KRAKEN XT5 - CRAY XT5 QC 2.3 GHZ - Rocio Balbin Lazo

Arquitectura de Computadoras UNMSM - FISI
Trabajo de investigación Prof Gonzales S. Carlos
KRAKEN XT5 - CRAY XT5 QC 2.3 GHZ
CARACTERISTICAS TECNICAS:
• Nombre del sistema : Kraken XT5
• Sistema de la Familia: Cray XT
• Modelo de sistema: Cray XT5 QuadCore
• Ordenador: Cray XT5 QC 2.3 GHz
• Vendedor: Cray Inc.
• URL: http://www.nics.tennessee.edu/...
• Área de aplicación: Investigación
• Año de instalación: 2008
• Sistema Operativo: CNL
• Interconexión: XT4 Internal Interconnect
• Procesador: AMD X86_64 Opteron Quad Core 2300 MHz (9.2 GFlops)
Especificaciones Cray XT5
http://www.cray.com/Products/XT5/Product/Specifications.aspx
1
6 MB de caché L3
compartida
todas las cuchillas de
2
servidor de metadatos Lustre

de registro, los subsistemas
• sistema de núcleos con más de 150K, 1,059 Petaflops sostenido, con una
explosión de 1,381 Petaflops.
• Este sistema consume la friolera de 7 megavatios.
• Poder Megavatios: 2,483
• Tiene más de 181.000 núcleos de procesamiento interno conectado con la

Cray Seastar2 + red
• El XT5 se combinan en un único sistema que utiliza una red InfiniBand cada
pieza que une a la araña del sistema de archivos.
• El procesador AMD Opteron es una potente procesador de propósito general

que usa el conjunto de instrucciones X86 que posee un rico conjunto de
aplicaciones, compiladores y herramientas Tienen cuatro de doble núcleo AMD
Opteron de zócalos de procesador
• Combina el rendimiento de las aplicaciones sin precedentes, sostenido con

excepcional capacidad de gestión y fiabilidad, y un menor coste de propiedad
para los clientes
• se puede configurar ya sea con hojas de cálculo XT4,
CARACTERISTICAS FUNCIONALES:
• Para su utilización por los científicos y los ingenieros de la solución de

problemas de importancia nacional y mundial
• La nueva máquina de petaflops permitirá resolver algunos de los más difíciles

problemas científicos en áreas como el modelado del clima, la energía
renovable, la ciencia de los materiales, la fusión y la combustión
3

• Permite a los usuarios seguir evolucionando sus códigos existentes en lugar de
escribir los nuevos
• Líder en el mundo, más de tres veces la memoria de cualquier otro equipo
• Líder en el mundo ancho de banda a los discos y las redes
• En primer lugar del mundo completamente basados en x86 Superordenador

para lograr la ejecución Petaflop
• El Jaguar petaflops Superordenador permitirá resolver algunos de los más

difíciles problemas científicos en áreas como el modelado del clima, la energía
renovable, la ciencia de los materiales, la fusión y la combustión.
• Con más de tres veces la memoria de cualquier otro equipo increíble ancho de
banda y el Jaguar es alimentado por Quad-Core AMD Opteron como el primer
superordenador para X86 utiliza el conjunto de instrucciones con todas sus
aplicaciones, compiladores y herramientasJaguar tiene cientos de aplicaciones
que han sido portados a la XT sistema Cray y muchos han sido ampliadas para
que se ejecute en hasta 150.000 núcleos AMD Opteron.
AREAS DE APLICACIÓN
Energía
http://www.cray.com/Products/XT5/IndustrySolutions/Energy.aspx
En la actual sociedad basada en la energía, la búsqueda de combustibles fósiles es

un área importante para el mercado de la energía. Este mercado hace un uso
intensivo de la computación para la adquisición de datos sísmicos, el depósito y la
profundidad de migración y de simulaciones de gestión de datos.
. Además, los laboratorios de investigación y universidades están estudiando

combustibles alternativos. Fusión de investigación es particularmente dependiente de
la solución de problemas de gran envergadura que sólo pueden funcionar en forma
eficiente los recursos de supercomputación escalable.
El sistema Cray XT5 MPP, es la escalabilidad de cientos de miles de nodos y

poderoso rendimiento de E / S, es una excelente plataforma para la computación de
datos y simulaciones impulsado en este mercado.
4

Gobierno y Defensa
http://www.cray.com/Products/XT5/IndustrySolutions/GovernmentDefense.aspx
El Gobierno y Defensa segmento amplio

necesidades en la industria HPC que en cierto modo
son únicas y en otras formas son similares a los
segmentos de mercado tales como la fabricación y
las ciencias de la vida.
Las áreas de investigación y modelado HPC

incluyen la previsión meteorológica, los modelos
relacionados con la energía, la dinámica de fluidos,
materiales y estructurales de la ciencia, la química
básica y aplicada y de base de datos de la minería.
Cray ha HPC un conjunto de productos a los que

hacer frente a estas diversas necesidades y difícil. La última ampliación de la familia
Cray XT y Cray XT5 la XT5h sistemas y, en particular, están diseñados para ayudar a
resolver ambos problemas científicos Grand Challenge, sino también para
proporcionar propósito general de HPC con entornos de Linux basada en sistema
operativo y herramientas de gran alcance para mejorar el rendimiento y usabilidad.
Ciencias de la Vida
http://www.cray.com/Products/XT5/IndustrySolutions/LifeSciences.aspx
La industria de las ciencias de la vida ha evolucionado de manera espectacular

durante el último decenio, y las simulaciones de prueba utilizados en la actualidad los
límites de los sistemas HPC. En Ciencias de la Vida, HPC métodos de cubrir una
amplia zona que incluye modulares y la mecánica cuántica y la dinámica, QSAR, la
comparación genómica y montaje, todo el proceso de la célula de simulaciones, y las
imágenes médicas, por nombrar sólo algunos. HPC sistemas informáticos en el
mercado utilizan una combinación de alta capacidad y tecnologías de alto
rendimiento.
El Cray XT5, con su altamente escalable y asequible red combinada con inigualable
calcular la densidad, que puede hacer el más difícil la capacidad de las necesidades y
la capacidad de computación.
5

Fabricación
http://www.cray.com/Products/XT5/IndustrySolutions/Manufacturing.aspx
En la industria de transformación, HPC métodos

se utilizan para diseñar, optimizar y poner a prueba
nuevos productos y mejorar los productos
existentes. Sistemas de computación y los modelos
que se ejecutan en la fabricación de los
investigadores, los ayuda a hacer sus empresas
más competitivas y rentables. Métodos
computacionales común incluir la dinámica de
fluidos, materiales y estructurales de la ciencia, la
química básica y aplicada y el proceso de
simulación.
Cray la familia de sistemas XT proporciona una inigualable escalabilidad necesarias

para impulsar estos modelos a sus límites, el aumento de la precisión y el impacto de
la investigación sobre el ciclo de desarrollo. El Cray XT5, utilizando paradigmas de
programación paralela, como OpenMP y MPI, ofrece una plataforma portátil para el
desarrollo y la producción de simulaciones.
SOFTWARE
El Cray Cray XT5 utiliza el entorno Linux ™ (CLE). CLE es una suite de software de
alto rendimiento que incluye un Linux basado en el sistema operativo diseñado para
ejecutar aplicaciones complejas y de gran escala de manera eficiente a más de
240.000 núcleos de procesamiento. El entorno de Linux cuenta con un núcleo de
cómputo que puede ser configurado para que coincida con el volumen de trabajo
diferentes. Cuando se ejecuta aplicaciones altamente escalables, los nodos se
pueden ejecutar en un modo ligero, asegurando que los servicios del sistema
operativo no interfieran con la aplicación escalabilidad. Este diseño especial asegura
que no hay prácticamente nada de lo que se interpone entre el usuario de la
aplicación escalable y el hardware.
Programación Medio Ambiente
El CLE incluye herramientas de entorno de programación diseñado para

complementar y potenciar mutuamente, dando lugar a una rica, fácil de usar entorno
de programación que facilita el desarrollo de aplicaciones escalables.
• Los modelos de programación paralela: MPI, SHMEM, UPC, OpenMP, y Co-

Array Fortran en el nodo
• Estándar MPI 2.0, optimizado para aprovechar las ventajas de la interconexión

escalable en el sistema Cray XT5
Compiladores
• Optimizado C, C + +, UPC, Fortran90, y los compiladores de Fortran 2003
6

• De alto rendimiento optimizado de las bibliotecas de matemáticas BLAS, FFTs,
LAPACK, ScaLAPACK, SuperLU, Cray Scientiific y Bibliotecas
• Cray Apprentice2 rendimiento de los instrumentos de análisis
Administración
• Cray hardware del sistema de vigilancia (HSS) - sistema de vigilancia, la

identificación de fallas y recuperación
Aplicaciones
La siguiente es una lista parcial de aplicaciones HPC industria que puede ser
ejecutado en el sistema Cray XT5.
Astrofísica - Cactus, Quimera, gadget, QCD-Milc, ZEUS-MP
Química / Materiales - ABINIT, AMBER, CPMD, DCA + +, GAMESS, Gromacs,

LAMMPS, LS3DF, EMNV, Locura, NWCHEM, ParaTec, Qbox, Quantum espresso,
Siesta, TBMD, VASP
El tiempo / clima - 4DVAR, CAM, CCSM, HIRLAM, Hycom, MM5, POP, FRM
Mecánica de Fluidos / Combustión - DNS, OpenFOAM, desbordamiento,

PFLOTRAN, S3D
Fusión - Aorsa, GTC Mecánica de sólidos - CTH, LS-DYNA
Sistema de Kraken
El nuevo Kraken es una Cray XT5 sistema, que consta de 8256 nodos, cada uno con
dos 2,3 GHz de núcleo cuádruple AMD Opteron, con un total de 66.048 núcleos de
calcular.. Cray nodos ejecutar Linux Medio Ambiente (CLE) 2.1, un sistema operativo
diseñado para reducir al mínimo los gastos generales, lo que permite escalable de
baja latencia de comunicación global. Cada nodo está conectado a un router a través
de Cray SeaStar HyperTransport, y el SeaStars están todos interconectados en 3-D-
topología toro La interconexión ha resultado un gran ancho de banda, baja latencia, y
la extrema escalabilidad
Conexión
Utilice ssh para conectarse a Kraken.. Si tiene correo en el formulario notarial de

correo electrónico y recibió la confirmación de que su llavero de control remoto de
seguridad RSA ha sido activado, ssh para kraken.nics.tennessee.edu.. En caso
contrario, puede utilizar su contraseña NICS, GSI autenticación de clave pública o ssh
para acceder a kraken-pwd.nics.tennessee.edu.
Sistemas de archivos y almacenamiento
Directorios de inicio tienen un cupo de 2 GB.

7

Cada usuario tiene a scratch directory / brillo / cero / $ USER, que está sujeta a purgar
basado en la fecha de último acceso. Lustre es un grupo altamente escalable de
sistema de archivos que le permite aumentar en bandas de ancho para mejorar
rendimiento de E / S. Puesto en marcha programas con el comando aprun sólo
pueden acceder a Lustre, no directorios de inicio o de otros directorios.
Archivos pueden ser almacenados en el sistema de almacenamiento masivo (HPSS)

usando el hsi comando. Que sólo podrán acceder a HPSS si tiene activado su llavero
de control remoto de seguridad RSA. Usted puede acceder a HPSS dentro de un
trabajo por lotes, pero sólo en puestos de trabajo en la cola dataxfer que se envía
desde el inicio de sesión de seguridad RSA nodos (kraken.nics.tennessee.edu) .
Transferencia de datos
Si se están moviendo grandes cantidades de datos (> 1 Gbyte) de TeraGrid otro

sistema, utilice GridFTP. Para las pequeñas cantidades de datos, uso sftp.
Usuario Medio Ambiente
Kraken utiliza el módulo de comando (softenv no está disponible) para seleccionar las
bibliotecas, compiladores y otros programas que no están en el entorno de usuario
por defecto.
Compilar
Por defecto, usa el Kraken Grupo Portland (IGP) compiladores. GNU y PathScale
compiladores están disponibles a través del módulo de comando. Para compilar el
programa de MPI, la utilización cc, CC, y ftn comandos para C, C + + y Fortran
programas. Estos comandos crear ejecutables a contar a partir del nodos. mpicc,
mpicxx, mpif77 y mpi90 no están disponibles en Kraken. El Cray bibliotecas científicas
(BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, BLACS, y otros) se encuentran en la ruta por defecto.
Utilice el módulo de mando de las bibliotecas como HDF, NetCDF, FFTW, y PETSc.
Los nodos de acceso no están destinados a la informática, pero si es necesario a

corto plazo antes o después de los programas de procesamiento de los nodos de
acceso, puede compilar con la IGP compilador comandos pgcc, pgCC, pgf90, etc
Empleo de Correr
Kraken utiliza PBS / Par (qsub, qdel, qstat, etc) para trabajos por lotes.. Para
especificar el número asignado a los núcleos de proceso por lotes, el uso "# PBS-l =
tamaño de los núcleos" en el script por lotes (núcleos donde es el número de
cilindros). Dado que el sistema asigna lote en unidades de 4-nodos centrales, el
número de cilindros debe ser un múltiplo de 4.
Para especificar una cuenta a cobrar, el uso "# PBS-A cuenta". El comando muestra
su showusage válido cuentas y proyectos.
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Programas paralelos sólo podrá ejecutar dentro de un trabajo por lotes. mpirun no
está disponible en Kraken. En cambio, el uso "aprun-n nprocs ejecutable" comando
para iniciar programas paralelos en el nodos. Por defecto, se ejecuta 4 MPI procesos
en cada nodo (uno por núcleo). Para ejecutar con un menor número de procesos por
nodo MPI, utilice la opción-N. Por ejemplo, "aprun-n nprocs-N 3 ejecutable" se ejecuta
con 3 MPI procesos por nodo.
. Un script de muestra de lotes está disponible. Uso "qsub script" para presentar un
trabajo por lotes. Utilice qsub I para tareas interactivas como la depuración.
Requisitos de conexión
Con el fin de proporcionar un sistema seguro, el acceso a Kraken sólo está disponible
a través del protocolo Secure Shell (SSH). Basado en UNIX de sistemas operativos
suelen tener un cliente SSH integrado, disponible escribiendo ssh
[username@]server. Los usuarios de Windows pueden obtener los clientes en línea,
tales como PuTTY. Cualquier cliente SSH:
• debe apoyar el protocolo SSH-2 (con el apoyo de todos los modernos clientes
SSH). Varias vulnerabilidades de seguridad existen en el protocolo SSH-1, por
lo tanto, el acceso mediante un cliente de la versión 1 no está permitido.
• debe permitir la autenticación de teclado interactivo para acceder a los

sistemas de NICS. Basado en UNIX para clientes SSH, la siguiente línea debe
estar en el valor predeterminado, ya sea ssh_config o su archivo
$HOME/.ssh/config de archivo:
PreferredAuthentications keyboard-interactive,password
PreferredAuthentications keyboard-interactive, password
La línea también puede contener otros métodos de autenticación, siempre y

cuando keyboard-interactive incluido.
Para las versiones más recientes de SecureCRT o PuTTY, el cambio se puede

hacer a través del menú de propiedades de conexión SSH.
Acceso Seguro
Uso de SSH para conectarse a Kraken XT5, kraken.nics.tennessee.edu En el

siguiente ejemplo, userid, sería sustituido por su nombre de usuario NICS.. Los
usuarios se le pregunte por su contraseña RSA Fiscalía por el código de acceso
rápido. El código se compone de su PIN, seguido por el número que aparece en el
llavero de control remoto de seguridad RSA. Por ejemplo, si su clavija es 1234 y el
código de muestra es 987654, escriba 1234987654. Tenga en cuenta que no
aparecerán los caracteres al introducir la contraseña
El sistema actualizado Kraken es una Cray XT5 con 8256 nodos interconectados con
SeaStar Cada nodo tiene cuádruple núcleo AMD Opteron con un total de 66.048
núcleos. 4416 nodos (35328 cilindros) disponen de 2 GBytes de memoria por núcleo.
3840 nodes (30720 cores) tienen 1 GByte de memoria por núcleo.
9
Cada núcleo corre a 2,3 GHz y puede generar 4 FLOPS por ciclo de reloj. El máximo
rendimiento es 608 TFLOPS.
El XT5 sustituye al actual sistema de XT4.
El sistema se XT4 clausurada el 1 de abril de 2009.
Uso recomendado
Kraken es altamente escalable para aplicaciones paralelas.
NICS se ha hecho cargo de un nuevo Cray XT5. La nueva máquina, que sustituye a la
Cray XT4, será llamado por el mismo nombre, 'Kraken'.
El nuevo XT5 Kraken estará disponible a partir del lunes 2 de febrero. En los próximos
dos meses, hasta el 30 de marzo, ambas máquinas estarán disponibles para facilitar
la transición de la XT4 a la XT5.
NO ejecutar los ejecutables que se han compilado en el XT4 en el XT5.. Esto puede
causar graves problemas en el sistema. Debe ser posible la transferencia de la fuente
y hacer uso del mismo procedimiento.
BIBLIOGRAFIA
• http://www.top500.org/system/9876
• http://www.nics.tennessee.edu/category/news/kraken-xt5
• http://www.cray.com/Products/XT5/Product/ORNLJaguar.aspx
• http://knowledgebase.e-irg.eu/xslt/transform?
for=cray&source=eirgsp/start.xml&style=eirgsp/search.xsl.xml
• http://www.geek.com/articles/chips/new-top-500-supercomputer-list-shows-ibm-
takes-10th-straight-1-20090623/
• VIDEOS: http://www.cray.com/Assets/Flash/XT5Jaguar/PromoF6Md.html
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KRAKEN XT5 - CRAY XT5 QC 2.3 GHZ - Rocio Balbin Lazo

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