Bioinformtica 2013

Bioinformtica 2013

Instructor

Juan Caballero Prez

Ms de 10 aos de experiencia en
Bioinformtica y Biologa Computacional
para !en"mica# $ranscript"mica y Biologa
de %istemas

Pasi"n por la Biologa y las

Computadoras&

Registro
'ttp())goo&gl)*$i0'd

Reglas

1+ minutos de tolerancia&

,-0. de asistencia para acreditar&

/ e0aluaciones parciales# 1 examen final

1promedio ,- para exentar2&

3xmenes te"rico)prcticos&

4o celulares en clase&

Acerca de la materia

Pgina de la materia 1programa#

presentaciones# e5ercicios# &&&2
'ttp())goo&gl)6$789:

Contacto( ua;&bioinfo<gmail&com

Programa
1& =ntroducci"n 112
/& 6inux 1>2
>& Programaci"n 1:2
:& ? 1/2
+& @ormatos 112
*& Bases de datos 1:2
9& Alineamiento 1>2
-& @ilogentica 1>2
B& 3structura protenas 1>2
10& !en"mica 1:2
11& Bioimgenes 1:2

Bibliografa

Developing Bioinformatics Computer Skills, !ibas

y JambecC# 3d& 7Dreilly&

Sequence Analysis in a Nutshell# MarCel y 6e"n#

3d& 7Dreilly&

Beginning Perl for Bioinformatics# $isdall& 3d&

7Dreilly&

Bioinformatics Programming Using Python#

Model# 3d& 7Dreilly&

Introuction to !inu" # A $ans on %uie#

!arrels# tldp&org

An Introuction to &# ? Core $eam# rEpro5ect&org

Introduccin a la Bioinformtica

Por qu cmputo?
D
A
T
A
D
A
T
A

Biologa clsica
Biologa 3xperimento
?esultados

Biologa moderna
Biologa
Tecnologa Cmputo

Definiciones

Bioinformtica es la aplicaci"n de
'erramientas computacionales y
aproximaciones para la expansi"n del
uso de datos biol"gicos# mdicos#
conductuales o de salud# incluyendo
a;uellas 'erramientas ;ue sir0an para
ad;uirir# almacenar# organizar# analizar
o 0isualizar tales datos&

Definiciones

Biologa Computacional es el
desarrollo y aplicaci"n de mtodos
te"ricos y de anlisis de datos#
modelado matemtico y tcnicas de
simulaci"n computacional al estudio de
sistemas biol"gicos# conductuales y
sociales&

ultidisciplinario

Matemtica aplicadas

3stadstica

Ciencias de la computaci"n

=nteligencia artificial

Fumica

Bio;umica


Datos asi!os

Anlisis de secuencias

Comparaci"n con bases de datos

Comparaci"n de genomas

Microarreglos

3spectr"metros de Masas

%ecuenciadores de AG4

Microscopia automtica

Bioinformtica
Biologa
Computacional
Genmica
Comparativa
NGS
Genoma
Transcriptoma
Epigentica
Moelamiento
!rotenas
Biologa
sistemas
"armacologa
Metagenoma
Genmica
!ersonal
#ptimi$acin
Algoritmos
E%ploracin
&isuali$acin


"enta#as

%er ms eficiente&

Poder analizar tus propios datos&

Gisear me5ores experimentos&

3xplorar ms all de los datos&

Hsar programas recientes&

Apro0ec'ar al mximo las nue0as

tecnologas&

$imitantes

4ue0os paradigmas&

?e;uiere muc'o entrenamiento&

Muc'os programas y bases de datos#

en constante desarrollo&

?ecursos de computo por lo general

son limitados&

4ue0as tecnologas presentan nue0os

retos&

%erramienta principal

Internet

Bases de datos internacionales( 4CB=#

3MB6# G4AJ&

&pico equipo de traba#o

/E- procesadores 1*: bits2

I- !B ?AM

I+00 !B disco duro

Acceso a =nternet

Blac'mamba

(upercomputadora
$op+00&org J1 /
$itan G73)%C)7?46

)* &ian+e , -+ina
1*#000 nodos
>#1/0#000 nKcleos
>>&-/ $flops
Corre 6inux 1por supuesto2

$engua#es

%cripting( Perl# Pyt'on# ?uby# Bas'

?endimiento( C)CII

Aplicaciones( Ja0a

Leb( Ja0a%cript# M$M6+

3speciales( ?

&area

%earls GB 1/0102 $'e ?oots of

Bioinformatics& P6o% Comput Biol *1*2(
e1000-0B&
doi(10&1>91)5ournal&pcbi&1000-0B

'ttp())NNN&ploscompbiol&org)article)i
nfo.>Adoi./@10&1>91./@5ournal&pcbi&10
00-0B