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SEMINARIO DE BIOQUMICA

TEMA: PROTENAS

Objetivo #05: Analizar la influencia del pH del medio sobre la carga elctrica de los aa, su
comportamiento cido-base y su movilidad en un campo elctrico.

Objetivo #06: Explicar las caractersticas del enlace peptdico.

Contenido

1. Variacin de la frmula general de un aa proteico en relacin a los cambios de pH:
fisiolgico, cido-base.

a) Aminocidos: son las unidades bsicas que forman las protenas. Existen 20
aminocidos estndar, todos tienen en su estructura general: un grupo amino (-
NH3+), un grupo carboxilo (-COOH), un tomo de H y un grupo R variable, todos
ellos unidos a un C. Excepto la glicina que no presenta grupo R si no un tomo de
H.











El grupo carboxilo (-COOH) y el grupo amino (-NH3+) son grupos funcionales
susceptibles de ionizacin dependiendo a los cambios de pH.

Comportamiento cido-bse de los aminocidos:
A un pH bajo (cido), los aminocidos se encuentran mayormente en su forma
catinica (con carga positiva), mientras que a pH alto (bsico), se encuentra en su
forma aninica (con carga negativa). Cuando un aminocido sin grupo R ionizable se
disuelve en agua a pH neutro, se encuentra en la solucin en forma de in dipolar o
zwitteron, puede actuar como cido o como base. Las sustancias con esta naturaleza
(cido-base) son anfteros, es decir pueden actuar como cidos o como bases, en
funcin del pH del medio. En presencia de cidos, estas molculas aceptarn iones
hidrgeno, eliminndolos de la disolucin. Por el contrario, en presencia de bases,
soltarn iones hidrgeno a la disolucin, amortiguando igualmente el pH. El grupo
COOH se comporta como un cido dbil y el grupo NH3+ como una base dbil.

Se debe tener en cuenta que existen aminocidos que en su grupo R presentan otros
grupos ionizables, como es el caso de: Lisina, Histidina y Arginina (aa con cargas + o
bsicos), como tambin hay aa con grupos R cargados negativamente: Aspartato y
glutamato.









Por ejemplo, la Alanina, el cual es un -aminocido sencillo monoamnico y
monocarboxlico, es un cido diprtico cuando est totalmente protonado; tiene dos
grupos: COOH y el grupo NH3+, que pueden liberar protones.

Comportamiento de los aminocidos en pH fisiolgico:
El pH fisiolgico se encuentra en 7.4. Los aminocidos sin grupo R ionizables se
encuentra en estado zwitteron, a un pH entre 6-8, por lo que pueden actuar tanto
como cidos o como bases, ya que se encuentran en estado neutro. A pH fisiolgico,
los grupos carboxilo se encuentran en su mayora como COO- y los grupos amino
predominan como NH3+. De este modo, los aminocidos en sangre y casi todos los
tejidos se encuentran como:


Pero algunos aminocidos varan sus cargas dependiendo de su grupo R:
-Los aminocidos bsicos (grupos R cargados positivamente) a pH fisiolgico tienen
carga + (Histidina, Lisina y Arginina).
-Los aminocidos cidos (grupos R cargados negativamente) a pH fisiolgico tienen
carga (Aspartato y glutamato).

Las protenas que son ricas en Histidinas actan como tampones en los medios
biolgicos, como por ejemplo la Hemoglobina. Ya que la Histidina presenta en su
cadena R un grupo imidazol, el cual su pK 6 es al pH fisiolgico.

La Hemoglobina al tener esta caracterstica es muy importante, ya que tiene la
capacidad de captar protones y evitar un cambio en el pH sanguneo.

2. Curvas de valoracin, concepto de pK:

Las curvas de valoracin o titulacin es un procedimiento para determinar la
concentracin de un cido o una base en solucin, por medio de la adicin de un
cido o una base de concentracin conocida.
Por ejemplo, un volumen determinado de cido se titula con una disolucin de
concentracin conocida de una base fuerte, normalmente NaOH. Se aade NaOH en
pequeas cantidades hasta que se ha consumido (neutralizado) el cido segn se
determina mediante un colorante indicador o con un aparato medidor de pH. Se puede
calcular la concentracin de cido en la disolucin original a partir del volumen y la
concentracin de NaOH aadido.

En la figura 3-10, muestra la curva de titulacin
de la forma diprtica de la glicina. Los dos
grupos ionizables de la glicina, el grupo
carboxilo y el grupo amino, se titulan con una
base fuerte, tal como el NaOH. La grfica tiene
2 etapas distintas, que corresponden a la
desprotonacin de dos grupos diferentes de la
glicina. Cada una de las etapas se asemeja en
su forma a la curva de titulacin de un cido
monoprtico, tal como el cido actico, y
puede analizarse de la misma manera. A pH
muy bajo, la especie inica predominante de la
glicina es (+H3N-CH2-COOH), la forma
totalmente protonada. En el punto medio de la
primera etapa de la titulacin, en el que el
grupo COOH de la glicina pierde su protn,
se encuentran presentes concentraciones
equimolares del dador de protones (+H3N-
CH2-COOH) y del aceptor de protones (+H3N-
CH2-COO
-
). En el punto medio de cualquier
titulacin se alcanza un punto de inflexin en
el que el pH es igual al pKa del grupo
protonado que se est titulando. Para la
glicina, el pH en el punto medio es 2.34 y por
lo tanto su grupo COOH tiene un pKa de
2.34.
(El pKa es una medida de la tendencia de
un grupo a ceder un protn, tendencia que
disminuye en un factor de 10 cada vez que
el pKa se incrementa en una unidad).
A medida que avanza la titulacin se alcanza
otro punto importante a pH 5.97. Aqu hay otro
punto de inflexin en el que la eliminacin del
primer protn es prcticamente completa
mientras que tan slo se ha iniciado la
eliminacin del segundo. A este pH la glicina
se encuentra mayormente en forma del in
dipolar (zwitterion) +H3N-CH2-COO-.
La segunda etapa de la titulacin corresponde
a la eliminacin de un protn del grupo NH3+
de la glicina. El pH en el punto medio de esta
etapa es de 9.60, igual al pKa del grupo
NH3+. La titulacin es prcticamente completa
a un pH alrededor de 12, en donde la forma
predominante de la glicina es H2N-CH2-COO-.







A partir de la curva de titulacin de la glicina se puede deducir:
En primer lugar, da una medida cuantitativa del pKa de cada uno de los grupos
ionizables: 2.34 para el COOH y 9.60 para el NH3+. El grupo carboxilo de la glicina
es ms cido (se ioniza ms fcilmente) que el grupo carboxilo del cido actico. El
pKa del grupo amino de la glicina es menor al pKa medio de un grupo amino, por lo
que el pKa de cualquier grupo funcional est fuertemente afectado por su entorno
qumico.
En segundo lugar, este aminocido tiene 2 regiones de capacidad tamponante. Una
de stas es la proporcin relativamente plana de la curva que abarca alrededor de una
unidad de pH a cada lado del primer pKa de 2.34, lo que indica que la glicina es un
buen tampn cerca de este pH. La otra zona de tamponamiento est centrada
alrededor del pH 9.60. Entonces podemos llegar a la conclusin que la glicina no es un
buen tampn al pH celular o de la sangre, que es alrededor de 7.4.

3. Concepto de punto isoelctrico (pI): es el pH en el cual un aminocido tiende a
adoptar una forma dipolar neutra (igual nmero de cargas positivas que negativas). La
solubilidad en agua de un aminocido es mnima en su punto isoelctrico.
Para el caso de la glicina, en su curva de titulacin podemos apreciar que a un pH
5.97 la glicina est presente en su forma dipolar, totalmente ionizabe pero sin carga
elctrica. Como la glicina no tiene grupo ionizable en su cadena lateral, el punto
isoelctrico es la media aritmtica de los dos valores de pKa:


Entonces, la glicina tiene una carga neta negativa a cualquier pH por encima de su pI,
por lo que se desplazar hacia el electrodo positivo (nodo) cuando se coloque en un
campo elctrico. A cualquier pH por debajo de su pI, la glicina tiene una carga neta
positiva, y se desplazar hacia el electrodo negativo (ctodo) en un campo elctrico.

Los aa difieren en sus propiedades cido-base: TODOS los aminocidos con
un solo grupo -amino, un solo grupo -carboxilo y un grupo R NO ionizable
tienen curvas de titulacin parecidas a la de la glicina, por lo que tienen valores
de pKa parecidos, no idnticos: el pKa de los grupos COOH estn en un
intervalo de 1.8 - 2.4 y el pKa de los grupos NH3+ en el intervalo de 8.8 a
11.0.
Pero los aminocidos que presentan cadenas laterales con grupos ionizables
su pKa son diferentes. Ellos tienen curvas de titulacin ms complejas, con tres
etapas correspondientes a los tres pasos de ionizacin posibles; tienen por
tanto tres valores de pKa. La etapa adicional debida a la titulacin del grupo R
ionizable se fusiona en cierto grado con las otras dos. En la figura se muestran
dos curvas de titulacin de dos aminocidos con grupos R ionizables, el
glutamato e histidina.



Los puntos isoelctricos reflejan la naturaleza de los grupos R ionizables
presentes. As:
-El glutamato, tiene un pI de 3.22, considerablemente inferior al de la glicina.
Esto se debe a que ste aminocido presenta 2 grupos carboxilo, que en el
promedio de sus valores pKa (3.22), contribuyen a una carga negativa neta de -
1 que equilibra la de +1 debida al grupo amino.
-La histidina, tiene un pI de 7.59, mucho mayor que el de la glicina, esto se
debe a que la histidina presenta dos grupos cargados positivamente cuando
estn protonados.

4. Enlace peptdico. Caractersticas: es un enlace amido de tipo covalente entre el
grupo -carboxilo de un aminocido y el grupo -amino del siguiente, formando
un dipptido. Este enlace se forma por la deshidratacin de los aminocidos en
cuestin. Esta reaccin es tambin una reaccin de condensacin, que es muy
comn en los sistemas vivientes:


















Es posible unir 3 aminocidos mediante dos enlaces peptdicos para formar un
tripptido; de manera similar se pueden unir 4 aminocidos para dar
tetrapptidos, 4 aa para formar pentapptidos y as sucesivamente.

Entonces, se puede denominar los pptidos como cadenas lineales de
aminocidos enlazados por enlaces qumicos de tipo amdico, denominado
Enlace Peptdico. As pues, para formar pptidos los aa se van enlazando entre
s formando cadenas de longitud y secuencia variable. Para denominar a estas
cadenas se utilizan prefijos convencionales como:

a) Oligopptidos: si el n de aa es menor de 10:
Dipptidos: si el n de aa es 2.
Tripptidos: si el n de aa es 3.
Tetrapptidos: si el n de aa es 4.

b) Polipptidos: si el n de aa es mayor de 10:

Caractersticas:
-El enlace peptdico es plano y por tanto no existe rotacin alrededor del
enlace.
-El enlace peptdico posee un carcter parcial de doble enlace, lo que significa
que es ms corto que un enlace sencillo C-N simple y, por tanto, es rgido y
plano.

Esta caracterstica previene la libre rotacin alrededor del enlace entre el
carbono carbonlico y el Nitrgeno del enlace peptdico. Aun as, los enlaces
entre los carbonos , los -amino y -carboxilo, pueden rotar libremente; su
nica limitacin est dada por el tamao del grupo R. El grupo de tomos
alrededor del enlace peptdico puede darse en dos configuraciones posibles:
Trans y Cis



















-Hay libre rotacin alrededor de los enlaces C-C y C-N.

























5. Punto isoelctrico para los pptidos con aminocidos con grupos R NO ionizables:

Recuerden la frmula para sacar el pI: pI= (pK1 + pK2) / 2
Entonces, si tienen por ejemplo este pptido: AlaValLeu El pI ser tomando el
pK1 de la Leu y el pK2 de la Ala pI= (2.36 + 9.69) / 2= 6.025
Y su carga neta ser: +1 0 -1

Como en este pptido, los aminocidos que lo conforman NO presentan en sus
cadenas laterales grupos que sean ionizables, se toma del grupo amino-terminal y el
grupo carboxilo-terminal de su respectivo aminocido y se calcula el pI.

6. Punto isoelctrico para los pptidos con aminocidos con grupos R que SI son
ionizables:

Existen slo 7 aminocidos que presentan grupos ionizables en sus cadenas laterales,
estos son: grupos R cargados positivamente, grupos R cargados negativamente, en el
grupo R polares sin carga est la Cistena, y del grupo R aromticos la Tirosina. Cada
uno con su pKr.

Entonces, si tenemos por ejemplo un pptido conformado por los siguientes aa:
AlaHisAspGly Tiene 2 aminocidos sin grupo R ionizable, 1 aa cargado + y 1
aa cargado
A pH cido, el pptido se encuentra totalmente protonado, a medida que vamos
agregando OH el grupo carboxilo-terminal de la Gly se desprotona (+2), luego se
desprotona el grupo carboxilo del Asp a pH 3.65 (+1), entonces a pH 4 y 5 el pptido
tiene carga (0) igual cargas positivas y negativas, luego los dos grupos amina (NH)
que tiene la His se desprotonan por completo a pH 6 (-1), y finalmente se desprotona
el grupo amino-terminal de la Ala a pH 9.69 (-2).
Finalmente, el pptido tiene carga neta: +2 +1 0 -1 -2
Recordando que el pI se obtiene en los pK ms cercanos al 0; su punto isoeltrico
ser: pKr (Asp) + pKr (His) / 2 pI= 3.65 + 6.00 / 2 = 4.825

Entonces, a pH 4.825 el pptido AlaHisAspGly se encuentra en estado neutro.