Crea en rehacer y cambiar el sistema educativo, en una nueva orientacin pedaggica para el trabajo, la creacin de riqueza, la reforma social, el desarrollo econmico e industrial del pas.
No hizo concesiones en su lucha contra el alma colonial y la educacin decorativa y literaria que los gobiernos espaoles implantaron con fines polticos en Sud Amrica. Estaba convencido que antes que llenar de escuelas el pas es necesario cruzarlo de ferrocarriles, caminos y telgrafos, proveerlo de canales de riego, puertos y obras sanitarias.
Lleg a calificar el Per de ser un pueblo donde ha entrado la mana de las naciones viejas y decadentes, la enfermedad de hablar y escribir y no de obrar, de agitar palabras y no cosas.
En el acto de inicio del ao acadmico universitario de 1900 pronunci un sobrio y conceptuoso discurso sobre Las profesiones liberales en el Per (1900). Aqu critica la parte literaria, burocrtica e improductiva de la educacin, y propone en su reemplazo una enseanza prctica.
Insiste hasta el final de su vida que la educacin peruana debera responder a las necesidades de crecimiento, desarrollo y progreso, a la estructura productiva del pas, particularmente a las necesidades de tipo econmico, haciendo de la educacin el semillero de lderes de empresas, con criterio tcnico y administrativo, de empresarios creadores y transformadores de riqueza.
Aseveraba enfticamente: El Per debera ser por mil causas econmicas y sociales, tierra de labradores, de colonos, de mineros, de comerciantes, de hombres de trabajo; pero las fatalidades de la historia y la voluntad de los hombres han resuelto otra cosa, convirtiendo al pas en centro literario, patria de intelectuales y semillero de burcratas
La doctora Rivara de Tuesta sostiene que el pensamiento positivista de Villarn constituye en el plano educacional una propuesta de formacin de hombres tiles, creadores de riqueza. As su proyecto Las profesiones liberales en el Per contiene, intrnsecamente, una formulacin de reforma social, reforma sin la cual no podra lograrse el nivel cientfico tecnolgico necesario para alcanzar, en ltima instancia, el progreso econmico en nuestro pas. Se hace necesaria una tica positivista. No escapa a Villarn que para cumplir este nuevo rumbo educacional hay que postular una tica nueva, es decir, una nueva ciencia moral.
EDUCACIN PRIMARIA Y SECUNDARIA
Tras revelar que la enseanza nacional primaria y media se encontraba en manos de personas profanas en el arte de educar, afectadas de una impericia profesional tan invencible como disculpable, lleg a la conclusin que por fin, nuestra educacin primaria y media debe ser simple y corta, caracterizada por la sobriedad de su programa y lo sustancioso de sus disciplinas, que, en vez de ensear mal muchas cosas superfluas, se enseen bien y pronto las cosas necesarias y que en toda escuela primaria y secundaria debiera dedicarse la mitad del tiempo a estudiar, la otra mitad a trabajar y a endurecer el cuerpo.
Por otra parte, deca, en toda escuela y en todo colegio el nio, grande o pequeo, debe trabajar. La escuela urbana ha de tener algo de un taller; la rural, de una pequea granja; porque siendo nuestro mayor mal el ocio, parte esencial de la educacin viene a ser el trabajo.
EDUCACIN UNIVERSITARIA
Era partidario de una educacin universitaria con fines econmicos y sociales, en la que se ensee a trabajar y a producir con inteligencia, responsabilidad social, entusiasmo, transparencia y perseverancia, que se ensee no slo a buscar la verdad sino a encontrarla, y no slo a encontrarla tambin a aplicarla creativamente, a hacer hombres en un ambiente de libertad.
Para Villarn Godoy el objetivo propio y esencial de la Universidad es la formacin del hombre, es hacer hombres y esto slo se logra en el ambiente de la libertad. De los 16 a los 17 aos, el momento que sigue de cerca a la pubertad, los jvenes han alcanzado casi la estructura del hombre y si han recibido educacin fsica adecuada posee un desarrollo muscular completo. Ese es el momento que la naturaleza indica para un cambio profundo en el rgimen educativo. El sentimiento de la independencia, la idea de la propia personalidad, se afirman y reclaman mayor libertad de conducta y deseo de ponerse en contacto con la vida social; desde entonces se tolerara difcilmente la vida escolar prolongada; la escuela llega a ser odiosa y es adems deprimente, porque pone obstculos a la individualidad que se abre paso. Adems la universidad es un contacto entre las generaciones jvenes y las generaciones maduras y es donde los jvenes aprovechan el saludable contacto con hombres eminentes, de ese fecundo intercambio de convicciones, ideales y gustos que constituye parte tan notable del poder educativo de la vida universitaria.
EL PROBLEMA DEL PROFESORADO
Record que dos son las soluciones generales para el problema del profesorado: la de formar profesores nacionales, y la de importar maestros extranjeros. La primera admite, por su parte, tres procedimientos, a saber: hacer en el pas maestros nacionales, bajo la direccin de profesores peruanos; formar maestros nacionales, tambin en el pas, pero bajo la direccin de expertos extranjeros; y enviar jvenes peruanos al extr5anjero a prepararse en la carrera del profesorado. Varios de estos sistemas pueden tener cabida al mismo tiempo, segn las circunstancias.
Se enrol en la empresa de hacer profesores nacionales reformando antes, con auxilio extranjero, las escuelas y los colegios, propiciando la cooperacin extranjera trayendo expertos profesionales en todos los ramos, importando especialistas y educadores que nos exoneren de los tropiezos, las vacilaciones, los penosos experimentos propios de nuestra incompleta capacidad; que vengan a auxiliarnos, no ciertamente a gobernarnos, y que nos ayuden a dar un buen impulso a nuestros incipientes adelantos.
CONCLUSIN
Siempre luch contra la instruccin erudita, verbalista, literaria y libresca, por una educacin sobria y sana, basada en la idea de combatir el odio y el apocamiento del carcter; que haga, si se quiere, hombres rudos, pero eficaces; sencillos y sin devastar, pero tiles a s mismos y a su patria.
Segn Villarn la educacin se caracteriza por ser democrtica, simple, cientfica, comn y profesional tendiente a despertar energas, fsicas y mentales, estimular el trabajo y formar hombres.
Promovi la orientacin prctica, democrtica y cientfica de la educacin, porque estaba convencido que la ciencia combate la propensin al memorismo, ensea el mtodo, calma la imaginacin, modera la banalidad, refrena el verbalismo.
Para que sea democrtica la educacin necesita ser electiva, mltiple, diversificada toda vez que la verdadera igualdad de los derechos educativos no ha de consistir en proporcionar a todos la misma especie de instruccin, sino en dar facilidades para obtener educaciones de distintas especies, calidades y grados, segn las posibilidades personales.
Slo enseando todo, puede el Estado democrtico ensear a todos para que dentro de la multiplicidad de materias y la diversidad de escuelas, se ejercite ampliamente la adaptacin electiva de los ciudadanos, conforme a sus vocaciones y recursos.
Alejado de la vida poltica se dedica a la atencin de su Estudio de Abogados y a la investigacin educativa y jurdica. Fallece en Lima el 21 de febrero de 1958, a los 85 aos de edad.