenharia dos chamados sistemas imunolgicos
artificiais. Alm disso so listadas e destacadas as principais caractersticas e aplicaes em
potencial destas ferramentas. Os mtodos esto distribudos por assunto e/ou aplicao,
respeitando a terminologia original e o enfoque adotado pelos autores.
Web Site Sobre Engenharia Imunolgica
http://www.dca.fee.unicamp.br/~lnunes/immune.html
Este site contm as principais contribuies do autor para a rea de sistemas imunolgicos
artificiais (SIA) e para a engenharia imunolgica. Esto tambm disponveis links para web
sites de grupos de pesquisa em SIA e diversas pginas pessoais de pesquisadores com
expressiva contribuio para a rea. Uma verso de um tutorial contendo o cdigo fonte das
ferramentas de engenharia imunolgica propostas pelo autor durante o desenvolvimento
desta tese tambm est disponvel para download, assim como links para outros materiais
introdutrios rea de SIA.